Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399957.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3185.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 659

Length: 1099
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.08, T:0.30

Warning! 278 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:806 original size:171 final size:172

Alignment explanation


    Indices: 602--1099  Score: 499
    Period size: 171  Copynumber: 2.9  Consensus size: 172

        592 AGAAACGTAC

                    *    *             *                             * *     
        602 AAAAAAAGCTATTTATTGAGAA-AAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAATGGCTTAT
          1 AAAAAAAGTTATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCCTTAT

                                    *                                *       
        665 TACTTGCTTTAA-ATGATTTTATATTCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTAT
         66 TACTTGCTTTAATATG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTT-T

                                            *           
        729 A-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACACGT
        129 AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACACGT

             *                                        *                    * 
        772 AGAAAAAGTTATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATT-CTTTCAAAAGCCTTTT
          1 AAAAAAAGTTATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCCTTAT

                  *      *            *                  **********          
        836 TACTTGGTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNAAATTTTTAG
         66 TACTTGCTTTAATATGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAG

                       *                    *      *  
        901 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGTGAAACATGT
        131 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACACGT

                              *                  *                           
        943 AAAAAAAGTTATTCATTGGGAACAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTT-T
          1 AAAAAAAGTTATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCCTTAT

             *********                  *        *         *        *        
       1006 NNNNNNNNNNTAA-ATTGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTT
         66 -TACTTGCTTTAATA-TGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTT

            **           *                
       1070 TCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC
        129 AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGC


Statistics
Matches: 267,  Mismatches: 54, Indels: 13
        0.80            0.16        0.04

Matches are distributed among these distances:
 170   26  0.10
 171  238  0.89
 172    3  0.01

ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.39


Consensus pattern (172 bp):   
AAAAAAAGTTATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCCTTAT
TACTTGCTTTAATATGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAG
TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACACGT
Done.