Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399983.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_321.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3439
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Warning! 347 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1305 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 540--2864 Score: 1457
Period size: 170 Copynumber: 13.6 Consensus size: 169
530 CTCAAAAAAC
** * * * * **
540 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAAT-AATCCATTCCTTCGGAAGCC
1 GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCC
* * * **
604 TTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTTACA-TT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** *
668 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATCTGCCT-TTAGAAACAT
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCCTAAT-G-AA-AT
*** * * * **
712 -TAGAA-AAAAGATTTTCGTTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGCCTC-CTC-TTCCTTTGAAAGC
1 GT-GAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCACTCATTCCTTCAAAAGC
* **********
773 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACA
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA
* * * * * * *
837 TTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACCTTGA-GAAAC
126 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCC-TAATGAAAT
* * * * *
882 GTGAAAAGAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCTAAAGCC
1 GTG--AAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
** * * * *
947 TTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGAGTTTCAA-CTGAAATTTTTTTACAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-AATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1011 TCTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATTTGCCTGA-GAAAT
127 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCCTAATGAAAT
* * * *
1054 GTGAAGTGAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAAGTTCATTTATAG-CACTCATTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* *** * * * * *
1118 TGATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTCAGTTGAAGTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * *
1183 TTGGCAAAAACAGATTATAATTGAGTTTTTGTCTAATGAAAT
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-TGTCTGCCTAATGAAAT
* *
1225 GTGAAGAAAACGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCT
1 GTGAAGAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
1289 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATATTTGATTTTAAGATGAATGTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * ** *
1354 TCTTTAAAAC-GTACTATAATTGAATGCCTACCTTGGTCAACAT
130 TGGTTAAAACAG-ACTATAATTG-ATGTCTGCC-TAATGAA-AT
* * * * * * * *
1397 GT--TGAAAAGTCATTTATTAAG-AAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGTCT
1 GTGAAGAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
1459 TATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACAATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
1524 CGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGA-GAAACA
130 TGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGC-CTAATGAAA-T
* * * *
1566 G-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
** * *
1630 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAAG-TAAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
1694 GTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAA-GAAAT
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCC-TAATGAAAT
* * * * * * *
1736 GTGAAGAAAAAGACATTCAATT-GCAAAAAAAGTCCTTTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAACC
1 GTGAAG-AAAAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * *
1800 TTATTACTC-ATGTTAATTAGTTTTATAATCTCAT-CTGTAACTTCAAGTTGAAGTTTTTTACAT
64 TTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * *** * *
1863 TTTTACTCAAAA-AG-GTAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGTAAC
127 TTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTG-ATGTCTGCCTAATGAAAT
* * * ** * *
1906 GTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTCGAAAGCC
1 GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
** * * * *
1970 TTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTAAAAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * *
2035 TTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCT-AAT-GTGACAAAC
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCCTAATG--AAAT
* * ** * * * * * * *
2077 ATAAAGAAAAAGTAATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGCCACCCATTCTTTCAAAAGACT
1 GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2142 TATTACTCGCTTTAAATGATATTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
2207 TGGATAAAAAAGGCT-TCAATTGAATGT-TGACCT--TGAGGAAC
130 TGGTTAAAACAGACTAT-AATTG-ATGTCTG-CCTAATGA--AAT
* * * * * ** *
2248 GTGAAGTAAAAGCCA-TCAATTAGCACGAAAAGTCAATTCATAGTCACTCAAGCCTAT-GAAAGC
1 GTGAAG-AAAAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGC
* * * * * * *
2311 CTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTAACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
2375 TTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCT--CGAGAAT
128 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCCTAATGA-AAT
* * ** * * *
2417 CATAAAGAAAA-ATATTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGT
1 -GTGAAGAAAAGGCA--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
2481 CTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
2545 TTTAGTTAAAACAGACTACAAATGATTGTCAGCCTCGA-GAAAC
128 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-TGTCTGCCT-AATGAAAT
* * * * * *
2588 AT-AAGGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAA-GAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
*** *
2652 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGAGTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * * *
2717 TTTATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCCTGTCTTGAGGAACAT
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTG-CCTAATGAA-AT
* * * * **
2761 GT--AGAAAAAGCTATTCATTGAGTAA-ACAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAAT
1 GTGAAGAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
2822 CTTATTACTTGCTTTAGATTGTTTTATAATCTAATATTTGATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
2865 AAAACATACT
Statistics
Matches: 1699, Mismatches: 369, Indels: 171
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 50 0.03
170 743 0.44
171 693 0.41
172 91 0.05
173 113 0.07
174 5 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGACTATAATTGATGTCTGCCTAATGAAAT
Found at i:1886 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 543--2853 Score: 1570
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 337
533 AAAAAACGTG
** * * * * **
543 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAAT-AATCCATTCCTTCGGAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * **
607 TTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTTACATTTTAG
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-G
* ** * * * ** * *
672 TTAAAACAGATTATAATTGAACATCTGCCTTTAGAAACAT-TAGA-AAAAAGATTTTCGTTGGTA
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGTA
* * *
735 AGAAAAGTCCGTTTATAGCCTC-CTC-TTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
192 AGAAAAGTCCATTTATAG--TCACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTT-AATAGTTT
********** * * ** * * * *
797 TATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATT
252 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--GTTTTTTACATTTTTACTAAAAACAGATAATAAT
*
861 TGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGA
315 TGAATGTCTACCTTGAGAAAC--GA
* * * * *
886 AA-AGAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCTAAAGCCTTA
1 AAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
950 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGAGTTTCAACTGAAATTTTTTTACATTCTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TT
* * * * * * ** * *
1015 AGTTAAAACAGATTATATTTGAATATTTGCC-TGAGAAATGTGAAGTGAAAGGCATTCATTGGTA
128 -GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGT-
* * * * *
1079 AAAAAAAGTTCATTTATAG-CACTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTTATTTTAAATAGTTTTA
191 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTT-AATAGTTTTA
* * * *
1143 TAATCTCATAATTAACTTTCAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGC-AAAAACAGATTATAATTGA
254 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTT-ACTAAAAACAGATAATAATTGA
* * * ** * * *
1207 GTTTTTGTC-TAATGAAATGTG
318 ATGTCTACCTTGA-GAAACG-A
* * *
1228 AAGAAAACGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTAT
1 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
1292 TACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATATTTGATTTTAAGATGAATGTTTTTACATTTTTCT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT-G
* * * *
1357 TTAAAAC-GTACTATAATTGAATGCCTACCTTG-GTCAACATGT--TG-AAAAGTCATTTATTAA
129 TTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG--AA-ATGTAAAGAAAAAGACATTCATT-A
* * * * * *
1417 G-AAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTT
189 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAATA-GTTT
* * *** * * *
1481 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACAATTTCGGTTAAAATAGATTATAATT
252 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTTTTACTAAAAACAGATAATAATT
*
1545 GAATGTCTACATTGAGAAACAGA
316 GAATGTCTACCTTGAGAAAC-GA
* * *
1568 AAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
1633 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAAG-TAAATTTTTTTACATTTGTG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTT-TG
* * * * *
1697 CTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCAATT-GCA
129 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTC-ATTAGTA
* * * * *
1761 AAAAAAGTCCTTTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCATGTTAATTAGTTTTAT
192 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTAA-TAGTTTTAT
* * * * *
1826 AATCTCAT-CTGTAACTTCAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTACTCAAAA-AGGTAATAATTGAA
255 AATCTCATAAT-TAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTACTAAAAACAGATAATAATTGAA
* * * *
1889 TGTCTGCCTTGGGTAACGTG
319 TGTCTACCTTGAGAAACG-A
* * * * ** * *
1909 AAGTAAAAGCCATCCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTCGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
1973 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTAAAAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--TTTT
* * * ** *
2038 GTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTA-ATGTGACAAACATAAAGAAAAAGTA-ATTCATTTGT
128 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAATGTAAAGAAAAAG-ACATTCATTAGT
* * * * * *
2101 AAGAAAAGTCCATTTCTAGCCACCCATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAA-ATGATATT
191 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAATA-G-TTTT
* * * *
2165 ATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAAA-AGGCT--TCAA
253 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTT--ACTAAAAACA-GATAAT-AA
* *
2226 TTGAATGT-TGACCTTGAGGAACGTG
314 TTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACG-A
* * * * * * ** *
2251 AAGTAAAAGCCA-TCAATTAGCACGAAAAGTCAATTCATAGTCACTCAAGCCTAT-GAAAGCCTT
1 AAGAAAAAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTT
* ** * * * *
2314 ATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTTATTTTAAGTTAAA-TTTTTAACATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT
* * * * ** *
2378 GGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AATCATAAAGAAAAATATTTTCATTGGT
128 -GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT-GTAAAGAAAAAGACATTCATTAGT
* *
2442 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTA
191 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTT-AATAGTTTTA
* * * * *
2507 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTACA-AA-TG
254 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTACTAAAAACAGA-TA-ATAATTG
* *
2569 ATTGTC-AGCCTCGAGAAAC-A
317 AATGTCTA-CCTTGAGAAACGA
* * * *
2589 TAAGGAAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCT
1 -AA-GAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * **
2653 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGAGTTTTATATTTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATT
* * * **
2718 TTATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCCTGTCTTGAGGAACATGT--AGAAAAAG-CTATTCATT
126 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAA-ATGTAAAGAAAAAGAC-ATTCATT
* * * ** *
2780 GAGTAA-ACAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTTGC-TTTAGATT
188 -AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CATTTA-ATA
2842 GTTTTATAATCT
248 GTTTTATAATCT
2854 AATATTTGAT
Statistics
Matches: 1572, Mismatches: 302, Indels: 190
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 39 0.02
340 300 0.19
341 686 0.44
342 267 0.17
343 154 0.10
344 77 0.05
345 48 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTACTAAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
CTTGAGAAACGA
Found at i:3274 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 3025--3337 Score: 351
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
3015 AATTTTTTTA
* * * * **
3025 ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCATAAGAAACGTGAAGCAAAAGGAATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCATAAGAAACATAAAGCAAAAACAATT
* * * * *
3090 AATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTACTCACTCTAAAT
66 AATTGCCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAAT
3155 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNT
131 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT----------T
*
3196 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTAT-TTAAGAAACATAAAG-AAAAACACA
1 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TATCATAAGAAACATAAAGCAAAAACA-A
* * * * *
3259 TTCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTGCTCACTTTAA
64 TTAATTGCCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAA
3324 ATAGTTTTATAATC
129 ATAGTTTTATAATC
3338 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 115 0.93
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCATAAGAAACATAAAGCAAAAACAATT
AATTGCCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
Done.