Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397530.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1370.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9949
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Warning! 1345 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1021 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 647--3831 Score: 2933
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
637 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
647 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTATAGTCTGTTTAAACTAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * * * * * * * ** * *
712 AAATAATTTAGCTAAAAATTAATTATTAGTTTACAGAGCCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
777 GAAGG-ATTGAGTGACTATAAACGGGCTTTT-TATGTCAATGG
131 GAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCAATGA
* ** * ** * * *
818 ATGGCTTTCGCTTCAT-GTTCCCTGAGGTAGACATTCAATTATA-ACTTTTTTTAACCAAAAATG
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATA
* *
881 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
946 TTGATGGAATACGAGACTATGAATGGCCTTTTCTTCTCAATGA
129 TTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * **
989 ATGGCTTTTTCTACATATTTTTCGAGGTAGACATTCCATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATATG
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-
* * ***
1054 AAAAAAA-TCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* *
1118 TGAAGGGAT-GAGTGACTATAAATGGA-TATTTCATGC-CAATGA
130 TGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACT-TTTC-TTCTCAATGA
* * * * * * ** *
1160 ATGGCTTTTTCTACATA-TTTCCTGAGGCATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * *
1224 AGAAAAATTCAACGTAATATCAATTATGAGAATATAAAACGAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* *** * * * *
1289 T-AACGAA-ATGAAAAAATATAAATGGACATTTGTTCCCAATGA
130 TGAAGGAATA-G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * * **
1331 ATGACTTTTCCTACATGTTTCTT-GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * **
1395 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCATTAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG-TAT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-T
* * * *
1458 TTGAAAGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTAC-CAATGA
129 TTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA
** * * * * *
1501 ATGCCTTGCTCTTCATGTTTCTT-GAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T
* *
1565 AAAAAAGATAATTCAA-TTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
63 ATAAAA-A-AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
1629 GCTTTTGAAGGAAAAGGTGATTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGA
125 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * **
1676 ATGCCTTTCTCTTCA-AGTTTCTT-AAAGTAGACATTCAATTATAGTCGGTTTTAATGAAAAATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATA-TTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * * * **
1739 TAAAACAATTTAACTTAAAAGCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGATTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * **
1804 TTGAAAGAATGGGTGA-TGATAAACGGACTTTACTTGGCAATGA
129 TTGAAGGAATAGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * * *
1847 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* ** ** * *
1911 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGTCCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
1976 CGAAGAAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAAT-A
130 TGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * ** * * * * * *
2017 GAGGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT
1 -ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T
* *
2082 AAAAAAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
63 -ATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * **
2146 CTTTTGAAGGAAT-GAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGA
126 CTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * *
2192 ATGCCTTTCTCTTCACATTTCTT-GAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* *
2256 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
2321 TGAAGAAAT-GAGTG-TTATAAATAG-CTTTTCTTGTCAATAA
130 TGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* *
2361 ATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
1 ATGCCTTTTTCTTCATA-TTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
* * **
2424 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * **
2489 TTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTTTTTAGCAATGA
129 TTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * *
2532 ATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
2597 AATAAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
2662 GAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGA
131 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA
* * * * * *
2703 ATGCATTTTTCTTCATGTTTGTT-GAGGTAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * ** * *
2767 CAAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *
2832 TGAAGAAAT-GAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAA
130 TGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * ** * * * * *
2874 ATACTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T-
* * * *
2939 ATAAAACAATTCAA-TTGAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGT
63 ATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * **
3003 TTTTGAAGGAAT-GAGTGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGA
127 TTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * * * *
3048 ATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTTACTAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
* ** * *
3113 GAAAAATTCAAC-TAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAATATGGCTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
3177 TGAAGGAATGGGTG-TTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAA
130 TGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * **
3218 ATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCATA-TTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * **
3282 AAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * **
3347 TGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGA
130 TGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * *
3389 ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
3454 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* *
3519 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAAAGA
131 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA
* * * * ** *
3560 ATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTT-GAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * *
3624 AAAAAAATATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGTT
65 -AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
3689 TTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
128 TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * * * * * **
3733 ATGTCTTTTTCTTCATCTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATATTATGTTTTAATGAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
*
3798 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
3832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2479, Mismatches: 462, Indels: 146
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 140 0.06
170 313 0.13
171 1422 0.57
172 44 0.02
173 154 0.06
174 268 0.11
175 136 0.05
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGCCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
Found at i:1730 original size:516 final size:513
Alignment explanation
Indices: 647--3831 Score: 3229
Period size: 516 Copynumber: 6.2 Consensus size: 513
637 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
647 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTATAGTCTGTTTAAACT-AAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATAT
* * * * * * * * * ** *
711 AAAATAATTTAGCTAAAAATTAATTATTAGTTTACAGAGCCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
65 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * ** * * *
776 CGAAGGATTGAGTGACTATAAACGGGCTTTT-TATGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCCC
129 TGAAGAAATG-GGGAATATAAATGGACTTTTCT-TGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * *
840 TGAGGTAGACATTCAATTATA-ACTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCA
192 TGAAGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** * *
904 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATACGAGACTATGAA
256 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
969 TGGCCTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATATTTTTCGAGGTAGACATTCCATTATAG
321 TGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * *
1033 TCTGTTTTAATTAAAAATAT-GAAAAA-AA-TCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
385 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAATTCA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*** * * * * * *
1095 TTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCATGCCAATG
449 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATG
1159 A
513 A
* * * * * * *
1160 ATGGCTTTTTCTACATA-TTTCCTGAGGCATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT
1 ATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT
* * * * * *
1224 AGAAAAATTCAACGTAATATCAATTATGAGAATATAAAACGAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
*** * * ** * * *
1289 T-AACGAAATGAAAAAATATAAATGGACATTTGTTCCCAATGAATGACTTTTCCTACATGTTTCT
129 TGAA-GAAATG-GGGAATATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT
**
1353 TGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
192 TGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
1417 ATATGAGATCATTAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG-TATTTGAAAGAATGGGTGACTATGAA
257 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * ** * *
1481 TAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTGCTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAAT
321 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
*
1546 CTATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAGATAATTCAATTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
386 CTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-ATAATTCAATT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
1610 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGTGATTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATG
448 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
1675 A
513 A
* * * *
1676 ATGCCTTTCTCTTCAAGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAGTCGGTTTTAATGAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATA
* * * * **
1741 AAACAATTTAACTTAAAAGCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGATTTTT
66 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
1806 GAA-AGAATGGGTG-ATGATAAACGGACTTTACTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
130 GAAGA-AATGGG-GAAT-ATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * * *
1869 TGAGGTAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA
192 TGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * * * * * *
1934 TTATGAGATTATAAGTCCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTTCGAAGAAATGAGAGACTATAAAT
257 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
1999 GGACTTTT-TTTCTCAAT-AGAGGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAA
322 GGACTTTTCTTAC-CAATGA-ATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
2062 TATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
385 TCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATAATTCAATT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * *
2126 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAG-CAAT
448 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAAT
2190 GA
512 GA
* * *
2192 ATGCCTTTCTCTTCACA-TTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATA
1 ATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATA
* *
2255 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
64 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
2320 TTGAAGAAATGAGTG-TTATAAATAG-CTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCT
128 TTGAAGAAATG-GGGAATATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT
*
2383 T-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
192 TGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** *
2447 AATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAA
256 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
2512 TGAACTTTTTTTAGCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT
321 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
2577 CTATTTTAACTAAAAATATAAATAAAT--TT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCAT
386 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
2639 TTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
450 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * * * * ** *
2703 ATGCATTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTC
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-
* * * ** * *
2768 AAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTTT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * *
2833 GAAGAAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAAT-ACTTTTTTCTTTACGTTTCTC
130 GAAGAAATG-GGGAATATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGAC-TTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * *
2897 GAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAATAAAACAATTCAA-TTGAAAAT
193 GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T-ATAAAAAAATTCAACTT-AAAAT
* * * * * *
2961 CAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACGATA
254 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
3026 AATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATA
319 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * **
3091 GTCTATTTTTACTAAAAA--TATAGAAA-AATTCAACTAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATT
384 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAATTCAATTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
3153 ATTTAAAATGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-TTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATA
448 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
3217 A
513 A
* * *
3218 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT
* **
3282 AAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTT
65 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
3347 TGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTC
129 TGAAGAAATGGG-GAATATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-
*
3412 T-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
192 TGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
3476 TTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
257 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* ** * *
3541 GGACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATC
322 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
3606 TGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAAT-ATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
387 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
3670 TAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
451 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA
* ** * * * *
3733 ATGTCTTTTTCTTCATCTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATATTATGTTTTAATGAAAAATATA
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-
*
3798 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
3832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 387, Indels: 126
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 204 0.09
512 297 0.13
513 238 0.11
514 296 0.13
515 347 0.16
516 685 0.31
517 152 0.07
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (513 bp):
ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGAAATGGGGAATATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA
GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
TTAACTAAAAATGTAAAAAAATAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA
Found at i:2664 original size:856 final size:856
Alignment explanation
Indices: 647--3831 Score: 3773
Period size: 856 Copynumber: 3.7 Consensus size: 856
637 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
647 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTATAGTCTG-TTTAAACTAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGT
* * * * * * * * * * * ** * **
711 AAAATAATTTAGCTAAAAATTAATTATTAGTTTACAGAGCCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTT
* * * * * ** * * * ** *
776 CGAAGGATTGAGTGACTATAAACGGGCTTTTTATGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGTTCC
130 TGAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTTTTTG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACAT-TTCT
* * * * * *
839 CTGAGGTAGACATTCAATTATA-ACTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATC
193 C-GAAGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATC
* * * ** * *
903 AATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATACGAGACTATGA
256 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
968 ATGGCCTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATATTT-TTCGAGGTAGACATTC-CATTA
321 ATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAAACATTCAC-TTA
* * * * * *
1030 TAGTCTGTTTTAATTAAAAATATGAAAAAAA-TCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
383 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** *
1094 ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCATGC-CAA
448 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTC-TTCTCAA
* ** * * * * * *
1157 TGAATGGC-TTTTTCTACATATTTC-CTGAGGCATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAA
511 TGAA-GGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAA
* * * * * * *
1220 ATG--TAGAAAAATTCAA-CGTAATATCAATTATGAGAATATAAAACGAGTTAAAGCGAGTAATA
574 ATGTATAAAAAAATTCAATTG-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* ** ** * * * ** * *
1282 AGGCTTTT-AACGAAATGAAAAAATATAAATGGACATTTGTTCCCAATGAATGACTTT-TCCT-A
638 AGGCTTTTGAA-GGAATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCA
* * *
1344 CATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATAT-AAAAAATTCAAC
702 CA--TTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
1407 TTAAAATCAAATATGAGATCATTAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG-TATTTGAA-AGAATGG
764 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGA-AATGG
* * ** *
1470 GTGACTATGAATAGACTTTTCTTACCAATGA
827 GTG-TTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAA
** * * * * *
1501 ATGCCTTGCTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTA
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-
* * *
1566 AAAAAGATAATTCAA-TTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
65 -AAAA-A-AATTCAACTT-AAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* ** ** *
1630 CTTTTGAAGGAAAAGGTGATTATAAAT-AGA-TTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCA-A
126 TTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGA-ACTTTTT-TTG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACA
** * **
1692 GTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAGTCGGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTTAACTTAA
188 -TTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAA
* * * * ** *
1757 AAGCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGATTTTTGAAAGAATGGGTGA-T
252 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * *
1821 GATAAACGGACTTTACTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACT
317 -ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACT
* **
1886 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGT
381 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
1950 CCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTTCGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAA
446 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAA
*
2015 T-AGAGGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
511 TGA-AGGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
* *
2079 TGTAAAAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
575 TGT-ATAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
2144 GGCTTTTGAAGGAATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACA
639 GGCTTTTGAAGGAATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACA
2209 TTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
704 TTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
*
2274 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGTTAT
769 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTTAT
2339 AAATAG-CTTTTCTTGTCAATAA
834 AAATAGACTTTTCTTGTCAATAA
*
2361 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTA
*
2426 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTT
*
2491 GAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTTTTTAGCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCG
131 GAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTTTTT-GCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCG
* * * *
2556 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAATA-AATTTAACTTAAAATCAAC
195 AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-ACAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
2620 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATA
259 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* *
2685 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCACTTATAATCT
324 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAATCT
* * * * *
2750 GTTTTAACCAAAAATGT-CAAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAA
389 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * **
2814 AGCAAGTACTCAGGCTTTTGAAGAAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATACT
454 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAGGCT
* *
2879 TTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAATAAA
519 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-ATAAA
* * * *
2944 ACAATTCAATTGAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGA
583 AAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
3009 AGGAATGAGTGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCGAG
648 AGGAATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTTGAG
* *
3074 GTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTTACTAAAAATATAGAAAAATTCAAC-TAAAAGTCAATTA
713 GTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTA
* * *
3138 TGAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTTATAAATAGAC
777 TGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTTATAAATAGAC
3203 TTTTCTTGTCAATAA
842 TTTTCTTGTCAATAA
* * *
3218 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATAT
1 ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT
*
3282 AAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTT
* * *
3347 TGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTC
130 TGAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTT-TTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC
* *
3412 TAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
194 GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
3477 TATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
259 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
3542 GACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCT
324 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAATCT
* * *
3607 GTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
389 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * *
3672 AAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-
453 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAGGC
* * *
3736 TCTTTTTCTTCATC-TTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATATTATGTTTTAATGAAAAA--TATA
518 T-TTTTTCTTCA-CGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTATA
*
3798 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
581 AAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGATTAT
3832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2030, Mismatches: 251, Indels: 98
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
854 47 0.02
855 11 0.01
856 729 0.36
857 418 0.21
858 386 0.19
859 147 0.07
860 71 0.03
861 141 0.07
862 75 0.04
863 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (856 bp):
ATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTT
GAAGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTTTTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGA
AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAATCTGT
TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAGGCTTT
TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTATAAAAAA
ATTCAATTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGAATGACGATAAATAGACTTTTATTAGCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTTGAGGTA
GACATTGAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTTATAAATAGACTTTT
CTTGTCAATAA
Found at i:5027 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4841--6278 Score: 699
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
4831 AATGAGAGAC
* *
4841 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGATTTTTTCAACAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAG
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTC-AC-AGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
********** *
4906 TATANNNNNNNNNNA-TGAAAAATGT-AAAAAT-ATTTAACTTAAAA-TCAATTATAAGATTATA
64 TATAATTTTTTTTAACTG-AAAATGTAAAAAATAATTCAAC-TAAAAGTCAATTATAAGATTATA
*
4967 AAA-AACTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
127 AAACAACTTAAAGAGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* *
5011 TATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTCCTTTTCAC-GTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-ATT--TTTTCACAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * *
5075 TTATAATTTTTTTTAACTGAAAATTTAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTTTGAGATTATAA
63 TTATAATTTTTTTTAACTGAAAATGTAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTATAAGATTATAA
* * * * *
5140 AACCATTTAAAGTGATTAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAG
128 AACAACTTAAAGAGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * * * *
5184 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ATTTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-TTTTTTC-ACA-GTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * * ** * ** * *
5248 TTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAAT--TTTATTTAAAA-TCAATTATGAGATTGTA
63 TTATAATTTTTTTTAACTGAAAATG-TAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTATAAGATTATA
* * * * * * * * * ** * *
5310 AGACCATTTGAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAATAAC
127 AAACAACTTAAAGAGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * * * *
5355 AATAAATGGACCTTTCTT-CTGAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACA-TTTCTCAAGGTAGACATCC
1 TATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGA---TTTT-TTCACAGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * *
5417 AATTATAATATGTTTTAAC-CAAAATTGTAAAAAA-AATTCAACTTAAAA-TCAATTTTGAGATT
61 AATTATAATTTTTTTTAACTGAAAA-TGTAAAAAATAATTCAAC-TAAAAGTCAATTATAAGATT
* * * * * **
5479 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTG-AAGAAATGAGTGTC
124 ATAAAACAACTTAAAGAGAGTAATA-ACGTTTTTGAAAG-AATGGGTGAG
* * * * * *
5527 TAGAAATGGACTTTTCTTACCAGA-GAATGCCTTTTTCTTA-ATGTTTCTTGGGGTAGACATTTA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCA-ATGAATG-ATTTTT-TCACA-GTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * * * * * *
5590 ATTAT-AGTTTATTTAAATCAAAA-ATATAAAATAATTCAACTTAAA-TCAATTATTAGTTTACA
62 ATTATAATTTTTTTTAACTGAAAATGTAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTATAAGATTATA
* * * * * * * *
5652 AAATAATTTAAAGCA-AGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATAGGTGAC
127 AAACAACTTAAAG-AGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * * * * * * * ** * *
5697 TATAAACGGACTTTTCATGCGAATGGATGGTTTTTGCTTTAC-GTTCCTTAACGCAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GATTTT--TTCACAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
*** * * *
5761 TTAT-AGCCTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAA-TTAATTATGAGATTATA
63 TTATAATTTTTTTTAACTGAAAATGTAAAAAATAATTCAAC-TAAAAGTCAATTATAAGATTATA
*** * * *
5822 AAACCTTTTAAAGCA-AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGAG
127 AAACAACTTAAAG-AGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * ** *
5867 AATAAATGGACTTTTCCTT-CCAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTA
1 TATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGAT-TTTTTC-ACA-GTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * ** * * * * *
5930 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATTAAAAAATATTTC--TTAAAA-ACAATTATGAGATTAT
62 ATTATAATTTTTTTTAACTGAAAAT-GTAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTATAAGATTAT
** * * * * * * * * * *
5992 AAGGCTATTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGAC
126 AAAACAACTTAAAGAGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * * *
6038 TATAAATGGATTTTTCTT-CCTAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATCCA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGAT-TTTTTC-ACA-GTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
6101 ATTATAATATGTTTTAAC-CAAAATTGTAAAAAA-AATTCAACTTAAAA-TCAATTTTGAGATTA
62 ATTATAATTTTTTTTAACTGAAAA-TGTAAAAAATAATTCAAC-TAAAAGTCAATTATAAGATTA
* * * * **
6163 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-ACGGTTTTTAAAAGAATGGGTGTC
125 TAAAACAACTTAAAGAGAGTAATAAC-GTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
* * * ** * *
6210 TAGAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTC-ACA-GTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
6275 TATA
64 TATA
6279 GTATGTTTAA
Statistics
Matches: 1006, Mismatches: 202, Indels: 118
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 2 0.00
169 18 0.02
170 303 0.30
171 299 0.30
172 246 0.24
173 121 0.12
174 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCACAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
TAATTTTTTTTAACTGAAAATGTAAAAAATAATTCAACTAAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAC
AACTTAAAGAGAGTAATAACGTTTTTGAAAGAATGGGTGAG
Found at i:5200 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4794--6485 Score: 1527
Period size: 343 Copynumber: 4.9 Consensus size: 342
4784 NNNNNNNNNN
* * *
4794 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGAC--TTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-A-ACGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * ********** *
4857 TTTCCAATGAATGATTTTTTCAACAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATANNNNNNNNNNAT
64 TTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAC
* * *
4922 GAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA-AAAACTTAAAGAGAGTAA
129 CAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAAAATTTAAAGAGAGTAA
* * * * *
4986 TAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTCCTT-TT
194 TAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTT-TTTCTT
* * * * *
5050 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACTGAAAATT-TAAAAAATAATTCA
257 CACGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAATTGTAAAAAA-AATTCA
5114 AC-TAAAAGTCAATTTTGAGATTA
320 ACTTAAAA-TCAATTTTGAGATTA
* * *
5137 TAAAACCATTTAAAGTGATTAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
5202 GCTAATGAAT-ATTTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACA
66 GCCAATGAATGA-TTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACC
* * * ** * *
5266 AAAAATGTTAAAAA-ATTTTATTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAGACCATTTGAAGCGAGTAA
130 AAAAATG-TAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAAAATTTAAAGAGAGTAA
* * * * * * * *
5330 TCAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACAATAAATGGACCTTTCTTCTGAATGAATACCTTTTTCTTC
194 TAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCCTTTTTCTTC
*
5395 ACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACT
258 ACGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACT
5460 TAAAATCAATTTTGAGATTA
323 TAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * *
5480 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGAAATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-ACGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * * *
5544 TACCAGA-GAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTTGGGGTAGACATTTAATTATAGTTTATTTAAAT
65 TGCCA-ATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAC
* * * * *
5608 CAAAAATAT-AAAATAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTACAA-AATAATTTAAAGCA-AG
129 CAAAAATGTAAAAAT-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAA-AATTTAAAG-AGAG
* * * * * * *
5669 TAAAAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCGAATGGATG-GTTTTT
191 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * * *** * *
5732 GCTTTACGTTCCTTAACGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATT
254 -CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATT
* *
5795 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
318 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* ** * **
5820 TAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGAGAATAAATGGACTTTTCCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CT
* * *
5885 T-CCAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAAC
65 TGCCAATGAATGAT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAC
* * *** *
5948 CAAAAATATTAAAAAATATTT--CTTAAAAACAATTATGAGATTATAAGGCTATTTAAAGTGAGT
129 CAAAAAT-GT-AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAAAATTTAAAGAGAGT
* * * * *
6011 AATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTCCTAATGAATGTCTTTTTCT
192 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCCTTTTTCT
*
6076 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAA
256 TCACGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAA
6141 CTTAAAATCAATTTTGAGATTA
321 CTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * * *
6163 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-ACGGTTTTTAAAAGAATGGGTGTCTAGAATTGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAC-GTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
6227 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTAAACT
65 TGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACC
* * * * * *
6292 AACAATATG-AAATA-ATTGAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAA-AACCATTTAAAGCA-AG
130 AA-AA-ATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAA-AATTTAAAG-AGAG
* * * * * ** *
6353 TAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGGTG-GTTTTTA
191 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGCCTTTTT-
* * * *** * * * *
6417 CTTTACGTTTC-CTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATT
254 CTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATT
6480 CAACTT
318 CAACTT
6486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 215, Indels: 93
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 147 0.14
341 130 0.12
342 147 0.14
343 539 0.50
344 121 0.11
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCA
AAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAAAATTTAAAGAGAGTAATA
AGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
TTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTTTGAGATTA
Found at i:5382 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4503--6485 Score: 1479
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
4493 NNTGACTCTG
* * * * * *
4503 AATGGACTTTTCTTGTCATTAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATCAAGGTTGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * * *
4568 GTCTGTTTTAAATAAAAATATGAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
66 GTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*************** * *
4633 TNNNNNNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
** * * * * ** ** * *
4674 AATAAACATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTCTCCACATGTTTC-CTAAGACAAATATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT
* * ** * **********
4738 ACTCTGTTTTAATGAAAAAT-TTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
4802 TTTAAAGCGAGTAATCAGACTTTTAAAGGAATGAGAGACTATA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* ** ** * * *
4845 AATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGATTTTTTCAACAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
********** ** * * * *
4910 NNNNNNNNNNATGAAAAATG-TAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-AAC
66 GTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
4973 TTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGAGTATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * * *
5015 AATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTCCTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * ** *
5079 AATTTTTTTTAACTGAAAAT-TTAAAAAATAATTCAAC-TAAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTT--AAAA-AATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
5142 CCATTTAAAGTGATTAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATA
126 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* *** * **
5188 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * *
5253 GTATGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTTTATTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAGACCATT
66 GTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
5318 TGAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACAATA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * ** *
5359 AATGGACCTTTCTT-CTGAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
5423 AATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
5488 TTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGAAATGAGTGTCTAGA
129 TTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * *** *
5531 AATGGACTTTTCTTACCAGA-GAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTTGGGGTAGACATTTAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * * **
5595 AGTTTATTTAAATCAAAAAT-ATAAAATAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTACAAAATAA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
5658 TTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTATA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATA
* * * * * * * * * * *
5701 AACGGACTTTTCATGCGAATGGATG-GTTTTTGCTTTACGTTCCTTAACGCAGACATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
** * * * *
5765 AGCCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTT
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * **
5829 TTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGAGAATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * *
5871 AATGGACTTTTCCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTAT
1 AATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * ** * ** *
5935 AGTCTATTTTAACCAAAAATATTAAAAAATAT-TTCTTAAAAACAATTATGAGATTATAAGGCTA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
5999 TTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * *
6042 AATGGATTTTTCTT-CCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
6106 AATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
65 AGTATGTTTTAACCAAAAATGT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
6171 TTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTTAAAAGAATGGGTGTCTAGA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * *
6214 ATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * * * * * *
6279 GTATGTTTAAACTAACAATATGAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATT
66 GTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
6344 TAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * ** * * * *
6385 AACGGACTTTTCATGCCAATGGGTG-GTTTTTACTTTACGTTTC-CTAAGGAAGACATTCAATTA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
** * *
6448 TAGCCTTTTTTAACTAAAAATG-TAAAACAATTCAACTT
64 TAGTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTCAACTT
6486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 368, Indels: 78
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 29 0.02
170 322 0.23
171 633 0.45
172 308 0.22
173 111 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
GTATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
Found at i:5962 original size:683 final size:685
Alignment explanation
Indices: 4794--6485 Score: 2074
Period size: 683 Copynumber: 2.5 Consensus size: 685
4784 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4794 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGACTTTT-AAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTTGAAAAGAATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * **********
4858 TTCCAATGAATGATTTTTTC-AACAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATANNNNNNNNNNA-
65 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTAAAC
* * * * * *
4921 TGAAAAATGTAAAA-ATATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-AACTTAAAG-AGAG
129 T-AAAAATATAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACAATTTAAAGCA-AG
* * * * * * * * * * * *
4983 TAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGCCTTCCTT
191 TAAAAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGATG-GTT-TTT
* * * * *** * *
5048 --TTCACGTTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACTGAAAATTTAAAAAATAA
254 ACTTTACGTTTCCT-AACGAAGACATTCAATTAT-AGCCTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-AA
* ** *
5110 TTCAAC-TAAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAACGTTTTTGAAGG
315 TTCAACTTAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTTGAAGG
* * * * *
5174 AATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTA
380 AATGAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATCTTTCTTAAGGTA
* * * *
5239 GACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAAT-TTTATTTAAAATCAATTATGA
445 GACATTCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATATTT-CTTAAAAACAATTATGA
* * *
5303 GATTGTAAGACCATTTGAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACAATAAATGGACCT
509 GATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAACAACAATAAATGGACCT
5368 TTCTT-CTGAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTT
574 TTCTTCCT-AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTT
5432 TAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
638 TAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
*
5480 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATAGCTTTTGAAGA-AATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGCTTTTGAAAAGAATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCT
* * *
5544 TACCAGA-GAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTTGGGGTAGACATTTAATTATAGTTTATTTAAA-
65 TACCA-ATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTAAAC
*
5607 TCAAAAATATAAAATAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTACAAAATAATTTAAAGCAAGTA
129 T-AAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACAATTTAAAGCAAGTA
* *
5671 AAAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCGAATGGATGGTTTTTGCT
193 AAAAGGCTTTCGAAAGAATGA-GTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGATGGTTTTTACT
*
5735 TTACG-TTCCTTAACGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
257 TTACGTTTCC-TAACGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
5799 TTAAAA-TTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAG
321 TTAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGAG
* *
5863 TGAGAATAAATGGACTTTTCCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAT
386 TGAGAATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATCTTTCTTAAGGTAGACAT
* * *
5927 TTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATTAAAAAATATTTCTTAAAAACAATTATGAGATTAT
450 TCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATATTTCTTAAAAACAATTATGAGATTAT
* * * * * * **
5992 AAGGCTATTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTC
515 AAGACCATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAACAACAATAAATGGACCTTTCTTC
** **
6057 CTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAA
580 CTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAA
6122 AATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
645 AATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
6163 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTTAAAAGAATGGGTGTCTAGAATTGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAAAGAATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCTT
* * *
6228 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTAAACTA
66 ACCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTAAACTA
* * * *
6293 ACAATATGAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAA
131 AAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAA
* *
6358 AGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGGTGGTTTTTACTTTAC
196 AGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGATGGTTTTTACTTTAC
* *
6423 GTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
261 GTTTCCTAACGAAGACATTCAATTATAGCC-TTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
6486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 115, Indels: 47
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 9 0.01
683 443 0.51
684 143 0.16
685 76 0.09
686 188 0.22
687 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (685 bp):
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAAAGAATGAGTGTCTAGAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTAAACTA
AAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAA
AGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCATGCCAATGGATGGTTTTTACTTTAC
GTTTCCTAACGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
AGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGAGTGAGA
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATCTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
ATAGTATATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATATTTCTTAAAAACAATTATGAGATTATAAGACC
ATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAACAACAATAAATGGACCTTTCTTCCTAATG
AATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGT
AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
Found at i:7008 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6671--7949 Score: 914
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 168
6661 NNNNNNNNNA
* * * * * * * *
6671 AGTAATAACGCTTTTGAATGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATACTATAAATGGA-ATTTTTTGCCAATAAAT-ACTTTT
* ** * * * ** * *
6736 TCTACATGTTTCCTGAGACAGACAATT-AATTATTGTCTATTCCAGTGAAAAATGTAAAAAAATT
63 TCTACACGTTTCCCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* ********** *
6800 CAACTTAATATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGTG
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * *
6842 AGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATAGGATACTATAAAT-GAATTTTTTTCTCAATAAATTACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATACTATAAATGGAATTTTTTGC-CAATAAA-TACTTTT
*
6906 T-TACACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATT
63 TCTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
6970 CAACTTAGAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAATC
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * *
7012 AGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATGAAAT-AAACTTTTTTTGCCAATAAATATCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATACTAT-AAATGGAA--TTTTTTGCCAATAAATA-CTT
* * ** * ** *
7076 TTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATA--ATATGTTTAACCACAAATGTAAAAAAA
61 TTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTAT-TTTAATAAAAAATGT---AAAA
*
7139 AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTG
122 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTG
* * ** * *
7186 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATTCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGAT-ACTATAAATGGAATTTT-TTGCCAATAAATAC-TTT
** * * * * * * **
7249 TTCTTTACGTTTCTCGATGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATT
62 TTCTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
7314 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTG
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * * * *
7356 AGTAATTAGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAT-ACTATAAATGGAATTTT-TTGCCAATAAATACTTTTT
* * ** * * * * *
7421 CCTTCAAGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACT-AAAAATGCAAAGAAATT
64 -CTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
7485 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCG
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTG
* * * * *
7527 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATATTTCTTGCCAGTAAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATACTATAAATGGA-ATTTTTTGCCAATAAAT-ACTTTT
* * ** * * * *
7592 TCTATACGTTTTCTGAGGCAAACAATT-AATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATT
63 TCTACACGTTTCCCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
** * ***
7656 CAACTTAATTTCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAACA
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * *
7698 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTATTGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATACTATAAATGGAATTTT-TTGCCAATAAATA-CTTTT
* * * * * * * *
7763 TTTATAAGTTT-TCGAGGCATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAATAAATTC
63 TCTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * **
7827 AACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCA
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * *
7867 ACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGG-TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGG-AATGGAT-ACTATAAATGGAATTTT-TTGCCAATAAATA-CTTT
* * *
7931 TTCTTCATGTTTCTCAAGG
62 TTCTACACGTTTCCCAAGG
7950 TTGACATCTA
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 169, Indels: 83
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 112 0.12
170 232 0.26
171 348 0.39
172 79 0.09
173 61 0.07
174 63 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATACTATAAATGGAATTTTTTGCCAATAAATACTTTTTCT
ACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
Found at i:7448 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6828--8007 Score: 1042
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
6818 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
6828 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATAGGATACTATAAAT-GAATTTT-TTTCT
1 AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-
* * * ** * **
6891 CAATAAATTACTTTTT-TACACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAA
65 CAATAAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-GTTTAA-CCAA
* *
6955 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATAATAA
127 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
6998 AACTATTTAAAATC-AGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATGAAATAAACTTTTTTTG
1 AACCA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT-AAATAGACTTTTCTTG
* * * * *
7062 CCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTAACCACA
64 CCAATAAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAA
*
7127 AATGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 AATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
7172 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
1 AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
7236 GATGAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGATGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAA
66 AATAAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTT-AACCAAAA
7301 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
129 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
7342 AACCATTAAAAGTGAGTAATTAGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCC
1 AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
7407 AATAAATGCTTTTTCCTTCAAGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACTAAAA
66 AATAAATGCTTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAA
* * *
7472 ATGCAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
129 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** *
7513 AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGC
1 AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACT-TTTCTTGC
* * * * **
7577 CAGTAAATGACTTTTTCTAT-ACGTTT-TCTGAGGCAAACAATT-AATTATAGTTTGTTTCAATG
65 CAATAAATG-CTTTTTCT-TCACGTTTCTC-AAGGTAAAC-ATTCAATTATAGTCTGTTT-AACC
**
7639 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATTTCAATTATGAGATTATAA
125 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
7684 AACTATTCAAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
1 AACCATT-AAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * **
7748 TATTGAATAGCTTTTT-TTATAAGTTT-TCGAGGCATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAA
65 CAATAAAT-GCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAA
* * *
7811 AAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-A
127 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
7853 AACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAT-GGTGACTATAAATAGATTTTTCTTAC
1 AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* ** * *
7917 CAATGAATAT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTTGACA-TCTAATTATAATATGTTTAAACCA
65 CAAT-AA-ATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-AATTATAGTCTGTTT-AACCA
**
7980 AAAATGTAAAAGGCATTCAACTTAAAAT
126 AAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
8008 TATAAGGCAT
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 145, Indels: 73
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 70 0.08
170 200 0.24
171 341 0.41
172 100 0.12
173 61 0.07
174 53 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
AATAAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
Found at i:7645 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6923--9067 Score: 1631
Period size: 342 Copynumber: 6.2 Consensus size: 339
6913 TTTCCCAAGA
* * * *
6923 CAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTAT
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAAT-GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
6988 GAGATAATAAAACTATTTAAAA-TCAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATGAAATAA
65 GAGATTATAAAACCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATAG
* * * * * *
7052 ACTTTTTTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATA--ATA
128 ACTTTTCTTGCCAATAAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * *
7115 TGTTTAACCACAAATGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
192 T-TTTAATCAAAAATGT----AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* **
7180 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAAT
252 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
7243 -TCTTTTTTCTTTACG-TTTCTCGATG
316 AGC-TTTTTC-TTACGTTTTCT-GAGG
* * **
7268 TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
7333 AGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATTAGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACT
66 AGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
* *
7398 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCCTTCAAGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTT
131 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTT-CTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* * *
7463 TAA-CTAAAAATGCAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
195 TAATC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * *
7527 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAGTAAAT-GACTT
258 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATAG-CTT
7590 TTTCTATACGTTTTCTGAGG
321 TTTCT-TACGTTTTCTGAGG
* **
7610 CAAACAATT-AATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATTTCAATTAT
1 CAAAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * *
7674 GAGATTATAAAACTATTCAAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGAGACTATAAATGGA
65 GAGATTATAAAACCATT-AAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
7738 CTTTTCTTTCTATTGAATAGCTTTTT-TTATAAGTTT-TCGAGGCATACATTCAATTATAGTCTA
129 CTTTTCTTGCCAATAAAT-GCTTTTTCTT-CAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * *
7801 TTTTAATAAAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACCATTTAAAG
192 TTTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
7865 CAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATG-GTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATATCT
256 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
* *
7929 TTTTCTT-CATGTTTCTCAAGG
320 TTTTCTTACGT-TTTCT-GAGG
*** * * *
7950 TTGACA-TCTAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAGGCATTCAACTTAAAATTATAAG
1 CAAACATTC-AATTATAGTCTGTTT----C---AATG-AAAA---A-T----GT-AAA--A-AA-
* * * * *
8014 GCATTCAACTTAAAATGAATTATTA-ATTTACAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCG
44 --ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * ** * * * * *
8077 AAGGAATAGTTGACTATAAACAGACTTTTCATACCAATGGATGGTTTTTGTATCACGTTCCCCAA
105 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCT-TCAAGTTTCTCAA
* * * * * *
8142 GGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATCAAAATTTTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
169 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATT
* * * * *
8207 ATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGAAATG-GATGGCTATAAATG
232 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATG
* * * *
8271 GACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTCCTT-CTTGTTTCTCA--
296 GACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTACGT-TTTCTGAGG
* * * * * * * * *
8313 -AAGTAGAGTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AACACTATAAAAAAATTAAACATAAAATCAATT
1 CAA--ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
8376 TTAAGATAATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATTG
63 ATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
* * * * *
8441 ACTTTTCTTGCTAATGAATATG-TTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTGACA-TC
128 ACTTTTCTTGCCAAT-AA-ATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-ATAGTC
* * * * * *
8504 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTAAAGTTAAAATCAATTATTA-ATTTACAAAACTATTTA
190 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTA
* * * ** * *
8568 AAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATAG
253 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG
* * * *
8633 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
318 CTTTTTCTT-ACGTTTTCTGAGG
* * * * ** * *
8656 CAAACATTCAATGATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAA-TTGAAAATCAATTTT
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAT
* * * * * ** *
8720 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAGTGGACGGCTATAAATAGAC
65 GAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
** ** * * * * * **
8785 TTTTCTTATCAACGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCGGTT
130 TTTTCTTGCCAATAAATG-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * * *
8850 TTAA-CTAAAAGTGTAAAAGAATTCTACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCTTTTAAAGC
194 TTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * *
8914 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAACGAACTTTTCTT-CCTAATGATTAGCTT
257 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATAGCTT
** *
8978 TTTC-TACATGTTTAATGAGA
321 TTTCTTAC--GTTTTCTGAGG
* * * * * *
8998 CAAGCATTCAATAATTGTCTATTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
9063 AGATT
66 AGATT
9068 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1439, Mismatches: 273, Indels: 179
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 8 0.01
340 183 0.13
341 268 0.19
342 488 0.34
343 88 0.06
344 90 0.06
345 27 0.02
347 7 0.00
348 5 0.00
351 1 0.00
352 2 0.00
356 4 0.00
357 5 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 2 0.00
362 10 0.01
363 80 0.06
364 57 0.04
365 35 0.02
366 74 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT
AATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT
TACGTTTTCTGAGG
Found at i:8015 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 7980--8030 Score: 86
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
7970 GTTTAAACCA
7980 AAAATGTAAAAGGCATTCAACTT
1 AAAATGTAAAAGGCATTCAACTT
*
8003 AAAAT-TATAAGGCATTCAACTT
1 AAAATGTAAAAGGCATTCAACTT
8025 AAAATG
1 AAAATG
8031 AATTATTAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.81
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.49, C:0.12, G:0.12, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
AAAATGTAAAAGGCATTCAACTT
Found at i:8950 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8020--9067 Score: 745
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
8010 TAAGGCATTC
* * * *
8020 AACTTAAAATGAATTATTA-ATTTACAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* ** * * * * * * * * **
8083 T-AGTTGACTATAAACAGACTTTTCATACCAATGGATG-GTTTTTGTATCACGTTCCCCAAGGCA
64 TGA-CTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGATA
** * * *
8146 GACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA-TCAAAATTTTAAAAAAAATCT-
127 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAAT-TA
* * *
8192 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGAAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
* * *
8257 GA-TGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCTTGTTTCTC-A-A-AGTA
65 GACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAG-A
* * * * *
8318 GAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAACACTATAAAAAAATTA
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTA
* * * * * *
8361 AACATAAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * * * *** * *
8426 GGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGAATATGTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
66 ACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACA
*
8491 TTCAATTGA-CATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAACTTA
131 TTCAATT-ATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-TTA
* * * * ** * * **
8532 AAGTTAAAATCAATTATTA-ATTTACAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * ** *
8596 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAA
65 GACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGATAG
* ** * * *
8659 ACATTCAATGATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTC
128 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTA
* * * * *
8703 AA-TTGAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAGT
1 AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * *
8767 GGAC-GGCTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATAGA
65 -GACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGA
* * *
8831 CATTCAATTATAATCGGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAGAATTC
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTA
* * * * *
8874 TACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
8939 ACAGACTATAAACGAACTTTTCTT-CCTAATGATTAG-CTTTTTCTACATGTTTAAT-GAGACA-
66 ACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGATAG
* ** * * *
9000 AGCATTCAATAATTGTCTATTTTAA-TGAAAAAAGTAAAAAAATTC
128 A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTA
9045 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
9068 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 153, Indels: 71
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 108 0.16
170 45 0.07
171 420 0.61
172 106 0.15
173 6 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
ACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTA
Done.