Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400046.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3266.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11096
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 909 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12--3433 Score: 2996
Period size: 172 Copynumber: 20.0 Consensus size: 171
2 CAACAATTGA
*
12 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TT
1 AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * **
76 GTCGAAAGCTTGAGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGATTTTTGCTTCATGTT
65 -TCGAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * * *
139 TCTCAAAGCAGACACTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT
127 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
** *
184 AAAAAACATTCAACTTAGAAAT-AATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 AAAAAA-ATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
248 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTCTTT-TTACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTT
64 TTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
* * * *
312 C-CTAAGGTAAGACATTCAGTTGTAATATATTTTAACAAAAAATGT
128 CTC-AAGG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * *
357 AAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
421 TTCAAAGTCTTGAGTGAATATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
64 TTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * **
486 TTATGGTAGACATTTAGCTATAATATATTTTAACC-AAAATGT
129 TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
528 AAAATAATTCAACTTAAATTCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * ** * * *
593 CGATGGCATGGGTGACTA-GAATGGACTTTTGTTGCTC-ATAAAAGGCTTTTTCTTTATGTTTCT
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
** * * *
656 TTAGGC-GAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATAT
130 CAAGGCAG-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
698 AAATCAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTT
1 AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
763 TTGTAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAATTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-
65 TCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
* *
827 CTAAGGTAGACATT-AAGTTATAATATATTTTTACCAAAAATGT
130 C-AAGGCAGACATTCAA-TTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
870 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAGCCATTT--A---A--AATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
928 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTATCACTGGGA-GGCTTTTGCTTCATGTTT-
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA-CTTTTCTTACCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * *
990 TCCAAAGCAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAA-CTAAAATGT
129 T-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * * *
1033 AAAAACATTCTAGTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGAAATATGACTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1098 CAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA-TTTTTTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCC
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
* * ** *
1162 AAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCTCAAATAT
131 AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * *
1203 AAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** *
1268 CGAAGGCTTCG-GTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCC
66 CGAAGGCTT-GAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-C
* * * *
1332 TCAA-ACAGACATTCAATTAGT-ATCT-CTTTAGCCAAAAATGT
129 TCAAGGCAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAACCAAAAATGT
* *
1373 AAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
1437 TAAAGGCTTGACTGAATATAAATAGACTTGTCTCTCCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCT
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
* ** * *
1502 CAAGGCAGACATTTAACCATAATATATTTGAA-TAAAATATGT
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA-ATGT
* * * * *
1544 AAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATAAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
1608 TGGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-GAGTAGCTTTTACTTC-TCGTTT
65 TCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCAT-GTTT
* * * * * *
1671 CTTAAAGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAGCTAAAAATGT
128 CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * *
1715 AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * *
1780 TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTTCTTCATTTTTCT
65 TCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
* * * * * **
1845 TAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
1887 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGCGAGCAATAAGGGTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
1952 TGAAGG-TGTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCT
66 CGAAGGCT-TGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
** * * *
2016 TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAAATGG
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
2058 GAAAAAGTTCAACTTGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCGTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * **
2123 CGATGACTTGGGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTAACATTTCT
66 CGAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
* * * * * * * *
2187 TAATGCAAACATTCAATTATTATCTGTTCTATCCAAAAATGT
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
2229 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAATTAGGCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2294 CGATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGA-TAGTGGATGGCTTTTACTTCACATGTT
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAC-TTTTCTT-ACCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTT
* * *
2358 T-TGAA-GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAACGT
127 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * ** * * *
2401 AAAAACATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGATTCTAAAATTATTTAAAGCAAGCAATAGGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * *** * * *
2465 CAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCGTCAATGAATAG-TTGTTTCTTCATGTTTCT
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCT
* * * * * *
2529 CTAGGCAAACATTCAAATATAACT-TTTTTTAATCAAAAAAGT
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
2571 AAAAGAATTGAA--TAGAAACTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTA-AAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * ** * * *
2634 TTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTC
64 TTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * *
2699 CCAAGGTA-ACTATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGT
129 TCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* ** * *
2742 AAAATAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATA-ACT
1 AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCT
** * ** * ** * *
2806 TTCGAAGGAAT-AGGTGACTATAAAT-GAACTAATCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTT
64 TTCGAAGGCTTGA-GTGAATATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * *
2869 TCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
127 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * * *
2914 AAAAAGAACTCAACTTAAAATCGATTATGAGGTCCA-AAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
2978 TTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTT
64 TTCGAAGGCT-TGAGTGAATATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * *
3041 TC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCA-GTTTTAACTAAAAAATTT
127 TCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAAC-CAAAAATGT
* * * * **
3087 AAACATATTCAACTCAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
3152 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCTATAGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTCTT
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
* * ** **
3217 GAGGTC-GACATTCAATTATAATATATTGTAATAAAAAATAC
131 AAGG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
** * * ** *
3258 AAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
3323 CAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA-TTTTTTTTCTAATGGATGGTTTTTGCTTTATGTTT-TC
66 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-
* *
3386 CAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
130 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
3428 AAAAAA
1 AAAAAA
3434 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2645, Mismatches: 506, Indels: 200
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 46 0.02
164 79 0.03
165 6 0.00
166 1 0.00
168 15 0.01
169 199 0.08
170 394 0.15
171 834 0.32
172 881 0.33
173 178 0.07
174 12 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
Found at i:2188 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 18--3433 Score: 3059
Period size: 514 Copynumber: 6.7 Consensus size: 512
8 TTGAAAAACA
*
18 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTGTCGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAA
* * * *
82 AGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG--AGTGATTTTTGCTTCATGTTTCTCAA
65 GGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAG-GCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAA
* * * * *
145 AGCAGACACTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAGAAAT-AAT
128 AGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTA-AAATCAAT
** *
209 TATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
191 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* * * * *
274 GACTCTTT-TTACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGTAAGACATTCAGTTGTAAT
256 GACT-TTTCTTACTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGT-AGACATTCAATTATAAT
* * *
338 ATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATAAGATTATAAAACCATT
319 ATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAATCATT
* * ** * *
402 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCAAAGTCTTGAGTGAATATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGAT
382 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * **
467 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTATGGTAGACATTTAGCTATAATATATTTTAACC-AAAATGTAAA
446 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
531 AT
511 AT
* * * * *
533 AATTCAACTTAAATTCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCGATG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
598 GCATGGGTGACTA-GAATGGACTTTTGTTGCTCATAAAAGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTTAGGC
66 GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGC
* * * * * * *
662 GAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAATCAAATTCAACCTAAAATTAATTATG
131 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
727 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGTAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAAT
195 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT
* * *
792 TTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT-AAGTTATAATATATT
260 TTTCTTACTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TTATAATATATT
* * * * **
856 TTTACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAGCCATTT--A---
324 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * *
916 A--AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTATCACTGGGA-GGCTT
389 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGAATATAAATAGA-CTTTTCTTACCAAT-GGATGGCTT
* * * * * * *
977 TTGCTTCATGTTT-TCCAAAGCAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAA-CTAAAATGTAAAA-
451 TTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* * * * * * * *
1037 ACATTCTAGTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGAAATATGACTTTCAAA
1 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * **
1102 GGCTTGAGTGAA-TATAAATAGA-TTTTTTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CCAA
65 GGCTTGAGT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAA
* * * * * *
1164 GACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCT-CAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 G-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
1228 ATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCG-GTGAATATAAAT
192 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTGAATATAAAT
* * * **
1291 AGACTTTTCTT-GTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCCTCAA-ACAGACATTCAATTAGT-
255 AGACTTTTCTTACT-AATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCC-CAAGGTAGACATTCAATTA-TA
* * * *
1353 ATCT-CTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATT
317 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
* * * *
1416 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATAGACTTGTCTCTCCCAATGGA
382 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGGA
* * * ** * *
1481 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTAACCATAATATATTTGAA-TAAAATATGTA
445 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA-ATGT-
*
1545 AAAAA
508 AAAAT
* * * * * *
1550 AATT-AACTTAAAATTAATTATAAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
1614 GCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTA-GCTTTTACTTC-TCGTTTCTTAAA
66 GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-AAGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAA
* * *
1677 GCAAACACTCAATTATAATATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
129 GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
1742 TAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGA
193 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* ** ** * * ** * * *
1807 CTTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGT
258 CTTTTCTTACTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
** * *
1872 TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGC
323 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
* *
1937 GAGCAATAAGGGTTTTGAAGGTGTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
388 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * *
2002 TGCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAAATGGGAAAA-
452 TGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAT
* * * * * *
2063 AGTTCAACTTGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCGTTCGATG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * ** *
2128 ACTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTAACATTTCTTAATGC
66 GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGC
* * * * * *
2193 AAACATTCAATTATTATCTGTTCTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
131 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
2258 GATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAATTAGGCCTTCGATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
196 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAC-T
* * * ** * *
2323 TTTCTTGA-TAGTGGATGGCTTTTACTTCACATGTTT-TGAA-GCAAACATTCAATTATAATATA
260 TTTCTT-ACTAATGGATGACTTTTGCTT--CATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * * *
2385 TTTTAACCAAAAACGTAAAAACATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGATTCTAAAATTATTTAAAG
322 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * ** * * * * *** * *
2449 CAAGCAATAGGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCGTCAATGAATAG-TT
387 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * * * * *
2513 GTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAACATTCAAATATAACT-TTTTTTAATCAAAAAAGTAAAAG
451 -TTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* * * *
2576 AATTGAA--TAGAAACTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
1 AATTCAACTTA-AAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * **
2639 AGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT-AAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTC-CCA
64 AGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
** * * *
2702 AGGTAACTATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAATAAATTCAGCTTAAAATCAAT
128 AGCAAAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
** ** * ** *
2767 TATGACTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATA-ACTTTCGAAGGAAT-AGGTGACTATAAA
191 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGAATATAAA
** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * **
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* * * * * *
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* * * * ** ** *
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* ** *
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* * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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** * * **
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125 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
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* * * * ** * * * * * * * *
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** * * *
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** * * * *
8816 AGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATG
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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** * * * *
9110 GC-C-CATTCCTTTGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
123 -CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * *
9157 TCTCATAA-TGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
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** * * * *
9221 -TTGCTTCA--AAACATGTGAAGCAAAAGCCATCCACT-ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-A
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* * *
9281 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* *
9453 -CTAGGCCATC-AAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *** * * * * * * * *
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* * ** * *
10139 AAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCATTTTAAATAGTTTTATAG
128 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
10182 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTT-AATG
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* * * * ** * *
10246 TCTACCTTAGAAAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAAAAAATTCTATTTATATTCACTTA
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* * *
10311 AGCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
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* * *
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10418 TTTGCCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCC-TTTCA-TGAGCAACAAAAGTCCATTCCTAGTCACC
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* * * * * *
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********* * * ** *
10525 NNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATAGTTTGGTTAAAATATATTATAGCTAAATGT
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* * * * ** * *
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65 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAA
* * * *
10654 GACTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
130 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * *
10695 TCTCATAATT-ACTTTCGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGATTG
1 TCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * *****************
10759 TTTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGTCTATTTATATTCACTCA
64 TCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCA
* ** ** *
10824 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATATTTTTAAAA
129 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
10866 TCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATGTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAG
1 TCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA---TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
** * * * * * *
10930 TGTC-AAGTTGGGAAAACGTGAAGCAAAAACCA-CTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
62 TGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCA
********** * *
10993 CTCAAGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAG
125 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
11039 TCTTATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTGTT-GTTAAAATATATTATAA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
11096 C
Statistics
Matches: 3273, Mismatches: 729, Indels: 314
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 12 0.00
163 103 0.03
164 15 0.00
167 5 0.00
168 27 0.01
169 157 0.05
170 499 0.15
171 1280 0.39
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173 352 0.11
174 107 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
TACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAG
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:10751 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 6766--10784 Score: 3243
Period size: 513 Copynumber: 7.8 Consensus size: 511
6756 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
6766 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAACA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
* ** * * * * * * *
6830 TCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCTATTG-GGAAGAAAAGTCTATTTACA-TGCAC
66 TTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-A-TGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT-CAC
* * * * * *
6892 TCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
6957 TAAATGTTTTTTTACATTTCTAGTT-AAACATATAATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGTG
193 TGAA--TTTTTTTATATTT-TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAG-GAAACGTG
** * ** * * * * * * * * *
7020 AAAAAAAAAGCCTTTTATTAGTGAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCATGCCATCGAACA-TCTC
253 -AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTT
* *
7084 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
7148 TGATTTAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTAGC
380 TG-TTAAAATATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** ** ** *
7213 AAGAAAATTCTATTTATATCCTTTCAAATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
444 AAGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
7278 TAA
509 TAA
* *
7281 TCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAA-TTGATTTTACATTTTT-GATTATAATAGATAATAATTAA
1 TCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTG-TTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATAATAATTGA
* * * * * * * * * *
7343 ATGTCTACCTCCATAAGCATAAAGCAAAAGCCATTCATTG-GCAAAAGAAGTCTATTTATATTCA
63 ATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCA-TGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
*** ** * * * *
7407 TAGGA-GCAATCTAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTA
127 -CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * *
7470 AGTTGAAATTTTTTATATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGGCTGCTTCAGGAAACGTG
190 AGTTGAATTTTTTTATAT-TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCTT-AGGAAACGTG
* * * * *
7535 AAGTAAAAGCCA-CTCATTGATAAGAAAAGTTCATCTATAGTT-ACTGAAG-CTTTCGAAAGCCG
253 AAGCAAAAGCCATC-CATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATA-TTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCT
* * *
7597 TATT-CTTCAG-TTTAAAT-GATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAACTTAAATTTTTTTACAT
315 TATTAC-TC-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
7659 TTTTAGTTAAAATATATTATAACTTATTGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
376 TTTTTGTTAAAATATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * *
7724 GACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCTTTTGAAAA-CTTTATTACTTGCTTTAAATAGT
441 GGCAAGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
7788 TTTATAA
505 TTTATAA
* * * * * * *
7795 TCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTGTTTAATATTTTTTGTTAAAA-ACACT-ATATTTAAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA-TAATAATTGAAT
* * * * * * * * *
7857 ATCTACCTTAGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCAAT-AACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACC
65 GTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
7921 CATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTT-TAAATCACATATTTGATTTTAAGT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * *
7984 TGTATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACGTGTAG
193 TGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCTT-AGGAAACGTGAAG
* ** * * *
8049 CAAAAGCCATCCACTGACAAAAAAAG-TC-----CA-TCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
256 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * *
8107 TTAC-TTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
321 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * * * * ** *
8171 AAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAATCAAAAGTCATCTATTAGAAAAAAA
385 AAATATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GGCAAGAA
* * * *
8236 AATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTACATGATTTTATAG
449 AATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *** * * *
8299 TCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTGGTATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTAAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * ** * * * * * *
8362 ATTGACCTCGGGAAACAAGAAGGAAAAGCC-ATCTAT-AGATAAAAAAAGTCTATTTATATTCAC
65 GTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATGAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * *
8425 TCAAGCCTTCAAAAGAGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
8490 TGAATATTTTTACATTTTTTGGTTAAAA-ATTATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAA
193 TGAAT-TTTTT-TATATTTTGGTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * **
8554 AGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCGAAAGCCTTAT
254 AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTAT
* * ** * * * *
8618 TACTTGCTTTAAATGGTTTTAGGACCTCATAATCGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTCATTTTT
318 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * *
8683 TGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTTACTTTAGAAAACGTGAAAAAAAAAACTATTCATTGG
380 TGTTAAAATATATTATAACTT-AATGTCTACCTTAGAAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGG
* * * ** * * * *
8747 CAAGAATATTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGTCATATTACTTGCTTTAAATGGTTT
443 CAAGAAAATTCTATTTATATTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
8811 TATAA
507 TATAA
** * * * *
8816 AGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
* *
8881 TTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTT-ATTGA-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
66 TTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC-TTTCA-TGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** * *
8944 CATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTA-
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * * * *
9007 TTCAATTCTTTTACT-TTTTTGTTAAAACAAATTAT-ATTTACTGTCTGCC-TAGAGAAACTTGA
192 TTGAATTTTTTTA-TATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAG-GAAACGTGA
* * * * ** *
9069 AG-AAACAACTATTCATTGGTGAGAAATA-TTCATTTATAGTTGC-C-CATTCCTTTGAAAGCCC
254 AGCAAA-AGCCATCCATTGGTAAGAAA-AGTTCATTTATA-TT-CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * **
9130 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTT
315 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * *
9195 TGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGT-TTGCTT-CAAAACATGTGAAGCAAAAGCCATCCACTA
380 TGTTAAAATATATTATAACTT-AATGTCTACCTTAGAAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * *
9257 TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTT
442 GCAAGAAAATTCTATTTATA-TTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
9321 TTATAA
506 TTATAA
* * * * *
9327 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGATAGAACAGATAATAATTGGATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
* * ** * * * * *
9391 TTTTCACT-AAGATATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCT
66 TTTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * *
9455 AGGCCATCAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCGATTTCAAGTTA
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
9520 AACTTTTTCTCAT-TTTTGGTTAGAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGGAACATAAAGC
195 AA-TTTTT-TTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGC
* * *
9584 AAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAG-TCTATTTATATTCACTCAA-ACTTTCGAAACCCTTATT
257 -AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATATTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATT
* * * * * *
9647 TCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTAT
319 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
* * * * * * *
9711 TAAAACAGATTAT-ATTTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
383 TAAAATATATTATAACTT-AATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
9775 AAAAGTCTATTTATATTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAG
447 AAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
9840 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTGAGGTTAAAATATATTATAACTGAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTA-GTTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * * *
9903 GTGTATCTTGAA-AAACATGAA-ACAAAAG-CTATCCAATG-GCAAAAAAAGTCTATTTATATTC
65 GTTTA-CCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCT-TTC-ATGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * *
9964 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAA
126 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** *
10029 CTTGAATGTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTTTTGGGAAACGTGA
191 GTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGA
* * * * *
10094 AGCAAAAGCTACCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTT-ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAG
254 AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATA-TTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
** * * *
10158 TACTCATTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGG
318 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * *
10223 TTAAAATATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAA
382 TTAAAATATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * *
10288 AAAATTCTATTTATATTCACTTAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
447 AAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
10353 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
* * * **
10418 TTTGCCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCTTTCATGAGCAACAAAAGTCCATTCCTAGTCACCCA
66 TTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * **********
10483 TGCCATCGAACGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGA
131 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * *
10548 ATTTTTTTATAGTTTGGTTAAAATATATTATAGCTAAATGTCTCCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
196 ATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGCAAA
* * * *
10613 AGCCATCCATCGGTAAGAAAAGTTTATTTATATTCACTCAAGACTTTGAAAGCCTTATCACTCGC
260 AGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
**
10678 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTACTTTCGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
325 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
* * *
10743 ATATTATAACTGATTGTTTACCTTA-AGAAACATGAAGCAAAA
389 ATATTATAACTTAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGCAAAA
10785 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2808, Mismatches: 567, Indels: 260
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 113 0.04
504 113 0.04
505 90 0.03
506 28 0.01
507 64 0.02
508 6 0.00
509 9 0.00
510 134 0.05
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517 133 0.05
518 134 0.05
519 7 0.00
520 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
TTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATGAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAA
GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT
ATTATAACTTAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTCTA
TTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Done.