Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399994.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3219.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 766
Length: 1278
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Warning! 66 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:545 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 174--1278 Score: 619
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
164 NNNTAATCGC
* * * * * * *
174 TTTAAATGATTTTATAACCTCCTAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTATACTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAAC
* ********** * * * ** *
239 AGATTATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACGTGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTT
65 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
304 CATTTATAG-CTACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGC
130 CATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGT
********** *
345 TTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA-TTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTT-TATATTTTTTA-TTAAAA
**
409 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AACAAAGATATTCATCAGTAAGAAAAG
64 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG
* * *
473 CCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGT
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGT
* *
516 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * * * ** * *
581 AAATAATAACTGAATGTTTGCCTAGGGAGACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATC
65 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * *
646 CACTTATAATCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATT--TTGT
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGT
* * * * * *
685 GCCTAAAATGTTTTTA-AATCTCGTAATTGATTTTAA-CTTG-AGTTTTTATGCA-TTTTTGTTA
1 --TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC-TGAATTTTTTAT--ATTTTTTATTA
* * * * ** * *
746 AAACAGATAATAATTGACTGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
61 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAA
* * * * *
811 AGTACATGTCTAGTCACCCATGCCTTCAAAA-TCCTTATTACTCGC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGT-CTTATTACTCGT
* **
856 TTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTATGCTGAATGTTTTTATATTTTTTATTCGAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * * * * * *
920 TAGATTATGATTGAATATCTA-CTTCAGGAAACATG-AGAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAN
64 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAG-AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA
********* * * **
983 NNNNNNNNNTAGTCACCCATGACTTCAAAAG-CTTTATTACTCAC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTC-TTATTACTCGT
* * * ** * *
1027 TTTAAAT-GTTTGAATAATCTAATAATAGATTTTAAATTGAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAA
* * * *
1091 -AAATAATTATTTAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG
64 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG
********** * * * * *
1154 TNNNNNNNNNNTCACCCATGACTTCAAAGGCCTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGT
** * ** **
1197 TTTAAATATTTTTATAATCTTATAACTT-ATTTTAAATTGAATTTTTT-TACGTTTTTGGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATA--TTTTTTATTAAA
1260 ACAGATAATAATTGAATGT
63 ACAGATAATAATTGAATGT
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 170, Indels: 72
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 106 0.15
170 199 0.27
171 394 0.54
172 21 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
GATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGT
Done.