Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397531.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1840.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9846
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.21
Warning! 4444 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1972 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1630--1992 Score: 461
Period size: 174 Copynumber: 2.1 Consensus size: 173
1620 NNNNNNNNNN
* * * *
1630 TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGTTGAAT
1 TCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGTTCAAT
* * *
1695 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAAGTTGAATGTTTTTCTCGAGGAGATACGGGAAGA
66 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAGTTAAATGTTTTCCTCGAGGAGATAC-GGAAGA
* *
1760 AACTAGCACCTCATTACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAT
130 AACAAGCACCTCATTACAAGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAT
* * * * *
1804 TCCTTTAAAAAGCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
1 TCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTCAA
*
1869 TTTTTTTACATTTTTTTG-TTAAAACAGACTATAA-TTAAAT-TTTTACCTCGA-GA-ACTA-TG
65 TTTTTTTACA--TTTTTGATTAAAACAGACTATAAGTTAAATGTTTT-CCTCGAGGAGA-TACGG
* *
1928 AAGAAACAAGCA-TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCAT
126 AAGAAACAAGCACCTCATT-ACAAGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAT
1976 TCCTTCAAAAAGCTTAT
1 TCCTTCAAAAAGCTTAT
1993 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 18, Indels: 14
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.03
172 55 0.33
173 1 0.01
174 57 0.35
175 26 0.16
176 15 0.09
177 6 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGTTCAAT
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAGTTAAATGTTTTCCTCGAGGAGATACGGAAGAA
ACAAGCACCTCATTACAAGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAT
Found at i:5560 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4854--6404 Score: 1558
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
4844 NNNNNNNNNN
* * * *
4854 AAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* ** * * *
4919 GTAGAAAAAGTTATTCATTTG-GAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAACAGCCTT
66 GTAAAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA-AG-CTT
* * *
4983 T-TTACTTAG-TTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
5025 AAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AAAGGCTTGCCTTGAGAAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACA
* ** *
5089 TGCAATAAAAA-CTTTTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGC-
65 TGTAA-AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAA-GCT
5152 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
5196 AAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* *
5261 G-AAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGGC
66 GTAA-AAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT--AAA-GC
* * *
5323 -TTAGTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
126 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
5367 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
** * * * *
5432 ACAAAAAAAGCCATTGATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAGCTTTAT
66 GTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGCTTTAT
*
5497 TACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
5537 CAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTATACCTCTAAAAACGT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * * * * *
5602 G-AAGAAGCAAG-CATTCTTTGACAAGAAAAGGCCATTTACAGTCACCCGTTCCTTCAAAAAGC-
66 GTAA-AA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT--TAAAGCT
* * * * *
5664 TTATTACTCGCATGAAACGGTTTTATACTCTCGTAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
5708 AAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAATAGCCTATAAGTG-TTGTTTGCCTCGAGAAATAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * * * * *
5772 GTAGAAAAAGCTATTCGTTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
66 GTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAGCTTTA
* * * * *
5837 TCACCCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * **
5878 AAGTT-AAATTTTTTATAATTTTTTTTTAAAACAGACTTTAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAAAGG
1 AAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
* * *
5942 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTTTAGTCACCCATT-CTTTCGAAAG-TC
65 TGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT--AAAGCT-
* * *
6005 TTATTACCCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * *
6049 AAGATGAAAATTTTTATATATTTT-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * * *
6113 GTAAAAAAAGTCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATT-ATTTCAAAAGGCTT
66 GTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT--AAA-GCTT
* * **
6177 T-TTACTCTCTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** *
6219 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATGGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * * * *
6284 GCAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTA
66 GTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAGCTTTA
* * * *
6349 TTCCCCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
6390 AAGTTGAATTTTTTT
1 AAGTTGAATTTTTTT
6405 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 203, Indels: 68
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.02
170 409 0.36
171 676 0.59
172 36 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
GTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGCTTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:5647 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 4854--6404 Score: 1707
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 343
4844 NNNNNNNNNN
* * *
4854 AAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAACAT
1 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* ** * * * *
4919 GTAGAAAAAGTTATTCATTTG-GAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAACAGCCTT
66 GAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* * * * *
4983 TTTACTTAG-TTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTT
130 ATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * * * * **
5047 TAGTTAAAACAGACTATAATTAAAGGCTTGCCTTGAGAAACATGCAATAAAAA-CTTTTCATTGA
194 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAA-AAAAAGCCATTCATTGA
* *
5111 GAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
258 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
5175 TATAATCTCATAATTGATTTT
323 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
5196 AAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
1 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTT-TATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
* * *
5260 TGAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCT
65 TGAAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCT
* *
5324 TAGTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * * *
5389 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACATACAAAAAAAGCCATTGATTGGG
194 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
5454 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTT-AAA-GCTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTT
259 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
5517 ATAATCTCATAATTGATTTT
324 ATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
5537 CAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTATACCTCTAAAAACGT
1 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * * * * *
5602 GAAGAAGCAAG-CATTCTTTGACAAGAAAAGGCCATTTACAGTCACCCGTTCCTTCAAAAAGCTT
66 GAAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* * ** * * *
5666 ATTACTCGCATGAAACGGTTTTATACTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * * * * * *
5731 TGTTAAAATAGCCTATAAGTG-TTGTTTGCCTCGAGAAATATGTAGAAAAAGCTATTCGTTGAGA
195 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGA
* * * * * * *
5795 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA-GCCTTATCACCCGTTTTAAATAGTTTTA
260 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
*
5859 TAATCTCATAATTAATTTT
325 TAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * **
5878 AAGTTAAA-TTTTTTATAATTTTTTTTTAAAACAGACTTTAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAAAGG
1 AAGTTAAATTTTTTTA-AATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
* * * * * *
5942 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTTTAGTCACCCATTCTTTCGAAAGTCTT
65 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* * * ** *
6007 ATTACCCGGTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAAAATTTTTATATATT
130 ATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * * * * * *
6071 TT-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGTCATTCATTGAC
194 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
6135 ATGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATT-ATTTCAAAAGGCTTT-TTACTCTCTTTAAATAGTTT
259 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
**
6198 TATTGTCTCATAATTGATTTT
323 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** *
6219 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATGGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACAT
1 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * **
6284 GCAA-AAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTTTT
66 G-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* * *
6348 ATTCCCCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
6405 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 180, Indels: 39
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 93 0.09
341 664 0.66
342 249 0.25
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
GAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTT
Done.