Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400036.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3257.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:505 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 109--3488 Score: 2055
Period size: 170 Copynumber: 19.9 Consensus size: 169
99 TAAATCCTCA
* * * * *
109 AAAGCCTTATTACACACTTTACATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** ** * * * *
174 ATAGTGTTCGTTAAAACAG-TTATAATTGAAT-TCCTACCTCAAGAAATGTAAAGTAAAAGCCAA
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT-CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * * * * *
237 CCATTGGCAAAAAAAGTCTATATATAGTTACCCATACCTTTG
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* ** * * *
279 AAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
344 ACATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGGCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTG-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
** * * * * *
409 CACCGGTAAGAAATGTCCATCTATAGACACTCATTCTTTTG
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * *
450 AAAGCCTTTCTACTCGCTTTACATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT
1 AAAGCCTTT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * * * *
512 -C---TTT-TTAAAACATATCGCATTTGAATGTTTA-CTTCGGGAAACCTGAGGAAAAACTCA-T
65 ACATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * *
570 CTATTAGTAAGAAATGTTCATCTATAGTCACCCATACCTTCG
129 C-ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
** * * * *
612 AAAGCCTAACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGCTG-ATTTGTTT
1 AAAGCCT-TTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
* * * * * * * * * * *
676 TACATTTTTTGTT-ATATATATTATAATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGATGCAAAAGTCA-
64 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * ** **
739 TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTGCTTAAGTT--TTCG
128 TC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCA-TTCCTTCG
* * * * *
782 AAAGCCTAATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTT
1 AAAGCCT-TTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
846 ACATTCTCGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGTCGACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCACT
65 ACATT-TTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * * *
911 CATTGATGAGAAAAGTACATCTACAGTCACCCATACCTTTG
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * ********** *
952 AAAGCCTTATTACTTGGTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTG
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * **
1016 AAATTTTTTATTAAAATATATGATAATTGAATGTCTGCCTCG-GAAAACATGAAGTGAAAGTCAT
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGTCAT
* ** * * ** * *
1080 CCATTGGTAAGAAAAGTCGGTTTATAATCACTTAAGT-CTTCA
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCATTCCTTCG
* * ********** *
1122 AAAGCATTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAGC-CTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
1187 TACATTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATT-AGAAAATATGAAGAAAAA-TCGT
64 TACATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * *
1250 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTCCA
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
**
1292 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * * * *
1357 ATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGACACATGAAG-CAAAGTTATC
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * ** * *
1421 CATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCGCTTAAATCC-TCA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCATTCCTTCG
* *
1462 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** * * * * *
1527 ATAGTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGA-CTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCAA
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * *
1591 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATGCCTTTG
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * * * *
1633 AAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
1698 ACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGGCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAGAA-CCAT
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGTCAT
* * * *
1762 TC-TCCT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCATTCCTTTG
128 TCAT--TGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * *
1804 AAAGCCTTACTT-CTAGCTTTACATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTT--TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** ** * *
1868 TTTATATTTT-TTAAAACAGATAGCATTTGAATGTTTA-CTTCG-GTAAACATGAGGAAAAAGTC
64 TACAT-TTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTT-GAG-AAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * * *
1930 ATCCATCGATAAGAAATGTTCATCTATAGTCACCCATGCCTTCG
126 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * * * **
1974 AAAGCCTTACTT-CTCACTATAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAACTG-ATTTTTT
1 AAAGCCTT--TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * * *
2037 TATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGATGCAAAAGTCA-
64 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * ** **
2100 TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTGCTTAAGTT--TTCG
128 TC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCA-TTCCTTCG
* * * ** * *
2143 AAAGCCTAATTCCTTGAATTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTT
1 AAAGCCT-TTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
2207 ACATTTTCAATTCAAACAGATAGTATTTGAATGTTTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATT
65 ACATTTT-TGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
*** * * *
2272 CATTGACGAGAAAAGTACATCCATAGTCACCCATACCTTCG
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * * **
2313 AAAGGCTTATTACTTGGTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * **
2377 AAAATGTTTGTTAAAATATG-TGATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAAACATGAAGCGAAAGTC-
65 -ACATTTTTGTTAAAACA-GATAATATTTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGTCA
* ** * * ** * *
2439 TTCTATTGATAAGAAAAGTCTGTTTATAATCACTTAAGT-CTTCA
127 TTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCATTCCTTCG
* * * * *
2483 AAAGCATTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAGC-CTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
2548 TACATTTTTAGTTACAACAG-----A-TTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGCAAAAGTCGT
64 TACATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * *
2607 TCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATGCCTCCA
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * *
2649 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * * *
2714 TATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGACACATGAAGCAAAAGTTAT
64 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * * * ** * * *
2779 CCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCGCTTAAATCC-ACA
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCATTCCTTCG
* ** ** * *
2821 AAAGCCTTATTACACAATTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
2886 ATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
65 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * *
2950 TCATTGGTAAGGAAAGTACATCTATAGTCACCTATACCTTCG
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
* ** *
2992 GAAGCCTTATTACTCGCTTGTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** *
3056 TA-ATTTTTTGTTAAAATATATGATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA-ACAAAAGTCA
64 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGTCA
**** * ** * *
3119 TTCATTGGCTAA-AGTTTTCCATTTATAGTCACTTAAGTCCTT-A
127 TTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CCATTCCTTCG
* * *
3162 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTCT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
*** * *
3226 TACATTTTTGGTTAAGGTAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGTCAT
64 TACATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* *
3290 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTTA-CCATAT-CTTCG
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT-TCCTTCG
* * *
3331 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
3396 ATATTTTTTATTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCCTTCG-GACACATGAAGCAAAAGTCA
65 ACA-TTTTTGTTAAAACA-GATAATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCA
* * *
3459 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
127 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
3489 GTTTAAGTCT
Statistics
Matches: 2464, Mismatches: 637, Indels: 218
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 6 0.00
162 113 0.05
164 3 0.00
165 18 0.01
166 107 0.04
167 13 0.01
168 18 0.01
169 333 0.14
170 1042 0.42
171 674 0.27
172 134 0.05
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
TTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCG
Found at i:1388 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--3540 Score: 3018
Period size: 341 Copynumber: 10.4 Consensus size: 341
* * * *
1 TTTAGATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCGT-GGGACACATGAAGC-AAAGT
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGGAAAACATGAAGCAAAAGT
* * * * * *
64 TATCCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCGCTTAAATCCTCAAAAGCCTTATTACACACTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
129 ACATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTGTTCGTTAAAACAG-
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * *
193 TTATAATTGAAT-TCCTACCTCA-AGAA-ATGTAAAGTAAAAGCCAACCATTGGCAAAAAAAGTC
195 TAATATTTGAATGT-CTA-CTTAGAAAACATG--AAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * ** * * *
255 TATATATAGTTACCCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATTTCATA
256 TATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATA
320 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * ** * *
341 TTCACA-TTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGGCTACCT-TTAGAAACATAAAGAAAAAG
1 TTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGA-AAACATGAAGCAAAAG
* * ** * * * * * * * ** *
404 CCATTCACCGGTAAGAAATGTCCATCTATAGACAC-TCATTCTTTTGAAAGCCTT-TCTACTCGC
64 TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCAAAAGCCTTAT-TACTCAC
* * *
467 TTTACATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT-C---TTT--TTAAAAC
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *** * * * * * * * *
523 ATATCGCATTTGAATGTTTACTTCGGGAAACCTGAGGAAAAACTCA-TCTATTAGTAAGAAATGT
192 AGATAATATTTGAATGTCTACTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGT
* * * *
587 -TCATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
255 CT-ATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCA
* * *
651 TAAATAATTTTAAGCTG-ATTTGT
319 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
* * * * * * *
674 TTTACATTTTTTGTT-ATATATATTATAATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGATGCAAAAGTC
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* * * * * * *
738 ATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTGCTTAAGTTTTCGAAAGCCTAATTACTTGA-TTT
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTT
* * * **
802 AAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTTACATTCTCGGTTAAAACAGA
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
866 TAGTATTTGAATGTCGACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCACTCATTGATGAGAAAAGTAC-A
195 TAATATTTGAATGTCTACTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTA
* * * * **********
930 TCTACAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAAT
258 TCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAAT
995 TGATTTTAAGTT-AATTTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * **
1013 TTGAAATTTTTTATTAAAATATATGATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGTGAAAGTC
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* ** * * *
1078 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCGGTTTATAATCACTTAAGTCTTCAAAAGCATTTATTACTCACTTT
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTT
********** *
1143 AAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGA
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
1207 TAATATTTGAATGTCTACATTAGAAAATATGAAGAAAAA-TCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
195 TAATATTTGAATGTCTAC-TTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
* * * *
1271 CTATAGTCACCCATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGGGGTTTTATAATCTCATAATT
259 CTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATT
1336 GATTTTAAGTTGAATTTT
324 GATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
1354 TTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGACACATGAAGC-AAAGTT
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* * * * *
1418 ATCCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCGCTTAAATCCTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTA
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
1483 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTGTTGGTTAAAACAGAT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * * *
1548 TATAATTGAATGCCTGACTCA-AGAAACGTAAAGCAAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
196 AATATTTGAATGTCT-ACTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
1612 ATATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
259 CTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATT
*
1677 GATTTTAAGTTAAATTTT
324 GATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * * *
1695 TTAACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGGCTACCTC-GAGAAACATAAAG-AAAGAA
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGA-AAACATGAAGCAAA-AG
* * * * * * * **
1758 CCATTCTC-CT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGACAC-TCATTCCTTTGAAAGCCTTACTT-CT-
64 TCA-TC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTCAAAAGCCTTA-TTACTC
* * **
1818 AGCTTTACATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTT--TTA
125 A-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTA
** * * * * * * *
1881 AAACAGATAGCATTTGAATGTTTACTTCGGTAAACATGAGGAAAAAGTCATCCATCGATAAGAAA
188 AAACAGATAATATTTGAATGTCTACTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAA
* * * * *
1946 TGT-TCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTACTT-CTCACTATAAATGGTTTTATAAT
252 AGTCT-ATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAAT
* * **
2009 GTCATAAATGATTTTAAACTG-ATTTT
315 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
2035 TTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACGTGATGCAAAAGTC
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* * * * * * * * *
2099 ATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTGCTTAAGTTTTCGAAAGCCTAATTCCTTGA-ATT
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTT
* * * * *
2163 AGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTTACATTTTCAATTCAAACAGA
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ***
2227 TAGTATTTGAATGTTTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACGAGAAAAGTAC-A
195 TAATATTTGAATGTCTACTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTA
* * * * **
2291 TCCATAGTCACCCATACCTTCGAAAGGCTTATTACTTGGTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAAT
258 TCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAAT
2356 TGATTTTAAGTT-AATTTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * *
2374 TTTAAAATGTTTGTTAAAATATGTGATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGCGAAAGTC
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* * ** ** * * *
2439 TTCTATTGATAAGAAAAGTCTGTTTATAATCACTTAAGTCTTCAAAAGCATTTATTACTCACTTT
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTT
* * * *
2504 AAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTACAACAG-
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
2568 ----A-TTGAATGTCTACATT-GAGAAATATGAAGCAAAAGTCGTTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
195 TAATATTTGAATGTCTAC-TTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
* * * *
2627 TCTATAGCCACCCATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGGTTTTATAATCTCATAA
258 TCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAAGGGTTTTATAATCTCATAA
* *
2692 TTGATTTTAAGTTAAATTGT
322 TTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
2712 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGACACATGAAGCAAAAGTT
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
* * * ** * *
2777 ATCCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCGCTTAAATCCACAAAAGCCTTATTACACAATTTA
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * * * *
2842 AATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * *
2907 AATAATTGATTGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGGAAAGTAC-AT
196 AATATTTGAATGTCTA-CTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTAT
* * **
2971 CTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTGTAAACAGTTTTATAATCTCATAAT
259 CTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAAGGGTTTTATAATCTCATAAT
*
3036 TGATTTAAAGTT-AATTTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
3054 TTTA-ATTTTTTGTTAAAATATATGATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGAAACAAAAGT
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGA-AAACATGAAGCAAAAGT
* **** * **
3117 CATTCATTGGCTAA-AGTTTTCCATTTATAGTCACTTAAGTCCTT-AAAAGCCTTATTACTTGCT
65 CATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * ***
3180 TTAAATGTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTCTTACATTTTTGGTTAAGGT
128 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAAC
* *
3244 AGATAATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT
192 AGATAATATTTGAATGTCTA-CTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * *
3307 CTATCTATAGTTA-CCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATTTTAT
255 CTATCTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCAT
3371 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
3393 TTTATATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTCGG-ACACATGAAGCAAAAGT
1 TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGGAAAACATGAAGCAAAAGT
* * **
3457 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTGGCTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
3522 AAATAGTTTTATAATCTCA
130 AAATGGTTTTATAATCTCA
Statistics
Matches: 2530, Mismatches: 569, Indels: 202
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
332 120 0.05
333 109 0.04
334 15 0.01
335 5 0.00
336 77 0.03
337 104 0.04
338 146 0.06
339 350 0.14
340 661 0.26
341 688 0.27
342 130 0.05
343 120 0.05
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATGAAGCAAAAGTC
ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
AATATTTGAATGTCTACTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCT
ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTT
Done.