Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400037.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3258.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4102
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.29
Warning! 1101 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1434 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 695--2467 Score: 1727
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
685 NNNNNNNNNN
* * * * *
695 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* * * * ** * **
760 GAGAAATAGGAAGAAACAAG-CATTTATTGGCAAG-ACGGTCCT-TTTATAGTCTCTTATTCCTT
66 GAGAAACATGAAGAAA-AAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
822 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATACTCTCAAA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * *
865 ATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTT-GATTTCAACGGACTATAATTGAACGTCTACTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * * ** *
929 TGAGAAA-AGTGAAAAAAAAAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTTATTCAT
65 CGAGAAACA-TG-AAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
993 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
1037 ATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* * * * * * *
1102 GAGAAACATGCAGAAAAAATTATTCATTGGGAAGAAAAGTC-CTTTATTGTCACTCATTCCTTCA
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
1166 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATA
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ***
1207 ATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCCACC
1 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * * *
1270 TTGGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAATTACCCATTCCTT
64 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
1335 CAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
1378 ATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATACTATGATTGAATGTTTATCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
** * * * *
1443 GAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTC
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * *
1507 AAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCTTA
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
1549 ATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * *
1613 CAAGAAACATAAAGAAAAAAAT-ATTTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCGTTCCT
65 CGAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCT
**
1676 TCAAAAGTGTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
1719 ATTGA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTAAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* * * * * * *
1783 AAGAAACATGAAGAAACAA-CCATTTATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTC
66 GAGAAACATGAAGAAA-AAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
1847 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAACCTTATA
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
1889 ATTCATTTTAAGTTAGATTTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC
1 ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * * *
1954 TCGAGAAACAGGAAGAAACAAGT-GTTCATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCTATTCC
64 TCGAGAAACATGAAGAAA-AAGTCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
*
2017 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
2062 ATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTAGCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
2127 CTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTT
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
2191 CAAAAGCCATATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTATTATCTCGTA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
2234 ATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACATTTACC
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * * * *
2299 T-TAGGAAACATGAAGAATAAGACATTCACTAGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCATCTATCCC
64 TCGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
2362 TTTAAAAGCCTTATTAGT-GACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
2407 AGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATCTTTA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA
2468 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 227, Indels: 75
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 119 0.09
170 265 0.20
171 381 0.28
172 293 0.22
173 271 0.20
174 5 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Done.