Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397525.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_135.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 10029
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Warning! 359 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2118 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1501--4646 Score: 1608
Period size: 171 Copynumber: 18.4 Consensus size: 169
1491 TGTTGAACTT
* * * *
1501 TAATCTGTTTTAA-CTAAAACTGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTATAAAACC
1 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * * * * *
1565 ATTTAAAGATAGTAATAAAGCTTTAAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATG
64 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATG
* ** * * ** *
1630 AATTACTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTA
129 AA-TGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
1672 CAATGC-ATTTTAAT-TAAAATAGGAAAACATTCAACATT----T-AATTATTAGATTATAAAAC
1 TAAT-CTATTTTAATCAAAAAT-GTAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * ** * * * *
1730 CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAGGAATAGGTGACTGCAAATGGACTCTTTTGGTGAAT
63 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
* * * * * * * *
1795 AAAT-CGATTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTGAATTT
128 GAATGC-TTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
1837 TAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAATC
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACC
* * ** * * * * *
1901 ATTTATAGCGAGCAATAATTCTTT-AGAAAGCATGAGTGTCTATAAATTAACTTTTTTTTTCAAT
64 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
* * * * * *
1965 TAATGGTATTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTA
128 GAATGCT-TTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * *
2008 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
2073 TTCAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAAT-ATACTTTTCTTG-CTAAT
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTC-AAT
* * *
2136 GAATTGCTTTTGC-ATCACGTTACCTAA-ATCAAACATTCAATTA
128 GAA-TGCTTTTTCTA-CACGTTTCCTAAGGT-AAACATTCAATTA
* * * * * *
2179 TAATATATTGTAATCAAAAATATAAAAATAATTTAACTTAAAATCACTTATGAGATTATGAAACC
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ********* * * **
2244 ATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTACCAAT
64 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
* * * * * * *
2308 GAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGCTAGACATTGAACTT-
128 GAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAA-TTA
* * * **********
2351 TAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
2416 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTTTTGTCAATGA
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGA
* **
2481 ATGACTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTA
130 ATG-C-TTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * **********
2523 CAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
2587 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTCTGTTGTCAATG
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT-TTTTGTCAATG
* * * * * *
2651 AATGGC-TTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTGAATTT
129 AAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
2692 TAATCCT-TTTTAA-CAAAAAATGTAATCAAATTCAACTTGAAATTAA-TAGTGAGATTATAAAA
1 TAAT-CTATTTTAATC-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAA
* * * * * ** * * * **
2754 TCATTTATAGCGAGCAATAATGCTTT-AGAAGGCATGAGTTTCTGTTAATTG-GCTTTTTTCATC
62 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACT-ATAAATGAACTTTTTTTGTC
* * * * *
2817 AATTACTGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAAACACTCAATTA
125 AATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
** ** * *
2863 TAATCTATTTTAATCACCAATGTAAAAAAATTCAGTTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
2928 TTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCTTAGATGACTATAAA-GAGACTTTTCTTGCCAAT
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTCAAT
* * * * * *
2991 GGATTGCTTTTGC-ATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTA
128 -GAATGCTTTTTCTA-CACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
3034 TAATATATTGTAA-CTAAAAATGTGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
1 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
3098 CCATTGATAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGG-GGCTATAAAT-AGACTTTTCTTGCC
62 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTC
* * * * *
3161 AATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTT-CTCGAGATAAACATTGAACTT-
125 AATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAA-TTA
* * ********** *
3207 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *****
3272 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACATTTCGCACCAATG
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTCAATG
* * **
3336 AATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTA
129 AATG-CTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * ** * * *
3378 CAATATATATTAATCAAAGTTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
********** * ** * * *
3443 TTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTGAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGA
* ** * * * *
3508 ATGGATTTTTCTTTATGTCT-CTGAAGGCAGACATTCAATTA
130 AT-GCTTTTTCTACACGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTA
* * * *
3549 TAATATAATTT-ATCTAAAAGTGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * * * * * *
3613 TTTGAAGCG-GTTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATG
65 TTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATG
* * * * *
3677 GATAGCTTTTGC-ATCATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTA
129 AAT-GCTTTTTCTA-CACGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * * * * *
3719 TTATATATTGTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTAT
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* ********** *
3784 TTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAANNNNNNNNNNACTATAAAT-AGACTTTTCTTG-CTAATG
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTC-AATG
* * * * * *
3847 GATGGCTTTTGC-ATCACGTTTCTTGAA-GTAGACGTTTAATTA
129 AAT-GCTTTTTCTA-CACGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
3889 TAATATATTGTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGACATTATGAAACC-T
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * ** *
3953 TGAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTAGGTGACTATAAATGAAATTTTTTTACCAATTAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAA
* * ** * * * ** *
4018 TGGCTTTTTCTTCAGGTTTTTTGAGATAGATGTTGAACTT-
131 T-GCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAA-TTA
* * * *
4058 TAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACT
1 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ** **
4122 ATTT-AAGAAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGTTGACTGTAAAT-AGAC-TTTCCTCACAA
64 ATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTC-A
* ** * ** * * **
4184 ATGAAATACTTTTTCTTTACATTTCCCGAGATAGACATTTGATTA
126 ATG-AATGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * * *
4229 CAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAACCGATTATAAGATTACAAAACTA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** * * * * *
4294 TTTAACGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGTCCATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGA
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGA
* * * *
4359 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGAA-ATTTAATTA
130 AT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTA-AACATTCAATTA
* * * *
4400 TAATATATTTTATTTAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * *
4465 TGTGAAGTGAGTAATAAGGC-TTCGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
65 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGA
* * * * * *
4529 ATCGCATTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGAAAATACTCAATTA
130 AT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTA-AGGTAAACATTCAATTA
* * * ** * *
4570 TACTCTATTTTAATTACAAATGTTAGGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
1 TAATCTATTTTAATCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
4635 TTTAAAGTGAGT
65 TTTAAAGCGAGT
4647 GATCACATTT
Statistics
Matches: 2284, Mismatches: 580, Indels: 223
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 42 0.02
166 81 0.04
167 1 0.00
168 3 0.00
169 140 0.06
170 652 0.29
171 1021 0.45
172 204 0.09
173 131 0.06
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAA
TGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTA
Found at i:2791 original size:855 final size:838
Alignment explanation
Indices: 595--4646 Score: 3667
Period size: 855 Copynumber: 4.8 Consensus size: 838
585 TGGGTGACTA
* * *
595 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTCCTTCAAATTTCTCGAGATAGACATTGAACT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGACATTGAACT
* * * * * *
659 TTAATCT-ATTAAGACCAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAG
65 TTAATCTGTTTTA-ACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * *
723 CATTTAAA-AGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCAAT
129 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAAT
* * * * *
787 GAATGACGTTTTCTTTATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAATGT
194 GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAATAT
* *
852 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAACGCAAGCAATAAGGCTTC
259 AAAAACATTCAACTTAAAATC-A--ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTC
* * * * ** *
917 TAATGGAATGAGTGACTGCAAATGGACTTT-TCTTATCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTC
321 CAAAGGAATGGGTGACTGCAAATGGA-TTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTT
* * * * * *
981 AAGATAGACATTAAATTTTAATTTATTTTAACTAAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATCAAT
385 AAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
1046 AGTGAGATTATAAAATCATTTACAGCGAGCAATAATACTTTAGTAGGCATGGGTTTCTATAAATT
450 AGTGAGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATACTTTAGAAGGCATGAGTTTCTATAAATT
* * *
1111 GACTTTTTTCTCCAATTAATGGCTCTTTT-TACATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATA
515 GACTTTTTTCTTCAATTAATGGCT-TTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTATAATC
**********
1175 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTGAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAA
579 TGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA-AATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * *
1240 AGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTTGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCAAT-AGATTG
642 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCAATGA-ATTG
* * * * **
1304 CTTTTCCATCACATTCCCTAAAGCAGATATTCAATTATAATATATCCTAACTAAAAATGTAAAAA
706 CTTTTGCATCACGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAATGTAAAAA
*
1369 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAAACATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
771 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1434 GCT
836 GCT
*** * * * * * **
1437 TGGGT-GACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGATGGATGTTGAACTT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGACATTGAACTT
* * *
1501 TAATCTGTTTTAACTAAAACTGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTATAAAACCA
66 TAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
1566 TTTAAAGATAGTAATAAAGCTTTAAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGA
131 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGA
* * * * ** * **
1631 ATTACTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTACAATGCATTTTAATTAAAATAGGA
196 ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAATATAA
* * * *
1696 AAACATTCAACATT-TAAT-TATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAA
261 AAACATTCAAC-TTAAAATCAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAA
* * * * * * *
1759 GGAATAGGTGACTGCAAATGGA-CTCTTTTGGTGAATAAATCGATTTTCTTCACATTTCTTAAGG
325 GGAATGGGTGACTGCAAATGGATTTCTCTT-GTCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTTAAGG
* *
1823 TAGACATTGAATTTTAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAGTG
389 TAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAGTG
* * * *
1888 AGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATTCTTTAGAAAGCATGAGTGTCTATAAATTAACT
454 AGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATACTTTAGAAGGCATGAGTTTCTATAAATTGACT
*
1953 TTTTTTTTCAATTAATGG-TATTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTT
519 TTTTTCTTCAATTAATGGCT-TTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTT
* * *
2017 TTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGGG
583 TTAAT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
2082 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCTAATGAATTGCTTTT
646 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTT
* * *
2147 GCATCACGTTACCTAAATCAAACATTCAATTATAATATATTGTAA-TCAAAAATATAAAAATAAT
711 GCATCACGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACT-AAAAATGTAAAAA-AAT
* * *
2211 TTAACTTAAAATCACTTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
774 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *
2276 NNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGCTAGA
1 ----------TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGA
********
2341 CATTGAACTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNN
56 CATTGAACTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
** * *
2406 NNTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTT
121 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
2471 TTGTCAATGAATGACTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAA
186 TCGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAA
*******
2536 TCAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
250 TCAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT---AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* ** *
2601 TAAGGCTTCCAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTCTGTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCA
312 TAAGGCTTCCAAAGGAATGGGTGACTGCAAATGGATTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCA
*
2666 CATTTCTTAAGGTAGACATTGAATTTTAATCCT-TTTTAACAAAAAATGTAATCAAATTCAACTT
377 CATTTCTTAAGGTAGACATTGAATTTTAAT-CTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTT
* * *
2730 GAAATTAATAGTGAGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATGCTTTAGAAGGCATGAGTTT
441 AAAATCAATAGTGAGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATACTTTAGAAGGCATGAGTTT
* * * * * *
2795 CTGTTAATTGGCTTTTTTCATCAATTACTGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAAACACTCAA
506 CTATAAATTGACTTTTTTCTTCAATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAA
* ** *
2860 TTATAATCTATTTTAATCACCAATGTAAAAAAATTCAGTTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
571 TTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
2925 CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCTTAGATGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCA
634 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTAGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCA
* * *
2989 ATGGATTGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAA
698 ATGAATTGCTTTTGCATCACGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAA
* * * *
3054 TGTGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGATAGTGAGTAATAAG
763 TGT--AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAG
3119 GCTTTCAAAGGCTTAGGGGGCT
826 GCTTTC-AA-----A---GGCT
* *
3141 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAAACATTGAACT
1 -TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGACATTGAACT
* ********** *
3206 TTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACT
65 TTAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * *
3271 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCGCACCAATG
130 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATG
* * *
3336 AATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATATTAATCAAAGTTGT
195 AATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAA-ATAT
* * * ********** *
3401 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTT
259 AAAAACATTCAACTTAAAATC-A--ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTC
* * ** ** * * * ** *
3466 GAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTTATGTCTCT
321 CAAAGGAATGGGTGACTGCAAATGGA-TTTCTCTTGTCAATGAATGG-CTTTTCTTCACATTTCT
* * * * * * * * * *
3530 GAAGGCAGACATTCAATTATAATATAATTTATCTAAAAGTGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAA
384 TAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * ***
3594 TTA-TGAGATTATAAAACCATTTGA-AGCG-GTTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGAGACTATA
449 -TAGTGAGATTATAAAATCATTT-ATAGCGAG-CAATAATACTTTAGAAGGCATGAGTTTCTATA
* * ** * * ** * * *
3656 AATGGAC--TTGTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGC-ATCATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAAT
511 AATTGACTTTTTTCTT--CAATTAATGGCTTTTTCTA-CATGTTTC-CCAAGGAAAACACTCAAT
* * * * * * * * * * * *
3717 TATTATATATTGTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACT
572 TATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* ********** * * *
3782 ATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAANNNNNNNNNNACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
636 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * * *
3847 GATGGCTTTTGCATCACGTTTCTTGAAGTAGACGTTTAATTATAATATATTGTAACCAAAAATAT
701 AATTGCTTTTGCATCACGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAATGT
* * * * *
3912 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGACATTATGAAACC-TTGAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
766 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
3975 CAAAGGCCTAGGTGACT
831 C-AA-----A-G-G-CT
* * * * * * * * * **
3992 ATAAATGAAATTTTTTTACCAATTAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTTTGAGATAGATGTTGAACT
1 -TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGACATTGAACT
* * * * *
4057 TTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACT
65 TTAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
4122 ATTT-AAGAAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGTTGACTGTAAATAGACTTTCCTCACAAAT
130 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAAT
* ** ** * * **
4186 GAAAT-ACTTTTTCTTTACATTTCCCGAGATAGACATTTGATTACAATATATTTTAATCAAAAAT
194 G-AATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATC-AAAAT
* * * * * * *
4250 GTAAAAAAATTCAAGTTAAAACCGATTATAAGATTACAAAACTATTTAACGCAAGTAATAAGGCT
257 ATAAAAACATTCAACTTAAAATC-A--ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
*** * * *** * **
4315 TTGGAAGGCATGGGTGTCCATAAATGGACTTT-TCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
319 TCCAAAGGAATGGGTGACTGCAAATGGA-TTTCTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACATTT
* * * * * * *** * *
4379 CCTAAGATAGAAATTTAATTATAATATATTTTATTTAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
382 CTTAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** * * **
4444 AATTA-TGAGATTATAAAACCATGTGA-AGTGAGTAATAAGGC-TTCGAAGGTATG-GATGACTA
447 AA-TAGTGAGATTATAAAATCAT-TTATAGCGAGCAATAATACTTTAGAAGGCATGAG-TTTCTA
* * * * * * *
4505 TAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGAAAATACTCAA
509 TAAATTGACTTTTTTCTT--CAATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCA-AGGAAAACACTCAA
* * * ** * * *
4567 TTATACTCTATTTTAATTACAAATGTTAGGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
571 TTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATG-TAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
4632 -TCATTTAAAGTGAGT
634 CT-ATTTAAAGCGAGT
4647 GATCACATTT
Statistics
Matches: 2651, Mismatches: 482, Indels: 144
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
836 1 0.00
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862 1 0.00
865 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (838 bp):
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAGACATTGAACTT
TAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGA
ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAATATAA
AAACATTCAACTTAAAATCAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAG
GAATGGGTGACTGCAAATGGATTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTA
GACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAGTGAG
ATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATACTTTAGAAGGCATGAGTTTCTATAAATTGACTTT
TTTCTTCAATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTA
ATAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAAGAAACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTGCATC
ACGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
Found at i:4645 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 680--4646 Score: 1299
Period size: 171 Copynumber: 23.3 Consensus size: 171
670 AGACCAAAAT
* * * * * *
680 TGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGCATTTAAA-AGAGTAATAAGAC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * *
744 TTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCAATGAAT-GACGTTTTCTTTATGT
66 TTTCG-AAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCG-CATTTTCTTCATGT
* * * * * *
807 TTTCTAAGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAA-A
129 TTCCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * ** *
849 TGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAACGCAAGCAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *** ** *
914 -TTCTAATGGAAT-GAGTGACTGCAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGT
66 TTTCGAA-GGCATGGA-TGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGT
* * * * * * *
976 TT-CTCAAGATAGACATTAAATTTTAATTTATTTTAACTAAAAA
129 TTCCT-AAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * * * * **
1019 TATAAACAAATTTAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAATCATTTACAGCGAGCAATAATA
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * ** * * * * *
1083 CTTTAGTAGGCATGGGTTTCTATAAATTGACTTTT-TTCTCCAATTAATGGC-TCTTT-TTACAT
65 CTTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATCGCAT-TTTCTT-CAT
* ** * * *
1145 GTTTCCCAAGGCA-AACACTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA
127 GTTTCCTAAGATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * ********** * * * *
1190 TGTAAAACAATTCAGCTTGAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * * * *
1255 TTTTAAAGGCTTTGG-TGACTATAAA-GAAACTTTTCTTGCCAAT-AGATTGC-TTTTCCATCAC
66 TTTCGAAGGC-ATGGATGACCATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGA-ATCGCATTTT-CTTCAT
* * * * * ** * *
1316 ATTCCCTAA-AGCAGATATTCAATTATAATATATCCTAACTAAAAA
127 GTTTCCTAAGA-TAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
*
1361 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAAA-CAT-TGAAAGTGAGTAATAAG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATGT-AAAGTGAGTAATAAG
* * * * ** *
1424 GCTTTCAAAGGCTTGG--G--------T-GACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGT
64 GCTTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGT
* *** * * * *
1478 TT-CTCAAGATGGATGTTGAACTT-TAATCTGTTTTAACTAAA-A
129 TTCCT-AAGATAGAAACTCAA-TTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * *
1520 CTGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAA
1 -TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAG-TGAGTAATAAG
** * * * * ** * *
1584 GCTTTAAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATTACTTTTTCTTTATGT
64 GCTTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGT
* * * * * **
1649 TTTCTAAGACAGACATTCAATTACAATGCATTTTAATTAAA-A
129 TTCCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * **
1691 TAG-GAAAACATTCAACATT----T-AATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
1 T-GTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *** * ** * *
1750 ACTTCCAAAGGAATAGG-TGACTGCAAATGGACTCTTT-TGGTGAATAAATCG-ATTTTCTTCAC
64 GCTTTCGAAGGCAT-GGATGACCATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCAT
* * * * * * * * * ** *
1812 ATTTCTTAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTTACCAAAAA
127 GTTTCCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * * **
1857 TGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATT
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * ** * ** * * * *
1921 CTTTAGAAAGCAT-GAGTGTCTATAAATTAACTTTTTTTTTCAATTAATGGTATTTTCTACATGT
65 CTTTCGAAGGCATGGA-TGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGT
* * * * *
1985 TTCCCAAGGA-A-AACACTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
129 TTCCTAA-GATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * *
2028 TGTAAAAATATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TCAAAGGGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGT-AAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * ** * * * *
2092 CTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCTAATGAATTGC-TTTTGCATCACGT
65 CTTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTT-CTTCATGT
* * * * *
2156 TACCTAA-ATCA-AACATTCAATTATAATATATTGTAATCAAAAA
129 TTCCTAAGAT-AGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * *
2199 TATAAAAATAATTTAACTTAAAATCACTTATGAGATTATGAAACCAT-TGAAAGGGAGTAATAAG
1 TGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGT-AAAGTGAGTAATAAG
** ********* * * * *
2263 GCTTTTAAAGGC-TNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAG
64 GCTTTCGAAGGCAT-GGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATG
* * * * * * * * **
2327 TTTCTTGAGCTAGACATTGAACTT-TAATCTGTTTTAACCAAA-A
128 TTTCCTAAGATAGAAACTCAA-TTATAATATATTTTAATTAAACA
* ********** * *
2370 CTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
1 -TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * * * * *
2435 CTTTAAAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT-GACTTTTTTCTTCACG
65 CTTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCG-C-ATTTTCTTCATG
* * * *
2499 TTTCCTAAGACA-AACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAA-A
128 TTTCCTAAGATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * ********** * **
2542 TATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * * **
2607 TTCCAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTCTGTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACATT
66 TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTT
* * * * * * * ** *
2670 TCTTAAGGTAGACATTGAATTTTAATCCT-TTTTAACAAAAAA
130 TCCTAAGATAGAAACTCAATTATAAT-ATATTTTAATTAAACA
** * * * * * * * *
2712 TGTAATCAAATTCAACTTGAAATTAA-TAGTGAGATTATAAAATCATTTATAGCGAGCAATAATG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGG
* ** ** * * * * * *
2776 CTTTAGAAGGCAT-GAGTTTCTGTTAATTGG-CTTTT-TT-CATCAATTACTGGCTTTTTCTACA
65 CTTTCGAAGGCATGGA-TGAC-CATAAATGGACTTTTCTTGC--CAATGAATCGCATTTTCTTCA
* * * * *
2837 TGTTTCCCAAGGTA-AACACTCAATTATAATCTATTTTAA-TCACCAA
126 TGTTTCCTAAGATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAAC-A
** * * * **
2883 TGTAAAAAAATTCAGTTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
2948 -TTCTAAAGGCTTAGATGACTATAAA-GAGACTTTTCTTGCCAATGGATTGC-TTTTGCATCATG
66 TTTC-GAAGGCATGGATGACCATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTT-CTTCATG
* * * * * *
3010 TTTCCTAA-AGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAA
128 TTTCCTAAGA-TAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* *
3054 TGTGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT-TGATAGTGAGTAATAA
1 TGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGT-AAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * *
3118 GGCTTTCAAAGGCTTAGG-GGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAA
63 GGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCAT
* * * * * ** *
3182 GTTT-CTCGAGATA-AACATTGAACTT-TAATCTGTTTTAACCAAAAA
127 GTTTCCT-AAGATAGAA-ACTCAA-TTATAATATATTTTAATTAAACA
* ********** * * *
3227 TGTAAAACAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * * * *** *
3292 TTTAAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCGCACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTT
66 TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCG-CATTTTCTTCATGTT
* * * * * **
3356 TCCTAAGACA-AACATTCAATTACAATATATATTAATCAAAGT
130 TCCTAAGATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * **********
3398 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGNNNNNNNNNNGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
3463 TTT-GAAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGATTTTTCTTTATG
66 TTTCG-AAGGCATGGA-TGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCA-TTTTCTTCATG
* ** * * *
3525 TCT-CTGAAGGCAGACATTCAATTATAATATAATTT-ATCTAAA-A
128 TTTCCT-AAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAACA
* * * *
3568 GTGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCG-GTTAATAAG
1 -TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAG-TAATAAG
* * * * * * *
3631 GCTTTGGAAGGCTTGGGA-GACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGGATAGC-TTTTGCATCAT
64 GCTTTCGAAGGCAT-GGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTT-CTTCAT
* * * * * ** *
3694 GTTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATTATATATTGTAACCAAAAA
127 GTTTCCT-AAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * * * *
3739 TATAAAAAAA-TCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ********** * * * * * * *
3803 TTTCAAANNNNNNNNNNACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATGGC-TTTTGCATCACGTT
66 TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTT-CTTCATGTT
* *** * * ** *
3867 TCTTGAAG-TAGACGTTTAATTATAATATATTGTAACCAAAAA
130 TCCT-AAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * * *
3909 TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGACATTATGAAACCTTG-AAAGCGTGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * * * *
3972 TTTCAAAGGCCTAGG-TGACTATAAATGAAATTTTTTTACCAATTAATGGCTTTTTCTTCAGGTT
66 TTTCGAAGGCAT-GGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTT
** * *** * * * ** *
4036 TTTTGAGATAGATGTTGAACTT-TAATCTGTTTTAACAAAAAA
130 TCCTAAGATAGAAACTCAA-TTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * *
4078 TGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTAT-TTAAGAAGAGTAATAAGG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAG-TGAGTAATAAGG
* ** * * ** * * * * **
4142 CTTT-GAAAGGCATGGTTGACTGTAAATAGACTTTCCTCACAAATGAAAT-ACTTTTTCTTTACA
65 CTTTCG-AAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATCGCATTTTCTTCATG
** * * ** * * *
4205 TTTCCCGAGATAGACATTTGATTACAATATATTTTAATCAAAAA
128 TTTCCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
* * * * * * * * **
4249 TGTAAAAAAATTCAAGTTAAAACCGATTATAAGATTACAAAACTATTTAACGCAAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * ** * *
4314 TTTGGAAGGCATGGGTGTCCATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
66 TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTTT
* * *
4379 CCTAAGATAGAAATTTAATTATAATATATTTTATTTAAACA
131 CCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
*
4420 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTGAAGTGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
* *
4485 -TTCGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTTT
66 TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTTT
* *
4549 -CTAGAGGA-A-AATACTCAATTATACTCTATTTTAATTACAA-A
131 CCTA-A-GATAGAA-ACTCAATTATAATATATTTTAATTA-AACA
* ** * * *
4590 TGTTAGGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGT
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGT
4647 GATCACATTT
Statistics
Matches: 2879, Mismatches: 752, Indels: 333
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.00
160 108 0.04
161 10 0.00
162 1 0.00
165 41 0.01
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167 5 0.00
168 5 0.00
169 245 0.09
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174 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCATTTTCTTCATGTTT
CCTAAGATAGAAACTCAATTATAATATATTTTAATTAAACA
Found at i:4939 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4667--5034 Score: 413
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
4657 TTCAAGACAA
* ** * * * * *
4667 ACATTCAAATATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGTATTTCAAATTAAAATCAACTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAATTAAAACCAACTATGAG
* * **
4732 ATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC-ATGGGTTG-CTATAAATGGACT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCTAT-GAATGACTATAAATGGACT
* * * * *
4795 TTTTTATCTAAT-GAATAGTTTTTACTTCACATTTCCTGCGGTAG
129 TTTCTATCCAATAG-ATAGCTTTTACTTCACATTTCCTGAGGCAG
* * * *
4839 ACATTCAATTGTAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAGAAATTCAACTTCAGACCAACTATGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAATTAAAACCAACTATGA-
*
4903 G-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGCTATGAATGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAATGACTATAAATGGACTT
* * ** *
4967 TTCTCTCCAATAGATAGCTTTTCCTTCATGTTTTCTGAGGCAG
130 TTCTATCCAATAGATAGCTTTTACTTCACATTTCCTGAGGCAG
*
5010 ACATTCAATTATAATTTATTTTAAC
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAC
5035 CAACAGTAGT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 29, Indels: 9
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
171 126 0.77
172 30 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAATTAAAACCAACTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAATGACTATAAATGGACTTT
TCTATCCAATAGATAGCTTTTACTTCACATTTCCTGAGGCAG
Found at i:6040 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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5845 TCCATTACAT
* *
5855 TTTCT-GAAATAGACATTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAAGGT-AAAAAACTCAACTTAAA
1 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAAGGTAAAAAAACTCAACTCAAA
* * * * * *
5918 ACCAATTATGAGATTATGAAACCATCGAAAGCGAGTAGTAAGACTTTTAAAGGCTTAG-GTGACT
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** *
5982 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATTAAAAACTTTTTCTTC-TCA
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* * * * * * * * *
6024 TTTC-CTGAGGTAGACATTCAAATATTATTTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTCAA
1 TTTCTC-GAGATAGACATTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAAGGTAAAAAAACTCAACTCAA
** * ** * *
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* **
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130 ATAAATGAACTTTTCTCACCAATGAAAAACTTTTTCTTCATA
*
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1 TTTCTCGAGATAGAC-ATTCAATTATAATATATT
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ACCAATTAGGAGATTATAAAACCATCGAAAGCGACTAATAAGACTTTGAAAGGCAAGTGTGACTA
TAAATGAACTTTTCTCACCAATGAAAAACTTTTTCTTCATA
Found at i:7160 original size:170 final size:169
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** * * * *
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* * ********** *
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** * * ** * *
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* * * * * * * * * **
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* *
6722 GCTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
130 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * **
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1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * * * * * * * *
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65 TTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTC
** * * *
6892 GGCTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGCA
129 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
********** * **
6933 AGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * *
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65 TTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA
* * * *
7063 ACTTCAAAT-AACTAATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCA
130 ACTTAAAATCAA-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
** * * * ***
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1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * ** ** * * *
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* * *
7232 TCAACTTCAAATCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAACA
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** * * * * *
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1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * * * * *
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** * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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65 T-TTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT
* ********** *
7573 CAGCTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGTA
128 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
7615 AGTAATAAGGCTTTTATAGGC-TCGGGTAACTATAAAT-GTACTTTTCTTACCAATTG-ATGGCT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCT
* * *
7677 TTTGCTTCATGTTTC-CTAAAGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-GTAAAAAA
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* ********** *
7739 ATTTAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCG
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* *
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1 AGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* *** * *
7848 TGCATT-ATGTTTC-CTAAAACAGACATTCACTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
65 T--TTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A
********** * **
7911 TTCANNNNNNNNNNAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
7955 AGTAATTAAGG-TTTCAAAGGCTTGGGTGA-TAATAAATACAC-TTTCTTACTAATGAATGGCTT
1 AGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * *
8017 TCTCTTCACGTTT-TCTAAAGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAA--AAATATATATAAAAA
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** *
8079 AATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
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* * * * * * **
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1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * * *
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* * * * *
8254 AACTGAAAATCAGA-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAACG
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* * ** *
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1 AGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
** * * * * *
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* * * ** **
8410 TTAAATTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
8454 AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTGAGTGACTATAAGTAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
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* * *
8519 TCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTGAAC-AAAAATGTAAAACAAA
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* * ***
8582 ATCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAANNN
126 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
******* ** * * * * *
8626 NNNNNNNAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCTAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
** ** * * * *
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65 TTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AATT
* * *
8754 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTA
128 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *** *
8796 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTTGTAAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* ** * * * * * * *
8861 TCTTTACATTGCTCAAGATAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
66 T-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTC
* *
8926 AACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCA
129 AACTTAAAATCAATTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* ** * * *
8967 AGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
** * * * ***
9032 GCATCATATTTC-CTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACNNN
66 -TTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATT
******* * * **
9096 NNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAAACCGTTTAAAGTG
128 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCA
* *
9139 AGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * * *
9202 TTCCTT-ACGTTTCTTAAGGCA-AGCATTGAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAT
65 TT--TTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT
* ********** **
9265 TTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTG
127 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *** * *
9308 AGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTAT-GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATTAATGGATGGATTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
** * * * * * * *
9372 TACATCTTGTTTTCTGAA-GCAAACCTTTAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAA
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* * ** * * *
9435 TTCAACTCAAAATCTATTATGTGTTTATAAAACCATTTAAACCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * *
9479 AGCAATAAGGCTTTCAAAGACATAGGTAACTATAAA-GGAACTTTTTTATGCCAATTG-ATTGCT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGCCAA-TGAATGGCT
** * * * * *
9542 TTTGCATCATATTT-TCCAAAGTAG----TC-A--AT--TATGTTTTAACAAAAAATATCAAAAA
63 TTT-TTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
** * * ** **
9597 ATTCATGTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * ** * * * * **
9642 TGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAGTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCACATTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * * * * * * *
9707 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATACTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTC
65 TTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTC
* * * *
9772 AACTAAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
129 AACT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* *** ** * ** *
9813 AGTAATAAGGCTTTTAAAGATTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCGAGCCAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
** * * *
9878 GCATCATGTTTC-CTAAAGTAAACATTCAATTAT-ATGATATTTTAA-TAAAAAATATAAAGAAA
66 -TTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAA
********** * * * *
9940 TTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACTACTTAAAACA
126 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
9984 AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTGGGTGACTATAACTAGACTTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
Statistics
Matches: 2625, Mismatches: 676, Indels: 268
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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TTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
Found at i:7860 original size:169 final size:161
Alignment explanation
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7584 NNNNNNNNNG
* * *
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**
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* *
7753 NNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTAGAAGGCAT-GGGTGACTA
1 ----------ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTA-AAGGC-TCGGGTAACTA
* *
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7878 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
116 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
7909 CATTCANNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 9, Indels: 12
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.05
169 82 0.63
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTCGGGTAACTATAAATGTACTTT
TCTTACCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
Found at i:8841 original size:342 final size:338
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Indices: 6723--9946 Score: 1020
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6713 AAGAATTTGG
* * * ** * * * *
6723 CTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTGGA
* * * * ** * *
6788 TGGCTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAACAGCATTTTT-TTCA-TCTTTCTCAAGGTAAACA
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* * * * * ** *** * * *
6851 TTGAAATATAATATGTTTTAACGAAGAATATAAAAGGATTTGGCTTAAAATCATTTATAAGACTA
126 TTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
* * * ********** * * *
6916 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTT
191 TAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
* * ** * * * * * * ** *
6981 GTTAATGAATGGCATTTT-TTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTGAATTATAATTTGTTTTAA-
256 GTCAATGAAT-GCCTTTTGCATCATATTTCCT-AAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTAAT
7043 CTAAAAATGTAAAAAATTAAA
319 C-AAAAATGTAAAAAATTAAA
* * * * * * ** **
7064 CTTCAAAT-AACTAATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGG
1 CTTAAAATCAA-TTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGT-TGG
* * * *** * ** * ** *
7128 GTGACTATAAATAGACTTTTCTAGGCAATGAATAATTTTTTTGTTACGTTTTTTGAGACATACAT
64 ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTA-GTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * * * *
7193 TCAATTATCATATATTTTAATAAACAAT-TATTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATGATAAGATT
127 TGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATT
* * * **** * * * * *
7257 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTCCCAAAGGCATGTGTGACTACAAATGGACTTTGCT
190 ATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCA
* * * * * * * * ** *
7322 TGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCCTATTT-CTCAAG-ATAGACATTGAATTTTAATTTGTTTTA
255 TGTCAATGAAT-GCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCA-A-ACAATCAATTATAACATATTTTA
* * * *
7384 ATTAAAAATGTAAAACAGTTCAG
317 ATCAAAAATGTAAAA-AATTAAA
* * * * * * * ** *
7407 TTTAAAATCAATAATAACATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTT-AGAAGGCCT--
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTGG
* * * * * * * * *
7469 AAGACTGTAAATGGACGTTTGTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACA
64 ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-A-GTTTCCT-AAGGTAGACA
* ** * * * * **********
7533 CTCCATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAANNNNNNNNNNGATTA
126 TTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
* * * * * *
7598 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-TATAGGC-TCGGGTAACTATAAAT-GTACTTTT
191 TAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGA-AGGCAT-GAGTGACTATAAATAG-ACTTTT
* ** * * * * * *
7660 CTTACCAATTG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAACATTCAATTATAATATATTTTA
253 CATGTCAA-TGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTA
* *
7723 ACCAAAAA-GTAAAAAAATTTAA
317 ATCAAAAATGT-AAAAAATTAAA
********** * * * * * *
7745 CTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTAGAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTGG
* * ***
7809 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATTATGTTTCCTAAAACAGACAT
64 ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTA-GTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * * ********** *
7874 TCACTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCANNNNNNNNNNAATTATAAGATTAT
127 TGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTAT
* * ** ** * * *
7939 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATTAAGG-TTTCAAAGGCTTGGGTGA-TAATAAATACAC-TTTC-
192 AAAACCATTGAAAGCAAGTAATT-AGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCA
* * ** * * * * * * *
8000 T-TACTAATGAATGGCTTTCT-CTTCACGTTTTCTAAAGTAGATATTTAATTATAATATATTTTA
255 TGT-C-AATGAATGCCTTT-TGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTA
* * *
8063 A--AAATATATATAAAAAAATTCAT
317 ATCAAA-A-ATGT-AAAAAATTAAA
* * * * * * * * *
8086 GTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CATGCAATTAGGCTTT-AAAGACATAG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCAAAG--GTTG
* ** * *
8149 G-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATCACATTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAAC
63 GATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-A-GTTTCCT-AAGGTAGAC
* * * * * * * * *
8212 ACTCAATTATATTTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAGAT-ATGAGAT
125 ATTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATAATAAGAT
* * * * * * ** * * *
8276 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAACGCTTTCAAACGG-TTCAGTGACTATAAATGGAC---T
189 TATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
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8337 --TG--AAT--A-G-CTTTTGCATCACGTTTCCCGAAGTAAACATTCAATTATAAGTTATTTTAA
253 CATGTCAATGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTAA
* *
8394 TCAAAAAAGAAAAAAATTAAA
318 TCAAAAATGTAAAAAATTAAA
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8415 TTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-CGTGA
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTG-GA
* *
8479 GTGACTATAAGTAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
65 -TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-A-GTTTCCTAAGGTAGACAT
* * *
8544 TCAAATATAATCTGTTTTGAAC-AAAAATGTAAAACAAAATCAACTTAAAATCAATAATAAGATT
127 TGAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATT
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190 ATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCA
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8672 TCG-CTAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTT-CTTGAGACAAACAATCAATTATGACATA-TTTA
255 T-GTC-AATGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAG-CAAACAATCAATTATAACATATTTTA
*
8734 ATCAAAAATGTAAAACAATTCAA
317 ATCAAAAATGTAAAA-AATTAAA
* *
8757 CTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGT-TGGA
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8822 TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTTGTAAATGGCTTTTTCTTTACATTGCTCAAGATAGACATT
65 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTAGTTTCCT-AAGGTAGACATT
* * *
8887 GAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATA
128 GAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATA
8952 AAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGT
193 AAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGT
* * * *
9017 CAATGAATGGCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAA
258 CAATGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTAATC-AA
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9081 AAATGTAAAAACNNNNNN
322 AAATGTAAAAA-ATTAAA
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1 CTTAAAATCAATTATAAGATTA-AAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTT-GG
* * * *
9164 GTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCCTTACGTTTCTTAAGGCA-AGCA
64 ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTA-GTTTCCTAAGGTAGA-CA
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9227 TTGAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNN
126 TTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
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9291 NNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTATG-GTGACTATAAATGGACTTCTCT
191 TAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCA
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255 TGTCAATGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTAATC
* *
9420 AAAAATATAAAAAAATTCAA
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9440 CTCAAAATCTATTATGTGTTTATAAAACCATTTAAACCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGACATAGG
1 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG--GTTGG
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9505 -TAACTATAAA-GGAACTTTTTTATGCCAATTG-ATTGCTTTTGCATCATATTTTCC-AAAGTAG
64 ATGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGCCAA-TGAATGGCTTTT---TCTTAGTTTCCTAAGGTAG
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9566 ----TCAA-T-T-A--TGTTTTAACAAAAAATATCAAAAAATTCATGTTAAAATCAACT-ATGAG
123 ACATTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATAAG
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9621 ATTATAAAATTATTTAAAGTGTGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAGTGTAAATGGACTTT
187 ATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
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9686 TCTTACCAATGAAT-CACATTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTAT-ACTCTGTT
252 TCATGTCAATGAATGC-C-TTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAAC-ATATT
* *
9748 TTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAA
314 TTAATCAAAAATGTAAAA-AATTAAA
* * * * * * * * **
9774 CTAAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATTTCA
1 CT-TAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTGGA
* ** * * * * *
9838 GTGACTATAAATGGACTTTTCGAGCCAATGAATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAAACAT
65 -TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTA-GTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * *
9903 TCAATTAT-ATGATATTTTAATAAAAAATATAAAGAAATTCAACT
127 TGAATTATAAT-CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
9947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2194, Mismatches: 555, Indels: 267
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 1 0.00
329 53 0.02
330 129 0.06
331 70 0.03
332 13 0.01
333 43 0.02
334 184 0.08
335 14 0.01
336 2 0.00
337 9 0.00
338 65 0.03
339 73 0.03
340 436 0.20
341 541 0.25
342 429 0.20
343 124 0.06
344 6 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTGGAT
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAGTTTCCTAAGGTAGACATTGAA
TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAA
CCATTGAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAA
TGAATGCCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAACATATTTTAATCAAAAAT
GTAAAAAATTAAA
Done.