Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397522.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_749.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 785 characters in sequence are not A, C, G, or T
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3 CTACATAAAA
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* * * ** *
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* * * *
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1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATA-AAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
588 ATAAAATCATTTAAAGTGCGCT-ATAAGCCTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAGTAGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCT
* *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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129 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TTTGAGGTAGAC
* ** * *
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1 ATTCAAATATTATCT-GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGA
* *
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63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTT
* * * *
991 CTTGCCGATGAATGTCTTTTTCATCTCGTTTTTCGAGGTAGAC
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* * *
1034 ATTCAAATAATATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACT-ATAG-TGGACTTTTC
* * * * *
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* * * * *
1195 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAATTCATCTTAAAATTAATTAAGAGTTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
1258 GTAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCCAACGCAT-AGGTGACTATAGATAGACTTTTC
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGA-GTGACTATAG-TGGACTTTTC
** *** *
1322 TTGAGAATGAAT-TGCTTTTTCTTC-CAGTTTTGAAAGGTGGAC
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* * * *
1364 ATTTC-AATATTATCTATTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGAT
1 A-TTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
1427 TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAA-G-ACTTAGGTGACTATAAATGGAC-TT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCA-TGA-GTGACTAT-AGTGGACTTT
*** * * * * ** *
1489 TCCAACCAATGGATGACTTTTGCCTCATATTTCTTGAGGTAGAC
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* * ** * ** * *
1533 ATTCAATTATAAAATATTTTAATAGAAAATGTAAAAACTTTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * ****
1598 ATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAATGCATGAGTAACTATACCAAACTTTTCTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTT
* * * * *
1663 GTCAATGAATGTATTTTTTTTCAAGTTTTTTGAGGTAAAC
130 GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* *
1703 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1767 ATAAAACCATTTCAAGTGCGCAATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTT
* ** *
1832 GTCAATGAATACCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAGAC
130 GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* *
1872 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
1937 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT-GAAACGCTTGAGTGACTATAGTGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCT
* * ** * * *
2001 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTAAGTTTCCCT-ATGTAAAA
129 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TTTGAGGTAGAC
* ** * * *
2042 ATTCAAATATTATTTGTTTTAAATAGCAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAGTAAGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
2107 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTT-AAATGCATGGGAGACTATAGATGGATTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
* * *
2171 TGTCAATGAATATCTTTTTCTTCTCGTTTTTTGAGGTAGAC
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* * * * *
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1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
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* * **** *
2341 TTGCCAATGAATATCTTTTAT-TT-ACATTTCCCAATGTAGAC
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* * * *
2382 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTAAGAGTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTT-A-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2446 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTCCAACGCAT-AGGTGACTATAGATGGACTTTT
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** * * *** * *
2510 CTTGAGATTGAATGGCTTTTTCTTCTA-GTTTTAAAAGGTGGAT
127 CTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC-ACGTTTTTTGAGGTAGAC
* * * * * *
2553 ATTTAAATAATATATATTTTAACCAAAAA--T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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2615 GTAAAATCATTTAAAATGTGTAATAAGGATTTCGAA-G-ACTTAGGTAACGATAAATGGAC-TTT
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* * * * * * ** * ** *
2677 CCTACCAATGGATGACTTTTGCCTCATATTTTCTGAGACAGAT
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* * ** * *
2720 ATTCAATTATAAAATATTTTAATAGAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * * * *
2785 ACAAAATAATTTATAGCGTGCAATAAGGCTTTCGAATGCATAAGTGACTATACTAGACTTTTCTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTT
* * *
2850 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTTTTGAGGTAAAC
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* * * **
2890 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGATTTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
2955 ATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAGCGAACTTTTCTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTT
** * * * * *
3020 ATCAAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTG-TGTAAAT
130 GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* * * * *
3059 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAAGTTAAAATCAAGTAAGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
3124 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGG-TTTTGGATGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
* * * *
3188 TGTCAATGAATG-CATTTTTCTTCTCATTTTCTGAGGTAGAC
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** *
3229 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATTTAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
3294 TAAAA-CTTTTCAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAATGCATGGGTGACTATAGATTGACTTTTCT
66 TAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
* * * **** * *
3358 TACCAGTGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAATGTAAAC
129 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* * *
3399 ATTCAAATATTATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
3464 ATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT-TAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACGTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGAGTGACTAT-AGTGGAC-TTTT
* * * * * * * *
3528 CTAG-CAAT-AGATGACTTTTGCCTCATGTTTCTCTAAGCATA-A-
127 CTTGCCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TTTGAG-GTAGAC
* * * ** * * * *
3570 ATTCAATTGTAAAATATTTTAA-AAGGAAATGTAAGAAAAGTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAA--AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*** * * * * * ** *
3634 TATAAATGTATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTTTTGATTAACTTTC
64 TATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTT
* * *** *
3698 CTTTG-TAATGAATAG-CTTTTTCTTCTCGCTTCCCT-ATGTAGAC
127 C-TTGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACG-TTTTTTGAGGTAGAC
* * * *
3741 ATTCAAATATTACCTATTTTAACAAGAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * * *
3806 ATAAAAGTATTTCATGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAGTGAACTTCTT-T
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTT-TTCT
* * * * * *
3870 T-CCTGATAAAT-TACTTTTTCTTTACGTTTCTTG-GTGTAAAA
129 TGCC-AATGAATGT-CTTTTTCTTCACGTTTTTTGAG-GTAGAC
* * * * * * * *
3911 ATTTAAATACTATCTGTTTGAATAAGAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCATTTATAAGGTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
3976 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAAACGCATGGGTGACTATAGATGGA------T
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
* ** **
4034 TGCCAATGAATGCCTTTTTCCTT-TTGTTTTTCAAGGTAGAC
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*
4075 ATTCAAATATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
4140 TATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAACGCATGGGCGACTATA--GGACTTTTCT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCT
* * * **** * *
4203 TACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAATGTAAAC
129 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* * * * *
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1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
** ****
4373 TGCCAATGAATAACTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGGTAGAC
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* *
4414 ATTCAAATATTATCTG-TTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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4478 ATAAAACTATTCAAAGCGAATAAT-AGGCTTTCGATCGCATGGGCGACTAGAGATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT
** * * * ** *
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4583 ATTCAAATTTTATGTGTTTCAACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
4648 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACTCAT-AGGTGACTATAGATGAACTTTTC
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**
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* * * * * * * *
4754 ATTCAAATATTATCTATTCTAACAAAAAATGAAAAAAAATTGACCTTAAAATCAATTCTGTGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCA-TGA-GTGACTAT-AGTGGACTTTT
* * * * * * ** *
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* * * ** * * * *
4924 ATTTAATTATAAAATATTTTACTAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAAAT-AATTATAAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * ***
4988 TATAAAACCATTTAAAGTGCGCAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATACCAGACTTTTCT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGAC--TT-T
* * * *
5053 TCTTGCCCCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTCTTCT-AGTTAGAC
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* * * * *
5099 ATTTAAATATTATTATTTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTA-TCTGTTTTAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
5163 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTAGCCTTTTCT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCT
* * * * *
5228 TGCCAATAAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCCTT-ATGTA-AA
129 TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TTTGAGGTAGAC
* * * * * * * *
5268 AGTTCAAATATTATTTGTTCTAACTAACAATGTAAAACAATTCAGCTCAAAATCAAGTAAGAGAT
1 A-TTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
5333 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAAACGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTC
* * *
5397 -TCCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGAC
128 TTGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
* * * *
5438 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTCAGCTGAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * * *
5503 ATGAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAACACATGGGCGACTGA-GGATAGACTTTTC
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* * ** * *
5567 TTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCCTAATGTAGAC
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* *
5609 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATGT-AACTTAAAATTAATT-TAGAGT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT-GAGA
* * * *
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*** * *** *
5735 TCTTAAGAATAAATAGT-TTTTTCTTC-CAGTTTTAAAAGGTGGAC
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** * * *
5779 ATTTGAATATTATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ATGAT
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* * * * *
5842 TATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGATGTT-GAA-GACTTCG-GTGACTATAAATGGAC-T
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* * * * * * * ** * **
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* * * ** * *
5948 ATTTAATTATAAAATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * ** *
6012 TATAAAATCATTTAAAGC-ATTCAATAAGGCTTTCGAATGTATGAGGGACTATACCGAACTTTTC
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
6182 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCCAACGCATAAGTGACTATAATGGCCTTTTCTT
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* * * ** * *
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* * * * * *
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6404 ATAGNNNNNN
Statistics
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TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTG
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* * ********** *
77 TATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAGATAGACTTTTCT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT
** * * * **
142 TGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCTCATTTTTCGAGGTAGATATTCAAATATTATCTGGTTTAA-T
130 TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT
********** *
206 GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAA
195 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *
271 TAAAGCTTTCAAATGCATGTGTCACTATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGTCTTTTTCTTC
259 TAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTT
* * *
336 ATGTTTCCCTATGTAGAC
323 AAGTTT-TCTAGGTAGAC
* ** * * * *
354 ATTCAAATATTATCTGTTTTTACCAAATATAT-AAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGTGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
418 ATAAAACCATTGAAAGCGACTAATAAGGATTTTGAA-GACTTAGGTGACGATAAATGAAC-TTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
* * * * * * * * * * * **
481 CT-CACAATGGATGA-CTTTTGCCTCACATTTTCTAAGGTCGACATTCAATTGTAAAATATTTTA
129 TTGC-CAATGAAT-ATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTA
* * * * * *
544 A-TAGAAAATGTAAAAAATTTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGCG
192 ACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
608 CT-ATAAGCCTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAG-TAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTT
256 -TAATAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
* * *
671 CTTCACGTTTTTTGAGGTAGAC
319 CTTTAAGTTTTCT-AGGTAGAC
* * * *
693 ATTCACATATTATCTGTTTT-ACTAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAAT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
757 TTACAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAACGCATGAGTGACTATAG-TGGGCTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * * * *
821 CTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT-TACATTTCTCT-ATGTAAAAATTCAAATATTAT-TAATTT
128 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCT-CATTT-TTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCT-ATTT
** * *
883 TAACTAGCAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGGTTA-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
190 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * *
947 AGTAATAAGGCTTCAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGTCTTTTT
254 AGTAATAAGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
* * *
1012 CATCT-CGTTTTTCGAGGTAGAC
319 C-TTTAAG-TTTTCTAGGTAGAC
* ** *
1034 ATTCAAATAATATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1099 ATGAAACCATTCAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAACGCATGGGCGACTGA-GGATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACT-ATAGATGGACTTTTC
* * * *
1163 TTGTCAATCAATATCTTTTTC--C-CA-------ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAAC
* * * * * * *
1218 CAAAAA--TAAAAAAATTCATCTTAAAATTAATTAAGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
194 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * **
1281 TAAGGCTTTCCAACGCAT-AGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGAGAATGAAT-TGCTTTTTCT
259 TAAGGCTTT-GAACGCATGA-GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-CTTTTTCT
** ** *
1344 TCCAGTTTTGAAAGGTGGAC
321 TTAAGTTTT-CTAGGTAGAC
* ** * *
1364 ATTTC-AATATTATCTATTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGAT
1 A-TTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
1427 TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAA-GACTTAGGTGACTATAAATGGAC-TTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
*** * * * * **
1490 CCAACCAATGGATGA-CTTTTGC--CTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAAATATTT
128 CTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCTCAT-TTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTT
** * * *
1552 TAA-TAGAAAATGTAAAAACTTTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
190 TAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
1616 TGTAATAAGGCTTTTAAATGCATGAGTAACTATACCA--AACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTT
254 AGTAATAAGGC-TTTGAACGCATGAGTGACTATA-GATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
* *
1679 TT-TTTCAAGTTTTTTGAGGTAAAC
317 TTCTTT-AAGTTTTCT-AGGTAGAC
* *
1703 ATTCAAATATTATCTGTTTT-AATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
1766 TATAAAACCATTTCAAGTGCGCAATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
* * * * *
1830 TTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAAC
* * *
1894 TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
194 T-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
1959 ATAAAGCTTTGAAACGCTTGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
258 ATAAGGCTTTG-AACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
* * * *
2023 TAAGTTTCCCTATGTAAAA
322 TAAGTTT-TCTAGGTAGAC
* ** * * *
2042 ATTCAAATATTATTTGTTTTAAATAGCAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAGTAAGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2107 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTAAATGCATGGGAGACTATAGATGGATTTTTCTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
* * * *
2172 GTCAATGAATATCTTTTTCTTCTCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATACTATCTATTTTAACGA
131 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTA
* * * * *
2237 AAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATCAGATTATGAAACCATTCAAAGTGAGTAATA
196 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
2302 AAGTTTTCGAACGCATGGGCGACTGA-GGATGGACATTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTATTTA
261 AGGCTTT-GAACGCATGAGTGACT-ATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTA
* * *
2365 CA-TTTCCCAATGTAGAC
324 -AGTTT-TCTAGGTAGAC
* * * *
2382 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTAAGAGTT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2446 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTCCAACGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
** * ** *** * * * * *
2511 TTGAGATTGAATGGCTTTTTCTTCT-AGTTTTAAAAGGTGGATATTTAAATAATATATATTTTAA
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCA-TTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA
* * * * ** *
2575 CCAAAAA--T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTGTAAAATCATTTAAAATGTGTA
193 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * * *
2637 ATAAGGATTTCGAA-G-ACTTAGGTAACGATAAATGGAC-TTTCCTACCAATGGATGACTTTTGC
258 ATAAGGCTTT-GAACGCA-TGA-GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * ** *
2699 CTCATA-TTTTCTGAGACAGAT
320 TTTA-AGTTTTCT-AGGTAGAC
* * ** * *
2720 ATTCAATTATAAAATATTTT-AATAGAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * * ** * *
2784 TACAAAATAATTTATAGCGTGCAATAAGGCTTTCGAATGCATAAGTGACTATA-CTAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
* * *
2848 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-AAGTTTTTTGAGGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCA-TTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA
* * * ** *
2912 -TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGATTTTATAAAACCATTTGAAGCGAGT
193 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * ** *
2976 AATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAG-CGAACTTTTCTTATCAAAGAATGTCTTTTTCT
257 AATAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
* * * * *
3040 TCACG-TTTCTTGTGTAAAT
321 TTAAGTTTTCTAG-GTAGAC
** * * * *
3059 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAAGTTAAAATCAAGTAAGAGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * *
3124 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGTTTTGGATGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
* * * *
3189 GTCAATGAAT-GCATTTTTCTTCTCATTTTCTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-T
131 GCCAATGAATATC-TTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT
** * *
3252 TTAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTTTTCAAAGCGAGTAA
195 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
3316 TAAGGCTCTCGAATGCATGGGTGACTATAGATTGACTTTTCTTACCAGTGAATATCTTTTTCTTC
259 TAAGGCT-TTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTT
* * * * *
3381 ACGTTTCCCAATGTAAAC
323 AAGTTT-TCTAGGTAGAC
* ** *
3399 ATTCAAATATTATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * *
3464 ATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAA-GACTTAAGCGACTATAAATGGACGTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAAACG-CATGGGTGACTATAGATGGAC-TTTT
* * * * * * * **
3528 CTAG-CAAT-AGATGA-CTTTTGC--CTCATGTTTCTCTAAGCATA-A-ATTCAATTGTAAAATA
128 CTTGCCAATGA-AT-ATCTTTTTCTTCTCAT-TTT-T-TGAG-GTAGACATTCAAATATTATCTA
* * * ***
3586 TTTTAA--AAGGAAATGTAAGAAAAGTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAATGTATTTAA
187 TTTTAACTAA--AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * ** * *
3649 TA-CGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTTTTGATTAACTTTCCTTTG-TAATGAATA
250 -AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTC-TTGCCAATGAAT-
* ** *
3712 G-CTTTTTCTTCT-CGCTTCCCTATGTAGAC
311 GTCTTTTTCTT-TAAG-TTTTCTAGGTAGAC
* * * *
3741 ATTCAAATATTACCTATTTTAACA-AGAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * * * *
3805 TATAAAAGTATTTCATGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAG-TGAACTTCTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTT-TT
* * * * * * * * *
3869 -TT-CCTGATAAAT-TACTTTTTCTT-TACGTTTCTTG-GTGTAAAAATTTAAATACTATCTGTT
128 CTTGCC-AATGAATAT-CTTTTTCTTCT-CATTTTTTGAG-GTAGACATTCAAATATTATCTATT
* * * * * *
3929 TGAA-TAAGAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCATTTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGC
189 TTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * *
3993 GAGTAATAAGGCTTCAAACGCATGGGTGACTATAGATGGA------TTGCCAATGAATGCCTTTT
253 GAGTAATAAGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* *
4052 TCCTTT-TGTTTTTCAAGGTAGAC
318 T-CTTTAAG-TTTTCTAGGTAGAC
*
4075 ATTCAAATATTATCTATTTT-AATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAAT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4139 TTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAACGCATGGGCGACTAT--A-GGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * **** * * *
4201 CTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAATGTAAACATTCAAATATTATATATTTTAA
128 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA
* * * *
4266 CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
193 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * **
4331 ATAAGGGTTCAAACGCATGAGTGACTATAGATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTT
258 ATAAGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTT
*** *
4396 TTTTTTTTTGAGGTAGAC
323 AAGTTTTCT-AGGTAGAC
* *
4414 ATTCAAATATTATCTG-TTT-AATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
4477 TATAAAACTATTCAAAGCGAATAAT-AGGCTTTCGATCGCATGGGCGACTAGAGATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
** ** * * * * *
4541 TTATCAATGAATATCTTTTTC-T-TCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAAATTTTATGTGTTTCA
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCAT-TTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTA
* * * * *
4604 ACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
192 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * **
4669 AATAAGGCTTTCGAACTCAT-AGGTGACTATAGATGAACTTTTCTTGAAAATGAATAG-CTTTTT
257 AATAAGGCTTT-GAACGCATGA-GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTT
*** *
4732 CTTCCTGTTTTTTGAGGT-GAAC
319 CTTTAAGTTTTCT-AGGTAG-AC
* * * * * * *
4754 ATTCAAATATTATCTATTCTAACA-AAAAATGAAAAAAAATTGACCTTAAAATCAATTCTGTGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
4818 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAA-GACTTAGGTGACTATAAATAGAC-TTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * * * ** * * * **
4881 CCTACCAATGGATGA-CTTTTGC--CTCATATTTTCT-ATGACAGACATTTAATTATAAAATATT
128 CTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCTCAT-TTTT-TGA-GGTAGACATTCAAATATTATCTATT
* *
4942 TT-ACTAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAAAT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
189 TTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
5005 TGCGCAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATACCA--GACTTTTCTTCTTGCCCCAATGAA
252 CGAGTAATAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATA-GATGGAC--TT-TTCTTG--CCAATGAA
* *
5068 TGTCTTTTT-TTTCATGTTCTTCTAGTTAGAC
310 TGTCTTTTTCTTT-AAGTT-TTCTAGGTAGAC
* * * * *
5099 ATTTAAATATTAT-TATTTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAAATATTATCT-GTTTTAAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
5162 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAG-TAGCCTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * * * * * * * *
5226 CTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTT-TACGTTTCCTT-ATGTA-AAAGTTCAAATATTATTTGTTC
128 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCT-CATTT-TTTGAGGTAGACA-TTCAAATATTATCTATTT
* * * * * * *
5288 TAACTAACAATGTAAAACAATTCAGCTCAAAATCAAGTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
190 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * *
5353 GTAATAAGGCTTCAAACGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTC-TCCCAATGAATAG-CTTTTT
255 GTAATAAGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTT
* *
5416 CTTCTCA-TTTTTTGAGGTAGAC
319 CTT-TAAGTTTTCT-AGGTAGAC
* * *
5438 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAATATTCAGCTGAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
5502 TATGAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAACACATGGGCGACTGA-GGATAGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAAACGCATGGGTGACT-ATAGATGGACTTTT
* * ** * * *
5566 CTTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
128 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA
* * * *
5631 -TCAAAAATGT-AAAAAATGT-AACTTAAAATTAATT-TAGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCTA
193 CT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *** *
5692 GTAATACGGCTTTCGAACGCAT-AGGTGACTATAGATTGACTTTTCTTAAGAATAAATAGT-TTT
255 GTAATAAGGCTTT-GAACGCATGA-GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTT
** ** *
5755 TTCTTCCAGTTTTAAAAGGTGGAC
317 TTCTTTAAGTTTT-CTAGGTAGAC
** * ** *
5779 ATTTGAATATTATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ATGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GAT
* * * * * * *
5842 TATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGATGTTGAA-GACTTCGGTGACTATAAATGGAC-TTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTAAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * * * * * * ** * * * **
5905 CCTACGAATGGATGA-CTTTTGCCTCAT-ATTTTTTGTGACAGACATTTAATTATAAAATATTTT
128 CTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTC-TCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTT
* *
5968 AA-TAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-
191 AACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** * *
6030 ATTCAATAAGGCTTTCGAATGTATGAGGGACTATA-CCGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGT-TTT
254 AGT-AATAAGGCTTT-GAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
* * *
6093 TTTTTTCATGTTTTTCTAGTTAGAC
317 TTCTTT-AAG-TTTTCTAGGTAGAC
* * * * * *
6118 ATTTAATTATTATTTGTTTT-AATAAAAA-ATATAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
6181 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCCAACGCATAAGTGACTATA-ATGGCCTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC
* * * * * *
6245 TTGTCAATAAATGTCTTTTTC-T-TCATGTTTCCCT-ATGTCA-AAATTCAAATATTATCTATTT
129 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCAT-TTT--TTGAGGT-AGACATTCAAATATTATCTATTT
* * * * * * * *
6306 TAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAAGTAAGAGATTATCAAATCATTTAAAACGA
190 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
6371 GTAATAAGGCTTTGAACACATGGGTGACTATAGAT
255 GTAATAAGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGAT
6406 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4781, Mismatches: 1004, Indels: 536
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 22 0.00
329 136 0.03
330 75 0.02
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341 809 0.17
342 274 0.06
343 23 0.00
344 33 0.01
345 204 0.04
346 13 0.00
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTCAAATATTATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTGAACGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTAAG
TTTTCTAGGTAGAC
Found at i:7085 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6896--9011 Score: 1561
Period size: 170 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
6886 GATTGTAAAA
* * * * *
6896 TATTTTAATAGACAATGTAAAAAATTTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
6961 AGTGCGCAATAAGCCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCT
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* **
7026 TTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACCGTCAAATATTATC
131 TTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
*
7066 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
7130 AAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTACCAATAAATGTC
65 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
* * ** * * * * * *
7195 TTTTTCTTTACATTTCCCTATGTAAAAATGCAAATATTATT
130 TTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* ** * ** *
7236 TGTTTTAACT-AGCAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGGTAAGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
7300 AAGCGAGTAATAAGG-ATTCAAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGT
65 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * *
7364 CTTTTTCTTCTCATTTTTCAAGGTAGACATTCAAATATTATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
** * * * * *
7406 TATTTTAATGGAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAACCATTCAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
7471 AGTGAGAAATAATGCTTTCAAACACATGGGTGA-TTTAGGATGGACTTTTCTTGTCAATCAATAT
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATA-G-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* ** * *
7535 CTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* ** * * * * *
7577 TGTTTT-A-ACCAAA-GTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATTAAGA-ATTTATAAAAACTATT
1 TATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTAT-AAAACCATT
* * * * **
7638 TAAAGCT-AGTAATAAGGTTTTCCAACGCAT-AGGTGACGATAGATAGACTTTTCTTGAGAATGA
63 TAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGA-GTGACTATAG-TGGACTTTTCTTGCCAATGA
* *** * *
7701 ATGACTTTTTCTTCTA-GTTTTAAAAGGTGGACATTTAAATATTATC
125 ATGTCTTTTTCTTC-ACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
** * * * * *
7747 TATTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTT-AAGTCAAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *** *
7811 AGAGAGTAATAAGGATTTCGAA-G-ACTTAGGTGACTATAAATGGAC-TTTCCAACCAATGGATG
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCA-TGA-GTGACTAT-AGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * ** * * * **
7873 ACTTTTGCCTCAC-ATTTTCAGAGACAGACACTCAATTATAAAA
128 TCTTTTTCTTCACGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * * *
7916 TATTTTAATAGAAAATGTAAAAACTTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * ***
7981 AGCGCGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGACTATACCAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* * * *
8046 TTTTTTTTAAGTTTTTCGAGGTA-AGCATTTAAATATTATC
131 TTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGA-CATTCAAATATTATC
* * *
8086 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTT-AACTTAAAAT-TATTGATAAGATTATAAAACCATTT
1 TATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * * *
8149 AAACCGAGTAATAAAGCTTTCAAACGCTTGAATGACTATAGTGGCCTTTTCTTACCAATGAATG-
64 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * *
8213 CCTTTTCTTTCACATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATC
129 CTTTTTC-TTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * * *
8256 TGTTTAAATGAAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * * * *
8320 AA-TCGAGTAATAAGGTTTTCAAATGCATGAGCAACTAAAGGTGGACTTTTCTTACTAATGAATA
65 AAGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATA-GTGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * *
8384 TCTTTTTCTTCACGTTTTCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
128 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* ** * *
8427 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATC-A--A-GAGTTTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * *
8488 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCAT-AGGTGACTATAGGTGGACTTTTCTTGAGACTAAATGG
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGA-GTGACTATA-GTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * ** * *
8552 ATTTTTCTTCTCGTGGTTCGAGGTACATATTCAAATATTATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * *
8594 TATTTTAACAAAAAA--TAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGA-T-TAAAACTATTT
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAT--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** ** * * * * * * * *
8655 AAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAATACTTAAGTAACTATAAAT-GAATTTTCCTACCAATGGATG
64 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTAT-AGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * * * * **
8719 ACTTTTACCTCAC-ATTTCCTGAGATAGATATTCAATTATAAAA
128 TCTTTTTCTTCACGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAAATATTATC
* ********** *
8762 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
8827 AGCGCGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GACGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGA
66 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAG-TGACTATAG-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* ** * * *
8891 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTATACATTCAAATATTATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * ** * *
8933 TGTTTGACCAAAAACAT-T-AAAAATTT-AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
1 TATTTTAATAAAAA-ATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
8995 AAGCGAGTAGTAAGGCT
65 AAGTGAGTAATAAGGCT
9012 ATCGAAGACT
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 362, Indels: 123
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.00
166 1 0.00
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169 216 0.14
170 806 0.53
171 265 0.17
172 25 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
TTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAAATATTATC
Found at i:8437 original size:850 final size:842
Alignment explanation
Indices: 7066--9008 Score: 2274
Period size: 850 Copynumber: 2.3 Consensus size: 842
7056 AAATATTATC
7066 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAC-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ** * *
7131 AGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAGTGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCT
65 AGCGCGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATA-CAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* * * * **
7196 TTTTCTTTACA-TTTCCCTATGTAAAAATGCAAATATTATTTGTTTTAACT-AGCAATGTAAAAA
129 TTTTCTTTA-AGTTTCCCAATGT-AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAA
* * * *
7259 AATTCAACTTAAAATCA--GGTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTCAAA
191 AATTTAACTTAAAATAATTGAT-A-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTCAAA
** ** * * *
7322 CGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGTCTTTTTCTTCTCATTTTTCAAGG
254 CGCATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGG
* * *
7387 TAGACATTCAAATATTATCTATTTTAATGGAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATG
319 TAGACATTCAAATATTATCTATTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG
* * * ** **
7452 AGATTATGAAACCATTCAAAGTGAGAAATAATGCTTTCAAACACATGGGTGATTTAGGATGGACT
384 AGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAACACATGAGCAATAAAGGATGGACT
*
7517 TTTCTTGTCAATCAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTT
449 TTTCTTCTCAATCAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTT
* * *
7582 TAACC-AAA-GTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATTAAGAATTTATAAAAACTATTTAAAGCT
514 TAACCAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT--AA--AATCAAGAATTTAT-AAAACCATTTAAAG-T
* *
7645 -AGTAATAAGGTTTTCCAACGCATAGGTGACGATAGATAGACTTTTCTTGAGAATGAAT-GACTT
572 GAGTAATAAGGCTTTCCAACGCATAGGTGACGATAGATAGACTTTTCTTGAGAATAAATGGA-TT
* * *
7708 TTTCTTCTAGT-TTTAAAAGGTGGACAT-TT-AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAA-
636 TTTCTTCTAGTGGTT-AAAGGT--ACATATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAT
* *
7769 AATTTAAGTCAAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTCGAAG
698 AATTCAACTCAAAATCAATTATGTGA-T-TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTCGAAG
* * * * *
7834 ACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTCCAACCAATGGATGACTTTTGCCTCACATTTTCAGAGACA
761 ACTTAAGTAACTATAAATGAACTTTCCAACCAATGGATGACTTTTACCTCACATTTCCAGAGACA
7899 GACACTCAATTATAAAA
826 GACACTCAATTATAAAA
* *
7916 TATTTTAATAGAAAATGTAAAAACTTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAACTTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*
7981 AGCGCGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGACTATACCAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
65 AGCGCGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATA-CAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* ** * * *
8046 TTTTTTTTAAGTTTTTCGAGGTAAGCATTTAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
129 TTTTCTTTAAGTTTCCCAATGTAA-CATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
8111 TTTAACTTAAAATTATTGATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTCAAACGC
193 TTTAACTTAAAATAATTGATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCATTCAAACGC
* * **
8176 TTGAATGACTATAG-TGGCCTTTTCTTACCAATGAATGCC-TTTTCTTTCACATTTTTTGAGGTA
257 ATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACATTTTTCAAGGTA
* * *
8239 GACATTCAAATATTATCTGTTTAAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
321 GACATTCAAATATTATCTATTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
* * * * **
8304 ATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGTTTTCAAATGCATGAGCAACTAAAGG-TGGACT
386 ATTATAAAACCATTCAAAGT-GAGAAATAAGGCTTTCAAACACATGAGCAA-TAAAGGATGGACT
* * *
8367 TTTCTTACT-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTT
449 TTTCTT-CTCAATCAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTT
* *
8431 TTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAAGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
513 TTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGAATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
8496 ATAAGGCTTTCGAACGCATAGGTGACTATAGGTGGACTTTTCTTGAGACTAAATGGATTTTTCTT
577 ATAAGGCTTTCCAACGCATAGGTGACGATAGATAGACTTTTCTTGAGAATAAATGGATTTTTCTT
* **
8561 CTCGTGGTTCGAGGTACATATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAATAATTCAACT
642 CTAGTGGTTAAAGGTACATATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAATAATTCAACT
* * * * *
8626 TAAAATCAATTATGTGATTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAATACTTAAGTAAC
707 CAAAATCAATTATGTGATTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGTAAC
* * * * * *
8691 TATAAATGAATTTTCCTACCAATGGATGACTTTTACCTCACATTTCCTGAGATAGATATTCAATT
772 TATAAATGAACTTTCCAACCAATGGATGACTTTTACCTCACATTTCCAGAGACAGACACTCAATT
8756 ATAAAA
837 ATAAAA
* **********
8762 TATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATGT-AAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
8827 AGCGCGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GACGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGA
65 AGCGCGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAG-TGACTATACA--GACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * * **
8891 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTATACATTCAAATATTATCTGTTTGACCAAAAACAT-T--AA
127 CTTTTTCTTTAAGTTTCCCAATGTA-ACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAA-ATGTAAAA
* * * *
8953 AAATTTAACATAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAG
190 AAATTTAACTTAAAAT-AATTGATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
9009 GCTATCGAAG
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 136, Indels: 60
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
844 3 0.00
845 51 0.05
846 184 0.20
847 182 0.20
848 42 0.05
849 13 0.01
850 406 0.44
851 29 0.03
852 18 0.02
853 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (842 bp):
TATTTTAATAAAAAATGTAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
GCGCGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
TTCTTTAAGTTTCCCAATGTAACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTT
AACTTAAAATAATTGATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTCAAACGCATGA
ATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAGACAT
TCAAATATTATCTATTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT
AAAACCATTCAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAACACATGAGCAATAAAGGATGGACTTTTCTTC
TCAATCAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGAATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TCCAACGCATAGGTGACGATAGATAGACTTTTCTTGAGAATAAATGGATTTTTCTTCTAGTGGTT
AAAGGTACATATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAATAATTCAACTCAAAATCAA
TTATGTGATTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGTAACTATAAATGA
ACTTTCCAACCAATGGATGACTTTTACCTCACATTTCCAGAGACAGACACTCAATTATAAAA
Found at i:10139 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9611--10272 Score: 476
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
9601 ACGCATGGGT
* * * ** *
9611 GACTATAGATGTACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTT-TGCATTTTCCTGATGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCT-CA-TTTCCCAACGTAGACAT
* * *
9675 TCAAATATTATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAATATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 TCAAATATTATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
9740 AAAGCTATCTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTAACC
128 AAAACCATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
** * * * *
9783 GACTCCAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTA-AGCATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCTCATTTCCCAACGTAGA-CATT
* ** ********* * **
9847 CAATTA-TAGTCTGTTTTGATGAAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTGG
65 CAAATATTA-TCTGTTTTGACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
9911 AAAACCATTTAAA-GCATGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGNN
128 AAAACCATTTAAATG-A-GTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAG-C
******** * * *
9954 NNNNNNNNATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCTCATTTCCCAACATAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCTCATTTCCCAACGTAGACATTC
*
10019 AAATATTATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
66 AAATATTATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
10084 AATCATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
130 AACCATTTA-AATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
* * * * * * * *
10125 GACTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGGATAACTTTTAC-T-TCATGTTTCCAGAAGCAAACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCTCAT-TTCCCA-ACGTAGACAT
* * ** * * * * *
10188 TCAACTATAAGATATTTT-AACAGAAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTA
64 TCAAATATTATCTGTTTTGACCA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
10252 TAAAACTATTTAAAGTGAGTA
127 TAAAACCATTTAAA-TGAGTA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 105, Indels: 37
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 15 0.04
171 299 0.81
172 47 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCTCATTTCCCAACGTAGACATTC
AAATATTATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
Found at i:10237 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 9618--10266 Score: 648
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
9608 GGTGACTATA
* * ** **
9618 GATGTACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTTGCATTTTCCTGATGTAGACATTCAAATAT
1 GATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTGCATTTTCCCAACATAGACATTCAAATAT
9683 TATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAATATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTAT
66 TATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAATATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTAT
* * *
9748 CTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTAACCGACTCCAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
131 CTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTAACCGACTACAAATAGACTCTTCTTACCAATGAA
* * * * * * * * * * ******
9813 TGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAANNNNNN
196 TAACTTTTACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATTCAACTATAGTATATTTTAAAGAAAAATATGA
**** * *
9878 NNNNATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTGGAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCA
261 AAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCA
9943 AAGGCATG
326 AAGGCATG
* *
9951 GNNNNNNNNNNATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCT-CA-TTTCCCAACATAGA
1 G----------ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTT-TGCATTTTCCCAACATAGA
* * * *
10014 CATTCAAATATTATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAGAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
55 CATTCAAATATTATCTATTTTGACCAAAAATGTAAA-AATATTAAAATTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
10078 TTATAAA-ATCATTTATAA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTC
119 TTATAAAGCT-ATCTA-AAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTAACCGACTACAAATAGACTC
* **
10141 TTCTTACCAATGGATAACTTTTACTTCATGTTT-CCAGAAGCAAACATTCAACTATAAG-ATATT
182 TTCTTACCAATGAATAACTTTTACTTCACATTTCCCA-AAGCAAACATTCAACTAT-AGTATATT
* * *
10204 TTAACAG-AAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
245 TTAA-AGAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG
10267 TGAGTA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 49, Indels: 25
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
341 4 0.02
342 205 0.82
343 39 0.16
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
GATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTGCATTTTCCCAACATAGACATTCAAATAT
TATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAATATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTAT
CTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGACTTAACCGACTACAAATAGACTCTTCTTACCAATGAA
TAACTTTTACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATTCAACTATAGTATATTTTAAAGAAAAATATGA
AAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCATG
Done.