Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399984.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3210.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1798
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Found at i:334 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14--1798 Score: 1448
Period size: 170 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
4 GTCATCCAAG
* * *
14 CTTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTCAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
79 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TGAATTATAATTGAATATCT-ATCTCAGGAAACATGAAGAAA
65 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATATTTGA-CTCAAGAAACGTGAAGAAA
* ** * *
142 AAGCCATGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGC
127 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
186 CTTTGAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAAATGGTTTTACAACCTCATAATTAATTTTAGGTT-AAT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
250 TGTTTTGCGTTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATATTTGACTCAGGAAACGTGAAGCAAAA
65 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* *
315 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGC
129 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
357 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * *
422 TTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATTGA-ACTTGAATATTT-AC-CTTAGCAAACGTGAA-AAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATATTTGACTC-AAG-AAACGTGAAGAAA
** * * * * * ** *
483 AAGCCATTTTTTAGTAAAAAAAAAATTCACTTATAGTCATGCAAGC
127 AAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * *
529 TTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CTTTAAAATTGATTTTATGTTTATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * * * * * * *
593 TTTTTTTCATGTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA-AGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGCAAA
64 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATA-TTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAA
** * * * * **
657 AGCCA-TCTATTGGTATGAAAAGTCTATTTATAATCGCTTAAT-C
128 AGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGC
* ** * * * * * *
700 CTTCGAAAGTTTTGTTATTCGCTTTAGATGGTTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAATT-AAGT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
764 TTATTTACATTTTTGGTTCAAACATATTATAATTGATTGTCTGTA-T-TAGAAA-G-GCAGAGAA
65 TT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTG-ACTCAAGAAACGTG-A-AGAA
* * * *
825 AAAACCATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGC
126 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
870 CTTTCAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * *
935 TTTTTACA-TTTTGGTTAATACATATTATAATTGAAT-GTT-ACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGA-CTCAAGAAACGTG--AAGAAA
* * * *
997 AAACCATTCGTTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATG-
127 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ** * * *
1039 CTTTCAAAATCTCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTCAAT
1 CTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* **** * * * * *
1104 CCTTTTACATTTTCAACTAAAATAGATTATAACTG-AT-TGTGTATCTCAA-AAACGTGGAGAGA
65 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTG-A-CTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
1166 AAGCCATGCATTGCCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATGT
127 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ** *
1210 CTTT-AAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAAT
1 CTTTGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
1274 TTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAATA
65 TTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* *
1338 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGG
129 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * ** * * *
1380 CTTCGAAATCCTTACTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAATTTAATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
1445 GTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAGACATGAAGAATAAG
66 -TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * **
1510 CCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTGTGC
130 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
1551 CTTCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * *
1615 CTTGTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGCAAAA-
66 -TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
1679 CCATTTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATGACCCAAGC
130 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
1720 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGGTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
1785 TTTTTACATTTTTG
65 TTTTTACATTTTTG
Statistics
Matches: 1294, Mismatches: 266, Indels: 108
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
168 3 0.00
169 108 0.08
170 607 0.47
171 395 0.31
172 166 0.13
173 13 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
Done.