Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399951.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_318.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10635
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 1509 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18--3212 Score: 1966
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 168
8 AAAAATATAT
* ** * * **
18 TATAATTGAATTTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCT--TGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
82 TTAT--T-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATATTT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
144 GATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTCTTTGTTCAAACAGAC
129 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGAC
** * *
186 TATAATTGAATG-CTTACCTTGGTAAACATGTGGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTC-TACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
249 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
314 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGAT
128 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * *
357 TATAATTGAATGTCTACATTCGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAATAG-TA-AAAAGTTCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * * *
420 TAGAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTT
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
485 ATTTGAAGGTGAA-----CACATTTGTAGTTAAAACAGAC
130 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGAC
* *
520 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCAATT-GCAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
584 TTATGGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCATATTACTCGCATTAAATTGTTTTATAATCCCATCATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
649 AACTTTAACTTAAAGTTTTTACTTTTTTGTTTAAAA-AAAGC
129 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGA-C
* * * * * *
690 TATAATTGAATGTCTACCTTGGGTAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** ** * * * * * * *
755 TATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAAGTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
820 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGAC
130 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGAC
* ** ** ** **
861 TATAATTGAATGTCTAACGTAAGAAATGTGAAGAAAATTTA-ATTCATAT-ATAAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCT-ACCTTGGAAACATGAAGAAAA-AGACATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
924 TTTCTAGCCACCCATTCATTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTAAAAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
989 TGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAAAAGGC
128 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACA--TTTTTGTTAAAACAGAC
** * * * * *
1033 TATAATTGAATGTCGGCATTGAGGAACATGAAGTAAAAGTCA-TCTATTGGCACGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** ** * * * ** * * *
1097 TCATAGTCACTGAAGCC-TCTAGAAGCCTTATTATTTGCTTTAAACAGTTTTGTAAACTAATAAT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
1161 AGATTTTTAGTTAAATTTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACATAC
128 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGAC
** * ** *
1205 TATAATTGAATGTCTACC-TCAACAATCATGAAGAAAAATATTTTCATTGGCGAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AA-CATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
1269 GTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1334 -ACTATAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAT
129 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGAC
* * * * * * * **
1375 TATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATTAAAAAAAATG-TATTCATTGGCAACAAAAGTTTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1439 TTATAGTCGCCCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
1504 AATTTTAAGTTAAATTGTTTATCATTTTTCAG-TAAAACAGAC
129 GATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTT--GTTAAAACAGAC
* * * * * * * *
1546 TATAATTGAATGCCAACCTCGATAAAC-TTATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCTA
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGA-AGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCA
* *** * * **
1609 TTTGTAGTCTGTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
1674 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
128 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGAC
* * ** * * *
1717 TATAATTGAGTGTTTATCCTAAGAAACATGCAGAAAAAGAAATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTA-CCTTGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
1782 TAGAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATT
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * *
1846 GATTTTAAGTCAAATTTTTTTTA-ATTTTTAGTGT-AAATAGAT
129 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTT-GT-TAAAACAGAC
* * * * * * * * * *
1888 TGTACTTAAATGTTTGCCTTAAGAGACGTGAATAAAAAGACATTCATTGGCATA-AAAGGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
1952 TTATAGTCACCTAATCTTTCAAAACCCTTATTAGTCGCTTTCAATGATTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
2017 GA---T---TT---TTTTTTACATTTTCT-TTAAAGCAGGC
129 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGAC
* * * * * * **
2048 TATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGACAGTCA-TGGGAAAAAAAGTTTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
2112 TATAGCCAACCATTCCTTCAAAAGCTTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
***** * * *
2177 NNNNNNNNNNAA-TT--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATAT
130 -----ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGAC
* * * * * * ***
2219 TATAATTTAATATCTACCTCGAAAAACCTGAA-AAAAATACATTCATTATTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * ********** *
2283 TATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAAAATTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * *
2348 ATTTTAAGTCAAATTATTTTAAATTTTTGGTGT-AAACAGAT
130 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-GT-TAAAACAGAC
* * * * ** * * * *
2389 TATACTTAAATGTCTATCTCGAGAAATGTGATGAAAAATACATTCTTTGGCATGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *******************
2454 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
2519 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTAAAATAGGC
130 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * *
2558 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
2623 TATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAAAATTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
2688 CTTTAAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGAT
130 ATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGAC
* * * ** ** * ***
2729 TACAATTTAATGTCTCCCTCAAGAAATTTGAAGAAAATGGA-ATTCATTATTAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAA-AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ***************** *
2793 TTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
2858 GATTTTAAGTTGAATTATTTT-CAATTTTGGTTGTAAACAGAT
129 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC-ATTTTTGTT-AAAACAGAC
** * * * * * *
2900 TATACGTGAATATCTA-TTTCGAGAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCATG-AAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTT-G-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
2963 TTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** *
3028 GATTTTAA-TTGAAATTTTTTTATAGATTT-TTAAAACAGGC
129 GATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAC
* ** *
3068 TATAATTGAATGT-TCACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGG-TAGAAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCT-ACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCA
* * * * ** * * *
3131 TTAATAGTCACCAATTGCTTGAAAAAACTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
3196 TGCTTTTAAGTTGAATT
128 TGATTTTAAGTTGAATT
3213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2304, Mismatches: 608, Indels: 230
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 66 0.03
160 46 0.02
161 5 0.00
162 5 0.00
163 55 0.02
164 3 0.00
165 71 0.03
166 3 0.00
167 5 0.00
168 100 0.04
169 277 0.12
170 432 0.19
171 978 0.42
172 243 0.11
173 9 0.00
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAC
Found at i:1867 original size:685 final size:669
Alignment explanation
Indices: 59--2487 Score: 1884
Period size: 685 Copynumber: 3.6 Consensus size: 669
49 AGAAAAAGGC
* * * * *
59 ATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTAT--T-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * *
121 AATGGTTGTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTCTTTGTTCAAACAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGA
* * * * *
185 CTATAATTGAATGCTTACCTTGGTAAACATGTGGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCAT
130 CTATAATTGAATGCTAACC-TGATAAACTTATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCAT
*
250 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
193 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
* * **
315 GATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CATTCG
258 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC--TAA
* * * *
379 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAATAG-TA-AAAAGTTCATTTAGAGTCACCAATTCCTTCAAA
320 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCCTT-AAA
* * * * * * *
442 AGCCTTACTACTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTTATTTGAAGGTGAACA-------
384 AGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA-GTCAA-ATTTTTTT
* * * * *
500 -CATTTGTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATT
447 TAATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AACATGAAAAAAAAGACATT
* * * *
564 CAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCATATTACTCGCATTAAA
511 C-ATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
* * ** * *
628 TTGTTTTATAATCCCATCATTAACTTTAACTTAAAGTTTTTACTTTTTTGTTTAAAA-AAAGCTA
574 TGGTTTTATAATCTCA--ATT-AC-TTAA-TTAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGA-CTA
* * * * *
692 TAATTGAATGTCTACCTTGGGTAACA-TAAAGCAAAAGT
632 TAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATTAAA-AAAAAGT
* ** ** * * *
730 CATCCATTGGC-ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCT
1 -ATTCATTGGCAAC-AAAAGTTTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CT
* * * * * *
793 TTAAATAGTTTTATAAACTAATAAGTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTGCATTTTTTGTTAAAAT
63 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAC
* * * **** *
857 AGACTATAATTGAATGTCTAACGTAAGAAA-TGTGA-AGAAAATTTAATTCATATATAAGAAAAG
127 AGACTATAATTGAATG-CTAACCTGATAAACT-T-ATAGAAAAAGCCATTCAT-TAGAAGAAAAG
* * * * * * * * * *
920 TCCATTTCTAGCCACCCATTCATTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTAA
188 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
* * **
985 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTTA-TTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCGG
253 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--
* * * * * * * * * *
1049 CAT-TGAGGAACATGAAGTAAAAGTCA-TCTATTGGCACGAAAAGTCCATTCATAGTCACTGAA-
313 TATCTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC-AATGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCAC-CAAT
* * ** * * * * * *
1111 GCCTCTAGAAGCCTTATTA-TTTGCTTTAAACAGTTTTGTAAACTAATAATAGATTTTTAGTTAA
376 TCCT-TAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAA
* * * *
1175 ATTTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAATCATGAAGAA
439 A-TTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA-CATGAAAAA
* ** *
1240 AAATATTTTCATTGGCGAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
502 AAAGACATTCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1305 ACGTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAATTACTATAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAA
566 GCATTAAATGGTTTTATAATCTC--AATTACT-TAA-TT-AATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* *
1370 CAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATTAAAAAAAATGT
625 CAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATTAAAAAAAA-GT
* *
1416 ATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCGCCCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * *
1481 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTAT-CATTTTTCAG-TAAAACAG
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTT--GTTAAAACAG
* * *
1544 ACTATAATTGAATGCCAACCTCGATAAACTTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTA
129 ACTATAATTGAATGCTAACCT-GATAAACTTATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCA
* * * * *
1609 TTTGTAGTCTGTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAAT
192 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
1674 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTATCCTAA
257 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTAA
* * * * *
1739 GAAACATGCAGAAAAAGAAATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTTCTTAAAA
320 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCCTT-AAA
* * *
1804 AGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTA
384 AGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTA
* * * * * * * *
1869 ATTTTTAGTGTAAATAGAT--TGTACTTAAATGTTTGCCTTAAGAGACGTGAATAAAAAGACATT
449 ATTTTTAGT-TAAA-ACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA-ACATGAAAAAAAAGACATT
* * * * * * *
1932 CATTGGCATAAAAGGTCCATTTATAGTCACCTAATCTTTCAAAACCCTTATTAGTCGCTTTCAAT
511 CATTGGCAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAT
* * * * *
1997 GATTTTATAATCTC-A-TAATTGATT--TTTTTTTACATTTTCT-TTAAAGCAGGCTATAATTGA
575 GGTTTTATAATCTCAATTACTTAATTAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGA
* *
2057 ATGTTTACTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGAC
639 ATGTTTACTTTGAGAAACATTAAAAAAAAG-T
* * * * * * * * *
2089 AGTCA-TGGGAAAAAAAGTTTATTTATAGCCAACCATTCCTTCAAAAGCTTTATCACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
********** * *
2153 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG-NNNNNNNNNNAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * ** *
2217 ATTATAATTTAATATCT-ACCTCGAAAAACCTGA-A-AAAAATACATTCATTATTAAGAAAAGTC
129 ACTATAATTGAAT-GCTAACCT-GATAAA-CTTATAGAAAAAGCCATTCATTA-GAAGAAAAGTC
* * * * * * ********** *
2279 CATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAAA
190 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
** * * * *
2344 ATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTAAATTTTTGGTGT-AAACAGATTATACTTAAATGTCTATCT
255 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCT
* ** * * ** * * *
2408 CGAGAAATGTGATGAAAAATACATTCTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
318 -AAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCCTT-
2473 AAAAGCCTTATTACT
381 AAAAGCCTTATTACT
2488 TGCTTTAANN
Statistics
Matches: 1377, Mismatches: 306, Indels: 148
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
671 6 0.00
672 281 0.20
673 86 0.06
674 22 0.02
675 193 0.14
676 52 0.04
677 11 0.01
678 60 0.04
679 6 0.00
680 1 0.00
682 7 0.01
683 117 0.08
684 137 0.10
685 377 0.27
686 20 0.01
687 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (669 bp):
ATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGCTAACCTGATAAACTTATAGAAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTAAGAAACA
TGAAGAAAAAGACATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCCTTAAAAGCCTTA
TTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTAATTTTTA
GTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAAT
CTCAATTACTTAATTAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTG
AGAAACATTAAAAAAAAGT
Found at i:2806 original size:511 final size:498
Alignment explanation
Indices: 1437--3212 Score: 1336
Period size: 510 Copynumber: 3.5 Consensus size: 498
1427 ACAAAAGTTT
* * * * *
1437 ATTTATAGTCGCCCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
1501 ATTAATTTTAAGTT-AAA-TTGTTTATCATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGCCAACC
65 ATTGATTTTAA-TTGAAATTTTTTTAT-ATTTTT--TTAAAACAGGCTATAATTGAATG-TTACC
* * * * * * **
1564 TCGATAAAC-TTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCTGTCATTCCT
125 TCGAGAAACGTGA-AGAAAAAGACATTCATTGA-TAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCT
* ** * * *
1628 TCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TT
187 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTT-AATTTT
* * * * * * * *
1691 TGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTATCCT--AAGAAACATGCAGAAAA
251 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTTAATATCTA-CCTCGAA-AAACCTG-AAAAAA
* * * *** * * ** * *
1754 AGAAATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAG
313 ATACATTCATTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTC--
* ** * * *
1819 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTAATTTTTAG-TGTAAA
376 -------GCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAA-TTATTTTAAATTTTGGTTGTAAA
* * * * * ** ** * * *
1883 TAGATTGTACTTAAATGTTTGCCTTAAGAGACGTGAAT-AAAAAGACATTCATTGGCATAAAAGG
433 CAGATTATACGTAAATATCTATCTCGAGAAACATG-ATGAAAAAGACATTCATTGGCATGAAA-G
1947 TCC
496 TCC
* * * * * * * ** *
1950 ATTTATAGTCACCTAATCTTTCAAAACCCTTATTAGTCGCTTTCAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
2015 TTG------ATT----TTTTTTTACATTTTCTTTAAAGCAGGCTATAATTGAATGTTTACTTTGA
66 TTGATTTTAATTGAAATTTTTTTATATTTT-TTTAAAACAGGCTATAATTGAATG-TTACCTCGA
* * * * * * *
2070 GAAACATTAAGAAAAAGACAGTCATGGGA-AAAAAAGTTTATTTATAGCCAACCATTCCTTCAAA
129 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCAT-TGATAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAA
* * * **********
2134 AGCTTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAATTTTTTTTTA
192 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTAATTTTTTTTTA
* *
2199 CATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTTAATATCTACCTCGAAAAACCTGAAAAAAATACATTCA
257 CATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTTAATATCTACCTCGAAAAACCTGAAAAAAATACATTCA
2264 TTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNN
322 TTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTT-------
*
2329 NNNTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTAAATTTTTGG-TGTAAACAGATTATA
380 --TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTAAA-TTTTGGTTGTAAACAGATTATA
* * ** * *
2393 CTTAAATGTCTATCTCGAGAAATGTGATGAAAAATACATTCTTTGGCATGAAAAGTCC
442 CGTAAATATCTATCTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGGCATG-AAAGTCC
* * * *******************
2451 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
1 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
2516 TTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCGA
66 TTGATTTTAA-TTGAAATTTTTTTATATTTTTTTAAAACAGGCTATAATTGAATGT-TACCTCGA
*
2580 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAA
129 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-TAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAA
* *
2645 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTAATTTTTTTTTA
192 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTAATTTTTTTTTA
* * * ** *
2710 CATTTTTGGTT-AAACAGATTACAATTTAATGTCTCCCTC-AAGAAATTTGAAGAAAATGGA-AT
257 CATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTTAATATCTACCTCGAA-AAACCTGAAAAAAAT--ACAT
*
2772 TCATTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTNNN
319 TCATTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTT---
******** ** *
2837 NNNNNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCAATTTTGGTTGTAAACAGATTA
381 ------TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTAAATTTTGGTTGTAAACAGATTA
* * * *
2902 TACGTGAATATCTATTTCGAGAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCATGAAAGTCT
440 TACGTAAATATCTATCTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGGCATGAAAGTCC
2961 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
**
3026 TTGATTTTAATTGAAATTTTTTTATAGATTTTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTCACCTCGAG
66 TTGATTTTAATTGAAATTTTTTTATATTTTTTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTT-ACCTCGAG
* * * * * *
3091 AAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAGAAAAAGTCCATTAATAGTCACCAATTGCTTGAAAA
130 AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAA
** * *
3156 AACTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGCTTTTAAGTTGAATT
193 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTT-AATT
3213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 206, Indels: 108
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
492 3 0.00
500 12 0.01
501 255 0.25
502 90 0.09
503 12 0.01
504 7 0.01
506 2 0.00
507 2 0.00
508 2 0.00
509 13 0.01
510 297 0.30
511 251 0.25
512 1 0.00
513 57 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (498 bp):
ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAATTGAAATTTTTTTATATTTTTTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTACCTCGAGA
AACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTAATTTTTTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAGATTACAATTTAATATCTACCTCGAAAAACCTGAAAAAAATACATTCATTAT
TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTTATAATCTCA
AAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTAAATTTTGGTTGTAAACAGATTATACGTAAATATCTATC
TCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGGCATGAAAGTCC
Found at i:3910 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3470--3964 Score: 451
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
3460 TTGTCATTCT
* *
3470 TTAAAAATCCTTATTTCT-AGCTTTAAA-ACGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TTAAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATA-GTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * * * * * *
3532 TTTATTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAA
62 TTT-TTTTTATATTTTGTTTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACGAGGAGAAAA
* * * *
3597 CGACATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTAGAGTCACCTAGTCC
126 AGACATTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAGTCC
** * * * * **
3641 TTAAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATATTCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTT
1 TTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
* * * * * * * * *
3706 TTTAAAATTTTGGTGTAAACTGATTATACTTGAATATTTGCCTTAAGAAATGAGGATAAAAAGAC
66 TTTTATATTTT-GTTTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACGAGGAGAAAAAGAC
** * *
3771 ATTAATT-GCGTAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
130 ATTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAGTCC
* * *
3810 TTCAAAAGCCTTATTAGTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
1 TTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
** ** * * *
3875 TTTTATATTTTGTTTCAAACAGGCTATAATTGAATATCTGA-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
66 TTTTATATTTTGTTT-AAACAGATTATAATTGAATATCT-ACCTTAAGAAACGAGGAGAAAAAGA
* * *
3939 CATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 CATTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
3965 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 67, Indels: 15
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 137 0.55
170 63 0.25
171 46 0.18
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
TTTTATATTTTGTTTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACGAGGAGAAAAAGACA
TTAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAGTCC
Found at i:5262 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4068--5269 Score: 614
Period size: 170 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
4058 NNNNNNNAAT
* * *
4068 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTAT
** * * * *
4132 AAACAGACTTTTCTTACCCATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTAT
65 AAATGGAC-TTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTAT
** * * * * *
4197 AGCCTGTTTGAAAGAAAATGTAAAAAAAAAAGT-AACTTAAAAT
129 AATCTGTTT-AAACAAAA-ATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
********** * * * *
4240 CAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * ** ** * *
4305 AATGAACTTT-TTACGCAATGAATGTCTTTTTATCCACATTTCTTAAGGA-AAACATTCAAGTAT
66 AATGGACTTTCATAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTAT
* * * * *
4368 AATCTGTTTACACCAAAAATTTTAAAAAAATT-GACTTAAAAT
129 AATCTGTTTA-AACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
* ********** * * * * * *
4410 CAATTATGAGAATNNNNNNNNNNTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGACTAGGTAACTCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
** * * * * * *
4475 AATGGACTTTTC-TTGCAATTTAATGCTTTTTTCTACATGTTTCT-TAAAGTAGACACTCAATTA
66 AATGGAC-TTTCATACCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGA-TAGACATTCAATTA
* * * *********** *
4538 TAATCTATTTTAACTANNNNNNNNNNTAAATTCAACTTAAAAT
128 TAATCTGTTTAAACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
* * * ** * *
4581 CAATTATAAAAATATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGACG-GACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTAT
* * * * *
4645 AAATGGACTCTTC-TTCCTAATGAATAG-CTTTTTCTACACGTTTATCGAGGAT-GACTTTC-AT
65 AAATGGACT-TTCATACC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GATAGACATTCAAT
* *** * * *
4706 TATAGTCTGGTTTACTGAAAAATGAT--AAACAATTTAACTTAAAAT
126 TATAATCT-GTTTAAACAAAAAT-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
********** * *
4751 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-AGCGAATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTAT
* * ** * *
4815 AAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTAGA-ATTAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTCA-TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGA-TAGACATTCAATTA
* *
4879 TAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
128 TAATCTG-TTTAAACAAAAA--TATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
* ** * *
4925 CAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAACT-GGTGACTAC
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTA-
* * * *
4989 T-AATGGATTTTTCCTATCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT-GATCATTCAAT
64 TAAATGGA-CTTTCATACCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGA-CATTCAAT
** * **
5051 TATAGCCTATTTTAAA-AAAAATATAAAAAAAATTC-ACTTAAATT
126 TATAATCT-GTTTAAACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
* * * *
5095 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
5160 AATGGACTCTCATCCCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTCGAGATAGACATTCAAGTATAA
66 AATGGACTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAA
* * * *
5225 TCTGTTTACAACCAAAAT-TGAAAATAATTCAACTTAAAAT
131 TCTGTTTA-AACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
5265 CAATT
1 CAATT
5270 TTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 224, Indels: 94
0.71 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 69 0.09
170 278 0.37
171 222 0.29
172 59 0.08
173 9 0.01
174 111 0.15
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATGGACTTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTAAACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAG
Found at i:6166 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5982--6377 Score: 415
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
5972 NNNNNNTGAG
* * * * *
5982 TAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-GGTTGGCTATAAATAGA-CTTTTTTTCCCATGAATGTCTTTTT
1 TAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGG-TGACTATAAATAGACCTTTTATGCCAATGAATGTCTTTTT
* * * * * *
6045 CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGCTTTA-A-AGAAAATGTAAAAAAAATC
65 CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAACTATAACCT-ATTTATACA-AAAATGTAAAAAAAATC
* *
6108 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGTGAC
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAC
* *
6151 TAATAAAGGTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACCTTTTATGCCAATGAATGTCTTTTTC
1 TAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTTATGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * * * * **
6216 TTCTTGTTTCTTAAGGCAAACATTCAACTATAATCTATTTATACCAAAAATTTAAAAAAATTTGA
66 TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAACTATAACCTATTTATA-CAAAAATGTAAAAAAAATCAA
* ** *
6281 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAA
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAC
* * * * * * *
6322 TGATAAGGCTTTTTAAGAAATGGGTGACTCTAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAAT
1 TAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTT-ATGCCAATGAAT
6378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 33, Indels: 10
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.19
170 59 0.31
171 93 0.49
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTTATGCCAATGAATGTCTTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAACTATAACCTATTTATACAAAAATGTAAAAAAAATCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAC
Found at i:8419 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8090--9022 Score: 806
Period size: 169 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
8080 CTGTTGTAAA
* ** **
8090 AAAAATATAAAAAAATTCTGCGCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTA-AGTAA
1 AAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAA
* * * * ** * *
8154 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTGTAAATGAAC-TTTCATGCCAATGAA-TGCATTTTTCA
65 TAAGGCTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATTTCA-TTTTCT
* * * *
8216 TCATTTTTCTTGAGATAAACATTCAAGTATAATCTGTTTACACT
128 TCATGTTTCTTGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTTTACACT
* * * *
8260 AAATATTTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAACTATTTAAAGAGAGTAAT
1 AAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
* * *
8324 AAGGCTTTTAAAGGGATAGTTGACTATAAATGGATTTTTCTTAACAATGAATTTCATTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATTTCATTTTCTTCA
* *
8389 TGGTTCTTGAGACAGACATTAAATTATAATCTGTTTTA-A-T
131 TGTTTCTTGAGATAGACATTAAATTATAATCTG-TTTACACT
* * *
8429 CAAAAATGT--AAAAATTCAACCTT-AAAGCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGT
1 -AAAAATTTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGT
* * * * *
8490 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAGCCAATGAATGTCTTTTTC
63 AATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-ACAATGAATTTCATTTTC
* * * * * * **
8554 TTCACGTTTC-TCAAAGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTTA--
127 TTCATGTTTCTTGAGA-TAGACATTAAATTATAATCTGTTTACACT
* * * * * * * *
8597 AAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAAATCATAAGACCATTTAAAGCA-ATTAA
1 AAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAA
* * * * * *
8661 TAAGGCTTTTAAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATTCCTTTTTCATC
65 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATTTCATTTTCTTC
** * * * *
8726 ACCTTTCTTGTGATAGACATTCAAGTATAATTTGTTTACAC-
130 ATGTTTCTTGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTTTACACT
* * * * * *
8767 CAAATTTTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
1 AAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
*** ** * * *
8832 AAAATTTTTAAAGCCATCGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGAACAATGAATGCTT-ATTTTTT
66 AAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-AACAATGAAT--TTCATTTTCT
* * * *
8895 TCATGTTTCTAGAGGTAGACGTTAAATTATAATCTGTTTAAACT
128 TCATGTTTCTTGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTTTACACT
* ** * * *
8939 AAAAATGTAAAAACAAATTTGACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAAT-TTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTA
* *
9004 ATAAAGCTTTTGAAGGAAT
64 ATAAGGCTTTTAAAGGAAT
9023 GGGTTGCTAT
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 132, Indels: 50
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 39 0.06
169 264 0.44
170 184 0.30
171 44 0.07
172 5 0.01
173 5 0.01
174 57 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
AAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATTTCATTTTCTTCA
TGTTTCTTGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTTTACACT
Found at i:8652 original size:338 final size:335
Alignment explanation
Indices: 8113--9022 Score: 895
Period size: 338 Copynumber: 2.7 Consensus size: 335
8103 AATTCTGCGC
* * *
8113 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
1 AAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** * * ** * *
8177 ACTGTAAATGAACTTTCATGCCAATGAATGCATTTTTCATCATTTTTCTTGAGATAAACATTCAA
65 ACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTAAAG-TAGACATTAAA
* * * * * * *
8242 GTATAATCTGTTTACACTAAATATTTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAC
129 TTATAATCTTTTTA-A--AAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAC
* * * * *
8307 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATAGTTGACTATAAATGGATTTTTCTTAACAAT
191 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATAACAAT
* * ** *
8372 GAATTTCATTTTCTTCATGGTTCTTGAGACAGACATTAAATTATAATCTGTTTTA-ATCAAAAAT
256 GAATTCCATTTTCATCACCGTTCTTGAGACAGACATTAAAGTATAATCTG-TTTACA-CAAAAAT
8436 GT-AAA-AATTCAACCTT
319 GTAAAATAATTCAA-CTT
8452 -AAAGCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 AAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
8515 ACTATAAATGGACTTTTTTAGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTT
65 ACTATAAATGGACTTTTTT-GCCAATGAATG-CATTTTTCTTCATGTTTCT-AAAGTAGACATTA
* * * *
8579 AATTATAGTCTATTTTTAAAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAAATCATAAGA
127 AATTATAATCT-TTTTAAAAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAA-A
* * *
8644 CCATTTAAAGCA-ATTAATAAGGCTTTTAAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCA
190 CCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATAACA
* * * * * * * *
8708 ATGAATTCCTTTTTCATCACCTTTCTTGTGATAGACATTCAAGTATAATTTGTTTACACCAAATT
254 ATGAATTCCATTTTCATCACCGTTCTTGAGACAGACATTAAAGTATAATCTGTTTACACAAAAAT
*
8773 TTAAAATAATTCAACTT
319 GTAAAATAATTCAACTT
* * * *** * ** *
8790 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAAATTTTTAAAGCCATCGGTGA
1 AAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
8855 CTATAAATAGACTTTTTTGAACAATGAATGCTTATTTTT-TTCATGTTTCTAGAGGTAGACGTTA
66 CTATAAATGGACTTTTTTG-CCAATGAATGC--ATTTTTCTTCATGTTTCTA-AAGTAGACATTA
* ** *
8919 AATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATGTAAAAACAAATTTGA-CTTAAATTCAATTATGAGATTA
127 AATTATAATCTTTTTAAA--AAAAAT-T-AAAA-AAATTCAACCTAAAATT-AATTATGAGATTA
* * *
8983 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
186 T-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
9023 GGGTTGCTAT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 76, Indels: 47
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 50 0.11
338 176 0.38
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
AAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTAAAGTAGACATTAAATT
ATAATCTTTTTAAAAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCATTT
AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATAACAATGAATT
CCATTTTCATCACCGTTCTTGAGACAGACATTAAAGTATAATCTGTTTACACAAAAATGTAAAAT
AATTCAACTT
Found at i:10039 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9703--10632 Score: 825
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
9693 NNNNNNNNTC
* * * *
9703 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * ** * *
9768 TTACATTTTTG-GTCAAAATAGATTATAATTTAATGTCTGTCTCGAG-AACAATGAAGAAAATGA
65 TTACATTTTTGTGT--AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGG
* *
9831 AATTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTT
127 CATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTT
*
9875 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AACTTGATTTTAAGTTGAATTATT
1 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
9939 TTAAATTTTTAGTGTAAATAGATTATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAGGCA
65 TTACATTTTT-GTGTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * ** *
10004 TTCATTGTCATGAAAAGTCCATTTAGAGCCACCTATTTC-GT
129 TTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTT
* * * * **
10045 AATAAGCCTTATTA-TTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCGAAAGTT
1 AA-AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * *
10109 TTTAAATATTTGTTGTGAGCAGATTATACTTGAATGTCTACCT-TAGAAAACGTAAAGAAAAAGG
64 TTTACATTTTTG-TGTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGG
* * * * * * *
10173 CATTCATTGACATGAAAAGTCCTTTTATGGTCACCAATTCCTTC
127 CATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTT
* * * * *
10217 AAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
* * * * *
10281 TTTACATTTTCT-TTTAAACA-ACTTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAAGA
64 TTTACATTTT-TGTGTAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* * *
10344 CATTCATT-TGCAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCT-TCCCTTC
127 CATTCATTGT-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATCCCTTT
*
10388 AAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT
** ** * * ** *
10452 TTTGTATTTTCT-T-TAAAACAGGCTATAATTGAATATCTACATCGAGAAATGTAAAGAAAAAGG
64 TTTACATTTT-TGTGT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* * * *
10515 TATTCATGGGT-AA-AAAAGTCCATTTATAGCCA-CTCAT-TCTTT
127 CATTCAT-TGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATCCCTTT
** * * * *
10557 CAGTAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTT
1 -AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
10622 TTTACATTTTT
64 TTTACATTTTT
10633 ACT
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 108, Indels: 63
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 6 0.01
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172 79 0.13
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTGTGTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTT
Found at i:10508 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 9701--10633 Score: 916
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 337
9691 NNNNNNNNNN
* * * * *
9701 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAAGTTGAATTGT
1 TCAAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
9766 TTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTTAATGTCTGTCTCGAGAACAATG--AAGAAAAT
65 TTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTCGAGAA-AATGTAAAGAAAAA
* * * * *
9829 GAAATTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCT
126 GGAATTCATTGAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
9894 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAACTTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTAAATTTTTAGTGTAAAT
189 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTA-TGTAAAC
* *
9958 AGATTATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGTCATGAAAAGTC
252 AGATTATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGTCAAGAAAAGTC
**
10023 CATTTAGAGCCACCTATTTCG
317 CATTTAGAGCCACCTATCCCG
* * * * *
10044 T-AATAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCGAAAGT
1 TCAA-AAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT
** * * * * * *
10108 TTTTAAATATTTGTTGT-GAGCAGATTATACTTGAATGTCTAC-CTTAGAAAACGTAAAGAAAAA
63 TTTTTTATATTT-TTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTC-GAGAAAATGTAAAGAAAAA
* * * * * * *
10171 GGCATTCATTGACATGAAAAGTCCTTTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCGCT
126 GGAATTCATTGATA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
10236 TTAAATGGTTATATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTCT-TTTAAAC
189 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTTACATTTT-TATGTAAAC
* * *
10300 A-ACTTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATT-TGCAAGAGAAG
252 AGA-TTATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGT-CAAGAAAAG
* * * *
10363 TTCATTTATAGTCACCCT-TCCCT
315 TCCATTTAGAGCCA-CCTATCCCG
*
10386 TCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* ** *
10451 TTTTGTATTTTCTTTAAAACAGGCTATAATTGAATATCTACATCGAG-AAATGTAAAGAAAAAGG
65 TTTTATATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGG
* * * * * * **
10515 TATTCATGGGTAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAGTAGCCTTATTACTCACTTTA
128 AATTCATTGATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
10580 AATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTTACATTTTTA
192 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTTACATTTTTA
10634 CT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 92, Indels: 46
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 107 0.22
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343 65 0.14
344 13 0.03
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTTATATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAAATGTAAAGAAAAAGGAAT
TCATTGATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTATGTAAACAGATTATAC
TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTAGAG
CCACCTATCCCG
Done.