Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397532.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_723.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9846
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 1988 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1175 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 890--1293 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
880 NNNNNNNNNN
* * *
890 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGAATATAATTGAA
1 TAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
* **
955 TTTTTACTTGAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCCTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
65 TTTTCACTTGAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
1019 CAATTCCTTCAAAATCCTTGTTACTTGCTTCAAATTGTTTTA
130 CAA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTATTTTA
*
1061 TAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACACTTTTT-GCTAAAACAGACTATAATTGA
1 TAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGA
********** * * * *
1125 ATTTTCACTNNNNNNNNNNTGAAGAAAAACATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 ATTTTCACTTGAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
1190 TCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTA
129 TCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTATTTTA
* * ** *
1232 TAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACAATAATT
1 TAATCTCATAAT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATT
1294 AAATGTCTAC
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 33, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 182 0.93
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
TTTCACTTGAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTATTTTA
Found at i:2336 original size:465 final size:465
Alignment explanation
Indices: 1465--2375 Score: 1121
Period size: 465 Copynumber: 2.0 Consensus size: 465
1455 NNTCATCCAT
* * *
1465 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAGAATTGATTTTAAGTTAAA
1 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCCAGAATTCATTTTAAGTTAAA
* * *
1530 TTTTTTTGAATTTTTTGTAAAAAGAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAAGAAACGTGCAAAAAA
66 TTTTTTTGAATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACATGCAAAAAA
************* * *
1595 AGCTATTGNNNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
131 AGCTATTATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
1660 TTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
196 TTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
1725 AGACTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
261 AGACAATAATTGAATGTATACCCCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCACTCATTGATAAGAAAAGTC
* * *
1790 TAATTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTCATAATCTCATA
326 CAATTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTCATAATCTCAAA
* * * *
1855 TTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACATG-CTATAATTGAATTTCTAGTC
391 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATGGCTAAAACA-GACTATAATTGAATTTCTAGTC
1919 ACCAATTATTG
455 ACCAATTATTG
* *
1930 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAA
1 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCCAGAATTCATTTTAAGTTAAA
* *
1995 TTTTTTT-ACAGTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATGCAAA
66 TTTTTTTGA-A-TTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAAGAAACATGCAAA
*
2058 AAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAAAGCTATT-ATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
2123 TTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTAGTTA
192 TCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
** * * *
2187 AAACAGACAATAATTGAATGTATACCTTAGGAAACGTGAA-AAAAAGGCACTCATTGATAAGAAA
257 AAACAGACAATAATTGAATGTATACCCCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCACTCATTGATAAGAAA
* *********** * * * *
2251 AGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTATTTTATAATTT
322 AGTCCAATTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTCATAATCT
* * * *
2316 TAAAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
387 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
2376 GCCTTGCCTC
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 69, Indels: 10
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
464 2 0.01
465 187 0.50
466 106 0.28
467 77 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (465 bp):
TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCCAGAATTCATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTGAATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACATGCAAAAAA
AGCTATTATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGACAATAATTGAATGTATACCCCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCACTCATTGATAAGAAAAGTC
CAATTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTCATAATCTCAAA
ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTAGTCA
CCAATTATTG
Found at i:2676 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1930--5659 Score: 1586
Period size: 171 Copynumber: 21.8 Consensus size: 170
1920 CCAATTATTG
* * *
1930 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
1995 TTTTTTTACAGTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAA
66 -TTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAA
* *
2060 AAGCTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
129 AAGCTACTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
** *
2103 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * *
2168 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTTAGGAAACGTG-AAAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAA
* * ********
2232 GGC-ACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNN
131 -GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
** * * * * * *
2272 NNCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTATTTTATAATTTTAAAATTGATTTTGAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
2337 TGTTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCC-TCAGAAACATGTAAAAC
66 T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCC-TACCTTAAGAAACATGTAAAAA
* ** * *
2401 GATTTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACTCAT
129 AAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* **********
2443 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
2508 TTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAA
66 TTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAA
* * * *
2573 ACCCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCAT
130 A-GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* **********
2615 TCCTACAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *** *
2679 CTTTTTTTACACTTTTGGTGAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTGAAGAAACGTG-AAGA
66 --TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT-AAGAAACATGTAA-A
* * * * *
2742 AAAATGC-ATTCGTT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCAT
127 AAAA-GCTACTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * * * * **********
2786 TCCTTCAAAATCCTTGTTACTCGCTTCAAATTGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * ** *
2851 TTTTTTTACACTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATTTCTA-CTTGGAGAAATGTGTAGAAA
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT-AAGAAACATGTAAAAA
** * * * * * ** *
2915 AATATATTCGTTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCAA
129 AAGCTACTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * ***********
2957 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATCGNNNNNNNNNNAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * *
3022 TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACACACAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATG-AAGAAA
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAA-AAA
* * * * * * * *
3086 ATGGC-ATTCGTTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCAT
129 A-AGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * * ********** * *
3128 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAAGTTAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * *
3193 TTTTTTTGAATTTTTGATTAAAAGAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACACGCT-AAAA
66 TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATG-TAAAAA
* * * * * *
3257 AAGCTA-TAGATTGAGAAGAGAAGTTCATTTATGGTCACCCAT
129 AAGCTACT-CATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * * * * ** * * *
3299 TCATTCAAAAACTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAAT-TCATAATTAATTTTAAGTCGA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
3363 ATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCGACCCTAACAAA-A-GTGAAGA
65 ATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGT-AA-A
* * * * * *
3426 AAAAGGC-ATTCATTG-GTAAGAAAGTCTAATTATA-ATCACCTAT
127 AAAA-GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGA-CACCCAT
* * *
3469 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTTATTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********* * * ** * *
3534 TNNNNNNNNNNTTTTGGCTAAAACATG-CTATAATTGAATTTCTA-CTCAAAGAAACGTG-AGAA
66 T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGCCTACCT-TAAGAAACATGTA-AA
* * ** * *
3596 AAACA-C-ATTCGTTGCCAAGAAAAGTTCATTTATA-ATCACCCAT
127 AAA-AGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGA-CACCCAT
* * ***
3639 TCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAT
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * *
3703 ATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAC-AGTAATTGAATGTCTACC-TAAGGAAACATG-AAG
65 A-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGCCTACCTTAA-GAAACATGTAA-
* * * **
3765 AAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAT
126 AAAAA-GCTACTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * ** * * *
3810 ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
3875 TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAT
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAA
* * *
3940 AGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
130 AGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
** ********** * * *
3981 TTGTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ********** *
4046 TTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAGTG-NNNNNNNNNNAAACATG-AAAC
66 ---TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAA
* * * * * * * **
4109 AAAGAC-ATTTATTAACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCNN
128 AAAG-CTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
******** * * * * * * *
4152 NNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTATTATCATCCCAAAATTTATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * ** * *
4217 TTTTTTTACATTTATGGTGAAAA-AGACTATAATCAAATG-CTGGCCTCGAGAAATATTTAAAAA
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT-ACCTTAAGAAACATGTAAAAA
* * * * * *****
4280 AAACCATTCATTGAGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNN
129 AAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
****************** *
4322 NNNNNNNNNNNNNNNNNNACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* ** * **
4387 TTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGC-AGCCTTCAA-AAATGTGTAAAA
65 ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-CCTT-AAGAAACATGTAAAA
* * * *
4450 AAA-ATCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAT
128 AAAGCT-ACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* ********** * * * *
4493 TCTTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGATAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
4558 TTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATTATTGAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAA
66 TT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAA
* * * **
4623 AGCTATTCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNN
130 AGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
********
4664 NNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA
********** * * * * *
4728 ATTGTTTTACATTNNNNNNNNNNATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAAGAAATATGAAAAAA
65 ATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAA
* * * * *
4793 AAGAC-ATTCATTTG-TAAGAACAGTCCATTTATAGTCACCCAT
129 AAG-CTACTCA-TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
*********************
4835 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *** * **
4900 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTAAATATTTACC-TAGAGAAAAATAAAAAAA
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTA-AGAAACAT-GTAAAA
* * * **********
4964 AAAGGC-ATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNT
128 AAA-GCTACTCA-TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * * * * * * * * *
5007 TCCTTTAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATTGTTTTCTAA-CCCAAAAATTTATTTTAAGTTAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGA
**** * * * ** *
5071 ATTTTTTTACATTTACAATTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTCGAGAAACGTGTAAAAA
65 A-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAA
* * ** * * *
5135 AA-CTATTCATTGAGGAAAAAAGTCCATTTATAGTGATCTAN
129 AAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
********* *
5176 NNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** ** * * * *
5241 TTTTTTTCATTTTTTGTTAAAGTAGACTATAATTGAATGCCTGTCTTGAGAAATATGCACAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAA
********** *
5306 GCTACTCATTGAG-AAANNNNNNNNNNTATAGTCACCCAT
131 GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
* * * * * * *
5345 TCCTTCAAAAACCCTATTACACGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * *
5410 TTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGGGAAACGTGTAAGAAA
66 TT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAA
* * * * *
5475 AGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAG
130 AGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
********** * *
5516 TCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
5581 TTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTGAGAAACATGCACAAAA
66 -TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAA
5645 AGCTACTCATTGAGA
130 AGCTACTCATTGAGA
5660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2646, Mismatches: 817, Indels: 191
0.72 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.01
169 281 0.11
170 551 0.21
171 1415 0.53
172 265 0.10
173 101 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAA
GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT
Found at i:5450 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5190--5659 Score: 498
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
5180 NNNNNAGCCT
* * * *
5190 TATTACTCACTTTAAATTATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT
1 TATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
** * *
5255 TGTTAAAGTAGACTATAATTGAATGCCTGTCTTGAGAAATATGCACAAAAAGCTACTCATTGAGA
66 TGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTGACTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAGA
********** *
5320 A-ANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCC
131 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAACCC
* * *
5359 TATTACACGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATTTT
1 TATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * * * *
5424 TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT-ACATTGGGAAACGTGTA-AGAAAAGCTATTCATTG
65 TTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTGAC-TTGAGAAACATGCACA-AAAAGCTACTCATTG
* *
5487 AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCT
128 AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAACCC
********** *
5530 TNNNNNNNNNNTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTT
1 TATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
* *
5594 TTGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAG
65 TTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTGACTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAG
5659 A
130 A
5660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 48, Indels: 13
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 49 0.20
170 125 0.51
171 70 0.28
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
TGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTGACTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAGA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAACCC
Found at i:6736 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5760--7239 Score: 794
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 171
5750 NNNNNNNNNN
* * * *
5760 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTTAGGGCAA-GC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAGGG-AAGGC
* * * * * * * *
5824 ATTCAATTATAGTGTCTTTTAACCAAATAT-TCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGGGAT
65 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ********** * *
5888 TATAAAACAATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTTAAAGGAATT
129 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * *
5931 GGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTT-GATGTTTC-CTGAGGTA
1 GGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCTCAATGAATAG-CTTTTT-TTACATGTTTCTCAG-GGAA
* * ** ********** *
5992 GACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCGATTATGAG
62 GGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
6057 ATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGATTG
127 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * *
6102 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAACGAATTTG-TTTTTCTT-CACGTTTCTCCAAGTGA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAA-TAGCTTTTT-TTACATGTTTCT-C-AGGGA
* * * *********
6164 A--AATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAGTGTNNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTATG
61 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
6227 AGATTATAAAACAATTTGAAGCGAGTAACAGGGATTTTGAAGGAATG
125 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
********** * * * * * *
6274 GGTGACTATAANNNNNNNNNNCTTGCT-AACGAAT-GCATTTTTCTT-CACGTTTTTTCAAGTAA
1 GGTGACTATAA-ATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGC-TTTTT-TTACATG-TTTCTCAGGGAA
** * * * * ***************
6336 -AAATTCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNNNNNNAG
62 GGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
6400 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG
127 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * *
6445 GGTGACTGTAAATAGACTTTCTTTCTCATTGAGTAGCGTTTTTTACATGTTTCTTAAGGCAA-GC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTC-TCAGGGAAGGC
* * * ********* *
6509 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATAT-ACAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGATAT
65 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
6573 TATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATG
129 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * ** * *
6616 GGTGTCTATAGATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAAATTTTTTTATATGTTTCTGAGGGAAGGCA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAGGGAAGGCA
* * * *
6681 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
66 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
6746 TAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-AACGGAATG
131 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATG
* * * * *
6787 AGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGTCAATGAAT-GCCTTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAATGAATAG-C-TTTTTTTACATGTTTC-TCAGGGA-
* * ********** *
6850 A--CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AANNNNNNNNNNTTAAAATTAATTATGA
61 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
6912 GATTATAGAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
126 GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * ** *
6958 GATGGCTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGTAGGCA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAGGGAAGGCA
********** * *
7023 TTCAATTATAGTCTGTTTTANNNNNNNNNNTAAAAAAAATCAACTTAAAATGAATTATAAGATTA
66 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
7088 TAAAACAATGTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGACT-
131 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * ** *
7128 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTCTTACACGTTTTTCAATGTAGGCA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAGGGAAGGCA
* *
7193 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
66 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTA
7240 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 981, Mismatches: 290, Indels: 77
0.73 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 163 0.17
171 600 0.61
172 199 0.20
173 14 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAGGGAAGGCA
TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
Found at i:8207 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8015--8388 Score: 425
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
8005 NNNNNNNNNN
8015 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTTTT-
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTC
*
8079 CTCAATGAAT-G-ATTTTTTGACACATTTCTGAAAGC-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
65 CTCAATGAATGGTATTTTTTG-CACATTTCTGAAAGCAAG-CATTCAATTACAAT-TGTTTTAAC
*
8141 CATAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTTTGAAGATTAT
127 CATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTG-AGATTAT
* * **********
8185 AAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTTTTTCC
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCC
* ** * * *
8250 TCAATGAATGGTTTTTTTTGCACATTTCTTCAGGCAAGCATTCAATTACAGTTTTTTTAACCATA
66 TCAATGAATGGTATTTTTTGCACATTTCTGAAAGCAAGCATTCAATTACAATTGTTTTAACCATA
* * * *
8315 AATGTAAGAAAATTCAAGTTAAAATAAATTTTGGGATTAT
131 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTAT
** *
8355 AAAACAAAGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
8389 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 30, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 115 0.68
171 41 0.24
172 9 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCC
TCAATGAATGGTATTTTTTGCACATTTCTGAAAGCAAGCATTCAATTACAATTGTTTTAACCATA
AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTAT
Found at i:9305 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 9077--9406 Score: 326
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
9067 AATTTTGAAA
* * *
9077 TTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAATGAGTAGATGACAATAAATAGACTTTT
1 TTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGATGACAATAAATAAACTTTT
* ** * * * *
9142 CTGGCT-AATGAATACCTTTTTTTTTATGTTTCTCAGGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTA
66 CT-GCTCAATCAATACCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTATGTTTTA
*
9206 ACCACAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGT
130 ACCAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAA----------GT
* * * *
9248 TTATAAAACCATTTAAAGC-TAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAAATGGGTGACCATAAATAAACTT
1 TTATAAAACAATTTAAAGCGT-GTAATAAGGCTTTTAAATG-AATAGATGACAATAAATAAACTT
* * *
9311 TTCTTCTCAATCAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTATGTTTT
64 TTCTGCTCAATCAATACCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTATGTTTT
* *
9376 AACTAAAAATTCAAAAAAATTTAACTTAAAA
129 AACCAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAA
9407 TCAATTTTAG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 130 0.96
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGATGACAATAAATAAACTTTT
CTGCTCAATCAATACCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAA
CCAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAAGT
Done.