Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_77.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1703557
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Warning! 66023 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 6
Found at i:152789 original size:545 final size:545
Alignment explanation
Indices: 151272--153083 Score: 1220
Period size: 545 Copynumber: 3.3 Consensus size: 545
151262 TAATCATGCG
* * ** * *
151272 ATCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATATATTA-ATTCATTTATAAACTTATAAATGATTA
1 ATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTA-TACATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* * * ** ** * * * *
151336 TAAATCAAAATCTTTGCACTTTA-CAGTTAAAAGTTATTGCAATTAGATGTTTACATTGAGAAAC
65 TAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGA-TCAAAACCTATCACAATTAGATGTTTGCAGTCACAAAC
* * ** * * * * * * *
151400 ATGAAACAGATGTTGTTC-A-TTGAGAAGAAAAGACTATTTTCAA-TTAATTATACCA-TCAATA
129 GTCAAGTAGATGCT-ATCAACTT-ACAAGAAAA-CCGATTTT-AAGTTAATCATACCATTGAA-A
* * * * ** * * * * * * * *
151461 GCTTTGTTACTCACTTTAAATATTGCATTCATTCATTTATAATCT-TATAAATGATTGTTATTTG
189 GCCTTGATACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTCT-TCAATTATTATAAATTA
* * * * * * * ** ** *
151525 AGATATTTGGACTTTATGGTTGAAGCCTATCATAATTGGAAGTTTGAATTTAAAAATGTGAAGTG
253 AAATATTTAGACTTTATGATTAAAACCTATAATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTA
* * * * * * * * * * *
151590 GATGGTATCCATTGAAAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCA-TGCCATCAAAATCTT-TGTCAC
318 AATGGTATCAATTCATAAGGAAAGACTACTTTAAATTAAT-AGTACCATCGAAAGCTTCT-TGAC
* *
151653 TCACTTAG-AATGATATATTAATTCATTTATAATATTATATAAATGATTATAAATCAATATCTTT
381 TCACTTTGAAATGATATATTAATTCATTTATAAT-CT-TATAAATGATTATAAATCAATATCTTT
* * * *
151717 GGACTTTATGGTTAAAACATATTGCAAGTGGATGTTTACATTGGAAATGTGAAGTGGATGATATT
444 GGACTTTATGATTAAAACATATTGCAAGTAGATGTTTACAATGGAAATGTGAAGTGGATCATATT
* *
151782 CATTACGAAAGAAAGACCATTGTAAGTTAATCACGCC
509 CATTACGAAAGAAAGACCATTGTAAGTGAATCACACC
* * *
151819 ATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT
1 ATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTATACATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT
* * *
151884 AAATCAAAATCTTTGCACTTTATGATCAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTCACAAACGT
66 AAATCAAAATCTTTGCAATTTATGATCAAAACCTATCACAATTAGATGTTTGCAGTCACAAACGT
* * * **
151949 GAAGTAGATTCTATCAACTTACAAGAAAACCGATTTTAAGTTAATCATAGCATTGAAAGTTTTGA
131 CAAGTAGATGCTATCAACTTACAAGAAAACCGATTTTAAGTTAATCATACCATTGAAAGCCTTGA
** * * * * *
152014 TACTTGCTTCAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCTTCAATTATTATTAATTGAGATATTT
196 TACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTCTTCAATTATTATAAATTAAAATATTT
* * *
152079 GGACTTTATGGTTAAAACCTATAATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATATGAAGTAAATGGTAT
261 AGACTTTATGATTAAAACCTATAATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTAAATGGTAT
* * * *
152144 CCATTGATAAGGAAAGACTACTTTAAATTAATAGTACCATCGAATGCTTCTTTACTCACTTTGAA
326 CAATTCATAAGGAAAGACTACTTTAAATTAATAGTACCATCGAAAGCTTCTTGACTCACTTTGAA
* **
152209 A-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAA-ATCTTTGGTTTTTATGA
391 ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAATATCTTTGGACTTTATGA
* * * * ** * *
152272 TTCAACCCTATTGTATTTAGATGTTTACAATGAGAAATGTGAAGTGGATCCTATTCATT--GTCA
455 TTAAAACATATTGCAAGTAGATGTTTACAATG-GAAATGTGAAGTGGATCATATTCATTACG-AA
* * *
152335 AGAAAAGACCATTTTCAGTGAATCATACC
518 AG-AAAGACCATTGTAAGTGAATCACACC
* *
152364 ATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTA-ACAATTCTTTTATAATCTTCTAAATGATTA
1 ATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTATAC-ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* ** ** * * * *
152428 TAAATCCAAAT-TATT-CGAATTTATGATTTAAACCTATTGCAATTGGATGTTTGTAGTGAGAAA
65 TAAATCAAAATCT-TTGC-AATTTATGATCAAAACCTATCACAATTAGATGTTTGCAGTCACAAA
* * * * *
152491 TGTCAAGTGGATGCTATCAA-TTGTCTAGAATAGACCG-TTTTATGTTAATCATACCATT-AGAA
128 CGTCAAGTAGATGCTATCAACTT-ACAAGAA-A-ACCGATTTTAAGTTAATCATACCATTGA-AA
* * *
152553 GCCTTGGTACTCATTTTAAATAATATATTAATCCATTTATAATCT-TAT-AATTAATTATAAATT
189 GCCTTGATACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTCT-TCAATT-ATTATAAATT
* * * * *
152616 AAAATCTTTAGAC-TTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGCAAACATGCAA-
252 AAAATATTTAGACTTTATGATTAAAACCTATAATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATG-AAG
** * * * * ** * *
152679 TGGATGTTGTCAATTCATAATTG-AAGGCTGTTTTAAGTTAATTA-TACCATTGAAAG-TT-TTG
316 TAAATGGTATCAATTCATAA-GGAAAGACTACTTTAAATTAA-TAGTACCATCGAAAGCTTCTTG
* * * * * ** * *
152740 A-TAGACGGTTT-AAATGATATATTTATTCATTTATGATCTTATAAATGATTATTACTTGAGATA
379 ACT-CAC--TTTGAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAATATC
* * *** * * * * *
152803 TTTGGACTTTATGCTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGAAAACGTGAAGTGGATG
441 TTTGGACTTTATGATTAAAACATATTGCAAGTAGATGTTT-ACAATGG-AAATGTGAAGTGGATC
* * * * *
152867 GTATCCATTA--ACAAGAAAAGA-AATTTTAAGTTAATCATC-CC
504 ATATTCATTACGA-AAG-AAAGACCATTGTAAGTGAATCA-CACC
* * * * * * * *
152908 AACAAAATCTTTGTTACTC--TCTTAGAATGATATATTA-ATTCATTTGTCATATTATAAATGAT
1 ATCAATAGCATTGTTACTCAAT-TTA-AATGATGTA-TACATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
** * * * * * * * *
152970 TATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTCAAAATCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTAGGAA
63 TATAAATCAAAATCTTTGCAATTTATGATCAAAACCTATCACAATTAGATGTTTGCAGTCA-CAA
* * * * * *
153034 ACGTGAAGTGGATGCCATC-TCTTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAAT
127 ACGTCAAGTAGATGCTATCAACTT-ACAAGAAAA-CCGATTTTAAGTTAAT
153084 AATGCAATCA
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 200, Indels: 95
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
542 3 0.00
543 13 0.01
544 208 0.20
545 367 0.36
546 287 0.28
547 138 0.14
548 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (545 bp):
ATCAATAGCATTGTTACTCAATTTAAATGATGTATACATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT
AAATCAAAATCTTTGCAATTTATGATCAAAACCTATCACAATTAGATGTTTGCAGTCACAAACGT
CAAGTAGATGCTATCAACTTACAAGAAAACCGATTTTAAGTTAATCATACCATTGAAAGCCTTGA
TACTCACTTCAAATAATATATTAATCCATTTATAATCTCTTCAATTATTATAAATTAAAATATTT
AGACTTTATGATTAAAACCTATAATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTAAATGGTAT
CAATTCATAAGGAAAGACTACTTTAAATTAATAGTACCATCGAAAGCTTCTTGACTCACTTTGAA
ATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAATATCTTTGGACTTTATGAT
TAAAACATATTGCAAGTAGATGTTTACAATGGAAATGTGAAGTGGATCATATTCATTACGAAAGA
AAGACCATTGTAAGTGAATCACACC
Found at i:158456 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 158436--158464 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
158426 AATACATATG
158436 TCTTCACGTATGTAT
1 TCTTCACGTATGTAT
158451 TCTTCACGTATGTA
1 TCTTCACGTATGTA
158465 ACAATCACTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TCTTCACGTATGTAT
Found at i:158737 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 158624--158739 Score: 128
Period size: 27 Copynumber: 4.3 Consensus size: 27
158614 TGTGGCCCCA
* * * *
158624 GCCATGT-AATATAAACTCATGGTTTT
1 GCCATGTAAACATCAACTCGTGGTCTT
* *
158650 GCCATG-AAAGCATCATCTCGTGGTCTC
1 GCCATGTAAA-CATCAACTCGTGGTCTT
*
158677 GCCATGTAGACATCAACTCGTGGTCTT
1 GCCATGTAAACATCAACTCGTGGTCTT
* *
158704 GCCATGTAAATATCAACCCGTGGTCTT
1 GCCATGTAAACATCAACTCGTGGTCTT
158731 GCCATGTAA
1 GCCATGTAA
158740 CAGATGCCCG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 12, Indels: 5
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.11
27 65 0.87
28 2 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
GCCATGTAAACATCAACTCGTGGTCTT
Found at i:160811 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 160776--160835 Score: 75
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
160766 TTTTTCTTTA
*
160776 TTTACCATTTAACCCTTCAAACTTTTCATCT
1 TTTACAATTTAACCCTTCAAACTTTTCATCT
*** *
160807 TTTACAATTTGGTCTTTCAAACTTTTCAT
1 TTTACAATTTAACCCTTCAAACTTTTCAT
160836 AAATTACAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 24 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
TTTACAATTTAACCCTTCAAACTTTTCATCT
Found at i:161743 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 161509--167685 Score: 4616
Period size: 182 Copynumber: 34.0 Consensus size: 182
161499 AGGTGTTACA
* *
161509 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATAAATCAAAACCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* ** * * * * *
161574 TTGGACTTTATGATCAAAACCTAGAATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACGTGAATTGGATGAT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * *
161639 ATTAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAAACATACCATCAAAAGCTTT
131 ATTCATTGACAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * *** ** * *
161691 GATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTCTTTTATAATCTCATAAATGATTATTTGTTGAGATA
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * *
161755 TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT-CAAT-AGGAAAACATGAAGTGGAT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGA-G-AAACATGAAGTGGAT
* * * * * * * * *
161818 GGTATCCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTATACTA-CTGAATGCTTT
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAAGCTTT
*
161873 GTTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATC
1 GTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
** * * *
161937 TTTACACTTTATGCTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTCGA-AAATATGAAGTGGATG
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAGTGGATG
* **
162001 CTA--CAATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTT
129 CTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * * * ** * *
162054 GCTACAT-GCTTTAAATGATATATTAATCCAATTATAATCTTGTAAATAATTATTAATTGAGATA
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * *
162118 TTT-GACCTTTATGGTT-AAACTCTATCATAATTGCATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGAT
65 TTTGGA-CTTTATGATTAAAAC-CTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
* * * * *
162181 GCTATTCTTTGACAAGAAAAGACCATTTTATGTTTATCATGCCATCGAAAGCTTC
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * *
162236 GTTGCTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* ** * *
162301 TTAGACTTTATGATTAAAATATATTGTCAA-TGGATGTTTGCATTG-GAAAACATGACA-TAGAT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTAT-AATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGA-AGTGGAT
* ** * **
162363 GCTATTAATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATCATTAGCTTT
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * *
162418 GTTTCTCACTTCAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * *
162483 TTGCGA-TTCATAATCAAAACCTATTGTAATTGGATGTCTGCATTCGA-AAAAATGAAGTGGATG
66 TTG-GACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAGTGGATG
* * * * **
162546 CTA-TCAAATGACAAAAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCACGCTTTCAAAAGGC-TT
129 CTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA-GCTTT
* * ** * * * ** ** * * ** * *
162600 GATACACGTTTTAAATGGTATATTGATTAATTTATAATCCAACGAATGATCATTAATTGATATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * * * *
162665 TTGGACTCTATGGTTATAACCTATCATAATTGGA-GATTT-AAATGGGAAAATATGAGGTGGACG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATG-TTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGATG
* * * * * ** * * *
162728 GTATACATCGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACCATCGAATA-CTTA
129 CTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAAGCTTT
* * ** *
162782 GTTACTCACTTTGAAA-GATATATTTATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAACTTGAAATT
1 GTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * *
162846 TTTGGACTTTATGGA-TCAAACCTATTGTAATTGGATGTCTGCATTGGGAAACATGGAGTGGATG
65 TTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATG
* * * *
162910 CTATTCATTG-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTGAAGT-ATACCATGAATAA-CATT
129 CTATTCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA-TCATGCCATCAA-AAGCTTT
* * * *
162964 GCTACTCACTTTAAATGATGTAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCA
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * *
163029 TTAGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGATATTT-C-TAGTAGAAA-ATGTGAAGTGGAT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACA--TGAAGTGGAT
* * ** *
163091 GCTA-TCAATTGTCTAA-AACAGACTGTTTTATA-TTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
128 GCTATTC-ATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* *
163146 GTTACTCACTTTAAATGATACATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * *
163211 TTGAACTTTATGGA-TAAAACCTATTGTTATTGGATGTTTGCATAG-GAAACATCAAATGCG-TT
66 TTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTG-GATG
* * * *
163273 CTATTCATTG-CAAAGAAAAGATCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCTTC
129 CTATTCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * **
163327 ATTACTTACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
** * * * *
163392 TTAAACTTTATGATCAAAACCTTTTATAATTGGATGTTTGCATTCAGAAACATGAAGTGGAAGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * *
163457 A-TCTATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTGATAATGTCATTAAAAGCTTT
131 ATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * * * ** * *
163509 GATACACGCTTTAAATGATATATTAATTAACTTATAATTTTATAAATGATTATTAATTGAGATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
** ** * * *
163574 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTAAATTGAAAAACATGAAGTGAATGGT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * *** **
163639 ATCCATTGACAAAAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTTGTTTAAAGCTTT
131 ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* ** * * * *
163691 TTTACTCACTTTAAACAATATCTTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTATAAATCGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * ** * *
163756 TTCGACTTTATGGTTTAAACCTATCAAAATTAGATAATTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * ** * *
163821 ATACCTTGACAAGAAAAAACCATCTTAATTTAATTGTGCAATCAAAAGCATT
131 ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * *
163873 GCTACTCACTTAAAATGAAATATGAAATCATGTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * ** * *
163938 TTGTAGTGTATGATTAAAACTTATTGTATTTGGATGTTTGAATCAAAAAACATGAAGTGTATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * *
164003 ATTCATTG-CTAAGAAAA-AACATTTTAATTTAATCATGCCAACAATAGCTTT
131 ATTCATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * *
164054 GTTACT--C--TAAATGATGTATTTATTCGTTTATAGTCTTATAAACGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * * *
164115 TTGGATTTTATGGTCAAAACTTATTATAATTGGATGGTTGCATTCAAAAACGTGAATTGGATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
* * *
164180 A-TCATTTGACAAGAATAGATCATTTTAAGTTAATC-TCGCCATCAAAAGCTTC
131 ATTCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT-GCCATCAAAAGCTTT
* * * ** * *
164232 GATA--CACTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** ** *
164295 TTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCGTAATTGGATGTTTAAATT-AGAAAACATGAAGCGGATAG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGAT-G
* * * ** * * * **
164359 -TATGCCTTGACAAGAAATGATTATTTTGAGCTAATCATGCTATTGAAAGCTTT
129 CTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * ** * * * **
164412 TTTACTCACTTTGAACAATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTACAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** * * *
164477 TTGGACTTTAT-AGTTAACACCTATCATAATTGGATAATTACATTGGGAAACATGAAGTAGATGC
66 TTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGC
* * * * *
164541 TA-TGACTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATAAAAAGCATT
130 TATTCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
** * * *
164594 GTTACTTGCTTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAACCAAAATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * *
164659 TTGCACTTTATGATT-AAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATT-AGAAAACATGACA-TGGATG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGA-AGTGGATG
* *** * * * *
164721 CTATTCATT-ATGGAA-AAAAGACTGCTATAA-TTAATCATTCCAACAATAGCTTT
129 CTATTCATTGA--CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * *
164774 GTTACTCACTTTAAATGGTGTATTAATTCATTTATAATCTTAT-AATGAATCATAAATCCAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATG-ATTATAAATCAAAATC
* * * * * *
164838 TTTGGACTTTATCATCAAAACCTATTCTAATTGGTTTTTTTGCATTTGA-AAAGATGAAGTGGAT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGG-ATGTTTGCA-TTGAGAAACATGAAGTGGAT
* * *
164902 GCTA-TCAATTGACAAGAAAAGGCCATTTTAAGTTAAT-AGTGCCA-CTGAAAGCTTC
128 GCTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA-TGCCATC-AAAAGCTTT
** * * * * * ** *
164957 AATACAT-TCTTTAAGTGATA-ATTTAATTCATTTGTAATCTTATAATTGATTATTAATTGAGAT
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATA-TTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT
* * * * * * *
165020 ATTTGGACTTGATTG-TTAAAACCTATCATAATTGGATATATGAATTG-GAATACGTGAAGTAGG
64 CTTTGGACTTTA-TGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA-ACATGAAGT-GG
* * * * * *
165083 -TGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGACTATTTTAAGTTCATAATGCCATCAAAAGCATT
126 AT-GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * **
165139 GTTACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAAATAATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * *
165204 TTGGACTTCATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATT-ACAAA-ATTTGAAGTGGATG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACA--TGAAGTGGATG
* * * * * *** *
165267 CTATCCCTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTAAATTATATTATCAAAAGCCTT
129 CTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * * * * *
165321 GTTACTCGCTTTAAAGGAGATATTAATTCATTTACAAGCTTATAAATAATTGTAAGTGAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
** * * * * * * * *
165386 TTAAACTTTATGGTTAAAACTTACTGTAATTGGATGTTTCCATTGTGAAACATGACGTGGATGTT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
** * * * *
165451 ATTCATTGGGAAGAAATGACCATATGAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTT
131 ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * *
165503 GTTACTCACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATATTCTTGTAAATGATTATAAATCAAGATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * ** *
165568 TTAGACCTTATGATCAAAACCTATAATAATTGGATATTTG-AGTTTGA-AAATGTGAAGTGAATG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA--TTGAGAAACATGAAGTGGATG
* ** * * ** * *
165631 CTA-CCAATTGATGAGAATAGGCCATTTTAAGTTAATCACACTATGAAAA-C---
129 CTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * * * *
165681 CTT-C-GA---TAAATGATATATTAATT-ACGTTATAATCTAATAAATTATTATTAAGT-GAGAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCA-TTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAAT
* * * * * * *
165739 ATTTAGAC-TT-TGCAGTTAAAACGTATCATAATT-GATTGTTTGAATTG-GAAAATATGAAATG
64 CTTTGGACTTTATG-A-TTAAAACCTATTATAATTGGA-TGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTG
* ** * * *
165800 GATGCTA-TCTATTGACAAGAAAAGACTATTTTATTTTAATTGA-GCTATCGAAAGCTTT
125 GATGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA-TCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * **
165858 TTTACTCACTTTCAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTGTAAATGATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** * * * ** * *
165923 TTGGACTTTTTGGTTAAAATTTATCATAATT-AACTGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGCAAGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGA-TGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGC
* * * * ** * * **
165987 TATGCCTTGATAAGGAAAGACCATTGCAAGTTAATCATACAATTGAAAG-TATT
130 TATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCT-TT
* *
166040 GTTACTCACTTTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATGT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * *
166105 TTGCACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATT-AGCAAACATGAAGTGGATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGATGC
*** * *
166169 TATTCATTGTGGAGAAAA-AGCCATTTTAA-CTAATCATGCCATCAATAGCTTT
130 TATTCATTGACAAGAAAAGA-CCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * *
166221 GTCAC-CGACTTTTAATAATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
1 GTTACTC-ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * ** **
166285 TTTGTACTTTATGTTTAAAAACTATTCTAATT-GATTGTTTGTGTTTG-GAAATGTGAAGTGGAT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGA-TGTTTG-CATTGAGAAACATGAAGTGGAT
** *
166348 GCTATTTGTTGA-ATAGAAAAGACCATTTTAAGTTATTCATGCCATCAAAAGCTTT
128 GCTATTCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * * * ** *
166403 GATATA-TGA-TTTAAATGATATATTAA-TCAATTTATAACCTTATAATTGATTTTTAATTGAGA
1 G-T-TACTCACTTTAAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * ** *
166465 TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAACTGGATGTTTAAATT-AGAAAATATGAAGTGGA
63 TCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGA
* * * * * * ** *
166529 TGGTATCCATTCACAAG-AAAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCCTTGAAAGATTT
127 TGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * ** * * * * **
166584 ATCACTCA-TTTTGATCCATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTTTACATTGAAATC
1 GTTACTCACTTTAAAT-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * *** *
166648 TTT-CACTTTTATGGTTGAAACCTATCATAATTGGACACTTCCATT-AGGAAACATGAA-TGGAT
65 TTTGGAC-TTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGTGGAT
* ** * ****
166710 GCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAGGTTAATGGTGCGATTGGGAGCTTT
128 GCTATTCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
*
166765 GTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATTCATTTATAAATAC--ATAAATGATTATAAATCAAAAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT-AAT-CTTATAAATGATTATAAATCAAAAT
* * * * *
166828 CTTTGGACTTTGT-AGTGAAAATCTATTGTGATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACATGAAGTGGA
64 CTTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGTGGA
* * ** * * ** *
166891 T-TTAATTCGTTGTGAAGAAAAGGCCATTTAAAGCCAATCATGCCATCAATAGCTTT
127 TGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * *
166947 CTTAGTCACTTT-AATGATGCT-TTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * ** ** *
167010 TTGGGACTTTATGATCAAAACCTA-TATAATTAGATGTTTGCATTCTGAAAGGTGAAGTGGATAC
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGC
* **
167074 TA-TCAATTGACAAGAATAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTT
130 TATTC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * *
167127 GATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAGTTCATT-TATAAT-CTTATAAATGAT
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA--TC-TTATA-AATGATTAT-AA--A-
* * * * * *
167189 TCTTAAATGGGATATTTGGACTTTATGGA-TAAAACCTATCATAATTTTGCTGTTTGAATTGAAA
57 TC--AAA----ATCTTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAA-TTGGATGTTTGCATTGAGA
** * * ** * * *
167253 AATGTGAAATGGGTATTATCCATTGACAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAG
114 AACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAG
167318 CTTT
179 CTTT
* * *
167322 GTTACT-ATCTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAAAT-GAAAT
1 GTTACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAATCAAAAT
* * * *
167385 CTTTGGATTTTATCG-CTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAATTGGAT
64 CTTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
* * ** * ** * *
167449 GCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTCTGTTAATAATGTGATCGAAACCTTT
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
* * * *
167504 GTTACTCACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATGAACCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * *
167569 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAA-TCGATGTTTGTATTGGGAAACATTAAGTGGATTCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
** * *
167633 ATTCATTGTGAAGAAAATACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTT
131 ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
167685 G
1 G
167686 CTAATCATTT
Statistics
Matches: 4690, Mismatches: 1079, Indels: 453
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 9 0.00
173 110 0.02
174 8 0.00
176 4 0.00
177 109 0.02
178 35 0.01
179 13 0.00
180 342 0.07
181 963 0.21
182 2719 0.58
183 198 0.04
184 20 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 4 0.00
189 3 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
192 5 0.00
193 32 0.01
194 7 0.00
195 102 0.02
196 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCT
ATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
Found at i:162573 original size:364 final size:364
Alignment explanation
Indices: 161509--177074 Score: 4787
Period size: 364 Copynumber: 42.6 Consensus size: 364
161499 AGGTGTTACA
* *
161509 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATAAATCAAAACCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* ** * * * *
161574 TTGGACTTTATGATCAAAACCTAGAATAATTGGATGTTTGCATT-CACAAACGTGAATTGGATGA
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGC
* * * *
161638 TATTAATTGACAAGAAAATG-CCATTTTAAGTTAAACATACCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCT
130 TATTAATTGACAAGAAAA-GACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACT
* * *** *
161701 TTAAATGATATATTAATTCTTTTATAATCTCATAAATGATTATTTGTTGAGATATTTGGACTTTA
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTA
* * * * * *
161766 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT-CAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTAA
258 TGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGC-ATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA
* * * * * *
161830 CAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTATACTA-CTGAATGCTTT
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-GAAAGCTTT
*
161873 GTTACTCACTTTGAAA-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATC
1 GTTACTCACTTT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
** * * * *
161937 TTTACACTTTATGCTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTCGAAAATATGAAGTGGATGC
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * ** * *
162002 TA-CAATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGCTACAT-GCTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTT
* * * * * *
162065 TAAATGATATATTAATCCAATTATAATCTTGTAAATAATTATTAATTGAGATATTT-GACCTTTA
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGA-CTTTA
* * * * * *
162129 TGGTT-AAACTCTATCATAATTGCATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCTTTGA
258 TGATTAAAAC-CTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA
* * * *
162193 CAAGAAAAGACCATTTTATGTTTATCATGCCATCGAAAGCTTC
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * *
162236 GTTGCTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* ** * *
162301 TTAGACTTTATGATTAAAATATATTGTCAA-TGGATGTTTGCATTGGAAAACATGACA-TAGATG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTAT-AATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGA-AGTGGATG
** * ** *
162364 CTATTAATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATCATTAGCTTTGTTTCTCACTT
129 CTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * *
162429 CAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGCGA-TTCA
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTG-GACTTTA
* * * * * * *
162493 TAATCAAAACCTATTGTAATTGGATGTCTGCATTCGAAAAAATGAAGTGGATGCTA-TCAAATGA
258 TGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTGA
* * ** *
162557 CAAAAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCACGCTTTCAAAAGGC-TT
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAA-GCTTT
* * ** * * * ** ** * * ** * *
162600 GATACACGTTTTAAATGGTATATTGATTAATTTATAATCCAACGAATGATCATTAATTGATATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * ** * * * * *
162665 TTGGACTCTATGGTTATAACCTATCATAATTGGA-GATTTAAATGGGAAAATATGAGGTGGACGG
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATG-TTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * ** * * *
162729 TA-TACATCGATAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACCATCGAATA-CTTAGTTACTCACT
130 TATTA-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAAGCTTTGTTACTCACT
* * *
162792 TTGAAA-GATATATTTATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAACTTGAA-ATTTTTGGACTT
193 TT-AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-AAGATATTTGGACTT
* * * * *
162855 TATGGA-TCAAACCTATTGTAATTGGATGTCTGCATTGGGAAACATGGAGTGGATGCTATTCATT
256 TAT-GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT
* * * *
162919 G-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTGAAGT-ATACCAT-GAATAACATT
320 GACAAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAA-TCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * *
162964 GCTACTCACTTTAAATGATGTAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCA
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * **
163029 TTAGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGATATTT-CTAGTAGAAAATGTGAAGTGGATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGC-ATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * ** *
163093 TATCAATTGTCTAA-AACAGACTGTTTTATA-TTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACT
130 TATTAATTGAC-AAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * *
163156 TTAAATGATACATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTA
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTA
* * * * * *
163221 TGGA-TAAAACCTATTGTTATTGGATGTTTGCATAGG-AAACATCAAATGCG-TTCTATTCATTG
258 T-GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTG-GATGCTATTCATTG
* * *
163283 -CAAAGAAAAGATCATTTTAAGCTAATCATGCCATC-AATAGCTTC
321 ACAAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * **
163327 ATTACTTACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
** * * * *
163392 TTAAACTTTATGATCAAAACCTTTTATAATTGGATGTTTGCATT-CAGAAACATGAAGTGGAAGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * * *
163456 TATCT-ATTGACAAGAAAAGATCATTTTAAGTTGATAATGTCATTAAAAGCTTTGATACACGCTT
130 TAT-TAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * * *
163520 TAAATGATATATTAATTAACTTATAATTTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAT
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT
** * * * *
163585 GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTAAATTGAAAAACATGAAGTGAATGGTATCCATTGACA
259 GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACA
* *** **
163650 AAAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGTTGTTTAAAGCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* ** * * * *
163691 TTTACTCACTTTAAACAATATCTTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTATAAATCGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * ** * *
163756 TTCGACTTTATGGTTTAAACCTATCAAAATTAGATAATTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * ** * * * *
163821 A-TACCTTGACAAGAAAAAACCATCTTAATTTAATTGTGCAATCAAAAGCATTGCTACTCACTTA
131 ATTA-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * * * * * * * *
163885 AAATGAAATATGAAATCATGTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGTAGTGTATG
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATG
* * * * *** *
163950 ATTAAAACTTATTGTATTTGGATGTTTGAATCAAAAAACATGAAGTGTATGCTATTCATTG-CTA
260 ATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGAC-A
* *
164014 AGAAAAA-A-CATTTTAATTTAATCATGCCAAC-AATAGCTTT
324 A-AAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * * *
164054 GTTACT--C--TAAATGATGTATTTATTCGTTTATAGTCTTATAAACGATTATAAATCAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * ** * *
164115 TTGGATTTTATGGTCAAAACTTATTATAATTGGATGGTTGCATTCAAAAACGTGAATTGGATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * *
164180 ATCATTTGACAAGAATAGATCATTTTAAGTTAATC-TCGCCATCAAAAGCTTCGATA--CACTTT
131 ATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCAT-GCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * *
164242 AAATGATATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATG
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATG
* * ** * * * *
164307 GTTAAAACTTATCGTAATTGGATGTTTAAATTAGAAAACATGAAGCGGATAG-TATGCCTTGACA
260 ATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGAT-GCTATTCATTGACA
* * ** * * * *
164371 AGAAATGATTATTTTGAGCTAATCATGCTATTGAAAGCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * ** * * * **
164412 TTTACTCACTTTGAACAATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTACAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** * * *
164477 TTGGACTTTAT-AGTTAACACCTATCATAATTGGATAATTACATTGGGAAACATGAAGTAGATGC
66 TTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * **
164541 TATGACTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAATAAAAAGCATTGTTACTTGCTTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* ** * *
164606 AAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAACCAAAATATTTGCACTTTATG
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATG
* * * *
164671 ATT-AAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACATGACA-TGGATGCTATTCATT-ATG
260 ATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGA-AGTGGATGCTATTCATTGA-C
* *** * * *
164733 GAAAAAAGACTGCTATAA-TTAATCATTCCAAC-AATAGCTTT
323 AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * *
164774 GTTACTCACTTTAAATGGTGTATTAATTCATTTATAATCTTAT-AATGAATCATAAATCCAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATG-ATTATAAATCAAAATC
* * * * * * *
164838 TTTGGACTTTATCATCAAAACCTATTCTAATTGGTTTTTTTGCATTTGAAAAGATGAAGTGGATG
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGG-ATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATG
* * * *** *
164903 CTATCAATTGACAAGAAAAGGCCATTTTAAGTTAAT-AGTGCCA-CTGAAAGCTTCAATACAT-T
129 CTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCA-TGCCATC-AAAAGCTTTGTTAC-TCA
* * * * *
164965 CTTTAAGTGATA-ATTTAATTCATTTGTAATCTTATAATTGATTATTAATTGAGATATTTGGACT
191 CTTTAAATGATATA-TTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACT
* * * * * * * *
165029 TGATTG-TTAAAACCTATCATAATTGGATATATGAATTGGAATACGTGAAGTAGG-TGGC-ATCC
255 TTA-TGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT-GGAT-GCTATTC
* * * * *
165091 ATTGA-AAAGAAAAGACTATTTTAAGTTCATAATGCCATCAAAAGCATT
317 ATTGACAAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * **
165139 GTTACTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAAATAATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * ** **
165204 TTGGACTTCATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTACAAAATTTGAAGTGGATGCT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
*** * * * *** * *
165269 ATCCCTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTAAATTATATTATCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA
131 ATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
* * * * * * * * * * ** *
165334 AAGGAGATATTAATTCATTTACAAGCTTATAAATAATTGTAAGTGAAAATCTTTAAACTTTATGG
196 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATGA
* * * * **
165399 TTAAAACTTA-CTGTAATTGGATGTTTCCATTGTG-AAACATGACGTGGATGTTATTCATTGGGA
261 TTAAAACCTATC-GTAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACA
* * * *
165462 AGAAATGACCATATGAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * *
165503 GTTACTCACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATATTCTTGTAAATGATTATAAATCAAGATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * ** *
165568 TTAGACCTTATGATCAAAACCTATAATAATTGGATATTTG-AGTTTGAAAATGTGAAGTGAATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGC
** ** * * ** * * * *
165632 TACCAATTGATGAGAATAGGCCATTTTAAGTTAATCACACTATGAAAA-C---CTT-C-GA---T
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * * * * *
165688 AAATGATATATTAATT-ACGTTATAATCTAATAAATTATTATTAAGTGAGATATTTAGAC-TT-T
195 AAATGATATATTAATTCA-TTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT
* * * * *
165750 GCAGTTAAAACGTATCATAATT-GATTGTTTGAATTGGAAAATATGAAATGGATGCTA-TCTATT
259 G-A-TTAAAACCTATCGTAATTGGA-TGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATT
* * ** * *
165813 GACAAGAAAAGACTATTTTATTTTAATTGA-GCTATCGAAAGCTTT
320 GACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAA-TCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * **
165858 TTTACTCACTTTCAATGATTTATTAATTCATTTATAATCTTGTAAATGATTATAAATTGAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** * * * ** * *
165923 TTGGACTTTTTGGTTAAAATTTATCATAATT-AACTGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGCAAGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGA-TGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
*** * * ** * * **
165987 TATGCCTTGATAAGGAAAGACCATTGCAAGTTAATCATACAATTGAAAG-TATTGTTACTCACTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCT-TTGTTACTCACTT
* * * * *
166051 TAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGCACTTTAT
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT
* * * * **
166116 GGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATTAGCAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGTGG
259 GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-AC
* *
166181 AGAAAAAG-CCATTTTAA-CTAATCATGCCATC-AATAGCTTT
323 AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * *
166221 GTCAC-CGACTTTTAATAATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
1 GTTACTC-ACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * ** **
166285 TTTGTACTTTATGTTTAAAAACTATTCTAATT-GATTGTTTGTGTTTGG-AAATGTGAAGTGGAT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGA-TGTTTG-CATTGGAAAACATGAAGTGGAT
** * *
166348 GCTATTTGTTGA-ATAGAAAAGACCATTTTAAGTTATTCATGCCATCAAAAGCTTTGATATA-TG
128 GCTATTAATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG-T-TACTC
* * * * *
166411 A-TTTAAATGATATATTAA-TCAATTTATAACCTTATAATTGATTTTTAATTGAGATATTTGGAC
190 ACTTTAAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGAC
* * * ** * * * *
166474 TTTATGGTTAAAACCTATCATAACTGGATGTTTAAATTAGAAAATATGAAGTGGATGGTATCCAT
254 TTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCAT
* * * * * * *
166539 TCAC-AAGAAAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCCTTGAAAGATTT
319 TGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * ** * * * * **
166584 ATCACTCA-TTTTGATCCATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTTTACATTGAAATC
1 GTTACTCACTTTAAAT-GATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * *** *
166648 TTT-CACTTTTATGGTTGAAACCTATCATAATTGGACACTTCCATTAGG-AAACATGAA-TGGAT
65 TTTGGAC-TTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGAT
* * * ** * ****
166710 GCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAGGTTAATGGTGCGATTGGGAGCTTTGTTACTCACT
128 GCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * *
166775 TTAAAAGATATATTAATTCATTTATAAATAC--ATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTT
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTAT-AAT-CTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTT
* * * * * * *
166838 TGT-AGTGAAAATCTATTGTGATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAGTGGAT-TTAATTCG
256 TATGA-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCT-ATTCA
** * * * **
166900 TTGTGAAGAAAAGGCCATTTAAAGCCAATCATGCCATC-AATAGCTTT
318 TTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * *
166947 CTTAGTCACTTT-AATGATGCT-TTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * ** *
167010 TTGGGACTTTATGATCAAAACCTA-TATAATTAGATGTTTGCATTCTG-AAAGGTGAAGTGGATA
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATG
* * ** * *
167073 CTATCAATTGACAAGAATAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATACAT-GCT
129 CTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACT
*
167137 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAAGTTCATT-TATAAT-CTTATAAATGATTCTTAAATGGG
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAA--TC-TTATA-AATGATTAT-AA--A---TT-AA---G
* * * * * ** *
167200 ATATTTGGACTTTATGGA-TAAAACCTATCATAATTTTGCTGTTTGAATTGAAAAATGTGAAATG
244 ATATTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATCGTAA-TTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTG
* ** * * * * *
167264 GGTATTATCCATTGACAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTT
307 GATGCTATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * *
167322 GTTACT-ATCTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAAAT-GAAAT
1 GTTACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAATCAAAAT
* * * *
167385 CTTTGGATTTTATCG-CTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAATTGGA
64 CTTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGA
*** ** * ** * *
167448 TGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTCTGTTAATAATGTGATCGAAACCTTTGTTACTCAC
127 TGCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCAC
* * * ** * *
167513 TTTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATGAACCAAAATCTTTGGACTTT
192 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT
* * * * * * * *
167578 ATGGTTAAAACCTATTGTAA-TCGATGTTTGTATTGGGAAACATTAAGTGGATTCTATTCATTGT
257 ATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA
* * *
167642 GAAGAAAATACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTT
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * ** * *
167685 G-------C--T-AATCAT-T-TTCAA-TCA--TATAATATTATAAATGATTATTAATTGACATA
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATT-AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
** * * * * * * ** * *
167735 TTCAGACTTTATGGTTAAAAACAATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATGTGAAGTAGATGT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
** ** * * * * * *
167800 TATCCATTGACAAGAAAAGA-C-TTTTTCGTTATTTATGTCAT-GATAGCTTTGTTACTCACTTG
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * *
167862 GAATGATAAATTAATTCATTTAT-ATCACTT-TAAACT-A-TAT--ATTAATGATATATT-AATT
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAAT--CTTATAAA-TGATTATAAATTAA-GATAT-TTGGACT
* * * * * * *
167920 TATGGATGATTATAAA--T-T-GAAATCTATGGA-CTTTACTAAT--ATAACCTATTATAATAGG
255 T-T--ATGATTA-AAACCTATCGTAA--T-TGGATGTTTGC-ATTGGA-AAAC-ATGA-AGT-GG
** ** * * ***
167978 ATG-T-TTGCATTGGGAAACATTAAATGGATGCTATCACTTGACAAGATAA-GA--CCATTTTAA
308 ATGCTATT-CATTGACAAA-A--AAA--GA--C---CA-TT-TTAAGTTAATCATGCCATCGAAA
*
168038 GTTAATCAT
360 GCT--T--T
* * ** * * * * * * *
168047 GTGATCAACAGCTTTGTTACGTGCTTTAAATGAAAT-ATTAAATCATTTATAAATTTATAAATGA
1 GTTA-C-TCA-C--T-TTAAATG--ATATATTAATTCATT-TATAATCT-T--A----TAAATGA
* * * * ** **
168111 TTATAAATCAAAGTCTTTGGACTTTA-CAGTTAAAACTTACTGCAATTGGATGTTTGCAAAGGAA
50 TTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAA
** * * * * *
168175 AATGTGAAGGGGATGC-ATTCATTG-CAATGAAAAGACCATTTTAATTTCATCATGCCATCAATA
114 AACATGAAGTGGATGCTATTAATTGACAA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAA
* * * * * * *
168238 GCTTTGGACATTA-TGA-TTAAAACCT-ATTATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAAC--ACGAAA
178 GCTTT-G---TTACTCACTTTAAA--TGA-TAT-ATT--A--ATT-CATTTATAATCTTA-TAAA
* * ** * * * * * * * **
168298 TTGATACTATCAATTAA-CTAGGATAGACCATTTTTAACTAATCATCACT-TTGAAAGCTTTCAT
229 -TGAT--TATAAATTAAGATA-TTTGGA-C-TTTATGATTAA--AAC-CTATCGTAA--TTGGAT
** * * * * *** * *
168361 GCATGC-TT---TAA-ATGAAAT--AT--TAATTCATT--TATAATCTGACAAATGATT-A-TTA
283 GTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT-ATTCATTGACAAAAAAAGAC-CAT-TTTAAGTTA
** **
168413 ATTGTGATATTC-AAA-CTTTAT
345 ATCATGCCA-TCGAAAGC-TT-T
** * * * * *
168434 GGTTA-AAACATATAATAATTGGATGT-TTGAATTGA---A-AA-CGTAAAGAGGATGGTATTCA
1 -GTTACTCAC-T-T--TAAAT-GATATATT-AATTCATTTATAATCTTATA-A--AT-G-ATT-A
** * ** * * * * *
168492 TTGAAAAGAAAAGTATATTTATAGTTAATTGTGCCATCAAAATCTTCATTACTAAGTTTGA-GTA
53 -T--AAATCAAA--ATCTTTGGA-CT--TTATG--ATTAAAA-CCT-ATTA-TAA-TTGGATGT-
* * * * * * * ** ** * *
168556 AT--ATAGTAATACAT-CA-T-AAT-CTTATAAATGATTGTA-AATTGAAATCTATGGACTTTAT
103 TTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC-TAT---TAATTG-ACAA--GAAA-AGA-CCATTTTAA
* * ** * * * *
168614 GATTAA--A-ACCAATCAGAA--TTGGATGTT--TGCA-TTGGGAA--ACA-A-GAATTGGATGC
159 G-TTAATCATGCC-ATCAAAAGCTT---TGTTACT-CACTT-TAAATGATATATTAATT-CAT-T
** * * * * * *
168667 TAT-CCCTTGACAAGAAAGCCCATTTTAAGTT-A-ATCATGTGAGCAAAAGCTTTTTACTTGCTT
215 TATAATCTT-A-TA-AATG---ATTATAAATTAAGAT-ATTTG-G----A-C--TTTA--TG-AT
*** ** * * * * * ** * ** *
168729 TAAATGATATATTAATT-CAT-TTAT-AATCT-TATAAATGATTATAAGTCAAAATGTTTAGACT
262 TAAAACCTATCGTAATTGGATGTT-TGCAT-TGGA-AAA-CA-T-GAAGT--GGATG-CTATTCA
* ** * * * ** * * *
168790 TTTATGAATAAA-ACCTATTGTAA-TTGGATGTTTG-AATTGGGAAACATGTAATTCAT
318 TTGACAAAAAAAGACC-ATTTTAAGTT-AAT-CATGCCA-T-CG-AA-A-G--CTT--T
* * * * * * * *
168846 GCTATTCA-TTGTGAAATAAAAGATCATTTTAAGTCAATCA-AGCCATC-AATAGATTTG-TTAC
1 GTTACTCACTT-T-AAAT----GAT-ATATTAATTCATTTATA---ATCTTATA-A-ATGATTA-
** * * ** * * ** *
168907 TCACTTTAAATGATATATTGTTTCATCTATAATCTTATAAA--TGATTATAAATTAAAATCTTTT
53 T-AAATCAAA--ATCT-TTG-GAC-TTTATGA--TTA-AAACCT-ATTAT-AATT-GGAT-GTTT
* * * * ** * ** ** * * *
168970 GACTTTATGATCAAAACCTGTA-TGCCTTC-AAAAATTTG--AAG--TGGATGC--TATCAGTTA
105 G-C-AT-TG--GAAAACATGAAGTGGATGCTATTAA-TTGACAAGAAAAGA-CCATTTTAAGTTA
** * * ** * * * *** * * **
169027 AT--TGGGAT-AATCATGCTATCGAAAGCTTA-TGTTAACAAGAAAGGCTATTTTAAGT-TAATC
163 ATCATGCCATCAA--AAGCT-TTGTTA-CTCACT-TTAA-ATGATATATTAATTCATTTATAATC
* * ** ** * * ** *
169087 GTGCTATCCTAA-GCTTA-AGTTTAGAAGA-A-AAGGCCATTT-TAAGTTAATCATGCTATC-CA
222 -T--TAT--AAATGATTATAAATT--AAGATATTTGGAC-TTTATGA-TTAA--AACCTATCGTA
* * * * * * * ** ** * * ***
169146 A----A-GCTT-AAGTT----AACAAGAA---AAGGCCATT--TTAAGTTAATCATG-CTATCGA
276 ATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA-CAAAAAAAGACCATTTT
* * ** *
169195 AAGCT--TCGATACACACTTTAAATGATTT
339 AAGTTAATC-ATGC-CA-TCGAAA-GCTTT
* * * * * * *
169223 -ATAATC-CTTTAAATGAT-TATTAATTGAGATATT-TGGA-CTT-T--ATGCTTA-AAACCTAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATT--CAT-TTAT-AATCTTATAAATGATTATAAATC-AA
* ** * * * * * *
169279 CATAATTGGA-TGTT-TGAAATGGAAAA-C--GT-GAAGTGGATGTTTTCCATT-GACAAA-A-A
61 AATCTTTGGACT-TTATG--AT-TAAAACCTATTATAATTGGATG-TTTGCATTGGA-AAACATG
*** ** ** * * * * * * * * *
169335 AAGACTATTTTAATTTAATTGTACCTTCG-TAAG--C-TTTGTTACTTACT-TTG-AATGATATG
120 AAGTGGATGCT-A-TTAATTG-A-C-AAGAAAAGACCATTT-TAAGTTAATCATGCCATCAAAAG
* * * ** ** * * *
169394 TTAATTCATTTATATCACTTCGAACAATATATTAACT-ATATATTAAT-TTATAAATGATTAAAA
179 CT--TT--GTTA-CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA-TAATCTTATAAATGATTATAA
* * * * ** ** *
169457 ATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGG-AAACAAG
238 ATTAAGATATTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATG
* * * * ** * *
169521 AAATGCATGCTATCCCTTGACAAAAAAAAGATTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATT
302 AAGTGGATGCTATTCATTGAC-AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * *
169585 GTTATTCCCTTTAAATGATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * * *
169649 TTTGGACTTTCTTG-TT-AAATCTTTTGTAATTGGATGTTTGCATT-CAGAAACCTAAAGTGGAT
65 TTTGGACTTT-ATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGAT
*** * * ** **
169711 GCTATCCCTTGAC---AATA-A--ATTTTAAGTTAATCATGTCATCAATTGCTTTGTTACTTGCT
128 GCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * *
169770 TCAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACCTTA
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTA
** * * ** * * * * *
169835 TGATCGAAACATA-CTATAATTGGAT-TTTATATTCGAAAACATAAAATGGATACCA-TCAGTTG
258 TGATTAAAACCTATC-GTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCA-TTG
** * * * * *
169897 ------ATTGA--A---CAGGTTAATCATGCCATTGAAAACCTT
321 ACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
** * * * * * *
169930 AATGCAT-GCTTTAAATGATATATTAATTTATTTATCATCTTATAAAT-ACTTATTAATTC-ATA
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA-TTA-TAAATCAAAA
* * * * * * *
169992 TATTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATAGTAAAACATGAAGTGAAT
63 TCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGAT
* ** * * ** * ** *
170057 GTTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGATAATTGTGTCATTGAAAGCTTTCTTACTCACT
128 GCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* *
170122 TTGAATGATATATGACTTCATTTATATCACTTTGAATGATATATTAATTTATAATGATTATAAAT
193 TTAAATG--ATAT-A-TT-A---AT-TCA-TTT--AT-A-ATCTT-A--TA-AATGATTATAAAT
* * * * *
170187 TGAAAAT-TTTGGACTTTAT-AGTCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAGGA
240 T-AAGATATTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGA
* * * **
170250 AGTGCATGCTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCATTT
303 AGTGGATGCTATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGC-TTT
*
170313 -TTACTTC-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * *
170376 TTTAG-TTTTCAT-AGTTAAAACCTTTTGTGATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTT
65 TTTGGACTTT-ATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGAT
* * * ** *** ** *
170439 GCTATCACTT-AGCAAGAAAAGCCCATTTTAAGTTAATTGTATAATTGAAAGCTTTGTT-CTGAC
128 GCTATTAATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCAC
* *
170502 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTT
192 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-AAGATATTTGGACTT
* * * * * * **
170566 TAT-ACTTAAGAGCTA-CTGTAATTGGAAGTTTGCATTGGCAAACACGAAATGGATGCTATTTGT
256 TATGA-TTAAAACCTATC-GTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCAT
** *
170629 TGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTT
319 TGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * * *
170675 GTTAGTCACTTT-AATAATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATGT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* *
170739 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGTATTTGG-AAACATGAAGTGGATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * * * *
170803 AATCAATTGA-ATTGAACAGACCATTTTAATTTAATCATGGCATCAAAAGCTTTGATA-T-GCTT
130 TATTAATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* *
170865 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAT
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT
* ** ** ** * * *
170930 GTTTAAACAATTAT--TAATTGAGAT-AAT-C-TTATAAATGATCA-CAATTGGATG-T-TTGAA
259 GATTAAA-ACCTATCGTAATTG-GATGTTTGCATTGGAAA--A-CATGAAGTGGATGCTATT-CA
* *** * ** * * *
170987 TTG-GAAAACGTGA--AGTAGATGTT-ATCCATTGACA-AGAAAAGACTACTTT
318 TTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAAT-CA-TGCCATCG-AAAG----CTTT
* * * * * *
171036 AAGTTTA-TCCTGCTTTCAAA--A-ACTTTGTAACTT-ACTCTA-AATGATATATTAATTCATTT
1 --G-TTACT-C-ACTTT-AAATGATA-TAT-TAA-TTCA-TTTATAAT-CT-TA-TAAATGA-TT
* * * * * * * *
171095 ATATCACTTTGAAAAATATATT-AACATTAT-ATTAATTTCTAA-ATGATTATAAATTGAAATCT
52 ATA--A--AT-CAAAATCT-TTGGACTTTATGATTAA-----AACCT-ATTAT-AATTG-GATGT
* * * * * * * * ** *
171157 TTGGACTTCATGCTTAAACCTATCACAATTGTATG-T-TTGCATTGAGAAATGTGAAGTGGTCGC
103 TT-G-CAT--TG--GAAAAC-AT--GAAGTGGATGCTATT-AATTGA-CAA---GAA-AAGAC-C
* * * * * *
171220 TATCCCTTGACACG--AA--AAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTGTTACTCT
152 -AT---TTTA-A-GTTAATCATG-CCA--TCAA---AAGC-TTTG-TT---A-C----TCACT-T
** * **
171281 CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TAAGAGTTTTTAAACT
194 -TAAA--TGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGA-TATTTGGACT
* * * * *
171345 TTACGATTAAAACCTATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT
255 TTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATT
* * * *
171410 G-CAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTCATCTTGCTATC-AATAGTTTT
320 GACAAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * * * *
171455 ATTACTTACTTCAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATTAATGACTATAAATGAAAATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * *
171520 TTTGACTTAATGATCAACACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGATACT
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * ** * *** *
171585 ATCAATTGACTATAACAGACCATTTTAAGTTAATCCTATCATCGAAAGCTTTCAGACAT-GCTTT
131 ATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTT
* * * * * ** **
171649 AAATAAAATATTAATTCATTTATAATCATACAAATGATTATTAATTGTGATATTCAGACTTTATC
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT-
* * * * * * ** * * *
171714 G-CTAAAATCTATCATATTTGGATGTTTGAATTGAAAAACATGAAAAGAATGGTATCCATTGACA
259 GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACA
* * * * * *
171778 AGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAATCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * * *
171819 GTCACTAAGTTTGAATGATATATTAATTCATTTTTCATCTTATAAATGATTATAAATTC-AAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TCAAAATC
* * * * *
171883 TTTGGACTTTATGTTTAAAACC-ATTCATCATTGGATGTTTTCATTAGG-AAACGTGAAGTGCAT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATT-ATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGAT
*** * * * ** ** * * ***
171946 GCTATCCCTTGACTAGAAAAGACTATGTTAAGTTGGTCATGTGATCAGAACCTTTGTTACTTGGT
128 GCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * *
172011 TTGAATGATACATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTGGACTTTA
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTA
* * * * * * * *
172076 TGGTTAAAACCTATTGTAATTGGAAGTTAGCATTGGGAAACGTTAAGTGGATGCTAGTT-ATTGT
258 TGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TTCATTGA
* * * ** *
172140 GAAGAAAGGACCATTTTAAGTTAATCATTTCAAC-AATAGCTTT
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * ** *
172183 GTTATTCACTTTAAATG------------A--TATAATCTTATAAATGATTATTAATTGATATCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * * *
172234 TTGGACTTTATGGA-TAAAACCAATCATAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACGTGAAATAGATGT
66 TTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
** ** * * * *
172298 TATCCATTGACAAGAAAAGATTATTTTAAGTTATTTATGCCAT-TATAGCTTTGTTACTCACTTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * *
172362 GAACTTTATATAATTCATTTATATCACTTTGAATGATACATTAATTTATAAATGATTATAAAATG
195 -AA-ATGATAT-ATT-A---AT-TCA--TT---T-ATA-A-T--CTTATAAATGATTAT-AAATT
* * * **
172427 AA-ATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAAATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT
241 AAGATATTTGGACTTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT
* * * * * ** *
172491 GGTTGCTA-TCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTACTTATGTGATCAAAAGCTTT
306 GGATGCTATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * *
172549 GTTACTCACCTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAGAGTCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * ** * * *
172614 TTGGACTTTCTGGTTAAAACCTATTGCAACTAGATGTTTGCTTTGTG-AAACATGAAGTGGATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * ** * *
172678 TATTCATTGAAAATAAAGGGCCATTTTAAGTTCTTCTTATG--ATCAATAGCTTTGTTAGTCACT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC--ATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * *
172741 TCAAATAATATATTAATTTATTTATAATCTTATTAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTA
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTA
* ** * * * * * *
172806 TGATCAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTTGAAAACGTAAATTGGAT--TATATCAATTA
258 TGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTAT-TC-ATTG
* * * * * * * *
172869 ACTAGAATAGACCCTTTGTAA-TTAGTCATGTCATTGAAACCTTT
321 ACAAAAAAAGACCATTT-TAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
** * * * * * *****
172913 CATGCAT-GCTTTAAATGAAATATTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTGTGGT-
1 GTTAC-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* ** * * * * ** ** * *
172976 ATTCAAGCTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAAGTAAAAAATGTGAAGAGAATG
65 TTTGGA-CTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATG
* ** * ** * * ** * *
173041 GTATCCATTGACAAGAAAAGACGATTTTAAGTTAATGGTGTCA--AGAAATCTTCATTACTAAGT
129 CTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA-AAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * *
173104 TTGAACGATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATTGAA-ATCTATGGACTTT
193 TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-AAGATATTTGGACTTT
* * ** * * * * *
173168 ATGGTTAAAACCAATCGT-ATTGGATGTGGGCATTGGGAAACATGAACTGGATGCTATCCTTTAA
257 ATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGA
* * * ** *
173232 TAAGAAAAGACCATTTTAAGTTATTCATGTGATCAAAAGCTTT
322 CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
** * * *
173275 GTTACTTGCTTTAAATTATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATTT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * *
173340 TTAGACTTTTATGAATAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGG-AAACGTAGAA-TCGTT
66 TTGGAC-TTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACAT-GAAGTGGAT
* * * * * * *
173403 GCTACTCATT-ATGAATAAAAGACCATTTTGAGTTAATCAGGCCATCAATAGCTTTGTTACTCAC
128 GCTATTAATTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCAC
** * * **
173467 TTTAAATG----A-T-A--C------AATCTTATAAATGATTATTCATTGACATATTCAGACTTT
192 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT
* * * * *** * * *
173518 ATGGTTAAAACC-AGTCATAATTGAATGTTTGAATTGGAAATTGTGAAGTGCATGTTATCCATTG
257 ATGATTAAAACCTA-TCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG
* * * * * *
173582 ACAAGAAAAGACTATTGTATGTTATTCATGCCA-CTAATAGCTTT
321 ACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* ** * * ** * *
173626 GTTACTCACTTCAAACAATATATTAACTCATTTAT-ATCACTT-TGAATGATATATTGAT-GATA
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT--CTTATAAATGAT-TATAAATCAAAA
* * *** * ** *
173688 T-ATT--AATTTATAAACGATTATAAAAAGA-AATCTTTGGA-CTTT--A-TGGTAAAAACCTAT
63 TCTTTGGACTTTAT----GATTA-AAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGG--AAAA-C-AT
* * * * * ** *
173745 CATAATTGGATG-T-TTGCATTGGGA-AACGTGAAGTGGATGCTTACCCTTGACAAG-AAATGAC
119 --GAAGTGGATGCTATT-AATT--GACAA---GAA----AAG---ACCATT-TTAAGTTAAT---
* * ** *
173806 CATTTTAAGTTAATCATGGAATCAAAAGTTTGTTACTCACTTTAAATTG-TATATTAATTCATTG
165 CA---T--G----CCAT--CA--AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAA-TGATATATTAATTCATTT
* * * * * **
173870 GTAATCTTATAAATGATTATAAATCAAG-TCTTTAGA-TTTCAT-AGTTAAAACCTTTTATAATT
216 ATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT-ATGA-TTAAAACCTATCGTAATT
* ** *
173932 GGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAATGGATGCTATTCATTTTCAAGAAAAGACCATTTTAAGT
279 GGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGT
** * *
173996 TAATCACACCATCTATAGCTTT
343 TAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * * * * *
174018 GTCATTCACTTTAAATGGTGTATTAATTAATTTAATAATATTGTAAGTGATTATAAATCAAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTT-ATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * * * * * *
174083 TTTGTACTTTATGCTCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGG-GAACGTCAAGTGAATG
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATG
* * * * * * *
174147 CCATCAATTGACAAGAAAAGAACCATTTTAAGTTATTCACGCTATCAAAAGCTTTGATACAT-GC
129 CTATTAATTGACAAGAAAAG-ACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCAC
* * * **
174211 TTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCTTATATATGATTATGAATTGTGATATTTGGACTTT
192 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT
* * ** * * * * ** * *
174276 AT-AGTTAAAAACTATCATAATTGGATGTTTTAATTGCAAAATATGAAGTGCATGGTAGCCACTC
257 ATGA-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG
* * * *
174340 ACAAGAAAAA-A-C--TAT-A-TTAATCGTGCCCTTGAAAGCTTT
321 ACAA-AAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * **
174379 -TTCAATCATTTTTAATGATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTTAAATC
1 GTT-ACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * ** * * *
174443 TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTCACACTAGAAAACATGAAGTGGAAGC
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * ** *
174508 TATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTGAATCATGGGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTT
* * * * *
174573 AAAAGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTGTGGACTTTAT-
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATG
* * * * *
174637 AGTGAAAACCTATTGTAATTAGATGTTTGCATTGTG-AAACATGAAGAGGATGCAATTCATTG-C
260 A-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGAC
*
174700 GAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTT
323 -AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* *
174743 GTTAGTCACTTTAATGATGCTTTAATTCATTAATAATCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
1 GTTACTCACTTTAA--ATG--AT-A-T-ATTAAT--TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA
* * * ** *
174808 TCAAAATCTTTGGATTTTATGATCACAACCTATTATAATTAAATGTTTGCATTCTG-AAACATGA
57 TCAAAATCTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGA
* * * * * * * *
174872 AGTGGGTACTATCAATTGACAAG-AATGACCGTTTTAAGTTAATCAAGCCAT-AGAAAACTTTGA
121 AGTGGATGCTATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCA-AAAGCTTTGT
* * * * * * * * **
174935 TGCACGCTTTTAAATGATAAATCAATTCATTTATAACCCTATAAATGATTATTAATTGTGATATT
185 TACTCAC-TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATT
* * * * * ** * * **
175000 TGGACTTTATGGTCAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTTAAGTGAATATTA
249 TGGACTTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA
* * * * *
175065 TCCA-TGAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTT
314 TTCATTG-ACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* *
175116 GTTACTCACTTTGAATGATATATGAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-CTAAAATC
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAAATC
* * * * * * * * **
175180 TTTGAACTTTAT-AGTTAAAACCTATCATAATTAGATATTTTCTTTGGGAAACATCGAAATCTTT
65 TTTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACAT-G-AA-GTGG
* * *** * * * * * * *
175244 ATGTTTCTATT-ACTCACTTTAAATGATACA--TTAA--T--TCAT----TTATAATC-TTATAA
126 ATG---CTATTAATTGACAAGAAAAGA-CCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTA
* * * * * * * * * * *
175297 AT-AATTATAAATCA-A-AATCATTCGACTTAT-A-GTTA-AAACTTATTGT-AATT-GGATCTT
187 CTCACTT-TAAATGATATATTAATTC-ATTTATAATCTTATAAA-TGATTATAAATTAAGATATT
* * * * * **
175354 T--AC-AT-TGA--AAAA-C-AT-G-GAGTGGATGCTATT-CATTGTGAAGAA-AAGACCATTTT
249 TGGACTTTATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATG-T-TTGCATTG-GAA-AACATGA--AGTGG
* * * * ** * * * ** *
175407 AAGTTAATCA-TG-CCATCAATG-GC--TTT--GTTACTC-T--C-TTTAAA--TGAT
308 ATGCTATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCT-TT
* * * *
175452 G-TA-TTAATTT--AT--T-TA-TAA-TC--TTATAA--GT-T--A--A-TATAAATCAAAGTCT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * *
175498 ATGAACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-CAGAAACATGATGTGGATGC
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGC
* * * * *
175562 TATGAATTGA-ATAGAACAGACCATTTTTAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACACACTT
130 TATTAATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
* * * *
175626 TAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAT
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTAT
* * * * *
175691 G-TTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGATATGCATTGACA
259 GATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACA
* ** * *
175755 AAAAAAAAGTATTTTAAGTTAATCGTGTCATCGAAAGCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * **
175796 GTTACT-ATGTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAGATGATTATAAATTGAAATC
1 GTTACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
* * ** ** * * * *
175860 TTTGGACCTTGTGGGTAAAAATTATCAAAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACTTGAAGTGGATT
65 TTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATG
** * * * *
175924 CTA-TCCTTGACAATG-AAAGACCATTTTATGTTAATCATGGCTTCAATAGCTTTGTTACTCA-T
129 CTATTAATTGACAA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACT
* * * * * * * * * *
175986 ATTAAGTGATGTATTAATTCATTTATAATCTTAGAAATAATTATAAATCAAAATCTCTAGACGTT
193 -TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT
* ** * * * ** *
176051 ATGATCAAAACCTATTATAATTGGAT-TCTTGCATTTGAAAACGTGAAGTACGATAATATCCATT
257 ATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGT-TTGCATTGGAAAACATGAAGT-GGATGCTATTCATT
*** ** * * *
176115 GACTTGAGTAGACCACTTTTAGGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTT
320 GACAAAAAAAGACCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * * * ** * *
176161 GTTGCACGCTTTAAATGATATATTATTTCATTTACAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * * *
176226 TTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGAAAAACAAGAAATGGAT--T
66 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
** * * * * *
176289 ATGCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGATACAT-GCTTT
131 ATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTAC-TCACTTT
* * * * *
176353 AAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATTATTATTAATTGAGATATTTGGACTTGAT-
195 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATG
** * * * * *
176417 AGTTAAAACCTATTATAATTGGAAGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGTTATGCATTGTCA
260 A-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACA
* * * * **
176482 AGAAATGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATAAAAAGCTTT
324 AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
* * * * *
176523 GTTACT-ATATTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATCTTATTAATGATTATAAGAT-GAAAT
1 GTTACTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA-ATCAAAAT
** * * ** * *
176586 CTTTGGACTTTAT-ATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCAATGGGAAAGGTGAA-TTGATT
64 CTTTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATG
* ** * * * *
176649 CTATCT-CTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAACCGTTT-TCACTTAC
129 CTAT-TAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTACTCAC
* * * *
176712 TTTAAATG--ATA-T-ATT-A---AT--TC--AT---TGATTATAAATCAAAATCTTTGGCCTTT
192 TTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTT
* * * * * * ** *
176762 ATGGTTGAAACCTATTGTGATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTTATA-TGGATGCTATTCATTG
257 ATGATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGA-AGTGGATGCTATTCATTG
** * *
176826 TGATAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATC-AATAACTTT
321 ACA-AAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTT
* * * ** * *
176871 GTTAATCAC------T--T-TA--AA-TCA--TATAATCTTATAAACGATTATTAATTGAGATAT
1 GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
* * * * * ** *
176922 TTGGACTTTATAGA-GAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATGTGAAGTGGATGT
66 TTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
** * * * ** * *
176986 TATCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTACA-TTATTTGTGTCATCAATAGCTTTGTTACTCACTT
130 TATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTT
177050 TAAATGATATATTAATTCATTTATA
194 TAAATGATATATTAATTCATTTATA
177075 TCACTTTAAA
Statistics
Matches: 11161, Mismatches: 2942, Indels: 2217
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
311 6 0.00
312 7 0.00
313 3 0.00
314 4 0.00
315 2 0.00
316 1 0.00
317 57 0.01
318 3 0.00
320 1 0.00
321 5 0.00
322 10 0.00
323 10 0.00
324 6 0.00
325 14 0.00
326 7 0.00
327 8 0.00
328 2 0.00
329 4 0.00
330 2 0.00
331 2 0.00
332 14 0.00
333 7 0.00
334 55 0.00
335 48 0.00
336 66 0.01
337 10 0.00
338 3 0.00
339 9 0.00
340 6 0.00
341 7 0.00
342 2 0.00
343 10 0.00
344 25 0.00
345 93 0.01
346 117 0.01
347 115 0.01
348 84 0.01
349 137 0.01
350 189 0.02
351 143 0.01
352 82 0.01
353 34 0.00
354 37 0.00
355 277 0.02
356 36 0.00
357 176 0.02
358 134 0.01
359 296 0.03
360 148 0.01
361 222 0.02
362 1089 0.10
363 1820 0.16
364 2490 0.22
365 421 0.04
366 182 0.02
367 120 0.01
368 34 0.00
369 24 0.00
370 60 0.01
371 49 0.00
372 46 0.00
373 247 0.02
374 47 0.00
375 97 0.01
376 75 0.01
377 125 0.01
378 14 0.00
379 42 0.00
380 116 0.01
381 74 0.01
382 175 0.02
383 17 0.00
384 31 0.00
385 26 0.00
386 7 0.00
387 22 0.00
388 23 0.00
389 22 0.00
390 49 0.00
391 101 0.01
392 163 0.01
393 64 0.01
394 25 0.00
395 15 0.00
396 18 0.00
397 11 0.00
398 8 0.00
399 12 0.00
400 17 0.00
401 11 0.00
402 25 0.00
403 20 0.00
404 20 0.00
405 13 0.00
406 22 0.00
407 11 0.00
408 15 0.00
409 13 0.00
410 8 0.00
411 37 0.00
412 18 0.00
413 22 0.00
414 25 0.00
415 20 0.00
416 18 0.00
417 8 0.00
418 12 0.00
419 73 0.01
420 20 0.00
421 10 0.00
422 12 0.00
423 5 0.00
424 7 0.00
425 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (364 bp):
GTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCT
TTGGACTTTATGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT
ATTAATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTA
AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATATTTGGACTTTATGA
TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAA
AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
Found at i:163291 original size:909 final size:897
Alignment explanation
Indices: 161513--167685 Score: 3985
Period size: 909 Copynumber: 6.8 Consensus size: 897
161503 GTTACAGTTA
* * * *
161513 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTCATAAATGATTATAAATCAAAACCTTTGG
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGG
** * * * *
161578 ACTTTATGATCAAAACCTAGAATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACGTGAATTGGATGATATTA
66 ACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACATGAAGTGGATGCTATCA
* * *
161643 ATTGACAAGAAAA-TGCCATTTTAAGTTAAACATACCA-TCAAAAGCTTTGATACATGCTTTAAA
131 ATTGACAAGAAAAGT-CCATTTTAAGTTAATCAT-GCATTCAAAAGCTTTGATACACGCTTTAAA
** **
161706 TGATATATTAATTCTTTTATAATCTCATAAATGATTATTTGTTGAGATATTTGGACTTTATGGTT
194 TGATATATTAATTAATTTATAATC-CA-AAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTT
* *
161771 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTCAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTAACAAGAA
257 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAA
* * *
161836 AAGACTATTTTAAGTTAATTATACTA-CTGAATGCTTTGTTACTCACTTTGAAAGATATATTAAT
322 AAGACTATTTTAAGTTAATTGTACTATC-GAATACTTTGTTACTCACTTTGAAAGATATATTTAT
* * *
161900 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTACACTTTATGCTTAAAACCTATTGT
386 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAATTG-AAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTGT
* * * *
161965 AATTGGATGTTTGCATTCGAAAATATGAAGTGGATGCTA-CAATTGACAAGAAAAGATCATTTTA
450 AATTGGATG-TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTA
* * * * * *
162029 AGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGCTACAT-GCTTTAAATGATATATTAATCCAATTATAATC
513 AGTTAAT-ATGCCA-TGAAAACATTGCTAC-TCACTTTAAATGATATAATAATTCATTTATAATC
* * * ** * ** *
162093 TTGTAAATAATTATTAATTGAGAT-ATTTGACCTTTATGG-TTAAACTCTATCATAATTGCATAT
575 TTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTTGA-CTTTATGGTTTAAAC-CTATTGTAATTGGATAT
* * * * * *
162156 TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCTTTGAC-AAGAAAAGACCATTTTATGTTTATCA
638 TT-CAATAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-CTAAGAAAAGA-CATTTTATATTAATCA
* * *
162220 TGCCATCGAAAGCTTCGTTGCTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAACTTATAAATGA
700 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTC-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* *
162285 TTATAAATCAAAATCTTT-AGACTTTAT-GATTAAAATATATTGTCAA-TGGATGTTTGCATTGG
764 TTATAAATCAAAATCTTTGA-ACTTTATGGA-TAAAACATATTGT-AATTGGATGTTTGCATAGG
* * * * * * *
162347 AAAACATGACATAGATGCTATTAATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAATTAATCATGCCATCATT
826 -AAACATGAAAT-GGTGCTATTCATTG-AAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAT
*
162412 AGCTTTGTTT
888 AGCTTCGTTT
* *
162422 CTCACTTCAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGC
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTG-
* * * * *
162487 GA-TTCATAATCAAAACCTATTGTAATTGGATGTCTGCATTCGA-AAAAATGAAGTGGATGCTAT
65 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTC-ACAAACATGAAGTGGATGCTAT
* * * * *
162550 CAAATGACAAAAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCACGCTTTCAAAAGGC-TTGATACACGTTTTAA
129 CAATTGACAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCATGCATTCAAAA-GCTTTGATACACGCTTTAA
* * * * *
162614 ATGGTATATTGATTAATTTATAATCCAACGAATGATCATTAATTGATATATTTGGACTCTATGGT
193 ATGATATATTAATTAATTTATAATCCAA--AATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGT
* * * * * * * *
162679 TATAACCTATCATAATTGGA-GATTTAAATGGGAAAATATGAGGTGGACGGTATACATCGATAAG
256 TAAAACCTATCATAATTGGATG-TTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAG
* *
162743 AAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACCATCGAATACTTAGTTACTCACTTTGAAAGATATATTTA
320 AAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACTATCGAATACTTTGTTACTCACTTTGAAAGATATATTTA
* * * *
162808 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAACTTGAAATTTTTGGACTTTATGGATCAAACCTATTG
385 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA-TTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTG
*
162873 TAATTGGATGTCTGCATTGGGAAACATGGAGTGGATGCTATTCATTG-CAAAGAAAAGACCATTT
449 TAATTGGATGT-TGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCATTGAC-AAGAAAAGACCATTT
* * *
162937 TAAGTGAAGTATACCATGAATAACATTGCTACTCACTTTAAATGATGTAATAATTCATTTATAAT
511 TAAGTTAA-TATGCCATGAA-AACATTGCTACTCACTTTAAATGATATAATAATTCATTTATAAT
*
163002 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTAGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGATATT
574 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTTGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGATATT
* ** * *
163067 TCTAGTAGAAAATGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGTCTAA-AACAGACTGTTTTATATTAATCA
639 TC-AATAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTG-CTAAGAAAAGAC-ATTTTATATTAATCA
* *
163130 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATACATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGA
700 TGCCATCGAAAGCTTTGTTACTC-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* *
163195 TTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGATAAAACCTATTGTTATTGGATGTTTGCATAGGAAA
764 TTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGATAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATAGGAAA
* * *
163260 CATCAAATGCGTTCTATTCATTGCAAAGAAAAGATCATTTTAAGCTAATCATGCCATCAATAGCT
829 CATGAAATG-GTGCTATTCATTG-AAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCT
* *
163325 TCATTA
892 TCGTTT
* * *
163331 CTTACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAA-ATCTTTA
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-AAGATCTTTG
* * * *
163395 AACTTTATGATCAAAACCTTTTATAATTGGATGTTTGCATTCAGAAACATGAAGTGGAAGCTATC
65 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACATGAAGTGGATGCTATC
* * *
163460 TATTGACAAGAAAAGAT-CATTTTAAGTTGATAATGTCATT-AAAAGCTTTGATACACGCTTTAA
130 AATTGACAAGAAAAG-TCCATTTTAAGTTAATCATG-CATTCAAAAGCTTTGATACACGCTTTAA
* ** *
163523 ATGATATATTAATTAACTTATAATTTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGAT
193 ATGATATATTAATTAATTTATAA-TCCA-AAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGT
* * * * *
163588 TAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTAAATTGAAAAACATGAAGTGAATGGTATCCATTGACAAAA
256 TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGA
* ** * *
163653 AAAGACTATTTTAAGTTAATCATGT--TGTTTAA-AGCTTTTTTACTCACTTT-AAACA-ATATC
321 AAAGACTATTTTAAGTTAAT--TGTACTATCGAATA-CTTTGTTACTCACTTTGAAAGATATAT-
* * * * *
163713 TTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTATAAATCGAAATCTTTCGACTTTATGGTTTAAACCT
382 TT-ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCT
*** * * * * *
163778 ATCAAAATTAGATAATTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATACCTTGACAAGAAAAAACCA
445 ATTGTAATTGGAT-GTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAAGAAAAGACCA
* * * * * * * * *
163843 TCTTAATTTAATTGTGCAATCAAAAGCATTGCTACTCACTTAAAATGAAAT-ATGAAATCATGTA
508 TTTTAAGTTAA-TATGCCATGAAAA-CATTGCTACTCACTTTAAATGATATAAT-AATTCATTTA
* * * * * *
163907 TAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC-TTTGTAGTGTATGATTAAAACTTATTGTATTTGG
570 TAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTTG-ACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGG
* * * * *
163971 ATGTTTGAATCAAAAAACATGAAGTGTATGCTATTCATTGCTAAGAAAAAACATTTTA-ATTTAA
634 ATATTTCAAT-AGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGCTAAGAAAAGACATTTTATA-TTAA
* * * * *
164035 TCATGCCAAC-AATAGCTTTGTTACT-C--TAAATGATGTATTTATTCGTTTATAGTCTTATAAA
697 TCATGCCATCGAA-AGCTTTGTTACTCCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAA
* * * * * *
164096 CGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTATGG-TCAAAACTTATTATAATTGGATGGTTGCATTC
761 TGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGAT-AAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCA-T-
* * * *
164160 A-AAAACGTGAATTGGATGCTA-TCATTTGACAAGAATAGATCATTTTAAGTTAATC-TCGCCAT
823 AGGAAACATGAAATGG-TGCTATTCA-TTGA-AAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCAT-GCCAT
* *
164222 CAAAAGCTTCG-AT
884 CAATAGCTTCGTTT
* * * * *
164235 -ACACTTTAAATGATATATTAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGG
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGG
* * * ** ** * *
164299 ACTTTATGGTTAAAACTTATCGTAATTGGATGTTTAAATT-AGAAAACATGAAGCGGATAG-TAT
66 ACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCA-CAAACATGAAGTGGAT-GCTAT
* * * * * * ** * *
164362 GC-CTTGACAAGAAATGAT-TATTTTGAGCTAATCATGCTATT-GAAAGCTTTTTTACTCACTTT
129 -CAATTGACAAGAAAAG-TCCATTTTAAGTTAATCATGC-ATTCAAAAGCTTTGATACACGCTTT
* ** * * * * ** * * *
164424 GAACAATATATTAATTCATTAATAATCTTATAAATCATTACAAATTGAAATCTTTGGACTTTATA
191 AAATGATATATTAATTAATTTATAATC-CA-AAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATG
* ** * * * * * * *
164489 GTTAACACCTATCATAATTGGATAATTACATTGGGAAACATGAAGTAGATGCTAT-GACTTAACA
254 GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCA-TTGACA
* ** * * * * * **
164553 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCAAT-AAAAAGCATTGTTACTTGCTTT-AAATGATATA
318 AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACTATCGAATA-CTTTGTTACTCACTTTGAAA-GATATA
* * *** * *
164616 CTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAACCAAAATATTT-GCACTTTATGATT-AAACC
381 TTTATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAATCTTTAG-ACTTTATGGTTAAAACC
* * * *
164679 TATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGAAAACATGACA-TGGATGCTATTCATT-ATGGAA-AAAAG
444 TATTGTAATTGGATG-TTGCATTGGGAAACATGA-AGTGGATGCTA-TCATTGA--CAAGAAAAG
*** * * ** * * * * * *
164741 ACTGCTATAA-TTAATCATTCCAACAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGGTGTATTAATTCAT
504 ACCATTTTAAGTTAAT-ATGCCATGAA-AACATTGCTACTCACTTTAAATGATATAATAATTCAT
* * ** ** *
164805 TTATAATCTTAT-AATGAATCATAAATCCAAATC-TTTGGACTTTATCATCAAAACCTATTCTAA
567 TTATAATCTTATAAATG-ATTATAAATCAAAATCATTT-GACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAA
* * * * * *
164868 TTGGTTTTTTTGCATTTGAAAAGATGAAGTGGATGCTA-TCAATTGAC-AAGAAAAGGCCATTTT
630 TTGG-ATATTT-CAATAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTG-CTAAGAAAA-GACATTTT
*** * * *
164931 A-AGTTAAT-AGTGCCA-CTGAAAGCTTCAATACATTCTTTAAGTGATA-ATTTAATTCATTTGT
690 ATA-TTAATCA-TGCCATC-GAAAGCTTTGTTAC-TCCTTTAAATGATATA-TTAATTCATTTAT
* * ** * * * * * * * **
164992 AATCTTATAATTGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTGATTGTTAAAACCTATCATAATTGGAT
750 AATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGATAAAACATATTGTAATTGGAT
* * * * * * * *
165057 ATATGAATTGGAATACGTGAAGTAGGTGGC-ATCCATTGAAAAGAAAAGA-CTATTTTAAGTTCA
815 GTTTGCATAGGAA-ACATGAAAT-GGT-GCTATTCATTG-AAAGAAAAGATC-ATTTTAAGTTAA
* * *
165120 TAATGCCATCAAAAGCATT-GTTA
875 TCATGCCATCAATAGC-TTCGTTT
* * * *
165143 CTCACTTTGAACGATATATTAATTCATTTGTAATCTTATAAATAATTATAAATTGAA-ATCTTTG
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATT-AAGATCTTTG
* * * *
165207 GACTTCATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATT-ACAAA-ATTTGAAGTGGATGCTA
65 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACA--TGAAGTGGATGCTA
** * * * * * * *
165270 TCCCTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTAAATTAT--ATTATCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTT
128 TCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCATGCA-T-TCAAAAGCTTTGATACACGCTTT
* * * * * * * * * * * **
165333 AAAGGAGATATTAATTCATTTACAAGCTTATAAATAATT-GTAAGTGAAAATCTTTAAACTTTAT
191 AAATGATATATTAATTAATTTATAATC-CA-AAATGATTATTAATTG-AGATATTTGGACTTTAT
* * ** * * * * *
165397 GGTTAAAACTTA-CTGTAATTGGATGTTTCCATTGTG-AAACATGACGTGGATGTTATTCATTGG
253 GGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTAAATAG-GAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGA
* * * * * ** * * *
165460 GAAGAAATGACCATATGAAGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTGTTACTCACTTT-AAATGACA
316 CAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACTATCGAATA-CTTTGTTACTCACTTTGAAA-GATA
* * * * * * * *
165523 TATTAATTCATTTATATTCTTGTAAATGATTATAAATCAAGATCTTTAGACCTTATGATCAAAAC
379 TATTTATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAATTGAA-ATCTTTAGACTTTATGGTTAAAAC
** * * * ** * * ** * *
165588 CTATAATAATTGGATATTTG-AGTTTGAAAATGTGAAGTGAATGCTACCAATTGATGAGAATAGG
443 CTATTGTAATTGGAT-GTTGCA-TTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATC-ATTGACAAGAAAAGA
** * * *
165652 CCATTTTAAGTTAATCACACTATGAAAAC----CT--TCGA---TAAATGATATATTAATT-ACG
505 CCATTTTAAGTTAAT-ATGCCATGAAAACATTGCTACTC-ACTTTAAATGATATAATAATTCA-T
* * * * * *** * * **
165707 TTATAATCTAATAAATTATTATTAAGT-GAGAT-ATTTAGACTTTGCAGTTAAAACGTATCATAA
567 TTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCAAAATCATTT-GACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAA
* * * * *
165770 TT-GATTGTTTGAATTGGAAAATATGAAATGGATGCTA-TCTATTGAC-AAGAAAAGACTATTTT
630 TTGGA-TATTTCAA-TAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTG-CTAAGAAAAGAC-ATTTT
* * * * * *
165832 ATTTTAATTGA-GCTATCGAAAGCTTTTTTACTCACTTTCAATGATTTATTAATTCATTTATAAT
690 ATATTAA-TCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTC-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* ** * * * ** ** *
165896 CTTGTAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTTTGGTTAAAATTTATCATAATT-AACTGT
753 CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGGATAAAACATATTGTAATTGGA-TGT
* ** * ** * * * * **
165960 TTGCATTGGGAAATGTGAAGTGCAAGCTATGCCTTGATAAGGAAAGACCATTGCAAGTTAATCAT
817 TTGCA-TAGGAAACATGAAATG-GTGCTATTCATTGA-AAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCAT
* * * * *
166025 ACAATTGAA-AG-TATTGTTA
879 GCCA-TCAATAGCT-TCGTTT
* * * * *
166044 CTCACTTTAAATGATATGTTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATGTTTGC
1 CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGG
* * *
166109 ACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGCATT-AGCAAACATGAAGTGGATGCTATT
66 ACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCA-CAAACATGAAGTGGATGCTA-T
*** * *
166173 C-ATTGTGGAGAAAAAG-CCATTTTAA-CTAATCATGCCA-TCAATAGCTTTG-T-CACCGACTT
129 CAATTGACAAG-AAAAGTCCATTTTAAGTTAATCATG-CATTCAAAAGCTTTGATACA-CG-CTT
* * * * * * ** * * *
166232 TTAATAATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGTACTTTAT
190 TAAATGATATATTAATTAATTTATAATC-CA-AAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTAT
* * *** * ** * ***
166297 GTTTAAAAACTATTC-TAATT-GATTGTTTGTGTTTGG-AAATGTGAAGTGGATGCTATTTGTTG
253 GGTTAAAACCTA-TCATAATTGGA-TGTTT-AAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTG
* * * * * *
166359 A-ATAGAAAAGACCATTTTAAGTT-ATTCATGCCATC-AAAAGCTTTGATATA-TGA-TTT-AAA
315 ACA-AGAAAAGACTATTTTAAGTTAATT-GTACTATCGAATA-CTTTG-T-TACTCACTTTGAAA
* * * * * * *
166418 TGATATA-TTAATCAATTTATAACCTTATAATTGATTTTTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGT
375 -GATATATTTATTC-ATTTATAATCTTATAAATGA-TTATAATTGAAATCTTTAGACTTTATGGT
** * ** * * * * *
166482 TAAAACCTATCATAACTGGATGTTTAAATTAGAAAATATGAAGTGGATGGTATCCATTCACAAG-
437 TAAAACCTATTGTAATTGGATG-TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAAGA
* * * * ** ** * *
166546 AAAGACTATTTTAAGTTAATCATTCCCTTG-AAAGATTTATCACTCA-TTTTGATCCATATATTA
500 AAAGACCATTTTAAGTTAAT-A-TGCCATGAAAACATTGCT-ACTCACTTTAAAT-GATATAATA
* * * ** * *
166609 ATTCATTTATAATATTATAAATGATTTTACATTGAAATC-TTTCACTTTTATGGTTGAAACCTAT
561 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTTGAC-TTTATGGTTTAAACCTAT
** * * * *
166673 CATAATTGGACACTTCCATTAGGAAACATGAA-TGGATGCTA-TCACTTGAC-AAGAAAAGACCA
625 TGTAATTGGATA-TTTCAATAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCA-TTG-CTAAGAAAAGA-CA
** ** * * ** *
166735 TTTTAGGTTAATGGTGCGATTGGGAGCTTTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATTCATTTAT
686 TTTTATATTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTC-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
* * * *
166800 AAATAC--ATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTGTAGTGA-AAATC-TATTGTGATT
750 -AAT-CTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTAT-G-GATAAAACATATTGTAATT
* * * * ** * *
166861 GGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGTGGAT-TTAATTCGTTGTGAAGAAAAGGCCATTTAAAGC
811 GGATGTTTGCA-TAGGAAACATGAAATGG-TGCT-ATTCATTG-AAAGAAAAGATCATTTTAAGT
* *
166925 CAATCATGCCATCAATAGCTTTC-TTA
872 TAATCATGCCATCAATAGC-TTCGTTT
* * * * * *
166951 GTCACTTT-AATGATGCT-TTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTGG
1 CTCACTTTAAATGAT-ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTG
* ** ** *
167014 GACTTTATGATCAAAACCTA-TATAATTAGATGTTTGCATTCTGAAAGGTGAAGTGGATACTATC
65 GACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACATGAAGTGGATGCTATC
* * * *
167078 AATTGACAAGAATAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATT-GAAAGCTTTGATACATGCTTTAAA
130 AATTGACAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCATG-CATTCAAAAGCTTTGATACACGCTTTAAA
* * * *
167142 TGATATATTAATTCATTTATAAGTTCATTTATAATCTTATAAATGATTCTTAAATGGGATATTTG
194 TGATATATT-A---A--T-T-A----ATTTATAATC-CA-AAATGATTATTAATTGAGATATTTG
* * * * * * ** * * **
167207 GACTTTATGGATAAAACCTATCATAATTTTGCTGTTTGAATTGAAAAATGTGAAATGGGTATTAT
245 GACTTTATGGTTAAAACCTATCATAA-TTGGATGTTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTAT
* ** * * *
167272 CCATTGACAAGAAAATACTATTTTAAGTTAATCATGCCATC-AAAAGCTTTGTTACT-ATCTTTG
309 CCATTGACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATTGTACTATCGAATA-CTTTGTTACTCA-CTTTG
* * * * * * *
167335 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAAATGAAATCTTTGGATTTTATCG
372 AAAGATATATTTATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAATCTTTAGACTTTATGG
* ** * * *
167400 CTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAATTGGATGCTATCCCTTGACAAG
436 TTAAAACCTATTGTAATTGGATG-TTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CATTGACAAG
** ** * * * * *
167465 AAAAGACCATTTTCTGTTAATAATGTGATCGAAACCTTTGTTACTCACTTTAAATGACATATTAA
499 AAAAGACCATTTTAAGTTAAT-ATGCCAT-GAAAACATTGCTACTCACTTTAAATGATATAATAA
* * * *
167530 TTCATTTATAATCTTATAAATGACTATGAACCAAAATC-TTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATT
562 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCATTT-GACTTTATGGTTTAAACCTATT
* * * * * * * * *
167594 GTAA-TCGATGTTTGTATTGGGAAACATTAAGTGGATTCTATTCATTG-TGAAGAAAATACCATT
626 GTAATTGGATATTT-CAATAGAAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGCT-AAGAAAAGA-CATT
167657 TTA-AGTTAATCATGCCATC-AATAGCTTTG
688 TTATA-TTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTG
167686 CTAATCATTT
Statistics
Matches: 4170, Mismatches: 840, Indels: 497
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
898 1 0.00
899 35 0.01
900 247 0.06
901 407 0.10
902 178 0.04
903 377 0.09
904 102 0.02
905 109 0.03
906 116 0.03
907 317 0.08
908 164 0.04
909 1343 0.32
910 340 0.08
911 34 0.01
912 1 0.00
913 1 0.00
917 5 0.00
918 60 0.01
919 179 0.04
920 139 0.03
921 15 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (897 bp):
CTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAGATCTTTGG
ACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCACAAACATGAAGTGGATGCTATCA
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAATCATGCATTCAAAAGCTTTGATACACGCTTTAAATG
ATATATTAATTAATTTATAATCCAAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAA
CCTATCATAATTGGATGTTTAAATAGGAAAACATGAAGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGA
CTATTTTAAGTTAATTGTACTATCGAATACTTTGTTACTCACTTTGAAAGATATATTTATTCATT
TATAATCTTATAAATGATTATAATTGAAATCTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGG
ATGTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATA
TGCCATGAAAACATTGCTACTCACTTTAAATGATATAATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
TATAAATCAAAATCATTTGACTTTATGGTTTAAACCTATTGTAATTGGATATTTCAATAGAAAAC
ATGAAGTGGATGCTATTCATTGCTAAGAAAAGACATTTTATATTAATCATGCCATCGAAAGCTTT
GTTACTCCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTT
TGAACTTTATGGATAAAACATATTGTAATTGGATGTTTGCATAGGAAACATGAAATGGTGCTATT
CATTGAAAGAAAAGATCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTCGTTT
Found at i:167341 original size:195 final size:193
Alignment explanation
Indices: 166972--167540 Score: 490
Period size: 195 Copynumber: 3.0 Consensus size: 193
166962 GATGCTTTAA
166972 TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTGGGACTTTATGATCAAAACCTATAT
1 TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTGGGACTTTATGATCAAAACCTATAT
* ** * *
167037 AATTAGATGTTTGCATTCTGAAAGGTGAAGTGGATACTATCAATTGACAAGAATAGACCATTTTA
66 AATTAGATGTTTGAATTCAAAAAGGTGAAATGGATACTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTTTA
**
167102 AGTTAATCATGCCATTGAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAG
131 AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAG
* * ** *
167165 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTCTTAAATGGGATAT-TT-GGACTTTATGGAT-AAAACCTA
1 TTCATTTATAATCTTACAAATGATT-ATAAAT-CAAAATCTTGGGACTTTAT-GATCAAAACCTA
* * * * * * * * *
167227 TCATAATTTTGCTGTTTGAATTGAAAAATGTGAAATGGGTATTATCCATTGACAAGAAAATACTA
63 T-ATAA-TTAGATGTTTGAATTCAAAAAGGTGAAATGGATACTATCAATTGACAAGAAAAGACCA
* *
167292 TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTAT-CTTTGAATGATATATTAATTCATTTA
126 TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATAC-ATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
167356 TAA-
190 TAAG
* * * * * *
167359 -TC--TTATAA----A-TAATTA-TA-AAAT-GAAATCTTTGGATTTTATCGCT-AAAACCTATC
1 TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTGGGACTTTAT-GATCAAAACCTAT-
* * * * ** * * **
167412 ATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAATTGGATGCTATCCCTTGACAAGAAAAGACCATTT
64 ATAATTAGATGTTTGAATTCAAAAAGGTGAAATGGATACTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTT
** * ** * * * * *
167477 TCTGTTAATAATGTGATCGAAACCTTTGTTAC-TCACTTTAAATGACATATTAATTCATTTATAA
129 TAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAA
167541 TCTTATAAAT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 52, Indels: 31
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.00
181 4 0.01
182 102 0.32
183 28 0.09
185 1 0.00
186 4 0.01
187 1 0.00
191 6 0.02
193 44 0.14
194 14 0.04
195 107 0.34
196 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (193 bp):
TTCATTTATAATCTTACAAATGATTATAAATCAAAATCTTGGGACTTTATGATCAAAACCTATAT
AATTAGATGTTTGAATTCAAAAAGGTGAAATGGATACTATCAATTGACAAGAAAAGACCATTTTA
AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAG
Found at i:168822 original size:181 final size:183
Alignment explanation
Indices: 168556--168988 Score: 468
Period size: 184 Copynumber: 2.4 Consensus size: 183
168546 AGTTTGAGTA
* * * * * * *
168556 ATATAGTAATACATC-ATAATCTTATAAATGATTGTAAATTGAAATCTATGGACTTTATGATTAA
1 ATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTAGACTTTATGAATAA
* * * * *
168620 AACCAATCAGAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAAG-AATTGGATGCTA-TCCCT-TGACAA-G
66 AACCTATCAGAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACAAGTAATT-CATGCTATTCACTGTGA-AATA
* * * ** * **
168681 AAAGCCCATTTTAAGTTAATCATGTGAGCAAAAGCTTT-TTACTTGCTTTAAATG
129 AAAGACCATTTTAAGTCAATCAAGCCAGCAAAAGATTTGTTACTCACTTTAAATG
* * * *
168735 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATGTTTAGACTTTTATGAATA
1 ATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTAGAC-TTTATGAATA
* * *
168800 AAACCTAT-TGTAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACATGTAATTCATGCTATTCATTGTGAAATA
65 AAACCTATCAG-AATTGGATGTTTGAATTGGGAAACAAGTAATTCATGCTATTCACTGTGAAATA
* * *
168864 AAAGATCATTTTAAGTCAATCAAGCCATCAATAGATTTGTTACTCACTTTAAATG
129 AAAGACCATTTTAAGTCAATCAAGCCAGCAAAAGATTTGTTACTCACTTTAAATG
** *
168919 ATATATTGTTTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTTGACTTTATG-ATCA
1 ATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTAGACTTTATGAAT-A
168983 AAACCT
65 AAACCT
168989 GTATGCCTTC
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 37, Indels: 14
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 12 0.06
180 32 0.15
181 47 0.23
182 11 0.05
183 45 0.22
184 61 0.29
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
ATATATTAATTCATCTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAATCTTTAGACTTTATGAATAA
AACCTATCAGAATTGGATGTTTGAATTGGGAAACAAGTAATTCATGCTATTCACTGTGAAATAAA
AGACCATTTTAAGTCAATCAAGCCAGCAAAAGATTTGTTACTCACTTTAAATG
Found at i:169135 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 169034--169200 Score: 255
Period size: 49 Copynumber: 3.4 Consensus size: 49
169024 TTAATTGGGA
* * *
169034 TAATCATGCTATCGAAAGCTTATGTTAACAAG-AAAGGCTATTTTAAGT
1 TAATCATGCTATCCAAAGCTTAAGTTAACAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
* * * *
169082 TAATCGTGCTATCCTAAGCTTAAGTTTAGAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
1 TAATCATGCTATCCAAAGCTTAAGTTAACAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
169131 TAATCATGCTATCCAAAGCTTAAGTTAACAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
1 TAATCATGCTATCCAAAGCTTAAGTTAACAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
*
169180 TAATCATGCTATCGAAAGCTT
1 TAATCATGCTATCCAAAGCTT
169201 CGATACACAC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 12, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
48 26 0.25
49 80 0.75
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (49 bp):
TAATCATGCTATCCAAAGCTTAAGTTAACAAGAAAAGGCCATTTTAAGT
Found at i:169795 original size:175 final size:179
Alignment explanation
Indices: 169420--170936 Score: 555
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
169410 ACTTCGAACA
* * * * *
169420 ATATATTAAC-TATATATTAATTTATAAATGATTAAAAATTAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
1 ATATATTAACTTATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
169484 AATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGACAAAAAAA
66 AATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGAC---AAAA
*
169549 AGATTATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTTAAATG
128 AGA-TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
* * *
169602 ATATATTAACTTATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATTTTTGGACTTTCTTGTT-A
1 ATATATTAACTTATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
* * ** * * * *
169666 AATCTTTTGTAATTGGATGTTTGCATTCA-GAAACCTA-AAGTGGATGCTATCCCTTGAC-AATA
66 AATCTATTATAATTAAATGTTTGCATT-AGGAAA-CAAGAAATGCATGCTATCCCTTGACAAAAA
* ** * *
169728 -A-ATTTTAAGTTAATCATGTCATCAATTGCTTTGTTACTT-GCTTCAAATG
129 GATATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTA-TTCCCTTCAAATG
* * * * * **
169777 ATGTATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACCTTATGATCG
1 ATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTA
* ** ** * * * * * ** *
169841 AAA-CATACTATAATTGGAT-TTTATATTCGAAAACATA-AAATGGATACCATCAGTTG----AT
65 AAATC-TATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACA-AGAAATGCATGCTATCCCTTGACAAAA
* * * * * * * * *
169899 TGA-A---CAGGTTAATCATGCCATTGAAAA-C-CT-TAATGCATGCTTTAAATG
128 AGATATTTTAAGTTAATCATGCCA-TCAAAAGCATTGTTATTC--CCTTCAAATG
* * * * * *
169947 ATATATTAATTTATTTATCATCTTATAAAT-ACTTATTAATTC-ATATATTTGGACTTTATGGTT
1 ATATATTAACTTATTTATAAACTTATAAATGA-TTA-TAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTT
* * ** * * * * * * *
170010 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-AATAGTAAAACATGAAGTGAATGTTATCCATTGACAAGA
64 AAAATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAG-GAAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGAC-A-A
* ** * ** * * * * **
170074 AAAGACTATTTTAAGATAATTGTGTCATTGAAAGCTTTCTTACTCACTTTGAATG
126 AAAGA-TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
* * * *
170129 ATATA-TGACTTCATTTATATCACTTTGAATGATATATTAATTTATAATGATTATAAATTGAAAA
1 ATATATTAACTT-ATTTATA-AAC-TT--AT-A-A-A-TGA-TTATAA--ATCA-AAA-T-----
* * * * * ** * * *
170193 TTTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAGGAAGTGCATG
47 CTTTGGACTTTATGGTTAAAATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACAAGAAATGCATG
* * * *
170258 CTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCATTTTTACTT-CCT
112 CTATCCCTTGAC--AAAAAGA-TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTA-TTCCCT
*
170322 TTAAATG
173 TCAAATG
* * * *
170329 ATATATTAA-TTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAG-TTTTCATAGTT
1 ATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTT-ATGGTT
* * * * ** * * ** *
170392 AAAACCTTTTGTGATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGTTGCTATCACTT-AGCAAG
64 AAAATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGG-AAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGA-C-A-
** ** *** ** * * ** *
170455 AAAAGCCCATTTTAAGTTAATTGTATAATTGAAAGCTTTGTT-CTGACTTTAAATG
125 AAAAG-ATATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
* * * **
170510 ATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATACTTA
1 ATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTA
* * * * * * * ***
170574 AGAGCTACTGTAATTGGAA-GTTTGCATT-GGCAAACACGAAATGGATGCTATTTGTTGTGA-AG
65 AAATCTATTATAATT-AAATGTTTGCATTAGG-AAACAAGAAATGCATGCTA-TCCCT-TGACA-
* * * * * * *
170636 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTAGTCACTT-TAATA
125 AAAAGA-TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
* * * * *
170691 ATGTATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTATGATTA
1 ATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTA
* * * * * * * * **
170755 AAACCTATTATAATTGAATGTTTGTATTTGGAAACATGAAGTGGATGCAATCAATTGA-ATTGAA
65 AAATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGACA---AA
* * * * * * * *
170819 CAGACCATTTTAATTTAATCATGGCATCAAAAGCTTTGATA-T-GCTTTAAATG
127 AAGA-TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
* * ** * * *
170871 ATATATTAA-TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGTTTA
1 ATATATTAACTT-ATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTA
170935 AA
65 AA
170937 CAATTATTAA
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 219, Indels: 156
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
170 85 0.08
171 32 0.03
172 2 0.00
173 2 0.00
174 3 0.00
175 115 0.11
176 16 0.02
177 4 0.00
178 3 0.00
179 8 0.01
180 68 0.07
181 284 0.27
182 188 0.18
183 50 0.05
184 6 0.01
186 2 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 4 0.00
190 4 0.00
191 10 0.01
192 3 0.00
193 1 0.00
194 3 0.00
195 2 0.00
196 2 0.00
198 2 0.00
199 1 0.00
200 120 0.12
201 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATATATTAACTTATTTATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
AATCTATTATAATTAAATGTTTGCATTAGGAAACAAGAAATGCATGCTATCCCTTGACAAAAAGA
TATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTATTCCCTTCAAATG
Found at i:170171 original size:27 final size:30
Alignment explanation
Indices: 170117--170174 Score: 77
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
170107 GCTTTCTTAC
*
170117 TCACTTTGAATGATATATGACTTCATTTATA
1 TCACTTTGAATGA-ATATGACTTAATTTATA
170148 TCACTTTGAATG-ATAT-A-TTAATTTATA
1 TCACTTTGAATGAATATGACTTAATTTATA
170175 ATGATTATAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.35
28 1 0.04
29 4 0.15
31 12 0.46
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (30 bp):
TCACTTTGAATGAATATGACTTAATTTATA
Found at i:170557 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 170166--175211 Score: 1445
Period size: 182 Copynumber: 27.3 Consensus size: 181
170156 AATGATATAT
* *
170166 TAAT-TTAT-AATGATTATAAATTGAAAAT-TTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
* * *
170228 ATGTTTGCATTGGGAAACAGGAAGTGCATGCTATGC-CTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTA
65 ATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
**
170292 ATCATGCCATTAAAAGCATTT-TTACTTCCTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGC-TTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * * * * *
170346 TAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAG-TTTTCATAGTTAAAACCTTTTGTGATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTT-ATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
* *
170410 ATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTTGCTATCACTT-AGCAAGAAAAGCCCATTTTAAGTTA
65 ATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
** *** *
170474 ATTGTATAATTGAAAGCTTTGTT-CTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * *
170527 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATACTTAAGAGCTACTGTAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGGA
* * * *** **
170592 AGTTTGCATTGGCAAACACGAAATGGATGCTATTTGTTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
66 TGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* * * * * *
170657 CATGCCATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTT-AATAATGTATTAATTCATTTA
130 CATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * *
170708 TAATCTTATAAATGACTATAAATCAAAATGTTTGGACTTTAT-GATTAAAACCTATTATAATTGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATTATAATTGG
* * * * * *
170772 ATGTTTGTATTTGGAAACATGAAGTGGATGCAATCAATTGA-ATTGAACAGACCATTTTAATTTA
65 ATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* * *
170836 ATCATGGCATCAAAAGCTTTGATA-TG-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * *
170888 TAATCTTATAAATGATTATTAATTG-AGATATTTGGACTTTAT-GTTTAAA-CAATTATTAATTG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTA-TAATTG
** ** * * * * * * *** * ** *
170950 AGAT-AAT-C-TTATAAATGATCACAATTGGATG-TTTGAATTG----GAAAACGTGAAGTAGAT
64 -GATGTTTGCATTGGAAA-CAT--GAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAA-GACCATTTTAA
* ** *
171007 GTT-ATCCATTGACAAGAAAAGACTACTTTAAGTTTATCCTG-CTTTCAAA--A-ACTTTGTAAC
124 GTTAAT-CA-TGCCATTAAAAG----CTTT--G-TTA--CTGACTTT-AAATGATA-TAT-TAA-
*
171067 TT-ACTCTA
174 TTCA-TTTA
* * * * * *
171075 -AATGATATATTAATTCATTTATATCACTTTGAAAAATATATT-AACATTATA-TTAATTTCTAA
1 TAAT-CT-TA-TAAATGA-TTATA--A--TTG-AAAATCT-TTGGACTTTATAGTTAA-----AA
* * * * * * * * *
171137 -ATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTCATGCTTAAACCTATCACAATTGTATG-TTTGCA-T
51 CCT-ATTAT-AATTG-GATGTTT-G-CAT--TG--GAAA-C-AT--GAAGTGGATGCTAT-CACT
* ** * * * ** ** * *
171199 TGAGAAATGTGAAGTGGTCGCTATCCCTTGACACG--AA--AAGACCATTTTAAG-TTAATCATG
102 TGA-CAA---GAA-AAGAC-C-AT---TTTA-A-GTTAATCATG-CCATTAAAAGCTTTGTTA-C
* * * * *
171259 TGA-TTGAAA-GCTTTGTTACTCTC-TTTA
153 TGACTTTAAATGATATATTAAT-TCATTTA
* * * * * **
171286 -AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAGAGTTTTTAAACTTTACG
1 TAAT-CT-TA-TAAATGA-TTATAAT-TGA-AAAT--CT-T---T--G-GACTTT--A---TA-G
* * *
171350 ATTAAAACCTATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCA-TTG-CA
45 -TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGAC-
* * * * * * * * *
171413 AAGAAAAGACCATTTTAAGTTCATCTTGCTATCAATAGTTTTATTACTTACTTCAAATGATATAT
106 AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATAT
171478 TAATTCATTTA
171 TAATTCATTTA
* * * * * * * *
171489 TAATCTTATTAATGACTATAAATGAAAATCTTTTGACTTAAT-GATCAACACCTATTATAATTGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATTATAATTGG
* * * * * * *
171553 ATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGATACTATCAATTGACTATAACAGACCATTTTAAGTTAA
65 ATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
* ** ** *** * *
171618 TCCTATCATCGAAAGCTTTCAGACATG-CTTTAAATAAAATATTAATTCATTTA
129 TCATGCCATTAAAAGCTTTGTTAC-TGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * ** * ** * * * * *
171671 TAATCATACAAATGATTATTAATTG-TGATATTCAGACTTTATCGCTAAAATCTATCATATTTGG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
* * ** * * * *
171735 ATGTTTGAATTGAAAAACATGAAAAGAATGGTATC-CATTGACAAGAAAATACTATTTTAAGTTA
65 ATGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTATCAC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* * * * * * * *
171799 ATCATGCAATCAAAATCTTTGTCACTAAGTTTGAATGATATATTAATTCATTTT
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * *
171853 TCATCTTATAAATGATTATAAATT-CAAATCTTTGGACTTTAT-GTTTAAAACC-ATTCATCATT
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATT-ATAATT
* * * * * * *
171915 GGATGTTTTCATTAGGAAACGTGAAGTGCATGCTATCCCTTGACTAGAAAAGACTATGTTAAGTT
63 GGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTT
** ** * * * * * *
171980 GGTCATGTGATCAGAACCTTTGTTACTTG-GTTTGAATGATACATTAATTCATTTA
127 AATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTAC-TGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * *
172035 TAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGGA
* * * * * ** *
172100 AGTTAGCATTGGGAAACGTTAAGTGGATGCTAGTTA-TTGTGAAGAAAGGACCATTTTAAGTTAA
66 TGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
** ** * * * * **
172164 TCATTTCAACAATAGCTTTGTTATTCACTTTAAATGATATAATCTTATAAATGATTA
129 TCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATAT-AT-TAATTCAT--TTA
*** * ** *
172221 TTAAT-TGATATCTTTGGACTTTATGGATAAAACCAATCATAATTGGATGCTTGA-A-TTGGAAA
1 -TAATCT--TATAAAT-GA--TTAT-AATTGAA--AATC-T--TTGGA--CTTTATAGTT--AAA
* * * * * ** * * ** *** *
172283 A-C-GTGA-AA-TAGATGTTATCCATT-G--ACAAGAA-AAGAT--TAT--TTTAAGTTATTTAT
50 ACCTATTATAATTGGATGTT-TGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGA-CAAGAAAA
* ** * ** * * * * * *
172336 G-CCATTAT-AGCTT--TGTTACTCACTTTGAA-CTTTATATAAT-TCATTTATATCACT-T-TG
113 GACCATTTTAAG-TTAATCATGC-CA-TTAAAAGCTTTGT-TACTGAC-TTTAAATGA-TATATT
* **
172393 AA-TGATACA
172 AATTCATTTA
* * * *
172402 TTAAT-TTATAAATGATTATAAAATG-AAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTA
1 -TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTG
* *
172465 AATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTTGCTATC-CTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
64 GATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* * ** * * * *
172529 CTTATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATGATATACTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * * * ** * *
172583 TAATCTTATAAATGATTATAAATCAGAGTCTTTGGACTTTCTGGTTAAAACCTATTGCAACTAGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGGA
* * * * * **
172648 TGTTTGCTTTGTGAAACATGAAGTGGATGCTATTCA-TTGAAAATAAAGGGCCATTTTAAGTTCT
66 TGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
* * * * * * *
172712 TCTTATG--ATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTCAAATAATATATTAATTTATTTA
129 TC--ATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * *
172765 TAATCTTATTAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATTATAATTGG
* * * * ** * * * * *
172829 ATGTTTGCATTTGAAAACGTAAATTGGATTATATCAATTAACTAGAATAGACCCTTTGTAA-TTA
65 ATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTT-TAAGTTA
* * * * ** * *
172893 GTCATGTCATTGAAACCTTTCATGCATG-CTTTAAATGAAATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTAC-TGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* *** * ** * *
172947 TAATCTTACAAATGATTATTAATTG-TGGT-ATTCAAGCTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGA-CTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTG
* * * * * * * *
173010 GATGTTTGAAGT-AAAAAATGTGAAGAGAATGGTATC-CATTGACAAGAAAAGACGATTTTAAGT
64 GATGTTTGCATTGGAAACA--TGAAGTGGATGCTATCAC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGT
** * * ** * * * * *
173073 TAATGGTGTCA--AGAAATCTTCATTACTAAGTTTGAACGATATATTAATCCATTTA
126 TAATCATGCCATTA-AAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * **
173128 TAATCTTATAAATGATTACAAATTG-AAATCTATGGACTTTATGGTTAAAACCAATCGT-ATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
** * * *
173191 ATGTGGGCATTGGGAAACATGAACTGGATGCTATC-CTTTAATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
65 ATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCAC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* ** * *
173255 TTCATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTG-CTTTAAATTATATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTAC-TGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * * *
173309 TAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATTTTTAGACTTT-TATGAATAAAACCTATTGTAATTG
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATA-G-TTAAAACCTATTATAATTG
* * * * * * *
173373 GATGTTTGAATTAGGAAACGTAGAA-TCGTTGCTACTCA-TT-ATGAATAAAAGACCATTTTGAG
64 GATGTTTGCATT-GGAAACAT-GAAGTGGATGCTA-TCACTTGA-CAAGAAAAGACCATTTTAAG
* * * *
173435 TTAATCAGGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATG----A-T-A--C-----
125 TTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * ** * *
173479 -AATCTTATAAATGATTATTCATTG-ACATATTCAGACTTTATGGTTAAAACC-AGTCATAATTG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTA-TTATAATTG
* * ** * * * * *
173541 AATGTTTGAATTGGAAATTGTGAAGTGCATGTTATC-CATTGACAAGAAAAGACTATTGTATGTT
64 GATGTTTGCATTGGAAA-CATGAAGTGGATGCTATCAC-TTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTT
* * * * * ** *
173605 ATTCATGCCACTAATAGCTTTGTTACTCACTTCAAACAATATATTAACTCATTTA
127 AATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* ** * * *** *
173660 T-ATCACTT-TGAATGA-TAT-ATTGATGATATATT--AATTTATAAACGATTATAAAAAGA-AA
1 TAAT--CTTATAAATGATTATAATTGAAAATCT-TTGGACTTTAT--A-G-TTA-AAACCTATTA
** * * * * **
173718 TCTTTGGA-CTTT--A-TGGTAAAAACCTATCATAATTGGATG-TTTGCA-TTGGGA-AACGTGA
58 TAATTGGATGTTTGCATTGG---AAA-C-AT--GAAGTGGATGCTAT-CACTT--GACAA-GAAA
*** * ** ** ** ** * * ** *
173776 AGTGGATGCTTACCCTTGACAAGAAATGACCATTTTAAG-TTAATCA-TGGAATCAAAAGTTTGT
112 AGACCAT-TTTA-AGTT---AA-TCATG-CCATTAAAAGCTTTGTTACT-GACTTTAAA---TGA
*
173839 TACTCACTTTAAATTGTATATTA
166 TA-T-A--TT-AATT-CAT-TTA
* * * * * *
173862 -ATTCATTGGTAATCTTATAAATGATTATAAAT-CAAGTCTTTAGA-TTTCATAGTTAAAACCTT
1 TAATC--T--T-A-----TAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTT-ATAGTTAAAACCTA
* **
173924 TTATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAATGGATGCTATTCA-TTTTCAAGAAAAGACCA
55 TTATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCA
** * * * * * * *
173988 TTTTAAGTTAATCACACCATCT-ATAGCTTTGTCATTCACTTTAAATGGTGTATTAATTAATTTA
118 TTTTAAGTTAATCATGCCAT-TAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTT-
174052 A
181 A
* * * * * * *
174053 TAATATTGTAAGTGATTATAAATCAAAATCTTTGTACTTTAT-GCTCAAAACCTATTATAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATTATAATTGG
* * * * * *
174117 ATGTTTGCATTTGGGAACGTCAAGTGAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGAACCATTTTAAGTTA
65 ATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAG-ACCATTTTAAGTTA
* * * * * *
174182 TTCACGCTATCAAAAGCTTTGATACATG-CTTTAAATGATATATTAATTAATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTAC-TGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* ** * * *
174236 TAATCTTATATATGATTATGAATTG-TGATATTTGGACTTTATAGTTAAAAACTATCATAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
** * * * * * * * *
174300 ATGTTTTAATTGCAAAATATGAAGTGCATGGTAGCCAC-TCACAAGAAAA-A--ACTAT-A-TTA
65 ATGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* * * * * * *
174359 ATCGTGCCCTTGAAAGCTTT-TTCAATCATTTTTAATGATATATTAATTCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTT-ACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * *
174413 TAATATTATAAATGATTATAAATT-TAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
** * * * *
174477 ATGTTCACACTAGAAAACATGAAGTGGAAGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTGAA
65 ATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
** * *
174542 TCATGGGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAAGATATATTAATTCATTTA
129 TCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * * * *
174595 TAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTGTGGACTTTATAGTGAAAACCTATTGTAATTAGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGGA
* *
174660 TGTTTGCATTGTGAAACATGAAGAGGATGCAATTCA-TTG-CGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
66 TGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTA-TCACTTGAC-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTA
* * * * *
174723 ATCATGCCATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTTAATGATGCTTTAATTCATTAATAATCATTTA
128 ATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAA--ATG--AT-A-T-ATTAAT--TCATTTA
* * * * * **
174786 TAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTAT-GATCACAACCTATTATAATTAA
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATTATAATTGG
* * * * * *
174850 ATGTTTGCATTCTGAAACATGAAGTGGGTACTATCAATTGACAAG-AATGACCGTTTTAAGTTAA
65 ATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
* * * * *
174914 TCAAGCCA-TAGAAAACTTTGATGCAC-G-CTTTTAAATGATAAATCAATTCATTTA
129 TCATGCCATTA-AAAGCTTTG-T-TACTGAC-TTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * ** * * * * *
174968 TAACCCTATAAATGATTATTAATTG-TGATATTTGGACTTTATGGTCAAAACTTATCATAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGG
* * ** * *
175032 ATGTTTGAATTGGAAA-ATGTTAAGTGAATATTATC-CATGAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTT
65 ATGTTTGCATTGGAAACATG--AAGTGGATGCTATCACTTG-ACAAGAAAAGACCATTTTAAGTT
* * * * *
175095 AATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAATGATATATGAATTCATTTA
127 AATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * *
175150 TAATCTTATAAATGATTATAAACT-AAAATCTTTGAACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATT
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATT
175212 AGATATTTTC
Statistics
Matches: 3554, Mismatches: 930, Indels: 762
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
167 11 0.00
168 89 0.03
169 32 0.01
170 13 0.00
171 7 0.00
172 10 0.00
173 5 0.00
174 7 0.00
175 16 0.00
176 27 0.01
177 130 0.04
178 25 0.01
179 69 0.02
180 160 0.05
181 575 0.16
182 1240 0.35
183 303 0.09
184 95 0.03
185 18 0.01
186 37 0.01
187 40 0.01
188 15 0.00
189 24 0.01
190 42 0.01
191 115 0.03
192 28 0.01
193 11 0.00
194 5 0.00
195 25 0.01
196 11 0.00
197 12 0.00
198 6 0.00
199 19 0.01
200 28 0.01
201 28 0.01
202 21 0.01
203 14 0.00
204 7 0.00
205 6 0.00
206 10 0.00
207 12 0.00
208 14 0.00
209 23 0.01
210 18 0.01
211 61 0.02
212 17 0.00
213 16 0.00
214 5 0.00
215 1 0.00
216 3 0.00
217 5 0.00
218 6 0.00
219 11 0.00
220 6 0.00
221 3 0.00
222 8 0.00
224 3 0.00
225 5 0.00
226 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATTATAATTGGA
TGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCACTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
ATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
Found at i:170854 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 170166--170929 Score: 904
Period size: 362 Copynumber: 2.1 Consensus size: 361
170156 AATGATATAT
*
170166 TAAT-TTAT-AATGATTATAAATTGAAAATTTTGGACTTTATAGTCAAAACCTATCATAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTAT-AATTGAAAATTTTGGACTTTATACTCAAAACCTATCATAATTGGA
* * * *
170229 TGTTTGCATTGGGAAACAGGAAGTGCATGCTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
65 AGTTTGCATTGGCAAACACGAAATGCATGCTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAAT
* * *
170294 CATGCCATTAAAAGCATTTTTACTTCCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAAT
130 CATGCCATCAAAAGCATTTTTACGTCCTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAAT
* * * * * *
170359 GATTATAAATCAAAATCTTTAGTTTTCATAGTTAAAACCTTTTGTGATTGGATGTTTGCATTGGA
195 GACTATAAATCAAAATCTTTAGCTTTCATAGTTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGA
* * * * ** * **
170424 AAACATGAAGTGGTTGCTATCACTTAGCAAGAAAAGCCCATTTTAAGTTAATTGTATAATTGAAA
260 AAACATGAAGTGGATGCAATCAATTAGCAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATAGAATCAAAA
* *
170489 GCTTTGTTCTGACTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
325 GCTTTGATATG-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
* * * *
170527 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATCTTTGGACTTTATACTTAAGAGCTA-CTGTAATTGG
1 TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAAT-TTTGGACTTTATACTCAAAACCTATC-ATAATTGG
* *** ** *
170591 AAGTTTGCATTGGCAAACACGAAATGGATGCTATTTGTTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAA
64 AAGTTTGCATTGGCAAACACGAAATGCATGCTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAA
* * *
170656 TCATGCCATCAATAGC-TTTGTTA-GTCACTTT-AATAATGTATTAATTCATTTATAATCTTATA
129 TCATGCCATCAAAAGCATTT-TTACGTC-CTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAACCTTATA
* * *
170718 AATGACTATAAATCAAAATGTTTGGACTTT-AT-GATTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGTA
192 AATGACTATAAATCAAAATCTTTAG-CTTTCATAG-TTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCA
* * *
170781 TTTGG-AAACATGAAGTGGATGCAATCAATT-G-AATTGAACAGACCATTTTAATTTAATCATGG
255 -TTGGAAAACATGAAGTGGATGCAATCAATTAGCAA--GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATAG
*
170843 CATCAAAAGCTTTGATATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
317 AATCAAAAGCTTTGATATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
*
170888 TAATCTTATAAATGATTATTAATTG-AGATATTTGGACTTTAT
1 TAATCTTATAAATGATTA-TAATTGAAAAT-TTTGGACTTTAT
170930 GTTTAAACAA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 48, Indels: 24
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 2 0.01
361 65 0.19
362 158 0.46
363 118 0.34
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
TAATCTTATAAATGATTATAATTGAAAATTTTGGACTTTATACTCAAAACCTATCATAATTGGAA
GTTTGCATTGGCAAACACGAAATGCATGCTATGCCTTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
ATGCCATCAAAAGCATTTTTACGTCCTTTAAATAATATATTAATTCATTTATAACCTTATAAATG
ACTATAAATCAAAATCTTTAGCTTTCATAGTTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGAA
AACATGAAGTGGATGCAATCAATTAGCAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATAGAATCAAAAG
CTTTGATATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTA
Found at i:171479 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 171110--175211 Score: 1503
Period size: 182 Copynumber: 22.4 Consensus size: 181
171100 ACTTTGAAAA
* * * *
171110 ATATATTAA--CATTATATTAAT-TTCTAAATGATTATAAATTG-AAATCTTTGGACTTCATGCT
1 ATATATTAATTCATT-TA-TAATCTTATAAATGATTATAAA-TGAAAATCTTTAGACTTTATGAT
* * * * * * * *
171171 T-AAACCTATCACAATTGTATGTTTGCATTGAGAAATGTGAAGTGG-TCGCTATCCCTTGACACG
63 TAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGAT-GCTATTCATTGACAAG
*
171234 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATG-TGATTGAAAGCTTTGTTACTCT-CTTTAAATG
127 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-A-TCAAAGCTTTGTTACT-TACTTTAAATG
* * * *
171290 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-AAGAGTTTTTAAACTTTACGATTA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAA-AATCTTTAGACTTTATGATTA
* * *
171354 AAACCTATTGTAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTG-CAAAGAA
65 AAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGAC-AAGAA
* * * * *
171418 AAGACCATTTTAAGTTCATCTTGCTATCAATAGTTTTATTACTTACTTCAAATG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * *
171472 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATTAATGACTATAAATGAAAATCTTTTGACTTAATGATCAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
* * * * * * *
171537 CACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTCGAAAACGTGAAGTGGATACTA-TCAATTGACTATAAC
66 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAGAAA
*** * * *
171601 AGACCATTTTAAGTTAATCCTAT-C-ATCGAAAGCTTTCAGACATGCTTTAAATA
130 AGACCATTTTAAGTTAAT-C-ATGCTATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * ** * * *
171654 AAATATTAATTCATTTATAATCATACAAATGATTATTAATTG-TGATATTCAGACTTTATCG-CT
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATGAAAATCTTTAGACTTTAT-GATT
* * * * * ** * ** * * *
171717 AAAATCTATCATATTTGGATGTTTGAATTGAAAAACATGAAAAGAATGGTATCCATTGACAAGAA
64 AAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAA
* * * * * * * *
171782 AATACTATTTTAAGTTAATCATGCAATCAAAATCTTTGTCACTAAGTTTGAATG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * ** * *
171836 ATATATTAATTCATTTTTCATCTTATAAATGATTATAAATTCAAATCTTTGGACTTTATGTTTAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
* * * * * * * *
171901 AACC-ATTCATCATTGGATGTTTTCATTAGGAAACGTGAAGTGCATGCTATCCCTTGACTAGAAA
66 AACCTATT-ATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAA
* * ** * ** *
171965 AGACTATGTTAAGTTGGTCATG-TGATCAGAACCTTTGTTACTTGGTTTGAATG
130 AGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATCA-AAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * *
172018 ATACATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
* * * **
172083 AACCTATTGTAATTGGAA-GTTAGCATTGGGAAACGTTAAGTGGATGCTAGTT-ATTGTGAAGAA
66 AACCTATTATAATT-GAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TTCATTGACAAGAA
* * *
172146 AGGACCATTTTAAGTTAATCAT-TTCAACAATAGCTTTGTTA-TTCACTTTAAATG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATCAA-AGCTTTGTTACTT-ACTTTAAATG
* ** *** ** *
172200 ATATAATCTTATAAATGATTATTAAT-TGATATCTTTGGACTTTATGGATAAAACCAATCATAAT
1 ATAT-AT-TAATTCAT--TTA-TAATCT--TATAAAT-GA--TTATAAAT-GAA--AATC-T--T
* * * * * * * * * *
172264 TGGA-TGCT-TGAATTGGAAAA-C-GTGA-AATAG-ATGTTATCCATTGACAAGAAAAGAT-TAT
50 TAGACT-TTATG-ATT--AAAACCTATTATAATTGAATGTT-TGCATTG---GGAAACG-TGAAG
** * * * * ** * * ** * *
172322 TTTAAGTTATTTA-TG-CCATTATAG--C--TTT--GTTACTCA--CT-TTGAA-CTTTATATAA
106 TGGATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAGCTTTGT-TAC
* *
172375 TT-CATTTATATC
170 TTAC-TTTAAATG
* * ** * *
172387 ACT-T-TGAA-TGATACATTAAT-TTATAAATGATTATAAAATG-AAATCTTTGGACTTTATGGT
1 A-TATATTAATTCATTTA-TAATCTTATAAATGATTAT-AAATGAAAATCTTTAGACTTTATGAT
* * * * * *
172447 TAAAACCTATCATAATTAAATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTTGCTA-TCCTTGACAAGA
63 TAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGA
* * * *
172511 AAAGACCATTTTAAGTTACTTATG-TGATCAAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATG
128 AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * * * *
172566 ATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAGAGTCTTTGGACTTTCTGGTTAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
** * * * * * *
172631 AACCTATTGCAACT-AGATGTTTGCTTTGTGAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGAAAATAAA
66 AACCTATTATAATTGA-ATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAA
* * ** * * * *
172695 GGGCCATTTTAAGTTCTTCTTATG--ATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTCAAATA
130 AGACCATTTTAAGTTAATC--ATGCTATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * *
172748 ATATATTAATTTATTTATAATCTTATTAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
* * * * * *
172813 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTTGAAAACGTAAATTGGAT--TATATCAATTAACTAGAA
66 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTAT-TC-ATTGACAAGAA
* * * * * ** * * *
172876 TAGACCCTTTGTAA-TTAGTCATG-TCATTGAAACCTTTCATGCATGCTTTAAATG
129 AAGACCATTT-TAAGTTAATCATGCT-A-TCAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * *** * * *
172930 AAATATTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTG-TGGTATTCA-AGCTTTATGGTT
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATGAAAATCTTTAGA-CTTTATGATT
* * * * *** * * * * *
172993 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAAGTAAAAAATGTGAAGAGAATGGTATCCATTGACAAGAA
64 AAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAA
* ** ** * ** * * * *
173058 AAGACGATTTTAAGTTAATGGTG-TCAAGAAATCTTCATTACTAAGTTTGAACG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATCAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * *
173111 ATATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATTG-AAATCTATGGACTTTATGGTTA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TGAAAATCTTTAGACTTTATGATTA
* ** * ** * * * * * *
173175 AAACCAATCGT-ATTGGATGTGGGCATTGGGAAACATGAACTGGATGCTATCCTTTAATAAGAAA
65 AAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAA
* * *
173239 AGACCATTTTAAGTTATTCATG-TGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATT
130 AGACCATTTTAAGTTAATCATGCT-ATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * *
173292 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATTTTTAGACTTTTATGAATA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGAC-TTTATGATTA
* * * * * * * * *
173357 AAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACGTAGAA-TCGTTGCTACTCATT-ATGAATA
65 AAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGT-GAAGTGGATGCTATTCATTGA-CAAGA
* * * *
173420 AAAGACCATTTTGAGTTAATCAGGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATG
128 AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * * * *
173475 ----A-T-A--C------AATCTTATAAATGATTATTCATTG-ACATATTCAGACTTTATGGTTA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTA
* * * * * *
173525 AAACC-AGTCATAATTGAATGTTTGAATT-GGAAATTGTGAAGTGCATGTTATCCATTGACAAGA
65 AAACCTA-TTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAA-CGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGA
* * * * * * * **
173588 AAAGACTATTGTATGTTATTCATGCCA-CTAATAGCTTTGTTACTCACTTCAAACA
128 AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AA-AGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * ** * *
173643 ATATATTAACTCATTTAT-ATCACTT-TGAATGATATATTGATG-ATAT-ATTA-A--TT-T-A-
1 ATATATTAATTCATTTATAAT--CTTATAAATGAT-TATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGAT
* ** * * * * * *
173698 T-AAA-CGATTATAAAAAGAAATCTTTGGACTTTATGGTAAAAACCTATCATAATTGGATG-T-T
63 TAAAACCTATTAT-AATTG-AATGTTT-G-C-AT-TGG--GAAA-C-GT--GAAGTGGATGCTAT
** *** * ** * * ** * * *
173759 TGCATTGGGA-AACGTGAAGTGGATGCTTACCCTTGA-CAAGAAATGACCA-TTTTAAGTTAATC
116 T-CATT--GACAA-GAAAAGACCAT-TTTA-AGTTAATCATGCTATCA-AAGCTTT--GTT-A-C
* * **
173821 ATGGAATCAAAAGTTTG
170 -T-TACTTTAAA---TG
* * * * * *
173838 TTACTCACTTTAAATTGTATATTA-ATTCATTGGT-AAT-CTTATAAATGATTATAAATC--AAG
1 ATA-T-A--TT-AATT-CAT-TTATAATC-TT-ATAAATGATTATAAATG---A-AAATCTTTAG
* * * * * * *
173898 TCTTTAGATTTCATAGTTAAAACCTTTTATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAATGGAT
53 ACTTT--A--T--GA-TTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGAT
** ** * * *
173963 GCTATTCATTTTCAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCACACCATCTATAGCTTTGTCA-TTCAC
111 GCTATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AAAGCTTTGTTACTT-AC
174027 TTTAAATG
174 TTTAAATG
* * * * * * * * *
174035 GTGTATTAATTAATTTAATAATATTGTAAGTGATTATAAATCAAAATCTTT-GTACTTTATGCTC
1 ATATATTAATTCATTT-ATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAG-ACTTTATGATT
* * * *
174099 AAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGGG-AACGTCAAGTGAATGCCA-TCAATTGACAAG
64 AAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCA-TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTC-ATTGACAAG
* * * * *
174162 AAAAGAACCATTTTAAGTTATTCACGCTATCAAAAGCTTTGATACATGCTTTAAATG
127 AAAAG-ACCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * ** * *
174219 ATATATTAATTAATTTATAATCTTATATATGATTATGAATTG-TGATATTTGGACTTTAT-AGTT
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAATGAAAATCTTTAGACTTTATGA-TT
* * * ** ** ** * * ** * *
174282 AAAAACTATCATAATTGGATGTTTTAATTGCAAAATATGAAGTGCATGGTAGCCACTCACAAGAA
64 AAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAA
* * * * * * * *
174347 AA-A--ACTAT-A-TTAATCGTGCCCT-TGAAAGCTTT-TTCAATCATTTTTAATG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATG--CTATCAAAGCTTTGTT-ACTTACTTTAAATG
* ** * *
174396 ATATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATTTAAATCTTTGGACTTTATGGTTAA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
* * ** * * * * *
174461 AACCTATCATAATTGGATGTTCACACTAGAAAACATGAAGTGGAAGCTA-TCACTTGACAAGAAA
66 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCA-TTGACAAGAAA
* ** * * *
174525 AGACCATTTTAAGTGAATCATGGGATTAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAAG
130 AGACCATTTTAAGTTAATCATGCTA-TCAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
* * * *
174578 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTGTGGACTTTAT-AGTGA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGA-TTA
* * * * *
174642 AAACCTATTGTAATT-AGATGTTTGCATTGTGAAACATGAAGAGGATGCAATTCATTG-CGAAGA
65 AAACCTATTATAATTGA-ATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGAC-AAGA
* * *
174705 AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTTAATGATG
128 AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAA-AGCTTTGTTACTTACTTTAA--ATG
* * * *
174762 CTTTAATTCATTAATAATCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGATTTTA
1 --AT-A-T-ATTAAT--TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTA
* * * ** * * *
174827 TGATCACAACCTATTATAATTAAATGTTTGCATTCTGAAACATGAAGTGGGTACTA-TCAATTGA
59 TGATTAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTC-ATTGA
* * * * * * * * ***
174891 CAAG-AATGACCGTTTTAAGTTAATCAAGCCATAGAAAACTTTGATGCACGCTTTTAAATG
123 CAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTAT-CAAAGCTTTGTTACTTAC-TTTAAATG
* * * * * ** * * * *
174951 ATAAATCAATTCATTTATAACCCTATAAATGATTATTAATTG-TGATATTTGGACTTTATGGTCA
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTA
* * * * * * * * ** *
175015 AAACTTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAATGTTAAGTGAATATTATCCA-TGAACAAGAA
65 AAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTG-ACAAGAA
* * *
175079 AAGACTATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTGAATG
129 AAGACCATTTTAAGTTAATCATGCTATC-AAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
*
175133 ATATATGAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAACT-AAAATCTTT-GAACTTTAT-AGT
1 ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TGAAAATCTTTAG-ACTTTATGA-T
*
175195 TAAAACCTATCATAATT
63 TAAAACCTATTATAATT
175212 AGATATTTTC
Statistics
Matches: 2890, Mismatches: 762, Indels: 538
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.00
168 103 0.04
169 33 0.01
170 13 0.00
171 13 0.00
172 7 0.00
173 12 0.00
174 8 0.00
175 16 0.01
176 13 0.00
177 125 0.04
178 11 0.00
179 23 0.01
180 105 0.04
181 291 0.10
182 1253 0.43
183 294 0.10
184 91 0.03
185 11 0.00
186 24 0.01
187 25 0.01
188 20 0.01
189 14 0.00
190 46 0.02
191 125 0.04
192 24 0.01
193 5 0.00
194 5 0.00
195 9 0.00
196 13 0.00
197 16 0.01
198 5 0.00
199 18 0.01
200 17 0.01
201 5 0.00
202 7 0.00
203 2 0.00
204 6 0.00
205 11 0.00
206 10 0.00
207 12 0.00
208 5 0.00
209 4 0.00
210 1 0.00
211 3 0.00
212 1 0.00
213 2 0.00
214 1 0.00
215 2 0.00
216 1 0.00
217 6 0.00
218 6 0.00
219 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
ATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATGAAAATCTTTAGACTTTATGATTAA
AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATTCATTGACAAGAAAA
GACCATTTTAAGTTAATCATGCTATCAAAGCTTTGTTACTTACTTTAAATG
Found at i:172549 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 172184--172584 Score: 497
Period size: 199 Copynumber: 2.0 Consensus size: 198
172174 AATAGCTTTG
* * *
172184 TTAT-TCACTTTAAATGATATAATCTTATAAATGATTATTAATTGATATCTTTGGACTTTATGGA
1 TTATATCACTTTAAATGATATAATCTTATAAATGATTATAAAATGAAATCTTTGGACTTTATGGA
** * *
172248 TAAAACCAATCATAATTGGATGCTTGAATTGGAAAACGTGAAATAGATGTTATCCATTGACAAGA
66 TAAAACCAATCATAATTAAATGCTTGAATTGGAAAACATGAAATAGATGCTATCCATTGACAAGA
** * * * * * *
172313 AAAGATTATTTTAAGTTATTTATGCCATTATAGCTTTGTTACTCACTTTGAACT-TTATA-TAAT
131 AAAGACCATTTTAAGTTACTTATGCCATAAAAGCTTTGTTACTCACCTT-AAATGATATACTAAT
172376 TCAT
195 TCAT
*
172380 TTATATCACTTTGAATGATACATTAAT-TTATAAATGATTATAAAATGAAATCTTTGGACTTTAT
1 TTATATCACTTTAAATGAT--A-TAATCTTATAAATGATTATAAAATGAAATCTTTGGACTTTAT
* * * * * * *
172444 GGTTAAAACCTATCATAATTAAATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTTGCTATCC-TTGACA
63 GGATAAAACCAATCATAATTAAATGCTTGAATTGGAAAACATGAAATAGATGCTATCCATTGACA
**
172508 AGAAAAGACCATTTTAAGTTACTTATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATGATATACT
128 AGAAAAGACCATTTTAAGTTACTTATGCCAT-AAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATGATATACT
172573 AATTCAT
192 AATTCAT
172580 TTATA
1 TTATA
172585 ATCTTATAAA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 25, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
196 4 0.02
197 13 0.08
198 35 0.20
199 104 0.60
200 17 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (198 bp):
TTATATCACTTTAAATGATATAATCTTATAAATGATTATAAAATGAAATCTTTGGACTTTATGGA
TAAAACCAATCATAATTAAATGCTTGAATTGGAAAACATGAAATAGATGCTATCCATTGACAAGA
AAAGACCATTTTAAGTTACTTATGCCATAAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATGATATACTAATT
CAT
Found at i:173425 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 172403--173440 Score: 937
Period size: 363 Copynumber: 2.9 Consensus size: 361
172393 AATGATACAT
* *
172403 TAAT-TTATAAATGATTATAAAATGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAAA
1 TAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGAA
* * * *
172467 TGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGTTGCTATCCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTACTT
66 TGTTTGCATTGGAAAACATGAACTGGATGCTATCCTTAATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTA-TT
** * *
172532 -ATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTCACCTTAAATGATATACTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
130 CATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * * * * *
172596 GATTATAAATCAGAGTCTTTGGACTTTCTGGTTAAAACCTATTGCAACTAGATGTTTG-CTTTGT
195 GATTATAAGTCAGAATTTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAG-
* * * * ** * * *
172660 GAAACATGAAGTGGATGCTATTCATTGAAAATAAAGGGCCATTTTAAGTTCTTCTTATGATCAAT
259 GAAACGTGAA-TAGATGCTA-TCATTGAAAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCGTATCAACAAT
** * * * **
172725 AGCTTTGTTAGTCACTTCAAATAATATATTAATTTATTTA
322 AGCTTCATTACTAACTTCAAACAATATATTAATCCATTTA
* ** * * *
172765 TAATCTTATTAATGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGAA
1 TAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGAA
* * * * ** * * *
172830 TGTTTGCATTTGAAAACGTAAATTGGATTATATCAATTAACT-AGAATAGACCCTTTGTAA-TTA
66 TGTTTGCATTGGAAAACATGAACTGGATGCTATC-CTTAA-TAAGAAAAGACCATTT-TAAGTTA
* * ** * ** * * * *
172893 GTCATGTCATTGAAACCTTTCATGCATGCTTTAAATGAAATATTAATTCATTTATAATCTTACAA
128 TTCATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAA
* * ** **
172958 ATGATTATTAATTGT-GGTA-TTCAAG-CTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAA
193 ATGATTA-TAA--GTCAGAATTTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAA
* ** * * * * * * * *
173020 GTAAAAAATGTGAAGAGAATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACGATTTTAAGTTAATGGTGTCAA
255 TTAGGAAACGTGAATAG-ATGCTAT-CATTGAAAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCGTATCAA
* * * ** *
173085 GAA-ATCTTCATTACTAAGTTTGAACGATATATTAATCCATTTA
318 CAATAGCTTCATTACTAACTTCAAACAATATATTAATCCATTTA
* * * * *
173128 TAATCTTATAAATGATTACAAATTGAAATCTATGGACTTTATGGTTAAAACCAATCGT-ATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGAA
** *
173192 TGTGGGCATTGGGAAACATGAACTGGATGCTATCCTTTAATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTATT
66 TGTTTGCATTGGAAAACATGAACTGGATGCTATCC-TTAATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTATT
*
173257 CATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATTATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
130 CATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* **
173322 GATTATAAGTCAAAATTTTTAGACTTTTATGAATAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAG
195 GATTATAAGTCAGAATTTTTAGAC-TTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAG
* * * *
173387 GAAACGTAGAATCGTTGCTACTCATT-ATGAATAAAAGACCATTTTGAGTTAATC
259 GAAACGT-GAATAGATGCTA-TCATTGA-AAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATC
173441 AGGCCATCAA
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 141, Indels: 41
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 1 0.00
361 11 0.02
362 115 0.22
363 226 0.44
364 148 0.29
365 9 0.02
366 1 0.00
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (361 bp):
TAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATCTTTGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGAA
TGTTTGCATTGGAAAACATGAACTGGATGCTATCCTTAATAAGAAAAGACCATTTTAAGTTATTC
ATGTGATCAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATG
ATTATAAGTCAGAATTTTTAGACTTTATGGTTAAAACCTATTGTAATTGGATGTTTGAATTAGGA
AACGTGAATAGATGCTATCATTGAAAATAAAAGACCATTTTAAGTTAATCGTATCAACAATAGCT
TCATTACTAACTTCAAACAATATATTAATCCATTTA
Found at i:175597 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 175253--177074 Score: 1161
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 178
175243 TATGTTTCTA
* * * * *
175253 TTACTCACTTTAAATGATACATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCAT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AATGATTATAAAT-AAAGTCTT
* * ** * * * *
175318 TCGAC-TTAT-AGTTAAAACTTATTGTAATTGGATCTTTACATTGAAAAACATGGAGTGGATGCT
64 TGGACTTTATGA-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACATGAAGTGGATGCT
* * **
175381 ATTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATGGCTTTG
127 ATGCATTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * *
175434 TTACTCTCTTTAAATGATGTATTAATTTATTTATAATCTTATAAGTTAATATAAATCAAAGTCTA
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAA-TGATTATAAAT-AAAGTCTT
* * * *
175499 TGAACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCAGAAACATGATGTGGATGCTA
64 TGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACATGAAGTGGATGCTA
* * *
175564 TGAATTGAATAGAACAGACCATTTTTAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
128 TGCATTGAA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * * ** *
175616 ATACACACTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTGAGATATT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAATGATTATAAATAAAG-TCTT
* * * *
175681 TGGACTTTATG-TTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGATA
64 TGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAACATGAAGTGGATGCTA
* * ** * * *
175745 TGCATTGACAAAAAAAAAGTATTTTAAGTTAATCGTGTCATCGAAAGCTTTG
128 TGCATTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * *
175797 TTACTATGTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAGATGATTATAAATTGAAA-TCT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATA-ATGATTATAAA-T-AAAGTCT
* * ** ** * * *
175861 TTGGACCTTGTGGGTAAAAATTATCAAAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACTTGAAGTGGATTCT
63 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * *
175926 AT-CCTTGACAATG-AAAGACCATTTTATGTTAATCATGGCTTCAATAGCTTTG
127 ATGCATTGA-AA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * *
175978 TTACTCAT-ATTAAGTGATGTATTAATTCATTTATAATCTTAGAAATAATTATAAATCAAAATCT
1 TTACTC-TCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAATGATTATAAAT-AAAGTCT
* * * * * * * * *
176042 CTAGACGTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGAT-TCTTGCATTTGAAAACGTGAAGTACGATA
63 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGT-TTGCATTAG-AAACATGAAGT-GGATG
* * ** ** * *
176106 ATATCCATTGACTTGAGTAGACCACTTTTAGGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
125 CTATGCATTGA-AAGAAAAGACCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * * ** *
176162 TTGCACGCTTTAAATGATATATTATTTCATTTACAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AATGATTATAAATAAAG-TCTT
* * * * * *
176227 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGAAAAACAAGAAATGGAT--TA
64 TGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACATGAAGTGGATGCTA
* * *
176290 TGCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTG
128 TGCATTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * ** *
176342 ATACAT-GCTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATTATTATTAATTGAGATAT
1 TTAC-TCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTAT-AATGATTATAAATAAAG-TCT
* * * * * *
176406 TTGGACTTGAT-AGTTAAAACCTATTATAATTGGAAGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGT
63 TTGGACTTTATGA-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAACATGAAGTGGATGC
* * * * *
176470 TATGCATTGTCAAGAAATGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATAAAAAGCTTTG
126 TATGCATTG-AAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * *
176524 TTACTATATTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATCTTATTAATGATTATAAGATGAAA-TCT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTA-TAATGATTATAA-AT-AAAGTCT
* ** ** * *
176588 TTGGACTTTAT-ATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCAATGGGAAAGGTGAA-TTGATTCT
63 TTGGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGC-ATTAGAAACATGAAGTGGATGCT
* ** * *
176651 AT-CTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAACCGTTT-
127 ATGC-ATTGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGC-TTTG
* * *
176704 TCACT-TACTTTAAATGATATATTAATTCA--T-TGA--TTAT-A--A--AT-CA-AAA-TCTTT
1 TTACTCT-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAATGATTATAAATAAAGTCTTT
* * * ** * * * *
176755 GGCCTTTATGGTTGAAACCTATTGTGATTAGATGTTTGCATTGGGAA-ATGTTATA-TGGATGCT
65 GGACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAACATG--A-AGTGGATGCT
* *
176818 ATTCATTGTGATAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCAATAA-CTTTG
127 ATGCA-T-TGA-AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAA-AAGCTTTG
* * * * * ** *
176872 TTAATCACTTTAAAT--CATA-TAA-TC---T-T-A---TA-AACGATTATTAATTGAGATATTT
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAATGATTATAAATAAAG-TCTTT
* * * * ** *
176924 GGACTTTATAGA-GAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGAATTGGGAAATGTGAAGTGGATGTTA
65 GGACTTTAT-GATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACATGAAGTGGATGCTA
* * * * ** * *
176988 TCCATTGACAAGAAAAGACTATTCTACA-TTATTTGTGTCATCAATAGCTTTG
128 TGCATTGA-AAGAAAAGACCATTTTA-AGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
*
177040 TTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
1 TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
177075 TCACTTTAAA
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 275, Indels: 160
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 1 0.00
163 3 0.00
164 4 0.00
165 27 0.02
166 29 0.02
167 20 0.02
168 86 0.07
169 56 0.04
170 8 0.01
171 6 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
174 1 0.00
175 4 0.00
176 1 0.00
177 2 0.00
178 1 0.00
179 2 0.00
180 211 0.16
181 376 0.29
182 305 0.24
183 24 0.02
184 114 0.09
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
TTACTCTCTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAATGATTATAAATAAAGTCTTTG
GACTTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAACATGAAGTGGATGCTATGC
ATTGAAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
Found at i:175794 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 175253--176734 Score: 1304
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 182
175243 TATGTTTCTA
* * * * **
175253 TTACTCACTTTAAATGATACATTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCA-
1 TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAAT-AT
* * ** * * *
175317 TTCGAC-TTATAGTTAAAACTTATTGTAATTGGATCTTT-ACATTGAAAAACATGGAGTGGATGC
65 TTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGA-ATTGGAAAACATGAAGTGGATGC
* ** **
175380 TATTCATTGTGAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATGGCTTTG
129 TATGCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * * * * * *
175434 TTACTCTCTTTAAATGATGTATTAATTTATTTATAATCTTATAAGTTAATA-TAAATCAAAGTCT
1 TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAA-TAT
* * * * * * *
175498 ATGAACTTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATT-CAGAAACATGATGTGGATG
65 TTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGA-AAACATGAAGTGGATG
* * *
175561 CTATGAATTGA-ATAGAACAGACCATTTTTAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
128 CTATGCATTGACA-AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * *
175616 ATACACACTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTGAGATATT
1 TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATATT
* *
175681 TGGACTTTAT-GTTAAAACCTATCATAATTGGACGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGATA
66 TGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA
* * ** * * *
175745 TGCATTGACAAAAAAAAAGTATTTTAAGTTAATCGTGTCATCGAAAGCTTTG
131 TGCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
** * * * *
175797 TTACTA-TGTTTGAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAGATGATTATAAATTGAAATCT
1 TTAC-ACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATAT
* * * * ** * * * *
175861 TTGGACCTTGTGGGTAAAAATTATCAAAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAACTTGAAGTGGATTC
65 TTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATT-GGAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * *
175925 TAT-CCTTGACAATG-AAAGACCATTTTATGTTAATCATGGCTTCAATAGCTTTG
129 TATGCATTGACAA-GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * * ** *
175978 TTACTCA-TATTAAGTGATGTATTAATTCATTTATAATCTTAGAAATAATTATAAATCAAAATCT
1 TTACACACT-TTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATAT
* * * * * * * * *
176042 CTAGACGTTAT-GATCAAAACCTATTATAATTGGAT-TCTTGCATTTGAAAACGTGAAGTACGAT
65 TTGGACTTTATAG-TTAAAACCTATCATAATTGGATGT-TTGAATTGGAAAACATGAAGT-GGAT
** * ** ** * *
176105 AATATCCATTGACTTGAGTAGACCACTTTTAGGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
127 GCTATGCATTGACAAGAAAAGACCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * *
176162 TTGCACGCTTTAAATGATATATTATTTCATTTACAATCTTATAAATGATTATTAATTGAGATATT
1 TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATATT
* * * * *
176227 TGGACTTTATGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGAATTGAAAAACAAGAAATGGAT--TA
66 TGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA
* * *
176290 TGCATTAACAAGAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTG
131 TGCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* ** * * *
176342 ATACATGCTTTAAATGATATATTATTTCATTTATAATCTTATAAATTATTATTAATTGAGATATT
1 TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATATT
* * * *
176407 TGGACTTGATAGTTAAAACCTATTATAATTGGAAGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGTTA
66 TGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA
* * * * *
176472 TGCATTGTCAAGAAATGACTATTTTAAGTTAATCGTGCCATAAAAAGCTTTG
131 TGCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
* * * * * *
176524 TTACTATA-TTTGAATGATATATAAATTCATTTATAATCTTATTAATGATTA-TAAGATGAAATC
1 TTAC-ACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAA-TTGAAATA
* * ** * *
176587 TTTGGACTTTATA-TTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCAA-TGGGAAAGGTGAA-TTGATT
64 TTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-AATTGGAAAACATGAAGTGGATG
* ** * * *
176649 CTAT-CTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAACCGTT-
128 CTATGC-ATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
176703 TT-CACTTACTTTAAATGATATATTAATTCATT
1 TTACAC--ACTTTAAATGATATATTAATTCATT
176735 GATTATAAAT
Statistics
Matches: 1046, Mismatches: 220, Indels: 71
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 1 0.00
179 4 0.00
180 215 0.21
181 378 0.36
182 303 0.29
183 25 0.02
184 116 0.11
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATTAATTGAAATATT
TGGACTTTATAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGAATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA
TGCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCTTTG
Found at i:176884 original size:168 final size:165
Alignment explanation
Indices: 176569--177006 Score: 354
Period size: 169 Copynumber: 2.6 Consensus size: 165
176559 ATCTTATTAA
* *
176569 TGATTATAAGATGAAATCTTTGGACTTTATATTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCAATGGG
1 TGATTATAAGATAAAATCTTTGGACTTTATATTAAAACCTATCGTAATTAGATGTTTGCAATGGG
* * *** *
176634 AAAGGTGAATTGATTCTATCTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATCGAAAC
66 AAAGGTGAATGGATGCTATCTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCGAAAA
* * *
176699 CGTTTTCACTTACTTTAAATGATATATTAATTCAT
131 CGTTTTCAATCACTTTAAATCATATATTAATTCAT
* * * * * *
176734 TGATTATAA-ATCAAAATCTTTGGCCTTTATGGTTGAAACCTATTGTGATTAGATGTTTGCATTG
1 TGATTATAAGAT-AAAATCTTTGGACTTTAT-ATTAAAACCTATCGTAATTAGATGTTTGCAATG
* * *
176798 GGAAATGTTATATGGATGCTAT-TCATTGTGATAA-AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCAT
64 GGAAAGGTGA-ATGGATGCTATCTC--T-TGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCAT
* * * *
176861 C-AATAAC-TTTGTTAATCACTTTAAATCATATAATCTTA-TAAA
125 CGAA-AACGTTT-TCAATCACTTTAAATCATAT-AT-TAATTCAT
* * * * * ** * * *
176903 CGATTATTAA-TTGAGATATTTGGACTTTATAGAGAAAACCAATCATAATTGGATGTTTG-AATT
1 TGATTA-TAAGATAAAATCTTTGGACTTTATA-TTAAAACCTATCGTAATTAGATGTTTGCAA-T
* *
176966 GGGAAATGTGAAGTGGATGTTATC-CATTGACAAGAAAAGAC
63 GGGAAAGGTGAA-TGGATGCTATCTC-TTGACAAGAAAAGAC
177007 TATTCTACAT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 44, Indels: 29
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.01
165 25 0.12
166 37 0.17
167 19 0.09
168 56 0.26
169 68 0.32
170 6 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (165 bp):
TGATTATAAGATAAAATCTTTGGACTTTATATTAAAACCTATCGTAATTAGATGTTTGCAATGGG
AAAGGTGAATGGATGCTATCTCTTGACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATACCATCGAAAA
CGTTTTCAATCACTTTAAATCATATATTAATTCAT
Found at i:177358 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 177344--177371 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 3.1 Consensus size: 9
177334 NAATAATATT
177344 AAAATAATA
1 AAAATAATA
177353 AAAATAATA
1 AAAATAATA
177362 AAAATAATA
1 AAAATAATA
177371 A
1 A
177372 TATTTTATGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 19 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (9 bp):
AAAATAATA
Found at i:180673 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 180627--180694 Score: 102
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
180617 NNNNNNNNNN
*
180627 AAGGTTGTGGCTGAGCCTT-TGAAAAGCCATTGTTG
1 AAGGTTATGGCTGAG-CTTGTGAAAAGCCATTGTTG
*
180662 AAGGTTATGGCTGAGCTTGTGAAAAGTCATTGT
1 AAGGTTATGGCTGAGCTTGTGAAAAGCCATTGT
180695 AAAAGCTTGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.10
35 27 0.90
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.31, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
AAGGTTATGGCTGAGCTTGTGAAAAGCCATTGTTG
Found at i:188164 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 187675--188780 Score: 685
Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 179
187665 ATATACGGAC
*
187675 TTTAT-GAGTAGAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATG-AGCTGGATGCTATCC
1 TTTATCGA-TAGAACCTATTATAATT-GATGTTTGCATTGG-AAACATGAAG-TGGATGCTAT-C
* * **
187738 CTTGATAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATG
61 ATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCA-TAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATG
** *
187803 ATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATATTTAGACT
125 ATATATTAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
* * * * * **
187858 TTTATGGATAAAACCTATTGTAATTGCATGTTTGAATTGGGAAACATGAAATCAATGCTATTCAT
1 TTTATCGATAGAACCTATTATAATTG-ATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCAT
* * * * *
187923 TG-CGAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAATAGGTTTGTTACTGACTTTAAATGT
63 TGAC-AAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-AAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
* * * * * * * * *
187987 TGTATTGATTTGTCCATAATTTTGTCAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGAC-
126 TATATTAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
* * **
188040 TTTA-CGTTCAGAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATTTGACAATTTGAAGTGGATGCTATCAG
1 TTTATCGAT-AGAACCTATTATAATT-GATGTTTGCATTGGA-AACATGAAGTGGATGCTATCA-
* * * *
188104 TTGACAAAAAAAGACCATTTTAACTTAATCATGGCATAGAAAGCTTTGATACACACTTTAAATGA
62 TTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATA-AAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGA
* *** * * * ** * *
188169 TATATTAATTCATTTGTAATGTTATAAATGGTTATGAATTGAGATATTTGGAC-
126 TATATTAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
* * * * * * * *
188222 TTTA-GGCTTAAAATCTATCATAATTAGATTTTTGAATTGGAGAACATGAAGTGGATG-TTTCAC
1 TTTATCG-ATAGAACCTATTATAATT-GATGTTTGCATTGGA-AACATGAAGTGGATGCTAT--C
* * * * * * * *
188285 ATTAACAAAAAAA-ACTACTTTAATTTAATCGTACCTTCAAACA-CTTTGTTACTCACTTTGAAT
61 ATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-AAA-AGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
* * ** * *
188348 GATATA-T-A---A---AT--TCGTGT--ATGATTATAAATTGAAATCTTTGGAC-
124 GATATATTAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
* * * * * *
188391 TTTATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAAACA-GAAAG-GGCATACTATCC
1 TTTATCGATAGAACCTATTATAATT-GATGTTTGCATTGG-AAACATG-AAGTGG-ATGCTAT-C
* * * * * *
188454 CTTGATAAAAGAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCATTGTTACTCCCTTTAAATG
61 ATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-AAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATG
* ** * * * *
188519 ATATATTAATTCATTTATAATCTTTTAATTGATTATAAATCAAAATCTTTGGACT
125 ATATATTAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
* * * *
188574 TTCCTAT---TAAAACCT-TTCGTAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAATGCTATT
1 TT--TATCGATAGAACCTATT-ATAATT-GATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTA-T
* * * * *
188635 CCTTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTTACTTTAAAT
60 CATTGACAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCAT-AAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
188700 GATGTATTAAATCAGT-TATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACT
124 GATATATTAATTTA-TCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
188756 TTATAATC-A-A-AACCTATTATAATTG
1 TT-T-ATCGATAGAACCTATTATAATTG
188781 GATTTTATTT
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 140, Indels: 102
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 74 0.10
170 49 0.07
171 4 0.01
172 1 0.00
173 1 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
178 2 0.00
179 1 0.00
180 5 0.01
181 55 0.08
182 370 0.50
183 157 0.21
184 6 0.01
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (179 bp):
TTTATCGATAGAACCTATTATAATTGATGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCATTGA
CAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATAT
TAATTTATCCATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACT
Found at i:189052 original size:715 final size:712
Alignment explanation
Indices: 187671--188988 Score: 1579
Period size: 715 Copynumber: 1.8 Consensus size: 712
187661 TGTGATATAC
* * *** *
187671 GGACTTTATGAGTAGAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAGCTGGATGCTAT
1 GGACTTTATGAGTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAAACATGAAAGGGATACTAT
* * **
187736 CCCTTGATAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATTAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAA
66 CCCTTGATAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTACTCCCTTTAAA
* *
187801 TGATATATTAATTTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAATATTTAGACTTTTATGGA
131 TGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACTTTTAT-G-
* *
187866 TAAAACCTATTGTAATTGCATGTTTGAATTGGGAAACATGAAATCAATGCTATTCATTGCGAAAA
194 TAAAACCTATTGTAATTGCATGTTTGAATTGGGAAACATGAAAGCAATGCTATTCATTACGAAAA
* * *
187931 AAAGACCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAATAGGTTTGTTACTGACTTTAAATGTTGTATTGAT
259 AAAGACCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAATAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATGTATTAAT
** * * * * * ** *
187996 TTGTCCATAATTTTGTCAATGATTATAAATTAAAATCTTTGGACTTTACGTTCAGAACCTATTAT
324 CAGTCCATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTACAATCAAAACCTATTAT
* ** * * * * * *
188061 AATTAGATGTTTGCATTTGACAATTTGAAGTGGATGCTATCAGTTGACAAAAAAAGACCATTTTA
389 AATTAGATGTTTACATTTGACAACATGAAATGGATACCATCAATTGACAAAAAAAG---AGTTAA
* * * * **
188126 ACTTAATCATGGCATAGAAAGCTTTGATACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTGTAATGT
451 ACATAATCATGCCATAGAAAACTTTGATACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCC
* * * * * *
188191 TATAAATGGTTATGAATTGAGATATTTGGACTTTAGGCTTAAAATCTATCATAATTAGATTTTTG
516 CATAAATGATTATGAATTCAAATATTTGGACTTTAGGCTTAAAATCTATCATAACTAGATGTTTG
*** * * *
188256 AATTGGAGAACATGAAGTGGATGTTTCACATTAACAAAAAAAACTACTTTAATTTAATCGTACCT
581 AATAACAAAACATGAAGTGGATGTTTCACATTAACAAAAAAAACTACTTTAAGTTAATCGTACCA
*
188321 TCAAACACTTTGTTACTCACTTTGAATGATATA-TAAATTCGTGTATGATTATAAATTGAAATCT
646 TCAAACACTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAAATTCGTGTATGATTATAAATTGAAATCT
188385 TT
711 TT
188387 GGACTTTATG-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAAACA-GAAAGGGCATACT
1 GGACTTTATGAG-TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAAACATGAAAGGG-ATACT
* *
188450 ATCCCTTGATAAAAGAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCATTGTTACTCCCTTTA
64 ATCCCTTGATAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTACTCCCTTTA
* * * *
188515 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTTTAATTGATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTCCTA
129 AATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACTTT--TA
* * *
188580 T-TAAAACCT-TTCGTAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG-AAGCGAATGCTATTCCTTAAC
192 TGTAAAACCTATT-GTAATTGCATGTTTGAATTGGGAAACATGAAAGC-AATGCTATTCATT-AC
* * *
188642 -AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTTGTTACTTACTTTAAATGATGTA
254 GAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAATAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATGTA
* *
188706 TTAAATCAGT-TATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATAATCAAAACC
319 TT-AATCAGTCCATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTACAATCAAAACC
* ** ** *
188770 TATTATAATTGGAT-TTTATTTTTAGA-AACATGAAATGGATACCATCAATTGACTTAATAAG-G
383 TATTATAATTAGATGTTTACATTT-GACAACATGAAATGGATACCATCAATTGACAAAAAAAGAG
* ****
188832 TTAAACGAT-A-CATGCCATTGAAAACTTTGATATGTGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
447 TTAAAC-ATAATCATGCCATAGAAAACTTTGATACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
* * * * *
188895 TATCCCATAAATGATTATTAATTCAAATA-TTGTATTTTGTGGC-TAAAA-CTTATCATAACTAG
511 AATCCCATAAATGATTATGAATTCAAATATTTGGACTTT-AGGCTTAAAATC-TATCATAACTAG
* **
188957 GTGTTTGAATAACAAAATGTGAAGTGGATGTT
574 ATGTTTGAATAACAAAACATGAAGTGGATGTT
188989 ATCCTTCAAC
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 85, Indels: 32
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
707 1 0.00
708 47 0.09
709 69 0.14
710 6 0.01
711 1 0.00
714 37 0.07
715 172 0.34
716 169 0.33
718 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (712 bp):
GGACTTTATGAGTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAAACATGAAAGGGATACTAT
CCCTTGATAAAAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAAAAGCATTGTTACTCCCTTTAAA
TGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTAGACTTTTATGTA
AAACCTATTGTAATTGCATGTTTGAATTGGGAAACATGAAAGCAATGCTATTCATTACGAAAAAA
AGACCATTTTAAGTTAATCACGCCATCAATAGCTTTGTTACTGACTTTAAATGATGTATTAATCA
GTCCATAATCTTATAAATAATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTACAATCAAAACCTATTATAA
TTAGATGTTTACATTTGACAACATGAAATGGATACCATCAATTGACAAAAAAAGAGTTAAACATA
ATCATGCCATAGAAAACTTTGATACACACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAATCCCATAA
ATGATTATGAATTCAAATATTTGGACTTTAGGCTTAAAATCTATCATAACTAGATGTTTGAATAA
CAAAACATGAAGTGGATGTTTCACATTAACAAAAAAAACTACTTTAAGTTAATCGTACCATCAAA
CACTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAAATTCGTGTATGATTATAAATTGAAATCTTT
Found at i:189542 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 189168--192890 Score: 1328
Period size: 182 Copynumber: 20.6 Consensus size: 179
189158 AAACATGAAA
* * * * * * *
189168 ATATTAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAAT-AAGAGTTTTTGTATTTTATGGTTAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAA-AATCTTTGAACTTTATGATCAAA
* * * * * *
189232 ACCTATTGTAATTGGATGTTTCCTTTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATTC-ATTG-CAAAGAAA
65 ACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGAC-AAGAAA
* * * * ** * * *
189295 TAACCA-TTTTAAGTTCATCTTGC-CATCAATAGCTTTGTTAGTCACTTCAAATGAT
128 -GACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTGTCA--CACTTTAAATGAT
* * * ** *
189350 GTAATAATTCATTTATAATCTTATTAATGGCTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATGATCAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * *
189415 CCTATTATAATTGAATGTTGGCATTTAGAAACGTGAAGTGGATACTATCAATTGACTAGAACAGA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA-AGA
* *
189480 CCATTTTTGATTAGTCATGCTGTTGAAAGCTTTCGTGCACACTTTAAATGAA
130 CCATTTTTGATTAATCATGCTGTTGAAAGCTTT-GT-CACACTTTAAATGAT
* * **** * * * *
189532 ATATTAATTCATTTATAATCTTACAAATGATTATTAATTGTGATATTT-AGGCTTTATGGTTAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGA-ACTTTATGATCAAA
* * * * *** *
189596 ACTTATTATAAATTGAAATTTTTG--TTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATTTCTTGTCAAGAAA
65 ACCTATTAT-AATTG-AATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AA
* * * * *
189659 ATACCATTTTATG-TTAATCATG-TGATCGAAAGCTTTGTTACTTATTTTAAATGGT
127 AGACCATTTT-TGATTAATCATGCTG-TTGAAAGCTTTGTCAC--ACTTTAAATGAT
* * ** ** * * *
189714 ACATTAATTCATTTACAATCTTATAAACAATTATAAATCAAAATCTTCAAACTTTCTGGTTAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * *
189779 CCTATTGTCATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGGTATTC-ATTG-CAAAGAAAG
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGAC-AAGAAA-
* * * * * ** * *
189842 GACCA-TTGTAAGTTATTTACGC-CATGAATAGCTATGTTACGCACTTTAAATGAT
128 GACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTG-T-CACACTTTAAATGAT
* * * *
189896 GTATTAATTCATGTATAATGTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTCAACTTTATGATCAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * * * * *
189961 CCTTTTATAACTGAATGTTTGCGTTCAAAAATGGGAAGTGGATGCTATCAATTGACTAGAATAGA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA-AGA
* ** * * * *
190026 CCA-TTTTAAGTTAATCATGCCATTGAAATC-TTGAAACACAATTTAATTGAT
130 CCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTTG--TCACACTTTAAATGAT
* ** * *
190077 ATATTAAATCATTTATAATCCTATAAATGATTAATATTATAAATGATTATAAATTGAAATCTATA
1 ATATTAATTCATTTATAAT-C---------------TTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTG
* * * * *
190142 AACTTTACGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAATGTGAAGTGGATGCTAT
50 AACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTAT
** * * * * * *
190206 CTTTTAAGAAGAAAAGACCATTTTT-AGTTAATGATG-TGATTAAAAGCTTTGTTACTTGCTTTA
114 CAATTGACAAG-AAAGACCATTTTTGA-TTAATCATGCTG-TTGAAAGCTTTGTCAC--ACTTTA
190269 AATGAT
174 AATGAT
* * * *
190275 AGATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-AAATC-----C-TTGGACTTTATGGTTAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * * *
190333 CCAATTGTAAATGAATGTTTGTATTGGGAAA--TGCAA-TGCGATTAGC-ATTCACTGTG--AAG
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTG-AAGTG-GA-T-GCTA-TCAAT-TGACAAG
* ** * *
190392 AAAGGACCA-TTTTAAGTTAATCATGC-CATCAATAGCTTTGTTGCTCACTTTAAATGAT
125 AAA-GACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTG-T-CACACTTTAAATGAT
* * * * * *
190450 GTATTAATTTATTTATAATATTATAAATTATTATAAATCAAAATCTTTGGACTTTATCATCAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * *
190515 CCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCAGAAACGGGAAGT-G--G------ATTGACTAGAACAGA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA-AGA
* * ** ** *
190571 -C-TCTTTGATGTTAACCATGCCATAAAAAGCTTTGAT-ACAAGCTTTAAATCAT
130 CCATTTTTGA--TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTTG-TCAC-A-CTTTAAATGAT
* * * * * * * *
190623 ATATTAATTCATTTATAAACTTATCAATGATTATTCATTGACAAA--TTTGGACTTTATGGTTAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-TAAATCA-AAATCTTTGAACTTTATGATCAA
* * * * * *
190686 AACCTATTATAATTG---GATT--A--GA-AAACATGAAGCGAATGATATCCATTGACAAGAAAA
64 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAA
* * * ** ** * * *
190743 GACTA-TTTTCAGTTAATCATGCTATCAAAAATTTTGTTAATAAGTTTGAAA-GAT
128 GACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTTG-TCA-CACTTT-AAATGAT
* * * * * * *
190797 ATATTAATTCGTTTATAATATTATAAACGATTATAAATTAGAATCTTTGGA-TGTTATG-GCTAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACT-TTATGATC-AA
* * * * * ** *
190860 AACTTATCATAATTGGATGTATGCATTCG-GAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAAAAA
64 AACCTATTATAATTGAATGTTTGCATT-GAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AAGAA
* * * * *****
190924 AGACTA-TTTTAAGTTAATCATG-AGATAGAAAGCTTTGTTTTTTTTTAAAAATGAT
127 AGACCATTTTTGA-TTAATCATGCTG-TTGAAAGCTTTGTCACACTTT--AAATGAT
* * * * * *
190979 ATATTACTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTGAATATCTTTAAACTTTAT-AGCTAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATC-AAA
* * * * *
191043 ACCTATTGTAATTGAATCTTTGCATTGGGAAAAGTGAAGTGGATGCTATTC-ATT-ATGAAGAAA
65 ACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGA-CAAG-AA
* * * * *
191106 AGACCA-TTGTAAGTTAATCATAGC--ATCAATAGCTTTGTTAATCACTTTAAATGA-
127 AGACCATTTTTGA-TTAATCAT-GCTGTTGAA-AGCTTTG-TCA-CACTTTAAATGAT
* * *
191160 AGTATTAATTCATTAATAATCGTATAAATGATTATAAGTCAAAATCTTT-AGACTTTATGATCAA
1 A-TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGA-ACTTTATGATCAA
* * * *
191224 AACCTATTATAATT-AGATGTTTGCATTCAAAAACGTGAAGTGAATGTTATCAATTGACTAA-AA
64 AACCTATTATAATTGA-ATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-AAGAA
* * * ** *
191287 CAGACCA---TT--CT-ACCATGGC-ATCAAAAGATTTGAT-ACATGCTTTAAATGAT
127 -AGACCATTTTTGATTAATCAT-GCTGTTGAAAGCTTTG-TCACA--CTTTAAATGAT
* * * ** * * *
191337 ATATTAATTCACTTATAACCTTATAAATGATTATTAATTGAGATCTTTAGAA-TTTATGGTTAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTT-GAACTTTATGATCAAA
* * * * * * * * * * * *
191401 ACCTCTTATAATTGGATGTTTGAATTGAAAAACATGAAATGGATGGTAACCACTAACAATAAAAG
65 ACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAA-GAAAG
* * ** ** * * * * *
191466 ACTA-TTTTCAGTTAATTGTGCCATCGAAAGCTTTCTCAATAAGTTTGAATGAT
129 ACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTTGTC-A-CACTTTAAATGAT
** * * *
191519 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAT-TTTTAGACTTTA-CAGTGAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGA-ACTTTATGA-TCAA
* * * * * * * ** *
191582 AACCTATCATAGTTTG-ATGTCTGCATTGGGAAACATGAAATGCATGCTATCCCTTTACAAGAAA
64 AACCTATTATA-ATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AA
* * ** * *
191646 AGACCA-TTTTAAGTTAATCATACAATTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAT
127 AGACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTT-GT-CACACTTTAAATGAT
* * * * *
191701 -TATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGGACTTTATGGTTAACA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * *
191765 CCTATTGTAATTGGATGTTTGCACTGGGAAACGTGAAGTGGATGGTATTC-ATTG-CGAAGAAAG
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTA-TCAATTGAC-AAGAAAG
* * * *
191828 AACCA-TTTTAAGTTAATCATGCT-ATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT
129 -ACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTG-T-CACACTTTAAATGAT
* * * * * * * *
191882 GTATCAATTGATTTATAATTTTGTAAATGATTATAAATCAAAATCCTTGGACTTTATGACCAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * * * * *
191947 CCTATTATAATTGGATGTTCGTATTTAAAAACGGGAAATGGATGCTATCAATTGACTAGAACAGA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA-AGA
* * ** * *
192012 CCA-TTTTAAGTTAATCATACCATTAAAAGTTTTGGT-ACATGCTTTCAAA-GAT
130 CCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAAAGCTTT-GTCACA--CTTT-AAATGAT
* * * * * ** * * * * *
192064 ATATTAATTCATTTATATTCCTATAAATAATTCTTAATTGAGATATTTGGACTTTATTG-TTAAC
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTA-TGATCAAA
*** * ** * ** ** *
192128 GTTTATCATAATTGGTTGTTTACATT-AGAAAACGTGTTGTGGGCGGTATCAATTGACAAGAAAA
65 ACCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAA
* * * * ** * * * * *
192192 GACTA-TTTTAAGTTAAGT-GTTCCATTGAAACCTTGGTTTCTCACTTTGAACGAT
128 GACCATTTTTGA-TTAA-TCATGCTGTTGAAAGCTT--TGTCACACTTTAAATGAT
* * ** * *
192246 ATACTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATATATTGAAATCTTTGAACTTTATGGTTAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * * *
192311 CCTATCATAATTGGATGTTTACATTAAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCATTTGACAAGAAAAAA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAAGA
* * * * * *
192376 CCA-CTTTAAGTTAATCATG-TGATTGAATGCTTTGTTACTCCCTTTAAATAAT
130 CCATTTTTGA-TTAATCATGCTG-TTGAAAGCTTTG-T-CACACTTTAAATGAT
* * * * * * * **
192428 ATATTAATTCATTTATAATC-T-T--AT--TTAGAAATGAATATATTTGGACTTT-TGGGTTACG
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTAT-GATCAAA
* * ** ** *
192486 ACCTATTGTAATT-AGATGTTTCCAATCT-A-AAAATTGAAGTGGATGCTATTTATTGAGAAGAA
65 ACCTATTATAATTGA-ATGTTTGC-AT-TGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAA
** * * * * *
192548 AGGGTCA-TTTTAAGTTAATCATGATG-TCAATGGCTTTGTTAGTCACTTTAAATGAT
127 A-GACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTGTCA--CACTTTAAATGAT
* * * *
192604 TTATTAATTCATTTATAATC----------TTATAAATCAAAATATTGGGACTTTATGATCAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* ** * * * * * *
192659 CCTATTATAATTGGAT-ACTGCATTTG-GAAACATGATGTAGATGCAATCAATTGACTAGAAAAA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCA-TTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAG-AAAG
* ** * *
192722 ACCA-TTTTAAGTTAATCATGC-CATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGAT
129 ACCATTTTTGA-TTAATCATGCTGTTGAA-AGCTTTG-T-CACACTTTAAATGAT
* * * ** * * * * *
192775 GTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATTATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAA
1 ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
* * * * * * * * *
192840 CTTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAAACATAAAGTGAATGCGATCAA
66 CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAA
192891 AAGCTTTGTT
Statistics
Matches: 2688, Mismatches: 626, Indels: 454
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.00
166 1 0.00
168 2 0.00
170 5 0.00
171 89 0.03
172 51 0.02
173 101 0.04
174 114 0.04
175 128 0.05
176 252 0.09
177 16 0.01
178 7 0.00
179 1 0.00
180 29 0.01
181 268 0.10
182 1385 0.52
183 69 0.03
184 18 0.01
196 2 0.00
197 107 0.04
198 35 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
ATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTGAACTTTATGATCAAAA
CCTATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGAAAGAC
CATTTTTGATTAATCATGCTGTTGAAAGCTTTGTCACACTTTAAATGAT
Found at i:191497 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 190794--191787 Score: 1220
Period size: 540 Copynumber: 1.8 Consensus size: 538
190784 AAGTTTGAAA
** * *
190794 GATATATTAATTCGTTTATAATATTATAAACGATTATAAATTAGAATCTTTGGATGTTATGGCTA
1 GATATATTAATTCACTTATAACATTATAAACGATTATAAATTAGAATCTTTGAATGTTATGGCTA
* * * * * *
190859 AAACTTATCATAATTGGATGTATGCATTCGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCCTTGACAAAAAA
66 AAACCTATCATAATTGGATGTATGAATTCGAAAACATGAAATGGATGCTAACCCTTAACAAAAAA
* * * *** *
190924 AGACTATTTTAAGTTAATCATGAGATAGAAAGCTTTGT-TTTTTTTTAAAAATGATATATTACTT
131 AGACTATTTTAAGTTAATCATGACATAGAAAGCTTTCTAATAAGTTT--AAATGATATATTAATT
* **
190988 CATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAGTGAATATCTTTAAACTTTATAGCT-AAAACCTATTG
194 CATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAGTGAA-ATCTTTAAACTTTACAG-TGAAAACCTATCA
* * * * *
191051 TA-ATTGAATCTTTGCATTGGGAAA-AGTGAAGTGGATGCTATTCA-TTATGAAGAAAAGACCAT
257 TAGATTG-ATCTCTGCATTGGGAAACA-TGAAATGCATGCTATCCATTTA-CAAGAAAAGACCAT
*
191113 TGTAAGTTAATCATAGC-A-TCAATAGCTTTGTTAATCACTTTAAATGAAGTATTAATTCATTAA
319 TGTAAGTTAATCATA-CAATTCAA-AGCTTTATTAATCACTTTAAATG-AGTATTAATTCATTAA
*
191176 TAATCGTATAAATGATTATAAGTCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGA
381 TAATCGTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGA
191241 TGTTTGCATTCAAAAACGTGAAGTGAATGTTATCAATTGACTAAAACAGACCATTCTACCATGGC
446 TGTTTGCATTCAAAAACGTGAAGTGAATGTTATCAATTGACTAAAACAGACCATTCTACCATGGC
191306 ATCAAAAGATTTGATACATGCTTTAAAT
511 ATCAAAAGATTTGATACATGCTTTAAAT
* * * *
191334 GATATATTAATTCACTTATAACCTTATAAATGATTATTAATT-GAGATCTTTAGAAT-TTATGGT
1 GATATATTAATTCACTTATAACATTATAAACGATTATAAATTAGA-ATCTTT-GAATGTTATGGC
* * * *
191397 TAAAACCTCTTATAATTGGATGTTTGAATT-GAAAAACATGAAATGGATGGTAACCAC-TAACAA
64 TAAAACCTATCATAATTGGATGTATGAATTCG-AAAACATGAAATGGATGCTAACC-CTTAACAA
* * ** * * *
191460 TAAAAGACTATTTTCAGTTAATTGTGCCATCGAAAGCTTTCTCAATAAGTTTGAATGATATATTA
127 AAAAAGACTATTTTAAGTTAATCATGACATAGAAAGCTTTCT-AATAAGTTTAAATGATATATTA
* * *
191525 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAATTTTTAGACTTTACAGTGAAAACCTATC
191 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAGTGAAATCTTTAAACTTTACAGTGAAAACCTATC
* * * *
191590 ATAGTTTGATGTCTGCATTGGGAAACATGAAATGCATGCTATCCCTTTACAAGAAAAGACCATTT
256 ATAGATTGATCTCTGCATTGGGAAACATGAAATGCATGCTATCCATTTACAAGAAAAGACCATTG
* * * *
191655 TAAGTTAATCATACAATTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTATTAATTCATTTATAATC
321 TAAGTTAATCATACAATTCAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGAGTATTAATTCATTAATAATC
* * * * * * * *
191720 TTATAAATGATTATAAATCAAAGTCTTTGGACTTTATGGTTAACACCTATTGTAATTGGATGTTT
386 GTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGATGTTT
191785 GCA
451 GCA
191788 CTGGGAAACG
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 61, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
539 83 0.22
540 273 0.72
541 20 0.05
542 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (538 bp):
GATATATTAATTCACTTATAACATTATAAACGATTATAAATTAGAATCTTTGAATGTTATGGCTA
AAACCTATCATAATTGGATGTATGAATTCGAAAACATGAAATGGATGCTAACCCTTAACAAAAAA
AGACTATTTTAAGTTAATCATGACATAGAAAGCTTTCTAATAAGTTTAAATGATATATTAATTCA
TTTATAATCTTATAAATGATTATAAAGTGAAATCTTTAAACTTTACAGTGAAAACCTATCATAGA
TTGATCTCTGCATTGGGAAACATGAAATGCATGCTATCCATTTACAAGAAAAGACCATTGTAAGT
TAATCATACAATTCAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGAGTATTAATTCATTAATAATCGTATA
AATGATTATAAATCAAAATCTTTAGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTAGATGTTTGCATT
CAAAAACGTGAAGTGAATGTTATCAATTGACTAAAACAGACCATTCTACCATGGCATCAAAAGAT
TTGATACATGCTTTAAAT
Found at i:192907 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 192739--193021 Score: 377
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
192729 TAAGTTAATC
* * ** *
192739 ATGCCATCAATAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATT
1 ATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATA
* * ** * * * *
192804 ATTATTAATTGAGATATTTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGA
66 ATAATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTCAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGA
192869 AACATAAAGTGA
131 AACATAAAGTGA
* * *
192881 ATGCGATCAAAAGCTTTGTTATTCACTTTAAATTATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATA
1 ATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATA
* ** *
192946 ATAATAAATCAAAATTTTTGGACTTTATGGTCAAAACCTATTGTAATTGGATTTTTGCATTAGGA
66 ATAATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTCAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGA
*
193011 AACATGAAGTG
131 AACATAAAGTG
193022 GATACAATCC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
142 120 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (142 bp):
ATGCCATCAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATA
ATAATAAATCAAAATATTTGGACTTTATGGTCAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGA
AACATAAAGTGA
Found at i:193176 original size:324 final size:322
Alignment explanation
Indices: 192626--193213 Score: 811
Period size: 324 Copynumber: 1.8 Consensus size: 322
192616 TTATAATCTT
*
192626 ATAAATCAAAATATTGGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATACTGCATTTGGAAACA
1 ATAAATCAAAATATTGGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATACTGCATTAGGAAACA
* * **
192691 TGATGTAGATGCAATCAATTGACTAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCATGCCATCAATAGCTTT
66 TGAAGTAGATACAATCAATTGACTAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCACACCATCAATAGCTTT
* * ** *
192756 GTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATTATTATTAATTGAGATAT
131 GTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATAT
*
192821 TTGGACTTTATGGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAAACATAAAGTGAATGCG
196 TTGGACTTTAAGGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTGGG-AACATAAAGTGAATGCG
192886 ATCAAAAGCTTTGTTATTCACTTTAAATTATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATAATA
260 ATCAAAAGCTTTGTTATTCACTTTAAATTATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATAATA
* * * * **
192949 ATAAATCAAAATTTTTGGACTTTATGGTCAAAACCTATTGTAATTGGATTTTTGCATTAGGAAAC
1 ATAAATCAAAATATTGGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGA-TACTGCATTAGGAAAC
* ** *
193014 ATGAAGTGGATACAATCCCTTGA-TAAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCACACCATCAATAGCT
65 ATGAAGTAGATACAATCAATTGACT-AGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCACACCATCAATAGCT
* ** *
193078 TTGTTGCTTGCTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATCAATGATTATAAATCAAAAT
129 TTGTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAT
* * ** * * ** *
193143 CTTTGGACTTTAAGG-TCAATGTGTATTATAATTGGATGTTTGCATTTTGAACATAAAGTGGATG
194 ATTTGGACTTTAAGGTTAAAACT-TATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAACATAAAGTGAATG
*
193207 CTATCAA
258 CGATCAA
193214 TTGATAAAAA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 35, Indels: 6
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
323 69 0.30
324 158 0.70
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (322 bp):
ATAAATCAAAATATTGGGACTTTATGATCAAAACCTATTATAATTGGATACTGCATTAGGAAACA
TGAAGTAGATACAATCAATTGACTAGAAAAAACCATTTTAAGTTAATCACACCATCAATAGCTTT
GTTACTCACTTTAAATGATGTATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATAT
TTGGACTTTAAGGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAACATAAAGTGAATGCGA
TCAAAAGCTTTGTTATTCACTTTAAATTATATATTAATTCATCAATAATCTTATAAATAATA
Found at i:196499 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 196181--197237 Score: 890
Period size: 182 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
196171 NNNNNNNNNN
* * * * * *
196181 ATAATTAGATGTTTGAATTGGAAAACGTGAAATGGAT-CGTAACCACTAACAAGAAAAGACTC-T
1 ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGC-TATCCATTGACAAGAAAAGAC-CAT
* * * * * * * *
196244 TTTCAA-TTAATCGTGTCATCAAAAGCTTTGTTAATAAGTCTAAATGATATATTAATTCATTTAT
64 TTT-AAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTGATTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
196308 AATCTTATAAATGATTATAAATAGAAGTCTTTGGACTTTATAGTTAAAACCTATC
128 AATCTTATAAATGATTATAAATA-AAGTCTTTGGACTTTAT-GTTAAAACCTATC
* * * * *
196363 ATAGTTAGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGCATGCTATCCTTTAACAAGAAAAGACCATTT
1 ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTT
** * * * * *
196428 TAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTATGATTCATTTTAAATGATATATTAATTTATTTATAAC
66 TAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTGATTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
* * * *
196493 CTTATAAATGATTATAAATCAAA-ACTTTTGTACTTTATGATTAAAATCTATT
131 CTTATAAATGATTATAAAT-AAAGTC-TTTGGACTTTATG-TTAAAACCTATC
* * ** *
196545 GTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTG-AATGGATGGTAGT-CATTGTGAAGAAAAAACCATT
1 ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGACCATT
* * * * * * *
196608 TTAAGGTAATCATGCCAGC-AATAGCTTCGTTACTCACTTAAAATGATGTATTAATTCATTTATA
65 TTAAGTTAATCATGCCATCGAA-AGCTTTGTGATTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
* * * *
196672 ATTTTATAAATGATTATAAATCAAAATAC-TTGGACTTTATGATCAAAACCTATT
129 ATCTTATAAATGATTATAAAT-AAAGT-CTTTGGACTTTATG-TTAAAACCTATC
** * * * * * * *
196726 ATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAACGAGAAGTGGATGTTATCAATTGACTAA-AACAGACCTTT
1 ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGCTATCCATTGAC-AAGAAAAGACCATT
*
196790 TTAAGTTAATCATGCCATCGAAAG-TTT-TGATACATGCTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
65 TTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTGATTCA--CTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
** * * * * * *
196853 GTTCCTATAAGTTATTATTAATAAAGATATTTGTACTTTATGGTTAAAACCTATC
128 AATCTTATAAATGATTATAAATAAAG-TCTTTGGACTTTAT-GTTAAAACCTATC
* * * ** * *
196908 ATAATTGGTTGTTTGAATTAGAAAATGTGATGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGACTATTT
1 ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTT
* * *
196973 TAAGTTAAACGTGCCATC-AAAGGCTTTGT-TTCTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
66 TAAGTTAATCATGCCATCGAAA-GCTTTGTGAT-TCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATA
** * * * **
197036 ATCTTATAAATGATTATATGTTAAAAG-CCTTGGGCTTTATAGTTGAAATGTATC
129 ATCTTATAAATGATTATA-AAT-AAAGTCTTTGGACTTTAT-GTTAAAACCTATC
* * * * *
197090 ATAAGTGGATATTTGCATCAGG-AAATGTGAAGTGGAAGCTAT-CACTTGACAAGAAAAGACCAT
1 ATAATTGGATGTTTGCAT-TGGAAAATGTGAAATGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGACCAT
* * * * * * * *
197153 TTTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTACT-AGCTTTAAATAATGTATTAAGTCATTTAA
64 TTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTGATTCA-CTTTAAATGATATATTAATTCATTTAT
* *
197217 AATTTTATAAA-GATTAGAAAT
128 AATCTTATAAATGATTATAAAT
197238 CAAAATATTT
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 140, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 7 0.01
181 167 0.24
182 506 0.72
183 17 0.02
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTT
TAAGTTAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTGATTCACTTTAAATGATATATTAATTCATTTATAAT
CTTATAAATGATTATAAATAAAGTCTTTGGACTTTATGTTAAAACCTATC
Found at i:196888 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 196285--197242 Score: 1042
Period size: 363 Copynumber: 2.6 Consensus size: 362
196275 TAATAAGTCT
*
196285 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAGTCTTTGGACTTTATA
1 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATA-AAATC-TTGGACTTTATA
* * ** * * ** *
196350 GTTAAAACCTATCATAGTTAGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAATGCATGCTATCCTTTAACAA
64 GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAA
* * *
196415 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGTGATTGAAAGCTTTATGATTCAT--TTTAAATGATATAT
129 GAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAG-TTT-TGATACATGCTTTAAATGATATAT
* *
196478 TAATTTATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAACTTTTGTACTTTATGATTAAAATCTA
192 TAATTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAACTTTTGTACTTTATGATTAAAACCTA
** * * **
196543 TTGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGA-ATGGATGGTAGT-CATTGTGAAGAAAAAACCA
257 TCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGATATGGATGGTA-TCCATTGACAAGAAAAAACCA
*
196606 TTTTAAGGTAATCATGCCAGCAATA-GCTTCGTTACTCACTTA
321 TTTTAAGGTAAACATGCCAGCAA-AGGCTTCGTTACTCACTTA
* *
196648 AAATGATGTATTAATTCATTTATAATTTTATAAATGATTATAAATCAAAATACTTGGACTTTAT-
1 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-AAAAT-CTTGGACTTTATA
* * * * *
196712 GATCAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAACGAGAAGTGGATGTTATCAATTGACT
64 G-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGAC-
* * *
196777 AA-AACAGACCTTTTTAAGTTAATCATGCCATCGAAAGTTTTGATACATGCTTTAAATGATATAT
127 AAGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGTTTTGATACATGCTTTAAATGATATAT
** * * * *
196841 TAATTCATTTATGTTCC-TATAAGTTATTATTAAT-AAAGA-TATTTGTACTTTATGGTTAAAAC
192 TAATTCATTTAT-AACCTTATAAATGATTATAAATCAAA-ACT-TTTGTACTTTATGATTAAAAC
* * *
196903 CTATCATAATTGGTTGTTTGAATTAGAAAATGTGATGTGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAGAC
254 CTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGATATGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAAAC
* * * * * * *
196968 TATTTTAAGTTAAACGTGCCATCAAAGGCTTTGTTTCTCACTTT
319 CATTTTAAGGTAAACATGCCAGCAAAGGCTTCGTTACTCACTTA
** * *
197012 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATATGTTAAAAGCCTTGGGCTTTATA
1 AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA-AATAAAA-TCTTGGACTTTATA
* ** * * * * *
197077 GTTGAAATGTATCATAAGTGGATATTTGCA-TCAGGAAATGTGAAGTGGAAGCTATCACTTGACA
64 GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTCA-AAAATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACA
* * * * *
197141 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCAAAAGCTTTGTTAC-TAGCTTTAAATAATGTAT
128 AGAAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGTTTTGATACAT-GCTTTAAATGATATAT
* * ** *
197205 TAAGTCATTTAAAATTTTATAAA-GATTAGAAATCAAAA
192 TAATTCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
197243 TATTTATAGT
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 85, Indels: 40
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
361 7 0.01
362 8 0.02
363 240 0.49
364 233 0.48
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (362 bp):
AAATGATATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAATCTTGGACTTTATAGT
TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTCAAAAATGTGAAGTGGATGCTATCAATTGACAAGA
AAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCGATCGAAAGTTTTGATACATGCTTTAAATGATATATTAAT
TCATTTATAACCTTATAAATGATTATAAATCAAAACTTTTGTACTTTATGATTAAAACCTATCAT
AATTGGATGTTTGAATTAGAAAATGTGATATGGATGGTATCCATTGACAAGAAAAAACCATTTTA
AGGTAAACATGCCAGCAAAGGCTTCGTTACTCACTTA
Found at i:197751 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 197244--199972 Score: 1474
Period size: 170 Copynumber: 16.0 Consensus size: 170
197234 AAATCAAAAT
* * * * * *
197244 ATTTATAGTCACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATT
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA-T
* * * * * * * *
197308 AAA-GATTTAAATTTGAATTTTTTTCATTTTAAGTTAAATTAGATCATAATTGGATCTTTG-C-A
64 AAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCTT
* * * * *
197370 AGGGAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCACTGAAAAGAAAAG-TC
129 A-GG-AAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
** * * * * * * * * * * *
197413 TATTTATAGTTGCTTATACCTT--TAAGCCCTTTGTTACACACTTTTAGTGGATTTAT-ACCTTT
1 -ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TC
* * * * * * * **
197475 ATAAATAGTTTTTAA-TTGGATGTTTTTCATTTTTCA-TTAAATTAGATCGTAATTTGATGTTAA
62 ATAAAT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTG
* * * * *
197538 CATTGGGAAACATGAAGCGATAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTTC
125 CCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTTC
* * * *
197585 ATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCACAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** *
197650 ATGATTTTAAGTTGAATCATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTTTTTCTTT
66 ATGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCTTA
** * * * *
197715 GGAAACGTGAAATGAAAGCCATCTATTAAGAAGAAAAGTCC
130 GGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * * * * * * *
197756 ATTTATTGTCACAT-ATGCCTTTAAAAGCCTTGTTATTCGTTTTTAGTGGTTTTATAA-CT-TTG
1 ATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-
* * * * * * *
197818 GAAATGATCTTAATTTG-ATTTTTTTTA-TTTTAGGTTAAATTAGATCATAATT-GAATTTTTAC
64 -AAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTA-GTTAAAATATATCATAATTAG-ATGTTTGC
* ** * * ** *
197880 ATGGGGTAACATGAAGCGAAAGTGATCCATTGATAAGAAATG-TC
126 CTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * * * * * * *
197924 TATTTAGAGTCACCCATACCTTCGGAATG-CTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTA
1 -ATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * * ** *
197987 TATATGATTTGTAA-TTGATATTTGTTTCATTTTTCA-TTAAATTATATCATAATTTGACATTTT
63 TAAATGATTT-TAAGTTGA-ATTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTG
* * * *
198050 CATT-GAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAAGAAAATTTT
125 CCTTAG-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTTC
* * * ** *
198097 ATTTATAGTCATTCATGCCTTTAAAAGCATAGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
198162 ATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCTTAATTTGATGTTTGTCC-T
66 ATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTG-CCTT
* * * * * * *
198226 A-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAACAAAAAAAGTCC
129 AGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * * * *
198267 ATTTATAATCACTTAGGCCTT-ACAAAGCTTAGTTACTCG-TATTAAATGGTTTTAGAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTAGTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * * * * *
198330 AAATGATTTTGAGTAAATATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATCATATTTGGTTGTTTGCCT
64 AAATGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCT
* * * * *
198395 TAGGAAACCTGAAGTGAAAGGCATCCATTGAGAA-AAGAAGTCC
128 TAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAA-AAGTTC
* * * * * *** * * *
198438 ATTCATAATCA-TTATTCCCTTCAAAATCCTAGTTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATTTTATA
1 ATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
198502 AATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTC-TCTTTTGGTTAAAACATATTGTAATT-GAATGTTTACCT
65 AATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTTTAGTTAAAATATATCATAATTAG-ATGTTTGCCT
* * * * *
198565 TAGGAAACGTAAAGCGAAAGCTATCCACTGATAAGAAAAATTT
128 TAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* *** *
198608 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAGCCTTA-TTAAAAGC-TTAAAGTGGTTTTATAA-CTTT
1 ATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TC
* * * * *
198670 ATAAATGATTTTAAATTGAGTTTTTTT-ATTTTTGCAGTTCAGGTTGAAAAAGATCATAATTGGA
62 ATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT--AGTT-A-----AAATATATCATAATTAGA
* * * * * * *
198734 TGTTTGCCTTAGGAAAAGTAAAGCAAAAGCCTTCCATTGACATGAAAAGTGC
119 TGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* ** * * * * *
198786 AATTATAGTCACTCATAACTTCAAAAGCTTTA-TCACAT-GCTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGC-CTAGTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * * *
198848 TAAATGATTTTAATTTAAATTTTCTCCA-TTTTATGTTAAAATAGATCATAATTAGATGTTTGCC
63 TAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTA-GTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCC
* * * * * *
198912 TCAAGAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCC
127 TTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
** * * * ** *
198956 ATTTATAGTCAC-CATTATCTT-AGAAAGCCTTA-TTACTCTCTTTAAGTAGTTAAATAA-CTTT
1 ATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCA-AAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TC
* * * * *
199017 ATAAATGATTTTTAA-TTGAATTTTTTTAATTGTTCA--TGAAATCATATCATAATTTGATGTTG
62 ATAAATGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTCATT-TTTAGTTAAAAT-ATATCATAATTAGATGTTT
* * * ** * * *
199079 GCATTGGGAAACATGTTGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTTC
124 GCCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * * *
199126 ATTTATAGTCACTCATGGCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATCAG-TTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
199190 AGTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTAGATGTTT-ACTC
65 AATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCT-
* * ** * * * *
199254 GAAGAAACGCAAAGCAAAAACTATCCATTTATAAG-AAAG-TC
128 TAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* ** * * **
199295 TATTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCCTACTTATTCTATTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 -ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * *
199360 AATGATTTTGGGTTGAACTTTTTTTCATATTTGGTT-AAACATATCATAATTAGATGTTTACCTC
65 AATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCTT
* * *** * *
199424 AAGAAACATGAAATAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAGGTCC
129 AGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * * *
199466 ATTTATAATCACT-ATTGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** *
199530 AATGATTTTTAAGTTGCATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTAGATGTTTGTCTT
65 AATGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCTT
* * * *
199595 -GAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TC
129 AG-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* * ** * *** * * *
199636 TATTTATAGTCATTCATGCTTTTGAAAGCCTTA-CTAAGAGCTTTAAGTGATTTTATAA-CTTTA
1 -ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * * * * * * * * *
199699 TGAATGACTTTAAATTGAGGTTTTCTTTTA-TCTAAGGTTAAAA-AGATCATAATTGGCTGTTTT
63 TAAATGATTTTAAGTTGA-ATTTT-TTTCATTTTTA-GTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTG
* * * *
199762 CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
125 CCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
* ** * * * * * * * *
199808 AATTATAGTCACTCATAACTTCGAAAGTCTTGTTACACACTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTATA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATA
* * * * *
199872 AATGATTTTAATTTGAATTTTTTTCAATTTTCA-TTAAAACAGATCATAATTAGATGTTTACCTC
65 AATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTC-ATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCT-
* * * * *
199936 TA-TAAACATGAAGCGAAAGCCAACTATTGACAAGAAA
128 TAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
199973 TGTAACAACT
Statistics
Matches: 1998, Mismatches: 445, Indels: 232
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.00
169 201 0.10
170 783 0.39
171 669 0.33
172 194 0.10
173 8 0.00
175 2 0.00
176 3 0.00
177 54 0.03
178 74 0.04
179 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
ATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTAGATGTTTGCCTTAG
GAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC
Found at i:198355 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 197443--198369 Score: 1168
Period size: 512 Copynumber: 1.8 Consensus size: 511
197433 TTTAAGCCCT
* * *
197443 TTGTTACACACTTTTAGTGGATTTATACCTTTATAAATAGTTTTTAATTGGATGTTTTTCATTTT
1 TTGTTACACACTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATAGTTTGTAATTGGATGTTTTTCATTTT
* ** * *
197508 TCATTAAATTAGATCGTAATTTGATGTTAACATTGGGAAACATGAAGCGATAGCCATCCATTGAC
66 TCATTAAATTAGATCATAATTTGACATTAACATTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC
* ** * *
197573 AAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCGTTTTAAGTGGTTTT
131 AAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCATAGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
*
197638 ATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATCATTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTAA
196 ATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATCATTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTAA
* * * * ** * * **
197703 ATGTTTTTCTTTGGAAACGTGAAATGAAAGCCATCTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
261 ATGTTTGTCTCTAGAAACATGAAACAAAAGCCATCTATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * * * * * * *
197768 ATATGCCTTTAAAAGCCTTGTTATTCGTTTTTAGTGGTTTTATAACTTTGGAAATGATCTTAATT
326 ATAGGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGTATTAAATGGTTTTAGAACTAT-GAAATGATCTTAAGT
**
197833 TGA-TTTTTTTTATTTTAGGTTAAATTAGATCATAATTGAATTTTTACATGGGGTAACATGAAGC
390 AAATTTTTTTTTATTTTAGGTTAAATTAGATCATAATTGAATTTTTACATGGGGTAACATGAAGC
197897 GAAAGTGATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTAGAGTCACCCATACCTTCGGAATGC
455 GAAAGTGATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTAGAGTCACCCATACCTTCGGAATGC
* * * * *
197954 TTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATATAT-GATTTGTAATT-GATATTTGTTTCAT
1 TTGTTACACACTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATAG-TTTGTAATTGGAT-GTT-TTTCAT
* ** *
198017 TTTTCATTAAATTATATCATAATTTGACATTTTCATTGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATT
63 TTTTCATTAAATTAGATCATAATTTGACATTAACATTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * *
198082 GACAAAGAAAATTTTATTTATAGTCATTCATGCCTTTAAAAGCATAGTTACTTACTTTAAATAGT
128 GACAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCATAGTTACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
198147 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCTTAA
193 TTTATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATCAT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
** *
198211 TTTGATGTTTGTC-CTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAA
257 TTAAATGTTTGTCTCTAGAAACATGAAACAAAAGCCATCTATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAA
*
198275 TCACTTAGGCC-TTACAAAG-CTTAGTTACTCGTATTAAATGGTTTTAGAATCTCAT-AAATGAT
322 TCACATAGGCCTTTA-AAAGCCTT-GTTACTCGTATTAAATGGTTTTAGAA-CT-ATGAAATGAT
* * *
198337 TTTGAGTAAATATTTTTTTTATTTTTGGTTAAA
383 CTTAAGTAAAT-TTTTTTTTATTTTAGGTTAAA
198370 ACATATCATA
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 60, Indels: 18
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.03
511 130 0.38
512 185 0.53
513 21 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (511 bp):
TTGTTACACACTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATAGTTTGTAATTGGATGTTTTTCATTTT
TCATTAAATTAGATCATAATTTGACATTAACATTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC
AAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCAAAAGCATAGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATCATTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTAA
ATGTTTGTCTCTAGAAACATGAAACAAAAGCCATCTATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAATCAC
ATAGGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGTATTAAATGGTTTTAGAACTATGAAATGATCTTAAGTA
AATTTTTTTTTATTTTAGGTTAAATTAGATCATAATTGAATTTTTACATGGGGTAACATGAAGCG
AAAGTGATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTAGAGTCACCCATACCTTCGGAATGC
Found at i:201029 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 201001--201067 Score: 116
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 25
200991 AATATCATTT
*
201001 GTGGCCTAGCCACATATAACAACCC
1 GTGGCCTTGCCACATATAACAACCC
201026 GTGGCCTTGCCACATATAACAACCC
1 GTGGCCTTGCCACATATAACAACCC
*
201051 ATGGCCTTGCCACATAT
1 GTGGCCTTGCCACATAT
201068 TTCATAGACT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 40 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.34, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (25 bp):
GTGGCCTTGCCACATATAACAACCC
Found at i:204284 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 203857--204447 Score: 664
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
203847 GGAAATGTGT
* * * * * *
203857 AGTGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGACTTTGAAAGCATAGTT
1 AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
* * * *
203922 ATTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCATTTTTGGT
66 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGG-
* * **
203987 TTAAATAGATTATAATTGGATG-TTCGCTTTGAGAAACATGA
130 TTAAACATATTATAATTGGATGTTTC-CTCAGA-AAACATGA
** * * * *
204028 AGCAAAAACCATCCATTTAC-----AAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAACCTACTT
1 AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
* *
204088 ACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATATTTGGT
66 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGT
204153 TAAACATATTATAATTGGATGTTTACCTCAGAAAACATGA
131 TAAACATATTATAATTGGATGTTT-CCTCAGAAAACATGA
* * *
204193 AATGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACT-ATTGCCTTCGAAAGCCTAAT
1 AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCA-TGCCTTCGAAAGCCTAGT
** *
204257 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTTTATTTTTG
65 TACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTCATTTTTG
* * * *
204321 GTT-AACATATCATAATCGGATGTTTGCC-CAAAAAACGTGA
129 GTTAAACATATTATAATTGGATGTTT-CCTCAGAAAACATGA
* * * * *
204361 AGTGAACA-CCATCCGTTGACAAAAAAAAGTCCATTTTATAATCATTGATGCCTTCAAAAGCCTA
1 AGTGAA-AGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCA-TTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTA
* *
204425 GTTACTCGCTTGAAACAATTTTA
63 GTTACTCGCTTTAAATAATTTTA
204448 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 51, Indels: 27
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 43 0.12
166 97 0.27
167 1 0.00
168 26 0.07
169 36 0.10
170 137 0.38
171 16 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGT
TAAACATATTATAATTGGATGTTTCCTCAGAAAACATGA
Found at i:204564 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 204292--204581 Score: 322
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
204282 CTCATAAATG
* * * * *
204292 ATTTTAAGTGAAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAACATATCATAATCGGATGTTTGCCCAAAAAAC
1 ATTTTAAGTGAAATTTTTTCTCATTTTTGGCTAAAATATCATAATCGGATGTTTACCCAAAAAAC
* * *
204357 GTGAAGTGAACACCATCCGTTGACAAAAAAAAGTCCATTTTATAATCATTGATGCCTTCAAAAGC
66 ATGAAGTGAACACCATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTTATAATCATTGAGGCCTTCAAAAGC
204422 CTAGTTACTCGCTTGAAACA
131 CTAGTTACTCGCTTGAAACA
* * * *
204442 ATTTTAAGTTG-AATTTTTTCTCATTTTTGGCTAAAATAGATCATAGTTGGATGTTTACCTAGAG
1 ATTTTAAG-TGAAATTTTTTCTCATTTTTGGCTAAAAT--ATCATAATCGGATGTTTACCCA-AA
* ** *
204506 AAACATGAAG-GAA-AGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTTTA-TTTATAATCACTT-AGGCCTTT
62 AAACATGAAGTGAACA-CCATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTTATAATCA-TTGAGGCCTTC
* *
204566 GAAAGCGTAGTTACTC
125 AAAAGCCTAGTTACTC
204582 ACATTAAATG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 12
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
150 60 0.52
151 14 0.12
152 32 0.28
153 10 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (150 bp):
ATTTTAAGTGAAATTTTTTCTCATTTTTGGCTAAAATATCATAATCGGATGTTTACCCAAAAAAC
ATGAAGTGAACACCATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTTATAATCATTGAGGCCTTCAAAAGC
CTAGTTACTCGCTTGAAACA
Found at i:205355 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 204688--207074 Score: 1689
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 339
204678 ATGTTAAGTG
* * * * * *
204688 AAAGTCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATACCTTTAGAAGCCTTGTTAGC
1 AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTA-C
* * * *
204752 T-GCTTTAAGTGGTTTTATATATTTATCAATGATTTTCAATTGAATTTTTTTCA--TTTGGTTAA
65 TAGCTTTAAATGGTTTTATA-ATTTATAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAA
* * * * * * * ** * * *
204814 AATAGGTCATTATTGAATGTATGCATGGGGAAATGTGAAGTGCAAGCCATCCATTGAGAAGAAAA
129 ATTAGATCATAATTGAACGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAA
* * * *
204879 GTTCATTTATAGTCAGTCATACCTTTG-AAACACTTGTTACAT-AGTTTAAGTGGTTTTATAACT
194 GTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAAC-CTTGTTAC-TCACTTTAAGTGGTTTTATAACT
* ** * ** * *
204942 TTATAAATGATTTTTAATTGAACGTTTTTCATTTTTTATTAAATTAGATTGTAGTTTCACATTTG
257 TTATAAATAATTTTTAATTG-ATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAACATTTG
*
205007 TATTGGGAAACATAAAGCT
321 CATTGGGAAACATAAAGCT
* * *
205026 TAAGGCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTACT
*
205091 AGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTTAATTAAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAA
66 AGCTTTAAATGGTTTTATAA-TTTATAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAA
*
205156 TTAGATCTTAATATG-ACGTTTGTC-TTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAAGAA
130 TTAGATCATAAT-TGAACGTTTG-CATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-AAAGAA
** ** ** *
205219 AAGTCCATTTATAGTCATTCACGCCTTCGAAAACCTAATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAACT
192 AAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAACCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT
* **
205284 TTATAAATAATTTTTAATTGATTTTTTTCATTTTTTGCTAAATTAGATTGTAATTTAACATTTGC
257 TTATAAATAATTTTTAATTGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAACATTTGC
205349 ATTGGGAAACATGAAA--T
322 ATTGGGAAACAT-AAAGCT
* * * * * *
205366 GAAACCCATCCATTAACAATGACAAGTCCTTTTATAGTCATTCATACCTTTGAAAGCCTAGTTAC
1 -AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTAC
* * * * * * *
205431 TCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATATATGA-TTTTAAGTGAATTTTCTTTTATTTTTAGTTA
65 TAGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTTAATTGAATTTT-TTTCATTTTTTGTTA
** * * * * * * * * * *
205495 AAACAAATCATAATTGGATGTTTTCCTCAGG-AACCATGAAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAA
128 AATTAGATCATAATTGAACGTTTGCAT-TGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
* * **
205559 AAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTC-AAAAGCCTTGTTA-GAAGCTTTAAGTGGTTTTATAA
192 AAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAA-CCTTGTTACTCA-CTTTAAGTGGTTTTATAA
* * * * * ** * * ** **
205622 CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATGCTTTTTCATTTGTAGTTAAAACATATCATAAATGGATGT
255 CTTTATAAATAATTTTTAATTG-AT-TTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAACAT
* * *
205687 CTAC-TATGGGAAACATGAAA-CC
318 TTGCAT-TGGGAAACAT-AAAGCT
* * * * *
205709 AAAGCAATCCATT-ATC-AAGAAATGTCCATTTATAGCCACTCATACC-TTAGAAAGCCTTGTTA
1 AAAGCCATCCATTGA-CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTA-AAAGCCTAGTTA
* * * ***
205771 CTTA-CTTTAAGTAGTTTTATAATATTATAAATGA-TTTTAATTTGAATTTTTTTTATTTTAACT
64 C-TAGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTTAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTTGT
* * * * *
205834 TAAATTATATCATAATAGAATC-TTTGCATTGGAAAACATGAACCAAAAGCCATCCATTGATAAG
126 TAAATTAGATCATAATTGAA-CGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAG
* * * * *
205898 AAAAGTCTATTTATAGTCACTT-ATACCTTTGAAAGCCTTGTTACTCATTTTAAGTAGTTTTATA
190 AAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACCTTCGAAAACCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATA
* * * **
205962 TCTTTATCAATGATTTTTGAATTGATTTTTTTTCATTTTTCATTAAATTAGATCATAATTTGAA-
254 ACTTTATAAATAATTTTT-AATTGA-TTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTT-AAC
* ** *
206026 TTTTGCATTGGGAAATGTGAAG-T
316 ATTTGCATTGGGAAACATAAAGCT
* * * ** *
206049 GAAAGCCATCTATTGACAAAG-AAAGTTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCTTAGTTA
1 -AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTA
* * * * * *
206113 CTTA-CTTTAAATAGTTTTATAA-TCACCGAAATGATTTTTACGTTGAATTGTTTTTCATTTCTG
64 C-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATTTA--TAAATGATTTTTA-ATTGAATT-TTTTTCATTTTTT
* * * * *
206176 GTTTAAA--CGTATCGTAATTGAATGCTT-AACTTGGAAAACATGAAAG-GAAAGCCATCCATTG
124 G-TTAAATTAG-ATCATAATTGAACGTTTGCA-TTGGAAAACATG-AAGCGAAAGCCATCCATTG
* * * * *
206237 ACAAA-AAAAGTCCATGTATAGTCACTT-ATGCCTTC-AAAAGTCTTGTTACTCGCTTTAAGTAG
185 A-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACCTTCGAAAA-CCTTGTTACTCACTTTAAGTGG
* * * * **
206299 TTTTAAAACTTTATAAATAA-TTTTAATTTCAATTGTTTCATTTTAGGTTAAATTAGATCATAAT
247 TTTTATAACTTTATAAATAATTTTTAA-TTGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAAT
* * * * * * *
206363 TGGATC-TTTACATGGGGAATCATGAAGCA
311 T-TAACATTTGCATTGGGAAACATAAAGCT
* * * * * *
206392 AAAGTCATCCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAACCCTTGTTAC-
1 AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTACT
** * *
206455 ACGCTTTAAGCGGTTTTATAACTTTAGAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTCACTTTTTGTTAA
66 A-GCTTTAAATGGTTTTATAA-TTTATAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAA
* * * * * * **
206520 ATTAGATCCTAATTTG-ACATTTGCATGGGGAAACGTGATGCGAAAGGAATCCATTGACAAAGAA
129 ATTAGATCATAA-TTGAACGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-AAAGAA
* * * *
206584 AAGTCCATTTAGAGTAATTCATACCTTCGAAAGCCTAT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
192 AAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAACCT-TGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
** * ** * **
206648 TTTATAAATAATTTTTAA---A-TTAATT--TTTTTTATTAAATTAGATTGTACTTTGGCATTTG
256 TTTATAAATAATTTTTAATTGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAACATTTG
*** *
206707 CATTGGGAAGTTTAAAGCC
321 CATTGGGAAACATAAAGCT
* * * * **
206726 AAAGCCATCCATTGACAAAGAAATGTCTATTTATAGTTATTCTTACCTTCGAAAGCCTAGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTACT
* * * **
206791 AGAC-TTAAATGGTTTTAGAATCTCATAAATGATTTTAAAAAGAATGTTTTTTCATTTTTTAGTT
66 AG-CTTTAAATGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTTTTAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTT-GTT
** * ** * * *** ** *** * * *
206855 AAAACATATTGTAATTGGATA-TTTTCCACAAG-AAATGTGAAATAAAAGACATGCATT-AGCAA
127 AAATTAGATCATAATT-GA-ACGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-AAA
* * * * * *
206917 GAGAAGTCAATTTATAGTCATTCATACCTTTGAAAGCCTTGTTACAT-GCTTTATGTGGTTTTAT
189 GAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAACCTTGTTAC-TCACTTTAAGTGGTTTTAT
* * ** * *
206981 AACATTATAAATTA-TTTTAATTTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAA--TAAG
253 AACTTTATAAATAATTTTTAA-TTG-ATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAAC
* *
207043 ATCTTTGCATTGGGAAACATAAAACG
316 A--TTTGCATTGGGAAACATAAAGCT
207069 AAAGCC
1 AAAGCC
207075 TTGTTACTTG
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 345, Indels: 185
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 50 0.03
335 78 0.05
336 88 0.05
337 32 0.02
338 30 0.02
339 141 0.09
340 168 0.10
341 553 0.34
342 280 0.17
343 70 0.04
344 109 0.07
345 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAAGCCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCTAGTTACT
AGCTTTAAATGGTTTTATAATTTATAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAT
TAGATCATAATTGAACGTTTGCATTGGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAACCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTAT
AAATAATTTTTAATTGATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTAACATTTGCATTG
GGAAACATAAAGCT
Found at i:205433 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 204443--207074 Score: 1742
Period size: 171 Copynumber: 15.5 Consensus size: 170
204433 CTTGAAACAA
* * * * ** * * * *
204443 TTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATTTTTGGCTAAAATAGATCATAGTTGGATGTTTACCTAGAGAA
1 TTTTAA-TTGAATTTTTT-TCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAA
* ** * ** *
204508 ACATG-AAGGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAATCACTT-AGGCCTTTGAAAG
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACCTTCGAAAG
* * * * * * * *
204571 CGTAGTTACTCACATTAAATGGTTTCAGAA-TCTCATAAATGA-
128 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGAT
** * * ** * * ** * ** *
204613 TTTTAAGTAAAATTTTTCTTTATTTTTGGTTAAAACATATCTTAATTGGAGGTTTTCCGTGAGAA
1 TTTTAA-TTGAATTTTT-TTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAA
** * ** * * * * *
204678 ATGTTAAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATACCTT-TAGAAG
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGA-AAG
*
204742 CCTTGTTAGCT-GCTTTAAGTGGTTTTATATA-TTTATCAATGAT
128 CCTTGTTA-CTCGCTTTAAGTGGTTTTATA-ACTTTATAAATGAT
* * * * * *
204785 TTTCAATTGAATTTTTTTCA--TTTGGTTAAAATAGGTCATTATT-GA-ATGTATGCATGGGGAA
1 TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACAT-T-TGCATTGGGAA
** ** * * * * *
204846 ATGTGAAGTGCAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTCATACCTTTGAAA-C
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGC
*
204910 ACTTGTTACATAG-TTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
129 -CTTGTTAC-TCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
** * ** * ** *
204953 TTTTAATTGAACGTTTTTCATTTTTTATTAAATTAGATTGTAGTTTCACATTTGTATTGGGAAAC
1 TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAAAC
** * * **
205018 AT-AAAGCTTAAGGCATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTTAAAAGC
66 ATGAAA-CGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGC
* * *
205082 CTAGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
129 CTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * * *
205124 TTTTAATTAAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCTTAATAT-GACGTTTGTC-TTGGAAA
1 TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAAT-TGGACATTTG-CATTGGGAA
* * ** *
205187 ACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCACGCCTTCGAAAA
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAG
** * * *
205252 CCTAATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATAAT
128 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* ** **
205295 TTTTAATTG-ATTTTTTTCATTTTTTGCTAAATTAGATTGTAATTTAACATTTGCATTGGGAAAC
1 TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAAAC
* * * * * *
205359 ATGAAATGAAACCCATCCATTAACAATGACAAGTCCTTTTATAGTCATTCATACCTTTGAAAGCC
66 ATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCC
* * * * *
205424 TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAA-TCTCATATATGA-
130 TTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGAT
* * * ** * ** * * ** *
205464 TTTTAAGTGAATTTTCTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTTCCTCAGGAAC
1 TTTTAATTGAATTTT-TTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAAA
** * * * *
205529 CATGAAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAAGCC
65 CATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCC
***
205594 TTGTTAGAAGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
130 TTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * * * ** * * ** * *
205635 TTTAAATTGAATGCTTTTTCATTTGTAGTTAAAACATATCATAAATGGATGTCTAC-TATGGGAA
1 TTTTAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCAT-TGGGAA
* * * * * *
205699 ACATGAAACCAAAGCAATCCATT-ATCAAGAAATGTCCATTTATAGCCACTCATACCTTAGAAAG
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAG
** *
205763 CCTTGTTACTTACTTTAAGTAGTTTTATAA-TATTATAAATGA-
128 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGAT
* *** * * * *
205805 TTTTAATTTGAATTTTTTTTATTTTAACTTAAATTATATCATAATAGAATC-TTTGCATTGGAAA
1 TTTTAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGA-CATTTGCATTGGGAA
* * * * *
205869 ACATGAACCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTT-ATACCTTTGAAAG
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACCTTCGAAAG
** * * *
205933 CCTTGTTACTCATTTTAAGTAGTTTTATATCTTTATCAATGAT
128 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* ** *
205976 TTTTGAATTGATTTTTTTTCATTTTTCATTAAATTAGATCATAATTTGA-ATTTTGCATTGGGAA
1 TTTT-AATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACA-TTTGCATTGGGAA
** ** * * *
206040 ATGTGAAGTGAAAGCCATCTATTGACAA-AGAAAGTTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAA
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAG-TCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAA
** * * * *
206104 G-CTTAGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA--TCACCGAAATGAT
127 GCCTT-GTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTA--TAAATGAT
* * * * * *
206148 TTTTACGTTGAATTGTTTTTCATTTCTGGTTTAAA--CGTATCGTAATT-GA-ATGCTT-AACTT
1 TTTTA-ATTGAATT-TTTTTCATTTTTTG-TTAAATTAG-ATCATAATTGGACAT--TTGCA-TT
* * * * *
206208 GGAAAACATGAAAGGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATGTATAGTCACTT-ATGCCTTC
59 GGGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACCTTC
* * * * *
206272 AAAAGTCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTAAAACTTTATAAAT-AA
123 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * ** * *
206319 TTTTAATTTCAA-TTGTTTCATTTTAGGTTAAATTAGATCATAATTGGATC-TTTACATGGGGAA
1 TTTTAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGA-CATTTGCATTGGGAA
* * * * * * * *
206382 TCATGAAGCAAAAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAACC
64 ACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGC
* * *
206447 CTTGTTACACGCTTTAAGCGGTTTTATAACTTTAGAAATGAT
129 CTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * * *
206489 TTTTAATTGAATTTTTTTCACTTTTTGTTAAATTAGATCCTAATTTGACATTTGCATGGGGAAAC
1 TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAAAC
* ** ** * *
206554 GTGATGCGAAAGGAATCCATTGACAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTAATTCATACCTTCGAAAGCC
66 ATGAAACGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCC
* * *
206619 TAT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATAAT
130 T-TGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* ** *
206660 TTTTAAATT-AA-----TT--TTTTTTATTAAATTAGATTGTACTTTGG-CATTTGCATTGGG-A
1 TTTT-AATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATA-ATTGGACATTTGCATTGGGAA
** * * * * * *
206715 AGTTTAAAGCCAAAGCCATCCATTGACAAAGAAATGTCTATTTATAGTTATTCTTACCTTCGAAA
64 ACATGAAA-CGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAA
* * * * *
206780 GCCTAGTTACTAGAC-TTAAATGGTTTTAGAA-TCTCATAAATGAT
127 GCCTTGTTACTCG-CTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGAT
* ** ** * ** * * ***
206824 TTTAAAAAGAATGTTTTTTCATTTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGGATATTTTCCA-CAAGA
1 TTTTAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTT-GTTAAATTAGATCATAATTGGACA-TTTGCATTGGGA
** ** * * * * *
206888 AATGTGAAATAAAAGACATGCATT-AGCAAGAGAAGTCAATTTATAGTCATTCATACCTTTGAAA
63 AACATGAAACGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAA
* * *
206952 GCCTTGTTACAT-GCTTTATGTGGTTTTATAACATTATAAATTA-
127 GCCTTGTTAC-TCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
** * **
206995 TTTTAATTTGAATTTTTTTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAATAAGATC-TTTGCATTGGGAA
1 TTTTAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGA-CATTTGCATTGGGAA
*
207059 ACATAAAACGAAAGCC
64 ACATGAAACGAAAGCC
207075 TTGTTACTTG
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 414, Indels: 210
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.00
164 116 0.06
165 4 0.00
166 3 0.00
167 6 0.00
168 134 0.07
169 138 0.07
170 530 0.27
171 683 0.35
172 217 0.11
173 86 0.04
174 19 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTGGACATTTGCATTGGGAAAC
ATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCCT
TGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
Found at i:207191 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 206947--207193 Score: 277
Period size: 119 Copynumber: 2.1 Consensus size: 120
206937 TTCATACCTT
* * * *
206947 TGAAAGCCTTGTTACATGCTTTATGTGGTTTTATAACATTATAAATTATTTTAATTTGAATTTTT
1 TGAAAGCCTTGTTACATGATTTAAGTGGATTTATAACATTATAAATAATTTTAATTTGAATTTTT
* * *
207012 TTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAATAAGATCTTTGCATTGGGAAACATAAAA
66 TTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAATAAGATCTTTACACTAGGAAACATAAAA
* * * *
207067 CGAAAGCCTTGTTACTTGATTTAAGTGGATTTAT-ACTTTTATCAATAATTTTTAA-TTGAATTT
1 TGAAAGCCTTGTTACATGATTTAAGTGGATTTATAAC-ATTATAAATAA-TTTTAATTTGAATTT
** * ** * *
207130 TTTT-ATTTTTTGTTAAATTAGATCATAATTTGA-CTTTTACACTAGGAAACATGAAG
64 TTTTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAATAAGATC-TTTACACTAGGAAACATAAAA
207186 TGAAAGCC
1 TGAAAGCC
207194 ATCCATTGAC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 19, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
118 1 0.01
119 49 0.47
120 49 0.47
121 6 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (120 bp):
TGAAAGCCTTGTTACATGATTTAAGTGGATTTATAACATTATAAATAATTTTAATTTGAATTTTT
TTCATTTTAGGTTAAAGTAGATCATAATAAGATCTTTACACTAGGAAACATAAAA
Found at i:207419 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 207176--207577 Score: 459
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
207166 TTACACTAGG
* * * *
207176 AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAAATTCTATTTATGGTCATTCATGCCTTTAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC--AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAA
* * * * * *
207241 AAGCTTAGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGCAATGATTATAAGGGGACTTTTTTTC
64 AAGCTTAGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAGAAATAATTATAAAGGGAATTATTTTC
* *
207306 A-TTTTAGGTTAAAACAACTCACAAT-TGGATGTTTG-CCTTAGA
129 ATTTTTA-GTTAAAACAAATCACAATGT-GATG-TTGACCATAGA
* * * * *
207348 AAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAATCACTCATGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* * * **
207413 GCTTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTCAT
66 GCTTAGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAGAAATAATTATAAAGGGAATTATTTTCAT
* * * *
207478 TTTTAGTTAAAACAAATCATAATGTGATGTTGATCATGGG
131 TTTTAGTTAAAACAAATCACAATGTGATGTTGACCATAGA
* * * * *
207518 AAACCTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAATAAATGTCTATTTATAGTCACGCATGCCTT
1 AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT
207578 AGCCATTTTA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 33, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 159 0.82
171 6 0.03
172 26 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
GCTTAGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAGAAATAATTATAAAGGGAATTATTTTCAT
TTTTAGTTAAAACAAATCACAATGTGATGTTGACCATAGA
Found at i:207902 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 207298--207903 Score: 703
Period size: 326 Copynumber: 1.9 Consensus size: 327
207288 ATAAGGGGAC
* *
207298 TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAACTCACAATTGGATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAGCGAAA
1 TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAACTCACAATTGGATGTTTGACTTAGAAAACGTGAAACGAAA
* * ** * * *
207363 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCGCT
66 GCCATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTGAAAGCTTAGGTAATCGCT
207428 TTAAATAGTTTTAGAATCTCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAA
131 TTAAATAGTTTTAGAATCTCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAA
* * * * *
207493 ATCATAATGTGATGTTGATCATGGGAAACCTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAATAAATGTCTA
196 ATCATAATGTGATGTTGATCATGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA
* *
207558 TTTATAGTCACGCATGCCTTAGCCATTTTAAGTGCTTTTATACCTTTATCAATGATTTCAAATTG
261 TTTATAATAACGCATGCCTTAGCCATTTTAAGTGCTTTTATACCTTTATCAATGATTTCAAATTG
207623 AT
326 AT
* * * * *
207625 TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAATAGA-TC-CTAATTGGATGTTT-ACTTCGTGAGATGTGAAACG
1 TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACA-ACTCAC-AATTGGATGTTTGACTTAG-AAAACGTGAAACG
* **
207687 AAAGCTATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAT-ACTTTGAAAGCCTT-GGTAGA
63 AAAGCCATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTGAAAG-CTTAGGTA-A
* * * * * * *
207750 T-GCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATTATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTA
126 TCGCTTTAAATAGTTTTAGAATC-TCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTCATTTTTAGTTA
* * * * *
207813 AAATAGAA-CATAAT-TGGATGTTTGCT-TTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAG
190 AAACA-AATCATAATGT-GATG-TTGATCATGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG
* *
207875 AAAAGT-TCATTTCTAATAACTCATGCCTT
252 AAAAGTCT-ATTTATAATAACGCATGCCTT
207904 TGAAAGCCTA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 38, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 3 0.01
326 135 0.58
327 92 0.40
328 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (327 bp):
TTTTTTTCATTTTAGGTTAAAACAACTCACAATTGGATGTTTGACTTAGAAAACGTGAAACGAAA
GCCATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTGAAAGCTTAGGTAATCGCT
TTAAATAGTTTTAGAATCTCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAA
ATCATAATGTGATGTTGATCATGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA
TTTATAATAACGCATGCCTTAGCCATTTTAAGTGCTTTTATACCTTTATCAATGATTTCAAATTG
AT
Found at i:207949 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 207593--207980 Score: 415
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
207583 TTTTAAGTGC
* * * * * * *
207593 TTTTATACCTTTATCAATGATTTCAAATTGATTTTTTTTCATTTTAGGTTAAAATAGATCCTAAT
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGAACATAAT
* * ** * **
207658 TGGATGTTTACTTCGTGAGATGTGAAACGAAAGCTATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATTGT
66 TGGATGTTTACTTCGGGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAAT
* * * *
207723 CACTCATACTTTGAAAGCCTTGGTAGATGCTTTAAGTGG
131 AACTCATACTTTGAAAGCCTAGGTAGATGCTTTAAATAG
* *
207762 TTTTATAACTTTATAAATTATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGAACATAAT
1 TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGAACATAAT
* * * * * * * *
207827 TGGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAG-TCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTCTAA
66 TGGATGTTTACTTCGGGAAACATGAAACAAAAGCT-ATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAA
* * *
207891 TAACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTA-CTCGCTTTAAATAG
130 TAACTCAT-ACTTTGAAAGCCTAGGTAGAT-GCTTTAAATAG
* *
207932 TTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATTTTTGGTT
1 TTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT
207981 TTATAAAGAC
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 35, Indels: 8
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 121 0.67
170 58 0.32
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGAACATAAT
TGGATGTTTACTTCGGGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAAT
AACTCATACTTTGAAAGCCTAGGTAGATGCTTTAAATAG
Found at i:208289 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 208087--208670 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
208077 CTCGAGGTAA
* * * *
208087 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
208152 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGGTTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTT
* * *
208217 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAG
131 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-CAG
* * * *
208258 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
** ** * * * * **
208323 TTATAAAACC-TTCTAAAATAAGT-ACTAGAGCTTTCAAAGACTTAAGTAACTATAAATGGACTT
66 TTATAAAACCATT-TAAAGCAAGTAAAAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTT
* * * * * *
208386 TTTTTGCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAAGCAG
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGCAG
* * * * * * *
208429 ATATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAATC-CAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
208493 CCATAAAACCATTTAAAGCAAG-AAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGATTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTT
* * * * *
208557 TCTTGCCAATGAATAGCTATTTCTTCACGCTTCTCGAGGCAA
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGCAG
* * * * * * *
208599 ACATTCAAATATTATCTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAGAATTAAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
208664 TTATAAA
66 TTATAAA
208671 TATAATGACA
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 84, Indels: 16
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 126 0.39
171 190 0.59
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAG
Found at i:208605 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 208028--208670 Score: 911
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
208018 AAGTTTGAGC
* * * *
208028 AACTATAAATAAACTTTTTTTGTCAATGGGTGGCTTTTACTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
1 AACTATAAATAAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGCAAACATTC
* * **
208093 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGACCATAA
* * *
208158 AACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGGTTATAAATGAACTTTTCTTACC
131 AACCATTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGCATGCGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTACC
* * * * * *
208223 AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAA
196 AATGAATAGCTATTTCTTCACACTTCTCAAGACAAACATTCAAATATTATCTGTTTAAACCAAAA
208288 ATATAAAAAAATTAAACTTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTCTAAAATAAGTACTAGA
261 ATATAAAAAAATTAAA-TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTCTAAAATAAGTACTAGA
208352 GCTTTCAAAGACTTAAGT
325 GCTTTCAAAGACTTAAGT
** * * *
208370 AACTATAAATGGACTTTTTTTG-CTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAAGCAGATATT
1 AACTATAAATAAACTTTTTTTGTC-AATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGCAAACATT
*
208434 TAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAA-TCAA-TCCAAAATCAATTATGAGACCA
65 CAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-CAAAATCAATTATGAGACCA
* * *
208496 TAAAACCATTTAAAGCAAG-AAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGATTTTTCT
128 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGCGTGGCTATAAATGAACTTTTCT
* * * *
208560 TGCCAATGAATAGCTATTTCTTCACGCTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATTATCTGTTTAAACC
192 TACCAATGAATAGCTATTTCTTCACACTTCTCAAGACAAACATTCAAATATTATCTGTTTAAACC
* *
208625 AAAAATGTAAAAGAATTAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
257 AAAAATATAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
208671 TATAATGACA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 32, Indels: 11
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.03
341 172 0.65
342 85 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AACTATAAATAAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGCAAACATTC
AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGACCATAA
AACCATTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGCATGCGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTACC
AATGAATAGCTATTTCTTCACACTTCTCAAGACAAACATTCAAATATTATCTGTTTAAACCAAAA
ATATAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTCTAAAATAAGTACTAGAG
CTTTCAAAGACTTAAGT
Found at i:210958 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 210905--210959 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
210895 CAAGCTGAAC
*
210905 CTTCCTTCCTTCTCTCTTTTCTTT
1 CTTCTTTCCTTCTCTCTTTTCTTT
210929 CTTTCTTTCC-TCTC-CTTTCTCTTTT
1 C-TTCTTTCCTTCTCTCTTT-TC-TTT
210954 CTTCTT
1 CTTCTT
210960 GGTTGTGGGC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 6
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.15
24 12 0.44
25 11 0.41
ACGTcount: A:0.00, C:0.36, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (24 bp):
CTTCTTTCCTTCTCTCTTTTCTTT
Found at i:214494 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 214444--214490 Score: 69
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
214434 CGATCTTTCC
* *
214444 CTTCCTTTTTCTTCTTCCTCCTTT
1 CTTCCTTTCTCTTCTTCCCCCTTT
214468 CTTCCTTTCT-TTCTTCCCCCTTT
1 CTTCCTTTCTCTTCTTCCCCCTTT
214491 TCTTTCTCCC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.57
24 9 0.43
ACGTcount: A:0.00, C:0.40, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (24 bp):
CTTCCTTTCTCTTCTTCCCCCTTT
Found at i:217296 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 216986--223818 Score: 3089
Period size: 171 Copynumber: 40.0 Consensus size: 171
216976 CTAAAAGACT
* * * * * * ** *
216986 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-TCCAAAGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGCAG
* * * * * * *
217050 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCGAAAATATAAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
217115 TTATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * *
217157 T-AGGTGGCTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAA
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * ** *
217221 ACATTCAAATATTATTTGTTTTACCCAAAAATGTAGGAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGATG
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-G
* * * * * * *
217286 -TTACAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGATTTTGAAAGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
217328 TGAATGGCTTTAAATAGACTTTTCATGCCAATGAAT-AGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * *
217392 ACACTT-AATTATAATCTTTTTTAACTAACAAA-ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
65 ACA-TTCAAATATAATATGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
217455 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
** * * **
217499 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGAT-AGCCTTTGCTTCATGTGTTC-TGAGATA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGT-TTCTTGAGGCA
* * ** * *
217562 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
217627 ATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * * * *
217670 CGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGTAT-AGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * ** * * * *
217734 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATTTAACAATATTCAACTTAAACTCAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * ** *
217799 TTATAAAACTATTTAAAGCAAAAAATAAGACTTTTAAAGGGA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * ** * * * *
217841 TGGGTGACTATAGATGCACTTTGCTTGCCAGTGAATGATTTTTTCTTCAAATTTTTTAAGCCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * * * *
217906 CATTCAAATATTATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCAGAATTAATGATGAGAT
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
217971 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTCCCAAGGCT
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * * *
218012 TGAGTGACAATAAATAGACTTTTGTTACCAATGGAT-AGCCTTTGCCTCATGTTTCCTGAAGAAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * ** *
218076 ACATTCAATTGTAATATATTTTTATTAAAAATGTAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTTTGAG
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* **
218140 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
** * * * * *
218183 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATCCT-AGGGAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * ** *
218247 CATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAACTG-AAGACTAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
218311 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCATTCGATA-GCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCA
* * * * * * * *
218353 TGAATAACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTGGAGGCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* ** * * * * *
218418 CATTTAGTTATAATATATTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
218483 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** *** * * ** *
218524 TGGGCAACTATAAATATTCTTTTGTTGCCAATGAATGACTTGCT-CTTTGTGTTTCCTT-AGGGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT-TTGCTTCATGTTT-CTTGAGGCA
* * *
218587 GACATTCAAA-AGTAATCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAAATA-TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
218651 GATCATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGCT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
** * * * **
218694 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTG-AT-AGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGTG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCA
* * * * * * * *
218757 GATATTTAGATATAACATATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
218822 ATTATAGATCTATTTAAAGCG-GATAATAAGGCTTTTGAAGG--
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * ** * ** * *
218863 TGCGGATGACTATAAATATAGTTTTCTTGGTAATGAATGATTTTTTTTTTCACGTTTTCCT-AGG
1 TG-AG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATG-TTTCTTGAGG
* * * *
218927 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACC-AAAAGGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTAT
62 CAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
218990 GAGGTTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGATTTTGTAGGCT
126 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * * * * *
219036 TGAGTCG-CTTTAAATGGACTTTTCTTATCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTACCTAAGGCAA
1 TGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * ** *
219100 ATATTCAATTACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * *
219164 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGACA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * ** * * * *
219207 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTCAATGGAT-AGTATTTGCTTCATATTTCTTAAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCA
* * * * *
219271 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-A--ATGAG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
219333 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGACA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * ** * ** *
219376 TGGGCCACTACAAAAAGACTTTTCTTGCTAATG-A-GCATCTTTCT-CTTCATACTTCCTGAGGC
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-A-CTTT-TGCTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * * * * * * *
219438 AGATATTCCATTATAATTTCTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGA
63 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
219503 GATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * ** * ** ** ** * *
219547 TGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATAAATGGTTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * * ** * * *
219612 TATTTAATTATAGTATATTTTAATAAAAAATATAAAAATAA-TCAAGTTAAACTCAATTATGAGA
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
219676 TTATAAAACTATTTAAAGCAAAAAATAAGACTTCCGAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * ** * *
219718 TGGGTGACTATAGATGCACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * * * * * * *
219782 ACATTCAAATATTATTTGTTTTCACTAAAAATATAAAAACATTTAACTCAAAATTAATGATAAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
219847 TTATAAAATCATTTAAAGCTAATAACAAGGCTTTCAAAAGCT
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * ** * *
219889 TAAGTGATTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * * * * *
219954 CATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATATAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAT
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
220018 CATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAAGGCA
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * *
220059 TGGGCGACTATAAATGGAATTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTCTCCCT-AGGGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGACTTTTGCTTCATGT-TTCTTGAGGCA
* * * *
220122 GACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAATTGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
220187 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGTCCTTCGAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * ** * * * *
220230 TGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCGATGGAT-AGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * *
220294 ACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
220359 TTATAAAGTCATTCAAAGCAAATATTAAGGCTTTCGAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * * * *
220401 TGGGCGACTATACATTGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTATTCCT-AGGGAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGT-TTCTTGAGGCAG
* ** ** * *
220465 ACAATCAAATGCAATATGGCTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
***********************************
220530 -T-T---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
**************************************************** **
220567 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTCAAGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
** * * *
220632 CATT-AGTTATAATATATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAA
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
220695 ATTATAGATCCATTTAAAATGGGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** * *
220738 T-AGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTT-CTTTCACAATTCCCT-AGGC
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGC-TTCA-TGTTTCTTGAGGC
* * * * * * * *
220799 AGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAATAATGCAAAAAAATCCAGCTTAAAGTCTATTATGA
63 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * * * * *
220864 GGCTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGATTTCAAAAGCT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * ** * * *
220908 TGAGTGGCTTTAAATAGACTTTTCTTGCTAA-CAGATGGCTTTAACTTCATGTTTCCTAAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * *****************************
220972 ACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAA-AA-A---TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
***********************************************
221037 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
125 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
*********************** * * ** **
221084 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC-TCCCAAAATGAGTCAAAATAACTCTATATAATAGA-GTTA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC--AAT--G----AATGACT-T-T-TGCTTCATGTT-
* * * * * * * *
221147 TCATGAGGCAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCTAACTTAAAA
54 TCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAA
* *** *
221211 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTCGAAGGTA
118 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
** ** * * ** *
221265 TCG-GTGACTATAAATAAACTTTT-TTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
1 T-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * * *
221328 ATATT-AAATTATAATAAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTCAAAATGAATTATGGG
65 ACATTCAAA-TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
221392 ATTATAAGACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
221435 TG-GCAGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCA
1 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCA
* * * * * ** * * * *
221498 AACATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAAAAATAAAAAAAATCAAGTTAAACTTAATTATGAG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
221563 ATTATAAAACCATTTAAAGC-AGAAAATAATACTTTCCAAGGCA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** * * * * * * *
221606 TGGGTGACTATAGATGCACTTTTCTTGTTAGTGAATGGCTTGTT-CTTTACGTTTCTTAAGGTAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT-TTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * ** * * * * *
221670 AAATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAAGTCAAAATGAATGATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
221735 TTATAAAACCAGTTAAAGCAAGTGATAAGGTTTTCAAAGGCT
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * ** *
221777 TGAGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTTCCAGTGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * *
221841 ACATTCAATTATAATAAG-TTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
221905 TTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * *
221947 TGAGTAAATATAAATGGACTTTCCTCT-CCAATGAAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * ** * *
222011 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAACAACATAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
222076 TTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
222118 T-AGGTGACAATAAATGGACTTTCCTTGCCAAT-AAAGAGCTTTAT-CTTCATGTTTTTTGAGGT
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTT-TGCTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * ** * *
222180 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCATGAATGTAAAAAAAGTCAACTTAATATCAATTATGA
63 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
222245 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTCTCAAAGGCT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * ** ** * * * *
222289 TGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * *
222354 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGA
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
222419 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * **
222461 TGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTACCCATCAAT-AGCTTTTTCTTCACGTTTC-CCATGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GGCA
* * * * * * *
222524 AACATTTAAACATTATTTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAGAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATG
64 GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * *
222588 AGATTATAAAACCATTTAAATG-AAGTAATAAGGATTTCAAAGGCT
127 AGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** * * *
222633 TAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGTTTTTACTTCATATTCCTTGAGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* ** * * * * * *
222698 TATTCAGTTCTAATATATTCTAAGCAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
222763 TATAAATCCATTTAACA-CTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCTA
131 TATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-A
* * ** ** * * *
222804 TG-GATGATTATAAGTACACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTC-TCATATTCTCCT-AGGCA
1 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTT-TCTTGAGGCA
** *
222866 GACATTCAAATATAA-ACTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGA
64 GACATTCAAATATAATA-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
222930 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * *
222974 TCAGTGACTATAAATGGAGTTTT-TCGGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * * * *
223038 ACATTTAATTATAACATATTTTAACAAAAAAATATAAAACAATTCAACATAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
223103 ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGAAATAAGAG-TTTCGAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * ** * *
223146 TGAGTGACTTTAGATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-AGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * * * * * * *
223210 CACTCAATTATAATCTTTTTTAACCAACAATATAAAACAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGAT
66 CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
223275 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCA
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * *
223316 T-AGGTAACTACAAATGGATTCTTTT-TT--CAATGAAT-AGCTTTTACTTCATGTTTTTTGAGG
1 TGA-GTGACTATAAATGGA--CTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG
* * * * * * *
223376 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTAT
62 CAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* ** * * **
223440 GAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAATGTTTTTTAAGGCA
126 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * * * *
223486 TGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAGGAATGGCTTTCTGAAC-ACAT-TTTC-TAAGGT
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT-TG--CTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * * * *
223548 GGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAACTATAAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATG
63 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
223611 AGTTTATAAGATCATTTAAAGC-------AA-G--TACGAAGGCT
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * * *
223646 TAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCGTCAATAAATGACTTTTGCTACACGTTT-TCTAAAGCAT
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGCAG
* * * * * *
223710 ATATT-AATTATAATATATTTTAATC-AAAATGTAGAAAAAAATTCAATTTAAACTCAATTATGA
65 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * ** *
223773 GATCATAAAATTATTTGAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
223817 TG
1 TG
223819 GGTATGGATA
Statistics
Matches: 4920, Mismatches: 1548, Indels: 388
0.72 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 5 0.00
159 25 0.01
160 57 0.01
161 31 0.01
162 1 0.00
163 2 0.00
165 22 0.00
166 29 0.01
167 10 0.00
168 85 0.02
169 111 0.02
170 1167 0.24
171 2761 0.56
172 528 0.11
173 23 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 3 0.00
179 3 0.00
181 2 0.00
183 4 0.00
184 3 0.00
185 6 0.00
186 37 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
Found at i:218548 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 216991--224258 Score: 3059
Period size: 512 Copynumber: 14.2 Consensus size: 509
216981 AGACTTGAGT
* * * * * * * *
216991 GACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTTCCAAAGCAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGAAGACATTC
* * * * *
217056 AATTATAATATATTTTAACCGAAAATATAAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * * ** **
217121 AACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGGCTATAAATGGGTTTTTCTTGC
129 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * * * * * * *
217185 CAATGAGT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAATATTATTTGTTTTACCCAA
193 CAATGAATAG-CTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAA
** * * * *
217249 AAATGTAGGAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTACAAAACCATTTAAGGTGAGTAATA
257 AAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
217313 AGGATTTTGAAAGCTTGAATGGCTTTAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATAG-CTTTTGCTTCA
320 AGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTGCTTCA
* * * *
217377 TGTTTCATGAGGCAGACACTT-AATTATAATCTTTTTTAACTAACAAA-ATAAAAAAAATCAACT
384 TGTTTC-TGAGGCAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
217440 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGT
446 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* ** * * *
217504 GACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATAGCCTTTGCTTCATGTGTT-CTGAGATAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGT-TTCCTAAGA-AGACATT
* * * * *
217568 CAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** ** * ** *
217633 AGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGT
128 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * * * * **
217698 CAATGTATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAA
193 CAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAA
* * * * ** **
217763 AATTTAACAATATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAAAAATAAG
258 AA-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * ** * * * ** *
217828 ACTTTT-AAAGGGATGGGTGACTATAGAT-GCACTTTGCTTGCCAGTGAATGATTTTTTCTTCAA
322 GCTTTTGAAA-GCATGAATGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTC--
* * * * * * * * * * *
217891 AT-TTTTTAAGCCAAACATTCAAATATTATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCA
383 ATGTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * * * * *
217955 GAATTAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTCCCAAGGCTTGAGT
448 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* * * * *
218017 GACAATAAATAGACTTTTGTTACCAATGGATAGCCTTTGCCTCATGTTTCCTGAAGAAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGAAGACATTC
* * * *
218082 AATTGTAATATATTTTTATTAAAAATGTAAAAAAATGTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
65 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
218147 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
129 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * * * * *
218212 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATCCT-AGGGAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
194 AATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA
* ** * *
218276 CTGAAGACTAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGG
259 ATGAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
218341 CATTCGATAGCATGAATAACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTT
323 CTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTT
* * * * * *
218406 TCTGGAGGCAAACATTTAGTTATAATATATTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAAT
388 TCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
218471 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGC
452 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* ** * * * ** * *
218529 AACTATAAATATTCTTTTGTTGCCAATGAAT-GAC-TTGCTCTTTGTGTTTCCTTAGGGAGACAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTG--CTTCATGTTTCC-TAAGAAGACAT
* * * * *
218592 TCAA-AAGTAATCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
63 TCAATTA-TAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
218656 TAAAACTATTTAAAG-AGAGTAA-AAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
126 TAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAA-GATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * *
218718 TTATCAATTG-ATAGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGTGGATATTTAGATATAA-CATATTTTA
189 TTATCAA-TGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATC-TATTTTA
* * * * * *
218781 ACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAGATCTATTTAAAGCG-GA
252 ACCAAAAA-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-
* *** * * * ** ** *
218845 TAATAAGGCTTTTGAAGGTGCGGATGACTATAAATATAGTTTTCTTGGTAATGAATGATTTTTTT
315 TAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTG
* * * * * **
218910 TTTCACGTTTTCCT-AGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACC-AAAAGGTAAAAAAA-TC
379 CTTCATG-TTT-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * ** * * * *
218972 TAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGATTTTGTAGGCTT
442 -AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
*
219037 GAGTC
506 G-GGC
* * * * * * * *
219042 G-CTTTAAATGGACTTTTCTTATCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTACCTAAGGCAA-ATATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAA-G-AAGACATT
* * * *
219105 CAATTACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
219169 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTT-GAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
127 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
* * *
219233 TTTCAATGGATAG-TATTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
190 TATCAATGAATAGCT-TTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
*
219297 CAACAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC-A--ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
254 CAA-AA-ATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * **** * * *
219358 ATAATGTTTTTG-AAGACATGGGCCACTACAAAAAGACTTTTCTTGCTAATG-A-GCATCTTTCT
317 ATAAGGCTTTTGAAAG-CATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC--CTTT-T
* * * * * * * *
219420 -CTTCATACTTCCTGAGGCAGATATTCCATTATAATTTCTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTT
378 GCTTCAT-GTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
219484 AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTG
442 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* *
219549 AGT
507 GGC
* * * ** ** * * *
219552 GAATATAAAT-GAACTTTTCTTATCAATAAATGGTTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGATATT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGAAGACATT
* * * * * * *
219616 TAATTATAGTATATTTTAATAAAAAATATAAAAATAATCAAGTTAAACTCAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * * * *
219681 AAACTATTTAAAGCAAAAAATAAGACTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGCACTTTTCTTGT
128 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * * * * *
219746 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTTCACTAAA
193 CAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAA
* * * * * * *
219811 AAT-ATAAAAACATTTAACTCAAAATTAATGATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCT-AATAAC
258 AATGA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG-TGAGTAAT
** * * * * * *
219873 AAGGCTTTCAAAAGC-TTAAGTGATTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
319 AAGGCTTTTGAAAGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTC
* * * * * * *
219937 ATGTTTCTCAAAGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATATAAAACAATTCAGCTT
383 ATGTTTCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
220001 AAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGC
447 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* * * * * * * *
220064 GACTATAAATGGAATTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTCTCCCTAGGGAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACC-AATGAATGGCCTTTGCTTCATGT-TTCCTAAGAAGACATT
* * * * * *
220128 CAAATATAATTTGTTTTAACCAAAATTGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
220193 AAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAG-TCCTTCGAAGGCTTGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTTA
128 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAT-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * *
220257 TCGATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTCTAACCAA
192 TCAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAA
* * * * ** * *
220322 AAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGTCATTCAAAGCAAATATTA
257 AAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATA
* * *** * * * * * *
220386 AGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATACATTGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
320 AGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCAT
* * * * ** *** * * *
220451 TTATTCCT-AGGGAGACAATCAAATGCAATATGGCTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATCAACTTA
385 GT-TT-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
*******************************************
220515 AAATCAATTATGAGA-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
448 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
******************************************** * *
220575 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TCT-C-AAGGCAGACATT-
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAA-GAAGACATTC
* * * *
220636 AGTTATAATATATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA
65 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT--AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * **** * * * * *
220701 GATCCATTTAAAATGGGTAAAAAGGCTTTT-GAAGGTAT-AGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTT
128 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * *
220764 GCCAATGAAT-GGTTTT-CTTTCACAATTCCCT-AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC
191 ATCAATGAATAGCTTTTGC-TTCA-TATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * * * * * ** *
220826 TAATAATGCAAAAAAATCCAGCTTAAAGTCTATTATGAGGCTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAA
254 CAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* ** * * * * * * * **
220891 TAAGGATTTCAAAAGCTTGAGTGGCTTTAAATAGACTTTTCTTGCTAA-CAGATGGCTTTAACTT
318 TAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTGCTT
* * * * * * **********
220955 CATGTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATANNNNNNNNNNNNNNN
382 CATGTTT-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-----TAAAAAAATT
*****************************************************************
221020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
441 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
****
221085 NNNN
506 GGGC
****************** * ** ** ** *
221089 NNNNNNNNNNNNNNNNAGC-TCCCAAAATGAGTCAAAATAACTCTATATAATAGA-GTTATCATG
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACC--AAT--G----AATGGC-CT-T-TGCTTCATGTT-TCCT-
* * * *
221152 AGGCAA-AAATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
53 AAG-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAA
* * * *
221215 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTCGAAGGTATCG-GTGACTATAAA
115 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAA
** * * * * * * *
221279 TAAACTTTT-TTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGATATT-AAATTATAA
179 TGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAA-TATAA
* * * * * * * *
221342 T-AAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTCAAAATGAATTATGGGATTATAAGACCATT
243 TCTA-TTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * * * * *
221406 TAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGCA-GACTATAAAT-GAATTTTTCTTGTCAATGA
306 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCAT-GAATGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
221469 ATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAAAAAT
369 AT-GCCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT
* * * * * **
221533 AAAAAAAATCAAGTTAAACTTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGAAAATAATACTT
432 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTT
* *
221597 TCCAAGGCATGGGT
496 TCGAAGGCATGGGC
* *** * * * * * *
221611 GACTATAGAT-GCACTTTTCTTGTTAGTGAATGG-CTTGTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAA-AAA
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTT-TGCTTCATGTTTCCTAA-G-AAGACA
* * * * * * * *
221673 TTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAAGTCAAAATGAATGATGAGATTA
62 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
221738 TAAAACCAGTTAAAGCAAGTGATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TCTTTCT
126 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCT
* * * * * * * * *
221802 T-TCCAGTGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-AAGTTTAAC
190 TAT-CAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * * * *
221865 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAA
254 CAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * *
221930 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTCCTCT-CCAATGAAAGGCTTTTGCTT
318 TAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTGCTT
* * * * * * * * *
221994 CACGTTTCTTGAAGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAACAACATAAAACAATTCAGCT
382 CATGTTTC-TGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
222059 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATAGGT
446 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* * * * * * ** * *
222123 GACAATAAATGGACTTTCCTTGCCAAT-AAAGAG-CTTTATCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-GCCTTT-GCTTCATGTTTCCT-AAGAAGACAT
* * * * ** * *
222186 TTAATTATAATCTGTTTTAACCATGAATGTAAAAAAAGTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAT
63 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * ** * * * * *
222251 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTCTCAAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
127 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * * * * *
222316 -CTAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAA
192 TC-AATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA
* * * **
222380 AAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
256 AAAATG-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** * * * * *
222445 AAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTACCCATCAATAG-CTTTTTCTTC
319 AAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTGCTTC
* ** * * ** * * * * * *
222509 ACGTTTCCCATGGCAAACATTTAAACATTATTTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAGAAA-TCTAAC
383 ATGTTTCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTC-AAC
* * * **
222573 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-AAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTAAG
445 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
*
222637 T
509 C
* * * * ** * * * * *
222638 GATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGTTTTTACTTCAT-ATTCCTTGAGGCAGATATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCC-T-AAGAAGACATT
* * * * * *
222702 CAGTTCTAATATATTCTAAGCAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * **
222767 AATCCATTTAACA-CTAGTAATAAGGCTTTT-GAA-GCTATG-GATGATTATAAGTACACTTTTC
128 AAACCATTTAA-AGCAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGC-ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
222828 TTGCCAATGAATGGTTTTTTC-TCATATTCTCCT-AGGCAGACATTCAAATATAAACTGTTTTAA
189 TTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCATATT-TCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * *
222891 CCAAAAACAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
253 CC-AAAA-ATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * * * * * * * *
222955 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTT-TCGGTCAATGGATGGCTTTTGC
316 AATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTGC
* * * * * *
223019 TTCACGTTTCTTGAAGCAGACATTTAATTATAACATATTTTAACAAAAAAATATAAAACAATTCA
380 TTCATGTTTC-TGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
223084 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGAAATAAGAG-TTTCGAAGGCTTG
443 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATG
* *
223148 AGT
507 GGC
* * * * * * * * * * *
223151 GACTTTAGATGGACTTTTCTTACCAATGGATAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACACTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGAAGACATTC
* * * * * * * *
223215 AATTATAATCTTTTTTAACCAACAATATAAAACAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
65 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
223280 AACTATTTAAAGCAAGTAATAATG-CTTTCAAAGGCAT-AGGTAACTACAAATGGA-TTCTT-TT
129 AACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT-TTCTT
* * * * * * *
223341 TTCAATGAATAGCTTTTACTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
191 ATCAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA
* *
223406 ACAATAT-TAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAATGAGTA
256 A-AA-ATGAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTA
* * * * ** * * * *
223468 ATAATGTTTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAGGAATGGCTTTCTGAA
317 ATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TG--
* * ** * * *
223533 C-ACAT-TTTCTAAGGTGGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAACTATAAAAAAATT-A
379 CTTCATGTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCA
* * * * **
223594 ACTCAAAATCAATTATGAGTTTATAAGATCATTTAAAGCAAGTACGAAGGC-TT--AA-G--T--
443 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
223651 --
508 GC
*** * * * * * * * * *
223651 GACTATAAAT-GAACTTTTCTCGTCAATAAATGACTTTTGCTACACGTTTTCTAAAGCATATATT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGAAGACATT
* * *
223715 -AATTATAATATATTTTAATC-AAAATGTAGAAAAAAATTCAATTTAAACTCAATTATGAGATCA
64 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT--AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * **
223778 TAAAATTATTTGAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-G-G----T--AT-G---------
126 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
223825 ------G-ATAGCTTTT-CTTCACACTTCTCAAAGTAGACACTCAATTATAATCTCTTTTAACCA
191 ATCAATGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA
* * * * *
223882 ACAATAT-AAAAATATTCAATTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
256 A-AA-ATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * * * * ** * *
223946 AATGCTTTCAAAAGCAT-AGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTTTCAATAAATAG-CTTTTACTT
319 AAGGCTTTTGAAAGCATGA-ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTGCTT
* * * *
224008 CATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACT
382 CATG-TTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *** ** *
224073 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATATTTTTAAAGGCATGGGT
446 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
* * * * * * *
224137 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGGCTTTTTGAAC-ACAT-TTT-CTGAGGCAGATA
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-CTTTG--CTTCATGTTTCCT-AAGAAGACA
* * * * *
224199 TTTAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
62 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGA
224259 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5113, Mismatches: 1387, Indels: 537
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
472 1 0.00
473 3 0.00
474 1 0.00
475 59 0.01
476 162 0.03
477 14 0.00
478 1 0.00
479 2 0.00
480 1 0.00
482 1 0.00
486 64 0.01
487 25 0.00
488 9 0.00
489 1 0.00
492 1 0.00
493 2 0.00
499 6 0.00
500 46 0.01
501 78 0.02
504 1 0.00
506 8 0.00
507 178 0.03
508 101 0.02
509 17 0.00
510 169 0.03
511 396 0.08
512 1781 0.35
513 1083 0.21
514 354 0.07
515 228 0.04
516 14 0.00
519 1 0.00
521 2 0.00
522 1 0.00
523 1 0.00
524 1 0.00
525 1 0.00
526 31 0.01
527 240 0.05
528 28 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTAAGAAGACATTCA
ATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
TGAATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT
GAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTTTCT
GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
Found at i:220226 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 219126--220449 Score: 1554
Period size: 683 Copynumber: 1.9 Consensus size: 681
219116 TATTTTAATA
* * * *
219126 AAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATGATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAAC
* ** ** ** **
219191 AATGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTCAATGGATAGTATTTGCTTC
66 AAGGCTTTAAAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTTGCCAATGGATAGTATTTGCTTC
* * * *
219256 ATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTT
131 ATATTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * *
219321 AAAATCAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGACATGGGCCACTA
196 AAAATCAATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAATGCTTTTGAAGACATGGGCCACTA
* * * * * * *
219386 CAAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAGCATCTTTCTCTTCATACTTCCTGAGGCAGATATTCCATTA
261 CAAAAAGAATTTTCTTCCTAATGA-CATCTTTCTCATCATACTCCCTGAGGCAGACATTCAAATA
* *
219451 TAATTTCTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCA
325 TAATTTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
219516 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATAA
390 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGACTTGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATAA
* * * * * * * * *
219581 ATGGTTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGATATTTAATTATAGTATATTTTAATAAAAAAT-AT
455 ATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTCTAACAAAAAATGAT
* *
219645 AAAAATAATCAAGTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAAAAATAAGACTT
520 AAAAA-AATCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTCATTCAAAGCAAAAAATAAGACTT
* * *
219709 CCGAAGGCATGGGTGACTATAGA-TGCACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTC
583 CCGAAGGCATGGGCGACTATACATTG-ACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTC
219773 TTAAGGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTTCACT
647 TTAAGGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTTCACT
* * * *
219808 AAAAATATAAAAACATTTAA-CTCAAAATTAATGATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAATAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAATCT-AAAATCAATGATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAA
* * *
219872 CAAGGCTTTCAAAAG-CTTAAGTGATTATAAATGGAC-TTTCCTTGCCAATGGATGGCT-TTTGC
65 CAAGGCTTT-AAAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTTGCCAATGGATAG-TATTTGC
* * * * * *
219934 TTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATATAAAACAATTCAG
128 TTCATATTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
*
219998 CTTAAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAA-GACTTTTGAAGGCATGG
193 CTTAAAATC-A--ATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAATG-CTTTTGAAGACATGG
* * ** * * *
220062 GCGACTATAAATGGAATTTTCTTCCTAATGA-ATGGCTTTTTCATCATGTCTCCCT-AGGGAGAC
254 GCCACTACAAAAAGAATTTTCTTCCTAATGACAT--CTTTCTCATCAT-ACTCCCTGAGGCAGAC
* * * * *
220125 ATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAATTGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
316 ATTCAAATATAATTTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * ** *
220190 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGTCCTTCGAAGGCTTGAATGGCTATAAATGGACTTTTCT
381 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGACTTGAATGAATATAAATGAACTTTTCT
* ** * ** * *
220255 TATCGATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTCTAACC
446 TATCAATAAATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTCTAACA
* * * * * *
220320 AAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTCAAAGCAAATATT
511 AAAAATGATAAAAAAATCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACTCATTCAAAGCAAAAAAT
* * *
220385 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATACATTGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
576 AAGACTTCCGAAGGCATGGGCGACTATACATTGACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCA
220450 TTTATTCCTA
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 99, Indels: 25
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
680 26 0.05
681 61 0.12
682 84 0.16
683 346 0.65
684 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (681 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATGATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAAC
AAGGCTTTAAAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTTGCCAATGGATAGTATTTGCTTC
ATATTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAATGCTTTTGAAGACATGGGCCACTA
CAAAAAGAATTTTCTTCCTAATGACATCTTTCTCATCATACTCCCTGAGGCAGACATTCAAATAT
AATTTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGACTTGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATAAA
TAGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTCTAACAAAAAATGATA
AAAAAATCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACTCATTCAAAGCAAAAAATAAGACTTCCG
AAGGCATGGGCGACTATACATTGACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAA
GGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTTCACT
Found at i:224255 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 223853--224258 Score: 488
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
223843 TTCTCAAAGT
* * * * * * *
223853 AGACACTCAATTATAATCTCTTTTAACCAACAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
223918 AATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAAGCATAGGTAACTATAAATGGATTT
66 AATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATACTTTCAAAAGCATAGGTAACTATAAATGGATTT
* ** * ** ** *
223983 TTTTTTCAATAAATAGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGT
131 TCTTACCAAGAAATAGCTTTTACAACACATTTTCTGAGGC
*
224023 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
224088 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATATTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
66 AATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATACTTTCAAAAGCATAGGTAACTATAAATGGA-TT
* * **
224153 TTCTTACCAAGGAATGGCTTTTTGAACACATTTTCTGAGGC
130 TTCTTACCAAGAAATAGCTTTTACAACACATTTTCTGAGGC
* * * * *
224194 AGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
224259 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 36, Indels: 1
0.84 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
170 110 0.55
171 89 0.45
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
AATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATACTTTCAAAAGCATAGGTAACTATAAATGGATTT
TCTTACCAAGAAATAGCTTTTACAACACATTTTCTGAGGC
Found at i:225352 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 224953--227759 Score: 1703
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 169
224943 TATTTTAATA
* * * * * * *
224953 GTTTTGTAATCTCATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTTTTATTTCTGGTTAACACAAATCAT
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
**
225018 AATTGGATGTTTG-CTT-GGAAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAGAACTCCATTT
65 AATTGGATGTTTGCCTTAGG--AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAACCATTT
* ** * * * * * *
225081 ATTGTCACTTTTGCCTTCGAACGCCATATTACTCA-TTGTTAGT
127 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTT-TAAAT
* * **
225124 GATTTTATAA-CTTTTTAAATGATTTTAAGA-TG-ATTTTGTTTTAATTTTTTATTAAAACAGAT
1 G-TTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAA-ATTGAATTTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * *
225186 CATTATTGGTTGTTTGCCTTAGGAAACAGGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAACCTATT
62 CATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAACC-ATT
* * * * * * *
225251 TATATTCATTTATGACTTTGAAAGCCTTGTCACTCACCTTAAGT
126 TATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * *
225295 AGTTTTATAA-CTTTATGAATGACTTTAAATTGAATATTTTTTCATTTTCGGTTAAAACAGATCA
1 -GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * *
225359 TTATTGGATGTTTGCCTCTAAG-AACATGAAGGGAAAGCCATCCGTTGATAA-AAAAAGTCCATT
64 TAATTGGATGTTTGCCT-TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAA--CCATT
* * *
225422 TGTAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGA-TTTAAAT
126 TATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAAAT
* * * ** *
225466 GGTTTATAATATCATAAATGATTTTAAGCTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATAGATCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * * * * * *
225530 ATAT-GATGTATGGCTCAAGAAATATGAAGTGAAAGCGATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTGT
66 AT-TGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTTAT
* * * ** *
225594 AGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTGTCAGTCTGTTTAAGT
129 AGTCACTCATGA-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
225635 TTTTGTATAATGTTATAAATGATTGTAAA-T--ATATTTTTTCCATTTTAGGTT-AAATAGATCA
1 GTTT-TATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * ** * **
225696 TAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAATGAAAGCCATCCATTCACAAGAAAGGTCCATTT
64 TAATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AACCATTT
* * * * * * *
225760 ATATTTACTCGTG-CTTTTGAAAGGCTAGTTATTCACTTTAAAT
127 ATAGTCACTCATGAC-TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * * *
225803 GGTTTTATAATCTCAT-AATGAGTTTAAGTTGAATTTTGTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATCAT
1 -GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * * * * * ** * *
225867 AATTAGATGTTTGTCTTGGGAAACATAAAACAAAAACCAT-CACTTTTCAATAAAAGTCCATTTA
65 AATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAA-ACCATTTA
* * * ** *
225931 TAGTCACTTAT-ACCTTCGAACG-CTTAATTACTTGCTTTAAACA
128 TAGTCACTCATGA-CTTCGAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAA-T
** * * * *
225974 G-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAGGTT-AAGGGTTTTTTTTTCATTTTTGATGAAAGCAAAT
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA----TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGAT
* ** * * *
226037 CATAATTGGATGTTTG-CTTTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCTAT
62 CATAATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCAT
*** * * *
226101 TTATAGTTGTTCATGCCTTCGAAA-TCTTAGTTTCTCACTTTAAAT
125 TTATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
226146 GGTTTTATAACCTTATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTCTAGTTAAAACAAATCAT
1 -GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * ** * *
226211 AATTGGATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATT-AGGAAGAAAACTCCATTTA
65 AATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAA-ACCATTTA
* * * * *
226275 TAGTCACTCATGCCTTCGAAGGCCATGTTACTCACTTTTAGT
128 TAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * *
226317 GATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAGA-TGAATTTGTTTTTAATTTTTGGTTAAGACATATC
1 G-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * * * * *
226381 ATTATTGGTTGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGCGAAAACCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTT
63 ATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTT
** * ** * * *
226446 ATCTTCACTCATGACTTCAAAAGCCTCATTACTCGCCTTAAGT
127 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
226489 GGTTTATAA-CTTTATGAGTGACTTTAAATTGAATTTTTATTTCATTTTAGGTTAAAACATATCA
1 GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
** * * * * * *
226553 TTGTTGGATGTTTACCTAAGGGAACGTGAAG-GAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAACTCCATTT
64 TAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCG-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTT
* * * * * *
226617 ATAATCAATCGTG-CTTTTGAATGCCTTGTTACTCAATTTAAAT
127 ATAGTCACTCATGAC-TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * ** * *
226660 GGTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGCTGAATTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCAT
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * * * * * * * *
226725 AATTGGATGTAT-ACGTCGAAAAACAAGAAGTGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTG
65 AATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTTA
* * ** * *
226789 TAGTCACTTATGCCTTCGAAAG-CTTAGTTTGTTGA-TTTAAGT
128 TAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTT-G-TTACTCACTTTAAAT
* * * *
226831 CGTTGTATAA-CACTATAAATGATTTTAAATT-AATTTGTTTTTCATTTTAGGTTAAAAAAGATC
1 -GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATC
* ** * * * * * * *
226894 ATATTTTCATGTTTGTCTCAGGAAACATGAAGTGAAAGCTATCCCTTTACAAGAAAAGTCCATTT
63 ATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTT
* *
226959 ATATTCACTCAT-ACTTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT
127 ATAGTCACTCATGAC-TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * * *
227002 ATTTTTATAATCTCATAAATGAGTTTAAGTTGAACTGTTTTTCATTTTTGATTAAATCATATCAT
1 -GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * * *
227067 AATTAGATGTTTGCCTT-GAGAAATATGAAGCGAAGGCTATCCCTT-A-ATAGAAAAAGTCCATT
65 AATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACA-AGAAAAA--CCATT
* * * **
227129 TATAGTCGCTAAT-ATCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAAT
126 TATAGTCACTCATGA-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * * *
227173 -TGTTTATGATCTCATAAATGACTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
1 GT-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * * * *
227236 AATTTGATGTTTGCTTTACGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTA
65 AATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAA--CCATTTA
* * * * * *
227301 TAGTCACTCATGCCATCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAGT
128 TAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
* * **** **
227343 GGTTTTA-AAACTTAATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTCACATTAAATTAGATCA
1 -GTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * *** ** * * **
227407 TAATTTGATGTCT-AAATATGGAAATGTGAA-CGAAAGACATCCATTGACATGAAAAGTTCATTT
64 TAATTGGATGTTTGCCTTA-GGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTT
* * *
227470 GTAGTTACTCAT-ACTTTCGAAAGCCTTGTTAGC-CGA-TTTAAGT
127 ATAGTCACTCATGAC-TTCGAAAGCCTTGTTA-CTC-ACTTTAAAT
* ** * ** * *
227513 GGTTTTATAAAT-TTAGAAATGATTTTAAAAAGATTTTTTTTTCATTTTAAGCTAAAACAAATCA
1 -GTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * * * * * * * *
227577 TAATTGAATATCTACC-TGGTGAAATATGAAGCAAAAGCCTTCCATTCACAA-AAAAGTCTATTT
64 TAATTGGATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-ACCATTT
* * * * * * *
227640 ATAATCACTTATGCCATCAAAAG-CTTAGTTACCCATTTTAAAT
127 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
227683 AGTTTTACAA-CTTCATCAATAATCTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTCAAACAGATCA
1 -GTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCA
227746 TAATTGGATGTTTG
64 TAATTGGATGTTTG
227760 TCTCATGGTT
Statistics
Matches: 2052, Mismatches: 473, Indels: 224
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.01
168 104 0.05
169 242 0.12
170 429 0.21
171 901 0.44
172 229 0.11
173 105 0.05
174 27 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
ATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAACCATTTATAG
TCACTCATGACTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
Found at i:227579 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 227268--227581 Score: 366
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
227258 ACATGAAGCA
* *
227268 AAAGTCATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCGAAAACCTTATTACT
1 AAAGACATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAAACCTTATTACT
* * ** *
227333 CGCTTTAAGTGGTTTTAAAACTTAATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTCACATTAA
66 CGATTTAAGTGGTTTTAAAACTTAAGAAATGATTTTAAAAAGAATTTTTTTTAATTTCACACTAA
** *
227398 ATTAGATCATAATTTGATGTCTAAATATGGAAATGTGAACG
131 AACAAATCATAATTTGATGTCTAAATATGGAAATGTGAACG
** * * * ** * *
227439 AAAGACATCCATTGAC-ATGAAAAGTTCATTTGTAGTTACTCATACTTTCGAAAGCCTTGTTAGC
1 AAAGACATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAAACCTTATTA-C
* * * *
227503 -CGATTTAAGTGGTTTTATAAA-TTTAGAAATGATTTTAAAAAGATTTTTTTTTCATTTTA-AGC
65 TCGATTTAAGTGGTTTTA-AAACTTAAGAAATGATTTTAAAAAGAATTTTTTTTAATTTCACA-C
227565 TAAAACAAATCATAATT
128 TAAAACAAATCATAATT
227582 GAATATCTAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 23, Indels: 7
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 97 0.83
171 19 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGACATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAAACCTTATTACT
CGATTTAAGTGGTTTTAAAACTTAAGAAATGATTTTAAAAAGAATTTTTTTTAATTTCACACTAA
AACAAATCATAATTTGATGTCTAAATATGGAAATGTGAACG
Found at i:228583 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 228199--229026 Score: 651
Period size: 182 Copynumber: 4.6 Consensus size: 181
228189 TTCATGTTTC
* * * * * *
228199 CCAATGCAAACATCCAATTTTGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAAAATTTCAATTTATAATTA
1 CCAATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATCA
* * * * * *
228264 TTTATAATATTATAAATGAATTAATATATCAGTCAAAGTGTAACAAAGCTTTCGATGGGATGATT
66 TTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAATTAAAGTGTATCAAAGCTTTTGATGGCATGATT
* * * * *
228329 AACTTAAAAT-ATTCTTTTCTTGTCAATAGATACCATCCATTTCACGTTTT
131 AACTTAAAATGGTTCTGTTCTTGTCAATAGATACCATCCACTTAACATTTT
* * * *
228379 TCAGTTCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTGACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATCA
1 CCAATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATCA
* * * * *
228444 TTTGTAAGATTACAACTAAATTAATATTTCAATTAAAGCATGTATCAAAGCTTTTGATGGCATGA
66 TTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAATTAAAG--TGTATCAAAGCTTTTGATGGCATGA
* * *
228509 TTAAATTAAAATGGTT-TGTTCTTGTTACTAGATACCATCCACTTAACATTTT
129 TTAACTTAAAATGGTTCTGTTCTTGTCAATAGATACCATCCACTTAACATTTT
* * * * * * *
228561 CCAATTCAAGCAACCCATTATGATAGCTTTTAACCATAAAGCCCAAATATCTGAATTAAAAATCA
1 CCAATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATCA
* * *
228626 TTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGTGTGTATGAAAGCTTTCT-ATGGCATG
66 TTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAATTAAA--GTGTATCAAAGCTTT-TGATGGCATG
* * * * * *
228690 ATTAACTTAAAATGG-TCT-TTTTTTTATAATAAACAGCATCCACTT--CATGTTT
128 ATTAACTTAAAATGGTTCTGTTCTTGT-CAATAGATACCATCCACTTAACAT-TTT
* * * ** * * * * ** *
228742 CCAAATGCAAACATCTAATTACAATAAGTTTAAACCATGAAGTCCAAAGATTTTGATTTATAA-C
1 CC-AATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATC
* * * * * *
228806 TATTTATTAGATTATAAACT-AATTAATACATCATTTAAATGAGTA-AAAAGGCTATTGATGGCA
65 -ATTTATAAGATTATAAA-TGAATTAATATATCAATTAAA-GTGTATCAAA-GCTTTTGATGGCA
* * * * * ****
228869 TGATTAGCTTAAAATGG-TCT-TT-TTTTCATTATGAATAGCATCCGCTTCTTGTTTT
126 TGATTAACTTAAAATGGTTCTGTTCTTGTCAATA-G-ATACCATCCACTTAACATTTT
* * * * * **
228924 CCAATGCAAACATCCAATTACGATAGGTTTTAACCATAAGGTGTCAAGAT-TTT-AATTTTTAAT
1 CCAATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGT-CCAA-ATATTTCAATTAATAAT
* * * * *
228987 CATTTAAAAGATTTTGAATGGATTAATATATCATTTAAAG
64 CATTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAATTAAAG
229027 CAAGTAACAA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 101, Indels: 44
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 100 0.19
181 130 0.25
182 285 0.54
183 6 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
CCAATTCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTCCAAATATTTCAATTAATAATCA
TTTATAAGATTATAAATGAATTAATATATCAATTAAAGTGTATCAAAGCTTTTGATGGCATGATT
AACTTAAAATGGTTCTGTTCTTGTCAATAGATACCATCCACTTAACATTTT
Found at i:228990 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 228177--229046 Score: 862
Period size: 363 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
228167 CTTTTCAAGG
* * *
228177 GATAGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTTTGATAGGTTTTAACCATAAAGTC
1 GATAGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTC
* * * * *
228242 CAAAAATTTCAATTTATAATTATTTATAATATTATAAATGAATTAATATATCAGTCAAA-GTGTA
66 C--AAATTTCAATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGGTGTA
* * * * *
228306 ACAAAGCTTTCGATGGGATGATTAACTTAAAATATTCTTTTCTTGTCAATAGATACCATCCATTT
129 ACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAACTTAAAATAGTCTTTTCTTGTCAATAAACACCATCCACTT
* * * ** * ** *
228371 CACGTTTTTCAGTTCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTGACCATAAAGTCCAAATATTTCAATT
194 CACGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACAATAAGTTTAAACCATAAAGTCCAAAGATTTCAATT
* * ** * *
228436 AATAATCATTTGTAAGATTACAACTAAATTAATATTTCAATTAAAGCATGTATCAAAGCTTTTGA
259 AATAATCATTTATAAGATTAAAACTAAATTAATACATCAATTAAAGCATGTATAAAAGCTATTGA
*
228501 TGGCATGATTAAATTAAAATGGTTTGTTCTTGTTACTA
324 TGGCATGATTAAATTAAAATGGTTTGTTCTTATTACTA
* * ** * * * * * *
228539 GATACCATCCACTTAACATTTTCCAATTCAAGCAACCCATTATGATAGCTTTTAACCATAAAGCC
1 GATAGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTC
* * *
228604 CAAATATCTGAATTAAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGTGTGT
66 CAAAT-T-TCAATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAG-GTGT
** * * * * *
228669 ATGAAAGCTTTCTATGGCATGATTAACTTAAAATGGTCTTTT-TTTTATAATAAACAGCATCCAC
128 AACAAAGCTTTCGATGGCATGATTAACTTAAAATAGTCTTTTCTTGT-CAATAAACACCATCCAC
* * * **
228733 TTCATG-TTTCCAAATGCAAACATCTAATTACAATAAGTTTAAACCATGAAGTCCAAAGATTTTG
192 TTCACGTTTTCC-AATGCAAACATCCAATTACAATAAGTTTAAACCATAAAGTCCAAAGATTTCA
* * *
228797 ATTTATAA-CTATTTATTAGATTATAAACT-AATTAATACATCATTTAAATG-A-GTA-AAAAGG
256 ATTAATAATC-ATTTATAAGATTA-AAACTAAATTAATACATCAATTAAA-GCATGTATAAAA-G
** *
228857 CTATTGATGGCATGATTAGCTTAAAATGGTCTT-TTTTTCATTA-T-
317 CTATTGATGGCATGATTAAATTAAAATGGT-TTGTTCTT-ATTACTA
* * * *
228901 GAATAGCATCCGCTTCTTGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACGATAGGTTTTAACCATAAGGT
1 G-ATAGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGT
* * * * * * **
228966 GTCAAGATTTTAATTTTTAATCATTTAAAAGATTTTGAATGGATTAATATATCATTTAAAGCAAG
65 -CCAA-ATTTCAATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAG-GTG
229031 TAACAAAGCTTTCGAT
127 TAACAAAGCTTTCGAT
229047 AGTCTTTTCC
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 88, Indels: 29
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 4 0.01
361 1 0.00
362 100 0.25
363 152 0.38
364 141 0.35
365 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (361 bp):
GATAGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCATAAAGTC
CAAATTTCAATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGGTGTAAC
AAAGCTTTCGATGGCATGATTAACTTAAAATAGTCTTTTCTTGTCAATAAACACCATCCACTTCA
CGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACAATAAGTTTAAACCATAAAGTCCAAAGATTTCAATTAA
TAATCATTTATAAGATTAAAACTAAATTAATACATCAATTAAAGCATGTATAAAAGCTATTGATG
GCATGATTAAATTAAAATGGTTTGTTCTTATTACTA
Found at i:230549 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 230521--230558 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
230511 TAATGACTAG
*
230521 TAATTGCTAGAAACTGTCTC
1 TAATAGCTAGAAACTGTCTC
230541 TAATAGCTAGAAACTGTC
1 TAATAGCTAGAAACTGTC
230559 CTCCAAATAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
TAATAGCTAGAAACTGTCTC
Found at i:231781 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 231717--231807 Score: 155
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
231707 AAGTCTTTGG
*
231717 CCAAGTTCACTCAGAGATTATAAAAAAAGTTTCATAGCTAATGAT
1 CCAAGTTCACTCAGAGATTATAAAAAAAGTTTCATAACTAATGAT
* *
231762 CCAAGTTCACTTAGAGATTATAAAAAGAGTTTCATAACTAATGAT
1 CCAAGTTCACTCAGAGATTATAAAAAAAGTTTCATAACTAATGAT
231807 C
1 C
231808 TAATCTCAAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 43 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
CCAAGTTCACTCAGAGATTATAAAAAAAGTTTCATAACTAATGAT
Found at i:235291 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 235188--235303 Score: 162
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 61
235178 ATAAAAAAAA
* *
235188 GAGACCTGAAGCCTTGAATTATATTTAGTTGCGATGGAAGTTCCCACGAGTAGGTAAAAGG
1 GAGACCTGAAGCCTTGAATTATATTTAGTGGCGATGGAAGTTCCCACAAGTAGGTAAAAGG
* * * *
235249 GAGACTTGAAGCCTTGATTTATATTTGGTGGC-ATGGGGAGTTCCCACAAGTAGGT
1 GAGACCTGAAGCCTTGAATTATATTTAGTGGCGAT-GGAAGTTCCCACAAGTAGGT
235304 GATGATATTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 2
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
60 2 0.04
61 46 0.96
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (61 bp):
GAGACCTGAAGCCTTGAATTATATTTAGTGGCGATGGAAGTTCCCACAAGTAGGTAAAAGG
Found at i:240521 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 240426--240588 Score: 166
Period size: 49 Copynumber: 3.3 Consensus size: 49
240416 ATGATTCCAG
* ** ** *
240426 ATGATGATATGATATGAAATATGTATAATTTCGTTTATAGATGATTTTGA
1 ATGATGATATGATGTGAGGTATGTAT-ATTTCGTCCATAGATGATTTCGA
* * *
240476 ATGATGATGTGATGTGAGGTATGTATATTTCGTCCGTAGATGATTTCGG
1 ATGATGATATGATGTGAGGTATGTATATTTCGTCCATAGATGATTTCGA
* * * * *
240525 ATGATGATATGATGTGAGGCATGTATGTTTCATCCATGGATGA-TTCCA
1 ATGATGATATGATGTGAGGTATGTATATTTCGTCCATAGATGATTTCGA
*
240573 GATGATGTTATGATGT
1 -ATGATGATATGATGT
240589 TGATTATGCA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 18, Indels: 3
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
48 3 0.03
49 69 0.73
50 22 0.23
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (49 bp):
ATGATGATATGATGTGAGGTATGTATATTTCGTCCATAGATGATTTCGA
Found at i:241052 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 240968--241082 Score: 106
Period size: 36 Copynumber: 3.2 Consensus size: 36
240958 GTTTTCTCAA
* ** * * *
240968 CAATGGGGTGTAACAAGACTCCGTCGTTTGCT-CAG
1 CAATGGGGTGTGACTTGACTCCATCATTTGCTATAG
** * * ** *
241003 CAATGAAGCGTGACTTGAGTCCATTGTTTGCTATGG
1 CAATGGGGTGTGACTTGACTCCATCATTTGCTATAG
241039 CAATGGGGTGTGACTTGACTCCATCATTTGCTATAG
1 CAATGGGGTGTGACTTGACTCCATCATTTGCTATAG
241075 CAATGGGG
1 CAATGGGG
241083 CATGACATGA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 18, Indels: 1
0.76 0.22 0.01
Matches are distributed among these distances:
35 23 0.38
36 38 0.62
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (36 bp):
CAATGGGGTGTGACTTGACTCCATCATTTGCTATAG
Found at i:242229 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 242219--242369 Score: 66
Period size: 5 Copynumber: 30.4 Consensus size: 5
242209 ATGTTATAAT
242219 TAAAA TAAAA TATATAA TACAAA -AATAA -AAAA TAAAA TAAAA TAAAA
1 TAAAA TAAAA TA-A-AA TA-AAA TAA-AA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA
* ** * ** * *
242266 TAAAA -AAAT TAAAA T-TTA TATAA TATAGG TAAAA CAAAT TAAAA TAAAA
1 TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TA-AAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA
* * * * *
242315 T-ATA TAAAA TAAAA T-ATA TAATA TAAAA -AATA TATTAA -AAAA TGAAAA
1 TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TA-AAA TAAAA T-AAAA
242363 TAAAA TA
1 TAAAA TA
242370 TATAAGATTA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 23, Indels: 26
0.69 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
4 19 0.17
5 75 0.68
6 11 0.10
7 5 0.05
ACGTcount: A:0.70, C:0.01, G:0.02, T:0.26
Consensus pattern (5 bp):
TAAAA
Found at i:242245 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 242219--242402 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 9.4 Consensus size: 18
242209 ATGTTATAAT
242219 TAAAATAAAATATATAATACA
1 TAAAATAAAATA-ATAA-A-A
242240 -AAAATAAAA-AATAAAA
1 TAAAATAAAATAATAAAA
*
242256 TAAAATAAAATAAAAAAA
1 TAAAATAAAATAATAAAA
242274 TTAAAATTTATATAATATAGGTAAAA
1 -TAAAA--TA-A-AATA-A--TAAAA
* *
242300 CAAATTAAAATAA-AATATA
1 TAAAATAAAATAATAA-A-A
*
242319 TAAAATAAAATATATAATA
1 TAAAATAAAATA-ATAAAA
242338 TAAAA-AATATATTAA-AAAA
1 TAAAATAA-A-A-TAATAAAA
*
242357 TGAAAATAAAATATATAAGAT
1 T-AAAATAAAATA-ATAA-AA
* *
242378 TATAATAATA-AATGAAAA
1 TAAAATAAAATAAT-AAAA
242396 TAAAATA
1 TAAAATA
242403 TATGACATTA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 13, Indels: 49
0.67 0.07 0.26
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.01
17 12 0.09
18 24 0.19
19 33 0.26
20 27 0.21
21 14 0.11
22 2 0.02
23 6 0.05
24 1 0.01
25 3 0.02
26 4 0.03
ACGTcount: A:0.69, C:0.01, G:0.03, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
TAAAATAAAATAATAAAA
Found at i:242328 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 242247--242339 Score: 125
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 47
242237 ACAAAAATAA
*
242247 AAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAATTTATATAATATAGGT
1 AAAACAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAA--TATATAATATAGGT
* *
242296 AAAACAAATTAAAATAAAATATATAAAA-TAAAATATATAATATA
1 AAAACAAAATAAAATAAAATA-AAAAAATTAAAATATATAATATA
242340 AAAAATATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
47 11 0.28
49 24 0.60
50 5 0.12
ACGTcount: A:0.69, C:0.01, G:0.02, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AAAACAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAATATATAATATAGGT
Found at i:242342 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 242219--242518 Score: 98
Period size: 33 Copynumber: 9.0 Consensus size: 33
242209 ATGTTATAAT
*
242219 TAAAATAAAATATATAATACAAAAATAAAA-A-A
1 TAAAATAAAATATATAATA-TAAAATAAAATATA
*
242251 TAAAATAAAATA-A-AATAAAAAAATTAAAATTTATA
1 TAAAATAAAATATATAAT-ATAAAA-TAAAA--TATA
* *
242286 TAATATAGGTAAA-ACA-AAT-TAAAATAAAATATA
1 TAAAATA---AAATATATAATATAAAATAAAATATA
*
242319 TAAAATAAAATATATAATATAAAA-AATATATTA
1 TAAAATAAAATATATAATATAAAATAAAATA-TA
* * *
242352 AAAAATGAAAATA-AAATATATAAGATTATAATAATAAA
1 TAAAAT-AAAATATATA-ATATAA-A--ATAA-AATATA
* * * * *
242390 TGAAAATAAAATATATGACATTAAA-AATATATT
1 T-AAAATAAAATATATAATATAAAATAAAATATA
* * ** *
242423 TAAGAGATGATAT-TACATA-AAAAT-TAATA-A
1 TAAAATAAAATATATA-ATATAAAATAAAATATA
*
242453 TAATAATATAAATATAT--TA-AAAATAAAATGTA
1 TAA-AATA-AAATATATAATATAAAATAAAATATA
*
242485 TAAAATTATAATA-ATAA-ATAAAAATAAAATATA
1 TAAAA-TAAAATATATAATAT-AAAATAAAATATA
242518 T
1 T
242519 GACATTAAAA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 35, Indels: 69
0.66 0.12 0.23
Matches are distributed among these distances:
30 23 0.12
31 28 0.14
32 40 0.20
33 42 0.21
34 15 0.08
35 14 0.07
36 4 0.02
37 3 0.02
38 20 0.10
39 9 0.05
ACGTcount: A:0.66, C:0.01, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (33 bp):
TAAAATAAAATATATAATATAAAATAAAATATA
Found at i:242344 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 242305--242356 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 3.5 Consensus size: 14
242295 TAAAACAAAT
*
242305 TAAAATAAAATATA
1 TAAAAAAAAATATA
*
242319 TAAAATAAAATATA
1 TAAAAAAAAATATA
242333 TAATATAAAAAATATA
1 TAA-A-AAAAAATATA
242349 TTAAAAAA
1 -TAAAAAA
242357 TGAAAATAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 5
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 17 0.50
15 4 0.12
16 10 0.29
17 3 0.09
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
TAAAAAAAAATATA
Found at i:242369 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 242320--242422 Score: 108
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 38
242310 TAAAATATAT
*
242320 AAAATAAAATATATAATATAAAAAATATATTAAAAAATG
1 AAAATAAAATATATAACAT-AAAAATATATTAAAAAATG
* * *
242359 AAAATAAAATATATAAGAT-----TATAATAATAAATG
1 AAAATAAAATATATAACATAAAAATATATTAAAAAATG
*
242392 AAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATT
1 AAAATAAAATATATAACA-TAAAAATATATT
242423 TAAGAGATGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 12
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
33 28 0.54
34 1 0.02
39 23 0.44
ACGTcount: A:0.65, C:0.01, G:0.04, T:0.30
Consensus pattern (38 bp):
AAAATAAAATATATAACATAAAAATATATTAAAAAATG
Found at i:242372 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 242216--242405 Score: 194
Period size: 86 Copynumber: 2.2 Consensus size: 85
242206 ATAATGTTAT
*
242216 AATTAAAATAAAATATATAATACAAAAATAAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAAT
1 AATTAAAATAAAATATATAAAACAAAAATAAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAA-
*
242281 TTATATAATA-TAGGTAA-AACA
65 TTATATAAGATTA--TAATAACA
* * * *
242302 AATTAAAATAAAATATATAAAATAAAATATATAATATAA-AAAATATATTAAAA-AATGAAAA-T
1 AATTAAAATAAAATATATAAAACAAAA-ATA-AA-A-AATAAAATAAAATAAAATAA-AAAAATT
*
242364 AAAA-TATATAAGATTATAATAATA
61 AAAATTATATAAGATTATAATAACA
*
242388 AATGAAAATAAAATATAT
1 AATTAAAATAAAATATAT
242406 GACATTAAAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 8, Indels: 14
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.03
86 53 0.60
87 5 0.06
88 9 0.10
89 17 0.19
90 2 0.02
ACGTcount: A:0.68, C:0.01, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (85 bp):
AATTAAAATAAAATATATAAAACAAAAATAAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAATTAAAAT
TATATAAGATTATAATAACA
Found at i:242499 original size:113 final size:114
Alignment explanation
Indices: 242359--242587 Score: 406
Period size: 113 Copynumber: 2.0 Consensus size: 114
242349 TTAAAAAATG
* *
242359 AAAATAAAATATATAAGATTATAATAATAAATGAAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATTT
1 AAAATAAAATATATAAAATTATAATAATAAATAAAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATTT
*
242424 AAGAGATGATATTACATAAAAATTAATAAT-AATAATATAAATATATTA
66 AAGAGATGATATTACATAAAAATTAATAATAAAAAATATAAATATATTA
*
242472 AAAATAAAATGTATAAAATTATAATAATAAATAAAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATTT
1 AAAATAAAATATATAAAATTATAATAATAAATAAAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATTT
*
242537 AAGAGATGATATTATATAAAAATTAATAATAAAAAATATAAATATATTA
66 AAGAGATGATATTACATAAAAATTAATAATAAAAAATATAAATATATTA
242586 AA
1 AA
242588 CTTGTATTTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 5, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
113 91 0.83
114 19 0.17
ACGTcount: A:0.62, C:0.01, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (114 bp):
AAAATAAAATATATAAAATTATAATAATAAATAAAAATAAAATATATGACATTAAAAATATATTT
AAGAGATGATATTACATAAAAATTAATAATAAAAAATATAAATATATTA
Found at i:262606 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 262575--262620 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
262565 ACATCAAACT
262575 AAGAAAAA-TAAAAGAATAATAAA
1 AAGAAAAACT-AAAGAATAATAAA
*
262598 AAGATAAAACTAAAGAATTATAA
1 AAGA-AAAACTAAAGAATAATAA
262621 TCTTGATCTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.20
24 15 0.75
25 1 0.05
ACGTcount: A:0.72, C:0.02, G:0.09, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
AAGAAAAACTAAAGAATAATAAA
Found at i:265317 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 265240--265492 Score: 231
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 71
265230 TTAATTATTT
* * *
265240 AATTTAATCAATTAGGTCGAATAACTTAATTAAATAATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTGAT
1 AATTTAATCAATTAGGTCCAATAACTTAATTAAATAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTTGAT
265305 TAAACA
66 TAAACA
* ** * **
265311 AATTTAATTAATTAGGTCCAATAACTTAATTATTTAATTTAATCAATAAGGCCCAATTACTCAAT
1 AATTTAATCAATTAGGTCCAATAACTTAATTAAATAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTTGAT
265376 TAAAC-
66 TAAACA
* * * * **********
265381 AATGTGATCAATTAAG-CTCAATAACTTGATTAAATAAATTTAATNNNNNNNNNNCAATAACTTG
1 AATTTAATCAATTAGGTC-CAATAACTTAATTAAAT-AATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTTG
*
265445 ATTAAAAA
64 ATTAAACA
* * *
265453 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTT
1 AATTTAATCAATTAGGTCCAATAACTTAATTAAATAATTT
265493 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 36, Indels: 8
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.01
70 26 0.18
71 87 0.61
72 27 0.19
73 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (71 bp):
AATTTAATCAATTAGGTCCAATAACTTAATTAAATAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTTGAT
TAAACA
Found at i:265322 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 265240--265489 Score: 191
Period size: 35 Copynumber: 7.0 Consensus size: 36
265230 TTAATTATTT
* * *
265240 AATTTAATCAATTAGGTCGAATAACTTAATTAAA-T
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* *
265275 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* * ***
265311 AATTTAATTAATTAGGTCCAATAACTTAATT-ATTT
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* * *
265346 AATTTAATCAATAAGGCCCAATTACTCAATTAAAC-
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* * * * * *
265381 AATGTGATCAATTAAGCTCAATAACTTGATTAAATA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
********** * *
265417 AATTTAATNNNNNNNNNNCAATAACTTGATTAAAAA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
*
265453 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
265489 A
1 A
265490 TTTCATNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 51, Indels: 5
0.74 0.24 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 83 0.52
36 78 0.48
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (36 bp):
AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
Found at i:265443 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 265226--265424 Score: 290
Period size: 106 Copynumber: 1.9 Consensus size: 106
265216 GAAGCCGAAT
* * * * * * * *
265226 TAACTTAATTATTTAATTTAATCAATTAGGTCGAATAACTTAATTAAATAATTTAATTAATTAGG
1 TAACTTAATTATTTAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTCAATTAAACAATGTAATCAATTAAG
265291 CCCAATAACTTGATTAAACAAATTTAATTAATTAGGTCCAA
66 CCCAATAACTTGATTAAACAAATTTAATTAATTAGGTCCAA
* *
265332 TAACTTAATTATTTAATTTAATCAATAAGGCCCAATTACTCAATTAAACAATGTGATCAATTAAG
1 TAACTTAATTATTTAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTCAATTAAACAATGTAATCAATTAAG
* *
265397 CTCAATAACTTGATTAAATAAATTTAAT
66 CCCAATAACTTGATTAAACAAATTTAAT
265425 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 12, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 81 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (106 bp):
TAACTTAATTATTTAATTTAATCAATAAGGCCCAATAACTCAATTAAACAATGTAATCAATTAAG
CCCAATAACTTGATTAAACAAATTTAATTAATTAGGTCCAA
Found at i:275079 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 275072--275132 Score: 72
Period size: 4 Copynumber: 15.8 Consensus size: 4
275062 TTGCATATAT
* * * *
275072 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATCC ATAC AT-- ATAT ATAT ATAC AAAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
275118 ATAC ATAC ATAC ATA
1 ATAC ATAC ATAC ATA
275133 TATATAGTAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 4
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
4 48 0.96
ACGTcount: A:0.51, C:0.21, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (4 bp):
ATAC
Found at i:275114 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 275065--275138 Score: 103
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
275055 GCCATCTTTG
* * * *
275065 CATATATATACATACATACATACATACATC
1 CATACATATATATACATACAAACATACATA
*
275095 CATACATATATATATATACAAACATACATA
1 CATACATATATATACATACAAACATACATA
275125 CATACATATATATA
1 CATACATATATATA
275139 GTATTATAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 39 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.19, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
CATACATATATATACATACAAACATACATA
Found at i:275802 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 275777--275818 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
275767 GCCATCTTTG
* *
275777 CATATATATATACATACATACA
1 CATACATACATACATACATACA
*
275799 CATACATACATCCATACATA
1 CATACATACATACATACATA
275819 TATATATGTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 17 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.24, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
CATACATACATACATACATACA
Found at i:279064 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 279031--279074 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
279021 AAGTGATTAA
279031 TTTAAGTTATTTTA-GTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
* * *
279052 TTTATGTTGTTTTATTTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
279074 T
1 T
279075 ACTTTAAGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.63
22 7 0.37
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.09, T:0.64
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
Found at i:282729 original size:285 final size:285
Alignment explanation
Indices: 282215--282756 Score: 825
Period size: 285 Copynumber: 1.9 Consensus size: 285
282205 TTATACAAAT
* * * *
282215 TTTGTAATATATATAACATTATATCATAGAATATATGTCATTAATATATATATAATAAAGCAATA
1 TTTGTAATATATATAACATTATAACATAGAATATATGTCATTAATATATATACAACAAAGAAATA
* * * ***
282280 CAACATTATGTTTTACATTGATTATATTCATATAAGATAATTCTAATATTACTTTGAGCACGTGA
66 CAACATTATGTTTCACATTGATTATATTCATATAAGATAATTCTAATATTACTTTAAACACAAAA
* * * *
282345 TGTCATCTCTTACGATTAGTTTCATATTATAATTTTAATAATTGAAATCATGAGTGCTATTTATA
131 CGTCATCTCTTACGATTAGCTTCATATTATAATTTTAATAATTAAAATCATGAGTACTATTTATA
* * *
282410 AATATATAACTATATATGGTATACAAAGATAATAATACTTGATGTATACTAATATTAATTAATAC
196 AATATATAACCATATAAGGTATACAAAAATAATAATACTTGATGTATACTAATATTAATTAATAC
282475 AAATGAAGAAGAATTGATAGTAAAC
261 AAATGAAGAAGAATTGATAGTAAAC
* * * * *
282500 TTTGTAATATATATAACATTATAACATATAATTTTTGTCGTTAATATATATACAACAAAGAAATG
1 TTTGTAATATATATAACATTATAACATAGAATATATGTCATTAATATATATACAACAAAGAAATA
* * *
282565 TAACTTTATGTTTCACATTGATTATATTCATATCAA-ATAATTCTAATATTACTTTAAATACAAA
66 CAACATTATGTTTCACATTGATTATATTCATAT-AAGATAATTCTAATATTACTTTAAACACAAA
*
282629 ACGTCATCTTTTACGATTAGCTTCATATTATAATTTTAATAATTAAAATCATGAGTACTATTTAT
130 ACGTCATCTCTTACGATTAGCTTCATATTATAATTTTAATAATTAAAATCATGAGTACTATTTAT
*
282694 AAATATATAACCATATAAGGTCTACAAAAATAATAATACTTGATGTATACTAATATTAATTAA
195 AAATATATAACCATATAAGGTATACAAAAATAATAATACTTGATGTATACTAATATTAATTAA
282757 ATCAATTATC
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 27, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
285 227 0.99
286 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (285 bp):
TTTGTAATATATATAACATTATAACATAGAATATATGTCATTAATATATATACAACAAAGAAATA
CAACATTATGTTTCACATTGATTATATTCATATAAGATAATTCTAATATTACTTTAAACACAAAA
CGTCATCTCTTACGATTAGCTTCATATTATAATTTTAATAATTAAAATCATGAGTACTATTTATA
AATATATAACCATATAAGGTATACAAAAATAATAATACTTGATGTATACTAATATTAATTAATAC
AAATGAAGAAGAATTGATAGTAAAC
Found at i:284052 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 284022--284051 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 2.6 Consensus size: 11
284012 GTATAAAATT
284022 AATTAAAATAA
1 AATTAAAATAA
284033 AATTAAAATAA
1 AATTAAAATAA
284044 ATATTAAA
1 A-ATTAAA
284052 TTAACTAACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 12 0.67
12 6 0.33
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (11 bp):
AATTAAAATAA
Found at i:291996 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 291933--291996 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
291923 AAGCATTTTT
* *
291933 AGCAAGTATTCTTCCAAATCATTTTCA
1 AGCAAGCATTCATCCAAATCATTTTCA
* * * *
291960 AGCGATCATTCATCCAAGTCATTTTGA
1 AGCAAGCATTCATCCAAATCATTTTCA
291987 AGCAAGCATT
1 AGCAAGCATT
291997 GCAAGATATA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 8, Indels: 0
0.78 0.22 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 29 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
AGCAAGCATTCATCCAAATCATTTTCA
Found at i:294508 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 294491--294515 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
294481 ATTATACCTT
294491 TTATGCTCAAAA
1 TTATGCTCAAAA
294503 TTATGCTCAAAA
1 TTATGCTCAAAA
294515 T
1 T
294516 CATTTTTCCT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
TTATGCTCAAAA
Found at i:300077 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 300053--300138 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
300043 ATGACCAAAT
*
300053 TGACATGTCTTGTATTAAA
1 TGACATGTATTGTATTAAA
*
300072 TGACATGTATT-TCA-AAAA
1 TGACATGTATTGT-ATTAAA
* * *
300090 TGACATGTATGAGTCTT-AT
1 TGACATGTAT-TGTATTAAA
*
300109 TG-CTATGTCTTGTATTAAA
1 TGAC-ATGTATTGTATTAAA
300128 TGACATGTATT
1 TGACATGTATT
300139 TCAAAAATCA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 11, Indels: 14
0.66 0.15 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.39
19 28 0.57
20 2 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
TGACATGTATTGTATTAAA
Found at i:300186 original size:52 final size:55
Alignment explanation
Indices: 300057--300198 Score: 218
Period size: 52 Copynumber: 2.6 Consensus size: 55
300047 CCAAATTGAC
* * *
300057 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAATGACATGTATGAGTCTTATTGCT
1 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAAT-ACATGGATCAGTATTATTGCT
*
300113 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAAT-CATGGA-CATTATT-TTGCT
1 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAATACATGGATCAGTATTATTGCT
300165 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAAT
1 ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAAT
300199 TTCCATGGGA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 4, Indels: 4
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
52 39 0.48
53 4 0.05
54 5 0.06
56 34 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (55 bp):
ATGTCTTGTATTAAATGACATGTATTTCAAAAATACATGGATCAGTATTATTGCT
Found at i:307272 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 307175--307280 Score: 142
Period size: 55 Copynumber: 1.9 Consensus size: 55
307165 TAAGCTATTG
* * * * *
307175 GATAAATCAATAATCGACACCTAGAAGACAGCATGTCGATTCT-AGAAGCTTACTA
1 GATAAATCAAGAATAGACACCTAGAAGACAACATATCAATTCTGA-AAGCTTACTA
*
307230 GATAAATCAGGAATAGACACCTAGAAGACAACATATCAATTCTGAAAGCTT
1 GATAAATCAAGAATAGACACCTAGAAGACAACATATCAATTCTGAAAGCTT
307281 TAGAGAGAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
55 43 0.98
56 1 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.16, T:0.23
Consensus pattern (55 bp):
GATAAATCAAGAATAGACACCTAGAAGACAACATATCAATTCTGAAAGCTTACTA
Found at i:310561 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 310457--310622 Score: 119
Period size: 30 Copynumber: 5.6 Consensus size: 30
310447 AAGGTTCTAT
*
310457 TTGAT-CTTTAAAAAG--GCTGAGGTTATGT
1 TTGATCCTTTAAAAAGTAG-TGAGGTTATGC
* * * *
310485 TTGATCC-TTGAAAGGTAGAGAGGTTCTGC
1 TTGATCCTTTAAAAAGTAGTGAGGTTATGC
* * *
310514 TTAAGT-GTTT-AAAAGTAGTTAGGTTATGC
1 TTGA-TCCTTTAAAAAGTAGTGAGGTTATGC
** * *
310543 TTGATCCTTTGGAAAGTAGAGAGTTTATGC
1 TTGATCCTTTAAAAAGTAGTGAGGTTATGC
* * *
310573 CTGATTCTTTTAAAAAGTAGTGATGTTATGC
1 TTGA-TCCTTTAAAAAGTAGTGAGGTTATGC
*
310604 TTGATTCTTTAAAAAGTAG
1 TTGATCCTTTAAAAAGTAG
310623 GGATAATTCT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 27, Indels: 14
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.12
29 33 0.32
30 35 0.34
31 23 0.22
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
TTGATCCTTTAAAAAGTAGTGAGGTTATGC
Found at i:310591 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 310536--310622 Score: 95
Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
310526 AAGTAGTTAG
* * **
310536 GTTATGCTTGATCCTTTGGAAAGTAGAGA-
1 GTTATGCCTGATTCTTTAAAAAGTAGAGAT
*
310565 GTTTATGCCTGATTCTTTTAAAAAGTAGTGAT
1 G-TTATGCCTGATTC-TTTAAAAAGTAGAGAT
*
310597 GTTATGCTTGATTCTTTAAAAAGTAG
1 GTTATGCCTGATTCTTTAAAAAGTAG
310623 GGATAATTCT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 5
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.02
30 23 0.47
31 24 0.49
32 1 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (30 bp):
GTTATGCCTGATTCTTTAAAAAGTAGAGAT
Found at i:310790 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 310750--310795 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
310740 TAAGTGAGTC
* *
310750 ATTTTAATTTTATGTTATTT
1 ATTTTAATTTGATATTATTT
*
310770 CTTTTAATTTGATTATTATTT
1 ATTTTAATTTGA-TATTATTT
310791 ATTTT
1 ATTTT
310796 TTATATTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.48
21 11 0.52
ACGTcount: A:0.24, C:0.02, G:0.04, T:0.70
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTAATTTGATATTATTT
Found at i:312129 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 312033--312120 Score: 131
Period size: 37 Copynumber: 2.4 Consensus size: 37
312023 TAACTGACAG
*
312033 GATTATGCTTAATCCATGAAAAGTAGCGGTTTCTAAA
1 GATTATGCTTAATCCATGAAAAATAGCGGTTTCTAAA
* * * *
312070 GGTTATACTTAATCCATGAAAAATAGTGGTTTGTAAA
1 GATTATGCTTAATCCATGAAAAATAGCGGTTTCTAAA
312107 GATTATGCTTAATC
1 GATTATGCTTAATC
312121 TTGCAAAAAG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 44 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (37 bp):
GATTATGCTTAATCCATGAAAAATAGCGGTTTCTAAA
Found at i:312756 original size:22 final size:19
Alignment explanation
Indices: 312697--312745 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
312687 GTGATAGGTG
*
312697 AAAATAATATTTTA-AAAT
1 AAAATAATATTTTATTAAT
*
312715 AAAATATTATTTTATTAAT
1 AAAATAATATTTTATTAAT
312734 AAAATAATATTT
1 AAAATAATATTT
312746 AAATATTAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.48
19 14 0.52
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATATTTTATTAAT
Found at i:313643 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 313619--313672 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
313609 CTTGGAAGCA
*
313619 AAAAGAAAAAGGAAAAGGAAG
1 AAAAGAAAAAGGAAAAGAAAG
*
313640 AAAAGAAAAAGGATAAGAAAG
1 AAAAGAAAAAGGAAAAGAAAG
*
313661 AAAGGAGAAAAG
1 AAAAGA-AAAAG
313673 CAATAAGTGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 24 0.83
22 5 0.17
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.28, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGAAAAAGGAAAAGAAAG
Found at i:316397 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 316369--316421 Score: 79
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
316359 ATATATGTAT
316369 GTGGCAAGGCCACAAGATGATATAC
1 GTGGCAAGGCCACAAGATGATATAC
* * *
316394 GTGGCTAGGCCACAAGTTGTTATAC
1 GTGGCAAGGCCACAAGATGATATAC
316419 GTG
1 GTG
316422 ATTGGGACCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (25 bp):
GTGGCAAGGCCACAAGATGATATAC
Found at i:327563 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 327522--327563 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
327512 TGCTAATTTT
*
327522 TTTATTGTATTATATTTTAA
1 TTTATTGTATTATATTTCAA
327542 TTTATTG-ATTAT-TTTCATA
1 TTTATTGTATTATATTTCA-A
327561 TTT
1 TTT
327564 GAGCATGAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.20
19 9 0.45
20 7 0.35
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.05, T:0.67
Consensus pattern (20 bp):
TTTATTGTATTATATTTCAA
Found at i:329813 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 329736--329819 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
329726 CTTAAAATTC
* *
329736 TTTTTAATTTAATTAATTAAAATCAAATTAATA
1 TTTTT-ATTT-ATTAATTATAATTAAATTAATA
*
329769 TTTTTATCTA-TAATTATAATTAAA-TAATA
1 TTTTTATTTATTAATTATAATTAAATTAATA
329798 -TTTTATTTATTTAATTATAATT
1 TTTTTATTTA-TTAATTATAATT
329820 CCAAGTCCAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 7
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 8 0.18
29 5 0.11
30 23 0.51
31 1 0.02
32 3 0.07
33 5 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTATTTATTAATTATAATTAAATTAATA
Found at i:331914 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 331879--331950 Score: 108
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
331869 TACATTCAAT
* * *
331879 TAAACCTTTATACTTTTATTTTGAGCCAAA
1 TAAACCCTTATACTTTTATTTTCAACCAAA
*
331909 TAAACCCTTATACTTTTATTTTCAATCAAA
1 TAAACCCTTATACTTTTATTTTCAACCAAA
331939 TAAACCCTTATA
1 TAAACCCTTATA
331951 ATTAAATATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 38 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
TAAACCCTTATACTTTTATTTTCAACCAAA
Found at i:333914 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 333897--333921 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
333887 GCATTGTTGT
333897 ACCCTTTAGGGA
1 ACCCTTTAGGGA
333909 ACCCTTTAGGGA
1 ACCCTTTAGGGA
333921 A
1 A
333922 TGTATATATA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (12 bp):
ACCCTTTAGGGA
Found at i:335384 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 335354--335442 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 28
335344 GAATATATTT
335354 ATATTTTTTATTATTAATTTTT-ATATA
1 ATATTTTTTATTATTAATTTTTAATATA
* *
335381 ATATTATTTT-TTAAATATATTTTTAATATC
1 ATATT-TTTTATT-ATTA-ATTTTTAATATA
* * **
335411 ATATATTTTATT-TTTATTTTTGTTATA
1 ATATTTTTTATTATTAATTTTTAATATA
335438 ATATT
1 ATATT
335443 ATATATCTTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 10
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.42
28 8 0.17
29 10 0.21
30 10 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.01, G:0.01, T:0.65
Consensus pattern (28 bp):
ATATTTTTTATTATTAATTTTTAATATA
Found at i:335391 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 335353--335419 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 4.5 Consensus size: 15
335343 GGAATATATT
*
335353 TATATTTTT-TATTA
1 TATATTTTTATATAA
335367 T-TAATTTTTATATAA
1 TAT-ATTTTTATATAA
335382 TATTATTTTT-TA-AA
1 TA-TATTTTTATATAA
*
335396 TATATTTTTAATATCA
1 TATATTTTT-ATATAA
335412 TATATTTT
1 TATATTTT
335420 ATTTTTATTT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 12
0.76 0.03 0.21
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.18
14 11 0.25
15 9 0.20
16 15 0.34
17 1 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (15 bp):
TATATTTTTATATAA
Found at i:335509 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 335504--335567 Score: 53
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
335494 TTTAAATTTC
* * *
335504 TTTTATCTATATTATATAAATTTTAA
1 TTTTATATATTTTATTTAAATTTTAA
* *
335530 TTTTTTATATTTTATTT-TATTTTAA
1 TTTTATATATTTTATTTAAATTTTAA
*
335555 CTTTA-AT-TTTTAT
1 TTTTATATATTTTAT
335568 GTTATATATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 7, Indels: 3
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.19
24 2 0.06
25 10 0.32
26 13 0.42
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATATATTTTATTTAAATTTTAA
Found at i:335544 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 335475--335544 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
335465 TAATATAACT
* *
335475 ATTTATATTATATATTTTATTTAA
1 ATTTATTTTATATATTTTATATAA
* * *
335499 ATTTCTTTTATCTATATTATATAA
1 ATTTATTTTATATATTTTATATAA
*
335523 ATTTTAATTTTTTATATTTTAT
1 A-TTT-ATTTTATATATTTTAT
335545 TTTATTTTAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 9, Indels: 2
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 20 0.57
25 3 0.09
26 12 0.34
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (24 bp):
ATTTATTTTATATATTTTATATAA
Found at i:340449 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 340408--340453 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
340398 TTTCCTTAGG
340408 TCTAAAAAAGAAAACTAT
1 TCTAAAAAAGAAAACTAT
* *
340426 CCTAAAAATGAAAA-T-T
1 TCTAAAAAAGAAAACTAT
340442 TCT-AAAAAGAAA
1 TCTAAAAAAGAAA
340454 CTTGCTTCTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 3
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.33
16 3 0.12
17 1 0.04
18 12 0.50
ACGTcount: A:0.61, C:0.11, G:0.07, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
TCTAAAAAAGAAAACTAT
Found at i:340894 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 340870--340908 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
340860 GCCAGAGGGA
340870 AATTTTAAAATAAAATAAT
1 AATTTTAAAATAAAATAAT
* *
340889 AATTTTTAGATAAAATAAT
1 AATTTTAAAATAAAATAAT
340908 A
1 A
340909 TTAAAATAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AATTTTAAAATAAAATAAT
Found at i:341320 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 341285--341344 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
341275 TTAGCAATTT
*
341285 ATGAAAAGTTT-GAAGGATCAAATTATAAAAG
1 ATGAAAAGTTTAG-AGGATCAAATGATAAAAG
*
341316 ATGAAAAGTTTAGAGGGTCAAATGATAAA
1 ATGAAAAGTTTAGAGGATCAAATGATAAA
341345 TAAAAAAAAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.96
32 1 0.04
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (31 bp):
ATGAAAAGTTTAGAGGATCAAATGATAAAAG
Found at i:342154 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 342129--342169 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
342119 AAAAAAGGGA
*
342129 AGAAAGGAGAAAGAAGAAAAG
1 AGAAAGGAGAAAGAAAAAAAG
*
342150 AGAAATGAGAAAGAAAAAAA
1 AGAAAGGAGAAAGAAAAAAA
342170 AGCTTGGGGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.27, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
AGAAAGGAGAAAGAAAAAAAG
Found at i:345725 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 345700--345743 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
345690 AAGTGATTAA
345700 TTTAAGTTATTTTA-GTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
*
345721 TTTAAGTTATTTTATTTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
345743 T
1 T
345744 ACTTTAAGAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.67
22 7 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.07, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
Found at i:347922 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 347883--347980 Score: 108
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
347873 GGTAGGACAT
* * *
347883 CCCACATCTGGCTCTTATCATGTGTGGAAT-GCTGC
1 CCCACATCTGGCCCTTATCACGTGTGGAATAAC-GC
* * *
347918 CCCACATCTAGCCCTTGTCACGTGTGGTATAACGC
1 CCCACATCTGGCCCTTATCACGTGTGGAATAACGC
*
347953 CCCACATCTGGCCCTTATACTCGTGTGG
1 CCCACATCTGGCCCTTAT-CACGTGTGG
347981 TATGACGACT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 9, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 43 0.83
36 9 0.17
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
CCCACATCTGGCCCTTATCACGTGTGGAATAACGC
Found at i:347995 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 347883--348006 Score: 106
Period size: 35 Copynumber: 3.5 Consensus size: 35
347873 GGTAGGACAT
* * * * * *
347883 CCCACATCTGGCTCTTATCATGTGTGGAAT-GCTGC
1 CCCACATCTAGCCCTTATCACGTGTGGTATAAC-GA
* *
347918 CCCACATCTAGCCCTTGTCACGTGTGGTATAACGC
1 CCCACATCTAGCCCTTATCACGTGTGGTATAACGA
* * *
347953 CCCACATCTGGCCCTTATACTCGTGTGGTATGACGA
1 CCCACATCTAGCCCTTAT-CACGTGTGGTATAACGA
* *
347989 CTCACATCTAGCCTTTAT
1 CCCACATCTAGCCCTTAT
348007 GCATTTATGG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 14, Indels: 3
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 43 0.59
36 30 0.41
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
CCCACATCTAGCCCTTATCACGTGTGGTATAACGA
Found at i:349280 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 349255--349302 Score: 87
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
349245 GCTATCTATC
349255 GATAGATATGTCCATATATT
1 GATAGATATGTCCATATATT
*
349275 GATAGATATGTCCTTATATT
1 GATAGATATGTCCATATATT
349295 GATAGATA
1 GATAGATA
349303 GGTCAAATCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 27 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
GATAGATATGTCCATATATT
Found at i:349861 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 349838--349874 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
349828 GTTTAGAAAA
349838 TTTCTTTTGTAGA-ATAGT
1 TTTCTTTTGTAGATATAGT
*
349856 TTTCTTTTTTAGATATAGT
1 TTTCTTTTGTAGATATAGT
349875 AGAATTGAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.71
19 5 0.29
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.14, T:0.59
Consensus pattern (19 bp):
TTTCTTTTGTAGATATAGT
Found at i:350176 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 350153--350197 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
350143 GCTAAGGGGA
350153 AAAGAAAAAATGAGGAAG
1 AAAGAAAAAATGAGGAAG
*
350171 AAAGAAAAAATGATGAAG
1 AAAGAAAAAATGAGGAAG
350189 AAA-AAAAAA
1 AAAGAAAAAA
350198 GCCATGTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.23
18 20 0.77
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.20, T:0.07
Consensus pattern (18 bp):
AAAGAAAAAATGAGGAAG
Found at i:352761 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 352742--352777 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
352732 CAGAATAGTT
352742 TCTTGCTGCCTCC
1 TCTTGCTGCCTCC
352755 T-TTGCTGCCT-C
1 TCTTGCTGCCTCC
352766 TCTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTC
352778 AAAAATCTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.10
12 18 0.86
13 1 0.05
ACGTcount: A:0.00, C:0.42, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (13 bp):
TCTTGCTGCCTCC
Found at i:353455 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 353420--353463 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
353410 CTCTTAAAGT
353420 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
1 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
* *
353442 AATTT-AACTAAAATAACTTAA
1 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
353463 A
1 A
353464 TTAATCACTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.75
22 5 0.25
ACGTcount: A:0.61, C:0.09, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
AATTTAAAATAAAATAACCTAA
Found at i:355959 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 355907--355960 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
355897 ATTGACAAAG
* *
355907 AATTGGAAAAGAGTTATAGCAC
1 AATTAGAATAGAGTTATAGCAC
355929 AATTAGAATAGAGTTATAGCAC
1 AATTAGAATAGAGTTATAGCAC
355951 AATTAGAATA
1 AATTAGAATA
355961 TGCAAGTGTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
AATTAGAATAGAGTTATAGCAC
Found at i:358457 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 358424--358474 Score: 93
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
358414 TGAATTTTTT
358424 ATATTAAATAGCCTCATTCTAGA
1 ATATTAAATAGCCTCATTCTAGA
358447 ATATTCAAATAGCCTCATTCTAGA
1 ATATT-AAATAGCCTCATTCTAGA
358471 ATAT
1 ATAT
358475 CCAGTGTGAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.19
24 22 0.81
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
ATATTAAATAGCCTCATTCTAGA
Found at i:361556 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 361531--361564 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8
361521 TTTTTAAAAA
361531 ATAATATT
1 ATAATATT
361539 ATATATATT
1 ATA-ATATT
361548 ATAATATT
1 ATAATATT
*
361556 AAAATATT
1 ATAATATT
361564 A
1 A
361565 ATATTTTATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.67
9 8 0.33
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (8 bp):
ATAATATT
Found at i:361568 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 361524--361603 Score: 85
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
361514 AAGAATATTT
*
361524 TTAAAAAATAATATTATATATATTA-TAATA
1 TTAAAAAATAATATTATATATATTATTAAAA
* * *
361554 TTAAAATATTAATATTTTATTTATTATTAAAA
1 TTAAAA-AATAATATTATATATATTATTAAAA
361586 TTAATAAAA-AA-ATTATAT
1 TTAA-AAAATAATATTATAT
361604 GATTAATTTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 6
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 12 0.29
31 18 0.44
32 9 0.22
33 2 0.05
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
TTAAAAAATAATATTATATATATTATTAAAA
Found at i:361577 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 361519--361592 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
361509 GCGTAAAGAA
*
361519 TATTTTTAAAA-AATAATATTATATATAT
1 TATTATTAAAATAATAATATTATATATAT
*
361547 TATAATATTAAAATATTAATATT-T-TAT-T
1 TAT--TATTAAAATAATAATATTATATATAT
361575 TATTATTAAAATTAATAA
1 TATTATTAAAA-TAATAA
361593 AAAAATTATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 9
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.21
27 5 0.13
28 7 0.18
29 3 0.08
30 8 0.21
31 8 0.21
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (29 bp):
TATTATTAAAATAATAATATTATATATAT
Found at i:361854 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 361728--361952 Score: 368
Period size: 73 Copynumber: 3.0 Consensus size: 76
361718 TAGTGATATC
* * *
361728 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATCTATATACGTGTAAAGATAGAAAAATAGAAAAAATTT
1 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTGTAAAGGTAGAAAAATAGAAAAAATTT
361793 GAAATTAAGAA
66 GAAATTAAGAA
*
361804 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTATAAAGGTAGAAAAATA-AAAAATATT
1 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTGTAAAGGTAGAAAAATAGAAAAA-ATT
361868 TGAAATT---AA
65 TGAAATTAAGAA
361877 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTGTAAAGGTAGAAAAATAGAAAAAATTT
1 GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTGTAAAGGTAGAAAAATAGAAAAAATTT
*
361942 AAAATTAAGAA
66 GAAATTAAGAA
361953 ATGGTGAAAG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 6, Indels: 10
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 65 0.47
74 5 0.04
75 5 0.04
76 63 0.46
ACGTcount: A:0.50, C:0.01, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (76 bp):
GTGATAAAATGTAAATTTTATATTTTATTTATATATGTGTAAAGGTAGAAAAATAGAAAAAATTT
GAAATTAAGAA
Found at i:362183 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 362154--362191 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
362144 GTGAGGGACA
362154 TAAAAGAAAAGAAAGAATTG
1 TAAAAGAAAAGAAAGAATTG
*
362174 TAAAATAAAAGAAAGAAT
1 TAAAAGAAAAGAAAGAAT
362192 AAGATTAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.16, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAGAAAAGAAAGAATTG
Found at i:369356 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 369320--369360 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
369310 TTTCCTTAAT
369320 AATTCACTTGATTCAAATCAC
1 AATTCACTTGATTCAAATCAC
369341 AATTCACTT-A-TCAAATCAC
1 AATTCACTTGATTCAAATCAC
369360 A
1 A
369361 TATCATTTCC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.50
20 1 0.05
21 9 0.45
ACGTcount: A:0.41, C:0.24, G:0.02, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
AATTCACTTGATTCAAATCAC
Found at i:370950 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 370912--370966 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
370902 TCGTCTATGG
*
370912 AATTGAAGTAATTAATTTAA
1 AATTGAAATAATTAATTTAA
*
370932 AATTGAATATAATTCATTT-A
1 AATTGAA-ATAATTAATTTAA
*
370952 AATT-AATTAATTAAT
1 AATTGAAATAATTAAT
370967 AATATTATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 4
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.23
19 2 0.07
20 12 0.40
21 9 0.30
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
AATTGAAATAATTAATTTAA
Found at i:386141 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 386082--386162 Score: 137
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
386072 CCACATCAAG
386082 TATGAATCATAGGATACTTTATTTTTCACTACTTGGTA
1 TATGAATCATAGGATACTTTATTTTTCACTACTTGGTA
*
386120 TATGAATCATATGATGA-TTTATTTTTCACTACTTGGTA
1 TATGAATCATAGGAT-ACTTTATTTTTCACTACTTGGTA
386158 TATGA
1 TATGA
386163 TACCTTACTC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
38 40 0.98
39 1 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.14, T:0.46
Consensus pattern (38 bp):
TATGAATCATAGGATACTTTATTTTTCACTACTTGGTA
Found at i:394145 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 394109--394146 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
394099 CTATAGGGGA
* *
394109 AAATGTATCGATTCATTCCT
1 AAATGTATCCATACATTCCT
394129 AAATGTATCCATACATTC
1 AAATGTATCCATACATTC
394147 TTGGCAGGAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
AAATGTATCCATACATTCCT
Found at i:413500 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 413381--413595 Score: 241
Period size: 68 Copynumber: 3.2 Consensus size: 68
413371 CTACTCAGCA
* * * * * *
413381 CATAAAGTATATGGAAAATACATCATATACATAATCTCATGGCATTCATCATGCTTTCTTAATCA
1 CATATAGTATAAGGAATATACATCATATACATAATCTCATGGTATTCATCATGCATACTTAATCA
413446 TCT
66 TCT
* * * * * *
413449 TATGTAGTATAAGGAATATATATCATATTCATAATCTCATGGTATTTATCATGCATACTTAACCA
1 CATATAGTATAAGGAATATACATCATATACATAATCTCATGGTATTCATCATGCATACTTAATCA
*
413514 CCT
66 TCT
* * * * * *
413517 CATATGGTATAAGGAATTTACATCATATACACAATCTTATAGTATACATCATGCATACTTAATCA
1 CATATAGTATAAGGAATATACATCATATACATAATCTCATGGTATTCATCATGCATACTTAATCA
413582 TCT
66 TCT
* *
413585 GATATGGTATA
1 CATATAGTATA
413596 TGAAACTTAC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 27, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 120 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (68 bp):
CATATAGTATAAGGAATATACATCATATACATAATCTCATGGTATTCATCATGCATACTTAATCA
TCT
Done.