Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400035.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3256.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2014
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 81 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1812 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1812 Score: 1832
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
* * * * * * * *
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTGTTTTTACATTATTGGTTACAATAG
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
66 ATTATAATTGAATGTTTAACTCTAGAAACGTGAAG-AGAAAGATATTAATTGGTAGGAAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
173 AAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTA-GTATTTTTGATTAAAACAG
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAG
* ** * * * * * * * *
237 ACTATAATTAAACATCTACCTTGGGAAAAAT-AA-AAAATAAGGCATTCACTAGAAAAAAAAGTC
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA-AA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
300 CATTTAGAGTCACCCA-TCCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 CATTTATAGTCACTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
344 AAATAT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAC
1 AAAT-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * *
408 ACTATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
473 TTTATAGTC-GTCCATTCCATAAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
515 AAATGGTTTTGTAAT-TCCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAC
1 AAATTGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAG
* ** * * * **
579 ACTATAATTGAATGTCTAGTTTGAGAAATATGAAGAAACAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCCA
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
644 TTTACAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
686 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGA
** * *
751 CGGTAATTGAATCTTTACCTCGAGAAACAT-AATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCA
65 CTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
815 TTTATAGTCTCAT-ATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
857 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAG
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * *
921 GCTATAAATGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAATAAATAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCA
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
986 TTTATAGTCTCTTATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
1028 AAATTGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTTCAACAGA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGA
** * * * * * * *
1093 CTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCAAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
1158 TTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
130 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
1199 AAATTGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * *
1264 CTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACGT-TAGAAAAAACCATTCATTGAG-AAGAAATGTCCA
65 CTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCA
*
1327 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** *
1369 AAA-TGATTCTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAATAG
1 AAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
** * * *
1433 ACTATAATT-AATGTCCACCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCACTAGG-AAGAAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
1496 ATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCTCTTT
128 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
1539 AAATTGCTTTATAATTTCATAA-TGAATTTGAAGTTAAATTTTTTA-ATATTTTTGGTTAAAATA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTT-GTTAAAACA
** * * * ***
1602 GACTATAATTGAATGTTTTTCTCGA-AAATCGTGAAGAAAAAAGTATTTATTAATAA-AAAAGGT
63 GACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA-GT
* * * * *
1665 CCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGGCTTAGTACTGGGTTT
126 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
1710 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTTTTATTAAAACAG
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* *
1774 ACTATAATTGAATCTTTATCC-CGAGAAACATAAAGAAAA
64 ACTATAATTGAATGTTTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAA
1813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1373, Mismatches: 221, Indels: 93
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 29 0.02
170 275 0.20
171 975 0.71
172 84 0.06
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Done.