Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_77.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Warning! 66023 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 6
Found at i:324 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1992 Score: 1617
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 172
* * * *
1 ATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTGGCAA
1 ATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAA
* * ** * * * * *
64 TGGATGACTTTTGGTTCACGTTTCCCT-AGG-AAAATATTCTATTACAATATATTTTAA-TGAAA
64 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAA
* * *
126 ATATATAAAAAAATTGAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACC
127 A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * *
172 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * * *
237 AAT-ACATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAG-TATTCAATTATTTTCTGTTTTAGCTAAAAAT
66 AATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT
* *
300 GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACT
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * ** ** *
343 ATTTAAGGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGACTTTAGTGACTATAAATGGCCTTCTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
* * * * ** * * *
408 GATGGCTTTTTCTTTACATTTCCTAAACCAA-ACATTCAATTGTAACATATTTTAA-TCAGAAAT
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAAT
* * * * *
471 GTAAAAGAATTCAACTAAAAATAAATTATAAAATTATAAAACT
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * *
514 ATTTAATA-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAAT
1 ATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
* ** *
578 GGATGGCTTTTGATTCACGTTTC-TAGAGAC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAA
** * *
640 ATGTTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATGATGAGATTATCAAA-T
128 ATG-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
** * * * ** *
686 GATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAACGCACGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAA
1 -ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAA
* * * * * * * * * * *
750 CGGATGTCTTTTCCTTTATGTTTCTCAA-G-ATAGACATTTAAGTACAATATATTTTAACCAAAA
64 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
*
813 ATGCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
128 ATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * **
858 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAAT-ATACTTTTCTTAACAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * * * * *
922 GAATGTCTTTTTCTCCA-GTTTACCCAAGGTAA-ACATTTAATTACAAAATGTTTTAACTAAAAA
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
* ** * *
985 TGTAAAAAAAAATT-AACTAAAAATTGATTATGAAATTATACAA-T
129 TGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * **
1029 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAA-AAGACTTTTCTT-ATA
1 -ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * *
1091 TATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCTTAAAG-TAGACATTTAATTATTATATATTTTGACCAAA
63 -ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* ** *
1155 ATTCAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
** * * **
1201 ATTTAAAGTGAGTAATAAATCTTTCGAAAGCTTGGGTGATTATAAAT-ATACTTTTCTTATCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
1265 GAATAAG-TTTTTCTTCACATTACTCAAGGC-AGACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAAA
65 GAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
* * * * * *
1328 TGTAAAAACATTCTACTGAAAATCGATTATGAGATTATACAAGT
129 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * **
1372 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA-TAATAAATAAACTTTTCTACCCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
** ** * * *
1436 -AGATGGCTTTTGGTTCATATTTCCTAAAGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
65 GA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
* *
1499 TATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
129 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
** * * *
1542 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TATGGATGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAGT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * ** *
1606 GAATGGC-TTTTCTTTTATGTTTC--ATGACACAGATATTCAAATATAATCTGCTTTAACAAAAA
65 GAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTTAAGGCA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* * *
1668 ATATAAAACAAATT-AACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACT
128 ATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
** * * * * *
1713 ATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
1778 AATGGCTTTTTCTTCATGATTCTTGAGGC-AGACATTTAATTATAATCA-GTTTTAACTAAAAAT
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACTAAAAAT
* *
1841 GTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * ***
1884 ATTTACAA-TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTAATAAT
1 ATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
* *
1948 GAATGGCTTTTTCTTCA-GTTTCTTGAGACAA-ACATTCAATTATAA
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAA
1993 ATGTAAAAAT
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 292, Indels: 129
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 5 0.00
170 191 0.13
171 975 0.67
172 143 0.10
173 146 0.10
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
Found at i:2146 original size:190 final size:191
Alignment explanation
Indices: 1811--2183 Score: 509
Period size: 190 Copynumber: 2.0 Consensus size: 191
1801 TGAGGCAGAC
*
1811 ATTTAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTTAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1876 ATAAAACCATTTACAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAAAGAACTTTTCA
* * *
1941 TAATAATGAATGGCTTTTTCTTCA-GTTTC-TTGAGACAAACATTCAATTATAAATGTAAAA
131 TAACAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACT-AGACAAACATTCAATTATAAATGTAAAA
** * *
2001 ATTTAATTATAATTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTTAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
2066 ATAAAACCATTTAAAACT-AGTAATAAAGTTTTTGAAGGCCTGAGTGACTACAAAAGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAA-TAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAAAGAACTTTTC
** * *
2130 ATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACTAGGCAAACATTCAATTATAA
130 ATAACAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACTAGACAAACATTCAATTATAA
2184 TATATTTTAA
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 22, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
190 132 0.84
191 25 0.16
192 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (191 bp):
ATTTAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAAAGAACTTTTCA
TAACAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACTAGACAAACATTCAATTATAAATGTAAAA
Found at i:3189 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2929--3235 Score: 296
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
2919 TTTGAAGGCA
* * *
2929 TGGGTGACTAAAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAGA
1 TGGGTGACTAAAAATAGACCTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCACAAGGCAGA
* * * *
2994 CATTTAAATACAATCTATCTTAACCAAGA-ATGTAAAACA-TTCAACTTAAAATCCATTATAACA
66 CATTCAAATACAA-CTATCTTAACCAA-ATATGTAAAAAACTTCAACTGAAAATCAATTATAACA
3057 TTAGAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCT
129 TTAGAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCT
* * * * * *
3089 NNNNNNNNNNTGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCTAACGAATGGTTTTTTTTTCACGGTTC
1 ----------TGGGTGACTAAAAATAGACCTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTC
** * *
3154 TTAAGGCAGATATTCAAATATAA-TATGCTTTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTGAAAATC
56 ACAAGGCAGACATTCAAATACAACTAT-C-TTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTGAAAATC
* *
3218 AATTATGACATTATAAAA
119 AATTATAACATTAGAAAA
3236 CTATATAGAT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 19, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.03
169 2 0.02
170 81 0.71
171 28 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
TGGGTGACTAAAAATAGACCTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCACAAGGCAGA
CATTCAAATACAACTATCTTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTGAAAATCAATTATAACATT
AGAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCT
Found at i:3482 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2935--3559 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
2925 GGCATGGGTG
* * * * * * ** *
2935 ACTAAAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAGACATTTA
1 ACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGATTC-TTAGGCAGACATTCA
* * * * * * * * *
3000 AATACAATCTATCTTAACCAAGAATGTAAAACA-TTCAACTTAAAATCCATTATAACATTAGAAA
65 AATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAA
* * * * ********* * *
3064 ATCATTTAAAGCAAGTAATAATGC-TNNNNNNNNNNTGGGTG
130 ACCATATAAAGCAAGCAATAAAGCAT-TCAAAGGCTTGAGTA
* * * * * * *
3105 ATTATAAATAGACTTTTCTTGCTAACGAATGGTTTTTTTTTCACGGTTCTTAAGGCAGATATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGATTCTT-AGGCAGACATTCA
* * *
3170 AATATAATATGCTTTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTGAAAATCAATTATGACATTATAAA
65 AATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAA
* * * * * * * * *
3235 ACTATATAGATCAATCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
130 ACCATATAAAGCAAGCAATAAAGCATTCAAAGGCTTGAGTA
* *
3276 ACTATAAATAGTCTTTT-ATAGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCACGATTCTTGAGGCAGACATT
1 ACTATAAATAGACTTTTCAT-GCTAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGATTCTT-AGGCAGACATT
* * * * * *
3339 CAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAGTTAATTATGAGATTATG
63 CAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
* *
3404 AAACCATTTAAAGCAAGCAATAAAGCATTCAAAGGGTTGAGTA
128 AAACCATATAAAGCAAGCAATAAAGCATTCAAAGGCTTGAGTA
* * * * * * *
3447 ACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTAGGCAAACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGATT-CTTAGGCAGACATTCA
* * ** * *
3512 ATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAGAAAATTCAACTTAAAAT
65 AATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAACTTCAACTTAAAAT
3560 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 90, Indels: 16
0.77 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 79 0.22
171 257 0.72
172 20 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGATTCTTAGGCAGACATTCAA
ATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
CCATATAAAGCAAGCAATAAAGCATTCAAAGGCTTGAGTA
Found at i:4697 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4489--4922 Score: 516
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
4479 ACGAATGGTT
* ** * * *
4489 TTTTTTTTCACGGTTCTTGAGGCAGGCATTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAGATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGGTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
4554 CTTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGATCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGG
66 -TTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAGAGCAAGCAATAAAGCATTCGAAGG
* ** * *
4619 CTTGGGTGACTATAAATAGTCTTTT-ATGGCCAATA-AGTGGC
130 CTTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCAT-GCCAATAGA-TGGC
* *
4660 TTTTTCTTCACGGTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
1 TTTTTCTTCACGGTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
4724 TTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAGAGCAAGCAATAAAGCATTCGAAGGG
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAGAGCAAGCAATAAAGCATTCGAAGGC
*
4789 TTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCATGCCAATGGATGGC
131 TTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCATGCCAATAGATGGC
* * * * * **
4829 TTTTTCTTCATGTTTCTAT-AGGCAACCATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAGA
1 TTTTTCTTCACGGTTCT-TGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AA-A
4893 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTA
4923 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 34, Indels: 11
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 133 0.60
170 9 0.04
171 53 0.24
172 28 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCACGGTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAGAGCAAGCAATAAAGCATTCGAAGGC
TTGAGCAACTATAAAAAGACTTTTCATGCCAATAGATGGC
Found at i:5484 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5222--7086 Score: 1391
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
5212 AAGGAGTGAC
* * * * * * *
5222 TTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
1 TTTG-CTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
5287 ATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * **
5352 CTTAAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTATCAGTGGATTACT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * * *
5394 TTTGCTTCATGTTTCCTAAATCAAACATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAG
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
5459 TTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTT-GAAGG
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTCAAAGG
* * * * * **
5523 CATGGGTAACTAAAAATAGACCTTTCTTGTCAATAAATGGCT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * * *
5565 TTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTTAAATACAATCTATCTTAACCAAGAATGT-AAAATA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
5629 TTCAACTTAAAATCCATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGC
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * *
5694 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGG-T
131 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
** * * * * * * * ** * * **
5734 TTGTTTTTCACGATTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAGATACAAAAAA
1 TT-TGCTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
5799 CTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAGATCAAGCAATAAGGCTTTCGAATG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
5864 TTTGGGTGACTATAAATAGTCTTTT-ATGGCTAAT-AAGTGGCT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGGA-TGGCT
* * * * * * * * * * *
5906 TTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAGACCTTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* ** * * * * * * *
5971 TTTAACTTAATGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCATTCGAAGGG
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
** * * *
6036 TTGAGCAACTATAATTAGACTTTTCATGCCAATGGATGGCT
131 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * **
6077 TTTGCTTCATGTTTTCCTAGGT-AGATATTCAATTATAATACATTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCATG-TTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAA
* * * * *
6141 AATTCAACTTAAAATC-AGT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAACAATTAATAAGGCTTTTAAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * *
6204 GCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAAT-GAGTGACT
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGCT
* ** * ** * * * *
6247 TTTTCTTCATGTTTACC-AAAACAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAACA
1 TTTGCTTCATGTTT-CCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * **
6311 ATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGGTTTTGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * ***
6375 GCTTGAGTGAATAAAAATGGACTTTTCATGTTGGTGGATGGCT
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * * * *
6418 TTGGAATT-AGGTTTCCTAAAGT-AGACATTCAATTATAATATATTTCAACTGAAAGA-CTAAAA
1 TTTG-CTTCATGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAA
* * * * * * * * *
6480 AAATTCAACTTAAAATTAATTATCAAATTATCAAATCAATTAAAGTAAGAAATAATGCTTTCAAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
* ** * *
6545 GGCATGAACGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAATTGATGGCT
128 GGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * *
6589 TTCGCTTCATGTTCCCTGAAGT-ACACATTTAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *** * *
6653 AATCAACTTAAAATCAATCATGAGATAATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTCAAGGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * **
6718 CTTGAGCAACTATAAAT-GACCTTTTCGTACCAATGGATGGCT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
** * **
6760 TTCACTTCATGTTTCCCTAAGT-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTT-CCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * ** **
6824 ATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TTAGT
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG-
* * * ** *
6888 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGACT
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGCT
* * * * * * *
6931 TTT-CTTTACGTTT-CTCAAGAT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGA
1 TTTGCTTCATGTTTCCT-AAG-TCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
6993 AATTCAACTTAAAATCAATTATCACATTGTAAAACTAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
7058 GCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTT
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
7087 ACCGATGAAT
Statistics
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0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 35 0.03
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171 880 0.65
172 55 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
Found at i:5910 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5216--7084 Score: 1164
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 337
5206 TTTATTAAGG
* * * * * * ** * * *
5216 AGTGACTTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGT
1 AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAAC-CAAAATGT
* * * *
5281 AAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
65 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
** * * * * * ** ** * ** *
5346 CAAAAGCTTAAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTATCAGTGGATTACTTTTGCTTCATGT-TTCC
129 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCACGTATTCC
** * * * * ** *
5410 TAAATCAAACATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCA
194 T-AGGCAGACATTCAAATATAATACATTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
5474 ATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCATGGGTAACTAAAAA
257 ATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
*
5539 TAGACCTTTCTTGTCAATA
320 TAG-TCTTTCTTGTCAATA
* * *
5558 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTTAAATACAATCTATCTTAACCAAGAATGT
1 AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAACCAA-AATGT
* * * * *
5623 AAAATATTCAACTTAAAATCCATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTT
* * ** *
5688 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGG-TTTGTTTTTCACG-ATTCT
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGCTTT-TGCTTCACGTATTCC
* *
5751 TGAGGCAGACATTCAAATATAAT-C-TGCTTTAACCAAAGA-TACAAAAAACTTCAACTTAAAAT
194 T-AGGCAGACATTCAAATATAATACAT--TTTAACCAAAAAGTA-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * **
5813 CAATTATGACATTATAAAACCATTTAGATCAAGCAATAAGGCTTTCGAATGTTTGGGTGACTATA
255 CAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATA
*
5878 AATAGTCTTT-TATGGCTAATA
318 AATAGTCTTTCT-TGTC-AATA
* * * * * * *
5899 AGTGGCTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAGACCTTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
1 AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAACC-AAAATGT
* ** * * * *
5964 AAAAAAATTTAACTTAATGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCATT
65 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
* * ** * * * * *
6029 CGAAGGGTTGAGCAACTATAATTAGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC
129 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCACGTATTCC
* * * **
6094 TAGGTAGATATTCAATTATAATACATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-A
194 TAGGCAGACATTCAAATATAATACATTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
6158 GTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAATTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
258 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-
*
6223 GAGT-TTTCTTGTCAATG
321 -AGTCTTTCTTGTCAATA
* * * * * *
6240 AGTGACTTTTTCTTCATGTTTACCA-AA-ACAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACTAAAACT
1 AGTGGCTTTTTCTTCATGTTT--CATAAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAACCAAAA-T
* * *
6303 GTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGG
63 GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAAGC
* * * ***** * * * *
6367 TTTTGAAGGCTTGAGTGAATAAAAATGGACTTTTCATGTTGGTGGATGGCTTTGGAATT-AGGT-
126 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTG-CTTCACGTA
* * * * * * * *
6430 TTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACTGAAAGACT-AAAAAAATTCAACTTAAA
190 TTCCT-AGGCAGACATTCAAATATAATACATTTTAAC-CAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * ** * * * ***
6494 ATTAATTATCAAATTATCAAA-TCAATTAAAGTAAGAAATAATGCTTTCAAAGGCATGAACGACT
253 ATCAATT-TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACT
* *
6558 ATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAAT-
315 ATAAATA-GTC-TTTCTTGTCAATA
* ** * * * * * * ** * *
6581 TGATGGCTTTCGCTTCATGTTCCCTGAA-GTACACATTTAATTATGATATATTTTAACAAAAAAT
1 AG-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCAT-AAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAAC-CAAAAT
* * * * *** *
6645 GTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGATAATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGC-
63 GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCT
* ** * * * * ** *
6709 TTTCAAGGGCTTGAGCAACTATAAAT-GACCTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTCACTTCATGT-
127 TTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCACGTA
* * * * * * *
6772 TTCCCTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATACAAAAAAATTTAACTTAAA
190 TT-CCTAGGCAGACATTCAAATATAATACATTTTAACCAAAAAGTA-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * *** **
6836 ATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAGTGCATGGGTGACTA
253 ATCAAT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAAG-GCATGGGTGACTA
* * ** *
6901 TAAATGGACTTTTCTTACCAATG
316 TAAATAGTC-TTTCTTGTCAATA
* * * ** * * * * *
6924 AGTGAC-TTTTCTTTACGTTTC-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
1 AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCAT-AAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAAC-CAAAATG
* * * * * * *
6987 TAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATCACATTGTAAAACTAGTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
64 TAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTT
* * * * *
7051 TTCACAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTC
128 TTGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
7085 TTACCGATGA
Statistics
Matches: 1198, Mismatches: 271, Indels: 117
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
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344 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTAACCAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCACGTATTCCTA
GGCAGACATTCAAATATAATACATTTTAACCAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
GAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGTCT
TTCTTGTCAATA
Found at i:6560 original size:683 final size:678
Alignment explanation
Indices: 5227--7052 Score: 1859
Period size: 683 Copynumber: 2.7 Consensus size: 678
5217 GTGACTTTGT
* * * * * * *
5227 CTTCATGTTTCCT-AAGGCAAATATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTC
1 CTTCATGTTCCCTGAA-GCACACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * *
5291 AACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTA
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGGTTG
** * * * * * ** * *
5356 AGTGACTATAAACAAACTTTTCTTATCAGTGGATTACTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAATCAAAC
129 AGCAACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAGT-AGAC
* * * *
5420 ATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTCTGAGAT
193 ATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGT-TGAGAT
* * * * *
5484 TATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCATGGGTAACTAAAAATAGACCTTTC
256 TATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGG-CTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
5549 TTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CATAAGGCAGACATTTAAATACAATCTATCTTAA
320 TTGTCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTCCA-AA-ACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAA
* * * *
5613 CCAAGAATGTAAAATATTCAACTTAAAATCCATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGC-AAGTA
383 CTAA-AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TA
* * * * ***
5677 ATAATGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGTTTGTTTTT
446 ATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATAAAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGTTTGGAATT
* * * * *
5742 CACGATTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAGATACAAAAAACTTCAACT
511 CACGATTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATGATTTAACCAAAGATACAAAAAACTTCAACT
* * * * * * * ** ***
5807 TAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAGATCAAGCAATAAGGCTTTCGAATGTTTGGGTG
576 TAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCAATTAAATCAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACG
* * **
5872 ACTATAAATA-GTCTTTTATGGCTAATA-AGTGGCTTTTT
641 ACTATAAA-AGGACTTTTATGGCCAATAGA-TGGCTTTCG
* * * * * * * *
5910 CTTCATGGTT-CTTGAGGCAGACCTTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
1 CTTCAT-GTTCCCTGAAGCACACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
** * *
5974 AACTTAATGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCATTCGAAGGGTTG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGGTTG
* * * *
6039 AGCAACTATAATTAGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAGGTAGATA
129 AGCAACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAGTAGACA
*
6104 TTCAATTATAATACATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AGTTGAGATTA
194 TTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTTGAGATTA
* *
6168 TAAAACTATTTAAAACAATTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTT
258 TAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
6233 GTCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTACCAAAACAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACTA
322 GTCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTT-CCAAAACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACTA
* *
6298 AAACTGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
386 AAA-TGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
* * * ***** *
6363 AGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGAATAAAAATGGACTTTTCATGTTGGTGGATGGCTTTGGAATT-A
449 AGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATAAAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGG-TTTGGAATTCA
* * * * *
6427 GGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTCAACTGAAAGACTA-AAAAAA-TTCAAC
513 CGATTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATGATTT-AAC-CAAAGA-TACAAAAAACTTCAAC
* * * *
6489 TTAAAATTAATTATCAAATTATCAAATCAATTAAAGT-AAGAAATAATGCTTTCAAAGGCATGAA
575 TTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCAATTAAA-TCAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAA
* * *
6553 CGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATTGATGGCTTTCG
639 CGACTATAAAAGGACTTTTATGGCCAATAGATGGCTTTCG
* * * * * *
6593 CTTCATGTTCCCTGAAGTACACATTTAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCA
1 CTTCATGTTCCCTGAAGCACACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
6658 ACTTAAAATCAATCATGAGATAATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTCAAGGGCTTGA
66 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAGGG-TTGA
* ** *
6723 GCAACTATAAAT-GACCTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCCTAAGTAGACA
130 GCAACTATAAATAGA-CTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAGTAGACA
* * *
6787 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA-ATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATT
194 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-GTTGAGATT
* *** *
6851 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAGTGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
257 ATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * *
6916 TACCAATGAGTGAC-TTTTCTTTACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
321 TGTCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACT
* * * * * *
6980 AAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATCACATTGTAAAACTAGTTAAAGCGAGTAAT
385 -AAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAT
7045 AAGGCTTT
448 AAGGCTTT
7053 CACAGGCATG
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 177, Indels: 54
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 8 0.01
682 158 0.17
683 636 0.68
684 135 0.14
685 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (678 bp):
CTTCATGTTCCCTGAAGCACACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAGGGTTGAG
CAACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAGTAGACATT
CAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTTGAGATTATAA
AACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
ATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAAACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAATG
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT
TAAAGGCTTGAGTGAATAAAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGGTTTGGAATTCACGATTCCT
AAAGCAGACATTCAAATATAATATGATTTAACCAAAGATACAAAAAACTTCAACTTAAAATCAAT
TATCAAATTATAAAACCAATTAAATCAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAAAG
GACTTTTATGGCCAATAGATGGCTTTCG
Found at i:7015 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5249--7086 Score: 1218
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 507
5239 TAAGGCAAAT
* * * * ** * * *
5249 ATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** ** ***
5314 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAACAAACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGTGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * * * *
5379 T-ATCAGTG-GATTACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA-TCAAACATTTAACTATAATATATTTTA
130 TGCT-AATGAG-TGGCTTTT-CTTTACGTTT-CTAAAGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * *
5441 A-TAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAG
190 ACT-AAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAC-AATTAAAGCGAG
* * * * ** * * * ** *
5505 TAATAAGGCCTTT-GAAGGCATGGGTAACTA-AAAATAGACCTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTT
252 AAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTC
* * * * * * * * * * *
5568 TCTTCATGTTT-CATAAGGCAGACATTTAAATACAAT-CTATCTTAACCAAGAATGT--AAAATA
315 GCTTCATGTTTCCCTAA-GTACACATTCAATTATAATAC-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA
* * * * * * *
5629 TTCAACTTAAAATCCATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGC
378 TTCAACTTAAAAT-CAAT-TGAGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* ** * * * * * * *** * * ** **
5694 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATG-GTTTGTTTTTCACGATT-CTTGAGGC
441 ATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGAGTGACTTT-CACTTCATGTTTAC-CAAAAC
5757 AGAC
504 AGAC
* ** * * * *
5761 ATTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAGATACAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
5826 ATAAAACCATTTAGA-TCAAGCAATAAGGCTTTCGAA-TGTTTGGGTGACTATAAATAGTCTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTT-TAAGTGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * * *
5889 ATGGCTAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAGACCTTCAAATATAATCTGTTTTAA
128 CTTGCTAATGAGTGGC-TTTTCTTTACGTTTC-TAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** * * * * *
5954 CCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAATGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCA
191 CTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTAT-AAAACAATTAAAGCGAGAA
* * ** * * * *
6019 ATAAAGCATTCGAAGGGTTGAGCAACTATAATTA-GACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCT
254 ATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAA-AAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCT
* * * * **
6083 TCATGTTTTCCTAGGTAGATATTCAATTATAATACATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
318 TCATGTTTCCCTAAGTACACATTCAATTATAATACATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * * **
6148 CTTAAAATCAGTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAATTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTG
383 CTTAAAATCAATTGAGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCA
* * ** ** *
6213 ACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTACCAAAACAAAC
448 ACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGAGTGACTTTCACTTCATGTTTACCAAAACAGAC
** * ** * *
6273 ATTCAATTGCAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
6338 ATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGGTTTTGAAG-GCTTGAGTGAATAAAAATGGACTTTTC
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGTGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *** * * * *
6402 ATGTTGGTG-GATGGCTTTGGAATTAGGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAA
129 TTGCTAATGAG-TGGCTTT-TCTTTACGTTT-CTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * **
6466 CTGAAAGACTA-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAAATTATCAAATCAATTAAAGTAAGA
191 CT-AAA-AATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTAT-AAAACAATTAAAGCGAGA
* * *
6530 AATAATGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATTGATGGCTTTCGCT
253 AATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCGCT
* * *
6595 TCATG-TTCCCTGAAGTACACATTTAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA-TCA
318 TCATGTTTCCCT-AAGTACACATTCAATTATAATACATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* **** * * *
6658 ACTTAAAATCAATCATGAGATAATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTCAAGGGCTTGA
382 ACTTAAAATCAAT--TGAGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
* * * **
6723 GCAACTATAAAT-GACCTTTTCGTACCAATG-GATGGCTTTCACTTCATGTTTCCCTAAGTAGAC
445 GCAACTATAAATGGA-CTTTTCGTACCAATGAG-TGACTTTCACTTCATGTTTACCAAAACAGAC
* * *
6786 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
6851 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAGTGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGTGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
6916 TACCAATGAGTGACTTTTCTTTACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
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* * * *
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* * * *
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CAATTGAGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCAACTATAAA
TGGACTTTTCGTACCAATGAGTGACTTTCACTTCATGTTTACCAAAACAGAC
Found at i:11150 original size:171 final size:172
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* * * * * * *
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** * ** * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCG
* * * * * ** * *
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* * ** *
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* *
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66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
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* * *
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* *
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* * ** *
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* * * **
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* * * * *
11818 TACATTTTTGGTTAAACA-AGATTATATTTAAATGTCTACC-TCGT
129 TACATTTTTAGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTC-A
* * ** * * * * *
11862 GAAATATAAAGAAAAAATCATTCATTGACAA-AAAAGGTCCATTTATAGTAAC-CCTTGCCTTCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCG
* * *
11925 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAGTTTTTT
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* * * * * *
11989 TATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTA
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* * * ** *
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** ** * *
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* *
12160 TCACATTTTTCA-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTG-CTTCA
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* ** * * * *
12204 -AAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTGTAGTCACTCTTACCCTT-
1 GAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTC
* * * * * * *
12267 AAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTAT
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * ** * * *
12332 CATATATATGGTTAAAACAGAAAATAACTCAATGCCTGCC-TCAA
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** * *
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* ** * * *
12438 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCATAATTAATTTTCAA-TTAAACTTTT
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
12502 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTTTACCTTGA
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* * * * *
12547 GAACCATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* * * * *
12611 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAGAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
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* * * * * *
12676 TATTTTTAGTTAAAAAAAATTATATTTGAATGTCTACCTTGA
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* * * * *
12718 GAACCATGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCATT-G
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCC-TTCG
* * * ** * *
12781 AAAGTCGTATTAATTACTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
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* * * * * * *
12846 ACA-TTTTGGTTGAAACAGATTGTATTTAAATGTCTACC-TCA
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* *
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* ** * * * * *
12950 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTA
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* * * * *
13015 AATATTTTTTGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCA
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* * * * ** *
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* * * *
13122 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTTAGTTGAATTCATTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * *
13187 TACATTTGTGGTTAAAACAAATTACAATTGAATGTCT-ACTTCA
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* * * * *
13230 GAAA-ATGTGAAG-AAAAGCCACTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-C-TGTGCTTT
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* * * * * * *
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* * * *
13356 TTGCATCTTTT-GTTAAAATATATTATCATTGAATG-CTTGCC-TAA
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* * * * * *
13400 GGAGACATGAAGCAAATGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCG
*
13464 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
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* * * * **
13529 TACAGTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCCTAAA
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* * * * *
13573 GATACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCACA-AAAAGTCCTTTTATTGTCAGTCA-AGCCTTC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTC
* ** * *
13635 GAAAGCCTTATTACGCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTC
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* * *
13699 TTGCATTTTTGGTTACAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-A
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* * * * * * *
13743 GAACCATGGAGAAAAAGCCATTCATTGATCAA-AAAAGTCTA-ATATAGCCACCCA-AGCCTTCG
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCG
* ** * * * * **
13805 AAAGCCTTATTTC-CTATTTTAAATGATTTTATAATGTCATAAAT-AGTTTTAGGTTGAATTACA
65 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * *
13868 TTT-CATTTTTGGTTCAAACAAATTATATTTGAATGTC-G--TTCTA
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* * * * * *
13911 GTGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACGATAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC
1 --GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTC
* * * * * ** *
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64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
14040 TGCATTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TTTCA
129 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
* * ** * * *
14083 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTA-AGCTTTCA
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* * **
14147 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAA-TTGAAACTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * ** * **
14211 TATATTTTTGGTTCAAACAAATTGTAATTAAATGTCAACCATGG
129 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
*** ** * ** *
14255 GAAGTGTGAAGTGAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCAGTCA-AGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* * * * *
14319 AAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAAGTTTTTAA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
14384 TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTTAATGTCT-ACTTCAA
131 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTC-A
* * * * ** *
14426 AAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* *
14490 AA-CCATTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-ATATTGTTT
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*
14552 TACATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGA
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* * ** * ** ** * * * *
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1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCG
* * *
14659 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** *
14724 ATATTTTTAGTTAAAAT--ATAATAATTGAATGT-TTACGTCA
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* * * * *
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* * * * * *
14826 CAAAAACATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
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** * * **
14890 TT-TGTATTTTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCT-TTTTCAA
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** * * * * * * * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* * * **
14999 AATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTT-AGTTGAATGCTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
15063 ACATTATT-GATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTG-CTTCA
130 ACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
* * *
15105 GAAAATATGAA-AAAAAG--TTCTCATT-ACTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTT
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTT
* * ** * * **
15165 CAAAAGTCTTATTACTTACTTTTAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTCAATTATTT
63 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTT
** * * * * **
15230 TTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAAATTAT-ATTAGAATGTTTGTCTTGT
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* * * * * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* * * * *
15341 AAGCTTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
15406 CA-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTA
131 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
* * * * * * * * *
15446 GGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAATCATTCA-AGACTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAGCCTTCGA
* * * * *
15510 AAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTT
* * * * * * **
15575 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACTTTGG
129 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
* * *** *
15619 GAAACATTAAGAAAAAGCCACTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C-TATGCCTTCA
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (172 bp):
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AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
Found at i:13095 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 10899--15699 Score: 3947
Period size: 512 Copynumber: 9.4 Consensus size: 508
10889 CATTCTTTTG
* * * *
10899 AAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTCAATTCTTT
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* * * ** * * * ** *
10963 TATATTTTTTGTTAAAACAGCTTATACTTAAATGTTTGCCTTCAG-AAACGCGAAGAAAAATCCA
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* ** * * * * * *
11027 TTCATCAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * * * *
11091 AATAATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT-TGCATTGTTAGTTAAAATAGA
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTAGTTAAAATAAA
* * * * * * *
11155 TTATAATTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACGTGATGAAAAAGGCACTCATTGGTAAGAAAAGTGCA
256 TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * * * **
11219 TTTATATTCACTTATA-CCTTCAATTGCCTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTATAATGTCACCA
320 TTTATAGTCACCTA-AGCCTTGAA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAA
* * * * ** * *
11283 TTAATTTTAAGTTGAATTTTATAACATTTTTTGTTAAAATAGAAAATAACTGAATGGT-TGCCTC
383 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTC
* * * * ** * * * * * *
11347 AAGACACGTAAAAAAAAAGTTA-TCATTAGCAAGATAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTT
446 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACCTTC
* * *
11410 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTT
* ** * * * * * *
11475 TATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAG-AACCATCAAGAAAAAGCCA
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * **
11539 -CTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT-AAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
129 TC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
11602 AAATAGTTTTATCATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATAG
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAA
* * * * * **
11667 ATTATATTTGAATGTCTGCCTCGAGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGACAAGTAT
255 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCC
* * *
11731 ATTTATAGTCACTTAAGCCATTGAAAGCCGTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGGCATAA
319 ATTTATAGTCACCTAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAA
* *
11796 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACA-AGATTATATTTAAATGTCTACCTC
383 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * ** * * * **
11860 GTGAAATATAAAGAAAAAATCATTCATTGACAA-AAAAGGTCCATTTATAGTAACCCTTGCCTTC
446 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTC-AACCTTC
* * *
11924 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAGTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-ATTTTT
* * * * * * *
11989 TATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAAAGGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* ** **
12054 CCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCAAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * *
12119 TGGCGTTGTAATCTCATAATTGATTAGT-AGTTGAATTTGTTTCACATTTTTCA-TTAAAATAAA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAATTT-TTT-ATATTTTT-AGTTAAAATAAA
* * * * *
12182 TTATAATTGAATGTCT-GCTTCA-AAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCA
256 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
12245 ATTTGTAGTCACTCTTACCCTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAA
319 ATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAA
* * * * * * * ** * * * *
12310 TTAACTTTAAGTTGAATTTTATCATATATATGGTTAAAACAGAAAATAACTCAATGCCTGCCTCA
383 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
** * * *
12375 AGAAACAT-AGAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAC-CGATGCCTTC
447 AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-ACCTTC
**
12438 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCATAATTAATTTTCAA-TTAAACTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTAAA-TTTT
* * * * * * *
12502 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTTTACCTTGAG-AACCATGAAGAAAAAGCC
64 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCC
* *
12566 A-CTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 ATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
12630 AAATGGTTTTAGAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAAA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAAA
* * * *
12695 TTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAACCATGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
256 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
12760 TTATAGTCACCCAAGCCATTGAAAGTCGTATTAATTACTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATT
321 TTATAGTCACCTAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATT
* * * * * *
12825 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTGAAACAGATTGTATTTAAATGTCTACCTCATGA
385 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
*
12890 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGATCCATTTATAGTCACTTACACCTTC
450 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCA-ACCTTC
** * * * *
12950 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT-
* * * * * *
13015 AATATTTTTTGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGGAAAGGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * **
13080 CCATTCGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
13145 TGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTTAGTTGAATTCATTTTACATTTGTGGTTAAAACAAATT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATT
* * * *
13210 ACAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAA-ATGTGAAG-AAAAGCCACTCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
258 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
** * * * ** * * *
13272 TTATAGTCACCTGTGCTTTCAAAAGCCTTATTTCCCGCCTTCAAT-AGTTTTATAATCTCATAAT
321 TTATAGTCACCTAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTCATAAT
* * * * * *
13336 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTGCATCTTTTGTTAAAATATATTATCATTGAATG-CTTGCCT-A
384 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCA
* * * * * *
13399 AGGAGACATGAAGCAAATGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
447 A-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CCTTC
* *
13463 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA--TTTT
* ** * * * *
13528 TTACAGTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCCT-A-AAGATACATGAAGCAAAAGC
64 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAA-A-ACATGAAGAAAAAGC
* * * * * **
13591 CATCTATTGGCACA-AAAAGTCCT-TTTATTGTCAGTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCATT
127 CATCCATTGGCA-AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * *
13654 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTCTTGCATTTTTGGTTACAAT
190 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTATATTTTTAGTTAAAAT
* * * * *
13718 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAACCATGGAGAAAAAGCCATTCATTGATCAA-AAAAGT
253 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAGAAAAGT
* * * * * * **
13781 CTA-ATATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTTCCTATTTTAAATGATTTTATAATGTCAT
317 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCAT
* * ** * * * *
13845 AAAT-AGTTTTAGGTTGAATTACATTT-CATTTTTGGTTCAAACAAATTATATTTGAATGTCGT-
381 AATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TA
* * * * * * * *
13907 TCT-AGTGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACGATAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATAC
442 CCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AC
13971 CTTC
505 CTTC
* * * * * *
13975 AAAAGCCTCATTACTCACTTGAAATGGATTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAAGTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * * * *
14040 TGCATTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
14105 CCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
14170 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAA-TTGAAACTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAAATT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTG-AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATT
* * * * * *** ** **
14234 GTAATTAAATGTCAACCATGGGAAGTGTGAAGTGAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGTATTT
258 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * *
14299 ATAGTCA-GTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTG
323 ATAGTCACCT-AAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTG
* * * * * * * *
14363 ATTTTCAGTTGAAGTTTTTAATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTTAATGTCTACTTCAAAA
386 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * ** *
14428 AATATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTT
450 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CCTTC
* * * *
14488 GAAA-CCATTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTATATTGTT
1 AAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TT
* * * * * * **
14551 TTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGCAACGTG-AGAAAAAAAT
64 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGA-AAACATGAAG-AAAAAGC
** ** * * * * * *
14614 CATTTATTGATAAGAAAAGTATATTCATACTGACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
14679 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAAT--A
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAA
* * * * * *
14742 TAATAATTGAATGTTTA-CGTCAGGAAACAT-AAGGTAAAAGCCA-TCTATTGACT-AGAAAAGT
256 TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAAGCCATTC-ATTG-GTAAGAAAAGT
* * * * * *
14803 CCTTTTATAGTCA-CTAATGCCTTCAAAAACATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCA
317 CCATTTATAGTCACCTAA-GCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCA
** * * * ***
14867 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTATTTTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTTTT
380 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * * *
14931 TCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATTCACTGACAAAAAAAGTCAATTTATATTCACTTAAGCCTT
444 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CCTT
14996 C
508 C
* * * *
14997 AAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTT-AGTTGAATGCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTTAAGTTAAAT-TTT
* * * * * * * *
15061 TTACATTATTGATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCTTCAGAAAATATGAA-AAAAAG--T
64 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * **
15123 TCTCATT-ACTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTACTTT
129 TC-CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
15187 TAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTCAATTATTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAAC
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT---TGAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAT
* ** * * * * *
15251 AAATTAT-ATTAGAATGTTTGTCTTGTGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGT
253 AAATTATAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * ** * * * *
15315 CCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAG
317 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCAT
* * * *
15380 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTT
381 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * * * *
15444 TAGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAATCATTCAAGACTTC
446 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CCTTC
* * * * * *
15508 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA--ATTT
* * * * * ** * *
15573 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACTTTGGGAAACATTAAGAAAAAGCC
63 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCC
*** * *
15638 A-CTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
128 ATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
15700 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3469, Mismatches: 682, Indels: 274
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
507 2 0.00
508 76 0.02
509 114 0.03
510 205 0.06
511 318 0.09
512 1113 0.32
513 790 0.23
514 765 0.22
515 85 0.02
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCTAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCTTC
Found at i:16211 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15862--16243 Score: 470
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
15852 CAAAATTATT
* * *
15862 ATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTT
1 ATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTCACATTTTC
* * * * *
15926 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGATATCTATTAGAG
65 GATAAAAATACATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTAGAG
* * *
15991 AGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
130 AAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAAGCCTC
* * *
16032 ATTACTTGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAAGTTGAATTGTTTCACA-TTTC
1 ATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATT-TTTCACATTTTC
* * * * *
16095 GATAAAAATGCATTTTAATTGAATGTCT-TCCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGC
65 GATAAAAATACATTATAATTGAATGTCTAT-CTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTAG-
* *
16159 TAGAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAAA-CCTC
128 -AGAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTC
*
16203 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-CTTT
1 ATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTT
16244 TGAGTTAAGT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 24, Indels: 13
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 66 0.36
170 39 0.22
171 69 0.38
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTCACATTTTCG
ATAAAAATACATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTAGAGA
AAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAAGCCTC
Found at i:16347 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15991--16752 Score: 819
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
15981 TCTATTAGAG
* * * *
15991 AGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAAT-GATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * *
16055 TAATCTCATAATTTA-TTTAAGTTGAATTGTTTCACA-TTTCGATAAAAATGCA-TTTTAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTCACATTTTCGAT-AAAA-GCAGTTATAACTGA
**
16117 ATGTCTT-CCTC-GAGAAATGTGAAGCAA-AAGCCATCCATTAGCTAGAAAAAAGTTCATTTATA
128 ATGT-TTGCCTCTGA-AAATGTGAAG-AACAAGCCATCCATTAGC-A-AAAAAAGCCCATTTATA
* * ** * **
16179 GTCACTCATGCCAT-TGAAAACCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTT
188 GTCACCCATGCC-TGCGAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATT
* ** *
16243 TT-GAGTT-AAGTTTTTTTATAT-TTCTAGTTTAAACTGATCATAATTAAAAGTCTATCTCAGGA
252 TTAG-GTTGAA-TTTTTTTATATGTT-TAGTTAAAACAAATCATAATTAAAAGTCTACCTCAGGA
*** * * *
16305 -ATGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGGTT
314 CACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
* * *
16332 AGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
16397 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAGTTATAACTGAATG
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTCACATTTTCGATAAAAGCAGTTATAACTGAATG
* * * *
16462 TTTGCCTCTGAAAATGTGAAGAACAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
131 TTTGCCTCTGAAAATGTGAAGAACAAGCCATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * *
16527 TGCCTGCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA
196 TGCCTGCGAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA
* ** * * ** *
16592 ATTTTTTTGTATGTTTAGTTAAAACAAATTTTACTTGACTGTTTACCTCAGGACACAAGAAGAAA
261 ATTTTTTTATATGTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAAAGTCTACCTCAGGACACAAGAAGAAA
16657 AAGCCATTCATTGGTA
326 AAGCCATTCATTGGTA
* * * **
16673 AGAAAAATCCATTTAGAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
16738 AATCTCATAATTGAT
66 AATCTCATAATTGAT
16753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 61, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 108 0.31
341 172 0.49
342 60 0.17
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTCACATTTTCGATAAAAGCAGTTATAACTGAATG
TTTGCCTCTGAAAATGTGAAGAACAAGCCATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTGCGAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA
ATTTTTTTATATGTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAAAGTCTACCTCAGGACACAAGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGTA
Found at i:16382 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15805--16752 Score: 748
Period size: 170 Copynumber: 5.6 Consensus size: 167
15795 NNNNNTGGAT
* * * * * * ** * ***
15805 AAGCCATTTATTGGCAAGAAAAATCTATTTATATTCACCCATGTATTCAAAATTATTATTACTTG
1 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
15870 CTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
66 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAA
* *
15934 TATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGCAA
130 T-GATTATAATTGAATGTCTATCTC-AGAAATGTGAAG-AA
* * * * **
15975 AAGATA-TCTATTAG-AGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAGCTATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
16038 TGCATTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAAGTTGAATTGTTTCACA-TTTCGATAA
64 TGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTAGGTTA
*
16100 AAATGCATTTTAATTGAATGTCT-TCCTCGAGAAATGTGAAGCAA
127 AAATG-ATTATAATTGAATGTCTAT-CTC-AGAAATGTGAAG-AA
* * * * * * *
16144 AAGCCATCCATTAGCTAGAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCATT-GAAAACCTCATTAC
1 AAGCTATTCATTGGC-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
16208 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTGAGTTAAGTTTTTTTATATTTCTAGTTT
63 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTT-TAGGTT
* * * * *
16273 AAACTGATCATAATTAAAAGTCTATCTCAGGAATGTGAAGAGA
126 AAAATGATTATAATTGAATGTCTATCTCAGAAATGTGAAGA-A
** * *
16316 AAGCTATTCATTGGTTAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
1 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
16381 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAG
66 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAA
* * ** *
16446 T-AGTTATAACTGAATGTTTGCCTCTGAAAATGTGAAGAA
130 TGA-TTATAATTGAATGTCTATCTCAG-AAATGTGAAGAA
* * * * *
16485 CAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTGCGAAAGCTTTATTACTC
1 -AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * **
16550 ACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTGTATGTTTA-GTTA
65 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACAT-TTTAGGTTA
** * * * * * * ***
16613 AAACAAATTTTACTTGACTGTTTACCTCAGGACACAAGAAGAAA
127 AAA-TGATTATAATTGAATGTCTATCTCA-GAAATGTGAAG-AA
* * * * * * **
16657 AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTAGAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
1 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
16722 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
66 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
16753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 125, Indels: 59
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 90 0.14
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171 179 0.29
172 45 0.07
173 18 0.03
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAT
GATTATAATTGAATGTCTATCTCAGAAATGTGAAGAA
Found at i:18494 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18210--18666 Score: 521
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
18200 GGTCATTACA
** * * *
18210 AATGAATGGC-TTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
** * * * * * *
18274 ATGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCGATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-G
66 AAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG
*
18338 ACTTTCAAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCC
131 -CTTTCAAAGGAATGA-ATGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CC
* * *
18380 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
** * ** *
18445 GCATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCACAAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG
66 AAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG
* * * * * *
18510 GTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGAGTTTTCTCTCT
131 CTTTCAAAGGAATGAATGACTATAAATGAACTTTTCTCTCC
* * * * *
18551 AATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATAC-ATTTTAACCAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAA
*
18615 AAAAT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAA
65 AAAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
18667 ATGAGTANNN
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 42, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
AAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG
CTTTCAAAGGAATGAATGACTATAAATGAACTTTTCTCTCC
Found at i:20440 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 20430--20470 Score: 55
Period size: 5 Copynumber: 7.8 Consensus size: 5
20420 CTTATAGAAG
*
20430 ATGAA ATGAA ATGCAA ATTGAA ATGAA ATGAA AGGAA ATGA
1 ATGAA ATGAA ATG-AA A-TGAA ATGAA ATGAA ATGAA ATGA
20471 TGCCATTTNN
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
5 24 0.75
6 6 0.19
7 2 0.06
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (5 bp):
ATGAA
Found at i:21099 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20776--21669 Score: 741
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
20766 NNNNNNNNNC
* * * * **
20776 AATCTCATAA-TCACTTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGG
1 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA--TTAAAACAGATTGTAATTAA
* * * *** * * * *
20839 ATGTCT-CTCTTGGGAAGCATGAAGAAAAGAG-TGGTCATTAGAAAAAAAAGTCTATTTAAAGTC
63 ATGTTTGCT-TTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * *
20902 ACCCTTGTCATCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
126 ACCAATG-CCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
20947 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAATATATTGTAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAAT
* * *
21012 GTCTGCTTTGAGAAACAT-AAGGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACT
65 GTTTGCTTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
* * *
21076 C-ATGCCTTGAAAAGCGTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAG
128 CAATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
21118 AATGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTCAAACATATTGTAATTAAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATG
** *
21183 TTTG-TTATGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTC-TTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTAC
66 TTTGCTT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-AC
* * * *
21245 TC-ATCCCATTG-AAAGCCTTATTA-TTGGATTTAAA-CGATTTTAA
128 -CAATGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAG-TTTTAT
* * * * * *
21288 AATGTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTATGAAGACAGATTGTAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATG
* * * *
21353 TTTGC-TTCAGGAA-ATGCGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCAC
66 TTTGCTTTGAGAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * ** **
21415 CTATAG-CTTCGAAAA-CCTTATTAGTCCCTTTAAACGGTTTTAT
128 CAAT-GCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
21458 AATCTCATAATTCATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATGATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTGTAATTAAA
* * * * *
21522 T-TTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAC
64 TGTTTG-CTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
21586 CAATGTCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
128 CAATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
21629 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATTTTTTT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
21670 TATAATCTCA
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 91, Indels: 72
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 19 0.03
170 267 0.45
171 290 0.49
172 12 0.02
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATG
TTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA
TGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
Found at i:21277 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20914--21669 Score: 624
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
20904 CCTTGTCATC
* * * *
20914 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
20979 TACACTTTTCATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAACATAAGGAAAAAGCCAT
66 TATA-TTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATAAGGAAAAAGCAAT
* *
21044 TCATTAGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCATGCCTT
130 TCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATCCCTT
* * *
21084 GAAAAGCGTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAGAATGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 G-AAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
21149 TTATATTTTTATTCAAACATATTGTAATTAAATGTTTG-TTATGAGAAACATGAA-GAAAAAGTA
65 TTATATTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCTT-TGAGAAACAT-AAGGAAAAAGCA
* *
21212 ATTC-TTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACTCATCCCATT
128 ATTCATTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACTCATCCC-TT
* * *
21255 GAAAGCCTTATTA-TTGGATTTAAA-CGATTTTAAAATGTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTAT
1 GAAAGCCTTATTACTT-GATTTAAATAG-TTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
21318 TTTATATTTTTATGAAGACAGATTGTAATTGAATGTTTGC-TTCAGGAAATGC-GAA-GAAAAAG
64 TTTATATTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGA-GAAA--CATAAGGAAAAAG
* * * **
21380 CTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCAC-CTATAGCTT
126 CAATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTA-TAGTCACTC-ATCCCTT
* * *** ** * * *
21424 CGAAAACCTTATTAGTCCCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT-AATTTTT
1 -GAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * *
21488 TTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATGATTAAAT-TTTGACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAG
64 TTTATATTTTT-ATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTG-CTTTGAGAAACAT-AAGGAAAAAG
* * * * * * **
21551 CCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAC-CAATGTCTT
126 CAATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC-ATCCCTT
* * * * * * * * *
21595 CAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTT
1 -GAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
*
21660 TTATTTTTTT
65 TTATATTTTT
21670 TATAATCTCA
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 74, Indels: 53
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.04
170 262 0.54
171 201 0.41
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
GAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATAAGGAAAAAGCAATT
CATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATCCCTT
Found at i:21743 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 21563--21795 Score: 315
Period size: 126 Copynumber: 1.8 Consensus size: 126
21553 ATTTAATAGT
* * * *
21563 AAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCAATGTCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCTTCAAAACCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
21628 TAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATTTTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
66 TAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
* * * * *
21689 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCATTCGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTC-TTCAAAACCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
*
21753 ATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
65 ATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
21796 GGTTAAAAAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 15, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
125 2 0.02
126 89 0.98
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (126 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCTTCAAAACCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
Found at i:21927 original size:297 final size:297
Alignment explanation
Indices: 21392--21965 Score: 724
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 297
21382 ATTCATTAGT
* * *
21392 AAGAAAAGTCCATTTATTATCACCTATAGCTTCGAAAACCTTATTAGTCCCTTTAAACGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATTATCACCCATAGCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTA
* * * **
21457 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATGATTAAA
66 TAATCTCATAATACATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAAAAGATTACAATTAAA
* * ** *
21522 TTTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACC
131 TGTTGACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGCCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCACATATAGTCACC
* * ** * *
21587 AATGTCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT
196 AATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* *
21652 GATTTTTTTTATTTTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
261 GACTTTTTTTATATTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
* * * *
21689 AAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCAT-TCATTCGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCCATAGC-TTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACGGTTT
* * **
21752 TATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAA-AGTTACAATT
64 TATAATCTCATAATACATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAAAAGA-TTACAATT
* * * * * * *
21816 GAATGTTGA-CTTTAGGAAACATGAACCAAAAGCCATTTATTGGTAATACAAGTCCACATATAGT
128 AAATGTTGACCTTGA-GAAACATGAACAAAAAGCCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCACATATAGT
* * * *
21880 CACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGTTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTAATTTTA
192 CACCAATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
21945 AGTTGACTTTTTTTATATTTT
257 AGTTGACTTTTTTTATATTTT
21966 CATTAAAATA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 40, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
296 8 0.03
297 225 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (297 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATTATCACCCATAGCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTA
TAATCTCATAATACATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAAAAGATTACAATTAAA
TGTTGACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGCCATTTAATAGTAAGAAAAGTCCACATATAGTCACC
AATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
GACTTTTTTTATATTTTTTATAATCTCATTCACTTGC
Found at i:22420 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21689--22984 Score: 886
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
21679 ATTCACTTGC
* * * * **
21689 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
21754 TAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAAGTTACAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGA-TTATAATTGA
** * * * *
21818 ATGT-TGACTTTAG-GAAACATGAACCAAAAGCCATTTATTGGT
128 ATGTAT-AC-TTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAGA
* * ** * * * * * *
21860 AATACAAGTCCACATATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGTTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
21925 TAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTCATTAAAATATATTATAATTGAAT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
21990 GTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCCATTTGT
130 GTATACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGT-CATTAGA
** * * * * * *
22030 AAGAAAAGTCCATTT-GTAGTTGCTCAAGCCTTCGAAA-CTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAG-AGTCACCCATGCATTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
22093 TATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCCA-TTTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATA-TTTTCATTAAA-ACAGATTATAAT
* * * * * *
22157 TGAATGTTTGCCTT-GAGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
125 TGAATGTAT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAGA
* * * * * * *
22202 AATAAAAGTCCATTTATAG-CCCCTCAAGCCTTCGAAATGCC-TATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACC-CATGCATTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
22265 TATAATCTCAAAATCT-CTTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTAGATTGAAACAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTT-CATTAAAACAGATTATAATT
* **
22329 GAATGTATACCTTAG-GAAGCATGAAGAAACGGCCAGTCATT-GAA
126 GAATGTATA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAG-A
* * * * *
22373 AAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATG-TTGTCCAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCAT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
22437 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTACACTCTTCATTAAAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
22502 ATGTTTACTTTGAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTAGT
128 ATGTATACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAGA
* *
22544 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
22609 GAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAATAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
22674 TATCTGCCATGGA-AAACATGAAGCACAAGCCA-TCCATTAGA
129 TGTAT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGT-CATTAGA
* * * * *** * * * * **
22715 GAGAAAACTCCATATATAGTCATAAATACCTTCGAAA-CCATTATCACTCAATTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCATTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *** **
22779 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGATTATGGTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** *
22843 ATGTCTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA-A
128 ATGTATACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAGA
* * * * * * **
22884 CAAGAAAAATCCATTTATAGTTC-CTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACAAGCTTTAAATGGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTAGAG-TCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
22948 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTA
22985 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 187, Indels: 90
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 264 0.30
171 481 0.54
172 131 0.15
173 8 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TATACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATTAGA
Found at i:22498 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 21689--22978 Score: 1206
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
21679 ATTCACTTGC
* ** * * *
21689 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCCAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
21754 TAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAGTTACAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAATA-TTATAATTGAA
* * ** * * **
21819 TG-TTGACTTTAGGAAACATGAACCAAAAGCCATTTATTGGTAATACAAGTCCACATATAGTCAC
129 TGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
21883 CCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGTTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGT
193 CCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * * * *
21948 TGACTTTTTTTATATTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGA
258 TGAATTATTTTATATTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTAGAGAAACATGAAGA
*
22013 AAAAGCCATCCATTTGT
323 AAAAGCCATCCATTTGA
** * * *
22030 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTTGCTCAAGCCTTCGAAACTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCCAAAC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
22095 TATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCCAT-TTATAATTG
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA--AATATTATAATTG
* * *
22159 AATGTTTGCCTTGAGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAG-CC
127 AATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
22223 CCTCAAGCCTTCGAAATGC-CTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCT-CTTTT
192 CC-CATGCCTTC-AAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TAATTTT
* * *
22286 AAGTTGAATTATTTTATATTTTAGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTAG-GAAGCA
254 AAGTTGAATTATTTTATATTTT-CATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACC-TAGAGAAACA
**
22350 TGAAGAAACGGCCAGT-CA-TTGAA
317 TGAAGAAAAAGCCA-TCCATTTG-A
* * * * * *
22373 AAGAAAAGTCTATTTAG-AGTCACCCATG-TTGTCCAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTT-GTAGTCACCCAAGCCT-TCCA-AACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * **
22436 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTACACTCTTCATTAAAATATATTATAATTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-ATATTATAATTG
* * * * * *
22501 AATGTTTACTTTGAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
127 AATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
22566 CCCATGCATTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATATCATAATTGATTTTAAG
192 CCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
* * * * * * * * *
22631 TTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAATAAATATCTGCCATGGA-AAACATGA
257 TTGAATTATTTTATA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACC-TAGAGAAACATGA
* * *
22695 AGCACAAGCCATCCATTAGA
320 AGAAAAAGCCATCCATTTGA
* * * * ** * * * *
22715 GAGAAAACTCCATATATAGTCA-TAAATACCTTCGAAACCATTATCACTCAATTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAA-GCCTTCCAAACC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * **
22779 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGATTATGGTTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-ATATTATAATTGA
* *** * *
22843 ATGTCTGCCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATCCATTTATAGTTC
128 ATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAG-TC
* * * * *
22907 -CTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
191 ACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
*
22971 GTTAAATT
256 GTTGAATT
22979 TGTTTACATN
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 154, Indels: 60
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 232 0.30
342 390 0.51
343 135 0.18
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCCAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAATATTATAATTGAATG
TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
ATTATTTTATATTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTAGAGAAACATGAAGAAAA
AGCCATCCATTTGA
Found at i:23384 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 23088--24169 Score: 1038
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
23078 NNNNNNNNNN
* * ** *
23088 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTTAATCAATTGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAATGAA-TGCTTTT
* * * * * *
23153 CCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAAGAGTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
64 TCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * *
23217 CATCCTAAAATCAATTAGGAGGTTGTAAAACCGTTTAAAGCG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
23259 AGTTATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTACAAATGAATGAGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAC-AATGAATG-CTTTT
* * * * * * *
23324 TCTTTATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTTTTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
64 TCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* *
23389 AACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
23430 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAATGAAT-GCTTT
* * * * * *
23493 TTCTTCACATTT-CTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAT
63 TTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* *
23557 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * *
23600 AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAATGAATG-CTTT
* * * *
23664 TTCTTCACTCTTTCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAA
63 TTCTTCAC-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAA
* * *
23728 CTT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGTG
126 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * ** * * *
23772 AGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTTGGTGACTATATGTGGAC-TTT-TTACGCTAATGGATAACTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA--C-AATGAAT-GCTT
* * * * * *
23835 TTACTTCACGTTTCCTAA-GTTGATATTCAATTATAATATATTTTAATC-AACAATATAAAAAAA
62 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAA
* * * **
23898 TTCAAGTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAAATAATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
23943 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGATTGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAATGAAT-GCTTTT
* * * * * * *
24008 TCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAATATGTAACAAAGTTC
64 TCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
24073 AACTTAAAATCAGTTATG-GTATTAGAAAACCATTAAAAGCG
129 AACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
24114 AGTAACAAGGCTTTCGAAAGG-TTAGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGA
1 AGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAATGA
24170 TGTTGGGATG
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 122, Indels: 58
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 176 0.23
171 413 0.54
172 160 0.21
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAATGAATGCTTTTTC
TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:25958 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25861--26012 Score: 193
Period size: 35 Copynumber: 4.3 Consensus size: 36
25851 NNNNNNNNNN
25861 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
1 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
* * * *
25897 AGTTGATTAAATTTGTTTGATCAAGTTATTAGGCTT
1 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
* *
25933 AATTGATCAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCT
1 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
* * * *
25968 AACTAATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATT-CGCCT
1 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
26002 AATTGATTAAA
1 AATTGATTAAA
26013 ATAAACAATT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 16, Indels: 2
0.85 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 13 0.13
35 46 0.46
36 41 0.41
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (36 bp):
AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
Found at i:25978 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25861--25996 Score: 193
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
25851 NNNNNNNNNN
* ** * *
25861 AATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAGTTGATTAAATTTGTTTGATCAAGTTAT
1 AATTGATCAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAACTAATTAAA-TTGTTTAATCAAGTTAT
25926 TAGGCTT
65 TAGGCTT
* *
25933 AATTGATCAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAACTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATT
1 AATTGATCAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAACTAATTAAATTGTTTAATCAAGTTATT
25997 CGCCTAATTG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 16 0.28
71 31 0.54
72 10 0.18
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.15, T:0.46
Consensus pattern (71 bp):
AATTGATCAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAACTAATTAAATTGTTTAATCAAGTTATT
AGGCTT
Found at i:27813 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27286--28205 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
27276 NNNNNNNNNN
* * * *
27286 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTT
1 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * * *
27351 ATCAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAATGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTCAACCA
66 ATCAATGAATGGATTTT-CTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * *
27416 AAAATGTAAAAAAATTC-A-TTCCAAAATCAATTATAAGGTTGA
130 AAAATATAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATT-A
* * * * * * * * *
27458 -AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTC
1 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * *
27522 A-CAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCTATTTTAA-T
66 ATC-AATGAATG-GATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * *
27585 GAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGATTA
129 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
27628 TAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* ** * * * *
27693 ATCAATGAATGGATTTTGTTTGCGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
66 ATCAATGAATGGATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * *
27758 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTG
131 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
27798 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
** ** ** ** *
27863 GCCGGTGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTCTAACT
66 ATCAATGAATG-GATTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
*
27927 AAAAATATAAAAAAAATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
129 AAAAATAT--AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * * * *
27972 TAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAATAACTATAAGTAGAC-TTT-T
1 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * *
28034 TATACTAATGGAT-GACTTTTGCTTCACATTT-TTCAAGGTAGACATTAAATTATAATATATTTT
65 TAT-C-AATGAATGGA-TTTT-CTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
28097 -ACTCAAAAATATCAAAAAATTCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTA
125 AACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
28143 TAAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTT
1 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
28206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 114, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 144 0.23
171 272 0.44
172 59 0.10
173 22 0.04
174 116 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
ATCAATGAATGGATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:27933 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 27286--28205 Score: 926
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 341
27276 NNNNNNNNNN
* * *
27286 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTT
1 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGATTTT-TT
* * * * * * * * * * *
27351 ATCAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAATGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTCAACCA
65 ATCAATGAATGGATTTT-GTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAACTA
* * * * *
27416 AAAATGTAAAAAAATTC-ATTCCAAAATCAATTATAAGGTTGAAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 AAAATGTAAAAAAATTCAATT--AAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
27480 AAGGTTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-TTTTTCTCACAAATGAATGAGTTTTTCTTC
192 AAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTCACAAATGAATGACTTTTTCTTC
* * *
27544 ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCTATTTTAATGAAAAATAT-AAAAAA-ATTCAAC
256 ACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCCATTCTAATGAAAAATATAAAAAAATATTCAAC
* *
27607 CTAAAATTAGTTATGAGATTA
321 CTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
27628 TAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGATTTT-TT
** * *
27693 ATCAATGAATGGATTTTGTTTGCGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
65 ATCAATGAATGGATTTTGTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAACTAA
*
27758 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
130 AAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** ** *** *
27823 GGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGGTGAATGCCTTTTTCTTCACG
194 GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACAAATGAATGACTTTTTCTTCACG
* * * *
27888 TTT-TTGAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTCTAACT-AAAAATATAAAAAAAATATTCAAC
259 TTTCCT-AAGGCAAACATTCAATCATAATCCATTCTAA-TGAAAAATAT-AAAAAAATATTCAAC
* *
27951 TTAAAGTCAATTATGAGATTA
321 CTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * *
27972 TAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAATAACTATAAGT-AGACTTTTT
1 TAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGATTTTTT
* * * *
28035 ATACTAATGGAT-GACTTTTGCTTCACATTT-TTCAAGGTAGACATTAAATTATAATATATTTT-
65 AT-C-AATGAATGGA-TTTTG-TTCACGTTTCTT-AAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTA
* * * * *
28097 ACTCAAAAATATCAAAAAATTCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCGA
125 ACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACT-ATTTAAAGCGA
* * *
28162 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTT
187 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
28206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 85, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 174 0.36
342 80 0.17
343 16 0.03
344 82 0.17
345 73 0.15
346 49 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGATTTTTTA
TCAATGAATGGATTTTGTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAACTAAA
AATGTAAAAAAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACAAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
TCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCCATTCTAATGAAAAATATAAAAAAATATTCAACCTAAA
ATCAATTATGAGATTA
Found at i:29689 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29321--29882 Score: 501
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
29311 NNNNNNNAGT
* * * *
29321 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTT-GCAAATGAATGAGT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATC-AATGAATGACT
* * * * * *** ** * *
29384 TTTTCTTC-TCTTTTTCTAAGGCACACATTCAATTATAATCCGTTTTAATTAAGAATATAAAAAA
64 TTTGCTTCAT-GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAA
********** *
29448 AATTTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAATCATTTAAAGT
127 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGC
** * * * *
29494 GAGTAATAAGTTTTTCAAAGGCTT-GAGTGAGTATAAGTGGA-TTTT-TTATGCTAATGGATGAC
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-C-AATGAATGAC
* * ** *
29556 TTTTGCTTCATGTTTCCCAA-GCTAGACAATT-AATTATGATATATTTTAATTAGAAATGTAAAA
63 TTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC-AAAC-ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA
* *
29619 AAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATAATTTAAAGC
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAATCATTTAAAGC
*
29666 GAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
* * **
29731 TTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAGCAAAATT
66 TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
29796 CAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAACCATTAAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGC
* *
29837 GAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTT
29883 TTTTTTACGT
Statistics
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171 77 0.24
172 145 0.46
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174 8 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGC
Found at i:29910 original size:151 final size:152
Alignment explanation
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Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
29729 TTTTCTTCAT
* ** *
29739 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAGCAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * *
29804 AATCAGTTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CTTAGGTGAC
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATAGGTGAC
29868 TATAAATGGGCTTTTTTTTTTAC
130 TATAAATGGGCTTTTTTTTTTAC
* * *
29891 GTTTCCCAA-GTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* ** * *
29955 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACT
*
30020 ATAAATGGTCTTTTT
131 ATAAATGGGCTTTTT
30035 GTAATGACCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
151 117 0.92
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GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACT
ATAAATGGGCTTTTTTTTTTAC
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32384 GAACTCCCTT
*
32394 TCTTTTTCTTTTTC-C
1 TCTTTCTCTTTTTCTC
*
32409 TCCTTTCTCTTTCTCTC
1 T-CTTTCTCTTTTTCTC
32426 TCTTTCTTCTTTTGTCT-
1 TCTTTC-TCTTTT-TCTC
*
32443 T-TTT-TC--TTTCTT
1 TCTTTCTCTTTTTCTC
32455 TCTTTCTCTTTT
1 TCTTTCTCTTTT
32467 GTTCTGGTAG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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TCTTTCTCTTTTTCTC
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44747 AACCCTCCCT
*
44757 TTCCTTTTTCTTCTTCCTTCTT
1 TTCCTTTTTCTTCTTCCTT-TC
*
44779 TCTCCTTTTTACTCCTTCCTTTC
1 T-TCCTTTTT-CTTCTTCCTTTC
* *
44802 TTCCTTTCTCTTCTTTCTTTC
1 TTCCTTTTTCTTCTTCCTTTC
*
44823 TTCTTTTTTCT
1 TTCCTTTTTCT
44834 CTTTTCTTCT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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TTCCTTTTTCTTCTTCCTTTC
Found at i:44839 original size:21 final size:21
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44764 TTCTTCTTCC
* * *
44774 TTCTTTCTCCTTTTTACTCCT
1 TTCTTTCTTCTTTTTTCTCTT
* * *
44795 TCCTTTCTTCCTTTCTCT-TCT
1 TTCTTTCTTCTTTTTTCTCT-T
44816 TTCTTTCTTCTTTTTTCTCTT
1 TTCTTTCTTCTTTTTTCTCTT
44837 TTCTT
1 TTCTT
44842 CTTAGTAGTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 9, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
21 35 0.97
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.01, C:0.31, G:0.00, T:0.68
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TTCTTTCTTCTTTTTTCTCTT
Found at i:47121 original size:171 final size:171
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Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
46694 TAATAGATCA
* ** * * * * * * * *
46704 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAGTAT-TTTTAATCAAAAATATAGAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *** **
46768 TATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAACACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
66 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*** * * * * * **
46833 AAATAAGTGACAATAAATTGACTTTTGTTGCCAATGAAT-G
131 GCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
* * * * * *
46873 TTTTTTCTTCATATTTTTTAAGGCAAAAATTCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * **
46938 CATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTGAATTGAG-ATATAAGGCTTTCGAA
66 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
47002 GGCGTGGGTGACTATAAATGGGATTTTGTTGTTAATGAATGG
130 GGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
* *
47044 CTTTTGCTTCATGTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
47109 CATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAG
66 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * **
47174 GCTTAAGTGATTATAAATGGACTTCTCTTGTGAATGAATAA
131 GCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
** * * * *
47215 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGCAATAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AA
* * * * * *
47280 A-ATTCAATTTAAAATCAGTAATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
65 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
47344 GGCTCAGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGG
130 GGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-GG
* * * * *
47387 -TTTTTCTTCATGTTTCTT-GA-GCTAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * * * *
47449 ACAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATCATGCTTGT
63 A-AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-T
* * *
47514 -GAAGGCAT-GAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGG
126 CGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
* * * * **
47559 CTTTTCCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAC
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-
* * * * *
47624 AAATT-AATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGA
65 ACATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
47688 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATAAATGAATGAG
129 AGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-G
* ** * * * * *
47732 -TTTCTCTTCATGTTTTTTGAGGCACATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGT-AAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
47795 CAATCCAA-TCTACAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGA
66 C-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
47859 AGGCTTAGGTGAATATAAATAGG-TTTTTTTCGTAAATGAATGG
129 AGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ATCAATGAATGG
* * * * * *
47902 GTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATTTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
47967 AATTCAA-TCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA
66 CATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
*** *
48031 GGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGG
130 GGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
* * * *
48073 CTTTTCCTTCAAGTTTCTT-AAGG-AAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* **
48135 AAACTTCATGTTAAAATCAATTATGAG
65 ACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
48162 GTAATAAGGC
Statistics
Matches: 1048, Mismatches: 210, Indels: 61
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 38 0.04
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172 165 0.16
173 129 0.12
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG
Found at i:47820 original size:687 final size:682
Alignment explanation
Indices: 46732--48161 Score: 1625
Period size: 687 Copynumber: 2.1 Consensus size: 682
46722 CAAGGTAGAC
* * * *
46732 ATTCAATTACAGTAT-TTTTAA-TCAAAAA-TATAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
1 ATTCAATTACAATATGTTTTAACT-AAAAATTA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
46794 TTATAACACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAGTGACAATAAATTGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATAAGTAACAATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
46859 GTTGCCAATGAATGTTTTTTCTTCATATTTTTTAAGGCAAAAATTCAATTATGATCTGTTTTAAC
129 CTTACCAATCAATGCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAAAAAGTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * **
46924 CAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTGAATTGAGATA
194 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGATA
* ** * *
46989 TAAGGCTTTCGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGGATTTTGTTGTTAATGAATGGCTTTTGCTTC
259 TAAGGCTTACGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGGATTTTCCTATAAATGAATGGCTTTTGCTTC
* * **
47054 ATGTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTT
324 ATGTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAACATCCAACTT
* * * * *
47119 AAAATCAATTATGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGA
389 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
* * * *
47184 TTATAAAT-GGACTTCTCTT-GTGAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
454 ATATAAATAGG--TTCTCTTCGTAAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * *
47247 AATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATGCAATAAAATTCAATTTAAAATC-AGTAATGATATTAT
517 AATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACT-ATGAGATTAT
* *
47310 AAAACTA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTT
580 AAAACTATTTAAAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * *
47374 ACCAATGAATAGG-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAAAA
644 ACCAATCAAT-GGCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAG-GAAAA
47414 ATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAAT-TAAAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * * *
47479 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATCATGCTTGTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGGCTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATAAGTAACAATAAATGGACTTTT
* * * *
47544 CTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTCTAA
129 CTTACCAATCAAT-GCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAAAAAGTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * * *
47609 TAAAAAATGTAAAACAAATT-AATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAG
193 CAAAAAATATAAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
47673 -TAATAAGGCTTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATAAATGAATGAG-TTTC
256 AT-ATAAGGCTTACGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGGATTTTCCTATAAATGAATG-GCTTT-
* * *
47736 T-CTTCATGTTTTT-TGAGGCACATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGT-AAAACAA
318 TGCTTCATGTTTTTCT-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAC-A
* * *
47798 TCCAA-TCTACAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
381 TCCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *** * *
47862 CTTAGGTGAATATAAATAGGTTTTTTTCGTAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCA
445 CTTAAGTGAATATAAATAGGTTCTCTTCGTAAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCA
* **
47927 AACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACTATGAG
510 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACTATGAG
* **
47992 ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTT
575 ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACAGGTGACTATAAATGGGCTTT
* *
48057 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAGGAAAC
640 TCTTACCAATCAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAGGAAAA
* * * * ***
48100 AGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TAAAAAAAACTTCATGTTAAAATCAATTATGAG
1 ATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAG
48162 GTAATAAGGC
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 103, Indels: 40
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 14 0.02
683 15 0.02
684 28 0.04
685 87 0.14
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687 369 0.59
688 12 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
ATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATAAGTAACAATAAATGGACTTTTCT
TACCAATCAATGCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAAAAAGTCAATTATAATCTGTTCTAACAA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGATATA
AGGCTTACGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGGATTTTCCTATAAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
GTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAACATCCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGAAT
ATAAATAGGTTCTCTTCGTAAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATC
AATGGCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAGGAAAA
Found at i:48298 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 48014--48309 Score: 334
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
48004 TTTAAAACGA
* * *
48014 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTC
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTAGCAATCAATGGCTTTTC
* * *
48079 CTTCAAGTTTCTTAAGGAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAACTTCAT
66 CTTCAAGTTTCTTAAGGAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAACTTCAA
**
48144 GTTAAAATCAATTATGAG
131 CCTAAAATCAATTATGAG
** *
48162 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCT-GCAAATGAATGAG--TT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTAGC-AATCAATG-GCTTT
* ***
48224 TCTCTTCATGTTTCTT-AGGAAAACA-TAAAATTATAATCTATTTTAATGGAAAATATAAAAAAA
64 TC-CTTCAAGTTTCTTAAGG-AAACAGT-AAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-AAAAAAA
* **
48287 -TTTAACCTAAAATCGGTTATGAG
125 CTTCAACCTAAAATCAATTATGAG
48310 ATTATAAAAC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 12
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
147 9 0.07
148 107 0.86
149 8 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (148 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTAGCAATCAATGGCTTTTC
CTTCAAGTTTCTTAAGGAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAACTTCAA
CCTAAAATCAATTATGAG
Found at i:48893 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 48591--51864 Score: 2566
Period size: 171 Copynumber: 19.2 Consensus size: 171
48581 NNNNNNNNNN
* * * * **
48591 CCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * *
48656 TGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
**
48721 AAAAAGCCATTTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
48762 CCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
48827 GGAATTTTTTTGTATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATTTTTGCCTTAGGACATGTGAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * * *** *
48892 AAAAAACCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAGCCTTAC
131 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * *
48933 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGA
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * *** * *
48997 TTGAA-TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACATAA
65 TTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGA
* * ** * * *
49060 AGCAAAAGCCATCCATCAGCACGAAAAGTCCATTTATTGTCA-
129 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
49102 CTATAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAA
1 CCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
49167 TTAAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATGTTATAACTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGA
65 TTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * *
49231 AGGAAAAGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
129 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * * *
49274 TCAAGCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
49339 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCAGGAAACATGAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * *** *
49402 AAAAATCTATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
49443 CCATGCATTCAAAAGCATTATTACTC-ATCTTAAATGGTTATATAATTTGATAATTGATTTGAAG
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * * * *
49507 CTGAAATTTTTTACACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTCAAGAAGCATGAA
65 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAA
** * * *
49572 TCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTTAC
130 GAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
* * * ** * * * *
49614 CCATACTTTTGAAAGTATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
49679 TGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTT-TC-TCGAGAACCATG
66 TGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACCTTAG-GAAACGTG
* * *
49742 AAGAATAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAC
128 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
49786 CCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
49851 TGAATTTTTTTATATTTTCA-CTAAAATAGATTATGATTGAAT-TACTACC-TAGAGAAATGTGA
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACCTTAG-GAAACGTGA
* * ** *
49913 AGAAAAAGCCATCCGTTGATAAGAAAAGTC-ATTTTACAGTCAC
129 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTTATAGTCAC
* * * * *
49956 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
50021 TGATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAA
66 TGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAA
* * *
50085 GCAAAAGCCATCCATTGGCACA-CAAAGTCTATTTATAGTCAC
130 GAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * *** * *
50127 TCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAGGGTCTCATAATTGACTTTAAGC
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * * ** *
50192 AGAATTGTTTTATTTTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAAAAATGTGAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
*** * *
50257 AAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * * *
50298 CTATGCATTCGAAAGCTTTATTACTTG-TCTTAAATGCTTTTATAATCTGATAGTTGATTTTAAG
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * * * *
50362 CTGAA-TTTTTTACT-TTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAGGCAC-A
65 TTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGA--AACGT
* * * *
50424 G-AGCAAAAGACATCCATTAG-AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAC
127 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
* * * * * ** *
50468 CCATACTTTCGCAAGCATTATTACTCTCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
50533 TAAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAACCATGA
66 TGAA--TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * *
50598 AG-ATAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAA
129 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
50640 CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAC
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * * * *
50704 TTTAATTCTCTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCAT-GAGAAACGTG
65 TTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTG
** * * * * *
50767 AA-ACAAAAGTAATCCATTAGCACGAAAATTCTATTTATTGTCAC
128 AAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * ** * * * * *
50811 TCAAGCCCCCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * * **
50876 TGAAATTTTTTTTTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACAAGA
66 TG-AATTTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGA
*
50941 AGAAAAAGCCACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
129 AGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * ** *
50984 TCATGTCTTGGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * **
51049 TGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTAAACGCAAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * * * * *
51113 TAAAATCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
131 AAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
51154 TCATACCTTTGAAA-CCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAG
1 CCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * *
51218 TT-AATTTTTTTATGCTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAA
65 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAA
** *
51282 GAAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAC
130 G-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
51325 CCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATATTAGGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
51390 TAAATTCTTTTACATTTTTGGTCAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
* **
51455 -AAAAGCCATTCATTGGCAACGAAAA-TCTATTTGTAACCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCAC
** * * * * *
51495 TTAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * *
51560 T-AA-ATTTTGACGTTTTT-GCTTAAAATAGATTATAATGGAATGTCTAGCTAAGGAAACATGAA
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAA
* ** * *
51622 GAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTTTATTTAGAGTCAC
130 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * ** * * * ** * *
51664 CCAAGTCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTATAAACAGTTTTATAATCTCTTAATCGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * ** * * *
51729 TAAATTCTTTTACA-ATTTGGTTAAAGTAGATTATAACGGAATGTTTGCCTCT-GAAAACATGAA
66 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGAAACGTGAA
* * *
51792 GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAATCAC
130 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
51834 ACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
51865 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 2457, Mismatches: 573, Indels: 147
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 52 0.02
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
Found at i:49231 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 48596--51864 Score: 2431
Period size: 341 Copynumber: 9.6 Consensus size: 338
48586 NNNNNCCATT
* **
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1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
48660 TTCTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAA
65 TT-TTTTACATTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAA
*** * * * *
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* * * ** * *
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191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TT-AA
* * * * * *
48853 ACATA-TTATAATTGAATTTTTGCCTTAGGACATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGAAAGAAAA
254 A-ATAGTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAA
*** *
48917 GTCCATTTAGCCTTACCTATG
318 GTCCATTTATAGTCACCTATG
*
48938 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* ** *
49002 TTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACATAAAGCAAAA
65 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * *
49067 GCCATCCATCAGCACGAAAAGTCCATTTATTGTCACTATAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCT
128 GCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
49132 TTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATA
193 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATA
* * * ** * * *
49197 TGTTATAACTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCT
258 -GTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCC
*
49262 ATTTATAGTCA-CTCAAG
322 ATTTATAGTCACCT-ATG
* * * * * * *
49279 CCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
49344 TTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACTCAGGAAACATGAAGAAAAAT
65 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * *
49408 CTATTCATT-G-ATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCATTCAAAAGCATTATTACTC-
129 CCATCCATTAGCA--AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * * *
49469 ATCTTAAATGGTTATATAATTTGATAATTGATTTGAAGCTGAAA-TTTTTTACACTTTTGGTTAA
191 CT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * * * * ** * * *
49533 AATATATTATAATTGAATCTCTATCTCAAGAAGCATGAATCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAA
254 AATA-GTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAA
* * * *
49598 GTTCATTTATAGTTACCCATA
318 GTCCATTTATAGTCACCTATG
* * ** ** * * * *
49619 CTTTTGAAAGTATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * *
49684 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCT-TTCTCGAGAACCATGAAG-AA
65 -TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCT-TAG-GAAACATGAAGCAA
* * * * * *
49747 TAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACT
126 -AAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
49811 CCCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCACTAA
189 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * *
49875 AATAGATTATGATTGAAT-TACTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCGTT-GATAAGA
254 AATAG-TTATAATTGAATGT-TTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AAGA
*
49937 AAAGT-CATTTTACAGTCACCTATG
315 AAAGTCCA-TTTATAGTCACCTATG
* * * * *
49961 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGATT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * *
50026 TTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAA
65 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * *
50091 GCCATCCATTGGCACA-CAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
128 GCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *** * * * *
50154 TTTTAAATGGTTTTAGGGTCTCATAATTGACTTTAAG-CAGAATTGTTTTAT-TTTTTTACTTAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATATTTTTGA-TTAA
* * * ** * *
50217 AACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GATGAGAAA
254 AATAG-TTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AAGAAA
*
50281 AGTCCATTTACAGTCACCTATG
317 AGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * * *
50303 CATTCGAAAGCTTTATTACTTG-TCTTAAAT-GCTTTTATAATCTGATAGTTGATTTTAAGCTGA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT-TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
50366 ATTTTTTAC-TTTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAGGCACA-G-AGC
64 ATTTTTTACATTTTT--ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGA--AACATGAAGC
* * * * *
50428 AAAAGACATCCATTAG-AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATA-CTTTCGCAAGCATTATT
124 AAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CTATAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* ** *
50490 ACTCTCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATATTTTT-
186 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTTATATTTTTG
* * * * * * * * *
50554 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAACCATGAAG-ATAAGCCATTCACTAGCA
249 A-TTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAA
* *
50618 AGAAAAGTCCATTTATAGCCAACC-AAG
312 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATG
* * * * *
50645 CCTTTGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAACTTTA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * * * * *
50708 ATTCTCTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCAT-GAGAAACGTGAAACA
64 ATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATG-TCTCCTTAG-GAAACATGAAGCA
** * * * ** * *
50772 AAAGTAATCCATTAGCACGAAAATTCTATTTATTGTCACTCA-AGCCCCCAAAATCCTTATTACT
125 AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
50836 CACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTATATTTTGGTT
189 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATAT-TTTTGATT
* ** * ** *
50901 AAAACATA-TTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCACTT-ATTGGCAAG
252 -AAA-ATAGTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGAAAG
50964 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATG
314 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATG
* * *
50989 TCTTGGAAAGCCTTATTACTCT-TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * *** *
51053 TTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTAAACGCAAAGTAAA
65 -TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAA
* * * *
51117 ATCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATA-CCTTTGAAA-CCATTATTACT
127 AGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACT
* * ** *
51179 CGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATGCTTTTGGTTAA
189 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * ** *
51243 AATAAATTATAATTAAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAA
254 AAT-AGTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAA
* * *
51308 AGTTCATTTATAGTCACCCATT
317 AGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * * * * * *
51330 CCTTCAAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATATTAGGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
51395 TCTTTTACATTTTTGGTCAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAA
66 T-TTTTACATTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * ** *
51459 GCCATTCATTGGCAACGAAAA-TCTATTTGTAACCACT-TAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCG
128 GCCATCCATTAGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTAT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** *
51522 CTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGTTAAA--TTTTGACGTTTTTGCTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * *
51585 TAGATTATAATGGAATGTCTAGCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AACAAGAAAAG
256 TAG-TTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AAGAAAAG
** * * *
51649 TTTATTTAGAGTCACCCAAG
319 TCCATTTATAGTCACCTATG
* ** * * * * * *
51669 TCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTATAAACAGTTTTATAATCTCTTAATCGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** ** * ** * * *
51734 TCTTTTACAATTTGGTTAAAGTAGATTATAACGGAATGTTTGCCTCT-GAAAACATGAAGAAAAA
66 T-TTTTACATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCT-TAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * *
51798 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAATCAC-ACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGC
128 GCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTATA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
51862 TTT
192 TTT
51865 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 2347, Mismatches: 466, Indels: 231
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 43 0.02
339 169 0.07
340 325 0.14
341 760 0.32
342 504 0.21
343 421 0.18
344 114 0.05
345 10 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGTT
ATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCTATG
Found at i:49892 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 48596--51858 Score: 2682
Period size: 512 Copynumber: 6.4 Consensus size: 508
48586 NNNNNCCATT
* * **
48596 CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * *
48661 TCTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAA
** * *
48725 AGCCATTTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCAC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
48790 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTGGAATTTTTTTGTATTTTCAGTTAAAAC
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCA-TTAAAAC
* * * * * ** *
48855 ATATTATAATTGAATTTTTGCCTTAGGACATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGAAAGAAAAGTC
258 ATATTATAATTGAATGTCT-ACTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTC
*** * *
48920 CATTTAGCCTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
321 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-C-TTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
48984 AATTGATTTTAGATTG-AATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTT
384 AATTGATTTAAG-TTGAAATTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC
* * * * *
49047 TTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA-T-CAGCACGAAAAGTCCATTTATTGTCA-CTATAG
447 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAG-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG
* * * * *
49108 CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTAAAT
1 CCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * * * *
49173 GTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATGTTATAACTGAATGTTTACCTC-AGGAAATGTGAAGGAA
65 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAA
** * * * * * * *
49236 AAGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCATATTACTCG
128 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
49301 CTGTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAA
193 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCA-TTAAAA
* * * *
49365 CAGATTATAATTGAATGTCTACTCAGGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGATGAGAAAAGTC
257 CATATTATAATTGAATGTCTACTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTC
* * * * * *
49430 CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCATTATTACTCATCTTAAATGGTTATATAATTTGATA
321 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
49495 ATTGATTTGAAGCTGAAATTTTTTACACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTC
385 ATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTT
* * * * *
49560 AAGAAGCATGAATCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATA-
449 AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG
* * * * * *
49619 CTTTTGAAAGTATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * *
49684 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTT-TCTCGAGAACCATGAAGAAT
64 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGT-TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
49748 AAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCC
128 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
49813 CTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCACTAAAAT
193 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCATTAAAAC
* * ** * *
49878 AGATTATGATTGAAT-TACTAC-CTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCGTTGATAAGAAAAG
258 ATATTATAATTGAATGT-CTACTC-AG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAG
* * *
49941 T-CATTTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTC
319 TCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT-TAAATAGTTTTATAATCTC
** * *
50005 ATAATTGATTCTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATGATTGAATGTCTG
382 ATAATTGATT-TAAGTTGAAATTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
50069 CCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-CAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AG
445 TCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG
** * *** * **
50132 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAGGGTCTCATAATTGACTTTAAGCAGAAT
1 CCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * * * * *
50197 TGTTTTATTTTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAA
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*** * * * * * * **
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* * * * **
50326 CTTAAATGCTTTTATAATCTGATAGTTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACT-TTTTGGGTTAAAA
195 -TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTT-CATTAAAA
* * * * * *
50389 CATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAGGCACA-G-AGCAAAAGACATCCATTAGAGAGAAAA
257 CATATTATAATTGAATGTCTA-CTCAGGA--AACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAA
* * * ** * *
50452 GTTCATTTATAGTCACCCATACTTTCGCAAGCATTATTACTCTCTTTAAAAAGTTTTATAATCTC
318 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
50517 GTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-
382 ATAATTGA-TTTAAGTTGAAA---TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
50580 TTTCCTTAAGAACCATGAAG-ATAAGCCATTCACTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGCCAACCA
443 TAT-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
50643 -AG
506 TAG
* * * *
50645 CCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAACTTTAA
1 CCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA
* * * * *
50709 TTCTCTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCAT-GAGAAACGTGAA-AC
64 TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGA-
** * * * * * * ** * *
50771 AAAAGTAATCCATTAGCACGAAAATTCTATTTATTGTCACTCAAGCCCCCAAAATCCTTATTACT
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* * **
50836 CACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTATATTTTGGTT
191 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA--TTTTTTTATATTTTCATT
* * * *
50901 AAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCACTT-ATTGGCAAGA
253 AAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATT-GAAAGA
* * ** *
50965 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTGGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAAT
315 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTAAATAGTTTTATAAT
* *
51030 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATGTATTATAATTGAATGTC
379 CTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * *** * * * **
51094 TA-CCTCAGTAAACGCAAAGTAAAATCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAT
443 TATCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
51158 A-
507 AG
* * *
51159 CCTTTGAAACCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAT
1 CCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*** * * * *
51223 TTTTTTATGCTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTACCT-TAGGGAACGTGAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGA-GAAACGTGAAG-AAA
** * ** * * * *
51287 AAATCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTT
128 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * ** *
51351 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATATTAGGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTCAAA
192 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAA
* * * *
51416 ACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAACGAAAA
256 ACATATTATAATTGAATGTCTA-CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAA
* * ** ** * ** * * *
51480 -TCTATTTGTAACCACTTAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTT
318 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * *
51544 ATAATGGATTTTAAGTT-AAA-TTTTGACGTTTTT-GCTTAAAATAGATTATAATGGAATGTCTA
382 ATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * ** *
51606 GC-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AACAAGAAAAGTTTATTTAGAGTCACCCA-A
445 TCTTAA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
51668 G
508 G
* * * * ** * * *
51669 TCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTATAAACAGTTTTATAATCTCTTAATCGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** * *** * *
51734 TCTTTTACA-ATTTGGTTAAAGTAGATTATAACGGAATGTTTGCCTCTGA-AAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
51797 AGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAATCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
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Statistics
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TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCATTAAAACATA
TTATAATTGAATGTCTACTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAAC
ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG
Found at i:58382 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 57912--58525 Score: 483
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57902 GTTAAAATAT
** * * * * * **
57912 ATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAGCATAAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTT
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* * * * * * * * * **
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* * * * *** *
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*** ** * * * * *
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* * ** * * *
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*
58211 ATTGAGTT-TAAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTCACTAAAACAG
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* *
58254 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAA-AAAAAGCGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
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ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTATAAATGATTTTATAATATCATAAT
TGATTCTAAGTTGAATTCTTTTACAGTTTTCACTAAAACAG
Found at i:59181 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
58548 ATGCTTATAA
* * * * * ** * *
58558 TTAAAACAAATTATGATTGAATGTCTACGTCAAGTGACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAG
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* ** * *
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* * * *
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** * * * *** * *
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1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * **
58793 AAAATTCCT-TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATA
65 AAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*** * *
58857 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTAGTTTCC
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTAC
* * * * *
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1 -TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTA-AGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
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*
59028 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAC
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* * * *
59071 TTGAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** * * * *
59136 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-TATTCAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * **
59200 ATATGATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTGG
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*
59242 TTAAAATATATTATAATTGAATGT
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
59266 CTATCTTAGA
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 94, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAC
Found at i:59248 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 10.9 Consensus size: 340
58587 TCAAGTGACG
* * * * * **
58597 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATCTAGGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
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* * * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * ** *
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* ** * ***
58856 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTAGTTTCCTTTAAAATATATTATAATTGAA
259 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
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* * *
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* * *
59004 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT
* * * * * *
59069 ACTTGAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
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* ** * * *
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195 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
59199 AATATGATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
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* * * *
59264 GTCTATCTTA-GAAAATA
324 GT-TTTCCTAGGGAAAGA
** * * *
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* * *
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* * * * * * * ** * * * *
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* * *
59448 ACATGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACAT-GCTTTAAA
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* * * *
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* * * *
59576 TAATTGAATATTTACCTTGAG-AA-A
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** ** * * **** * * * *
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* * * * **
59664 TTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTGATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTGTATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA-TTTTTTACA-T
* * * * * ** * * * * *
59728 TTTTGGTTAAAATATATTTTGATTGAATGCCTATATCGAGAAGCATGAAGCAAAAGACATCCATT
126 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * ** *
59793 -GCAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAATCAATCTTTGGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGG
191 GGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
59856 TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-CATATTTCAATTAAAATGTATT-TC
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT-TTTTAGTTAAAATATATTAT-
* * *
59918 AATTGAATGTCTGCCTCGGGAAATG-
316 AATTGAATGTTTTCCTAGGGAAA-GA
* * * * * *
59943 TGAAGTAAAAGTCA-TCTATTGTCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCATCGAAAGCCT
1 TGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * *
60007 TAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGATTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACA-TTT
* * * * *
60072 TTATTTAAACT-GATTATAA-TGAAAAGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG
128 TTAGTTAAAATAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * * *
60135 GCTAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTT
192 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * *
60200 TATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTAAATTCA-TTTACATTTTTATTTAAAGTATATTATAACT
256 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-ATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
*** *
60264 GAAT-TTTTCCCTCCAGAAACA
320 GAATGTTTT-CCTAGGGAAAGA
* * * * * * *
60285 TGAAG-AAGAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCT
1 TGAAGCAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
60349 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * * * * ** * *
60414 TAGTTAAAACAAATTATAATAGACTATCTACCTC-AGAACACATGAAGAAAAAATCATTAATTAG
129 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * * *
60478 CAAAAAAAATTTATTTAGAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
193 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
60543 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTG
257 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTG
* * *
60606 AATGTTTAAT-TTA-GAAAACA
321 AATGTTT--TCCTAGGGAAAGA
* * ** * * *
60626 TGAAGCAAAAGCCATCCATCGGCACA-AAAAGTTTATTTATTGCCACTCAAGCCTTCAAAATG-C
1 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-GCC
* * * **
60689 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTTATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TT
* * * **
60754 TTTA-TTAAAATATG-TTATAATTGAATATTTTCCT-TGGAAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCA
127 TTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA
* * ** * *
60815 TTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
189 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
60880 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
* * * *
60945 TTGAATGTCTGCCTCA-GAAAACA
318 TTGAATGTTTTCCT-AGGGAAAGA
* * * * * * * * ** **
60968 TAAAGAAAAATCCATTCATTAGCGAGAAAAGTCCGTATATAGTCAC-CAAAGCATTTAAAAGTAT
1 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * **
61032 TATTACTC-ATCTTAAATGG-TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATACAT
65 TATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * * * * * * * *
61095 TTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTATCTTAGGAAGCACGAAGCAAAAGACATCCATTGG
128 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** * * *
61160 -AGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACTCTCTTCAAATGGTTT
193 CA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
61224 TATAATCTCGTAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
256 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-ATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * *
61289 AAATGTCTACCTA-AGAACTG-
320 GAATGTTTTCCTAGGGAA-AGA
* * * * * * *
61309 TGAAAC-TAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
61373 ATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTACATTTTTC
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-
* ** * *
61438 A-TTAAAACATTTTATAATT-ATATGTCTACCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGG
130 AGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
** * * * **
61500 CAAGAAAAGTCCTA-TTATAGTCACTTAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTT
193 CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
61564 TAGAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
256 TATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
* * **
61627 TGAATGTCTAT-CTTGAAAAACG-
319 TGAATGT-TTTCCTAGGGAAA-GA
* ** * * * * *
61649 TAAAAAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGCCACCCATA-CCTTCGAAAGCCT
1 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCT
** * * * * * *
61713 TATTACTCGCTTTTCATGGTTTTATAATGTCATTATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTT
* * *
61778 TTA-TTAAAATAGATTATGATTGAATG-CTTACCT---------T-ATG---AA---ATGCA---
128 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * *
61822 --AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTT
192 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
61885 TCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
256 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
* *
61950 AATGTCTAT-CTTGGGAAATG-
321 AATGT-TTTCCTAGGGAAA-GA
* * * *
61970 TGAAGCAAAAGCTATTCATTAGAG-AA-AAAAGTTCATTTACT-GTCACTCATGCCATCGAAAGC
1 TGAAGCAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * *
62032 ATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CAAAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-ATT
* * * * ** * * * *
62096 TTTGGTTAAAATATATTTTAATTGAATGT-TAGCCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATC
127 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
62160 GACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCAAAAACCTT-TTTCTCACTTTAAATGGT
191 GGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
62223 TTTATAATCTTATAACTGATTTTGAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTT
254 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTATTTTACATTTTT
62270 GATTTAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
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ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTA
GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
TTTCCTAGGGAAAGA
Found at i:59708 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 59329--61811 Score: 1768
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 170
59319 ATAGTCACTC
* * * * * * *
59329 GCTTTAATTGGGTTTATAATC-C-TATAGTGATTTTGAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCA-ATC
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTA
* ** * * * ** *
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* * * *
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* * * *
59503 GCTTTAAATGGTTTTATATTTTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * *
59568 ATACATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAA-ATGTAAAAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAATAG
66 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*** * * *
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130 TCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * ** *
59673 GCTTTAAATGATTTTATAATTTGATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTGTATTTTTTGGTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* * * ** * * * *
59737 AAATATATTTTGATTGAATGCCTATATCGAGAAGCATGAAGCAAAAGACATCCATT-GCAGAGAA
64 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAA
* * * *
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* * * *
59845 GCATTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CATATTTCAATTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAA
* * * * * * * *
59908 AATGTATT-TCAATTGAATGTCTGCCTCGGGAA-ATGTGAAGTAAAAGTCA-TCTATTGTCTAGA
65 AATATATTAT-AATTGAATGTCTACCTTGAGAACA--TGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGA
* * *
59970 AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCA-TCGAAAGCCTTAATACTT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAG-CATTTGAAAGCCTTATTACTT
* *
60015 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGA-TTTTTTACATTTTTTATTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* * * * * * *
60079 AACT-GATTATAA-TGAAAAGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGC
64 AAATATATTATAATTG-AATGTCTACCTTGA-G-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * *
60141 AAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * ** * ** *
60186 GCTTTAAGTAGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTAAATTCATTTACATTTTTATTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * ** * * *
60251 GTATATTATAACTGAATTTTTCCCTCCAGAAACATGAAGAAGAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAG
66 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** *
60316 CCCATTTATAGTCACCCATG-ACTTCAAAAGCCTTATTACTA
130 TCCATTTATAGTCACCTAAGCA-TTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
60357 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * ** * * *
60422 ACAAATTATAATAGACTATCTACC-TCAGAACACATGAAGAAAAAATCATTAATTAGCAAAAAAA
66 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-A-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* ** * * * ** *
60486 ATTTATTTAGAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * *
60528 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTCA-TTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
* ** * * * *
60591 AATATATTATAATTGAATGTTTAATTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCGGCACA-AAA
65 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAA
** * * * **
60655 AGTTTATTTATTGCCA-CTCAAGCCTTCAAAATG-CTTATTACTT
128 AGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCATTTGAAA-GCCTTATTACTT
* * *
60698 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTTA-TTTTTTA-TTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * *
60761 AAATATGTTATAATTGAATATTTTCCTTGGAAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCATTGGCACGAA
64 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * ** *
60825 AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTC
127 AAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
60869 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
60934 ACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAATCCATTCATTAGCGAGAAAAG
66 ATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * **
60999 TCCGTATATAGTCACCAAAGCATTTAAAAGTATTATTAC-T
130 TCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * ** *
61039 -CATCTTAAATGG-TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATACATTTGGTTA
1 GC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * *
61102 AAATATATTACAATTGAATGTCTATCTT-AGGAAGCACGAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGA
64 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
** * * * *
61165 AAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACTCT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACT-T
* * * * *
61211 -CTTCAAATGGTTTTATAATCTCGTAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACAATTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
61275 AATAGATTATAATTAAATGTCTACC-TAAGAAC-TG-TGAAACTAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
65 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATGAAGAAA--AAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
61337 AGTCCATTTATTGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
* * *
61380 GCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCA-TTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
* * * * * *
61443 AACATTTTATAATT-ATATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
65 AATATATTATAATTGA-ATGTCTACCT-TGAGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
61507 AGTCC-TATTATAGTCACTTAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTT
128 AGTCCAT-TTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
** * *
61550 GCTTTAAATATTTTTAGAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* * * * * * * * *
61613 AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAA
64 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
61678 AGTCCATTCATAGCCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
** * * * * * * *
61721 GCTTTTCATGGTTTTATAATGTCATTATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAA
* *
61785 AATAGATTATGATTGAATG-CTTACCTT
65 AATATATTATAATTGAATGTC-TACCTT
61812 ATGAAATGCA
Statistics
Matches: 1844, Mismatches: 377, Indels: 179
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 41 0.02
169 20 0.01
170 652 0.35
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172 168 0.09
173 15 0.01
174 51 0.03
175 50 0.03
176 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
Found at i:60576 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 59325--62277 Score: 1850
Period size: 512 Copynumber: 5.8 Consensus size: 507
59315 ATTTATAGTC
* * * *
59325 ACTCGCTTTAATTGGGTTTATAATC-C-TATAGTGATTTTGAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTC
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTT-
* * * * * * * ** * ** * * *
59387 A-ATCAAATATATTATAATCGAATGTCTACTTGAGGAAACATGAACCAAGAGCCATTGAATAACA
63 AGTTAAAACATATTATAATAG-ATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTAGCA
* * * * *
59451 TGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACAT-GCTTTAAATGG
127 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-CT-AAGCATTC-AAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGA
* * * * * *
59514 TTTTATATTTTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTAGTTAAAATACATTATA
186 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTTAAAATAGATTATA
* * * ** * * * **
59578 ATTGAATATTTACCTT--GAGAA-ATGTAAAAAAAAGTTATTCATTGGTAAG-AATAGTCCATTT
250 ATTGAATGTCTAACTTAGGA-AACATG-AAGCAAAAG-CATCCATTGG-CAGCAA-AGTTTATTT
* ** * * * * * *
59639 ATAGTCAC-CTAT-TTATTTGCAATCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTGATAATT
310 ATAGTCACTC-ATGCT-TTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC
* ** * * * * **
59702 GATTTTACA-TTGAATTTTTTTGTATTTTT-TGGTTAAAATATATTTTGATTGAATGCCTATATC
373 GATTTTA-AGTT-AAATTTTTTACATTTTTAT--TTAAAATATATTATAATTGAAT--TTTTCCC
* * * * * ** * *
59765 -GAGAAGCATGAAGCAAAAGACATCCATT-GCAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCAATCAATCTTT
432 TAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
*
59828 GGAAAGCCTTATT
495 CGAAAGCCTTATT
* * * *
59841 ACTCGCATTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-CATATTTCAA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTAG
** * * * * ** * *
59904 TTAAAATGTATT-TCAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAATGTGAAGTAAAAGTCA-TCTATT-GTC
65 TTAAAACATATTAT-AATAG-ATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATCATTC-ATTAG-C
* * * * * ** *
59966 TAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCA-TCGAAAGCCTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTT
126 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAG-CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * *
60030 ATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGATTTTTTACATTTTTTATTTAAACT-GATTATAA-TG
190 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * **
60093 AAAAGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGCAAAGTCCATTTATAGTC
254 -AATGTCTAACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC-ATCCATTGGC-AGCAAAGTTTATTTATAGTC
* * * * *
60158 ACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAA
316 ACTCATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAA
* * * *
60223 GTTAAATTCATTTACATTTTTATTTAAAGTATATTATAACTGAATTTTTCCCTCCAGAAACATGA
381 GTTAAATT-TTTTACATTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATTTTTCCCT-AAGAAACATGA
* * * * *
60288 AGAAGAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT
444 AGAA-AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
60353 ACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * * *
60418 TAAAACAAATTATAATAGACTATCTACCTCAGAACACATGAAGAAAAAATCATTAATTAGCAAAA
66 TAAAACATATTATAATAGA-TGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGA
* * * * *
60483 AAAATTTATTTAGAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
130 AAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
* * * *
60548 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTT
195 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
60612 TAATTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCGGCA-CAAAAAGTTTATTTATTGCCACTCAA
260 TAACTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGGCAGC--AAAGTTTATTTATAGTCACTCAT
* *
60676 GCCTTCAAAATG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAA
322 GCTTTTAAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAA
** * **
60740 ATGTTTTTTTATTTTT-TATTAAAATATGTTATAATTGAATATTTT-CCTTGGAAAACATGAAGC
386 AT-TTTTTACATTTTTAT-TTAAAATATATTATAATTGAAT-TTTTCCCTAAG-AAACATGAAG-
* * * ** *
60803 AAAAACCATTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTACGAAAGCCTTATT
446 AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
60865 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * *
60930 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATAAAG-AAAAATCCATTCATTAGCGAG
66 TAAAACATATTATAATAG-ATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAAT-CATTCATTAGCAAG
** * * * ** *
60994 AAAAGTCCGTATATAGTCACCAAAGCATTTAAAAGTATTATTACTCA-TCTTAAATG-GTTTATA
129 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGATTTTATA
* * * ** ** * *
61057 ATCTGATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT-TATACATTTGGTTAAAATATATTACAATTGAAT
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
61121 GTCTATCTTAGGAAGCACGAAGCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCC
257 GTCTAACTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGG-CAGCAAAGTTTATTTATAGTCACTC
* * * *
61186 ATGCTTTTGAAAGCATTATTACTCT-CTTCAAATGGTTTTATAATCTCGTAA-CTGATTTTAAGC
320 ATGCTTTTAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC-GATTTTAAG-
* * * * * * * * * *
61249 TGAATTGTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTAAG-AACTGTGAA
382 TTAAAT-TTTTTACATTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATTTTTCCCTAAGAAAC-ATGAA
* * * *
61313 -ACTAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
445 GA-AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
61376 ACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AG
* * * ** * *
61439 TTAAAACATTTTATAATTATATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
65 TTAAAACATATTATAA-TAGATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAG
* * ** *
61504 AAAAGTCCTA-TTATAGTCACTTAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTAG
129 AAAAGT-CTATTTATAGTCACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
*
61567 AATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGA
192 AATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * ** * * ** * *
61630 ATGTCTATCTT-GAAAAACGTAAAAAAAAAGCCA-CTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGCC
255 ATGTCTAACTTAG-GAAACATGAAGCAAAAG-CATC-CATTGGC-AGCAAAGTTTATTTATAGTC
* * * ** * ** * * ** *
61693 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTCATGGTTTTATAATGTCATTATTAATTTAAA
316 ACTCATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAA
* * * ** *
61758 GTTAAATGTTTTTATATTTTT-TATTAAAATAGATTATGATTGAATGCTTACCT--------T-A
381 GTTAAAT-TTTTTACATTTTTAT-TTAAAATATATTATAATTGAATTTTTCCCTAAGAAACATGA
* * * * *
61813 TG--AA---ATGC---A--AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATA-TCTTCAAAAGCCTTATT
444 AGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
61867 ACTCTCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * ** * ** * *
61932 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATGTGAAG-CAAAAGCTATTCATTAG-AGA
66 TAAAACATATTATAATAG-ATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTAGCA-A
* * * * *** *
61995 AAAAAGT-TCATTTACT-GTCA-CTCATGCCA-TCGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGTTT
128 GAAAAGTCT-ATTTA-TAGTCACCT-AAG-CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * ** * *
62056 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-A-ATTTTGGTTAAAATATATTTTAATT
189 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTTAAAATAGATTATAATT
* * ** ** * * * *
62119 GAATGT-TAGCCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATCGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT
253 GAATGTCTA-ACTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGGC-AGCAAAGTTTATTTATAGT
* ** * * * ** *
62183 CACTCAAGCCGTCAAAAACCTT-TTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA-CTGATTTT
315 CACTCATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC-GATTTT
* *
62246 GAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTGATTTAAA
379 AAGTTAA--ATTTTTTACATTTTT-ATTTAAA
62278 CAAGTTATAA
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 395, Indels: 226
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
TAAAACATATTATAATAGATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
AACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCATCCATTGGCAGCAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCTT
TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTT
TTACATTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATTTTTCCCTAAGAAACATGAAGAAAAGCCATT
CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
Found at i:60876 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 59452--62258 Score: 1882
Period size: 341 Copynumber: 8.3 Consensus size: 336
59442 TGAATAACAT
*
59452 GAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACAT-GCTTTAAATGGT
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* * * *
59515 TTTATATTTTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATACATTATAAT
60 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAAT
* * * * ** ** * *
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123 TGAATGTCTA-TTTAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAG
* **** * * * * * * *
59643 TCACCTATTTATTTGCAATCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTGATAATTGATTTT
185 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *** *
59708 ACA-TTGAATTTTTTTGTATTTTTTGGTTAAAATATATTTTGATTGAATGCCTA--TATCGAGAA
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*
59770 GCATGAAGCAAAAGACATCCATT-GCAGA
310 ACATGAAGCAAAA-ACATCCATTGGCA-A
* * * * ** * * *
59798 GAAAAGTTCATTTATAGTCAATCAATCTTTGGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTCTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* *
59863 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CATATTTCAATTAAAATGTATT-TCAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTT-TATTAAAATATATTAT-AATTGAAT
** ** * * * * * * *
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128 GTCT-ATTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
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190 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * * *
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255 -AAATTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATA-TTTACCTTAGAAAACATGAA
* *
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* ** * * * *
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1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* ** * * * *
60203 AATCTTATAATCAATTTTAAGTTAAATTCATTTACATTTTTATTTAAAGTATATTATAACTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA-
* ** ** * * * *
60268 TTTTCCCTCCAG-AAACATGAAG-AAGAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
127 -TGTCTATTTAGAAAACGTGAAGCAA-AAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
60331 CCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGT
189 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
60396 TGAA-TTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATAGACTATCTACCTCAGAACACATGAA
254 TAAATTTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGAA
* ** *
60460 GAAAAAATCATTAATTAGCAA
317 GCAAAAA-CATCCATTGGCAA
* * ** * * *
60481 AAAAAATTTATTTAGAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
*
60545 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATG
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * ** * * *
60610 TTTAATTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCGGCACAAAAAGTTTATTTATTGCCACTCA
129 TCT-ATTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
60675 AGCCTTCAAAATG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTA
192 AGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * *
60739 AATGTTTTTTTATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTGAATATTTTCCTTGGAAAACATGAAGCA
256 AAT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGAAGCA
* *
60804 AAAACCATTCATTGGCAC
320 AAAA-CATCCATTGGCAA
* * * *
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1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *
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66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * * * * * * *
60952 TCTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAATCCATTCATTAGCGAGAAAAGTCCGTATATAGTCACCAA
129 TCT-ATTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ** ** * *
61017 AGCATTTAAAAGTATTATTAC-T-CATCTTAAATGG-TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGCT
192 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** ** * * * * * * *
61079 AAATTTTTTTATACATTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTATCTTAGGAAGCACGAAGC
255 AAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGAAGC
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319 AAAA-ACATCCATTGGCA-A
** * * * ** * * * *
61163 GAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
61228 ATCTCGTAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
** * * * * * *
61293 GTCTACCTA-AGAACTGTGAAAC-TAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACCC
128 GTCTATTTAGAAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
61356 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTG
191 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
** * * * * *
61421 AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACATTTTATAATT--ATATGTCTACCTCAGAAAATATGAAG-
256 AATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATAT-T-TACCTTAGAAAACATGAAGC
61483 AAAAAGCCATCCATTGGCAA
319 AAAAA--CATCCATTGGCAA
* * * *
61503 GAAAAGTCC-TATTATAGTCACTTAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTA
1 GAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * *
61566 GAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
64 TAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* ** * * * *
61630 ATGTCTATCTT-GAAAAACGTAAAAAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGCCA
126 ATGTCTAT-TTAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * * *
61694 CCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTCATGGTTTTATAATGTCATTATTAATTTAAA
188 CCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
61758 GTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGCTTACCTT-------AT--
252 GTTAAAT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGA
*
61814 -G----AA-ATGCA-----AA
316 AGCAAAAACATCCATTGGCAA
* * * * *
61824 GAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTCT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* *
61888 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * *
61953 GTCTATCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATTCATTAGAG-AAAAAAGTTCATTTACT-GTCAC
128 GTCTAT-TTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATT-G-GCAAAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * * * * *
62016 TCATGCCATCGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
189 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * ** * * * * **
62081 TGAATTTTTTCAAATTTTGGTTAAAATATATTTTAATTGAAT-GTTAGCCTCAAAAAATGTGAAG
254 TAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTA-CCTTAGAAAACATGAAG
* * *
62145 CAAAAGTCATCCATCGACAA
318 CAAAA-ACATCCATTGGCAA
* * * * * *
62165 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCAAAAACCTT-TTTCTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
62229 ATCTTATAACTGATTTTGAGTT-AATTTTTT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
62259 TTTACATTTT
Statistics
Matches: 1938, Mismatches: 412, Indels: 230
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 39 0.02
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344 7 0.00
345 2 0.00
346 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
TATTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
TTTTTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAACA
TCCATTGGCAA
Found at i:61944 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 61672--61953 Score: 359
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
61662 ACTCATTGAC
* ** *
61672 AAGAAAAGTCCATTCATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTCATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTCATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * *
61737 TAATGTCATTATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAA
66 TAATCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAA
61802 TGCTTACCTTATGAAATGCA
131 TGCTTACCTTATGAAATGCA
* * * * * *
61822 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTC
1 AAGAAAAGTCCATTCATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
61887 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATGT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
61951 ATG
130 ATG
61954 TCTATCTTGG
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 21, Indels: 2
0.83 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 109 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (150 bp):
AAGAAAAGTCCATTCATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAA
TGCTTACCTTATGAAATGCA
Found at i:62145 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 61822--62258 Score: 483
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
61812 ATGAAATGCA
* * * * * *
61822 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCCATCAAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTT
* * * *
61886 CTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
64 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCAAATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* **** * *
61951 ATGTCTATCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAG-CTATTCATTAGAG
128 ATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTC-ATCCA-TAGAC
* * * *
61994 AA-AAAAGTTCATTTACT-GTCACTCATGCCATCGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTA-TAGTCACTCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTT
*
62057 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTGGTTAAAATATATTTTAATTGAA
64 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
*
62122 TGT-TAGCCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATCGAC
129 TGTCTA-CCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATAGAC
* * * *
62163 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCAAAAACCTT-TTTCTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTA
* *
62227 TAATCTTATAACTGATTTTGAGTT-AATTTTTT
65 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
62259 TTTACATTTT
Statistics
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172 3 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
TCTACCTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATAGAC
Found at i:62915 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 182
62524 ATTACTTGAC
* * * * *
62534 AAGAAAAGAACATTTTAAATTAATCATGCGATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATA
1 AAGAAAAGAACATTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTA
* * *
62598 TTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATAGTTCAAATCT
65 TTAATTCATTTATAATCTTATAAAAGATTATAAATCAAAATATTTGAACTTTATAGTTCAAACCT
* **
62663 ATTGTAATTAGATATTTGCATTAGGAAACTTGAAATGGATGTTATTCATTGTG
130 ATTGTAATTAGATATTGGCACCAGGAAACTTGAAATGGATGTTATTCATTGTG
* *
62716 AAGAAAAGAACATTTTAAGTTAACCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTAA
1 AAGAAAAGAACATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTAT
* * * *
62781 TAATTTATTTATAATCTTATAAAAGATTATAAATCAAAA-ATTTGAACTTTATGGTTTAAGCCTA
66 TAATTCATTTATAATCTTATAAAAGATTATAAATCAAAATATTTGAACTTTATAGTTCAAACCTA
* * * * *
62845 TTGTAATTAGATGTTGGTACCAGGGAA-TGTGAAATGGATGTTGTTCATTTTG
131 TTGTAATTAGATATTGGCACCAGGAAACT-TGAAATGGATGTTATTCATTGTG
* * * * *
62897 AAGAAAA-AACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTAATAGCTTTATTATTGACTTTAAGTAATGTA
1 AAGAAAAGAAC-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTA
62961 TTAATTCATTTATAATCTTATA
65 TTAATTCATTTATAATCTTATA
62983 TATAAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
180 4 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAGAAAAGAACATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTAT
TAATTCATTTATAATCTTATAAAAGATTATAAATCAAAATATTTGAACTTTATAGTTCAAACCTA
TTGTAATTAGATATTGGCACCAGGAAACTTGAAATGGATGTTATTCATTGTG
Found at i:63358 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
63018 AACTTTAGAA
* * *
63028 TTTATTATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTCGCATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTACTAAT
1 TTTATCATCAAAACCTATTATAATTGGATATTCGAATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTACTAAT
* *
63093 TGACAAGAAAAGATAATTGTATGTTAATAATCTCATCGAAAGCTTTGATACATGGTTTAAATGAT
66 TGACAAGAAAAGATAATTGTAAGTTAATAATCTCATCAAAAGCTTTGATACAT-GTTTAAATGAT
*
63158 GTATTAATACATTTATAATCTTATAAATGATAATTAATTGAGATATTTGGAC
130 ATATTAATACATTTATAATCTTATAAATGATAATTAATTGAGATATTTGGAC
* ** * * *
63210 TTTATCATTAAAACCTATTATAATTGTTTATTTGAATT-GGAAAACATGAAGTGGATGGTAC-CA
1 TTTATCATCAAAACCTATTATAATTGGATATTCGAATTCGG-AAACATGAAGTGGATGCTACTAA
* ** *
63273 TTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCGTGC-CATCAAAAGCTTTGTTACTCAT-TTTGAA
65 TTGACAAGAAAAGA-TAATTGTAAGTTAATAAT-CTCATCAAAAGCTTTGATA--CATGTTT-AA
*
63335 A-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
125 ATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAAT
63367 TAGTATAAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TTTATCATCAAAACCTATTATAATTGGATATTCGAATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTACTAAT
TGACAAGAAAAGATAATTGTAAGTTAATAATCTCATCAAAAGCTTTGATACATGTTTAAATGATA
TATTAATACATTTATAATCTTATAAATGATAATTAATTGAGATATTTGGAC
Found at i:63972 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 63721--64052 Score: 493
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
63711 TATGAATCCA
* * *
63721 TTTAAAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGAACTTTATGGTTAAAACTTAGTGTACT
1 TTTAAAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGTTAAAACCTAGTGTAAT
* * ***
63786 TGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTTTGAAGAAAAGACCATTTTAAGC
66 TGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTACAAAGAAAAGACCATTTTAAGC
* *
63851 TAATCATGCCATTAATAGCTTCACTACTTATTTAAATTATGTATTAATTCG
131 TAATCATGCCATCAAAAGCTTCACTACTTATTTAAATTATGTATTAATTCG
* * * * *
63902 TTTATAATCTTATAAATGGTTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAAT
1 TTTAAAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGTTAAAACCTAGTGTAAT
* * * *
63967 TGGATGTTTGCATTTGAAAACATGAAGTAGATGTTGTTCATTACAAAGAAAAGACCATTTTAAGT
66 TGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTACAAAGAAAAGACCATTTTAAGC
64032 TAATCATGCCATCAAAAGCTT
131 TAATCATGCCATCAAAAGCTT
64053 TCATACAAAC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGTTAAAACCTAGTGTAAT
TGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTACAAAGAAAAGACCATTTTAAGC
TAATCATGCCATCAAAAGCTTCACTACTTATTTAAATTATGTATTAATTCG
Found at i:70981 original size:18 final size:19
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Indices: 70955--71002 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
70945 GTGATATGTA
*
70955 AAAAGAATATTTTA-AAAT
1 AAAATAATATTTTATAAAT
*
70973 AAAATAATATTTTATGAAT
1 AAAATAATATTTTATAAAT
*
70992 AAAATATTATT
1 AAAATAATATT
71003 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
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19 13 0.50
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Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATATTTTATAAAT
Found at i:73634 original size:182 final size:180
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Indices: 73295--78527 Score: 2182
Period size: 182 Copynumber: 28.9 Consensus size: 180
73285 AGGTCGTTAC
* * * * * *
73295 GATTATAAATAAAAATCTTTGGACTTTATGATGAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTCA-
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AG
* * * * * ** *
73359 TAAATATGAAGTGGATGTTATCAATTGACATGAAAAGACCATTTTAAGTGGATAATGCCATCAAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * * *
73424 AGCTTTGAT-GCGCACTTTAAAAGATATATTAATTCATTTATAATCCTATAAAT
128 AGCTTTG-TCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * ** * *
73477 CATTATTAATTAAGATAGTTGGACTTTATGCTTAAACACTATCCTAATTCAATGTTTGAAATAGA
1 GATTATAAATTAA-ATATTTGGACTTTATGGTTAAA-ACTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * *
73542 AAATATGATGTGGTTGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTACTCGTGCCATCAAAA
64 AAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
* * * *
73607 GCTTTGTCAGTCACTTTGAATGATATATTAATTAATTTATAATATTATAAAT
129 GCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * *
73659 GATTAAAAATTATAATATTTTGACTTTATGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTTT-CTATTGG
1 GATTATAAATTA-AATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGC-ATTAG
* * * * * **
73723 GAAATGTGAAGTGGATTG-TATCTC-TTGACTAGAAAAGA-TAATGTTAAGTTAATCCTGTTATC
63 AAAATATGAAGTGGA-TGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * * *
73785 AAAAACTTTGTTACTTACTTCAAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
125 AAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * **
73841 GATTATAAATCAAAATATTTGGAC--TACTTGTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATTAG
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTA-TGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTAG
* * ** * * * ** *
73904 AAAACATAAAGTAAATGCTATTCATTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATTGTGCCATGAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* * ** *
73968 TAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATGTATGCATTCATTTATAATTTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * *
74022 GATTATAAATCAAA-A--T---CTTTGA-AGTTGAAAACCTATTATAATTGGGT-TCTTGCAATC
1 GATTATAAATTAAATATTTGGACTTT-ATGGTT-AAAA-CTATCATAATTGGATGT-TTGC-ATT
* * * * *
74079 A-CAAACATGGAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAAAAGA-TCATTTTAAGTTAATCATACCATC
61 AGAAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * *
74142 AAAAGCTTTGAT-ACAT-GCTTTAACTGTTATATTAATTAATTTATAATCTTATAAAT
125 AAAAGCTTTG-TCAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * *
74198 GATTATTAATTGAGATATTTCGACTTTATAGTTAAAAGCTCTCATAATTGGATGTTTGAATTGGA
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * * * * * *
74263 AAATATGAAGTGGATGGTATCAATGGACAAGAAAGGACCATTTTAAGTTAATCGTGCAATTAAAT
64 AAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
* * * * * * *
74328 GCTTTGTTACTGAATTTAAAAGATATAGTAATTCATTAAAAATCTTATAAAT
129 GCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * *** * * * *
74380 GATTTTAAATTGAAATCTTTGGACTTTAAAATTAAAACCAATCATAA-TGTGATATTTGTACTAG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTG-GATGTTTGCATTAG
* * * * * * ** * * * *
74444 GAGATTTGAAGTGGATGCTAACCCTTAAGTAGAAAAAAAC-ATTTTATGTTAATAATGCAATCAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* * * * * *
74508 AAGGTTCGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAGAAACTTATAAGT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * * *
74562 GATTGTAAATTGAACTCTTTGCAC-TTATGGTTAAATCCTA-CTGTAGTTGGATGTTTGCAGTGG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAA-ACTATC-ATAATTGGATGTTTGCATTAG
* * * * *
74625 AAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT-ACGAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* *
74689 TAGCTTTGT---T-AC--T-GATG--A-ATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
** * * * ** *
74733 GATTATAAAACAAACTCTTTGTACTTCATGAATAAAACTTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GC
1 GATTATAAATTAAA-TATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-
* ** * * * *
74797 AAAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTAACAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATACCATCAAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * * *
74862 AGCTTTG--A-TACGCTTTAAATGATATATTAATTTATTT-TAACCTGATAAAT
128 AGCTTTGTCACT-CACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
** * *** * ** * * *
74912 GATTATTGATTCAGATATTCATACTTTGTGGTTAAGGCCTACCATAATTGTATGTTTGAAATT-G
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAA-AACTATCATAATTGGATGTTTG-CATTAG
* * * * * ** *
74976 AAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTACTTGTGCCA-CTG
63 -AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC-A
* * * * *
75040 AAAGCTTTGTCACTAACTTTAAATAATATATTAATTCATTTACAATATTATAGAT
126 AAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * *
75095 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAACCTTATCACAATTGGATGTTTGCATTGGG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * *
75160 AAATGTGAAATGGATGCTATCGC-TTGACATGAAGAGA-TCATTTTAAGTTAATCATGCAATCAA
64 AAATATGAAGTGGATGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* ** * * * * *
75223 ACGCTCAGTTAGC-GATTTTAAGTGGTATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCA-CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * ** *
75277 GATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATGTTTGCAGT-GA
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * ** * * * *
75341 AAGACATGAAATGGATGCTGTTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATACCATCAAT
64 AA-ATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * * * * * *
75406 AGCTTTGTTACTCAGTTTAAATAATGTATTAGTTCATTTATAATGTTGTAAAT
128 AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * *
75459 GATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGTTGTTTGCATTCAG
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AG
* * * * * *
75524 -AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAGAAGAATAGACTAGTTTAAGTTAATGATGCCATCAAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * *
75588 AGCTTTGAT-ACTCTCTTTAAATGATATATTAATCCATTTATAATCTTAGAAAT
128 AGCTTTG-TCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * ** * * * *
75641 TATTATTAATATAGATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATCCTAATTGGTTGTTTGAAGT-GA
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-
* * * * * ** *
75705 AAAATGTGAAGTGGATGGTATCCGTTGAAAAGAAAAGACTACTTTAAGTTAATCACACCATGAAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* ** * *
75770 AGCTTTATTGCTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTAT-ATCACTT-TGAAT
128 AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT--CTTATAAAT
* * * * * * * *
75823 GA-TAT--ATTAATGATATGTT-AATTTATAAATGATTTTAGATTGA-AATATTTGGACT-TTAT
1 GATTATAAATTAA--ATAT-TTGGACTT-T--ATG-GTTAAAACT-ATCATAATTGGA-TGTT-T
** * * * ** * *** ** * *
75882 GGGTTA-AACCTATCAT-AATTGGATG-TTTGGATTGGCAA-ATGTGA--ATTGGATG-CAATCC
56 GCATTAGAA--AAT-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT--
* ** ** * * * * * * * * * * *
75940 CTTGGTAGGAAAAGACCTTTTAAGTTAATCATGCAGTCAAAAGCTTTGTT-ACTCACTTTAAAAG
116 CATGCCATCAAAAG--C-TTT--GTCACTCA--C-TTTAAATGATATATTAATTCA-TTTATAAT
* *
76004 ATATATTAAT
172 CT-TATAAAT
* * ** * ** ** * *
76014 CCATT-T--A-T-AAT-CTT--A-TAGATGATTAAAACTCAAAATCTTTGGACT-TTAT-AATCA
1 -GATTATAAATTAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACT-ATCATAATTGGA-TGTT-TGCATTA
** * * * * * * ** * ** * * *
76068 -AGACCTATTCCAATTGGATG-TTTGCATT-TC--GAAATGTGTAATGGATGCT-ATCAATTGAA
62 GA-AAATA-T-GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATC-A-TG-C
* ** * ** ** ** *
76127 AAGAAAAGAGCATTT-T-A---A-GTTAATCATGCCAT-CGAAAGC-TTCGATACATGCTT-TAA
121 CATCAAA-AGC-TTTGTCACTCACTTTAA--ATGATATATTAATTCATT-TATA-AT-CTTATAA
76183 AT
179 AT
* * * ** *
76185 GATATATTAATT-AAT-TTAT-AATCCTTTAAATGGTTATTAA-TAAAGATATTTGGACT-TTAT
1 GAT-TATAAATTAAATATT-TGGA--CTTT--ATGGTTA-AAACT-ATCATAATTGGA-TGTT-T
* * * * * * *
76245 G-GTTA-AAACCTTTTGTAATTGGATGCT-T-AAGTTG----G-AAA-AC---GTGAAGTGT-AT
56 GCATTAGAAA--ATATG-AAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGT-TAAT
* **** * * * * * * *
76296 GGCAT-CCATTAACAAGAAAAG--ACT-A-TTTTAA-GTTA-ATT-GTGC-TATAAAAAGCTTAT
116 --CATGCCATCAA-AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT-TTATAATCTTAT
76352 AAAT
177 AAAT
* * * *
76356 GATTGA-AAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACATATCATAATTGGATGTTTG-GTTCG
1 GATT-ATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATT-A
* * * * ** *
76419 GAAACT-TGAAGTTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATCGA
62 GAAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* * * *
76483 AAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * ** * * * *
76537 GATTATAAATTAAAATCTTTAGACATTT-TGATCGAAACATATTACAATTAGATGTTTTCATTCA
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGAC-TTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATT-A
* * * *
76601 G-AAATGTGAAGTGGATGCTAT-CAGTTAAAAAGAAAAGAGC-ATTTTAAGTTAATCACGCCATC
62 GAAAATATGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGA-CTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * **
76663 AAAAGCTTCGATGCA-T-GCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAAT
125 AAAAGCTTTG-T-CACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * ** * * * *
76719 GATTATTAATTGAGACATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATATTTG-AGATGG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTAG
* * * * * * * * *
76783 AAAACATGAAGTGTATGGTGTCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAA-CTGTGCTATCGA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATC-ATGCCATCAA
* * * * *
76847 AAGCTTTGTTACTTAATTTCAATGATATATTAAATC-TTTAATAATCTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTT-ATAATCTTATAAAT
* * * * * * *
76901 GATTATAAATTCAAATCTTTGGACCTTATGGTAAAAAACTATCATAATTAGATGTTAGCATTGGG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGT-TAAAACTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * ** **
76966 TAACATGAAGT-TATTGCTATCTC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGA
64 AAATATGAAGTGGA-TGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* ** ** *
77029 AAGCATTGTTTCTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
127 AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* *
77083 GATTATAAATCAAAATCTTTGTG-CTTTATGGTTAAAACCTAT-AGTAATTGGATG-TTGCATTA
1 GATTATAAAT-TAAATATTTG-GACTTTATGGTTAAAA-CTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * * *
77145 GGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTA-AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTA
62 GAAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTG-ACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* * * * * * * *
77209 ACAA-CTTTGTTAGTCAATTTAAGTGATGTATTCATTTATTAATAATCTTATAAAT
126 A-AAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * *
77264 GATTATAAGTCAAAATATTTGGACTTTATTTATGTTCAAAAACAATTATAATTGGATGTTTGCAT
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTA--T-GGTT--AAAACTATCATAATTGGATGTTTGCAT
* * * *
77329 TCA-AAAACATGAAGTTGATGCTA-CCAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAACCATGCC
60 T-AGAAAATATGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGAAAA-GACTATTTTAAGTTAATCATGCC
* * * * * * *
77391 ATCGAAAGC--T-TCAATACACTCTACAAATGATGTATTAATTAATATATAATTTTATAAAT
122 ATCAAAAGCTTTGTCACT-CACT-T-TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * *
77450 CATTATTAATTGAGATATTTGGACTTGATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATATTTGAATTGGA
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * * * * * * ** *
77515 AAAGATAAAATAGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTACTTATACCATTGAAG
64 AAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
* * * * *
77580 GCTTTGTCACTCACTTTAAACGGTATATTAATTTATTTATAATATTATAGAT
129 GCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * ** * * * *
77632 GATTATAATTTGAAATCTTTTAACTCTATGATTAAAACTTATCATAATT-GATTGTTTGTATTGG
1 GATTATAAATT-AAATATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGA-TGTTTGCATTAG
** * * * *
77696 AAAACGTGAAGTGGATGCTAT-CACTTGACAATAAGAGA-TCATTTTAAGTTAATCATGCGATCG
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* * **
77759 AAAGCTTTGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
126 AAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * ** *
77814 GATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTAGG
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTT-AAAACTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * * * *
77879 AAACATGAAGTGGATGCCATTCATTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCTATCAAT
64 AAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * * * * * **
77943 AGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATCTAATAATTTATTTATAATAATATAAAT
128 AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * ** * **
77996 GGTTATAAATGAAAATCTTTGAACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATATTTGCAGCA-A
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAAC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
** * ** * *
78060 GAAACGTGAAGTGGATGTTGAT-CATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAA
64 -AAATATGAAGTGGATGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* * * ** * *
78124 TAGCTTTG-CTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATACATAATGTTGTAAAT
127 AAGCTTTGTC-ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * * *
78178 GATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATTAAAACCGATTATAATTGGAAGTTTGAATTTGA
1 GATTATAAAT-TAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * *
78243 AAATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAAGA-TCATTTTGAGTTAAGCACGCCATCAAA
64 AAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * * *
78306 AGCTTTAAT-AC-AATCTTTAAATGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAACT
128 AGCTTT-GTCACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * *
78359 TATTATTAGTGTAGATATTCT-GACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTGAACTAG
1 GATTATAAAT-TAAATATT-TGGACTTTATGGTTAAAA-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG
* * * * * *
78423 AAAATGTGAAGTGAATGGT-T-CACTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTGAATCATGCCATTAAA
63 AAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* * *
78486 ATCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATTAATTTC-TTTATA
128 AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAA-TTCATTTATA
78528 TCAATTTGAA
Statistics
Matches: 3827, Mismatches: 938, Indels: 574
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.00
167 6 0.00
168 9 0.00
169 17 0.00
170 22 0.01
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174 17 0.00
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190 14 0.00
191 6 0.00
192 3 0.00
193 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
GATTATAAATTAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAA
ATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC
TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
Found at i:74741 original size:721 final size:709
Alignment explanation
Indices: 73326--76167 Score: 2353
Period size: 721 Copynumber: 3.9 Consensus size: 709
73316 GACTTTATGA
* * * * * *
73326 TGAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTCATAAATATGAAGTGGATGTTATCAATTGACATG
1 TGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAATCACAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG
** * * * *
73391 AAAAGACCATTTTAAGTGGATAATGCCATCAAAAGCTTTGATGC-GCACTTTAAAAGATATATTA
66 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATACTG--CTTTAAATGATATATTA
* * * *
73455 ATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATTAATTAAGATAGTT-GGACTTTATGCTTAAACA-CTA
129 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATT-AGATA-TTCAGACTTTATGGTTAAA-AGCTA
* ** * * *
73518 TCCTAATTCAATGTTTGAAAT-AGAAAATATGATGTGGTTGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTA
191 TCATAATTGGATGTTTGAATTGA-AAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTA
* * * * * * * *
73582 TTTTAAGTTACTCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCAGTCACTTTGAATGATATATTAATTAATTTAT
255 TTTTAAGTTAATCGTGCAATC-AAAGCTTTGTCACT-AATTTAAAAGATATATTAATTCATTTAA
* * *
73647 AATATTATAAATGATTAAAAATT-ATAATATTTTGACTTTATGGTTAAAA-TATATCATAATTGA
318 AATATTATAAATGATTATAAATTGA-AATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCA-ATCATAATTG-
* * * * *
73710 ATGTTTCTATTGGGAAATGTGAAGTGGATTG-TATCTCTTGACTAGAAAAGATA-ATGTTAAGTT
380 ATGTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGA-TGCTATCCCTT-AATAGAAAA-AAACATTTTAAGTT
* ** * * * * *
73773 AATCCTGTTATCAAAAACTTTGTTACTTACTTCAAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTATA
442 AATCATGCAATCAAAAAGTTCGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATA
* * * *
73838 AATGATTATAAATCAAAATATTTGGAC-TACTTGTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATT
507 AATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTA-TGGTT-AAACATATTGTAATTGGATGTTTGCAGT
* ** * ** *
73902 AGAAAACATAAAGTAAATGCTATTCATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATTGTGCCATGA
570 -GAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGCGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCA
* * * * * * *
73967 ATAGCTTTGTCACTCACT--TTAAATGATGTATGCATTCATT-TATAATTTTATAAATGATTATA
634 ATAGCTTTGTTACTGA-TAATT-AATTATTTAT--AATC-TTATA-AATGTTATAAATGATAATA
74029 AATCAAAATCTTTGAAG
693 AATCAAAATCTTTGAAG
* *
74046 TTGAAAACCTATTATAATTGGGT-TCTTGCAATCACAAACATGGAGTGGATGCTATCAATTGACA
1 -TGAAAACCTATTATAATTGGATGT-TTGCAATCACAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACA
* * *
74110 AGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATACATGCTTTAACTGTTATATT
64 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATAC-TGCTTTAAATGATATATT
* * *
74175 AATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTC-GACTTTATAGTTAAAAGCTC
128 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATT-AGATA-TTCAGACTTTATGGTTAAAAGCTA
* * * * *
74239 TCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATATGAAGTGGATGGTATCAATGGACAAGAAAGGACCAT
191 TCATAATTGGATGTTTGAATTGAAAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTAT
* * * *
74304 TTTAAGTTAATCGTGCAATTAAATGCTTTGTTACTGAATTTAAAAGATATAGTAATTCATTAAAA
256 TTTAAGTTAATCGTGCAATCAAA-GCTTTGTCACT-AATTTAAAAGATATATTAATTCATTTAAA
* * * *** *
74369 ATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTGGACTTTAAAATTAAAACCAATCATAATGTGATA
319 ATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCAATCATAAT-TGATG
* * * * * * *
74434 TTTGTACTAGGAGATTTGAAGTGGATGCTAACCCTTAAGTAGAAAAAAACATTTTATGTTAATAA
383 TTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCTTAA-TAGAAAAAAACATTTTAAGTTAATCA
* * * *
74499 TGCAATCAAAAGGTTCGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAGAAACTTATAAGTGA
447 TGCAATCAAAAAGTTCGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* * * * * * *
74564 TTGTAAATTGAACTCTTTGCACTTATGGTTAAATCCTACTGTAGTTGGATGTTTGCAGTGGAAAA
512 TTATAAATTAAAATCTTTGGACTTATGGTTAAA-CATATTGTAATTGGATGTTTGCAGT-GAAAA
* *
74629 CATGAAGTGGATGCTATTCATTACGAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCT
575 CATGAAGTGGATGCTATTCATTGCGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCT
* * ****
74694 TTGTTACTGATGAATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA--A-CA-AACTCTTTGT
640 TTGTTACTGAT-AATTAATT-ATTTATAATCTTATAAATG-TTATAAATGATAATAAATCAAAAT
74755 ACTTCATGAA-
702 -CTT--TGAAG
* * ** * *
74765 T-AAAACTTATTATAATTGGATGTTTGCATTGCA-AAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTAACAA
1 TGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAAT-CACAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAA
*
74828 GAAAAGACCATTTTAAATTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATAC-GCTTTAAATGATATATTAA
65 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATACTGCTTTAAATGATATATTAA
* * * * * * * *
74892 TTTATTT-TAACCTGATAAATGATTATTGATTCAGATATTCATACTTTGTGGTT-AAGGCCTACC
130 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATT-AGATATTCAGACTTTATGGTTAAAAG-CTATC
* * *
74955 ATAATTGTATGTTTGAAATTGAAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATT
193 ATAATTGGATGTTTG-AATTGAAAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATT
* * * * * *
75020 CTAAGTTACTTGTGCCACTGAAAGCTTTGTCACTAACTTTAAATA-ATATATTAATTCATTTACA
257 TTAAGTTAATCGTG-CAATCAAAGCTTTGTCACTAA-TTTAAA-AGATATATTAATTCATTTAAA
* * *
75084 ATATTATAGATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTT-AAACCTTATCACAATTGGAT
319 ATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACC-AATCATAATT-GAT
* * * * * *
75148 GTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGCTATCGCTTGACAT-GAAGAGATCATTTTAAGTTAAT
382 GTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCTT-A-ATAGAAAAAAACATTTTAAGTTAAT
* * * * * *
75212 CATGCAATC-AAACGCTCAGTTAGC-GATTTTAAGTGGTATATTAATTCATTTATAATCTTATAA
445 CATGCAATCAAAAAGTTC-GTTA-CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAA
*
75275 ATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATGTTTGCAGTG
508 ATGATTATAAATTAAAATCTTTGGAC-TTATGG-TTAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCAGTG
* * * ** *
75340 AAAGACATGAAATGGATGCTGTTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATACCATCAA
571 AAA-ACATGAAGTGGATGCTATTCATTGCGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAA
* * * *
75405 TAGCTTTGTTACTCAGTTTAAATAATGTA-TTAGTTCAT-TTAT-AATGTTGTAAATGATAATAA
635 TAGCTTTGTTACT--G-ATAATTAAT-TATTTA--TAATCTTATAAATGTTATAAATGATAATAA
75467 ATCAAAATCTTTGGACTTTATG
694 ATCAAAATCTTT-GA----A-G
* * * * * *
75489 ATCAAAACCTATTATAATTAGTTGTTTGCATTCAGAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAGAA
1 -TGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAATCACAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAA
* * * * * *
75554 GAATAGACTAGTTTAAGTTAATGATGCCATCAAAAGCTTTGATACTCTCTTTAAATGATATATTA
65 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATACT-GCTTTAAATGATATATTA
* * * *
75619 ATCCATTTATAATCTTAGAAATTATTATTAATATAGATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATC
129 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAT-TAGATATTCAGACTTTATGGTTAAAAGCTATC
* * * * * * *
75684 CTAATTGGTTGTTTGAAGTGAAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCGTTGAAAAGAAAAGACTACTT
193 ATAATTGGATGTTTGAATTGAAAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTT
*** * * *
75749 TAAGTTAATCACACCATGAAAAGCTTTATTGCTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATC
258 TAAGTTAATCGTGCAAT-CAAAGC--T-TTG-TCAC--T-AAT--T-TA--AA---A--GATAT-
* *
75814 ACTTTGAATGAT-ATATTAATGATATGTTAATTTATAAATGATTTTAGATTGAAATATTTGGACT
304 A--TT-AAT--TCAT-TTAA--A-A---T-A-TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACT
* * * * *
75878 TTATGGGTT-AAACCTATCATAATTGGATGTTTGGATTGGCAAATGTGAATTGGATGCAATCCCT
355 TTAT-GGTTAAAACCAATCATAATT-GATGTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCT
** * * * * * *
75942 TGGTAGGAAAAGACCTTTTAAGTTAATCATGCAGTC-AAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAAGAT
418 TAATAGAAAAAAACATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAAG-TTCGTTACTCACTTTAAATGAT
* * * ** *
76006 ATATTAATCCATTTATAATCTTATAGATGATTA-AAACTCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAG
482 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TTAAAATCTTTGGAC-TTATGGTTAA-
* ** * ** **
76070 ACCTATTCCAATTGGATGTTTGCATTTCG-AAATGTGTAA-TGGATGCTA-TCAATTGAAAAGAA
544 ACATATTGTAATTGGATGTTTGCA-GT-GAAAACATG-AAGTGGATGCTATTC-ATTGCGAAGAA
* *
76132 AAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTT
605 AAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AATAGCTT
76168 CGATACATGC
Statistics
Matches: 1708, Mismatches: 303, Indels: 184
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
713 6 0.00
714 66 0.04
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716 110 0.06
717 111 0.06
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719 10 0.01
720 28 0.02
721 528 0.31
722 10 0.01
723 8 0.00
725 3 0.00
726 90 0.05
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730 4 0.00
731 3 0.00
732 4 0.00
734 2 0.00
735 2 0.00
736 1 0.00
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744 4 0.00
745 1 0.00
747 2 0.00
748 3 0.00
749 2 0.00
750 4 0.00
752 1 0.00
753 1 0.00
756 11 0.01
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759 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (709 bp):
TGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAATCACAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG
AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAAAAGCTTTGATACTGCTTTAAATGATATATTAAT
TCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTAGATATTCAGACTTTATGGTTAAAAGCTATCATA
ATTGGATGTTTGAATTGAAAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAA
GTTAATCGTGCAATCAAAGCTTTGTCACTAATTTAAAAGATATATTAATTCATTTAAAATATTAT
AAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCAATCATAATTGATGTTTGTATT
GGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCTTAATAGAAAAAAACATTTTAAGTTAATCATGCAATCAA
AAAGTTCGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT
AAAATCTTTGGACTTATGGTTAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCAGTGAAAACATGAAGTGGA
TGCTATTCATTGCGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTGAT
AATTAATTATTTATAATCTTATAAATGTTATAAATGATAATAAATCAAAATCTTTGAAG
Found at i:74818 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 74536--74868 Score: 416
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
74526 TAAATGATAT
* * *** ** *
74536 ATTAATTCATTTAGAAACTTATAAGTGATTGTAAATTGAACTCTTTGCACTTATGGTTAAATCCT
1 ATTAATTCATTTAGAAACTTATAAATGATTATAAAACAAACTCTTTGCACTTATGAATAAAACCT
* * * * *
74601 ACTGTAGTTGGATGTTTGCAGTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT-ACGAAGAAAAGTCC
66 ACTATAATTGGATGTTTGCAGTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTAAC-AAGAAAAGACC
* * *
74665 ATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTGATGA
130 ATTTTAAACTAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTACTGATGA
* * * *
74707 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAACAAACTCTTTGTACTTCATGAATAAAACT
1 ATTAATTCATTTAGAAACTTATAAATGATTATAAAACAAACTCTTTGCACTT-ATGAATAAAACC
* * **
74772 TATTATAATTGGATGTTTGCATTGCAAAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTAACAAGAAAAGACC
65 TACTATAATTGGATGTTTGCAGTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTAACAAGAAAAGACC
*
74837 ATTTTAAATTAATCATACCATCAAAAGCTTTG
130 ATTTTAAACTAATCATACCATCAAAAGCTTTG
74869 ATACGCTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 25, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 44 0.33
172 89 0.66
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTAATTCATTTAGAAACTTATAAATGATTATAAAACAAACTCTTTGCACTTATGAATAAAACCT
ACTATAATTGGATGTTTGCAGTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTAACAAGAAAAGACCA
TTTTAAACTAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTACTGATGA
Found at i:76185 original size:575 final size:577
Alignment explanation
Indices: 75264--76332 Score: 1356
Period size: 575 Copynumber: 1.9 Consensus size: 577
75254 AATTCATTTA
* * * **
75264 TAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATGGGTTAAACCTATCATAATTGGA
** *
75329 TGTTTGCAGTGAAAGACATGAAATGGATGCTGTTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAAT
66 TGTTTGCAGTGAAAGACATGAAATGGATGCAATCCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAAT
* * * * * * *
75394 CATACCATCAATAGCTTTGTTACTCAGTTTAAATAATGTATTAGTTCATTTATAATGTTGTAAAT
131 CATACCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAT
* * *
75459 GATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGTTGTTTGCATTCAG
196 GATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTATTACAATTAGATGTTTGCATTCAG
* * *
75524 AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAGAAGAATAGACTAGTTTAAGTTAATGATGCCATCAAAA
261 AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAAAAGAAAAGACTAGTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
* * * * *
75589 GCTTTGATACTCTCTTTAAATGATATATTAATCCATTTATAAT-CTTAGAAATTATTATTAATAT
326 GCTTCGATACTCGCTTTAAATGATATATTAATCAATTTATAATCCTT-GAAATGATTATTAATAA
* * *
75653 AGATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATCCTAATTGGTTGTTTGAAG-TGAAAAATGTGAAGT
390 AGATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATCCTAATTGGATGCTT-AAGTTGAAAAACGTGAAGT
* *
75717 GGATGGTATCCGTTGAA-AAGAAAAGACTACTTTAAGTTAATCACACCATGAAAAGCTTTATTGC
454 GGATGGCATCCATT-AACAAGAAAAGACTACTTTAAGTTAATCACACCATGAAAAGCTTTATTGC
75781 TCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATCACTTTGAATGATATATTAATGATATGT
518 TCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATCACTTTGAATGATATATTAATGATATGT
* * *
75841 TAAT-TTATAAATGATTTTAGATTGAAATATTTGGACTTTATGGGTTAAACCTATCATAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATGGGTTAAACCTATCATAATTGGA
* * * ** * * * *
75905 TGTTTGGATTGGCAA-ATGTGAATTGGATGCAATCCCTTG-GTAGGAAAAGACC-TTTTAAGTTA
66 TGTTTGCAGT-GAAAGACATGAAATGGATGCAATCCATTGTG-AAGAAAAGACCATTTTAAATTA
*
75967 ATCAT-GCAGTCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAA-AGATATATTAATCCATTTATAATCTTAT
129 ATCATACCA-TCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATA-ATATATTAATCCATTTATAATCTTAT
* * * * *
76030 AGATGATTAA-AACTCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAGACCTATTCCAATTGGATGTTTGCA
192 AAATGA-TAATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTATTACAATTAGATGTTTGCA
** *
76094 TTTC-GAAATGTGTAA-TGGATGCTATCAATTGAAAAGAAAAGAGC-ATTTTAAGTTAATCATGC
256 -TTCAGAAACATG-AAGTGGATGCTATCAATTGAAAAGAAAAGA-CTAGTTTAAGTTAATCATGC
* * * *
76156 CATCGAAAGCTTCGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCTTTAAATGGTT
318 CATCAAAAGCTTCGATAC-TCGCTTTAAATGATATATTAATCAATTTATAATCCTTGAAATGATT
** * ** *
76220 ATTAATAAAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTTTTGTAATTGGATGCTTAAGTTGGAAAAC
382 ATTAATAAAGATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATCCTAATTGGATGCTTAAGTTGAAAAAC
* *
76285 GTGAAGTGTATGGCATCCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT
447 GTGAAGTGGATGGCATCCATTAACAAGAAAAGACTACTTTAAGTTAAT
76333 TGTGCTATAA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 64, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (577 bp):
TAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATGGGTTAAACCTATCATAATTGGA
TGTTTGCAGTGAAAGACATGAAATGGATGCAATCCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAAT
CATACCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAT
GATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTATTACAATTAGATGTTTGCATTCAG
AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAAAAGAAAAGACTAGTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
GCTTCGATACTCGCTTTAAATGATATATTAATCAATTTATAATCCTTGAAATGATTATTAATAAA
GATATTCAGACTTTATGGTTAAAACCTATCCTAATTGGATGCTTAAGTTGAAAAACGTGAAGTGG
ATGGCATCCATTAACAAGAAAAGACTACTTTAAGTTAATCACACCATGAAAAGCTTTATTGCTCA
CTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATCACTTTGAATGATATATTAATGATATGT
Found at i:76795 original size:503 final size:503
Alignment explanation
Indices: 75845--76852 Score: 1390
Period size: 503 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
75835 ATATGTTAAT
** * * *
75845 TTATAAATGATTTTAGATTGAAATATTTGGACTTTATGGGTTAAACCTATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTGAAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGGTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
** *
75910 GGATTGGCAAATGTGAATTGGATGCAATCCCTTGGTAGGAAAAGACCTTTTAAGTTAATCATGCA
66 GGATTGGCAAATGTGAATTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACCTTTTAAGTTAATCATGCA
* *
75975 GTCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAGATGATTAA
131 GTCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTAA
* * * *
76040 AACTCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAGACCTATTCCAATTGGATGTTTGCATTTCGAAATGT
196 AACTCAAAATCTTTAGACTTTATAATCAAGACATATTACAATTAGATGTTTGCATTTCGAAATGT
* * *
76105 GTAATGGATGCTATCAATTGAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTCG
261 GTAATGGATGCTATCAATTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAGCTTCG
** * *
76170 ATACATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCTTTAAATGGTTATTAATAAAGATATT
326 ATACATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTAATAAAGACATT
* * * * * *
76235 TGGACTTTATGGTTAAAACCTTTTGTAATTGGATGCTTAAGTTGGAAAACGTGAAGTGTATGGCA
391 TGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATACTTAAGATGGAAAACATGAAGTGTATGGCA
* *
76300 TCCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTGCTATAAAAAGC
456 TCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATAAAAAGC
*
76348 TTATAAATGATTGAAAATTGAAATCTTTGGACTTTAT-GGTAAAAACATATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTGAAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGGT-AAAACATATCATAATTGGATGTT
*
76412 TGG-TTCGG-AAACT-TGAAGTT-GATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
65 TGGATT-GGCAAA-TGTGAA-TTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACC-TTTTAAGTTAATC
* * * * **
76473 ATG-TGATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAAT
126 ATGCAG-TCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAT
* * *
76537 GATTATAAA-TTAAAATCTTTAGACATTT-TGATCGAA-ACATATTACAATTAGATGTTTTCA-T
190 GATTA-AAACTCAAAATCTTTAGAC-TTTATAATC-AAGACATATTACAATTAGATGTTTGCATT
*
76598 TCAGAAATGTG-AAGTGGATGCTATCAGTTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCAT
252 TC-GAAATGTGTAA-TGGATGCTATCAATTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCAT
*
76662 CAAAAGCTTCGATGCATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTA
315 CAAAAGCTTCGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTA
** * *
76727 ATTGAGACATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATATTTGAGATGGAAAACATGA
380 ATAAAGACATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATACTTAAGATGGAAAACATGA
** **
76792 AGTGTATGGTGTCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATCGAAAGC
445 AGTGTATGGCATCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATAAAAAGC
76851 TT
1 TT
76853 TGTTACTTAA
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 50, Indels: 22
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
TTATAAATGATTGAAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGGTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
GGATTGGCAAATGTGAATTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACCTTTTAAGTTAATCATGCA
GTCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTAA
AACTCAAAATCTTTAGACTTTATAATCAAGACATATTACAATTAGATGTTTGCATTTCGAAATGT
GTAATGGATGCTATCAATTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAGCTTCG
ATACATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTAATAAAGACATT
TGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATACTTAAGATGGAAAACATGAAGTGTATGGCA
TCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATAAAAAGC
Found at i:77122 original size:364 final size:363
Alignment explanation
Indices: 76347--79777 Score: 1896
Period size: 364 Copynumber: 9.4 Consensus size: 363
76337 CTATAAAAAG
** * * ** *
76347 CTTATAAATGATTGA-AAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACATATCATAATTGGATGT
1 CTTATAAATGATT-ATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATAT
** * * * * *
76411 TTG-GTTCGGAAACTTGAAGTTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA-TCA
65 TTGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CCATAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACT-A
** * *
76474 TGTGATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAATGA
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGA
* * * ** * * * *
76539 TTATAAATTAAAATCTTTAGACATTTTGATCGAAACATATTACAATTAGATGTTTTCATTCAGAA
193 TTATAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCATTCAAAA
** * * * * * *
76604 ATGTGAAGTGGATGCTATCAGTTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAGC
258 ACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGC
* *
76669 TTCGATGCATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
323 TTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
** * ** * * * *
76710 CCCATAAATGATTATTAATTGAGA-CATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATAT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATC-TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATAT
* * * *
76774 TTG-AGAT-GGAAAACATGAAGTGTATGGTGTCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACT
65 TTGCA-ATAGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCA-TAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACT
* * * * * * *
76837 GTGCTATCGAAAGCTTTGTTACTTAATTTCAATGATATATTAAATCT-TTAATAATCTTATAAAT
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATT-AATTTATTTATAATCTTATAAAT
* * * **
76901 GATTATAAATTCAAATCTTTGGACCTTATGGTAAAAA-ACTATCATAATTAGATGTTAGCATTGG
191 GATTATAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACA-TATCATAATTAGATGTTTGCATTCA
** * * ** *
76965 GTAACATGAAGT-TATTGCTATCTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGA
255 AAAACATGAAGTGGA-TGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGA
* * * *
77029 AAGCATT-GTTTCTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTTATAAT
319 AAGC-TTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
* *
77074 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGTG-CTTTATGGTTAAAACCTATAGTAATTGGAT-G
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG-GACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATAT
* *
77137 TTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTAA-AA-AAAAGACCATTTTAAGTTAA-T
65 TTGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA---TAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACT
* * * * * * * *
77199 CATGCCAT-TAACAACTTTGTTAGTCAATTTAAGTGATGTATTCATTTATTAATAATCTTATAAA
127 -ATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAA
* * * * * * *
77263 TGATTATAAGTCAAAATATTTGGACTTTATTTATGTTCAAAAACA-ATTATAATTGGATGTTTGC
190 TGATTATAAATTAAAATCTTTGGAC----CTTATGAT-AAAAACATATCATAATTAGATGTTTGC
* * * *
77327 ATTCAAAAACATGAAGTTGATGCTACCAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAACCATGCC
250 ATTCAAAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCC
* * ** * *
77391 ATCGAAAGCTTCAATACACT-CTACAAATGATGTATTAATTAATATATAAT
314 ATCGAAAGCTTCGATAC-TTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
* * * ** * * * ** *
77441 TTTATAAATCATTATTAATTGAGATATTTGGACTTGATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATATT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATATT
* * * * * * * * *
77506 TG-AATTGGAAAAGATAAAATAGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTAAGTT-ACTTA
66 TGCAATAGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCA-TAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAC-TA
* * * * * * * *
77569 TACCATTGAAGGCTTTGTCACTCACTTTAAACGGTATATTAATTTATTTATAATATTATAGATGA
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGA
* * * * * * * **
77634 TTATAATTTGAAATCTTT-TAACTCTATGATTAAAACTTATCATAATT-GATTGTTTGTATTGGA
193 TTATAAATTAAAATCTTTGGACCT-TATGATAAAAACATATCATAATTAGA-TGTTTGCATTCAA
* * * * *
77697 AAACGTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAATAAGAGATCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAA
256 AAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAA
* * * *
77762 GCTTTGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
321 GCTTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
* * *
77805 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATATT
* * * ** *
77870 TGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATTCATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATG
66 TGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATAAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACTATG
* * * * * ** *
77935 CTATC-AATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATCTAATAATTTATTTATAATAATATAAATGGT
130 CCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * ** * ** * * *
77999 TATAAATGAAAATCTTTGAACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATATTTGCA-GCAAGAA
194 TATAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCATTCAA-AA
* * ** *
78063 ACGTGAAGTGGATGTTGATCA-TTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATC-AATA
258 ACATGAAGTGGATGCT-ATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-A
* * ** * * * **
78126 GCTTTGCTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATACATAAT
321 GCTTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
* * * * * *
78169 GTTGTAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATTAAAACCGATTATAATTGGA-AGT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATA-T
** * * * *
78233 TTG-AATTTGAAA-ATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAAGATCATTTTGAGTTAAGC
65 TTGCAATAGGAAACA--TGAAGTGGATGCTATCCA-TAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA-C
* * ** * ** *
78295 -ACGCCATCAAAAGCTTTAATAC-AATCTTTAAATGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAC
126 TATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAA
* * * * * * * * * * * * * *
78358 TTATTATTAGTGTAGATAT-TCT-GACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTGAACT
190 TGATTATAAAT-TA-AAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCATT
** * * * * *
78421 -AGAAAATGTGAAGTGAATGGT-TCAC-TGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTGAATCATGCCATT
253 CA-AAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * * ** *
78483 AAAATCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATTAATTTCTTTATATCAATTTGAATGATATATT
317 GAAAGCTTCGATACTTGCTTTAAATGATATATT-A-------AT-T-AA-TT---T-ATA-A-T
* ** * * * ** * * *
78547 AATTTATAAATGATTATAAATTGAAATATATGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATGATTAGATG
1 --CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATA
* * * * *** * * * *
78612 TTTGGATTAGCAAACATGAAGGGGATAAAATCCCTTGATAAGAAAAGACCATTTTCAGTTAATCA
64 TTTGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CCATAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA-C-
* * **
78677 TATG-C-TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAT
126 TATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAAT
* ** * * * * ** ** *
78740 GATTATAAATCAAAATCTTTACACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATT-GAATGTACGGATTGC
191 GATTATAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAG-ATGTTTGCATT-C
* * * * *
78804 TAAAACATGATGTGGATGCTAGTC-TTTGGA-AAGTAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATC
254 AAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTT-GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * ** *
78867 -AATTGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATT-ATTACATTTATAAT
317 GAA-AGCTTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTA-ATTTATAAT
* * * * * * *** * *
78914 ATAATAAAT-ATAAAAAATCAAAATATTTGGACGTTATGACAAAAACCTATTATAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATATT
* * * * * * * * * * * **
78978 TTCATTCGAAAACGTGAAGTGGAAGCAATCAATTGACAAG-AAAGAGCATTTTAAGTTAATTACA
66 TGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA-TAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACTATG
* * * * * *
79042 CCATCGAAAGCTTTGATACACGCTTTAAAAGATATATTAATTAATTTATAATCCTATAAATGATT
130 CCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * * * * ** * *
79107 ATTAATTGAGATAC-TTGGGCTTTATGGTTAGAATC-TATTGTAATTGGATGTTTG-AGTTGAAA
195 ATAAATTAAAAT-CTTTGGACCTTAT-GATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCA-TTCAAA
* * * * * * *
79169 AACATAAAATGGACGGTATCCACTT-ACAAGAAAAAACTATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAA
257 AACATGAAGTGGATGCTAT-CACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAA
* * * * * * *
79233 GCTTTGTTACTTACTATCAATGATATATTAAAT-CTTTAATAAT
321 GCTTCGATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTT-ATAAT
* ** * * ** * *
79276 CTTATAAATTATTATAAATTGAAATCTTTGGA-TTATATAGTAAAAACCTATCATAATTAGATTT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTT-TATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATAT
* * * * * * *
79340 TTGC-ATTGTGAAACGTGAAATTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTCTAAGTTAA-TC
65 TTGCAATAG-GAAACATGAAGTGGATGCTAT-CCATAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACT-
* * * ** * * * *
79403 ATGCAATCAAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTAATAATTTTATAAATG
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATG
* * ** ** * * * * ** * ** ***
79468 ATTATAAATCAAAATATTTTCATTTTAAGGTTAAAACTTATTGTAAGTAGATGTACGCATTGGGA
192 ATTATAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCATTCAAA
* * * * *
79533 AACGTGAGGTGGATGCTATTCA-TTGCCAATAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AAT
257 AACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-
* * * * * *
79596 TGCTT-TATTGCTCAG-TTTGAATGATGTATTAA-TACATTTATAAT
320 AGCTTCGA-TACT-TGCTTTAAATGATATATTAATTA-ATTTATAAT
* * ** * * * * *
79640 TTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACTTATTATAATTAGATGTT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATATT
* * * * ** * * *
79705 CGCATTTGAAAACATGAAGTGGATGCTAT-C--AA-TTGAAAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGC
66 TGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACTATGC
79766 CATCGAAAGCTT
131 CATCGAAAGCTT
79778 CTATACATGC
Statistics
Matches: 2353, Mismatches: 581, Indels: 272
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
359 31 0.01
360 2 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (363 bp):
CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATATT
TGCAATAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACTATGC
CATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTA
TAAATTAAAATCTTTGGACCTTATGATAAAAACATATCATAATTAGATGTTTGCATTCAAAAACA
TGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTC
GATACTTGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAAT
Found at i:77744 original size:731 final size:727
Alignment explanation
Indices: 76347--78011 Score: 1881
Period size: 731 Copynumber: 2.3 Consensus size: 727
76337 CTATAAAAAG
** * *
76347 CTTATAAATGATTGA-AAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACATATCA-TAATTGGATG
1 CTTATAAATGATT-ATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAT-AGTAATTGGATG
* * * * * *
76410 TTTG-GTTCGGAAACTTGAAGTTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
64 TTTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
** * * * *
76474 TGTGATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAATGA
128 TGCCATCGAAAACATTGTTACTCAATTTAAATGATATATTAATTTATTAATAATCTTATAAATGA
* * * * *
76539 TTATAAATTAAAATCTTTAGACATTTTGATCGAAACATATTACAATTAGATGTTTTCATTCAGAA
193 TTATAAATCAAAATATTTAGACATTTTGATCAAAACATATTACAATTAGATGTTTGCATTCAAAA
** * * * *
76604 ATGTGAAGTGGATGCTATCAGTTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAGC
258 ACATGAAGTGGATGCTACCAATTAAAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCAAAAGC
* * ** * *
76669 TTCGATGCATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTAATTGAGA
323 TTCAATACATGCTACAAATGATATATTAATTAATATATAATCCCATAAATCATTATTAATTGAGA
* * ** * * *
76734 CATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATATTTGAGATGGAAAACATGAAGTGTAT
388 CATTTGGACTTGATGGTGAAAACCTATCATAAGTAGATATTTGAGATGGAAAACATAAAATGTAT
* * * * * * *
76799 GGTGTCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATCGAAAGCTTTGTTACTTAAT
453 GGTATCCACTAACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTAACTATACCATCGAAAGCTTTGTCACTCAAT
* * * *
76864 TTCAATGATATATTAAATCTTTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGGACCTTA
518 TTAAACGATATATTAAATCTTTAATAATATTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGAACCTTA
* ** * *
76929 TGGTAAAAAACTATCATAATTAGATGTTAGCATTGGGTAACATGAAGTTATTGCTATCTCTTGAC
583 TGATAAAAAACTATCATAATTAGATGTTAGCATTGGAAAACATGAAGTGATTGCTATCACTTGAC
* * * *
76994 AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGTTTCTTGCTTTAAATGATATGT
648 AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATAT
77059 TAATTCATTTATAAT
713 TAATTCATTTATAAT
77074 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGTG-CTTTATGGTTAAAACCTATAGTAATTGGATG-
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG-GACTTTATGGTTAAAACCTATAGTAATTGGATGT
*
77137 TTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTAAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
65 TTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * *
77202 GCCAT-TAACAACTTTGTTAGTCAATTTAAGTGATGTATTCATTTATTAATAATCTTATAAATGA
129 GCCATCGAA-AACATTGTTACTCAATTTAAATGATATATTAATTTATTAATAATCTTATAAATGA
* * * * *
77266 TTATAAGTCAAAATATTTGGACTTTATTTATGTTCAAAAACA-ATTATAATTGGATGTTTGCATT
193 TTATAAATCAAAATATTTAGAC---ATTT-TGATC-AAAACATATTACAATTAGATGTTTGCATT
* * * *
77330 CAAAAACATGAAGTTGATGCTACCAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAACCATGCCATC
253 CAAAAACATGAAGTGGATGCTACCAATTAAAAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAACCACGCCATC
* * ***
77394 GAAAGCTTCAATACACT-CTACAAATGATGTATTAATTAATATATAATTTTATAAATCATTATTA
317 AAAAGCTTCAATACA-TGCTACAAATGATATATTAATTAATATATAATCCCATAAATCATTATTA
* * * *
77458 ATTGAGATATTTGGACTTGATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATATTTGA-ATTGGAAAAGATA
381 ATTGAGACATTTGGACTTGATGGTGAAAACCTATCATAAGTAGATATTTGAGA-TGGAAAACATA
* * * *
77522 AAATAG-ATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTAAGTT-ACTTATACCATTGAAGGCTTT
445 AAAT-GTATGGTATCCACTAACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTAAC-TATACCATCGAAAGCTTT
* * * * * * *
77585 GTCACTCACTTTAAACGGTATATT-AATTTATTTATAATATTATAGATGATTATAATTTGAAATC
508 GTCACTCAATTTAAACGATATATTAAATCT-TTAATAATATTATAAATGATTATAAATTCAAATC
* * * * *
77649 TTTTAA-CTCTATGAT-TAAAACTTATCATAATT-GATTGTTTGTATTGGAAAACGTGAAGTGGA
572 TTTGAACCT-TATGATAAAAAAC-TATCATAATTAGA-TGTTAGCATTGGAAAACATGAAGT-GA
* * * * *
77711 -TGCTATCACTTGACAATAAGAGATCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTTAGTTG
633 TTGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCATTGTTACTTG
77775 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
698 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * *
77805 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTT
1 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATAGTAATTGGATGTT
* *
77870 TGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATTCATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATG
66 TGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * * * * * * ** *
77935 CTATC-AATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATCTAATAATTTATTTATAATAATATAAATGGT
130 CCATCGAA-AACATTGTTACTCAATTTAAATGATATATTAATTTATTAATAATCTTATAAATGAT
*
77999 TATAAATGAAAAT
194 TATAAATCAAAAT
78012 CTTTGAACTT
Statistics
Matches: 784, Mismatches: 130, Indels: 43
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
726 7 0.01
727 172 0.22
728 2 0.00
730 21 0.03
731 452 0.58
732 130 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (727 bp):
CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATAGTAATTGGATGTT
TGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
CATCGAAAACATTGTTACTCAATTTAAATGATATATTAATTTATTAATAATCTTATAAATGATTA
TAAATCAAAATATTTAGACATTTTGATCAAAACATATTACAATTAGATGTTTGCATTCAAAAACA
TGAAGTGGATGCTACCAATTAAAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCAAAAGCTTC
AATACATGCTACAAATGATATATTAATTAATATATAATCCCATAAATCATTATTAATTGAGACAT
TTGGACTTGATGGTGAAAACCTATCATAAGTAGATATTTGAGATGGAAAACATAAAATGTATGGT
ATCCACTAACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTAACTATACCATCGAAAGCTTTGTCACTCAATTTA
AACGATATATTAAATCTTTAATAATATTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGAACCTTATGA
TAAAAAACTATCATAATTAGATGTTAGCATTGGAAAACATGAAGTGATTGCTATCACTTGACAAG
AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAA
TTCATTTATAAT
Found at i:78110 original size:546 final size:544
Alignment explanation
Indices: 76348--79745 Score: 2492
Period size: 546 Copynumber: 6.2 Consensus size: 544
76338 TATAAAAAGC
* * *
76348 TTATAAATGATTGA-AAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACATATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATT-ATAAA-TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTT
** * * * * *
76412 TG-GTTCGGAAACTTGAAGTTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
64 TGAG-TAAGAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATA
** * * *
76476 TGATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATT
128 CCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* ** * * * *
76541 ATAAATTAAAATC-TTTAGACATTT-TGATCGAAACATATTACAATTAGATGTTTTCATT-CAGA
193 ATAAATCAAAATCTTTTA-AC-TTTATGATTAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTGGA-A
* * * * * *
76603 AATGTGAAGTGGATGCTATCAGTTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAG
255 AACGTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAG
* * * * ** * **
76668 CTTCGAT-GCATGCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTAATTGA
320 CTTTGTTAG-TTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAA
* * * * * * * * *
76732 GACATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATATTTG-AGATGGAAAACATGAAGTG
384 AATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTAGAAAACATGAAGTG
* * * * * * * ** * *
76796 TATGGTGTCCACTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATCGAAAGCTTTGTTACTT
448 GATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTC
* * * * * *
76861 AATTTCAATGATATATTAAATCT-TTAATAATC
513 ACTTTAAATAATATATT-AATTTATTTATAATA
* * *
76893 TTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGGACCTTATGGTAAAAAAC-TATCATAATTAGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAA-TGAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAAACTTATCATAATTAGATGTT
* * ** * * *
76957 AGCATTGGGTAACATGAAGT-TATTGCTATCTC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
64 TG-AGTAAGAAACATGAAGTGGA-TGGTATC-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
*** * * * ** *
77020 TGTGATTGAAAGCATTGTTTCTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
126 TACCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* * *
77085 TTATAAATCAAAATCTTTGT-GCTTTATGGTTAAAACCTA-TAGTAATTGGATG-TTGCATTAGG
191 TTATAAATCAAAATCTTT-TAACTTTATGATTAAAACCTATTA-TAATTAGATGTTTGCATT-GG
* * *
77147 -AAACATGAAGTGGATGCTATTCA-TTGTA-AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTA
253 AAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCACTTG-ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
*** * * * * * *
77209 ACAA-CTTTGTTAGTCAATTTAAGTGATGTATTCATTTATTAATAATCTTATAAATGATTATAAG
316 A-AAGCTTTGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * *
77273 TCAAAATATTTGGACTTTATTTATGTTCAAAAACAATTATAATTGGATGTTTGCATTCA-AAAAC
380 TCAAAATATTTGGACTTTA--T-GGTT-AAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAAAC
* *
77337 ATGAAGTTGATGCTA-CCAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGC
440 ATGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGC
*** * * ** * * * * *
77400 TTCAATACACTCTACAAATGATGTATTAATTAATATATAATT
503 TTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTTATTTATAATA
* * * * * * *
77442 TTATAAATCATTATTAATTGAGATATTTGGACTTGATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATATTT
1 TTATAAATGATTA-TAAATGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTTT
* ** * * * * * * * *
77507 GAATTGGAAAAGATAAAATAGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTAAGTTACTTATAC
65 GAGTAAG-AAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATAC
* * * * * * * *
77572 CATTGAAGGCTTTGTCACTCACTTTAAACGGTATATTAATTTATTTATAATATTATAGATGATTA
129 CATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* ** * * * *
77637 TAATTTGAAATCTTTTAACTCTATGATTAAAACTTATCATAATT-GATTGTTTGTATTGGAAAAC
194 TAAATCAAAATCTTTTAACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTAGA-TGTTTGCATTGGAAAAC
* * * * *
77701 GTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAATAAGAGATCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTT
258 GTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTT
*
77766 TGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATG
323 TGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATA
* * *
77831 TTTGGACTTTATGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGC
388 TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * *
77896 CATTCATTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCTATC-AATAGCTTTGTTACTTACT
453 TATTCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACT
* *
77959 TTAAATAATCTAATAATTTATTTATAATA
516 TTAAATAATATATTAATTTATTTATAATA
* * * * ** * *
77988 ATATAAATGGTTATAAATGAAAATCTTTGAACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATATTT
1 TTATAAATGATTATAAATG-AAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTTT
* * * **
78053 GCAGCAAGAAACGTGAAGTGGATGTTGAT-CATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATA
65 G-AGTAAGAAACATGAAGTGGATGGT-ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATA
* * * ** * *
78117 CCATC-AATAGCTTTGCTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATACATAATGTTGTAAATGAT
128 CCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * * *
78181 TATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATTAAAACCGATTATAATTGGAAGTTTGAATTTGAAAA
192 TATAAATCAAAATCTTTTAACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAA
* * * * * *
78246 TGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAAGATCATTTTGAGTTAAGCACGCCATCAAAAGCT
257 CGTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCT
** ** * * * * * ** *
78310 TTAATACAAT-CTTTAAATGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAACTTATTATTAGTGTAGA
322 TTGTTA-GTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
** * * * ** *
78374 TATTCT-GACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTGAACTAGAAAATGTGAAGTGAA
386 TATT-TGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGA
* * * * * ** *
78438 TG--GTTCACTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTGAATCATGCCATTAAAATCTTTGTTACTCAC
450 TGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCAC
78501 TTTGAATGATATATTAATTTCTTTATATCAATTTGAATGATATATTAAT-
515 TTT-AA--ATA-A-T-A------TAT-T-AATTT--AT--T-TA-TAATA
* * *
78550 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATATGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATGATTAGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAA-TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTTT
* * *** * * *
78615 G-GATTAGCAAACATGAAGGGGATAAAATCCCTTGATAAGAAAAGACCATTTTCAGTTAATCATA
65 GAG-TAAG-AAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATA
* * * *
78679 TGC-TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGAT
128 -CCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * ** * *
78743 TATAAATCAAAATC-TTTACACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATT-GAATGTACGGATTGCTA
192 TATAAATCAAAATCTTTTA-ACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTAG-ATGTTTGCATTG-GA
* * * * *
78806 AAACATGATGTGGATGCTAGTC-TTTGGA-AAGTAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAA
254 AAACGTGAAGTGGATGCTA-TCACTT-GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
** * ** * * * * *
78869 TTGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATT-ATTACATTTATAATATAATAAAT-ATAAAAAAT
317 AAGCTTTGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATT-CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* *** * * *
78932 CAAAATATTTGGACGTTATGACAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTTCATTCGAAAACGTGAAG
381 CAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAG
* * * ** ** *
78997 TGGAAGC-AATCAATTGACAAG-AAAGAGCATTTTAAGTTAATTACACCATCGAAAGCTTTGATA
446 TGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * *
79060 CACGCTTTAAA-AGATATATTAATTAATTTATAATC
510 CTCACTTTAAATA-ATATATTAATTTATTTATAATA
* * * * * ** *
79095 CTATAAATGATTATTAATTGAGATAC-TTGGGCTTTATGGTTAGAA-TCTATTGTAATTGGATGT
1 TTATAAATGATTA-TAAATGAAAT-CTTTGGACTTTATGGTTAAAACT-TATCATAATTAGATGT
* * * * *
79158 TTGAGTTGAA-AAACATAAAATGGACGGTATCCACTT-ACAAGAAAAAACTATTTTAAGTTAATC
63 TTGAG-T-AAGAAACATGAAGTGGATGGTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * * * *
79221 ATGCGATCGAAAGCTTTGTTACTTACTATCAATGATATATTAAATC-TTTAATAATCTTATAAAT
125 ATACCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTT-ATAATCTTATAAAT
* ** ** * * *
79285 TATTATAAATTGAAATCTTTGGA-TTATAT-AGTAAAAACCTATCATAATTAGATTTTTGCATTG
189 GATTATAAATCAAAATCTTTTAACTT-TATGA-TTAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTG
* * * * *
79348 TG-AAACGTGAAATTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTCTAAGTTAATCATGCAATCA
252 -GAAAACGTGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* * * * *
79412 AAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTAATAATTTTATAAATGATTATAAAT
316 AAAGCTTTGTTAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * * * * * ** * * * *
79477 CAAAATATTTTCATTTTAAGGTTAAAACTTATTGTAAGTAGATGTACGCATTGGGAAACGTGAGG
381 CAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAG
* * * * * * *
79542 TGGATGCTATTCATTGCCAATAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AATTGCTTTATTG
446 TGGATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAA-AGCTTTGTTA
* * * * ** *
79606 CTCAGTTTGAATGATGTATTAATACATTTATAATT
510 CTCACTTTAAATAATATATTAATTTATTTATAATA
* * ** * * *
79641 TTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACTTATTATAATTAGATGTTC
1 TTATAAATGATTATAAAT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTTT
** * * *
79706 GCA-TTTGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAAAAGA
65 G-AGTAAG-AAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGA
79746 GCATTTTAAG
Statistics
Matches: 2233, Mismatches: 503, Indels: 233
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
543 54 0.02
544 104 0.05
545 575 0.26
546 614 0.27
547 18 0.01
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550 136 0.06
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552 3 0.00
555 2 0.00
556 1 0.00
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561 10 0.00
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564 108 0.05
565 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (544 bp):
TTATAAATGATTATAAATGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTAGATGTTTG
AGTAAGAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCA
TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
AATCAAAATCTTTTAACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTG
AAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
TAGTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTT
GGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTAT
TCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAA
TAATATATTAATTTATTTATAATA
Found at i:78517 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 78480--78548 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
78470 GAATCATGCC
* *
78480 ATTAAAATCTTTGTTACTCACTTTGAATGATAT
1 ATTAAAATCTTT-ATA-TCAATTTGAATGATAT
**
78513 ATTAATTTCTTTATATCAATTTGAATGATAT
1 ATTAAAATCTTTATATCAATTTGAATGATAT
78544 ATTAA
1 ATTAA
78549 TTTATAAATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 20 0.62
32 2 0.06
33 10 0.31
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
ATTAAAATCTTTATATCAATTTGAATGATAT
Found at i:78550 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 78501--78551 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
78491 TGTTACTCAC
78501 TTTGAATGATATATTAA
1 TTTGAATGATATATTAA
* * *
78518 TTT--CT-TTATATCAA
1 TTTGAATGATATATTAA
78532 TTTGAATGATATATTAA
1 TTTGAATGATATATTAA
78549 TTT
1 TTT
78552 ATAAATGATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 6
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.40
15 1 0.04
16 1 0.04
17 13 0.52
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTTGAATGATATATTAA
Found at i:78728 original size:744 final size:723
Alignment explanation
Indices: 76348--80015 Score: 2362
Period size: 727 Copynumber: 5.0 Consensus size: 723
76338 TATAAAAAGC
* * * *
76348 TTATAAATGATTGA-AAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACATATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATT-ATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTT
* * * * *
76412 TG-GTTCGGAAACTTGAAGTTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
65 TGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * * * *
76476 TGATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATT
129 -CATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATT
* * ** * ** * *** *
76541 ATAAATTAAAATCTTTAGACATTT-TGATCGAAACATATTACAATTAGATGTTTTCATTC-AGAA
192 ATAAATCAAAATCTTTA-AC-TTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCA-GCAAGAA
* ** * * * **
76604 ATGTGAAGTGGATGCTA-TCAGTTAAAAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAAAAG
254 ACGTGAAGTGGATGCTAGTCA-TT-GGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTG
* * * * * * *** * **
76668 CTTCGATGCAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCCCATAAATGATTATTAATTGA
317 CTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAA
* * * * * * * * * *
76732 GA-CATTTGGACTTTATGGTGAAAACCTGTTGTAAGTGGATATTTG-AGATGGAAAACATGAAGT
381 AATC-TTTGGACTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTTGAAAACGTGAAGT
* * * * * * * ** * *
76795 GTATGGTGTCCACTAACAAGAAA-AGACTATTTTAAGTTAACTGTGCTATCGAAAGCTTTGTTAC
444 GGATGCTATCAATTGACAAGAAAGAG-C-ATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTT-ATAC
* * * * * *
76859 TTAA--TTTCAATGATATATTAAATC--TTTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAAT-CT
506 --AATCTTTAAAAGATATATT-AATCAATTT-ATAATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATAC-
* * * * * * * *** * * * ** *
76919 TTGGACCTTATGGTAAAAAACTATCATAATTAGATGTTAG-CATTGGGTAACATGAAGTTATTGC
566 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGAC-TAGAAAAACATAAAATGAACGG
* * * * ** ** * * ** *
76983 TATCTC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGTTTCTTGCTT
630 TATC-CACTGACAAGAAAAAACTATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTA
* * * *
77047 TAAATGATATGTTAATTCATTT-ATAAT--C
694 TCAATGATATATTAAATC-TTTAATAATAAT
** * *
77075 TTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGTG-CTTTATGGTTAAAACCTAT-AGTAATTGGATG-
1 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTG-GACTTTATGGTTAAAACCTATCA-TAATTAGATGT
* * * *
77137 TTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTAAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * * * * * * * *
77202 GCCATTAACAACTTTGTTAGTCAATTTAAGTGATGTATTCATTTATTAATAATCTTATAAATGAT
128 G-CATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGAT
* * * * * * ** *
77267 TATAAGTCAAAATATTTGGACTTTATTTATGTTCAAAAAC-AATTATAATTGGATGTTTGCATTC
191 TATAAATCAAAATCTTT-AACTTTA--T-GGTT--AAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCA-GC
* * * * * *
77331 AA-AAACATGAAGTTGATGCTA-CCAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAACCATGCCAT
249 AAGAAACGTGAAGTGGATGCTAGTC-ATTG-GAAGAAAA-GACCATTTTAAGCTAATCATGCCAT
* *** * * ** * * * * *
77393 CGAA-AGCTTCAATACACTCTACAAATGATGTATTAATTAATATATAATTTTATAAATCATTATT
311 C-AATTGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATA
** * * * * * * * * * *
77457 AATTGAGATATTTGGACTTGATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATATTTGAATTGGAAAA-GAT
375 AATCAAAATCTTTGGACTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACG-T
* * * * * * ** ** * *
77521 AAAATAGATGGTATCCATTGACAAGAAA-AGACTATTCTAAGTTACTTATACCATTGAAGGCTTT
439 GAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAAAGAG-C-ATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTT
* * * * ** ** * *
77585 GT-CACTCACTTTAAACGGTATATTAATTTATTTATAATATTATAGATGATTA-TAATTTGAAAT
502 ATACAAT--CTTTAAAAGATATATTAATCAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAA-TTGAGAT
** * * * * * * * * * *
77648 -CTTTTAACTCTATGATTAAAACTTATCATAATT-GATTGTTTGTA-TTGGAAAACGTGAAGTGG
564 AC-TTGGACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTGGA-TGTTTG-ACTAGAAAAACATAAAATGA
* * * * * * * * *
77710 ATGCTAT-CACTTGACAATAAGAGA-TCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTTAGT
626 ACGGTATCCAC-TGACAAGAAAAAACT-ATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACT
** * * * *
77773 TGCTTTAAATGATATATTAATTCATTT-ATAAT--C
689 CACTATCAATGATATATTAAATC-TTTAATAATAAT
** * * ** *
77806 TTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTT
* * * *
77871 GCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATTCATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATGC
66 GCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
* * * * *
77936 TATCAATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATCTAATAATTTATTTATAATAATATAAATGGTTA
130 -ATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTA
* * * **
78001 TAAATGAAAATCTTTGAACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATATTTGCAGCAAGAAACG
193 TAAATCAAAATCTTT-AACTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCAGCAAGAAACG
* * * *
78066 TGAAGTGGATG-TTGATCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAATAGCTT
257 TGAAGTGGATGCTAG-TCATTG-GAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGCTT
* * ** * *
78130 TGCTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATACATAATGTTGTAAATGATTATAAATCAAAATC
320 TGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * *
78195 TTTGAACTTTATGATTAAAACCGATTATAATTGGAAGTTTGAATTTGAAAATGTGAAGTGGATGC
385 TTTGGACTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTGAAGTGGATGC
* * ** *
78260 TATCAATTGACAAGAAAGATCATTTTGAGTTAAGCACGCCATCAAAAGCTTTAATACAATCTTTA
450 TATCAATTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTT-ATACAATCTTTA
* * * * * * *
78325 AATGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAACTTATTATT-AGTGTAGATA-TTCTGACTTTAT
514 AAAGATATATTAATCAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAATTG-AGATACTT-GGACTTTAT
* ** * * *
78388 GGTTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTGAACTAG-AAAATGTGAAGTGAATGGT-T-CACTGAC
577 GGTTAAAACCTACCATAATTGGATGTTTG-ACTAGAAAAACATAAAATGAACGGTATCCACTGAC
* * * * *
78450 AAGAAAAGACTATTTTAAGTGAATCATGCCATTAAAATCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATAT
641 AAGAAAAAACTATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTATCAATGATATAT
78515 TAATTTCTTTATATCAATTTGAATGATATATTAAT
706 T-A-------A-ATC--TTT--A--ATA-A-TAAT
* * *
78550 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATATGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATGATTAGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTT
* * * ** *
78615 GGATTAGCAAACATGAAGGGGATAAAATCCCTTGATAAGAAAAGACCATTTTCAGTTAATCATAT
66 GCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC--AT
* * * *
78680 GC-TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATT
128 GCATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATT
* * * *
78744 ATAAATCAAAATCTTTACACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGAATGTACGGATTGCTA-AA
192 ATAAATCAAAATCTTTA-ACTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCA--GCAAGAA
* * * *
78808 ACATGATGTGGATGCTAGTCTTTGGAAAGTAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGC
254 ACGTGAAGTGGATGCTAGTCATTGG-AAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGC
* * *
78873 TTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATT-ATTACATTTATAATATAATAAAT-ATAAAAAATCAAA
318 TTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATT-CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAA
* * * * *
78936 ATATTTGGACGTTATGACAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTTCATTCGAAAACGTGAAGTGGA
382 ATCTTTGGACTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTGAAGTGGA
* * * * **
79001 AGCAATCAATTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTAATTACACCATCGAAAGCTTTGATACACGCT
447 TGCTATCAATTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTT-ATACAATCT
* *
79066 TTAAAAGATATATTAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATACTTGGGCTTTA
511 TTAAAAGATATATTAATCAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATACTTGGACTTTA
* * *** * * * *
79131 TGGTTAGAATCTATTGTAATTGGATGTTTGAGTTGAAAAACATAAAATGGACGGTATCCACTTAC
576 TGGTTAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGACTAGAAAAACATAAAATGAACGGTATCCACTGAC
* * * *
79196 AAGAAAAAACTATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTTACTTACTATCAATGATATAT
641 AAGAAAAAACTATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTATCAATGATATAT
*
79261 TAAATCTTTAATAAT--C
706 TAAATCTTTAATAATAAT
* * * * *
79277 TTATAAATTATTATAAATTGAAATCTTTGGA-TTATATAGTAAAAACCTATCATAATTAGATTTT
1 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTT-TATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTT
* * * * *
79341 TGCATT-GTGAAACGTGAAATTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTCTAAGTTAATCAT
65 TGCATTAG-GAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * *
79405 GCAATCAAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTAATAATTTTATAAATGAT
128 GC-ATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGAT
* * * * * * ****
79470 TATAAATCAAAATATTTTCATTTTAAGGTTAAAACTTATTGTAAGTAGATGTACGCATTGGGAAA
191 TATAAATCAAAAT-CTTTAACTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCAGCAAGAAA
* * * *
79535 CGTGAGGTGGATGCTATTCATTGCCAATAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGCT
255 CGTGAAGTGGATGCTAGTCATTG-GAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGCT
* * * * * * *
79600 TTATTGCTCAGTTTGAATGATGTATTAATACATTTATAATTTTACAAATGATTATAAATCAAAAT
319 TTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAAT
* * * * * *
79665 CTTTGGACTTTATAATCAAAACTTATTATAATTAGATGTTCGCATTTGAAAACATGAAGTGGATG
384 CTTTGGACTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTGAAGTGGATG
79730 CTATCAATTG---A-AAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTCTATAC-ATGCTT
449 CTATCAATTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTT-TATACAAT-CTT
* *
79790 TAAAAGATATATTAATC-------AATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGA-TTTAA
512 TAAAAGATATATTAATCAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATACTTGGACTTTAT
* * * * * * * * *
79847 GGTTAAAACCTATCGTAATTAGATGTTTGAGTTGAAAAAAATGAAGTGGAA-GGTATCCACGGAC
577 GGTTAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGACTAGAAAAACATAAAAT-GAACGGTATCCACTGAC
* *** * * ** * * * * * **
79911 CAGAATGTACTATTTTAATTTAATTGTACTATCGAAAGCTTTGTTACTTACTTTCAACAATATAT
641 AAGAAAAAACTATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTATCAATGATATAT
* * * *
79976 TAAATCATCAACAAT--C
706 TAAATCTTTAATAATAAT
79992 TTATAAATGATTATAAATTGAAAT
1 TTATAAATGATTATAAATTGAAAT
80016 CTTATATTAA
Statistics
Matches: 2386, Mismatches: 453, Indels: 216
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
715 144 0.06
716 35 0.01
723 58 0.02
724 2 0.00
725 61 0.03
726 121 0.05
727 563 0.24
728 194 0.08
729 13 0.01
730 12 0.01
731 432 0.18
732 143 0.06
733 2 0.00
734 2 0.00
735 7 0.00
737 3 0.00
738 1 0.00
740 3 0.00
741 1 0.00
742 1 0.00
743 5 0.00
744 409 0.17
745 102 0.04
746 72 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (723 bp):
TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTT
GCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCA
TCAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAA
ATCAAAATCTTTAACTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGTACGCAGCAAGAAACGTGAA
GTGGATGCTAGTCATTGGAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATTGCTTTGTTAC
TCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGA
CTTTATGATAAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCAA
TTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTAAATACGCCATCGAAAGCTTTATACAATCTTTAAAAGATA
TATTAATCAATTTATAATCCTATAAATGATTATTAATTGAGATACTTGGACTTTATGGTTAAAAC
CTACCATAATTGGATGTTTGACTAGAAAAACATAAAATGAACGGTATCCACTGACAAGAAAAAAC
TATTTTAAGTGAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTATCAATGATATATTAAATCTTTA
ATAATAAT
Found at i:79537 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 78549--79734 Score: 699
Period size: 182 Copynumber: 6.5 Consensus size: 181
78539 GATATATTAA
** * * * * * * *
78549 TTTATAAATGATTATAAATTGAAATATATGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATGATTAGATGTT
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTA-AGTAAAAACTTATTATAATTAGATGTT
* * * * * * *** * *
78614 TGGATTAGCAAACATGAAGGGGATAAAATCCCTTGATAAGAAAAGACCATTTTCAGTTAATCATA
65 CGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC--A
* ** * * * *
78679 TGC--TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAAT
128 TGCAATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
* ** * * * * *
78731 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTACACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATT-GAATGT
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTA-AGTAAAAACTTATTATAATTAG-ATGT
* * ** * * * * *
78795 ACGGATTGCTAAAACATGATGTGGATGCTAGT-CTTTGGA-AAGTAAAGACCATTTTAAGCTAAT
64 TCGCATTG-GGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCCCTT-GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* ** ** * *
78858 CATGCCATCAATTGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATT-ATTACATTTATAAT
126 CATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATT-CATTAATAAT
* * * * * ** * * * *
78914 ATAATAAAT-ATAAAAAATCAAAATATTTGGACGTTATGACAAAAACCTATTATAATTGGATGTT
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTAAG-TAAAAACTTATTATAATTAGATGTT
** * * * * ** * * **
78978 TTCATTCGAAAACGTGAAGTGGAAGCAATCAATTGACAAG-AAAGAGCATTTTAAGTTAATTACA
65 CGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * ** * * *
79042 CCATCGAAAGCTTTGATACACGCTTTAAAAGATATATTAATTAATTTATAAT
130 CAATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
** * ** * ** * * * * *
79094 CCTATAAATGATTATTAATTGAGATAC-TTGGGCTTTATGGTTAGAA-TCTATTGTAATTGGATG
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-CTTTGGATTTTA-AGTAAAAACT-TATTATAATTAGATG
* ** * * * * * * *
79157 TTTG-AGTTGAAAAACATAAAATGGACGGTATCCACTT-ACAAGAAAAAACTATTTTAAGTTAAT
63 TTCGCA-TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCC-CTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* * * * * * *
79220 CATGCGATCGAAAGCTTTGTTACTTACTATCAATGATATATTAAATCTTTAATAAT
126 CATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
* * ** * * * *
79276 CTTATAAATTATTATAAATTGAAATCTTTGGATTATATAGTAAAAACCTATCATAATTAGATTTT
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTA-AGTAAAAACTTATTATAATTAGATGTT
* * * * *
79341 TGCATTGTGAAACGTGAAATTGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTCTAAGTTAATCATG
65 CGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* *
79406 CAATCAAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTAATTCATTAATAAT
130 CAATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
* ** * * * *
79458 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTTCATTTTAAGGTTAAAACTTATTGTAAGTAGATGTA
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTAA-GTAAAAACTTATTATAATTAGATGTT
* * * * * *
79523 CGCATTGGGAAACGTGAGGTGGATGCTATTCATTGCCAATAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATG
65 CGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* ** * * * * * * *
79588 CCATCAATTGCTTTATTGCTCAG-TTTGAATGATGTATTAATACATTTATAAT
130 CAATCAAAAGCTTTGTTACT-TGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
* *
79640 TTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAA-TCAAAACTTATTATAATTAGATGT
1 TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGA-TTT-TAAGTAAAAACTTATTATAATTAGATGT
* * *
79704 TCGCATTTGAAAACATGAAGTGGATGCTATC
64 TCGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATC
79735 AATTGAAAAG
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 202, Indels: 54
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 68 0.09
181 95 0.12
182 515 0.66
183 91 0.12
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (181 bp):
TTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTAAGTAAAAACTTATTATAATTAGATGTTC
GCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
AATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAAT
Found at i:80397 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 80045--80437 Score: 449
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
80035 AATCTTATAT
* * * ** *
80045 ATGA-TTATAAATTGATTTATAA-CATCATAAATAATTACAAATTGAAATCTTTGAATTTTAAGG
1 ATGATTTATTAATTAATTTATAATC-TTATAAATAATTACAAATCAAAATCTTTGAACTTTAAGG
* ** *
80108 TTAAAACCTTTCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCTCTTGGTAAG
65 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCTCTTGGTAAA
* *
80173 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCAGGTGATCAAAAGCATTGTTACTC-GCGTTAG
130 AAAAGACCATTTTAAGATAATCAGGTGATCAAAAGCATTGTTACTCAG-GTTAA
* * * * *
80226 ATGTTTTATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTATGGT
1 ATGATTTATTAATTAATTTATAATCTTATAAATAATTACAAATCAAAATCTTTGAACTTTAAGGT
* * *
80291 TAAAACCTAT-AGTAATTGGATG-TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-TCATTGTTAA
66 TAAAACCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCTC-TTGGTAA
* * * *
80353 AAAAAGACCATTTTAAGATAATCA-TTGCATCAATAGCTTTGTTACTCAGTTTAA
129 AAAAAGACCATTTTAAGATAATCAGGTG-ATCAAAAGCATTGTTACTCAGGTTAA
* * *
80407 ATGATGTATTTATTCATTTATAATCTTATAA
1 ATGATTTATTAATTAATTTATAATCTTATAA
80438 GTCATAATCT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 28, Indels: 12
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.02
181 105 0.59
182 68 0.38
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
ATGATTTATTAATTAATTTATAATCTTATAAATAATTACAAATCAAAATCTTTGAACTTTAAGGT
TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCTCTTGGTAAAA
AAAGACCATTTTAAGATAATCAGGTGATCAAAAGCATTGTTACTCAGGTTAA
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80416 TTATTCATTT
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1 ATAATCTTATAAGTC
*
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ATAATCTTATAAGTC
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80968 TTAGTTGCTC
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** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * ** * **
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* ** * ** ** * ** **
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** * * * * * * * **
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* **
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* * * * * **
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** * ** ** ** *** * **
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* * * * *** *
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* * * * *
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* * * * * * *** * ** * *
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* * * * * * * *
81863 AAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATTAATAGCTTTGTTACTCACTT
129 GAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * * *
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1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * * * * *** * * *
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** * ** * * * * * *
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* ** * * ** * ** *
82102 TAAATGATATATTAGTTA-AACT-TAATCCTAGAAAGGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTA-ATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
** * ** ** * * * *
82165 TGGTT-AAACCTTATTGTAATTGGATGTTTGAATTG-A-AAAACATAAACTGGATGGTATCCATT
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** ** * ** * * * * **
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127 GTGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * ** * ** *
82283 TGAATGATATAATAATTCATTAATAATCTTATAAATGTTTGTAAATTGAAATCTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* ** * ** *** *** * * * * *
82348 GGCT-AAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGCTTTA-GAAAACATGAAATGGATGCTATCCTTTGA
66 GGTTCAAA-CCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* * ** * * * ** ** *
82411 CAAGAAAAGACTATTTTTAGTTAATCATACAACCGAA-GGCAATGTTACTCA-TT
129 GAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATC-AATAACTTTATTACTCACTT
* * * *
82464 GTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTA
1 -TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
* * * * ** ** ** *
82529 TAGTTAAAACCTATTGTAACTGGACGTTTCCATTAGGAAA-CATGAAGTGGATGCTATTCATTGT
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* ** * * * *
82593 GAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATTATGCCATCAATAGCTTTGTTGCTCACTT
129 GAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * ** * * *
82647 TAAATGATGTATTCATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * * * ** ** * * *
82712 -GATCAAAACAC-ATTATAATTGAAAGTTTGCATTTA-TAAACG-TGAAGT-AGATACTA-TCAA
66 GGTTC-AAAC-CTATTGTAATTGGATGTTAACA-GCAGGAAATGTTG-AGTGA-ATGCTATTC-A
** * * ** ** * *
82771 TTGACAAGAAAAGACAATTT-AAGTTGATAATA--A-C-AT-TGTTTGTCACTCACTT
125 TTGTGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * ** * * * * * ** * * *
82823 TGAATGATACATTAATTTAGTTACAATGTTACAAATTATTATAAATTGAATTCTTTTGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * ** * * *** * * ** * *
82888 GGTTAAAACTTATCATAATTCGATGTTTACATTGGGAAAT-ATGAAGT-AGATGATACCCCTTGA
66 GGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGA-ATGCTATTCATTGT
** * * * *** * * * *
82951 CCAGAAAAGGCCACGTT-AAGTTAATCATGTGATTGAA-AGCTTTATTATTCGCTT
129 GAAGAAAAGACCA-TTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * *
83005 TAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAGTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * * ** *** * * * *
83070 GGTTAAAACATATTGTAATTGGATGCTTGA-A-TTGGAAAACATCAGCCGGATGTTATTCATTGT
66 GGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTGAG-TGAATGCTATTCATTGT
* * * ** * * *
83133 GAAGAAAACACCATTTTAAATTAATTATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTT
129 GAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * ** *
83187 TAAAGGATATATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGTTTATAAATCAAAATTTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* ** * ** * * *
83252 GATGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TATGGAAATG-TGAAGTGGATGCTATTAATTGA
66 GGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCA-GGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATT--
* * * * * * * *
83315 GAGAAAAGAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTCA-TACAT-GCTT
127 GTG---A-AGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTT-ATTAC-TCACTT
* * * * * * ** * **
83375 TAAAGGATATATTAACTA-AATTATAATCCTATAAATGATTATGATTTGAGATATTTGGGTTTTA
1 TAAATGATATATTAA-TACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
* * * ** *** * ** *
83439 TGG-TAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGA-A-TTGGAAAACATGAAATGGCTGGC-ATCCATT
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAAT-GCTATTCATT
** * * * *** * * * *
83500 GACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTTATTGAA-AGCTTTGTTAATCACTT
127 GTGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * ** *
83556 TGAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * ** * ** ** * * * **
83621 GGTT-AAAGGCAATCATAATTGAATGTTTGCA-TTGTGAAATG-TGAAGTGGATGCTATCCCTCC
66 GGTTCAAA-CCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAG-GAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTG
** * * *** * * * *
83683 ACAAGAAAGAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGACTGAA-AACATTGTTACTCAATT
128 TGAAGAAA-AGACCATTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * *
83739 TAAATGATATGTCAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-AAAATTTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
** * ** * * *
83803 -GACCAAAGCCTA---T-ATTGGTTGTTTCAA-TTCA-CAAATG-TGAAGTGGATCCTA-TCAAT
66 GGTTCAAA-CCTATTGTAATTGGATG-TT-AACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTC-AT
* * * * * ** * * *
83859 AGATG-CGAAAAGATCATTTTAAGTTGATAATGCCATCAA-AAGTTT-TGATACAT-GCTT
126 TG-TGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTAT--TAC-TCACTT
* * * * * * *
83916 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTGATAAATGATTATTAA-CTGAGATGTTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATC-AAAATATTTGGACTTTA
* * ** * * ** ** * *
83980 TGATTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGA-ATTA-GAAATCATGAAGTGGATTG-TA-TCTGT
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTG-AGT-GAATGCTATTC-AT
** * * * *** * * * * *
84041 TGACAAGAAAAGACTATTTTAACTTAATTGTGCCATTGAAT-GCTTTGTTCCTCACTT
126 TGTGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCA-TCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * ** ** *
84098 TGAAA-GATATATTCATTCATTTATTATCTTATAAACGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTA
1 T-AAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
* ** * *** ** * *
84162 TGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTTACATTGGGAAA-CATGCAGTGGATGCTA-TCCTT-T
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* * * * * * * *
84223 AAACAGAAAAGAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAA-AAGCTTTGTTACTCAATT
129 -GA-AGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAA-CTTTATTACTCACTT
** * ** * ** *
84279 TAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATGAATGGTTATAAATGAAAATATTTACACTTGAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* * ** * *** *
84344 GGTTTAAACCTATTGTAATTGGGTGTTTGTCA-TA-GAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-
66 GGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* * * * *
84406 GAA-AGAAAGACCATGTT-ATGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTT
129 GAAGA-AAAGACCAT-TTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * ** * * *
84460 TAAATGATGTATTAATTCATTTATAATGTCGTAAGTGATTATAAAT-AAAA-AGCTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATA-TTTGGACTTTA
* * ** * * *
84523 T-GATCAACACCTATTATAATTTGG-TGTTTGCATTC-GAAAATG-TGAAGTGGATGCTATT-AG
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* * * ** * ** *
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125 TTGTG-AAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAA-CTTT-ATTACTCACTT
** * * ** * * *
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1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTT-GGACTTTA
* * ** * * ** ** *
84705 TGTTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGA-A-TTGGAAA-CATGAAGTGTATGCTATTCATTG
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTG
* * * * * * *
84767 AT-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCAC-C
128 -TGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATC-AATAACTTTATTACTCACTT
* ** * *
84821 T---T--TA-A-T--T-CA-TTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTCAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* ** * * * * * *
84875 GGTTAAAACCTATCT-TAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACATG--AAATGGATGCTATCCCTT
66 GGTTCAAACCTAT-TGTAATTGGATGTTAACA--GCAGGAA-ATGTTGAGTGAATGCTATTCATT
*** * ** *** * *
84936 GACCAGAAAAGAACATTTTCAA-TTAATTATGTGATCAA-AAGCTTTGTTACTCATTT
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* * * * * * *
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1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
********* ** *** * * *
85057 NNNNNNNNNCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAT-ATGAAGTGGATGGTATTCATTGTG
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* * * * * * * * ** *
85121 AAGAGAAGTCCGTTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTGCTGCTCACTT
130 AAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * * *
85174 TAAATGATGA-ATTAATTCACTTATAATGTTATAAATGATTAT-AATCAAAATCTTTGGCCTTTA
1 TAAATGAT-ATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
** * ** ** * ** * *
85237 T-GTTCAAAACCTATAATAGCTT-GATGTTTGCATTATGAAA-AATGAAGTGGATGCTA-TCAAT
65 TGGTTC-AAACCTATTGTA-ATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATT
* * * * * *
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127 GTGA-A-GAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATC-AATAACTTTATTACT-CACTT
* * * * ** *
85355 TAAATGACATATTACTA-ATTTGA-AATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATCTTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATACATTT-ATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
* ** * * *** ** * *
85418 TGGTTAAAACCTATTACAATTGGATGTT-GCA-CTGTGAAGCATAAAGTGGATGCTATGC-TTG-
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAG-GAAATGTTGAGTGAATGCTATTCATTGT
* ** ** * * * * * *
85479 GTAAGAAGAGGTCATTTTTAGTTAATCATGCGATCAA-AAGTTTTGTTACTCGCTT
129 G-AAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCATCAATAA-CTTTATTACTCACTT
* * * * * * *
85534 TAAATGATATACTAATTCATTTACAACCTT-TAAATGATTATAAGTCAAAATTTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
** ** ** * * * *
85598 GGTT-AAATTTTATTGTAATTGGAAT-TTTCCATTATGAAAT-ATGAGGTGGATGTTATTCATTG
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* * * * * * *
85660 TGAAGAAAAAACCATTTAAAGCTCATCATGA-TATCAATAGCTTTATTACTCACTT
128 TGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCAT-ACCATCAATAACTTTATTACTCACTT
* * * * * * *
85715 TAAATGATGTATTAATTCATTTATATTCTTATAAATGATTATAATTCAAGATTTTTGGACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
** * * *** *** * * *
85780 -AATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACA-TTTGAAAACATGAAATGGATGCTA-TCAAT-T
66 GGTTC-AAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* * ** *
85841 GACGAGAAAAGACCACTTT-AAGTTAAACACATTATCGAA-AACTTTGA-TACAT-GCTT
129 GA--AGAAAAGACCA-TTTCAAGTTAACCATACCATC-AATAACTTT-ATTAC-TCACTT
** * * **
85897 TAAATGATATATTAATTAC-TTTATAATCCAATAAATGATTATTAATTGAAATATTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAA-TACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTA
* ** * * ** *** * * **
85961 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGA-A-TTGGAAAACATGAAGTGGATGGTAGCCATTG
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATG-TTAACAGCAGGAAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTG
** * * * * *** * * * *
86024 ACAAGAAAAAACTATTTTAAATTAATTGTGCTATGGAA-AACTTT-TTCACTCATTT
128 TGAAGAAAAGACCATTTCAAGTTAACCATACCAT-CAATAACTTTATT-ACTCACTT
* * * *
86079 TGAATGATATATTAGTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAAAT-TTTGGA-TTTA
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAA-TCAAAATATTTGGACTTTA
** ** * ** *** *** ** * * * * *
86142 TAATAAAAAGCTATCATAATTGGATGTTTGTATTTGGAAACATTAAGTGGATGTTATACCTTG-G
65 TGGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGGAAATGTTGAGTGAATGCTATTCATTGTG
* * * * ** * * *
86206 CAAGAAAAGATCGTTGT-AAGTTAATCATGCTGTCAA-AAGCATTGTTACTTACTT
130 -AAGAAAAGACCATT-TCAAGTTAACCATACCATCAATAA-CTTTATTACTCACTT
* * *
86260 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTAT
1 TAAATGATATATTAATACATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTAT
* ** ** ** * *
86325 GGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCA-TTGGTAAA-CATGAAGTGGATGATA-T-ATTGT
66 GGTTCAAACCTATTGTAATTGGATGTTAACAGCAGG-AAATGTTG-AGTGAATGCTATTCATTGT
* * * * * **
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* * * **
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86503 GTTGTAACAC
Statistics
Matches: 4014, Mismatches: 1016, Indels: 628
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
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TAAATGATTATTAATCCATTTATAATCTAC
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* ** * * * *
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1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAG-CCTATCATAATTGAATG-TTTGATTGA
* * * * * * **
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** * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * ** * * * * * * * * *
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1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCT-AAAGC---CTATCATAATTGAATGTTT-GAT
* * ** * * *
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* * *
82080 TCAAAAGCTTTGAAACACTCTTTAAATGATATATTAGTT-A-AACTTAATCCTAGAAAG
126 TCAAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCATAA--TAATCCTAGAAAG
* * * ** *
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1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCC-TATCATAATTGAATGTTTG-ATTGA
* * * * **
82201 -AAAACAT-AAACTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGATTATTTTAAGTTAATAATGCTATTG
64 GAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
** * * * * *
82264 AAAGCTTTGCTACTCACTTTGAATGATATAATAATTCATTAATAATCTTATAAAT
129 AAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * *
82319 GTTTGTAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGCTTTAGA
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGATTGAGA
* * * * * *
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66 AAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
* ** ** * ** * * * *
82448 GGCAATGTTACTCA-TTGTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
131 AGCTTTGAAACACACTT-TAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* ** * * * * * ** * * * *
82501 AATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTATAGTTAAAACCTATTGTAACTGGACGTTTCCATT-AG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTT-GATTGAG
* * * ** * *
82565 GAAACATG-AAGTGGATGCTATTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATTATGCCATCAA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* *** * * * * * * * * *
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130 AAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * * * *
82683 GATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCAAAACAC-ATTATAATTGAAAGTTTGCATTT
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCT-AAAGC-CTATCATAATTGAATGTTTG-ATTG
* * * * * * * * * *
82746 A-TAAACGTG-AAGTAGATACTATCAATTGACAAGAAAAGAC-AATTTAAGTTGATAAT---AAC
63 AGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
** ** * * * * * * * ** * *
82805 -ATTG-TTTGTCACTCACTTTGAATGATACATTAATTTAGTTACAATGTTACAAAT
128 AAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * * * * *
82859 TATTATAAATTGAATTCTTTTGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTCG-ATGTTTACATTG-
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATT-GAATGTTT-GATTGA
* * * * * * * * * * ** ** **
82922 GGAAATATG-AAGTAGATGATACCCCTTGACCAGAAAAGGCCACGTTAAGTTAATCATGTGATTG
64 GAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* ** * * * * *
82986 AAAGCTTT-ATTATTCGCTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAAT
129 AAAGCTTTGA-AACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* ** * * * * * ** * *
83041 AATTATAAATCAAAATCTTTGGAGTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGCTTGAATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * * * ** * * * *
83105 AAAACAT-CAGCCGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAACACCATTTTAAATTAATTATGCCATCAA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* ** * * * * * * * *
83169 TAGCTTTGTTACTCACTTTAAAGGATATATTCATTCATTTATAATCTTATAAAT
130 AAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* ** * * * * *
83223 GTTTATAAATCAAAATTTTTGGACTTTAT-GATGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATATG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCT-AAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-AT-TG
** * ** *
83287 -G-AAATGTG-AAGTGGATGCTATTAATTGAGAGAAAAGAGAAAAGAGC-ATTTTAAGTTAATCA
63 AGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATT----G-ACA-AGAAAAGA-CTATTTTAAGTTAATCA
** * * ** * * ** * * *
83348 TGCCATTGAAAGCTTTCATACATGCTTTAAAGGATATATTAACTAAATTATAATCCTATAAAT
121 TGCCATCAAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAA-TTCATAATAATCCTAGAAAG
* * * ** * * *
83411 GATTATGATTTGAGATATTTGGGTTTTATGG-TAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGAATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* ** **
83474 AAAACATGAAA-TGGCTGGC-ATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTTATTG
65 AAAACATGAAACTGGAT-GCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* * * * * * *
83537 AAAGCTTTGTTAA-TCACTTTGAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAAT
129 AAAGCTTTG-AAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * *
83592 GATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTGCATTGTG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
** * * ** * ** *
83657 -AAATGTG-AAGTGGATGCTATCCCTCCACAAGAAAGAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGACTG
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAA-AGACTATTTTAAGTTAATCATGCCA-TC
* ** * * * * * * *
83720 AAAA-CATTGTTACTCAATTTAAATGATAT-GTCAATTCATTTATAATCTTATAAAT
128 AAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAAT-AATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * ** * *
83775 GATTATAAA-TAAAATTTTTGGACTTTATGACCAAAGCC--T-AT-ATTGGTTGTTTCAATTCA-
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTT-GATTGAG
* ** * * * * *** * *
83834 CAAATGTG-AAGTGGATCCTATCAATAGATGCGAAAAGA-TCATTTTAAGTTGATAATGCCATCA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* * ** * * * *
83897 AAAGTTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT-CTGATAAAT
129 AAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCT-AGAAAG
* * * * ** * * *
83952 GATTATTAACTGAGATGTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATT-AG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * ** * ** **
84016 AAATCATG-AAGTGGATTG-TATCTGTTGACAAGAAAAGACTATTTTAACTTAATTGTGCCATTG
65 AAAACATGAAACTGGA-TGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* *** * * * * * * * *
84079 AATGCTTTGTTCCTCACTTTGAAA-GATATATTCATTCATTTATTATCTTATAAAC
129 AAAGCTTTGAAACACACTTT-AAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * *
84134 GATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTTACATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTT-GATTGAG
* * * * * *
84197 GAAACATG-CAGTGGATGCTATCC-TTTAAACAGAAAAGAAC-ATTTTAAGTTAATCATGCTATC
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACA-AGAAAAG-ACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
** * * * * * * *
84259 AAAAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATGAATG
128 AAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTA-GAAAG
** * * ** **
84316 G-TTATAAA-TGAAAATATTTACACTTGATGGTTTAAA-CCTATTGTAATTGGGTGTTTG-TCAT
1 GATTATAAATTG-AAATATTTGGACTTTATGG-CTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGAT--T
* * * * *
84377 -AGAAAACATG-AAGTGGATGCTATTCATTGGA-AAG-AAAGACCATGTTATGTTAATCATGCCA
62 GAGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCA
* ** * * * * * * *
84438 TCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAAT-GTCGTAAG
126 TCAAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * *
84495 TGATTATAAA-T-AAAAAGCTTGGACTTTAT-GATCAACA-CCTATTATAATTTG-GTGTTTGCA
1 -GATTATAAATTGAAATA-TTTGGACTTTATGGCT-AA-AGCCTATCATAA-TTGAATGTTTG-A
* ** * * * * *
84555 TT-CGAAAATGTG-AAGTGGATGCTAT-TAGTTGGCAAGAAAATA-TCATTTTAAGTTAATGATG
60 TTGAGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATG
** * * * * * *
84616 CCATCAAAAGCTTTGACGCACACTTTAAATGATATATTAATTGATTTATAATCTTATAAAT
123 CCATCAAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * * * ** *
84677 GATTATTAATTGAGATATTTAGG-CGTTGTGTTTAAAACCTATCATAATT-AGATGTTTGAATTG
1 GATTATAAATTGAAATATTT-GGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGA-ATGTTTG-ATTG
* * * *
84740 -G-AAACATG-AAGTGTATGCTATTCATTGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
63 AGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* ** * * * *
84802 GAAAGCTTTGTTACTCACCTTTAATTCAT-T-ATAA-TC-T--T-A---T--AAAT
128 AAAAGCTTTGAAACACA-CTTTAAATGATATAATAATTCATAATAATCCTAGAAAG
* * * * * *
84846 GATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCTATCTTAATTGGATGTTTGCATTGAG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * **
84911 -AAACATGAAA-TGGATGCTATCCCTTGACCAGAAAAGAAC-ATTTTCAA-TTAATTATGTGATC
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAG-ACTATTTT-AAGTTAATCATGCCATC
** * * * * * * * * *
84972 AAAAGCTTTGTTACTCATTTTAAATGATATATTAGTTCATTTAGAATCTTATAAAT
128 AAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
** * * ********** ** *
85028 GATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTANNNNNNNNNNCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * * * ** * * ** *
85092 GAAATATG-AAGTGGATGGTATTCATTGTGAAGAGAAGTCCGTTTTAAGCTAATCATGCCATCAA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA
* *** * * * ** * *
85156 TAGCTTTGCTGCTCACTTTAAATGATGA-ATTAATTCACTTATAATGTTATAAAT
130 AAGCTTTGAAACACACTTTAAATGAT-ATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
** * * * * * *
85210 GATTAT-AATCAAAATCTTTGGCCTTTAT-GTTCAAAACCTATAATAGCTTG-ATGTTTGCATT-
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCT-AAAGCCTATCATA-ATTGAATGTTTG-ATTG
* * * *
85271 ATGAAAA-ATG-AAGTGGATGCTATCAATTGACATGAAAAGA-TCATTTTAAGTTAACCATGCCA
63 A-GAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCA
* ** * * * * *
85333 TCGAAAGCTTCATG--ATGCACTTTAAATGACATATTACTAATT--TGA-AATCTTATAAAT
126 TCAAAAGCTT--TGAAACACACTTTAAATG--ATA-TAATAATTCATAATAATCCTAGAAAG
* * * * * * * * *
85390 GATTATTAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTACAATTGGATG-TTGCACTGTG
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * ** * * * *
85454 -AAGCAT-AAAGTGGATGCTATGC-TTGGTAAGAAGAG-GTCATTTTTAGTTAATCATGCGATCA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCA
* ** * * * * * ** *
85515 AAAGTTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATACTAATTCAT-TTACAACCTTTAAAT
129 AAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCATAATA-ATCCTAGAAAG
* ** * * *** ** *
85569 GATTATAAGTCAAAATTTTTGGACTTTATGGTTAAATTTTATTGTAATTGGAAT-TTTCCATT-A
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATT-GAATGTTT-GATTGA
* ** * * ** * * * * * **
85632 TG-AAATATG-AGGTGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAAAACCATTTAAAGCTCATCATGATATC
64 -GAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* * * * * * * * * *
85695 AATAGCTTT-ATTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATATTCTTATAAAT
128 AAAAGCTTTGA-AACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* * ** * * * *
85751 GATTAT-AATTCAAGATTTTTGGACTTTAT-AATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATT-
1 GATTATAAATTGAA-ATATTTGGACTTTATGGCT-AAAGCCTATCATAATTGAATGTTT-GATTG
* * * * * * ****
85813 TGAAAACATGAAA-TGGATGCTATCAATTGACGAGAAAAGACCACTTTAAGTTAAACACATTATC
63 AGAAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC
* ** * * * * * *
85877 GAAAA-CTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTACTTTATAATCCAATAAAT
128 -AAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATT-CATAATAATCCTAGAAAG
* * * **
85933 GATTATTAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGAATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * * * ** * *
85997 AAAACATG-AAGTGGATGGTAGCCATTGACAAGAAAAAACTATTTTAAATTAATTGTGCTATGGA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCAT-CA
*** * * * * * * * * *
86061 AAA-CTTTTTCACTCATTTTGAATGATATATTAGTTCATTTATAATCTTATAAAT
129 AAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* ** *
86115 GATTATAAATTCAAA-ATTTTGGA-TTTAT-AATAAAAAG-CTATCATAATTGGATGTTTGTATT
1 GATTATAAATTGAAATA-TTTGGACTTTATGGCT--AAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-A-T
* * * * * *
86176 TG-G-AAACAT-TAAGTGGATGTTATACC-TTGGCAAGAAAAGA-TCGTTGTAAGTTAATCATGC
61 TGAGAAAACATGAAACTGGATGCTAT-CCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGC
** * ** ** * * * * *
86236 TGTCAAAAGCATTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
124 CATCAAAAGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCA-TAATAATCCTAGAAAG
* ** * * * * ** *
86296 AATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTG-G
1 GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTG-ATTGAG
* * * ** * * *
86360 TAAACATG-AAGTGGATGATAT--ATTGTGATGAAAATACCATTTTAAGTTAATCA
65 AAAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCA
86413 CATAATCAAT
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Consensus pattern (182 bp):
GATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGATTGAGA
AAACATGAAACTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAA
AGCTTTGAAACACACTTTAAATGATATAATAATTCATAATAATCCTAGAAAG
Found at i:83011 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 81721--86502 Score: 2618
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81711 GATCAAAAGC
* * ** * ** *
81721 TTTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
1 TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAGA
* * * * * ** * * ** ** *
81786 TCTTTGCACTTTATGTTTAAAACTTCTTGTACTTGAATG-TACACATTGGGAAACGTAAAGTGGA
66 TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGGAAATATGAAGTGGA
* * * * ** *
81850 TGATATTCATT-TCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATT-AATAGCTTTGTTACTC
130 TG-TATCCATTGAC-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAA-AGCTTTGTTAATC
* * * * * * * *
81913 ACTTTAAATAATGTATTAATACATTTATAATCTTATAAATTATCATAAATCAAAATGTTTGTACT
192 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACT
* * * * * * * ** *
81978 TTATGATCAAAACTTATTATAATAATTGGATATTTACATTTGTAAATGTGAACTGGATGCTA-TC
257 TTATGGTTAAAAC---CTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATTC
** * ** * ** * **
82042 AATTGACAAGAAAAAAGTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAACACTCTTTAAAT
318 -ATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAAT
* ** * * * * * * * *
82107 GATATATT-AGTTAAACT-TAATCCTAGAAAGGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGT-
382 GATATATTCA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATC
* * * * * ** * * ** * *
82169 TAAACCTTATTGTAATTGGATGTTTGAATTGAAAAACATAAACTGGATGGTATCCATTGACAAGA
446 AAAACC--ATTATAATTGGATGTTTGCATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAGA
** * *
82234 AAAGATTATTTTAAGTTAATAAT-GCTATTGAAAG
509 AAAGAGCATTTTAAGTTGATAATAAC-ATT----G
* * * * *
82268 CTTTG-CTACTCACTTTGAATGATATAATAATT-CATTAATAATCTTATAAATGTTTGTAAATTG
1 -TTTGTC-ACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATT-ATAATCTTATAAATGATTATAAATTG
* * * * * ** * * * *
82331 AAATCTTTGGACTTTATGGCTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGCTTTAGAAAACATGAAATG
63 AGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTG
* * *** ** * ** *
82396 GATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGACTATTTTTAGTTAATCATACAACCGAAGGCAATGTTACTC
128 GATG-TATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTGTTAATC
* * *
82461 A-TTGTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGCAC
192 ACTT-TAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAC
* ** * * *
82525 TTTATAGTTAAAACCTATTGTAACTGGACGTTTCCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCAT
256 TTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATTCAT
* * *
82590 TGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATTATGCCATCAATAGCTTTGTTGCTCACTTTAAATGAT
320 TGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGAT
* * *
82655 GTATTCATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAA
385 ATATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATCAAAA
* * * * * *
82720 CACATTATAATTGAAAGTTTGCATTTATAAACGTGAAGTAGATACTATCAATTGACAAGAAAAGA
450 C-CATTATAATTGGATGTTTGCATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAGAAAAGA
*
82785 -CAATTTAAGTTGATAATAACATTG
514 GCATTTTAAGTTGATAATAACATTG
* * * * * * * *
82809 TTTGTCACTCACTTTGAATGATACATTAATTTAGTTACAATGTTACAAATTATTATAAATTGA-A
1 TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAGA
* * * * *
82873 TTCTTTTGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTCGATGTTT-ACATTGGGAAATATGAAGTAG
66 -TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGGAAATATGAAGTGG
* * * * * ** * * *
82937 ATGATACCCCTTGACCAGAAAAGGCCACGTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTATTATTCG
129 ATG-TATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTGTTAATCA
*
83002 CTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAGTT
193 CTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTT
* ** * * * * *
83067 TATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACAT-CAGCCGGATGTTATTCATT
258 TATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACATGAAG-TGGATGCTATTCATT
* * * * *
83131 GTGAAGAAAACACCATTTTAAATTAATTATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAAGGATA
321 GTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGATA
* * *
83196 TATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGTTTATAAATCAAAATTTTTGGACTTTATGATGAAAAC
386 TATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATCAAAAC
* ** * *
83261 CTATTATAATTGGATGTTTGCATATGGAAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTGAGAGAAAAGAGA
451 C-ATTATAATTGGATGTTTGCATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATT----G-AAA-AGA
* * **
83326 AAAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAG
509 AAAGAGCATTTTAAGTTGATAATAACATT----G
* * * * * *
83360 CTT-TCA-TACATGCTTTAAAGGATATATTAACTAAATTATAATCCTATAAATGATTATGATTTG
1 TTTGTCACT-CA--CTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTG
** * * * *
83423 AGATATTTGGGTTTTATGG-TAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATG
63 AGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTG
* * *
83487 GCTGGCATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTTATTGAAAGCTTTGTTAATC
128 GAT-GTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTGTTAATC
* * **
83552 ACTTTGAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACT
192 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACT
** * * ** * * *
83617 TTATGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTGCATTGTGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCTC
257 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT
*** ** * * *
83682 CACAAGAAAGAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGACTGAA-AACATTGTTACTCAATTTAAATGA
321 GTGAAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGA
* *
83746 TAT-GTCAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TAAAATTTTTGGACTTTATGACCAA
384 TATATTC-ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATCAA
* * * * * ***
83809 AGCC--TAT-ATTGGTTGTTT-CAATTCACAAATGTGAAGTGGATCCTATCAATAGATGCGAAAA
448 AACCATTATAATTGGATGTTTGC-ATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAGAAAA
* * **
83870 GATCATTTTAAGTTGATAATGCCATCAAAAG
512 GAGCATTTTAAGTTGATAAT---AAC-ATTG
* * * * * *
83901 TTTTGAT-ACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTGATAAATGATTATTAACTG
1 -TTTG-TCAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTG
* * * *
83964 AGATGTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATT-AGAAATCATGAAGT
63 AGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAAT-ATGAAGT
** * * *
84028 GGATTGTATCTGTTGACAAGAAAAGACTATTTTAACTTAAT--TGTGCCATTGAATGCTTTGTTC
127 GGA-TGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTG--ATTGAAAGCTTTGTTA
* * * * ** **
84091 CTCACTTTGAAA-GATATATTCATTCATTTATTATCTTATAAACGATTATAAATTGAAATCTTTG
189 ATCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTG
* *
84155 GACTTTATGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGCAGTGGATGCTA-T
253 GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATT
* * * * *
84218 CCTT-TAAACAGAAAAGAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCAATTTAA
317 CATTGT-GA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAA
* * * * * * ** * *
84282 ATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATGAATGGTTATAAATGAAAATATTTACACTTGATGGT
380 ATGATATATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGAT
** * * ** ** * *
84347 TTAAACCTATTGTAATTGGGTGTTTGTCATAGA-AAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTGGAAA
445 CAAAACC-ATTATAATTGGATGTTTG-CATTTACAAATGTGAAGTGGATACTA-TCAATTGAAAA
* * * * * * *
84410 G-AAAGACCATGTTATGTTAATCATGCCATCAATAG
507 GAAAAGAGCATTTTAAGTTGATAAT---AAC-ATTG
* * * * * ** * *
84445 CTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATGTCGTAAGTGATTATAAA-T-AA
1 -TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAG
* * * * * * * * * *
84508 AAAGCTTGGACTTTATGATCAACACCTATTATAATTTGG-TGTTTGCATTCGAAAATGTGAAGTG
65 ATA-TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAA-TTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTG
* * * * ** ** ***
84572 GATGCTAT-TAGTTGGCAAGAAAATA-TCATTTTAAGTTAATGATGCCATCAAAAGCTTTGACGC
128 GATG-TATCCA-TTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTG-TTA
* * * * ** * *
84635 A-CACTTTAAATGATATATTAATTGATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTAG
189 ATCACTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTT-G
* * * * * *
84699 G-CGTTGTGTTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGGAAACATGAAGTGTATGCTATTC
253 GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATTC
* **
84763 ATTGAT-AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTC-----ACC
318 ATTG-TGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGTTACTCAATTTAAA
* * * * *
84821 T--T-TA---ATTCA-TTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTCATGGTT
381 TGATATATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATC
* * ** * * ** **
84879 AAAACCTATCT-TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAATGGATGCTATCCCTTGACCAGA
446 AAAACC-AT-TATAATTGGATGTTTGCATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAGA
* * * * **
84943 AAAGAACATTTTCAA-TTAATTATGTGATCAAAAG
509 AAAGAGCATTTT-AAGTTGA-TA-AT-AAC-ATTG
* * * * * * ** *
84977 CTTTGTTACTCATTTTAAATGATATATTAGTTCATTTAGAATCTTATAAATGATTATAAATCAAA
1 -TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAG
* * ********** ** *
85042 ATCTTTGCACTTTANNNNNNNNNNCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAGTGGA
65 ATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTGGA
* ** * * ** * ** * * **
85107 TGGTATTCATTGTGAAGAGAAGTCCGTTTTAAGCTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGCTGCTCA
130 T-GTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAA-AGCTTTGTTAATCA
* * *
85171 CTTTAAATGATGA-ATTAATTCACTT-ATAATGTTATAAATGATTAT-AATCAAAATCTTTGGCC
193 CTTTAAATGAT-ATATTAATTCA-TTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAC
* * * *
85233 TTTAT-GTTCAAAACCTATAATAGCTT-GATGTTTGCATTATGAAAAATGAAGTGGATGCTA-TC
256 TTTATGGTT-AAAACCTATCATA-ATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATTC
* * * ** * *
85295 AAT-TGACATGAAAAGATCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAA-AGCTTCATGA-TGCACTTTA
318 ATTGTGA-A-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGTTACT-CAATTTA
* * * * * *
85357 AATGACATATT-ACTAATTTGA-AATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATCTTTGGACTTTATG
379 AATGATATATTCATTCATTT-ATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATG
* * * * * *** * * **
85420 GTTAAAACCTATTACAATTGGATG-TTGCACTGT-GAAGCATAAAGTGGATGCTATGC--TTGGT
443 ATCAAAACC-ATTATAATTGGATGTTTGCA-TTTACAAATGTGAAGTGGATACTAT-CAATTGAA
* * * * *
85481 AAGAAGAG-GTCATTTTTAGTTAATCATGCGATCAAAAGT-
505 AAGAAAAGAG-CATTTTAAGTTGAT-A----AT-AACATTG
* * * * * * * * ** *
85520 TTTGTTACTCGCTTTAAATGATATACTAATTCATTTACAACCTT-TAAATGATTATAAGTCAAAA
1 TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAGA
* *** ** ** ** *
85584 TTTTTGGACTTTATGGTTAAATTTTATTGTAATTGGAAT-TTTCCATTATGAAATATGAGGTGGA
66 TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGG-ATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTGGA
* ** * * * * * * * *
85648 TGTTATTCATTGTGAAGAAAAAACCATTTAAAGCTCATCA--TGATATCAATAGCTTTATTACTC
130 TG-TATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGAT-TGAA-AGCTTTGTTAATC
* * * * * * *
85711 ACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATATTCTTATAAATGATTATAATTCAAGATTTTTGGACT
192 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACT
** * * * * * *
85776 TTATAATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTTGAAAACATGAAATGGATGCTA-TCAAT
257 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT
* * **** * *
85840 -TGACGAGAAAAGACCACTTTAAGTTAAACACATTATCGAA-AACTTTGATACATGC--TTTAAA
321 GTGA--AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGTTAC-T-CAATTTAAA
* ** * * * *
85901 TGATATATTAATT-ACTTTATAATCCAATAAATGATTATTAATTGAAATATTTGGACTTTATGGT
381 TGATATATTCATTCA-TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGAT
* * * * * ** ** * * *
85965 TAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGAATTGGA-AAACATGAAGTGGATGGTAGCCATTGACAAG
445 CAAAACC-ATTATAATTGGATGTTTGCATT-TACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAG
* * * * * *
86029 AAAA-AACTATTTTAAATTAATTGTGCTATGGAAAACT-
508 AAAAGAGC-ATTTTAAGTTGA---T--AAT--AACATTG
* * * * * *
86066 TTT-TCACTCATTTTGAATGATATATTAGTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTCA-A
1 TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAGA
* ** * * * * * *
86129 AATTTTGGA-TTTATAATAAAAAGCTATCATAATTGGATGTTTGTATTTGGAAACATTAAGTGGA
66 TA-TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTGGA
* * * ** * *
86193 TGTTATACC-TTGGCAAGAAAAGA-TCGTTGTAAGTTAATCATGCTG-TCAAAAGCATTGTTACT
130 TG-TAT-CCATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATG-TGATTGAAAGCTTTGTTAAT
* * *
86255 TACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGCAC
191 CACTTTAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAC
** *
86320 TTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGTAAACATGAAGTGGATGATA-T-AT
256 TTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATTCAT
* * **** **
86383 TGTGATGAAAATACCATTTTAAGTTAATCACATAATCAATAGCTTTGTTACTCTGTTTAAATGAT
320 TGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGAT
* * **
86448 GTATT-ATTACATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAACCTTTGGACTTT
385 ATATTCATT-CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTT
86503 GTTGTAACAC
Statistics
Matches: 3354, Mismatches: 701, Indels: 363
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 8 0.00
531 90 0.03
532 127 0.04
533 179 0.05
534 9 0.00
535 2 0.00
536 1 0.00
538 4 0.00
539 10 0.00
540 494 0.15
541 301 0.09
542 349 0.10
543 403 0.12
544 212 0.06
545 388 0.12
546 137 0.04
547 62 0.02
548 209 0.06
549 6 0.00
550 5 0.00
551 225 0.07
552 129 0.04
553 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (538 bp):
TTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTAAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAGA
TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATATGAAGTGGAT
GTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTGTTAATCACTT
TAAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT
GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTGAA
GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAATTTAAATGATATATTC
ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATTTTTGGACTTTATGATCAAAACCATTA
TAATTGGATGTTTGCATTTACAAATGTGAAGTGGATACTATCAATTGAAAAGAAAAGAGCATTTT
AAGTTGATAATAACATTG
Found at i:84304 original size:363 final size:364
Alignment explanation
Indices: 81373--86502 Score: 3642
Period size: 363 Copynumber: 14.2 Consensus size: 364
81363 TATAGTCTAC
* * * ***
81373 TAAATGAT-TATTAATCCATTTATAATC-TACTAAATGATTATTAATAT--AGATATTCAAACTT
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAAATGATTATTAAT-TCGAAATCTTTGGACTT
* * * * * * *
81434 TATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGTTGTTTGAATTAGAAAAT-GTGAAGTGGATGGTATCCATT
64 TATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATT
** * * * * *** * ** *
81498 CTCCAGAACAA-ACTATTTTAAGCTAATCTTAATATCGAAAGCTTCCTTACTCACTTTGAATGAT
128 GACAAGAA-AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT
* * * ** * **
81562 GTATTAACT-ATATATTAAT-TTATAAATGATTATAAATGGAAATATTTGGACTTTACCGTTAAG
192 ATATTAATTCATTTA-TAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA-
* * * * *
81625 AA-CTATCATAATT-GATTGCTTGGATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTAACCATTGATAGGAAA
255 AACCTATCATAATTGGA-TGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACA-GAAA
* * **
81688 AGACCATTTTAAGTTGATCATGGGATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
318 AGAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * *
81735 TAAATGATATGTTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAATCTTTGCACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
* * * * * * ** * * *
81799 TGTTTAAAACTTCTTGTACTTGAATG-TACACATTGGGAAA-CGTAAAGTGGATGATAT-TCATT
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGA-ATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATT
* * *
81861 -TCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATT-AATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAA
128 GAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
* * * * * * * * *
81924 TGTATTAATACATTTATAATCTTATAAATTATCATAAATCAAAATGTTTGTACTTTATGATCAAA
191 TATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA
* * * * * * ** *
81989 ACTTATTATAATAATTGGATATTTACATTTGTAAATGTGAACTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
256 AC---CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AGAA
* * ** * *
82054 AA-AAGTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAACACTCTT
317 AAGAA-CATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * ** * * * * *
82102 TAAATGATATATTAGTTAAACT-TAATCCTAGAAAGGATTATTAATT-GAGATATTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
* * * * * * *
82165 TGGTT-AAACCTTATTGTAATTGGATGTTTGAATTGAAAAACATAAACTGGATGGTATCCATTGA
66 TGGTTAAAACC-TATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATTGA
** * * * *
82229 CAAGAAAAGATTATTTTAAGTTAATAATGCTATTGAAAGCTTTGCTACTCACTTTGAATGATATA
130 CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATA
* * * * * * *
82294 ATAATTCATTAATAATCTTATAAATGTTTGTAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGCTAAAGCCT
195 TTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCT
* * * * **
82359 ATCATAATTGAATGTTTGCTTTAGAAAACATGAAATGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAG-ACT
260 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AGAAAAGAAC-
* * * * * * **
82423 ATTTTTAGTTAATCATACAACCGAAGGCAATGTTACTCA-TT
323 ATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * *
82464 GTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTA-TAAATCAAAATCTTTGCACTTT
1 -TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTT
* * * * **
82528 ATAGTTAAAACCTATTGTAACTGGACGTTTCCATTAGGAAA-CATGAAGTGGATGCTAT-TCATT
65 ATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATT
** * * *
82591 GTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATTATGCCA-TCAATAGCTTTGTTGCTCACTTTAAATGAT
128 GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT
* * * * *
82655 GTATTCATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAA
192 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAA
* * * * * * *
82720 CAC-ATTATAATTGAAAGTTTGCATT-TATAAACGTGAAGTAGATACTATCAATTGACAAGAAAA
257 C-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AGAAAA
* * * * ** *
82783 G-ACAATTTAAGTTGAT-A--ATAAC-ATTG-TTTGTCACTCACTT
319 GAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * * * * * * *
82823 TGAATGATACATTAATTTAGTTACAATGTTACAAATTATTATAAATT-GAATTCTTTTGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
* * * * * * **
82887 TGGTTAAAACTTATCATAATTCGATGTTT-ACATTGGGAAAT-ATGAAGTAGATGATACCCCTTG
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGA-ATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATTG
* * ** ** * * *
82950 ACCAGAAAAGGCCACGTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGATAT
129 ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
* * * * *
83015 ATTAATTCATTAATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGAGTTTATGGTTAAAACA
194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
** * * * * * * *
83080 TATTGTAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACAT-CAGCCGGATGTTATTCATTGTGA-AGAAAACA
259 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAG-TGGATGCTA-TCAAT-TGACAGAAAAGA
* * * * *
83143 CCATTTTAAATTAATTATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTT
321 ACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * *
83187 TAAAGGATATATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGTTTA-TAAATCAAAATTTTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
* * * *
83251 TGATGAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATATGGAAAT-GTGAAGTGGATGCTAT-TAATTG
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAAT-TGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATT-
* * ** *
83314 AGAGAAAAGAGAAAAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTCATACAT-GCTTTAA
128 ---G-ACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAA
* * * * * * * * * * **
83378 AGGATATATTAACTAAATTATAATCCTATAAATGATTATGATTTGAGATATTTGGGTTTTATGG-
187 ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGT
* * * * *
83442 TAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGCTGGC-ATCCATTGACAAG
252 TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGAT-GCTATCAATTGAC-AG
* ** *
83506 AAAAG-ACTATTTTAAGTTAATCATGTTATTGAAAGCTTTGTTAATCACTT
315 AAAAGAAC-ATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * *
83556 TGAATGATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATT-GAAATCTTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
** * * * * * ** **
83620 TGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTGCATTGTGAAAT-GTGAAGTGGATGCTATCCCTCCA
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATTG-GAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATTGA
** * * * *
83684 CAAGAAAGAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGACTGAAAACATTGTTACTCAATTTAAATGATAT
130 CAAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
* * * *** *
83749 GTCAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TAAAATTTTTGGACTTTATGACCAAAGCC
194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
* * ** * *
83813 --T-AT-ATTGGTTGTTT-CAATT-CACAAATGTGAAGTGGATCCTATCAATAGATGC-GAAAAG
259 TATCATAATTGGATGTTTGC-ATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGA--CAGAAAAG
* * * * * * *
83871 ATCATTTTAAGTTGATAATGCCATCAAAAGTTTTGATACAT-GCTT
320 AACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTT
* * * *
83916 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTGATAAATGATTATTAACT-GAGATGTTTGGACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
* * * * *
83980 TGATTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATTAGAAATCATGAAGTGGATTG-TATCTGTTGA
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAATCATGAAGTGGA-TGCTATCTATTGA
* * ** * *
84044 CAAGAAAAGACTATTTTAACTTAATTGTGCCATTGAATGCTTTGTTCCTCACTTTGAAA-GATAT
130 CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATAT
* * * *
84108 ATTCATTCATTTATTATCTTATAAACGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
* * * ** *
84173 TATCAT-ATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGCAGTGGATGCTATCCTTTAAACAGAAAAGAAC
259 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATT-GACAGAAAAGAAC
*
84237 ATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCAATT
323 ATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * ** *
84279 TAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATGAATGGTTA-TAAAT-GAAAATATTTACACTTG
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCG-AAATCTTTGGACTTT
* * * * * *
84342 ATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGGTGTTTGTCA-TAGAAAACATGAAGTGGATGCTAT-TCATT
65 ATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG-AATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATT
* * *
84405 GGA-AAG-AAAGACCATGTTATGTTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
128 -GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
* * ** * * * * * *
84467 TGTATTAATTCATTTATAATGTCGTAAGTGATTATAAATAAAAAGC-TTGGACTTTATGATCAAC
191 TATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA
* * ** * * *
84531 ACCTATTATAATTTGG-TGTTTGCATTCGAAAATGTGAAGTGGATGCTATTAGTTGGCAAGAAAA
256 ACCTATCATAA-TTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AGAAAA
* * * * *** *
84595 TATCATTTTAAGTTAATGATGCCATCAAAAGCTTTGACGCACACTT
319 GAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * *
84641 TAAATGATATATTAATTGATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATT-GAGATATTTAGG-CGTT
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTT-GGACTTT
* * * * *
84704 GTGTTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGGAAA-CATGAAGTGTATGCTAT-TCATTG
65 ATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATTG
* * * *
84767 ATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCAC----------CT
129 ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
* *
84822 -TTAATTCA-TTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACC
194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
* * **
84885 TATCTTAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAATGGATGCTATCCCTTGACCAGAAAAGAA
259 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGA-CAGAAAAGAA
* *
84949 CATTTTCAA-TTAATTATG-TGATCAAAAGCTTTGTTACTCATTT
322 CATTTT-AAGTTAATCATGCT-ATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * *
84992 TAAATGATATATTAGTTCATTTAGAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAATCTTTGCACTTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
********** * * *
85056 NNNNNNNNNNCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAT-ATGAAGTGGATGGTAT-TCATTG
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCT-ATTG
** * * * * * * *
85119 TGAAGAGAAGTCCGTTTTAAGCTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGCTGCTCACTTTAAATGATG
129 ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-
* * * *
85183 A-ATTAATTCACTTATAATGTTATAAATGATTAT-AATCAAAATCTTTGGCCTTTAT-GTTCAAA
192 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAA
* * *
85245 ACCTATAATAGCTT-GATGTTTGCATTATGAAAA-ATGAAGTGGATGCTATCAATTGACATGAAA
256 ACCTATCATA-ATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACA-GAAA
* * * * ** *
85308 AGATCATTTTAAGTTAACCATGCCATCGAAAGCTTCATGA-TGCACTT
318 AGAACATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACT-CACTT
* * *
85355 TAAATGACATATT-ACTAATTTGA-AATCTTATAAATGATTATTAATT-GAAATCTTTGGACTTT
1 TAAATGATATATTAATTCATTT-ATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTT
* * * * *
85417 ATGGTTAAAACCTATTACAATTGGATG-TTGCACTGTG-AAGCATAAAGTGGATGCTATGC--TT
65 ATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATTG-GAAATCATGAAGTGGATGCTAT-CTATT
** * ** * * ** * *
85478 GGTAAGAAGAGGTCATTTTTAGTTAATCATGCGATCAAAAGTTTTGTTACTCGCTTTAAATGATA
128 GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATA
* * * * * * **
85543 TACTAATTCATTTACAACCTT-TAAATGATTATAAGTCAAAATTTTTGGACTTTATGGTTAAATT
193 TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAAC
* ** * * * * * *
85607 TTATTGTAATTGGAAT-TTTCCATTATG-AAATATGAGGTGGATGTTATTCATTGTGA-AGAAAA
258 CTATCATAATTGG-ATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCAAT-TGACAGAAAA
* * * * * *
85669 -AACCATTTAAAGCTCATCATGATATCAATAGCTTTATTACTCACTT
319 GAA-CATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * *
85715 TAAATGATGTATTAATTCATTTATATTCTTATAAATGATTA-TAATTC-AAGATTTTTGGACTTT
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAA-ATCTTTGGACTTT
** * * * * *
85778 ATAATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTT-ACATTTGAAAACATGAAATGGATGCTATCAATTG
65 ATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGA-ATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATTG
* * * **** * * * *
85842 ACGAGAAAAGACCACTTTAAGTTAAACACATTATCGAAAACTTTGATACAT-GCTTTAAATGATA
129 ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATA
** * * *
85906 TATTAATT-ACTTTATAATCCAATAAATGATTATTAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA
193 TATTAATTCA-TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAA
* * * * *
85970 CCTATCATAATTGGTTGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTAGCCATTGACAAGAAAA-A
257 CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AGAAAAGA
* ** * *
86034 ACTATTTTAAATTAATTGTGCTATGGAAAA-CTTT-TTCACTCATTT
321 AC-ATTTTAAGTTAATCATGCTAT-CAAAAGCTTTGTT-ACTCACTT
* * * *
86079 TGAATGATATATTAGTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAAAT-TTTGGA-TTTA
1 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
** * * * * * * *
86142 TAATAAAAAGCTATCATAATTGGATGTTTGTATTTGGAAA-CATTAAGTGGATGTTATAC-CTTG
66 TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG-AATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTAT-CTATTG
* * * * ** ** * *
86205 GCAAGAAAAGATCGTTGTAAGTTAATCATGCTGTCAAAAGCATTGTTACTTACTTTAAATGATAT
129 ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
* * *
86270 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTATGGTTAAAACC
194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
** * * * * * *
86335 TATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGTAAACATGAAGTGGATGATAT-ATTGTGA-TGAAAATACC
259 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAAT-TGACAGAAAAGAAC
* **
86398 ATTTTAAGTTAATCA--CATAATCAATAGCTTTGTTACTCTGTT
323 ATTTTAAGTTAATCATGC-T-ATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * *
86440 TAAATGATGTATT-ATTACATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAACCTTTGGACTTT
1 TAAATGATATATTAATT-CATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTT
86503 GTTGTAACAC
Statistics
Matches: 3703, Mismatches: 870, Indels: 390
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 37 0.01
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352 68 0.02
357 2 0.00
358 234 0.06
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360 392 0.11
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368 10 0.00
369 180 0.05
370 98 0.03
371 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (364 bp):
TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTCGAAATCTTTGGACTTTA
TGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCTATTGAC
AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATAT
TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTA
TCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAGAAAAGAACATT
TTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
Found at i:87154 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 87129--87189 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
87119 AGATTTGTGA
*
87129 AGGATTTATCGATAGATGGCAT
1 AGGATATATCGATAGATGGCAT
* *
87151 AGGATCTATTGATAGAT-GCAT
1 AGGATATATCGATAGATGGCAT
*
87172 -GCCATATATCGATAGATG
1 AG-GATATATCGATAGATG
87190 AGTAAAAAAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 4
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 16 0.50
22 15 0.47
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
AGGATATATCGATAGATGGCAT
Found at i:89542 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 89230--90847 Score: 1253
Period size: 182 Copynumber: 8.9 Consensus size: 181
89220 AAAACATCAT
* * * *
89230 GTGGATGCTATCCT-TTGACAA-AAAAAATCATTTTATGTTAATCATGCCGTC-AATAGCTTTGT
1 GTGGATGCTAT-CTATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGT
* * * ** * * *
89292 CACTCACTTTAAATGATGA-ATTAATTTGTTTGTAAT-TGTATAAATGATTATAAA-TAAAAAAC
64 TACACACTTTAAATGA-CATATTAATTCATTTATAATCT-TATAAATGATTATAAATTGAAATA-
* * * * *
89354 TTTGGACTTTA-GTATCAAACCTTATTATAGTTGCATGTTTGCATTGGGAACTGTGAA
126 TTTGGACTTTATG-ATCAAACC-TATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
** * * * * * * * *
89411 GTACATGCTATCAATTGACAAGCAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCAAAAGCTTCGATC
1 GTGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * *
89476 CACACTTTAAATGACATGTTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGG
66 CACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
* * * ** *
89541 ACTTTATGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTACATCAGAAAATGTGAA
131 ACTTTAT-GATCAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
* * * * * * *
89593 GTGGATGGTATCTACTGACAATAAACA-ACTATTCTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTC
1 GTGGATGCTATCTATTGACAAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
* * * * * * *
89657 ACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATTATTATAAATTATTATAAATTGAAATCTTTG
65 ACACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTG
* * * * *
89722 GACTTTAT-AGTTAATACCTAACATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAGTGTTAA
130 GACTTTATGA-TCAA-ACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
* * * * ** ***
89775 ATGGATACTAT-TGCTTGAGAA-AAAGAGATTATTTTAAGTTAATCATATGATCGAAAGCTTTGT
1 GTGGATGCTATCT-ATTGACAAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * * * *
89838 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTT
64 TACACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTT
** **
89903 GGACTTTAT-AGTCCAAACCTATTGT-ATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAA
129 GGACTTTATGA-T-CAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
* * * *
89956 GTGGATGCTATTTCTTG-CAAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGT
1 GTGGATGCTATCTATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGT
* * * * * ** *
90019 TACTCATTTTAAATGATGA-ATTAATTCATTTATAATCTT-TGAAATGATTACAAGTCAAAATTT
64 TACACACTTTAAATGA-CATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAAATTGAAATAT
* * * * *
90082 TTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATAGGATGTTTGCATTGGCAAACT-TAAA
127 TTGGACTTTATGATC-AAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAA-TGTGAA
* * * ** * * *
90138 GTGGATGCTATCTATTGGA-AAGAAAAGAACATTTTAA-CTATACCACACTATCGAAAGCTTCGA
1 GTGGATGCTATCTATT-GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA-ATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * * * * *
90201 TACACACTTTAAATGGCATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGACTATTATTTGAGATATTT
64 TACACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTT
* * * * *
90266 AGACTTTATCATTAAAGCATATCCA-AATTGGATGTTTGA-ATTGGAAAATGTGAA
129 GGACTTTATGATCAAA-CCTAT-CATAATTGGATGTTT-ACATTGGGAAATGTGAA
* * * * * * ** * * * *
90320 GTGTATGGTATCCATTAAAAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTGCCGTTGAATGCATTGTTA
1 GTGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * * * *
90385 CTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATATT-TAAATAATTATAAATTGAAATTTTTT
66 CACACTTT-AAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTG
* * *
90448 GACTTTATGATTAAAACCTATCAGAATGGGATGTTTACATT-GGACAATGTGAA
130 GACTTTATGA-TCAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGA-AATGTGAA
* ** * *
90501 ATGGATGCTAT-TCATTGTGAAGAAAACACCATTTTACA-TTAATCATGCCGTC-AATAGCTTTG
1 GTGGATGCTATCT-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTG
* * * * * ** *
90563 TTGCTA-ATTTTAAATGATGA-ATTAATTCATTTGTAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATC
63 TTAC-ACACTTTAAATGA-CATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATA
* **
90626 TTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAAAATGAA
126 TTTGGACTTTATGATC-AAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
* * ** *
90683 GTGGATGTTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAGCCATGCCATCGAAAGCTTCGTTA
1 GTGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* ** * *
90748 CACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGGCTATTAATTGAGATATTTGG
66 CACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
* * * *
90813 ACTTTATGGTTAATACCTGTTATAATTGGATGTTT
131 ACTTTATGATCAA-ACCTATCATAATTGGATGTTT
90848 GAATTAGAAA
Statistics
Matches: 1132, Mismatches: 249, Indels: 111
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 15 0.01
181 303 0.27
182 782 0.69
183 31 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
GTGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
CACACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
ACTTTATGATCAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAA
Found at i:90121 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 89148--90848 Score: 1303
Period size: 363 Copynumber: 4.7 Consensus size: 361
89138 TATTTCCTTA
* * * * * * *
89148 TTATAAATTATTACAAATTAAAAT-TTGTGAAATTTAT-GGCTAAAACATATCATAATTGGATAT
1 TTATAAATGATTATAAATTAAAATATT-TGGACTTTATAGTC-AAAACCTATCATAATTGGATGT
** * * * * *
89211 TTGGATTGGAAAACATCATGTGGATGCTA-TCCTTTGACAAA-AAAA-ATCATTTTATGTTAATC
64 TTACATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTAC-TTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * ** *
89273 ATGCCGTCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATGA-ATTAATTTGTTTGTAAT-TGTATAAA
127 ATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATAT-TATAAA
* * * * *
89336 TGATTATAAATAAAAAACTTTGGACTTTA-GTATC-AAACCTTATTATAGTTGCATGTTTGCATT
190 TGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATG-ATCAAAACC-TATCATAATTGGATGTTTGCATT
* ** * * * * * *
89399 GGGAACTGTGAAGTACATGCTATCAATTGACAAGCAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCA
253 GGGAA-TGTGAAATGGATGCTAT-TATTGAGAAGAAAAGACCATTTTAA-TTAACCACACGATCG
* *
89464 AAAGCTTCGATCCACACTTTAAATGACATGTTAATTAATTTATAATC
315 AAAGCTTCGATACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATC
* * * * * *
89511 TTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
** ** * * * *
89576 ACATCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCTAC-TGACAATA-AACA-ACTATTCTAAGTTAATCA
66 ACATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTAT-TACTTG-CAA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * * *
89638 TGCCATTGAA-AGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATATTATTATAAATT
128 TGCCA-TCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATG
* * * *
89702 ATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTAT-AGTTAATACCTAACATAATTGGATGTTTGCATTGGG
192 ATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGA-TCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
* * * ** * * *
89766 AAGTGTTAAATGGATACTATTGCTTGAGAA-AAAGAGATTATTTTAAGTTAATCATATGATCGAA
256 AA-TGTGAAATGGATGCTATT-ATTGAGAAGAAA-AGACCATTTTAA-TTAACCACACGATCGAA
* * * * * *
89830 AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAACC
317 AGCTTCGATACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATC
* * **
89875 TTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATAGTCCAAACCTATTGT-ATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * *
89939 ACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTTCTTGCAAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGC
66 ACATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTACTTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
* *
90004 CATCAATAGCTTTGTTACTCATTTTAAATGATGA-ATTAATTCATTTATAATCTT-TGAAATGAT
131 CATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATATTAT-AAATGAT
* * * * * * * *
90067 TACAAGTCAAAATTTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATAGGATGTTTGCATTGGCAAA
194 TATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAT
* * * * *
90132 CTTAAAGTGGATGCTATCTATTG-GAAAGAAAAGAACATTTTAACTATACCACACTATCGAAAGC
259 GTGAAA-TGGATGCTAT-TATTGAG-AAGAAAAGACCATTTTAATTA-ACCACACGATCGAAAGC
*
90196 TTCGATACACACTTTAAATGGCATATTAATTAATTTATAATC
320 TTCGATACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATC
* * * * * * * * *
90238 TTATAAATGACTATTATTTGAGATATTTAGACTTTATCA-TTAAAGCATATCCA-AATTGGATGT
1 TTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTAT-AGTCAAAACCTAT-CATAATTGGATGT
** * * * ** * *
90301 TTGA-ATTGGAAAATGTGAAGTGTATGGTA-TCCATTAAAAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATT
64 TT-ACATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTAC-TTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * *
90364 GTGCCGTTGAAT-GCATTGTTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATATT-TAAA
127 ATGCC-ATCAATAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAA
* * * * * * * *
90426 TAATTATAAATTGAAATTTTTTGACTTTATGATTAAAACCTATCAGAATGGGATGTTTACATTGG
190 TGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG
* * * *
90491 ACAATGTGAAATGGATGCTATTCATTGTGAAGAAAACACCATTTTACATTAATCATGC-CG-TC-
255 -GAATGTGAAATGGATGCTATT-ATTGAGAAGAAAAGACCATTTTA-ATTAACCA--CACGATCG
* * * * * * *
90553 AATAGCTTTGTTGCTA-ATTTTAAATGATGA-ATTAATTCATTTGTAATC
315 AA-AGCTTCGATAC-ACACTTTAAATGA-CATATTAATTAATTTATAATC
* * * *
90601 TTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATAG-TCAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * **
90665 TACATTGGGAAAA-ATGAAGTGGATGTTATCAATTG-ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAGCCA
65 TACATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATTACTTGCA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * * *
90728 TGCCATCGAA-AGCTTCGTTACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATG
128 TGCCATC-AATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATG
** * * * * * * * * *
90792 GCTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAATACCTGTTATAATTGGATGTTTG
192 ATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG
90849 AATTAGAAAA
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 233, Indels: 105
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
361 1 0.00
362 30 0.03
363 591 0.56
364 411 0.39
365 19 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (361 bp):
TTATAAATGATTATAAATTAAAATATTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
ACATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTACTTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
CATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTA
TAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAATGT
GAAATGGATGCTATTATTGAGAAGAAAAGACCATTTTAATTAACCACACGATCGAAAGCTTCGAT
ACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATC
Found at i:90196 original size:545 final size:537
Alignment explanation
Indices: 89284--90876 Score: 1586
Period size: 545 Copynumber: 2.9 Consensus size: 537
89274 TGCCGTCAAT
* ** * * *
89284 AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATGA-ATTAATTTGTTTGTAATTGTATAAATGATTATAAATA
1 AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAAAT-TATAAATGATTATAAATT
* * * *
89348 AAAAACTTTGGACTTTAGTA-TCAAACCTTATTATAGTTGCATGTTTGCATTGGG-AACTGTGAA
64 AAAATCTTTGGACTTTA-TAGTCAAACC-TATTGTA-TTGGATGTTTACATTGGGAAAC-GTGAA
** *** * * * * * * *
89411 GTACATGCTATCAATTGACAAGCAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCAAAAGCTTCGATC
125 GTGGATGCTATTTCTTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTA
* * * ** *
89476 CACACTTTAAATGACATG--TTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTT
189 CTCATTTTAAATG--ATGAATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAATCAAAATATTT
* * * * ** *
89539 GGACTTTATGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTACATCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTAT
251 GGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTGGAAAAT-TGAAGTGGATGCTAT
* * * * * * * * *
89604 CTACTGACAA-TAAACAACTATTCTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGA
315 CTATTGACAAGAAAAGAAC-ATTTTAAGTT-ACCATGCCATCGAAAGCTTCGT-ACACACTTTAA
* * * * * * * * *
89668 ATGATATATTAATTCATTTATATTATTATAAATTATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATAGT
377 ATGACATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGACTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATAGT
* * * * * *
89733 TAATACCTAACATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAGTGTTAAATGGATACTATTGC-TTGAGAAA
442 TAATACCTAACATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAATGGATACTA-TCCATT-AAAAA
* *
89797 -AAGAGATTATTTTAAGTTAATCATATG-ATCGAA
505 GAAAAGACTATTTTAAGTTAAT--TATGCATCGAA
*
89830 AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATTA
1 AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA-ATTATAAATGATTATAAATTA
*
89895 AAATCTTTGGACTTTATAGTCCAAACCTATTGTATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGG
65 AAATCTTTGGACTTTATAGT-CAAACCTATTGTATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAGTGG
* *
89960 ATGCTATTTCTTGCAAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCA
129 ATGCTATTTCTTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCA
* *
90025 TTTTAAATGATGAATTAATTCATTTATAATCTT-TGAAATGATTACAAGTCAAAATTTTTGGACT
193 TTTTAAATGATGAATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAA-TCAAAATATTTGGACT
* * * *
90089 TTATGATCAAAACCTATTATAATAGGATGTTTGCATTGGCAAACTTAAAGTGGATGCTATCTATT
256 TTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTGG-AAAATTGAAGTGGATGCTATCTATT
* ** * *
90154 GGA-AAGAAAAGAACATTTTAACTATACCACACTATCGAAAGCTTCGATACACACTTTAAATGGC
320 -GACAAGAAAAGAACATTTTAAGT-TACCATGCCATCGAAAGCTTCG-TACACACTTTAAATGAC
* *
90218 ATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGACTATTATTTGAGATATTTAGACTTTATCA-TTAA-
382 ATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGACTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAT-AGTTAAT
* * * * **
90281 AGCATATCCA-AATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGTGTATGGTATCCATTAAAAAGAAA
446 A-CCTA-ACATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAATGGATACTATCCATTAAAAAGAAA
* * *
90345 AGACTATTTTAAGTTAATTGTGCCGTTGAA
509 AGACTATTTTAAGTTAATTATG-CATCGAA
* * *
90375 TGCATTGTTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATATT-TAAATAATTATAAATT
1 AGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAA-ATTATAAATGATTATAAATT
* * * * * * * * * *
90438 GAAATTTTTTGACTTTATGATTAAAACCTATCAGAATGGGATGTTTACATT-GGACAATGTGAAA
64 AAAATCTTTGGACTTTAT-AGTCAAACCTAT-TGTATTGGATGTTTACATTGGGA-AACGTGAAG
* * *
90502 TGGATGCTA-TTCATTGTGAAGAAAACACCATTTTACA-TTAATCATGCCGTCAATAGCTTTGTT
126 TGGATGCTATTTC-TTG-AAAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTT
* * * * *
90565 GCTAATTTTAAATGATGAATTAATTCATTTGTAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTG
188 ACTCATTTTAAATGATGAATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATCAAAATATTTG
* *
90630 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAAAATGAAGTGGATGTTATC
252 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATT-GGAAAATTGAAGTGGATGCTATC
* *
90695 AATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAGCCATGCCATCGAAAGCTTCGTTACACACTTTAAAT
316 TATTGACAAGAAAAGAACATTTTAAGTTA-CCATGCCATCGAAAGCTTCG-TACACACTTTAAAT
* *
90760 GACATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGGCTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTA
379 GACATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGACTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATAGTTA
*** * * *
90825 ATACCTGTTATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAATGGATAGTATC
444 ATACCTAACATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAATGGATACTATC
90877 TATTTGTTGG
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 141, Indels: 73
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
543 6 0.01
544 59 0.07
545 690 0.79
546 108 0.12
547 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (537 bp):
AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAATTATAAATGATTATAAATTAA
AATCTTTGGACTTTATAGTCAAACCTATTGTATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAGTGGAT
GCTATTTCTTGAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCATTT
TAAATGATGAATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAATCAAAATATTTGGACTTTATG
ATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTGGAAAATTGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAG
AAAAGAACATTTTAAGTTACCATGCCATCGAAAGCTTCGTACACACTTTAAATGACATATTAATT
AATTTATAATCTTATAAATGACTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATAGTTAATACCTAACATA
ATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAATGGATACTATCCATTAAAAAGAAAAGACTATTTTAA
GTTAATTATGCATCGAA
Found at i:92435 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 92127--93085 Score: 787
Period size: 182 Copynumber: 5.3 Consensus size: 182
92117 TTAATCGTGA
* * * *
92127 CATCAAAAGCTTTGTCAATCACTTTGAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTA
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
** * ** * * * *
92192 TAAATTGAAATCTTTGGACTTTATACTTAAAACCTAATATAATTAGATATTTGCATTGGGAAACA
66 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTTCAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
* * * ** *
92257 TGAAGTGAAAGCTA-TCGCTTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAGTCATAT
131 TGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAACCATAC
* ** *
92309 GATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
* * *
92374 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
66 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTTCAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
* * *
92439 TGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
131 TGAAGTGGATGCTATTCATTGAC-AAGAAAAAATCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * **
92491 CGTC-ATATCTCTGTTGCTCACTTTAAATAA-AGTAATAATTCATTTATAATCCTATAAATTG-T
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATA-TATTAATTCATTTATAATTTTATAAA-TGAT
* * * * *** *
92553 TATAAATCAAAATCTTTAGATTTTATGGTTTAAACCTACTGTAATTGGATGTTTGCAGCAGTAAA
64 TATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTTCAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
** * * * * * * * *
92618 TGTGAAATGGGT-CTTATTCATTGAGAA-TAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGC
129 CATGAAGTGGATGC-TATTCATTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * *
92670 CATCAATAGCTTTGTTACTCACTTGAAATAATATATTAATCCATTTATAATGTTGTAACTGATTA
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
* * * * * *
92735 TAAATCAAAATTTTTGGACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTTGTTGTTTGCATTTGGAAAC
66 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTTC-AAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
* * * *
92799 GTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGACTAGAAAAACTCATTTTAAGTTAACCATGC
130 ATGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * *
92852 CATCAAAAGCTTTGATACACACTTTAAATGATATAGTAATCCACTTATAATCTTT-TAAATGATT
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAAT-TTTATAAATGATT
* * * * * * * **
92916 ATTAATAT-ATATGTATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGTATTAT
65 A-TAA-ATCA-A--AATCTTTAGACTTTATGGTTCAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGG
* ** * * * * *
92980 AAAATGTGAACTAGATGGTA-TCTATTAACAAG--AAAATCTATTTTAAGGTAACCATAC
125 GAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAAAAATC-ATTTTAAGTTAACCATAC
* ** **
93037 CATCGAAAGCTTCATTACTCACTTTAAACGATATATTAATTCATTTATA
1 CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATA
93086 TTACTTTGAA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 133, Indels: 41
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 25 0.04
180 112 0.18
181 126 0.20
182 222 0.36
183 8 0.01
184 8 0.01
185 56 0.09
186 63 0.10
187 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
CATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
TAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTTCAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
TGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAACCATAC
Found at i:92570 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 92127--96451 Score: 697
Period size: 182 Copynumber: 23.7 Consensus size: 181
92117 TTAATCGTGA
* * * * * *
92127 CATCAAAAGCTTTGTCAATCACTTTG-AATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATT
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCAC-TTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
** * * ** * * * * * * *
92191 ATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATACTTAAAACCTAATATAATTAGATATTTGCATTGGGAAAC
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAAAC
* * * * * * * * ** *
92256 ATGAAGTGAAAGCTA-TCGCTTGACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAGTCATAT
130 GTGAAGTGGATGTTATTC-ATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * ** * * * *
92309 GATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTA
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* *
92374 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
66 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAAACG
92439 TGAAGTGGATGTTATTCATTACGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
131 TGAAGTGGATGTTATTCATTACG-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * *
92491 CGTC-ATATCTCTGTTGCTCACTTTAAATAA-AGTAATAATTCATTTATAATCCTATAAATTG-T
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATA-TAATAATTCATTTATAATCTTATAAA-TGAT
* * * ** *
92553 TATAAATCAAAATCTTTAGA-TTTTATGGTTTAAACCTACTGTAATTGGATGTTTGCAGCAGTAA
64 TATAAATCAAAATCTTTAGACTTTT-TGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAA
* * * * * * *
92617 ATGTGAAATGGGTCTTATTCATT--GAGAATAAGACTATTTTAAGTTAATCATGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATTACGAGAA-AAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * *
92670 CATCAATAGCTTTGTTACTCACTTGAAATAATATATTAATCCATTTATAATGTTGTAACTGATTA
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* * * * * * *
92735 TAAATCAAAATTTTTGGACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTT-GTTGTTTGCATTTGGAAA
66 TAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTATTGT-ATTTGGATGTTTGCATTAGGAAA
* * *
92798 CGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGACTAGAAAA-ACTCATTTTAAGTTAACCATGC
129 CGTGAAGTGGATGTTATTC-ATT-ACGAGAAAAGAC-CATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * * * *
92852 CATCAAAAGCTTTGATACACACTTTAAATGATATAGTAATCCACTTATAATCTTTTAAATGATTA
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* * * * * ** * * * **
92917 TTAATAT-ATATGTATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGTATTATA
66 -TAA-ATCA-A--AATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGG
* * * * * * * *
92981 AAATGTGAACTAGATGGTA-TCTATTAACAAGAAAA-TCTATTTTAAGGTAACCATAC
126 AAACGTGAAGTGGATGTTATTC-ATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * ** * * * *
93037 CATCGAA-AGCT-TCATTACTCACTTTAAACGATATATTAATTCATTTATATTACTT-TGAATAA
1 CATC-AATAGCTCT-GTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGA
* * * * * * * *
93099 ATATTAA-C--GATATAT-GAATTTATAAATGATT-ATAA---ATTGAAATATTTTGACT-TTAT
63 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTT-T---TGGTTCA-AACCTATTG---TATTTGGA-TGTT-T
* ** * * ** * *
93155 G-GTTAAAACATATCAT-AATTGGATGTT-TGGATTA-GA-AAATGTGAGGTGGATGCTATCCCT
118 GCATTAGGA-A-A-CGTGAAGTGGATGTTATTCATTACGAGAAA----A----GA--CCAT--TT
*** ** *
93215 TAACAGAAAAAGAC
168 TAAGTTAACCATAC
* * ** * *
93229 CATTTTAAGTTA-ATCATGCCA-TCGAAAGCTTTGATACATGCTTTAA-ATAAAATATTAATTTG
1 CA--TCAA--TAGCTC-TGTTACTC---A-C-TTGA-A-A-----TAATATAATA-ATTCATTT-
* * * ** * * * * * * **
93291 TTTATAATCCTACGAATGATTAT-TATACTAGATGTTT-GAACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
47 ATAAT---CTTATAAATGATTATAAAT-CAAAATCTTTAG-ACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTA
* * * * * * *
93354 ATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGAT-TGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTA
107 TTTGGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGTGGATGT-TATTCATT-ACGAGAAAAGACCATTTTA
* ** *
93418 AGCTAATAATGC
170 AGTTAACCATAC
* * * ** * * * * *
93430 TATCGAA-AGCTTTGTTACTAACTTTCAATGATATATTAATTCATTAACAATCTTATAATTGATT
1 CATC-AATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
** * * * ** ** * *
93494 ATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACT-GTTTAAACCTATCATAAATAGATCTTTGCATT-GAGAA
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTT-TTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAG-GAA
*** * * * * * *
93557 ACACCAAGTGGATGCTA-TCGCTTGACAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTC-ATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * ** *
93612 AATTGAA-AGCAT-TGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTGATTTATAATCTCTTATAAACT
1 CA-TCAATAGC-TCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAA--TCTTATAAA-T
* * * * * * *
93675 -ATTATAAATCAAAGTCTTT-G-CATTTTATAGTTAAAACCTATCGTAATTAGATCTTTGCATT-
61 GATTATAAATCAAAATCTTTAGAC-TTTT-TGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTA
* * * * * * * * * * *
93736 GGAAAATGTCAAGCGGATGTGATTTATTGCAAAGAAAAGAACATTTTAAGCTAATCATGC
124 GG-AAACGTGAAGTGGATGTTATTCATTAC-GAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * *
93796 CATCAATAG-TTTCTTACTCA-TGTCAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGT
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACT-TGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * ** * *
93859 ATAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCGAAACCTATAT-TATAATTGGACATTTGCATTCGC
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTAT-TGTAT--TTGGATGTTTGCATTAGG
* * * * * ** **
93922 AAACATGAAGTAGG-TGCTATT-ATTTGACAACAAAAGACCA-TTTAAGTTGATAATTT
126 AAACGTGAAGT-GGATGTTATTCA-TT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * ** * * *
93978 CAT-AGAAAGCTTTGATACAGACTTTG-AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATCAATTG-
1 CATCA-ATAGCTCTGTTACTCAC-TTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGA
** * * * * * ** * * * *
94040 GGAT--AT-----TC---GGACTTTATAGTTAAAACGTATCATAATTGGATGTTTGAAATAGAAA
63 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAA
* * *** * * * * * *
94095 ATGTGGAGCAAATGGTATCCATTGAC-ATGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * *
94150 CATCAAAAGCT-TTTTCACTTACTTTGAAA-GATAT-ATCAATTGATTTATCATATTATAAATGA
1 CATCAATAGCTCTGTT-ACTCAC-TTGAAATAATATAAT-AATTCATTTATAATCTTATAAATGA
** * * ** * * ** *
94212 TTATAAATTGAAATCTTTGGACATTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAA
63 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGG-A
* * * * * * * *
94276 AACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACCAAAAAAGACCATTTTAACTTAATCATGC
127 AACGTGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * ** * *
94332 AATCGAA-AGCAT-TGTTACTCACTTTAAATGATATCTTAATTGATTTATAATGTTATAAATGAT
1 CATC-AATAGC-TCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * *** * * **
94395 TATAAATCAAAGTCTTT-G-CATTCTATAGTTAAAACCTGCGGTAATTGGATCTTTAAATT-GGA
64 TATAAATCAAAATCTTTAGAC-TT-TTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGG-
* * * * * * * * * *
94457 AAATGTCAAGCGGATGCTATTTATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGC
126 AAACGTGAAGTGGATGTTATTCATTAC-GAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
** * * * * * * * *
94514 CATTTATAG-TTTCTTACTCA-TGTCAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGT
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCACT-TGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * ** * * *
94577 ATAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCGAAACCTATAT-TATAATTGGACATTTGCGTTCGC
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTAT-TGTAT--TTGGATGTTTGCATTAGG
* * * * * * ** *
94640 AAACATGAAGTAGG-TGCTATT-ATTTGACAATAAAAGAGCA-TTTAAGTTGATAATTC
126 AAACGTGAAGT-GGATGTTATTCA-TT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * *
94696 CATCGAA-AGCTGTGGTACACACTTTG-AATGACATATTAATTCATTTATAATCTTAT-CA--AT
1 CATC-AATAGCTCTGTTACTCAC-TTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * * ** * ** * *
94756 T-GAGAT----AT-TTCA-ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAAATAGAAAA
64 TATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAAA
* * * * ** * * *
94814 TGTGAAGCGGATGGTATCCATTGAC-ATGAAAAGAGTATTTTAAGTTAATCGTGC
129 CGTGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * * * *
94868 CATCAAAAGATTTGTCACTTACTTTGAAA-GATAT-ATCAATTGATTTATCATATTATAAATGAC
1 CATCAATAGCTCTGTTACTCAC-TTGAAATAATATAAT-AATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
** ** * ** * * *
94931 TATAAATTGAAATCTTT-GAACTTTACGGCT-ATAACCTATCCTAGTTGGATGTTTCCATT-GCA
64 TATAAATCAAAATCTTTAG-ACTTTTTGGTTCA-AACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAG-G
* * * * *
94993 AAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
126 AAACGTGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * *
95050 AATCGAA-AGCTTTTTTACTCAC-TGTAAATGATA-AATTAATCCATTTTTAATCTTATAAATCA
1 CATC-AATAGCTCTGTTACTCACTTG-AAATAATATAA-TAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* ** * * ** ** *
95112 TTATAAATCAAAATCTTTAAACTTCGTGGTTAAAAACTATTGTAACTACATGTTTGCATTGGGAA
63 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAA
* ** * * * * *
95177 ATGTGAAGTGGATACTATTTATTACAACGAAAATACCATATTAAGTTAACCATGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATTACGA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
** * * * * * * *
95232 CATCAATAGCAT-TGTTACTTGCTTTAAATGATGTATTCATTCATTTTTAATCTTTTAAATGATT
1 CATCAATAGC-TCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * * * * *
95296 TTAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGG-TCAAAACCTCTTATAATTGGAAGTTTACATTTGTAAA
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAAA
* * * * * * *
95360 TGTGAAATGGATGCTA-TCAATTGACAAGAAATGACCATTTTAAGTTAATCAGAC
129 CGTGAAGTGGATGTTATTC-ATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * * * * *
95414 CATTAAAAACTTTGATACATGCA-TT-AAATGATATATTCATTGATTTTATAATCCTCTAAATGA
1 CATCAATAGCTCTGTTAC-T-CACTTGAAATAATATAATAATTCA-TTTATAATCTTATAAATGA
* *** ** * * * * * ** * * * *
95477 GTATTCTTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAAGATATTATAATTGGATGTTTGGATTAGAAA
63 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAA
* * * * *** *** *
95542 ACGTGAAGTGGATGGTATCCATTATGAAAAAATGGGTATTTTAAGTTAATTGTGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATTACGAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * ** * *
95597 CATCAACT-GCTTTGTTGCTTACTTTAAATGTTATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATT
1 CATCAA-TAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * ** * *
95661 ATAAGT-AGAAATCTTTGGACTTTATGGCTCAAACCAATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAAAA
65 ATAAATCA-AAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAG-GAA
* ** * * * ** * * *
95724 ACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACGGTGTTAAGTTAATCATGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * **
95779 AATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAGCCTTATAAATGATT
1 CA-TCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * * * * * *
95843 ATAACTCAAGATCATTGGACTTTATGG-TCAAAACATATTGTAATTGGATGTCTGCATT-GAAAA
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAG-GAA
* * * * * * * *
95906 ACATAAAGTGGATGCTATTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATGC
128 ACGTGAAGTGGATGTTATTCATTAC-GAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * *
95961 CATTAATAGCTTTGTTAC-CTACTTTAAATTATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
1 CATCAATAGCTCTGTTACTC-ACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * * * *
96025 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTAT-GATCAAAACCTATTAT-TATTGGATGTTTGCATTCGTAA
65 ATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTC-AAACCTATTGTAT-TTGGATGTTTGCATTAGGAA
* * * * * ** *
96088 ACATGGAA-TGGATGCTATTAATTGAC-ATGAAAAGACCATTTTCAGTTGATAATGC
128 ACGT-GAAGTGGATGTTATTCATT-ACGA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * * *
96143 CATCGAA-AGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAGTTCATTTATAATCTTATAAATGAC
1 CATC-AATAGCTCTGTTAC-TCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * ** * * * * * * **
96206 TATTATTTGATATATTTAGACTTTGTT-GTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG-AATAAAAA
64 TATAAATCAAAATCTTTAGACTTT-TTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAA
* * * * * *** *
96269 AAGCTGAAGTGGAT-TGCATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTAT
128 ACG-TGAAGTGGATGT-TATTCATT-ACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
* * * * * * *
96325 CATCCAA-AGCTTTGTCACTCACTTCG-AATGATACATTATTTCATTTATAATATTATAAATGAT
1 CAT-CAATAGCTCTGTTACTCACTT-GAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * ** *
96388 TATAAATTC-AAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAGACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGA
64 TATAAA-TCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAA-ACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGA
96450 AA
127 AA
96452 ACCTTCTTAC
Statistics
Matches: 3106, Mismatches: 772, Indels: 530
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 83 0.03
172 102 0.03
173 41 0.01
174 8 0.00
175 4 0.00
176 5 0.00
177 5 0.00
178 11 0.00
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183 381 0.12
184 121 0.04
185 70 0.02
186 77 0.02
187 6 0.00
190 4 0.00
191 1 0.00
192 12 0.00
193 4 0.00
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195 4 0.00
196 2 0.00
197 5 0.00
198 3 0.00
199 2 0.00
200 5 0.00
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202 1 0.00
203 4 0.00
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212 3 0.00
213 3 0.00
214 8 0.00
215 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
CATCAATAGCTCTGTTACTCACTTGAAATAATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
TAAATCAAAATCTTTAGACTTTTTGGTTCAAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTAGGAAACG
TGAAGTGGATGTTATTCATTACGAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATAC
Found at i:93114 original size:186 final size:186
Alignment explanation
Indices: 92747--93114 Score: 420
Period size: 186 Copynumber: 2.0 Consensus size: 186
92737 AATCAAAATT
* * * * *
92747 TTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTTGTTGTTTGCATTTGGAAACGTGAAGTGGATGC
1 TTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTTGAAAACGTGAACTAGATGC
* * * * *
92812 TATCAATTGACTAGAAAAACTCATTTTAAGTTAACCATGCCATCAAAAGCTTTGATACACACTTT
66 TATCAATTAACAAGAAAAACTCATTTTAAGGTAACCATACCATCAAAAGCTTTCATACACACTTT
* * * *
92877 AAATGATATAGTAATCCACTTATAATCTTTTAAATGATTATTAATATATATGTATA
131 AAACGATATAGTAATCCACTTATAATCTTTTAAATAAATATTAAGATATATGTATA
* * * *
92933 TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGTATTAT-AAAATGTGAACTAGATG
1 TTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATT-TGAAAACGTGAACTAGATG
* * * * *
92997 GTATCTATTAACAAGAAAATCT-ATTTTAAGGTAACCATACCATCGAAAGC-TTCATTACTCACT
65 CTATCAATTAACAAGAAAAACTCATTTTAAGGTAACCATACCATCAAAAGCTTTCA-TACACACT
* * * * *
93060 TTAAACGATATATTAATTCATTTATATTAC-TTTGAATAAATATTAACGATATATG
129 TTAAACGATATAGTAATCCACTTATAAT-CTTTTAAATAAATATTAA-GATATATG
93115 AATTTATAAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 28, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
184 3 0.02
185 68 0.45
186 78 0.52
187 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (186 bp):
TTTGGACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTTGAAAACGTGAACTAGATGC
TATCAATTAACAAGAAAAACTCATTTTAAGGTAACCATACCATCAAAAGCTTTCATACACACTTT
AAACGATATAGTAATCCACTTATAATCTTTTAAATAAATATTAAGATATATGTATA
Found at i:93468 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 93118--101476 Score: 4322
Period size: 182 Copynumber: 46.0 Consensus size: 182
93108 ATATATGAAT
* * * *
93118 TTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTTGACTTTATGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * *
93183 GGATTAGAAAATGTGAGGTGGATGCTATCCCTTAAC-AGAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
66 GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * **
93247 CCATCGAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATAAAATATTAATTTGTTTATAATC
130 CCATCGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* ** * * * *
93300 CTACGAATGATTATTATACT-AGATGTTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTA-TAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * *
93364 TGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATTG-TATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGCTAATAAT
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGA-TGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * *
93428 GCTATCGAAAGCTTTGTTACTAACTTTCAATGATATATTAATTCATTAACAATC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * *
93482 TTATAATTGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACT-GTTTAAACCTATCATAAATAGATCTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTA-TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
** *
93546 TGCATTGAGAAACA--CCAAGTGGATGCTATCGC-TTGACAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATC
65 TGCATT-AGAAA-ATGTGAAGTGGATGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * * *
93608 ATGCAATTGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTGATTTATAATCTC
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA--TC
* * * * * * *
93666 TTATAAACT-ATTATAAA-TCAAAGTCTTTGCATTTTATAGTTAAAACCTATCGTAATTAGATCT
1 TTATAAA-TGATTATAAACTGAAA-TCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * * ** * *
93729 TTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATG-TGATTTATTG-CAAAGAAAAGAACATTTTAAGCTAATC
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCT-ATCCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * *
93792 ATGCCATC-AATAG-TTTCTTACTCA-TGTCAAATGATGTATTCATTCATTTATAATC
127 ATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACT-TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * ** * **
93847 TTATAAATGAGTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGATCGAAACCTATATTATAATTGGACA
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC--TATCATAATTGGATG
* * ** * * *
93911 TTTGCATTCGCAAACATGAAGTAGG-TGCTAT-TATTTGACAACAAAAGACCA-TTTAAGTTGAT
63 TTTGCATTAGAAAATGTGAAGT-GGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* ** * * ** *
93973 AATTTCATAGAAAGCTTTGATACAGACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATC
126 CATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* ** * *
94030 TTATCAATTG-GGAT--A-T----TC---GGACTTTATAGTTAAAACGTATCATAATTGGATGTT
1 TTAT-AAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * *** * * * *
94084 TGAAATAGAAAATGTGGAGCAAATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTG
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * * *
94149 CCATCAAAAGCTTT-TTCACTTACTTTGAAA-GATATATCAATTGATTTATCATA
130 CCATCGAAAGCTTTGTT-ACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * *
94202 TTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACATTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* ** *
94267 GCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACCAA-AAAAGACCATTTTAACTTAATCATG
66 GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * *
94331 CAATCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGATATCTTAATTGATTTATAATG
130 CCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * *
94384 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAGTCTTTGCA-TTCTATAGTTAAAACCT-GCGGTAATTGGATC
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAA-TCTTTGGACTT-TATGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATG
** * * * ** *
94446 TTTAAATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATTTATTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATC
63 TTTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
** * * * * *
94510 ATGCCATTTATAG-TTTCTTACTCA-TGTCAAATGATGTATTCATTCATTTATAATC
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACT-TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * ** * **
94565 TTATAAATGAGTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGATCGAAACCTATATTATAATTGGACA
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC--TATCATAATTGGATG
* * * ** * * * *
94629 TTTGCGTTCGCAAACATGAAGTAGG-TGCTAT-TATTTGACAATAAAAGAGCA-TTTAAGTTGAT
63 TTTGCATTAGAAAATGTGAAGT-GGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* * * * * * *
94691 AATTCCATCGAAAGCTGTGGTACACACTTTGAATGACATATTAATTCATTTATAATC
126 CATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * **
94748 -T-T--ATCA--AT----TGAGATATTTCAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
** * * * * ** *
94803 AAAATAGAAAATGTGAAGCGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGAGTATTTTAAGTTAATCGTGC
66 GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
* * * * * * * *
94868 CATCAAAAGATTTGTCACTTACTTTGAAA-GATATATCAATTGATTTATCATA
131 CATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * *
94920 TTATAAATGACTATAAATTGAAATCTTTGAACTTTACGGCTATAACCTATCCTAGTTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* ** * *
94985 CCATT-GCAAAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
66 GCATTAG-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * * * *
95049 CAATCGAAAGCTTTTTTACTCACTGTAAATGATAAATTAATCCATTTTTAATC
130 CCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * ** ** * ** * **
95102 TTATAAATCATTATAAA-TCAAAATCTTTAAACTTCGTGGTTAAAAACTATTGTAACTACATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * ** * * *
95166 TGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATACTATTTATT-ACAACGAAAATACCATATTAAGTTAACCAT
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* ** * * *
95230 GCCATC-AATAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATGTATTCATTCATTTTTAATC
129 GCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * *
95284 TTTTAAATGATTTTAAA-TCAAAATCTTTAGACTTTATGGTCAAAACCTCTTATAATTGGAAGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
95348 TACATTTGTAAATGTGAAATGGATGCTATCAATTGACAAGAAATGACCATTTTAAGTTAATCA-G
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
** * * * *
95412 ACCATTAAAAACTTTGATACATGCA--TTAAATGATATATTCATTGATTTTATAATC
130 -CCATCGAAAGCTTTGTTAC-T-CACTTTAAATGATATATTAATTCA-TTTATAATC
* * * **** * * ** *
95467 CTCTAAATGAGTATTCTTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAAGATATTATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * *** **
95532 GGATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTATGA-AA-AAATGGGTATTTTAAGTTAATTGT
66 GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCA-T-TGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * *
95595 GCCATC-AACTGCTTTGTTGCTTACTTTAAATGTTATATTAATTCATTTATAATA
129 GCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * *
95649 TTATAAATGATTAT-AAGTAGAAATCTTTGGACTTTATGGCTCAAACCAATCATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
** * * ** *
95713 TGCATT-GAAAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACGGTGTTAAGTTAATCAT
65 TGCATTAG-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * **
95777 GCAATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAGCC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * ** *
95831 TTATAAATGATTAT-AACTCAAGATCATTGGACTTTATGGTCAAAACATATTGTAATTGGATGTC
1 TTATAAATGATTATAAACTGAA-ATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
** * * *
95895 TGCATT-GAAAAACATAAAGTGGATGCTATTCATTG-CATAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCA
65 TGCATTAG-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * *
95958 TGCCAT-TAATAGCTTTGTTAC-CTACTTTAAATTATGTATTCATTCATTTATAATC
128 TGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTC-ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * *
96013 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATTATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* ** * * * *
96077 TGCATTCGTAAACATG-GAA-TGGATGCTATTAATTGACATGAAAAGACCATTTTCAGTTGATAA
65 TGCATTAG-AAA-ATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * *
96140 TGCCATCGAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAGTTCATTTATAATC
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * ** * * * * * *
96195 TTATAAATGACTATTATTTGATATATTTAGACTTTGTTGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * **
96260 G-AATAAAAAAAGCTGAAGTGGATTGC-ATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGT
66 GCATTAGAAAATG-TGAAGTGGA-TGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
** * * ** * * *
96323 ATCATCCAAAGCTTTGTCACTCACTTCGAATGATACATTATTTCATTTATAATA
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * *
96377 TTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAGACCTATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * ** ** * *** * * *
96442 GCATTGGAAAACCTTCTTACTGACTTTAAATGATCTATTCATT--CATTTATA-ATC-TTATAA-
66 GCATTAGAAAA------T-GTGA-AGTGGATG--CTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAG
* * * ** * * * * * *
96502 ATGATTAT-AAATCAAAATCTTTGGCTTTATGCTCAAAACATATTATAATTGCAAACATGAAATG
121 TTAATCATGCCATCGAAAGCTTT-G--TTA--CTC---AC-T-TTA-AA-TG-ATATAT-TAATT
*
96566 GATGTTATCAAT-
172 CAT-TTAT-AATC
* * * * * * * * ***
96578 TGACAAGAAAAGACCATT-TGAACTTCATAATGCCATTGAAAGCTTTTACACATGCTTTAAATGA
1 T---TATAAATG---ATTATAAAC-TGA-AAT--CTTTG-GA-C-TTT----ATG-GTTAAAACC
* * * ** * * **
96642 TAT-ATTAATT-CAT-TTATAATCTTATAAATGATTATTAACATAGATATTTGGACT-TTAT-GG
48 TATCA-TAATTGGATGTT-T--GC--AT-TA-GA--A--AATGT-GA-A-GTGGA-TGCTATCCA
* * * * * *
96702 TTAAAACCTACCATTGAAAAGAAAAGACTAATTTAAGTTAATCATGCCATCGAATGCTTTATTAC
97 TT--GA-C-A--A-G------AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTAC
* *
96767 TCAGTTTGAAA-GATATATTAATTGATTTATAATC
149 TCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * ** * * *
96801 TCATAAGTGATTATAAATTAAAATCTTTATACTTTATGATTAAAACTTATCGTAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* ** * * * ** * * * *
96866 GCACT-GGGAATCATGAAATGGATGCTATCCTTTCTCCAA-AAAAG-CAAAATTGATGTTAATCA
66 GCATTAGAAAAT-GTGAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGAC-CATTTTAAGTTAATCA
** * * * * *
96928 TGAGATCGGAGGCTTTGTTACTCGCTGTAAATGATATATTAATTCATTTAGAATC
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * ** * *
96983 TTATAAATGATTATCAA-TCAAAATCTTTGCACTTTATCATTAGAACCTA-CTGTAATTGGATGT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGT
* * * * ** * ** ** * **
97046 TTCCATCGAGAAACA--TAAAGTTGATGCTATTTATT-ATGAAGAGGAGTTCATTTAAAACTAAT
64 TTGCAT-TAGAAA-ATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
**
97108 CATGCCATC-AATAGCTTTGTTACTCA-TTATAAACCATGA-ATTAATTCATTTATAATC
126 CATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTT-TAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATC
* * * * *
97165 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAGTTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
97229 TACATTAGGCAAAA--TGAAGTGGAAGCTATCAATT-A-ATAGCAAAAAAACATTTTAAGTTAAC
65 TGCATTA-G-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACA-AG-AAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* * * * * * * *
97290 CATGCCATCAAAAGCTTCGATACACACTTTAAATGACAAATTAATTAATTTATTATC
126 CATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * * * *
97347 TTATAGATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATTGTTGAAACCTATCACAATTGCATGCTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * **
97412 G-AGCTAGAAAACGTGAAGTGAATGGTATCCATTGACAGGAAAAG-CCTATTCTAAGTTAATTGT
66 GCA-TTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACC-ATTTTAAGTTAATCAT
* * * ** * * *
97475 GCAATCAAAAGGTTTG----TCAC-TTAAACAATATGTTAATTTATTTATAGTAC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT-C
* * *
97525 -TATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
97588 TGCA-TAGGGAAATGTGAAGTGGATACTATCGC-TTAAGAAGAAGAGATCATTTTAAGTT-A--A
65 TGCATTA-GAAAATGTGAAGTGGATGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
**
97648 T--CAT-----G-TTTGTTACTTGCTTTAAAT-A-ATA-T-A-------------
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * ** *
97678 TTATAAATGATAATAAA-TGAAAGTCTTTGGACTTTATGGTTCAAACCAATTGTAATTGTG-TGC
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAA-TCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTG-GATGT
* ** * *
97741 TTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT-ATGGAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATC
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA--CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * *
97804 ATGTCATC-AATAGCTTTGTTACTCCCTTTAAATGATATATTCATTCATTTATAAAC
127 ATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
** * ** * **
97860 TTATAAATGATTATAAACCAAAATATTTATACTTTAAT-GTTTAAACCTATTGTAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTT-ATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * *** * * * ** * *
97924 TACAGT-GCAAAATGTGAAGCAAATACTCTTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTGAGTCAATCAT
65 TGCATTAG-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * * * * *
97988 ACCATC-AATAACTTCGTTGCTCACTGTAAATAATGTATTAGTTCATTTATAATG
129 GCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * *
98042 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTACAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * ** * * * * ** *
98106 TGCATTTGGAAACATGAAATGGATGCTATCAATTGGCTAGAAAAGATAATTTTAGGTTAATCATG
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG
* * * *
98171 CCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATAT-AGTTATAATC
130 CCATCGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAAT-TCATTTATAATC
** * *
98224 TTATAAATGATTATTAATA-T-AGGTATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGCTGT
1 TTATAAATGATTA-TAA-ACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * ** * * * **
98287 TTGAATAAGAAAACATGAAGTGGATGGC-AACCATTGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTG
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGAT-GCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * *
98351 TGCCATCGAAAGCTTCGTTACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTAT-ATCAC
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT--C
* * * * *
98407 TT-TGAACT-ATATATTAAC-GACATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
1 TTAT-AAATGAT-TATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * ** * * * * *
98469 TTGGATTAGGAACCGTGATGTGAATGGTATCCCTTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCAT
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * ** * *
98534 GCGATTGAAAGCTTTATTGCTTGCTTGAAATGATATATTAATCCATTTATAATC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
** * * * * ** * ***
98588 TTCCAAAGGACTATAAA-TCAAAATATTTATACTTTATGG-TAAACACTTATTGGAATTGGATGT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA-ACCTATCATAATTGGATGT
* ** * * **
98651 TTGCA-TGGAAAACATGAAGTGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * *
98715 TGCCATC-AATAGC-TTGTTTACTCAGTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATATTC
128 TGCCATCGAA-AGCTTTG-TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * *
98770 TTAGAAATGATTGTAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTC
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * * *
98834 TGCATTCA-CAAATGTGAAGTAGATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTGATAAT
65 TGCATT-AGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * *
98898 GCCATTGAAAGCTTTGATACATGA-TTTAAATGATATATTAAATCATTTACAACC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* ** * * *
98952 TTATAAATGATTATTAGTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * *
99017 -CAATTA-AAGAACT-TGAAGTGGATGGC-ATCCATTGATAACAAAATACTATTTTAAGTTAATC
66 GC-ATTAGAA-AA-TGTGAAGTGGAT-GCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * * *
99078 GTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAA-C
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * *
99133 ATTATAAATGATTATAAATTGTAAT-TTGTGAAATTTATGGCT-AACCCTATCATATTTGGATGT
1 -TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTT-TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * * * * * * *
99196 TTAG-ATTGGGAAGA-GTGATGTGGATACTATCCTTTGATACGAAAAGATCATTTTAAGTTAATC
64 TT-GCATT-AGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * *
99259 AAGCCATC-AACAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGACGA-ATTAATTCATTTATAATC
127 ATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA-TATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * *
99315 TTATAAATGATTGT-AACTCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACTTATTATAGTTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * * *
99379 TACATTGGGAAATGTGAAGTGCATGCTAT-CAGTTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAACCAC
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * * *
99443 ACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATG-TCATATTAATTAATTTATAATC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * * * *
99497 TTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGTATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * * * * *
99562 GCATCAGAAAACGTGAAATGGATGGTATCTATTGCCAGGAAAAGACTATTCTGAGTTAATCGTGG
66 GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
* * * * ** *
99627 CATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGGTATATTAATTCATTTATGTTA
131 CATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * *
99679 TTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGTTTAAAAGCTAACATAATTGGATGTTT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
99744 GCA-TAGGATAACGTTAAGTGGATGCTAT-CACTTGAGAAGAAGAGATCATTTTAAGTTAATCAT
66 GCATTA-GAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * ** *
99807 GCAATTGAAAGATTTCTTACTTGCTTTAAATGATATATTAACTCATTTATAATC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * * *
99861 TTATAAATCATCATAAAAC-AAAATCTTTAGACTCTATGGTTCAAACTTAGT-GT-ATTGAATGT
1 TTATAAATGATTAT-AAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTA-TCATAATTGGATGT
* * **** ** ** *
99923 TTGCATTTGGAAACACAAAGTGGATGCTATTTATTGTGAAGAAAA-ATCCATTTTAAGCTAATCA
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGA-CCATTTTAAGTTAATCA
*
99987 TGCCATC-AATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGA-ATTAATTCATGTATAA-C
128 TGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * * * *
100041 TTCAGAAATGATTA-CAAGTCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACTTATTATAATTGGATAT
1 TT-ATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * ** * * ** *
100105 TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTTGA-AAGGAAAGAAAATTTTAACTGTACCA
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGT-TA--A
* ** * * *
100169 -CAT--CATCGAAAGCTTTGATT-CACACTTTAAATGGCATATTTATTAATTTATAGTC
125 TCATGCCATCGAAAGCTTTG-TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * ** * * *
100224 TTCTAAATAATTGTTATTTGAGATCTTTGGACTCTATAGTT-AAACCATATCCA-AATTGGATGT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC-TAT-CATAATTGGATGT
* * * * * *
100287 TTGAATTGGAAAATGTGACGTGTATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCAT
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
** *
100352 GTTATCG-AAGGTATTGTTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAA-C
129 GCCATCGAAAGCT-TTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * *
100405 ATTACAAATGATTATAAATTGAAA-CTTTTGGACTTAATGGTTAAAATCTATCAGAATTGGATGT
1 -TTATAAATGATTATAAACTGAAATC-TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * * * * * * * *
100469 TTGCATTGGAAATTGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGGTC-GGAAAAAACTATGTTCAGTTAATCA
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * * *
100533 T-TCACTCGAAAGTTTTGTTACTCTCTATAAATGATATATTAATT-TTTTAATAATC
128 TGCCA-TCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTT-ATAATC
* * *
100588 TTATAAAAGATTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAACATAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * * * * *
100652 TACATTGGGAAATGTGAAGTGGAAGCTATCGC-TTGACAAGAACAGATCATTTCAAGTTATTTAT
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATC-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* *
100716 GCGATC--AA--------A---A--GTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
129 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * ** * *** *
100755 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAATTTTTATACTTTATGGTTCAAACCTATTGGAATCGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * * * * *
100819 TACATTAGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATT-ACGAAAAAAATACTATTTTAAATTAACCAC
65 TGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA-
* * * * * * * * *
100883 AG-CAT-TATAGCTCTGTTACTCATTTTAAATAATGTAATAATTCATTTATACTC
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * **
100936 TTATAAATGTTTGTAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATGTT
1 TTATAAATGATTATAAACT-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
** * * * * * * * *
101000 TGCAGCA-ATAAATATGAAGT-AAGTGTTGTTCATTG---TGAATAAGACTATTTTATGTTAATC
65 TGCATTAGA-AAATGTGAAGTGGA-TGCTATCCATTGACAAGAA-AAGACCATTTTAAGTTAATC
* * * ** * * *
101060 ATACCCTC-AATAGCTTTGTTACTTACTGGAAATAATGTATTAATTCATTTATAATG
127 ATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * * * *
101116 TTGTAACTGATTATAAATTAAAAGT-TTTGGACTTCATGATCAAAACCTATTATAATTGGTTGAT
1 TTATAAATGATTATAAACTGAAA-TCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT
* * * * *
101180 TACATTCA-AAAATG-CACAGTGGATGTTATCAATTGACTAGAAAAG-CTCATTTTAAGTTAATC
65 TGCATT-AGAAAATGTGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAC-CATTTTAAGTTAATC
* * * * * *
101242 ATGCCATCGAAAGCTTGGCTACACACTTTAAATGATATATGAATCCACTTATAATC
127 ATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * **
101298 TTATAAATGATTATTAATA-T-ATATATTTGCACTGTATGGTTAAAACCTATCATAATTGCTTGT
1 TTATAAATGATTA-TAA-ACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGT
* * * * * * * * *
101361 TTGAATTAGAAATTTTGAATTGGATGGTATCCATTAAAAAGAAAAAACTATTTTAAGTTAA-CAG
64 TTGCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA-
** ** * *
101425 TGGTATCGAAAGCTTCATTACTCAGTTTCAATGATATATTAATTCATTTATA
128 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
101477 TCACTTTGAA
Statistics
Matches: 6193, Mismatches: 1537, Indels: 894
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
153 5 0.00
154 88 0.01
155 6 0.00
157 2 0.00
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169 3 0.00
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TTATAAATGATTATAAACTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
GCATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGC
CATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
Found at i:94722 original size:718 final size:723
Alignment explanation
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92135 GCTTTGTCAA
* * * * *
92145 TCACTTTGAATAATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAA-TCTTTGG
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAAGTCTTTGC
* * * * * * *
92209 ACTT-TATACTTAAAACCTAATATAATTAGATATTTGCATTGGGAAACATG--AAGTGAAAGCTA
65 ACTTCTATAGTTAAAACCTACTGTAATTAGATCTTTGCATT-GGAAA-ATGTCAAGCGGATGCTA
*** * * * * *** * *
92271 TCGCTTG-ACAAGAAAAAATCATTTTAAGTTAGTCATATGATCAAAAGCTTTGTTACT--TGCTT
128 TTTATTGCA-AAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCATG--T
* * * * * *
92333 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTTT
190 CAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTAT
* * * ** * * * *
92398 GGTTC-AAACCTATTGTATTTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGTTATTCATT-AC
255 -GATCAAAACCTATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTGAC
* * ** * * * * * * * *
92461 GAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCATACCGTC-ATATCTCTGTTGC-TCACTTTAAAT-AAAG
319 -AATAAAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACAT-ACTTTAAATGATA-
* * * ** * * ** * *
92523 TAATAATTCATTTATAATCCTATAAATTGTTATAAATCAAAATCTTTAGATTTTATGGTTTAAAC
381 TATTAATTCATTTATAAT-CTAT-AA---TCAT-ATTTGAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAAC
* * ** * * * ** *
92588 CTA-CTGTAATTGGATGTTTGCAGCAGTAAATGTGAAATGGGTCTTATTCATTG--A-GAATAAG
440 CTATC-ATAATTGGATGTTTGAAATAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACATGAA-AAG
* * * * *
92649 ACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTT-ACTCAC-TTGAAATAATATATTAATCC
503 ACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTT-TTCACTTACTTTGAAA-GATATATTAATTC
* * * * ** * * * *
92712 ATTTATAATGTTGTAACTGATTATAAATCAAAATTTTTGGACTTTA-TGATCAAAACCTATTATA
566 ATTTATCATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCT-AAAACCTATCATA
* * * * *
92776 ATTTGTTGTTTGCATTTGG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACTAGAAAA-ACTCATTTT
630 ATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAC-CATTTT
* * * * *
92839 AAGTTAACCATGCCATCAAAAGCTTTGATAC
693 AAGTTAATCATGCAATCGAAAGCATTGTTAC
* * * * * * *
92870 ACACTTTAAATGATATAGTAATCCACTTATAATCTTTTAAATGATTATTAATAT-ATATGTATAT
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAA-ATCA-AAG--TCT
* * * * * * * ** * *
92934 TTGGACTT-TATGGTTAAAACCTA-TCATAATTGGTTGTTTGTATTATAAAATGTGAA-CTAGAT
61 TTGCACTTCTATAGTTAAAACCTACT-GTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGC-GGAT
* * * * * * * *
92996 GGTATCTATT-AACAAGAAAA-TCTATTTTAAGGTAACCATACCATCGAA-AGC-TTCATTACTC
124 GCTATTTATTGCA-AAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AATAGCTTTC-TTACTC
* * * * *
93057 ACT-TTAAACGATATATTAATTCATTTATATTACTTTGAATAAATATTAACGATATATGAATTTA
186 A-TGTCAAATGATGTATTCATTCATTTATAAT-C-TT--AT-AA-A-T---G----A-G----TA
* * * * * * * ** *
93121 TAAATGATTATAAATTGAAATATTTTGACTTTATGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGGA
231 T--A--A--AT-CA---AAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGACATTTGCA
* * ** * *** * * * *
93186 TTAGAAAATGTGAGGTGGATGCTATCCCTTAACAGA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCA
286 TTCGCAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACA-ATAAAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCA
* * * ** * *
93250 TCGAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATAAAATATTAATTTGTTTATAATCCTACGAATGATTATT
350 TCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT-CTA-TAATCA-TATT
* * * * *
93315 ATACTAGATGTTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTG
412 -T--GAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAAATAGAAAATGTG
* * * ** * *
93380 AAGTGGATTGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGCTAATAATGCTATCGAAAGCTTTGT
474 AAGTGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTT-T
* * * * * *
93445 T-ACTAACTTTCAATGATATATTAATTCA-TTAACAATCTTATAATTGATTATAAATTGAAATCT
538 TCACTTACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATC-ATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCT
* * * * * * **
93508 TTGGACTTTACTGTTTAAACCTATCATAAATAGATCTTTGCATT-GAGAAACACCAAGTGGATGC
602 TTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGC
* *
93572 TATCGC-TTGACAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCAATTGAAAGCATTGTTAC
666 TATC-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATCGAAAGCATTGTTAC
* *
93630 TCACTTTAAATGATATGTTAATTGATTTATAATCTCTTATAAACT-ATTATAAATCAAAGTCTTT
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA--TCTTATAAA-TGATTATAAATCAAAGTCTTT
*
93694 GCA-TTTTATAGTTAAAACCTA-TCGTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATG-T
63 GCACTTCTATAGTTAAAACCTACT-GTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCT
*
93756 GATTTATTGCAAAGAAAAGAACATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAG-TTTCTTACTCATGTC
127 -ATTTATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCATGTC
*
93820 AAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATG
191 AAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATG
* *
93885 ATCGAAACCTATATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACATGAAGTAGG-TGCTATTATTTGA
256 ATCAAAACC--TATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACATGAAGT-GGATGCTATTAATTGA
* * * * *
93949 CAACAAAAGACCA-TTTAAGTTGATAATTTCATAGAAAGCTTTGATACAGACTTTGAATGATATA
318 CAATAAAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATA
* * *
94013 TTAATTCATTTATAATCT-T-ATCA-A-TTGGGATATTCGGACTTTATAGTTAAAACGTATCATA
383 TTAATTCATTTATAATCTATAATCATATTTGAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
* ***
94074 ATTGGATGTTTGAAATAGAAAATGTGGAGCAAATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAA
448 ATTGGATGTTTGAAATAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAA
* *
94139 GTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTTTCACTTACTTTGAAAGATATATCAATTGATTTATCATATT
513 GTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTTTCACTTACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATCATATT
*
94204 ATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACATTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGC
578 ATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGC
*
94269 ATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACCAA-AAAAGACCATTTTAACTTAATCATGCA
643 ATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCA
94333 ATCGAAAGCATTGTTAC
707 ATCGAAAGCATTGTTAC
* * *
94350 TCACTTTAAATGATATCTTAATTGATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGCA
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGCA
* * * **
94415 -TTCTATAGTTAAAACCTGCGGTAATTGGATCTTTAAATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATTT
66 CTTCTATAGTTAAAACCTACTGTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATTT
**
94479 ATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATTTATAG-TTTCTTACTCATGTCAAATG
131 ATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCATGTCAAATG
* *
94543 ATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCGA
196 ATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAA
* *
94608 AACCTATATTATAATTGGACATTTGCGTTCGCAAACATGAAGTAGG-TGCTATTATTTGACAATA
261 AACC--TATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACATGAAGT-GGATGCTATTAATTGACAATA
* * * * * *
94672 AAAGAGCA-TTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTGTGGTACACACTTTGAATGACATATTAAT
323 AAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATATTAAT
*
94736 TCATTTATAATCT-T-ATCA-A-TTGAGATATTTC-AACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTG
388 TCATTTATAATCTATAATCATATTTGAGATA-TTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTG
* * *
94796 GATGTTTAAAATAGAAAATGTGAAGCGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGAGTATTTTAAGTTA
452 GATGTTTGAAATAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAAGTTA
* * * *
94861 ATCGTGCCATCAAAAGATTTGTCACTTACTTTGAAAGATATATCAATTGATTTATCATATTATAA
517 ATCGTGCCATCAAAAGCTTTTTCACTTACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATCATATTATAA
* * * * * *
94926 ATGACTATAAATTGAAATCTTTGAACTTTACGGCTATAACCTATCCTAGTTGGATGTTTCCATTG
582 ATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG
* * *
94991 CAAAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATCGA
647 GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATCGA
* *
95056 AAGCTTTTTTAC
712 AAGCATTGTTAC
* * * * * * **
95068 TCACTGTAAATGATAAATTAATCCATTTTTAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATCTTTAAA
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGCA
* * * * * * * * * * *
95133 CTTC-GTGGTTAAAAACTATTGTAACTACATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATACTATTT
66 CTTCTATAGTTAAAACCTACTGTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATTT
* * * * * * * * *
95197 ATTACAACGAAAATACCATATTAAGTTAACCATGCCATCAATAGCATTGTTACT--TGCTTTAAA
131 ATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCATG--TCAAA
* * * * *
95260 TGATGTATTCATTCATTTTTAATCTTTTAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGGTC
194 TGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATC
* * * * ** * * *
95325 AAAACCTCTTATAATTGGA-AGTTTACATTTGTAAATGTGAAATGGATGCTATCAATTGACAAGA
259 AAAACCTATTATAATTGGACA-TTTGCATTCGCAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAATA
* * * ** ** * * * *
95389 AATGACCATTTTAAGTTAATCAGACCATTAAAAACTTTGATACATGCATTAAATGATATATTCAT
323 AAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATATTAAT
* * * * ** *
95454 TGATTTTATAATCCTCTAAATGAGTATTCTTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAAGATATTA
388 TCA-TTTATAAT-CTAT-AATCA-TA---TTTGAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATCA
* * * **
95519 TAATTGGATGTTTGGATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATT---ATGAAAAAATGGGTAT
446 TAATTGGATGTTTGAAATAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACATG--AAAA-GACTAT
* ** * *
95581 TTTAAGTTAATTGTGCCATCAACTGCTTTGTT-GCTTACTTT-AAATGTTATATTAATTCATTTA
508 TTTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTT-TTCACTTACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTA
* * * * * *
95644 TAATATTATAAATGATTATAAGTAGAAATCTTTGGACTTTATGGCTCAAACCAATCATAATTGGA
571 TCATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGA
* * * ** *
95709 TGTTTGCATTGAAAAACATGAAGTGGATGCAATCCCTTGACAAGAAAAGACGGTGTTAAGTTAAT
636 TGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* *
95774 CATGCAATTGAAAGCTTTGTTAC
701 CATGCAATCGAAAGCATTGTTAC
* ** * * *
95797 TCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAGCCTTATAAATGATTATAACTC-AAGATCATTGG
1 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAG-TCTTTGC
* * * * * * * * ** * *
95861 ACTT-TATGGTCAAAACATATTGTAATTGGATGTCTGCATTGAAAAACATAAAGTGGATGCTATT
65 ACTTCTATAGTTAAAACCTACTGTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATT
* * ** * * *
95925 CATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATTAATAGCTTTGTTAC-CTACT-TTAA
130 TATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTC-A-TGTCAA
* *
95988 ATTATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGAT
193 ATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGAT
* ** *
96053 CAAAACCTATTATTATTGGATGTTTGCATTCGTAAACATGGAA-TGGATGCTATTAATTGAC-AT
258 CAAAACCTATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACAT-GAAGTGGATGCTATTAATTGACAAT
* * *
96116 GAAAAGACCATTTTCAGTTGATAATGCCATCGAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTA
322 -AAAAGACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATATTA
* * ** * * *
96181 GTTCATTTATAATCTTATAAATGACTATTATTTGATATATTTAGACTTTGTTGTTAAAACCTATT
386 ATTCATTTATAATC-TAT-AAT--C-A-TATTTGAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATC
* * * * *
96246 ATAATTGGATGTTTG-AATAAAAAAAGCTGAAGTGGATTGCATCCATTGACAAGAAAAGACTATT
445 ATAATTGGATGTTTGAAATAGAAAATG-TGAAGTGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATT
* ** * * * * * * * *
96310 TTAAGTTAATTGTATCATCCAAAGCTTTGTCACTCACTTCGAATGATACATTATTTCATTTATAA
509 TTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTTTCACTTACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATCA
* * * *
96375 TATTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAGACCTATCATAATTGGATGT
574 TATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGT
96440 TTGCATTGGAAAAC
639 TTGCATTGGAAAAC
96454 CTTCTTACTG
Statistics
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Consensus pattern (723 bp):
TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGCA
CTTCTATAGTTAAAACCTACTGTAATTAGATCTTTGCATTGGAAAATGTCAAGCGGATGCTATTT
ATTGCAAAGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCATGTCAAATG
ATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAGTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAA
AACCTATTATAATTGGACATTTGCATTCGCAAACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAATAAAA
GACCATTTTAAGTTGATAATTCCATCGAAAGCTTTGATACATACTTTAAATGATATATTAATTCA
TTTATAATCTATAATCATATTTGAGATATTCGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATG
TTTGAAATAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACATGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCG
TGCCATCAAAAGCTTTTTCACTTACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATCATATTATAAATGA
TTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTACGGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAA
ACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATCGAAAGC
ATTGTTAC
Found at i:97805 original size:154 final size:154
Alignment explanation
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97515 TTTATAGTAC
* *
97525 TATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTG
1 TATAAATGATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGTTTG
* ** * * *
97590 CATAGGGAAATGTGAAGTGGATACTATCGCTTAAGAAGAAGAGATCATTTTAAGTTAATCATGTT
66 CATAGGAAAACATGAAGTGGATACTATCGATTAAGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTT
97655 TGTTACTTGCTTTAAATAATATAT
131 TGTTACTTGCTTTAAATAATATAT
* * * * **
97679 TATAAATGATAATAAATGAAAGTCTTTGGACTTTATGGTTCAAACCAATTGTAATT-G-TGTGCT
1 TATAAATGATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGT--T
* * *
97742 TGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTATGGAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
64 TGCATAGGAAAACATGAAGTGGATACTA-TCGATTA-AGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
97805 TGT
127 TGT
97808 CATCAATAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATAAATGATAATAAATCAAAATCTTTGGACTTCATGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGTTTG
CATAGGAAAACATGAAGTGGATACTATCGATTAAGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTT
TGTTACTTGCTTTAAATAATATAT
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Alignment explanation
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Period size: 545 Copynumber: 1.8 Consensus size: 545
98682 ATTGTGAAGA
* * * * * * *
98692 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTGTTTACTCAGTTTAAATGATGTATTCA
1 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCAAGCCATCAACAGCTTGTTCACTCACTTTAAATGACGAATTAA
*
98757 TTCATTTATATTCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTA
66 TTCATTTATAATCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTA
*
98822 TAATTGGATGTCTGCATTCACAAATGTGAAGTAGATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATTTT
131 TAATTGGATGTCTACATTCACAAATGTGAAGTAGATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATTTT
* * ** * * *
98887 AAGTTGATAATGCCATTGAAAGCTTTGATACATGA-TTTAAATGAT-ATATTAAATCATTTACAA
196 AAGTTAACAACACCATTGAAAGCATTGATACA-CACTTTAAATG-TCATATTAAATAATTTACAA
* * * * * **
98950 CCTTATAAATGATTATTAGTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGT
259 CCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGGATGT
* * * * * *
99015 TT-CAATTA-AAGAACTTGAAGTGGATGGCATCCATTGATAACAAAATACTATTTTAAGTTAATC
324 TTGC-ATCAGAA-AACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACAAAAGACTATTCTAAGTTAATC
*
99078 GTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATG
387 GTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATG
99143 ATTATAAATTGTAATTTGTGAAATTTATGGCTAACCCTATCATATTTGGATGTTTAGATTGGGAA
452 ATTATAAATTGTAATTTGTGAAATTTATGGCTAACCCTATCATATTTGGATGTTTAGATTGGGAA
99208 GAGTGATGTGGATACTATCCTTTGATACG
517 GAGTGATGTGGATACTATCCTTTGATACG
* *
99237 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCAAGCCATCAACAGCTT-TGTCATTCACTTTAAATGACGAATTA
1 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCAAGCCATCAACAGCTTGT-TCACTCACTTTAAATGACGAATTA
* * *
99301 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTAACTCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACTTATT
65 ATTCATTTATAATCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATT
* * *** * * * *
99366 ATAGTTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAAGT-GCATGCTATCAGTTGACAAGAAAAGATCATT
130 ATAATTGGATGTCTACATTCACAAATGTGAAGTAG-ATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATT
* * *
99430 TTAAGTTAACCACACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATGTCATATTAATTAATTTATAA
194 TTAAGTTAACAACACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATGTCATATTAAATAATTTACAA
* *
99495 TCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGTATGT
259 CCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGGATGT
* * * ** *
99560 TTGCATCAGAAAACGTGAAATGGATGGTATCTATTGCCAGGAAAAGACTATTCTGAGTTAATCGT
324 TTGCATCAGAAAACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACAAAAGACTATTCTAAGTTAATCGT
* ** * ***
99625 GGCATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGGTATATTAATTCATTTATGTTATTATAAATGAT
389 GCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATGAT
99690 TATAAATTG
454 TATAAATTG
99699 AAATCTTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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545 387 0.98
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (545 bp):
AAAAGACCATTTTAAGTTAATCAAGCCATCAACAGCTTGTTCACTCACTTTAAATGACGAATTAA
TTCATTTATAATCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTA
TAATTGGATGTCTACATTCACAAATGTGAAGTAGATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATTTT
AAGTTAACAACACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATGTCATATTAAATAATTTACAACC
TTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGGATGTTT
GCATCAGAAAACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACAAAAGACTATTCTAAGTTAATCGTGC
CATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATGATTA
TAAATTGTAATTTGTGAAATTTATGGCTAACCCTATCATATTTGGATGTTTAGATTGGGAAGAGT
GATGTGGATACTATCCTTTGATACG
Found at i:99673 original size:727 final size:715
Alignment explanation
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Period size: 727 Copynumber: 6.2 Consensus size: 715
97772 CATTATGGAA
* * * * * * *
97782 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTCATCAATAGCTTTGTTACTCCCTTTAAATGATATATTCA
1 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTCATTCACTTTAAATGAGA-ATTAA
* * * * * ** *
97847 TTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAACCAAAATATTTATACTTTAATG-TTTAAACCTATT
64 TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTT-ATGATCAAAACTTATT
* * * ** ** *** * * * *
97911 GTAATTGGATGTTTACAGTGCAAAATGTGAAGCAAATACTCTTCATTGTGAAGAAAAGACCATTT
128 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT-ATCATTG-AAAGAAAAGAACATTT
* * * * * * * * * * * * * *
97976 TGAGTCAATCATACCA-TCAATAACTTCGTTGCTCACTGTAAATAAT-GTATTAGTTCATTTATA
191 TAAGTTAACCACACCATTGAA-AGCTT-GATACACACTTTAAAT-GTCATATTAATTAATTTATA
* * * * ** * * * * * *
98039 ATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTAT-GATCAAAACCTATTACAATTGGAT
253 ATCTTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAG-TTAAAACCTATCATAATTGGAT
** * ** * * * * *
98103 GTTTGCATTTGGAAACATGAAATGGATGCTATCAATTGGCTAGAAAAGA-TAATTTTAGGTTAAT
317 GTTTGCATCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAAT
** * * *
98167 CATGCCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATAT-AGTTATAATC-TTATA
381 CATGCCATTGAAAGCTTTG-TAC-TCACTTTGAATGATATATTAAT-TCATTTATAA-CATTATA
* ** * * *
98229 AATGATTATTAATAT-AGGTATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGCTGTTTGAAT
442 AATGATTATAAAT-TGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTCAAT
* * * *
98293 AAGAAAACATGAAGTGGATGGCAACCATTGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTGCCATC
506 AA-AAAACTTGAAGTGGATGGCATCCATTGATAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATC
* * * * * *
98358 GAAAGCTTCGTTACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTATATCACTT-TGAACTATATATT
570 GAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACA-TTAT-AAATAT-TATA
*
98422 AACGACATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGGATTAGGAACCGTGA
632 AACGA-ATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTT-GATTAGGAA-AGTGA
* * * *
98487 TGTGAATGGTATCCCTTGACAAG
693 TGTGGATGCTATCCTTTGATAAG
* * * * * *
98510 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCGATTGAAAGCTTTATTGC-TT-GCTTGAAATGATATATT
1 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAAAGCTTT-GT-CATTCACTTTAAATGAGA-ATT
* * * * * * *
98573 AATCCATTTATAATCTTCCAAAGGACTATAAATCAAAATATTTATACTTTATGGT-AAACACTTA
62 AATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAA-ACTTA
** * * * *
98637 TTGGAATTGGATGTTTGCA-TGGAAAACATGAAGTGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAAAGACCA
126 TTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCATTG-AAAG-AAAAGAACA
* ** * * * * * * *
98701 TTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAATAGCTTGTTTACTCAGTTTAAATGAT-GTATTCATTCATTT
188 TTTTAAGTTAACCACACCATTGAA-AGCTTG-ATACACACTTTAAATG-TCATATTAATTAATTT
* * * * ** * * * *
98764 ATATTCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTG
250 ATAATCTTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAG-TTAAAACCTATCATAATTG
* * * ** * *
98828 GATGTCTGCATTCA-CAAATGTGAAGTAGATCCTATCAATTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTT
314 GATGTTTGCA-TCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTT
* * * * * * *
98892 GATAATGCCATTGAAAGCTTTGATACATGA-TTTAAATGATATATTAAATCATTTACAACCTTAT
378 AATCATGCCATTGAAAGCTTTG-TAC-TCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTAT
* * *
98956 AAATGATTATTAGTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTCAAT
441 AAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTCAA-
* *
99021 TAAAGAACTTGAAGTGGATGGCATCCATTGATAACAAAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATC
505 TAAAAAACTTGAAGTGGATGGCATCCATTGATAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATC
* *
99086 AAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATGATTATAAA
570 GAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAAT-ATTATAAA
* * * * *
99151 TTGTAAT-TTGTGAAATTTATGGCT-AACCCTATCATATTTGGATGTTTAGATTGGGAAGAGTGA
634 -CG-AATATT-TGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATA-TTGGATGTTT-GATTAGGAA-AGTGA
* *
99214 TGTGGATACTATCCTTTGATACG
693 TGTGGATGCTATCCTTTGATAAG
*
99237 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCAAGCCATCAACAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGACGAATTAA
1 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTCATTCACTTTAAATGA-GAATTAA
* * * *
99302 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTAACTCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACTTATTA
64 TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACTTATTA
* * ** * *
99367 TAGTTGGATGTTTACATTGGGAAATGTGAAGTGCATGCTATCAGTTGACAAGAAAAGATCATTTT
129 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCA-TTGA-AAGAAAAGAACATTTT
99432 AAGTTAACCACACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATGTCATATTAATTAATTTATAATC
192 AAGTTAACCACACCATTGAAAGC-TTGATACACACTTTAAATGTCATATTAATTAATTTATAATC
* * * * *
99497 TTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAAAACCCATCATAATTGTATGTTT
256 TTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * *
99562 GCATCAGAAAACGTGAAATGGATGGTATCTATTGCCAGGAAAAGACTATTCTGAGTTAATCGTGG
321 GCATCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGC
* ***
99627 CATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGGTATATTAATTCATTTATGTTATTATAAATGATTA
386 CATTGAAAGCTTTGT-ACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATGATTA
* * * * *
99692 TAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGTTTAAAAGC-TAACATAATTGGATGTTTGC-ATAGGATAA
450 TAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAA-CTTATCATAATTGGATGTTT-CAATA-AAAAA
* * * *
99755 CGTT-AAGTGGAT-GCTAT-CACTTGAGAAGAAGAGAT-C-ATTTTAAGTTAATCATGCAATTGA
512 C-TTGAAGTGGATGGC-ATCCA-TTGATAAGAA-A-ATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGA
* * * * * *
99815 AAGATTTCTTACTTGCTTTAAATGATATATTAACTCATTTATAATC-TTATAAATCATCATAAAA
572 AAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAA-CATTATAAAT-ATTAT-AAA
* * * * * * * * *** *
99879 C-AAAATCTTTAGACTCTATGGTTCAAACTTAGT-GTATTGAATGTTTGCATTTGGAAACACAAA
634 CGAATAT-TTGA-ACTTTATGGTTAAAACCTA-TCATATTGGATGTTTG-ATTAGGAAA-GTGAT
*
99942 GTGGATGCTAT-TTATTG-TGAAG
694 GTGGATGCTATCCT-TTGAT-AAG
* * *
99964 AAAA-ATCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGAATTA
1 AAAAGAT-CATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTCATTCACTTTAAATGA-GAATTA
* * * *
100028 ATTCATGTATAA-CTTCAGAAATGATTACAAGTCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACTTAT
63 ATTCATTTATAATCTT-ACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACTTAT
* * *
100092 TATAATTGGATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTTGAAAGGAAAGAAAATT
127 TATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATC-A-TTGAAAGAAAAGAACATT
* * * * * *
100157 TTAACTGT-ACCACATCATCGAAAGCTTTGATTCACACTTTAAATGGCATATTTATTAATTTATA
190 TTAAGT-TAACCACACCATTGAAAGC-TTGATACACACTTTAAATGTCATATTAATTAATTTATA
* * *
100221 GTCTTCTAAATAATTGTTATTTGAGATCTTTGGACTCTATAGTT-AAACCATATCCA-AATTGGA
253 ATCTTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAGTTAAAACC-TAT-CATAATTGGA
* ** * * *
100284 TGTTTGAATTGGAAAATGTGACGTGTATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT
316 TGTTTGCATCAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT
** * * * *
100349 CATGTTATCG-AAGGTATTGTTACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAACATTACAAA
381 CATGCCATTGAAAGCT-TTG-TACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAA
* *
100413 TGATTATAAATTGAAACT-TTTGGACTTAATGGTTAAAA-TCTATCAGAATTGGATGTTTGC-AT
444 TGATTATAAATTGAAA-TATTTGGACTTTATGGTTAAAACT-TATCATAATTGGATGTTT-CAAT
*** * * * ** * * * * *
100475 TGGAAATTGTGAAGTGGAT-GCTATCCCTTGGTCGGAAAAAACTATGTTCAGTTAATCAT-TCAC
506 AAAAAACT-TGAAGTGGATGGC-ATCCATTGATAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCA-
* * * * *
100538 TCGAAAGTTTTGTTACTCT-CTATAAATGATATATTAATT-TTTTAATAATC-TTATAAAAGATT
568 TCGAAAGCTTTGTTACT-TACTTTGAATGATATATTAATTCATTT-ATAA-CATTAT-AAATATT
* * * * * *
100600 ATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAACATAATTGGATGTTTACATTGGGAAAT
629 ATAAA-C-GAATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTT-GATTAGGAAA-
* * *
100665 GTGAAGTGGAAGCTATCGC-TTGACAAG
689 GTGATGTGGATGCTATC-CTTTGATAAG
* * * * * * *
100692 AACAGATCATTTCAAGTTATTTATGCGATC-AA--------A---A--GTAAATGATATATTAAT
1 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGAGA-ATTAAT
* * * * * *
100743 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATTTTTATACTTTATGGTTC-AAACCTATTG
65 TCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTAT-GATCAAAACTTATTA
* * * * * *
100807 GAATCGGATGTTTACATTAGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTACGAAA-AAAA-TACTATT
129 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCATT--GAAAGAAAAGAAC-ATT
* * * * * * * * * *
100870 TTAAATTAACCACAGCATT-ATAGCTCTGTTACTCATTTTAAATAAT-GTAATAATTCATTTATA
190 TTAAGTTAACCACACCATTGAAAGCT-TGATACACACTTTAAAT-GTCATATTAATTAATTTATA
* ** * ** * * * * * **
100933 CTCTTATAAATGTTTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTTAAACTTATTGTAATTGGATG
253 ATCTTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATG
* * * * *
100998 TTTGCAGCA-ATAAATATGAAGTAAGTG-TTGT-TC-ATTG---TGAATAAGACTATTTTATGTT
318 TTTGCATCAGA-AAATGTGAAGT--G-GATGGTATCAATTGACAAGAA-AAGACTATTTTAAGTT
* * * * * * * ** *
101056 AATCATACC-CTCAATAGCTTTGTTACTTAC-TGGAAATAATGTATTAATTCATTTATAATGTTG
378 AATCATGCCATTGAA-AGCTTTG-TACTCACTTTG-AATGATATATTAATTCATTTATAACATTA
* * * * * * * * *
101119 TAACTGATTATAAATTAAAAGT-TTTGGACTTCATGATCAAAACCTATTATAATTGGTTGATTAC
440 TAAATGATTATAAATTGAAA-TATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATG-TTTC
* * ** * * *
101183 ATTCAAAAA--TGCACAGTGGATGTTATCAATTGACT-AGAAAA-GCTCATTTTAAGTTAATCAT
503 AATAAAAAACTTG-A-AGTGGATGGCATCCATTGA-TAAGAAAATACT-ATTTTAAGTTAATCGT
* * ** * * * *
101244 GCCATCGAAAGCTTGGCTACACACTTTAAATGATATATGAATCCACTTATAATC-TTATAAATGA
564 GCCATCGAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAA-CATTATAAAT-A
* * * **
101308 TTATTAATA-TATATATTTGCACTGTATGGTTAAAACCTATCATAATTGCTTGTTTGAATTA-GA
627 TTA-TAA-ACGA-ATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCAT-ATTGGATGTTTG-ATTAGGA
* * * * *
101371 AATTTTGAAT-TGGATGGTATCCATTAAAAAG
687 AA--GTG-ATGTGGATGCTATCCTTTGATAAG
* ** ** * * * * *
101402 AAAA-AACTATTTTAAGTTAA-CAGTGGTATCGAAAGCTTCATTACTCAGTTTCAATGATATATT
1 AAAAGATC-ATTTTAAGTTAATCA-TGCCATC-AAAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGAGA-ATT
* * * *
101465 AATTCATTTATATCACTTTGAATAATATATTAATGATATATTAATTTATAAATAATTATTAATTG
62 AATTCATTTATA--A---T--CT--TACA--AATGAT-TA-TAA---ATCAA-AA-T-CT--TT-
* * * * * * * * *
101530 AAATTTTTGGACTTTATGGTTAAAACATATCATAATTAGATGTTTGGATTAGAAAACTTGAAGTG
105 --A------GACTTTATGATCAAAACTTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTG
* * * * * * * ** * **
101595 GATGCTATCTTTTAATAGGAAAAGACCATTTTAAGTTGATCATACTATCAAAAGCTTTGTTACTT
162 GATGCTATCATTGAA-A-GAAAAGAACATTTTAAGTTAACCACACCATTGAAAGC-TTGATACAC
* * * * * * * ** *
101660 GCTTTAAATGAT-ATACTAATTCATTTATAATCTCATAAATTATTATAAATCAAAATCTTTGGAC
224 ACTTTAAATG-TCATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGAC
* * * * * *
101724 T-T-GA-TCAAAGCCTA-CTATAATTCGATGTTTGCATTCAG-AAATGT-AGAGTAGATGCTATC
288 TCTATAGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTGCA-TCAGAAAATGTGA-AGTGGATGGTATC
* * * ** * *
101783 AATTGACAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTCAATACACACTTTAAAT
350 AATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTT-TGTACTCACTTTGAAT
* ** * * * * *
101848 GAAATATTAATTTGTTTATAATC-CTATAAAAGATTATTATTTGAAATATTTGGATTTTATGGTT
414 GATATATTAATTCATTTATAA-CATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTT
* * ** * *
101912 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATTGGAAAA-TATGAAGTGGATTGTATCCATTGATAAGA
478 AAAACTTATCATAATTGGATGTTTCAA-TAAAAAACT-TGAAGTGGATGGCATCCATTGATAAGA
* * * * *
101976 AAAGACTATTTTAAGTTAATAGTGCTACCGAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAAA
541 AAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAAT
* * * * * *** *
102041 TCATTAACAATC-TTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACTTTACAATTTAAACCTATCA
606 TCATTTATAA-CATTATAAAT-ATTATAAA-CG-AATATTTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCA
* * * * * * * * *
102105 TAAATAGAT-CTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCTTTGACAAG
667 T-ATTGGATGTTTG--ATT-AGGAAAGTGATGTGGATGCTATCCTTTGATAAG
* * * * * ** * * * * *
102157 AAAAAACCAATTTAGGTAAATCATGTAATCAAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAATGA-TATGTCA
1 AAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGAGAAT-T-A
* * * * * *
102221 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAATTCTTT-GCATTTTACGGTTAAAAC-TAT
63 ATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAG-ACTTTATGATCAAAACTTAT
* *
102284 TGTAATTGGATATTTAG-ATTGGGAAACAT
127 TATAATTGGATGTTT-GCATTGGGAAACAT
102313 CCAGCTTTGA
Statistics
Matches: 2963, Mismatches: 627, Indels: 430
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (715 bp):
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CATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACTTATTATA
ATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCATTGAAAGAAAAGAACATTTTAAGT
TAACCACACCATTGAAAGCTTGATACACACTTTAAATGTCATATTAATTAATTTATAATCTTATA
AATAATTGTTAATTGAGATCTTTGGACTCTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATC
AGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
AAAGCTTTGTACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATGATTATAAATT
GAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTCAATAAAAAACTTGAAGTG
GATGGCATCCATTGATAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGTTACTT
ACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAACATTATAAATATTATAAACGAATATTTGAACTTTA
TGGTTAAAACCTATCATATTGGATGTTTGATTAGGAAAGTGATGTGGATGCTATCCTTTGATAAG
Found at i:100030 original size:545 final size:546
Alignment explanation
Indices: 98320--100040 Score: 1250
Period size: 545 Copynumber: 3.2 Consensus size: 546
98310 ATGGCAACCA
* * ** * * * * *
98320 TTGATAAGAAAAGA-CTATTTTAAGTTAATTGTGCCATCGAAAGCTTCGTTACTCACTTTGAACG
1 TTGACAAGAAAAGATCCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATACTCACTTTAAATG
* * * * * *
98384 ATATATTAATTCATTTATATCACTT-TGAACT-ATATATTAA-CGACATATTT-GAACTTTATGG
66 ATATATTAATTCATTTATAAC-CTTAT-AAATAAT-TATTAATTGAGATATTTAG-ACTCTATAG
* ** * * ** * * *
98445 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGGAT-TAGGAACCGTGATGTGAATGGTATCCCTTGACAA
127 TTAAAACCCATCATAATTGGATGTTTCAATCAAAGAA-CGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAA
* * * * ** * ** **
98509 GAAAAGA-TCATTTTAAGTTAATCATGCGATTGAAAGCTTTATTGCTTGC-TTGAAATGATATAT
191 CAAAAGACT-ATTCTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTG-AATGATATAT
* ** * * ** *
98572 TAATCCATTTATAATC-TTCCAAAGGACTATAAATCAAAATATT-T-ATACTTTATGG-TAAACA
254 TAATTCATTTATAA-CATTATAAATGATTATAAATTGAAAT-TTGTGA-AATTTATGGCTAAAC-
* * * * ** * * *
98633 CTTA-TTGGAATTGGATGTTT-GCA-T-GGAAAACATGAAGTGGATGTTATTCATTGTGAAGAAA
315 CTAACAT--AATTGGATGTTTAG-ATTAGGAAGA-GTGAAGTGGATACTATCCTTTGAGAAG-AA
* * * * * * * * * * * *
98694 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTGT-TTACTCAGTTTAAATGATGTATTCAT
375 AAGATCATTTTAAGTTAATCAAGCAATCAACAGATT-TCTCATTCACTTTAAATGACGAATTAAC
* * * ** * * * * *
98758 TCATTTATATTCTTAGAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTAT
439 TCATTTATAATCTTATAAATCATCATAAAACAAAATCTTTAGACTCTATGATCAAAACTTAGTAT
* * * * *** **** * *
98823 AATTGGATGTCTGCATTCACAAATGTGAAGTAG-ATCCTATCAA
504 AGTTGAATGTTTACATTGGGAAACACAAAGT-GCATGCTATCAG
* * * *
98866 TTAACAAGAAAAGA-CCATTTTAAGTTGATAATGCCATTGAAAGCTTTGATACATGA-TTTAAAT
1 TTGACAAGAAAAGATCCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATAC-TCACTTTAAAT
* * * * * * *
98929 GATATATTAAATCATTTACAACCTTATAAATGATTATTAGTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTA
65 GATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTA
** * * * *
98994 AAACTTATCATAATTGGATGTTTCAATTAAAGAACTTGAAGTGGATGGCATCCATTGATAACAAA
130 AAACCCATCATAATTGGATGTTTCAATCAAAGAACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACAAA
* * *
99059 ATACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATTAATTC
195 AGACTATTCTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTC
* * * *
99124 ATTTATAACATTATAAATGATTATAAATTGTAATTTGTGAAATTTATGGCTAACCCTATCATATT
260 ATTTATAACATTATAAATGATTATAAATTGAAATTTGTGAAATTTATGGCTAAACCTAACATAAT
* * * *
99189 TGGATGTTTAGATTGGGAAGAGTGATGTGGATACTATCCTTTGATACGAAAAGATCATTTTAAGT
325 TGGATGTTTAGATTAGGAAGAGTGAAGTGGATACTATCCTTTGAGAAGAAAAGATCATTTTAAGT
* * * *
99254 TAATCAAGCCATCAACAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGACGAATTAATTCATTTATAATCTTAT
390 TAATCAAGCAATCAACAGATTTCTCATTCACTTTAAATGACGAATTAACTCATTTATAATCTTAT
* ** ** * * * *
99319 AAATGATTGTAACTCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACTTATTATAGTTGGATGTTTACAT
455 AAATCATCATAAAACAAAATCTTTAGACTCTATGATCAAAACTTAGTATAGTTGAATGTTTACAT
****
99384 TGGGAAATGTGAAGTGCATGCTATCAG
520 TGGGAAACACAAAGTGCATGCTATCAG
* ** * *
99411 TTGACAAGAAAAGAT-CATTTTAAGTTAACCACACCATTGAAAGCATTGATACACACTTTAAATG
1 TTGACAAGAAAAGATCCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATACTCACTTTAAATG
* *
99475 -TCATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTA
66 AT-ATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTA
* * * * **
99539 AAACCCATCATAATTGTATGTTTGC-ATCAGAA-AACGTGAAATGGATGGTATCTATTGCCAGGA
130 AAACCCATCATAATTGGATGTTT-CAATCA-AAGAACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACA
* * ** *
99602 AAAGACTATTCTGAGTTAATCGTGGCATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGGTATATTAAT
193 AAAGACTATTCTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAAT
*** * * ** *
99667 TCATTTATGTTATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTT-TGGACTTTATGTTTAAAAGCTAACA
258 TCATTTATAACATTATAAATGATTATAAATTGAAAT-TTGTGAAATTTATGGCT-AAACCTAACA
* * *
99731 TAATTGGATGTTT-GCA-TAGGATA-ACGTTAAGTGGATGCTATCAC-TTGAGAAGAAGAGATCA
321 TAATTGGATGTTTAG-ATTAGGA-AGA-GTGAAGTGGATACTATC-CTTTGAGAAGAAAAGATCA
* * * * *
99792 TTTTAAGTTAATCATGCAATTGAA-AGATTTCTTACTT-GCTTTAAATGA-TATATTAACTCATT
382 TTTTAAGTTAATCAAGCAA-TCAACAGATTTCTCA-TTCACTTTAAATGACGA-ATTAACTCATT
* *
99854 TATAATCTTATAAATCATCATAAAACAAAATCTTTAGACTCTATGGTTC-AAACTTAGTGTA-TT
444 TATAATCTTATAAATCATCATAAAACAAAATCTTTAGACTCTAT-GATCAAAACTTAGTATAGTT
* * * *
99917 GAATGTTTGCATTTGGAAACACAAAGTGGATGCTATTTA-
508 GAATGTTTACATTGGGAAACACAAAGTGCATGCTA-TCAG
** * * *
99956 TTGTGAAGAAAA-ATCCATTTTAAGCTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
1 TTGACAAGAAAAGATCCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAA-AGCTTTGATACTCACTTTAAAT
*
100019 GATGA-ATTAATTCATGTATAAC
65 GAT-ATATTAATTCATTTATAAC
100041 TTCAGAAATG
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 184, Indels: 75
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
544 9 0.01
545 522 0.55
546 392 0.41
547 31 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (546 bp):
TTGACAAGAAAAGATCCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATACTCACTTTAAATG
ATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATAATTATTAATTGAGATATTTAGACTCTATAGTTAA
AACCCATCATAATTGGATGTTTCAATCAAAGAACGTGAAATGGATGGCATCCATTGACAACAAAA
GACTATTCTAAGTTAATCGTGCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCA
TTTATAACATTATAAATGATTATAAATTGAAATTTGTGAAATTTATGGCTAAACCTAACATAATT
GGATGTTTAGATTAGGAAGAGTGAAGTGGATACTATCCTTTGAGAAGAAAAGATCATTTTAAGTT
AATCAAGCAATCAACAGATTTCTCATTCACTTTAAATGACGAATTAACTCATTTATAATCTTATA
AATCATCATAAAACAAAATCTTTAGACTCTATGATCAAAACTTAGTATAGTTGAATGTTTACATT
GGGAAACACAAAGTGCATGCTATCAG
Found at i:101672 original size:212 final size:213
Alignment explanation
Indices: 101293--101688 Score: 478
Period size: 212 Copynumber: 1.9 Consensus size: 213
101283 AATCCACTTA
* * * *
101293 TAATCTTATAAATGATTATTAATATATATATTTGCACTGTATGGTTAAAACCTATCATAATTGCT
1 TAATCTTATAAATAATTATTAATATAAATATTTGCACTGTATGGTTAAAACATATCATAATTGCA
** * * *
101358 TGTTTGAATTAGAAATTTTGAATTGGATGGTATCCATTAAAAAGAAAAAACTATTTTAAGTTAAC
66 TGTTTGAATTAGAAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTAAAAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAAC
** * * *
101423 AGTGGTATCGAAAGCTTCATTACTCAGTTTCAATGATATATTAATTCATTTATATCACTTTGAAT
131 AGTACTATCAAAAGCTTCATTACTCAGTTTAAATGATATACTAATTCATTTATATCACTTTGAAT
101488 AATATATTAATGATATAT
196 AATATATTAATGATATAT
* * *
101506 TAAT-TTATAAATAATTATTAAT-TGAAATTTTTGGACTTTATGGTTAAAACATATCATAATTAG
1 TAATCTTATAAATAATTATTAATAT-AAATATTTGCACTGTATGGTTAAAACATATCATAATT-G
* ** * * *
101569 -ATGTTTGGATTAGAAAACTTGAAGTGGATGCTATCTTTTAATAGGAAAAGACCATTTTAAGTTG
64 CATGTTTGAATTAGAAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTAAAAAGAAAAAACCATTTTAAGTT-
* ** *
101633 ATCA-TACTATCAAAAGCTTTGTTACT-TGCTTTAAATGATATACTAATTCATTTATA
128 AACAGTACTATCAAAAGCTTCATTACTCAG-TTTAAATGATATACTAATTCATTTATA
101689 ATCTCATAAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 27, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
211 2 0.01
212 142 0.93
213 8 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (213 bp):
TAATCTTATAAATAATTATTAATATAAATATTTGCACTGTATGGTTAAAACATATCATAATTGCA
TGTTTGAATTAGAAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTAAAAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAAC
AGTACTATCAAAAGCTTCATTACTCAGTTTAAATGATATACTAATTCATTTATATCACTTTGAAT
AATATATTAATGATATAT
Found at i:102039 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 101479--102241 Score: 565
Period size: 182 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
101469 CATTTATATC
* * * * * *
101479 ACTTTGAATAATATATTAA-TGATATATTAATTTATAAATAATTATTAATTGAAATTTTTGGACT
1 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA-TAATCTATAAA-AATTATTAATTGAAATATTTGGA-T
* * **
101543 TTATGGTTAAAACATATCATAATTAGATGTTTGGATTAGAAAACT-TGAAGTGGATGCTATCTTT
63 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATT-GAAAA-TATGAAGTGGATGCTATCAAT
* * * * *
101607 TAATAGGAAAAGACCATTTTAAGTTGATCATACTATCAAAAGCTTTGTTACTT
126 TGATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCGAAAGCTTTGTTACTT
* * * * ** * *
101660 GCTTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTCATAAATTATTATAAATCAAAATCTTTGGA-C
1 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCT-ATAAA-AATTATTAATTGAAATATTTGGATT
* * * * * * * *
101724 T-TGATCAAAGCCTA-CTATAATTCGATGTTTGCATTCAGAA-ATGTAGAGTAGATGCTATCAAT
64 TATGGTTAAAACCTATC-ATAATTAGATGTTTGAATTGAAAATATG-A-AGTGGATGCTATCAAT
* * * *** **
101786 TGACAAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTCAATACAC
126 TGATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCGAAAGCTTTGTTACTT
* ** *
101839 ACTTTAAATGAAATATTAATTTGTTTATAATCCTATAAAAGATTATTATTTGAAATATTTGGATT
1 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT-CTATAAAA-ATTATTAATTGAAATATTTGGA-T
* * *
101904 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATTGGAAAATATGAAGTGGATTG-TATCCAT
63 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATT-GAAAATATGAAGTGGA-TGCTATCAAT
* *
101968 TGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT-AGTGCTACCGAAAGCTTTGTTACTT
126 TGATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA-TGCTATCGAAAGCTTTGTTACTT
* * * * * *
102021 ACTTTGAATGATATATTAAATCATTAACAATCTTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACT
1 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TATAAA-AATTATTAATTGAAATATTTGGA-T
*** * * * * * * **
102086 TTACAATTTAAACCTATCATAAATAGAT-CTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCTT
63 TTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGA-ATTGA-AAATATGAAGTGGATGCTATCAAT
* * * * * * * *
102150 TGACAAGAAAAAACCAATTTAGGTAAATCATG-TAATCAAAAGCATTGTTACTC
126 TGATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATCGAAAGCTTTGTTACTT
* * *
102203 GCTTTAAATGATATGTCAATTCATTTATAATCTTATAAA
1 ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TATAAA
102242 TGATTATAAA
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 109, Indels: 45
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 5 0.01
179 127 0.28
180 3 0.01
181 30 0.07
182 271 0.60
183 9 0.02
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (178 bp):
ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTATAAAAATTATTAATTGAAATATTTGGATTTA
TGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGAAAATATGAAGTGGATGCTATCAATTGATA
AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCGAAAGCTTTGTTACTT
Found at i:102638 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 102334--103775 Score: 1290
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 182
102324 GCATGTTTTG
* * ** * *
102334 AATGATATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATCAATTGAGATATTTGGACTTTTTGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * * ** ** * *
102399 TTAAAACCTATCATCATTGGATGTTTG-ATATACAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACAA
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAAT-TGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * * *
102463 GAAAAGACTATTTTAAGCTAATCATGCAATAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTG
130 GAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* ** * ** *
102516 AAGGATATATCGATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTGTGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * ** * **
102581 CTAAAACCTATCCTAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-TC
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * *
102645 AAAAGACTAGTTTAAGTTAATCAAGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
131 AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
** * * * *
102697 AACAATAAATTAATCCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAAT-TATTGGACTTTACG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATAT-TTGGACTTTATG
* * * *
102761 GTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAA-TAGATGCTATTTCATTG-CT
65 GTTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGAC-
* * * * *
102824 TAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTTA-TTTCA
128 AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-A
* * * * * *
102879 AATGATGTATTCATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGA
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * * * * * * * **
102944 TCAAACCCTATTATAATTGGATGTTT-ACATTTGTAAACATGCAGTAGATGTTATTAATTGACAA
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGA-ATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * *** * *
103008 AAAAAGA-TCATTTTAAGTTAATGATACCATCGAAAGCTTTCAGACACCCTTT-
130 GAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * ** * *
103060 AATGATATATTAATTCATTTATAATGTTAGAAGTGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * * * * * *
103125 TTAAAACATATCATGATTGGATGTTTAAATTAGATAACCTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAG
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * * * *
103190 AAAAGACTAGATTAAGTGAATCGTGCCATCAAAAGCTGTGTCACTCACTTTA
131 AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * ** * *
103242 AATGATATATTAATTCATTTGTAATATTATGAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTCTATGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * * * ** * * *
103307 TTAAAATATATAATAATTGGATGTTTGATTTGGGAAAGGTGAAGTGGACGCTATCCCTTGACTAG
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * ** * *
103372 AAAAGACCATGTTAAGTTAATCACGTGATCAAAAGCTATGTTACTTACTTTA
131 AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
103424 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTATAAATCAAAATCA-TTGGACTTTAT
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAAATCAAAAT-ATTTGGACTTTAT
* * * * * *
103487 GGTTAAAACACATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTAGATGCTATTCATTG-CA
64 GGTTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * * *
103551 TAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAATAGCTTTCTTACTCACTTTA
129 -AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
** * * * * * * *
103606 AATGATGCATTTATTCATTTACAATCTTATCAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACATTATGA
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
* * * * ** **
103671 TCAAAACATATTATAATTGGATGTTTGCATT-CATAAACGTGAAGTGGATGCTATGAATTCCCAA
66 TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * *
103735 GAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATCGAAAGCTTTG
130 GAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
103776 ATACATGATT
Statistics
Matches: 1012, Mismatches: 226, Indels: 44
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 10 0.01
181 284 0.28
182 698 0.69
183 20 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (182 bp):
AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGG
TTAAAACATATTATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
Found at i:102776 original size:489 final size:489
Alignment explanation
Indices: 101845--102801 Score: 1181
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 489
101835 ACACACTTTA
** * *
101845 AATGAAATATTAATTTGTTTATAATCCTATAAAAGATTATTATTTGAAATATTTGGATTTTATGG
1 AATGAAATATTAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATCAATTGAAATATTTGGATTTTATGG
** * * *
101910 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATTGGAAAATATGAAGTGGATTGTATCCATTGATAAG
66 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATTACAAAATATGAAATGGATGGTATCCATTGACAAG
* * ** * * *
101975 AAAAGACTATTTTAAGTTAATAGTGCTACCGAAAGCTTTGTTACTTACTTTGAATGATATATTAA
131 AAAAGACTATTTTAAGCTAATAGTGCAACAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATATCAA
* * *
102040 ATCATTAACAATCTTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACTTTACAATTTAAACCTATCA
196 ATCATTAACAATATTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACTTTACAACTAAAACCTATCA
* *
102105 TAAATAGATCTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCTTTGACAAGAAAAAACCAATTT
261 TAAATAGATCTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCATTGACAACAAAAAACCAATTT
* * * * ** ** *
102170 AGGTAAATCATGTAATCAAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAATGATATGTCAATTCATTTATAATC
326 AAGTAAATCAAGCAATCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAACAATAAATCAATCCATTTATAATC
* * *
102235 TTATAAATGATTATAAATCAAATTCTTTGCATTTTACGGTTAAAACTATTGTAATTGGATATTTA
391 TTATAAATCATTATAAATCAAATTCATTGCACTTTACGGTTAAAACTATTGTAATTGGATATTT-
*
102300 G-ATTGGGAAACATCCAGCTTTGATGCATGTTTTG
455 GCATTGGAAAACATCCAGCTTTGATGCATGTTTTG
* * * *
102334 AATGATATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATCAATTGAGATATTTGGACTTTT-TG
1 AATGAAATATTAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATCAATTGAAATATTTGGA-TTTTATG
* * *
102398 GTTAAAACCTATCATCATTGGATGTTT-GATATACAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACA
65 GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAAT-TACAAAATATGAAATGGATGGTATCCATTGACA
*
102462 AGAAAAGACTATTTTAAGCTAATCA-TGCAATAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATAT
129 AGAAAAGACTATTTTAAGCTAAT-AGTGCAACAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATAT
* * * * * * ****
102526 CGATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTGTGGCTAAAACCTA
193 CAAATCATTAACAATATTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACTTTACAACTAAAACCTA
* * * * * * * * * * *
102591 TCCTAATTGGATGTTTGA-ATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-TCAAAAGACTA
258 TCATAAATAGAT-CTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCATTGACAACAAAAAACCA
* * * *
102654 GTTTAAGTTAATCAAGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAACAATAAATTAATCCATTTAT
322 ATTTAAGTAAATCAAGCAATCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAACAATAAATCAATCCATTTAT
*
102719 AATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATT-ATTGGACTTTACGGTTAAAACATATTGTAATTGGA
387 AATCTTATAAATCATTATAAATC-AAATTCATTGCACTTTACGGTTAAAAC-TATTGTAATTGGA
*
102783 TGTTTGCATTGGAAAACAT
450 TATTTGCATTGGAAAACAT
102802 GAATAGATGC
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 69, Indels: 14
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 102 0.26
489 281 0.72
490 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (489 bp):
AATGAAATATTAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATCAATTGAAATATTTGGATTTTATGG
TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATTACAAAATATGAAATGGATGGTATCCATTGACAAG
AAAAGACTATTTTAAGCTAATAGTGCAACAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATATCAA
ATCATTAACAATATTATAAATAACTATAAATTGAAATATTTGGACTTTACAACTAAAACCTATCA
TAAATAGATCTTGACATTGAGAAAAATCAAGTGGAAGCTATCCATTGACAACAAAAAACCAATTT
AAGTAAATCAAGCAATCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAACAATAAATCAATCCATTTATAATC
TTATAAATCATTATAAATCAAATTCATTGCACTTTACGGTTAAAACTATTGTAATTGGATATTTG
CATTGGAAAACATCCAGCTTTGATGCATGTTTTG
Found at i:102984 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 102334--105223 Score: 2267
Period size: 363 Copynumber: 8.0 Consensus size: 361
102324 GCATGTTTTG
* * * ** * * *
102334 AATGATATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATCAATTGAGA-TATTTGGACTTTTTG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTA-TTAGACTTTATG
* ** * * * * * * *
102398 GTTAAAACCTATCATCATTGGATGTTTG-ATATACAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACA
65 GTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAAT-TAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTG-CT
* * * * * * * *
102462 AGAAAAGACTATTTTAAGCTAATCATGCAATAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATA-T
128 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATT
** * * *
102526 CGATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTGTG-GCTAAAACCT
193 C-ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATC-AAAACCT
** ** *
102590 ATCCTAATTGGATGTTTGA-ATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTCAAAAGACTA
256 ATTATAATTGGATGTTT-ACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAGAAAAGACCA
*
102654 GTTTAAGTTAATCAAGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
320 -TTTAAGTTAATCAAGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
** * * * *
102697 AACAATAAATTAATCCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTATTGGACTTTACGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTATTAGACTTTATGG
* * * *
102762 TTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAA-TAGATGCTATTTCATTGCTTA
66 TTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTA-TTCATTGC-TA
* * * *
102826 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTTA-TTTCAAATGATGTATT
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTT-AAATGATATATT
* * * *
102890 CATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAACCCTAT
193 CATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTAT
* * * * * ** * *
102955 TATAATTGGATGTTTACATTTGTAAACATGCAGTAGATGTTATTAATTGACAAAAAAAGATCATT
258 TATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AGAAAAGACCA-T
* * *** * *
103020 TTAAGTTAATGATA-CCATCGAAAGCTTTCAGACACCCTTT-
321 TTAAGTTAATCA-AGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * * ** *
103060 AATGATATATTAATTCATTTATAATGTTAGAAGTGATTATTAATTGAGA-TATTTAGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTA-TTAGACTTTATG
** * * * * * * *
103124 GTTAAAACATATCATGATTGGATGTTTAAATTAGATAACCTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAA
65 GTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTG-CTA
* ** * * * * *
103189 GAAAAGACTAGATTAAGTGAATCGTGCCATCAAAAGCTGTGTCACTCACTTTAAATGATATATTA
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTC
* * * ** * * * ** *
103254 ATTCATTTGTAATATTATGAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTCTATGGTTAAAATATATA
194 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATT
* ** * *
103319 ATAATTGGATGTTTGA-TTTGGGAAAGGTGAAGTGGACGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATG
259 ATAATTGGATGTTT-ACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AGAAAAGACCAT-
* ** * *
103383 TTAAGTTAATCACGTGATCAAAAGCTATGTTACTTACTTTA
321 TTAAGTTAATCAAGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* *
103424 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATCATTATAAATCAAAATTATTAGACTTTATG
* * * * * *
103488 GTTAAAACACATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTAGATGCTATTCATTGCATA
65 GTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGC-TA
* * * * ** *
103553 GAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGCATTT
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTC
* * * * * *
103618 ATTCATTTACAATCTTATCAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACATTATGATCAAAACATATT
194 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATT
* *** * ** ** *
103683 ATAATTGGATGTTTGCATTCATAAACGTGAAGTGGATGCTATGAATTCCCAAGAAAAGACAATTT
259 ATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AGAAAAGACCA-TT
* * *
103748 TAAGTTGAT-AATACCATCGAAAGCTTTG--A-T-AC----
322 TAAGTTAATCAA-GCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * ** *
103780 -ATG--------ATTCATTTAGAATCTTATCAA-CAATTATTAGTTGAGA-TATTTAGACTTTAT
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATC-ATTATAAATCAAAATTA-TTAGACTTTAT
* * ** * *
103834 AGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTA-TCTATAGAC
64 GGTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTC-ATTG-C
* ** ** * * *
103898 AAGAAAAG-CCTATTTTAACATAATTGTGCCATTGAA-AGCTTTGTCACTCATTTTGAATGATAT
127 TAGAAAAGACC-ATTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATAT
* * ** * *
103961 ATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTCTAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
190 ATTCATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACC
** * * * ** * * * * * *
104026 TAACACAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAAT-GAAGTTAACCCTTGACTAGAATAGACC
255 TATTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AGAAAAGACC
* * * *
104090 ATGTTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTAGTTTA
319 AT-TTAAGTTAATCAAGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * * * *
104134 AATGAAATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAATCAAAGTCATTAGGCTTCATGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTATTAGACTTTATGG
* * * * * *
104199 TTAAAACATATTGCT-ATTGGATGTTTGTATTCGAAAATGTGAAGCGGATGATATTCATTGAATA
66 TTAAAACATATTG-TAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTG-CTA
* * * * *
104263 GAAAAGACCATTTAAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATTATGTATTC
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTC
* * * **
104328 ATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGATTGAAACCTATT
194 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATT
* * * * *
104393 ATAATTGGATGTTTACATTTGCATACATGAAGTGAATGCTA-CCAATTGACAAGAAAAGATCATT
259 ATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCC-ATTGAC-AGAAAAGACCA-T
* * ** * *
104457 TTAAGTTGAT-AATACCATTGAAAGCTTTGATACACACTTTA
321 TTAAGTTAATCAA-GCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * * *
104498 AATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATTAA-CTAAGA-TATTTAGACTGTAC
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATC-AAAATTA-TTAGACTTTAT
** * * * * *
104561 GGTTAAAAACA-ATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGCGAATGGTATCCATTGAC
64 GGTT-AAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTG-C
** * * * * *
104625 GGGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATAT
127 TAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATAT
* * ** * * * * *
104690 TAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAGTTGAATTTTTTGGACTTTATGGTTAAAGCCTA
192 TCATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTA
* * * * * *
104755 TCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAATAGACCAT
257 TTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AGAAAAGACCAT
* * * ** * **
104820 GTTATGTTAATCATGCGATTGAAACCTTTGTT-CTTGCTTTA
321 -TTAAGTTAATCAAGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * *
104861 AATGATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAA-CGATTATAAGTCAAAATCATTTGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATC-ATTATAAATCAAAATTATTAGACTTTATG
* * * * *
104925 GTTAAAACGTATTGTAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTG-AGTGGATGCCATTCGTTGCATA
65 GTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGC-TA
* * * * * * * *
104989 GAAAAGACCACTTTCAGTTAATTACGCCATTAATAGCTTTTTTACTCACTTTAAATGATGTATTC
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTC
* *
105054 ATGCATTTATAATCA-TATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGAGCAAAACCTAT
194 ATTCATTTATAAT-ATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTAT
* *** ** ** *
105118 TATAGA-TGCATGTTTACATTCACAAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTGAAAAGAAAAGACCAA
258 TATA-ATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG-ACAGAAAAGACC-A
* * *
105182 TTTAAGTTAATCATGCCAT-AGAAAGCTTTGATACACACTTTA
320 TTTAAGTTAATCAAGCCATCA-AAAGCTTTGTTACTCACTTTA
105224 TGTAACGACC
Statistics
Matches: 1955, Mismatches: 494, Indels: 156
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 46 0.02
347 208 0.11
348 5 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
355 6 0.00
360 2 0.00
361 2 0.00
362 210 0.11
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364 653 0.33
365 16 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (361 bp):
AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTATTAGACTTTATGG
TTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGCTAGA
AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTCAT
TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTAT
AATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAGAAAAGACCATTTAAG
TTAATCAAGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
Found at i:103634 original size:727 final size:722
Alignment explanation
Indices: 102334--105210 Score: 3516
Period size: 727 Copynumber: 4.0 Consensus size: 722
102324 GCATGTTTTG
* * *
102334 AATGATATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATCAATTGAGATATTTGGACTTTTTGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATC-T-TAAATGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGG
* * * * *
102399 TTAAAACCTATCATCATTGGATGTTTG-ATATACAAAATGTGAAATGGATGGTATCCATTGACAA
64 TTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGAAT-TAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAA
* * * * **
102463 GAAAAGACTATTTTAAGCTAATCATGCAATAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATATCG
128 GAAAAGACTATTTTAAG-TAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTA
* * * * *
102528 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTGTGGCTAAAACCTATC
192 ATTCATTTATAATATTATAAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATA
* * * * * *
102593 CTAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACT-CAAAAGACTA-GT
257 ATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATG-
* * * ** * *
102656 TTAAGTTAATCAAGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAACAATAAATTAATCCATTTATAA
321 TTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* *
102721 TCTTATAAATCATTATAAATCAAAATTATTGGACTTTACGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGT
386 TCTTATAAATCATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGT
*
102786 TTGCATTGGAAAACATGAA-TAGATGCTATTTCATTGCTTAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
451 TTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTA-TTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* *
102850 TGCCATCAATAGCTTTCTTACTTA-TTTCAAATGATGTATTCATTCATCTATAATCTTATAAATG
515 TGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTT-AAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATG
* ***
102914 ATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAACCCTATTATAATTGGATGTTTACATTTGTA
579 ATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTCACA
* * * *
102979 AACATGCAGTAGATGTTATTAATTGACAAAAAAAGATCATTTTAAGTTAATGATACCATCGAAAG
644 AACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAAAAAAAGATCATTTTAAGTTAATAATACCATCGAAAG
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709 CTTT-AGACA-CCTTT
*
103060 AATGATATATTAATTCATTTATAATGTTAGAAGTGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-AA-TGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGG
* * * *
103125 TTAAAACATATCATGATTGGATGTTTAAATTAGATAACCTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAG
64 TTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAG
** * * * *
103190 AAAAGACTAGATTAAGTGAATCGTGCCATCAAAAGCTGTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAA
129 AAAAGACTATTTTAAGT-AATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAA
* * * **
103255 TTCATTTGTAATATTATGAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTCTATGGTTAAAATATATAA
193 TTCATTTATAATATTATAAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATAA
* ** *
103320 TAATTGGATGTTTG-ATTTGGGAAAGGTGAAGTGGACGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATGT
258 TAATTAGATGTTTGCA-TTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATGT
* * *
103384 TAAGTTAATCACGTGATCAAAAGCTATGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
322 TAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
*
103449 CTTATAAAAT-ATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACACATTGTAATTGGATGT
387 CTTAT-AAATCATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGT
* *
103513 TTGCATTGGAAAACATAAAGTAGATGCTATTCATTGCATAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCAT
451 TTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * *
103578 GCCATTAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGCATTTATTCATTTACAATCTTATCAATGAT
516 GCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * *
103643 TATAAATCAAAATCTTTAGACATTATGATCAAAACATATTATAATTGGATGTTTGCATTCATAAA
581 TATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTCACAAA
* * ** * *
103708 CGTGAAGTGGATGCTATGAATTCCCAAGAAAAGA-CAATTTTAAGTTGATAATACCATCGAAAGC
646 CATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAAAAAAAGATC-ATTTTAAGTTAATAATACCATCGAAAGC
*
103772 TTT-GATA-C---
710 TTTAGACACCTTT
* ** * *
103780 -ATG--------ATTCATTTAGAATCTTATCAACAATTATTAGTTGAGATATTTAGACTTTATAG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA--AATGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGG
* * *
103836 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCTATAGACAAG
64 TTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAG
* * ** * *
103901 AAAAGCCTATTTTAACATAATTGTGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCATTTTGAATGATATATTAA
129 AAAAGACTATTTTAA-GTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAA
103966 TTCATTTATAATATTATAAATGATTC-TAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTA-A
193 TTCATTTATAATATTATAAATGA-TCATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATA
* ** * * * * *
104029 CACAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAAT-GAAGTTAACCCTTGACTAGAATAGACCATG
257 -ATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATG
* *
104093 TTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTAGTTTAAATGAAATATTAATTCATTTATAA
321 TTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * * *
104158 TCTTATAAATGATTAGAAATCAAAGTCATTAGG-CTTCATGGTTAAAACATATTGCT-ATTGGAT
386 TCTTATAAATCATTATAAATCAAAATCATT-GGACTTTATGGTTAAAACATATTG-TAATTGGAT
* * ** ** * * *
104221 GTTTGTATTCGAAAATGTGAAGCGGATGATATTCATTGAATAGAAAAGACCATTTAAAGTTAATC
449 GTTTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
* *
104286 ATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATTATGTATTCATTCATTAATAATCTTATAAATG
514 ATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATG
* * ** **
104351 ATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGATTGAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTTGCA
579 ATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTCACA
* * ** * * *
104416 TACATGAAGTGAATGCTACCAATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTGATAATACCATTGAAAG
644 AACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAAAAAAAGATCATTTTAAGTTAATAATACCATCGAAAG
*
104481 CTTTGATACACACTTT
709 CTTT-AGACAC-CTTT
* * * * *
104497 AAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATTAACTAAGATATTTAGACTGTACG
1 -AATGATATATTAATTCATTTATAATC-T-TAAATGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATG
* * * *
104562 GTTAAAAACA-ATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGCGAATGGTATCCATTGACG
63 GTT-AAAACATATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACA
* *
104626 GGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATT
127 AGAAAAGACTATTTTAAG-TAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATT
* * * * *
104691 AATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAGTTGAATTTTTTGGACTTTATGGTTAAAGCCTAT
191 AATTCATTTATAATATTATAAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAT
* * *
104756 CATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAATAGACCATG
256 AATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATG
* ** * * *
104821 TTATGTTAATCATGCGATTGAAACCTTTGTT-CTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATCTATAA
321 TTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * *
104885 TCTTATAAA-CGATTATAAGTCAAAATCATTTGACTTTATGGTTAAAACGTATTGTAATTGGATG
386 TCTTATAAATC-ATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATG
* * * * * * * *
104949 TTTGCATTTGAAAACGTG-AGTGGATGCCATTCGTTGCATAGAAAAGACCACTTTCAGTTAATTA
450 TTTGCATTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA
* * * * *
105013 CGCCATTAATAGCTTTTTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATGCATTTATAATCATATAAATGA
515 TGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* * *
105078 TTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGAGCAAAACCTATTATAGA-TGCATGTTTACATTCACA
580 TTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATA-ATTGGATGTTTACATTCACA
** * * * * *
105142 AATGTGAAGTGGATGCTATTAATTGA-AAAGAAAAGACCAATTTAAGTTAATCATGCCATAGAAA
644 AACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAAA-AAAAGATCATTTTAAGTTAATAATACCATCGAAA
105206 GCTTT
708 GCTTT
105211 GATACACACT
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (722 bp):
AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAAATGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGGTT
AAAACATATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAA
AAGACTATTTTAAGTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTC
ATTTATAATATTATAAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATAATAA
TTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATGTTAAG
TTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA
TAAATCATTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCA
TTGGAAAACATGAAGTAGATGCTATTCATTGCATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT
CAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
ATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTCACAAACATGA
AGTGGATGCTATTAATTGACAAAAAAAGATCATTTTAAGTTAATAATACCATCGAAAGCTTTAGA
CACCTTT
Found at i:104862 original size:545 final size:544
Alignment explanation
Indices: 102334--105211 Score: 2244
Period size: 545 Copynumber: 5.3 Consensus size: 544
102324 GCATGTTTTG
* * ** * *
102334 AATGATATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTA-TCAATTGAGATATTTGGACTTTTTG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
* * *
102398 GTTAAAACCTATCATCATTGGATGTTTG-ATATACAAAATGTGAAATGG-ATGGTATCCATTGAC
66 GTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGAAT-TAGAAAATGTG-AA-GGAATGGTATCCATTGAC
* * * * *
102461 AAGAAAAGACTATTTTAAGCTAATCATGCAATAAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAAGGATATAT
128 AAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTAAATGATATAT
** * * *
102526 CGATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTGTGGCTAAAACCTA
193 TAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATA
* * * *
102591 TCCTAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACT-CAAAAGACTA-
258 TCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGACCAT
* * ** * *
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323 G-TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT-CTCACTTTAAATGATATATTAATTCA-TTAT
* * *
102719 AATCTTATAAATCATTATAAATCAAAAT-TATTGGACTTTACGGTTAAAACATATTGTAATTGGA
385 AATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATAT-TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTGGA
* * * *
102783 TGTTTGCATTGGAAAACATGAA-T-AGATGCTATTTCATTG-CTTAGAAAAGACCATTTTAAGTT
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* * *
102845 AATCATGCCA-TCAATAGCTTTCTTACTTA-TTTCA
511 AATCATGCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTT-A
* * * * *
102879 AATGATGTATTCATTCATCTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAATCTTTAGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
* * * * * * * ** * * * **
102943 ATCAAACCCTATTATAATTGGATGTTT-ACATTTGTAAACATGCAGTAGATGTTATTAATTGACA
66 GTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGA-ATTAGAAAATGTGAAGGA-ATGGTATCCATTGACA
* * * * * *
103007 AAAAAAGA-TCATTTTAAGTTAATGATACCATCGAAAGCTTTCAGACAC--CCTTT-AATGATAT
129 AGAAAAGACT-ATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT--GTCACTTACTTTAAATGATAT
* * * * * *
103068 ATTAATTCATTTATAATGTTAGAAGTGATTATTAATTGAGATATTTAGACTTTATGGTTAAAACA
191 ATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACA
* * * * * * * *
103133 TATCATGATTGGATGTTTAAATTAGATAACCTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACT
256 TATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGACC
* * * *
103198 A-GATTAAGTGAATCGTGCCATCAAAAGCTGTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTT
321 ATG-TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT-TCTCACTTTAAATGATATATTAATTCA-TT
* * * * ** * * * *
103262 GTAATATTATGAATGATCATAAATTGAAATCTTTGGACTCTATGGTTAAAATATATAATAATTGG
383 ATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTGG
* * ** * * * * *
103327 ATGTTT-GATTTGGGAAAGGTGAAGTGGACGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACCATGTTAAGTTA
448 ATGTTTACATTT-GAAAACATGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* ** ** * *
103391 ATCACGTGATCAAAAGCTATGTTACTTACTTTA
512 ATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
103424 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTA-TAAATCAAAATCA-TTGGACTTTA
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATTAAATCAAAAT-ATTTGGACTTTA
** * * ** * * * *
103486 TGGTTAAAA-CACATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTAGATGCTATTCATTG-
64 TGGTTAAAACCA-ATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGGA-ATGGTATCCATTGA
* * * * * * * **
103549 CATAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGC
127 CA-AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTAAATGATAT
* * * * ** * * * * *
103614 ATTTATTCATTTACAATCTTATCAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACATTATGATCAAAACA
191 ATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACA
* * * * ** ** *
103679 TATTATAATTGGATGTTTGCATT-CATAAACGTGAAGTGGATGCTATGAATTCCCAAGAAAAGAC
256 TATCATAATTGGATGTTTGAATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGAC
* * * * * * * * *
103743 AATTTTAAGTTGATAATACCATCGAAAGCTTTG-----A---TACATG----ATTCA-T--TTAG
320 CATGTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTCTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTAT
* ** * * ** * * * * *
103793 AATCTTATCAACAATTATTAGTTGAGATATTTAGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGAT
385 AATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTGGAT
* * * * * * **
103858 GTTTGA-ATTAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCTATAGACAAGAAAAG-CCTATTTTAACATAA
450 GTTT-ACATTTGAAAACATGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACC-ATTTTAAGTTAA
** * * *
103921 TTGTGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCATTTTG
513 TCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * ** *
103953 AATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATT-CTAAATTGAAATCTTTGGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
* * * * * * * * * *
104017 GTTAAAACCTAA-CACAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGAA-GTTAACCCTTGACT
66 GTTAAAACC-AATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTG-AAGGAATGGTATCCATTGACA
* * * * * * *
104080 AGAATAGACCATGTTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTAGTTTAAATGAAATATT
129 AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTAAATGATATATT
* * * * *
104145 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAA-TCAAAGTCATTAGG-CTTCATGGTTAAAACAT
194 AATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAA-T-ATTTGGACTTTATGGTTAAAACAT
* * ** * * * *
104208 ATTGC-T-ATTGGATGTTTGTATTCGAAAATGTGAAGCGGATGATATTCATTGAATAGAAAAGAC
257 A-T-CATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGAC
* * * * *
104271 CAT-TTAAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATTATGTATTCATTCATT
320 CATGTT-AAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT-CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATT
* * * *
104335 AATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGATTGAAACCTATTATAATTG
383 -ATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTG
* * *
104400 GATGTTTACATTTGCATACATGAAGTGAATGCTA-CCAATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTT
447 GATGTTTACATTTGAAAACATGAAGTGAATGCTATCC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTT
* * * * *
104464 GATAATACCATTGAAAGCTTTGATACACACTTTA
511 AATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * * *
104498 AATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATTAACT-AAGATATTTAGACTGTACG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
* **
104562 GTTAAAAACAATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGCGAATGGTATCCATTGACGG
66 GTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAG-GAATGGTATCCATTGACAA
* *
104627 GAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTTACTTTGAATGATATATTA
130 GAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTAAATGATATATTA
* * * * *
104692 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAGTTGAATTTTTTGGACTTTATGGTTAAAGCCTATC
195 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATC
* * * *
104757 ATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAATAGACCATGT
260 ATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGACCATGT
* * ** * **
104822 TATGTTAATCATGCGATTGAAACCTTTGTTCTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATCTATAATC
325 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTCTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT-TATAATC
* * * *
104887 TTATAAACGATTATAAGTCAAAATCATTT-GACTTTATGGTTAAAACGTATTGTAATTGGATGTT
389 TTATAAATGATTATAAATCAAAAT-ATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTGGATGTT
* * * * * * * * * *
104951 TGCATTTGAAAACGTG-AGTGGATGCCATTCGTTG-CATAGAAAAGACCACTTTCAGTTAATTAC
453 TACATTTGAAAACATGAAGTGAATGCTATCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT
*
105014 GCCATT-AATAGCTTTTTTACTCACTTTA
517 GCCATTGAA-AGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * *
105042 AATGATGTATTCATGCATTTATAATCATATAAATGATTA-TAAATCAAAATCTTTGGACTTTATG
1 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
* * * * * * * **
105106 AG-CAAAACCTATTATAGA-TGCATGTTT-ACATTCA-CAAATGTGAAGTGGATGCTATTAATTG
66 -GTTAAAACCAATCATA-ATTGGATGTTTGA-ATT-AGAAAATGTGAAG-GAATGGTATCCATTG
* * *
105167 AAAAGAAAAGACCAATTTAAGTTAATCATGCCAT-AGAAAGCTTTG
126 ACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCA-AAAGCTTTG
105212 ATACACACTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (544 bp):
AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAAATCAAAATATTTGGACTTTATG
GTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGGAATGGTATCCATTGACAAG
AAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTCACTTACTTTAAATGATATATTAA
TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATCA
TAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACTAGAAAAGACCATGTT
AAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTCTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTATAATCTT
ATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTATAATTGGATGTTTAC
ATTTGAAAACATGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCA
TTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
Found at i:104951 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 103821--105223 Score: 1235
Period size: 182 Copynumber: 7.7 Consensus size: 182
103811 TAGTTGAGAT
* * * *
103821 ATTTAGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATG
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* * * * ** ** * * *
103886 GTATCTATAGACAAGAAAAG-CCTATTTTAACATAATTGTGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCATT
66 CTATCCATTGACTAGAAAAGACC-A-TTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * **
103950 TTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTCTAAATTGAAATC
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * * *
104004 -TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAACACAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAAT-GAAG
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * * * *
104067 TTAACCCTTGACTAGAATAGACCATGTTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTTAGTT
66 CTATCCATTGACTAGAAAAGACCAT-TTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * *
104132 TAAATGAAATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAATCAAAGTC
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * * *
104185 ATTAGG-CTTCATGGTTAAAACATATTGC-T-ATTGGATGTTTGTATTCGAAAATGTGAAGCGGA
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTA-T-CATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGA
* * * * * *
104247 TGATATTCATTGAATAGAAAAGACCATTTAAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCAC
64 TGCTATCCATTGACTAGAAAAGACCATTT-AAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCAC
* * * *
104312 TTTAAATTATGTATTCATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * * * * * *
104366 GTTTGGACTTTATGATTGAAACCTATTATAATTGGATGTTTACATTTGCATACATGAAGTGAATG
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * * * *
104431 CTA-CCAATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTGATAATACCATTGAAAGCTTTGATACACACT
66 CTATCC-ATTGACTAGAAAAGACCA-TTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * *
104495 TTAAATGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATTAA-CTAAGAT-
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAAATC
* * * * * * * * * *
104548 ATTTAGACTGTACGGTTAAAAACAATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGCGAATG
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
* ** * * *
104613 GTATCCATTGACGGGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTCACTTACTT
66 CTATCCATTGACTAGAAAAGACCA-TTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * ** *
104678 TGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAGT-TGAATT
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * *
104730 TTTTGGACTTTATGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATG
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * * **
104795 CTATCCCTTGACTAGAATAGACCATGTTATGTTAATCATGCGATTGAAACCTTTGTT-CTTGCTT
66 CTATCCATTGACTAGAAAAGACCAT-TTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * *
104859 TAAATGATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAACGATTATAAGTCAAAATC
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* ** *
104912 ATTT-GACTTTATGGTTAAAACGTATTGTAATTGGATGTTTGCATTTGAAAACGTG-AGTGGATG
1 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * * * *
104975 CCATTCGTTG-CATAGAAAAGACCACTTTCAGTTAATTACGCCATTAATAGCTTTTTTACTCACT
66 CTATCCATTGAC-TAGAAAAGACCA-TTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * *
105039 TTAAATGATGTATTCATGCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCAAAATC
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * *
105093 -TTTGGACTTTATGAG-CAAAACCTATTATAGA-TGCATGTTTACATT-CACAAATGTGAAGTGG
1 ATTTGGACTTTATG-GTTAAAACCTATCATA-ATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAAGTGG
** ** * *
105154 ATGCTATTAATTGAAAAGAAAAGACCAATTTAAGTTAATCATGCCA-TAGAAAGCTTTGATACAC
63 ATGCTATCCATTGACTAGAAAAGACC-ATTTAAGTTAATCATGCCATTA-AAAGCTTTGTTACTC
105218 ACTTTA
126 ACTTTA
105224 TGTAACGACC
Statistics
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0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 53 0.05
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183 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (182 bp):
ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
CTATCCATTGACTAGAAAAGACCATTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
Found at i:107508 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 107460--107530 Score: 115
Period size: 28 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
107450 CCTTCCTTTG
107460 TCTCTTTTCTTTCTTTCTTTCATCTCCTT
1 TCTCTTTTC-TTCTTTCTTTCATCTCCTT
* *
107489 TCTCTTTTCTTCTTTCTTTCCTGTCCTT
1 TCTCTTTTCTTCTTTCTTTCATCTCCTT
107517 TCTCTTTTCTTCTT
1 TCTCTTTTCTTCTT
107531 GGTTGTGGGT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
28 31 0.77
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Consensus pattern (28 bp):
TCTCTTTTCTTCTTTCTTTCATCTCCTT
Found at i:108688 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 108653--108699 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
108643 ACAACATCGT
*
108653 AAAGGAAGAAAAAAAAAAAAAGAG
1 AAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGAG
* *
108677 AAAGGAAAAAAAAATAAGAAAGA
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108700 AATACTAAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (24 bp):
AAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGAG
Found at i:113776 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 113720--113798 Score: 149
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
113710 AAAATATTAG
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1 TATTTTAATTATTATTGAGATTAGTCATGGAGGAGGAT
*
113758 TATTTTAATTATTGTTGAGATTAGTCATGGAGGAGGAT
1 TATTTTAATTATTATTGAGATTAGTCATGGAGGAGGAT
113796 TAT
1 TAT
113799 ATGGCTAATC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 40 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.24, T:0.43
Consensus pattern (38 bp):
TATTTTAATTATTATTGAGATTAGTCATGGAGGAGGAT
Found at i:116211 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 115895--116227 Score: 445
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
115885 TCTTACTTAC
* * * * *
115895 TTTAAATGATGTATTTATTCATTTACAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTT
1 TTTAAATGATATATTAATTCATTTACAATCTTATAAATGATCATAAATCAAAATATTTAGACTTT
* * * * * * *
115960 ATGATCAAAATACATTAGAATTGGATGTTTGCATTTATAAACGTGACGTGGATGCTATCAATTGA
66 ATGATCAAAACACATCAGAATTGGATGTTTGAATTAAAAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTAA
116025 CAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATTGAAAGCTTTGATATATGT
131 CAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATTGAAAGCTTTGATATATGT
* * * *
116077 TTTAGATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATCATAAAT-GAGATATTTAGACTTT
1 TTTAAATGATATATTAATTCATTTACAATCTTATAAATGATCATAAATCAAAATATTTAGACTTT
* * * * *
116141 ATGATTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGAATTAAAAAATGTGAAGTGGATGGTATGC-ATTA
66 ATGATCAAAACACATCAGAATTGGATGTTTGAATTAAAAAACGTGAAGTGGATGCTAT-CAATTA
*
116205 ACAAGAAAAGACTATTTTAAGTT
130 ACAAGAAAAGACAATTTTAAGTT
116228 AATCGTGCCA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
181 84 0.66
182 44 0.34
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTTAAATGATATATTAATTCATTTACAATCTTATAAATGATCATAAATCAAAATATTTAGACTTT
ATGATCAAAACACATCAGAATTGGATGTTTGAATTAAAAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTAA
CAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATTGAAAGCTTTGATATATGT
Found at i:119166 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 118561--121507 Score: 1364
Period size: 182 Copynumber: 16.2 Consensus size: 182
118551 CTGGCATCAA
* ** * * *
118561 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATGCTAATTCATTTACAATATTATAAATGATTCTAAAT
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * *
118626 TGAAATCTTTAGACTTTATAGTTAAAACCTACCATAATTAGATGTTTCCA-CAGGAAAACATGAA
66 TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTA-GAAAACGTGAA
* * * ** * * * ** *** **
118690 GTGGATGC-TACACCTTTGACCAGAATTGACCATGTTAAGTTAATCTTAAAATCA
130 GTGGAT-CATA-TCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * * *
118744 AAAGCTTTGTTACTTACTTT-AAATGATACATTAATTCATTTATAATGTTACAAATGATTATAAA
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * * ** * *
118808 TCAAAATCATT-GAACTTTATAGG-TAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTG
65 TTGAAATCTTTAG-ACTTTAT-GGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTG
* *** * * * **
118871 AAGTGGATGC-TATTCATTGGGTAG-AAAGACCATTTTGACTTAATCATGCCA-CC
128 AAGTGGAT-CATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * **
118924 AATAGCTTTCTTACTCACTTT-AAATGATGTATCCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
1 AA-AGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
* * * * * * * * *
118988 ATTAAAATCTTTGGACGTTATGATCAAAACATATTATAATTTGATGTTTGCATTCA-CAAACGTG
64 ATTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAACGTG
* * * *
119052 ATGTGGA-CAT-TGCCAATTGATAAGAAAAGACCA-TTTTATGTTGATAATGCCATTT
128 AAGTGGATCATAT-CC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTTAT-TTAATAATGCCATTG
* * * *
119107 AAAGCTTTGATGCA-T-GCTTT-AAAGCATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAGATGATTATT
1 AAAGCTTTG-T-CACTCACTTTGAAAG-ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
* * * *
119169 AATTGAGATATTTCA-ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGT
63 AATTGAAATCTTT-AGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGT
** * **
119233 GAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTTATTTAATCGTGCCATTG
127 GAAGTGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * *
119289 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTCATAATATTACAAATGATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * *
119354 TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAT
66 TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAG
* * * * * * * * * **
119419 TAGATGC-TATCCCTTGACCATAATAGACCATGTTAAGTTAATCATGCGTTTG
131 TGGAT-CATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
** * ** *
119471 TTAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATGCATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAA
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
*** * * * * * * * *
119535 CCAAAATCATTT-GACATCATGGTTTAAACATA-CTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAACATG
65 TTGAAATC-TTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATC-ATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTG
* * *
119598 -AGTGGATTC-TATTCATTGTA-TAGAAAAGACCA-TTTTA---AATCATGCCATCT-
128 AAGTGGA-TCATATCCATTG-ACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCAT-TG
* * * * * * *
119648 AGAGCTTTCTTACT--CTGT-AAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATGAA
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * ** * * ** * * *
119710 TCAAAATCTTTGGACTTTATAATGAAAACAC-ATTATAATGGGATGTTTGCGTTCA-TAAGCGTG
65 TTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAAC-CTATCATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAACGTG
** * * * * * **
119773 AAGTGGATGTTAT-CATTTGACAAG-AAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATCA
128 AAGTGGATCATATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * * *
119827 AAAGCTTTG--A-TACATGTTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCATATAAATCATTATT
1 AAAGCTTTGTCACT-CA-CTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
* * * * * * * * * *
119889 AACT-AAGGTATTTAGATTTTATGGTTAACACATATCATAATTGGATGTTTGAATAAGAAAATGT
63 AATTGAA-ATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGT
* ** * * * * * * ** * **
119953 GAAGTCGATGGTATGCATTCACAAGAATAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCA
127 GAAGTGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * *
120009 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTCTAAAT
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * * * *
120074 TGAAATCATTGGACTTCATGGTGAAAACCTAT-AGTAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAA
66 TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCA-TAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAA
* * * * * * * * ** *
120138 GTGGATGCA-ACACCCTTGACCAGAATAGACCATGTTAACTTAATCATGAGATCG
130 GTGGAT-CATA-TCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * ** * *
120192 AAACCTTTGTTACTTGC-TTCAAAGGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAAAAA
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * * * ** * ** * * *
120256 TCAAAATCATTGGACTTTATGGTT-AAACATATTGTAATTGGATCCTTACATTGGAAAATGTGAA
65 TTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAA
* * * * * * *
120320 GCGGATGC-TTTTCATT-ACATAAAAAAGACCATTTTTAGTTAATCAA-GACA-TC
130 GTGGAT-CATATCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTTATTTAAT-AATGCCATTG
* * * * *
120372 AATAGCTTTGTTACTGACTTT-AAATGATGTATTCATTCATTTAGAATCTTATAAATGATTATAA
1 AA-AGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
** * * * ***
120436 ATCAAAATCTGTCT-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTCTAAACGT
64 ATTGAAATCT-T-TAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGT
** * * * * * * * *
120499 GAAGTGGATGTTATCAATTGTCAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCA-TC
127 GAAGTGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
** * * * *
120554 AAAGGCTTTGAT-ACT-TGTTTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATT
1 AAA-GCTTTG-TCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
* * * ** *
120617 AACT-AAGGTATTTAGACTTTATGGTTAAAATGTATCATAATT-GAATGTTTG-ATTTGAAAAAC
63 AATTGAA-ATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAG-ATGTTTGCATTAG-AAAAC
* ** * * * * * * *
120679 GTGAAGTCGATGGTATGCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCATCG
125 GTGAAGTGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * * * *
120737 AAAGCTTTGTCACTCATTTTGAATGATATATTCATTCATTTATAATTTTATAAATGAATCTAAAT
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * * *
120802 TGGAATCTTT-GTACTTAATAGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACGTGAA
66 TGAAATCTTTAG-ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAA
* * ** * * * * ** **
120866 GTGGATGC-TATCCCTTGACCAA-AATAGGTC-GTGTTACGTTAATCATGAGATCA
130 GTGGAT-CATATCCATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTTA-TTTAATAATGCCATTG
* ** * * * *
120919 AAAGCTTTGTTACT-TGTTTTAAATTATACAGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * * * ** * * *
120983 -TCAAACTCATTGGACTTTATGTTTAAAACATATTGTAATAAGATGCTTGCATTGGAAAACGTGA
65 TTGAAA-TCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGA
* ** * * * * * * * * *
121047 AATAAAT-ACTATTCATT-ATATAAAAAAGGCCATTTTTAGTTAATCATGTC-GTC
129 AGTGGATCA-TATCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* * * *
121100 AATAGGTTTCTTACTCACTTT-AAATGATAGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
1 AA-AGCTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATA-TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
* * * * * ** * *
121164 AA-TCAGAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCAATTGTAATTGGATGTTTACATTCAG-AAACG
63 AATTGA-AATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAACG
* * * * * * ** * **
121227 TGAAGTGGA-CGTTATCAATTGACAACAAAAGACCAGTTTAAGTTAACCACGCCATCA
126 TGAAGTGGATC-ATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
*** * * * * * * *
121284 AAAGCCTCAAT-ACACACTTT-AAATGACATATAAACTC-TTTATATTCTCATAAATGATTATTA
1 AAAG-CTTTGTCACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
* * * * * * * *
121346 ATTGAGCAA--TTTGGAGTTTATGGGTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGT
64 ATTGA--AATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGT
** * * * * ** * **
121409 GAAGTGGATGGTATGCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCA
127 GAAGTGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
* *
121465 AAAGCTTTGACACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTAT
1 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTAT
121508 TAAGTTTGGA
Statistics
Matches: 2117, Mismatches: 528, Indels: 239
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 93 0.04
176 20 0.01
177 21 0.01
178 1 0.00
179 17 0.01
180 25 0.01
181 514 0.24
182 1012 0.48
183 395 0.19
184 15 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (182 bp):
AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAG
TGGATCATATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTTATTTAATAATGCCATTG
Found at i:119493 original size:364 final size:364
Alignment explanation
Indices: 118561--127520 Score: 6178
Period size: 364 Copynumber: 24.7 Consensus size: 364
118551 CTGGCATCAA
* * ** * * *
118561 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATGCTAATTCATTTACAATATTATAAATGATTCTAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * *
118626 TGAAATCTTTAGACTTTATAGTTAAAACCTACCATAATTAGATGTTTCCA-CAGGAAAACATGAA
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAA
* * ** * * *** *
118690 GTGGATGCTACACCTTTGACCAGAATTGACCATGTTAAGTTAATCTTAAAATCAAAAGCTTTGTT
130 GTGGATGCTA-TCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
* * * * **
118755 ACTTACTTTAAATGATACATTAATTCATTTATAATGTTACAAATGATTATAAATCAAAATCA-TT
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT-ATTT
* * ** *
118819 GAACTTTATAGG-TAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATGCTA
258 GGACTTTAT-GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTA
* *** * * **
118883 TTCATTGGGTAG-AAAGACCATTTTGACTTAATCATGCCA-CC
322 TCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * **
118924 AATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATGTATCCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * * *
118989 TTAAAATCTTTGGACGTTATGATCAAAACATATTATAATTTGATGTTTGCATTCA-CAAACGTGA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACATGA
* ** * * * **
119053 TGTGGA--C-ATTGCCAATTGATAAGAAAAGACCATTTTATGTTGATAATGCCATTTAAAGCTTT
129 AGTGGATGCTA-T-CC-ATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * * * *
119115 GATGCAT-GCTTTAAA-GCATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAGATGATTATTAATTGAGAT
191 GTTAC-TCACTTTAAATG-ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT
** *
119178 ATTTCAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACGTGAAGTGGATG
254 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * *
119243 GTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTTATTTAATCGTGCCATTG
319 CTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * *
119289 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTCATAATATTACAAATGATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * *
119354 TGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAT
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * * ** * **
119419 TAGATGCTATCCCTTGACCATAATAGACCATGTTAAGTTAATCATGCGTTTGTTAGCTTTGTTAC
131 TGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTAC
** * ***
119484 TCACTTTAAATGATGCATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAACCAAAATCATTT-G
196 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT-ATTTGG
* * * * * * * * *
119548 ACATCATGGTTTAAACATA-CTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAACATG-AGTGGATTCTATT
260 ACTTTATGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATC
*
119611 CATTGTA-TAGAAAAGACCATTTT-A---AATCATGCCATCT-
324 CATTG-ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-TG
* * * * * *
119648 AGAGCTTTCTTACT--CTGTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATGAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** ** * * * * * * *
119711 CAAAATCTTTGGACTTTATAATGAAAACAC-ATTATAATGGGATGTTTGCGTTCA-TAAGCGTGA
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAAC-CTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACATGA
* * * * * * * *
119774 AGTGGATGTTAT-CATTTGACAAG-AAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATCAAAAGCTTTGA
129 AGTGGATGCTATCCA-TTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
** * * * * *
119837 TACAT-GTTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCATATAAATCATTATTAACT-AAGGTAT
193 TAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAA-ATAT
* * * * * * * * *
119900 TTAGATTTTATGGTTAACACATATCATAATTGGATGTTTGAATAAGAAAATGTGAAGTCGATGGT
256 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT
* * * * * * **
119965 ATGCATTCACAAGAATAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCA
321 ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * *
120009 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTCTAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * *
120074 TGAAATCATTGGACTTCATGGTGAAAACCTAT-AGTAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAA
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
* * * * * * ** *
120138 GTGGATGCAACACCCTTGACCAGAATAGACCATGTTAACTTAATCATGAGATCGAAACCTTTGTT
130 GTGGATGCTA-TCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
** * * * **
120203 ACTTGCTTCAAAGGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAAAAATCAAAATCA-TT
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT-ATTT
* ** ** * * * * *
120267 GGACTTTATGGTT-AAACATATTGTAATTGGATCCTTACATTGGAAAATGTGAAGCGGATGCTTT
258 GGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTAT
* * * * * *
120331 TCATT-ACATAAAAAAGACCATTTTTAGTTAATCAAGACA-TC
323 CCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * *
120372 AATAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTAGAATCTTATAAATGATTATAAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * * *** *
120437 TCAAAATCTGTCT-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTCTAAACGTG
65 TTGAAATCT-T-TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATG
* * * * * * * *
120500 AAGTGGATGTTATCAATTGTCAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATC-AAAGGCTTTG
128 AAGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAA-GCTTTG
* *** * * * * *
120564 ATACTTGTTTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATTAACT-AAGGTAT
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAA-ATAT
* ** * * * *
120628 TTAGACTTTATGGTTAAAATGTATCATAATTGAATGTTTG-ATTTGAAAAACGTGAAGTCGATGG
256 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAAACGTGAAGTGGATGC
* * * *
120692 TATGCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCATCG
320 TATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * * * *
120737 AAAGCTTTGTCACTCATTTTGAATGATATATTCATTCATTTATAATTTTATAAATGAATCTAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * * * * *
120802 TGGAATCTTTGTACTTAATAGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAG
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* ** * * * ** *
120867 TGGATGCTATCCCTTGACCA-AAATAGGTCGTGTTACGTTAATCATGAGATCAAAAGCTTTGTTA
131 TGGATGCTATCCATTGACCAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
*** * * * *
120931 CTTGTTTTAAATTATACAGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAACTCA-TT
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAA-T-ATTT
* * ** ** * * * ** *
120994 GGACTTTATGTTTAAAACATATTGTAATAAGATGCTTGCATTGGAAAACGTGAAATAAATACTAT
258 GGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTAT
* * * * * * * *
121059 TCATT-ATATAAAAAAGGCCATTTTTAGTTAATCATGTC-GTC
323 CCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * *
121100 AATAGGTTTCTTACTCACTTTAAATGATAGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATA-TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
* * * * ** * *
121165 A-TCAGAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCAATTGTAATTGGATGTTTACATTCA-GAAACGT
64 ATTGA-AATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACAT
* * * * * * * * * * **
121228 GAAGTGGACGTTATCAATTGACAACAAAAGACCAGTTTAAGTTAACCACGCCATCAAAAGCCTCA
127 GAAGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTG
* * * * * * * * *
121293 ATACACACTTTAAATGACATATAAACTC-TTTATATTCTCATAAATGATTATTAATTGAGCA-AT
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGA-AATAT
* * * * * * *
121356 TTGGAGTTTATGGGTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGTGGATGGT
256 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT
* * * * **
121421 ATGCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCA
321 ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
** *
121465 AAAGCTTTGACACTCACTTTGAATGATATATTAATTC-------A---T-T---T-A-T-T-AA-
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * * *
121511 -G-----TTTGGACTTTATGCTGAAAACCTAGCAGAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAG
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * ** * ** *
121570 TGGATGCTACCCCCTTAACCA-AAATAGACCACGTTAACTTAATCATGATATCAAAAGCTTTGTT
131 TGGATGCTA-TCCATTGACCAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
** * *
121634 TTTCACTTTAAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAACTCA-T
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAA-T-ATT
* * * * * ***
121697 TGGACTTTATGTTTAAAACATATTATAATTGGATGCTTGCATTAGAAAACATGAAACAGATGCTA
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTA
* * * *
121762 TTCATT-ATATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTCA-TC
322 TCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * * * * *
121804 AGTAGCATTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAATTCACTATAAA
1 A-AAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
*** * * *
121869 CCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAACACCTATCGA-AATTAGATGTTTACATT-GGCAAACATG
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATG
* * * * * *
121932 AAGTGGATGTTATCAATCAGTA--ATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATTCCATCTAAAGCTTT
128 AAGTGGATGCTATCCAT-TG-ACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * * * * *
121995 GTCACTCACTTTGAATGATATGTTAATCCATTTATAATATTATAAATAATTCTAAATTGAAATCT
191 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATAT
* * * * * *
122060 TTGTACTTTATGGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA-GAC
256 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATG-C
* * ** * **
122124 CATACCCTTGACTAA-AATGGACCATGTTAAGTTAATCATGAGATTG
320 TAT-CCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * *
122170 AAAGCTTTGTTAATCACTTTAAATGATGTATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * ** *
122234 TCAAAATCATTAGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAACTT-GATGCTTGCATT-GGAAAACATG
66 T-GAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAA-TTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATG
*** * *
122297 -AGTGGATGCTATTTGTTG--CATTGAAAAGACCATTTTAAGTTCATCATGTCATC-AATAGCTT
128 AAGTGGATGCTATCCATTGACCA--GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTT
* * * **
122358 TGTTACTCACTTTAAATAATGTATTCATTCATTTATAA-CTTTATAAATGATTATAAATCAAAAT
190 TGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAATTGAAAT
* * *** * ***
122422 CTTTGGGCTTTATGACCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTTCCAAACGTGAAGTGGATG
254 ATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * *
122487 TTATCAATTGGCAA-AAAAGGACCATTTTAAGTTGATAATGCCATAG
319 CTATCCATTGACAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * *
122533 AAAGCTTTGATT-CACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAA
1 AAAGCTTTG-TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * ** *
122597 TGGAGATATTTGAACTCTATAGTTAAAACCTATCATGATTGGATGTTTAAATTAGAAAACAT-AA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
* * * * *
122661 TGTAGATGGC-ATCTATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGT
130 -GTGGAT-GCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * * *
122725 TACTCACTTCT-AATGATATATTAATCCATTTATAATATTATAAAT-ATTTTAAATTGAAATCTT
193 TACTCACTT-TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATT
* * * * *
122788 TGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATCAAAAAATGTGAAGTGGATGCTA
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTA
* * * * * * **
122853 TCCCTTGACTAGAATAGACCATGTTAATTTAATCATGCAATCA
322 TCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * *
122896 AAAGTTTTGTTGCTCACTTTAAATGATATATTAA-TCTGTTTATAATCTTACAAATGGTTATAAA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * * ** *
122960 TCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATATTTGCATT-GGAAAACATGA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATGA
* * * ***
123024 AGCGGATGCTTTTCATTGTGTAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGT
129 AGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGT
* * * * * * * *
123088 TACTTATTTTAAATGATGTATTCATTCAATTATAATCTTTTAATTGATTATAAATT-AGAATCTT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGA-AATATT
** * * *** * * * * *
123152 TGG-CATTTAT-AATCATACCTATTGGAATTAGATGTTTGCATTTGGAAACTTGAAGCGGATGCT
257 TGGAC-TTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT
* * ** * * * * * **
123215 ATCAATTGTCAACCAAAGACCAGTTTAAGCTAACCACGACATCA
321 ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * * * * *
123259 AAAGCCTTGATACACACTTTAAATGACATATGAATTCGTTTATAATCTCATAAATGATTATTAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * *** * * *
123324 T-AAGCTATTTAGACTTTATCACTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGAA
66 TGAA-ATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
* * ** * ** *
123388 ATGGATGGTATCCATTGA-CATGAAAAGATTATTCTACA-TTAATTGTGCCTTCGAAAGCTTTGT
130 GTGGATGCTATCCATTGACCA-GAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * * * * *
123451 CACTCACTTTGAGTGATATATTAATTCATTTTTAA-CTTTATATATGATTATAAATTGAAATACT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAATTGAAATATT
*** * ** * * * * * * ** *
123515 CACACTTTGTGGTTAAAAGTTATCATAACTAGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTTAATGTTG
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT-
* * * * *
123580 TTCC-TTGACCAGAAAAGACCTTTTTAAGTTAATCATGCAATTA
321 ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
123623 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * *** * * ** *
123688 TGTGATATTTGGACTTTACAATTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAAAAAACTTGAAG
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * *
123753 TGGATGGC-ATCCATTGA-CAGGAAATGACTATTTCAAGTTAATCATGCAATTGAAAGCTTTGTT
131 TGGAT-GCTATCCATTGACCA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
* * * * * * *
123816 ACTTATTTTAATTGATATATTAATTCATTTATAATCTTATGAACGATTATAAATTTAAATCTTTG
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTG
* * * * * * *
123881 GACTCTATGGTTTAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAATC-TAAAGTAGATGCTAT
259 GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAAACGTGAAGTGGATGCTAT
* * * *** *
123945 CCCTTGGA-AA-ACAAAGACCGTGTTAAGTTAATCATATGATCG
323 CCATT-GACAAGA-AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
*** * * *
123987 AAAGCTTTGTTACTTGTTTTAAATGATATATTAATCCACTTATAATCTTATAAATTATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * * * *
124052 CAAAATCTTTGGACTTTATTGTT-AAAGCT-TGCTGTAATTAGCTGTTTAG-ATT-GGAAAACAT
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTAT-C-ATAATTGGATGTTT-GCATTAGG-AAACAT
* * * *** * * *
124113 GAAATGGATCCTATTCATTGGTTAGGAAAGGCCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AATAGCTTT
127 GAAGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * ** *
124177 CTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
191 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATAT
* * * * * * * *
124242 TTGCG-CTTTATGATCAAAACTTATTATAATTGGATGTTTGTATTTGCAAATGTGAAGTGGATGC
256 TTG-GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGC
* * * * * *
124306 TATCAATTGACATGAAAAGACCATTTGAAGTTGATAAAGCCATTG
320 TATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * *
124351 AAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATT-ATTTATAATATTACAAATGATTATTAA
1 AAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * *
124414 TTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACATGAA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
* * * * * * *
124479 GTGGATGGTCTCCATTGACAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGGAAGCTTTGTCA
130 GTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * * * *
124544 CTCACATTGAATGATATATTAATTCAGTTACAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGG
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
* * * * *
124609 ATTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAAGTGGAGGCTGT
260 ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA-AAACGTG-AAGTGGATGCTAT
* * * * **
124673 CCCTTGACCAGAATAA-ACCATGTTAAGATAATCATGTGATTG
323 CCATTGACAAGAA-AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * *
124715 AAAGCTCTGTTACTCCCTTTAAATGATATA-TAATTTCATTTATAATCTTCTAAATGATTGTAAG
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** * * ** ** *
124779 TCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATACTTGCATTA-GAAACTGTGA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAC-ATGA
* * *** * * * *
124843 AGTAGATGCTATTCATTGTGTAGAAAAGAGCACTTTAAGTTAATGATGCCATC-AATAGCTTTCT
129 AGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGT
* * ** *
124907 TACTCACTTTAAATGATTTATTCATTCATTTATAATCTT-TCAAATGATTATAAATCAAAATCTT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAAATTGAAATATT
* *** * * * * * * * *
124971 TAGACTTTATGACCAAAAACTATTATAATTGGCTATTCT-CATTCGTAAACGTAAAATGGATGCT
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTT-TGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT
* ** **
125035 AT-CAGTTGACAAGAAAATACCATTTTAAGTTAATCATATCATCA
321 ATCCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * * ***
125079 AAAACTTTGATACACACTTTGAATG--ATA-TAATTCATTTATAGTCTTATAAATGATTATTTGT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * *
125141 TGAGATATTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTATGAATTA-GAAACATGAAG
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
* * * * * * * * *
125205 TAGATGGTATGCATTG-GCATGAAAAGACTATTCTAAGTAAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGTCA
131 TGGATGCTATCCATTGACCA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * * * * *
125269 CTCAATTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGACTCTAAATTGAAATCTTTGA
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
* ** * * * *
125334 ACTTTATGGTT-CATTCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAGCGTGAAATGGATGCTATCC
260 ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCC
* * * * **
125398 CTTGACCAA-AATAGACCATGTTT-AGCTAATCATGCGATCA
325 ATTGA-CAAGAAAAGACCAT-TTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * ** * * * *
125438 AAAGTTTTGCTACTCACTTTAAATGATGCATCAATCCATTTATAACCTTATAAATGATTACAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * ** * ** * * * *
125503 CAAAATCATTGGACTTTATAATCAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTTACATTTGGGAACGTGAA
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATG-TTTGCATTAGGAAACATGAA
* * * * * * * ** * * * * * ***
125568 GTGGATGCTATCAATTGACAACAAAAGACTAGTTTACGTTAACCACACTAGCAAAATCCTCAATA
130 GTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * * * **
125633 CACACTTTAAATGACATATGAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAATTGAGCTATTTGG
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTGG
* * * * * * *
125698 ACTTTATGGCTAAAACCTATCATTATTAGATGTTTGAATTTGAAAACGTGAAATGGATGGTATCC
260 ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCC
* * * * *
125763 ATTGACATGAAAAGACTATTCTAGGTTAATCGTGCC-TTCG
325 ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATT-G
* * ** * *
125803 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAACAACATATTAATTCATTTATAA-CATTACAAATGATTATAAA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * * * *
125867 TTGAAATCTGTGCACTTTGTGGCTATAACCTCTTATAATTGGTTGTTTGC-TGTGGGAAACATAA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAGGAAACATGA
* ** * * ** * *
125931 AATAAATACTATTCC-TTGA-CATGAAAAGACCATTTAAAGTTAATCATGAAATTGAAAGCTCTG
129 AGTGGATGCTA-TCCATTGACCA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTG
* * **
125994 TTACTCCCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATCA-
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT-AT
* ** * * * **
126058 TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGGTTGCA-TAGGAAAATGTGAAATAAATGC
256 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAAACGTGAAGTGGATGC
* * * * *
126122 TATTCATTG-CATAAAAAATACCATTTTAAGTTAATGATGCCA-TC
320 TATCCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * *
126166 AATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATTTATTCATTCATTTATAATCTTCTAAATGATTATAAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
** *** * * * * * * * *
126231 TCAAAATCTTTGGACTTTATGACCAAAAACTATTATAATTGGCTGTTTGCATTTGCAACCGTAAA
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
* * * *
126296 GTGGATGCTAT-CACTTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCTTACCATTGAAAGCTTTGAT
130 GTGGATGCTATCCA-TTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
** * * * * ** * *
126360 AGACACTTTGAATGATATATTAGTTCATTTATAGTCTTATAAACGATTATTCATTGAGATATTTA
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTTG
* * * * * * * * *
126425 AATTTTATGGTTAAAATCTATCCTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAAGGTGAAGTGGATGGTGTC
259 GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATC
* * ** * *
126490 CATTGATAAGAAAAAATTAATTTAAGTAAATCATGCCATTG
324 CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* * * * * * *
126531 AATGCATTGTTACTTACTTTGAAA-GATATATTTATTTATTTATAATCTTATAACTGATTCTAAA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * * *
126595 TTGAAATCTTTAGATTTTATGCTTAAAACCAATCATAGTTGGATGTTTGTATTGGGAAACGTGAG
65 TTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
** * ** *** * *
126660 GTGGATGCTATCGTTTGACCA-AAAAAAATATTTTAAGTTAATCATATGATCGAAAGATTTATTA
130 GTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTA
* * * * * * * ** * * **
126724 TTCGCTTTAAATGATATATTTATTCAATTAGAATTTTAAAAAAAATGATTGCATATCGAAACCTT
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTT---ATAAATGATTATAAATTGAAATATT
** * * * * * * *** *
126789 TCCACTTTATGGTAAAAATCAATTATAACTGGATGTTTACATT-GCAAAATAAGAAATGGATGCT
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAAACGTGAAGTGGATGCT
* * * * *
126853 ATTCATCG-CGAAGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCA-TC
321 ATCCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
* *
126896 AATAGCTTTGTTACT-ATCTTTAAATGATCA-ATTTATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATA
1 AA-AGCTTTGTTACTCA-CTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
** * * * * * * * * * ***
126959 AATCAAAATATTTGGACATTGTGGTCAAAGCCAATTATAGTTGGATGTTTGCATTGGGAAGTGTG
63 AATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATG
* * * * * ***
127024 AAATGGATGCTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATCG-AAGCTTCAA
128 AAGTGGATGCTATCCATTGACCAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * * * * * * * * ** *
127088 CACACGCTTTAAATGACATCTAAATTAATTTATAATCTTACAAAATGATTATTAATTGAGCTACT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAAATGATTATAAATTGAAATATT
* * * * * *
127153 TGGACTTTATAGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTTGGAAAACATGAAGTGGATGGT
257 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTAGAAAACGTGAAGTGGATGCT
* * * * * * *
127218 ATCCATTTACATGAAATGACTATTCTAGGTTAATCGTGCC-TGTG
321 ATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-TG
* * * ** * * *
127262 AAAGCTTTGTCACTTACTTTGAACAATATATTAATTCATTTATACTATTATAAATGATTAAAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * * *
127327 TGAAATCTTTGTACTTTGTGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATT-GGAAAACGTAAA
66 TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAA
** * **
127391 GTGGATGCTATTCC-TTGA-CATGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTAATTGAAAGCTTTAC
130 GTGGATGCTA-TCCATTGACCA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGT
* * **
127454 TATTCACTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATATTT
127519 GG
258 GG
127521 GTGTTATTCT
Statistics
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Consensus pattern (364 bp):
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CTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCA
TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTG
Found at i:120473 original size:546 final size:542
Alignment explanation
Indices: 118561--127519 Score: 5252
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118551 CTGGCATCAA
* * ** * * *
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** * * * * * **
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*** * * * ** * * ***
118691 TGGATGCTACACCTTTGAC-CAGAATTGACCATGTTAAGTTAATCTTAAAATCAAAAGCTTTGTT
130 TGGATGCT-TTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT
* * * * *
118755 ACTTACTTTAAATGATACATTAATTCATTTATAATGTTACAAATGATTATAAATCAAAATCATTG
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG
* * ** * * * *
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259 --CTTTAT-GATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTA-
*** * * * * *
118884 TCATTGGGTAG-AAAGACCATTTTGACTTAATCATGCCACCAATAGCTTTCTTACTCACTTTAAA
320 TCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAA
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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510 AGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * *
119107 AAAGCTTTGATGCAT-GCTTTAAA-GCATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAGATGATTATTA
1 AAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATG-ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
** * * ** * * * *
119170 ATTGAGATATTTCAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTAGAAAACGTG
64 ATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACATATCATAATTAGATGTTT-ACATTGGAAAACATG
* * * * * * * * **
119234 AAGTGGATGGTATCCATTGACA-AGAAAAGACTATTTTTATTTAATCGTGCCATTGAAAGCTTTG
127 AAGTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * **
119298 TCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTCATAATATTACAAATGATTATAAATTGAAATCTT
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTT
* * * * * ** * * *
119363 TAGACTTTATGGTTAAAACCTACCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAACATAAATTAGATGCTA
257 T-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTA
* * * * * ** ****
119428 TCCCTTGACCATAATAGACCATGTTAAGTTAATCATGCGTTTGTTAGCTTTGTTACTCACTTTAA
320 T-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAA
** * *** * * *
119493 ATGATGCATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAACCAAAATCATTTGACATCATGGT
384 ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGGT
* * * * * * * *
119558 TTAAACATACTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAACATG-AGTGGATTCTATTCATTGTA-TAG
449 TAAAACCTA-TATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG-ACAAG
* *
119621 AAAAGACCAT-TT---TAAATCATGCCATCT
512 AAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * *
119648 AGAGCTTTCTTACT--CTGTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATGAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * * ** * * * * *
119711 CAAAATCTTTGGACTTTATAATGAAAACACATTATAATGGGATGTTTGCGTT-CATAAGCGTGAA
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGA-AAACATGAA
* * * * * * *
119775 GTGGATG-TTATCATTTGAC--AAGAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATCAAAAGCTTTGA
129 GTGGATGCTTTTCA-TTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
** * * * ** *
119837 TACAT-GTTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCATATAAATCATTATTAA-CTAAGGTAT
193 TAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAAATCT
* * * * * * * * *
119900 TTAGATTTTATGGTTAACACATATCATAATTGGATGTTTGAATAAGAAAATGTGAAGTCGATGGT
256 TT-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCT
* * * * * * *
119965 ATGCATTCACAAGAATAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCAAAAGCTTTGTCACTCACTTTG
319 AT-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * *
120030 AATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTCTAAATTGAAATCATTGGACTTCATGG
383 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGG
* * * * * * * *
120095 TGAAAACCTATAGTAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGATGCAACACCCTTGACCA
448 TTAAAACCTATA-TAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGACAA
* * **
120160 GAATAGACCATGTTAACTTAATCATGAGATCG
511 GAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* ** * * *
120192 AAACCTTTGTTACTTGCTTCAAAGGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAAAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* ** * ** ** *
120257 CAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAACATATTGTAATTGGATCCTTACATTGGAAAATGTGAAGC
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAAGT
* * * *
120322 GGATGCTTTTCATT-ACATAAAAAAGACCATTTTTAGTTAATCAAGACATCAATAGCTTTGTTAC
131 GGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC
* * * *
120386 TGACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTAGAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTGTCTG
196 TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT-T-TG
* * *** * *
120451 CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTCTAAACGTGAAGTGGATGTTATCAA
259 CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATC-A
* * * * * * * ***
120516 TTGTCAAGAAAAGACAATTTTAAGTTGATAATACCATCAAAGGCTTTGATACTTGTTTTAAATGA
323 TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
* * * * * *
120581 TATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATTAACT-AAGGT-ATTTAGACTTTATGGTTA
388 TATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAA-ATCA-TTGGACTTTATGGTTA
** * * * * * * *
120644 AAATGTATCATAATTGAATGTTT-GATTTGAAAAACGTGAAGTCGATGGTATGCATTGACAAGAA
451 AAACCTAT-ATAATTGGATGTTTACATTAG-AAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * *
120708 AAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCATCG
514 AAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * * *
120737 AAAGCTTTGTCACTCATTTTGAATGATATATTCATTCATTTATAATTTTATAAATGAATCTAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
*** * * * * * * *
120802 TGGAATCTTTGTACTTAATAGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAG
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAAG
* * * * * ** * * * **
120867 TGGATGCTATCCCTTGAC-CAAAATAGGTCGTGTTACGTTAATCATGAGATCAAAAGCTTTGTTA
130 TGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTA
*** * * * * *
120931 CTTGTTTTAAATTATACAGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAACTCATTGG
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC-TTTG
* * * ** * * * * * * ** *
120996 ACTTTATGTTTAAAACATATTGTAATAAGATGCTTGCATTGGAAAACGTGAAATAAATACTATTC
259 -CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTA-TC
* * * * * * * * *
121061 ATT-ATATAAAAAAGGCCATTTTTAGTTAATCATGTCGTCAATAGGTTTCTTACTCACTTTAAAT
322 ATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * *
121125 GATAGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAGAATCTTTGGACTTTATGAT
386 GATA-TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGA-AATCATTGGACTTTATGGT
* * * * * * * *
121189 CAAAACCAATTGTAATTGGATGTTTACATTCAG-AAACGTGAAGTGGACGTTATCAATTGACAAC
449 TAAAACCTA-TATAATTGGATGTTTACATT-AGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * *
121253 AAAAGACCA-GTTTAAGTTAACCACGCCATCA
512 AAAAGACCATG-TTAAGTTAATCATGCCATCG
* *** * * * * * * *
121284 AAAGCCTCAATACACACTTTAAATGACATATAAACTC-TTTATATTCTCATAAATGATTATTAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAA
* * * * * * **
121348 TGAGCAA--TTTGGAGTTTATGGGTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGAAAATGTG
65 TCA-AAATCTTTGGACTTTAT-GGTTAAACATATCATAATTAGATGTTT-ACATTGGAAAACATG
* * * * * * *
121410 AAGTGGATGGTATGCATTGACA-AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTTCCATCAAAAGCTTTG
127 AAGTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
** * **
121474 ACACTCACTTTGAATGATATATTAATTCA-TT-T-A---T-T-AA-G-TT-TGGA-C----T-TT
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTT
* * * * * **
121522 ATGC----TG---AAAACCTAGCAGAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTAC
257 -TGCTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTA-
* * * * ** * ** **
121580 CCCCTTAACCAA-AATAGACCACGTTAACTTAATCATGATATCAAAAGCTTTGTTTTTCACTTTA
320 -TCATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* *
121644 AATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAACTCATTGGACTTTATG
383 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAA-TCATTGGACTTTATG
* * * * *** * *
121708 TTTAAAACATATTATAATTGGATGCTTGCATTAGAAAACATGAAACAGATGCTATTCATT-ATAT
447 GTTAAAACCTA-TATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA-
* *
121772 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTCATC-
510 AGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * * * *
121804 AGTAGCATTCTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAATTCACTATAAA
1 A-AAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * *
121869 CCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAACACCTATCGA-AATTAGATGTTTACATTGGCAAACATGA
65 TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA-ACATATC-ATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGA
* * * *
121933 AGTGGATG-TTATCAAT--CAGTAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATTCCATCTAAAGCTTT
128 AGTGGATGCTTTTCATTGACA-TAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * * * **
121995 GTCACTCACTTTGAATGATATGTTAATCCATTTATAATATTATAAATAATTCTAAATTGAAATCT
191 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * *
122060 TTGTACTTTATGGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA-GAC
256 TTG--CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATG--
* * ** * ** ** *
122124 CATACCCTTGACTAA-AATGGACCATGTTAAGTTAATCATGAGATTGAAAGCTTTGTTAATCACT
317 C-TATCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * *
122188 TTAAATGATGTATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATTCAAAATCATTAGACTTT
380 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-GAAATCATTGGACTTT
* * * * * ***
122252 ATGGTTAAAACATATTGTAACTT-GATGCTTGCATTGGAAAACATG-AGTGGATGCTATTTGTTG
444 ATGGTTAAAACCTA-TATAA-TTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG
* * * *
122315 -CATTGAAAAGACCATTTTAAGTTCATCATGTCATC-
507 ACA-AGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * *
122350 AATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAATGTATTCATTCATTTATAA-CTTTATAAATGATTATAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAA
* *** * * * * *** *
122414 ATCAAAATCTTTGGGCTTTATGACCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTTCCAAACGTGA
64 ATCAAAATCTTTGGACTTTATG-GTTAAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGA
* * * * *
122479 AGTGGATG-TTATCAATTGGCA-AAAAAGGACCATTTTAAGTTGATAATGCCAT-AGAAAGCTTT
128 AGTGGATGCTTTTC-ATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA-AAAGCTTT
* * * ** * *
122541 GATT-CACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAATGGAGATA
191 G-TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * ** *
122605 TTTGAACTCTAT-AGTTAAAACCTATCATGATTGGATGTTTAAATTAGAAAACAT-AATGTAGAT
255 TTTG--CTTTATGA-TCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAA-GTGGAT
* * *
122668 GGC-ATCTATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCAC
316 -GCTATC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCAC
* * * *
122732 TTCT-AATGATATATTAATCCATTTATAATATTATAAAT-ATTTTAAATTGAAATCTTTGGACTT
379 TT-TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTT
* * * * * ** *
122795 TATAGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATCAAAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCCTTG
443 TATGGTTAAAACCTAT-ATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG
* * * * *
122860 ACTAGAATAGACCATGTTAATTTAATCATGCAATCA
507 ACAAGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * *
122896 AAAGTTTTGTTGCTCACTTTAAATGATATATTAA-TCTGTTTATAATCTTACAAATGGTTATAAA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* ** * * *
122960 TCAAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATATTTGCATTGGAAAACATGAA
65 TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAA
* ** * *
123025 GCGGATGCTTTTCATTG-TGTAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTT
129 GTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT
* * * * * * * * *
123089 ACTTATTTTAAATGATGTATTCATTCAATTATAATCTTTTAATTGATTATAAATTAGAATCTTTG
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT-
* * *** * * * *
123154 GCATTTATAATC-ATACCTATTGGAATTAGATGTTTGCATTTGGAAACT-TGAAGCGGATGCTAT
258 GC-TTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTG-AATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTAT
* ** * * * * * * * *
123217 CAATTGTCAACCAAAGACCAGTTTAAGCTAACCACGACATCAAAAGCCTTGATACACACTTTAAA
321 C-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAA
* * * * * * * **
123282 TGACATATGAATTCGTTTATAATCTCATAAATGATTATTAATT--AAGCTATTTAGACTTTATCA
385 TGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATC-A-TTGGACTTTATGG
* * * * * * *
123345 CTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGGAAACATGAAATGGATGGTATCCATTGACAT
448 TTAAAACCTAT-ATAATTGGATGTTT-ACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
** ** *
123409 GAAAAGATTAT-TCTACA-TTAATTGTGCCTTCG
511 GAAAAGACCATGT-TA-AGTTAATCATGCCATCG
* * * * *
123441 AAAGCTTTGTCACTCACTTTGAGTGATATATTAATTCATTTTTAA-CTTTATATATGATTATAAA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAA
** *** * * * * *
123505 TTGAAATAC-TCACACTTTGTGGTTAAA-AGTTATCATAACTAGATGTTTGCATTGGGAAACATA
65 TCAAAAT-CTTTGGACTTTATGGTTAAACA--TATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATG
** * * * * * *
123568 AAGTTAATG-TTGTTCCTTGAC-CAGAAAAGACCTTTTTAAGTTAATCATGCAATTAAAAGCTTT
127 AAGTGGATGCTT-TTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
**** *
123631 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGTGATAT
191 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
** * *
123696 TTGGACTTTACAATTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAAAAAACT-TGAAGTGGATGG
256 TT-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAA-TGTGAAGTGGAT-G
* * * * * ** * *
123760 C-ATCCATTGACAGGAAATGACTATTTCAAGTTAATCATGCAATTGAAAGCTTTGTTACTTATTT
317 CTAT-CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * *
123824 TAATTGATATATTAATTCATTTATAATCTTATGAACGATTATAAATTTAAATCTTTGGACTCTAT
381 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTAT
* * * * * * *
123889 GGTTTAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAATC-TAAAGTAGATGCTATCCCTTGGA
446 GGTTAAAACCTA-TATAATTGGATGTTTACATTA-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT-GA
* ***
123953 -AA-ACAAAGACCGTGTTAAGTTAATCATATGATCG
508 CAAGA-AAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
*** * * *
123987 AAAGCTTTGTTACTTGTTTTAAATGATATATTAATCCACTTATAATCTTATAAATTATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
* * * *
124052 CAAAATCTTTGGACTTTATTGTTAAAGC-T-TGCTGTAATTAGCTGTTTAGATTGGAAAACATGA
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA-CATAT-C-ATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGA
* * * ** ** * * * *
124115 AATGGATCCTATTCATTG-GTTAGGAAAGGCCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTCT
128 AGTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
* *
124179 TACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT
* * * * * *
124244 GCGCTTTATGATCAAAACTTATTATAATTGGATGTTTGTATTTGCAAATGTGAAGTGGATGCTAT
258 --GCTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTAT
* * * * * ** * *
124309 CAATTGACATGAAAAGACCATTTGAAGTTGATAAAGCCATTGAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAA
321 C-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAA
* * * *
124373 ATGATATATTAATT-ATTTATAATATTACAAATGATTATTAATTGAGAT-ATTTGGACTTTATGG
384 ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCA-TTGGACTTTATGG
* *
124436 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTAGAAAACATGAAGTGGATGGTCTCCATTGACAA
448 TTAAAACCTAT-ATAATTGGATGTTT-ACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * *
124500 GAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCG
511 GAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * * *
124532 GAAGCTTTGTCACTCACATTGAATGATATATTAATTCAGTTACAATATTATAAATGATTATAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * *
124597 TGAAATCTTTGGATTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAA
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGA-AAACATG-A
* * * * * * * * ** ** *
124661 AGTGGAGGCTGTCCCTTGACCA-GAATAA-ACCATGTTAAGATAATCATGTGATTGAAAGCTCTG
128 AGTGGATGCTTTTCATTGA-CATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * *
124724 TTACTCCCTTTAAATGATATA-TAATTTCATTTATAATCTTCTAAATGATTGTAAGTCAAAATCA
192 TTACTCACTTTAAATGATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC-
* * * * ** * ** * * *
124788 TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATACTTGCATTAGAAACTGTGAAGTAGATGCT
255 TTTG-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCT
*** * * * * *
124853 ATTCATTGTGTAGAAAAGAGCACTTTAAGTTAATGATGCCATCAATAGCTTTCTTACTCACTTTA
319 A-TCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * ** * *
124918 AATGATTTATTCATTCATTTATAATCTT-TCAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATG
383 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATG
*** * * * * * * * *
124982 ACCAAAAACTATTATAATTGGCTATTCT-CATTCGTAAACGTAAAATGGATGCTAT-CAGTTGAC
447 GTTAAAACCTA-TATAATTGGATGTT-TACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCA-TTGAC
* * ** *
125045 AAGAAAATACCATTTTAAGTTAATCATATCATCA
509 AAGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * ***
125079 AAAACTTTGATACACACTTTGAATG--ATA-TAATTCATTTATAGTCTTATAAATGATTATTTGT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * * * * * *
125141 TGAGATATTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTATGA-ATTAG-AAACATGAA
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACATATCATAATTAGATGT-TTACATTGGAAAACATGAA
* * * * * * * * * * * *
125204 GTAGATGGTATGCATTGGCAT-GAAAAGACTATTCTAAGTAAATCGTGCCATCGAAAGCTTTGTC
129 GTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT
* * * * * **
125268 ACTCAATTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGACTCTAAATTGAAATCTTTG
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG
* ** * * ** *
125333 AACTTTATGGTTC--ATTCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAGCGTGAAATGGATGCTAT
259 --CTTTAT-GATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTAT
* * * * * *
125396 CCCTTGACCAA-AATAGACCATGTTT-AGCTAATCATGCGATCAAAAGTTTTGCTACTCACTTTA
321 -CATTGA-CAAGAAAAGACCAT-TTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
** * * * * ** **
125459 AATGATGCATCAATCCATTTATAACCTTATAAATGATTACAAATCAAAATCATTGGACTTTATAA
383 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGG
* * * ** * *
125524 TCAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTTACATTTGGGAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAA
448 TTAAAACCTA-TATAATTGGATG-TTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * ** * * *
125589 CAAAAGACTA-GTTTACGTTAACCACACTAGCA
511 GAAAAGACCATG-TTAAGTTAATCATGCCATCG
* * *** * * * * *
125621 AAATCCTCAATACACACTTTAAATGACATATGAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** ** * * * * * *
125686 TGAGCTATTTGGACTTTATGGCTAAAACCTATCATTATTAGATGTTTGA-ATTTGAAAACGTGAA
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGG-TTAAACATATCATAATTAGATGTTT-ACATTGGAAAACATGAA
* * * * * * * * * * * *
125750 ATGGATGGTATCCATTGACAT-GAAAAGACTATTCTAGGTTAATCGTGCCTTCGAAAGCTTTGTC
129 GTGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTT
* ** * * ** *
125814 ACTCACTTTGAACAACATATTAATTCATTTATAA-CATTACAAATGATTATAAATTGAAATCTGT
194 ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT
* * * * * * * * * * ** * * ** *
125878 GCACTTTGTG-GCTATAACCTCTTATAATTGGTTGTTTG-CTGTGGGAAACATAAAATAAATACT
258 G--CTTTATGATC-AAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAAT-TAGAAAATGTGAAGTGGATGCT
* * * ** ** * *
125941 ATTCCTTGACATGAAAAGACCATTTAAAGTTAATCATGAAATTGAAAGCTCTGTTACTCCCTTTA
319 A-TCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* **
126006 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATCATTGGACTTTATGG
383 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGG
* * * * ** * ** *
126071 TTAAAACATATTGTAATTGGATGGTTGCA-TAGGAAAATGTGAAATAAATGCTATTCATTG-CAT
448 TTAAAACCTA-TATAATTGGATGTTTACATTA-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA-
* * * *
126134 AAAAAATACCATTTTAAGTTAATGATGCCATC-
510 AGAAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * *
126166 AATAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGATTTATTCATTCATTTATAATCTTCTAAATGATTATAAA
1 AA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
*** * * * * * * * * * *
126231 TCAAAATCTTTGGACTTTATGACCAAAAACTATTATAATTGGCTGTTTGCATTTGCAACCGTAAA
65 TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACA-TATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAA
* * * * * ** *
126296 GTGGATGC-TATCACTTGAC-CAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCTTACCATTGAAAGCTTTGA
129 GTGGATGCTTTTCA-TTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
** * * * * ** ** * *
126359 TAGACACTTTGAATGATATATTAGTTCATTTATAGTCTTATAAACGATTATTCATTGAGATATTT
193 TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT
** * * * * * * * * *
126424 AAATTTTATGGTTAAAATCTATCCTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAAGGTGAAGTGGATGGTGT
258 --GCTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTAT
* * ** * * ** * * *
126489 CCATTGATAAGAAAAAATTAATTTAAGTAAATCATGCCATTGAATGCATTGTTACTTACTTTGAA
321 -CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AA
* * * * * * * *
126554 A-GATATATTTATTTATTTATAATCTTATAACTGATTCTAAATTGAAATCTTTAGATTTTATGCT
384 ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGGT
* * ** * * * * **
126618 TAAAACCAATCATAGTTGGATGTTTGTATTGGGAAACGTGAGGTGGATGCTATCGTTTGACCAA-
449 TAAAACCTAT-ATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAG
** * ***
126682 AAAA-AATATTTTAAGTTAATCATATGATCG
512 AAAAGACCATGTTAAGTTAATCATGCCATCG
* * * * * * * * * **
126712 AAAGATTTATTATTCGCTTTAAATGATATATTTATTCAATTAGAATTTTAAAAAAAATGATTGCA
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTT---ATAAATGATTATA
* * * ** * * * * * * *
126777 TATCGAAACCTTTCCACTTTATGG-TAAAAATCAATTATAACTGGATGTTTACATTGCAAAATAA
63 AATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACAT--ATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACAT
* * * * * * *
126841 GAAATGGATGCTATTCATCG-CGA-AGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTT
126 GAAGTGGATGCTTTTCATTGAC-ATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTT
* *
126904 TGTTACT-ATCTTTAAATGATCA-ATTTATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
190 TGTTACTCA-CTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * * * * * * * * *
126967 TATTTGGACATTGTGGTCAAAGCCAATTATAGTTGGATGTTTGCATTGGGAAGTGTGAAATGGAT
253 TCTTT-G-CTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGAT
* * * **** * *
127032 GCTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATC-GAAGCTTCAACACACGCT
316 GCTATC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * **
127096 TTAAATGACATCTAAATTAATTTATAATCTTACAAAATGATTATTAATTGAGCT-ACTTGGACTT
380 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAAATGATTATAAATTGAAATCA-TTGGACTT
* * * *
127160 TATAGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCAT
443 TATGGTTAAAACCTAT-ATAATTGGATGTTT-ACA-TTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * * * * * *
127224 TTACATGAAATGACTAT-TCTAGGTTAATCGTGCC-TGTG
505 TGACAAGAAAAGACCATGT-TAAGTTAATCATGCCAT-CG
* * * ** * * *
127262 AAAGCTTTGTCACTTACTTTGAACAATATATTAATTCATTTATACTATTATAAATGATTAAAAAT
1 AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
** * * * * * * * *
127327 TGAAATCTTTGTACTTTGTGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTGGAAAACGTAAAG
66 CAAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAAG
* * * ** ** **
127392 TGGATGCTATTCCTTGACAT-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTAATTGAAAGCTTTACTA
130 TGGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTA
* * *
127456 TTCACTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTG
195 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG
127520 GGTGTTATTC
Statistics
Matches: 6464, Mismatches: 1658, Indels: 582
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
519 2 0.00
520 9 0.00
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Consensus pattern (542 bp):
AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
CAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACATATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACATGAAGT
GGATGCTTTTCATTGACATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC
TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCT
TTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCATTG
ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCATTGGACTTTATGGTTAAAACC
TATATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCA
TGTTAAGTTAATCATGCCATCG
Found at i:121849 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 121513--127512 Score: 3661
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121503 TTTATTAAGT
* * ** * * * *
121513 TTGGACTTTATGCTGAAAACCTAGCAGAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAGTGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
** * * * ** * ** * **
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66 A-TTCATTGA-CATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
*
121641 TTAAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAACTCA
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* * * ***
121696 TTGGACTTTATGTTTAAAACATATTATAATTGGATGCTTGCATTAGAAAACATGAAACAGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * *
121761 ATTCATT-ATATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTCATCAGTAGCATTCTTACTCACTTT
66 ATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * * * * *
121825 AAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAATTCACTATAAACCAAAATCT
131 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * * * * *
121878 TTGGACTTTATGGTTAACACCTATCGA-AATTAGATGTTTACATTGGCAAACATGAAGTGGATGT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTAT-TATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * *
121942 TA-TCAAT--CAGTAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATTCCATCTA-AAGCTTTGTCACTCA
65 TATTCATTGACA-T-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AGAAGCTTTGTTACTCA
* * * * * * * *
122003 CTTTGAATGATATGTTAATCCATTTATAATATTATAAATAATTCTAAATTGAAATCT
127 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * * **
122060 TTGTACTTTATGGTGAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA-GAC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATG-C
* * * * * ** * *
122124 CATACCCTTGAC-TA-AAATGGACCATGTTAAGTTAATCATGAGAT-TGAAAGCTTTGTTAATCA
65 TAT-TCATTGACATAGAAA-AGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCA
* * *
122186 CTTTAAATGATGTATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAATTCAAAATCA
127 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * * *
122243 TTAGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAACTT-GATGCTTGCATTGGAAAACATG-AGTGGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAA-TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
** * * *
122306 TATTTGTTG-CATTGAAAAGACCATTTTAAGTTCATCATGTCATCA-ATAGCTTTGTTACTCACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCACT
* * * *
122369 TTAAATAATGTATTCATTCATTTATAA-CTTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* *** ** *** * *
122424 TTGGGCTTTATGACCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTTCCAAACGTGAAGTGGATGTT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * *
122489 A-TCAATTGGCA-A-AAAAGGACCATTTTAAGTTGATAATGCCAT-AGAAAGCTTTGATT-CACA
66 ATTC-ATTGACATAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTG-TTACTCA
* * * *
122549 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAATGGAGAT-A
127 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-CAAATCA
* * * * * ** *
122605 TTTGAACTCTATAGTTAAAACCTATCATGATTGGATGTTTAAATTAGAAAACAT-AATGTAGATG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAA-GTGGAT-
* *
122669 GC-A-TCTATTGACA-AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATC-GAAAGCTTTGTTACTC
63 GCTATTC-ATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTC
* * * * *
122730 ACTTCT-AATGATATATTAATCCATTTATAATATTATAAAT-ATTTTAAATTGAAATCT
126 ACTT-TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * **
122787 TTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATCAAAAAATGTGAAGTGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * * * * *
122852 ATCCCTTGAC-TAGAATAGACCATGTTAATTTAATCATGCAATCAAAAGTTTTGTTGCTCACTTT
66 ATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * *
122916 AAATGATATATTAA-TCTGTTTATAATCTTACAAATGGTTATAAATCAAAATCA
131 AAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * * *
122969 TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATATTTGCATTGGAAAACATGAAGCGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* ** * *
123034 TTTCATTG-TGTAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA-ATAGCTTTGTTACTTATTT
66 ATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * * *
123097 TAAATGATGTATTCATTCAATTATAATCTTTTAATTGATTATAAATTAGAATCT
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCA-AATCA
** * * ** * * * * *
123151 TTGG-CATTTAT-AATCATACCTATTGGAATTAGATGTTTGCATTTGGAAACTTGAAGCGGATGC
1 TTGGAC-TTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* ** * * * * * * * * *
123214 TA-TCAATTGTCA-ACCAAAGACCAGTTTAAGCTAACCACGACATCAAAAGCCTTGATACACACT
65 TATTC-ATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * *
123277 TTAAATGACATATGAATTCGTTTATAATCTCATAAATGATTATTAAT-TAAGCTA
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAATC-A
* *** * * * * * * *
123331 TTTAGACTTTATCACTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGAAATGGATGG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* ** * ** * *
123396 TATCCATTGACAT-GAAAAGATTATTCTACA-TTAATTGTGCCTTC-GAAAGCTTTGTCACTCAC
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCAC
* * * * *
123458 TTTGAGTGATATATTAATTCATTTTTAA-CTTTATATATGATTATAAATTGAAAT-A
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
*** * ** * * * * * * ** *
123513 CTCACACTTTGTGGTTAAAAGTTATCATAACTAGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTTAATGT
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * *
123578 TGTTCCTTGAC-CAGAAAAGACCTTTTTAAGTTAATCATGCAATTAAAAGCTTTGTTACTCACTT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACTT
***
123642 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGTGAT-A
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
*** * * * * *
123695 TTTGGACTTTACAATTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTAAAAAACTTGAAGTGGATGG
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* * * * * * * * *
123760 C-ATCCATTGACA-GGAAATGACTATTTCAAGTTAATCATGCAAT-TGAAAGCTTTGTTACTTAT
64 CTATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCAC
* * * * *
123822 TTTAATTGATATATTAATTCATTTATAATCTTATGAACGATTATAAATTTAAATCT
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * *
123878 TTGGACTCTATGGTTTAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAATC-TAAAGTAGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * *** **
123942 TATCCCTTGGA-A-A-ACAAAGACCGTGTTAAGTTAATCATATGATC-GAAAGCTTTGTTACTTG
65 TATTCATT-GACATAGA-AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCA
* * * * *
124003 TTTTAAATGATATATTAATCCACTTATAATCTTATAAATTATTATAAATCAAAATCT
127 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * ** * * * * * *
124060 TTGGACTTTATTGTTAAAGCTTGCTGTAATTAGCTGTTTAG-ATTGGAAAACATGAAATGGATCC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTT-GCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
** * * * *
124124 TATTCATTG-GTTAGGAAAGGCCATTTTAAGTTAATCATGCTATCA-ATAGCTTTCTTACTCACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCACT
* * *
124187 TTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * * * * **
124242 TTGCG-CTTTATGATCAAAACTTATTATAATTGGATGTTTGTATTTGCAAATGTGAAGTGGATGC
1 TTG-GACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * *
124306 TA-TCAATTGACAT-GAAAAGACCATTTGAAGTTGATAAAGCCAT-TGAAAGCTTTGATACAT-G
65 TATTC-ATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTAC-TCA
* * * * *
124367 CTTTAAATGATATATTAATT-ATTTATAATATTACAAATGATTATTAATTGAGAT-A
127 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAATCA
* * *
124422 TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACATGAAGTGGATGG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * *
124487 TCTCCATTGACA-AGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGGAAGCTTTGTCACTCACAT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * * *
124551 TGAATGATATATTAATTCAGTTACAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCT
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * *
124605 TTGGATTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAAGTGGAGG
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGA-AAACATG-AAGTGGATG
* * * * * * ** * * *
124669 CTGTCCCTTGAC-CAGAATAA-ACCATGTTAAGATAATCATGTGAT-TGAAAGCTCTGTTACTCC
64 CTATTCATTGACATAGAA-AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCA
* * *
124731 CTTTAAATGATATA-TAATTTCATTTATAATCTTCTAAATGATTGTAAGTCAAAATCA
127 CTTTAAATGATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * ** * *
124788 TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATACTTGCATTAG-AAACTGTGAAGTAGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAAC-ATGAAGTGGATGC
** * * * *
124852 TATTCATTG-TGTAGAAAAGAGCACTTTAAGTTAATGATGCCATCA-ATAGCTTTCTTACTCACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCACT
* * *
124915 TTAAATGATTTATTCATTCATTTATAATCTT-TCAAATGATTATAAATCAAAATCT
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AAATGATTATAAATC-AAATCA
* *** * * * * * * * *
124970 TTAGACTTTATGACCAAAAACTATTATAATTGGCTATTCT-CATTCGTAAACGTAAAATGGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT-TGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* ** * * * *
125034 TA-TCAGTTGACA-AGAAAATACCATTTTAAGTTAATCATATCATCAAAAACTTTGATACACACT
65 TATTCA-TTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
* * *** * *
125097 TTGAATG--ATA-TAATTCATTTATAGTCTTATAAATGATTATTTGTTGAGAT-A
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAATCA
* * * * * *
125148 TTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTATGAATTAG-AAACATGAAGTAGATGG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * * *
125212 TATGCATTGGCAT-GAAAAGACTATTCTAAGTAAATCGTGCCATC-GAAAGCTTTGTCACTCAAT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * *
125275 TTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGACTCTAAATTGAAATCT
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * ** * * * * * *
125330 TTGAACTTTATGGTT-CATTCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAGCGTGAAATGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * * * *
125394 ATCCCTTGACCA-A-AATAGACCATGTTT-AGCTAATCATGCGATCAAAAGTTTTGCTACTCACT
66 ATTCATTGA-CATAGAAAAGACCAT-TTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
** * * * *
125456 TTAAATGATGCATCAATCCATTTATAACCTTATAAATGATTACAAATCAAAATCA
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
** * * * * ** *
125511 TTGGACTTTATAATCAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTTACATTTGGGAACGTGAAGTGGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATG-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * ** * * * * * *** *
125576 TA-TCAATTGACA-ACAAAAGACTAGTTTACGTTAACCACACTAGCAAAATCCTCAATACACACT
65 TATTC-ATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * ** *
125639 TTAAATGACATATGAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATTAAT-TGAGCTA
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAATC-A
* * * * * * * * *
125693 TTTGGACTTTATGGCTAAAACCTATCATTATTAGATGTTTGAATTTGAAAACGTGAAATGGATGG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * *
125758 TATCCATTGACAT-GAAAAGACTATTCTAGGTTAATCGTGCCTTC-GAAAGCTTTGTCACTCACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCACT
* ** * * *
125821 TTGAACAACATATTAATTCATTTATAA-CATTACAAATGATTATAAATTGAAATC-
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC-TTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * * * * * * ** *
125875 TGTGCACTTTGTGGCTATAACCTCTTATAATTGGTTGTTTGC-TGTGGGAAACATAAAATAAATA
1 T-TGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAT-TAGAAAACATGAAGTGGATG
* * ** * * *
125939 CTATTCCTTGACAT-GAAAAGACCATTTAAAGTTAATCATGAAAT-TGAAAGCTCTGTTACTCCC
64 CTATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCAC
*
126002 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATCA
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * ** * **
126058 TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTGGATGGTTGCA-TAGGAAAATGTGAAATAAATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAAACATGAAGTGGATGC
* * * *
126122 TATTCATTG-CATAAAAAATACCATTTTAAGTTAATGATGCCATCA-ATAGCTTTCTTACTCACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCACT
* * * *
126185 TTAAATGATTTATTCATTCATTTATAATCTTCTAAATGATTATAAATCAAAATCT
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
*** * * * * * * *
126240 TTGGACTTTATGACCAAAAACTATTATAATTGGCTGTTTGCATTTGCAACCGTAAAGTGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * **
126305 A-TCACTTGAC-CAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCTTACCAT-TGAAAGCTTTGATAGACACT
66 ATTCA-TTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * * *
126367 TTGAATGATATATTAGTTCATTTATAGTCTTATAAACGATTATTCATTGAGAT-A
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAATCA
** * * ** * * ** *
126421 TTTAAATTTTATGGTTAAAATCTATCCTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAAGGTGAAGTGGATGG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * ** * * * * *
126486 TGTCCATTGATA-AGAAAAAATTAATTTAAGTAAATCATGCCAT-TGAATGCATTGTTACTTACT
65 TATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAA-GCTTTGTTACTCACT
* * * * * *
126549 TTGAAA-GATATATTTATTTATTTATAATCTTATAACTGATTCTAAATTGAAATCT
129 TT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * * * * * * *
126604 TTAGATTTTATGCTTAAAACCAATCATAGTTGGATGTTTGTATTGGGAAACGTGAGGTGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* ** *** * * * *
126669 A-TCGTTTGACCA-A-AAAA-AATATTTTAAGTTAATCATATGATC-GAAAGATTTATTATTCGC
66 ATTC-ATTGA-CATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCAC
* * * * * ** * * *
126729 TTTAAATGATATATTTATTCAATTAGAATTTTAAAAAAAATGATTGCATATCGAAACCT
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTT---ATAAATGATTATAAATC-AAATCA
** * * * * * * * *
126788 TTCCACTTTATGGTAAAAATCAATTATAACTGGATGTTTACATT-GCAAAATAAGAAATGGATGC
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAAACATGAAGTGGATGC
* * *
126852 TATTCATCG-CGA-AGAAAAGTCCATTTTAAGCTAATCATGCCATCA-ATAGCTTTGTTACT-AT
65 TATTCATTGAC-ATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGA-AGCTTTGTTACTCA-
* *
126913 CTTTAAATGATCA-ATTTATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-A
127 CTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCA
* * * * * * * * *** *
126969 TTTGGACATTGTGGTCAAAGCCAATTATAGTTGGATGTTTGCATTGGGAAGTGTGAAATGGATGC
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGC
* * **** * *
127034 TA-TCAATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAACCACGCCATC-GAAGCTTCAACACACGCT
65 TATTC-ATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * ** *
127096 TTAAATGACATCTAAATTAATTTATAATCTTACAAAATGATTATTAAT-TGAGCTA
129 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAAATGATTATAAATCAAATC-A
* * * * *
127151 CTTGGACTTTATAGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTTGGAAAACATGAAGTGGATG
1 -TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTAGAAAACATGAAGTGGATG
* * * * * * * * ** * *
127216 GTATCCATTTACAT-GAAATGACTATTCTAGGTTAATCGTGCC-TGTGAAAGCTTTGTCACTTAC
64 CTATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCAC
* ** * * * * *
127279 TTTGAACAATATATTAATTCATTTATACTATTATAAATGATTAAAAATTGAAATCT
128 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCA
* * * * * * *
127335 TTGTACTTTGTGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTGGAAAACGTAAAGTGGATGCT
1 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
* ** * ** *
127400 ATTCCTTGACAT-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTAAT-TGAAAGCTTTACTATTCACTT
66 ATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAG-AAGCTTTGTTACTCACTT
*
127463 TAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAA
130 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAA
127513 ATATTTGGGT
Statistics
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0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 63 0.01
179 65 0.01
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186 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (182 bp):
TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT
ATTCATTGACATAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAGAAGCTTTGTTACTCACTTT
AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAATCA
Found at i:127751 original size:234 final size:235
Alignment explanation
Indices: 127345--127789 Score: 542
Period size: 234 Copynumber: 1.9 Consensus size: 235
127335 TTGTACTTTG
* * *
127345 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTGGAAAACGTAAAGTGGATGCTATTCCTTGAC
1 TGGTTAAAACCTATCATAAATGGTTGTTTGAATTGGAAAACGTAAAGTGAATGCTATTCCTTGAC
* * ** * *
127410 ATGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTAATTGAAAGCTTTACTATTCACTTTAAATGATATAT
66 AAGAAAAGACCACTTTAAGGGAATCATGCAATTGAAAGCATTACTATTCACTTTAAATGATATAT
* * * *
127475 TATTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGGTGTTATTCTTAAAA-CAT
131 TAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGATGTTATGCTTAAAACCA-
**
127539 ATTGTAATTGGATGATTATTGAATGAGATAGTTAGACTCTA
195 ATCATAATTGGATGATTATTGAATGAGATAGTTAGACTCTA
* *
127580 TGGTTAAAACCTATCATAAATGG-TGTTTGAATTGGAAAAGGTGAAA-TGAATGGTA-TCCATTG
1 TGGTTAAAACCTATCATAAATGGTTGTTTGAATTGGAAAACGT-AAAGTGAATGCTATTCC-TTG
* ** * * **
127642 ACAAGAAAGGATTACTTTAAGGGAATCATGCCATTGAATGCATTGTTACTT-ACTTTGAAA-GAT
64 ACAAGAAAAGACCACTTTAAGGGAATCATGCAATTGAAAGCATTACTA-TTCACTTT-AAATGAT
* * ** *
127705 ATATTAATTAATTTATAATCTTATAACTGATTCTAAATTGAAATATTTGGATTTTATGCTTAAAA
127 ATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGATGTTATGCTTAAAA
127770 CCAATCATAATTGGATGATT
192 CCAATCATAATTGGATGATT
127790 GTATTGGAAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 29, Indels: 11
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
233 3 0.02
234 141 0.80
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (235 bp):
TGGTTAAAACCTATCATAAATGGTTGTTTGAATTGGAAAACGTAAAGTGAATGCTATTCCTTGAC
AAGAAAAGACCACTTTAAGGGAATCATGCAATTGAAAGCATTACTATTCACTTTAAATGATATAT
TAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGATGTTATGCTTAAAACCAA
TCATAATTGGATGATTATTGAATGAGATAGTTAGACTCTA
Found at i:129315 original size:183 final size:175
Alignment explanation
Indices: 128905--129578 Score: 468
Period size: 183 Copynumber: 3.8 Consensus size: 175
128895 GTTACATTTG
* * * * * *
128905 CATTGTGAAACAAGAAGTGAATGCTATTCA-TTG-CAAAGAAAAAACCATTTTAATCTAATGATG
1 CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAGT-TAATCATG
* * * * * *
128968 CCATC-AATAGCTTTATTACTCTCTTTAAAAGATGA-ATTAATTCATTAATAATCTTATAAATGA
63 CCATCGAA-AGCTTTGTCACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTAAAAATGA
** * * * * * *
129031 TTATAAATCAAAATATTTGGA-TGTTATGATCAAAACCAATTATAGTTGGATGTTTTG
126 TTATAAATTGAAATAGTTGCACT-TTATGGT--TAATC-A-TA-A-TTGGATG-TTTA
* * *** * * * * * *
129088 CCTTGGGAAGTGTGAATTGGATGCTATCAATTGATAAAAAAAGACCATTTTGAGTTAACCACGCC
1 CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTT-AGTTAATCATGCC
* * * * *
129153 ATCGAAAGCTTCGACACACACTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATCTTACAAAATGATTA
65 ATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-AAAATGATTA
* ** *
129218 TTAATTGAGGTAGTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA
129 TAAATTGAAATAGTTGCACTTTATGGTT---A---ATCATAATTGGATGTTT-A
* * * * *
129272 -ATTG-GAAAACATGAAGTGGATGGTATCTA-TTGACATGAAAAGACTATTCTAGGTTAATCGTG
1 CATTGAG-AAACATGAAGTGGATGCTATC-ACTTGACAAGAAAAGACCATTTTA-GTTAATCATG
** * * ** * *
129334 CTTTTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAACAATATATTAATTCATTTATAATGTTATAAATGATT
63 CCATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAAAAATGATT
** *
129399 ATAAATTGAAATCTTTGCACTTTGTGGTTAATCATAATTGGATGTTTA
128 ATAAATTGAAATAGTTGCACTTTATGGTTAATCATAATTGGATGTTTA
* * *
129447 CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAGAGATCATTTTAAGTTAATCATGCG
1 CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTT-AGTTAATCATGCC
* * ** *
129512 ATCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATATT-A-TCATTTATAATCTTATTAACGATTAT
65 ATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAAAAATGATTAT
129575 AAAT
130 AAAT
129579 CAAAATCTTT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 88, Indels: 51
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 27 0.07
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179 1 0.00
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185 3 0.01
186 2 0.01
187 1 0.00
188 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (175 bp):
CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAGTTAATCATGCCA
TCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAAAAATGATTATA
AATTGAAATAGTTGCACTTTATGGTTAATCATAATTGGATGTTTA
Found at i:129469 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 129253--129588 Score: 419
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
129243 GTTAAAACCT
* *
129253 ATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCTA-TTGACATGAAAAGA-C
1 ATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATC-ACTTGACAAGAAAAGATC
* * ** * *
129316 TATTCTAGGTTAATCGTGCTTTTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAACAATATATTAATTCATTT
65 -ATTCTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAACAATATATT-A-TCATTT
* * **
129381 ATAATGTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGCACTTTGTGGTTA
127 ATAATCTTATAAACGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTGTGGTTA
*
129429 ATCATAATTGGATGTTT-ACATT-GAGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAGAGAT
1 ATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGAT
* * * **
129492 CATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATATTATCATTTAT
64 CATTCTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAACAATATATTATCATTTAT
*
129557 AATCTTATTAACGATTATAAATCAAAATCTTT
129 AATCTTATAAACGATTATAAATCAAAATCTTT
129589 AGTCTTTATT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 19, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 35 0.26
175 5 0.04
176 96 0.70
177 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (174 bp):
ATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGATCA
TTCTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTAAACAATATATTATCATTTATAA
TCTTATAAACGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTGTGGTTA
Found at i:133156 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 133109--133153 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
133099 ACCTTCCTTC
133109 CTTTCTCTCTTTTCTTTCTTT
1 CTTTCTCTCTTTTCTTTCTTT
* *
133130 CTTTCCTCTCCTTTCTCT-TTT
1 CTTT-CTCTCTTTTCTTTCTTT
133151 CTT
1 CTT
133154 CTTGGTTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.48
22 11 0.52
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (21 bp):
CTTTCTCTCTTTTCTTTCTTT
Found at i:139302 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 139041--144011 Score: 954
Period size: 182 Copynumber: 27.2 Consensus size: 178
139031 ATTATGAAGG
* * * * * *
139041 AAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAATACCTTTGTTACTCTCTTTAAATGATGTATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAA-AACTTTGATAC-ATCTTT-AATGATATATTAATT
* * * * *
139106 GATTTATACTCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTCGGACTTTATGATCAAAACATGTTATA
63 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAACATATCATA
* * * *
139171 ATTGGATGTTTGCAATCA-CAAACGTTAAGTGGATGTTATCAATTGACAAAAA
127 ATTGGAAGTTTG-AATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * *
139223 AA-AGCCATTTTAAGTTGATAATGCCATCAAAGCTTTGATACATGCTTTAATTGATCTATTAATT
1 AAGA-CCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAAAACTTTGATACAT-CTTTAA-TGATATATTAATT
* * * * * *
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63 CATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAATTTCGGACTTTACGATCAAAACATATCATA
* * * * *
139352 ATTGTAAGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAA
127 ATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * **
139404 GAGACTATTTTAAGTTAATTGTGTCC-TCATAAACTTTGCACT-CA-CTTTGAATGATATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATG-CCATCA-AAACTTTG-A-TACATCTTT-AATGATATATTAA
* * * * * * * * * *
139466 TTCATTTATAATATTATACATGATTATAAAGTGAAATTTTTGGAATTTA-TAGTTAGAACCTATC
61 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAAATTTCGGACTTTACGA-TCAAAACATATC
* ** * * * * * ** *
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* * * * * * *
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1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAAAA-CTTTGATACAT--CTTT-AATGATATATTAAT
* * * * * * * **
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62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-T-TCGGACTTTACGATCAAAACATATCA
* ** ** ** * ** * *
139713 TAATTGGATGTTTTCATTGGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGCCAAGAA
125 TAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * * * ** * ** *
139767 AGGACCATTTTAACTTAATCATGCCATCAAAGCTTCAAAATGTACTTTAAATGATATATTAATTA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAAAACTTTGATACAT-CTTT-AATGATATATTAATTC
* * * * ** * * * * * *** *
139832 ATCTATAATCCTATACATGATTATTAATTGAGATGTTTGGA-TCTTATGGTTAGCGCCTATCATA
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* ** * * * ** ** *
139896 ATTGGATGTTTGAATTGGAAAA-TTAAAATGGATGGTATCTGTTGTTAAGAA
127 ATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * ** * * * *
139947 GAGACTATTTTAAGTTAAGCATCCCATCGAAAGCTTTGACAC-TCACTTTGAATGATATATAAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATC-AAAACTTTGATACAT--CTTT-AATGATATATTAAT
* ** * * * * * ** * * * *
140011 TCATTTATAGTAATGTAAATTATTGTTAATTAAAATTTTTTGACTTTATGGTTAAAACCTATCAT
62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA-TTTCGGACTTTACGATCAAAACATATCAT
* * * * * * * * *
140076 ATTTGGATA-TTTGTATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTC-CTTGACTAAGA
126 AATTGGA-AGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTA-TCAATTGACAAAAA
** ** *
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1 AAGACCATTTTAAGTT---AATAA--T--GCCATCAAAA-CTTTGATACAT--CTTT-AATGATA
* * * * *
140193 TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAAC
55 TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAAC
* ** * * ** * ** ** *
140258 AAATTGTAATTGGATA-TTTGCATTAGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGTGAAGACA
119 ATATCATAATTGGA-AGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAA-AAA
* * * * *
140319 AA-ACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCATTT-TTAC-TCACTTTAAATGA-AGCATTC
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAA-AAC-TTTGATACAT--CTTT-AATGATA-TATTA
* * * * * * * *
140380 ATTCAATTATAGTCTTATAAATGATTACAGATCAAAATCATT-AGACTTTATGGTCAAAACCTAT
60 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT--TTCGGACTTTACGATCAAAACATAT
* * * * * *
140444 TATAATTGTATGTTTGCATTC-GAAAACGTGAAGTGGAAGCTATCAATTGACAAAAA
123 CATAATTGGAAGTTTG-AATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * * * * *
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1 AAGACCA-TTTTAAGTTAATAATGCCA-TCAAAACTTTGATACA-TCTTT-AATGATATATTAAT
* * ** * ** * * * * *
140565 TAATATATAATAATATAAATGATTATTAATTGAAATATCTGGATTTTA-TAGTTAAAACCTATCA
62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATTTC-GGACTTTACGA-TCAAAACATATCA
* * * ** * * ** * **
140629 CAATTAGATGTTTGAATTTGTAAA-GCGAAGTGGATGGTATCCGTTGATAGGAA
125 TAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
** * ** * * *
140682 AAGATTATTTTATGTTAATTGTGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTGAAAGATATAATAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAAAA-CTTTGATACAT--CTTT-AATGATATATTAAT
* ** * * * * * *
140746 TCATTTATAATCTTATAAGTGATTATAAATTGAAATCTTTGTACTTTATGGTTAAAACCTATCAT
62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAACATATCAT
* ** * * * ** * *
140811 AATTAGACTTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAA
126 AATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
** * * * *
140864 AAGATAATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTATTC-GCTTTAAATGATATATTAAT
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* * * * * * * * * * * **
140928 TCATTTAGAATCTTATAAATGTTTATAACTCAAAATCTTTGCAATGTA-TATTTAACACCTATTT
62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGA-TCAAAACATATCA
** * ** * * * * * * *
140992 TAATTGGCTGTTTGCATTGGGAAGCATGAAGTTGATGCTATTGAATATG--AAGAA
125 TAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTA-TCAAT-TGACAAAAA
* * ** * * *
141046 AAGCCCATTTTAAGCTAACCATGCCATCAATAACTTTGTTACTTCTTTTAAATGATGA-ATTTAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAA-AACTTTGATACATC-TTT-AATGAT-ATATTAAT
* * * * ** *
141110 T-TTTTATAATCTTATAGATGATTATAAATAAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTA-CTA
62 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAACATATC-A
* * * ** * * * *
141173 TAGTTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGAA
125 TAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * * ** ** * * * *
141227 AGGATCATTTTAATTTAACCACACCATCTAAAGTCTTGATACACACTTTAAATGACATATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAAAACT-TTGATACA-TCTTT-AATGATATATTAATT
* * ** ** * * *
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* ** * * ** *
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125 TAATTGGA-AGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * *** * *
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1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATC-AAAACTTTGATACA-T--CTTT-AATGATATATTAA
* * ** * * * * * *
141469 TTCATTTATAATATTATAAAGGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTATATGGTTAACACCTATC
61 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTT-TACGATCAAAACATATC
* * * ** * ** * * *
141534 ATAATTGGATGTTTGTATTAGAAAATATGAGGTGGATACTATCCATTAACAAGAA
124 ATAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* * * * *
141589 AAGTCTATTTTAAGTTAATTATGCCATTGAAAGCTTTG-T-CACTCACTTTGAATGATATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCA-TCAAAACTTTGATACA-T--CTTT-AATGATATATTAA
* ** * ** * *
141652 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTGTGGTTAAAACCAT-TC
61 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAA-CATATC
* * ** ** * * * * *
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124 ATAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGT-ATCAATTGACAAAAA
* * ** * *
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1 AAGAC--CATTTTAAGTTAATAATGCCATC-AAAACTTTGATACAT--CTTT-AATGATATATTA
* * * * * * * *
141833 ATTCATTTGTAATCATATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGGCTC-AAACCTAT
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** * *** * * *
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123 CATAATTGGAA-GTTTGAATC-AGAAAACGTGAAGTGGATGGTA-TCAAT-TGACAAAAA
* * ** * * * * * * * *
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** * * * * *** * * * * **
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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** ** * * *
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123 CATAATTGGAAGTTTGAATCAGAAAACGTGAAGTGGATGGTATCAATTGACAAAAA
* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** **
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* * ** ** *
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* * ** ** *
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* * ** * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** ** * *
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* ** * * * * * * *
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* ** * ** * * * *
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* ** * * *
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* ** * ** * * * * *
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* * * ** * * * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 AAGACCATTTTAAGTTAATAATGCCATCAA-AACTTTGATACAT-CTTT-AATGATATATTAATT
* * * * * * * *
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63 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT-TTCGGACTTTACGATCAAAACATATCATA
* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** *
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144012 TTTACTCACT
Statistics
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* * * ** *
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130 AATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * *** * *
139767 AGGACCATTTTAACTTAATCATGCCATC-AAAGC-TTCAAAATGTACTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACT-CACTTTAAATGATATATTAAT
* * * * * * * ***
139830 TAATCTATAATCCTATACATGATTATTAATTGAGATGTTTGGA-TCTTATGGTTAGCGCCTATCA
65 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACT-TTATGGTTAAAACCTATCA
* * * * * * ** *
139894 TAATTGGATGTTTGAATTGGAAAA-TTAAAATGGATGGTATCTGTTGTTAAGAA
129 TAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * * * * ** * *
139947 GAGACTATTTTAAGTTAAGCATCCCATCGAAAGCTTTGACACTCACTTTGAATGATATATAAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
* ** * * * * * * *
140012 CATTTATAGTAATGTAAATTATTGTTAATTAAAATTTTTTGACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
66 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
* * * * *
140077 TTTGGATATTTGTATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCC-TTGACTAAGA
131 ATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGTC-AAAA
** * **
140129 AAGACCATGATAAGTTAACAATAATTTACGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
1 AAGACCATTTTAAGTT---AATCA--T--GCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
* *
140194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACA
59 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACC
* ** * ** *
140259 AATTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGTGAAGACA
124 TATCATAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-A-A
* * *
140319 AA-ACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCATTT-TTACTCACTTTAAATGA-AGCATTCA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTACTCACTTTAAATGATA-TATTAA
* * * * ** * * * *
140381 TTCAATTATAGTCTTATAAATGATTACAGATCAAAATCATTAGACTTTATGGTCAAAACCTATTA
64 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCA
* * * * * *
140446 TAATTGTATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGAAGCTATCAATTGACAAAAA
129 TAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTC-AAAA
* * * ** * * * *
140500 AAGACCATTTTTTAGTTAGTGATGCCATTGAAAGCTTTGATACACTCTTTAAATGATGTATTAAT
1 AAGACCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAAT
* * ** * * * * * *
140565 TAATATATAATAATATAAATGATTATTAATTGAAATATCTGGATTTTATAGTTAAAACCTATCAC
65 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCAT
* * * * * * *
140630 AATTAGATGTTTGAATTTGTAAAGC--GAAGTGGATGGTATCCGTTGAT-AGGAA
130 AATTGGAT-TTTGCATTAG-AAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG-TCA-AAA
** * ** *
140682 AAGATTATTTTATGTTAATTGTGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAAA-GATATAATAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAAT
* *
140746 TCATTTATAATCTTATAAGTGATTATAAATTGAAATCTTTGTACTTTATGGTTAAAACCTATCAT
65 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCAT
* * * * *
140811 AATTAGACTTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAA
130 AATTGGA-TTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTC-AAAA
** * * *
140864 AAGATAATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTATTCGCTTTAAATGATATATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
* * * ** * * * ** * **
140929 CATTTAGAATCTTATAAATGTTTATAACTCAAAATCTTTGCAATGTATATTTAACACCTATTTTA
66 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
* * * * * ** * * *
140994 ATTGGCTGTTTGCATTGGGAAGCATGAAGTTGATGCTATTGAATATGAAGAA
131 ATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * * * *
141046 AAGCCCATTTTAAGCTAACCATGCCATCAATAA-CTTTGTTACTTC-TTTTAAATGATGA-ATTT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGAT-ATATTA
* * ** ** *
141108 ATT-TTTTATAATCTTATAGATGATTATAAATAAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTA-C
63 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATC
* * * * * **
141171 TATAGTTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGAA
128 -ATAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * * * ** * * * *
141227 AGGATCATTTTAATTTAACCACACCATCTAAAG-TCTTGATACACACTTTAAATGACATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCT-TTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAAT
* * ** * * * * *
141291 TAATTTATGATCTTATAAACAATTAGT-AATTGAGAT-ATTGGACTTTATGGATAAAGCATATCA
65 TCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCA
* * ** * *
141354 TAATT-GATTGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGTGGATGGTAT-CATAGGT-AAGAA
129 TAATTGGA-T-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT-TGTCAA-AA
* * *** * * * *
141407 AAGACTATTTTAAGTTATTTGGGCCGTCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGAT-TATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
* * *
141471 CATTTATAATATTATAAAGGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTATATGGTTAACACCTATCAT
66 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTT-TATGGTTAAAACCTATCAT
* * * * **
141536 AATTGGATGTTTGTATTAGAAAATATGAGGTGGATACTATCCATTAACAAGAA
130 AATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * * ** * *
141589 AAGTCTATTTTAAGTTAATTATGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
* *
141654 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTGTGGTTAAAACC-ATTCAT
66 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTA-TCAT
* * * * *
141718 AATTGGATGTTTGCATTGGAAAATATAAAATGGATGCTAATAC-TTG--AAAA
130 AATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCT-ATCCATTGTCAAAA
* * ** * *
141768 GAAAACTTTATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATTA
1 -AAGAC--CATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTA
* * ** * * * * *
141833 ATTCATTTGTAATCATATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGGCTCAAACCTATT
63 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATC
* ** * * * * * *
141898 GTAATTCAACGTTTCCTTCTAG-AAACATGAAGCGGATGCTATTCAATATG-AAAAA
128 ATAATTGGA-TTTTGCAT-TAGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCAT-TGTCAAAA
* * * * * * * * * * *
141953 AAGACTATTTTAAATTAACCACGCCATCAATAGCTTCGTTACTCAATTTAAATAATGTAATCATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
** * * * * * ** **
142018 CATTTATAAAATTGTAACT-AGTTAAAAATTAAAATATTTTCACTTTATGGTCT-AAACCTATTG
66 CATTTATAATCTTATAAATGA-TTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAAACCTATCA
* * * * * * *
142081 TAATTGGATGTTTGTAGTGGGAAACATGAACT-GATGCTGTTCATTG-CAAAGA
129 TAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAAA-A
* ** * * * * *
142133 AACGACCATTTTAAGTCAGGCAAGCCATCAATAGATTTGTTACTCACTTTAAATAATGTATTAAT
1 AA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAAT
* ** ** * * * *
142198 TCATTTAAAAAGTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGAATTTATGATCAAAACCTAAT-A
65 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCT-ATCA
* * * *
142262 TAATTGGATGTTTGCATTTGAAAA-ATGAAGTGGATGTTATCAATTGACAAGAA
129 TAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* * *
142315 AAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAA-
* * * * ** * * ** **
142379 TTGA-TTATAATGTTATAAATAATCATTCATAT-AGATATTTCAACTTTATCATTAAAACCTATC
64 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-TGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATC
* * * * * * *
142442 ATAATTGGTTGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTATCAATTGACAAGAA
128 ATAATTGGAT-TTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAA-AA
* ** * ** * *
142497 AAGACTATTTTAAGTTAATTGTGCCATCCAAAGCTTCATTACTCACTTTGAATGATGTATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
142562 CATTTATA
66 CATTTATA
142570 TCACTTTGGA
Statistics
Matches: 2611, Mismatches: 628, Indels: 217
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 42 0.02
180 146 0.06
181 1037 0.40
182 1041 0.40
183 182 0.07
184 11 0.00
185 7 0.00
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187 1 0.00
188 3 0.00
189 133 0.05
190 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT
CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATA
ATTGGATTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGTCAAAA
Found at i:139822 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 139041--146363 Score: 4225
Period size: 363 Copynumber: 20.3 Consensus size: 362
139031 ATTATGAAGG
* * * ** * * *
139041 AAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAATACCTTTGTTACTCTCTTTAAATGATGTATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
* * * ** * * * * * *
139106 GATTTATACTCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTCGGACTTTATGATCAAAACATGTTATA
66 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAACCTATCATA
* *** * * * * * * *
139171 ATTGGATGTTTGCAATCACAAACGTTAAGTGGATGTTATCAATTG-ACAAAAAAAAGCCATTTTA
130 ATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTA-AGAAAAGA-CCATTTTA
* * * * * *
139235 AGTTGATAATGCCATC-AAAGCTTTGATACAT-GCTTTAATTGATCTATTAATTCATTTATAATC
193 AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * * *
139298 TTATAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGTAAGTT
257 TTATAAATGATTA-TAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT
* * ** * *
139362 TGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAA
321 TGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * ** * * *
139404 GAGACTATTTTAAGTTAATTGTGTCC-TCATAAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATG-CCATCA-AAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAA
* * * * * *
139466 TTCATTTATAATATTATACATGATTATAAAGTGAAATTTTTGGAATTTATAGTTAGAACCTATCC
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTA-AACCTATCA
* * * * *
139531 TAATTGGAT-ATTGACATTGGGAAACATGAAATGAATGCTATCCCTTGTTCAA-AAAAAACCATG
128 TAATTGGATGTTTG-CATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-T-AAGAAAAGACCATT
* * * *
139594 TTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCGTTGTTACTCACTTTAAATTATATATTTATTCATTTATAA
190 TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * * * * * *
139659 TCTTACAAATGATTATAAATGAAAATATATGGATTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATTGGATGT
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGT
* * ** *
139724 TTTCATTGGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGCCAAGAA
320 TTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * *
139767 AGGACCATTTTAACTTAATCATGCCATC-AAAGC-TTCAAAATGTACTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAAT-CACTTTAAATGATATATTAAT
* * ** * * * * **
139830 TAATCTATAATCCTATACATGATTATTAATTGAGATGTTTGGA-TCTTATGGTTAGCGCCTATCA
65 TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACT-TTATGGTTA-AACCTATCA
* * * ** * *
139894 TAATTGGATGTTTGAATT-GGAAA-ATTAAAATGGATGGTATCTGTTGTTAAGAAGAGACTATTT
128 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA-TGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTT
* * * ** * * *
139957 TAAGTTAAGCATCCCATCGAAAGCTTTGACACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAGT
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
** * * * * * * * * * *
140022 AATGTAAATTATTGTTAATTAAAATTTTTTGACTTTATGGTTAAAACCTATCATATTTGGATATT
256 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT
* *
140087 TGTATTAGG-AAACATGAAGTGGATGCTATTC-CTTGACTAAG-A
321 TGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCAATTGAC-AAGAA
** * ** ** *
140129 AAGACCATGATAAGTTAACAATAATTTACGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT
1 AAGACCATTTTAAGTT---AATCA--T--GCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATAT
* * *
140194 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACA
59 ATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACC
* ** * * * * * **
140259 AATTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGTGAAGACAAA-AC
123 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGT-AAGA-AAAGAC
* * * *
140323 CATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCATTT-TTACTCACTTTAAATGA-AGCATTCATTCAA
186 CATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTACTCACTTTAAATGATA-TATTAATTCAT
* * * * * *
140386 TTATAGTCTTATAAATGATTACAGATCAAAATCATTAGACTTTATGGTCAAAACCTATTATAATT
249 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATT
* * * * *
140451 GTATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGAAGCTATCAATTGACAAAAA
314 GGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * ** * * *
140500 AAGACCATTTTTTAGTTAGTGATGCCATTGAAAGCTTTGATACA-CTCTTTAAATGATGTATTAA
1 AAGACCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGA-AAATCACTTTAAATGATATATTAA
* * * * * * * *
140564 TTAATATATAATAATATAAATGATTATTAATTGAAATATCTGGATTTTATAGTTAAAACCTATCA
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTATCA
* * * * * * * * * **
140629 CAATTAGATGTTTGAATTTGTAAAGC--GAAGTGGATGGTATCCGTTGATAGGAAAAGATTATTT
128 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-CATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTT
* ** *
140692 TATGTTAATTGTGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAAA-GATATAATAATTCATTTATAA
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAA
* ** * * *
140756 TCTTATAAGTGATTATAAATTGAAATCTTTGTACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGACT-
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGA-TG
* * ** *
140820 TTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAA
319 TTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
** * ** * *
140864 AAGATAATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTATTCGCTTTAAATGATATATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
* * * * ** * * * ** **
140929 CATTTAGAATCTTATAAATGTTTATAACTCAAAATCTTTGCAATGTATATTTAACACCTATTTTA
66 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA-ACCTATCATA
* * * * ** *
140994 ATTGGCTGTTTGCATTGGGAAGCATGAAGTTGATGCTATTGAATATG-AAGAAAAGCCCATTTTA
130 ATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTA-TCCAT-TGTAAGAAAAGACCATTTTA
* * * * *
141058 AGCTAACCATGCCATCAATAA-CTTTGTTACTTC-TTTTAAATGATGA-ATTTATT-TTTTATAA
193 AGTTAATCATGCCATCAA-AAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAA
* * ** * * *
141119 TCTTATAGATGATTATAAATAAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTACTATAGTTGGATGT
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGT
* * *
141184 TTGCATTGGAAAACGTGAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGAA
320 TTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * ** * * *
141227 AGGATCATTTTAATTTAACCACACCATCTAAAG-TCTTGATACA-CACTTTAAATGACATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCT-TTGA-AAATCACTTTAAATGATATATTAA
* * * ** * * * *
141290 TTAATTTATGATCTTATAAACAATTAGT-AATTGAGAT-ATTGGACTTTATGGATAAAGCATATC
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTA-TAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA-CCTATC
* * ** * * * *
141353 ATAATT-GATTGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGTGGATGGTAT-CATAGGTAAGAAAAGACTATT
127 ATAATTGGA-TGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCAT-TGTAAGAAAAGACCATT
* *** * * * *
141416 TTAAGTTATTTGGGCCGTCGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGAT-TATTAATTCATTTATAA
190 TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * ** * *
141480 TATTATAAAGGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTATATGGTTAACACCTATCATAATTGGATG
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTT-TATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATG
* * * * * * *
141545 TTTGTATTAGAAAATATGAGGTGGATACTATCCATTAACAAGAA
319 TTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * ** ** * *
141589 AAGTCTATTTTAAGTTAATTATGCCATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
*
141654 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTGTGGTTAAAACC-ATTCAT
66 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTA-TCAT
* * * * * ****
141718 AATTGGATGTTTGCATTGGAAAATATAAAATGGATGCTAATAC-TTGAAAAGAAAACTTTATTTT
129 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCT-ATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTTT
** * * *
141782 AAGTTAATCATGTGATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTGTAATC
192 AAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * * * ** *
141847 ATATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGGCTCAAACCTATTGTAATTCAACGTTT
257 TTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTT
* ** *
141912 -CCTTCTAGAAACATGAAGCGGATGCTATTCAATATGA-AA-AA
322 GCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTA-TCAAT-TGACAAGAA
* * * * * * ** * * * * * *
141953 AAGACTATTTTAAATTAACCACGCCATCAATAGCTTCGTTACTCAATTTAAATAATGTAATCATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
* * * * * * ** **
142018 CATTTATAAAATTGTAACT-AGTTAAAAATTAAAATATTTTCACTTTATGGTCTAAACCTATTGT
66 CATTTATAATATTATAAATGA-TTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGT-TAAACCTATCAT
* * * * * * *
142082 AATTGGATGTTTGTAGTGGGAAACATGAACT-GATGCTGTTCATTGCAAAGAAACGACCATTTTA
129 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTTTA
* ** * * * * * * **
142146 AGTCAGGCAAGCCATCAATAGATTTGTTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATTTAAAAAGT
193 AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCT
* * * * *
142211 TATAAATGATTATAAATCAAAATATTTGGAATTTATGATCAAAACCTAATATAATTGGATGTTTG
258 TATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG
* *
142276 CATTTGAAAA-ATGAAGTGGATGTTATCAATTGACAAGAA
323 CATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * *
142315 AAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGA-AAATCACTTTAAATGATATATTAA-
* * * * ** * * ** **
142379 TTGA-TTATAATGTTATAAATAATCATTCATAT-AGATATTTCAACTTTATCATTAAAACCTATC
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAAT-TGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTATC
* * * * * * *
142442 ATAATTGGTTGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTT
127 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTT
** * ** * *
142507 TAAGTTAATTGTGCCATCCAAAGCTTCATTACTCACTTTGAATGATGTATTAATTCATTTATATC
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA--
* * * **
142572 ACTTTGGACAGTATATTAATGATATATTAATTTATAAATGATTATGAATTGATATATTTGGACCC
254 A---T---C------TT-AT-A-A-A-TGA-TTAT--A--A--ATCAA---A-ATCTTTGGACTT
* * * * * * **
142637 TATGGTTAAAACCTATCATGATTGGATGTTTGGAATGGAAATA-ATGAATTAGATGCTATCTCTT
291 TATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAA-ACATGAAGTGGATGCTATCAATT
*
142701 GACATGAA
355 GACAAGAA
* ** *** * * * *
142709 AAGACCATTTGAAGTTAATCATGAGATCGAAAA-CTTTCTTACTCGCCTTATATGATATATT-AT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAAT
* * * ** * ** *
142772 CCATTTATAATCTTATAAGTGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATTATTAAAAC-ATACTA
65 TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACCTAT-C-A
* * * ** * *
142836 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-AGAGAAACGGATGCTATTCATTACAAAGGAAAGACCTTTT
128 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA-TGAAATGGATGCTATCCATT-GTAAGAAAAGACCATTT
* ** * * *
142900 TAAGCTAATCATGCTGTCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATACATTTATAAT
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * *
142965 CTTAAAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACCTTATGATCAAAACCTACTATAATTGGATGTT
256 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT
143030 T-CTATTCGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
321 TGC-ATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * ** * * *
143072 AAAACTATTTTAAGTTAATCACACCATCAAAAGC-TTCAATACAT-GCTTTAAATGATCTATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAA-A-ATCACTTTAAATGATATATTAA
* * ** * * * * *
143135 ATGATGCA-CA-CTT-TAAATGATTATTAATTGATGAA--TTTGGACTTTAAGGTT-AACATATC
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGA--AATCTTTGGACTTTATGGTTAAACCTATC
* * * ** * * **
143194 ATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACGTGAAATTTATGGTGTCCATTAACAAGAAAAGACCA-TT
127 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATT-GTAAGAAAAGACCATTT
* ** * * * **
143258 TAAGATAATTGTGCTATCAAAAGCTTTGTTGCTCACTTTGAAAT-ATATATTAATTTATCAATAA
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAA
* ** * * * * * *
143322 TCTTATAAATGATTATAGATTGAAATCTTTGGGCTTTATAGTTAAAACTTATCATATTTAGATGT
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGT
* * ** * * ** *
143387 TTACATTGGGAAATGTGAACTGGATGTTATCCCTTGACAAGAT
320 TTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * * ** ** ** * *
143430 ATGACCATTTTAAATTGATCATGCAATC-GAAGACACTGTTACCCACTTTAAATCATATATTAAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAG-CTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAAT
** * * *
143494 TCATTTATAATCA-TATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCA-TATTATTGTTTAAACTTAAT
65 TCATTTATAAT-ATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACT-TTA-TGGTTAAACCT-AT
* * ** * * * * *
143557 -GTAATTGCATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGTTATTCATTGAATAGAAAAGACCTTT
126 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTA-AGAAAAGACCATT
* ** * * * *
143621 TTAAGCTAATCACACCATCAATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAA
190 TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * * * * *
143686 TCTAATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGGCTTTATGATGAAAACCTATTATAATTGGATGC
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGT
143751 TTGCATATGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-A
320 TTGCAT-TGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * *
143793 AATACCATTTTAAGTTGATAATGCCATCAAAA-CTTTTGATACA-CACTTTAAATGATATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGA-AAATCACTTTAAATGATATATTAA
* * * * ** * * *
143856 TTCATATATAATCTTATAAATGATTTTTAATTGGGATATTTAGACTTAATGGTTAAAGCCTATCA
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAA-CCTATCA
* * * * * * *
143921 AAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTG-ACCAGAAAAGACTATTT
128 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTA--AGAAAAGACCATTT
* * *
143985 TAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTTTTACTCAC-TT---TG-------AA--CA---AT-A-
191 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * ** * *
144032 --TATTAATG--CAT---T-GAAATCTATGGACTTTATGGTTAACGCCTATCATAATTGGATATT
256 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT
* * * * * ** *
144089 TGTATTGGGAAACGTGAAGTGAATGCTAACCTTTGACAAGAG
321 TGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
** ** * ** * ** * * *
144131 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGCTACTTGCTTCAAATGATATATAAATC
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
* * ** * ** *
144196 CATTTATAATCTTATAAAGGATTATAAATCAAAATTTTTTCACTTTATGGTTAAAACCTATTATA
66 CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTATCATA
* * * * * * * * * *
144261 ATTGGATGTTTGCATTAAGG-AATATGAAGTGGCTGTTGTTCTTTGTCAAGAATAGATCATTTTA
130 ATTGGATGTTTGCATT-GGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGT-AAGAAAAGACCATTTTA
* * * * * * *
144325 AGTTAATCATACTATGAATAA-CTTT-TTGCTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATTTATAATG
193 AGTTAATCATGCCATCAA-AAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * *** * * * *
144388 TTGTAAATGATTATAAATCAACATCTTTGGACTGCCTGATCAAAACCTATAATAATTGGATCTTT
257 TTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTT
** * *
144453 GCA-TCCAAAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGAA
322 GCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * * *
144493 AAGATCATTTTAATTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG-AAAATCACTTTAAATGATATATTAAT
* * * * * *
144557 CCATCTATAATGTTATAAATGA--AT--A-T-AGAT-TTTAGACTTTATGGTTAAAACTTATCAT
65 TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTATCAT
* * * * * * * * * *
144615 AATTGGTTGTTTGAATTGGTAAATATGAAGTGGATGGTATCTATTGACAAGAAAACACTATTTTA
129 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTTTA
* * * * *
144680 AATTAATCGTGCCATCAAAAGCTTCGTTACTAACTTTGAATG----A-T-A-T-A--T-TAAT-T
193 AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCT
* * * * * *
144733 TATAAATGATTGTAAAT-AGAAATATTTAGACTTTATGGTTAAAGCCTATCATAACTGGATG-TT
258 TATAAATGATTATAAATCA-AAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTT
* * ** **
144796 GGATT-AATAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTTGAA
322 GCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
** * ** * *
144837 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTCAATG--AT-TT-ATT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
* * ** ** * **
144898 CCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTACACTTTATAGTTTAAACCTATTGT
66 -CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTAT-GGTTAAACCTATCAT
* * *
144963 AATTGGATGTTTGTATTAGGAAAC-----------G---T-CATTGTGAGGAAAAGACCATTTTA
129 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGT-AAGAAAAGACCATTTTA
* * * ** *
145013 AGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTTGTTACTTACTTTAAATGATGCATTAATACATTTATAATC
193 AGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
** * * * *
145078 TTATAAATGATTATAAATTC-AAGCCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAACTAGATGTT
257 TTATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTT
* * *
145142 TGCATTCGG-AAACAAGAAGTGGATGCTATGAATTAACAAGAA
321 TGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * ** *
145184 AAGATCATTTTAAGTTAATCATACCATCAATAGC-TTGAAGCAT-GTTTTAAATGACATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAA-AATCACTTTAAATGATATATTAAT
* ** * ** * * * * * *
145247 TAATTTATAATCCTATAAATGATCATTGATTGAGATATTTGGACATTATGATTAGAACTTATCGT
65 TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTA-AACCTATCAT
* * * * *
145312 AATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGA-CATTTTA
129 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGAAAAGACCATTTTA
* ** * * * * ** * *
145376 AGCTAATTGTGCTATCAAAATCTTTGTTAATCACTTTGAACCATATATTAACTCATTAATAATCT
193 AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCT
** * * * *
145441 TATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAGAACCTATCATAATTAGATGCTTG
258 TATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG
* * * * * * **
145506 CATTGGGAAACGTCATGTGAATGTTATCCCTTGACAAGAA
323 CATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * * * ** * ** * *
145546 AAGATCATTTTATGTTAAACACGTGAC-T-GAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTTA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCA--TGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAA
* * * * * *
145609 TTCA-TTAGTAATCTTACAAAT-ATCTA-AAAATCAAAT-GTT-CACTTTATGGTTAAAACCTAT
64 TTCATTTA-TAATATTATAAATGAT-TATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTT-AAACCTAT
** ** * * *
145669 TGTAATTGG-TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAAGATCATT
126 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGT-AAGAAAAGACCATT
* * * * ** ** *
145733 TTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACCCACTATGCATGATGCATTCATTCATTTATAA
190 TTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
*** *
145798 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGACCAAAACCTATTATAATTGGATTT
255 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGA-TG
* * * * **
145863 TTTTCCTTTGCAATTATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
319 TTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * * * * * * *
145907 AATACCATTTTATGTTGATAATGCCATCGAAAGCATTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAAT
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGA-AAATCACTTTAAATGATATATTAAT
* * * * * * *
145971 TCATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGA-TATTAAGGTTAAAACCTATCA
65 TCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACT-TTATGGTT-AAACCTATCA
* * * ** * * * * *
146035 TAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGGTA-CCTATTGACAAGAAAA-TCTATTT
128 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCC-ATTG-TAAGAAAAGACCATTT
*** * * * * ** * * *
146098 TAAGTTAAT--TGCACCATGGGAAGTTTTATCACTCACTTTCAACAATAGAATAGTTCATTTATA
191 TAAGTTAATCATG--CCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
** * * ** * * * * * * *
146161 ATAATATAAACGATTACAAATTGAAATCCTTGAATTTTAAGATTAAAACCTATTAGAGTTGGATG
254 ATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATG
* * ** *
146226 TTTGCATTGAAAAACATGAAGCGGATGCTATCTCTTGACCAGAA
319 TTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
* * ** * * **
146270 AAGAACATTTTATGTTAATCATGTGATCGAAAGCTTTGTTACCTGC-C-TTAAATGATATATTAA
1 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG-AAAAT-CACTTTAAATGATATATTAA
*
146333 TTCATTTATAATATTACAAATGATTATAAAT
64 TTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAAT
146364 CAAAATCACT
Statistics
Matches: 5272, Mismatches: 1388, Indels: 600
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 36 0.01
334 18 0.00
336 3 0.00
337 73 0.01
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340 4 0.00
341 24 0.00
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343 15 0.00
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345 9 0.00
346 61 0.01
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350 8 0.00
351 1 0.00
352 2 0.00
353 2 0.00
354 4 0.00
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357 11 0.00
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360 156 0.03
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367 6 0.00
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370 94 0.02
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373 4 0.00
374 2 0.00
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376 1 0.00
377 3 0.00
378 3 0.00
379 3 0.00
380 1 0.00
381 1 0.00
382 2 0.00
383 4 0.00
385 2 0.00
387 1 0.00
388 1 0.00
389 4 0.00
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392 9 0.00
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394 67 0.01
395 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (362 bp):
AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGAAAATCACTTTAAATGATATATTAATT
CATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAACCTATCATAA
TTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTAAGAAAAGACCATTTTAAGT
TAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT
AAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCAT
TGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
Found at i:140084 original size:544 final size:540
Alignment explanation
Indices: 139044--145760 Score: 1919
Period size: 544 Copynumber: 12.4 Consensus size: 540
139034 ATGAAGGAAG
* * * * * * * *
139044 ACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAATACCTTTGTTACTCTCTTTAAATGATGTATTAATTGAT
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT
* * * * * *
139109 TTATACTCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTCGGACTTTATGATCAAAACATGTTATAATT
66 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTT-GGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATT
* * ** * * ** *
139174 GGATGTTTGCAATCACAAACGTTAAGTGGATGTTATCAATTGACAAAAAAAAGCCATTTTAAGTT
130 GGATGTTTGCATTGA-AAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAAA-CCATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
139239 GATAATGCCATCAAAGCTTTGATACATGCTTTAATTGATCTATTAATTCATTTATAATCTTATAA
193 AATCATGCCATCAAAGCTTTCATAAATGCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTATAA
*
139304 ATAATTATTAATTGAAAATTTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGTAAGTTTGAATTA
258 ATAATTATTAATTGAAAATTTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGAATTA
* * **
139369 GAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATTGTGTCCTCAT
323 GAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAA-TGCATCCTCAT
* * * *
139434 AAACTTTGCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATACATGATTATAAAGTG
387 AAACTTTGCACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGATTATAAAGTA
* * *
139499 AAATTTTTGGAATTTATAGTTAGAACCTATCCTAATTGGATA-TTGACATTGGGAAACATGAAAT
452 AAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTG-CATTAGGAAACATGAAAT
*
139563 GAATGCTATCCCTTG-TTCAAAAAAA
516 GAATGCTATCCCTTGACT-AAAAAAA
* * *
139588 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCGTTGTTACTCACTTTAAATTATATATTTATTCAT
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT
* * * *
139653 TTATAATCTTACAAATGATTATAAATGAAAATATATGGATTTTATGGTTAAAACTTATTGTAATT
66 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCT-TGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATT
* * * *
139718 GGATGTTTTCATTGGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGCCAAGAAAGGACCATTTTAACTT
130 GGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAA-AACCATTTTAAGTT
139783 AATCATGCCATCAAAGC-TTCA-AAATGTACTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTAT
193 AATCATGCCATCAAAGCTTTCATAAATG--CTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTAT
* * * * * *** *
139846 ACATGATTATTAATTG-AGATGTTTGGA-TCTTATGGTTAGCGCCTATCATAATTGGATGTTTGA
256 AAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACT-TTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGA
* ** **
139909 ATTGGAAAAT-TAAAATGGATGGTATCTGTTGTTAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAA-GCATCC-
319 ATTAGAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCATCCT
* * * *
139971 CATCGAAAGCTTTGACACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAGTAATGTAAATTATTG
384 CAT--AAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGATTA
* * * * * * *
140036 TTAATTAAAATTTTTTGACTTTATGGTTAAAACCTATCATATTTGGATATTTGTATTAGGAAACA
445 TAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACA
* * * * *
140101 TGAAGTGGATGCTATTCCTTGACTAAGAAAG
510 TGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAAAAAAA
* * **
140132 ACCATGATAAGTTAACAATAATTTACGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATT
1 ACCATGTTAAGTT---AATCA--T--GCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATT
*
140197 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCG-AAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACAAA
59 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-GAAAATC-TTGGACTTTATGGTTAAAACATA
* **
140261 TTGTAATTGGATATTTGCATTAGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGTGAAGACAAAACCAT
122 TTGTAATTGGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGA-AAAACCAT
* * * * *
140326 TTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCATTT--TTACTCACTTTAAATGA-AGCATTCATTCAAT-
185 TTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AGC-TTTCATAAAT-GCTTTAAATGATA-TATTAATT-AATC
* * * * * * * * * * *
140387 TATAGTCTTATAAATGATTA-CAGA-TCAAAATCATTAGACTTTATGGTCAAAACCTATTATAAT
245 TATAATCCTATAAATAATTATTA-ATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAAT
* * * * * * * * * * * * * *
140450 TGTATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGAAGCTATCAATTGACAAAAAAAGACCATTTTTTAG
308 TGGAAGTTTGAATTAGAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTA-TTTTAAG
* * * * * * * * * *
140515 TTAGTG-ATGC-CATTGAAAGCTTTGATACACTCTTTAAATGATGTATTAATTAATATATAATAA
372 TTAATGCATCCTCA-T-AAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAA
* * * * * * * * *
140578 TATAAATGATTATTAATTGAAATATCTGGATTTTATAGTTAAAACCTATCACAATTAGATGTTTG
433 TATAAATGATTATAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTG
* * * * * * * * *
140643 AATTTGTAAAGC--GAAGTGGATGGTATCCGTTGA-TAGGAAAAG
498 CATTAGGAAA-CATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTA-AAAAAA
** * * ** * *
140685 ATTATTTTATGTTAATTGTGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAAA-GATATAATAATTCA
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCA
* * * **
140749 TTTATAATCTTATAAGTGATTATAAATTG-AAATCTTTGTACTTTATGGTTAAAACCTATCATAA
65 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TGAAAATC-TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAA
* ** *** * **
140813 TTAGACT-TTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGATAATTTTAA
128 TTGGA-TGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTAA
* * * * * * * *
140877 GTTAATCATGCAATCAAAAGCTTT-GTTATTCGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTAGAATCT
190 GTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTCATAAAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCC
** * * * * * * * ** **
140941 TATAAATGTTTA-TAACTCAAAATCTTTGCAATGTA-TATTTAACACCTATTTTAATTGGCTGTT
253 TATAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGA-TTAAAACCTATCATAATTGGAAGTT
* * * * * * ** * * * *
141004 TGCATTGGGAAGCATG--AAGTTGATGCTATTGAATATG--AAGAAAAGCCCATTTTAAGCTAA-
316 TGAATT-AGAA-AATGTAAAATGGATGGTA-TCCAT-TGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAAT
* * * * ** * **
141064 CCATGCCATCA-ATAACTTTGTTACTTC-TTTTAAATGATGA-ATTTATT-TTTTATAATCTTAT
377 GCAT-CC-TCATA-AACTTTG-CAC-TCACTTTGAATGAT-ATATAAATTCATTTATAATAATAT
* * * * * * *
141125 AGATGATTATAAA-TAAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACCTA-CTATAGTTGGATGTTTGC
436 AAATGATTATAAAGT-AAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATATTTGC
* * ** * **
141188 ATT-GGAAAACGTGAAGTGAATGCTATCAATTAAC-AAGAAAGG
499 ATTAGG-AAACATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAA-AAAAA
* * * * ** * * * * * *
141230 ATCATTTTAATTTAACCACACCATCTAAAG-TCTTGATACACACTTTAAATGACATATTAATTAA
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCT-TTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCA
* ** * * * * * **
141294 TTTATGATCTTATAAACAATTAGTAATTG-AGATATTGGACTTTATGGATAAAGCATATCATAAT
65 TTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATGAAAATCTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAAT
* * * * * ** *
141358 T-GATTGTTTGAATTGGAAAATGTGAAGTGGATGGTA-TCATAGGTAAGAAAAGACTATTTTAAG
129 TGGA-TGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTAAG
* *** * * * * * * * * **
141421 TTATTTGGGCCGTCGAAAGCTTT-GTCACTCACTTTGAATGAT-TATTAATTCATTTATAATATT
191 TTAATCATGCCATC-AAAGCTTTCATAAAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCT
** * * * * *
141484 ATAAAGGATTATAAATTG-AAATCTTTGGACTTATATGGTTAACACCTATCATAATTGGATGTTT
254 ATAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTT-TACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTT
* * * ** ** * * * * *
141548 GTATTAGAAAATATGAGGTGGATACTATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTTAAGTTAAT-TATG
317 GAATTAGAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCATC
* *
141612 C-CATTGAAAGCTTTGTCACTCACTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGAT
382 CTCA-T-AAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGAT
* * * * * * *
141676 TATAAATTGAAATCTTTGGACTTTGTGGTTAAAACC-ATTCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAA
443 TATAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTA-TCATAATTGGATATTTGCATTAGG-A
* * * * *
141739 AATATAAAATGGATGCTAAT-ACTTGA--AAAGAAA
506 AACATGAAATGAATGCT-ATCCCTTGACTAAAAAAA
* * ** * *
141772 ACTTTATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATTAATTC
1 AC--CATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTC
* * * * * * * *
141837 ATTTGTAATCATATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGGCTCAAACCTATTGTAA
64 ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATC-TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAA
** * * * * * * *
141902 TTCAACGTTT-CCTTCTAGAAACATGAAGCGGATGCTATTCAATATGA-AA-AAAAGACTATTTT
128 TTGGATGTTTGCATT-GA-AAATATGAAGTGGATGCTATT-TAT-TGACAAGAAAA-ACCATTTT
* * * * * * * * * * * *
141964 AAATTAACCACGCCATCAATAGC-TTCGTTACT-CAATTTAAATAATGTAATCATTCATTTATAA
188 AAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTCATAAATGC--TTTAAATGATATATTAATTAATCTATAA
*** * * * ** ** * * ** *
142027 AATTGTAACTAGTTAAAAATT-AAAATATTTTCACTTTATGGTCT-AAACCTATTGTAATTGGAT
250 TCCTATAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGAT-TAAAACCTATCATAATTGGAA
* ** * * * * *
142090 GTTTGTAGTGGGAAACATG--AACT-GATGCTGTTCATTG-CAAAGAA-ACGACCATTTTAAG-T
313 GTTTG-AATTAGAAA-ATGTAAAATGGATGGTATCCATTGAC-AAGAAGA-GACTATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
142149 CAGGCAAGCCATCAATAGA-TTTGTTACTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATTTA-AA-AAGT
374 AATGC-ATCC-TC-ATAAACTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAA--
* * *
142211 TATAAATGATTATAAA-TCAAAATATTTGGAATTTAT-GATCAAAACCTAAT-ATAATTGGATGT
433 TATAAATGATTATAAAGT-AAAATTTTTGGAATTTATAG-TTAAAACCT-ATCATAATTGGATAT
* * * * * ** *
142273 TTGCATT-TGAAAAATGAAGTGGATGTTATCAATTGAC-AAGAAAAG
495 TTGCATTAGGAAACATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAA-AAAAA
* * * * * *
142318 ATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTTG
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAA-TTC
* * * * * ** ** * **
142382 A-TTATAATGTTATAAATAATCATTCATAT-AGATAT-TTCAACTTTATCATTAAAACCTATCAT
64 ATTTATAATCTTATAAATGATTA-T-AAATGA-AAATCTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGT
* * * * * ** *
142444 AATTGGTTGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTATCAATTGACAAGAAAAGACTATTTTA
126 AATTGGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTA
** * * * * * * *
142509 AGTTAATTGTGCCATCCAAAGC-TTCATTACTCACTTTGAATGATGTATTAATTCATTTATATCA
189 AGTTAATCATGCCAT-CAAAGCTTTCATAAAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATA--A
* **
142573 CTTTGGACAGTATATTAATGATATATTAATTTATAAATGATTATGAATTGATATATTTGGACCCT
250 ---T---C---CTA-TAA--ATA-ATT-A--T-T--A--A-T-TGAA---A-AT-TTTGGACTTT
* * * * * * * *
142638 ATGGTTAAAACCTATCATGATTGGATGTTTGGAA-TGGAAATAATG--AATTAGATGCTATCTC-
287 ACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTT-GAATTAG-AA-AATGTAAAATGGATGGTATC-CA
* * * * ** * *
142699 TTGACATGAAAAGACCATTTGAAGTTAAT-CATGAGATCGA-AAACTTT-CTTACTCGCCTT-AT
348 TTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCAT--CCTC-ATAAACTTTGC--ACTCACTTTGA-
* * ** * * * *
142760 ATGATATAT-TATCCATTTATAATCTTATAAGTGATTATAAA-TCAAAATCTTTAGACTTTATTA
407 ATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGATTATAAAGT-AAAATTTTTGGAATTTA-TA
* * * * * * * *
142823 -TTAAAACATA-CTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-AGAGAAACGGATGCTATTCATT-AC
470 GTTAAAACCTATC-ATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACA-TGAAATGAATGCTATCCCTTGAC
*
142884 -AAAGGAAAG
533 TAAA--AAAA
* * * ** * * *
142893 ACCTTTTTAAGCTAATCATGCTGTCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATACAT
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT
* * * * * * * *
142958 TTATAATCTTAAAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACCTTATGATCAAAACCTACTATAATT
66 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATC-TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATT
* * ** *
143023 GGATGTTT-CTATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAAAAAACTATTTTAAGT
130 GGATGTTTGC-ATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAG-AAAAACCATTTTAAGT
** * * * * *
143087 TAATCACACCATCAAAAGC-TTCAATACATGCTTTAAATGATCTATTAAATGATGC-A-CA--CT
192 TAATCATGCCATC-AAAGCTTTC-ATAAATGCTTTAAATGATATATTAATTAAT-CTATAATCCT
* * * * * * *
143147 TTAAATGATTATTAATTGATGAA-TTTGGACTTTAAGGTT--AACATATCATAATTGGATGTTTG
254 ATAAATAATTATTAATTGA-AAATTTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTG
* * * ** * * * * * *
143209 AATTGGAAAACGTGAAATTTATGGTGTCCATTAACAAGAAAAGACCA-TTTAAGATAATTG--TG
318 AATTAGAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAA-TGCATC
** * * ** **
143271 CT-ATCAAAAGCTTTGTTGCTCACTTTGAAAT-ATATATTAATTTATCAATAATCTTATAAATGA
382 CTCAT--AAA-CTTTG-CACTCACTTTG-AATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGA
* * * * ** * * * * * *
143334 TTATAGATTGAAATCTTTGGGCTTTATAGTTAAAACTTATCATATTTAGATGTTTACATTGGGAA
442 TTATAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAA
** * * * * **
143399 ATGTGAACTGGATGTTATCCCTTGAC-AAGATATG
507 ACATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAA-AAAAA
* * * * ** * * *
143433 ACCATTTTAAATTGATCATGCAATC-GAAGACACTGTTACCCACTTTAAATCATATATTAAATCA
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAG-CTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCA
* * * * * * *
143497 TTTATAATCATATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG-CATATTATTGTTTAAACTTAATGTAA
65 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTGGAC-T-TTATGGTTAAAACATATTGTAA
* * * * * *
143561 TTGCATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGTTATTCATTGA-ATAGAAAAGACCTTTTTAA
128 TTGGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACA-AGAAAA-ACCATTTTAA
* ** ** ** * * * * *
143625 GCTAATCACACCATCAATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAAT-CT
190 GTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTCATAAATGCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCT
* * * * * * * *
143689 AATAAATGATTATAAATT-AAAATCTTTGGGCTTTATGATGAAAACCTATTATAATTGGATGCTT
254 -ATAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTT
* * * * * * * * *
143753 GCATATGGAAACATG--AAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA-ATACCATTTTAAGTTGAT-AA
317 GAAT-TAGAAA-ATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCA
* * * * * **
143814 TGCCATCA-AAACTTTTGATACACACTTTAAATGATATATTAATTCATATATAATCTTATAAATG
380 T-CC-TCATAAAC-TTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATG
* * * *** * * * * * * * ** *
143878 ATTTTTAATTGGGATATTTAGACTTAATGGTTAAAGCCTATCAAAATTGGATGCTTGAATT-GGA
441 ATTATAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGG-
* * * * * * *
143942 AAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACCAGAAAAG
505 AAACATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAAAAAAA
* * * * * *
143978 ACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTTTTACTCAC-TT---TG-------AA--CA-
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT
* * ** * **
144029 --AT-A---TATTAATG--CAT---TG-AAATCTATGGACTTTATGGTTAACGCCTATCATAATT
66 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCT-TGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATT
* * * ** * ** *
144082 GGATATTTGTATTGGGAAACGTGAAGTGAATGCTAACCT-TTGACAAGAGAAGACCATTTTAAGT
130 GGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCT-ATTTATTGACAAGA-AAAACCATTTTAAGT
** * * ** * * ** * *
144146 TAATCATGTGATTGAAAGCATTGC-TACTTGCTTCAAATGATATATAAATCCATTTATAATCTTA
192 TAATCATGCCA-TCAAAGC-TTTCATAAATGCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTA
** * * ** * * * * *
144210 TAAAGGATTA-TAAATCAAAATTTTTTCACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGC
255 TAAATAATTATTAATTGAAAA-TTTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGA
* * * * * * * * *
144274 ATTAAGGAATATG--AAGTGGCTGTTGTTCTTTGTCAAGAATAGA-TCATTTTAAGTTAAT-CAT
319 ATT-A-GAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACT-ATTTTAAGTTAATGCAT
* *** * * * * ** *
144335 ACT-ATGAATAACTTTTTGCTCACTTTAAATAATGTATTAATTCATTTATAATGTTGTAAATGAT
381 CCTCAT--A-AACTTTGCACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGAT
* * * *** * * * *
144399 TATAAA-TCAACATCTTTGGACTGCCT-GATCAAAACCTATAATAATTGGATCTTTGCATCCA--
443 TATAAAGT-AAAATTTTTGGAATTTATAG-TTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCAT-TAGG
* * * ** * *
144460 AAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAAC-AAGAAAAG
505 AAACATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAA-AAAAA
* * * * * * * *
144496 ATCATTTTAATTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGATATATTAATCCA
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCA
* * * * * * **
144560 TCTATAATGTTATAAATGA--AT--AT--AGATTTTAGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATT
65 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATT
* * * * * * *
144619 GGTTGTTTGAATTGGTAAATATGAAGTGGATGGTATCTATTGACAAGAAAACACTATTTTAAATT
130 GGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTAAGTT
* * * * * *
144684 AATCGTGCCATCAAAAGC-TTCGTTACTAACTTTGAATGATATATTAA-T--T-TATAA----AT
193 AATCATGCCATC-AAAGCTTTCATAAAT-GCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTAT
* * * * * * * * *
144740 -GAT--TGTA--AATAG-AAATATTTAGACTTTATGGTTAAAGCCTATCATAACTGGATG-TTGG
256 AAATAAT-TATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGA
* * * * ** * *
144798 ATTAATAAACATG--AAGTGGATGCTATCCCTTGACTTGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT-CAT-
319 ATT-AGAAA-ATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCATC
* * * * **
144859 GTGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTCAATGAT-T-T--ATTCCATTTATAATCTTATAAATGA
382 CTCA-T-AAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATT-CATTTATAATAATATAAATGA
* * ** * * ** * *
144920 TTTTAAA-TCAAAATCTTTACACTTTATAGTTTAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGTATTAGGA
442 TTATAAAGT-AAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGA
** *
144984 AAC-------G--T-C-AT---TGTGA--GGAAAAG
506 AACATGAAATGAATGCTATCCCT-TGACTAAAAAAA
* * * * * ** *
145004 ACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTTGTTACTTACTTTAAATGATGCATTAATACA
1 ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGC-TTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCA
** ** * * * * *
145069 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAGCCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAAC
65 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATC-TTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAAT
* * * * ** * *
145134 TAGATGTTTGCATTCGGAAACAAGAAGTGGATGCTATGAATTAACAAGAAAAGATCATTTTAAGT
129 TGGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTAAGT
* * * * * *
145199 TAATCATACCATCAATAGC-TTGA-AGCATGTTTTAAATGACATATTAATTAATTTATAATCCTA
192 TAATCATGCCATCAA-AGCTTTCATA-AATGCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTA
* * * * * * * * * *
145262 TAAATGATCATTGATTG-AGATATTTGGACATTATGATTAGAACTTATCGTAATTGGATGTTTGA
255 TAAATAATTATTAATTGAAAAT-TTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGA
* ** * * * * *
145326 ATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGAC-ATTTTAAGCTAATTG--TGC
319 ATTAGAAAATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAA-TGCATCC
* * ** * * * **
145388 T-ATCAAAATCTTTGTTAATCACTTTGAACCATATATTAACTCATTAATAATCTTATAAATGATT
383 TCAT--AAA-CTTTG-CACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGATT
* * * * * * * ** *
145452 ATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAGAACCTATCATAATTAGATGCTTGCATTGGGAAAC
444 ATAAAGTAAAATTTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAAC
* * ** * *
145517 GTCATGTGAATGTTATCCCTTGAC-AAGAAAAG
509 ATGAAATGAATGCTATCCCTTGACTAA-AAAAA
* * * * * * * ** * *
145549 ATCATTTTATGTTAAACACGTG-ACT-GAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATATGTTTATTC
1 ACCATGTTAAGTTAATCA--TGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTC
* * * * * *
145612 A-TTAGTAATCTTACAAAT-ATCTAAAAAT-CAAATGTT-CACTTTATGGTTAAAACCTATTGTA
64 ATTTA-TAATCTTATAAATGAT-TATAAATGAAAATCTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTA
* * * * * ** *
145673 ATTGG-TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGTTATTCATTGTGAAGAAAAGATCATTTTAA
127 ATTGGATGTTTGCATT-GAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAA-ACCATTTTAA
*
145737 GTTAATCATGCTATCAATAGCTTT
190 GTTAATCATGCCATCAA-AGCTTT
145761 GTTACCCACT
Statistics
Matches: 4714, Mismatches: 1086, Indels: 749
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (540 bp):
ACCATGTTAAGTTAATCATGCAATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCAT
TTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTGTAATTG
GATGTTTGCATTGAAAATATGAAGTGGATGCTATTTATTGACAAGAAAAACCATTTTAAGTTAAT
CATGCCATCAAAGCTTTCATAAATGCTTTAAATGATATATTAATTAATCTATAATCCTATAAATA
ATTATTAATTGAAAATTTTGGACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGAAGTTTGAATTAGAA
AATGTAAAATGGATGGTATCCATTGACAAGAAGAGACTATTTTAAGTTAATGCATCCTCATAAAC
TTTGCACTCACTTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATAATATAAATGATTATAAAGTAAAAT
TTTTGGAATTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAATGAATG
CTATCCCTTGACTAAAAAAA
Found at i:144189 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 143898--144199 Score: 334
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
143888 GGGATATTTA
* * * *
143898 GACTTAATGGTTAAAGCCTATCAAAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATC
1 GACTTAATGGTTAAAGCCTATCAAAATTGGATACTTGAATTGGAAAACATGAAGTGAATGCTAAC
* * * * ** **
143963 CATTGACCAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATCGAAAGCTTTTTTACTCACTTTGAAC
66 CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCATTGCTACTCACTTCAAAC
* *
144028 AATATATTAATGCATTGAAATCTATG
131 AATATATAAATCCATTGAAATCTATG
* * * * * * *
144054 GACTTTATGGTTAACGCCTATCATAATTGGATATTTGTATTGGGAAACGTGAAGTGAATGCTAAC
1 GACTTAATGGTTAAAGCCTATCAAAATTGGATACTTGAATTGGAAAACATGAAGTGAATGCTAAC
* * ** * ** *
144119 CTTTGACAAGAGAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGCTACTTGCTTCAAAT
66 CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCATTGCTACTCACTTCAAAC
*
144184 GATATATAAATCCATT
131 AATATATAAATCCATT
144200 TATAATCTTA
Statistics
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0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
156 116 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (156 bp):
GACTTAATGGTTAAAGCCTATCAAAATTGGATACTTGAATTGGAAAACATGAAGTGAATGCTAAC
CATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCATTGCTACTCACTTCAAAC
AATATATAAATCCATTGAAATCTATG
Found at i:144544 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 144124--145994 Score: 499
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
144114 CTAACCTTTG
* * ** * * *
144124 ACAAGAGAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGCTACTTGCTTCAAATGATAT
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCA-TGAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATAT
* * * * * ** * *
144189 ATAAATCCATTTATAATCTTATAAAGGATTATAAATCAAAATTTTTTCACTTTATGGTTAAAACC
65 ATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAACC
* * * * * * * * *
144254 TATTATAATTGGATGTTTGCATTAAGGAATATGAAGTGGCTGTTGTTCTTTG
130 TATAATAATTGGATCTTTGCATCAA-GAAAATGAAGTGGATGCTGATCATTA
* * * * * *
144306 TCAAGAATAGATCATTTTAAGTTAATCATACTATGAATAACTTTTTGCT-CA--CTTTAAATAAT
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATGAA-AGC--TTTGCTACATGCTTTAAATGAT
* * * * * *
144368 GTATTAATTCATTTATAATGTTGTAAATGATTATAAATCAACATCTTTGGACTGCCTGATCAAAA
63 ATATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAA
144433 CCTATAATAATTGGATCTTTGCATCCAA-AAAATGAAGTGGATGCT-ATCAATTA
128 CCTATAATAATTGGATCTTTGCAT-CAAGAAAATGAAGTGGATGCTGATC-ATTA
*
144486 ACAAGAAAAGATCATTTTAATTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATAT
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-GAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATAT
* * ** * *
144551 ATTAATCCATCTATAATGTTATAAATGA--AT--AT--AGAT-TTTAG-ACTTTATGGTTAAAAC
65 ATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT-GCACTGCATGATCAAAAC
* * * * * ** * *
144608 TTATCATAATTGGTTGTTTGAAT-TGGTAAATATGAAGTGGATGGT-ATCTATTG
129 CTATAATAATTGGATCTTTGCATCAAG-AAA-ATGAAGTGGATGCTGATC-ATTA
* * * * * * * *
144661 ACAAGAAAACA-CTATTTTAAATTAATCGTGCCATCAAAAGCTTCGTTAC-TAACTTTGAATG--
1 ACAAGAAAAGATC-ATTTTAAGTTAATCATGCCAT-GAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGAT
* * ** * *
144722 --A-T-AT--A--T-TAAT-TTATAAATGATTGTAAAT-AGAAATATTTAG-ACTTTATGGTTAA
63 ATATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCA-AAATCTTT-GCACTGCATGATCAA
* * * * * * * * *
144775 AGCCTATCATAACTGGAT-GTTGGATTAATAAACATGAAGTGGATGCT-ATCCCTTG
126 AACCTATAATAATTGGATCTTTGCATCAAGAAA-ATGAAGTGGATGCTGAT-CATTA
** * ** * * * *
144830 ACTTGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTTCAATG--A
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCA-TGAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGATA
* * * * ** **
144892 T-TTATTCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTACACTTTAT-AGTTTAAA
64 TATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGA-TCAAAA
** * * * *
144955 CCTATTGTAATTGGATGTTTGTAT-TAG-----GAA----A--C-G-TCATTG
128 CCTATAATAATTGGATCTTTGCATCAAGAAAATGAAGTGGATGCTGATCATTA
** * * * * * * * *
144994 TGAGGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTTGTTACTTACTTTAAATGATG
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATGAA-AGC-TTTGCTACATGCTTTAAATGATA
* * * ** * **
145059 CATTAATACATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTC-AAGCCTTTGGACTTTATGATCAAAA
64 TATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAA-TCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAA
* * * * * * *
145123 CCTATTATAACTAGATGTTTGCATTC-GGAAACAAGAAGTGGATGCT-ATGAATTA
128 CCTATAATAATTGGATCTTTGCA-TCAAGAAA-ATGAAGTGGATGCTGAT-CATTA
* * * * *
145177 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATACCATCAATAGC-TTG-AAGCATGTTTTAAATGACA
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATGAA-AGCTTTGCTA-CATGCTTTAAATGATA
** ** * ** ** * * * * * *
145240 TATTAATTAATTTATAATCCTATAAATGATCATTGATTGAGATATTTGGACAT-TATGATTAGAA
64 TATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCAC-TGCATGATCAAAA
* ** * * * * * *
145304 CTTATCGTAATTGGATGTTTGAATTGGAA-AACATGAAGTGGATGGT-ATCCATTG
128 CCTATAATAATTGGATCTTTGCA-T-CAAGAAAATGAAGTGGATGCTGAT-CATTA
* ** * * * * * * **
145358 ACAAGAAAAGA-CATTTTAAGCTAATTGTGCTATCAAAATCTTTGTTA-ATCACTTTGAACCATA
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-GAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGATA
* * ** * ** * * *
145421 TATTAA-CTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAGAA
64 TATTAATC-CATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAA
* * *** * * * * * * *
145485 CCTATCATAATTAGATGC-TTGCATTGGGAAACGTCATGTGAATG-TTATCCCTTG
128 CCTATAATAATTGGAT-CTTTGCATCAAGAAA-ATGAAGTGGATGCTGAT-CATTA
* * * * * *
145539 ACAAGAAAAGATCATTTTATGTTAAACACGTGAC-TGAAAGCATTGTTACTTGCTTTAAATGATA
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCA--TGCCATGAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATA
* * * * * * * ** * *
145603 TGTTTATTCA-TTAGTAATCTTACAAAT-ATCTAAAAATC-AAAT-GTT-CACTTTATGGTTAAA
64 TATTAATCCATTTA-TAATGTTATAAATGAT-TATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAA
** * *** * * * *
145663 ACCTATTGTAATTGG-TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATG-TTATTCATTG
127 ACCTATAATAATTGGATCTTTGCATCAAGAAA-ATGAAGTGGATGCTGA-TCATTA
** * * * *** * ** **
145717 TGAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACCCACTATGCATGATGC
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATGAA-AGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATAT
* * * * ** *
145782 ATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGACCAAAACC
65 ATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAACC
* * * * ** * *
145847 TATTATAATTGGATTTTTTTCCT-TTGCAATTATGAAGTGGATGCT-ATCAATTG
130 TATAATAATTGGA-TCTTTGCATCAAG-AA-AATGAAGTGGATGCTGATC-ATTA
* * * * * * *
145900 ACAAGAAAATACCATTTTATGTTGATAATGCCATCGAAAGCATTGATACATGCTTTAAATGATAT
1 ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-GAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATAT
* *
145965 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
65 ATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATT
145995 GTTAATTTAG
Statistics
Matches: 1281, Mismatches: 304, Indels: 207
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
163 13 0.01
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167 3 0.00
168 68 0.05
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171 2 0.00
172 4 0.00
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183 136 0.11
184 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
ACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATGAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATATA
TTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTGCATGATCAAAACCT
ATAATAATTGGATCTTTGCATCAAGAAAATGAAGTGGATGCTGATCATTA
Found at i:144906 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 144429--144907 Score: 441
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
144419 CTGCCTGATC
* * * * * * *
144429 AAAACCTATAATAATTGGATCTTTGCATCCAA-AAA-ATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGA
1 AAAACCTATCATAACTGGATGTTTGAAT-TAATAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * * *
144492 AAAGATCATTTTAATTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGCTAC-ATGCTTTAAATGATATATTAA
65 AAACACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAAAAGCTTCGTTACTA-ACTTTCAATGATATATTAA
*
144556 TCCATCTAT-AATG-TTATAAAT-GAATATAGATTTTAGACTTTATGGTT
129 T---T-TATAAATGATTGTAAATAGAA-AT--A-TTTAGACTTTATGGTT
* * * ** * * *
144603 AAAACTTATCATAATTGGTTGTTTGAATTGGTAAATATGAAGTGGATGGTATCTATTGACAAGAA
1 AAAACCTATCATAACTGGATGTTTGAATTAATAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * *
144668 AACACTATTTTAAATTAATCGTGCCATCAAAAGCTTCGTTACTAACTTTGAATGATATATTAATT
66 AACACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAAAAGCTTCGTTACTAACTTTCAATGATATATTAATT
144733 TATAAATGATTGTAAATAGAAATATTTAGACTTTATGGTT
131 TATAAATGATTGTAAATAGAAATATTTAGACTTTATGGTT
* * * **
144773 AAAGCCTATCATAACTGGATG-TTGGATTAATAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACTTGAA
1 AAAACCTATCATAACTGGATGTTTGAATTAATAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * ** * * * * *
144837 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTCAATGATTTATTCCAT
66 AACACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAAAAGCTTCGTTACTAACTTTCAATGATATATT-AAT
144902 TTATAA
130 TTATAA
144908 TCTTATAAAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 47, Indels: 18
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 84 0.33
170 41 0.16
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172 5 0.02
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176 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAACCTATCATAACTGGATGTTTGAATTAATAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
AACACCATTTTAAATTAATCATGCCATCAAAAGCTTCGTTACTAACTTTCAATGATATATTAATT
TATAAATGATTGTAAATAGAAATATTTAGACTTTATGGTT
Found at i:145114 original size:168 final size:164
Alignment explanation
Indices: 144834--145154 Score: 385
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
144824 CCCTTGACTT
* ** * * * *
144834 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTCAATGATTTATTC
1 GAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATTTAATA
* * ** *
144899 CATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTACACTTTAT-AGTTTAAACCTATTGT
66 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAACCTTTACACTTTATGA-TCAAAACCTATTAT
* * *
144963 AATTGGATGTTTGTATTAGGAAACGTCATTGTGAG
130 AACTAGATGTTTGCATTAGGAAACGTCATTGTGAG
* *
144998 GAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTTGTTACTTACTTTAAATGATGCATT
1 GAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTACTCACTTTAAATGAT---TT
* **
145063 AATACATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTC-AAGCCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTA
62 AATACATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAAACCTTTACACTTTATGATCAAAACCTA
*
145127 TTATAACTAGATGTTTGCATTCGGAAAC
126 TTATAACTAGATGTTTGCATTAGGAAAC
145155 AAGAAGTGGA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 32 0.25
165 20 0.15
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169 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (164 bp):
GAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATTTAATA
CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAACCTTTACACTTTATGATCAAAACCTATTATA
ACTAGATGTTTGCATTAGGAAACGTCATTGTGAG
Found at i:145826 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 144988--146074 Score: 906
Period size: 362 Copynumber: 3.0 Consensus size: 361
144978 TTAGGAAACG
* * * *
144988 TCATTGTGAGGAAAAGACCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTTTGTTACTTACTTTAA
1 TCATTGTGAAGAAAAGA-CATTTTAAGCTAATCATGCTATCAATAGC-TTTGTTACTCACTTTGA
* **
145053 ATGATGCATTAATACATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTCAAGCCTTTGGACTTTATGAT
64 ATGATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCTTTGGACTTTATGAT
* * * * *
145118 CAAAACCTATTATAACTAGATGTTTGCATTCGGAAACAAGAAGTGGATGCTATGAATTAACAAGA
128 CAAAACCTATCATAACTAGATGCTTGCATTCGGAAACAACAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGA
* *
145183 AAAGATCATTTTAAGTTAATCATACCATCAATAGCTTGAAGCATGTTTTAAATGACATATTAATT
193 AAAGATCATTTTAAGTTAAACATACCATCAATAGCTTGAAGCATGCTTTAAATGACATATTAATT
* ** * * * * *
145248 AATTTATAATCCTATAAATGATCATTGATTGAGATATTTGGACATTATGATTAGAACTTATCGTA
258 AATTTATAATCCTACAAATGATCATAAAATCAGATATTTGCACATTATGATTAAAACCTATCGTA
*
145313 ATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTAT
323 ATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTAT
* ** ** * * * *
145352 CCATTGACAAGAAAAGACATTTTAAGCTAATTGTGCTATCAAAATCTTTGTTAATCACTTTGAAC
1 TCATTGTGAAGAAAAGACATTTTAAGCTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTGAAT
* ** * * * * *
145417 CATATATTAACTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTA
66 GATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAATCTTTGGACTTTATGATCA
* * * ** * * ** *
145482 GAACCTATCATAATTAGATGCTTGCATTGGGAAACGTCATGTGAATGTTATCCCTTGACAAGAAA
130 AAACCTATCATAACTAGATGCTTGCATTCGGAAACAACAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGAAA
* * * * * * *
145547 AGATCATTTTATGTTAAACACGTGA-C-TGAA-AGCATTGTTA-CTTGCTTTAAATGATATGTTT
195 AGATCATTTTAAGTTAAACA--T-ACCATCAATAGC-TTG-AAGCATGCTTTAAATGACATATTA
* * * *
145608 ATTCA-TTAGTAATCTTACAAAT-ATC-TAAAAATCA-A-ATGTT-CACTTTATGGTTAAAACCT
255 ATTAATTTA-TAATCCTACAAATGATCAT-AAAATCAGATAT-TTGCACATTATGATTAAAACCT
* * * ** *
145667 ATTGTAATTGG-TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGTTAT
317 ATCGTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTAT
* * * *
145711 TCATTGTGAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACCCACTATGCA
1 TCATTGTGAAGAAAAGA-CATTTTAAGCTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTGAA
* *
145776 TGATGCATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGACC
65 TGATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAATCTTTGGACTTTATGATC
* * * ** * * * * ** ** * *
145841 AAAACCTATTATAATTGGATTTTTTTCCTTTGCAATTATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGA
129 AAAACCTATCATAACTAGA-TGCTTGCATTCGGAAACAACAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGA
* * * * * *
145906 AAATACCATTTTATGTTGATA-ATGCCATCGAA-AGCATTGATA-CATGCTTTAAATGATATATT
193 AAAGATCATTTTAAGTT-AAACATACCATC-AATAGC-TTGA-AGCATGCTTTAAATGACATATT
* * * ** * * * * * * *
145968 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGATATTAAGGTTAAAACCTAT
254 AATTAATTTATAATCCTACAAATGATCATAAAATCAGATATTTGCACATTATGATTAAAACCTAT
* * ** *
146033 CATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGGTA
319 CGTAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTA
146075 CCTATTGACA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 133, Indels: 45
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 44 0.08
360 133 0.23
361 95 0.17
362 160 0.28
363 65 0.11
364 42 0.07
365 28 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (361 bp):
TCATTGTGAAGAAAAGACATTTTAAGCTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTGAAT
GATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAATCTTTGGACTTTATGATCAA
AACCTATCATAACTAGATGCTTGCATTCGGAAACAACAAGTGAATGCTATCAATTAACAAGAAAA
GATCATTTTAAGTTAAACATACCATCAATAGCTTGAAGCATGCTTTAAATGACATATTAATTAAT
TTATAATCCTACAAATGATCATAAAATCAGATATTTGCACATTATGATTAAAACCTATCGTAATT
GGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAATGGATGGTAT
Found at i:146213 original size:724 final size:717
Alignment explanation
Indices: 144041--146369 Score: 2321
Period size: 724 Copynumber: 3.3 Consensus size: 717
144031 ATATTAATGC
* ** * * * *
144041 ATTGAAATC-TATGGACTTTATGGTTAACGCCTATCATAATTGGATATTTGTATTGGGAAACGTG
1 ATTGAAATCAT-TGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATG
* * * *
144105 AAGTGAATGCTAACCTTTGACAAGAGAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGC
65 AAGTGAATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGT
* * * * *
144170 TACTTGCTTCAAATGATATATAAATCCATTTATAATCTTATAAAGGATTATAAATCAAAATTTTT
130 TACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAA--TTT
* * * *
144235 TCACTTTATGGTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTAAGGAATATGAAGTGGCTGTTGT
193 TCACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATT--GGAATGTGAAATGGATGTT-T
* * * * * * *
144300 TCTTTGTCAAGAATAGATCATTTTAAGTTAATCATACTATGAATAACTTT-TTGCTCACTTTAAA
255 TCATTGTGAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAA
* * * * * ***
144364 TAATGTATTAATTCATTTATAATGTTGTAAATGATTATAAATCAACATCTTTGGACTGCCTGATC
320 TGATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATC
* * * * *
144429 AAAACCTATAATAATTGGA-TCTTTGC-ATCCAAAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGA
385 AAAACCTATTATAATTGGATTTTTTCCTTTGC-AAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGA
*
144492 AAAGATCATTTTAAT-TTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGCTACATGCTTTAAATGATATATTAA
449 AAAGATCATTTT-ATGTTAATCATGCCATCGAAAGC-TTGATACATGCTTTAAATGATATATTAA
* * * * *
144556 TCCATCTATAATGTTAT-AA--A-TG--AATATAGAT-TTTAGACT-TTATGGTTAAAACTTATC
512 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGA-TATTATGGTTAAAACTTATC
* * *
144613 ATAATTGGTTGTTTGAATTGGTAAATATGAAGTGGATGGTATCTATTGACAAGAAAACACTATTT
576 ATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATATGAAGTGGATGGTACCTATTGACAAGAAAACACTATTT
* * * * * *
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*
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705 TAAATGATTATAA
* * * * * * *
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1 ATTGAAATCATTGA-ACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATG
* ** * *
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65 AAGTGAATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGT
** * * *
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130 TACTTGCTTTAAATGATATATTAATT-CATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAAT-TT
* * * *
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193 T-CACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAATGTGAAATGGATGTTTTC
* * * * *
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* **
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* * * * * * * *
145119 AAAACCTATTATAACTAGATGTTTGCATTCGGAAACAA-GAAGTGGATGCTATGAATTAACAAGA
385 AAAACCTATTATAATTGGATTTTTTCCTTTGCAAA-AATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGA
* * * *
145183 AAAGATCATTTTAAGTTAATCATACCATC-AATAGCTTGA-AGCATGTTTTAAATGACATATTAA
449 AAAGATCATTTTATGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTGATA-CATGCTTTAAATGATATATTAA
* * ** * * * * * *
145246 TTAATTTATAATCCTATAAATGATCATTGATTGAGATATTTGGACATTATGATTAGAACTTATCG
512 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGATATTATGGTTAAAACTTATCA
* *
145311 TAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCC-ATTGACAAGAAAAGAC-ATTT
577 TAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATATGAAGTGGATGGTA-CCTATTGACAAGAAAACACTATTT
* * * * * * *
145374 TAAGCTAATTGTGCTATCAAAA-TCTTTGTTAATCACTTTGAACCATATATTAACTCATTAATAA
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701 T-TTATAAATGATTATAA
* * * * * * * *
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1 ATTGAAATCATTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA
* * * * * * *
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* * * *
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194 CACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATT-GG-AATGTGAAATGGATGTT-TT
* * **
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256 CATTGTGAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
* *
145777 GATGCATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGACCA
321 GATGCATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCA
** *
145842 AAACCTATTATAATTGGATTTTTTTCCTTTGCAATTATGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
386 AAACCTATTATAATTGGA-TTTTTTCCTTTGCAAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGAA
* * * *
145907 AATACCATTTTATGTTGATAATGCCATCGAAAGCATTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATT
450 AAGATCATTTTATGTTAATCATGCCATCGAAAGC-TTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATT
* *
145972 CATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGATATTAAGGTTAAAACCTATCATA
514 CATTTATAATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGATATTATGGTTAAAACTTATCATA
* * *
146037 ATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGAAGTGGATGGTACCTATTGACAAGAAAA-TCTATTTTAA
579 ATTGGATGTTTGAATTGGAAAATATGAAGTGGATGGTACCTATTGACAAGAAAACACTATTTTAA
** ** * * *
146101 GTTAATTGCACCATGGGAAGTTTTATCACTCACTTTCAACAATAGAATAGTTCATTTATAATAAT
644 GTTAATTGTGCCAT-AAAAGTTTTGTTACTCACTTT-AACAATAGAATA--TCATTTATAAT-TT
* *
146166 ATAAACGATTACAA
704 ATAAATGATTATAA
* * * * * * * *
146180 ATTGAAATCCTTGAATTTTAAGATTAAAACCTATTAGAGTTGGATGTTTGCATTGAAAAACATGA
1 ATTGAAATCATTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA
* * * * * * * *
146245 AGCGGATGCTATCTCTTGACCAGAAAAGAACATTTTATGTTAATCATGTGATCGAAAGCTTTGTT
66 AGTGAATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCATTGTT
* * *
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ATTGAAATCATTGAACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA
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ACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATTTTCA
CTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAATGTGAAATGGATGTTTTCATTG
TGAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGC
ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACC
TATTATAATTGGATTTTTTCCTTTGCAAAAATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAGAAAAGATC
ATTTTATGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
AATCTTATAAATGATTGTTAATTTAGATATTTGGATATTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGAT
GTTTGAATTGGAAAATATGAAGTGGATGGTACCTATTGACAAGAAAACACTATTTTAAGTTAATT
GTGCCATAAAAGTTTTGTTACTCACTTTAACAATAGAATATCATTTATAATTTATAAATGATTAT
AA
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Alignment explanation
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146746 ACATGTAAAG
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1 GAAGGAAATTA
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1 GAAGGAAATTA
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1 GAA
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147649 TAATGAAGTG
* ** *
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AGAA
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147649 TAATGAAGTG
*
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*
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147708 AG
1 AG
147710 GAGGAAAACG
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AGAAAGAAAGGGAGAA
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*
147672 AGAAAGAA
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*
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*
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1 AGAAAGGA
*
147712 GGAAA
1 AGAAA
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Statistics
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147649 TAATGAAGTG
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1 AGAA-AGAAAGGA-AGAA
*
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* * *
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147735 GATTGGCTTA
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AGAAAGAAAGGAAGAA
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149898 TACAATTATT
* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
150038 ATTCATTTATAATCTTATAAAT-AGTTATCAATCAAAATCTTTGGACTTTATGCAGAAAACATAT
131 ATTCATTTATAATCTTATAAATGA-TTATAAATGAAAATCTTAGGACTTTATGCTCAAAGCCTAA
* ** * * **** * * *
150102 GATAATTGGATTTTTTC-CTTCACAAACACAAAATGGATGCCATCATTTGATAAGAAAAGATCAT
195 CATAATTGGATAGTTTCAATT-AAAAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGAAAAGAAAAGATCAT
* * * *
150166 TTTAACTTGATAATGACATCAAAAGCATTGATACACACTTTAAATGATATACTAATTCATTTATA
259 TTTAACTTGATAATGCCATCAAAATCATTGATACTCAC-TTAAATGATATATTAATTCATTTATA
* ** * *
150231 ATCTTATAAATGATTATTAATTGCGATATTTGGACTTTATGGTTACAATCTATCATAATTGGATG
323 ATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAAAGTTAAAACCTATCATAATTGGATG
* * * * * ** *
150296 TTTGAATTAGCAAACATGAAGTAAATTGTATCTATTGACAAGAAAGGCTGTTTTAAGTTATTTAT
388 TTTGAATTAGAAAACATGAAGTAAATGGTATCTATTGACAAAAAAGACTATTTTAAGCAACTTAT
* * *
150361 ACAATCAAAAGCTTTCTAACTCACTTTGAATGATATATTAATTGATTTATAATATCAAAAATGAT
453 ACAATCAAAAGCTTTATAACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTATAATATCAAAAATGAT
* * * * *
150426 TACAAATTGAAATCTTTGAATTTTAAGGTTAAAACCTTTCATATATGGATGCTTGCATTGGAAAA
518 TACAAATTGAAAGCTATGAACTTTAACGTTAAAACCTATCATATAT-GATGCTTGCATTGGAAAA
* * **
150491 CATGAAATGGATGCTATCCCTTGATCAGAAAAGAACATGTTATATTAATCATGCGATTGAAAGCT
582 CATGAAATGGATGCTATCCCTTGACCAGAAAAGAACATGTTAAATTAATCATGCGATCAAAAGCT
* * * *
150556 TTATTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTTTAATCTTATAAATTATTATAAATCAAAAT
647 TTATTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAAT
**
150621 CATTGCACATTATT
712 CATTGCACATTACA
* * * * *
150635 GTCAAAAACTATTGTAATTAGATGCTTGCATTGGGAAACGTGAAACGGAAGCTATTCATTGCAAA
1 GTCAAAAACTATTGCAATTAGATGCTTACATTGAGAAACATGAAACAGAAGCTATTCATTGCAAA
*
150700 GAAAAGATCATTTTAAGCTAATCTTGCCATCAATAGCTTTGTTACCCACTTTAAATGATGCATTC
66 GAAAAGATCATTTTAAGCTAATCTTACCATCAATAGCTTTGTTACCCACTTTAAATGATGCATTC
** * *
150765 ATTCATTTATTGTTTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTAGGACTTTATGCTCAAAGCCTAAG
131 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTAGGACTTTATGCTCAAAGCCTAAC
* * * * *
150830 ATAATTGGATTGTTTCAATTGAAAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGACAAGAGAAGATCATTC
196 ATAATTGGATAGTTTCAATTAAAAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGAAAAGAAAAGATCATTT
* * * * *
150895 TAACTTGATAATGCGATTGAAAGT-ATTGATACATGC-TTTAAATGATATATTAATTTATTTATA
261 TAACTTGATAATGCCA-TCAAAATCATTGATAC-T-CACTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
* * *
150958 ATCTTATAAATGGTTATTTATTGAGATATTTGGACTTTAAAGTTAAAACCTATCATACTTGGATG
323 ATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAAAGTTAAAACCTATCATAATTGGATG
** *
151023 TTTGAATTAGAAAACATGAAGTGGATGGTAGT-TATTGACAAAAAAGACTATTTTAAGCAACTTG
388 TTTGAATTAGAAAACATGAAGTAAATGGTA-TCTATTGACAAAAAAGACTATTTTAAGCAACTTA
* * * * * **
151087 TACCATCGAAAGTTTTATCACTCATTTTGAACGATATATTAATTCATTTATAATAGT-GTAAATG
452 TACAATCAAAAGCTTTATAACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTATAATA-TCAAAAATG
* * * **
151151 ATTACAAATTGAAAGCTATGAACTTTAACTTTAAAACCTATCTTGATTAT-ATGTTTGTGTTAGG
516 ATTACAAATTGAAAGCTATGAACTTTAACGTTAAAACCTATCAT-A-TATGATGCTTGCATT-GG
** ** ** * * *
151215 AAATGA-GATGTGGATG-TATGGCTTGACCAGAACAGAATATTTTAAATTAATCATGCGATCAAA
578 AAAACATGAAATGGATGCTATCCCTTGACCAGAAAAGAACATGTTAAATTAATCATGCGATCAAA
* *
151278 AGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCA
643 AGCTTTATTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCA
* *
151343 AAATCTTTGCACTTTACA
708 AAATCATTGCACATTACA
* ** * * * *
151361 GTTAAAAGTTATTGCAATTAGATGTTTACATTGAGAAACATGAAACAGATGTTGTTCATTG-AGA
1 GTCAAAAACTATTGCAATTAGATGCTTACATTGAGAAACATGAAACAGAAGCTATTCATTGCA-A
* *
151425 AGAAAAGA-CTATTTTCAA-TTAAT-TATACCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT-ATTG
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* ** * * **
151486 CATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTTATTTGAGATAT-TT-GGACTTTATGGTTGAA
126 CATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATT-ATAAATGA-AAATCTTAGGACTTTATGCTCAAA
* * ** *
151549 GCCTATCATAATTGGA-AGTTTGAATTTAAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGAAAAGAAAA
189 GCCTAACATAATTGGATAGTTTCAA-TTAAAAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGAAAAGAAAA
* * * *
151613 GA-CTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAATCTTTG-TCACTCACTTAGAATGATATATTAATT
253 GATC-ATTTTAACTTGATAATGCCATCAAAATCATTGAT-ACTCACTTA-AATGATATATTAATT
* * ** * * **
151676 CATTTATAATATTATATAAATGATTATAAATCAATATCTTTGGACTTTATGGTTAAAAC
315 CATTTATAAT-CT-TATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAAAGTTAAAAC
151735 ATATTGCAAG
Statistics
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Consensus pattern (725 bp):
GTCAAAAACTATTGCAATTAGATGCTTACATTGAGAAACATGAAACAGAAGCTATTCATTGCAAA
GAAAAGATCATTTTAAGCTAATCTTACCATCAATAGCTTTGTTACCCACTTTAAATGATGCATTC
ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTAGGACTTTATGCTCAAAGCCTAAC
ATAATTGGATAGTTTCAATTAAAAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGAAAAGAAAAGATCATTT
TAACTTGATAATGCCATCAAAATCATTGATACTCACTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
TTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAAAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT
GAATTAGAAAACATGAAGTAAATGGTATCTATTGACAAAAAAGACTATTTTAAGCAACTTATACA
ATCAAAAGCTTTATAACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTATAATATCAAAAATGATTAC
AAATTGAAAGCTATGAACTTTAACGTTAAAACCTATCATATATGATGCTTGCATTGGAAAACATG
AAATGGATGCTATCCCTTGACCAGAAAAGAACATGTTAAATTAATCATGCGATCAAAAGCTTTAT
TACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATT
GCACATTACA
Found at i:151991 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 18.5 Consensus size: 179
149912 AAAACTATTG
* * * * * * * * *
149922 TAATTGGATGTTTGCAATGGGTAACATGAAATGGACGCTATTCATTGTA-AAGAAAATAGCATAT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTG-ACAAG-AAAGACCATTT
* * * * *
149986 TAAGTTAATCATGCCACCAATAGCTATGTTACCCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAAT
63 TAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* ** * * *
150051 CTTATAAAT-AGTTATCAATCAAAATCTTTGGACTTTATGCA-GAAAACATATGA
127 CTTATAAATGA-TTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATG-ATTAAAACCTATCA
* * * * * *** * * * *
150104 TAATTGGATTTTTTCCTTCACAAACACAAAATGGATGCCATCATTTGATAAGAAAAGATCATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCA-TTGACAAG-AAAGACCATTTT
* * * * * * * *
150169 AACTTGATAATGACATCAAAAGCATTGATACACACTTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATC
64 AAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* ** * * * *
150234 TTATAAATGATTATTAATTGCGATATTTGGACTTTATGGTTACAATCTATCA
128 TTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * ** * **
150286 TAATTGGATGTTTGAATT-AGCAAACATGAAGTAAATTG-TATCTATTGACAAGAAAGGCTGTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGA-TGCTATC-ATTGACAAGAAAGACCATTT
* * * * * * * *
150349 TAAGTTATTTATACAATCAAAAGCTTTCTAACTCACTTTGAATGATATATTAATTGATTTATAAT
63 TAAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * * * * * *
150414 ATCAAAAATGATTACAAATTGAAATCTTTGAATTTTAAGGTTAAAACCTTTCA
127 CTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * *
150467 T-ATATGGATGCTTGCATTG-GAAAACATGAAATGGATGCTATCCCTTGATC-AGAAAAGAACAT
1 TAAT-TGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTAT-CATTGA-CAAG-AAAGACCAT
* * * * * *
150529 GTTATA-TTAATCATGCGATTGAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATTTTT
61 TTTA-AGTTAATCATGCCA-TCAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
* ** * * * * * **
150593 AATCTTATAAATTATTATAAATCAAAATCATTGCACATTATTG-TCAAAAACTATTG
124 AATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTA-TGATTAAAACCTATCA
* * * ** * *
150649 TAATTAGATGCTTGCATTGGGAAACGTGAAACGGAAGCTATTCATTG-CAAAGAAAAGATCATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGAC-AAG-AAAGACCATTT
* * * ** * **
150713 TAAGCTAATCTTGCCATCAATAGCTTTGTTACCCACTTTAAATGATGCATTCATTCATTTATTGT
63 TAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * * **
150778 TTTATAAATGATTATAAA-TGAAAATCTTAGGACTTTATGCTCAAAGCCTAAGA
127 CTTATAAATGATTATAAATTG-AAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * *
150831 TAATTGGATTGTTT-CAATTGA-AAATGTGAAGTGGATGCCATCAATTGACAAGAGAAGATCATT
1 TAATTGGA-TGTTTGC-ATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATC-ATTGACAAGA-AAGACCATT
* * * * * * * * *
150894 CTAACTTGATAATGCGATTGAAAG-TATTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTTATTTAT
62 TTAAGTTAATCATGCCA-TCAAAGCT-TTGTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
* ** * * *
150957 AATCTTATAAATGGTTATTTATTGAGATATTTGGACTTTA-AAGTTAAAACCTATCA
124 AATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATCA
* * * * * * *
151013 TACTTGGATGTTTGAATT-AGAAAACATGAAGTGGATGGTAGTTATTGACAAAAAAGACTATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGACAAGAAAGACCATTTT
* * * * * * * *
151077 AAG-CAA-CTTGTACCATCGAAAGTTTTATCACTCATTTTGAACGATATATTAATTCATTTATAA
64 AAGTTAATCATG--CCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
** * * * * * *** *
151140 TAGTGTAAATGATTACAAATTGAAAGCTATGAACTTTAACTTTAAAACCTATCT
126 TCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* ** ** * * * * **
151194 TGATTATATGTTTGTGTT-AGGAAATGAGATGTGGATG-TATGGC-TTGACCAGAACAGAATATT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGTGGATGCTAT--CATTGACAAGAA-AGACCATT
* * *
151256 TTAAATTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
62 TTAAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* ** * * ** **
151321 ACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTA-CAGTTAAAAGTTATTG
126 TCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATCA
* * * * *** * * * *
151375 CAATTAGATGTTTACATTGAGAAACATGAAACAGATGTTGTTCATTGAGAAGAAAAGACTATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCT-ATCATTGACAAG-AAAGACCATTTT
* * *
151440 CAA-TTAATTATACCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT-AT-TGCATTCATTCATTTATA
64 -AAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATAT--ATTAATTCATTTATA
* * * * * * * *
151502 ATCTTATAAATGATTGTTATTTGAGATATTTGGACTTTATGGTTGAAGCCTATCA
125 ATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * * * * *
151557 TAATTGGAAGTTTGAATTTAAAAATGTGAAGTGGATGGTATCCATTGAAAAGAAAAGACTATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAAG-AAAGACCATTTT
* *
151622 AAGTTAATCATGCCATCAAAATCTTTGTCACTCAC-TTAGAATGATATATTAATTCATTTATAAT
64 AAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTA-AATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * **
151686 ATTATATAAATGATTATAAA-TCAATATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACATATTG
127 -CT-TATAAATGATTATAAATTGAA-ATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * * *
151741 CAAGTGGATGTTTACATTG-GAAATGTGAAGTGGATGATATTCATT-ACGAAAGAAAGACCATTG
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGAC--AAGAAAGACCATTT
* * *
151804 TAAGTTAATCACGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAAT
63 TAAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
** * *
151869 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGCACTTTATGATCAAAACCTATCA
127 CTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * *
151922 TAATTAGATGTTTGCATTCACAAACGTGAAGTAGATTCTATCAACTT-ACAAGAAA-ACCGATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATC-A-TTGACAAGAAAGACC-ATTT
* * * ** *
151985 TAAGTTAATCATAG-CATTGAAAGTTTTGATACTTGCTTCAAATGATATATTAATTCATTTATAA
63 TAAGTTAATCAT-GCCA-TCAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
* * * * * * *
152049 TCTCT-TCAATTATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATAA
126 TCT-TATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* ** ** * * * *
152103 TAATTGGATGTTTGAATTG-GAAAATATGAAGTAAATGGTATCCATTGATAAGGAAAGACTACTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAA-GAAAGACCATTT
* * *
152167 TAAATTAAT-AGTACCATCGAATGCTTCT-TTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTAT
63 TAAGTTAATCA-TGCCATC-AAAGCTT-TGTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTAT
** * * **
152229 AATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGTTTTTATGATTCAACCCTATTG
124 AATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * * * *
152285 TATTTAGATGTTTACAATGAGAAATGTGAAGTGGATCCTATTCATTGTCAAGAAAAGACCATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGACAAG-AAAGACCATTTT
* * * * * * ** *
152350 CAGTGAATCATACCATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTAACAATTCTTTTATAATC
64 AAGTTAATCATGCCATCAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* ** * * * **
152415 TTCTAAATGATTATAAATCCAAAT-TATTCGAATTTATGATTTAAACCTATTG
128 TTATAAATGATTATAAATTGAAATCT-TTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * * * * *
152467 CAATTGGATGTTTGTAGTGAGAAATGTCAAGTGGATGCTATCAATTGTCTAGAATAGACCGTTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATC-ATTGACAAGAA-AGACCATTTT
* * * * * * * *
152532 ATGTTAATCATACCATTAGAAGCCTTGGTACTCATTTTAAATAATATATTAATCCATTTATAATC
64 AAGTTAATCATGCCATCA-AAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * * * *
152597 TTATAATTAATTATAAATTAAAATCTTTAGAC-TTATGATTAAAACCTATTA
128 TTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * * * * * **
152648 TAATTGGATGTTTGCATTTG-CAAACATGCAA-TGGATGTTGTCAATTCATAATTG-AAGGCTGT
1 TAATTGGATGTTTGCA-TTGAGAAACGTG-AAGTGGATGCTATC-ATTGACAA--GAAAGACCAT
* * * * * ** ** * *
152710 TTTAAGTTAATTATACCATTGAAAGTTTTGATAGACGGTTTAAATGATATATTTATTCATTTATG
61 TTTAAGTTAATCATGCCA-TCAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
* * * * * *
152775 ATCTTATAAATGATTATTACTTGAGATATTTGGACTTTATGCTTAAAACTTATCA
125 ATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * * *
152830 TAATTGGATGTTTGAATTG-GAAAACGTGAAGTGGATGGTATCCATTAACAAGAAAAGA-AATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAAG-AAAGACCATTT
* * * * * *
152893 TAAGTTAATCATCCCAACAAAATCTTTGTTACTCTC-TTAGAATGATATATTAATTCATTTGTCA
63 TAAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTA-AATGATATATTAATTCATTTATAA
* * * *
152957 TATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTCAAAATCTATCA
126 TCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * *
153011 TAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCTCTTGACAAGAAAAGACTATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGTGGATGCTATC-ATTGACAAG-AAAGACCATTT
* * * * *
153075 TAAGTTAATAATGCAATCAAAAACTTTGTTACACTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
63 TAAGTTAATCATGCCATC-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * * * * **
153140 TTTATAAATGATTATAAA-TCACTATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACATGTTG
127 CTTATAAATGATTATAAATTGA-AATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
* * *** *
153193 TAATTGGATGTTTGCATT-AGAAAATGAGAAACAGATGCTATTCATT-ATGAAGAAAAGACCATT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGA-CAAG-AAAGACCATT
* * *
153256 TTAAGTTAACCATACCATTAATAGCTTTTGTTACT
62 TTAAGTTAATCATGCCATCAA-AGC-TTTGTTACT
153291 GCAATGGCCA
Statistics
Matches: 2442, Mismatches: 613, Indels: 263
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.00
180 31 0.01
181 870 0.36
182 1323 0.54
183 157 0.06
184 58 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCATTGACAAGAAAGACCATTTTAA
GTTAATCATGCCATCAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA
TAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCA
Done.