Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399943.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3172.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4266
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Warning! 683 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:418 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2--1937 Score: 2010
Period size: 172 Copynumber: 11.3 Consensus size: 173
1 T
* ** * * *
2 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTCTCTTGAGATT
1 ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTA
* * *
67 GA-ATTCAATTATAATAC-GTTTTAACAAAAAATGTATAAA-AATTT-AAATTTAAATCAATTTT
65 GACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTT
* * * *
128 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTTATAAGACTTTTAAAGGA
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * *
173 ATGGGTGAATATAAATGGACTTCTCTTGCCAGTGAATGTCATTTTCTTCA-AGTTTATTGAGCTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTA
* * * * * *
237 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTA-AAACAATTTGAACTTAAAATTAATTATG
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTG
*
301 AGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
130 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
345 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTTG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * *
410 ATATTCAATTATAATCTGTTATAACAAAAAATGTATAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * * *
474 TATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAAGA
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * *
517 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * ** * * * *
582 ACATTTAATTATAGTCTATTTTTTCCAAAAATGTA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
644 GCAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATGACGCTTTTGAAGGT
131 G-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
688 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTCCTTGAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * *
753 ATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA-TTGAAATTTAAATCAATTTTGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * * * * *
817 GATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATGAGACTTTTGAAGGT
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** ** ** *
860 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * * * *
925 ACATTCAATTCTAGTTTGTTGTAACTAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAGTTTTAA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* ** *
989 GATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGA
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * *
1032 ATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGCTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * * * * * *
1097 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATA-AAACAGTTTGAACTTAAAATCAATTATGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* *
1161 GATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
1204 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAAGTTG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * *
1269 ATATTCAATTATACTCTATTTTAATTAAAAATGTACAAACAA-TTCAAATTTAAAA-CAATTTTG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAA-TTAAAATCAATTTTG
* ** *
1332 -TATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
130 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * *
1375 ATGGGTGACTATAAATGGGCATTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTTGATGTAA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* ** * * * * *
1440 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTGTCCAAAAATGTA-AAAAAATTT-AACTTAAAATTAATTATG-
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * ** * * * *
1502 GCAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATGAGTCTTTTAAAGGC
131 G-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * ** ** *
1546 ATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * *
1610 ACAATCAGTTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
** * *
1674 GATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAA
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * * **
1717 ATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTCCTTTACGTTTCTCAAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * ** * * *
1782 ACATCCAATTATAGTCTGTTTTTTCTAAAAATGTA-AAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * * * * *
1845 CAATATAAAACCTTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTTAAGGC
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
1888 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
1938 TGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1452, Mismatches: 290, Indels: 46
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 102 0.07
171 568 0.39
172 756 0.52
173 20 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
Found at i:973 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 2--1937 Score: 2079
Period size: 515 Copynumber: 3.8 Consensus size: 512
1 T
* * ** * * *
2 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTCTCTTGAGATT
1 ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTA
* * * * * *
67 GA-ATTCAATTATAATAC-GTTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTTAAATTTAAATCAATTTTGA
65 GACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
130 GATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTTATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTT
129 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * *
195 CTCTTGCCAGTGAATGTCATTTTCTTCA-AGTTTATTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTT
194 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACA-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
259 TAACTAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTG
258 TAACTAAAAATGTAAAACAA-TTGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
324 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTT
322 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * *
389 TTTTCACATTTCTTGAGGTTGATATTCAATTATAATCTGTTATAACAAAAAATGTATAAAGAATT
387 TCTTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAACAAAAAATGTA-AAAGAATT
* * * *
454 CAAATTTAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAAGA
451 CAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGA
* * * *
517 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * ** *
582 ACATTTAATTATAGTCTATTTTTTCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GC
66 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG-
* * * * * * * *
646 AATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATGACGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
130 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * *
711 TCTTGCTAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTCCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCCGTTTTA
195 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
776 ACTAAAAATGTACAAAGAATTGAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAC
260 ACTAAAAATGTA-AAACAATTGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * **
841 TAATGAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTC
324 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
** ** * * * *
906 TTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTCTAGTTTGTTGTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCA
389 TTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAACAAAAAATGTA-AAAGAATTCA
* * * * * *
971 AATTTAAATCAGTTTTAAGATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGA
453 AATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAAGA
* * * * * *
1032 ATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGCTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * ** * *
1097 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAGTTTGAACTTAAAATCAATTATGAG
66 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * *
1162 ATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
130 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * *
1227 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAAGTTGATATTCAATTATACTCTATTTTA
195 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * **
1292 ATTAAAAATGTACAAACAATTCAAATTTAAAA-CAATTTTG-TATTATAAAACTGTTTAAAGTGA
260 ACTAAAAATGTA-AAACAATTGAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * *
1355 GTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCATTTCTTGCTAATGAATACCTTTTT
323 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * ** * * *
1420 CTTTACATTTCTTGATGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAAATTTA
388 CTTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAACAAAAAATGTAAAAGAATTCA
* * * * * * ** * * *
1485 ACTTAAAATTAATTATGGCAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATGAGTCTTTTAAAGGC
453 AATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GA
* * ** ** *
1546 ATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * * * * * * * *
1610 ACAATCAGTTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
66 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* *
1675 ATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGAACTT
130 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * *
1739 TTCTTGCTAATGAATACCTTTTCCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAGTCTGTTTT
194 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * * * * *
1804 TTCTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACAATATAAAACCTTTTAAAGTAAG
259 AACTAAAAATGTAAAACAATTGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* *
1869 TAATAAGGCTTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
324 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
1934 TTCA
389 TTCA
1938 TGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1174, Mismatches: 233, Indels: 30
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 16 0.01
513 272 0.23
514 120 0.10
515 581 0.49
516 173 0.15
517 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CTAAAAATGTAAAACAATTGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
CACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAAAT
TTAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGA
Found at i:2832 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2528--3302 Score: 520
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
2518 NNNNNNNNNN
* * * * *
2528 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGTGCGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
2593 CTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTCTTTACGTTTCTCGATGTAGACATTAAATTGTAGTCTATT
66 CTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTCTAATCTATT
* *
2658 TTAACGAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTTAAAC-CAATTA
131 TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTT-AACTCAATTA
* * * *
2698 TG-GCATTATAAAACTATGTAAAGCT-AGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
1 TGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
* ** * * * *
2761 GACTTTTCATGCCAATTAATGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTCTAATTTG
64 GACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTCTAATCTA
* * * *
2826 TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAATTTAACTCAATTT
129 TTTTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTTAACTCAATTA
* * * *
2869 TGAGATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * * * * * ** *
2934 CTTTTTGTGCCAAT-AGTTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGCTAGACGTTCAATTATAAAATC
66 CTTTTCATGCCAATGA-ATGCC-TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTCTAATCTA
* * * ** * * * * *
2998 TCTTAATCAAAAATGTGA-AGGAATTTGAACTTAAAATCAATTA
129 TTTTAACCAAAAATAT-ACAAAAAATTCAAATTTAACTCAATTA
* * * **********
3041 TGAGATGATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * * * * * * * *
3106 TTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTTATTGAGGTTGACATTCAATTATAATATGT
66 CTTTTCATGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTCTAATCTAT
********** * *
3171 TTTAACCAAAAATNNNNNNNNNNTTCAAATTTAAATCAATTT
130 TTTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTTAACTCAATTA
* * * * ** * *
3213 TGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGGGTGA-TCATAAATAG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAATGG
* *
3277 ACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT
65 ACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTT
3303 TTCTCACATT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 124, Indels: 23
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 123 0.26
171 90 0.19
172 253 0.54
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTCTAATCTATT
TTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATTTAACTCAATTA
Found at i:2937 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2528--3085 Score: 548
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
2518 NNNNNNNNNN
* * * *
2528 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGTGCGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
2593 CTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTCTTTACGTTTCTCGATGTAGACATTAAATTGTAGTCTATT
66 CTTTTCATGCCAATTAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTATAATATATT
* * * *
2658 TTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAAC-CAATTA
131 TTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTT-AACTCAATTA
* * * * *
2698 TG-GCATTATAAAACTATGTAAAGCT-AGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
1 TGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
2761 GACTTTTCATGCCAATTAATGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTCTAATTTG
64 GACTTTTCATGCCAATTAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTATAATATA
* *
2826 TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAATTTAACTCAATTT
129 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTTAACTTTAACTCAATTA
* * * * *
2869 TGAGATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * * * * * *
2934 CTTTTTGTGCCAA-TAGTTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGCTAGACGTTCAATTATAAAATC
66 CTTTTCATGCCAATTA-ATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTATAATATA
* * * * * *
2998 TCTTAATCAAAAATGTGAAGGAATTTGAACTTAAAATCAATTA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTT-AACTTTAACTCAATTA
* *
3041 TGAGATGATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
3086 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 63, Indels: 16
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 124 0.39
171 92 0.29
172 99 0.31
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCATGCCAATTAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTAAATTATAATATATT
TTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTTAACTCAATTA
Done.