Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397523.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2567.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10238
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.12, T:0.31
Warning! 1595 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1903 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1550--1963 Score: 386
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
1540 NNNNNNNAAG
*
1550 GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTTAATGAATGACTTTTTTTACACAT
1 GCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCTTAATGAATGACTTTTTTTACACAT
* * * * * * *
1615 TTCTGAGGGCATGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATAAAACATTTAACTTAAAAT
65 TTCTAAGGGCATACAATCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAAT
* * ***
1680 CAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATNNN
130 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAA
******* * * **
1720 NNNNNNNAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-TAATGAATGCCTTTTTTT-GATG
1 GCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTT-TTGCTTAATGAATGACTTTTTTTACACA
* * * * * **
1783 TTTCTTAATGTCA-ACAATCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTATTTTAA
64 TTTC-TAAGGGCATACAATCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTAACTTAA
* *
1847 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTACAGTGAGTAATAAA
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * * * *
1890 GCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAATTGGA-TTTGTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTACACA
1 GCTTTTAAAGGAA-TGGTGACTATAAATAGACTTT-TTTGCTTAATGAATGACTTTTTTTACACA
1954 TTTCTCAAGG
64 TTTCT-AAGG
1964 CAAGCATTCG
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 50, Indels: 17
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.22
170 131 0.71
171 14 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCTTAATGAATGACTTTTTTTACACATT
TCTAAGGGCATACAATCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAA
Found at i:3451 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3056--3757 Score: 505
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
3046 NNNNNNNNNN
*
3056 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAC-CAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTACTCAAT
* ** * * * *
3120 AAATGTGTTTGTTTCATGTTTCTC-AAGGTA-ACATTCAATTATTGTTTATTTTAACCAAAAATG
64 GAATGCATTT-TTTCATGTTTCTCAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
*
3183 TAAAATAAA-TTAACTTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACA
128 TAAAA-AAATTTAA-TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
*********** * *
3225 ATTTAAAGCGNNNNNNNNNNTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTACTCAAT
* * * * *
3289 GAAAAGCATTTTTTACACGTTTCTCAAAGG-AGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
64 G-AATGCATTTTTT-CATGTTTCTCAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
3353 GTAAAAAAATTTAATTTAAAATGAATTTTGAGATTAT-AAACA
127 GTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
*
3395 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCT-AAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAAT-GGCTTTTCTTACTCAAT
* * * ********** * *
3459 GAATGCCTTTTTTCATGTTTCTCAAA-GTAAACATTNNNNNNNNNNCTGTTTTGACCCAAAATGT
64 GAATGCATTTTTTCATGTTTCTCAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
3523 AAAACAATTTATTTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATA
129 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* ** * ********* * *
3564 ATTTACAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGNNNNNNNNNNATAGACTTTT-TTCCTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAAT-GGCTTTTCTTACTCAAT
* * * *
3628 GAATG-ACTTTTTTACATATTTCT-GAAGGCAGGA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAG
64 GAATGCA-TTTTTT-CATGTTTCTCAAAGGCA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* * * *
3690 TGTAAAAAAATTTCACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACA
126 TGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
*
3734 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
3758 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 112, Indels: 35
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 68 0.17
169 120 0.30
170 153 0.38
171 61 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACTCAATGA
ATGCATTTTTTCATGTTTCTCAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
AAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
Found at i:4946 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4728--5396 Score: 541
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
4718 NNNNNNNNNN
* *
4728 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAGTGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTCTCAA
1 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-T-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAA
* * * * ***
4792 TGAAT-AGCTTTTTTTGCACGTTTTTCACTGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAANNNN
64 TGAATGA-CTTTTTTTGCAC-ATTTTCACGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA-TAA
****** *
4856 NNNNNNAAA-ATTCAACTTAAAATCCATTATGAGA-TATAAAAC
126 ATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
4898 AATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAAT
1 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAAT
* * * *
4963 GAATGACTTTTTTTACACATTTTGAGGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGATAAATAT
65 GAATGACTTTTTTTGCACATTTTCACGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAATAAATAT
* * * * *
5028 AAAAACATTTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATCAAAT
130 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
5068 AATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCCTGCT-AA
1 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTT-CTTCTCAA
* ** * * * * *
5132 TGAATGCCTTTTTTTG-ATGTTTCTCAATGTCA-ACAATCAATTATTGTCTATTTTAACTAA-AA
64 TGAATGACTTTTTTTGCACATTT-TC-ACGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AATAA
********** *
5194 ATATAAAAACANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAAT
126 ATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
5238 AATTTACAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTAT-AATTGAATTTTTTTCTCAAT
1 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAAT
* * * * * * *
5302 GAATAATTTTTTTTACACATTTCTCAAGGCA-AGCATTCGAGTATAGTCT-TTTTAACTATAAAT
65 GAATGACTTTTTTTGCACATTT-TCACGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAATAAAT
* * * *
5365 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAG
128 ATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
5397 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 93, Indels: 29
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 117 0.30
170 254 0.65
171 14 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATG
AATGACTTTTTTTGCACATTTTCACGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAATAAATATA
AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
Found at i:6209 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5541--6941 Score: 1210
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
5531 TTATGAGATT
* * ** * *
5541 ATAAGGCTTTTGACGAAATGACTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAATGAAT-GATTTTTTT
* * * * * * *
5605 GCACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
64 ACACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
* * *
5670 TAAAAATCAATTGTGAGA-TATAAAACAATTTATAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AATGAGTA
* * *
5711 ATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-TTTTTTTA
* * * * ********** *
5776 TAGATTTCTAAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAACATTTAACT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* *
5841 TAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACAATTTAAA-GCTAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATG--AGTA
* * ********* * **
5882 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCT-AATGAATGCCTTTTTT-
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTA
** ** * * * * **
5945 CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAAAATTATT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTTAAC
6010 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AATGAGTA
6052 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTCTCAATGAATGATATTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAT-TTTTTTA
* * *
6116 CACATTTCTAAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTTAACT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
*
6180 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA-ATGAGTA
*
6221 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAAT-AGTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-TTTTTTTA
* * * * * * *
6285 CACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * *
6349 TAAAATGAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-TGAGTA
* * * *
6390 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATAAATG-TCTTTGTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGAT-TTT-TT
** * * * *
6453 T-CATGTTTCTCAAGGTA-ACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTTA
63 TACACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTTA
* *
6516 ACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-TGAGTA
* * * * *
6560 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-GATTTTTTTA
** ********** * * *
6625 CATGTTTCTCAAGGTAGGCNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * *
6690 TAAAATGAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AATGAGTA
**********
6730 ATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATG-ATTTTTTTA
* * * * ***********
6795 CACATTTCTGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATNNNNNNNNNNAAATTTAACT
65 CACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * *
6860 TAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACACTTTAAAGAGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-TGAGTA
* * * *
6901 AAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
6942 CTTGCCAATA
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 229, Indels: 63
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 31 0.03
169 299 0.31
170 424 0.44
171 186 0.19
172 30 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTAC
ACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATGAGTA
Found at i:6239 original size:339 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5541--7004 Score: 1320
Period size: 339 Copynumber: 4.3 Consensus size: 339
5531 TTATGAGATT
* * ** *
5541 ATAAGGCTTTTGACGAAATGACTGACTATAAATGGATTTTTCTTCC-CAATGAATAGCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCCTCAATGAATAGCTTTTTTT
* ** * *
5605 GCACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAA
65 ACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAAGTA-AAAAAAATTCAA
* * * *
5669 CTAAAAATCAATTGTGAGA-TATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGG
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * *
5733 TGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTATAGATTTCTAAAGGCAGGCATT
193 TGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGA-TTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCATT
********* * * *
5798 CAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTA
257 CAATTATAGTCTGTTTTAAC-TAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
5863 AAACAATTTAAAGCT-AGTA
321 AAACAATTTAAAG-TGAGTA
* * ********* * *
5882 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCT-AATGAAT-GCCTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTT
* *
5945 -CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAAAATT-A
65 ACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAA-GT-AAAAAAAATTCA
** *
6008 TTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
*
6073 GTGACTATAAATGGA-TTTTTTTCTCAATGAATGATATTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCAT
192 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGAT-TTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCAT
*
6137 TTAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
256 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
6201 AAAACAATTTAATGTGAGTA
320 AAAACAATTTAAAGTGAGTA
6221 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAG-TTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
* * * * * *
6285 CACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTCTTTTTAACCATAAATGT-AAAAAAATTCAACT
66 CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTAACCA-AAAAGTAAAAAAAATTCAACT
* * * * *
6349 TAAAATGAATTTTGGGATTATAAAACAATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGT
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT
* ** * *
6413 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATAAATG-TCTTTGTTT-CATGTTTCTCAAGGTA-ACAT
194 GACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATAAATGAT-TTT-TTTACACATTTCTAAAGGTAGGCAT
* * *
6474 TCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTA
256 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
6539 TAAAACAATTTAAAGCGAGTA
319 TAAAACAATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
6560 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
* ** ********** ** *
6625 CATGTTTCTCAAGGTAGGCNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAACAATTCAAC
66 CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAAATTCAAC
* * * *******
6689 TTAAAATGAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNN
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT
*** * * * *
6753 NNNTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGAAGGCAAGCATTC
194 GACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATG-ATTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCATTC
* ********** * *
6818 AATTATAGTCTGTTTTAACCATNNNNNNNNNNAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
258 AATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
6883 AACACTTTAAAGAGAGTA
322 AACAATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * **
6901 AAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATAAAT-GTCTTTGCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCCTCAATGAATAG-CTTTTTT
* *
6964 T-CATGTTTCT-AAGGGT-AACATTCAATTATTGTCTATTTTAA
64 TACACGTTTCTCAA-GGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTTTAA
7005 ATCAATTATG
Statistics
Matches: 909, Mismatches: 180, Indels: 70
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 37 0.04
338 100 0.11
339 267 0.29
340 228 0.25
341 247 0.27
342 30 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
CTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGATTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
ATTTAAAGTGAGTA
Found at i:6244 original size:799 final size:798
Alignment explanation
Indices: 4743--6261 Score: 1768
Period size: 799 Copynumber: 1.9 Consensus size: 798
4733 AAAGCGAGTA
* ** *
4743 ATAAGGCTTTTGAAGAAGTGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGACTGACAATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTTTG
* ** * * * **********
4808 CACGTTTTTCACTGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAANNNNNNNNNNAAAATTCAACT
66 CACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
4873 TAAAATCCATTATGAGATATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGA
131 AAAAATCAATTATGAGATATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAACGCTTTTAAAGGAATAGGTGA
* * *
4938 CTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTTTACACATTTTGAGGGCAGACATTCAAT
196 CTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTACACATTTTAAAGGCAGACATTCAAT
* * *
5003 TATAGTCTGTTTTAACGATAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATCAAAT
261 TATAGTCTGTTTTAACGATAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
*
5068 AATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAAT
326 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAAT
* * * *
5133 GAATGCCTTTTTTTGATGTTTCTCAATGTCAACAATCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATAT
391 GAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATAT
* ********** * *
5198 AAAAACANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTACAGTGAGTAATAAAGCTTT
456 AAAAAAAATTATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTACAATGAGTAATAAAGCTTT
* * *
5263 TAAAGGAATAGGTGACTATAATTGAATTTTTTTCTCAATGAATAATTTTTTTTACACATTTCTCA
521 TAAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTTTTTTCTCAATGAATAATATTTTTTACACATTTCTAA
* * *
5328 AGGCAAGCATTCGAGTATAGTCTTTTTAACTATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTT
586 AGGCAAGCATTCAAGTATAGTCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
*******************************
5393 TGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
651 TGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
5458 CTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTGCTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTATCTATTT
716 CTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTGCTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTATCTATTT
5523 TAAATCAATTATGAGATT
781 TAAATCAATTATGAGATT
* * * *
5541 ATAAGGCTTTTGACGAAATGACTGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGACTGACAATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTTTG
5606 CACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
66 CACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
5671 AAAAATCAATTGTGAGATATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
131 AAAAATCAATTATGAGATATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAACGCTTTTAAAGGAATAGGTGA
* * * *
5736 CTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTATAGATTTCTAAAGGCAGGCATTCAA
196 CTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTACACATTT-TAAAGGCAGACATTCAA
********** *
5801 TTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAA
260 TTATAGTCTGTTTTAACGATAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* ***********
5866 CAATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCTAA
325 CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAA
* *
5931 TGAATGCC-TTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAACG
390 TGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAA--
* *
5995 TA-AAAAAAAATTATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTATAATGAGTAATAAGGC
453 TATAAAAAAAATTATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTACAATGAGTAATAAAGC
* * * *
6059 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTCTCAATGAATGATATTTTTTACACATTTC
518 TTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTTTTTTCTCAATGAATAATATTTTTTACACATTTC
* * * * * *
6124 TAAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATC
583 TAAAGGCAAGCATTCAAGTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATA
*
6187 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
646 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
*
6252 ATGGACTTTT
711 ATAGACTTTT
6262 TTCCTCAATG
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 133, Indels: 9
0.80 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
798 257 0.44
799 313 0.54
800 13 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (798 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGAAATGACTGACAATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTTTG
CACGTTTCTCAAGGTAGCCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
AAAAATCAATTATGAGATATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAACGCTTTTAAAGGAATAGGTGA
CTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATAAATGACTTTTTTTACACATTTTAAAGGCAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACGATAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAAT
GAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAAATTATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTACAATGAGTAATAAAGCTTT
TAAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTTTTTTCTCAATGAATAATATTTTTTACACATTTCTAA
AGGCAAGCATTCAAGTATAGTCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
TGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTGCTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTATCTATTT
TAAATCAATTATGAGATT
Found at i:7343 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7020--10238 Score: 1841
Period size: 170 Copynumber: 19.0 Consensus size: 170
7010 TTATGAGATT
* * * * *
7020 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAAT-AGCTTGTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTT-TTTT
* * **
7084 GCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTAG-TTGCACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
64 ACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * *
7148 CTAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * *
7190 ATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATGACTTTTTTAC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTTAC
* * * * * * *
7255 A-GACTTATGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAACTT-AAC
66 ACG-TTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCAAC
* * *
7318 TTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
*********** * * * *
7360 ANNNNNNNNNNAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAAATGAATGCCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATGACTTTTTTA
* * * * * **
7424 CATGTCTCTCAAGGTAAGCATACAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCATT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
7487 TTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTACAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * *
7529 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-TTTGTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTN
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTCTCAATGAATGACTTTTTT-
********* * * * *
7593 NNNNNNNNNTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAGAAATTCAA
64 ACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAA
7657 -TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
128 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTA
* ** **
7700 ATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTT-TTCCTCAATGAATGGTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTTA
* * * * * *
7764 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCGA-TATAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAA-T
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
7826 TCAAAATAAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
130 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * * *
7868 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAACCTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATAAATGTCTTTGT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-A-CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTT-T
* * * * * * * *
7932 TT-CATGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTTTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAATTT
62 TTACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTC
* * *
7995 AACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
** * * * *
8040 ATAAGATTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAACATTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGAC-TTTTTTA
* * ********
8105 CACGTTTCTCAAGGTAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACAANNNNNNNNNNAAAAAATTCAA
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA--AAAATATAAAAAAATTCAA
* * *
8170 CTTAAAATCAATGATGAGATT-T-----GA--T--AGTGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** *
8203 ATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATGAC-TTTTTT
* * * * ** * * * *
8268 GCACATTTATGAAGGTAAAAATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATT-AA
64 ACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA
* * *
8332 CTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTG
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * * * **********
8375 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATNNNNNNNNNN
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTTA
*** * * * * * * *
8439 NNTGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATCCCACT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
8504 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT-------G-A
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * **
8537 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTCCTCAATGAATGGTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTTA
* * * * * * * *
8601 CACATTTCTCATGGCAAGCAGTCGATTATAGT-T-TTTCTAATC-ATAAATGTAAAACAATTCAA
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT-TAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * *
8663 CTTAAAATAAATT-TTAGGATTATAAAACAATTTAAAGC-ATGCA
128 CTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTA
* * ********
8706 AAAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT-AANNNNNNNNNNT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAA--TGACTTTTT
* * * * * *
8769 T-CATGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTTA
63 TACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCA
* ** * *
8832 GCTTTGAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* ** * * *
8876 ATAAGGTTTTTGAAAAAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-AGCTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTTTTTTA
* * * * **********
8940 TACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAATATNNNNNNNNNNAACT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
*
9005 TAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACAATTTATAA-TGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AAGCGAGTA
* * * **********
9045 ATAAGGCTTATGACGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATGACTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGAC-TTTTTTA
* * * * * * * * * * * * *
9110 CACATTTTTGAAAGCAGGCTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACC
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* **********
9175 TAAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * * ** *
9216 ATAAAGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATATACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTT-
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTTA
* * * * * * *
9279 CATGTTTCTCAAGGTAACCATTCAATTATTGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
9344 CAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** * * *
9385 ATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTTTTTTA
* * * * ********** *
9450 CACATTTTTGAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAACAATTCAACT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
9515 TAAAATCAATTATGTGATTATAAAACGATTTGAAGTGACTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** * *
9556 ATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAGTGGACTTTT-TTCCTCAATGAATGGTCTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-GACTTTTTT
* ** * * ********** * *
9620 AGATATTTCTCAAGGCAAGCATTCGA-TATAGTCT-NNNNNNNNNNAAATGTAAAACAATTCAAC
64 ACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
9683 TTAAAATAAATTTTCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
** * ********* * *
9725 ATAATACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNC-CAATAAATGTCTTTGTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTT-TTT
* * * * * * * *
9789 -CATGTTTCTGAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGC
64 ACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
9852 TTTATATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAATGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* ** * * *
9894 ATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-AGCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTTTTTTA
* * * * * **********
9958 CAAGTTTCTCAAGATAGGTATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACT
65 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
10023 TAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAA-TGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AAGCGAGTA
* ********** *
10063 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCTCAATGAATGATTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTTTTTTA
* * * * * * * * *
10128 CACATTTTTGAAGG-CAGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACCATAAATATAAAATAATTTAAC
65 CACGTTTCTCAAGGTAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
10192 CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
10234 ATAAG
1 ATAAG
Statistics
Matches: 2252, Mismatches: 696, Indels: 201
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 50 0.02
162 85 0.04
163 41 0.02
164 60 0.03
165 1 0.00
167 9 0.00
168 132 0.06
169 641 0.28
170 696 0.31
171 382 0.17
172 120 0.05
173 30 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTTAC
ACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
Found at i:7452 original size:460 final size:460
Alignment explanation
Indices: 6560--7464 Score: 1055
Period size: 460 Copynumber: 2.0 Consensus size: 460
6550 AAAGCGAGTA
* * * *
6560 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCCCAATGAATAGCTTGTTTTG
* * ********** * * * *
6625 CATGTTTCTCAAGGTAGGCNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACT
66 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *********
6690 TAAAATGAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNN
131 AAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * *
6755 NTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGAAGGCAAGCATTCAA
196 CTATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATGAACTTTTTTACACACTTATGAAGGCAAGCATTCAA
********** * *
6820 TTATAGTCTGTTTTAACCATNNNNNNNNNNAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA
261 TTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATAAATAAACTTAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAA
* *
6885 CACTTTAAAGAGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
326 CAATTTAAAGAGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
6950 TAAATGTCTTTGCTTCATGTTTCTAAGGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAAATCAATTATG
391 TAAATGCCTTTGCTTCATGTCTCTAAGGGTAACATACAATTATTATCTATTTTAAATCAATTATG
7015 AGATT
456 AGATT
* *
7020 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAATAGCTTGTTTTG
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCCCAATGAATAGCTTGTTTTG
*
7085 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTAG-TTGCACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
66 CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCT-GTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
7149 TAAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTG
130 TAAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTG
*
7214 ACTATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATG-ACTTTTTTACAGACTTATGAAGGCAAGCATTCA
195 ACTATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATGAACTTTTTTACACACTTATGAAGGCAAGCATTCA
*
7278 ATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAACTTAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAA
260 ATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATAAATAAACTTAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAA
* **********
7343 ACAATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGAA-TGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CC
325 ACAATTTAAAGAGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* ** *
7406 AAATGAATGCCTTTTTTTCATGTCTCTCAA-GGTAAGCATACAATTATTATCTGTTTTAA
389 -AATAAATGCCTTTGCTTCATGTCTCT-AAGGGTAA-CATACAATTATTATCTATTTTAA
7465 CTAAAAATGT
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 75, Indels: 10
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
458 5 0.01
459 151 0.41
460 208 0.57
461 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (460 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCCCAATGAATAGCTTGTTTTG
CACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
AAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
CTATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATGAACTTTTTTACACACTTATGAAGGCAAGCATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATAAATAAACTTAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAA
CAATTTAAAGAGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
TAAATGCCTTTGCTTCATGTCTCTAAGGGTAACATACAATTATTATCTATTTTAAATCAATTATG
AGATT
Found at i:7704 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7020--10238 Score: 1373
Period size: 169 Copynumber: 19.0 Consensus size: 168
7010 TTATGAGATT
* * * * *
7020 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCC-CAATGAATAGCTTGTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-C-TTTTTTCCTCAATGAAT-GATTTTTTT
* * * * ** *
7084 GCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTAG-TTGCACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
63 ACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
7148 CTAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTA
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
* * *
7190 ATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATT-CTCAATGAATGACTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTT-TTCCTCAATGAATGATTTTTTTA
* * * * * * * *
7254 CAGACTTATGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAACTT-AAC
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAA-
* * *
7318 TTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
*********** * * * *
7360 ANNNNNNNNNNAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCC-AAATGAATGCCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTCCTCAATGAATG-ATTTTTTT
** * * * *
7424 -CATGTCTCTCAAGGTAAGCATACAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCAT
63 ACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA-
* * * * *
7486 TTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTACAGTGAGTA
126 ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
* * *
7529 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGTTTGTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTNN
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTT-TTTTCCTCAATGAATGATTTTTTT-A
******** * *
7594 NNNNNNNNTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-AAAAGAAATTCAAT
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAAT
7658 ATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
128 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
* ** *
7700 ATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTCCTCAATGAATGGTTTTTTTAC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTTTCCTCAATGAATGATTTTTTTAC
* * *
7765 ACATTTCTCAAGGCAAGCATTCGA-TATAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAATTC
65 ACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATT-
* * *
7828 AAAATAAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTA
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
* * * *
7868 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAACCTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATAAATG-TCTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-A-CTATAAATGG-CTTTT-TTCCTCAATGAATGAT-TTT-
** * * * * * *
7931 TTT-CATGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTTTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
60 TTTACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT
* * * *
7994 TAACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAG-CGAGTA
124 CAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
** * * * * * *
8040 ATAAGATTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAACATTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTT-TCCTCAATGAATGA-TTTTTTTA
* * * * ********
8105 CACGTTTCTCAAGGTAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACAANNNNNNNNNNAAAAAATTCAA
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA--AAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
8170 CTTAAAATCAATGATGAGATT-T-----GA--T--AGTGAGTA
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
********** *
8203 ATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-C-TTTTTTCCTCAATGAATGA-TTTTTTT
* * * * ** * * *
8268 GCACATTTATGAAGGTAAAAATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATT-AA
63 ACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * *
8332 CTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTG
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
* * * * * **********
8375 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATNNNNNNNNNN
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTCCTCAATGAATGATTTTTTTA
**** * * * * * * * * *
8439 NNTGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATCCCACT
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAAT
8504 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TT----T--G-A
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
* *
8537 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTCCTCAATGAATGGTTTTTTTAC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTTTCCTCAATGAATGATTTTTTTAC
* * * * *
8602 ACATTTCTCATGGCAAGCAGTCGATTATAGT-T-TTTCTAATC-ATAAATGTAAAACAATTCAAC
65 ACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT-TAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-
* * *
8664 TTAAAATAAATT-TTAGGATTATAAAACAATTTAAAG-CATGCA
127 TTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGTCA-GTA
* * * ********
8706 AAAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT-AANNNNNNNNNNT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTT-TTCCTCAATGAA--TGATTTTTT
** * * * * * *
8769 T-CATGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTTA
62 TACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * **
8832 GCTTTGAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTA
126 -ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
* ** * * *
8876 ATAAGGTTTTTGAAAAAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTT-TTCCTCAATGAAT-GATTTTTT-
* * * * * * **********
8940 T--ACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAATATNNNNNNNNNNAA
62 TACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*
9003 CTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACAATTTATAA-TGAGTA
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AAGTCAGTA
* * * **********
9045 ATAAGGCTTATGACGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATGACTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTTTCCTCAATGAATGA-TTTTTTTA
* * * * * * * * * *
9110 CACATTTTTGAAAGCAGGCTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACC
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-T
* **********
9175 TAAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAG-CGAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
* * * ** * **
9216 ATAAAGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATATACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTT-
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTCCTCAATGAATGATTTTTTTA
** * * * * * *
9279 CATGTTTCTCAAGGTAACCATTCAATTATTGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACT
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-T
* * * *
9344 CAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
********** * *
9385 ATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTTTCCTCAATGAATGA-TTTTTTTA
* * * * ********** *
9450 CACATTTTTGAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAACAATTCAACT
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-T
* * * * *
9515 TAAAATCAATTATGTGATTATAAAACGATTTGAAGTGACTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
********** * *
9556 ATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAGTGGACTTTTTTCCTCAATGAATGGTCTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTTTCCTCAATGAATGAT-TTTTTTA
* * * ********** *
9621 GATATTTCTCAAGGCAAGCATTCGA-TATAGTCT-NNNNNNNNNNAAATGTAAAACAATTCAACT
64 CACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-T
* * *
9684 TAAAATAAATTTTCAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
** * ******** *
9725 ATAATACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNC-CAATAAATG-TCTTTGTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG--CTTTTTTCCTCAATGAATGAT-TTT-TT
** * * * * * * *
9788 T-CATGTTTCTGAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAG
62 TACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA-
* * * * *
9851 CTTTATATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAATG-CGAGTA
126 ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTA
* ** * * *
9894 ATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATAGCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTCCTCAATGAAT-GATTTTTTT
** * * * **********
9958 -CA-AGTTTCTCAAGATAGGTATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNTCAA
63 ACACA-TTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
10021 CTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAA-TGAGTA
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA-AAGTCAGTA
* ********
10063 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTT-CTCAATGAATGATTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA--TGGCTTTTTTCCTCAATGAATGA-TTTTTTT
* * * * * * * *
10127 ACACATTTTTGAAGGC-AGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACCATAAATATAAAATAATTTAA
63 ACACATTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
10191 CCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTA
127 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
10234 ATAAG
1 ATAAG
Statistics
Matches: 2230, Mismatches: 685, Indels: 267
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 7 0.00
161 44 0.02
162 87 0.04
163 39 0.02
164 56 0.03
165 6 0.00
167 9 0.00
168 144 0.06
169 652 0.29
170 645 0.29
171 392 0.18
172 118 0.05
173 31 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTTTCCTCAATGAATGATTTTTTTACA
CATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTA
Found at i:7726 original size:799 final size:798
Alignment explanation
Indices: 6221--7732 Score: 1704
Period size: 799 Copynumber: 1.9 Consensus size: 798
6211 AATGTGAGTA
* * * *
6221 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGTTTTTTTAC
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGTTGTTTTAC
* * * * * * * * *
6286 ACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTCTTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
66 ACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATGATAGTCTGTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAA
* * * *
6351 AAATGAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAC
131 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGAC
* * * * *
6416 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTA
196 TATAAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGACTTTGTTTCATGCTTATCAAGGCAACATTCAATTA
* * * *
6481 TTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
261 TAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACA-TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACA
* * * *
6546 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATG
325 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTACAAATAGAATTTTCTTCTCAATG
* * **********
6611 AATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGGCNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
390 AATAGCTTTTTTTGCATGTCTCTCAAGGTAAGCTACAATTATTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * *
6676 AAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTT
455 AAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTT
**********
6741 GAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGA
520 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGA
* *********** * *
6806 AGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATNNNNNNNNNNAAATTTAACTTAAAATTAATT
585 AGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
6871 TTGAGATTATAAAACACTTTAAAGAGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGG
650 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGACAGTAAAAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
6936 ACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTGCTTCATGTTTCTAAGGGTAACATTCAATTATTGTCTATT
715 ACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTGCTTCATGTTTCTAAGGGTAACATTCAATTATTGTCTATT
7001 TTAAATCAATTATGAGATT
780 TTAAATCAATTATGAGATT
7020 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCC-CAATGAATAGCTTGTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTCCTCAATGAATAG-TTGTTTT
* * * *
7084 GCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTAGTTGCACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
64 ACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATGATAGTCT-GTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
7149 TAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGT
128 TAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGT
* *
7213 GACTATAAATGGACTTTTATT-CTCAATGAATGACTTT-TTTACA-GACTTATGAAGGCAAGCAT
193 GACTATAAATGGACTTTTATTGC-CAATAAATGACTTTGTTT-CATG-CTTATCAAGGCAA-CAT
* * * *
7275 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAAC-TTAACTTAAAATTAATTTTAAGATTA
254 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAA-AAACATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
********** * * *
7339 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
318 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTACAAATAGAATTTTCTT
7404 C-CAAATGAAT-GCCTTTTTTT-CATGTCTCTCAAGGTAAGCATACAATTATTA-TCTGTTTTAA
383 CTC-AATGAATAG-CTTTTTTTGCATGTCTCTCAAGGTAAGC-TACAATTATTAGTCTGTTTTAA
** *
7465 CT-AAAAATGTAAAA-AAATCATTTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTACAGTGAGT
445 -TAAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTACAGTGAGT
*
7528 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-TTTGTTTTTCTCAATGAATG-ATTTTTT
508 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTTCTCAATGAATGAATTTTTT
********* *
7591 TNNNNNNNNNNTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAGAAATTCA
572 T-ACACATTTCTGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAGAAATTCA
* * *
7656 A-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATG
636 ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGACAGTAAAAAGGATTTTAAAGGAATG
7720 GGTGACTATAAAT
700 GGTGACTATAAAT
7733 AAACTTTTTT
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 118, Indels: 32
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
798 33 0.06
799 258 0.45
800 215 0.37
801 69 0.12
802 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (798 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGTTGTTTTAC
ACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATGATAGTCTGTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGAC
TATAAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGACTTTGTTTCATGCTTATCAAGGCAACATTCAATTA
TAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTACAAATAGAATTTTCTTCTCAATGA
ATAGCTTTTTTTGCATGTCTCTCAAGGTAAGCTACAATTATTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTA
AAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGAA
GGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACAATTTAAAGACAGTAAAAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTGCTTCATGTTTCTAAGGGTAACATTCAATTATTGTCTATTT
TAAATCAATTATGAGATT
Found at i:7901 original size:969 final size:967
Alignment explanation
Indices: 6052--7970 Score: 2359
Period size: 969 Copynumber: 2.0 Consensus size: 967
6042 ATAATGAGTA
* * * * *
6052 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTCTCAATGAATGATATTTTTTAC
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTCCCAATGAATGATATGTTTTAC
* * * * * * *
6117 ACATTTCTAAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTA
66 ACATTTCTAAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTGTTTGAACAAAAAATTAAAAAAATTCAACTAA
* *
6182 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
131 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * *
6247 TATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGTTTTTTTACACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATT
196 TATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTACACACTTATCGAGGCAAGCATTCAATT
* **
6312 ATAGTCTTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGGGATTATAAAACAA
261 ATAGTCTTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTAAGATTATAAAACAA
*
6377 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAA
326 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAA
* * * *
6442 ATGTCTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
391 ATGCCTTTGTTTCATGTCTCTCAAGGTAACATACAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
6507 AAACATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
456 AAACA-TTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
*
6572 AAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAA
520 AAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGATTTTTTTGCATGTTTCTCAA
* ********** * * *
6637 GGTAGGCNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA
585 GGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * ********** **
6702 TGAGATATAAAATAATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGAC
650 TGAGATATAAAACAATTTAAAGTCAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAAC
* *
6767 TTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTT
715 TTTTTTCCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTT
********** * * *
6832 TTAACCATNNNNNNNNNNAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACACTTTAAAGAG
780 TTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGAG
* * *
6897 AGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTG
845 AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTG
6962 CTTCATGTTTCT-AAGGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAAATCAATTATGAGATT
910 CTTCATGTTTCTCAA-GGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAAATCAATTATGAGATT
*
7020 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAATAGCT-TGTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTCCCAATGAAT-GATATGTTTT
* * * *
7084 GCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTAG-TTGCACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
64 ACACATTTCTAAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCT-GTTTGAACAAAAAAT-TAAAAAAATTCAA
*
7148 CTAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTT-ATAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAG
127 CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAT-GTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAG
*
7211 GTGACTATAAATGGACTTTTATT-CTCAATGAAT-GACTTTTTTACAGACTTAT-GAAGGCAAGC
191 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTCCTCAATGAATAG-CTTTTTTACACACTTATCG-AGGCAAGC
* * *
7273 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAACTT-AACTTAAAATTAATTTTAAGAT
253 ATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCATAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATGAATTTTAAGAT
**********
7337 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGAAT-GGATGACTATAAATAGACTTTT
316 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGG-TGACTATAAATAGACTTTT
* * *
7401 CTT-CCAAATGAATGCCTTTTTTTCATGTCTCTCAAGGTAAGCATACAATTATTATCTGTTTTAA
380 CTTGCC-AATAAATGCCTTTGTTTCATGTCTCTCAAGGTAA-CATACAATTATTATCTATTTTAA
* * * * * *
7465 CTAAAAATGTAAAAAA-A-TCATTTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTACAGTGAGT
443 CTAAAAATGTAAAAAACATTAACTTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * *
7528 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-TTTGTTTTTCTCAATGAAT-GATTTTTT
507 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTACAAATGGAATT-TTTTTCTCAATGAATAGATTTTTT
********* *
7591 TNNNNNNNNNNTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-AAAAGAAATTC
571 T-GCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTC
7655 AA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTCAGTAATAAGGATTTTGAAGGAAT
634 AACT-TAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACAATTTAAAGTCAGTAATAAGGATTTTGAAGGAAT
*
7719 GGGTGACTATAAATAAACTTTTTTCCTCAATGAATG-GTTTTTTTACACATTTCTCAAGGCAAGC
697 GGGTGACTATAAATAAACTTTTTTCCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTCAAGGCAAGC
* *
7783 ATTCGA-TATAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATAAATTTTGGGAT
762 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATAAATTTTGAGAT
* *
7845 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAACCTATAAATGGACTTT
826 TATAAAACAATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTG-A-CTATAAATGGACTTT
* *
7910 TCTTACCAATAAATGTCTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTTTATTT
889 TCTTACCAATAAATGTCTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTT
7971 GAACCAAAAA
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 124, Indels: 45
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
966 2 0.00
967 74 0.09
968 66 0.08
969 403 0.50
970 218 0.27
971 41 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (967 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTCCCAATGAATGATATGTTTTAC
ACATTTCTAAAGGTAAGCATTCAATGATAGTCTGTTTGAACAAAAAATTAAAAAAATTCAACTAA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
TATAAATGGACTTTTTTCCTCAATGAATAGCTTTTTTACACACTTATCGAGGCAAGCATTCAATT
ATAGTCTTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTAAGATTATAAAACAA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAA
ATGCCTTTGTTTCATGTCTCTCAAGGTAACATACAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
AAACATTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGAAATGGGTGACTACAAATGGAATTTTTTTCTCAATGAATAGATTTTTTTGCATGTTTCTCAAG
GCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATATAAAACAATTTAAAGTCAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACT
TTTTTCCTCAATGAATGAATTTTTTTACACATTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGA
GTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTGC
TTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAAATCAATTATGAGATT
Found at i:10213 original size:509 final size:505
Alignment explanation
Indices: 7130--10237 Score: 1538
Period size: 509 Copynumber: 6.1 Consensus size: 505
7120 GTTGCACAAA
* * * * * *
7130 AAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAATAATTTATAGTGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
7193 AAGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTATT-CTCAATGAATGACTTTTTTACA
65 AAGCTTTTAAAGGAAT-GGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAATGCCTTTTTT-CA
* * * * * * * * * * * *
7256 -GACTTATGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATATAAATAAACTTAACTT
127 TG-TTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTT
* * * * * ********** * *
7320 AAAATTAATTTTAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-NNNNNNNNNNAAAGGAATGGATG
190 -TAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAA-AAATGGGTG
* * * * *
7384 ACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAAATGAAT-GCCTTTTTTTCATGTCTCTCAAGGTAAGCATAC
253 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATAG-CTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAGGCATTC
* * * * * ** *
7447 AATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCATTTTAAAATCAATTATGAGATTTTAA
316 AATT-CTAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAA
* * * * * **
7511 AATAATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-TTTGTTTTTCT
379 AACAATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAACT-TTTTTCT
********** * * *
7575 CAATGAATGATTTTTTTNNNNNNNNNNTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
443 CAATGAATGATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAGTC-GTTTTAACCAT
* ** *
7639 AAATG-AAAAGAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTC-AGTAAT
1 AAATGTAAAA-AAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTAAT
* * * * * * * **
7702 AAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTT-TTCCTCAATGAATGGTTTTTTTACA
64 AAAGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAATGCCTTTTTT-CA
** * * * * * * *
7766 CATTTCTCAAGGCAAGCATTCGA-TATAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCA-ATTC
127 TGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTT-
* * * * * * * *
7828 AAAATAAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATAGGTG
190 -TAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAA-AAATGGGTG
* * * *
7892 AACCTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATAAAT-GTCTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTA-ACAT
253 -A-CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAGGCAT
* * * * * * * * * * *
7954 TCAATTATTGTTTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATAAGATTA
314 TCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAAA-ATATAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TA
* * ** * * * *
8019 TAAAATAATTTA-AAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGG-ATTTTTC
376 TAAAACAATTTATAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAACTTTT-
* ** * * * * * * *
8082 TTCTCAATGAATAACATTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
439 TTCTCAATGAATGATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAGTC-GTTTTAAC
* *
8147 AANNN
503 CA--T
******* * * ** * *
8152 NNNNNNNAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATT-T-----GA--T--AGTGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ********** * * * * * *
8207 GGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTTTGCAC
66 AGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAATG-CCTTTTTT-CAT
* * * * * * * * * * * *
8272 ATTTATGAAGGTAAAAATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATTAACTTAA
128 GTTTCTCAAGGT-AACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTT-T
* * * * * * * *
8337 AATCAATTGTAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGATGAT
191 AATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAA-AAATGGGTGAC
* ************* **
8401 TATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATNNNNNNNNNNNNTGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
255 TATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAAT
* * * * * * *
8465 TATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATCCCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
319 TCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAAC
8530 AA--T-T--T--G-AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGG--CTTTTTTCCTC
382 AATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAA-GGGAACTTTTTT-CTC
* * * * * * * *
8584 AATGAATG-GTTTTTTTACACATTTCTCATGGCA-AGCAGTCGATTATAGT-TTTTCTAATCAT
444 AATGAATGATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCGTTT-TAACCAT
* * * * *
8645 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTTT-AGGATTATAAAACAATTTAAAGC-ATGCAA-
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTAAT
* * *********
8707 AAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAANNNNNNNNNNTTCA
64 AAA-GCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAA-ATGCCTTTTTTCA
*
8772 TGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTTAGCTTT
127 TGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAA-TTTAAAAAAATTTAGCTTT
* * * * *
8837 GAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATAGGTAAC
191 -AATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGAC
*
8902 TATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTGT-ACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAAT
255 TATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTT-TCAAGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAAT
* *********
8966 TCTAATCTGTTTTAACAAAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACA
319 TCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACA
* * * ********
9031 ATTTATAATGAGTAATAAGGCTTATGACGGAATAGGTGACTATAAATGG-ACTTTTNNNNNNNNN
383 ATTTATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAACTTTT-TTCTCAAT
* * * * * *
9095 NAATGACTTTTTTTACACATTTTTGAAAGCAGGCTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAT
447 GAATGATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAG-TCGTTTTAACCAT
**********
9155 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
9220 AGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATATACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTCATGTT
66 AGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTTCATGTT
* * * **
9285 TCTCAAGGTAACCATTCAATTATTGTCTCTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCAACTCAAAA
131 TCTCAAGGTAA-CATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTT-AGCT-TTAA
* * * **********
9349 TTAATTATGAGTTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTA
193 TCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTA
* * * * *
9413 TAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAAT-GATTTTTTTTACACA-TTTTTGAAGGTAGGCATTCAAT
257 TAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTT-CA-AGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAAT
* ********* *
9476 TATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAAC
319 TCTAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAAC
* * * **********
9541 GATTTGA-AGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTAT-AAGTGG-ACTTTTTTCCTC
382 AATTT-ATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAG-GGAACTTTTTT-CTC
* * * * * * * *********
9603 AATGAATGGTCTTTTTTAGATATTTCTCAAGGCA-AGCATTCGA-TATAGTC-TNNNNNNNNNN
444 AATGAATGATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCGT-TTTAACCAT
* * * * *
9664 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTTTCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ********** *
9729 TA-CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATAAATGTCTTTGTTTCATG
66 -AGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTT-TTTCATG
*
9793 TTTCTGAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTTTATA
129 TTTCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTTTA-A
*
9858 TCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAATGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTAT
193 TCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTAT
* * * *
9923 AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGATAGGTATTCAATTCTA
258 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTA
********* *
9988 GTCTGTTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAATAATTT
323 GTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACAATTT
**********
10053 ATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCTCAATGAATG
387 ATAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAACTTTTTTCTCAATGAATG
10118 ATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACCAT
452 ATTTTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAGT-CGTTTTAACCAT
* * *
10173 AAATATAAAATAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
10238 G
Statistics
Matches: 1962, Mismatches: 532, Indels: 210
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
492 1 0.00
493 26 0.01
494 4 0.00
495 4 0.00
496 35 0.02
497 42 0.02
498 3 0.00
499 1 0.00
500 38 0.02
501 163 0.08
502 14 0.01
503 69 0.04
504 20 0.01
505 99 0.05
506 33 0.02
507 162 0.08
508 200 0.10
509 448 0.23
510 360 0.18
511 209 0.11
512 2 0.00
513 26 0.01
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
AAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
AGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTTCATGTT
TCTCAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTTTAATCA
ATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAGTC
TGTTTTAACAAAAAATATAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACAATTTATAA
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAACTTTTTTCTCAATGAATGATTT
TTTTTACACATTTTTGAAGGCAGACATTCAATTATAGTCGTTTTAACCAT
Done.