Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399974.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3201.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 877
Length: 1463
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.08, T:0.26
Warning! 531 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1056 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 726--1456 Score: 761
Period size: 172 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
716 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
726 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGT-TTATC-TAAAAAAAT
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCCTACCTTAGAGAAAC
* * *
788 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
64 GTGAAG-AAAAGCCATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* * * *
853 TATTACCCACTTTT-AATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTA
127 TATTACTC-GTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
896 AGTTTAA-TTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAG-GAAACG
1 AGTTGAATTTA-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGAGAAACG
* * ** *
959 TGCAGAAAAGCCTATTCATTCAGAAAAAATGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
65 TGAAGAAAAGCC-ATTCATTGAGAAAAAA--GTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* * * *
1024 AATTACTTGGTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
127 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
1068 AGTTGAACTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTCTTATTAAATGCCTGCC-TCGAGAAATG
1 AGTTGAA-TTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGAGAAACG
* * * **
1131 TGTAAAAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTAGTTCAAAAGGCT
65 TG-AAGAAAAGCCATTCATTGAG--AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* *
1196 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
127 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
1240 AGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAA-TCTCTA-CTTTGAGAAACG
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTC-CTACCTTAGAGAAACG
1303 TGAAGAAACAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
65 TGAAG-AA-AAGCCATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* *
1367 TATTACTCGTTTTAAA-TGATTTTATATTCTCATAATTGATTCTA
127 TATTACTCGTTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
1411 AATTGAATTTATTTACA-TTTTTGATTAAAACAGAATATAATTGAAT
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
1457 GTCTGGC
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 70, Indels: 46
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.03
170 64 0.14
171 184 0.39
172 187 0.40
173 11 0.02
174 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGAGAAACGT
GAAGAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTTATT
ACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:1168 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 726--1456 Score: 762
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
716 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
726 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTATCTAAAAAAATGTG
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAAT-CCTACCT-GAGAAACGTG
* * * *
791 AAGAAAAAGCTATTCATTGA-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTTA
63 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * *
855 TTACCCACTTTT-AATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTA
128 TTACTC-GTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
896 AGTTTAA-TTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGGAAACGT
1 AGTTGAATTTA-TTTACA-TTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA-TCCTACCTGA-GAAACGT
* * ** ** *
960 GCAG-AAAAGCCTATTCATTCAGAAAAAATGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
62 GAAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* * * *
1024 AATTACTTGGTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
126 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
1068 AGTTGAACTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTCTTATTAAATGCCTGCCTCGAGAAATGT
1 AGTTGAA-TTTATTTACATTTTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAAT-CCTACCT-GAGAAACGT
* * **
1132 GTAA-AAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTAGTTCAAAAGGCT
62 G-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCT
* *
1196 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
126 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
1240 AGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATCTCTACTTTGAGAAACGTG
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTT-GTTAAAATAGACTATAATTGAATC-CTAC-CTGAGAAACGTG
*
1305 AAGAAACAAG-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTT
63 AAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTT
* *
1368 ATTACTCGTTTTAAA-TGATTTTATATTCTCATAATTGATTCTA
127 ATTACTCGTTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
1411 AATTGAATTTATTTACATTTTTGATTAAAACAGAATATAATTGAAT
1 AGTTGAATTTATTTACATTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAAT
1457 GTCTGGC
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 71, Indels: 43
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 56 0.12
171 198 0.42
172 190 0.41
173 13 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AGTTGAATTTATTTACATTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATCCTACCTGAGAAACGTGAAG
AAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
CTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:1357 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 784--1440 Score: 841
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
774 TTATCTAAAA
* * * * * *
784 AAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAA
1 AAATGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTACTTCAAAA
* *
849 GGCTTATTACCCACTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTTAATTATTTTACAT
66 GGCTTATTACCCACTTTTAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTATTTTACAT
* * *
914 TTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGGAAACGTGCAGAAAAGCCTATTCATT
131 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAGCCTATTCATT
* *
979 CAGAAAAAATGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTTGGTTTAAATTG-
196 CAGAAAAAA-GGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGGTTTAAA-TGA
* *
1043 TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTTACATTTTT-AGTTAAAATAGACTCT
259 TTTTACAATCTCATAATTGATTCTAAATTGAA-TTTATTTACATTTTTGA-TTAAAATAGACTCT
1106 TATTAAATGCCTGCCTCGAG
322 TATTAAATGCCTGCCTCGAG
* *
1126 AAATGTGTAA-AAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTAGTTCAA
1 AAATGTG-AAGAAAAAGCCATTAATTGA-AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTACTTCAA
* * * *
1190 AAGGCTTATTACTC-GTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TATT
64 AAGGCTTATTACCCACTTTT-AATAGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTAT-TT
* *
1253 TACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAA-TCTCTA-CTTTGAGAAACGTGAAGAAACAAG-
126 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATTC-CTACCTTAG-GAAACGTGAAG-AA-AAGC
* * * * *
1315 C-ATTCATTGAGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTT
187 CTATTCATTCAGAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGGT
* *
1378 TTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTATTTACATTTTTGATTAAAA
251 TTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTATTTACATTTTTGATTAAAA
1441 CAGAATATAA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 30, Indels: 25
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 31 0.11
343 163 0.60
344 68 0.25
345 7 0.03
346 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAATGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTACTTCAAAA
GGCTTATTACCCACTTTTAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTATTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAGCCTATTCATT
CAGAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGGTTTAAATGATT
TTACAATCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTATTTACATTTTTGATTAAAATAGACTCTTATT
AAATGCCTGCCTCGAG
Done.