Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397527.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3029.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10012
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 2264 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1439 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1179--1589 Score: 513
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
1169 CACCCATACG
* **
1179 TTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAA-TAAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AAGTTGAA-T
* * * * ***
1243 TTTTTATATTTTTTGTAAGAATATATTGTAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAG
64 TTTTTACATTTTTTGTAAGAATATATTATAACTGAATATCTACCGCAAGAAACAAGAAGCAAAAG
1308 CCATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGTC
129 CCATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGTC
* **
1350 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* *
1415 GTTTTACATTTTTAT-TAA-AATATATTATAACTGAATATCTGCCGGAAGAAACAAGAAGCAAAA
65 -TTTTACATTTTT-TGTAAGAATATATTATAACTGAATATCTACCGCAAGAAACAAGAAGCAAAA
* * * *
1478 GTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC
128 GCCATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGTC
* ** * * * *
1521 TTCATAAGCCCTTACAACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 TTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1586 TTTT
65 TTTT
1590 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 29, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 142 0.69
172 57 0.28
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
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TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTACATTTTTTGTAAGAATATATTATAACTGAATATCTACCGCAAGAAACAAGAAGCAAAAGCC
ATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGTC
Found at i:2743 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2316--2819 Score: 492
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
2306 CTACATCAGA
* * * * * *
2316 AAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGTCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGTCTTTGAA
1 AAACGTGAAG-AAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGTCTTTAAA
* * * * *
2380 AGGCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTTG
64 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * * *
2444 CATATTTTATTAAAATTTATTATAATTCAAAGTCTACCTTTGG
127 CAT-TTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTATACCATTGG
* * ** * ** * * *
2487 AAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAGGTTTATATATAGTCACTTAAGTCTTTATAG
1 AAACGTGAAG-AAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGTCTTTAAAA
* * *
2552 GCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATCTTTTTTAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC
* *
2617 ATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTATA-CATTGAG
128 ATTTTT-GTTAAAATAGATAATATTTGAATGTATACCATTG-G
* * * *
2659 AAACGTGAAGAGAAAGTCATTCATTGACAACAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
1 AAACGTGAAGA-AAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGTCTTTAAAA
* * *
2724 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
2789 TTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGT
129 -TTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGT
2820 CCACCTTAAA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 57, Indels: 18
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 136 0.51
172 130 0.49
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAACGTGAAGAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGTCTTTAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTATACCATTGG
Found at i:2865 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2529--2911 Score: 416
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
2519 AAGGTTTATA
* * * * * *
2529 TATAGTCACTTAAGTCTTTATAGGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACTCATG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * *
2594 ATTTAAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTATACATTGAG
65 ATTTAAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTACACATTAAA
* * ** *
2659 AAACGTGAAGAGAAAGTCATTCATTGACAACAAAAGTCCATC
130 AAACGGGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATC
* *
2701 TATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATT-
1 TATAGTCACTCATG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * *
2765 ATTTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCCACCTTAA
65 A-TTTAAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTACACATTAA
* *
2829 AAAATGGGCAGAAAAACCCATTCATT-AGCAACAAAAGCCCATC
129 AAAACGGGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAACAAAAGCCCATC
* * *
2872 TGA-AGTCACCCAT-CTGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 T-ATAGTCACTCATGCT-TT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
2912 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 29, Indels: 11
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 3 0.02
171 104 0.59
172 68 0.38
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAGTCACTCATGCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTAAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTACACATTAAAA
AACGGGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATC
Found at i:3552 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3344--5054 Score: 1166
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 171
3334 NNNNNNNNNN
* * * * *
3344 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* *
3409 GTCTACAAT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 GTCTAC-ATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC
* * ** * *
3472 TTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTAC
129 CTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ********** * * * *
3515 AATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTNNNNNNNNNNATATATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * * * * * * * * * * * * *
3580 GTCTGCCTCAGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATCCGTTGGCTCA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCT
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCTATCTATAGTCACC
* ** * ** *
3644 TAAGTTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTT
130 TATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********** * * * *
3686 AATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * * * * * * * * * * * *
3751 GTTTACCTCGAGAAACTTGAGGCAAAAGTCATCCATTAGTAACAAAAGTTTATTTATAGTCACTT
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCT
* **********
3816 AAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTAT
131 ATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *** * *
3857 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTGCATTTTTCACTAAAACAGATAATATTTGAAG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
** * * * * * *
3922 GTCTACATTAGGAAACGTGATGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCC
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCT
* * * *
3987 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTAT
131 ATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
4028 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTT-ATAAAAATATATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAA-AGATAATATTTGAA
* * * * * * ** * * *
4091 TATCTACCTTGGAAAACAT-AA-AACAGTAGTTA-TCTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 TGTCTACATCGGGAAACGTGAAGAA-A-AAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
* * * * * * *
4153 GCTTAAAT-C-TTCGTAAGTCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTAT
127 ACCT--ATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4198 AATCTCGTAATTGATGTTAAGTTGAATTGTTTCATTTTTTTTGGTTAAAAAA-A-AATATTTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-GTTAAAAAAGATAATATTTGAA
* * *
4261 TGTCTACATGGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
65 TGTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACC
* * ** * *
4326 CATGCATTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
130 TATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
4368 AATCTCAT-ATATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAAATAGATAGTATTAGA
1 AATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAA-AGATAATATTTGA
* *** * * * * * *
4430 ATATCTATC-TCAAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCTAAAAAAAGTCGAGCTATAGTC
64 ATGTCTA-CATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCTATCTATAGTC
* * * **
4493 ACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTAT
127 ACCTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * * **
4538 ACTCTCATAATTGATTTTAAATT-AA-ATTTTTATATTTTTCATCAAAACAGATAATATTCAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * * * * ** *
4601 GTTTACATAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTGTTGGCAAGAAAAGT-TCATCTATAGTCACC
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT-ATCTATAGTCACC
* * * * *
4665 AATGCGTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTAT
130 TATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
4707 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * ** * * * * *
4771 GCCTACCT-TAGAAACGGGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCC
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCT
*
4835 ATGCGTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
131 ATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* **
4876 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACTGATAATATTTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* *** * * * * * * *
4941 ATCTACATCAAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTATCATGAAAAGTCCATCTATAGACACCC
66 GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA-CC
* * *
5006 T-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
130 TATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
5047 AATCTCAT
1 AATCTCAT
5055 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 309, Indels: 76
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.01
168 14 0.01
169 242 0.20
170 420 0.35
171 495 0.41
172 9 0.01
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT
GTCTACATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCT
ATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:4347 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3110--5054 Score: 1148
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
3100 NNNNNNNNNN
* * * *
3110 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCGTTCAAAAGCCTCATTACTCACTCTAAA-GAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTAT
* * * * * ** *
3174 AATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTTATAAAAATATATTGTAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAAT
* * * *** * * *
3238 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCGGAAG-TCATCCACTGGCAA
130 GTCTACAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAA
* * **** * ** * ** **********
3280 GAAAAGTCCATTTATAATCGTTTAAGTC-TTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAANNNNNNNNNN
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3344 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTAAAAA-AGATAATATTTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAAATAGATAATATTTGAA
* ** *
3408 TGTCTACAATGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAA
129 TGTCTAC-ATGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAA
* * ** * * ** * *
3451 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTACA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ********** * * *
3516 ATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTNNNNNNNNNNATATATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAATG
* * * * * * * * * *
3581 TCTGCCTCAGGAAACGTGAGGCAAAAG-TCATCCGTTGGCTCA
131 TCTACATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGC-AA
* * ** * ** * * ** *
3623 -AAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * *
3687 ATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTTGTT-AAAATATATTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAAATAGATAATATTTGAAT
* * * * * * *
3751 GTTTACCTCGAGAAACTTGAGGCAAAAG-TCATCCATTAGTAA
130 GTCTACAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAA
* ** * ** * * **********
3793 CAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** ** *
3857 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTGCATTTTTCACT-AAAACAGATAATATTTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAAATAGATAATATTTGAA
* * * * * *
3921 GGTCTACATTAGGAAACGTGATGAAAAAGCTATTCATTGGTAA
129 TGTCTACATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
** * * * * *
3964 GAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
4029 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAATG
* * * *
4093 TCTACCTTG-GAAAACAT-AA-AACAGTAGTTA-TCTATTAGTAA
131 TCTA-CATGAG-AAACATGAAGAA-A-AAGCTATTC-ATTAGCAA
* * ** ** * * * *
4134 GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAAT-C-TTCGTAAGTCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCAC--CCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
4197 TAATCTCGTAATTGATGTTAAGTTGAATTGTTTCATTTTTTTTGGTTAAAAA-A-A-AATATTTG
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT--TTAAAAATAGATAATATTTG
* *
4259 AATGTCTACATGGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAA
127 AATGTCTACAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
* * * *
4304 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
4369 ATCTCAT-ATATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTTAAAAATAGATAGTATTAGAAT
66 ATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAAT
* * *
4432 ATCTATC-TCA-AAAAATGAGAAGAAAAAG-TCATTCATT-GCTAA
130 GTCTA-CATGAGAAACAT--GAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGC-AA
* * * * **
4474 AAAAAGTCGAGCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** * * **
4539 CTCTCATAATTGATTTTAAATT-AA-ATTTTTATATTTTTCATCAAAACAGATAATATTCAAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAATG
* ** ** *
4602 TTTACATAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTGTTGGCAA
131 TCTACAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
* * * * *
4643 GAAAAGTTCATCTATAGTCACCAATGCGTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
4708 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA-AGATAATATTTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAAATAGATAATATTTGAAT
* * * **
4771 GCCTACCTTAGAAACGGGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
130 GTCTACATGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
* * * * *
4812 GAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
4877 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACT-GATAATATTTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAAATAGATAATATTTGAAT
* * * * * *
4941 ATCTACATCAAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTATCAT
130 GTCTACAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
* * * *
4983 GAAAAGTCCATCTATAGACACCCTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
5048 ATCTCAT
66 ATCTCAT
5055 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1357, Mismatches: 357, Indels: 121
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.01
168 19 0.01
169 240 0.18
170 476 0.35
171 593 0.44
172 16 0.01
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGATAATATTTGAATG
TCTACATGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
Found at i:4374 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 3850--5054 Score: 1171
Period size: 340 Copynumber: 3.5 Consensus size: 334
3840 NNNNNNNNNG
* * ***
3850 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTT-TGCATTTTTCACTAAAACAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTAT--TTTTTTTGTTAAAACA-ATAAT
* * * * * * * **
3914 ATTTGAAGGTCTACATTAGGAAACGTGATGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATCTAT
62 ATTTGAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTAT
* * * *
3979 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
127 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
4044 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACA
192 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTT-GAAAACA
* * ** *
4109 TAAAACAGTAGTTA-TCTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAAT-C-TTCGTAAGT
256 TAAAA-A-AAGTTATTC-ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC--CCATGCGTTCGAAAG-
*
4171 CTTATTAGTCGTTTTAAATA
315 CTTATTACTCGTTTTAAATA
* * *
4191 GTTTTATAATCTCGTAATTGATGTTAAGTTGAATTGTTTCATTTTTTTTGGTTAAAA-AAAAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-ATTTTTTTT-GTTAAAACAATAATA
*** *
4255 TTTGAATGTCTACATGGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATA
63 TTTGAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATA
* * * *
4320 GTCACCCATGCATTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATATGATT
128 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATT
* * *
4384 TCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TAAAAATAGA-TAGT-ATTAGAATATCTATC-TCAAAA
192 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGATTA-TAATT-GAATATCTACCTTGAAAA
* * * * ** *
4445 AATGAGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCTAAAAAAAGTCGAGCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAA
254 CAT---AA-AAAAAGTTATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAA
4509 GCCTTATTACTCGTTTTAAATA
314 G-CTTATTACTCGTTTTAAATA
* * * * * ** *
4531 ATTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTATATTTTTCATCAAAACAGATAATATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATTTTTTTTGTTAAAACA-ATAATATT
** * * ** ** * *
4596 CAAATGTTTACATAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTGTTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGT
65 TGAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT
* * * *
4661 CACCAATGCGTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTT
130 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
4725 AAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA-AGATAATATTTGAATGCCTACCTT-AGAAACGG
194 AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGA-AAAC-A
* * * * *
4788 GAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCTTTA
256 TAA-AAAAAGTTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGC-TTA
* *
4853 TTACTCGCTTTAAATG
319 TTACTCGTTTTAAATA
* * *
4869 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACTGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATTTTTTTTGTTAAAAC-AATAATA
* * * *
4934 TTTGAATATCTACATCAAA-AAACATGAAGAAAAAACTATTCATTATCATGAAAAGTCCATCTAT
63 TTTGAATGTCTACAT-AAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTAT
* * *
4998 AGACACCCTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
127 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
5055 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 125, Indels: 67
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.01
338 126 0.18
339 144 0.20
340 357 0.51
341 65 0.09
342 7 0.01
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAATAATATTT
GAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAACATAAAA
AAAGTTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCTTATTACTCG
TTTTAAATA
Found at i:6004 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5363--6232 Score: 947
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
5353 NNNNATGGTT
* * *
5363 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAATATGTTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTACATTTTT-TTAAAAATATATTATAATT
* * *
5428 GAATGTTTGCCTCAAGAAATGT-AAGGCAAAAGTCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 GAATGTCTG-CTCAGGAAATGTGAA-GCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
5492 TGCTTAAATCTTCGAAATCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
127 CGCTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATGTTA
** * * * *
5557 AGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTAAAAATAGATAACATTTGATTGTTTACGTAGGGAAACGTG
192 AGTTGAATGGTTTTACGTTTTTAGTAAAAACAGATAACATTTGAGTGTTTACATAGGGAAACATG
* **********
5622 AAGAAAAAATCATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTAT
257 AAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTAT
*
5687 TACTCGCTTTAAACAGTA
322 TACTCACTTTAAACAGTA
* * *
5705 TTATAATCTCTTAATTGATTTAAAGTTGAAAGTTTTTACATTTTTTTAAAAATATATGATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTACATTTTTTTAAAAATATATTATAATTG
* * *
5770 AATGTCTGTCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCG
65 AATGTCTG-CTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCG
********** * * * * *
5835 NNNNNNNNNNCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATGTTAA
129 CTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATGTTAA
* * * * * *
5899 GTTGAATGGTTTTACTTTTTTAGTCAAAGCAGATAATATTTGAGTGTTTGCATGGGGAAACATGA
193 GTTGAATGGTTTTACGTTTTTAGTAAAAACAGATAACATTTGAGTGTTTACATAGGGAAACATGA
* * *
5964 AGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA-CTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGGCTTAT
258 AGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATC-TATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTAT
* * *
6028 TACTCATTTTAAATAGTT
322 TACTCACTTTAAACAGTA
* * * *
6046 TTATAATCTCATAATTGGTTTTTAGTTG-AATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTT-TAAAAATATATTATAATTG
* * * * *
6110 AATGTCTGCGTTAGGAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTCATAGTCG
65 AATGTCTGC-TCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCG
* * * * *
6175 CTTCAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
129 CTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA
6233 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 93, Indels: 14
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 14 0.03
340 117 0.27
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342 44 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTTAAAAATATATTATAATTGA
ATGTCTGCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCT
TAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAGTT
GAATGGTTTTACGTTTTTAGTAAAAACAGATAACATTTGAGTGTTTACATAGGGAAACATGAAGA
AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAACAGTA
Found at i:7799 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7197--8827 Score: 716
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
7187 NNNNNNNNNC
* * * * * *
7197 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTT-AAATTGTCTTACATTTTTG
* * * * **
7262 G-TCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGAT
64 GCT-AAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * *
7325 AAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTTCAAAAACCTTAT
127 AAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
* * * ********* * * *
7369 TACTTGTTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTAATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAGTTAAATTGTCTTACATTTTTG
* * * * * * * *
7433 GTTAAAACAGATAATGTTTGAATGTCTACCTT-AGAAAATGGGAGGA-AAAACCCATTCATTGGC
64 GCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAG-AAATGTGA-AACAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
7496 AACAAAAGCCCATCTGA-AGTCACCC-A-TCCATTTAAAAGCCTTAT
127 AAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCGCCCAAGT-CGTTTGAAAGCCTTCT
* * * * * * * * * *
7540 TTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATCATTCACTATAAGTTTAATT-ACTTTACATTTTT-
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGTTAAATTGTC-TTACATTTTTG
** * * ** * * * ** * *
7603 ATTAACATATATTGT-TGTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCT-AAGGCAAAAGTCATCCATTGGC
64 GCTAAAATAGATAATAT-TTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGC
* ***
7666 AAGAAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTC-TTTGAAAGCCTTCT
127 AAG-AAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
* * * * * *
7711 TATTTGTTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGTTAAATTGTCTAACATTTTTGGC
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTAAATTGTCTTACATTTTTGGC
* *
7776 TAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCCAG
66 TAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * ** *
7840 AAAAGTCTATCTATAATC-ACCAA-TGCGTTCCAAAGAC-TCAT
130 AAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGT-CGTTTGAAAGCCTTC-T
*** * * * * * *
7881 TACTTAATCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAACTT-TTTTACATTTTT-
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AG-TTAAATTGTCTTACATTTTTG
** * ** * * * * *
7944 TATAAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGC-CTCAGGAAATGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGC
64 GCT-AAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGA-GAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * **
8008 AAGAGAGGTTCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTTGAAAGCCTTAC-
127 AAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTT-CT
* * * * *
8052 TATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAATTTTCTTACATTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTT-AAATTGTCTTACATTTTTG
* * * * * * *
8117 TC-AAAACAAATAATATTTGAACGTCTACATTGAGAAAAGTGAAGAC-AAAGCCATTCATTGACA
64 GCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * *
8180 AGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTTTGAAAGCTTTAT
128 AGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
* *
8223 TACTCGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTA-AATTGTCTTACATTTTTG
* * * ** ** * * *
8287 GTTAAAA-ATGATAATATTTGAATGCCAACA-CCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCTATTCATTGT
64 GCTAAAATA-GATAATATTTGAATGTCTACATTGA-GAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGG
* * * * * *
8349 CATGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTAT
126 CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
* * * * ** *
8394 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAAT-TGTCTTACATTTTTG
* * * *** * *** * *
8459 GTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATC-TT-AAAAAACAGAAAGAAAAATATATTCTTTGGC
64 GCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA-CATTGAGAAATGTGAAA-CAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * *
8522 AA-AAGAAGTCCATTTATAGTCATCC-A-TACGTTCGAAAGCCTTAT
127 AAGAA-AAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGT-CGTTTGAAAGCCTTCT
* ** * * * * * *
8566 TGCTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTCTTACATTTTTGG
* * * * * ** * * * * * *
8631 TTAAAACATATAGTATTTG-ATGTCTACCTCAAAAAAAGAGAAGAC-AAAGCCATTCATTCGTAA
65 CTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * * * * * *
8694 GAAAAGTCTATCTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
* * * * *
8736 TACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTATATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTCTTACATTTTTG
* * * **
8799 GTTAAAACATATGGTATTTGAATGTCTAC
64 GCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTAC
8828 CTCAAAAAAC
Statistics
Matches: 1132, Mismatches: 259, Indels: 138
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 41 0.04
170 249 0.22
171 639 0.56
172 196 0.17
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTAAATTGTCTTACATTTTTGGC
TAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATCTATAGTCGCCCAAGTCGTTTGAAAGCCTTCT
Found at i:7896 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7424--8210 Score: 917
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 343
7414 NNNTTTTTTT
* * * * * * *
7424 ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATGTTTGAATGTCTACCTT-AGAAAATGGGAGGAAAAACCCAT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAG-AAATGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * * ** *
7488 TCATTGGCAACAAAAGCCCATCTGA-AGTCACCCATCCATTTAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGACTCATTACTTAATCTAA
* * * * * *
7552 ATGGTTTTATAACCTCATCATTCACTATAAGTTTAA-TTACTTTACA-TTTTTATTAACATATAT
129 ATGGTTTTATAACCTCATAATTAACTATAAGCTCAACTT-CTTTACATTTTTTATAAAAATATAT
** ** *
7615 TGTTGTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCT-AAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAAGTCCA
193 TGTAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAA-ACAAAAGTCATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCA
* * * *
7679 TTTATAGTCGTTTAAGTCTTTGAAAGCCTT-CTTATTTGTTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAA
256 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTAC-TATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
*
7743 TTCATTT-TAGTT-AAATTGTCTA
320 TTCATTTAAAGTTAAAATTGTCTA
*
7765 ACATTTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7830 CATTGGCCAGAAAAGTCTATCTATAATCACCAATGCGTTCCAAAGACTCATTACTTAATCTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGACTCATTACTTAATCTAAAT
* * * *
7895 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAACTTTTTTACATTTTTTATAAAAATATATTGT
131 GGTTTTATAACCTCATAATTAACTATAAGCTCAACTTCTTTACATTTTTTATAAAAATATATTGT
** * * *
7960 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAGAGGTTCATTTAT
196 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
8025 AGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
261 AGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATT
* *
8090 TAAAGTTAAAATTTTCTT
326 TAAAGTTAAAATTGTCTA
* * * * * *
8108 ACATTTTAGTC-AAAACAAATAATATTTGAACGTCTACATTGAGAAAAGTGAAGACAAAGCCATT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
*
8172 CATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTT
8211 TGAAAGCTTT
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 65, Indels: 15
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 203 0.54
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343 19 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGACTCATTACTTAATCTAAAT
GGTTTTATAACCTCATAATTAACTATAAGCTCAACTTCTTTACATTTTTTATAAAAATATATTGT
AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATT
TAAAGTTAAAATTGTCTA
Found at i:7973 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7424--8827 Score: 993
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 341
7414 NNNTTTTTTT
* * * * * * *
7424 ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATGTTTGAATGTCTACCTT-AGAAAATGGGAGGAAAAACCCAT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAG-AAATGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
7488 TCATTGGCAACAAAAGCCCATCTGA-AGTCACCCATCCATTTAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCACCCATGCGTTTAAAAG-CTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * * * *
7552 ATGGTTTTATAACCTCATCATTCACTATAAGTTTAATTACTTTACATTTTTATTAACATATATTG
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTACTTTACATTTTTATAAAAATATATTG
** ** *
7617 TTGTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCT-AAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAAGTCCATT
193 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAA-ACAAAAGTCATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATT
* * * *
7681 TATAGTCGTTTAAGTCTTTGAAAGCCTT-CTTATTTGTTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATT
256 TATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTAC-TATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
*
7745 CATTT-TAGTT-AAATTGTCTA
320 CATTTAAAGTTAAAATTGTCTA
*
7765 ACATTTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** * ** *
7830 CATTGGCCAGAAAAGTCTATCTATAATCACCAATGCGTTCCAAAGACTCATTACTTAATCTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTAAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAAT
*
7895 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAACTT-TTTTACATTTTTTATAAAAATATATTG
130 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAA-TTACTTTACA-TTTTTATAAAAATATATTG
** * * *
7959 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAGAGGTTCATTTA
193 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
8024 TAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
258 TAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCAT
* *
8089 TTAAAGTTAAAATTTTCTT
323 TTAAAGTTAAAATTGTCTA
* * * * * *
8108 ACATTTTAGTC-AAAACAAATAATATTTGAACGTCTACATTGAGAAAAGTGAAGACAAAGCCATT
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
8172 CATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAA
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTAAAAGC-TTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * ** *
8237 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAATGATA-
130 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCT-CAATTACTTTACATTTTT--ATAAAAAT-ATAT
* * * ** * * * *
8300 -ATATTTGAATGCCAACAC-CAGGAAACATGAAGA-AAAAG-CTATTCATTGTCATGAAAAGTCC
191 TGTAATTGAATGTCTGC-CTCAGGAAACCTGAA-ACAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * * * *
8361 ATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
253 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
8426 TTGATTTTAAGTT-GAATGTTTTTT
318 TTCATTTAAAGTTAAAAT-TGTCTA
** * * * * * * * * ***
8450 TTATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATC-TTAAAAAACAG-AAAGAAAAATATA
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CATTGAGAAA-TGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * ** * ***
8513 TTCTTTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATACGTTCGAAAGCCTTATTGCTCAATTTA
64 TTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTAAAAG-CTTATTACTTGCTTTA
* * * * ** * * *
8577 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATAT
127 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTACTTTACA-TTTTTATAAAAATATAT
* * * ** *** * * * * *
8642 AGTATTTG-ATGTCTACCTCAAAAAAAGAGAAGAC-AAAGCCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTAT
191 TGTAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAA-ACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * *
8705 CTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
255 TTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * *
8769 TGATTTTAAA-TT-AAATT-TTTT
319 TCA-TTTAAAGTTAAAATTGTCTA
* * * * **
8790 ATATTTTTTGTTAAAACATATGGTATTTGAATGTCTAC
1 ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC
8828 CTCAAAAAAC
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 160, Indels: 66
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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340 36 0.04
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343 163 0.19
344 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ACATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTAAAAGCTTATTACTTGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTACTTTACATTTTTATAAAAATATATTGTAA
TTGAATGTCTGCCTCAGGAAACCTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTA
AAGTTAAAATTGTCTA
Found at i:8625 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 7197--8827 Score: 1454
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 505
7187 NNNNNNNNNC
* * * * * * *
7197 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTA
1 TACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTT-TTACATTTTTG
* * *
7262 GTCAAAACA-GATAATATTTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
65 GTTAAAA-ATGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-TC
* * *
7326 AGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAACCTTATTACTTGTTTTAAAAGGTTTTAT
128 AGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTAT
********** * *
7391 AATCTCATAATTAATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATGTTTGAAT
193 AATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAAT
** * * * * *
7456 GTCTACCTTAGAAAATGGGAGGAAAAACCCATTCATTGGCAACAA-AAGCCCATCTGA-AGTCAC
258 GTCTACCTTAGAAAACAGAAAGAAAAA-TCATTCATTGGCAA-AAGAAGTCCAT-TTATAGTCA-
* * * * * * * * * *
7519 CCATCCATTTAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATCATTCACTATAAGT
319 CCATACGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * * **
7584 TTAATTACTTTACATTTT-TATTAACATATATTGTTGTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCT-AAG
384 TAAATTTTTTTACATTTTGTA-AAACATATAAT-AT-TTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAG
* * * * ** * * *
7647 GCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTGAAAGCCTTCT
446 AC-AAAGCCATTCATT-GCAAG-AAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAGCCTTAT
* *** * * * * *
7711 TATTTGTTTTAACTAG-TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGTTA-AATTGTCTAACATTTTTG
1 TACTCACTTTAA-AAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTG
* * *
7774 GCT-AAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCC
65 GTTAAAAAT-GATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GTC
* * * * * * * *
7838 AGAAAAGTCTATCTATAATCACCAATGCGTTCCAAAGACTCATTACTTAATCTAAATGGTTTTAT
128 AGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
7903 AATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAACTTTTTTACATTTTTTATAAAAATATATTGTAATTGAAT
193 AATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAAT
* * *** * * * * * * * *
7968 GTCTGCCTCAGGAAATGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAGAGGTTCATTTATAGTC-GCT
258 GTCTACCTTA-GAAAACAGAAAGAAAAATCATTCATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGTCACCA
* * * *
8032 TAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT
322 TACG--TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
8097 AAAATTTTCTTACATTTTAGTCAAAACAAATAATATTTGAACGTCTACATTGAGAAAAGTGAAGA
385 -AAATTTTTTTACATTTT-GT-AAAACATATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGA
* *
8162 CAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAAAGCTTTAT
447 CAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGC-TTTGAAAGCCTTAT
*
8223 TACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTGG
* * ** * *
8288 TTAAAAATGATAATATTTGAATGCCAACA-CCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGTCAT
66 TTAAAAATGATAATATTTGAATGTCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCA-
* * * *
8352 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATA
* * * **
8417 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAAT
194 ATCTCATAATTAATTTTAAGCTCAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAAT
* * * * *
8482 GTTTATCTTAAAAAACAGAAAGAAAAATATATTCTTTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGTCATCC
258 GTCTACCTTAGAAAACAGAAAGAAAAAT-CATTCATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGTCA-CC
* * ** * *
8547 ATACGTTCGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
321 ATACGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* ** * *
8612 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATAGTATTTG-ATGTCTACCTCAAAAAAAGAGAAGAC
386 AATTTTTTTACA--TTTTG-TAAAACATATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAC
* * *
8676 AAAGCCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
448 AAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAGCCTTAT
* ** * *
8736 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTA-AATT-TTTTATATTTTTT
1 TACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTGTTTTACATTTTTG
**
8799 GTTAAAACAT-ATGGTATTTGAATGTCTAC
65 GTTAAAA-ATGATAATATTTGAATGTCTAC
8828 CTCAAAAAAC
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 200, Indels: 66
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 9 0.01
512 341 0.39
513 336 0.38
514 176 0.20
515 15 0.02
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
TACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTGG
TTAAAAATGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAGA
AAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTAATTTTAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTC
TACCTTAGAAAACAGAAAGAAAAATCATTCATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGTCACCATACG
TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
TTTTACATTTTGTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGACAAAGCCAT
TCATTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCTTTGAAAGCCTTAT
Found at i:9618 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9293--10012 Score: 561
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172
9283 NNNNNNNNNN
* * * * *
9293 TAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * *
9358 ATAATATTTGATTATCTACAT-AGGGAAACG-TAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 ATAATATTTGAATGTTTACCTCA-GGAAACGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
********** * *
9421 NNNNNNNNNNCACCCATGCATTCGAAAACCTTATTACTCGCTT
130 CATCTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
9464 TAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
** * *
9529 ATAATATTTGAATGTTTACCTCAAAAAACGAT-AATAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
66 ATAATATTTGAATGTTTACCTCAGGAAACGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
*
9593 ATCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 ATCTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** ********** ** *
9635 TAAACGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * * *****
9700 ATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACG-TGAAGGAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAANNNNN
66 ATAATATTTGAATGTTTACCTCAGGAAACGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
***** * * * * *
9764 NNNNNTAGTCGCTTAAGTC-TTCGTAAGCTTTATTACTCGCTT
131 ATCTATAGTCACTCATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
9806 TAAATAATTTTATAATCTCGTAATTGATGTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTAGTCAAAGTAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * *
9871 ATATTATTTGAATGTTTGCATGAGGAAAC-ATGAGGAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
66 ATAATATTTGAATGTTTACCTCAGGAAACGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
9935 ATTTATAGTCACTCATGCATTCGGAAGGCTTATTACTCGCTT
131 ATCTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
9977 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTTAGTT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 135, Indels: 12
0.74 0.24 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 403 0.99
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
ATAATATTTGAATGTTTACCTCAGGAAACGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATCTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Done.