Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400034.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3256.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4246
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.27
Warning! 1018 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2824 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2475--4238 Score: 1904
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
2465 NNNNNNNTTG
* * * * * * *
2475 AATTATAATCTATTTTAACCAATAATATAATAGCAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * *
2540 AAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGC
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
2605 CAATAAATGCTTGTTTCTTCATGGTTCTCAAGGTAGACATTT
129 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
2647 AATTATAGTCAGTTTTAACTAATAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *
2712 AACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * ** *
2777 AGTGAATACTTTTTTCTTTATGTTTGTTGAGGGAAACATTC
130 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
2818 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * ** * * *
2883 AATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAGATGGACTTTTCTGGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* **
2948 AATGAATGCTTGTTTT-ATCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
130 AATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * *
2989 ATTTATAGTCTG-TTTATCCAAAAAAGTCCAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * ** * *
3053 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCATTAAAGGAATATGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * **
3118 AAAGAATGCTTTTTTGTCCATGTTTCTGGAGGTAAACATTC
130 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
3159 ATTTATCGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAGTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTA-AT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-
* * * ** * * *
3223 ACACTATATAAAGTAAGTAATATGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * *
3288 CAATGAATGCTTGTTTCTTGGTGTTTCTCAAGCTAGACATTC
129 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * ** * *
3330 AATTATAATGTGTTTAAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAG
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
3395 AACCATTTAAA-CTCAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGC
65 AACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* *
3459 CAATGAATG-TTTGTTTCTTCATGTTTCTCATGCTAAACATTC
129 CAATGAATGCTTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
3501 AATTATAGTGTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
3566 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
3631 AATGAATGCTTGTTTCTTAATGTTTCTCAAGCTAAACATTC
130 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * *
3672 AATTATAGTGTGTTTTAGCTAAAAATGTCAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** ** *
3737 AATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * *
3802 AATGAATGCCTTTTTCTTTTTGTTTCTCAAGATAAAGATTC
130 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
3843 AATTGTAGTCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
3908 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * **
3973 AGTGAATGCCTTATTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATGTTC
130 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
4014 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACTTGATATCAATTACGAGATTATAT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
4079 AACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACATTTCCTACC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
4144 AATGAATG-TTTTTCTCTTCACGTTT-TTAGAGGTAAACATTC
130 AATGAATGCTTTTT-TCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTC
* * * * *
4185 AATTATAATCTGCTTTAACCAATAATGTAAAAACAATTGAGCTTAAAATCAATT
1 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
4239 TTAAGATT
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 231, Indels: 42
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 161 0.12
171 1110 0.83
172 65 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
Done.