Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399972.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_320.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32276
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.09, T:0.28
Warning! 8401 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1735 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1484--1863 Score: 374
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
1474 CATTTGAAGA
* * **********
1484 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
* * *
1549 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTAACTAAAAC-AGACTATAATCGAAT
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTCTCA-ATTTTT-ACTAAAACTAGACTATAATCGAAT
*
1612 GTCTACCTTGAGAAACATGAAAAGAAAGATACATTAGACAG
129 GCCTACCTTGAGAAACATGAAAAGAAAGATACATTAGACAG
* *
1653 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
* * ** * *
1718 TCTCAAAATTTATTTTAAGTTAAATATTTCTGAATTTTTTGTTAAACTAGACTATAATTGAATGC
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTCTCAATTTTTACTAAAACTAGACTATAATCGAATGC
* * *
1783 CTGCCTTGAGAAA-AGTG-TAAGAAAAGCTATTCATTGAGA-AG
131 CTACCTTGAGAAACA-TGAAAAG-AAAG--ATACATT-AGACAG
* * * * *
1824 AAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTA
1864 TTANNNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 33, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.05
169 112 0.65
170 5 0.03
171 42 0.25
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTCTCAATTTTTACTAAAACTAGACTATAATCGAATGC
CTACCTTGAGAAACATGAAAAGAAAGATACATTAGACAG
Found at i:7673 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7265--7823 Score: 568
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 167
7255 NNNNNNNNNN
* * *
7265 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTGTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT-TATAATCTCA
** *
7330 TAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGA-TGATAATCAAATGTCTAG
65 TAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGCTAAAACAGACT-ATAATTGAATTTCTA-
* *
7394 CTT-GAGAAACTTGAA-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAA
126 CTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *********
7434 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTCTAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTANNNNNNNNNNTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTATAATCTCA
*
7499 TAATTGACTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTACT
65 TAATTGA-TTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACT
* *********
7564 TGGAAAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGAAAAG
128 TGGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
7605 TCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTGAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTAATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTT-ATAATCTC
* * * ** * *
7669 ATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCTTTTTTTTACTAAAAAATACTATAATTGAATTTCTAC
64 ATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTAC-ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTAC
* *
7734 TTGGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAGGAAAAG
127 TTGGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
7776 TCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
7824 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 68, Indels: 22
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 106 0.34
170 21 0.07
171 176 0.57
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTATAATCTCAT
AATTGATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACTTGG
AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
Found at i:15051 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14700--15739 Score: 660
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
14690 NNNNNNNNAG
* * * * *
14700 GTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAG-TTTAGAATCC
1 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATT-GTTTTATAATCT
* * * * *
14764 CAAAATTGATTTTAAGTTA-AATTCTTTTGAATATTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATG-CT
65 CATAATTGATTTTAAG-TAGAATT-TTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-
* * * * *
14827 TACCTTGAAAAATGTGCAAGAAAA-ACCATTCACTGAGAAAAAAA
127 TGCCTTAAAAAATGTGGAA-AAAAGA-CATTCATTG-GAAGAAAA
* * * *
14871 CTCTATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-TG
1 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT-
* * *
14935 CATAA-TGATTTTATGTAGAATTTTTTCTATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTG
65 CATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTT-TAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG
*
14999 CCTTAAAAAATGTGGAAACAAAGATATTCATTGTGAAGAAAA
129 CCTTAAAAAATGTGGAAA-AAAGACATTCATTG-GAAGAAAA
*********** * *
15041 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AANNNNNNNNNNNNCTCGCTTCAAATTGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT
* * * * ** * *
15105 CATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAATTAAACTATAATTGAAT-TTT
65 CATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
** * * * * *
15169 TACTTGGAGAAACATG-GAGAAAAATG-CACTCGTTCGCAAGAAAA
128 GCCTT--A-AAAAATGTG-GAAAAAAGACATTCATT-GGAAGAAAA
**********
15213 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTGTTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
* * ** *
15278 ATAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTTAATATTTTTGTCTAAAACAGACTATAATCAAATGTCTA
66 ATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAAT-TTTTTGT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG
* * * *
15342 CCTTAAGAAACT-TGAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAG
129 CCTTAA-AAAATGTG-GAAAAAAGA-CATTCATTGG-AAGAAAA
** * * *
15385 GTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTGTTTTATAAAC-C
1 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
* ***************** * *
15449 CTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTT
66 AT-AAT-TGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T
* * *
15513 GCCTTGAAAAA-GTGGAAAAAAAATCATTTATTGAGAA-AAAA
128 GCCTTAAAAAATGTGGAAAAAAGA-CATTCATTG-GAAGAAAA
* * * * *
15554 -ACCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTACAATCT
1 GTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT
* * * *
15618 CATAATTGAGTTTAAGCTA-AATATTTTTATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG
65 CATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG
*
15682 CCTTAAAAAATATGTGAAAAAAG-CTATTCATTGTGAAGAAAA
129 CCTTAAAAAATGTG-GAAAAAAGAC-ATTCATTG-GAAGAAAA
15724 GTCCATTTATAGTCAC
1 GTCCATTTATAGTCAC
15740 TTATTCTATA
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 174, Indels: 83
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 47 0.07
169 83 0.13
170 188 0.29
171 106 0.16
172 199 0.30
173 14 0.02
174 17 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC
TTAAAAAATGTGGAAAAAAGACATTCATTGGAAGAAAA
Found at i:15438 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13371--15739 Score: 716
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 170
13361 NNNNNNNNNN
* ** *
13371 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTT-TTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTTATATT
* * * * * * *
13435 TTTG-CTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAATA-CGTTCGTT
65 TTTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAA-AAAAAAAGCATTCATT
* * * *
13497 AGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTGA-CCATTCCTTCAAAAGCC
129 GGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* ** ********** ** * *
13539 TTGTTACTCGTTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * **
13604 ATGGT-TAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCGCT
66 -TTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCATT
* *
13667 GGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCC
129 GG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** * * * * * *
13710 TTANNNNNNNNNNTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTTTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * *
13775 TTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCGTTG
66 TTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCATTG
*********************** *
13839 GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATTCCTTCAAAAGCC
130 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * *
13880 TTATTACTC-CATTTAAATTGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCAC-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * *
13944 TATGGT-TAAAACAGACTATAATTAAAT-TCTTATCTTGAGAAACATG-CAAAAAATGCTACTCA
65 T-TTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAGC-ATTCA
* **
14006 TT-TAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAGTGCC
127 TTGGA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* ********* *
14051 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNT-AAGTTAAATTTTTTTACT-T
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA-TAT
* * * * * *
14114 TTTTAG-CTAAAACAAACTGTAATCGAATGTCTACCTTGAGACACATG-AAAAAAAAG-ATTCAT
64 TTTT-GTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCAT
***********
14176 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNN
128 TGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
************* * * * * * * *
14220 NNNNNNNNNNNNNTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTAAATATTTTTAAATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *********
14285 TTGGT-TAAATCAGACTATAATAT-AATGCCTCCCTTAAGATA-TGTGCAAAAAAANNNNNNNNN
66 TT-GTCTAAAACAGACTATAAT-TGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAAAAAAAAGCATTCAT
* * * ** * **
14347 NGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTTGCCCAATCCTTCGAAAGCC
128 TG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * ********** ** * * *
14391 TTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTCAGTTGAAATGTTTTATTTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * **
14456 TTAGT-TAAAATAGACAATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACGTGAGAAAAAAGGCACCCATTG
66 TT-GTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCATTG
* * *
14520 ACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
130 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** * * * *
14562 TTATTNNNNNNNNNNAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAA-TTAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * ** * * *
14626 TTTAG-CTCAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACATGATAAAAAAAGCATTCANN
65 TTT-GTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCA-T
******** * *
14690 NNNNNNNNAGGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCC
128 TGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * * *
14733 TTATTACTCGCTTTAAATTAG-TTTAGAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTGA-AT
1 TTATTACTCACTTTAAATT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTTATAT
* * * * *
14796 ATTTAGT-TAAAACAGACTACAATTGAATG-CTTACCTTGAA-AAA-TGTGCAAGAAAAACCATT
64 -TTTTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTT-AAGAAACT-TGAAAAAAAAAGCATT
* * * * * *
14857 CACTGAGAAAAAAACTCTATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCC
125 CATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * *
14904 TTGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-TGCATAA-TGATTTTATGTAGAATTTTTTCTATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTT-TATAT
* * * * * *
14967 TTTTGT-TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTAA-AAAATGTG-GAAACAAAGATATTCA
64 TTTTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAAAAAAAAG-CATTCA
*****
15029 TTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTAANNNNNN
127 TTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA-AAGCC
****** * * *
15074 NNNNNNCTCGCTTCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTACAT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAA-TTTTTTTATAT
* ** * * * * * * * * * *
15138 TTTTGGCTAAATTAAACTATAATTGAATTTTTA-CTTGGAGAAACATGGAGAAAAATGCACTCGT
64 TTTTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCAT
* *
15202 TCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
128 T-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** *
15246 TTATNNNNNNNNNNAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTAATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
**
15311 TTGTCTAAAACAGACTATAATCAAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAAGCATTCATTG
66 TTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTG-AAAAAAAAAGCATTCATTG
* **
15376 GCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGCC
130 G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * ***************** *
15418 TTATTACTAACTTTAAATTGTTTTATAAAC-CCTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGA-AT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT-AAT-TGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * *
15481 TTTTGGT-TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAA-AAA-GTGGAAAAAAAATCATTT
64 TTTT-GTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTT-AAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTC
* * * *
15542 ATTGAGAA-AAAA-ACCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAAGCC
126 ATTG-GAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * *
15587 TTATTACTCATTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGAGTTT-AAGCTAAATATTTTTATTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * **
15651 TTTAT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-AAAATATG-TGAAAAAAGCTATTCAT
65 TTTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAAAAAAAAGC-ATTCAT
15713 TGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
128 TG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
15740 TTATTCTATA
Statistics
Matches: 1544, Mismatches: 573, Indels: 166
0.68 0.25 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.01
168 88 0.06
169 238 0.15
170 296 0.19
171 664 0.43
172 227 0.15
173 21 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCATTGG
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
Found at i:16288 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16097--16526 Score: 478
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
16087 NNNNNNNNNN
* *
16097 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTAAATT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTAAATT
* *
16161 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCA-GGAAAAATGTACAAAAAAAAAT-TCATT
64 TTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TG-CATGAAAAAACGTAC--AAAAAAATCT-ATT
*
16223 TATT-GAGAAAAAAACTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CA
123 TATTAG-GAAAAAAACTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCA
* * * *
16270 TTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTT
* ** * *
16335 TTTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCATTAAAAAACGTGCAAAAAAATCTATTTATTATGG
66 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATGAAAAAACGTACAAAAAAATCTATTTATTA-GG
* ** * *
16400 AGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCTTTAAAAAGTCA
130 AAAAAAACTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCA
* * * *
16440 -TATTACTCACTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAGTTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAAATTT
*
16504 TTGACTAAAACAGACTATAATTG
65 TTG-TTAAAACAGACTATAATTG
16527 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 30, Indels: 20
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 84 0.39
170 26 0.12
171 48 0.22
172 12 0.06
173 47 0.22
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTT
TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATGAAAAAACGTACAAAAAAATCTATTTATTAGGA
AAAAAACTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCA
Found at i:18389 original size:168 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18095--18463 Score: 430
Period size: 168 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
18085 NNNNNNNNNN
* * *
18095 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTTAAAAAAGTGCAAAAAAAAAAATCATTTA
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAAAAAGTGC--AAAAAAAAATCATTCA
* * *
18160 TTGAGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATTG
64 TTGAGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATTG
* * *
18225 TTTTACAATCTAATAATTGATTTTAAGCT-AA-ATTTTTTCATT
129 TTGTACAATCTAATAATTGACTTTAAGCTGAATATTTTTACA-T
* * *
18267 TTTTTGTTAAAACA-ACTATAATTGAATG-TCTACCTTAAAAACTGTGC-AAAAAAACT-ATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAAAAA-AGTGCAAAAAAAAATCATTCA
* * * * *
18328 TTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCAT-AAAAATCCTTATTACT-AGCTTTAAAT
64 TTGAGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAAT-CTTATTACTCA-CTTTAAAT
* * *
18391 TGTTGTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTACAT
127 TGTTGTACAATCTAATAATTGACTTTAAGCTGAATATTTTTACAT
*
18436 TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
18464 TTTTACTTGG
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 22, Indels: 16
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.04
168 77 0.46
169 23 0.14
170 22 0.13
171 23 0.14
172 17 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAAAAAGTGCAAAAAAAAATCATTCATT
GAGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
GTACAATCTAATAATTGACTTTAAGCTGAATATTTTTACAT
Found at i:18807 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 18589--18908 Score: 322
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
18579 NNNNNNAAAG
* * * *
18589 TTGAATTTTTTAAAATTTTTGGCTAAAACAGACTCTAATCAAATGTCTACATCGAAAAACTTGAT
1 TTGAATTTTTTAAAATTTATGGCTAAAACAGACTATAATCAAATGTCTACATCGAAAAACGTG-C
* * * * *
18654 AAAAAAAGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTT-TAGAAGCCTTA
65 AAAAAAAGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAAGCCTTA
*
18716 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAC
129 TTACTCGCTTTAAATTATTTT----------AATTGATTTTAAC
* * * * ** * * * *
18760 TTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGCA
1 TTGAATTTTTTAAAATTTATGGCTAAAACAGACTATAATCAAATGTCTACATCGAAAAACGTGCA
*
18825 AAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAAGCCTTATT
66 AAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAAGCCTTATT
18890 ACTCGCTTTAAATTATTTT
131 ACTCGCTTTAAATTATTTT
18909 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 21, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.07
171 86 0.69
172 30 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TTGAATTTTTTAAAATTTATGGCTAAAACAGACTATAATCAAATGTCTACATCGAAAAACGTGCA
AAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATTATTTTAATTGATTTTAAC
Found at i:18969 original size:172 final size:157
Alignment explanation
Indices: 18749--19073 Score: 319
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
18739 NNNNNNNNAA
* * *
18749 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTTCCTTG
1 TTGACTTTAACTTGAATTTTTTGACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTG
*
18814 AGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAA
66 AGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-AA
18879 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT
* *
18907 TTNNNNNNNNNNNNNNGACTTTAAGTTGAATGTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TT--------------GACTTTAACTTGAAT-TTTTTGACATTTATGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * ********** *
18971 TGAATGTTTTCCTTGAGAAATATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAANNNNNNNNNNTTTATGGT
51 TGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
19036 CACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
116 CACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
19074 GTTTTATAAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 17
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.02
171 26 0.20
172 98 0.74
173 6 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (157 bp):
TTGACTTTAACTTGAATTTTTTGACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTG
AGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT
Found at i:20645 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20273--21096 Score: 526
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
20263 NNNNNNNTGA
* * * * * *
20273 GATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAGTAATGCTTTTAAAGGAATGGATGACTACAAATGGACTT
1 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATT
* * * **
20338 TTCTTGCCAACGAATGATTTTTTTTCACGTTTCTCGATGTAGGCATTCAATTATAGTCTCTTTTA
66 CTCTTGCCAACGAATGATTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTCTTTTA
* *
20403 GCAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATTAATTATGC
131 ACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGC
* *
20443 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATT
1 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATT
* * * * * *
20508 CTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTT
66 CTCTTGCCAACGAATG-ATTTTT-TTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTCTTT
* * * * * ***
20572 TAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNN
129 TAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGC
******* * *
20614 NNNNNNNAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTGTAAATA-AACT
1 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAA-T
* * * * * * * *** *
20678 T-TTTTTCTCAATGAGTCG-TTTTTTTTACATGTTTTTCAAGGTGGGCATAT-AATTATAGTCTG
65 TCTCTTGC-CAACGAAT-GATTTTTTTT-CACGTTTATCGAGGTAAACAT-TCAATTATAGTCTC
* * * * * *
20740 TTTTAATAAAAAAATATACAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
126 TTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGC
********** * * * *
20786 GATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTT
1 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATT
* * * * * * * * * *
20851 TTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACATGTTT-TTGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTT
66 CTCTTGC-CAACGAATG-ATTTTTTTTCACGTTTATCG-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTCTT
* * ** * * * *
20915 TTAACCATAAATATAAAAAACTTTAACTCAAAATCAATTTTGA
128 TTAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGC
* * * * * **
20958 GATGATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGATGACTATAAATAGTCTT
1 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATT
* * ** ** * * * * * ** *
21023 TTCTTGCTAATAAATGCCTTCTTTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATTCTCTGTTTTA
66 CTCTTGCCAACGAATGATTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTCTTTTA
*
21088 ACTAAAAAT
131 ACAAAAAAT
21097 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 128, Indels: 32
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 126 0.25
171 163 0.32
172 164 0.32
173 47 0.09
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATT
CTCTTGCCAACGAATGATTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTCTTTTA
ACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGC
Found at i:20985 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19947--22017 Score: 913
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
19937 NNNNNNNNNN
* * * * * *
19947 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTTCTTAATGTG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAA--TG
* * * ** * ********
20011 CA-GCTTTTTTTACATATTTTTCAAGGTGGGAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACANNNNNNNNN
63 AATGCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AAAAATAT
* * * * *
20075 NAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATAAGA-TATAAAACAATTT
127 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * ********** *
20118 ATAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACNNNNNNNNNNCTTTT-TTTCTCAATGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAA
** * * ***
20181 TGACTTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCCTAAATATAA
65 TG-CTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAA
**********
20246 TAAAATTTAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAATAATTT
129 -AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * * *
20289 AAAGCGAGTAGTAATGCTTTTAAAGGAATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * * * * * * *
20353 GATTTTTTTTCACGTTTCTCG-ATGTAGGCATTCAATTATAGTCTCTTTTAGCAAAAAATATAAA
66 GCTTTTTTTACATGTTT-TTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AA
* * * * *
20417 AAAAATCAACTGAAAATTAATTATGCGATTATAAAATAATTT
129 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * *
20459 AAAGTGAGAAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTCTCTTGC-CAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * * * *
20523 GCCTTTTTCTT-TATGTTTATTG-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTC
66 G-CTTTTT-TTACATGTTT-TTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-
* **********
20586 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAATAATTT
127 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * *
20630 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTGTAAATAAACTTTT-TTTCTCAATGAGT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * ** *
20694 CGTTTTTTTTACATGTTTTTCAAGGTGGGCATAT-AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATATA
66 -GCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCAT-TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATATA
*****
20758 CAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNN
128 -AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
***** * * * * *
20802 NNNNNGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * * *
20867 GAATTTTTTTACATGTTTTTGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATAAA
66 G-CTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
* * * *
20932 AAACTTTAACTCAAAATCAATTTTGAGATGATAAAACAATTT
130 AAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * *
20974 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGATGACTATAAATAGTCTTTTCTTGCT-AATAAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * * * * ** * ***
21038 GCCTTCTTTT-CATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATTCTCTGTTTTAACTAAAAATGNNNN
66 G-CTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT--ATA
***************** * **
21102 NNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATTATGAGTTTATAAAACCATTT
128 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * * * * *
21145 AAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAACGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * ** * * * * * ********** * *
21209 ACCTTTTCTTGTATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCANNNNNNNNNNGTTTTAAC-CAAAATTTCAA
66 -GCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT--A
* * * *
21273 AAAAATTTGACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTT
128 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* ********** *
21316 AAAGCGAGNNNNNNNNNNTTTAAAGGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAACGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAA
* * * * * * * * *
21379 TGATTTTTTTTTACAT-TTCTTG-ACGTAGGCATTCGATTATAGTCTATTTTAGCAGAAAATAAA
65 TG--CTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATA
* * *
21442 AAAAATTTTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACAATTT
128 AAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* ********** * * * *
21486 AAAGCGAGTNNNNNNNNNNTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTAC-CAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* * * ********
21550 GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGGT-CGACATTCAATTATTA-CCTGTTTTAACTNNNNNNNN
66 GCTTTTTT-TACATGTTT-TTGAAGGTAAG-CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATA
** * ** *
21612 NNAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGCAAACAATTT
126 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * * * * *
21657 AAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTGA-AAATAGACTTTTTTTTCTTAATGAG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAA
* * * * * * *
21721 TACCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGGTGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAATATGTAA
65 T-GCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-A
* * * **********
21786 AAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAG-NNNNNNNNNNATTT
128 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
* * * * * *
21828 ATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGCTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
* ** * * * *
21892 AACTTTTTTTACACATTTCTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATATT
66 -GCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATA-A
* *
21957 AAAATTTAACTTAAAATAAAATT-TGAGATTATAAAACAATTT
129 AAAATTTAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAATAATTT
*
21999 AAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTT
22018 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 450, Indels: 104
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 13 0.01
170 440 0.31
171 599 0.43
172 274 0.20
173 63 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
GCTTTTTTTACATGTTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
Found at i:28099 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27249--29085 Score: 1380
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
27239 NNNNNNNNNN
* *
27249 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAACAAATTCAACT
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
27314 TAAAGTCAATTATGAGATTACAAAACAATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTATA-GTATAGGT
66 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGT
* *
27378 GACTATAAATAGACTTTTCTT-CACAATGAATAGC-TTTTT-TT
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTTTCTT
** ** * * *** ********* *
27419 GCACATTT-TTTATGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAANNNNNNNNNNT-AAAAAATTTA
1 -CATGTTTCTCCA-AGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
27482 TCTTAAAATCAAATATGAGATTGTAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGA
63 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** *
27547 GTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTCTCAATAAATG-GTTTTT-TT
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAATGCATTTTTCTT
** ** * *
27589 CCACT-TTT-T-CAAGGCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-TCAAAAGAATTT
1 -CA-TGTTTCTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTC
* *************** * *
27650 AAGTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNTAAAACAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
62 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
27715 AGTGAATATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGCTGTTTTTTTT
127 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGC-ATTTTTCTT
* * * * ** * * *
27761 CAAGTTTC-ACAAGGTAGACATTTGATTATAGTCTGTTTTAGCTAAAAATGT-TAAAAATTCAAC
1 CATGTTTCTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * ** *
27824 TTTAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGT
65 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*
27889 GACTATAAATGGACTTTACTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * * * *
27931 GATGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATACTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACT
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
27996 TAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTC
66 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
*
28060 ACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
131 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * * *
28101 CATGTTCCTCCAAGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATAGAAAAAAAATTCAAC
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAAC
* * ** **********
28166 TTAAAATCAATTATAAGATTATTAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGNNNNNNNNNNAATGGGT
65 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*
28231 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCATTTTTCTT
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * *
28273 CATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAGAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * **********
28338 TAAAGTCAATTATGAGATTATTAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTG
66 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
28403 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCATTTTTCTT
131 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATG----------CATTTTTCTT
* ********** * *
28454 CATGTTTCTCCATGT-AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATTTATCT
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * **
28518 TAAAATCAATTATGACATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATAAGTG
66 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** ** *
28583 ACTATAAATGGA-TTTTTTTTCTCAATAAATGGTTTTTTTTT
131 ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAATGCATTTTTCTT
* ** * * * *
28624 CACT-TTT-T-CAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCCGTTTTAAACAAAAAT-TCAAAAGAATTTA
1 CA-TGTTTCTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * * ***********
28685 AGTTAAAATCAATTTTGGGTTTATAAAACAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNA
63 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** *
28750 GTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTTTTT
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATG-CATTTTTCTT
* * * ** *
28795 CAAGTTTCT-CAACGTAGACATTTGATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTTAAAAAAATTCAA
1 CATGTTTCTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAA
* ** *
28859 CTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
64 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* *
28924 TGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAACGAATGTATTTTTCTT
129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * * * *
28967 GATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTGTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTCAACA
1 CATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* ** *
29032 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGA
66 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
29086 NNNNNNNNNN
Statistics
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180 104 0.08
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Consensus pattern (171 bp):
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TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
Found at i:28586 original size:180 final size:181
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*
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1 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAA
* * * *******
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66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAA
*** **
28393 NNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
131 GGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
**********
28444 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGT-AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAA
1 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAA
* * *
28508 AAATTTATCTTAAAATCAATTATGACATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAA
* * * **
28573 GGAATAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTCTCAA-TAA---ATGGTT-TT
131 GGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAATGCATTTTTCTT
* * * * ** * * *
28619 --TTTTTC-AC-T-TTT-TCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCCGTTTTAAACAAAAAT-TCAAA
1 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATGT-AAA
* * * * *** * *
28677 AGAATTTAAGTTAAAATCAATTTTGGGTTTATAAAACAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTT-TNN
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGT-G
******** * *
28741 NNNNNNNNAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-----TT-TT
129 AAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * * * * ** * *
28788 --TTTTT-TTCAAGTTTCTCAACGTAGACATTTGATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTTAAA
1 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATG-TAAA
* * ** * *
28850 AAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTTGA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGA
** *
28915 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAACGAATG---------T
130 AGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * * *
28958 -ATTTTTCTTGATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTGTGTTTTAACCATAAATGTAAAA
1 CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAA
* * * * ** *
29022 AAGTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTT
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
29082 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 126, Indels: 44
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Matches are distributed among these distances:
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CATTTTTCTTCATGTTTCTCCATGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAA
GGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
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29438 NNNNNNNNNN
* * *
29448 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTTTAATACAGACAT
1 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATCAATAGCTTGTTTTGCACGTTTTTAAGACAGACAT
*
29513 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT
**********
29578 AAAACAATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTT-GAAGGAATG
131 AAAACAATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAG-AGGAATG
* * * * * *
29618 GGTGATTATAAATGAAGTTTTTTTCTCAATCAA-AGCTTGTTTTGCACATTTTTTAAGGCA-AGC
1 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATCAATAGCTTGTTTTGCAC-GTTTTTAAGACAGA-C
* * * * *
29681 ATTCAGTTATAGTCTATTTTAA-CTAAAAAT-TCAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGA
64 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
*
29744 TTATAAAATAATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAGAGGAAT
127 TTATAAAACAATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAGAGGAAT
29787 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATCAATAGCTTGTTTTGCACGTTTTTAAGACAGACAT
TCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACAATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAGAGGAATG
Found at i:30324 original size:171 final size:159
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
30043 TAAAACTATT
* * * *
30053 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATCACTATAAATGGACTTTTACTGCCAACGAATG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGATCACTATAAATGGACTTTTA-TCCCAACGAATG
* * *
30118 CATTTTTCTTCACATTTCTCCACATAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAAAAAAAGAAAA
65 CATTTTTCTTCACATTTCTCCACATAGAAATTCAATTATAGTCTCTTTAAGCCAAAAAAAGAAAA
30183 CAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 C-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
30214 TANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATCTTTCT-
1 TA----------AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GATCACTATAAATGGA-CTTT-TA
* * ** * ** *
30278 TCCCAATGAATGC-TTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTCTTTAAGCC
53 TCCCAACGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTCCACATAGAAATTCAATTATAGTCTCTTTAAGCC
* * *
30342 AAAAATATAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
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30384 TAAA
1 TAAA
30388 ACAANNNNNN
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 20, Indels: 27
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
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161 2 0.01
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174 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGATCACTATAAATGGACTTTTATCCCAACGAATGC
ATTTTTCTTCACATTTCTCCACATAGAAATTCAATTATAGTCTCTTTAAGCCAAAAAAAGAAAAC
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:30749 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30402--30939 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
30392 NNNNNNNNNN
** * *
30402 GTAATAAGGCTTTTTAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CATAATGAATAGCT-T
1 GTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-G-TGT
* * *
30464 T-TTTTGCACGTGTT-TTAATGC-AGACATTCA-ATTAT-AGTCTGTTTTAACCAAAAAATAT-A
62 TGTTTTGCAAGT-TTGTCAA-GCAAGACATT-AGATTATCA-TCTGTTTTAACC-AAAAATGTCA
* * **********
30523 AAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGTGA
122 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT-A
* * * *
30573 GTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTTTTTCTCAATGAATG-GTTGT
1 GTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTGTTGT
* *
30637 TTTGCACA-TTTTTCAAGGCAAG-CATTCAG-TTAT-AGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TCAAAAG
65 TTTGCA-AGTTTGTCAA-GCAAGACATT-AGATTATCA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAA-
* * *
30697 AATTTAACTTAAAATTAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCTA
125 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAG-TA
* *
30744 GTAATAAGGCTTTTAG-AGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
1 GTAATAAGGC-TTTAGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG--TGTT
* * * * ** *
30808 TTTTTTCAAGTTTGTCAAGCTAGACATTTGATTATCATCTGTTTTTGCCAAAAATGTTAAAAAAT
63 GTTTTGCAAGTTTGTCAAGCAAGACATTAGATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAT
* *
30873 TTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGGAA
128 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAA-GTA
* *
30917 GTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
1 GTAATAAGGCTTTAGAAGGAATG
30940 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 50, Indels: 42
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 23 0.08
171 145 0.49
172 26 0.09
173 93 0.32
174 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTGTT
TTGCAAGTTTGTCAAGCAAGACATTAGATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTA
Found at i:31518 original size:170 final size:156
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Indices: 31326--31642 Score: 311
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
31316 NNNNNNNNCA
* * * *
31326 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT-CTAAATAAGTAGCATTTTT-TCCAT-GT
1 TTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAAAGAA-T-GCATTTTTCTCC-TCGT
* *
31388 TTCT-CAAGATAAGAATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAA
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*
31452 ATCAATTAGGAGATTATAAAATAATTNNNNNNNNNNAATGAGGCT
122 ATCAATTAGGAGATTATAAAACAATT----------AATGAGGCT
* *
31497 TTTGAAGGAAT-GGTCACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAACGAATGCATTTTTCTTCTCGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAAAGAATGCATTTTTCTCCTCGTTTC
* * *
31561 TCCAAGTAAAAATTCAATATAGTCTGTTTTAGCCAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTAT
66 TCCAAGTAAAAATTCAATATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAG
*
31626 GAGATTATTAAACAATT
131 GAGATTATAAAACAATT
31643 TAAAGCGAGT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 13, Indels: 14
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 40 0.31
168 3 0.02
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (156 bp):
TTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAAAGAATGCATTTTTCTCCTCGTTTC
TCCAAGTAAAAATTCAATATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAG
GAGATTATAAAACAATTAATGAGGCT
Done.