Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397281.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_39.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 125079 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 5
Found at i:1250910 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1250587--1251014 Score: 517
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1250577 TGAAGTTACT
** * * *
1250587 ACTTAATCTAGGCTCAACCTT-TCTCAAAATAGATTTGATTTAAACTTGAAACTCTAGACTTAAT
1 ACTTAATCTAGGCTTGA-CTTATCCCAAAATAGGTTTGATTTAAACTTGAAATTCTAGACTTAAT
* * ** * * *
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65 CTAGACTCGATCTATATCAAATAGATTCGACTTAAAAAAATTAAAATTTCTAAACTTAATCTAGG
* * *
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* *
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* * *
1250828 CTAGACTTGATTTATCTCAAAATAGATTCGACTT-AAAAAATTAAAATTTCTAAACTTAATCTAG
65 CTAGACTCGATCTATATC-AAATAGATTCGACTTAAAAAAATTAAAATTTCTAAACTTAATCTAG
*
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* * *
1250944 ATGCTTAATCTAGGTTTGACCTATCCCAAAATAGGTTTGGTTTAAACTTGAAATTGCTAGACTTA
1 A--CTTAATCTAGGCTTGACTTATCCCAAAATAGGTTTGATTTAAACTTGAAATT-CTAGACTTA
*
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63 ATCTAG
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TAGACTCGATCTATATCAAATAGATTCGACTTAAAAAAATTAAAATTTCTAAACTTAATCTAGGC
CTTACCTATATCAAAACAAGTTCGATATAAAAAAAATTTTGAAACTCTC
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1257105 TTAATTGTTT
*
1257115 AATTTAATCAATTAGGCTCAATAACTTAATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
*
1257151 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
****
1257187 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATT-GTTT
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* *
1257222 AATTTAATTAATTAGGCCCAATGACTTAATTAAAC-
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* *
1257257 AATTTAATGAATTAGG--C-ACAACTTAATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
*
1257290 ATTTTAATCAA
1 AATTTAATCAA
1257301 GTGCTTGAGA
Statistics
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Consensus pattern (36 bp):
AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
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1257105 TTAATTGTTT
*
1257115 AATTTAATCAATTAGGCTCAATAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGA
1 AATTTAATCAATTAGGC-CAATAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAA
1257180 TTAAAC
65 TTAAAC
**** * *
1257186 AAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATT-GTTTAATTTAATTAATTAGGCCCAATGACTTA
1 -AATTTAATCAATTAGG-CCAATAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTA
1257250 ATTAAAC
64 ATTAAAC
* * *
1257257 AATTTAATGAATTAGG-C-ACAACTTAATTAAACAATTTTAATCAA
1 AATTTAATCAATTAGGCCAATAACTTAATTAAACAAATTTAATCAA
1257301 GTGCTTGAGA
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AATTTAATCAATTAGGCCAATAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAAT
TAAAC
Found at i:1257213 original size:107 final size:104
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1257085 CCTTAAGAAC
*
1257095 CCCAATTAACTTAATTGTTTAATTTAATCAATTAGGCTCAATAACTTAATTAAACAAATTTAATC
1 CCCAATTAACTTAATTGTTTAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC-AATTTAATC
* *
1257160 AATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACAAATTTAATCAATTAGG
65 AATTAGG--C-ACAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGG
* * *
1257203 CCCAA-TAACTTAATTGTTTAATTTAATTAATTAGGCCCAATGACTTAATTAAACAATTTAATGA
1 CCCAATTAACTTAATTGTTTAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCA
*
1257267 ATTAGGCACAACTTAATTAAACAATTTTAATCAA
66 ATTAGGCACAACTTAATTAAACAAATTTAATCAA
1257301 GTGCTTGAGA
Statistics
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CCCAATTAACTTAATTGTTTAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCA
ATTAGGCACAACTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAGG
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1259877 GTTCTTAATA
1259887 AAATAA-AACTCCTTATT
1 AAATAATAACT-CTTATT
1259904 AAATAATAACTCTTAT
1 AAATAATAACTCTTAT
1259920 GTTATTATTA
Statistics
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAATAACTCTTATT
Found at i:1260191 original size:28 final size:28
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1260111 NNNNNNNNNN
* * *
1260121 TCTTGTCTAGATTAAGAAAAAAAATATTTT
1 TCTTGTCTAAATTAAG-ACAAACATA-TTT
*
1260151 TCTTGTCTTAATTAAGACAAACATATTT
1 TCTTGTCTAAATTAAGACAAACATATTT
* *
1260179 TCTTGTCTAAATTAAAACTAAACATGTTT
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*
1260208 TCTTGTCTAAATTAAGACAAACGTATT
1 TCTTGTCTAAATTAAGACAAACATATT
1260235 AAAGCAGTCA
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TCTTGTCTAAATTAAGACAAACATATTT
Found at i:1267616 original size:29 final size:29
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1267567 ATTAGCACAA
* *
1267577 AAATATTTTTTTCTTGTCTAAATTGAGAC
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* *
1267606 AAATATG-TTTTCTTGTCTACATTAAGATA
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* * *
1267635 AAAAATATTTTTCTTGTCTTAAATTAAGGC
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* * *
1267665 AAACAT-ATTTTCTTGTCTAAATTAAAACC
1 AAATATGTTTTTCTTGTCTAAATTAAGA-C
1267694 AAATATG-TTTTCTTGTCTAAATTAAGAC
1 AAATATGTTTTTCTTGTCTAAATTAAGAC
*
1267722 AAACATGTT
1 AAATATGTT
1267731 AAAGCTCCCT
Statistics
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AAATATGTTTTTCTTGTCTAAATTAAGAC
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1267575 AAAAATATTT
*
1267585 TTTTCTTGTCTAAATTGAGACAAATATG
1 TTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAATATG
* *
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1 TTTTCTTGTCTAAATTAAG---ACAAATATG
* * *
1267643 TTTTCTTGTCTTAAATTAAGGCAAACATA
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*
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1 TTTTCTTGTCTAAATTAAGA-CAAATATG
*
1267701 TTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATG
1 TTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAATATG
1267729 TT
1 TT
1267731 AAAGCTCCCT
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TTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAATATG
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1267565 TAATTAGCAC
* * * * * *
1267575 AAAAATATTTTTTTCTTGTCTAAATTGAGACAAATATGTTTTCTTGTCTACATTAA
1 AAAAAAATATTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAA
*
1267631 GATAAAAAATATTTTTCTTGTCTTAAATTAAGGCAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAA
1 -A-AAAAAATATTTTTCTTGTC-TAAATTAAGACAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAA
**
1267690 AACCAAATATGTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACAT
1 AAAAAAATAT-TTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACAT
1267728 GTTAAAGCTC
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AAAAAAATATTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAA
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*
1284190 AAAATTTAATCCGTCATCATAAAAAG
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*
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1 AAAATTTAATCCGT-AATCATAAAA
1284240 CACCTCATTA
Statistics
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AAAATTTAATCCGTAATCATAAAAAG
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* *
1285105 CTAGGGGTTGATCCTTTT
1 CTAGGGATTGACCCTTTT
1285123 TACTTCCAAT
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CTAGGGATTGACCCTTTTCA
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* **
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*
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1 TAAAGATTTCCA-AAGTTCACTTCTCAAGCATAATCAAATT
1287235 GTTTTAAATG
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TAAAGATTTCCAAAGTTCACTTCTCAAGCATAATCAAATTTC
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1289908 AGCAAAAAAT
1289918 AAAATAACTTAATA
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1 AAAAT-AACTAA-TA
* *
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1 AAAATAACTAATA
1289959 AAAATAACTA
1 AAAATAACTA
1289969 CATCCTACCC
Statistics
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AAAATAACTAATA
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*
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1 TATTTTAATGTTTGA
1295525 ACATGAGGTC
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* *
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1 CTTTTCTTCCTTTCTCCCTCTCTC
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1 CTTT
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Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
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CTTTTCTTCCTTTCTCCCTCTCTC
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1324097 GAACCTTCAC
* * *
1324107 TTTCTCTTTTCTTCT
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* *
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1 TTTCTCCTTTCTCCG
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1 TTTC-TCCTTTCTCCG
1324152 TTTCTCCTTTCT
1 TTTCTCCTTTCT
1324164 TTCATTATTC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 4
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16 12 0.34
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TTTCTCCTTTCTCCG
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1327047 AAATGTGTAT
* * * * *
1327057 TAATCTTATAAATTATTTTAAATAGAAATCTTTTTCATTTTTGGTTAAAACT-TATCATAATTGG
1 TAATCTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTAAAA-TAGATCATAATTAG
* * *
1327121 ATGTTTCCATTAGAAAACAT-AAAGTGGATACCATTCATTGATAAGGAAA-GT-CTATTTTAATT
65 ATGTTTCCATTAGAAAACATGAAA-TAGATACCATCCATTGA-AAGGAAATGTGC-ATTTTAA-A
* * * *
1327183 CAATCATGCCATCAAAAGCT-TCATTTCTCGC-T-AA-TGCAT-CTGAATGCA-ACTA
126 CAATCATACCATCAAAAGCTAT-ATTTCTAGCTTAAAGTGAATACTG-ATCCATA-TA
* ** *
1327235 TCATCTTATAAACGATTTTAAATCGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAGTTAGA
1 TAATCTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTAGA
* * * * * *
1327300 TGTTTTCATTGGAAAACATGTAATAGATGCCATCCATTGACATGAAATGTGCATTTTAAACAATC
66 TGTTTCCATTAGAAAACATGAAATAGATACCATCCATTGAAAGGAAATGTGCATTTTAAACAATC
1327365 ATACCATCAAAAGCTATATTTCTAGCTTAAAGTGAATACTGATCCATATA
131 ATACCATCAAAAGCTATATTTCTAGCTTAAAGTGAATACTGATCCATATA
1327415 TAATCTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTC
1 TAATCTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTC
1327451 GCTTTTTGTT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 24, Indels: 18
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Consensus pattern (180 bp):
TAATCTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTAGA
TGTTTCCATTAGAAAACATGAAATAGATACCATCCATTGAAAGGAAATGTGCATTTTAAACAATC
ATACCATCAAAAGCTATATTTCTAGCTTAAAGTGAATACTGATCCATATA
Found at i:1328145 original size:181 final size:180
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Indices: 1327564--1332496 Score: 1898
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1327554 TAAATGCATA
* * * * * ** * *
1327564 TTAATGCAGTCATGCCATCTAAAACTTTGTTTGTTGCTTTAAATGGTATATTAATCCATTTATAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-AG-ATATTAA-ACATTTATAA
* * * ** * * * * *
1327629 TCTTATAAATAATTTTGAGT-TGATTTTTTTTTTGTTTTTTGTTAAAACCTATTATAATTGGATG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* ** * * * *
1327693 TTTGCATTGGAAAACATGAA-GCAGATACCATCCATTAACAAGAAACA-TCCATT
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATT
* * *
1327746 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGC---ATTTCTCACTTTAAATGCATATTAATACAATTATAAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAAT
* * ** * * * *
1327808 CTTATTAATGATTTCAAATTGAAATC-TTGTTT-ATTTTGGTTAGAACCAAT-AGTAATTGGATG
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCA-TAATTGGATG
* * * * * * *
1327870 CTT-CATTAGGAAACT-TGTAATGG-ATGTCATCCATTGACAAGAAATGTCCATT
128 TTTGCATT-GAAAAATGTG-AAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * *** * * ** *
1327922 CTAAGTT-AGTCATATGATCAAAAGCTTCGTTTCTTGCTTTAAAAGGTATTAAACCATTTATAAT
1 TTAA-TTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAGATATTAAA-CATTTATAAT
* * *
1327986 CTGATAAATGATTTTTAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTATTTAAAACCAATCATAATTGGATGT
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATGT
* * * *
1328051 TTGCATTGAAAAATGTAAAGGGAATACCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATG
129 TTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
1328103 TTAATTCAATTATGCCATCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAACATATTAACCCATTTGTAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTT-AA-AAGATATTAA-ACATTTATAA
* * * *
1328168 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAACTTTTTTTTTGTTTTTAGTT-AAACCTATCATAATTAGATG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * **
1328232 TTTGCATT-AGGAAATGTGAA-GCAGATGTGATCC-TTGTATAAGAAAAGTCCATT
128 TTTGCATTGA-AAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTG-ATAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *********
1328285 TTAATTCAAGCATTCCATTGAAAGCTTTGTTTCTCGCTTTAAATACATATTAANNNNNNNNNNAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-AGATATTAA-ACATTTATAAT
** * * * * * **
1328350 CTTATAAATGATTTTAAATTGAAATATTTCTCT-TTTTTAGTTAAAA-TATATCATATTTATATG
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCA-ATCATAATTGGATG
* * ** * ** * * * *
1328413 CTT-CAATGGGAAATGTGTAGCAAATGCCATCAATTGACAGGAAATGTCCATT
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* *********
1328465 TTGAA-TCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACNNNNNNNNNNTATTAATACATTTATAA
1 TT-AATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCAC-TTTAAAAGATATTAA-ACATTTATAA
* * * * * ** * *
1328529 TCTTATAAAAGATTTTAAATTAAAATATTTTTCAT-TTTTT-GTTGAAACTTATCATATTTAGAT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTT-TTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
** ** * *** * * *
1328592 ACTTGCATTGGGAAACGTGAAATAAATGCAACCCATTAATAAGAAAAGTCCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * * * *
1328646 ATAACTT--ATGCATGCCATCGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCACATTAATGCGTTGATA
1 TTAA-TTCAAT-CATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATA
1328709 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTGTTTTT-GTTTAAAACCAATCATAATTG
62 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC--TTTTTTTGTTTTTAG-TTAAAACCAATCATAATTG
* * * * *
1328773 GGTGTTTGCATTGAAAAATATGAAGGGGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATG
124 GATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * * *
1328830 TTAATTCAATTACACCATCGAAAGCTGTATTTCTCACTTTAAATGATATATTAACTCATTTTTAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA--AGATATTAA-ACATTTATAA
* * * * * * * *
1328895 TATTATTAATGATTTTAAGTCAAACT-TTTTTTTGTTTTTTGTTAAAGCCTATCATAATTGAATG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * * * ** *
1328959 TTTGTATAGGAAAATGTGAA-GCAGATGTAATGCACTT-ATAAGAAAAGTCCATT
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
1329012 TTAATTCAATCCTTCCACCGAAAGCTTTGTTTCTCGCTTTAAATACATATTAATACAATTATAAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-AGATATTAA-ACATTTATAAT
********** ** * * ** * **
1329077 CTTATAAANNNNNNNNNNTTGAAAT-ATTTCTCATTTTTAGTTAAAA-CATATCATATTTATATG
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCA-ATCATAATTGGATG
* ** * ** * * * * *
1329140 CTTT-CAATGGGAAATGTGTAGCAAATGCCATCAACTAAGAAGAAATGTCCATT
128 -TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
1329193 TTGAA-TCAATCATGCCATCAAAAGCATTATTTCTCACTTAAAATAAATATTAATACATTTATAA
1 TT-AATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-AGATATTAA-ACATTTATAA
** * ** * * * *
1329257 TCTTATAAA-GATTTTAAATTGAAATC-CTTTTCATTTTCAGTTGAAACCTATCATAATTGGATA
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * *** * *
1329320 CTTGCATTGGGAAACAT-T-AAACAAATGCCA-CCTGTTAATAAGAAAAGTCCATT
128 TTTGCATT--GAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCC-ATTGATAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * * * * * *
1329373 TGAAGTT-AGGCATGACATCAAAATCTTTGTTTCTCACTTTAAATGAACATTAATGCATTGACAA
1 TTAA-TTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAA
* * *
1329437 TCTTATAAATCATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTTGTTTTT-GTTTAAAACTAACCATAATTG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC---TTTTTTTGTTTTTAG-TTAAAACCAATCATAATTG
* * *
1329501 GATGCTTGCATTGAAAAATGTGAAGGCG-ATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATG
124 GATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGG-GAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * * * *
1329558 TTGATTCAATTACGCCATCAAAAGCTTTATTTTTCACTTTAAATTACATATTAACCCACTTGTAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA--AGATATTAA-ACATTTATAA
* * * ** *
1329623 TCTTATAAAAGATTTTAAATCGAACTCTTTTTTTGTTTTT-GATTAAAACTTATTATAATTGGAT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAG-TTAAAACCAATCATAATTGGAT
* ** * ** *
1329687 GTTTGCAATGGGAAATGTGAA-GCAGATGTGATCCACTT-ATTAGAAAAGTCCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * ** *
1329741 TTAATTCAATCCTTCCATCGAAAGCTTCGTTTTTTGCTTTAAATATG-TATTAATACAATTATAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-A-GATATTAA-ACATTTATAA
* ** * * ** * **
1329805 TCTTATAAATAATTTTAAATTGAAAT-ATTTCTCATTTTTAGTTAAAA-CATATCATATTTATAT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCA-ATCATAATTGGAT
* * * ** * * * * *
1329868 GCTTT-CAAT-AGGAAATGTGCAGCAAATGCCATCAACTGACAAGAAATGTTCAGTT
127 G-TTTGCATTGA-AAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TT
* *
1329923 TGAA-TCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCAC-TTAAAATGAATATTAATACATTTATAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAA-G-ATATTAA-ACATTTATAA
* ** ** * * *
1329986 TCTTATAAAAGATTTTAAATTGAAATC-TTTTTCATTTTTGGTTGAAACCTATCATAA-T---TG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * *** * *
1330046 ---G----G--AAACGTAAAACAAATGCCA-CTTATTAATAAGAAAAGTCCATT
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATC-CATTGATAAGAAAAGTCCATT
** * ** * * * **
1330090 TTAAGTT-AGGCATGCCATCGAAATCTTT-TTTCTTGCTTTCAATGCACATT-AATGTTT-TGAG
1 TTAA-TTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAAACATTTAT-A-
* ** ** * * *** *
1330151 ATCTTATAAATGATTTTAAATCGAGCTC-TTTTTCATTCTTGGTT-AAAGTTATCATAATTGTAT
62 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
** * * ** ** * *
1330214 GTTCACATTTAGAAATGTGAAGCAAATGCCATATATT-ATTAAGAAAAGTCAACT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * * ** * * *
1330268 TTAATTCAAACATGCGATTGGGAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATATTTATGAATCCATTTATAAC
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAA-AGATATTAA-ACATTTATAAT
* * * * * * * *
1330333 CTTATAAATAATTTTAAATCGAAATCTTTTTTACG--TTTGGTTAAAATCTATCATATTTGGATA
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTT-TGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * *
1330396 TTTGCATTG--CAATGCATGAA-GCAGATGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTATT
128 TTTGCATTGAAAAATG--TGAAGGGA-ATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATT
* * * *
1330449 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTC-TTTTGGAATG-TGCATTAATACATTTGTA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTT-AAAAGAT--ATTAA-ACATTTATA
* ** * * ** * *
1330512 ATCTTATAAAGGATTTTAAAT-TTAATC-TTTTTTG-TTTTGGTTAGAACCTTTCATAATTGAAA
62 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
* ** ** * *
1330574 ATTT-CATTGGGAAATGTGAA-ACATATGCCATCCATTGATATGAAATGTCCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
1330627 TTAAGTT-AGTCATG-CTTTGAAAAGCTTTGTTTCT-AGCTTTAAATGGTATTAACCATTTATAA
1 TTAA-TTCAATCATGCCATCG-AAAGCTTTGTTTCTCA-CTTTAAAAGATATTAAACATTTATAA
* * * * *
1330689 TCTGATAAATGATTTCAAATCGAACTC-TTTTTTG-TTTT-GTTTTAAACCAATCATAATTGGAT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAG-TTAAAACCAATCATAATTGGAT
* * * * *
1330751 GTTTTCA-TGGAAAATGTGAA-GGAGATGGCATCCATTGACAAGAGAAGTCCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
** * * * ** * * *
1330804 TTAATTCAATCACACTATTGAAAGCTTTGTTCCTTGCTATAAATGATGTATTAATCCATTTATAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAGA--TATTAA-ACATTTATAA
* * * * * * * *
1330869 TCTTGTAGATGATTTTAAATCAAAA-C-TTTTTTATTTTTGGTTAACACCTA-CTATAACTGGAC
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATC-ATAATTGGAT
* * ** ** *
1330931 GTGTACAAGGGGAAATGTGAAGTGG-ATGCCATCCAATGATAAGAAAAGTCCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * *
1330985 TTAAATCAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTTCTCA-TTTAAAATGCATATTAATCCATTTATAA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAA-G-ATATTAA-ACATTTATAA
* * *** * * * *
1331049 TCTTATAAACGATTTTAAATCAAAATC-TCTTTTGTTTAGGGTTCAAAGCTATCATAATTGGTTG
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * ** ** *
1331113 TTTTCTTTGGGAAACATGAAGCGG-ATGCTATCCATTGATAA-AAAATGTCCATT
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGAAAA-GTCCATT
* * * * * * * ** * * * *
1331166 TTGAGTT-AGTTATGCCATCAAAAGCTTCGTTTTTCACTTTTAGTGCATATCAATTCATTAAGAA
1 TT-AATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAA
* ** ** ** ** **
1331230 TCTTATAATTGATTTTAAATTGAAATCTTTCTCAT-TTTTT-GTTCCAACTTATCATAATTGTTT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT-TTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
* * ** * * * *
1331293 ATTTTCATTGGGAAATGTGAAGTGG-ATGCCATCCTTTGACAAGAAACGTTCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
** * * * *
1331347 TTAATTCAA-CTAACCCATCGAAAGCTTTGTTTCACGCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAA
1 TTAATTCAATC-ATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAA
* * * * * * *
1331411 ACTTAT-AATAATTTTAAATCAAATTCTTTTTTAT-TTTTGAG-TAAAACCTATTATAATTGAAT
63 TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTT-TGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
* ** ** ** * * *
1331473 GTTTGCTTTGGCAAACATGAAGCAAGAT-CCATCCATTAATAAGAAAACTGCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * ** *
1331527 TTAAGTCAATCATGCTATC-AAACGCTTTGTTTCTCA-TCTTAAATGCATATTACTCTACTTATA
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAA-GCTTTGTTTCTCACT-TTAAAAG-ATATTAAAC-ATTTATA
* * * * * * **** * * *
1331590 ATCTTATAATTGATTTCAAGT-AGAAATC-TTTTTCGTTTTTTGGTTAACACTTGCCACAATAGT
62 ATCTTATAAATGATTTTAAATCA-AAATCTTTTTTTG-TTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGG
* ** * * * * *
1331653 ATGTTTTCATTGGGAAATGTGAAACGG-ATGCCATCCATTGACAAAAAAAATTCAATT
125 ATGTTTGCATTGAAAAATGTG-AAGGGAATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
1331710 TTAATTCAA-CATGCCATTGACAGCCTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCAATTTATAAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAAAC-ATTTATAAT
* * * * ** * * *
1331774 CATACAAATTATTTTAAAAT-GAAATC-TTTTTCATATTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATA
64 CTTATAAATGATTTT-AAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATG
* * ** * * * *
1331837 TTTGCAATGGAAAACATGAA-GCAGATGCCATCCATTCATAAACAAAAGTCCATC
128 TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATT
* * * * * ** * *
1331891 CTAAGTT-AGTCATACCATTGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAA
1 TTAA-TTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAA
** * * * ** * *
1331955 T-TTGATATTTGATTTTAAATCGAAATC-TTTTTCG-TTTTCGTTAAAACTTATCATAAGTGTAT
63 TCTT-ATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
* ** * * * *
1332017 GCTTT-CACTGGGAAACGTTAA-GCAGATGCCATCCATTGATAAGAAATGTCCATT
127 G-TTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGA-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * *
1332071 TTAATTCAAACATGCCATCGAAAGCTTTGCTTCTTGCTTTAAATGCATATTAATAAAGTTATAAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAAT
* * * * * **
1332136 CTTATGAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTT-TGTTCAGTT-AAATCATATTATAATTATATG
64 CTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCA-ATCATAATTGGATG
* * * * * *
1332199 TTTTCACTGGGAAACATGT-ATGTGG-ATGCCGA-CCATTGACAA-AAAATGTGCATT
128 TTTGCA-T-TGAAAAATGTGAAG-GGAATGCC-ATCCATTGATAAGAAAA-GTCCATT
* * * * ** *
1332253 TTAAATCAATCAGGCCATTGTAATG-TTTGTTTCTTGC-TTAAAATGCATATTAATCCATTTATA
1 TTAATTCAATCATGCCATCG-AAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAA-G-ATATTAA-ACATTTATA
* * ** * * * * * *
1332316 ACCATATAAATGATTTTAAATGGAGAT-TTGTTTTGTTTTTAGTTCAAACCTATCATGATTGGTT
62 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGAT
* ** * * * * *
1332380 GTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGG-ATTCCATCCAATGACATG-AAAGTTCATT
127 GTTTGCATTGAAAAATGTGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
1332433 TTAATTTAATTATGCCATCCAAAGCTTTGTTTCTCGCTTT-AAAGCATATTAAGACAGTTATAAT
1 TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAG-ATATTAA-ACATTTATAAT
1332497 TGTAATACCC
Statistics
Matches: 3584, Mismatches: 952, Indels: 433
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 16 0.00
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167 17 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAAAGATATTAAACATTTATAATCT
TATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTT
GCATTGAAAAATGTGAAGGGAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
Found at i:1329415 original size:727 final size:722
Alignment explanation
Indices: 1327730--1332166 Score: 3049
Period size: 727 Copynumber: 6.2 Consensus size: 722
1327720 CCATCCATTA
** * * * **
1327730 ACAAGAAACATCCATTTT-AATTCAATCATGCCATCGAAAGC---ATTTCTCACTTTAAATGCAT
1 ACAAGAAATGTCCATTTTGAA-TCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACTTAAAATAAAT
* * * * *
1327791 ATTAATACAATTATAATCTTATTAATGATTTCAAATTGAAATCTTGTTT-A-TTTTGGTT-AGAA
65 ATTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTGAAATCTT-TTTCATTTTTAGTTGA-AA
* * * * ** *** * * * *
1327853 CCAAT-AGTAATTGGATGCTT-CATTAGGAAACTTGTAATGGATGTCATCC-ATTGACAAGAAAT
128 CCTATCA-T-ATT-GATACTTGCATTGGGAAACGTAAAACAAATGCCA-CCTATTAATAAGAAAA
* *** * * * * ** **
1327915 GTCCATTCTAAGTTAGTCATATGATCAAAAGCTTCGTTTCTTGCTTTAAAAG-GTATTAAACCAT
189 GTCCATT-TAAGTTAGGCATGCCATCGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCACATTAATGCAT
* * * *
1327979 TTATAATCTGATAAATGATTTTTAATCAAAATC--TTTTTTTGTTTTTATTTAAAACCAATCATA
253 TGATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAAAACCAATCATA
* * *
1328042 ATTGGATGTTTGCATTGAAAAATGTAAAGGGAATACCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATGTTAA
318 ATTGGATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGGATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATGTTAA
*
1328107 TTCAATTATGCCATCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAACATATTAACCCATTTGTAATCTT
383 TTCAATTACGCCATCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAACATATTAACCCATTTGTAATCTT
*
1328172 ATAAATGATTTTAAATCAAACTTTTTTTTTGTTTTTAGTTAAACCTATCATAATT-AGATGTTTG
448 ATAAATGATTTTAAATCAAAC-TTTTTTTTGTTTTTTGTTAAACCTATCATAATTGA-ATGTTTG
* *
1328236 CATTAGGAAATGTGAAGCAGATGTGATC-CTTGTATAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAAGCATTC
511 CA-TAGGAAATGTGAAGCAGATGTGATCAC-T-TATAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCCTTC
* ********** *
1328300 CATTGAAAGCTTTGTTTCTCGCTTTAAATACATATTAANNNNNNNNNNATCTTATAAATGATTTT
573 CATCGAAAGCTTTGTTTCTCGCTTTAAATACATATTAATACAATTATAATCTTATAAATAATTTT
* *
1328365 AAATTGAAATATTTCTCTTTTTTAGTTAAAATATATCATATTTATATGC-TTCAATGGGAAATGT
638 AAATTGAAATATTTCTCATTTTTAGTTAAAACATATCATATTTATATGCTTTCAATGGGAAATGT
*
1328429 GTAGCAAATGCCATCAATTG
703 GTAGCAAATGCCATCAACTG
* **********
1328449 ACAGGAAATGTCCATTTTGAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACNNNNNNNNNNTA
1 ACAAGAAATGTCCATTTTGAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACTTAAAATAAATA
* * * *
1328514 TTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTAAAATATTTTTCATTTTTTGTTGAAACTT
66 TTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTGAAACCT
* * * *
1328579 ATCATATTTAGATACTTGCATTGGGAAACGTGAAATAAATGCAACCCATTAATAAGAAAAGTCCA
131 ATCATA-TT-GATACTTGCATTGGGAAACGTAAAACAAATGCCACCTATTAATAAGAAAAGTCCA
* * *
1328644 TTATAACTTATGCATGCCATCGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCACATTAATGCGTTGATA
194 TT-TAAGTTAGGCATGCCATCGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCACATTAATGCATTGATA
1328709 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAAAACCAATCATAATTGG
258 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAAAACCAATCATAATTGG
* * * *
1328774 GTGTTTGCATTGAAAAATATGAAGGGGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTTAATTCAA
323 ATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGGATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATGTTAATTCAA
* * * * * * * *
1328839 TTACACCATCGAAAGCTGTATTTCTCACTTTAAATGATATATTAACTCATTTTTAATATTATTAA
388 TTACGCCATCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAACATATTAACCCATTTGTAATCTTATAAA
* *
1328904 TGATTTTAAGTCAAACTTTTTTTTGTTTTTTGTTAAAGCCTATCATAATTGAATGTTTGTATAGG
453 TGATTTTAAATCAAACTTTTTTTTGTTTTTTGTTAAA-CCTATCATAATTGAATGTTTGCATAGG
* *
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517 -AAATGTGAAGCAGATGTGAT-CACTTATAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCCTTCCATCGAA
**********
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580 AGCTTTGTTTCTCGCTTTAAATACATATTAATACAATTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGA
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*
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710 ATGCCATCAACTG
* * *
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* *
1329242 TTAATACATTTATAATCTTAT-AAAGATTTTAAATTGAAATCCTTTTCATTTTCAGTTGAAACCT
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* * *
1329306 ATCATAATTGGATACTTGCATTGGGAAACATTAAACAAATGCCACCTGTTAATAAGAAAAGTCCA
131 ATCAT-ATT-GATACTTGCATTGGGAAACGTAAAACAAATGCCACCTATTAATAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
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194 TTT-AAGTTAGGCATGCCATCGAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCACATTAATGCATTGATA
* * *
1329436 ATCTTATAAATCATTTTAAATCAAAATCTTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAAAACTAACCATAATTG
258 ATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC-TTTTTTTTTGTTTTTGTTTAAAACCAATCATAATTG
* * *
1329501 GATGCTTGCATTGAAAAATGTGAAGGCGATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATGTTGATTCA
322 GATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGGGGATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCATGTTAATTCA
* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * **
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* *
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* * *
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*
1329971 TTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTGAAATCTTTTTCATTTTTGGTTGAAACCT
66 TTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTGAAATCTTTTTCATTTTTAGTTGAAACCT
*
1330036 ATC------ATA-----ATTGGGAAACGTAAAACAAATGCCACTTATTAATAAGAAAAGTCCATT
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* ** *
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* * * ** * * *** *
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** * * *** ** * *
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** * * * ** * ** * * * *
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388 TTACGCCATCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAACATATTAACCCATTTGTAATCTTATAAA
* ** * * * * *
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* * ** * * *
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* * **** * * **
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* * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * * * *
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** ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *** * **
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* * * ** * *
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* ** * * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** * * *
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*** * * * * ** ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * ** ** * **
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * **
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** * * * * ** *
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* * *
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1 GAAAGCT-TT-GTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
* ** * * ** * *
1336889 ATCGAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACATATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAAC
63 ATCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATG--T--TTTCATTAGAAAAC
* * * * * * * * *
1336954 ATGAAG-TGATGCCATCCTTTTACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAGTGATGCCATT
123 ATGAAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTT-AATTAATCATGCCATC
* * * *
1337010 GAAAGCTTTGTTTCTCATTTAAAATGAATATTCATCAATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTCCTTT-AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * * * * *
1337075 TGAAATCTTCTTGAGTTTTGGTTAAAACCCATTATAACTGGATAG-TTGCATTAGAAAATATGAA
65 CAAAATCTT-TTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-GTTTTCATTAGAAAACATGAA
** * *
1337139 GCAAATGCCAGCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * *
1337191 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATGATCTTAT-AATTATTTTAATT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* ** *
1337255 CAAAATGTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACCTATCACGATTAGAT-TTTTGCATTA-AGAAACGA-
65 CAAAAT-CTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTT-CATTAGA-AAAC-AT
* * *
1337316 GAAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATC
125 GAAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * ** * * ** * *
1337371 -AAAG-TGTTCATTTCTCGATTTAAATGCATATGAATAAAATTATAATCTTATGAACAATTTGAC
1 GAAAGCT-TT-GTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
* ** * * ** * *
1337434 ATCGAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACATATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAAC
63 ATCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATG--T--TTTCATTAGAAAAC
* * * * * * *
1337499 ATGAAG-TGATGCCATCCTTTTACT-AGAAAAGTTCATTTTAAATCAATGATGCCATT
123 ATGAAGCGGATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTT-AATTAATCATGCCATC
* ** *
1337555 GAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAAAATAAATATTCATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTCCTTT-AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * ** * *
1337620 TGAAATCTTCTTGAGTTTTGGTTAAAACCCATCATAATTGGATACTTGCATTAGGAAACATGAAG
65 CAAAATCTT-TTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAG
** * * * * *
1337685 CAAATGCCACCCATTAATAAGATAAGTCCATTTTATGTTAGTCATGCCATC
129 CGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTA-ATTAATCATGCCATC
* * * * * * *
1337736 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCGTATTAGTGCATTTATGATCTTATAAATTATTTTAATT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * **
1337801 CAAAATGTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACCTATCAAAATTGGAT-TTTTGTATTAAGAAATGA-G
65 CAAAAT-CTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTT-CATT-AGAAAACATG
* * *
1337863 AAGTGGATGCCATCCAATGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATC
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * ** * * ** * *
1337917 -AAAGTGTTTATTTCTCGCTTTAAATGCATATGAAAGCAATTATAATCTTATGAACAATTTGAGA
1 GAAAG-CTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * * ** * * **
1337981 TCGAAATCTTTT-TGTTTTTGGTTAAAACATATCATACTTAAATGTTTTCTTTGGAAAACATTTA
64 TCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
* ** * * * * * * *
1338045 TCAAATGCCATCCATCGACAACAAATGTCCATTTAAAATCAGTCATGCCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTT-TAATTAATCATGCCATC
* * * * * * * * *
1338097 AAAATCTTGGTTTCTCGATTAAAATGCATACTAATCCAATTATAATCTTGTAAATGATTTTAAAC
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * * * *
1338162 CAAAATCTTTTTC-GTTTTTGATGCAAAGCTATAATAATTGGTTATTTGC-TTTGCAAAACATGA
65 CAAAATC-TTTTCAGTTTTTG-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAG-AAAACATGA
* * * * *
1338225 AGCGGATGCCATCCTTTGAGAAGAAAAGTCCCTTTTGATTCAGTCATGCCATC
127 AGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * *** * * * * ** *
1338278 AAAAATCTAACTTTTTGCTTTTAGTGCATATTAATCCATCAACAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 -GAAAGCTTTGTTTCTCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * ** * * * *
1338343 CAGAATCTTTACA-TTTTGGTTAAAA-CTACCTTAATTGTCTGTTTTCATTGGTAAACGTGAAGT
65 CAAAATCTTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGC
* * * * * *
1338406 AGATGTCATCCTTTGACAAGAAAAGTCCATCTTAATTCAATCATGCCATT
130 GGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * * * * *
1338456 GAAAGCTTTGTTTGTCGTTTTAAATGCATATTAATCTATTTATAATCTTATAATTGGTTTCAAGT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * * * * *
1338521 -AGAAATCTTTTTTGGTTTTGGTTAACACTTATTATATTTGCATGTTTTCATTAG-GAACATGAA
65 CA-AAATC-TTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
* * *
1338584 GTGGATACCATCCATTGATAAGAAAAGTCAATTTTAATTCAA-CATGCCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * *
1338635 AAAAGCTTTATTTCTTACTTTAAATGCATATTAATCAATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAA
1 GAAAGCTTTGTTTC-TCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAA
** * *
1338700 T-AAAATCTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATCCTTGCATTGGAAAACATGA
64 TCAAAATC-TTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGA
* * * * * * * *
1338763 AGTGAATGCCATCTATTCATAAGAAAAATCTATTCTAAGTTAGTCATGCCATC
127 AGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * * * * *
1338816 GAAATCTTTGTTTCTCACTTTCAATGAATATTAATGCACTTATAATCTGATAATTGATTTAAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * *
1338881 TGAAATCTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGCA-GCTTTTCATTGGAAAACTTGAA
65 CAAAATC-TTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATG-TTTTCATTAGAAAACATGAA
** * * ** * *
1338944 GTAGATGCCATCCATTTAGAAGAAAAGTTAATTTTAATTTAAACATGCCTTC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * * * * *
1338996 AAAAGATTCGTTTTTTACTTTAAATGCTTATTAATCCATTTATAATCTTATAAGTGACTTGT-AA
1 GAAAGCTTTG-TTTCTCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAA
* * * * * *
1339060 TCAAAATCTTTT---TTTTTCATAAAAATCTATCATAATTTGATGTTTGCCTTA-ATAAACATGC
64 TCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGA-AAACATG-
* * * * *
1339121 AA-CGGATGCCATCTATTGATAA-AAAGAGT-CTTTTTAAGTCAATAATGCCATT
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * * *
1339173 AAAAGCTTTGTTTCCCACTTTAAATGCATAGTAATCCATTTATAATCCTATAAATGATTTCAAGT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * *
1339238 -AGAAATCTTTTTC-GTTTTT-TTAACACTTATCATAATTGCATGCTTTCATT-GAGAA-ATGTA
65 CA-AAATC-TTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATG--
* * * * *
1339298 AAGCGAATGCCATGCATTGACAAAAAAAAGTCAATTTTAATTCAATCATGCCATC
126 AAGCGGATGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * *
1339353 AAAAGTTTTGTTTATCGCTTTAAATGACATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AATGGTTGTT-A
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATG-CATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATT-TTAA
* * * * *
1339416 CTCAAAAT-TGTGTT-TGTTTTTAGTTAAAACCTATTATAGTTGGATGTTTGCATT-GAGAAACA
63 ATCAAAATCT-T-TTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGA-AAACA
* * * * *
1339478 TGAAACCGATGCCATCCATTAATAAGAAAAATCCATTTTAATTCAATCGTGCCATC
124 TGAAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * * * *
1339534 CAAAGCTTTGTTTCTAGCATTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCT-CCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * ** * * * *
1339599 -AGAAATTTATTTTC--TTTTTAGTTAAAACATATCATAATTATATATTTTCATTGGGAAACGTG
65 CA-AAA--TCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATG
* ** * ** * *
1339661 -TGACAAATGCCATCCATTGACAAGAAATTTCTATTTTAAATCAATCATGCCATC
126 AAG-CGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTT-AATTAATCATGCCATC
* * * * * * *
1339715 AAAAGCTTTGTTTTTTGCTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATGTTAAAT
1 GAAAGCTTTG-TTTCTCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* ** * * * * *
1339780 CAAAATATTTTTTGTTTTTGTTTAAAACCTATAATAATTGGTTGTTTGCATTAGGAAACATGAAA
65 CAAAATCTTTTCAGTTTTTG-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAG
** * * *
1339845 CGGATGTGATCCATTGATAATAAAAGTCCATTTTAAGTCAATAATGCCATC
129 CGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * *
1339896 GAAAGCTTTGTTTGTCACTTTAAATGCATATTAATCTC-TATATAAACGTATAAATGATTTCAAA
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATC-CATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * * * **
1339960 TCAAAAT-TTTT-TGTTTTTGGTTCAAACCTATCATAATTGGATGCTTGCATTAGGAAATGTGAA
64 TCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
* * * * *
1340023 GCAGATGCCATTCATTAATAAGAAATGTCCATTTTAATTCGATCATGCCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* ** * * *
1340075 -AAATGCTTCGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATATAGTTATAATCTTAGAAAAGATTTTAAA
1 GAAA-GCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * * *** * * * *
1340139 TCAAAATCTTTTCGGTTTTTTATTAAAACATGTCATAATTATTTATTTTCATTGGAAAAGATGTA
64 TCAAAATCTTTTCAG-TTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
* * * * *
1340204 GCAGATGCCATCCATTGACAAGAAATGGCCATTTTACATCAATCATGCCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTA-ATTAATCATGCCATC
* * * * ** * * *
1340256 GAAAGCTTTATTTTTCGCTTAAAATGAATATTAATTTATTTATAACCTCATAAATGAGTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * * * *
1340321 CAAAATCATTTT-TGTTTTTGGTT-CAAGCTAATCATAATTGGTTGTTTACATTGGAGAACGTGA
65 CAAAATC-TTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCT-ATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGA
* * * *
1340384 AGTC-AATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTACGTCAGTCATGCCATC
127 AG-CGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTA-ATTAATCATGCCATC
* * * *
1340437 GAAAGCTTTGTTTTTCGCTTTAAATGCATATTAAACCATTTGTAATCTTATAAATTATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * ** * * * * * * * *
1340502 TGAGATCTTTTTTGTTTTTATTTAAAACATATAATAATTGTACGTTTTCATTTGAAAACGTGTAG
65 CAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAG
* * * ** * *
1340567 CGGATGCCATCCGTGGACAAGAAGTGTCCATTGTATATTAATCACGCCATC
129 CGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTA-ATTAATCATGCCATC
* * * * * *
1340618 AAAAACTTTGCTTCCCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTAAAATCTTATAAATGATTTGAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * **
1340683 CAAAATCTTCTT-TGTTTTTTGTTGAAACCTATCATAATTGGATATTTTCATTGGGAAATGTGAA
65 CAAAATCTT-TTCAG-TTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
* * * * * *
1340747 GCGAATGCCATCCTTTGAGAAGAAAAATCGATTTTAATTCAATCATGTCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * * *
1340799 AAAAGCTTTCTTTCTCGATTTAAATGCACATTAATCCATTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** ** * * * * * * *
1340864 TGAAATCTTTTTTGTTTTTTATTCAAACGTATCATAATTAGATGTTTGC-TTTGAGAAATATGAA
65 CAAAATCTTTTCAG-TTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGA-AAACATGAA
* * * * * * *
1340928 GCAGATGCTATCTATAGATAAGAAATA-TACATTTTAAGTCAATCATGACATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * *
1340980 GAAAGCATTGTTTCTCGCTTTAAATGCATGTTAAGT-CATTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAG
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAA-TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * ** * * *
1341044 T-AGAGAGTTTTTTCA-TTTTTAGTTAAAACTTAGAATAATTGTATGTTTTC-TTTGTGAAACAT
64 TCA-A-AATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAG-AAAACAT
* * * * *
1341106 GAAACGGATTCCATCCTTTGACAAGAAAAGTCAATTTTAATTCAATCAT-CACATC
125 GAAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGC-CATC
* * * *
1341161 AAAAACTTTCTTTCTCCCTTTAAATGCATATTAA-CTAATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
1 GAAAGCTTTGTTTCT-CCTTTAAATGCATATTAATC-CATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * * *
1341225 TCAAAATCTTTTTCACTTTTTCTT-AAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAA
64 TCAAAATC-TTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
** * * * * * *
1341289 GCAAATACCATCCATTCATAAGAAATGTACATTTTAAGTTAGTCATGCCATA
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* **
1341341 GAAATG-TTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATGCTCTTATAAATGATTTTAAA
1 GAAA-GCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
** * * * * * * ***
1341405 TCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACCTA-CTGTAATTTGTTGTTTGCATTGGGAAATGGGA
64 TCAAAATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGA
* ** *
1341469 AACAAATGCCATCC-TTGCACAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATC
127 AGCGGATGCCATCCATTG-ATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * ** *
1341522 GAAAGCTTTGTTTCGCGCTTTAAATGGATATTAAAACATTTATAATCCTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * ** * * * * * * *
1341587 TAAAATCATTT---TTTTAATTAAAACTTATCATAATTAGATGTTTTCTTTGGTAAACGTGAAGT
65 CAAAATCTTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGC
* * ** * * * *
1341649 GGATGCCATCCACTAATAAGAAAAGTGAATTTAAAGTCAATTATGCTATC
130 GGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* ** * * * *
1341699 GAAAGCTTTGTTTCTCATTTTAAATGCATATTAAAACTTTTATAATCTTTTAAATGATTTCAAGT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * * * **
1341764 -AGAAATCATTTT-TGTTGTTGCTTAACACTTATTATAACTGTATGTTTTCATTTAG-AAATGTG
65 CA-AAATC-TTTTCAGTTTTTG-TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCA-TTAGAAAACATG
* * * * *
1341826 AAG-TGATACCATCAATTGA-AACAAAA-TATCATTTTAATTCAATCATGCCA-C
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGT-CCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* *
1341877 TGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAATTGACATATTAATCCATTTATTATCTTATAAATGATTTTAA
1 -GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATG-CATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
* * ** * ** * *
1341942 ATCAAAATATTTTTCA-TTTTTAGTTAAAACATATTGTAGTTATATGTTTTCATTAGGAAACGTG
63 ATCAAAAT-CTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATG
* * ** * * * * * *
1342006 TAA-TGGATGTCATTAATGGACAA-AAAATGTGCATTTTAAATCAAAT-AGGCTATC
126 -AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAA-GTCCATTTT-AAT-TAATCATGCCATC
* * * **
1342060 AAAAGCTTTGTTTCCCACTTTGAATGCATATTAAAACATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * ** * *
1342125 CAAAATTACTTTT--GTTTTTTATTAAAACCTATCATAATTGAACATTTTC-TTCGGTAAACATG
65 CAAAA-T-CTTTTCAG-TTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATT-AGAAAACATG
* * * * * ** * *
1342187 AAGTGGGTGCCATCCATTTATAAGAAAAGTGCATTTAAAGGCAGTCATGCTATC
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
** * * * *
1342241 GAAAGCTTTGTTTCTTGTTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTTTAAATGATTTCAAGT
1 GAAAGCTTTGTTTC-TCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
** * * * * * * *
1342306 -AGAAATCTTTTTTGCTTTTGGTTAACACTTATCACAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACATGAA
65 CA-AAATCTTTTCAG-TTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAA
** * * * * * *
1342370 GTAGATCCCATCCATTGACAA-AAGAAGTCAATTTTAACTCAATCAAGTCATC
128 GCGGATGCCATCCATTGATAAGAA-AAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
* * * * *
1342422 AAAAGCTTTGTTTCTTGCTGTAAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGTTTTTGAA
1 GAAAGCTTTGTTTC-TCCTTTAAATG-CATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AA
* * * * * * *
1342487 AT-GAAATC-TTT-ATGTTTGTGGCTAAAACCTATCATTATTAGATGTTTACATTAGGAAACATG
63 ATCAAAATCTTTTCA-GTTT-TTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATG
* * * * * * *
1342549 AAGTGGATGCCATCCATTAACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATACCATT
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* * * *
1342604 GAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTATATGCATATTAATACATTTATAATCTTATAAATGA-TTTACAT
1 GAAAGCTTTGTTTCTC-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * * *
1342668 TAGAAATACTTTT-TGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTTCATTGGCAAACGTGA
65 CA-AAAT-CTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGA
* * * *
1342732 AGCAGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTTAATTCAATCATGCCATT
127 AGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATT-AATCATGCCATC
* ** * * *
1342785 GAAAGCTTTATTTCTTATTTTAAATGCATATTAAT-TAGTTTAAAATCTTATAAATAATTTTAAA
1 GAAAGCTTTGTTTC-TCCTTTAAATGCATATTAATCCA-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA
* * * * ** * * * *
1342849 TTGAAATAT-TTTTTA-TTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGGATACTTGCATTTGGAAACGTG
64 -TCAAA-ATCTTTTCAGTTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATG
* * * * * *
1342912 AAGTGAATCCCGTCCATTCATAAG-AAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
126 AAGCGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTAATCATGCCATC
*
1342965 GAAATCTTTGT
1 GAAAGCTTTGT
1342976 GTGAAACTAG
Statistics
Matches: 5590, Mismatches: 1360, Indels: 578
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 10 0.00
177 217 0.04
178 217 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
GAAAGCTTTGTTTCTCCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
AAAATCTTTTCAGTTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGCG
GATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAATTAATCATGCCATC
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1335546 GCCATCAATT
* * * * * * * *
1335556 GAAAGCTTTGTTTCTTGCTTAAAATACATATTATTCCATTTATAATCTGATAAATGATTTTCAAT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTT-AAT
* * * * * * * *
1335621 T-GAACTCTCTTTCA-TTTTAGGTTAAAA-CTAATCATAATTGGCTATTTGC-TTAGAAAAACGT
65 TCAAAATGTTTTTCATTTTTA-GTTAAAACCT-ATCATAATTGGATTTTTGCATTA-AGAAACGA
* * * * * * * * * * * *
1335682 GAAGAGCATGCTATTCACTGGTGAGAAAAGTCTATTTTTGATTCAGTCATGCCATCGAAAG-ATT
127 GAAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCA-TTTTAATTTAATCATGCCATC-AAAGTGTT
* * * * * * * * * *
1335746 CATTTTTTGCTTTAAATGCATATTAATCCATTTAAAATGC-AATAAATC-ATTTTAAATAAAAAT
190 CGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAAT-CTTATGAA-CAATTTGAAATCAAAAT
* * * * * * *
1335809 CTTTTTTATTTATGGGTAACACCTATC--A--TAATTGTTTACTTTCATTGGGAAACGTGAAGTG
253 CTTTTTTGTTTTTAGTTAA-AACTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTG
* * * * **
1335870 GTGCCATCCTTTAACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCTTGCCATTGAAAGCTTTGTTTCTCG
317 ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCG
* * *
1335935 TTTAAAATGAATATTCATCCATTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATCTTCTTGAGTT
382 TTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAGTT
* * * * *
1336000 TTTGTTCAAACCAATCATAACTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCACCCATTAA
447 TTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAA
*
1336065 TAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATG
512 TAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* *
1336099 GAAATCTTTGTTTCTC-CTTTTAAATGCATATTAATGCATTTATGATCTTATAAATTATTTTAAC
1 GAAATCTTTGTTTCTCGC-TTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAAT
* *
1336163 TCAAAATGTTTTTCATTTTTATTTAAAACCTATCACAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAA
65 TCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAA
* *
1336228 GTGGATGCTATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCATTT
130 GTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCGTTT
* * *
1336293 CTCACTTTAAATGCATATGAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGACATCAAAATCTTTTTT
195 CTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCTTTTTT
*********
1336358 GTTTTTAGTTAAAANNNNNNNNNNTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAAG-GATGCCA
260 GTTTTTAGTTAAAA-CTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTG-AAGTGATGCCA
* * ** *
1336422 TCCTTTTG-CAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATGATGCCATTGAAGGCTTTGTTTCTCGTTTAA
323 TCC-ATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAA
* *
1336486 AATGAATATTCATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTCTTGAGTTTTGGT
387 AATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAGTTTTGGT
* * *
1336551 TAAAACCCATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAATATGAAGCAAATGCCACCCATTAATAAGA
452 TAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAATAAGA
1336616 AAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
517 AAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* *
1336645 GAAATCTTTGTTTCTTGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTACAATCTTATAAATTATTTTAATT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAATT
**
1336710 CAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCACGATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
66 CAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
* *
1336775 TGGATGCCATCTAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCATTTC
131 TGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCGTTTC
* * *
1336840 TCGCTTTAAATGCATATGAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGACATCGAAATCTTTTTTG
196 TCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCTTTTTTG
**
1336905 TTTTTAGTTAAAACATATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAACATGAAGTGATGCCATC
261 TTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTGATGCCATC
* * * * ** *
1336970 CTTTTACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAGTGATGCCATTGAAAGCTTTGTTTCTCATTTAAAAT
325 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAAAAT
* * *
1337035 GAATATTCATCAATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTCTTGAGTTTTGGTTAA
390 GAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAGTTTTGGTTAA
* * * * * * *
1337100 AACCCATTATAACTGGATAGTTGCATTAGAAAATATGAAGCAAATGCCAGCCATTAGTAAGAAAA
455 AACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAATAAGAAAA
1337165 GTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
520 GTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
*
1337191 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATGATCTTAT-AATTATTTTAATT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAATT
* ** *
1337255 CAAAATGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCACGATTAGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
66 CAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
*
1337320 TGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCATTTC
131 TGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCGTTTC
* * * * *
1337385 TCGATTTAAATGCATATGAATAAAATTATAATCTTATGAACAATTTGACATCGAAATCTTTTTTG
196 TCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCTTTTTTG
**
1337450 TTTTTAGTTAAAACATATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAACATGAAGTGATGCCATC
261 TTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTGATGCCATC
* * * * **
1337515 CTTTTACTAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATGATGCCATTGAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAAAAT
325 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAAAAT
* * *
1337580 AAATATTCATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTCTTGAGTTTTGGTTAA
390 GAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAGTTTTGGTTAA
* * * *
1337645 AACCCATCATAATTGGATACTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAATGCCACCCATTAATAAGATAA
455 AACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAATAAGAAAA
*
1337710 GTCCATTTTATGTTAGTCATGCCATC
520 GTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* * *
1337736 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCGTATTAGTGCATTTATGATCTTATAAATTATTTTAATT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAATT
* * * *
1337801 CAAAATGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCAAAATTGGATTTTTGTATTAAGAAATGAGAAG
66 CAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
* * **
1337866 TGGATGCCATCCAATGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTTATTTC
131 TGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCGTTTC
* * *
1337931 TCGCTTTAAATGCATATGAA-AGCAATTATAATCTTATGAACAATTTGAGATCGAAATC-TTTTT
196 TCGCTTTAAATGCATATTAATA-CAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCTTTTTT
* * * * ****
1337994 GTTTTTGGTTAAAACATATCATACTTAAATG--T--TTTCTTTGGAAAACAT-TTATCAAATGCC
260 GTTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGG-GAA-ATGTGAAGTGATGCC
* * * * * * * * *
1338054 ATCCATCGACAACAAATGTCCATTTAAAATCAGTCATGCCATCAAAATCTTGGTTTCTCGATTAA
322 ATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAA
* * * * *** * *
1338119 AATGCATACTAATCCAATTATAATCTTGTAAATGATTTTAAACCAAAATCTTTTTCG-TTTTTGA
387 AATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTT-GAGTTTTGG
** * * * * * ** * * *
1338183 TGCAAAGCTATAATAATTGGTTATTTGC-TTTGCAAAACATGAAGCGGATGCCATCCTTTGAGAA
451 TTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAG-AAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAATAA
* *
1338247 GAAAAGTCCCTTTTGA-TTCAGTCATGCCATC
515 GAAAAGTCCATTTTAAGTT-AGTCATGCCATC
* *** * * * * ** * * *
1338278 AAAAATCTAACTTT-TTGCTTTTAGTGCATATTAATCCATCAACAATCTTATAAATGATTTTAAA
1 -GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAAT
* * * * * * ** * *
1338342 TCAGAAT-CTTTACA-TTTTGGTTAAAA-CTACCTTAATTGTCTGTTTT-CATT-GGTAAACGTG
65 TCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-TTTTGCATTAAG-AAACGAG
* * ** * * *
1338402 AAGTAGATGTCATCCTTTGA-CAAGAAAAGTCCATCTTAATTCAATCATGCCATTGAAAGCT-TT
128 AAGTGGATGCCATCCAATGATC-AGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCA-TCAAAG-TGTT
* * * *** * *
1338465 -GTTTGTCGTTTTAAATGCATATTAAT-CTATTTATAATCTTAT-AATTGGTTTCAAGT-AGAAA
190 CGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATAC-AATTATAATCTTATGAA-CAATTTGAAATCA-AAA
* * * * * ** *
1338526 TCTTTTTTGGTTTTGGTTAACACTTATTATATTTGCATG--T--TTTCATTAGGAACA--TGAAG
252 TCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAA-ATGTGAAG
* * * *
1338585 TGGATACCATCCATTGATAAGAAAAG-TCAATTTTAATTCAA-CATGCCATCAAAAGCTTTATTT
315 T-GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTT
* * * *
1338648 CTTAC-TTT-AAATGCATATTAATCAATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATAAAATCTTTT
378 C-T-CGTTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTT
* * * * **
1338711 TCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATCCTTGCATTGGAAAACATGAAGTGAATGCCATC
441 TGAGTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATC
* * * * *
1338776 TATTCATAAGAAAAATCTATTCTAAGTTAGTCATGCCATC
506 CATTAATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* * * * * *
1338816 GAAATCTTTGTTTCTCACTTTCAATGAATATTAATGCACTTATAATCTGAT-AATTGATTTAAAA
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATT-ATTT-TAA
* * * * * * **
1338880 TT-GAAATCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGCAGCTTTT-CATT-GGAAAACTT
64 TTCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGA-TTTTTGCATTAAG-AAACGA
* * * ** ** * * *
1338941 GAAGTAGATGCCATCCATTTAGAAGAAAAGTTAATTTTAATTTAAACATGCCTTCAAAAG-ATTC
127 GAAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATC-AAAGTGTTC
* ** * * * ** * *
1339005 GTTTTTTACTTTAAATGCTTATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAGTGACTTGTAATCAAAATC-
191 GTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAA-CAATTTGAAATCAAAATCT
* * * ** * * * * *
1339068 TTTTT-TTTTCA-TAAAAATCTATCATAATTTGATGTTTGCCTT-AAT--AAACATG-CAACG-G
255 TTTTTGTTTTTAGTTAAAA-CTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAA-ATGTGAA-GTG
* * * * * * *
1339126 ATGCCATCTATTGATAA-AAAGAG-TCTTTTTAAGTCAATAATGCCATTAAAAGCTTTGTTTCCC
317 ATGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTC
* * * * * * * *
1339189 ACTTT-AAATGCATAGTAATCCATTTATAATCCTATAAATGATTTCAAGTAGAAATCTTTTT-CG
381 -GTTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAG
* * * * * * * * *
1339252 TTTT-TTTAACACTTATCATAATTGCATGCTTTCATT-GAGAA-ATGTAAAGCGAATGCCATGCA
445 TTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATG--AAGCAAATGCCATCCA
* * *
1339314 TTGACA-AAAAAAAGTCAATTTTAA-TTCAATCATGCCATC
508 TT-A-ATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTT-AGTCATGCCATC
* * * **
1339353 AAAAGT-TTTGTTTATCGCTTTAAATGACATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AATGGTTGTT-
1 GAAA-TCTTTGTTTCTCGCTTTAAATG-CATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATT-TTA
* * * * * * *
1339415 ACTCAAAATTGTGTTT-GTTTTTAGTTAAAACCTATTATAGTTGGATGTTTGCATTGAGAAAC-A
63 ATTCAAAA-TGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGA
*** * * * * * *
1339478 TGAAACCGATGCCATCCATTAATAAGAAAAATCCATTTTAATTCAATCGTGCCATCCAAAGCT-T
127 -GAAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCAT-CAAAG-TGT
* * * * * *
1339542 T-GTTTCTAGCATTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAACGACTTT-AAAT-AGAAA
189 TCGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAAC-AATTTGAAATCA-AAA
* * * *
1339604 T-TTATTTTCTTTTTAGTTAAAACATATCATAATT--A--TATATTTTCATTGGGAAACGTGTGA
252 TCTT-TTTTGTTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAA--TGTGA
* *
1339664 CA--AATGCCATCCATTGACAAG-AAATTTCTATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
313 -AGTGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
* * * * * ** *
1339726 TTTTTGCTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATGTTATAAATGATGTTAAATCAAAATATTTT
376 TTCTCGTTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAAT-CTTT
* * * * ** * * ** **
1339791 TTG-TTTTTGTTTAAAACCTATAATAATTGGTTGTTTGCATTAGGAAACATGAAACGGATGTGAT
440 TTGAGTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCAT
* * * * *
1339855 CCATTGATAATAAAAGTCCATTTTAAGTCAATAATGCCATC
505 CCATTAATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* * * * * * *
1339896 GAAAGCTTTGTTTGTCACTTTAAATGCATATTAAT-C-TCTATATAAACGTATAAATGATTTCAA
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCAT-T-TATAATCTTATAAATTATTTTAA
* * * * ** * * *
1339959 ATCAAAAT-TTTTT-GTTTTTGGTTCAAACCTATCATAATTGGATGCTTGCATTAGGAAATGTGA
64 TTCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGA
** * * * * * **
1340022 AGCAGATGCCATTCATTAATAAGAAATGTCCATTTTAATTCGATCATGCCATCAAA-TGCTTCGT
129 AGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTG-TTCGT
* * * *
1340086 TTCTCGCTTTAAATGCATATTAATATAGTTATAATCTTA-GAAAAGATTTTAAATCAAAATCTTT
193 TTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACA-ATTTGAAATCAAAATCTTT
** * * * * * *
1340150 TCGGTTTTTTA-TTAAAACATGTCATAATT--A--TTTATTTTCATT-GGAAAAGATGTAGCAGA
257 TTTG-TTTTTAGTTAAAAC-TATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATG-TGAAG-TGA
* ** * * * * *
1340209 TGCCATCCATTGACAAGAAATGGCCATTTTACATCAATCATGCCATCGAAAGCTTTATTTTTCGC
318 TGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGT
** * * * ** *
1340274 TTAAAATGAATATTAATTTATTTATAACCTCATAAATGAGTTTAAATCAAAATCATTTTTG-TTT
383 TTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATC-TTTTTGAGTT
* * * ** * * * *
1340338 TTGGTT-CAAGCTAATCATAATTGGTTGTTTACATTGGAGAACGTGAAGTC-AATGCCATCCATT
447 TTGGTTAAAACCT-ATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAG-CAAATGCCATCCATT
* * *
1340401 GATAAGAAAAGTCCATTTTACGTCAGTCATGCCATC
510 AATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* * ** *
1340437 GAAAGCTTTGTTTTTCGCTTTAAATGCATATTAAACCATTTGTAATCTTATAAATTATTTTAAAT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTT-AAT
* * * ** * * * * * * *
1340502 T-GAGATCTTTTTTGTTTTTATTTAAAACATATAATAATTGTACGTTTT-CATT-TGAAAACGTG
65 TCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGA-TTTTTGCATTAAG-AAACGAG
* * * ** * * ***
1340564 TAGCGGATGCCATCC-GTGGA-CAAGAAGTGTCCATTGT-ATATTAATCACGCCATCAAAAACTT
128 AAGTGGATGCCATCCAAT-GATC-AGAAAAGTCCATTTTAAT-TTAATCATGCCATCAAAGTGTT
* * * * * * * * **
1340626 TGCTTCCCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTAAAATCTTATAAATGATTTGAAATCAAAATCT
190 CGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCT
* * * * ** * *
1340691 TCTTTGTTTTTTGTTGAAACCTATC--A--TAATTGGATATTTTCATTGGGAAATGTGAAGCGAA
255 TTTTTGTTTTTAGTT-AAAACTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTG-A
* * * * * *
1340752 TGCCATCCTTTGAGAAGAAAA-ATCGATTTTAATTCAATCATGTCATCAAAAGCTTTCTTTCTCG
318 TGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCG
* * * *
1340816 ATTT-AAATGCACATTAATCCATTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTTG-T
382 -TTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATC-TTTTTGAG
** * * * ** * * * * *
1340879 TTTTTATTCAAACGTATCATAATTAGATGTTTGC-TTTGAGAAATATGAAGCAGATGCTATCTA-
445 TTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGA-AAACATGAAGCAAATGCCATCCAT
* * * *
1340942 TAGATAAGAAATA-TACATTTTAAGTCAATCATGACATC
509 TA-ATAAGAAA-AGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
* * * * * *
1340980 GAAAGCATTGTTTCTCGCTTTAAATGCATGTTAA-GTCATTTAAAATCTTATAAATGATTTTAAG
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATG-CATTTATAATCTTATAAATTATTTTAAT
* * ** * * **
1341044 T-AGAGA-GTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACTTAGAATAATTGTATGTTTT-CTTTGTGAAAC-A
65 TCA-AAATG-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-TTTTGCATTAAGAAACGA
** * ** * * *
1341105 TGAAACGGATTCCATCCTTTGA-CAAGAAAAGTCAATTTTAATTCAATCAT-CACATCAAAAACT
127 -GAAGTGGATGCCATCCAATGATC-AGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGC-CATC--AAAGT
* * * ** *
1341168 -TTC-TTTCTCCCTTTAAATGCATATTAACTA-ATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAA
187 GTTCGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAA-TACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAA
** * * * ** * **
1341230 ATCTTTTTCACTTTTT-CTTAAACCTATC--A--TAATTGGATA-TTTGCATTAGGAAACATGAA
251 ATCTTTTT-TGTTTTTAGTTAAAACTATCATACTTAAATGTTTACTTT-CATTGGGAAATGTGAA
** * * * * * * * *
1341289 GCAAATACCATCCATTCATAAGAAATGTACATTTTAAGTTAGTCATGCCAT-AGAAATG-TTTGT
314 G-TGATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCA-AAA-GCTTTGT
* * ** **
1341352 TTCTCGCTTT-AAATGCATATTAATGCATTTATGCTCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT
376 TTCTCG-TTTAAAATGAATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATC-TT
* * * * ** * * *** *
1341416 TTTG-TTTTTGGTTAAAACCTA-CTGTAATTTGTTGTTTGCATTGGGAAATGGGAAACAAATGCC
439 TTTGAGTTTTGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCC
* * *
1341479 ATCC-TTGCACAAGAAAAGTCCATTTTAA-TTCAATCATGCCATC
503 ATCCATT-AATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTT-AGTCATGCCATC
* * * ** * *
1341522 GAAAGCTTTGTTTCGCGCTTTAAATGGATATTAAAACATTTATAATCCTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTT-AAT
** * * * ** *
1341587 T-AAAA--TCATT--TTTTTAATTAAAACTTATCATAATTAGATGTTTT-C-TTTGGTAAACGTG
65 TCAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-TTTTGCATTAAG-AAACGAG
* * * ** * * * * *
1341645 AAGTGGATGCCATCCACTAATAAGAAAAGTGAATTTAAAGTCAATTATGCTATCGAAAGCT-TT-
128 AAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATC-AAAG-TGTTC
** * ** * * ** * * *
1341708 GTTTCTCATTTTAAATGCATATTAAAACTTTTATAATCTTTTAAATGATTTCAAGT-AGAAATCA
191 GTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCA-AAATCT
* * * * ** **
1341772 TTTTTGTTGTT-GCTTAACACT-T-AT--TATAACTGTATGTTTTCATTTAGAAATGTGAAGTGA
255 TTTTTGTTTTTAG-TTAAAACTATCATACT-TAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTGA
* * * * *
1341832 TACCATCAATTGA-AACAAAA-TATCATTTTAATTCAATCATGCCA-CTGAAAGCTTTGTTTCTC
318 TGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTTAAATCAATCATGCCATC-AAAAGCTTTGTTTCTC
* * * ** * *
1341894 ACTTT-AATTGACATATTAATCCATTTATTATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTCA
381 -GTTTAAAATGA-ATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGA
* * * ** * ** ** * * * * * **
1341958 TTTTTAGTTAAAACATATTGTAGTTATATGTTTTCATTAGGAAACGTGTAATG--GATGTCATTA
444 GTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATG-AA-GCAAATGCCATCC
** * * * * * * *
1342021 ATGGACAA-AAAATGTGCATTTTAAATCAAAT-AGGCTATC
507 ATTAATAAGAAAA-GTCCATTTTAAGT-TAGTCATGCCATC
* * * * * ** * *
1342060 AAAAGCTTTGTTTCCCACTTTGAATGCATATTAAAACATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAATT
** * * **
1342125 CAAAAT-TACTTTTGTTTTTTA-TTAAAACCTATCATAATTGAACATTTT-C-TTCGGTAAAC-A
66 CAAAATGT--TTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGA-TTTTTGCATTAAG-AAACGA
* * * * * * *** * *
1342185 TGAAGTGGGTGCCATCCATTTATAAGAAAAGTGCATTTAAAGGCAGTCATGCTATCGAAAGCT-T
127 -GAAGTGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATC-AAAG-TGT
* * * * * * ** * *
1342249 T-GTTTCTTGTTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTTTAAATGATTTCAAGT-AGAAAT
189 TCGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCA-AAAT
* * * * * ** **
1342312 CTTTTTTGCTTTTGGTTAACACT-T-ATCAC--AATTGTATGTTTTCATTGGGAAACATGAAGTA
253 CTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTATCAT-ACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGT-
* * * *
1342373 GATCCCATCCATTGACAA-AAGAAG-TCAATTTTAACTCAATCAAGTCATCAAAAGCTTTGTTTC
316 GATGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTTC-ATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTC
* * * * *
1342436 TTGCTGT-AAATGACATATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGTTTTTGAAA-TGAAATCTTTA
379 TCG-TTTAAAATGA-ATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATTGAAATCTTTT
* * * ** * * ***
1342499 T--GTTTGTGGCTAAAACCTATCATTATTAGATGTTTACATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCAT
441 TGAGTTT-TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCAT
* * * * * *
1342562 CCATTAACAAGAAAAATTTCATTTTAA-TTCAATCATACCATT
505 CCATTAATAAG-AAAAGTCCATTTTAAGTT-AGTCATGCCATC
* * * * *
1342604 GAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTATATGCATATTAATACATTTATAATCTTATAAATGA-TTTACAT
1 GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTA-AT
* * * * *
1342668 T-AGAAATACTTTTT-GTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTT-CATT-GGCAAACG
65 TCA-AAAT-GTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-TTTTGCATTAAG-AAACG
* ** * * * *
1342729 TGAAGCAGATGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCAATTTTAATTCAATCATGCCATTGAAAGCT-
126 AGAAGTGGATGCCATCCAATGATC-AGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCA-TCAAAG-TG
* *** ** * * * * **
1342792 TT-ATTTCTTATTTTAAATGCATATTAATTA-GTTTAAAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAA
188 TTCGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAA-TACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAA
* * * * * ** * * *
1342855 TATTTTTTATTTTTGGTTAAAAC-AT-ATA-ATAATTGGATACTTGCATTTGGAAACGTGAAGTG
252 TCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTG
* * * * * * * * * *
1342917 AATCCCGTCCATTCATAAG-AAAGTCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATCGAAATCTTTGT
317 -ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGT
1342976 GTGAAACTAG
Statistics
Matches: 5635, Mismatches: 982, Indels: 520
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 3 0.00
535 4 0.00
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547 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (545 bp):
GAAATCTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATTATTTTAATT
CAAAATGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTAAGAAACGAGAAG
TGGATGCCATCCAATGATCAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATCATGCCATCAAAGTGTTCGTTTC
TCGCTTTAAATGCATATTAATACAATTATAATCTTATGAACAATTTGAAATCAAAATCTTTTTTG
TTTTTAGTTAAAACTATCATACTTAAATGTTTACTTTCATTGGGAAATGTGAAGTGATGCCATCC
ATTGACAAGAAAAGTTCATTTTAAATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCGTTTAAAATG
AATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATCTTTTTGAGTTTTGGTTAAA
ACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTAATAAGAAAAG
TCCATTTTAAGTTAGTCATGCCATC
Found at i:1344713 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1344678--1344738 Score: 70
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1344668 ACACTATGGA
*
1344678 ATTGGG-ACTTGACATTTGTTTTCAACTTTGG
1 ATTGGGTA-TTGACA-TTG-TTTCAACCTTGG
*
1344709 ATTGGGTATTGATATTGTTTCAACCTTGG
1 ATTGGGTATTGACATTGTTTCAACCTTGG
1344738 A
1 A
1344739 CTTTGGATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
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30 3 0.11
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ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.23, T:0.44
Consensus pattern (29 bp):
ATTGGGTATTGACATTGTTTCAACCTTGG
Found at i:1346635 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1345914--1348545 Score: 1781
Period size: 181 Copynumber: 14.6 Consensus size: 180
1345904 TGTTGTGACA
* * * *
1345914 CTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATAATTTTAAATCAAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* * ** * ***
1345979 TCTTCTTCATTTTTGGTTCAAACTTATCATAATTGCTTGTTTGCATT-GAGAAACATGAAGTGGA
66 TCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAG-GAAACATGAAACAGA
* * * * * * *
1346043 TGCTATTCTTTGACAAGAAAAGCCCATTTTAATTCAGTCATGCCATCGAAAG
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* * * * * *
1346095 CTTTATTCCTTGA-TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATCAAA
1 CTTTGTTTC-TCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAA
* * ** * * ** ** * *
1346159 ATCTTTTT-GTTTTTCTTAAAACCAATTATAATTGGATATTTGCAATACAAAATGTGGAGC-GAA
65 ATCTTTTTCATTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAG-A
* * * * *
1346222 TACTATCCATTGACAAGAGAAA-TTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
129 TGCCATCCATTGATAA-AAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * * * *
1346274 ATTTGTTTCCCACTTTAAACGCATAATAATCCATTTATAATGTGATCAATGATTTTAAAT--TAT
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* ** * * * * *
1346337 TTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTTCATTGGGGAACATGAAACAGAT
66 TCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGAT
* * * * *
1346402 GTCATCCATTAATAAAAAAAAGTCAATTTTCATTCAAACATGCCATCGAAAG
130 GCCATCCATTGAT-AAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * *
1346454 CTTTGTTTCT-AGCTTTAAATGCATGTTAATGCATTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTCGAA
1 CTTTGTTTCTCA-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAA
* * * * * * ** *
1346518 ATCTTTTTCATTTTT-TTAAAAATGTCTCATATTTGGATATTTACATTGGGATATGTGAAGCAGA
65 ATCTTTTTCATTTTTGTTAAAACT-TATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGA
*
1346582 TGCCATCCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTTAATTAAATCATGCCATCGAAAG
129 TGCCATCCATTGAT-AAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * *
1346635 CTTTGTTTATCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTGTAATCATATAAAGGATTTTAACTCGAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* * * * * *
1346700 TCTTTTTTATTTTTAGTTAATACTTATCATAATTGTATGTTTTGC-TTAGGAGACATGAAGCAGA
66 TCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGAT-ATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGA
** * * ** * *
1346764 TGTAATCGATAGATATGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCGTGCCATTGAAAG
129 TGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * *
1346816 -GTTGTTTTTCACATTAAATGCATATTAACCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAATGATTTTAAATCGAA
** * * * * * * * *
1346879 ATCTTTTATGTTTTTTGTTCAAACCTA-CTATAACTGGTTGTTT-CGTTAAGAAACGTGAAACAG
65 ATCTTTT-TCATTTTTGTTAAAACTTATC-ATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAG
* ** * * * * * *
1346942 ATGCGATTGATTGATAAGAACAGTGCAGTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAG
128 ATGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * * *
1346995 CTTTTATTTCTAATTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTTATATATGATCTCAAATCCAA
1 C-TTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAA
* * * * * * * **
1347060 ATCTTGTTCGTTTTTTTGTTAAAAATTATCTTAATTGTATGTTTTGC-TTGGGAAACATGAAATG
65 ATCTTTTTC--ATTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGAT-ATTTGCATTAGGAAACATGAAACA
* * * * ***
1347124 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATAAAATCGAAAG
127 GATGCCATCCATTGATAA-AAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * *
1347179 CTTTGTTTCTCACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAATGATTTTAAATCGAA
* ** * * * * * * * * *
1347243 ATGTTTTATGTTTTTTGTTCAAACCTACCATAACTGGTTGTTT-CGTTAAGAAACGTGAAACAGA
65 ATCTTTT-TCATTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGA
* ** * * * * * *
1347307 TGCAATTGATTGATAAGAACAGTGCAGTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAG
129 TGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * *
1347359 CTTTATTTCTCATTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATCTCAAATCCAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* * * * * **
1347424 TCTTGTTCATTTTTTTGTTAACAA-TTATCTTAATTGTATGTTTTGC-TTGGGAAACATGAAATG
66 TCTTTTTCA--TTTTTGTTAA-AACTTATCATAATTGGAT-ATTTGCATTAGGAAACATGAAACA
* * * * ***
1347487 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATAAAATCGAAAG
127 GATGCCATCCATTGATAA-AAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* *
1347542 CTTTGTTTCTCACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATG-TTTTAAAATTGAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCGAA
* * * * * **
1347606 ATCTTTTTCGTTTTTGGTTAAAACTTATCATAGTTGTATGTTAT-CATCAGGAAACATGAAATGG
65 ATCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGATATT-TGCATTAGGAAACATGAAACAG
* * * * * *
1347670 ATGCCATGCATTGATAAGAAAAGTTCATTTGAATTCAATCAAGCCATTGAAAG
128 ATGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * *
1347723 GTTTGTTTCTCACATTAAATGCCTATTAAGCCATTCATAATCTCATAAATG-TTTTAAAAACGAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCGAA
* * * *
1347787 ATC-TTTTCTGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATAGTATGTTAT-CATTAGGAAACATGAAAC-
65 ATCTTTTTC-ATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGATATT-TGCATTAGGAAACATGAAACA
* * * * *
1347849 GAATGCCATCCATTGACAAAAAAATTCTATTTGAATTCAATCATGCCATTGAAAG
127 G-ATGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
** * * * *
1347904 CTTTGTTTCTTGCATTAAATGCATATTAATCCAATTACAATCTTATAAATG-TTTTAAAATCAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCGAA
* * ** * ** * * * *
1347968 ATCTTTTTCGTTTTTGGTTAAAACTTACCATAATTTTATGTTACCATCAGTAAACGTGAAGCAGA
65 ATCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGA
* * * * * * ** *
1348033 TGCCATCCATTGCT-AAGAAATTCTAGTTTAATTCAACCATTTCATCAAAAG
129 TGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * *** * * * *
1348084 CTTTGCTTCTCGCCTTAGATATTTATTAATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* * * * * * ***
1348149 TGTTTTTCA-TTTGGCTAGAA-TGTATGATAATTGGACATTTTGCATT-GAGAAACATGAAGTGG
66 TCTTTTTCATTTTTGTTAAAACT-TATCATAATTGGATA-TTTGCATTAG-GAAACATGAAACAG
** * * *
1348211 ATGCCATCCATTGATAAGGAAAGTCCATTTTAAGT-ATGTCATGCCATTGAAAG
128 ATGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCA-ATCATGCCATCGAAAG
* * * *
1348264 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCGTATAAATCCATTTATGATCTTATAAATGATTTTAAATCGACA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
* * * ** * * * **
1348329 TACTCTTT-GTTTTTGTTCAAAACCTATCATAATTCAATGTTTGCACTAGGAAACCT-AAAGTGG
66 T-CTTTTTCATTTTTGTT-AAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAA-CAG
* * * * * ** * *
1348392 ATGCCATCCATTAAGAAGAGAACTCCATTTTACATTTGAT-GTGCCATTGAAAG
128 ATGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTA-ATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * ** * ** * * * * *
1348445 CGTTATTTTTTGCTTTAAATGACGTACAAATCCATTTTTAATCTTTTAAATCATTTTGAATTGAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATG-CATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAA
* *
1348510 A-CATTTTTCAGTTTTGGTTTAAA-TATATCATAATTG
65 ATC-TTTTTCA-TTTTTGTTAAAACT-TATCATAATTG
1348546 ATGTCCACTT
Statistics
Matches: 1912, Mismatches: 469, Indels: 139
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 8 0.00
178 24 0.01
179 259 0.14
180 418 0.22
181 738 0.39
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183 189 0.10
184 32 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAA
TCTTTTTCATTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAACAGATG
CCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
Found at i:1347460 original size:725 final size:710
Alignment explanation
Indices: 1345926--1348360 Score: 2037
Period size: 725 Copynumber: 3.4 Consensus size: 710
1345916 TTGTTTCTCG
*
1345926 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATAATTTTAAATCAAAATCTTCTTCATTT
1 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTCTTCATTT
* * *
1345991 TTGGTTCAAACTTATCATAATTGCT-TG-TTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATTCTTT
66 TTAGTT-AAACTTATCATAATTG-TATGTTTTGC-TTG-GAAACATGAAGTGGATG-TAATCATT
* * * *
1346054 GACAAGAAAAGCCCATTTTAATTCAGTCATGCCATCGAAAGCTT-TATTCCTTGA-TTTAAATGC
126 GACAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTGT-TT--TTCACATTAAATGC
* * *
1346117 ATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATCAAAATCTTTTTG-TTTTTCTTAAAAC
188 ATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAATATTTAAAATCAAAATCTTTTTGTTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * * * * * ** * *
1346181 CAATTATAATTGGATATTTGCAATACA-AAATGTGGAGCGAATACTATCCATTGACAAGAGAAAT
253 CTA-TATAACTGGTTGTTT-CATTA-AGAAACGTGAAACG-ATGCCATTGATTGATAAGA-AAGT
* * *
1346245 TCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGATTTGTTTCCCACTTTAAACGCATAATAATCCATTT
313 TCA-TTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGATTTGTTTCTCACTTTAAAAGCATATTAATCCATTT
* * * * ** * *
1346310 ATAATGTGATCAATGATTTTAAATTATTTTTTTTTG-TTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTA
377 ATAATCTCAT-AATGATTTAAAATCAAATCTTTTCGTTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTA
* * * * * *
1346374 TGTTTTCATTGGGGAACATGAAACAGATGTCATCCATTAATAAAAAAAAGTCAATTTTCATTCAA
441 TGTTTTCATTGGGAAACATGAAACGGATGTCATCCATTGA-CAAAAAAATTCAATTTTAATTCAA
* * * * *
1346439 ACATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTAGCTTTAAATGCATGTTAATGCATTTATAATCTTGTAAAT
505 TCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTA-CATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAT
* * * ** * * ** **
1346504 GATTTTAAGTCGAAATCTTTTTCATTTTT-TTAAAAATGTCTCATATTTGGATATTTACATTGGG
569 GATTTAAAATCAAAATCTTTTTGTTTTTTGTTAAACAT-AC-CATAACTGGATATTTACATTAAG
* * * * * * *
1346568 ATATGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTTAATTAAATCATGCCATCGAA
632 AAACGTGAAACAGATGCAATCCATTGATAAAAAAAAGTCCAGTTTAAGTAAATCATGCCATCAAA
*
1346633 AGCTTTGTTTATCA
697 AGCTTTATTTATCA
* * * * * *
1346647 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTGTAATCATATAAAGGATTTTAACTCGAAATCTTTTTTATTT
1 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTCTTCATTT
* ** *
1346712 TTAGTTAATACTTATCATAATTGTATGTTTTGCTTAGGAGACATGAAGCAGATGTAATCGATAGA
66 TTAGTTAA-ACTTATCATAATTGTATGTTTTGCTT-GGAAACATGAAGTGGATGTAATC-ATTGA
* * * * *
1346777 TATGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCGTGCCATTGAAAGGTTGTTTTTCACATTAAATGCATATT
128 CAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTGTTTTTCACATTAAATGCATATT
* *
1346842 AACCCATTTATAATCTTATAAAATATTTAAAATCAAAATCTTTTATGTTTTTTGTTCAAACCTAC
193 AATCCATTTATAATCTTATAAAATATTTAAAATCAAAATCTTTT-TGTTTTTTGTTAAAACCTA-
* * *
1346907 TATAACTGGTTGTTTCGTTAAGAAACGTGAAACAGATGCGATTGATTGATAAGAACAGTGCAGTT
256 TATAACTGGTTGTTTCATTAAGAAACGTGAAAC-GATGCCATTGATTGATAAGAA-AGTTCA-TT
* * * * * *
1346972 TAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTTATTTCTAATTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAAT
318 TAATTCAATCATGCCATCGAAAG-ATTTGTTTCTCACTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAAT
* * * * * *
1347037 CTTATATATGATCTCAAATCCAAATCTTGTTCGTTTTTTTGTTAAAAATTATCTTAATTGTATGT
382 CTCATA-ATGATTTAAAAT-CAAATCTT-TTCGTTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGT
*
1347102 TTTGC-TTGGGAAACATGAAATGGATGTCATCCATTGACAAGAAAAATTTC-ATTTTAATTCAAT
444 TTT-CATTGGGAAACATGAAACGGATGTCATCCATTGACAA-AAAAA-TTCAATTTTAATTCAAT
***
1347165 CATAAAATCGAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAT
506 CATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCT-ACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAAT
* * * * *
1347230 -ATTTAAAATCAAAATGTTTTATGTTTTTTGTTCAAACCTACCATAACTGGTTGTTT-CGTTAAG
569 GATTTAAAATCAAAATCTTTT-TGTTTTTTGTT-AAACATACCATAACTGGATATTTACATTAAG
** * * * *
1347293 AAACGTGAAACAGATGCAATTGATTGAT-AAGAACAGTGCAGTTTAAGTCAATCATGCCATCAAA
632 AAACGTGAAACAGATGCAATCCATTGATAAAAAAAAGTCCAGTTTAAGTAAATCATGCCATCAAA
*
1347357 AGCTTTATTTCTCA
697 AGCTTTATTTATCA
* * * * * * *
1347371 TTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATCTCAAATCCAAATCTTGTTCATTT
1 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTCTTCA-TT
* * * * *
1347436 TTTTGTTAACAATTATCTTAATTGTATGTTTTGCTTGGGAAACATGAAATGGATGTCATCCATTG
65 TTTAGTTAA-ACTTATCATAATTGTATGTTTTGCTT-GGAAACATGAAGTGGATGTAAT-CATTG
* * *** *
1347501 ACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATAAAATCGAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCAT
127 ACAAG-AAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGC-TTGTTTTTCACATTAAATGCAT
* ** *
1347566 ATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAATGTTTTAAAATTGAAATCTTTTTCGTTTTTGGTTAAAAC
190 ATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAAATCTTTTT-GTTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * *
1347630 TTATCAT-AGTTGTATGTTATCATCAGGAAACATGAAATGGATGCCA-TGCATTGATAAGAAAAG
253 CTAT-ATAACTGGT-TGTT-TCATTAAGAAACGTGAAA-CGATGCCATTG-ATTGATAAG-AAAG
* * * * * * *
1347693 TTCATTTGAATTCAATCAAGCCATTGAAAGGTTTGTTTCTCACATTAAATGCCTATTAAGCCATT
312 TTCATTT-AATTCAATCATGCCATCGAAAGATTTGTTTCTCACTTTAAAAGCATATTAATCCATT
* * * *
1347758 CATAATCTCATAAATGTTTTAAAAACGAAATCTTTTC-TGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATA
376 TATAATCTCAT-AATGATTTAAAATC-AAATCTTTTCGT-TTTTTAGTTAAAACTTATCATAATT
* * * * * *
1347822 GTATGTTATCATTAGGAAACATGAAACGAATGCCATCCATTGACAAAAAAATTCTATTTGAATTC
438 GTATGTTTTCATTGGGAAACATGAAACGGATGTCATCCATTGACAAAAAAATTCAATTTTAATTC
* * * *
1347887 AATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTTCTTGCATTAAATGCATATTAATCCAATTACAATCTTATAA
503 AATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTC-TACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAA
* * * **
1347952 ATGTTTTAAAATCAAAATCTTTTTCGTTTTTGGTTAAAACTTACCATAA-T-TTTATGTTACCA-
567 ATGATTTAAAATCAAAATCTTTTT-GTTTTTTGTT-AAACATACCATAACTGGATAT-TTA-CAT
* * * * * * * * * * **
1348014 TCAGTAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGCT--AAGAAATTCTAGTTTAATTCAACCATTTCA
628 TAAG-AAACGTGAAACAGATGCAATCCATTGATAAAAAAAAGTCCAGTTTAAGTAAATCATGCCA
** * *
1348077 TCAAAAGCTTTGCTTCTCG
692 TCAAAAGCTTTATTTATCA
* * *** * * * * ** * *
1348096 CCTTAGATATTTATTAATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAAATGTTTTTCA--T
1 CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTCTTCATTT
* * * * ** **
1348159 TTGGCTAGAA-TGTATGATAATTGGACATTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATT
66 TTAGTTA-AACT-TATCATAATTGTATGTTTTGC-TTG-GAAACATGAAGTGGATGTAAT-CATT
* * * * * * * *
1348223 GATAAGGAAAGTCCATTTTAAGT-ATGTCATGCCATTGAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGCG
126 GACAAGAAAAGTCCATTTTAATTCA-ATCATGCCATCGAAAGC-TTGTTTTTCACATTAAATGCA
* * * * * *
1348287 TATAAATCCATTTATGATCTTAT-AAATGATTTTAAATCGACATACTCTTTG-TTTTTGTTCAAA
189 TATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAAAT-CTTTTTGTTTTTTGTT-AAA
1348350 ACCTATCATAA
251 ACCTAT-ATAA
1348361 TTCAATGTTT
Statistics
Matches: 1387, Mismatches: 269, Indels: 114
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
719 3 0.00
720 63 0.05
721 199 0.14
722 198 0.14
723 45 0.03
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725 420 0.30
726 153 0.11
727 139 0.10
728 57 0.04
729 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (710 bp):
CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTCTTCATTT
TTAGTTAAACTTATCATAATTGTATGTTTTGCTTGGAAACATGAAGTGGATGTAATCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTGTTTTTCACATTAAATGCATATTAAT
CCATTTATAATCTTATAAAATATTTAAAATCAAAATCTTTTTGTTTTTTGTTAAAACCTATATAA
CTGGTTGTTTCATTAAGAAACGTGAAACGATGCCATTGATTGATAAGAAAGTTCATTTAATTCAA
TCATGCCATCGAAAGATTTGTTTCTCACTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTCATAATG
ATTTAAAATCAAATCTTTTCGTTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTTCATTGGGAA
ACATGAAACGGATGTCATCCATTGACAAAAAAATTCAATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGC
TTTGTTTCTACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATC
TTTTTGTTTTTTGTTAAACATACCATAACTGGATATTTACATTAAGAAACGTGAAACAGATGCAA
TCCATTGATAAAAAAAAGTCCAGTTTAAGTAAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTATCA
Found at i:1347469 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 1345914--1348360 Score: 2034
Period size: 363 Copynumber: 6.8 Consensus size: 361
1345904 TGTTGTGACA
* * * *
1345914 CTTTGTTTCTCGCTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCATATAAATAATTTTAAATCAAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
* * * **
1345979 TCTTCTTCA-TTTTTGGTTCAAACTTATCATAATTGCT-TG-TTTGCATTGAGAAACATGAAGTG
66 TCTT-TTCATTTTTTTGTT-AAAATTATCATAATTG-TATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACG
* * ** * * *
1346041 GATG-CTATTCTTTGACAAG-AAAAGCCCATTTTAATTCAGTCATGCCATCGAAAGCTTTATTCC
128 GATGTC-ATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTC
* * * *
1346104 TTGA-TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATCAAAATCTTTTTG
192 -TCACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTG
* * ** * * * * * * * * * **
1346168 -TTTTTCTTAAAACCAATTATAATTGGATATTTGCAATACA-AAATGTGGAGC-GAATACTATCC
256 TTTTTTGTTAAAACCTACCATAACTGGTTGTTT-CATTA-AGAAACGTGAAACAG-ATGCCATTG
* * *
1346230 ATTGACAAGAGAAA-TTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
318 ATTGATAAGA-AAAGTGCAGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * * *
1346274 ATTTGTTTCCCACTTTAAACGCATAATAATCCATTTATAATGTGATCAATGATTTTAAAT---TA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
** * *
1346336 T-TTTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTT-CATTGGGGAACATGAAACA
66 TCTTTTCATT-TTTTT-GTTAAAA-TTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACG
* * * * *
1346399 GATGTCATCCATTAATAAAAAAAAG-TCAATTTTCATTCAAACATGCCATCGAAAGCTTTGTTTC
128 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTC-ATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTC
* * * * * * * *
1346463 T-AGCTTTAAATGCATGTTAATGCATTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTCGAAATCTTTTTC
192 TCA-CATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTG
* * * ** * * ** * * * **
1346527 ATTTTT-TTAAAA-ATGTCTCATATTTGGATATTTACATTGGGATATGTGAAGCAGATGCCATCC
256 TTTTTTGTTAAAACCT-AC-CATAACTGGTTGTTT-CATTAAGAAACGTGAAACAGATGCCATTG
* * * *
1346590 ATTGATAAAAAAAAGTCCATTTTAATTAAATCATGCCATCGAAAG
318 ATTGAT-AAGAAAAGTGCAGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * *
1346635 CTTTGTTTATCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTGTAATCATATAAAGGATTTTAACTCGAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
* * * * *
1346700 TCTTTT--TTATTTTTAGTTAATACTTATCATAATTGTATGTTTTGC-TTAGGAGACATGAAGCA
66 TCTTTTCATT-TTTTT-GTTAA-AATTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACG
* * * * * * * * * *
1346762 GATGTAATCGATAGATATG-AAAAGTCCATTTTAATTCAATCGTGCCATTGAAAG-GTTGTTTTT
128 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCT
*
1346825 CACATTAAATGCATATTAACCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAAATCTTTTATG
193 CACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAATGATTTAAAATCAAAATCTTTT-TG
* * * *
1346889 TTTTTTGTTCAAACCTACTATAACTGGTTGTTTCGTTAAGAAACGTGAAACAGATGCGATTGATT
256 TTTTTTGTTAAAACCTACCATAACTGGTTGTTTCATTAAGAAACGTGAAACAGATGCCATTGATT
* * *
1346954 GATAAGAACAGTGCAGTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAG
321 GATAAGAAAAGTGCAGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * *
1346995 CTTTTATTTCTAATTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTTATATATGATCTCAAATCCAA
1 C-TTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAA
* * *
1347060 ATCTTGTTCGTTTTTTTGTTAAAAATTATCTTAATTGTATGTTTTGC-TTGGGAAACATGAAATG
65 ATCTT-TTCATTTTTTTGTT-AAAATTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACG
* ***
1347124 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATAAAATCGAAAGCTTTGTTTCT
128 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCT
*
1347189 CACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAT-ATTTAAAATCAAAATGTTTTATG
193 CACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTAT-AAATGATTTAAAATCAAAATCTTTT-TG
* * *
1347253 TTTTTTGTTCAAACCTACCATAACTGGTTGTTTCGTTAAGAAACGTGAAACAGATGCAATTGATT
256 TTTTTTGTTAAAACCTACCATAACTGGTTGTTTCATTAAGAAACGTGAAACAGATGCCATTGATT
* * *
1347318 GATAAGAACAGTGCAGTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAG
321 GATAAGAAAAGTGCAGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * *
1347359 CTTTATTTCTCATTTTAAAAGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATCTCAAATCCAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
* *
1347424 TCTTGTTCATTTTTTTGTTAACAATTATCTTAATTGTATGTTTTGC-TTGGGAAACATGAAATGG
66 TCTT-TTCATTTTTTTGTTAA-AATTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACGG
* ***
1347488 ATGTCATCCATTGACAAGAAAAATTTCATTTTAATTCAATCATAAAATCGAAAGCTTTGTTTCTC
129 ATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTC
* **
1347553 ACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGTTTTAAAATTGAAATCTTTTTCGTT
194 ACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTT-GTT
* * * * * * * * **
1347618 TTTGGTTAAAACTTATCAT-AGTTGTATGTTATCATCAGGAAACATGAAATGGATGCCA-TGCAT
258 TTTTGTTAAAACCTACCATAACTGGT-TGTT-TCATTAAGAAACGTGAAACAGATGCCATTG-AT
* * *
1347681 TGATAAGAAAAGTTCA-TTTGAATTCAATCAAGCCATTGAAAG
320 TGATAAGAAAAGTGCAGTTT-AATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * * * * *
1347723 GTTTGTTTCTCACATTAAATGCCTATTAAGCCATTCATAATCTCATAAATG-TTTTAAAAACGAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCCAA
* * * *
1347787 ATCTTTTC-TGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATAGTATGTTAT-CATTAGGAAACATGAAACG
65 ATCTTTTCAT-TTTTTTGTTAAAA-TTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACG
* * * *
1347850 AATGCCATCCATTGACAA-AAAAA-TTCTATTTGAATTCAATCATGCCATTGAAAGCTTTGTTTC
128 GATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTC-ATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTC
** * * *
1347913 TTGCATTAAATGCATATTAATCCAATTACAATCTTATAAATGTTTTAAAATCAAAATCTTTTTCG
192 TCACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTT-G
* * ** * * * **
1347978 TTTTTGGTTAAAACTTACCATAA-TTTTATGTTACCA-TCAGTAAACGTGAAGCAGATGCCATCC
256 TTTTTTGTTAAAACCTACCATAACTGGT-TGTT-TCATTAAG-AAACGTGAAACAGATGCCATTG
* * * ** *
1348041 ATTGCTAAG-AAA-TTCTAGTTTAATTCAACCATTTCATCAAAAG
318 ATTGATAAGAAAAGTGC-AGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
* * * * *** * * * **
1348084 CTTTGCTTCTCGCCTTAGATATTTATTAATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAAA
1 CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
* * * * * * ** * **
1348149 TGTTTTTCA---TTTGGCTAGAATGTATGATAATTGGACATTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGG
66 T-CTTTTCATTTTTTTGTTAAAAT-TATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACGG
* * * * * * *
1348211 ATGCCATCCATTGATAAG-GAAAGTCCATTTTAAGT-ATGTCATGCCATTGAAAGCTTTGTTTCT
129 ATGTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCA-ATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCT
* * * * * * * *
1348274 CACTTTAAATGCGTATAAATCCATTTATGATCTTATAAATGATTTTAAATCGACATACTCTTTG-
193 CACATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAAT-CTTTTTGT
*
1348338 TTTTTGTTCAAAACCTATCATAA
257 TTTTTGTT-AAAACCTACCATAA
1348361 TTCAATGTTT
Statistics
Matches: 1732, Mismatches: 291, Indels: 128
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 3 0.00
357 11 0.01
358 46 0.03
359 127 0.07
360 253 0.15
361 291 0.17
362 277 0.16
363 430 0.25
364 288 0.17
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
CTTTGTTTCTCACTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAA
TCTTTTCATTTTTTTGTTAAAATTATCATAATTGTATGTTTTGCATTGGGAAACATGAAACGGAT
GTCATCCATTGACAAGAAAAAGTTCATTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTGTTTCTCAC
ATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTGTTTTT
TGTTAAAACCTACCATAACTGGTTGTTTCATTAAGAAACGTGAAACAGATGCCATTGATTGATAA
GAAAAGTGCAGTTTAATTCAATCATGCCATCGAAAG
Found at i:1349470 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1348673--1350407 Score: 883
Period size: 180 Copynumber: 9.6 Consensus size: 180
1348663 ATGTGGATGT
* * * * * * * * *
1348673 CATCTATTGACAAGAAATGTCCATTTTAAATAAACCATGCCATCGAAAGCCTTGTTTCTCGC-TT
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATT
* * ** ** * *
1348737 AAATGAATATTAATCAATTTATAATCTTATAAATGATTCCAAGCCAAAAT-ATTTTTTGTTTTTG
66 AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCT-TTTTTG
** * * * ** * *
1348801 GTTCAAACCTATC-TAATTGGT-TGTTTGCAATAGG-AAATGTGAAGCGAATG-
130 GTAAAAACTTATCATAATT-ATATGTTT-C-ATTGGAAAACATGAAACTAATGC
* * * * * * * * *
1348851 TAACCAATTGATAAA-AAAAATTCGTTTTAATTCAATTAGGCCATCAAAAGCTGTGTTTCTTTA-
1 CATCC-ATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTC-TCAC
* * * * * * * *
1348914 TTTAAATGCACATTAATCCGTTTACAATCTTATATATAATTTTAAATC-CAAATATTTTTC-ATT
63 ATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAC-AATAATTTTCTTTT
* * * * * * **
1348977 TTAGTTAAAACTGATCATAATTATATGTTTTGC-TTAGCAAACATGAAGCGGATGC
127 TTGGTAAAAACTTATCATAATTATATG-TTT-CATTGGAAAACATGAAACTAATGC
* * * *
1349032 CA-CCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATGAGGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACAT
1 CATCC-ATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACAT
* * ** *
1349096 TAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAATCCTTTTGTATTTTT
65 TAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCT-TTTTT
* ** * * * * *
1349161 --TAAAAACTTATTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAGCGAATAC
129 GGTAAAAACTTATCATAATTATATGTTT-CATTGGAAAACATGAAACTAATGC
* * * * * * * * * * *
1349212 TATCCATTGATAAGAAAAGTGCATTTTCA-GCAAGCCATGCCATCTAGAGCATAT-TTTCTCGCT
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAA-TCATGCCATCAAAAGC-TTTGTTTCTCACA
* * * *
1349275 TTAAATGCATATTAACCCATTTATACTCTTATAAATGCTTTTAAATCTCAATAATTTTCTTTTTT
64 TTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCTTTTTT
* * * *
1349340 GGTCAAAACATATCATAATTATATGTTTCGCTTGGAAAACATGAAATTAATGC
129 GGTAAAAACTTATCATAATTATATGTTTC-ATTGGAAAACATGAAACTAATGC
* * * * *
1349393 CATCCATTGAAAACAAAAGTCCACTTTAATTCAATCATACCATCAAAAGGTTTGTTTCTCGCATT
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATT
* * * * * * * * *
1349458 AATTGCATATTAATACATTGATAATCATATAAAAGATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTTAG
66 AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCTTTTTTGG
* ** * * ** * *
1349523 TTAAAA-TCTATCATAAGCGGATAT-TTACATTGGGAAATGTGAAGCAAATGC
131 TAAAAACT-TATCATAA--TTATATGTTTCATTGGAAAACATGAAACTAATGC
* ** * * * * * **
1349574 CATCCATTGATAAGAAAAGTGAATTTTAAGTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTATTTTTTATTTT
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATT
* * *
1349639 AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATCTCAAATC-CAA-ATCTTGTTCTTTTTT
66 AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATA-ATT-TTCTTTTTT
* * * * * * * *
1349702 TGTTAAAACTTATCATATTTGTATGTTTTTCCTAGG-ACACAT-AAAGTAGATGC
129 GGTAAAAACTTATCATAATTATATG--TTTCATTGGAAAACATGAAACTA-ATGC
* * * * *
1349755 CATCCATTGACAAAAAAAAGGTCCATTTGAAATCAATCTTTG-C-TCTGAAAGCTTTGTTTCTCA
1 CATCCATTGA-AAAGAAAA-GTCCATTTTAATTCAATC-ATGCCATC-AAAAGCTTTGTTTCTCA
* ** * * *
1349818 CATTAAATGGATATTAATTGATTTATAATCTTATAAATG-CTTTAAAGTCAAAAT-CTTTTCTGT
62 CATTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCACAATAATTTTCT-T
* * *
1349881 TTTTGGTAAAAACTTATCAAAATTGTATGTTATCATT-GAGAAACATG-AAGTAGATGC
125 TTTTGGTAAAAACTTATCATAATTATATGTT-TCATTGGA-AAACATGAAACTA-ATGC
* * ** * * ** * *
1349938 CATCCAATGACAAGAAAAGTGTAGTTTAATTCAACCATTTCATCGAAAGCTTAGTTTCTCAC-TG
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACAT-
* * * * * * ** *
1350002 TAGATACATATTAATCCATTTGTAATTTTATAAATGATTTGAAATCAAAATGTTTTTC-ATTTTG
65 TAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCTTTTTTG
* * ** ** * * * * *
1350066 GTTAGAACAAATGTTAATTGGATAT-CTGCAATAGG-AAACGTGAAGC-AGATGC
130 GTAAAAACTTATCATAATT--ATATGTTTC-ATTGGAAAACATGAAACTA-ATGC
* * * ** * * ** * *
1350118 TATCCATTCATAAGAAAAGTCCATTCAAAGTAAATCATGCCATTGAAACCTTTGTTTCTCACTTT
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATT
* * * * *
1350183 AAATACATAATAATCAATTGATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-AAT-ATTTT-TGTTTTT
66 AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCACAATAATTTTCT-TTTTT
* * * *
1350245 GTTTAAAACCTATCATAATTGA-ATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAA-TGGATGC
129 GGTAAAAACTTATCATAATT-ATATGTTT-CATT-GGAAAACATGAAACT-AATGC
* * * * * * *
1350298 CATCCATTGAGAGGAGAACTCCATTTTACATT-AGAT-GTGCCAAT-GAAAGCTTTGTTTTTCAC
1 CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTA-ATTCA-ATCATGCC-ATCAAAAGCTTTGTTTCTCAC
* * *
1350360 TTTAAATGACATA-TAAGTCCATTTATAATCTTTTAAATCATTTTAAAT
63 ATTAAATG-CATATTAA-TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1350408 AGAAATGCTT
Statistics
Matches: 1178, Mismatches: 308, Indels: 140
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.00
179 82 0.07
180 493 0.42
181 415 0.35
182 58 0.05
183 122 0.10
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
CATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTTAATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATT
AAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCACAATAATTTTCTTTTTTGG
TAAAAACTTATCATAATTATATGTTTCATTGGAAAACATGAAACTAATGC
Found at i:1349718 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 1348914--1350407 Score: 1090
Period size: 361 Copynumber: 4.1 Consensus size: 357
1348904 TGTTTCTTTA
* * * * * *
1348914 TTTAAATGCACATTAATCCGTTTACAATCTTATATATAATTTTAAATCCAAATATTTT-TCATTT
1 TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAATATTTTCT-TTTT
* * * * **
1348978 TAGTTAAAACTGATCATAATTATATGTTTTGCTTAGCAAACATGAAGCGGATGCCA-CCTATTGA
65 TAGTTAAAACTTATCATAATTATATGTTTCGCTT-GGAAACATGAAACTAATGCCATCC-ATTGA
* * * * **
1349042 CAAGAAAAGTCCATTTTAATTTAATGAGGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATAT
128 AAAAAAAAGTCCA-TTTAATTCAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATAT
*
1349107 TAATCCATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAATCCTTTTGT-A-TTTT-TTAAAAACT
192 TAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAAT--TTTT-TCATTTTTGTTAAAAACT
* * * * * * *
1349169 TATTATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACGTGAAGCGAATACTATCCATTGATAAGAAAAGTGC
254 TATCATAAATGGATATTTACATTGGGAAACGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTGA
* * * * *
1349234 ATTTTCAG-CAAGCCATGCCATCTAGAGCATATTTTCTCGC
319 ATTTTAAGTCAA-CCATGCCATCGAAAGCTTATTTT-TCAC
* * *
1349274 TTTAAATGCATATTAACCCATTTATACTCTTATAAATGCTTTTAAATCTC-AATAATTTTCTTTT
1 TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-CAAAT-ATTTTCTTTT
* * * *
1349338 TTGGTCAAAACATATCATAATTATATGTTTCGCTTGGAAAACATGAAATTAATGCCATCCATTGA
64 TTAGTTAAAACTTATCATAATTATATGTTTCGCTTGG-AAACATGAAACTAATGCCATCCATTGA
* * * *
1349403 AAACAAAAGTCCACTTTAATTCAATCATACCATCAAAAGGTTTGTTTCTCGCATTAATTGCATAT
128 AAAAAAAAGTCCA-TTTAATTCAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATAT
* * *
1349468 TAATACATTGATAATCATATAAAAGATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTTAGTTAAAATC-T
192 TAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAAT-TTTTTCATTTTT-GTTAAAAACTT
** *
1349532 ATCATAAGCGGATATTTACATTGGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTGAA
255 ATCATAAATGGATATTTACATTGGGAAACGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTGAA
* * *
1349597 TTTTAAGTCAATCATGCCATCGAAAGCTTTATTTTTTAT
320 TTTTAAGTCAACCATGCCATCGAAAGC-TTATTTTTCAC
* * *
1349636 TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATCTCAAATCCAAATCTTGTTCTTTTT
1 TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAATATT-TTCTTTTT
* * * * * *
1349701 TTGTTAAAACTTATCATATTTGTATGTTTTTC-CTAGGACACAT-AAAGTAGATGCCATCCATTG
65 TAGTTAAAACTTATCATAATTATATG--TTTCGCTTGGAAACATGAAACTA-ATGCCATCCATTG
* * ** * *
1349764 ACAAAAAAAAGGTCCATTTGAAATCAATCTTTGC-TCTGAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGG
127 A-AAAAAAAA-GTCCATTT-AATTCAATCATACCATC-AAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGC
** * * * * *
1349828 ATATTAATTGATTTATAATCTTATAAATG-CTTTAAAGTCAAAATCTTTTCTGTTTTTGGTAAAA
188 ATATTAATACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAA-TCAAAATTTTTTC-ATTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
1349892 ACTTATCA-AAATTG-TATGTTATCATTGAGAAACATGAAGTAGATGCCATCCAATGACAAGAAA
251 ACTTATCATAAATGGATAT-TTA-CATTGGGAAACGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAA
* * * ** *
1349955 AGTGTAGTTTAATTCAACCATTTCATCGAAAGCTTAGTTTCTCAC
314 AGTGAATTTTAAGTCAACCATGCCATCGAAAGCTTA-TTTTTCAC
* * * * * * * * *
1350000 TGTAGATACATATTAATCCATTTGTAATTTTATAAATGATTTGAAATCAAAATGTTTT-TCATTT
1 TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAATATTTTCT-TTTT
* * ** ** * * ** * * * * *
1350064 TGGTTAGAACAAATGTTAATTGGATAT-CTGCAATAGGAAACGTGAAGC-AGATGCTATCCATTC
65 TAGTTAAAACTTATCATAATT--ATATGTTTCGCTTGGAAACATGAAACTA-ATGCCATCCATTG
* * * * * * ** * * *
1350127 ATAAGAAAAGTCCATTCAAAGTAAATCATGCCATTGAAACCTTTGTTTCTCACTTTAAATACATA
127 AAAAAAAAAGTCCATT-TAATTCAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATA
* * * ** * * *
1350192 ATAAT-CAATTGATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATATTTTT-GTTTTTGTTTAAAACC
191 TTAATAC-ATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAAT-TTTTTCATTTTTGTTAAAAACT
* * * * * * **** * * * * **
1350255 TATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGAAACATGAAATGGATGCCATCCATTGAGAGGAGAACTCC
254 TATCATAAATGGATATTTACATTGGGAAACGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTGA
* ** *
1350320 ATTTTACA-TTAGA-TGTGCCAAT-GAAAGCTTTGTTTTTCAC
319 ATTTTA-AGTCA-ACCATGCC-ATCGAAAGC-TTATTTTTCAC
* *
1350360 TTTAAATGACATA-TAAGTCCATTTATAATCTTTTAAATCATTTTAAAT
1 TTTAAATG-CATATTAA-TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
1350408 AGAAATGCTT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 186, Indels: 87
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
360 132 0.15
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363 100 0.11
364 197 0.22
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (357 bp):
TTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAATATTTTCTTTTTT
AGTTAAAACTTATCATAATTATATGTTTCGCTTGGAAACATGAAACTAATGCCATCCATTGAAAA
AAAAAGTCCATTTAATTCAATCATACCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACATTAAATGCATATTAAT
ACATTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTTTGTTAAAAACTTATCATA
AATGGATATTTACATTGGGAAACGTGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTGAATTTTAA
GTCAACCATGCCATCGAAAGCTTATTTTTCAC
Found at i:1354929 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1354495--1356181 Score: 1093
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 180
1354485 AGTTGACAAG
* * * * ** * *
1354495 AAAA-GTCCATTTCAATTCGATCATGTCATTGAAAGCTTTGTTTCTTGCTTTAAGTGCATATTAA
1 AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTC-TGCTTTAAATGCATATTAA
** * ** * * * *
1354559 TATAGTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATAAAAATCTTTTTTGTTGTTTGTT-AAACCTA-C
65 TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTATT-TTAGTTAAAACTTATC
* * * * * * **
1354621 ATAATTGAAT-TTTGCATTGCGAAATGTGAATCGGATGTTATCCATTGATAA
129 ATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * * *
1354672 GAAAA-GTCCACTTTAAGTTAGTCATACCATCAAAAGCTTTATTTCT-CTTTAAATGCATATTAA
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCTGCTTTAAATGCATATTAA
* * * * * * *
1354735 TCCATTTATAATCTTCTAAGTGATTTT-AAATTGTACTATTTTTTAATTTTAGTTAAAACATATA
65 TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTT-ATTTTAGTTAAAACTTATC
* * * * *
1354799 ATAATTGTATGTTTTCATTTGGAAACGAGTAGCAGATGCCATCCATGGACAA
129 ATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
*
1354851 AAAATGTCCATTTCATA-TCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCCTGCTTTAAATGCATATTA
1 AAAATGTCCATTTTA-AGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTT-CTGCTTTAAATGCATATTA
* * * ** * * *
1354915 ATTCATTCATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCAAAATGCTTTTTGTGTTT-GCTT-AAAGTCC
64 ATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTAT-TTTAG-TTAAAACT-T
* * * *
1354977 ATCATAATTGTTTGTTTGCATTGGGAAAC-ATGAAGCGGATGCCATTCTTTGATAA
126 ATCATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGA-GAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * ** *
1355032 GAAAA-GTACATTTTAAGTCAGTCATGCCATTGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGCAAATTA
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCT-GCTTTAAATGCATATTA
* * * *
1355096 ATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTCAAATCAAATTGAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAAC
64 ATCCATTTATAATCTTATAAATGATTT----TAAAATCGAAATATTTTTT-ATTTTAGTTAAAAC
* * * *
1355161 TTATCATAATTGAATGTTTTAATTGGGAAACGTGAAGCGGATACCATCCATTGATAA
124 TTATCATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * * ** * *
1355218 GAAATGTCTATTTTAATTCAATCATGCCATTGAAAGCTTTCTTCCTTGCTTTAAATGCATATTAA
1 AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTC-TGCTTTAAATGCATATTAA
* * * * * *
1355283 GCCATTTATAATCTTATAAAAG-TTTTAAAATCGTAATATGTTTCATTTTTGTTAAAACTTATCA
65 TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTATTTTAGTTAAAACTTATCA
** * *
1355347 TAATTGTATGTTTTCATTAAGAAAC-ATGAAGTGGATGCCATCCATTGACAA
130 TAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGA-GAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * * * * * *
1355398 GAAAA-GTCAATTTTAATTAAATCAAGCCAT-ATAAAGCTTTGTTTATTG-TATTAAATGAAATA
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCA-AAAGCTTTATTT-CTGCT-TTAAATG-CATA
* * * * * * * *
1355460 ATAAGCCACTTATAATCTTATAGA-GAGTTTTAAAATTGAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAAC
61 TTAATCCATTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAATCGAAATATTTTTT-ATTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * *
1355524 ATATCATAATTGGATATTTGT-ATTGGGAAATGTGGAGTGAATGCCATCCATTGACAA
124 TTATCATAATTGTATGTTT-TCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * ** * * * *
1355581 AAAAAGTCCATTTTCAGTCAATCATGCCATTTAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGTATACTAA
1 AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCT-GCTTTAAATGCATATTAA
* * * * *
1355646 TCCGTTTAAAATCTTACAAATGATTCT-AAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAACTTATC
65 TCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTA-TTTTAGTTAAAACTTATC
* * * *
1355710 TTCATTATATATTTTCATTGGGAAAC-ATGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAA
129 ATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGA-GAAGCGG-ATGCCATCCATTGATAA
* * * * * *
1355762 GGAAA-GTCCATTTTAACTGAATCAAGTCATGGAAAA-CTTTATTTCTTGCTTTAAATGACATAT
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCAT-CAAAAGCTTTATTTC-TGCTTTAAATG-CATAT
* ** * * ** * ** * *
1355825 TAATCCACTCGTAATCTTATAAAAGA-TTTCAAATAAAAATCTTTTCCATTTCTGGTTAAAACCT
62 TAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTATTT-TAGTTAAAACTT
* ** *** * * * * *
1355889 AGCATAATTAG-ATGTTTGGATTAACAAAC-ATTAAGC-TAGTGCCATCAATTAACAA
126 ATCATAATT-GTATGTTTTCATTGGGAAACGA-GAAGCGGA-TGCCATCCATTGATAA
* * * * ** *
1355944 GAAAA-GGCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTCACTTTAAATGCATATTA
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCT-GCTTTAAATGCATATTA
* * * ** * * *
1356008 ATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTTAAACT-GAAATATTTTTGGTTTTGGTTTATAACTTTT
64 ATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTATTTTAG-TTAAAACTTAT
* *** * * *
1356072 TATAATCAAATGTTTTCATTAGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAA
128 CATAATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
* * * * * *
1356125 GAAAA-CTCCATTTTAATTCAATCATCCCA-CACAAAACTTTGTTTCTCACTTTAAATG
1 -AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCA-AAAGCTTTATTTCT-GCTTTAAATG
1356182 ACTACCTTTT
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 264, Indels: 123
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 55 0.05
177 9 0.01
178 46 0.04
179 62 0.05
180 120 0.10
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182 184 0.16
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184 2 0.00
185 7 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAAATGTCCATTTTAAGTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTCTGCTTTAAATGCATATTAAT
CCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATCGAAATATTTTTTATTTTAGTTAAAACTTATCAT
AATTGTATGTTTTCATTGGGAAACGAGAAGCGGATGCCATCCATTGATAA
Found at i:1356114 original size:544 final size:542
Alignment explanation
Indices: 1354457--1356181 Score: 1361
Period size: 544 Copynumber: 3.2 Consensus size: 542
1354447 ATTTTAAGGG
* * * * * * * * *
1354457 CATTGGGGAATGTGAAATGGATGCCAT-TAGTTGACAAGAAAAGTCCATTTCAATTCGATCATGT
1 CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTCAATCATGC
* ** * * * ** * * *
1354521 CATTGAAAGCTTTGTTTCTTGCTTTAAGTGCATATTAATATAGTTATAATCTTATAAATGATTT-
65 CATTCAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGCAAACTAATCCATTTAAAATCTTACAAATGATTTC
** * * * ** *
1354585 -T-AAATAAAAATCTTTTTT-GTTGTTTGTT-AAACCTA-CATAATTGAAT-TTTGCATTGCGAA
130 ATCAAATCGAAATCTTTTTTACTT-TTAGTTAAAACTTATCATAATTGAATATTTTAATTGGGAA
** * *** * * * * * *
1354644 ATGTGAATCGGATGTTATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTTAAGTTAGTCATA-CCAT-CAAAA
194 ACATGAAGCGGATACCATCCATTGATAAGAAATGTCCATTTTAACTCAATCA-AGCCATGGAAAA
* * * * * ** * ***
1354707 GCTTTATTTC-T-CTTTAAATGCATATTAATCCATTTATAATCTTCTAAGTGATTTTAAATTGTA
258 -CTTTATTCCTTGCTTTAAATGCATATTAAGCCACTCATAATCTTATAAAAGATTTAAAATAAAA
* * * * * ** * *** * *
1354770 CTATTTTTTAATTTTAGTTAAAACATATAATAATTGTATGTTTTCATTTGGAAACGA-GTAGCAG
322 ATA-TGTTTCATTTTGGTTAAAACCTAGCATAATTGTATGTTTGCATTAACAAAC-ATGAAGTAG
* ** * * *
1354834 ATGCCATCCATGGACAA-AAAATGTCCA-TTTCATATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTC-
385 ATGCCATCAATTAACAAGAAAA-GGCAATTTTCAT-TCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCT
* * * * *
1354896 CTGCTTTAAATGCATATTAATTCATTCATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAA-ATGCTTTTT
448 C-ACTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATGAAATAT--TTTTG
* * * ** *
1354960 GTGTTTGCTTAAAGTCCATCATAATTGTTTGTTTG
510 GT-TTTGGTTAAACT-TATCATAATTGAATGTTTT
* * * * * *
1354995 CATTGGGAAACATGAAGCGGATGCCATTCTTTGATAAGAAAAGTACATTTTAAGTCAGTCATGCC
1 CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTCAATCATGCC
* * * * * *
1355060 ATTGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGCAAATTAATCCATTTATAATCTTATAAATGATTTCA
66 ATTCAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGCAAACTAATCCATTTAAAATCTTACAAATGATTTC-
* ** *
1355125 AATCAAATTGAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGAATGTTTTAATTGGGAA
130 -ATCAAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGAATATTTTAATTGGGAA
* * * * * *
1355190 ACGTGAAGCGGATACCATCCATTGATAAGAAATGTCTATTTTAATTCAATCATGCCATTGAAAGC
194 ACATGAAGCGGATACCATCCATTGATAAGAAATGTCCATTTTAACTCAATCAAGCCATGGAAAAC
* * * * ***
1355255 TTTCTTCCTTGCTTTAAATGCATATTAAGCCATTTATAATCTTATAAAAGTTTTAAAATCGTAAT
259 TTTATTCCTTGCTTTAAATGCATATTAAGCCACTCATAATCTTATAAAAGATTTAAAATAAAAAT
* * * * * *
1355320 ATGTTTCATTTTTGTTAAAACTTATCATAATTGTATGTTTTCATTAAGAAACATGAAGTGGATGC
324 ATGTTTCATTTTGGTTAAAACCTAGCATAATTGTATGTTTGCATTAACAAACATGAAGTAGATGC
* * * * * * * **
1355385 CATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTTAATTAAATCAAGCCAT-ATAAAGCTTTGTTTAT-TGTA
389 CATCAATTAACAAGAAAAGGCAATTTTCATTCAATCATGCCATCA-AAAGCTTTGTTTCTCACT-
* * * * * *
1355448 TTAAATGAAATAATAA-GCCACTTATAATCTTATAGA-GAGTTTTAAAATTGAAATCTTTTTTGT
452 TTAAATG-CATATTAATG-CATTTATAATCTTATAAATGA-TTTT-AAA-TGAAAT-ATTTTTGG
* * *
1355511 TTTTGGTTAAAACATATCATAATTGGATATTTGT
511 TTTTGGTT-AAACTTATCATAATTGAATGTTT-T
* * * * * *
1355545 -ATTGGGAAATGTGGAGTGAATGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTTCAGTCAATCATGCC
1 CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTCAATCATGCC
* * * *
1355609 ATTTAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGTATACTAATCCGTTTAAAATCTTACAAATGA-TTC-
66 ATTCAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGCAAACTAATCCATTTAAAATCTTACAAATGATTTCA
* * *
1355672 T-AAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAACTTATCTTCATT-ATATATTTTCATTGGGAAA
131 TCAAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGA-ATATTTTAATTGGGAAA
* * *
1355735 CATGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGGAAA-GTCCATTTTAACTGAATCAAGTCATGGAAAA
195 CATGAAGCGG-ATACCATCCATTGATAA-GAAATGTCCATTTTAACTCAATCAAGCCATGGAAAA
* * * *
1355798 CTTTATTTCTTGCTTTAAATGACATATTAATCCACTCGTAATCTTATAAAAGATTTCAAATAAAA
258 CTTTATTCCTTGCTTTAAATG-CATATTAAGCCACTCATAATCTTATAAAAGATTTAAAATAAAA
* * *
1355863 ATCT-TTTCCATTTCTGGTTAAAACCTAGCATAATTAG-ATGTTTGGATTAACAAACATTAAGCT
322 ATATGTTT-CATTT-TGGTTAAAACCTAGCATAATT-GTATGTTTGCATTAACAAACATGAAG-T
* * *
1355926 AG-TGCCATCAATTAACAAGAAAAGGCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCT
383 AGATGCCATCAATTAACAAGAAAAGGCAATTTTCATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCT
*
1355990 CACTTTAAATGCATATTAATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTTAAACTGAAATATTTTTGGT
448 CACTTTAAATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAAATATTTTTGGT
* * **
1356055 TTTGGTTTATAACTTTTTATAATCAAATGTTTT
512 TTTGG-TTA-AACTTATCATAATTGAATGTTTT
* * * *
1356088 CATTAGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAACTCCATTTTAATTCAATCATCCC
1 CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTCAATCATGCC
** *
1356153 ACACAAAACTTTGTTTCTCACTTTAAATG
66 ATTCAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATG
1356182 ACTACCTTTT
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 188, Indels: 82
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
538 106 0.11
542 1 0.00
543 37 0.04
544 234 0.25
545 83 0.09
546 164 0.17
547 107 0.11
548 84 0.09
549 126 0.13
550 12 0.01
552 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (542 bp):
CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTTAAGTCAATCATGCC
ATTCAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGCAAACTAATCCATTTAAAATCTTACAAATGATTTCA
TCAAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAACTTATCATAATTGAATATTTTAATTGGGAAAC
ATGAAGCGGATACCATCCATTGATAAGAAATGTCCATTTTAACTCAATCAAGCCATGGAAAACTT
TATTCCTTGCTTTAAATGCATATTAAGCCACTCATAATCTTATAAAAGATTTAAAATAAAAATAT
GTTTCATTTTGGTTAAAACCTAGCATAATTGTATGTTTGCATTAACAAACATGAAGTAGATGCCA
TCAATTAACAAGAAAAGGCAATTTTCATTCAATCATGCCATCAAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAA
ATGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATGAAATATTTTTGGTTTTGGTTAA
ACTTATCATAATTGAATGTTTT
Found at i:1356163 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 1354487--1356183 Score: 1353
Period size: 363 Copynumber: 4.7 Consensus size: 360
1354477 ATGCCATTAG
* * * * ** *
1354487 TTGACAAGAAAAGTCCA-TTTCAATTCGATCATGTCATTGAAAGCTTTGTTTCTTGCTTTAAGTG
1 TTGACAAGAAAAGTCCATTTTC-ATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTCACTTTAAATG
** * ** * *
1354551 CATATTAATATAGTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAAATCTTTTTTGTTGTTTGTT-AA
65 CATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAATATTTTTAG-T-TTTGTTAAA
* * ** **
1354615 ACCTA-CATAATTGA-AT-TTTGCATT-GCGAAATGTGAA-TCGGATGTTATCCATTGATAAGAA
128 ACTTATCATAATT-ATATGTTTTCATTAG-GAAACATGAAGT-GGATGCCATCCATTGATAAGAA
* * *
1354675 AAGTCCACTTTAAGTT-AGTCATA-CCATCA-AAAGCTTTATTTCT--CTTTAAATG-CATATTA
190 AAGTCCATTTTAA-TTCAATCA-AGCCAT-AGAAAACTTTATTTCTCGCTTTAAATGACATATTA
* * ** * *** * * ** * *
1354734 ATCCATTTATAATCTTCTAAGTGATTTTAAATTGTACTATTTTTTAATTTTAGTTAAAACATATA
252 ATCCACTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATAAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACATATC
** * * *
1354799 ATAATTGTATGTTTTCATTTGGAAACGAGTAGC-AGATGCCATCCA
317 ATAATTG-ATGTTTGAATTGGGAAACGTGAAGCTAG-TGCCATCCA
* * ** *
1354844 TGGACAA-AAAATGTCCA-TTTCATATCAATCATGCCATCAAAAGCTTTATTTC-CTGCTTTAAA
1 TTGACAAGAAAA-GTCCATTTTCAT-TCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTC-ACTTTAAA
* * * *
1354906 TGCATATTAATTCATTCATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATGCTTTTT-GTGTTTGCTT
63 TGCATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAAT-ATTTTTAGT-TTTG-TT
* * * * * * * * *
1354970 -AAAGTCCATCATAATTGTTTGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCGGATGCCATTCTTTGATAAGA
125 AAAACT-TATCATAATTATATGTTTTCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGA
* * * * * * *
1355034 AAAGTACATTTTAAGTCAGTCATGCCATTGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATG-CAAATTAAT
189 AAAGTCCATTTTAATTCAATCAAGCCATAGAAAACTTTATTTCTCGCTTTAAATGACATATTAAT
* * * *
1355098 CCATTTATAATCTTATAAATGATTTCAAATCAAATTGAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAACTT
254 CCACTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAAT--AA---AAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAT
* * *
1355163 ATCATAATTGAATGTTTTAATTGGGAAACGTGAAGC-GGATACCATCCA
314 ATCATAATTG-ATGTTTGAATTGGGAAACGTGAAGCTAG-TGCCATCCA
* * * * * * **
1355211 TTGATAAGAAATGTCTATTTTAATTCAATCATGCCATTGAAAGCTTTC-TTCCTTGCTTTAAATG
1 TTGACAAGAAAAGTCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGC-TTCGTTTCTCACTTTAAATG
* * * *
1355275 CATATTAA-GCCATTTATAATCTTATAAAAG-TTTTAAAATCGTAATATGTTTCATTTTTGTTAA
65 CATATTAATG-CATTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCGAAATAT-TTTTAGTTTTGTTAA
* * *
1355338 AACTTATCATAATTGTATGTTTTCATTAAGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGACAAGAAAA
127 AACTTATCATAATTATATGTTTTCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAA
* * * * * * * * * *
1355403 GTCAATTTTAATTAAATCAAGCCATATAAAGCTTTGTTTATTG-TATTAAATGAAATAATAAGCC
192 GTCCATTTTAATTCAATCAAGCCATAGAAAACTTTATTTCTCGCT-TTAAATGACATATTAATCC
* * * **
1355467 ACTTATAATCTTATAGAGAGTTTTAAAATTGAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACATATCATA
256 ACTTATAATCTTATA-AAAGATTTCAAATAAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACATATCATA
* * * * *
1355532 ATTGGATATTTGTATTGGGAAATGTGGAG-TGAATGCCATCCA
320 ATT-GATGTTTGAATTGGGAAACGTGAAGCT-AGTGCCATCCA
* * ** * *
1355574 TTGACAAAAAAAGTCCATTTTCAGTCAATCATGCCATTTAAAGCTTTGTTTCTCACTTTAAATGT
1 TTGACAAGAAAAGTCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTCACTTTAAATGC
* * * * * * * *
1355639 ATACTAATCCGTTTAAAATCTTACAAATGATTCTAAATCGAAATCTTTTTTACTTTTAGTTAAAA
66 ATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAAT-ATTTTTAGTTTT-GTTAAAA
* * * * *
1355704 CTTATCTTCATTATATATTTTCATTGGGAAACATGAAG-GGAATGCCATCCATTGATAAGGAAAG
129 CTTATCATAATTATATGTTTTCATTAGGAAACATGAAGTGG-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAG
* * * * *
1355768 TCCATTTTAACTGAATCAAGTCATGGAAAACTTTATTTCTTGCTTTAAATGACATATTAATCCAC
193 TCCATTTTAATTCAATCAAGCCATAGAAAACTTTATTTCTCGCTTTAAATGACATATTAATCCAC
** *** * * *
1355833 TCGTAATCTTATAAAAGATTTCAAATAAAAATCTTTTCCATTTCTGGTTAAAACCTAGCATAATT
258 TTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATAAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACATATCATAATT
* *** * * *
1355898 AGATGTTTGGATTAACAAACATTAAGCTAGTGCCATCAA
323 -GATGTTTGAATTGGGAAACGTGAAGCTAGTGCCATCCA
* *
1355937 TTAACAAGAAAAGGCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTCACTTTAAATGC
1 TTGACAAGAAAAGTCCATTTTCATTCAATCATGCCATCGAAAGCTTCGTTTCTCACTTTAAATGC
* * *
1356002 ATATTAATGCATTTGTAATCTTATAAATGATTTTAAA-CTGAAATATTTTTGGTTTTGGTTTATA
66 ATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-GAAATATTTTTAGTTTT-G-TTAAA
* * * * * *
1356066 ACTTTTTATAATCAAATGTTTTCATTAGGAAACGTGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAC
128 ACTTATCATAATTATATGTTTTCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAG
** * * * *
1356131 TCCATTTTAATTCAATCATCCCACACAAAACTTTGTTTCTCACTTTAAATGAC
193 TCCATTTTAATTCAATCAAGCCATAGAAAACTTTATTTCTCGCTTTAAATGAC
1356184 TACCTTTTTC
Statistics
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Consensus pattern (360 bp):
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ATATTAATGCATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAAATATTTTTAGTTTTGTTAAAACT
TATCATAATTATATGTTTTCATTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
ATTTTAATTCAATCAAGCCATAGAAAACTTTATTTCTCGCTTTAAATGACATATTAATCCACTTA
TAATCTTATAAAAGATTTCAAATAAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACATATCATAATTGAT
GTTTGAATTGGGAAACGTGAAGCTAGTGCCATCCA
Found at i:1361809 original size:363 final size:360
Alignment explanation
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** * * * * **
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* * ** * * * * *
1360513 CAACCAAAAA-CAAATATTATTTTGATTTAAAATTATTTAGAA-AATTATAAATGAATTAATATT
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* ** * * * * * * *
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**** * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * *** * *
1360814 TCTTGTCAATAGTTGGCATC--CA--A-A-TT----ACG-TTTC--CCAATGATGATAGGTTTTA
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTTTA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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130 GATAAAGCTAA-AAACAAAGCTTTTAATGGCATAACT-AACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
** * * * * * * * ** *
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193 GGATGGCATCCATTTTACGTTTT-CAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGA-AAATG
* * * **
1361056 AAAAGATTTCAATTTAAAA-TCATTTGTAAGATTATAAATGGATTAGTATG-CATTTAAAGTGAG
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* **
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******** * * * * *
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1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACAT-TTCCCAATGCAAACAACCAA-TTATGAGAGGTTT
* * * * * * *
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64 TAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGT
** * * * * * *
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128 CAGATAAAGCTAA-AAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * *
1361350 TGGATGGCATCCACTTCT-CGTTTCCTAATGCAAACATCCAACTATGATATGTTTTAGCCGAAAA
192 TGGATGGCATCCA-TTTTACGTTTTC-AATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTA-ACGAAAA
** * * * * *
1361414 CAAAAAAAATTGTTC-ATTGAAAATTATTTATAAGATTATAGAGGGATTAATATGTCATTTAAAG
254 -TGAAAAGA-T-TTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG
* *
1361478 CAAGAGAA-AAACCTTTCAATGGCATGACTGACTAAAA-GGACTTT
316 CAAGAGAACAAAGCTTT-AATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTT
* * * *
1361522 ACTTGTCAATGGATGGTATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAAGTTGTA
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTTTA
*** * * * * *
1361587 ACCAAAAATGATTTATATTTTGATATAAAATCATTTATAAGAATATAAATGGATTAACATGTTAG
66 ACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGTCAG
* * * * * *
1361652 ATAAAGCTAAAAACAAATCTTTTAGTGGTATAACGAACTAAAAATCGACTTTTCTTGTCAATGGA
131 ATAAAGCTAAAAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* *
1361717 TGCCATCCATTTTACGTTTTCAAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTTAACTAAAGATGAA
196 TGGCATCCATTTTACGTTTTC-AATGCAAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAACGAAA-ATGAA
* * * ** * * * *
1361782 GAAGATTTCAATCTAAAATTCTTTATAACATTATAAATCAATCAATATGTCATTTGAAGC-GGAA
258 -AAGATTTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAG
* *
1361846 AACAAAGCTTTAGATGGCATGATTAAATTAAAATGGACTTT
322 AACAAAGCTTTA-ATGGCATGATT-GACTAAAATGGACTTT
* * * * * *
1361887 TCTTGTCAATTGG-TGGCATTTGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCCAATTATCATAGGTTTT
1 TCTTGTCAA-TGGATGGCATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTTT
* * ** * * *
1361951 CACCTAAAA-GAAAGAAGATTTCAATTTAAAATCAATCATAAGATTATAAATGGATTAATATGTA
65 AACCAAAAATGAAA-AAGATTTTGATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGTC
** * * * * **
1362015 ATTTAAAG-TGAGAAATAAAG-TTTTGAATGGCACAACTAA-TGTAAAATGGAATTCGCTTGTCA
129 AGATAAAGCT-AAAAACAAAGCTTTT-AATGGCATAACTAACT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCA
* *** * * * * *
1362077 ATAGG-TGGTATCTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATACAATTATGATAGGTTTTAACAAGAA
191 AT-GGATGGCATCCATTTTACG-TTTTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGA-AA
* * ** *
1362141 ATGTAAAACATTT-GATTTAAAA-TCATTTATAAGATTATAAATAGATTAATACATCATGT-AAG
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* ** ** * *
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316 CAAGA-GAACAAAGC-TTTAATGGCATGATTGAC-TAAAATGGACTTT
* * * * * * *
1362250 TCTTGTCAGCT-GTTGACAATC-ACATTACATTTCGCAATGCAAGCATA-CAATTATG-GTAGGT
1 TCTTGTCA-ATGGATGGC-ATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACA-ACCAATTATGAG-AGGT
* ** *** * ** * * * *
1362311 TTAAAGTAAAACCAAAAAACATTTTGATTT-TGAGCCATTATTAAGATTATAAATGGATAAATAT
62 TTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAATTA-TAAGAATATAAATGGATTAATAT
* * * * ** * *
1362375 GCCATATAAA-CCAAGAAACAAAGCTTTTAATAGCATCGCTGAA-TTAAAATGGACTCTTCTTCT
126 GTCAGATAAAGCTAA-AAACAAAGCTTTTAATGGCATAACT-AACTTAAAATGGACTTTTCTTGT
* ** * * * * * * *
1362438 TAATGGATGAAATCAACTTCACAATTCTCAATGCAAACATCCGATTATGATACGTTTTAA-GAAA
189 CAATGGATGGCATCCATTTTAC-GTTTTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGAAA
* * * * *
1362502 A-CAAAGGATTTTGATTTAAAA-TCATTTATAAGACTATAAATGGATTAATATG-CATTGAAA--
253 ATGAAAAGATTTCGATTTAAAATTC-TTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGC
* * **
1362562 ATGAAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGACATAAAATGGACTNN
317 AAGAGAACAAAGCTTT-AATGGCATGATTGAC-TAAAATGGACTTT
******** * * * * * * *
1362608 NNNNNNNNATGGATGGCATCTGCTTCA-TTCTTCCCAAAGTAAAC-ATCAATTTACGATAGGTTT
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACAT-TTCCCAATGCAAACAACCAA-TTATGAGAGGTTT
* ** * * * *
1362671 TAACCAAAAATGAAAAAGA-TTTCATTTTAAAAT-AAAGATAACAGTATAAATAGATTCATATGT
64 TAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGT
* * * * * *
1362734 CA-TTCAAATC-AAGAAATAAAGCTTTCAATGCCATGACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCA
128 CAGAT-AAAGCTAA-AAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * *
1362797 ATAGATGGCATCCACTTCT-CGTTTTCCAATGAAAACATCCAACTATGATAAGTTTTAACCAAAA
191 ATGGATGGCATCCA-TTTTACGTTTT-CAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-C-GAA
** * * * *
1362861 ACAAAAAAATATGTTC-ATTTAAAATTATTTATAAAATTATAAAGGGATTAATATGTCATTTAAA
252 A-ATGAAAAGAT-TTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAA
* * *
1362925 GCTAGAGAA-AAACCTTTTGATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTT
315 GCAAGAGAACAAAGC-TTTAATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTT
* * * *
1362971 TCTTGTCAATGGGTGGCA-CTTGCTTCACATTTCCTAATGC-AACAACCAATTATGAAAGGTTTT
1 TCTTGTCAATGGATGGCATC-TGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTTT
* *** * * *
1363034 AACAAAAAATGATTTATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGAATATAAATGGATTAACATGTCA
65 AACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGTCA
* * **
1363099 GATAAAGCTAAAAACAAAGCTTTTAATGGTATGACTAACTTAAAATCAACTTTTCTTGTCAATGG
130 GATAAAGCTAAAAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * *
1363164 ATGCCTTTCC--TTTACGTTTTCGTATGTAAACATCTAATTACGATAGGTTTTAATTGAAAATGA
195 ATGGC-ATCCATTTTACGTTTTC-AATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-CGAAAATGA
* * ** *
1363227 AGAAGATTTCGATCTAAAATTCTTTATAACATTATAAATCAATTAATATGTCATTTGAA--AAGA
257 A-AAGATTTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGA
*
1363290 GAAACAAAGCTTTAGATGGCATGATTGAATTAAAA-GAGACTTT
321 G-AACAAAGCTTTA-ATGGCATGATTG-ACTAAAATG-GACTTT
* ** * ** * * * *
1363333 TCTTGTCAATGGGTGGCATCTATATCACTTTTTTCAATGCAAACATCCAATTATCATAGGTTTTC
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTTTA
* * ** * * * *
1363398 ACCTAAAA-GAAAGGAGATTTCAATTTAAAATCAATAATAAGATTGTAAATGGATTAATATGTAA
66 ACCAAAAATGAAA-AAGATTTTGATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGTCA
* * * * **
1363462 TG-TAAAG-TGAGAAACAAAGCTTTGAATGGCACAACTAA-TGTAAAATGGAATTCGCTT-TCAA
130 -GATAAAGCT-AAAAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* *** * ** * ** * *
1363523 TGGATGGTATCTGCTTCATATTTTCCAAATGCAAATATGTAATTATGATAGGTTTTAACTAGAAA
192 TGGATGGCATCCATTTTACGTTTT-C-AATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGA-AAA
* * * * * *
1363588 TGTAAAAGATTTAGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATAGATTAATATGTCATGTAAACCG
254 TG-AAAAGATTTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCA
* * * * * *
1363653 AG-GACCAAAGCCTTTTACGGCATGACTAACTTAAGATGGACTTT
318 AGAGAACAAAG-CTTTAATGGCATGATTGAC-TAAAATGGACTTT
* * * * * * ** * *
1363697 TCTTGTCAGTTGTTGGTAT-TCACATTATGTTTTCCAATGCAAGCATA-CAATTATG-GTAGG-T
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCT-GCATCACATTTCCCAATGCAAACA-ACCAATTATGAG-AGGTT
*** * * * * * * *
1363758 TTAAAGTAAAATCAAAAACCATTTTGATTTTAAA-CTATTATTAGGATTATAAATGGATAAATAT
63 TTAACCAAAAATGAAAAA-GATTTTGATTTAAAATCAATTA-TAAGAATATAAATGGATTAATAT
* * * * ** * * *
1363822 GTTATATAAA-CGAAGAACCAAAGCTTTTAATGGCATCGCTGAA-TTAAAACGGACTCTTCTTCT
126 GTCAGATAAAGCTAA-AAACAAAGCTTTTAATGGCATAACT-AACTTAAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * * *
1363885 CAATGTATGGAATCAACTTCAC-ATTTCATGATGCAAACATCCAACTATGATAGGTTTTAAC-AA
189 CAATGGATGGCATCCATTTTACGTTTTCA--ATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGAA
* ** * *
1363948 AA-GAAAAAGGATTTTGATCGAAAA-TCATTTATAAGACTATAAATGGATTAATATG-CATTGAA
252 AATG-AAAA-GATTTCGATTTAAAATTC-TTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAA
* * * * * *
1364010 ATG--A-A-AATAAAGCTTTCGATGGCATGACTGTCATAAAGTGCACTTT
314 A-GCAAGAGAACAAAGCTTT-AATGGCATGATTGAC-TAAAATGGACTTT
* * * * * * * * * * *
1364056 TTTTCTCAATGGATAGCATCCGCTTCA-TTCTTCCCAAAGAAAAC-ATCAATTTATAATAGGTTT
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCATCACAT-TTCCCAATGCAAACAACCAA-TTATGAGAGGTTT
* * * * * * * * *
1364119 TTAGCAAAAA-CAGAAA-ATATTTCATTTTAAAATCATTTATAACATTATAAATGGATTAGTATG
64 TAACCAAAAATGAAAAAGAT-TTTGA-TTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATG
* * * * * * * * * * *
1364182 TCA-TTCAAATCGATAAACAAAGCTTTCAATGCCATGACTGATTTAAAATTGGACTTTTCCTG-G
127 TCAGAT-AAAGCTAAAAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAA-TGGACTTTTCTTGTC
* ** * * * *
1364245 AATGGATGGCATCCGCTTCTT--GTTTCTTGATGCAAACATCTAACTATGATAGGTTTTAACCAA
190 AATGGATGGCATCC-ATT-TTACGTTT-TCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-C-G
** * * * ***
1364308 AAAACAAAAAAGATATT-TATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAGGGATTAATGCATCATTT-
250 AAAA-TGAAAAGAT-TTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTA
* * *
1364371 -A--AAGTG----AAGCTTTTGATGGCATGATTGACTAAAATAGACTTT
313 AAGCAAGAGAACAAAGC-TTTAATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTT
* * *
1364413 TCTTGTCAATGGATGGCATC--CATTTTACATTTCTCAATGCAAACAACCAATTATGAAAGGTTT
1 TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCA--TCACATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGAGAGGTTT
1364476 TAACCAA
64 TAACCAA
1364483 TCAGCTTTCG
Statistics
Matches: 2762, Mismatches: 719, Indels: 383
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Matches are distributed among these distances:
346 5 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (360 bp):
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ACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAATGGATTAATATGTCAG
ATAAAGCTAAAAACAAAGCTTTTAATGGCATAACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
TGGCATCCATTTTACGTTTTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACGAAAATGAAAAG
ATTTCGATTTAAAATTCTTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAGAACA
AAGCTTTAATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTT
Found at i:1362062 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1360888--1364479 Score: 1974
Period size: 182 Copynumber: 19.9 Consensus size: 181
1360878 ATATATTTTG
* * ** *
1360888 ATTTAAAACCATTTATAAGATTATAAATGGA-TAA-ATGTCATATAAAGCAAGAAACAAAGGTTT
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* * * * * * * ** ***
1360951 TAATGGCTTAATTGAATTAAAATGAAGTTTTCTTCTCAATAAATGGCATCAAATTCACATTTTCC
66 CAATGGCATGACT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTCC
* * *
1361016 AATGTAAACATCCAATTTTGATAGGTTTTAAAAAGAAAT-AAA-AAGATTTCA
130 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAA-AAATGAAAGAAGATTTCA
* * *
1361067 ATTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAATGGATTAGTATG-CATTTAAAGTGAGAAACAAAGATTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* **********
1361131 CAATGGCATGATTGACA-TAAAATGGACTNNNNNNNNNNATGGATGGCATCTGCTT--CATTCTT
66 CAATGGCATGACT-A-ATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATT-TT
*
1361193 CCCAAAGCAAACAT-CAATTTATGATAGG-TTTAATCAAAAATGAAA-AAGATTTCA
128 -CCAATGCAAACATCCAA-TTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * ** * * *
1361247 TTTTCAAATCA-AGATAACATTATAAATAGATTAATATGTCATTTAAA-TCAAGAAACAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGT-GAGAAACAAAGCTT
* * ** * *
1361310 TCAATGCCATGACTAAATTAAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCATCCACTTCTC-GTTTC
65 TCAATGGCATGACT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTC
* * * * * * *
1361374 CTAATGCAAACATCCAACTATGATATGTTTTAGCCGAAAA-CAAAAAAAATTGTTC-
129 C-AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTA-ACAAAAATGAAAGAAGA-T-TTCA
* * * * ** *
1361429 ATTGAAAATTATTTATAAGATTATAGAGGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAGAA-AAACCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGA-AACAAAGCTT
* * * * * *
1361493 TCAATGGCATGACTGACTAAAA-GGACTTTACTTGTCAATGGATGGTATCTGCATCACATTTCCC
65 TCAATGGCATGACTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTCC
* * * * *** * **
1361557 AATGCAAACAACCAATTATGAGAAGTTGTAACCAAAAATG-ATTTATATTTTG
130 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * * * ** * *
1361609 ATATAAAATCATTTATAAGAATATAAATGGATTAACATGTTAGATAAAGCT-AAAAACAAATCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCTT
* * * * * * * * *** * *
1361673 TTAGTGGTATAACGAACTAAAAATCGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCATCCATTTTACGTTTTC
65 TCAATGGCATGACTAA-TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTC
* * *
1361738 AAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTTAACTAAAGATG-AAGAAGATTTCA
129 CAATGCAAACATCCAATTATGAT-AGGTTTTAAC-AAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * ** * * *
1361792 ATCTAAAATTC-TTTATAACATTATAAATCAATCAATATGTCATTTGAAGCG-GAAAACAAAGCT
1 ATTTAAAA-TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAG-AAACAAAGCT
* *
1361855 TT-AGATGGCATGATTAAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGG-TGGCATTTGCTTCACATT
64 TTCA-ATGGCATGACT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAA-TGGATGGCATCTGCTTCACATT
* * *
1361918 TTCCAATGCAAACATCCAATTATCATAGGTTTTCACCTAAAA-GAAAGAAGATTTCA
126 TTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTT-AACAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * * * *
1361974 ATTTAAAATCAATCATAAGATTATAAATGGATTAATATGTAATTTAAAGTGAGAAATAAAGTTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* ** * ** * ** *
1362039 GAATGGCACAACTAATGTAAAATGGAATTCGCTTGTCAATAGG-TGGTATCTGCTTCATGTTTTT
66 CAATGGCATGACTAAT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGGCATCTGCTTCACATTTTC
* * * *
1362103 CAATGCAAACATACAATTATGATAGGTTTTAACAAGAAATGTAA-AACATTT-G
129 CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAA-AAATGAAAGAAGATTTCA
* ** * *
1362155 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTAATACATCATGT-AAGCTGAGGAACAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCTT
*** ** * * * * * * * *
1362219 TTTGTGGTGTGATTGACTTAAGATGGACGTTTCTTGTCAGCT-GTTGACAATC-ACATT-ACA-T
65 TCAATGGCATGACT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCA-ATGGATGGC-ATCTGC-TTCACATT
* * * * ** ** * * **
1362280 TTCGCAATGCAAGCATACAATTATGGTAGGTTTAAAGTAAAACCAAAAAACATTTTG
126 TTC-CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAATGAAAGAAGATTTCA
** ** * * * ***
1362337 ATTTTGAGCCA-TTATTAAGATTATAAATGGATAAATATGCCATATAAACCAAGAAACAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTA-TAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTT
* * * * * ** ** *
1362401 TTAATAGCATCG-CTGAATTAAAATGGACTCTTCTTCTTAATGGATGAAATCAACTTCACA-ATT
65 TCAATGGCAT-GACT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTT
* * * * **
1362464 CTCAATGCAAACATCCGATTATGATACGTTTTAA-GAAAA-CAAAG--GATTTTG
128 C-CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * *
1362515 ATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAATGGATTAATATG-CATTGAAAATGA-AAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* **********
1362578 CAATGGCATGATTGACA-TAAAATGGACTNNNNNNNNNNATGGATGGCATCTGCTT--CATTCTT
66 CAATGGCATGACT-A-ATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATT-TT
* * *
1362640 CCCAAAGTAAACAT-CAATTTACGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAA-AAGATTTCA
128 -CCAATGCAAACATCCAA-TTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* *** * * * * * * *
1362695 TTTTAAAAT-AAAGATAACAGTATAAATAGATTCATATGTCATTCAAA-TCAAGAAATAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGT-GAGAAACAAAGCTT
* * ** * *
1362758 TCAATGCCATGACTAACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCATCCACTTCTCGTTTTC
65 TCAATGGCATGACTAA-TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTC
* * * ** * *
1362823 CAATGAAAACATCCAACTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAAATATGTTC-
129 CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGAT-TTCA
* * * *
1362877 ATTTAAAATTATTTATAAAATTATAAAGGGATTAATATGTCATTTAAAGCT-AGAGAA-AAACCT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-TGAGA-AACAAAGCT
** * * * *
1362940 TTTGATGGCATGATTGACTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCA-CTTGCTTCACA-TTT
64 TTCAATGGCATGACTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATC-TGCTTCACATTTT
* * *** * **
1363003 CCTAATGC-AACAACCAATTATGAAAGGTTTTAACAAAAAATG-ATTTATATTTTG
128 CC-AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAC-AAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * ** *
1363057 ATTTAAAATCATTTATAAGAATATAAATGGATTAACATGTCAGATAAAGCT-AAAAACAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCTT
* * ** * * * * *
1363121 TTAATGGTATGACTAACTTAAAATCAACTTTTCTTGTCAATGGAT-GCCTTTCCTTTACGTTTTC
65 TCAATGGCATGACTAA-TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTC
** * * * ** *
1363185 GTATGTAAACATCTAATTACGATAGGTTTTAATTGAAAATG-AAGAAGATTTCG
129 CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * ** *
1363238 ATCTAAAATTC-TTTATAACATTATAAATCAATTAATATGTCATTTGAAA-AGAGAAACAAAGCT
1 ATTTAAAA-TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT-AAAGTGAGAAACAAAGCT
* * * *
1363301 TT-AGATGGCATGATTGAATTAAAA-GAGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCATCT-ATATCACTT
64 TTCA-ATGGCATGACT-AATTAAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCT-TCACAT
* * * * *
1363363 TTTTCAATGCAAACATCCAATTATCATAGGTTTTCACCTAAAA-GAAAGGAGATTTCA
125 TTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTT-AACAAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * * * *
1363420 ATTTAAAATCAATAATAAGATTGTAAATGGATTAATATGTAATGTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* ** * ** * *
1363485 GAATGGCACAACTAATGTAAAATGGAATTCGCTT-TCAATGGATGGTATCTGCTTCATATTTTCC
66 CAATGGCATGACTAAT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTCC
* ** * *
1363549 AAATGCAAATATGTAATTATGATAGGTTTTAACTAGAAATGTAA-AAGATTT-A
130 -AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAC-AAAAATGAAAGAAGATTTCA
* * * ** * *
1363601 GATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATAGATTAATATGTCATGTAAACCGAGGACCAAAGCCT
1 -ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAG-CT
* * * * * * * * **
1363666 TT-TACGGCATGACTAACTTAAGATGGACTTTTCTTGTCAGTTGTTGGTAT-TCACATT-ATGTT
64 TTCAATGGCATGACTAA-TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCT-GC-TTCACATT
* * * * ** * * **
1363728 TTCCAATGCAAGCATACAATTATGGTAGGTTTAAAGTAAAATCAAA-AACCATTTTG
126 TTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAATGAAAGAA-GATTTCA
* * * * * * *
1363784 ATTTTAAA-C-TATTATTAGGATTATAAATGGATAAATATGTTATATAAACG-AAGAACCAAAGC
1 ATTTAAAATCAT-TTA-TAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAA-GTGAGAAACAAAGC
* * * * * * **
1363846 TTTTAATGGCATCG-CTGAATTAAAACGGACTCTTCTTCTCAATGTATGGAATCAACTTCACA-T
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* **
1363909 TT-CATGATGCAAACATCCAACTATGATAGGTTTTAAC-AAAA-GAAA-AAGGATTTTG
126 TTCCA--ATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAATGAAAGAA-GATTTCA
** * * *
1363964 ATCGAAAATCATTTATAAGACTATAAATGGATTAATATG-CATTGAAA-TGA-AAATAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* * * * * * * *
1364026 CGATGGCATGACT-GTCATAAAGTGCACTTTTTTTCTCAATGGATAGCATCCGCTT--CATTCTT
66 CAATGGCATGACTAAT--TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATT-TT
* * * * * *
1364088 CCCAAAGAAAACAT-CAATTTATAATAGGTTTTTAGCAAAAA-CAGAA-AATATTTCA
128 -CCAATGCAAACATCCAA-TTATGATAGG-TTTTAACAAAAATGA-AAGAAGATTTCA
* * * * *
1364143 TTTTAAAATCATTTATAACATTATAAATGGATTAGTATGTCATTCAAA-TCGATAAACAAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGT-GAGAAACAAAGCTT
* * * * * *
1364207 TCAATGCCATGACTGATTTAAAATTGGACTTTTCCTG-GAATGGATGGCATCCGCTT--CTTGTT
65 TCAATGGCATGACT-AATTAAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACAT-TT
** * * ** * *
1364269 TCTTGATGCAAACATCTAACTATGATAGGTTTTAACCAAAAAACAAAAAAGATATT-T
127 TC-CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CAAAAATGAAAGAAGAT-TTCA
* * ***
1364326 ATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAGGGATTAATGCATCATTTAAAGT--G-----AAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
** * * * * *** *
1364384 TGATGGCATGATTGACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCATTTTACA-TTTCTC
66 CAATGGCATGACTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTC-C
* *
1364448 AATGCAAACAACCAATTATGAAAGGTTTTAAC
130 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAC
1364480 CAATCAGCTT
Statistics
Matches: 2590, Mismatches: 656, Indels: 339
0.72 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (181 bp):
ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
CAATGGCATGACTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTCCA
ATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAATGAAAGAAGATTTCA
Found at i:1364572 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 1364378--1364586 Score: 267
Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 107
1364368 TTTAAAGTGA
* * *
1364378 AGCTTTTGATGGCATGATTGACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCATTTTACAT
1 AGCTTTCGATGGCATGATTGACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACAT
*
1364443 TTCTCAATGCAAACAACCAATTATGA-AAGGTTTTAACCAATC
66 TTCCCAATGCAAACAACCAATTATGATAA-GTTTTAACCAATC
* * * * * *
1364485 AGCTTTCGATGGCATGGTTGGACTAAAATGGATTTTTCTTGTCAATTTGATGGCATCCGCTTCAT
1 AGCTTTCGATGGCATGATT-GACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAA-TGGATGGCATCCACTTCAC
* * *
1364550 GTTTCCCAATGCAAATATCCAATTATGATAAGTTTTA
64 ATTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGATAAGTTTTA
1364587 TACAAAAACG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 13, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
107 17 0.20
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ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (107 bp):
AGCTTTCGATGGCATGATTGACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACAT
TTCCCAATGCAAACAACCAATTATGATAAGTTTTAACCAATC
Found at i:1366554 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 1366305--1366542 Score: 273
Period size: 68 Copynumber: 3.5 Consensus size: 68
1366295 TATGTTTGGT
*
1366305 ATGATGAATGCCATAAGATTATGTATATGATGTAAATTCCAAATACTATATGAGATGATTAAGTA
1 ATGATGAATGCCATAAGATTATGTATATGATGTAAATTCCATATACTATATGAGATGATTAAGTA
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66 TGC
* * * * * * *
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1 ATGATGAATGCCATAAGATTATGTATATGATGTAAATTCCATATACTATATGA-GATGATTAAGT
1366437 ATGC
65 ATGC
* * * * * * *
1366441 ATGATAAATGCCA-ATAGATAATGTATATGATGTATATTCAATATACTACATGAGATGATTCAGA
1 ATGATGAATGCCATA-AGATTATGTATATGATGTAAATTCCATATACTATATGAGATGATTAAGT
*
1366505 AAGC
65 ATGC
* * *
1366509 ATGATGAATGCCTTGAGATTATGTATTTGATGTA
1 ATGATGAATGCCATAAGATTATGTATATGATGTA
1366543 TTTTTCATAT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 28, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (68 bp):
ATGATGAATGCCATAAGATTATGTATATGATGTAAATTCCATATACTATATGAGATGATTAAGTA
TGC
Found at i:1368306 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1367971--1369158 Score: 844
Period size: 182 Copynumber: 6.6 Consensus size: 181
1367961 CACGTATTCT
* * * ** * ** * *
1367971 AATGAAAACATCCAAATATGATATATTTTAACTAAAAATGAAAATTACTTT-GATTTAAAATCGT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGA-TTTCAATTTAAAATCAT
* * * * * ** * * *** *
1368035 TTAAAAGATGATAAATGGATTACTATGTAATTTAAAGTAAGAACCAAAGCTTTCAACAACATAAC
65 TTATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAAT
* ** * * * *
1368100 TAAGGTAAAATGAAATTCTCTTGTCAATGGATGGCAT-TCGCTTTATGTTTCCC
129 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCCC
* * * * *
1368153 AATGCAAACATCCAATTAGGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAATATTTCAATTTAAAATTATT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * * *
1368218 TAAAAGATTATAAACGGAGTATTATGTCATGTAAAGCGAGGAACAAAGCTTTTCATGTCATGATT
66 TATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAATT
* * * * *
1368283 GACTTAGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGTTGGCATCTACATCATGTTTCCC
130 GACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * ** *
1368335 AATGCACACATACAATTATGATAGGTTTTAACTAAAAA-CAAAAGAGATTTTGATTTAAAACCAT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAA-AGATTTCAATTTAAAATCAT
** * * * *
1368399 TTATAAGATTATAAATGGATAAATACATCATATAAACCGAGAAACAATGCTTATAATGGCATAAC
65 TTATAAGATTATAAATGGAT-AATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAAT
** * * *
1368464 TGACTTAAAATGGGTTTTTGTTCG-CAATGGATGGCATCCGCTTCA-GCTTTCCT
129 TGACTTAAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCATCTGCTTCATG-TTTCCC
** * * * **** * * **
1368517 AATATAAATATCTAATTGTGAAACACATTAATAAAAAATGTAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
** * * * * *
1368582 TATAAGATTATAAATGGATTCCTAT-TCTATATAAAGCGATAAACAAAGTTTTTAATGTCATGAC
66 TATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTC-ATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAAT
* *** * * *
1368646 T-AGCTTAAAGTATTCTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCTACTTCACGTTTCCC
129 TGA-CTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCC
* * *
1368699 AAT-CAAA-ATCC-ATTAAGATTGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTCAA-TTAAAATCATT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
** * * * *
1368760 TATAAGATTATAAATGGATTTGTATGTCATTTAAA-CTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCACAAT
66 TATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTCATATAAAGC-GAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAAT
* ** *
1368824 TGACATT-AGATGGACTTTAT-TTGTCAATGGACAGCATCTGCTTCATG-TTCCTG
129 TGAC-TTAAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCC-C
* ** ** * * * *
1368877 AATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTGGATCTATAGTTATT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * *
1368942 TATAAGATTATGAATGGATTAAAATGTGATTTAAAGCGAGAAAC-AAGCTTTTGATGGAATTATT
66 TATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAATT
* * *
1369006 GAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATTCT-CTTCATGTATCCC
130 GACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA-TCTGCTTCATGTTTCCC
* * * * ** * *
1369058 ATTGCAAATATCCAATTATGATAGGTGTTATCCAAAAACAAAAAAGAATTCAAATTAAAATCATT
1 AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
* * * *
1369123 TATTAGATTACAAATGGATTAATATCTCATTTAAAG
66 TATAAGATTATAAATGGA-TAATATGTCATATAAAG
1369159 TAAAACAATC
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 194, Indels: 55
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 92 0.12
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (181 bp):
AATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
TATAAGATTATAAATGGATAATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATAATTG
ACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCC
Found at i:1368948 original size:360 final size:363
Alignment explanation
Indices: 1368148--1369146 Score: 887
Period size: 360 Copynumber: 2.8 Consensus size: 363
1368138 CGCTTTATGT
* * * * * * *
1368148 TTCCCAATGCAAACATCCAATTAGGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAATATTTCAATTTAAAA
1 TTCCTAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAAA
* * * * * * *
1368213 TTATTTAAAAGATTATAAACGGAGTATTATGTCATGTAAAGCGAGGAACAAAGCTTTTCATGTCA
66 TTATTTATAAGATTATAAATGGATTACTATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGTCA
* * *
1368278 TGATTGACTTAGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGTTGGCATCTACATCATGTTTCCCAATGCACA
131 TGATAGACTTAGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACATCACGTTTCCCAATGCACA
* * * *
1368343 CATACAATTATGATAGGTTTTAACTAAAAACAAAAGAGATTTTGATTTAAAACCATTTATAAGAT
196 AATACAATTAAGATAGGTTTTAACTAAAAACAAAAGAGATTTTCAATTAAAACCATTTATAAGAT
* * *
1368408 TATAAATGGATAAATACATCATATAAACCGAGAAACAATGCTTATAATGGCATAACTGACTTAAA
261 TATAAATGGATAAATACATCATATAAACCAAGAAACAAAGCTTATAATGGCACAACTGACTTAAA
* * **
1368473 ATGGGTTTTTGTTCGCAATGGATGGCATCCGCTTCAGC
326 ATGGCTTTATGTTCGCAATGGACAGCATCCGCTTCAGC
* * * * **** * * *
1368511 TTTCCTAATATAAATATCTAATTGTGAAACACATTAATAAAAAATGTAAAAGATTTTGATTTAAA
1 -TTCCTAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAA
* * * *
1368576 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTCCTAT-TCTATATAAAGCGATAAACAAAGTTTTTAATGT
65 ATTATTTATAAGATTATAAATGGATTACTATGTC-ATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGT
** * *
1368640 CATGACTAG-CTTA-AAGTATTCTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCTACTTCACGTTTCCCAAT-
129 CATGA-TAGACTTAGAA-TAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACATCACGTTTCCCAATG
* * * *
1368702 CA-AAAT-CCATTAAGATTGGTTTTAACTAAAAATGAAAA-AGA-TTTCAATTAAAATCATTTAT
192 CACAAATACAATTAAGATAGGTTTTAACTAAAAA-CAAAAGAGATTTTCAATTAAAACCATTTAT
*** ** * * * * *
1368763 AAGATTATAAATGGATTTGTATGTCATTTAAACTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCACAATTGAC
256 AAGATTATAAATGGATAAATACATCATATAAACCAAGAAACAAAGCTTATAATGGCACAACTGAC
* *
1368828 ATT-AGATGGACTTTAT-TT-GTCAATGGACAGCATCTGCTTCATG-
321 -TTAAAATGG-CTTTATGTTCG-CAATGGACAGCATCCGCTTCA-GC
** * * *
1368871 TTCCTGAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTGGATCTATA
1 TTCCT-AATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAA
* * ** * * * **
1368936 GTTATTTATAAGATTATGAATGGATTAAAATGTGATTTAAAGCGAGAAAC-AAGCTTTTGATGGA
65 ATTATTTATAAGATTATAAATGGATTACTATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGTC
* * * * * * * * * *
1369000 ATTATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATTCT-CTTCATGTATCCCATTGCA
130 ATGATAGACTTAGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA-TCTACATCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * * * * *
1369064 -AATATCCAATTATGATAGGTGTTATCCAAAAACAAAAAAGA-ATTCAAATTAAAATCATTTATT
194 CAA-ATACAATTAAGATAGGTTTTAACTAAAAACAAAAGAGATTTTC-AATTAAAACCATTTATA
* *
1369127 AGATTACAAATGGATTAATA
257 AGATTATAAATGGATAAATA
1369147 TCTCATTTAA
Statistics
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359 56 0.11
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365 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (363 bp):
TTCCTAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAAA
TTATTTATAAGATTATAAATGGATTACTATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGTCA
TGATAGACTTAGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACATCACGTTTCCCAATGCACA
AATACAATTAAGATAGGTTTTAACTAAAAACAAAAGAGATTTTCAATTAAAACCATTTATAAGAT
TATAAATGGATAAATACATCATATAAACCAAGAAACAAAGCTTATAATGGCACAACTGACTTAAA
ATGGCTTTATGTTCGCAATGGACAGCATCCGCTTCAGC
Found at i:1369031 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
1368747 AATTAAAATC
*** *
1368757 ATTTATAAGATTATAAATGGATTTGTATGTCATTTAAACTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCACA
1 ATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGTCATTTAAACTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGAACA
* * *
1368822 ATTGACATTAGATGGACTTTATTTGTCAATGGACAGCA-TCTGCTTCATGT-TCCTGAATGTAAA
66 ATTGACATTAAATGGACTTTATTTGTCAATGGACAGCATTCT-CTTCATGTATCC-CAATGCAAA
*
1368885 TATCCAATTATGATAGGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTGGATCTATAGTT
129 TATCCAATTATGATAGGTGTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTGGATCTATAGTT
* * * *
1368939 ATTTATAAGATTATGAATGGATTAAAATGTGATTTAAAGC-GAGAAAC-AAGCTTTTGATGGAAT
1 ATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGTCATTTAAA-CTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGAAC
* ** * *
1369002 TATTGA-ATTAAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGTATTCTCTTCATGTATCCCATTGCAA
65 AATTGACATT-AAATGGACTTTAT-TTGTCAATGGACAGCATTCTCTTCATGTATCCCAATGCAA
* * *** * * *
1369065 ATATCCAATTATGATAGGTGTTATCCAAAAACAAAAAAGAATTCAAAT-TAAAATC
128 ATATCCAATTATGATAGGTGTTAACAAAAAACAAAAAAG-ATTTGGATCTATAGTT
* * * *
1369120 ATTTATTAGATTACAAATGGATTAATATCTCATTTAAA
1 ATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGTCATTTAAA
1369158 GTAAAACAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGTCATTTAAACTAAGAAACAAAGCTTTTGATGGAACA
ATTGACATTAAATGGACTTTATTTGTCAATGGACAGCATTCTCTTCATGTATCCCAATGCAAATA
TCCAATTATGATAGGTGTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTGGATCTATAGTT
Found at i:1379075 original size:73 final size:73
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Period size: 73 Copynumber: 2.2 Consensus size: 73
1378943 CAGACAAAAT
* * * *
1378953 GCTCTTCGTCGACTAATATTGCTACTTAGTCGATTAAGTCGTTTATATCTCTGAACCCAGTTTCT
1 GCTCTTAGTCGACTAACAATACTACTTAGTCGATTAAGTCGTTTATATCTCTGAACCCAGTTTCT
*
1379018 GATAG-TA
66 GACAGTTA
* * * * *
1379025 GGCTCTTAGTCGACTAACAATACTTCTTAGTCGATTAGGTCGTTTCTATCTCTGAACTCAGTTTT
1 -GCTCTTAGTCGACTAACAATACTACTTAGTCGATTAAGTCGTTTATATCTCTGAACCCAGTTTC
*
1379090 TTACAGTTA
65 TGACAGTTA
*
1379099 CCTCTTAGTCGACTAA
1 GCTCTTAGTCGACTAA
1379115 GTGTTCTCTG
Statistics
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Consensus pattern (73 bp):
GCTCTTAGTCGACTAACAATACTACTTAGTCGATTAAGTCGTTTATATCTCTGAACCCAGTTTCT
GACAGTTA
Found at i:1382467 original size:181 final size:182
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Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
1382179 ACAACTTACC
* * * * *
1382189 TAAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGGTGCCATTCGCTTCATGTTTCCAAAAGCAAACATCTAATT
1 TAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTTTCCAAAAGCAAACATCCAATT
* * * *
1382254 GTGATAGTTTTCAACTGAAAACAAAGAAGATTTCAATTTAAAAT-TATTTATAAGATTATATATG
66 ATGATAGTTTTCAACTCAAAACAAAGAAGATTTCAACTTAAAATCTATTTA-AAGATTATACATG
* * * * *
1382318 CTTTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAATAAAGC-ATTAATGGCATGACGGA-CT
130 CATGAATATGTCATATAAAGCAAGAAACAAAGCTATTAATGGCATGAC-CATCT
* * * *
1382370 TAAAATTGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCCAGT
1 TAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCATG-TTTCCAAAAGCAAACATCCAAT
** *
1382434 TATGATAGGTTTT-AAC-CAAAGACCAAA-AAGATTTTGACTTAAAATCTTTTTAAAGATTATAC
65 TATGATA-GTTTTCAACTCAAA-A-CAAAGAAGATTTCAACTTAAAATCTATTTAAAGATTATAC
* *** *
1382496 ATGGATGAATATGTCATATAAAGTGGGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGACCATCT
127 ATGCATGAATATGTCATATAAAGCAAGAAACAAAGCTATTAATGGCATGACCATCT
* * * ** * * *
1382552 T-AAACTGAACTTTTCTCGTCAATGGATGGTACCCGCTTCATCTTTCCTAAAGAAAACATCCAAT
1 TAAAATTG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTTTCCAAAAGCAAACATCCAAT
1382616 TA
65 TA
1382618 CTATATGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (182 bp):
TAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTTTCCAAAAGCAAACATCCAATT
ATGATAGTTTTCAACTCAAAACAAAGAAGATTTCAACTTAAAATCTATTTAAAGATTATACATGC
ATGAATATGTCATATAAAGCAAGAAACAAAGCTATTAATGGCATGACCATCT
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Indices: 1382689--1383126 Score: 768
Period size: 219 Copynumber: 2.0 Consensus size: 218
1382679 GGAATCAATG
* *
1382689 TCTTTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTAGATGGTGTAACTAACTTAAAATTGACTTTTTCTGTCAA
1 TCTTTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTAGATGGCGTAACTAACTTAAAATTGACTTTTTCTATCAA
*
1382754 TGGATTACATTCATTTCACATTTTGAAATGTAAACATGCAACTATGATAGGTTTTCACAAAAAAT
66 TGGATTACATTCATTTCACATTTTCAAATGTAAACATGCAACTATGATAGGTTTTCACAAAAAAT
1382819 GAATAAAATTTCAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGACATTTAAAGTGT
131 GAATAAAATTTCAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGACATTT-AAGTGT
1382884 GAAATCCCACCTTGAGTAAGAGGA
195 GAAATCCCACCTTGAGTAAGAGGA
* * * *
1382908 TCTTTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGATGGCGTGACTAATTTAAAATTGACTTTTTCTATCAA
1 TCTTTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTAGATGGCGTAACTAACTTAAAATTGACTTTTTCTATCAA
* *
1382973 TGGATTACATTCATTTCACATTTTCAAATGTAAACATGCAATTATGATAGGTTTTCACCAAAAAT
66 TGGATTACATTCATTTCACATTTTCAAATGTAAACATGCAACTATGATAGGTTTTCACAAAAAAT
* *
1383038 GAATAAGATTTCAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATTACATTTAAGTGTG
131 GAATAAAATTTCAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGACATTTAAGTGTG
1383103 AAATCCCACCTTGAGTAAGAGGA
196 AAATCCCACCTTGAGTAAGAGGA
1383126 T
1 T
1383127 AAGTTAGGAA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 11, Indels: 1
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
218 31 0.15
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (218 bp):
TCTTTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTAGATGGCGTAACTAACTTAAAATTGACTTTTTCTATCAA
TGGATTACATTCATTTCACATTTTCAAATGTAAACATGCAACTATGATAGGTTTTCACAAAAAAT
GAATAAAATTTCAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAAAATGACATTTAAGTGTG
AAATCCCACCTTGAGTAAGAGGA
Found at i:1386516 original size:182 final size:181
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Indices: 1385637--1389894 Score: 2363
Period size: 182 Copynumber: 23.8 Consensus size: 181
1385627 GGTGTCAACA
* * * * * * * *** *
1385637 TTATAAGCTTATAAGTGGATCAATGTGTCATTTAAAGAGAGTAACAAAGCTTTCAATTATATCAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * * * * * * *
1385702 TAACTTATATTTGACTTTTATTTTCAAAGGATTGCAT-TCACTTCACATTTCCCAATGTAAACAT
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCT-ACTTCAGATTTCCCAATGCAAACAT
** * * *
1385766 GTAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACG---AA-A--TAGATTT--CA--AT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * * **
1385809 TTAAAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTAAAAAATAAAGCCTTCAATGGCACAAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* ** * *
1385874 TAACAAAAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCACG-TTTCCCAATGCAAACAT
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACAT
* * * * *
1385938 CCAATTTTGATAGGTTTCAACCAAAAACCAAAAA-ATATTTCTATTTTAAATCAT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGAT-TTT-GATTTAAAATCAT
* * * * * * * * * *
1385992 TTATTAGGTTATAAATGCATTAACATG-CATTCAAAGTGAGAAAAAAAGCATTCAATGGCAAGAT
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * *
1386056 TGAATTAAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGGTATCCT-TTTCACG-TTTCCCAATGCAAATA
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-CTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACA
* ** * *
1386119 TCCACA-TATGATA-GATTTAATGAAAAATGAAAAAGATTTTAAGTTAAAATCAT
129 TCCA-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * * ** * * **
1386172 TTAAAAGACTATAAATGGATTAGTGA-GTTAGTAAAAGCAAGAAACAGAG-TTTTCAAAGGCACA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAAT-ATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTT-AATGGCATG
* ** * * * * *
1386235 ACTAAGGTAAAATGGACTTTTTTTTGTCAA-GGCATGACAT-TCACCTAATG-TTTCTCAATGCA
64 ACTGACTTAAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGG-ATGGCATCT-ACTTCA-GATTTCCCAATGCA
* * * * ** * *
1386297 AACATCCAAATATAATAGCTTTT-ACTAAGAGTGAAAAACATTTTCATTTAAAATCAT
125 AACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAA-AAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * *
1386354 TTATAAGATTGTAAAT-GATTTAATATGTCGTATAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGA-TTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGA
* * * * * * * * **
1386418 GTGGCTTCAAATGGACTTTTCTTATCAAAGGATGGCATGTGCTTCAGATTTCCTAATGTGAACAT
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCAAACAT
* * **
1386483 CCTATTATGATAGGTTTTAGCCAAAAATGAAAAATTTTTTGATTT-AAATCAT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * *** * * *
1386535 TTATAAGATTATAAATGGATAAATATGTTATATAAAACAAGAAATAAAGCTTTTAAAGGCATAAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * * *
1386600 TTACTTAAAGTGGATTTTTCTTGTCAATGGGTGGCATCTGCTTAACG-TTTCCCAATGCAAACAT
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * * *
1386664 CTAATTTTGATAAGTTTGAACAAAAAAGACAAACATTTCT-ATTTAAAATCAT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAAAAGATTT-TGATTTAAAATCAT
* * **
1386716 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAATGTGACCAAA-AAAGCTTTCGATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGA-GAAACAAAGCTTTTAATGGCATGA
* ** * * * ** * *
1386779 TTGACTTAAAATATACTTTTCTTCTTAATAGATGGCATCCGCTTCATATTTCCCAAAG-ATAACA
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCA-AACA
* * ** * * * *
1386843 TCCGATTATAATAGGTTTTAATGAAGATTAG-AAAATATTTCGATTTGAAATCAT
129 TCCAATTATGATAGGTTTTAACCAA-A-AAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * * * * * * *
1386897 TCATAAGCTCATAAATGGATCAAGAAGTCTTTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGATGCCATCA-
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * *
1386961 TGGACTCAAAATTGACTTTTTTTTGTCAATGGATTGC-TGTCACTTCATG-TTTCCCAATGC-AA
66 T-GACTTAAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCATCT-ACTTCA-GATTTCCCAATGCAAA
** ** * * ** * *
1387023 CATGTAATTATGATAAATTTTCAA-GAAAAATAAAAA-A-AATGA-TTGAAAGCAT
127 CATCCAATTATGATAGGTTTT-AACCAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * *
1387075 TCATAAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGTATGAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * * *
1387140 TGGCTTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGACAT-T-CATTAAATATTTTCCAATGCAAACA
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTAC-TT-CAGATTTCCCAATGCAAACA
* * *
1387202 TCCAATTATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATTTTGATTTAAAATCAT
129 TCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * * *
1387255 TTTTAAGATTAAAAATGAATTAATATGT-ATTTAAA-TCA-AAAAATGAAGCTTTTGATGGCAAG
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACA--AAGCTTTTAATGGCATG
* * * * * * * *** * * *
1387317 ATTTAATTAAAATTGACTTTTCTTCTTAATGGATAGCATCCGTTTAATG-TTTGCCAATGCAAAT
64 ACTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAAC
* * ** * *
1387381 ATCTAATTATGATAGGTTTTAAGCCAAAACA-AAAATGATTTCAACTTAAAAGCAT
128 ATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CCAAAA-AGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * **
1387436 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTCAAGAGAGAAACAAAACTTTCGAT-GCAATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGC-ATGA
* * * ** * *
1387500 CTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATCACATCTAC-ACTATG-TTTCCC-ATAGAAAA
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTC-A-GATTTCCCAAT-GCAAA
* * * * *
1387562 CATACAATTATGATAAGTTTTAACTAAAAACGAAAAAGATTTTGATGTAAAATTAT
127 CATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * *
1387618 TTAAAAGATTATAAATGAATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTA-GAA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATG-A
* * * * * * * * *
1387682 CTAACGTAAAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCATTTAATTCACATTTCCCAATGCAGACAT
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCAAACAT
* * * * *
1387747 CCAATAATGATAGGTTTTAAACAAAATCA-AAAAATATATTGATTTTAAATCAT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAA--AGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * ** * * * *
1387800 TTAAAAGTTTATAAATACATTAATATG-AATTCAAAGCCG-GAAACAAAGTTTTTAATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGA
* * * * * * * * * * * * *
1387863 TTGAATTAAAATGAAATTTTCTTATCAATGGATAGCATTTCCTTCACATTTCACATTGCGAATAT
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCAAACAT
* * * * **
1387928 CCAACTATGATAAGTTTTAAGC-AAACGCAAAAAGATTTCAATTTAAAATCA-
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAG-AAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * **
1387979 TTATAAGATTATACATGCG-TTAATATGTC-TTCTAAA-TCGAGAATCAAAGC-TTTATATCACA
1 TTATAAGATTATAAATG-GATTAATATGTCATT-TAAAGT-GAGAAACAAAGCTTTTA-ATGGCA
* * * *
1388040 TGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGGATGGCATTCT-CTTCA-AGTTTCCCAATGCA
62 TGACTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA-TCTACTTCAGA-TTTCCCAATGCA
* * * * * * * *
1388103 AACATTCACA-TATGATAGATTTTATCAAAAAAGGGAAAATATTTTGAATTAAAATCTT
125 AACATCCA-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* ** * ** * **
1388161 TTAAAAGGCTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGCAAGAAACAAAG-TTTTCAAAGGCACAA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTT-AATGGCATGA
* * ** * * ** *
1388225 CTAATTTAAAATGGACTTCCCTTGTCAATAGATGGCATCTGCTTCATG-TTTTTCAATGCAAATA
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACA
* ** * * * *
1388289 T-TAGATTATGATATATTTTAACCTAGAACAAATATGATTTTGATTTAAAATCA-
129 TCCA-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAA-AAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * *
1388342 -TA-AA-ATTATGAATTGTTTAATATGTCATATAAATTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* **
1388404 TGACTT-AAATGG-CTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCA-ATTTTCCCAATGTGAACA
66 TGACTTAAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGA-TTTCCCAATGCAAACA
* * * * **
1388466 TCCAATTATGATAGGTTTGAACTAAAAACAAAAAGGATATTGA-TTAGTATCAT
129 TCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAAAA-GATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * *
1388519 TTATAAGATTATAAATGGATGAATATCTCATATAAAGTGATAAACAAAGCTTTTAATAGCATAAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * *
1388584 TGTCTTAAAATGGAATTTTCTTGTCAATGGAT-G-A-C-A--TC----TTCCTAATACGAACATC
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCAAACATC
* *
1388639 CAATTATGATAGGTTTTAACC-AAAAGAAAAATA-TTTGAATTTAAATTCAT
131 CAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAAAAGATTTTG-ATTTAAAATCAT
* *
1388689 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGTGTG-AACGGAAGCTTTTAATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAAC-AAAGCTTTTAATGGCATGA
* * * * * * *
1388752 TTGAATTAAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATAGCAT-T-CGTTGCACG-TTTCTCAATGCAAA
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTAC-TT-CA-GATTTCCCAATGCAAA
* * ** * * * * **
1388814 TATCCACTTACAACATGCTTTAAGCCAAAACA-AAAAGGATTTCAATTTAAAATCAT
127 CATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CCAAAA-AGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* ** * ** * * *
1388870 TTATAAGATTATAAATGAATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAGAGCTTTCGATTGCAGGAT
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * *
1388935 TGAATTACAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCATCCT-CTTCATG-TTTCCCAATGTAAACA
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-CTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACA
* * * ** *
1388998 TCCACA-TATGATAGATATTAA--AAAAA-AAAGAGGATTTCAAGTTAAAATCAT
129 TCCA-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAA-AAGATTTTGATTTAAAATCAT
** * * * ** ** *
1389049 TTCGAAGACTATAAACGG-TTGAATGTGTCATTTAAAGCAAGAATTAAAG-TTTTCAAAGGCAT-
1 TTATAAGATTATAAATGGATT-AATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTT-AATGGCATG
* * * * ** * * *
1389111 AGGTAACGT-AAACGGACTGCTCTTGTCAATCGATGGCATCTGCTTCATG-TTT-CCAAAGCAAA
64 A-CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAA
* * * *
1389173 CATCTAATTATGATAGGTTTTAACCAAGAACG-AAGAGCATTTTAATTTAAAATCAT
127 CATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAA-AAAGAAAAAG-ATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * ** * * *
1389229 TTACAAGATTATCAATAGTTTAATATCTCATAAAAAGCGTGAAATAAAGCTTTTAATGGCATGAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * * * * * * *
1389294 TAATTTAAAATGGACATTTCTTGTCAAT-GATAGTACCAAGGTTTATATTTCCCAATGCAAACAT
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTA-CTTCAGATTTCCCAATGCAAACAT
* * *
1389358 CCAACTATG--A-----TAACTAAAAATGGAAAAGATTTTGA-TTAAAATCAT
130 CCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * *
1389403 TTATAACATTATAAATGGATGAATATGTCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTGATGGCATGAT
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * * * *
1389468 TGAGTTAGAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTAACG-TTTCCTAATGTAAACAT
66 TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACAT
* * * * *
1389532 CTAATTATGATA-GTCTTTAACTAAAAACATAAAAGATTTTAATTGAAAATCAT
130 CCAATTATGATAGGT-TTTAACCAAAAAGA-AAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* ** *
1389585 TTATTAGATTAT-AA--G-------T-TCA-TT-AAGCAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCATGA-
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
* * * ** * * *
1389636 TCGTCTTAAAATGCACTTTTCTTATCAATAAATGGCATATGCTTCACG-TTTCCAAATGTC-AAC
66 T-GACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATG-CAAAC
* * * *
1389699 ATTCAATTATGCTAGGTTTTAACCAAAATA-AAAAA-TTTTTGAATTAAAATCA-
128 ATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAA-AGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * * **
1389751 TTATATGATTATAAATGGAATAATAT-ACTTTTAAAGGGATG-AACAAGGCTTTCGATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGA-GAAACAAAGCTTTTAATGGCATGA
* * * * * *
1389814 TTGAATTAAAAT-GACTTTTATTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG-TTTCCTAATGAAAACA
65 CTGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCA-GATTTCCCAATGCAAACA
* *
1389877 TTCAATTATGATAAGTTT
129 TCCAATTATGATAGGTTT
1389895 AACAAATCAA
Statistics
Matches: 3113, Mismatches: 775, Indels: 391
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 10 0.00
167 15 0.00
168 11 0.00
169 153 0.05
170 46 0.01
171 37 0.01
172 123 0.04
173 1 0.00
174 115 0.04
175 28 0.01
176 43 0.01
177 197 0.06
178 197 0.06
179 184 0.06
180 442 0.14
181 622 0.20
182 803 0.26
183 79 0.03
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (181 bp):
TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGAC
TGACTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTCAGATTTCCCAATGCAAACATC
CAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
Found at i:1387634 original size:721 final size:721
Alignment explanation
Indices: 1386351--1387667 Score: 1541
Period size: 721 Copynumber: 1.8 Consensus size: 721
1386341 CATTTAAAAT
* * * * * *
1386351 CATTTATAAGATTGTAAATGATTTAATATGTCGTATAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCAT
1 CATTCATAAGACTATAAATGATTTAATATGTCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCAT
* * * * * **
1386416 GAGTGGCTTCAAATGGACTTTTCTTATCAAAGGATGGCATGTGCTTCAGATTTCCTAATGTGAAC
66 GACTGGCTTAAAATGGACTTTTCTTATCAAAGAATGACATGTGCTTAAGATTTCCTAATGCAAAC
* * ** *
1386481 ATCCTATTATGATAGGTTTTAGCCAAAAATGAAAAATTTTTTGATTTAAATCATTTATAAGATTA
131 ATCCAATTATGATAGATTTTAAACAAAAATGAAAAATATTTTGATTTAAATCATTTATAAGATTA
* * * * *
1386546 TAAATGGATAAATATGTTATATAAAACAAGAAATAAAGCTTTTAAAGGCATAACTTACTTAAAGT
196 AAAATGAATAAATATGTTATATAAAACAAAAAATAAAGCTTTTAAAGGCATAACTTAATTAAAAT
* * * * * *
1386611 GGATTTTTCTTGTCAATGGGTGGCATCTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCTAATTTTGATA
261 GGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCATCCGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCTAATTATGATA
* * *
1386676 AGTTTGAACAAAAAAGACAAACATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA
326 AGTTTGAACAAAAAAGACAAACATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA
* * * * * *
1386741 TGCATTTAATGTGACCAAAAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACTTAAAATATACTTTTCTTCTTA
391 TGCATTTAATGAGACCAAAAAAACTTTCGATGGCATGACTGAATTAAAATAGACTTTTCTTATTA
** * * * * * * * *
1386806 ATAGATGGCATCCGCTTCATATTTCCCAAAGATAACATCCGATTATAATAGGTTTTAATGAAGAT
456 ATAGATCACATCCACTTCATATTTCCCAAAGAAAACATACAATTATAATAAGTTTTAATAAAAAC
* * * * * * * *
1386871 TAGAAAATATTTCGATTTGAAATCATTCATAAGCTCATAAATGGATCAAGAAGTCTTTTAAAGTG
521 GAGAAAAGATTTCGATGTAAAATCATTCAAAAGATCATAAATGAATCAAGAAGTCATTTAAAGTG
*
1386936 AGTAACAAAGCTTTTGATGCCATCATGGACTCAAAATTGACTTTTTTTTGTCAATGGATTGCTGT
586 AGAAACAAAGCTTTTGATGCCATCATGGACTCAAAATTGACTTTTTTTTGTCAATGGATTGCTGT
1387001 CACTTCATGTTTCCCAATGCAACATGTAATTATGATAAATTTTCAAGAAAAATAAAAAAAATGAT
651 CACTTCATGTTTCCCAATGCAACATGTAATTATGATAAATTTTCAAGAAAAATAAAAAAAATGAT
1387066 TGAAAG
716 TGAAAG
* *
1387072 CATTCATAAGACTATAAATGGA-TTAATATGTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGTA
1 CATTCATAAGACTATAAAT-GATTTAATATGTCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCA
* * *
1387136 TGACTGGCTTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGACAT-T-CATTAAATATTTTCC-AATGC
65 TGACTGGCTTAAAATGGACTTTTCTTATCAAAGAATGACATGTGC-TT-AAGA-TTTCCTAATGC
*
1387197 AAACATCCAATTATGATAGATTTTAAACAAAAA-GAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTTTAA
127 AAACATCCAATTATGATAGATTTTAAACAAAAATGAAAAATATTTTGATTT-AAATCATTTATAA
* * * * * * *
1387261 GATTAAAAATGAATTAATATG-TATTTAAATCAAAAAATGAAGCTTTTGATGGCA-AGATTTAAT
191 GATTAAAAATGAATAAATATGTTATATAAAACAAAAAATAAAGCTTTTAAAGGCATA-ACTTAAT
* * * * * *
1387324 TAAAATTGACTTTTCTTCTTAATGGATAGCATCCGTTTAATGTTTGCCAATGCAAATATCTAATT
255 TAAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCATCCGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCTAATT
* * **
1387389 ATGATAGGTTTTAAGCCAAAACAA-A-AATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAAT
320 ATGATAAGTTTGAA--CAAAA-AAGACAAACATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAAT
* *
1387452 GGATTAATATGTCATTTCAA-GAGA-GAAACAAAACTTTCGAT-GCAATGACTGAATTAAAATGG
382 GGATTAATATG-CATTT-AATGAGACCAAA-AAAACTTTCGATGGC-ATGACTGAATTAAAATAG
* * * *
1387514 ACTTTTCTTATTAATGGATCACATCTACAC-T-ATGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATA
443 ACTTTTCTTATTAATAGATCACATC--CACTTCATATTTCCCAAAGAAAACATACAATTATAATA
* * * * *
1387577 AGTTTTAACTAAAAACGA-AAAAGATTTTGATGTAAAATTATTTAAAAGATTATAAATGAATTAA
506 AGTTTTAA-TAAAAACGAGAAAAGATTTCGATGTAAAATCATTCAAAAGATCATAAATGAATCAA
* *
1387641 TATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGC
570 GAAGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGC
1387668 CTTCAATGGT
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 93, Indels: 32
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
718 2 0.00
719 115 0.24
720 126 0.26
721 230 0.47
722 12 0.02
723 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (721 bp):
CATTCATAAGACTATAAATGATTTAATATGTCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCAT
GACTGGCTTAAAATGGACTTTTCTTATCAAAGAATGACATGTGCTTAAGATTTCCTAATGCAAAC
ATCCAATTATGATAGATTTTAAACAAAAATGAAAAATATTTTGATTTAAATCATTTATAAGATTA
AAAATGAATAAATATGTTATATAAAACAAAAAATAAAGCTTTTAAAGGCATAACTTAATTAAAAT
GGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCATCCGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCTAATTATGATA
AGTTTGAACAAAAAAGACAAACATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA
TGCATTTAATGAGACCAAAAAAACTTTCGATGGCATGACTGAATTAAAATAGACTTTTCTTATTA
ATAGATCACATCCACTTCATATTTCCCAAAGAAAACATACAATTATAATAAGTTTTAATAAAAAC
GAGAAAAGATTTCGATGTAAAATCATTCAAAAGATCATAAATGAATCAAGAAGTCATTTAAAGTG
AGAAACAAAGCTTTTGATGCCATCATGGACTCAAAATTGACTTTTTTTTGTCAATGGATTGCTGT
CACTTCATGTTTCCCAATGCAACATGTAATTATGATAAATTTTCAAGAAAAATAAAAAAAATGAT
TGAAAG
Found at i:1388119 original size:543 final size:542
Alignment explanation
Indices: 1387079--1388209 Score: 1233
Period size: 543 Copynumber: 2.1 Consensus size: 542
1387069 AAGCATTCAT
* * **
1387079 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGTATGACTGGC
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTATGACTAAC
* * * * * * *
1387144 TTAAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGACATTCATTAAATATTTTCCAATGCAAACATCCAATT
66 GTAAAATAGACTTTTTTATCAATGAATGACATTAATTAAACATTTCCCAATGCAAACATCCAATA
* **
1387209 ATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGATTAAAAATGAA
131 ATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATGAA
* * * ** * * *
1387274 TTAATATGTATTTAAATCAAAAAATGAAGCTTTTGATGGCAAGATTTAATTAAAATTGACTTTTC
196 TTAATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTGAATTTTC
* * * * * *
1387339 TTCTTAATGGATAGCATCCGTTTAATGTTTGCCAATGCAAATATCTAATTATGATAGGTTTTAAG
261 TTATCAATGGATAGCATCCGTTCAA-GTTTGCCAATGCAAATATCCAACTATGATAAGTTTTAAG
1387404 CCAAAACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT
325 CCAAAACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT
* *
1387469 CAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATC
390 AAAGAGAGAAACAAAACTTTAGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATC
* *
1387534 ACATCTACACTATGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATA-AGTTTTAACTAAAAACGAAAA
455 ACATCTACACTAAGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAGA-TTTTAACAAAAAACGAAAA
1387598 AGATTTTG-ATGTAAAAT-TATTTAA
519 AGATTTTGAAT-TAAAATCT-TTTAA
* *
1387622 AAGATTATAAATGAATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTA-GAACTAA
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTATG-ACTAA
** * * *
1387686 CGTAAAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCATTTAATT-CACATTTCCCAATGCAGACATCCA
65 CGTAAAATAGACTTTT-TTATCAATGAATGACA-TTAATTAAACATTTCCCAATGCAAACATCCA
* * * *
1387750 ATAATGATAGGTTTTAAACAAAATCA-AAAAATATATTGATTTTAAATCATTTAAAAGTTTATAA
128 ATAATGATAGATTTTAAACAAAA--AGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAA
*** * *
1387814 AT-ACATTAATATGAATTCAAAGCCGGAAACAAAGTTTTTAATGGCATGATTGAATTAAAA-TGA
191 ATGA-ATTAATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTG-
* *
1387877 AATTTTCTTATCAATGGATAGCATTTCC-TTCACA-TTT-CACATTGCGAATATCCAACTATGAT
254 AATTTTCTTATCAATGGATAGCA--TCCGTTCA-AGTTTGC-CAATGCAAATATCCAACTATGAT
* * * *
1387939 AAGTTTTAAG-CAAACGCAAAAA-GATTTCAATTTAAAATCA-TTATAAGATTATACATGCG-TT
315 AAGTTTTAAGCCAAA-ACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATG-GATT
** * * * *
1388000 AATATGTC-TTCTAAATCGAGAATCAAAGCTTTATAT-CACATGATTGAATTAAAATGGACTTTT
378 AATATGTCATT-TAAAGAGAGAAACAAAACTTTAGATGCA-ATGACTGAATTAAAATGGACTTTT
* * ** * * *
1388063 CTTGTTAGTGGATGGCATTCT-C-TTCAAGTTTCCCA-ATGCAAACATTCACA-TATGATAGATT
441 CTTATTAATGGATCACA-TCTACACT-AAGTTTCCCATA-GAAAACATACA-ATTATGATAGATT
* * * *
1388124 TTATCAAAAAAGGGAAAATATTTTGAATTAAAATCTTTTAA
502 TTAACAAAAAACGAAAAAGATTTTGAATTAAAATCTTTTAA
* * **
1388165 AAGGCTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGCAAGAAACAAAG
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAG
1388210 TTTTCAAAGG
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 77, Indels: 44
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
542 7 0.01
543 248 0.51
544 86 0.18
545 140 0.29
546 4 0.01
547 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (542 bp):
AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTATGACTAAC
GTAAAATAGACTTTTTTATCAATGAATGACATTAATTAAACATTTCCCAATGCAAACATCCAATA
ATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATGAA
TTAATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTGAATTTTC
TTATCAATGGATAGCATCCGTTCAAGTTTGCCAATGCAAATATCCAACTATGATAAGTTTTAAGC
CAAAACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTA
AAGAGAGAAACAAAACTTTAGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATCA
CATCTACACTAAGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAGATTTTAACAAAAAACGAAAAAG
ATTTTGAATTAAAATCTTTTAA
Found at i:1388284 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 1387079--1388724 Score: 1228
Period size: 543 Copynumber: 3.1 Consensus size: 539
1387069 AAGCATTCAT
* ** **
1387079 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAA-AAACAAAGCTTTCAATGGTATGACTGG
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG-CAAGAAACAAAGCTTTCAATGGTACAACTAA
* * *
1387143 CTTAAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGACATTCATTAAATATTTTCCAATGCAAACATCCAAT
65 CTTAAAATGGACTTTCTTGTCAATG-ATGGCATTC-TT-CATATTTTCCAATGCAAACATCCAAT
* * **
1387208 TATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGATTAAAAATGA
127 AATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATGA
* * * ** * * *
1387273 ATTAATATGTATTTAAATCAAAAAATGAAGCTTTTGATGGCAAGATTTAATTAAAATTGACTTTT
192 ATTAATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTGAATTTT
* * * * * *
1387338 CTTCTTAATGGATAGCATCCGTTTAATGTTTGCCAATGCAAATATCTAATTATGATAGGTTTTAA
257 CTTATCAATGGATAGCATCCGTTCAA-GTTTGCCAATGCAAATATCCAACTATGATAAGTTTTAA
1387403 GCCAAAACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATT
321 GCCAAAACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATT
* *
1387468 TCAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGAT
386 TAAAGAGAGAAACAAAACTTTAGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGAT
* *
1387533 CACATCTACACTATGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACTAAAAACGAAAA
451 CACATCTACACTAAGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACAAAAAACGAAAA
1387598 AGATTTTGATGTAAAATTATTTAA
516 AGATTTTGATGTAAAATTATTTAA
* * ** * *
1387622 AAGATTATAAATGAATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCCTTCAATGGTAGAACTAAC
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGTACAACTAAC
* * * * * * * *
1387687 GTAAAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCATTTAATTCACATTTCCCAATGCAGACATCCAAT
66 TTAAAATGGAC-TTTCTTGTCAAT-GATGGCA-TT-CTTCATATTTTCCAATGCAAACATCCAAT
* * * *
1387752 AATGATAGGTTTTAAACAAAATCA-AAAAATATATTGATTTTAAATCATTTAAAAGTTTATAAAT
127 AATGATAGATTTTAAACAAAA--AGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAAT
*** * *
1387816 -ACATTAATATGAATTCAAAGCCGGAAACAAAGTTTTTAATGGCATGATTGAATTAAAA-TGAAA
190 GA-ATTAATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTG-AA
* *
1387879 TTTTCTTATCAATGGATAGCATTTCC-TTCACA-TTT-CACATTGCGAATATCCAACTATGATAA
253 TTTTCTTATCAATGGATAGCA--TCCGTTCA-AGTTTGC-CAATGCAAATATCCAACTATGATAA
* * * *
1387941 GTTTTAAG-CAAACGCAAAAA-GATTTCAATTTAAAATCA-TTATAAGATTATACATGCG-TTAA
314 GTTTTAAGCCAAA-ACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATG-GATTAA
** * * * *
1388002 TATGTC-TTCTAAATCGAGAATCAAAGCTTTATAT-CACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCT
377 TATGTCATT-TAAAGAGAGAAACAAAACTTTAGATGCA-ATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
1388065 TGTTAGTGGATGGCATTCT-C-TTCAAGTTTCCCA-ATGCAAACATTCACA-TATGAT-AGATTT
440 TATTAATGGATCACA-TCTACACT-AAGTTTCCCATA-GAAAACATACA-ATTATGATAAG-TTT
* * * *
1388125 TATCAAAAAAGGGAAAATATTTTGAAT-TAAAATCT-TTTAA
500 TAACAAAAAACGAAAAAGATTTTG-ATGTAAAAT-TATTTAA
* * * * * *
1388165 AAGGCTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGCAAGAAACAAAGTTTTCAAAGGCACAACTAAT
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGTACAACTAAC
* * * * *
1388230 TTAAAATGGACTTCCCTTGTCAATAGATGGCATCTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAATAT-TAGA
66 TTAAAATGGACTT-TCTTGTCAAT-GATGGCAT-T-CTTCATATTTTCCAATGCAAACATCCA-A
* * * * * * * * * *
1388294 TTATGATATATTTTAACCTAGAACAAATATGATTTTGATTTAAAATCA--T-AAA-ATTATGAAT
126 TAATGATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAAT-ATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTA-AAAA
* * *** * * * * * *
1388355 TG-TTTAATATGTCATAT-AAATTGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCATGACTGACTT-AAATGGC
189 TGAATTAATATG-AAT-TCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTGA
* * * * * * ** * * *
1388417 TTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCAATTTTCCCAATGTGAACATCCAATTATGATAGGT
252 ATTTTCTTATCAATGGATAGCATCC-GTTCAAGTTTGCCAATGCAAATATCCAACTATGATAAGT
* * * * ** * *
1388482 TTGAA-CTAAAAACAAAAAGGATATT-GA-TTAGTATCATTTATAAGATTATAAATGGATGAATA
316 TTTAAGC-CAAAACAAAAATGAT-TTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA
* * * * * * ** * *
1388544 TCTCATATAAAGTGATAAACAAAGCTTTTA-ATAGC-ATAACTGTCTTAAAATGGAATTTTCTTG
379 TGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAAC-TTTAGAT-GCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * *
1388607 TCAATGGATGACATCTTC-CTAA---T---A-CG--AACATCCAATTATGATAGGTTTTAAC-CA
442 TTAATGGATCACATCTACACTAAGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACAAA
* * *
1388661 AAA-GAAAAATA-TTTGAAT-TTAAATTCATTTAT
507 AAACGAAAAAGATTTTG-ATGTAAAATT-ATTTAA
*
1388693 AAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAG
1 AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG
1388725 TGTGAACGGA
Statistics
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0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
526 1 0.00
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531 1 0.00
532 1 0.00
533 1 0.00
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547 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (539 bp):
AAGACTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGTACAACTAAC
TTAAAATGGACTTTCTTGTCAATGATGGCATTCTTCATATTTTCCAATGCAAACATCCAATAATG
ATAGATTTTAAACAAAAAGAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATGAATTA
ATATGAATTCAAAGCAAAAAACAAAGCTTTTAATGGCAAGATTGAATTAAAATTGAATTTTCTTA
TCAATGGATAGCATCCGTTCAAGTTTGCCAATGCAAATATCCAACTATGATAAGTTTTAAGCCAA
AACAAAAATGATTTCAACTTAAAAGCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAG
AGAGAAACAAAACTTTAGATGCAATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATCACAT
CTACACTAAGTTTCCCATAGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACAAAAAACGAAAAAGATT
TTGATGTAAAATTATTTAA
Found at i:1388763 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1388461--1388784 Score: 399
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
1388451 TTCCCAATGT
*
1388461 GAACATCCAATTATGATAGGTTTGAACTAAAAACAAAAAGGATATTGATTAGTATCATTTATAAG
1 GAACATCCAATTATGATAGGTTTGAACTAAAAACAAAAAGGATATTGATTAATATCATTTATAAG
* **
1388526 ATTATAAATGGATGAATATCTCATATAAAGTGATAAACAAAGCTTTTAATAGCATAACTGTCTTA
66 ATTATAAATGGATGAATATCGCATATAAAGTGATAAACAAAGCTTTTAATAGCATAACTGAATTA
* *
1388591 AAATGGAATTTTCTTGTCAATGGATGACATCTTCCTAATAC
131 AAATAGAATTTTCTTATCAATGGATGACATCTTCCTAATAC
* * * *
1388632 GAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAC-CAAAAGAAAAA-TAT-TTGAATTTAA-ATTCATTTAT
1 GAACATCCAATTATGATAGGTTTGAACTAAAAACAAAAAGGATATTG-A-TTAATA-TCATTTAT
* * * * * * *
1388693 AAGATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAGTG-TGAACGGAAGCTTTTAATGGCATGATTGA
63 AAGATTATAAATGGATGAATATCGCATATAAAGTGATAAAC-AAAGCTTTTAATAGCATAACTGA
* *
1388756 ATTAAAATAGACTTTTTTTATCAATGGAT
127 ATTAAAATAGAATTTTCTTATCAATGGAT
1388785 AGCATTCGTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.05
169 56 0.43
170 41 0.32
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAACATCCAATTATGATAGGTTTGAACTAAAAACAAAAAGGATATTGATTAATATCATTTATAAG
ATTATAAATGGATGAATATCGCATATAAAGTGATAAACAAAGCTTTTAATAGCATAACTGAATTA
AAATAGAATTTTCTTATCAATGGATGACATCTTCCTAATAC
Found at i:1391123 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1390480--1391261 Score: 684
Period size: 182 Copynumber: 4.3 Consensus size: 178
1390470 CACATAAACC
* * *
1390480 GAGAAACAAAGCTTTTC-ATGGCATGATTCACTTAATATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCAT
1 GAGAAACAAAGC-TTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCAT
* * * * * * *
1390544 CCGCTACATATTTCTCAATGTAAATATGCAATTATGAGAGGTTTTAACCAAA-AAAGAAAAAGAT
65 CCACTTCACATTTCTCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACCAAACAAA-AAAAA-A-
* * ** * * *
1390608 TTTGA-TTAAAATCTTTTATATGGCTATAAATGGATTAATATACTTTTAAAGC
127 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATGCATTTAAAGT
* * ** * * * * *
1390660 AAGAAACATAGCTTTTGATGTCATGATTGAATTAAAATGGACATATATGGA-CAATGGATGGCAT
1 GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCT-TATCAATGGATGGCAT
* * * ** * * * *
1390724 CTATTTTATGTTTCCCTATG-AAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAAAGAT
65 CCACTTCACATTTCTCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACC--AAACAAAAAAAAAT
* * *
1390788 ATCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATAGATTAATATGTCATTTAGAGT
128 -TTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATG-CATTTAAAGT
* * * * ** * * * *
1390842 GAGAAAGAAGGGTTTCAAAGGCACAACT-AATGTAGAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCAT
1 GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCAT
** *
1390906 CTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTCAA-CAAATGCCAAAAAAAA
65 CCACTTCACATTTCTCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGTTTT-AACCAAA---CAAAAAAAA
* *
1390970 ATTTGATTTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATGCATGAATATGCATTTAAAGT
126 ATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG-ATTAATATGCATTTAAAGT
* * *
1391024 GAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGGCTTTTCTTGTCAAAT-GATGGCAT
1 GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGGCAT
* * * * * * **
1391088 CCATTTTACGTTTCTCAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAAGCAAAC-AAAAATGATTT
65 CCACTTCACATTTCTCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACCAAACAAAAAAAAATTT
*
1391152 CAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AATGAATTAATATGCATTTAAAGT
130 -GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG-ATTAATATGCATTTAAAGT
* * * * *
1391202 GAGAAGCAAAGCTTTCAGTGGCATGATTGACTTAAAATGGCCTTTTCTTACCAATGGATG
1 GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATG
1391262 ATATTCGCTT
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 101, Indels: 44
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 80 0.17
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181 47 0.10
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183 67 0.14
184 12 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (178 bp):
GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATC
CACTTCACATTTCTCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACCAAACAAAAAAAAATTTG
ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGATTAATATGCATTTAAAGT
Found at i:1391160 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1390519--1391206 Score: 816
Period size: 364 Copynumber: 1.9 Consensus size: 359
1390509 ACTTAATATG
* * * * *
1390519 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCGCTACATATTTCTCAATGTAAATATGCAATTATGAGAG
1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCGCTACACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGAGAA
* * * * * *
1390584 GTTTTAACCAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTAAAATCTTTTATATGGCTATAAATGGATTAATAT
66 GTTTTAACCAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTAAAATCATTTAGAAGACTATAAATGCATGAATAT
* * * ** *
1390649 ACTTTTAAAGCAAGAAACATAGCTTTTGATGTCATGATTGAATTAAAATGGACATATATGGACAA
131 ACATTTAAAGCAAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACATATATGGACAA
* * *
1390714 TGGATGGCATCTATTTTATGTTTCCCTATGAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACA
196 TGGATGGCATCCATTTTACGTTTCCCAATGAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACC-AAAACA
* *
1390779 AAAAAAGATATCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAAT-AGATTAATATGTCATTTAGAGTG
260 AAAAAAGATATCAATTTAAAATCATTTAAAAGATTAT-AATGA-ATTAATATG-CATTTAAAGTG
1390843 AGAAAGAAGGGTTTCAAAGGCACAACTAATGTAGAATA
322 AGAAAGAAGGGTTTCAAAGGCACAACTAATGTAGAATA
* * * *
1390881 GACTTTTCTTATCAATGGGTGGCATCTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAA
1 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCGCTACACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGAGAA
*
1390946 GTTTTCAA-CAAATGCCAAA-AAAAA-A-TTTGATTTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATGCAT
66 GTTTT-AACCAAA----AAAGAAAAAGATTTTGA-TTAAAATCATTTAGAAGACTATAAATGCAT
* ** * * * *
1391007 GAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGGCTTTTCT
125 GAATATACATTTAAAGCAAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACATATAT
* * * * * * *
1391072 TGTCAAAT-GATGGCATCCATTTTACGTTTCTCAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAAG
190 GGAC-AATGGATGGCATCCATTTTACGTTTCCCAATG-AAACATACAATTATGATAAGTTTTAAC
* * *
1391136 C-AAAC-AAAAATGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAATGAATTAATATGCATTTAA
253 CAAAACAAAAAAAGATATCAATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAATGAATTAATATGCATTTAA
1391199 AGTGAGAA
318 AGTGAGAA
1391207 GCAAAGCTTT
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 44, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 14 0.05
361 12 0.04
362 99 0.36
363 11 0.04
364 102 0.37
365 32 0.12
366 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (359 bp):
GACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCGCTACACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGAGAA
GTTTTAACCAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTAAAATCATTTAGAAGACTATAAATGCATGAATAT
ACATTTAAAGCAAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACATATATGGACAA
TGGATGGCATCCATTTTACGTTTCCCAATGAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCAAAACAA
AAAAAGATATCAATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAATGAATTAATATGCATTTAAAGTGAGAA
AGAAGGGTTTCAAAGGCACAACTAATGTAGAATA
Found at i:1391297 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1390343--1391298 Score: 661
Period size: 182 Copynumber: 5.3 Consensus size: 179
1390333 TTTCTCATGT
** * * *
1390343 CAATGGATGGCA-TCTGCTTTATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGGTATGTTTTAATCAA
1 CAATGGATGGCATTC-GCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-CAA
* *
1390407 A-AATGATGAAA-ATTTCAATTTAAAATCA-TTAACAAGATTATAAATAGAAATAGTGTAATATG
64 ACAA--A-AAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAA-AAGATTATAAAT-G--A-A-T-TAATATG
** ** * * * * *
1390469 TCACATAAACCGAGAAACAAAGCTTTTC-ATGGCATGATTCACTTAATATGGACTTTTCTTAT
119 -CATTTAAAGTGAGAAGCAAAGC-TTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * * *
1390531 CAATGGATGGCATCCGCTACATATTTCTCAATGTAAATATGCAATTATGAGAGGTTTTAACCAAA
1 CAATGGATGGCATTCGCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-CAAA
* * * * * ** * * * *
1390596 AAAGAAAAAGATTTTGA-TTAAAATCTTTTATATGGCTATAAATGGATTAATATACTTTTAAAGC
65 CAA-AAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGAATTAATATGCATTTAAAGT
* * * ** * * * * *
1390660 AAGAAACATAGCTTTTGATGTCATGATTGAATTAAAATGGACATATATGGA-
129 GAGAAGCAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCT-TAC
** ** * * *
1390711 CAATGGATGGCA-TCTATTTTATGTTTCCCTATG-AAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCAA
1 CAATGGATGGCATTC-GCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-C--
*
1390774 AAACAAAAAAAGATATCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAAT-AGATTAATATGTCATTTA
62 AAACAAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGA-ATTAATATG-CATTTA
* * * * ** * * * *
1390838 GAGTGAGAAAG-AAGGGTTTCAAAGGCACAACT-AATGTAGAATAGACTTTTCTTAT
125 AAGTGAG-AAGCAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTAC
* *
1390893 CAATGGGTGGCA-TCTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTCAACAA
1 CAATGGATGGCATTC-GCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTT-AACAA
* * * *
1390957 ATGCCAAAAAAAAATTT-GATTTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATGCATGAATATGCATTTAA
64 A---CAAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGAATTAATATGCATTTAA
* * * *
1391021 AGTGAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGGCTTTTCTTGTC
126 AGTGAGAAGCAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTT-AC
* * ** * * * *
1391076 AAAT-GATGGCATCCATTTTACGTTTCTCAATGTAAATATCCAATTATGATAGGTTTTAAGCAAA
1 CAATGGATGGCATTCGCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-CAAA
* * *
1391140 C-AAAAATGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AATGAATTAATATGCATTTAAAGTG
65 CAAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGAATTAATATGCATTTAAAGTG
* * *
1391203 AGAAGCAAAGCTTTCAGTGGCATGATTGACTTAAAATGGCCTTTTCTTAC
130 AGAAGCAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAC
** * *
1391253 CAATGGATGATATTCGCTTTGCATTT-TCCAATCCAAACATCCAATT
1 CAATGGATGGCATTCGCTTTACATTTCT-CAATGCAAACATCCAATT
1391299 TTTAGAGGTT
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 141, Indels: 68
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 104 0.17
179 52 0.09
180 74 0.12
181 52 0.09
182 143 0.24
183 70 0.12
184 13 0.02
186 1 0.00
187 20 0.03
188 61 0.10
189 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (179 bp):
CAATGGATGGCATTCGCTTTACATTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAC
AAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGAATTAATATGCATTTAAAGTGA
GAAGCAAAGCTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAC
Found at i:1392064 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1392015--1392064 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
1392005 CAAAAATCAA
*
1392015 AAGATTTAAAATCATTTAT
1 AAGATTTAAAATCATTAAT
*
1392034 AAGATTATAAATTCATTAAT
1 AAGATT-TAAAATCATTAAT
*
1392054 ATGCATTTAAA
1 AAG-ATTTAAA
1392065 GCAAGAAACA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.23
20 17 0.65
21 3 0.12
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
AAGATTTAAAATCATTAAT
Found at i:1392271 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1392048--1392351 Score: 407
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
1392038 TTATAAATTC
* * * *
1392048 ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAATGCTTTTAATGGCATTATTGAATTAAAATGAAC-TTT
1 ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTAATGACATGACTGAATTAAAATGAACTTTT
* * * * * * *
1392112 TCTTGCCAATGGATGGGATCCACTTTATGTTTTCTAATGCAAACATC-AATTATAATAGGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAATCCAAAAATCTAATTATAATAAGTTTTA
1392176 AACAAAATCAAAAACAATTTCAACTTAAAGTTATAATGG
131 AACAAAATCAAAAACAATTTCAACTTAAAGTTATAATGG
* *
1392215 ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTGATGACATGACT-AACTTAAAATGGACTTT
1 ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTAATGACATGACTGAA-TTAAAATGAACTTT
* ** * *
1392279 TTTTTTTCAATGAATGGCATCCGCTTCATGTTTCCTAATCCAAAAATCTAATTATTATAAGTTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAATCCAAAAATCTAATTATAATAAGTTTT
*
1392344 AACCAAAA
130 AAACAAAA
1392352 ATGAAAAAGG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.02
167 52 0.45
168 40 0.35
169 21 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTAATGACATGACTGAATTAAAATGAACTTTT
TCTTGCCAATGAATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAATCCAAAAATCTAATTATAATAAGTTTTA
AACAAAATCAAAAACAATTTCAACTTAAAGTTATAATGG
Found at i:1394125 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1393919--1394260 Score: 403
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
1393909 GTGATAGAAT
* * * * *
1393919 TAAAATTGACTTTCATTGTGAATGGATGGAATTC-GCTTCA-CTCTCTTAATGAAAAGATAC-AG
1 TAAAATTGACTTTCATTATCAATGGATGGAA-TCAGCTTCATCTCTCCTAATGAAAACAT-CTAA
* * ***
1393981 TAATGATAAGTTTT-AACTGAAAATGAAAGATATTTTGATTTAAAATC-TTTAAAAGATTATAAA
64 TAATGATAAGTTTTCAAC-AAAAAT-AAA-AAAAACTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAA
*
1394044 TGCGTTAATATGTCATTTAAAGT-GAGAAA-AGAAGCTTTCAATGGCACTTCTAATG
126 TGCATTAATATG-CATTTAAA-TCGAGAAACA-AAGCTTTCAATGGCACTTCTAATG
* * *
1394099 TAAAATTGACTTTTC-TTATCAATGGATGGTATCAGCTTCATGTCTCCTAATGCAAACATCTAAT
1 TAAAATTGAC-TTTCATTATCAATGGATGGAATCAGCTTCATCTCTCCTAATGAAAACATCTAAT
* *
1394163 TATGATAAGTTTTCAACAAAAATAAAAAAAACTGATTTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATGCA
65 AATGATAAGTTTTCAACAAAAATAAAAAAAACTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGCA
1394228 TTAATATGCATTTAAATCGAGAAACAAAGCTTT
130 TTAATATGCATTTAAATCGAGAAACAAAGCTTT
1394261 TGATGACATG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 16, Indels: 17
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 37 0.27
180 60 0.43
181 37 0.27
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (179 bp):
TAAAATTGACTTTCATTATCAATGGATGGAATCAGCTTCATCTCTCCTAATGAAAACATCTAATA
ATGATAAGTTTTCAACAAAAATAAAAAAAACTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAATGCAT
TAATATGCATTTAAATCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCACTTCTAATG
Found at i:1396040 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1393312--1396538 Score: 776
Period size: 182 Copynumber: 17.9 Consensus size: 180
1393302 CATTTGTATC
** * * * **
1393312 ATTATAAATGGATTAATATGC-ATTTAAAGCAAGAAATAAAGCTTTCAGTGGCATGACTGACCTA
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * * * ** * * * * *
1393376 ATATGGACTTTTTTTGTCAGTGGATGGCAGCTGCTTCATATTTCCAAAAGCAATCATCCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTAT
* * * * * * *
1393441 GAT-AGGTTTTAAACAAGAACAAAAAAAAAATTGATTTAAAATCATTTATAAG
131 GATAAGG-TTTAACCAA-AAC-CAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
** * ** * * ** ** * * * *
1393493 ATTATAAATATATTAATATATC-ATTCAAAGTGAA-AAAGAAAGATTTTGATGGCAAGGCTCACT
1 ATTATAAATGGATTAATAT-GCAATGAAAAG-CAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAAT
* * ** * * *
1393556 TAAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCCACTTCA-CATTCCCTAATGCAAACATGCAAT
64 TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCC-AAAGCAAACATCCAGT
* * ** ** * * *
1393620 TATGAT-AGTTTTTAACTAAAAATGAAAACATTTTTGA-TTGAAAATTATTTATAAG
128 TATGATAAG-GTTTAAC-CAAAACCAAAA-AGATTTCACTT-AAAATCATTTATTAG
* * * * * * ** * **
1393675 ATTATAAGTGGATTCATATGTTATTTAAAA-CAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCACGACTGTCTT
1 ATTATAAATGGATTAATATG-CAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATT
* * * * * *** * * ** * *
1393739 AAAATGTACTTTTCATATCATTGGATGGCACCCACTTCGGGTTTTCTATTGTC-AGCATCCAATT
65 AAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAG-CAAACATCCAGTT
* * * * * * *
1393803 ATGATACGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTTAATCTAATATTATTTA-TATG
129 ATGATAAGGTTTAACC-AAAACCAAAAAGATTTCACT-TAAAATCATTTATTA-G
* * * * ** ** * * * *
1393857 ATTATAAACGGAATAATATAC-TTTCAAAGTGACAAACAAAGCTTTCGATGGCGTGA-TAGAATT
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACT-GAATT
* * * * * * * * ** * * * * *
1393920 AAAATTGAC-TTTCATTGTGAATGGATGGAATTCGCTTCA-CTCTCTTAATGAAAAGATACAGTA
65 AAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTT
* * ** * * * * **
1393983 ATGATAAGTTTTAACTGAAAATGAAAGATATTTTGATTTAAAATC-TTTAAAAG
129 ATGATAAGGTTTAAC-CAAAACCAAAAAGA-TTTCACTTAAAATCATTTATTAG
** ** * *
1394036 ATTATAAATGCG-TTAATATGTC-ATTTAAAGTGAGAAA-AGAAGCTTTCAATGGCACT-TCT-A
1 ATTATAAATG-GATTAATATG-CAATGAAAAGCAAGAAACA-AATCTTTCAATGGCA-TGACTGA
* * * * * * * *
1394096 ATGTAAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGTAT-CAGCTTCATGTCTCCTAATGCAAACATCT
62 AT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCA-CTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCC
* * ** * ** * * **
1394160 AATTATGATAAGTTTTCAA-CAAAAATAAAAAAAACTGATTTAAAATCATTTAGAAG
125 AGTTATGATAAGGTTT-AACCAAAACCAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* ** * * * ** * *
1394216 ATTATAAATGCATTAATATGC-ATTTAAATCGAGAAACAAAGCTTTTGATGACATGATTGAA-T-
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * ** * * ** * * * *
1394278 -AATGGAATTTTCTTATCAATCAATGGCATCTACTTTACATTT-CTAAATTCAAATATCCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAA-GCAAACATCCAGTTA
* * * *
1394341 TGAT-AGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTCGA-TTAAAAATCATTTA-GAC
130 TGATAAGG-TTTAACCAAAACCAAAAAGATTTC-ACTT-AAAATCATTTATTAG
* * ** * *
1394392 ATTTATAAATGCATTAATGTGC-ATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGAC-CAACT
1 A-TTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAA-T
* ** * * * *
1394455 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGC-TAGATATTTTCCATAGCAAACATCCAAT
64 TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTA-ATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGT
* * * * * * *
1394519 TATAAT-AGGCTTT-ACTCAAAAACGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAC
128 TATGATAAGG-TTTAAC-C-AAAACCAAAAAGA-TTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* * * * * *
1394574 ATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAATG--AGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGACTT
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAA-GCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATT
* * * * * * * * ** * * *
1394637 -AAATGCACTTTTACTAT-T-AGTAGATGGCATTCGCTTCATGTTTTCTACTGCGAATATCCAAT
65 AAAATGGACTTTT-CT-TGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGT
* * ** * * *
1394699 TATAAT-AGTTTTGAAAGAAAAACCAAAAAGATTTGATTTAAAATCATTTATAAG
128 TATGATAAGGTTT--AACCAAAACCAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* * ** * ** ** *
1394753 ATTTTAAATGGATTAATATATC-ATTTAAAGCAACAATA-AAAGT-TTTTTATGGCACAACTCAA
1 ATTATAAATGGATTAATAT-GCAATGAAAAGCAAGAA-ACAAA-TCTTTCAATGGCATGACTGAA
* * * ** * ** * *
1394815 TTAAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGACATCTTCTTCATG-TTCCCTAATCCAAACATGCAA
63 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCC-AAAGCAAACATCCAG
* * *** ** * *** * *
1394879 CTATGAT-AGTTTGTGATTAAAAATGAAAAAGTTTTTGTTTGAAAAT-ATTTCTTGG
127 TTATGATAAGGTT-T-AACCAAAACCAAAAAGATTTCACTT-AAAATCATTTATTAG
* * * ** * *
1394934 AATGTAAATGGATTAATATTTC-ATTTAAAG-AGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACT-ACC
1 ATTATAAATGGATTAATA-TGCAATGAAAAGCA-AGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGA-A
* * * * * * *
1394996 TTAAAATGCACCTTTCTTATC-ATGGATGGCATCC-CTTTTACGTTTCCCAATG-ACAACATTCA
63 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCAC-TTAATGTTTCCCAAAGCA-AACATCCA
* * * *
1395058 ATTATGAT-AGGTTTTAACC-AAACACAAAATGCATTTTGATTTAAAATCATTTA-TATG
126 GTTATGATAAGG-TTTAACCAAAAC-CAAAAAG-A-TTTCACTTAAAATCATTTATTA-G
* * * *** * * * * *
1395115 AATATAAATGGATTAATATAC-TTTTCAAGCAAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATCA
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * * * ** * * ** * *
1395179 CAATGGACTTTTATTGTCAATTGATGGCATTCGTTTCATGTTTCCCAAAGAAAACAGACAATTAA
66 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTAT
** * ** * * * * **
1395244 GATAACTTTTAACTGAAAAGGAAAATGTTTTGATTTAAAATCATTTAAAAG
131 GATAAGGTTTAAC-CAAAACCAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* * ** *** * **
1395295 -TTCATAAATGGATTCATGTGTC-ATTTAAAGTGGGAAACAAAGCTTTCAATGGCACAACT-AAC
1 ATT-ATAAATGGATTAATATG-CAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAA-
* * * * *** ** * * *
1395357 ATAAAATGGACTTTGCTTATCAATGGATGGAATTTGCTTAACATTTCCCAATGCAAACATCGAAT
63 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGT
** * * * * ** * *
1395422 TACCAT-AGGTGTTATCTAAAA-GAAAAAAATTAGATTTAAAATCATTTATAAG
128 TATGATAAGGT-TTAACCAAAACCAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* * * * * * * *
1395474 ATCATAAATGG-TTCAATATATC-AT-ATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTAATGGCTTCACTAAA
1 ATTATAAATGGATT-AATAT-GCAATGA-AAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAA
* * * * ** *
1395536 TTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCAACTTGACATTTCCCACTA-CAAACATCCAG
63 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCA-AAGCAAACATCCAG
* * * * *
1395600 TTATGATAAGTTTTAAACAAAACTAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTGTTAG
127 TTATGATAAGGTTTAACCAAAAC-CAAAAAGATTTC-ACTTAAAATCATTTATTAG
* *
1395656 ATTATAAATGGATTAATATATC-ATGAAAAGCAAGGAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATT
1 ATTATAAATGGATTAATAT-GCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATT
* * * * * * *
1395720 AAAATGGACTTTTCATGTGAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATGCAGTCA
65 AAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTA
* * * *
1395785 AGA-CAGGTTTTAACCTAAAA-CAACTAAGATTTTGACTTAAAATCATTTATTAG
130 TGATAAGG-TTTAACC-AAAACCAA-AAAGA-TTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* * * * *
1395838 AGTATAAATGGATTAATATGCAATG-AAAGCAAGAAACAAAAGT-TTTCTATGGCGTGA-TTATC
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAAC-AAA-TCTTTCAATGGCATGACTGA-A
* * *
1395900 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAAAGGAAACATCCAAT
63 TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGT
* *
1395965 TATGATAAGGTTTAACCAAAACCAAAAACGATTTACAGTTAAAATCATTTATAAG
128 TATGATAAGGTTTAACCAAAACCAAAAA-GATTT-CACTTAAAATCATTTATTAG
* * * * ** ** * * ** * * * * *
1396020 CTTCTATATGGATCAATATGCAATTTAAAGTGAGTAACAAACCTTTTGATGTCGTAACTGATTTG
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* ** * * * * ** * * *
1396085 AAATTGACTTTTCTCATCAATGGATTGCATTCA-TGTCACGTTTTGCAATGCAAA-ATGCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACT-TAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTA
* * ** * * * *
1396148 TGAT-AGATTTGCACCAAAATTGAAAATGATTTTGATTTAAAACCATTT-TTAAG
130 TGATAAGGTTT-AACCAAAA-CCAAAAAGA-TTTCACTTAAAATCATTTATT-AG
* *** ** ** * * ** ** * *
1396201 ATTATAAATAGATTAATATTTTATTTAAAGCCGGAAATAAAACTTTTGATGGCACAATTAAATTA
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* ** * * * *
1396266 AAATGGACTTTT-TCTATCAATGGATGGCATCCA-TTTTTGAGTTTTCC-AATCAAAATATACAA
66 AAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCATCCACTTAAT--GTTTCCCAAAGC-AAACAT-CCA
* * * * * *
1396328 G-TATGATAAGTTTTAA-TAAAA--AAAATA-TTTTGATTTAAAATCATTTATAAG
126 GTTATGATAAGGTTTAACCAAAACCAAAA-AGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
* ** * ** * * * *
1396379 TTTATAAATGGATTAATATGC-ATTTAATGTGAGAAGCAAAGCTTTGAATGGCATGACTGACTTA
1 ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * ** * * * * * * *
1396443 AAATGGACTTTTATTGTCAATGGATAGCATTTACTTCATATTTTCTAATGCAAATATCCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTAT
* *
1396508 GAT-AGGTTTTAAACAAAAACAAAGAAGATTT
131 GATAAGG-TTTAACCAAAACCAAA-AAGATTT
1396539 TGATCCAAAA
Statistics
Matches: 2306, Mismatches: 584, Indels: 313
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.01
176 90 0.04
177 124 0.05
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179 262 0.11
180 441 0.19
181 632 0.27
182 637 0.28
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184 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
ATTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAAGCAAGAAACAAATCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTAATGTTTCCCAAAGCAAACATCCAGTTAT
GATAAGGTTTAACCAAAACCAAAAAGATTTCACTTAAAATCATTTATTAG
Found at i:1396577 original size:722 final size:707
Alignment explanation
Indices: 1391840--1396633 Score: 2153
Period size: 722 Copynumber: 6.6 Consensus size: 707
1391830 AAATATTTCC
* * * * * *
1391840 ATTTAAAATCATTTAAAAAATTATTAATGGATTAATATGTCATTTAAAGGGAGAAATGAAGA-TT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATATCATTTAAAGCG-GAAAT-AAAACTT
* * * * * * *
1391904 TCAATTGCACAACT-AATGTAAAATGGACCTTTTTTTTAATCAATAGATGGCATCCAAT-TT-AC
63 TTAATGGCACAACTAAAT-TAAAATAGA-CTTTTTCTT-GTCAATGGATGGCAT-CATTCTTGA-
* * * * * *
1391966 ATTTCACACTGC-AAGCATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATCAAAA----GATTTAAAA
123 TTTTC-CAAT-CAAAACAT-CAAGTATGATAAGTTTTAAATAAAAA-AAAAATTTTGATTTAAAA
** * * *
1392026 TCATTTATAAGATTATAAATTCATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAATGCTTTTAATGGCAT
184 TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCAT
* * * * * ** * * * * * *
1392091 TATTGAATTAAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGGATCCACTTTATGTTTTCTAATGCAAAC
249 GACTGACTTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCCAATGCAAAT
* * * * *
1392156 AT-CAATTATAATAGGTTTTAAACAAAATCAAAAACA-ATT--TC---AA-C--TTA-AAG-TTA
314 ATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTTGATCTAAAATCATTTATAAGAATA
* ** * * *
1392209 T-AATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTGATGACATGACTAACTTAAAATG
379 TAAATGCATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTATCTTAAAATG
* * * * * ** * *
1392273 GACTTTTTTTTTTCAATGAATGGCATCCGCTTCATGTTTCCTAATCCAAAA-ATCTAATTATTAT
444 GAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAA-AGAAAACATCCAATTATGAT
* * * * * * *
1392337 AAGTTTTAAC-CAAAAATGAAAAA-GGTTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATT
507 AAGGTTTAACTC-AAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTCTAAATGGATC
* * * * * * * * * * *
1392400 AATATCTCGTTTAAAGCGAAAAACAAACCTTTC-AGTGGTATGATTAACTTAAAATAGACTTGTC
571 AATAT-GCATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCGA-TGGCATAACTGACTT-AAATTGACTTTTC
* * * *** * *
1392464 TTGTCAATGGGTGGCTTTAACT-TCACGTACCCTATTG-AAAATGTCCACA-TATGATAGATTTT
633 -TATCAATGGATGGCATT--CTGTCACGTTTTC-AATGCAAAA--T-CA-ATTATAATAGA-TTT
* * *
1392526 AACCCAAAA-AAATGATTTC
689 GA-CCAAAAGAAAAGATTTG
* * * * * * * * * ***
1392545 ACTCTCAAATCATTTAAAAGATTATCAATGGATTATTATGA-CCTATAAAGTGAGAAACATTGCT
1 A-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATAT-ATCATTTAAAGCG-GAAATAAAACT
* * * * * * ** **
1392609 TTAAATGGCATAAAT-AATGTAAAATGGAC-TTCTCTTGTCAATGGGTGGCATC-CGCGTCACAT
62 TTTAATGGCACAACTAAAT-TAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCATTC-T-TGAT
*** * * *
1392671 TTTCCAAAGTAAACATCCAACTATGACT-AGTTTTAAGTAAGAACAAAAAGGA-TTTCATTTTAA
124 TTTCCAATCAAAACAT-CAAGTATGA-TAAGTTTTAAATAA-AA-AAAAA--ATTTTGA-TTTAA
* * * * * * **
1392734 AATCATTGATAAGGTTATAAATGGATTAATATCCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCGATGAT
182 AATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGC
* ** ** * * * * * *
1392799 ATGACTAACTTAAAATTTACTTTTCGTATCAACGAATGGCATCTACTTTACAATT-CCAATGCAA
247 ATGACTGACTTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCCAATGCAA
* * * ** *
1392863 GTATCCAATTATCATAGTTTTTATCCAAAAACAAAAA-ATATATTGATTTAAAATCATTTATAAG
312 ATATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGAT-T-TTGATCTAAAATCATTTATAAG
* * ** * * * * * * * * *
1392927 ATTATAAATGGATTCGTATGTTATGTAAAGCAAAAAATAGAGGTTTTAATGGCATGACTAACTTA
375 AATATAAATGCATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTATCTTA
* * ** * ** * ** * *
1392992 AAATGGACATTTT-TTGTCAAGGGATAGCATCCATTTCACATTTCCTAGTGCAAACATCTAATTA
439 AAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAAAGAAAACATCCAATTA
* * * * *
1393056 TGAT-AGGTTTTAACT-AAAAC-AAAAA-GATTCTGATTTTAACTCATTTATAAGTTTATAAATG
503 TGATAAGG-TTTAACTCAAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTCTAAATG
* * * ** *
1393117 GATTAATATATCATTCAAACATCTAATTACTATGCATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTAATAG
567 G-------------------ATC--A--A-TATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCGATGG
** * * * * * * ** * *
1393182 TTTGACT-AATTGAAAATAGACTTTTTTTGTGAATGGATGTTATT-TGTTTCATAGTTTCCAATG
608 CATAACTGACTT--AAATTGAC-TTTTCTATCAATGGATGGCATTCTG--TCA-CGTTTTCAATG
* * * * * * **
1393245 CAAATATTCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACTAAAAAAATTCCA
667 CAAA-A-TCAATTATAATA-GATTT-GACCAAAA--GAAAAGATT-TG
* * ** * * *
1393293 ATTTGAAATCATTTGTATCATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAGCAAGAAATAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATATCATTTAAAGC-GGAAATAAAACTTT
* * ** * ** * * * * * *
1393357 CAGTGGCATGACTGACCTAATATGGACTTTTT-TTGTCAGTGGATGGCAGC-TGCTTCATATTTC
64 TAATGGCACAACTAAATTAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCATTCTTGAT-TTTC
* * * **
1393420 CAA--AAGCAATCATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAGAACAAAAAAAAAATTGATTTAAAAT
128 CAATCAA--AA-CAT-CAAGTATGATAAGTTTT--A-AATAA-AAAAAAAATTTTGATTTAAAAT
** * * * * * * ** *
1393483 CATTTATAAGATTATAAATATATTAATATATCATTCAAAGTGAAAAAGAAAGATTTTGATGGCAA
185 CATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCAT
* * * * * *
1393548 GGCTCACTTAAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCCACTTCACA-TTCCCTAATGCAAA
249 GACTGACTTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCC-AATGCAAA
* * * ** * *
1393612 CATGCAATTATGATA-GTTTTTAACTAAAAATGAAAACATTTTTGAT-TGAAAATTATTTATAAG
313 TATCCAATTATGATAGGTTTTAAAC-AAAAACAAAAAGA-TTTTGATCT-AAAATCATTTATAAG
* * * * * * ** * * *
1393675 ATTATAAGTGGATTCATATGTTATTTAAAACAAGAAACAAAGCTTTTGATGGCACGACTGTCTTA
375 AATATAAATGCATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTATCTTA
* * * * * * *** * * ** ** *
1393740 AAATGTACTTTTCATATCATTGGATGGCACCCACTTCGGGTTTTCTATTGTCAGCATCCAATTAT
439 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAAAGAAAACATCCAATTAT
* * * * * * * * * * *
1393805 GATACGTTTTAAC-CAAAAAC-AAAAAAGATTTTAATCTAATATTATTTATATGATTATAAACGG
504 GATAAGGTTTAACTC-AAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTCTAAATGG
* * * * * *
1393868 AAT-AATATAC-TTTCAAAGTGACAAACAAAGCTTTCGATGGCGTGA-TAGAATTAAAATTGAC-
568 -ATCAATATGCATTT-AAAGTGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATAACT-GACTT-AAATTGACT
* * * * * * *
1393929 TTTCATTGTGAATGGATGGAATTC-GCTTCAC-TCTCTT-AATGAAAAGATACAGTAATGATAAG
629 TTTC--TATCAATGGATGGCATTCTG--TCACGT-T-TTCAATGCAAA-AT-CAATTATAAT-AG
* * * *
1393991 TTTTAACTGAAAATGAAAGATATTTTG
685 ATTTGAC-CAAAA-GAAA-AGA-TTTG
* * * * *
1394018 ATTTAAAATC-TTTAAAAGATTATAAATGCGTTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAA-AGAAGCTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG-ATTAATATATCATTTAAAGCG-GAAATA-AAACTT
* ** * * * * * *
1394081 TCAATGGCACTTCT-AATGTAAAATTGAC-TTTTCTTATCAATGGATGGTATCA-GCTTCATGTC
63 TTAATGGCACAACTAAAT-TAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCATTCTTGAT-TT
* ***
1394143 TCCTAATGC-AAACATCTAATTATGATAAGTTTTCAACA-AAAATAAAAAAAACTGATTTAAAAT
126 TCC-AAT-CAAAACATC-AAGTATGATAAGTTTT-AA-ATAAAA-AAAAAATTTTGATTTAAAAT
* * * ** *
1394206 CATTTAGAAGATTATAAATGCATTAATATGCATTTAAATCGAGAAACAAAGCTTTTGATGACATG
185 CATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATG
* * * * ** * * * ** *
1394271 ATTGA---ATAATGGAATTTTCTTATCAATCAATGGCATCTACTTTACATTTCTAAATTCAAATA
250 ACTGACTTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCCAATGCAAATA
* * **
1394333 TCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTCGAT-TAAAAATCATTTAGACA-TTT
315 TCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTTGATCT-AAAATCATTTATA-AGAAT
* ** *
1394396 ATAAATGCATTAATGTGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACCAACTTAAAAT
378 ATAAATGCATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTATCTTAAAAT
* * * * * * *
1394461 GGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGC-TAGATATTTTCCATAGCAAACATCCAATTATAAT
443 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTA-ATGTTTCCCAAAGAAAACATCCAATTATGAT
*
1394525 -AGGCTTT-ACTCAAAAACGAAAAAC-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAA-CATTATAAATGGA
507 AAGG-TTTAACTC-AAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGC-TTCTAAATGGA
* * * *
1394586 TTAATATGCATTTAAAATGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGACTTAAA-TGCACTTTTA
569 TCAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATAACTGACTTAAATTG-ACTTTT-
* * * * * * *
1394650 CTATTAGTAGATGGCATTC-GCTTCATGTTTTCTACTGCGAATATCCAATTATAATAGTTTTGAA
632 CTATCAATGGATGGCATTCTG--TCACGTTTTC-AATGC-AAAAT-CAATTATAATAGATTTG--
** *
1394714 AGAAAAACCAAAAAGATTTG
690 ACCAAAA--GAAAAGATTTG
* * *
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1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATATCATTTAAAGCGGA-AATAAAA-CTT
* * * * *
1394798 TTTATGGCACAACTCAATTAAAATAGA-TTTTTCTTGTCAATGGATGACATC-TTCTTCATGTTC
63 TTAATGGCACAACTAAATTAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCATTCTTGAT-TTT
* * * *
1394861 CCTAATCCAAACATGCAACTATGAT-AGTTTGTGATTAAAAATGAAAAAGTTTTTG-TTTGAAAA
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* ** * * * *
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184 TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA-TGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCA
* * * *
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248 TGACTGA-CTTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATA--TTTCCCAATG-
* * * *
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* * * * * * *
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372 AAGAATATAAATGCATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATT--AT
* * * * * * **
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435 CTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAAAGAAAACATCCAA
* ** * * * *
1395240 TTAAGATAACTTTTAACTGAAAA-GGAAAATG-TTTTGATTTAAAATCATTTAAAAG-TTCATAA
500 TTATGATAAGGTTTAACTCAAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTC-TAA
* * * * * * * *
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564 ATGGA-TCAATATG-CATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATAACTGAC-TTAAATTG
* * * * * **
1395366 ACTTTGCTTATCAATGGATGGAATT-TGCTTAACATTTCCCAATGCAAACATCGAATTACCATAG
626 ACTTTTC-TATCAATGGATGGCATTCTG--TCACGTTT-TCAATGCAAA-ATC-AATTATAATAG
* * * *
1395430 GTGTT-ATCTAAAAGAAAAAAATTAG
685 AT-TTGA-CCAAAAG-AAAAGATTTG
* * * * *
1395455 ATTTAAAATCATTTATAAGATCATAAATGGTTCAATATATCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGATT-AATATATCATTTAAAGCG-GAAATAAAACTTT
* * * *
1395520 TAATGGCTTC-ACTAAATTAAAATAGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGTATCA-ACTTGACATTT
64 TAATGGC-ACAACTAAATTAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCATTCTTGA-TTTT
* * * **
1395582 CCCA-CTACAAACATCCAGTTATGATAAGTTTTAAACAAAACTAAAAAAGATTTCAATTTAAAAT
127 CCAATC-A-AAACATCAAG-TATGATAAGTTTTAAA-TAAA--AAAAAA-ATTTTGATTTAAAAT
* * * ** * * *
1395646 CATTTGTTAGATTATAAATGGATTAATATATCATGAAAAGCAAGGAACAAATCTTTCAATGGCAT
185 CATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCAT
* * * * *
1395711 GACTGAATTAAAATGGACTTTTCA-TGTGAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAA
249 GACTGACTTAAAATGGACTTTT-ATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCCAATGCAAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
1395839 GTATAAATGGATTAATATGCAATGAAAGCAAGAAACAAAAGTTTTCTATGGCGTGATTATCTTAA
376 ATATAAATGCATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAAC-AAAGCTTTCAATGGCATGATTATCTTAA
*
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440 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTAATGTTTCCCAAAGAAAACATCCAATTATG
* ** * *
1395969 ATAAGGTTTAAC-CAAAACCAAAAACGATTTACAGTTAAAATCATTTATAAGCTTCTATATGGAT
505 ATAAGGTTTAACTCAAAACGAAAAACGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTCTAAATGGAT
* * * * * *
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570 CAATATGC-ATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATAACTGACTT-AAATTGACTTTTC
* *
1396098 TCATCAATGGATTGCATTCATGTCACGTTTTGCAATGCAAAATGCAATTATGATAGATTTGCACC
633 T-ATCAATGGATGGCATTC-TGTCACGTTTT-CAATGCAAAAT-CAATTATAATAGATTTG-ACC
1396163 AAAATTGAAAATGATTTTG
693 AAAA--GAAAA-GA-TTTG
* * * *
1396182 ATTTAAAACCATTTTTAAGATTATAAATAGATTAATATTTTATTTAAAGCCGGAAATAAAACTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT-GATTAATATATCATTTAAAG-CGGAAATAAAACTTT
* * * * *
1396247 TGATGGCACAATTAAATTAAAATGGACTTTTTC-TATCAATGGATGGCATCCATTTTTGAGTTTT
64 TAATGGCACAACTAAATTAAAATAGACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-CATTCTTGA-TTTT
* *
1396311 CCAATCAAAATATACAAGTATGATAAGTTTT-AATAAAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTA
127 CCAATCAAAACAT-CAAGTATGATAAGTTTTAAATAAAAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTA
* * * * *
1396375 TAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAATGTGAGAAGCAAAGCTTTGAATGGCATGACTGAC
191 TAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAC
* * ** * *
1396440 TTAAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATAGCATTTACTTCATATTTTCTAATGCAAATATCCAAT
256 TTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCCACTTCATATTTCCCAATGCAAATATCCAAT
* * *
1396505 TATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAGAAGATTTTGATCCAAAATCATTTATAAGAATGTAAATA
321 TATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAA-AAGATTTTGATCTAAAATCATTTATAAGAATATAAATG
* * * * * *
1396570 CATTAATATATCATTTAAAGTGAA-AAAGAATGCTTTCGATGGCATGATTGA-ATTAAAATGGAC
385 CATTAATAT-GCATTTAAAG-CAAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATT-ATCTTAAAATGGAC
1396633 T
447 T
1396634 ATAATTGTCA
Statistics
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TGTCACGTTTTCAATGCAAAATCAATTATAATAGATTTGACCAAAAGAAAAGATTTG
Found at i:1396629 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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1 G-CAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAAC-AAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTA
* * * * * *
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64 TAAGATTATAAATGGATTAATATTCATTT-AAAGTGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACT-G
* * * * * * **
1393916 AATTAAAATTGAC-TTTCATTGTGAATGGATGGAATTCGCTTCA-CTCTCTTAAT
127 AATTAAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGGATGGCATTCACTTCATATTTCCCAAT
* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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125 TGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCA-CTTCATATTTCCCAAT
* * * * *** *
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1 GCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATA
* * * * * *
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* * ** * * **
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130 TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTC-ACTTCATATTTCCCAAT
* * * * *
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1 GCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATA
* * * * * * *
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* * ** *
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* * ** *
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1 -GCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAAC-AAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTA
* * * * * * *
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64 TAAGATTATAAATGGATTAATATTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAA
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** **
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
1395111 TATGAATATAAATGGATTAATATACTTTTCAAGCAAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAA
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* * * * ** * *
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* ** * ** ** *
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* * * ** * **
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* * * * ** * *
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* ** * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * ** *
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126 GAA-TTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCATATTTCCCAAT
* * * * *
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1396896 AAAATTGATT
Statistics
Matches: 2513, Mismatches: 637, Indels: 279
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 106 0.04
177 118 0.05
178 60 0.02
179 262 0.10
180 444 0.18
181 775 0.31
182 686 0.27
183 58 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
GCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAACAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATA
AGATTATAAATGGATTAATATTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAATT
AAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCATATTTCCCAAT
Found at i:1397719 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1397301--1397794 Score: 498
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 181
1397291 TTAAAGCGAG
* * ** *
1397301 AAAGATTTCGATTAAAAATCATTTAGAAG-TTTATAAATTCATTAATATGCATTTAAAGTGAGAA
1 AAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTT-TAAATGGATTAATATTCATTTAAAGTGAGAA
* * * *
1397365 ACAAAGCTTTCAATGGCATGACCCACTTAAAATAGATTTTTTTTATCAATGGATGGCATCTAC-T
65 ACAAAGCTTTCGATGGCATGACTCACTTAAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTT
* * * * * *
1397429 AAACATTTCCCATAGTAAATATACAATTACGATAGGTTTTAATCAAAAATGAA
130 CATCATTTCCAATAGTAAACATACAATTACAATAGCTTTTAA-CAAAAATGAA
* * * * * *
1397482 AAACATTTCAATTTACAATTATTTATAACATTATAAATGGATTAATATGT-ATTTAAAGTGAGAA
1 AAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAATGGATTAATAT-TCATTTAAAGTGAGAA
* * *
1397546 ACAAAGCTTTCGATTGCATGACTAACTTAAAAT-GCATTTTTCTTGTAAATGGATGGCATCTACT
65 ACAAAGCTTTCGATGGCATGACTCACTTAAAATAG-ATTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACT
** * * * *
1397610 TCATGTTTTTCAAT-GTGAACATCCAATTATAATAGCTTTTAA-AAGAAATGAA
129 TCATCATTTCCAATAGTAAACATACAATTACAATAGCTTTTAACAA-AAATGAA
* * * *
1397662 AAGGATTTTGATTTAAAATCGTTTATAAGATTTTAAATGGATTAATATATCATTTAAAGAGA-AA
1 AAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAATGGATTAATAT-TCATTTAAAGTGAGAA
* * * * * * * *
1397726 GAGAAAGGTTTTGATGGCATAACTCAGTTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATGTGCT
65 -ACAAAGCTTTCGATGGCATGACTCACTTAAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACT
1397791 TCAT
129 TCAT
1397795 ATTCCCTATA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 52, Indels: 16
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 50 0.20
181 190 0.75
182 11 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (181 bp):
AAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAATGGATTAATATTCATTTAAAGTGAGAAA
CAAAGCTTTCGATGGCATGACTCACTTAAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTACTTC
ATCATTTCCAATAGTAAACATACAATTACAATAGCTTTTAACAAAAATGAA
Found at i:1398662 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1398119--1399246 Score: 946
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
1398109 AAAAAAAAAA
* * * * * *
1398119 GATTTAAAATCATTTACAAGATTATAAAAGGTTTAATATGTCTTATAAAGCAAGACACAAAGCTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATATAAAGCGAGAAACAAAGCTT
* * *
1398184 TTAATGGCTTGACTAAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA-CCAGCTT-AGTGTTT
65 TTAATGGCATGA-TTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCA-CTTCA-TGTTT
** * * * * * * *
1398247 CCCACTACAAACATCTAGTTATTATAGGTTTTAACCAAAACTGAAAAAGATTTC
127 CCCAAAAGAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
* * * * *
1398301 AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATCTAGAGCGAGGAACAAATCTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATATAAAGCGAGAAACAAAGCTT
* * * * * * *
1398366 TCAATGGCATTACTAAATTAAAATGGAGC-TTTCATGTCAATGGATGGCATCTACTCCATGTTTC
65 TTAATGGCATGA-TTAATTAAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTC
* * * * * *
1398430 CCAATACAAACATCCAATCAAGATAGGTTTTAATCTAAAAC--AAACAAGATTTT
128 CCAAAAGAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAA-CAAAAACTGAAA-AAGATTTT
** * * * * *
1398483 GATTTAAAATCATTTACCAGATTATAAATGGATTAATGTGCAGAGAAAGCGAGAAATAAAGATTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
* * * * * * * *
1398548 TTATGTCATGATTATCTTAAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGCCATCCATTTCATGTTTCCC
66 TAATGGCATGATTA-ATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCC
*
1398613 AAAAGAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTG
130 AAAAGAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
* * * * * * * * *
1398664 GAGTTAAAATCATTTATAAGCTTTTATATCGATAAATATGCAATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGC-ATATAAAGCGAGAAACAAAGCTT
* * * * * * * * * ** *
1398729 TTAATGCCATGACTAATTTAAATTGACTTTTCTTGTTAATAGATTACATTCACTTTACATTTCAC
65 TTAATGGCATGATTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCC
* * * * * * **
1398794 -AATGCAAAAATGCAATTATGAT-AGATTTTCACTAAAATTGAAAGTGATTTT
130 AAAAG-AAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
* * * * * * *
1398845 GATTTAAAATAATTTTTAATATTATAAATAGATTAATATTTCATTTAAAGC-AGGAAACAAAACT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA-TGCATATAAAGCGA-GAAACAAAGCT
* * * * * *
1398909 TTTGATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGGATGACATCCACATCACGATTC
64 TTTAATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTC
* * * * *
1398974 CCAATCA-AAACATACAAGTATGATAAGTTTTTACCAAAAA-TGAAAAATATTTT
128 CCAA-AAGAAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
* * * *
1399027 GATTTAAAATCATTTATAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAGCAAAGTTTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
** * * ** * *
1399092 TAATGGCATGATTGACCTAAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACATCTGCTTCATATTTTCC
66 TAATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCC
* * * * *
1399157 -AATGCAAACATCAAATTATGATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAGATTTT
130 AAAAG-AAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
*
1399208 GATCTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
1399247 ATCATTTAAA
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 176, Indels: 45
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 26 0.03
181 396 0.53
182 304 0.41
183 22 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
TAATGGCATGATTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTCCCA
AAAGAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTT
Found at i:1399313 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 1398119--1399292 Score: 992
Period size: 363 Copynumber: 3.2 Consensus size: 357
1398109 AAAAAAAAAA
* * *
1398119 GATTTAAAATCATTTACAAGATTATAAAAGGTTTAATATGTC-TTATAAAGC-AAGACACAAAGC
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-TCATT-TAAAGCGAA-A-A-AAAGC
* * * * * * * * * * *
1398182 TTTTAATGGCTTGACTAAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA-CCAGC-TTAGTGT
61 TTTTCATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGAATGACATCCA-CATCA-CGA
** * * * * * * *
1398245 TTCCCACTACAAACAT-CTAGTTATTATAGGTTTTAACCAAAACTGAAAAAGATTTCAATTTAAA
124 TTCCCAAAAGAAACATACAAG-TATGATAAGTTTTTACCAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAA
* * * *
1398309 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATCTAGAGCGAGGAACAAA-TCTTTCAATGG
188 ATCATTTATAAGTTTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGA-GAACAAAGT-TTTTAATGG
* * * * * * *
1398373 CATTACTAAATTAAAATGGAGC-TTTCATGTCAATGGATGGCATCTACTCCATGTTTCCCAATAC
250 CATGACT-AATTAAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGACATCTACTTCATATTTTCCAATGC
* * *** *
1398437 AAACATCCAATCAAGATAGGTTTTAATCTAAAA-CAAACAAGATTTT
313 AAACAT-CAATTATGATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAA-AAGATTTT
** * * *** *
1398483 GATTTAAAATCATTTACCAGATTATAAATGGATTAATGTGCAGAGAAAGCGAGAAATAAAGATTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATTCATTTAAAGCGA-AAA-AAAGCTTT
* * * * * * ** * *
1398548 TTATGTCATGATT-ATCTTAAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGCCATCCATTTCATGTTTCC
64 TCATGGCATGATTGA-ATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGAATGACATCCACATCACGATTCC
* * * * *
1398612 CAAAAGAAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAACAAAAACTGAAAAAGATTTGGAGTTAAAATCA
128 CAAAAGAAACATACAAGTATGATAAGTTTTTACCAAAAA-TGAAAAAGATTTCGATTTAAAATCA
* * * * * *
1398676 TTTATAAGCTTT-TATATCGATAAATATGCAATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTAATGCCATG
192 TTTATAAG-TTTATAAATGGATTAATATGC-ATTTAAAGCGAG-AACAAAGTTTTTAATGGCATG
* * * * * * * *
1398740 ACTAATTTAAATTGACTTTTCTTGTTAATAGATTACAT-TCACTTTACA-TTTCACAATGCAAAA
254 ACTAATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCT-ACTTCATATTTTC-CAATGCAAAC
* * ** * **
1398803 ATGCAATTATGATAGATTTTCACTAAAATTGAAAGTGATTTT
317 AT-CAATTATGATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAGATTTT
* * * *
1398845 GATTTAAAATAATTTTTAATATTATAAATAGATTAATATTTCATTTAAAGCAGGAAACAAAA-CT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA-TTCATTTAAAGC--GAAA-AAAAGCT
* *
1398909 TTTGATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGGATGACATCCACATCACGATTC
62 TTTCATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGAATGACATCCACATCACGATTC
* * *
1398974 CCAATCA-AAACATACAAGTATGATAAGTTTTTACCAAAAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATC
127 CCAA-AAGAAACATACAAGTATGATAAGTTTTTACCAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAAATC
1399038 ATTTATAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAGCAAAGTTTTTAATGGCATGA
191 ATTTATAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAA-CAAAGTTTTTAATGGCATGA
* ** * * *
1399103 TTGACCTAAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACATCTGCTTCATATTTTCCAATGCAAACAT
255 CT-AATTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCTACTTCATATTTTCCAATGCAAACAT
1399168 CAAATTATGATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAGATTTT
319 C-AATTATGATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAGATTTT
* *
1399208 GATCTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGTGAAAAAACACGCTT
1 GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-TCATTTAAAGCGAAAAAA-A-GCTT
* *
1399273 TCCATGGCATCATTGAATTA
63 TTCATGGCATGATTGAATTA
1399293 CAATAGGCTT
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 137, Indels: 67
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.00
361 12 0.02
362 142 0.22
363 410 0.64
364 69 0.11
365 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (357 bp):
GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATTCATTTAAAGCGAAAAAAAGCTTTTC
ATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTACCTGTCAATGAATGACATCCACATCACGATTCCCAA
AAGAAACATACAAGTATGATAAGTTTTTACCAAAAATGAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTA
TAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAACAAAGTTTTTAATGGCATGACTAATT
AAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCTACTTCATATTTTCCAATGCAAACATCAATTAT
GATAGGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAGATTTT
Found at i:1400980 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1400317--1401007 Score: 523
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 176
1400307 TGTCATTGGC
* *
1400317 TTTAACTAAAA-AAAAATGATTTCCA-TTAAATATCATTTATAAGTTTATAAATGGATTAATAT-
1 TTTAACTAAAAGAAAAATGATTTCGATTTAAA-ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATA
* *
1400379 GCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTAATTTAAAATGCACTTTTCTTGTCAA
65 GCATTTAAAGTGAG-AACAAAGCTTTCAAT-GCATGACTAAATTAAAATG-ACTTTTCTT-TCAA
* * * * *
1400444 AGGATGGAATCTACTTCATATTTT-TCATTGCAAACATCAAATTATGATAAGT
126 TGTATGGCATCTACTTCATGTTTTCT-AATGCAAACATC-AATTATGATAAGT
** * * *
1400496 TTTAAAC-AAAATGAGCAA-GATTTTGATCTAAAATCATTTAGAAGATTATAAATGGATTAATAT
1 TTT-AACTAAAA-GAAAAATGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
* ** * * * * * * * *
1400559 ATCATTTAAAGCAAAAAAGAAAGCTTTTAATCACATGACTCACTTAAAAAGGACTTTTCCTTTTA
64 AGCATTTAAAG-TGAGAACAAAGCTTTCAAT-GCATGACTAAATT-AAAATGACTTTT-CTTTCA
* *
1400624 AT-TGATGACATCTACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGCAATTAT-A-AGAGAT
125 ATGT-ATGGCATCTACTTCATGTTTTCTAATGCAAACAT-CAATTATGATA-AG-T
* * * * * * * *
1400677 TTTCACCAAAA-ACGAAAATAATTTTGTTTTAAAATCATTTATTAGATTAAAAATAGATTAATAT
1 TTTAACTAAAAGA--AAAATGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
* * * * * *
1400741 ACCA-TTAAAGTGAGAAGCAAAAGTTTTGACA-GCATGATTGAATTAAAATAAACTTTTCTTATC
64 AGCATTTAAAGTGAGAA-C-AAAGCTTTCA-ATGCATGACTAAATTAAAAT-GACTTTTCTT-TC
* * *
1400804 AATGTATGGCATCTGCTTCATGTTTTCTAATGAAAACATACAACTATGATAAGT
124 AATGTATGGCATCTACTTCATGTTTTCTAATGCAAACAT-CAATTATGATAAGT
*
1400858 TTTAACTAAAAGCAAAAATGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGTG-TTAATAT
1 TTTAACTAAAAG-AAAAATGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG-GATTAATAT
* * * * *
1400922 -GCATTGAAATTGACGAACAAAGCTTTCAATGTCATGATTAAATTAAAAGTGGCTTTTCTTCACA
64 AGCATTTAAAGTGA-GAACAAAGCTTTCAATG-CATGACTAAATTAAAA-TGACTTTTCTT-TCA
1400986 ATAG-ATGGCAT-TCACTTCATGT
125 AT-GTATGGCATCT-ACTTCATGT
1401008 ATCCCACCGC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 75, Indels: 68
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.02
180 65 0.16
181 253 0.63
182 71 0.18
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (176 bp):
TTTAACTAAAAGAAAAATGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATAG
CATTTAAAGTGAGAACAAAGCTTTCAATGCATGACTAAATTAAAATGACTTTTCTTTCAATGTAT
GGCATCTACTTCATGTTTTCTAATGCAAACATCAATTATGATAAGT
Found at i:1402010 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1401692--1402019 Score: 392
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
1401682 ATTTCAATAA
* *
1401692 ATGGCATCTATTTCACATTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAATAAA
1 ATGGCATCCATTTCACATTTCCCAATACAAACATCCAATTACGATAGGTTTTAAACAAAAATAAA
* * * * *
1401757 AAATGTTAATTTAAAATCATTTATAAGAATATAAATGGATTAATATATCCTTTAAATCGAAAAAG
66 AAATGTTAATTGAAAATCATTTATAAGAATATAAAGGGATTAATATATCATTTAAAGCGAAAAAC
1401822 AAAGCTTTCGATGGCAAGACTCACTTAAAATGGACTTTTGTTGTTAATGG
131 AAAGCTTTCGATGGCAAGACTCACTTAAAATGGACTTTTGTTGTTAATGG
* ** * * * * *
1401872 ATGGCATCCGTTTCACATTTCTTAATGCAAATATGCAATTACGATA-TTTTTTAACTAAAAATGA
1 ATGGCATCCATTTCACATTTCCCAATACAAACATCCAATTACGATAGGTTTTAAAC-AAAAAT-A
* * * * * *
1401936 AAAACTTTCTAATTGAAAATCGTTTATAAGATTAT-AAGGGAATTAATAT-GCTATTTTAAGCGA
64 AAAAATGT-TAATTGAAAATCATTTATAAGAATATAAAGGG-ATTAATATATC-ATTTAAAGCGA
*
1401999 GAAACAAAGCTTTCGATGGCA
126 AAAACAAAGCTTTCGATGGCA
1402020 TGTGCGATGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 22, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.06
180 44 0.36
181 12 0.10
182 58 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
ATGGCATCCATTTCACATTTCCCAATACAAACATCCAATTACGATAGGTTTTAAACAAAAATAAA
AAATGTTAATTGAAAATCATTTATAAGAATATAAAGGGATTAATATATCATTTAAAGCGAAAAAC
AAAGCTTTCGATGGCAAGACTCACTTAAAATGGACTTTTGTTGTTAATGG
Found at i:1402233 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1402180--1402235 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
1402170 CAAATATTCT
*
1402180 TTCAATACATTATGTTTCATC
1 TTCAATAAATTATGTTTCATC
*
1402201 ATCATATAAATATATGTTTACATC
1 TTCA-ATAAAT-TATGTTT-CATC
1402225 TTACAATAAAT
1 TT-CAATAAAT
1402236 GGCAAGTTCC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 5
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.11
22 5 0.18
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24 11 0.39
25 2 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TTCAATAAATTATGTTTCATC
Found at i:1405524 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1405505--1405542 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
1405495 CTAAATAACA
*
1405505 TATTGTTATTT
1 TATTATTATTT
1405516 TATTATTATTT
1 TATTATTATTT
1405527 TATTATTATTT
1 TATTATTATTT
1405538 TATTA
1 TATTA
1405543 CATACAAAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.03, T:0.71
Consensus pattern (11 bp):
TATTATTATTT
Found at i:1405989 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1405675--1407808 Score: 1353
Period size: 182 Copynumber: 11.8 Consensus size: 179
1405665 TAATGAATGT
* *
1405675 CTTAAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGCA-CATGCTTCAGGTTTTCCAATGCAAACATCCA
1 CTTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATC-TGCTTCACGTTTTCCAATGCAAACATCCA
* ** * * *
1405739 ATTATGA-AAGGTTGTAACTAAAAATGAAAA-A----GATTTAAAATGACTTATATGATTATAAA
65 ATTATGATAA-GTTTTAA-TAAAAAAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * * * *
1405798 TGGGTTAATATACA-TTAAAGGCGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCATGATTGA
128 TGGATTAATATTCATTTAAA-GTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGA
* * * * * *
1405850 CTTAAAATGGAC-TTTCATTGTGAATGGATGGAATCTGCTTCACGTTTTTCAATGAAAACATACA
1 CTTAAAATGGACTTTTC-TTATCAATGGATGGCATCTGCTTCACGTTTTCCAATGCAAACATCCA
* * * *
1405914 ATAATGATAAGTTTTAATTGAAAACAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAA
65 ATTATGATAAGTTTTAA-T-AAAAAAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * ** *
1405979 TGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACGAAGCTTTTAATGGCACAACTAA
128 TGGATTAATAT-TCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGA
* * * * * * *
1406032 CATAAAATTGAATTTTTTTATCAATGGATGGCAT-T-CATTTTACGTTTCCCAATGCAAACATCT
1 CTTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGC--TTCACGTTTTCCAATGCAAACATCC
* * * *
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* ** * * **
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* * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * ** * *
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* * * ** * *** * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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128 TGGATTAATATTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGA
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * ** *
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* * * * * *
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1 CTTAAAATGGACTTTT-CTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCACGTTTTCC-AATGCAAACATCC
* * * * *
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* * * ** ** * *
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* * *
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1 CTTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCACGTTTT-CCAATG-CAAACATCC
* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 CTTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCACGTTTTCC-AATGCAAACATCCA
* * *
1407724 ATTATGGTCAG-TTTAACTAAAAATGAAAAAA-ATATTTGATTTAAAATCATTTAAAAGA-T-TA
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Statistics
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Alignment explanation
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** *** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * ** * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * **
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* * * *** * * * *
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* * * ** * * * * * * * * * * **
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** * ** ** ** * * * * * * ** *
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*
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**** * * * * * *
1408031 -TCCGCTTGA-TGTTTC-T-T-AATGG--GAACATCTAATCATGATAGCTTTT--AATG-AAA-A
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
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** * * * * * * * * *
1408353 TTAAAATTAATTTTTCTTGTCAATGGATAGCATTC-GCGTCATGTTTTCGAAAGCAATTAC-CCA
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* * * ** * * * * * * * * **
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* * * ** * * *
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* * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * * ** * * * *
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* * ** * *
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** *
1409020 AATGGATTAA-AGTGTCATGTAAAGTGAGAAACAAAG-TTTCCAATGGCACAAAT-AA
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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126 TGGATTAATATGTC-ATTAAAGTGAGAAACAAAG-CTTTCAATGGCATGACTGAA
* * * ** * * * * * *
1409799 TTAAAATGGATTTTTCTAATCATTGGAAAGCATTC-GCTTCATGTTTGCTAATACAAACATGTAA
1 TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCATCTTCACGTTTTCCAATGCAAACAT-CAA
* ** * * * * * *
1409863 TTATGATAATTTTTAACT-AAAACAAAAAATTTTTGATTGAAAAT-AGTTTATAAGATTGTAAGT
65 TTATAATAGGTTTTAAATAAAAACAAAAAA--ATTGATTTAAAATCA-TTTATATGATTATAAAT
** * * * **
1409926 GGATTAATATGTCACTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCGATGCCATGATTGTC
127 GGATTAATATGTCA-TTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAA
* * * **
1409979 TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCA-CTTCTCATTTTTTAATGCAAACATCCAA
1 TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCATCTTCACGTTTTCCAATGCAAACAT-CAA
* * ** * * *
1410043 TTCTGATAGGTTTTAGCTAAAAACAAAAAAGACTTTGATTTAAAATCACTTGTATTATTATAAAT
65 TTATAATAGGTTTTAAATAAAAACAAAAAA-A--TTGATTTAAAATCATTTATATGATTATAAAT
* * * * * * * *
1410108 GGATTAATAT-ACTTTTCAAGCGGGAAACAAAGCTTTCGATGCCATGATTGAA
127 GGATTAATATGTC-ATTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAA
* * * * * * *
1410160 TTAAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGG-AATC-TGCTTCATGTTTCCCCATGAAAACATGCA
1 TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCAT-CTTCACGTTTTCCAATGCAAACAT-CA
* * * ** * * * *
1410223 ATTATGATAAGTTTTAAACAAAAA-AAAATATTTTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATGAACG
64 ATTATAATAGGTTTTAAATAAAAACAAAA-AAATTGATTTAAAATCATTTATATGATTATAAATG
* ** * **
1410287 GATTAATATGTCATTTAAAGTGACAAATGAAGATTTCAATGGCACAACT-AA
128 GATTAATATGTCA-TTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAA
** * * * * * * *
1410338 TGTTGAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACATT-AGCTTTATG-TTTCCTAATACAAATATCA
1 T-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCATCTTCACGTTTTCC-AATGCAAACATC-
* * * *
1410401 AATTATGATATGTTTTAAACAAAAACAAAAAAAAACTGATTTAAAATCATTTATA
63 AATTATAATAGGTTTTAAATAAAAAC--AAAAAAATTGATTTAAAATCATTTATA
1410456 AAATCGTATG
Statistics
Matches: 3415, Mismatches: 866, Indels: 642
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
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146 4 0.00
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193 2 0.00
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (178 bp):
TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCATCTTCACGTTTTCCAATGCAAACATCAAT
TATAATAGGTTTTAAATAAAAACAAAAAAATTGATTTAAAATCATTTATATGATTATAAATGGAT
TAATATGTCATTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAA
Found at i:1407248 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1405783--1407259 Score: 515
Period size: 179 Copynumber: 8.2 Consensus size: 179
1405773 TTAAAATGAC
* * * * * *
1405783 TTATATGATTATAAATGGGTTAATATACA-TTAAAGGCGAAAAACAAAG-CTTTCAATGGCATGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAA-GTGAAAAACAAAGCCTAT-AA-CGCATGA
* * * * * * * * * * ** *
1405846 TTGACTTAAAATGGAC-TTTCATTGTGAATGGATGGAATCTGCTTCACGTTTTTCAATGAAAACA
63 CTGACTTAAAATAGACTTTTC-GTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACA
* * * * *
1405910 TACAA-TAATGATA-AGTTTTAATTGAAAACA--AAAAATATTTTGATTTAAAATCAT
127 T-CAAGTTATGATACA-TTTTAA--GAAAA-ATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* * * * * * **
1405964 TTAAAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACGAAGCTTTTAATGGCACAAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTATAA-CGCATGAC
* * * * ** * * * * * * *
1406029 TAACATAAAATTGAATTTTTTTATCAATGGATGGCATTCATTTTACGTTTCCCAATGCAAACATC
64 TGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACATC
* ** ** * * * * *
1406094 TAA-TTATAATAGGTTTTAA-ATAAAAACAAAAA-A-ATTGATTTAAAATCTT
129 -AAGTTATGATACATTTTAAGA-AAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* ** * * * ** *
1406143 TTATATGATTATAAATGGATTAATATGTCAGATAAAGTGAGAAATAAAG-CTTTCAGTGGCGTGA
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTAT-A-ACGCATGA
* * * * * * * * * * *
1406207 CTGAATTAAAATGGTCTTTTCTTATCAATGGATGGCATGTACTTCACATTGCCTAATACAAACAT
63 CTGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACAT
** ** * ** * * * * * ***
1406272 C-CTTTCGGGAAAGGTTTTAACCAAAAAAGAATAAGATTTTGATTTAAAATTTT
128 CAAGTT-ATGATACATTTTAA-GAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* * * * * * * *
1406325 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTGAGAGTGAGAAACACAGCTTTTAGATGGCATGAT
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTATA-A-CGCATGAC
* * ** * * ** * *
1406390 TGTC-TAAATATAGACTTTTCTTACCAAT-AGAT-GACATCTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAAC
64 TGACTTAAA-ATAGACTTTTCGTGTCAATGA-ATAG-CATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAAC
* * * * ** * * * * *
1406452 ACCCAA-TTATGGTAGATCTTCACCAAAATTGAAAAGGATTTTGATTTAAAATCAT
126 A-TCAAGTTATGATACAT-TTTAAGAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* * * * ** * * * *
1406507 TTAAAAGATTATAAATGGATTAATATGC-TTTGAGAGTGAGAAACAAAGCTTGCAATGTTATCAT
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTT-AAAGTGAAAAACAAAGCCTATAACG-CATGAC
* * * * * * * * * *
1406571 TGAATTAAAATTGACTTTTCATGCCAAAGGATGGCATTCT-CTTCATACTTT-CGAATGCAAATA
64 TGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATT-TACTTCACA-TTTCCCAATGCAAACA
* * * ** * *
1406634 TGCAA-TTATGATA-AGTTTTCACAAAAA-CAAAAATGATTTTGTTTTAAAATCAT
127 T-CAAGTTATGATACA-TTTTAAGAAAAATGAAAAA-GATTTTAATCTAAAACCAT
* ** * * * *
1406687 TTATAAGGTTAGGAATGGATTAATATCCATTTAAAGTGAAAAACAAA-ACTTTCAATAGCATGAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTAT-AA-CGCATGAC
* * * * * * * * * * *
1406751 TAAATTAAAATTGACTTTTCCTATAAATGGATGGCATTTGCTTCATGA-TT-CCAATGCAAATAT
64 TGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCA-CATTTCCCAATGCAAACAT
* * ** * * * * *
1406814 CCAA-TTATGATCCGTTTTATCCAAAAAT-AAAAA-ATGTCAATTTAAAATCGT
128 -CAAGTTATGATACATTTTA-AGAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
*
1406865 TTAGAATG-TTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTATAACGCATGAC
1 TTATAA-GATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTATAACGCATGAC
* * *
1406929 TGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCACTGGATAGCATTTGCTTCACATTTCCCAATGCAAACATC
64 TGACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACATC
** * *
1406994 AAGTTATGATAGGTTTTAATGAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAACCAT
129 AAGTTATGATACATTTTAA-GAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* * *
1407046 TTATAAGTTTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAG-CTTTCAATCGCATGAC
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTAT-AA-CGCATGAC
* * * * * * * *
1407110 TGACTTTAGAT-GACCTTTT-TTG-CAATGAATGGCATTTACTTCGCATTTTCCAATGTAAATAT
64 TGACTTAAAATAGA-CTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACA-
* * * *
1407172 TCAA-TTTTGATACATTTTAA-AAAAATTAAAAATATTTTAATCTAAATCCAT
127 TCAAGTTATGATACATTTTAAGAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
* *
1407223 TTATAAGATTATAAATAGATTAATATATCATTTAAAG
1 TTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAG
1407260 CCAAAAAAAA
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 219, Indels: 119
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 51 0.05
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180 168 0.16
181 172 0.17
182 254 0.25
183 17 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (179 bp):
TTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCCTATAACGCATGACTG
ACTTAAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCATTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAA
GTTATGATACATTTTAAGAAAAATGAAAAAGATTTTAATCTAAAACCAT
Found at i:1409766 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 1408054--1410456 Score: 1249
Period size: 361 Copynumber: 6.7 Consensus size: 355
1408044 TCTTAATGGG
* ** **
1408054 AACATCTAATCATGAT-AGCTTTTAATGAAAATGAAAAAGATTTTGATCTAAAATCATTTATAAG
1 AACATCTAATTATGATAAG-TTTTAACCAAAA-GAAAAAGATTTCAAT-TAAAATCATTTATAAG
* ** * * * * * * **
1408118 ATTCTAAATGGATTAATATATTATTT-AGGCTAAGGAACAAAGCTTTTAATAGCATGATTGCCTT
63 ATTATAAATGGATTAATAT-GCATTTAAAGC-GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATT
* * * * * * * *
1408182 AAAATTGAC--TTC-T-T-TATGGATGACATCTGCTTCACATTTCCCAAT--AAACATCCACTCA
126 AAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCATC-ACTT-TCATTTTCCAATGCAAACATCCAATTA
* * ** *
1408240 TGATAGGCTTTAACTAAAAACGAATAAGATTTTGA-TTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGA
189 TGATAGGTTTTAACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGA
* * * * * * * * ** *
1408304 TCAATAT-GCATTGT-AAGCGAGAAAG-AAAGCTTTTGATGGCATGATTATCTTAAAATTAATTT
254 TTAATATATC-TTTTAAAGC-AAAAAGTAAA-CCTTTGATGGCATGACTAACATAAAATGGACTT
* * * *
1408366 TTCTTGTCAATGGATAGCATTCGCGTCA-TGTTTTCGAAAGCA
316 TTCTTGACAATAGAT-GCATTCGCTTCACT-TTTTC-AATGCA
** * * * * * *
1408408 ATTACCCAATTATGATAAGCTTTAACCACAATCG-AAAAGATTTCAATTTAAATCATTTATAAGC
1 AACATCTAATTATGATAAGTTTTAACCA-AA-AGAAAAAGATTTCAATTAAAATCATTTATAAGA
* ** * * * * * ** * * *
1408472 TTTTATGTGGATCAATTTGTCATCTAAAGTGAGAGACAAAGCTTTTGATGCCGTGACTGATTTAA
64 TTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATTAA
* * * ** * * * *
1408537 AATTGACTTTT-GTTTCAATGCTTTGCATTCAC-TTCATATTTACTAATGCAAACATGCAATTTT
128 AATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCA-TCACTTTCAT-TTT-CCAATGCAAACATCCAATTAT
* * * * * * * *
1408600 GATAGATTTTCA-GCAAAATGAAAAATGATTTTGATTAAAAATCATTTATAATATTGTAAATAGA
190 GATAGGTTTTAACGAAAAAT-AAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGA
* * ** * ** * * * * * *
1408664 TTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAG-CCACACTTTTATGGCATAATTGAA-TTAAAAT-AAATAT
254 TTAATATATCTTTTAAAGCAAAAAGTAAAC-CTTTGATGGCATGACT-AACATAAAATGGACT-T
* * * * * *
1408726 TTCATGTCAATGGATGACA-TCTGCATCACGTTTCCTAATG-A
316 TTCTTGACAATAGATG-CATTC-GCTTCACTTTTTC-AATGCA
* * * * * * *
1408767 AACATAC-AATTATGATAAGTTTTAACTAAAAACAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATCTAAAA
1 AACAT-CTAATTATGATAAGTTTTAAC-CAAAA-GAAAAAGA-TTTCAATTAAAATCATTTATAA
* * * * * ** * *
1408831 GATTATGAATGAATTCACATGTCATTTAAA-CTGAAAAACAAAGCTTTTGATGGCATGATTCAAT
62 GATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGC-GAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAAT
** * * * * * *
1408895 TAAAATTTAATTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTCGCATATGTT--AATGCAAACAACC-A
125 TAAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCAT-CACTT-TCAT-T-TTCCAATGCAAACATCCAA
* * * * * * *
1408957 TATATTATAGATTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTACAATATTAAAAA
186 T-TATGATAGGTTTTAACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * * * * * * * ** *
1409022 TGGATTAA-AGTGTCATGTAAAGTGAGAAA-CAAA-GTTTCCAATGGCACAAATAACATAAAATG
250 TGGATTAATA-TATCTTTTAAAG-CAAAAAGTAAACCTTT--GATGGCATGACTAACATAAAATG
* * * *
1409084 GACTTCTT-TTGTCAATAAATGGCATTCACTTCACATTTCTCAATGCA
311 GACTT-TTCTTGACAATAGAT-GCATTCGCTTCAC-TTTTTCAATGCA
* * * *
1409131 AACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAAGAAAAAAGATTTCATTTTAAAATCATTTATATG
1 AACATCTAATTATGATAAGTTTT-AACCAAAAG-AAAAAGATTTCA-ATTAAAATCATTTATAAG
* * * * ** * *
1409196 GTTATAAATTGATTAATAT-CTATCTAAAGCGAAAAACAAATATTTCAATGGCTTGACTAAATTA
63 ATTATAAATGGATTAATATGC-ATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * * *
1409260 AAATTA-ACTTTTCCTATCAATGGATGACATC-CGTTTCATTATTCCAGTGCAAACATCCAAATA
127 AAA-TAGACTTTTCATATCAATGGATGGCATCAC-TTTCATT-TTCCAATGCAAACATCCAATTA
* *
1409323 TGATAGGTTTTATCGAAAAATAAAAAAGATGTTGATTTAAAATCATTTAT-AGCATTATAAATGG
189 TGATAGGTTTTAACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAG-ATTATAAATGG
* ** *
1409387 ATTAATA-AGTCATTTAAAGCAAAACTTAAACCTTTTATTGGCATGACTAACATAAAATGGACTT
253 ATTAATATA-TCTTTTAAAGCAAAAAGTAAACCTTTGA-TGGCATGACTAACATAAAATGGACTT
* *
1409451 TTCTTGACAACAGATGCCATTCGTTTCACTTTTTCGAATGCA
316 TTCTTGACAATAGATG-CATTCGCTTCACTTTTTC-AATGCA
** * * * *
1409493 AACATCTAGCTATCATAGGTTTTAACCAAAATGAAAAAGATTTCAATCTAAAATCATTAATAAGT
1 AACATCTAATTATGATAAGTTTTAACCAAAA-GAAAAAGATTTCAAT-TAAAATCATTTATAAGA
* *
1409558 TTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGGCTGAATTAAA
64 TTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATTAAA
* *
1409623 ATAGATTTTTCATATCAATGGATGGCATCTACTTTACATTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGA
129 ATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCATC-ACTTT-CATTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGA
* * *
1409688 TAGGTTTTAAAC-AAAAATAAAAAATATTTTGATTTAAACT-ATTTATAAGATTATAAATGGTTT
192 TAGGTTTT-AACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATT
* * * * *
1409751 AATATATCTTTTAAAGTGAAAAAGTAAGCCTTTGATGGCATGACTCACTTAAAATGGATTTTTC-
256 AATATATCTTTTAAAG-CAAAAAGTAAACCTTTGATGGCATGACTAACATAAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
1409815 TAATCATTGGAAAGCATTCGCTTCA-TGTTTGCTAATACA
320 TGA-CAATAG-ATGCATTCGCTTCACT-TTTTC-AATGCA
* * * * **
1409854 AACATGTAATTATGATAATTTTTAACTAAAACAAAAA-ATTTTTGATTGAAAAT-AGTTTATAAG
1 AACATCTAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAGAAAAAGA-TTTCAATT-AAAATCA-TTTATAAG
* * * * * * * **
1409917 ATTGTAAGTGGATTAATATGTCACTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCGATGCCATGATTGTCTTA
63 ATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATTA
* * ** *
1409982 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCACTTCTCATTTTTTAATGCAAACATCCAATTCT
127 AAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCAT-CACTT-TCATTTTCCAATGCAAACATCCAATTAT
* * * * * * **
1410047 GATAGGTTTTAGCTAAAAACAAAAAAGACTTTGATTTAAAATCACTTGTATTATTATAAATGGAT
190 GATAGGTTTTAACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGAT
* ** * * * * *
1410112 TAATATA-CTTTTCAAGCGGGAAA-CAAAGCTTTCGATGCCATGATTGAA-TTAAAATGGACTTT
255 TAATATATCTTTTAAAGC-AAAAAGTAAACCTTT-GATGGCATGACT-AACATAAAATGGACTTT
* * * * * * * *
1410174 TATTGTCAATGGATGGAATCTGCTTCA-TGTTTCCCCATGAA
317 TCTTGACAATAGATGCATTC-GCTTCACT-TTT-TCAATGCA
* * * * *
1410215 AACATGC-AATTATGATAAGTTTTAAACAAAA-AAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTAAAAGA
1 AACAT-CTAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAGAAAAAGA-TTTCAATTAAAATCATTTATAAGA
* * * * ** * ** *
1410278 TTATGAACGGATTAATATGTCATTTAAAGTGACAAATGAAGATTTCAATGGCACAACT-AATGTT
64 TTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAAT-TA
* * * * * * * * *
1410342 GAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACATTAGCTTT-ATGTTTCCTAATACAAATATCAAATTA
127 AAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCATCA-CTTTCAT-TTTCC-AATGCAAACATCCAATTA
* * ***
1410406 TGATATGTTTTAAAC-AAAAACAAAAAA-AAACTGATTTAAAATCATTTATAA
189 TGATAGGTTTT-AACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAA
1410457 AATCGTATGA
Statistics
Matches: 1575, Mismatches: 368, Indels: 207
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 63 0.04
354 30 0.02
355 11 0.01
356 4 0.00
357 11 0.01
358 8 0.01
359 87 0.06
360 281 0.18
361 529 0.34
362 351 0.22
363 117 0.07
364 78 0.05
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (355 bp):
AACATCTAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAGAAAAAGATTTCAATTAAAATCATTTATAAGATT
ATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAATTAAAAT
AGACTTTTCATATCAATGGATGGCATCACTTTCATTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG
TTTTAACGAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
ATCTTTTAAAGCAAAAAGTAAACCTTTGATGGCATGACTAACATAAAATGGACTTTTCTTGACAA
TAGATGCATTCGCTTCACTTTTTCAATGCA
Found at i:1410875 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1410565--1410917 Score: 390
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
1410555 AACAAAAATG
* *
1410565 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGAGTAATATGTTAAATAAAGCGAGGAACAA
1 ATTTTGATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGGAGTAATATG-TAAATAAAGCGAAGAACAA
* * * * * **
1410630 AGCTTTTAATGGCATGACTGAATAAAAATGACTTTTCTTGTTACTGGATGGTGTCTAGTTCATGT
65 AGCTTTCAATAGCATAACTGAATAAAAATGACTTTTCTTGTTAATGGAGGGCATCTAGTTCATGT
** * * * *
1410695 TGCCCAATGCAAACATCTAGTCATGATAGGTTTTAACTAAAAATGTAGACA
130 TGAACAAAGCAAACATCCAATCATGATAGGTTTTAACCAAAAATGTAGACA
* * *
1410746 ATTTTGATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTGAAAGC-AAGAAGCA
1 ATTTTGATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGGAGTAATATGTAAAT-AAAGCGAAGAA-CA
* ** * *
1410809 AAGCTTTCAATAGCATAATTGTCTTAAAATGCACTTTTCTT-TTCAATGGAGGGCAT-TCGCTTC
64 AAGCTTTCAATAGCATAACTGAATAAAAATG-ACTTTTCTTGTT-AATGGAGGGCATCTAG-TTC
* * *
1410872 ATGTTTAACAAAGCAAACATCCAATTATGATAGTTTTTAACCAAAA
126 ATGTTGAACAAAGCAAACATCCAATCATGATAGGTTTTAACCAAAA
1410918 GCGAAAAAGA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 26, Indels: 10
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.04
180 35 0.25
181 100 0.71
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTGATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGGAGTAATATGTAAATAAAGCGAAGAACAAA
GCTTTCAATAGCATAACTGAATAAAAATGACTTTTCTTGTTAATGGAGGGCATCTAGTTCATGTT
GAACAAAGCAAACATCCAATCATGATAGGTTTTAACCAAAAATGTAGACA
Found at i:1411965 original size:351 final size:356
Alignment explanation
Indices: 1411264--1412120 Score: 798
Period size: 351 Copynumber: 2.4 Consensus size: 356
1411254 TAAAACTATC
* *
1411264 ATAAGTTTTAATC--AAA-AAAAAA-AT-TTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGCAT
1 ATAAGTTTTAAACAAAAATAAAAAAGATATTC-ATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAAT--A-
* * * * * * * * *
1411324 TATTAATATGCATTTAAA-CTAAGAAATAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATTAAAATTGCCTG
62 GATCAATATCCATATAAAGCGAA-AAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAATT-AAATTGACTT
* *
1411388 TTCTTGTCAATGGATAGCATCCGCTTAATGTATCCCAATGCAAACATCCACATATGATAGATTTT
125 TTCTTATCAATGGATAGCATCCGCTTAATGTATCCCAATGCAAACATCCACATATGATAGATTTC
** * *
1411453 AACCAAATCCAAAAAAGATTTTGATTTAAATCATTTCAAAGATTATAAATGGATTAATATGTCAT
190 AACCAAAAACAAAAAAGATGTTGATTTAAA-CA-TTC--A-ATTATAAATGGATTAATATGCCAT
**
1411518 GTAAAGTGAGAAACAAAGCTTCCAATGGCACAAATAACGTAAAATAGACTTCTCTTATCAATGGA
250 GTAAAGTGAGAAACAAAGCTTCCAATGGCACAAATAACGTAAAATAGACTTCTCTTATCAACAGA
1411583 TGGAATGCATTTCACATTTCTCAATGCAAACATCTAATTATG
315 TGGAATGCATTTCACATTTCTCAATGCAAACATCTAATTATG
* * * * *
1411625 AT-GGTTTTAAATAAAAA-ACAAGAAAGAT-TTCATTTTAAAATTATTTATAAGGTTATAAATGG
1 ATAAGTTTTAAACAAAAATA-AA-AAAGATATTCA-TTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATAG
* * * * * *
1411687 ATTAATTTCCATATAAAGTGAAAAACATAGCTTTCGATGGCATGACTGAAATAAATTGGCTTTTC
63 ATCAATATCCATATAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAATTAAATTGACTTTTC
* * * * *
1411752 TTATCAATGGATAGCATCCGCTTCATG-ATTCCAATGTAAACATCCA-ATTATGATAGGTTTCAT
128 TTATCAATGGATAGCATCCGCTTAATGTATCCCAATGCAAACATCCACA-TATGATAGATTTCAA
* * *
1411815 CCAAAAACAAAAAAGATGTTGATTTAGA-A-TC-ATT-TAAATGGATTTATATGCCATTTAAAGT
192 CCAAAAACAAAAAAGATGTTGATTTAAACATTCAATTATAAATGGATTAATATGCCATGTAAAGT
* ** ** * * * * * * *
1411876 GA-ACAACAAAGGTTTTAATGGCATGACTGAA-TTAAAATGGACTTTTCTTCTCAGCAGATGGCA
257 GAGA-AACAAAGCTTCCAATGGCACAAAT-AACGTAAAATAGACTTCTCTTATCAACAGATGGAA
* * *** *
1411939 TTCGTTTCGTGTTTC-CTAATGCAAACATCTAGTTATG
320 TGCATTTCACATTTCTC-AATGCAAACATCTAATTATG
* * *
1411976 ATAAGTTTTAACCAAAAATAAAAAATATATTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATAGATC
1 ATAAGTTTTAAACAAAAATAAAAAAGATATTCATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATAGATC
* * * * * **
1412041 AATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCATAACT-AACTTAAATAAACTTTTCTT
66 AATATCCATATAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAA-TTAAATTGACTTTTCTT
* *
1412105 CTCAATGGATGGCATC
130 ATCAATGGATAGCATC
1412121 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 75, Indels: 40
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 4 0.01
351 195 0.48
352 22 0.05
353 1 0.00
356 2 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 60 0.15
361 38 0.09
362 44 0.11
363 4 0.01
364 4 0.01
365 30 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (356 bp):
ATAAGTTTTAAACAAAAATAAAAAAGATATTCATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATAGATC
AATATCCATATAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCATGACTGAATTAAATTGACTTTTCTTA
TCAATGGATAGCATCCGCTTAATGTATCCCAATGCAAACATCCACATATGATAGATTTCAACCAA
AAACAAAAAAGATGTTGATTTAAACATTCAATTATAAATGGATTAATATGCCATGTAAAGTGAGA
AACAAAGCTTCCAATGGCACAAATAACGTAAAATAGACTTCTCTTATCAACAGATGGAATGCATT
TCACATTTCTCAATGCAAACATCTAATTATG
Found at i:1412011 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1411680--1412022 Score: 398
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
1411670 TATAAGGTTA
* * * *
1411680 TAAATGGATTAATTTCCATATAAAGTGAAAAACATAGCTTTCGATGGCATGACTGAAATAAATTG
1 TAAATGGATTAATTGCCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAAATAAAATG
** * *
1411745 GCTTTTCTTATCAATGGATAGCATCCGCTTCATGATTCCAATGTAAACATCCAATTATGATAGGT
66 GCTTTTCTTATCAACAGATAGCATCCGCTTCATGATTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGT
* * *
1411810 TTCATCCAAAAACAAAAAAGATGTTGATTTAGAATCATT
131 TTCAACCAAAAACAAAAAAGATATTGATTTAAAATCATT
* * * * * *
1411849 TAAATGGATTTATATGCCATTTAAAGTGAACAACAAAGGTTTTAATGGCATGACTGAATTAAAAT
1 TAAATGGATTAAT-TGCCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
1411914 GGACTTTTCTTCTCAGCAGATGGCATTCGTTTCGTGTTTCCTAATGCAAACATCTAGTTATGATA
65 GG-CTTTTCTTATCAACAGATAGCATCCGCTTCATGATTCC-AATGCAAACATCCAATTATGATA
* * *
1411979 AGTTTTAACCAAAAATAAAAAATATATTGATTTAAAATCATT
128 AGTTTCAACCAAAAACAAAAAAGATATTGATTTAAAATCATT
1412021 TA
1 TA
1412023 TAAGCTTATA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 29, Indels: 3
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.08
170 44 0.31
171 29 0.20
172 57 0.40
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGGATTAATTGCCATATAAAGTGAAAAACAAAGCTTTCAATGGCATGACTGAAATAAAATG
GCTTTTCTTATCAACAGATAGCATCCGCTTCATGATTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGT
TTCAACCAAAAACAAAAAAGATATTGATTTAAAATCATT
Found at i:1412259 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1412221--1412269 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
1412211 ACGAGGGGCG
*
1412221 AAAAAAATA-TTTTTGAAT
1 AAAATAATATTTTTTGAAT
1412239 AAAATAATATTTTTGTGAAT
1 AAAATAATATTTTT-TGAAT
1412259 AAAATAATATT
1 AAAATAATATT
1412270 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.29
19 4 0.14
20 16 0.57
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATATTTTTTGAAT
Found at i:1417599 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1416144--1417988 Score: 1179
Period size: 182 Copynumber: 10.3 Consensus size: 181
1416134 CTGCTTCACA
* * ** * *
1416144 TTTCCTAATGCAAACAACCAATTATGATAGGTTATAAGTAAAAACAAAATAGATTTTGATCTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAA-AGATTTCGATTTAAA
* * * * * *
1416209 ATCCTTTATAAGATTATATATGGATTAATATATCATTGAAAGTG-AAAACGAAAGCTTTCAATGG
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAAC-AAAGCTTTCGATGG
* * * * * *
1416273 AATGAC-ACACTTAAAATGGACTTTTCCTTGGCAATGGATGGCATCCATTTTACG
129 CATGACTA-TCTTAAAATGGACTTTT-CTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * * * * *
1416327 TTTCCTAATACAAACAACCAATTATGATA-GTTTTAACTAAAAATGAAAAAGTTTTTGACTGAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-CAAAAAGATTTCGATTTAAA
* * ** * * * * *
1416391 ATAATTTATAAGATTATAAGTGGATTAATATGTCATTTGTAGTGATAAACAAAGCTTTTGTTAGC
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGC
* * * * * * *
1416456 ATGACTACCTTAAAATAGACTTTTCTTCTAAATGGATGGTATTCTCTTCATG
130 ATGACTATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * * * *
1416508 TTCCCCATTGCCAACATCCAATTATGATAGG-TTTGA--AACAA-AAAAA-A-TT-GATTTAAAT
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAGATTTCGATTTAAAA
* * ** * ** *
1416566 TCATTTATGAGATTATAAATGGTTTAATATGTCATTCGAAGCGATAAACAAAGCTTTTAATGGGA
66 TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCA
* * * * * *** * * * **
1416631 TGAGTGAAC-TAAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATCATATTCGCTTGACA
131 TGACT-ATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * * *
1416682 TTTCCTAATCCAAACATCAAATTACGATAAGTTTTAACC-AAAACGAGAAAGATTTTGATTTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAC-AAAAAGATTTCGATTTAAA
* * * * ** * * ** *
1416746 ATCATTTATAAGTTTATAAAAGGACTAATATGTAATAAAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTAAAGGC
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGC
* * * * * * *
1416811 ATGATTGA-CTCAAAATGAACATTTCTTGTCAATGGAT-GCTTCCATTTCATT
130 ATGACT-ATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * * * *
1416862 TTTCCCAATGTAAAAATCCAATCATGATAGGTTTAAACCAAAAACAAATAAGATTACGATGTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAA-AAGATTTCGATTTAAA
* * * * * * *
1416927 ATCTTTTATAAGATTATAAATGGAGTAATGTG-CATTGAAAGTGAGAAACAAAGC-TTCGATGCC
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGC
* * * * * *
1416990 TCTG-CTGAT-TTAAAATTGAATTTT-TTGTTAATGGATTGCATTCACTTCATG
130 -ATGACT-ATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * ** *
1417041 GTTCC-AATGCAAA-ATGCAATTATGATAGATTTCCACCAAAAACAAAAATGATTTCAATTTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAA-GATTTCGATTTAAA
* * * * ** *
1417104 ATCATTCATTAGATTATAAATAGATTAATATGTCATTTAAAGC-AAGAAAGAAAATTTTTGATGG
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAA-AAACAAAGCTTTCGATGG
* * * * * * *
1417168 CATGATTGA-ATTAAAAAGGACTTTTTTTGTCAA--G--GG-AT-TACGTC-GG
129 CATGACT-ATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * ** *
1417214 TTTCCCAATGGAAACATACAACTATGATAAATTTTAACCAAAAACAAAAACGATTTCAATTTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAA-GATTTCGATTTAAA
* *
1417279 ATCATTTAGAAGATTAT-AA---ATTAATATG-CATTTAAA-CTGAGAAACAAAGCTTTCGATGG
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGC-GAAAAACAAAGCTTTCGATGG
* * ** * *** *
1417338 CATGACTAACCTAAAACAGACTTTTGTTGTCAATGGATGGCATCTGTTTCACG
129 CATGACTATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* *
1417391 TATCGC-AAT-CTAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAATAACACAAAAGATTTCGATTTA
1 TTTC-CTAATGC-AAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACA-AAAAGATTTCGATTTA
* * *
1417454 AAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGCGAAAAAGAAAGCTCTCGATG
63 AAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATG
** * * *
1417519 GCACAACCT-TCTTAAAATGGATTTTTTTTGTTAATGGATGGCATCCACTTCATG
128 GCATGA-CTATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
* * * * * * ** *
1417573 TTTCCTAATGCAAACATGCGATTATGATAGTTTTTAACTAAAAAGCAAAATGGTTTTTTATTGAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-CAAAA-AGATTTCGATTTAA
* * * * * *
1417638 AATCATTTATAAGATCATAAGTGGATTAATATGTCATTTGAATC-AAGAAACAAAGTTTTTGATG
64 AATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAA-AAACAAAGCTTTCGATG
*** * ** * * *
1417702 GTGGGACTATATTTGAATGGATTTTTCTTATCAACGGATGGCATCCACTTGACAT-
128 GCATGACTATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTT--CATG
* * * * ** * *
1417757 TCTCC-AATGTAAATATCCAATTGTGATAGGTTTTAATTAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAA
1 TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-CAAAAAGATTTCGATTTAAA
* * ** ** * * * *
1417821 ATCATTTAAAAGATTATAAAGGGATTGGTATGTCATTTAAAGTTAGAAACAAAACTTTTGATGGA
65 ATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGC
* * * *
1417886 ATAATTGA-ATTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-CAGCTTCATG
130 ATGACT-ATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCA-CTTCATG
* ** ** *
1417938 TTTTCC-AATGAAAACATATAGCTATGATAAGTTTTTAACCAAAAACAAAAA
1 -TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGAT-AGGTTTTAACCAAAAACAAAAA
1417989 CATACATAAC
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 312, Indels: 125
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 47 0.04
171 10 0.01
172 1 0.00
173 5 0.00
174 135 0.10
175 70 0.05
176 9 0.01
177 137 0.11
178 46 0.04
179 59 0.05
180 70 0.05
181 189 0.15
182 311 0.24
183 190 0.15
184 4 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (181 bp):
TTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAGATTTCGATTTAAAA
TCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTCGATGGCA
TGACTATCTTAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCATG
Found at i:1419097 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 1418403--1419269 Score: 828
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
1418393 TTCTTTTGTT
* * * * * *
1418403 AATGGATGGCATCTAGTTGACATTTCCTAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAAATCAAAA
1 AATGGATGACATCTACTTCATAGTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAAA-C--AA
* * * *
1418468 AAGC-AAAGTATTTTGATTTAAAATCATTTATCAGATTATAAATGGATT-ACCTTACATCTAAAT
63 AAGCAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAACATTACATCTAAAG
** * ** * * *
1418531 TGATAAACAAAACTTTTGATAACATGATTGTCTTAAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGGATGATAT
128 CAAAAAACAAAACTTTTGATAACAACATTGACTTAAAATAGACTTATCTTGTTAGTGGATGATAT
* * * *
1418596 CTGTTTCACGTTTCCCAAAGTAAACATCCTATTATGATACATTTTAACTAAAAGCAAAAATGATT
193 CTGCTTCACGTTTCCCAAAGCAAACATCCTATTATGATACATTTTAACTAAAAACAAAAAAGATT
** * * * * * * * * *
1418661 TCAATTTAAAATGATTTATAAGTTTATGATTGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACAAAAT
258 TCAATCGAAAATCATTGATAAGATTATAAGTCGATCAATATGTCAGTTAAAGCAAGAAACAAAAT
* *** *
1418726 TTTCGATGGCGCGACT-AACTAAAAGTGACTTTCCTTGTC
323 TTTCGATGGCGCAACTGAACTAAAACAAACTTTCCTTATC
* * *
1418765 AATGGATTG-CATCTGCTTCA-CGTTCCCAATGCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAAACAAA
1 AATGGA-TGACATCTACTTCATAGTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG-TTTAAACAAA
** *
1418828 AGCAAAAATATTTTCTTTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAACATATA-ATTTAAAG
64 AGCAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAACAT-TACATCTAAAG
1418892 CAAAAAACAAAACTTTTGATGGAACAACA-T-ACTTAAAATAGACTTATCTTGTTAGTGGATG-T
128 CAAAAAACAAAACTTTTGAT--AACAACATTGACTTAAAATAGACTTATCTTGTTAGTGGATGAT
* * * * * *
1418954 CATTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAACATCC-ACTTATGATA-GTTTATAACTAAAAACAAAAA
191 -ATCTGCTTCACGTTTCCCAAAGCAAACATCCTA-TTATGATACATTT-TAACTAAAAACAAAAA
* *
1419017 AGTTTTCAATCGAAAATCATTGATAAGATTATAAGTCGATTAATATG-CTAGTTAAAGCAAGAAA
253 AGATTTCAATCGAAAATCATTGATAAGATTATAAGTCGATCAATATGTC-AGTTAAAGCAAGAAA
*** * ** *
1419081 CAGGGCTTTT-GATGGCGTAACTGTCCTAAAACAAACTTTTCTTATC
317 CA-AAATTTTCGATGGCGCAACTGAACTAAAACAAACTTTCCTTATC
* * ** * *
1419127 AATGGATGACATTTACTTCATATTTTTCAATGCAAGCATCCAATTACGATAGGATTTAAACAATA
1 AATGGATGACATCTACTTCATAGTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG-TTTAAACAA-A
* * * * * *
1419192 A-AAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTCATAAGATTATAAATGTATTAATA-TGCATCTAAAGC
64 AGCAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAACATTACATCTAAAGC
* * *
1419255 GAGAAACAAAGCTTT
129 AAAAAACAAAACTTT
1419270 CAATGGCATG
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 79, Indels: 34
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 6 0.01
360 46 0.11
361 193 0.47
362 78 0.19
363 84 0.21
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (362 bp):
AATGGATGACATCTACTTCATAGTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAAACAAAAG
CAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAACATTACATCTAAAGCAA
AAAACAAAACTTTTGATAACAACATTGACTTAAAATAGACTTATCTTGTTAGTGGATGATATCTG
CTTCACGTTTCCCAAAGCAAACATCCTATTATGATACATTTTAACTAAAAACAAAAAAGATTTCA
ATCGAAAATCATTGATAAGATTATAAGTCGATCAATATGTCAGTTAAAGCAAGAAACAAAATTTT
CGATGGCGCAACTGAACTAAAACAAACTTTCCTTATC
Found at i:1419242 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1418791--1419269 Score: 432
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
1418781 TTCACGTTCC
* * **
1418791 CAATGCAAACAACCAATTATGATAGGTTTTAAACAAAAGC-AAAAATATTTTCTTTTAAAATCAT
1 CAATGCAAACATCCAATTATGATAGG-TTTAAACAAAA-CAAAAAAGATTTTAATTTAAAATCAT
* * * *
1418855 TTATAAGATTATAAATGGATTAACAT-ATAATTTAAAGCAAAAAACAAAACTTTTGATGGAACAA
64 TCATAAGATTATAAAT-GATTAATATGCT-A-TTAAAGCAAGAAACAAAACTTTTGATGGAACAA
* * * * * * * *
1418919 CATACTTAAAATAGACTTATCTTGTTAGTGGATGTCATTTGCTTCATGTTTT
126 CATACCTAAAACAAACTTATCTTATCAATGGATGACATTTACTTCATGTTTT
* **
1418971 CTAATGCAAACATCCACTTATGATA-GTTTATAACTAAAAACAAAAAAG-TTTTCAATCGAAAAT
1 C-AATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTA-AAC--AAAACAAAAAAGATTTT-AATTTAAAAT
* * *** ***
1419034 CATTGATAAGATTATAAGTCGATTAATATGCTAGTTAAAGCAAGAAACAGGGCTTTTGATGGCGT
61 CATTCATAAGATTATAAAT-GATTAATATGCTA-TTAAAGCAAGAAACAAAACTTTTGATGGAAC
* * *
1419099 AAC-TGTCCTAAAACAAACTTTTCTTATCAATGGATGACATTTACTTCATATTTTT
124 AACAT-ACCTAAAACAAACTTATCTTATCAATGGATGACATTTACTTCAT-GTTTT
* * *
1419154 CAATGCAAGCATCCAATTACGATAGGATTTAAACAATAA-AAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
1 CAATGCAAACATCCAATTATGATAGG-TTTAAACAA-AACAAAAAAGATTTTAATTTAAAATCAT
* *
1419218 TCATAAGATTATAAATGTATTAATATGC-ATCTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
64 TCATAAGATTATAAATG-ATTAATATGCTAT-TAAAGCAAGAAACAAAACTTT
1419270 CAATGGCATG
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 42, Indels: 30
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.02
180 25 0.10
181 70 0.29
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183 10 0.04
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (177 bp):
CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAAACAAAACAAAAAAGATTTTAATTTAAAATCATTC
ATAAGATTATAAATGATTAATATGCTATTAAAGCAAGAAACAAAACTTTTGATGGAACAACATAC
CTAAAACAAACTTATCTTATCAATGGATGACATTTACTTCATGTTTT
Found at i:1420530 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 177
1419358 AAGATTTTAG
* ** ** * *
1419368 TTTAAAATCATTTATAATATTGCAAATAAATCAATATGTCATTTAAAGTGAAAAACAAAGCTTTC
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * * * * * *
1419433 GATGCCATGATTGAATTAAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCA-TCCGCTTCATGTTTCCT
66 AATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGAT-GCACT-AGCTTCACGTTTCCC
* ** * * *
1419497 AATGAAAACATTTAGTTATGATA-ATTGTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAA
129 AATGCAAACATCCAATTATG-TAGGTT-TT-A-AAAAAA-AAAAATGATTTCAA
* *
1419550 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT-ACATTTAAAGTGAGGAACAAAGCTTTC
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTC
* ** * ** * ** * *
1419614 GATGGCATGACCCACTTAAAATGGACTTTTCTTACCAATAGAGGGTGTTC-A-TTTCATGTTTCC
66 AATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAAT---GGATGCACTAGCTTCACGTTTCC
* * *
1419677 TAATCCATACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCCAAACAAAAAAA-G-TTTCAA
128 CAATGCAAACATCCAATTATG-TAGGTTTTAA---AAA-AAAAAAATGATTTCAA
* * * * **
1419730 TTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATTGATTAACATATCATTTTTAGTGA-AAAGTC-AAGCTT
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAA--CAAAGCTT
* * * *** * * *
1419793 TCAATAGCATGACTGACTTACAAT-G-CTTTTTTTGGCCAATAGATG-ACATCAGCTTCACATAT
64 TCAATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTT-ATTAATGGATGCAC-T-AGCTTCACGTTT
* * * * ** * ** *
1419855 CCTAATGTAAACATCCGCATAAAATAGATTTTAACCAATAATGAAAATTATTTCAA
126 CCCAATGCAAACATCC-AATTATGTAGGTTTTAA--AA-AAAAAAAATGATTTCAA
* *
1419911 TTTAAAATC-TTTAAAAAGATTATGAATGGATT-ATAATGTCATTTAAAGCTG-GAAACAAAGC-
1 TTTAAAATCATTT-ATAAGATTATAAATGGATTAAT-ATGTCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCT
** * * * * * * *
1419972 TTCTAATGGCACAAAT-AATGTAAAATGGACTTTTCTTATTGATGGATGGCATCCA-TTTCACCT
63 TTC-AATGGCATGACTGACT-TAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGAT-GCA-CTAGCTTCACGT
* ** ** * * *
1420035 TTCCCATTTTAATTATCCAGTTATTATAGGTTTTAAATAGAAACAAAATAGATTTCAA
124 TTCCCAATGCAAACATCCAATTA-TGTAGGTTTTAAA-A-AAAAAAAAT-GATTTCAA
* * *
1420093 TTTAAAATTATTTATAAGATTATGAATGGATTAATA--TCAATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTC-ATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT
* * * * * * * **
1420156 CAATAGCATGACTGACTTGAAATTGACTTTTCCTATTAGTGGATGC-CATCCGCTTCATGTTTTT
65 CAATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGCAC-T-AGCTTCACGTTTCC
* * * * * * *
1420220 TATTGCAAACATCTAAGTATGATAGGTGTTATCCAAAAACAAAAATGATTTCGA
128 CAATGCAAACATCCAATTATG-TAGGT-TT-T-AAAAAAAAAAAATGATTTCAA
* * * **
1420274 TTTGAAATCA-TTATTACATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAACTCTTTC
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTC
* * *
1420338 GATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAGTGGATAGCACTAGCTTCACATTTCCCA
66 AATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGAT-GCACTAGCTTCACGTTTCCCA
* *
1420403 ATGCAAACATCCATTTATAGTAGGTTTTAAAAAAGATGAAAATGATTTCAA
130 ATGCAAACATCCAATTAT-GTAGGTTTTAAAAAA-A-AAAAATGATTTCAA
* * *
1420454 TTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTC
* * * *
1420519 AATGGCATGACTGACTTAAAA-AGGACTTTT-TTTTTCAATGGACGAAAACT-GCTTGACGTTTC
66 AATGGCATGACTGACTTAAAATA-GACTTTTCTTATT-AATGGATG--CACTAGCTTCACGTTTC
* * * * * **
1420581 CCAAAGCAAGCATCTAATTATTGTAGCTTTTAAAAAAAACAAAAAAGATTTGGA
127 CCAATGCAAACATCCAATTA-TGTAGGTTTT-AAAAAAA-AAAAATGATTTCAA
** * * * * ** *
1420635 TTTAAAATCATTTGCAACATTATAAATGTATTAATATGTGATTAAAAGTGTTAAACAAAGTGTTT
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAG-CTTT
* * * * * * *
1420700 GC--TGGCATGACTAATTTAAGATAGACTTTTATTATCAATGGATGGCATCT-GCTGCAC-ATTC
65 -CAATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGAT-GCA-CTAGCTTCACGTTTC
* * * * * *
1420761 TCCAATGCAAACATTCAATGATAT-TTGGTTTTCATCAAATACAAGAACT-ATTTCGA
127 -CCAATGCAAACATCCAAT--TATGTAGGTTTT-A--AAA-AAAAAAAATGATTTCAA
* * * * *
1420817 TTGAAAATCATTAATAAGCTTATAAGTGGATTAGTATGTCATTTAAA
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAA
1420864 TAAAGTAAAA
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 229, Indels: 150
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 3 0.00
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (177 bp):
TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTC
AATGGCATGACTGACTTAAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGCACTAGCTTCACGTTTCCCAA
TGCAAACATCCAATTATGTAGGTTTTAAAAAAAAAAAATGATTTCAA
Found at i:1426086 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1425118--1426616 Score: 587
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 181
1425108 AATCAAAAAG
* * * ** * * * *
1425118 ATTATCAATGGATTAATACGTTAGTT-AAAGCAAGAAAAAAAGCTTACAATGGCATGAGTGACCT
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCA-TTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCT
* * * * * * * * * *
1425182 AAAATAGACTTCT-TTTGTCAATGGAT-TCATCTACTTCACGTCTCCTAATGG-AAACATGCAAA
65 TAAATGGACTT-TACTGGTCAATAGATGACATCTGCTTCATGTTTCCTAA-GGCAAACATAC-AA
* * * * *
1425244 TACA--ATAGATTTTAATAAAAAACAAAAA-AGA-TTTCAGTTTAAAATCATTTAAAAG
127 TA-ATGATAGA-TTTAA-CAAAAACAAAAATAGATTTTGA-TTCAAAATCATTTATAAC
* * * ** * ** * * **
1425299 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGGGAAATAAAGCTTTAAATGCCACAACTAATGTC
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCT-
* * * ** * * *
1425364 GAAATGTACTTCT-CTTGTCAAT-GAATGGTATTTGTTTCATGTTTCCTAATGCAAACA-ATCAA
65 TAAATGGACTT-TACTGGTCAATAG-ATGACATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATA-CAA
* * * * *
1425426 TTATCATA-AGCTTAACCAAAAACAAAAA-AGATTTTGATTTAAAATCATTT-TAAG
127 TAATGATAGA-TTTAA-CAAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
* * * * * ** *
1425480 ATTTTAAATGGGTTAATATG-CTTTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTTAATGGTC-TGACTGA--T
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGG-CATGATTGACCT
* * ** *** ** * * *
1425541 TCAAAATGGAGTTTTCTTATCAAT-GCATTG-CATCCATTTCACATATCCTAATGCAAACATCCA
65 T--AAATGGACTTTACTGGTCAATAG-A-TGACATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATACA
* * * * * * * * *
1425604 ATTATGGTAGGTTGTAA-ATAAGAACAAAGA-AGATTTCGATTTAAAACCAATTATAAG
126 ATAATGATAGATT-TAACA-AA-AACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
* * * *
1425661 ATTATAAATGGA-T--TA--T--TT-AAAGCGA-AAGACAAAGTTTTCGATGGCATGAGT-AACT
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAA-ACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCT
* ** * * ** *
1425716 TGAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCCACTTCATGTTTTCC-AAAGCAAACAT-CTAA
65 T-AAATGGACTTTACTGGTCAATAGATGACATCTGCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATAC-AA
* * * * *
1425779 TTATGATAGTTTTAAGGAAAACCAAAAATA-ATTTCT-ATTCAAAATCATTGATAAC
127 TAATGATAGATTTAA-CAAAAACAAAAATAGATTT-TGATTCAAAATCATTTATAAC
* * * * * *
1425834 ATTGTAAATGGATTAATATGTCATTTAAA-TCAGGAAAAAAAGCTTTTGATGGCATGATTGACTT
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGA-GAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCT
* * *
1425898 TAAATGGACTTT-CTTGTCAATGGATGACATCTGCTTC-TCGTTT-CTCAATGCAAACATACAAT
65 TAAATGGACTTTACTGGTCAATAGATGACATCTGCTTCAT-GTTTCCT-AAGGCAAACATACAAT
* ** * *
1425960 AATGATAAGATTTAGACAAAAACGACTA-AGATTTTGATTCAAAACCATTTATAAG
128 AATGAT-AGATTTA-ACAAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
*
1426015 ATTATAAATGGATTAATATG-CATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGTATGATTG-CCTT
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCTT
* * * *
1426078 ACAATGGACTTTACTGGTCAATAGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACTTCCAATTA
66 A-AATGGACTTTACTGGTCAATAGATGACATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATACAATAA
* *
1426143 TGATAGGTTTAACCAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
130 TGATAGATTTAACAAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
* * * * * * * * * * * ** *
1426195 ATCACAAGTGGATCAATATGTCATTGAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCAATGTCGTAACTGATGTA
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCTT
* * * ** * * * * *
1426260 AAATTGACTTTTCTTGTCAA-AGGATTCCATTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGCCATTA
66 AAATGGACTTTACTGGTCAATA-GATGACATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATACAATAA
* * * *
1426324 TGATAGAGTTTAACCAAAAATGAGAAA-A-ATTTAGATAT-AAAATCATTTATAAG
130 TGATAGA-TTTAA-CAAAAA-CAAAAATAGATTTTGAT-TCAAAATCATTTATAAC
* * * ** * ** * *
1426377 ATTATAAATAGATTACTA-GTCATTTG-AAGCGAGAAACAAAAATTTTGATACCATGATTTA-AT
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCA-TTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCT
* ***
1426439 TAAAATGGACCTTT-CAT-G-CGAATAGATGGCAT-TCGCTTCATGTTT-CTCAATTAAAACATA
65 T-AAATGGA-CTTTAC-TGGTC-AATAGATGACATCT-GCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATA
** * * * * * ***
1426499 CAACTTTTG-TAAGATTTAACCAAATACAAAAA-AAATTTTAATTTAAAATCATTTGTTTG
124 CAA-TAATGAT-AGATTTAA-CAAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
* *** *
1426558 ATTATAAATGTATTAATATG-CATT-AAACAAAGAAACAAAGCTTTCGATGGCAAGATTGA
1 ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGA
1426617 ATGAAAATTG
Statistics
Matches: 1022, Mismatches: 217, Indels: 159
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 45 0.04
174 79 0.08
175 10 0.01
176 2 0.00
178 7 0.01
179 69 0.07
180 234 0.23
181 415 0.41
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183 35 0.03
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (181 bp):
ATTATAAATGGATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGACCTT
AAATGGACTTTACTGGTCAATAGATGACATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATACAATAAT
GATAGATTTAACAAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAAC
Found at i:1427271 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1426831--1427279 Score: 420
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
1426821 GAAAACATAT
* * * *
1426831 AACTATGATAAATTTTAACCAAAAACGA-AAAGGATTTCGATTTAAAATCACTTATAAGATTATA
1 AACTATGATAGATTTTCACCAAAAA-GAGAAAGAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
*
1426895 AATTA-A-TA-AG-CATTTAAAGCGAGTAACCAAGCTTTCAATGACATGATTGTCTTAAAATGGA
65 AA-TAGATTATAGTCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCTTTCAATGACATAATTGTCTTAAAATGGA
* ** *
1426956 CCTTTCTTGTTAAGAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCC
129 CCTTTCTTGTCAAGAGATGGCATCCACTTCACATTTCCTAAAGCAAACTGCC
* * * * * * *
1427008 AATTATAATAGGTTTAC-CCAAAAAG-GAAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGCTTAGA
1 AACTATGATAGATTTTCACCAAAAAGAGAAAGA-ATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* * * *
1427071 AGTGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCATTT-GATG-CTATAACTTGT-TTAAAA
65 AATAGAT-TATA-GTCATTTAAAGCGAGTAACCAAGC-TTTCAATGAC-ATAA-TTGTCTTAAAA
* * * *** * *
1427133 TTGACTTTTCTTGTCAATG-GATTGCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCATACATGCC
125 TGGACCTTTCTTGTCAA-GAGATGGCATCCACTTCACATTTCCTAAAGCAAAC-TGCC
* *
1427190 -ACTATGATAGATTTTCATCAAAAATGAGAAA-AATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
1 AACTATGATAGATTTTCACCAAAAA-GAGAAAGAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
*
1427253 AATAGATTAGTAGTCATTTGAAGCGAG
65 AATAGATTA-TAGTCATTTAAAGCGAG
1427280 AAACAAAACT
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 40, Indels: 30
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.02
176 37 0.17
177 11 0.05
178 1 0.00
179 1 0.00
180 2 0.01
181 100 0.47
182 52 0.24
183 2 0.01
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
AACTATGATAGATTTTCACCAAAAAGAGAAAGAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
ATAGATTATAGTCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCTTTCAATGACATAATTGTCTTAAAATGGACC
TTTCTTGTCAAGAGATGGCATCCACTTCACATTTCCTAAAGCAAACTGCC
Found at i:1427320 original size:870 final size:871
Alignment explanation
Indices: 1425871--1427546 Score: 2315
Period size: 870 Copynumber: 1.9 Consensus size: 871
1425861 AATCAGGAAA
* * ** ** * *
1425871 AAAAGCTTTTGATGGCATGATTGACTTTAAATGGACTTTCTTGTCAATGGATGACATCTGCTTCT
1 AAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTCTTGGAAATGGATAACATCTACTTCT
* * *
1425936 CGTTTCTCAATGCAAACATACAATAATGATAAGATTTAGACAAAAACGACTAAGATTTTGATTCA
66 CGTTTCTCAATGAAAACATACAATAATGATAAGATTTAGACAAAAACGACAAAGATTTCGATTCA
* * * * *
1426001 AAACCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGG
131 AAACCACTTATAAGATTATAAA--GATTAATAAGCATTGAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGA
* * * ** *
1426066 TATGATTGCCTTACAATGGACTTTACTGGTCAATAGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA
194 CATGATTGCCTTAAAATGGACTTTACTGGTCAAGAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAAAGCA
* *
1426131 AACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAACAAAAATAGATTTTGATTCAAAATCATTTATAACA
259 AACTTCCAATTATAATAGGTTTAACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTCAAAATCATTTATAACA
*
1426196 TCACAAGTGGATCAATATGTCATTGAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCAATGTCGTAACTGATGTAA
324 TCACAAGTGGATCAATATGTCATTGAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCAATGTCATAACTGATGTAA
** *
1426261 AATTGACTTTTCTTGTCAAAGGATTCCATTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGCCATTATG
389 AATTGACTTTTCTTGTCAAAGGATTCCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATGCCACTATG
1426326 ATAGAGTTTAACCAAAAATGAGAAAAATTTAGATATAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATT
454 ATAGAGTTTAACCAAAAATGAGAAAAATTTAGATATAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATT
* *
1426391 ACTAGTCATTTGAAGCGAGAAACAAAAATTTTGATACCATGATTTAATTAAAATGGACCTTTCAT
519 ACTAGTCATTTGAAGCGAGAAACAAAAATTTTGATACCATGATTGAATAAAAATGGACCTTTCAT
* * * * * * *
1426456 GCGAATAGATGGCATTCGCTTCATGTTTCTCAATTAAAACATACAACTTTTGTAAGATTTAACCA
584 AC-AATAGATGGCATTCACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAAGATTTAACCA
* * * *
1426521 AATACAAAAAAAATTTTAATTTAAAATCATTTGTTTGATTATAAATGTATTAATATGCA-TTAAA
648 AAAACAAAAAAAATTTTAATTCAAAATCATTTGTCTGATTATAAATGCATTAATATGCATTTAAA
*
1426585 CAAAGAAACAAAGCT-TTCGATGGCAAGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTCGATCGATGGG
713 CAAAGAAA-AAAGCTGTT-GATGGCAAGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTCAATCGATGGG
*
1426649 ATCTGCCTCATGTTTCCCAATGCAAATATTTTATTATGACAGGTTTTACCCAAAAACAAAAAAGA
776 ATCTGCCTCACGTTTCCCAATGCAAATATTTTATTATGACAGGTTTTACCCAAAAACAAAAAAGA
1426714 TTTTGAATTAAAATCATTTAAAGAGACAAAC
841 TTTTGAATTAAAATCATTTAAAGAGACAAAC
1426745 AAAA-CTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTATCTTGGAAATGGATAACATCTACTTC
1 AAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTT-TCTTGGAAATGGATAACATCTACTTC
*
1426809 AT-GTTTC-CTAATGAAAACATATAACT-ATGATAA-ATTTTA-ACCAAAAACGA-AAAGGATTT
65 -TCGTTTCTC-AATGAAAACATACAA-TAATGATAAGA-TTTAGA-CAAAAACGACAAA-GATTT
* * * * *
1426868 CGATTTAAAATCACTTATAAGATTAT-AA-ATTAATAAGCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCTTTC
124 CGATTCAAAACCACTTATAAGATTATAAAGATTAATAAGCATTGAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* * *
1426931 AATGACATGATTGTCTTAAAATGGACCTTT-CTTGTTAAGAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCT
189 AATGACATGATTGCCTTAAAATGGA-CTTTACTGGTCAAGAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCT
* * *
1426995 AAAGCAAACTTCCAATTATAATAGGTTTACCCAAAA-AGGAAATAGATTTCGATTTAAAATCATT
253 AAAGCAAACTTCCAATTATAATAGGTTTAACCAAAACA-AAAATAGATTTCGATTCAAAATCATT
* * * * * *
1427059 TATAAGC-TTAGAAGTGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCATTT-GATG-CTATA
317 TATAA-CATCACAAGTGGATCAATATGTCATTGAAAGCGAGCAACAAAGC-TTTCAATGTC-ATA
* * * *
1427121 ACTTG-TTTAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCATAC
379 AC-TGATGTAAAATTGACTTTTCTTGTCAAAGGATTCCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAAC
* * * *
1427185 ATGCCACTATGATAGATTTTCATCAAAAATGAGAAAAATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATT
443 ATGCCACTATGATAGAGTTTAACCAAAAATGAGAAAAATTTAGATATAAAATCATTTATAAGATT
* * **
1427250 ATAAATAGATTAGTAGTCATTTGAAGCGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGATTGAATAAAAAT
508 ATAAATAGATTACTAGTCATTTGAAGCGAGAAACAAAAATTTTGATACCATGATTGAATAAAAAT
*
1427315 GGACCTTTCATACAATGGATGGCATTCACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAA
573 GGACCTTTCATACAATAGATGGCATTCACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAA
* * **
1427380 GTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTTGCTTCAAAATCATTTGTCTGATTATAAATGCATTAATA
638 GATTTAACCAAAAACAAAAAAAATTTTAATTCAAAATCATTTGTCTGATTATAAATGCATTAATA
* * *
1427445 TGCATTTAAACCAAGAAAAAAGCTGTTGATGGCATGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTTAA
703 TGCATTTAAACAAAGAAAAAAGCTGTTGATGGCAAGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTCAA
* * *
1427510 TGGATGGGATCTGCTTCACGTTTCCCAATGTAAATAT
768 TCGATGGGATCTGCCTCACGTTTCCCAATGCAAATAT
1427547 CTAGCCATGT
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 84, Indels: 35
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
869 182 0.26
870 382 0.54
871 10 0.01
873 36 0.05
874 91 0.13
875 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (871 bp):
AAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTCTTGGAAATGGATAACATCTACTTCT
CGTTTCTCAATGAAAACATACAATAATGATAAGATTTAGACAAAAACGACAAAGATTTCGATTCA
AAACCACTTATAAGATTATAAAGATTAATAAGCATTGAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCAATGACA
TGATTGCCTTAAAATGGACTTTACTGGTCAAGAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAAAGCAAA
CTTCCAATTATAATAGGTTTAACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTCAAAATCATTTATAACATC
ACAAGTGGATCAATATGTCATTGAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCAATGTCATAACTGATGTAAAA
TTGACTTTTCTTGTCAAAGGATTCCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATGCCACTATGAT
AGAGTTTAACCAAAAATGAGAAAAATTTAGATATAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTAC
TAGTCATTTGAAGCGAGAAACAAAAATTTTGATACCATGATTGAATAAAAATGGACCTTTCATAC
AATAGATGGCATTCACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAAGATTTAACCAAAA
ACAAAAAAAATTTTAATTCAAAATCATTTGTCTGATTATAAATGCATTAATATGCATTTAAACAA
AGAAAAAAGCTGTTGATGGCAAGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTCAATCGATGGGATCTG
CCTCACGTTTCCCAATGCAAATATTTTATTATGACAGGTTTTACCCAAAAACAAAAAAGATTTTG
AATTAAAATCATTTAAAGAGACAAAC
Found at i:1427706 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1426727--1427723 Score: 608
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 181
1426717 TGAATTAAAA
* * * **
1426727 TCATTTAAAGAGACAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTATCTTGGA-A
1 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTT-GATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGAT-GATA
** * * * * *
1426791 ATGGATAACATCTACTTCATGTTTCCTAATGAAAACATATAA-CTATGATAAATTTTAACCAAAA
64 ATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCT-ATAAGTTTTAACCAAAA
* * * * *
1426855 ACGAAAAGGATTTCGATTTAAAATCACTTATAAGATTAT-AA---ATTAATAAG
128 ACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
* * * * * ** * * ** *
1426905 -CATTTAAAGCGAGTAACCAAGCTTTCAATGACATGATTGTCTTAAAATGGACCTTTCTTGTTAA
1 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTT-GATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGATGATAA
** * * * * * * *
1426969 -GAGATGGCATCCACTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAA--T-TATAATAGGTTTACCCAAA
65 TG-GATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTAT-A-AGTTTTAACCAAA
** * * * * * *
1427030 AAGGAAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGCTTAGAAGTGGATCAATATG
127 AACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
* * * * * * * **
1427085 TCATTTAAAGCGAGTAACCAAGCATTTGAT-GCTATAACTTG-TTTAAAATTGACTTTTCTTG-T
1 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGC-TTTGATGGC-ATGA-TTGAATGAAAATGGACTTTTGATGAT
* * ** * * * * * * * *
1427147 CAATGGATTGCATTTGCTTCACATTTCCTAATGCATACATGCCA-CTATGAT-AGATTTTCATCA
63 -AATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCT-ATAAG-TTTTAACCA
* * * *
1427210 AAAATGAGAAAA-ATTT-AGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTAGTA-G
125 AAAA-CAAAAAAGATTTCA-ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
* * * * * * *
1427266 TCATTTGAAGCGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGATTGAATAAAAATGGACCTTTCAT-ACAA
1 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGC-TTTGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGATGATAA
*
1427330 TGGATGGCAT-TCACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAAGTTTTAACCAAAAA
65 TGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAAGTTTTAACCAAAAA
*** * * ** *
1427394 CAAAAAAGATTTTGCTTCAAAATCATTTGTCTGATTATAAATGCATTAATATG
129 CAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
* * * *
1427447 -CATTTAAACCA-AGAAA-AAAGCTGTTGATGGCATGATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTGTTA
1 TCATTTAAA-GAGAGAAACAAAGCT-TTGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGATGATA
* * * * * * *
1427509 ATGGATGGGATCTGCTTCACGTTTCCCAATGTAAATAT-CTAGCCATGT-TAGGTTTTAA-CAAA
64 ATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATAC-AACC-TCTATAAGTTTTAACCAAA
* * * * * *
1427571 GAACGAAAAAGATTTCAATTTTAAACCATTTATGAGATTATGAATGGATTATTATG
127 -AACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
* * *
1427627 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAATGATAACGGACTTTTGATGGTAA
1 TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTT-GATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGATGATAA
* **
1427692 TAGATGGCATCTGCTTCATGTTTTTCAATGAA
65 TGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAA
1427724 CTATGATAAA
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 143, Indels: 76
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 2 0.00
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178 1 0.00
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183 5 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (181 bp):
TCATTTAAAGAGAGAAACAAAGCTTTGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTTTGATGATAAT
GGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAACCTCTATAAGTTTTAACCAAAAACA
AAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG
Found at i:1430706 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1430681--1430710 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
1430671 AACCGATAGG
1430681 AAGAAATAAAGAGA
1 AAGAAATAAAGAGA
1430695 AAGAAA-AAAGAGA
1 AAGAAATAAAGAGA
1430708 AAG
1 AAG
1430711 GAAGGAAGGC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.62
14 6 0.38
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Consensus pattern (14 bp):
AAGAAATAAAGAGA
Found at i:1434281 original size:182 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1434082--1434516 Score: 387
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 174
1434072 TATTAACAGG
* * * * * * *
1434082 CATTTAAACAAAGAAACAAAGTTTTCGATACCATGATTGAATAAAAATTGACTTTTGT-TGTCAA
1 CATTTAAAGAGAGAAACAAAGTTTT-GATAGCATGATTAAATAAAAATGGACTTTTCTAGGT-AA
* * * * * *
1434146 TGGATGGGATCCGCCTCACGTTTCCCAATGCAAA-A-AT-CCTGTTATGATAGGTTTTAACTAAA
64 TGGATGGCATCCACCTCACGTTTCCCAATGAAAACATATAACTGTTAT-A-A-ATATT-A-TAAA
* *
1434208 AATGAAAAAGATTTCT-ATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGGTTAATATGT
124 AAGGAAAAAGATTT-TAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA---ATTAATAT-T
* * *
1434264 CATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGATTAAATGAAAATGGACTTTTCTAGGTAAT
1 CATTTAAAGAGAGAAAC-AAAGTTTTGATAGCATGATTAAATAAAAATGGACTTTTCTAGGTAAT
* * * ** *
1434329 GGATGGCATCTACTTCATGTTTCTTAATGAAAACATATAATTGTTATAAATATTATAAAAAGGAA
65 GGATGGCATCCACCTCACGTTTCCCAATGAAAACATATAACTGTTATAAATATTATAAAAAGGAA
1434394 AAAGATTTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATT
130 AAAGATTTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATT
* * *** * * * *
1434439 CATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTGGATAGCATGATTTTCTTAAAATGGACCTATCT-TGTCAA
1 CATTTAAAGAGAGAAACAAAG-TTTTGATAGCATGATTAAATAAAAATGGACTTTTCTAGGT-AA
1434503 TGGATGGCATCCAC
64 TGGATGGCATCCAC
1434517 TTCATATTTC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 36, Indels: 23
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.02
175 60 0.29
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179 3 0.01
180 41 0.20
181 1 0.00
182 72 0.34
183 11 0.05
184 3 0.01
185 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (174 bp):
CATTTAAAGAGAGAAACAAAGTTTTGATAGCATGATTAAATAAAAATGGACTTTTCTAGGTAATG
GATGGCATCCACCTCACGTTTCCCAATGAAAACATATAACTGTTATAAATATTATAAAAAGGAAA
AAGATTTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATT
Found at i:1434424 original size:25 final size:26
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Indices: 1434395--1434444 Score: 66
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
1434385 AAAAAGGAAA
* *
1434395 AAGATTTTAATTTAA-AATCATTTAT
1 AAGATTATAAATTAATAATCATTTAT
*
1434420 AAGATTATAAATTAATATTCATTTA
1 AAGATTATAAATTAATAATCATTTA
1434445 AAGTGAGAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
25 13 0.62
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Consensus pattern (26 bp):
AAGATTATAAATTAATAATCATTTAT
Found at i:1434488 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1434204--1434526 Score: 440
Period size: 175 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
1434194 AGGTTTTAAC
* *
1434204 TAAAAATGAAAAAGATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGGTTAATATGTCATTT
1 TAAAAAGGAAAAAGATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAA--GATTAATATGTCATTT
* * * *
1434269 AAAGAGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGATTAAATGAAAATGGACTTTTCTAGGT-AATGGAT
64 AAAGAGAGAAACAAAACTTTGGATAGCATGATTAAATGAAAATGGACCTATCT-GGTCAATGGAT
* *
1434333 GGCATCTACTTCATGTTTCTTAATGAAAACATATAATTGTTATAAATATTA
128 GGCATCCACTTCATATTTCTTAATGAAAACATATAATTGTTATAAATATTA
1434384 TAAAAAGGAAAAAGATTT-TAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA-ATTAATAT-TCATTTA
1 TAAAAAGGAAAAAGATTTCT-ATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAAGATTAATATGTCATTTA
* * *** * *
1434445 AAGTGAGAAACAAAGCTTTGGATAGCATGATTTTCTTAAAATGGACCTATCTTGTCAATGGATGG
65 AAGAGAGAAACAAAACTTTGGATAGCATGATTAAATGAAAATGGACCTATCTGGTCAATGGATGG
1434510 CATCCACTTCATATTTC
130 CATCCACTTCATATTTC
1434527 CTCAAACAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 15, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.02
175 73 0.58
176 7 0.06
179 3 0.02
180 41 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (178 bp):
TAAAAAGGAAAAAGATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAAGATTAATATGTCATTTAA
AGAGAGAAACAAAACTTTGGATAGCATGATTAAATGAAAATGGACCTATCTGGTCAATGGATGGC
ATCCACTTCATATTTCTTAATGAAAACATATAATTGTTATAAATATTA
Found at i:1435100 original size:301 final size:300
Alignment explanation
Indices: 1434558--1435105 Score: 735
Period size: 301 Copynumber: 1.8 Consensus size: 300
1434548 GATATATTTA
* * ** * *
1434558 ACCAAAACAGAAATAGATTTTGATTTAAAATGATTTATGAGCTTAGAAATGGAACAATATGTCAT
1 ACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTTAAAACCATTTATAAGCTTAGAAATGGAACAATAGGTCAT
* * *
1434623 TTAAAATGAGTAACAAAGCGTTTGATGTCTTAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGA
66 TTAAAATGAGTAACAAAGCGTTTGATGTCGTAACTGATTTAAAATTAACTTTTCATGTCAATGGA
* * * * *
1434688 GTGCATTTGCTTAACCTTTCCTAATGCAAACATGGCATTATGATAAAATTTCACCAAAAATGAGA
131 GTGCATTTACCTAACCTTTCCCAATGCAAACAT-GCATTATGATAAAATTTAACCAAAAACGAGA
1434753 AAAATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTGATTACTAGTCATTCGAAGCAAGAAAC
195 AAAATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTGATTACTAGTCATTCGAAGCAAGAAAC
1434818 AATAGGTCATTTAAAGCAAACTCTCAATTATAATAGGTTTG
260 AATAGGTCATTTAAAGCAAACTCTCAATTATAATAGGTTTG
**
1434859 ACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTTAAAACCATTTATAAGCTTA-AAAGTGGATTAATAGGTCA
1 ACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTTAAAACCATTTATAAGCTTAGAAA-TGGAACAATAGGTCA
* * *
1434923 TTTAAAGTGAGTAACAAAGTGTTTGATGTCGTAACTGATTTAAAATTAACTTTTCATGTTAATGG
65 TTTAAAATGAGTAACAAAGCGTTTGATGTCGTAACTGATTTAAAATTAACTTTTCATGTCAATGG
* * * * * * ***
1434988 ATTGGATTTACCTCACGTTTCCCAATGCAAATAT-CCTGTCATGATAGGTTTTAACCAAAAACGA
130 AGTGCATTTACCTAACCTTTCCCAATGCAAACATGCAT-T-ATGATAAAATTTAACCAAAAACGA
* * *
1435052 -AAAAGTTTTTGATTTAAAATCATTTATAGGATTATAAA-TGAATTACTAGTCATT
193 GAAAA-ATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTG-ATTACTAGTCATT
1435106 AGAAATGAGA
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 31, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
299 2 0.01
300 10 0.05
301 199 0.94
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (300 bp):
ACCAAAACAAAAATAGATTTCGATTTAAAACCATTTATAAGCTTAGAAATGGAACAATAGGTCAT
TTAAAATGAGTAACAAAGCGTTTGATGTCGTAACTGATTTAAAATTAACTTTTCATGTCAATGGA
GTGCATTTACCTAACCTTTCCCAATGCAAACATGCATTATGATAAAATTTAACCAAAAACGAGAA
AAATTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTGATTACTAGTCATTCGAAGCAAGAAACA
ATAGGTCATTTAAAGCAAACTCTCAATTATAATAGGTTTG
Found at i:1435191 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1435004--1437825 Score: 1121
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 176
1434994 TTTACCTCAC
* *
1435004 GTTTCCCAATGCAAATATCCTGTCATGATAGGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGTTTTTGATTTAA
1 GTTTCCCAATGCAAATATCCT-TCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATTTAA
* * *
1435069 AATCATTTATAGGATTATAAATGAATTACTAGTCATTAGAAATGAGAAACAAAACTTTTGATAGC
65 AATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATAGTCATTA-AAA-GAGAAACAAAACTTTTGATGGC
* * *
1435134 ATGATTGAATTAAAATGGACCTTTTATGCCAATGGATGGCATTCGTTTCAT
128 ATGATTGAATTAAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCA-TCGCTTCAT
* * *
1435185 GTTTCCCAATG-AGAACATACAACTTC-T-ATAAGTTTTAACTAAAAACAAAAAAGATTTTGATT
1 GTTTCCCAATGCA-AATAT-C--CTTCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATT
* ** * * *
1435247 TAAAATCATTTGTATCATTATAAATGTATTAATA-TGCATTTTAACAA-AGAAACAAAGCTTTCG
62 TAAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATAGT-CA--TTAA-AAGAGAAACAAAACTTTTG
* * * * * * *
1435310 ATTGCATGATTGAATAAAAATTGACTTTTACTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCAC
123 ATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCATC-GCTTCAT
* * *
1435366 GTTTCCCAATGCAAATATCTTGTCATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTCT-ATTTA
1 GTTTCCCAATGCAAATATCCT-TCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTT-TGATTTA
* ** * * * *
1435430 AAATCATTTATAAGATTATGAATGGGTTATTATGCCATTTAATGAGAGAAACAAAACTTTCGATG
64 AAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATA-GTCA-TTAA-AAGAGAAACAAAACTTTTGATG
* * * ** *
1435495 GCATGATTGAATGAGAATGGAATTTTCTTGGT-AATATATGGCATCTACTTCAT
126 GCATGATTGAATTAAAATGGACTTTT-TT-GTCAATGGATGGCATC-GCTTCAT
* ** * * * * ** *
1435548 GTTTCCCAATGAAAACATAAAC-T-GTGAT-AGATTTCAACCAAAAATG-AAAATATTTCAATTG
1 GTTTCCCAATG-CAA-ATATCCTTCATGATAAG-TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATTT
* * ** * * * *
1435609 AATATCATTTATCAGATTAT--A--AATTAATACACCTTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTGGATG
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATAGTCATTAAAAG--AGAAACAAAACTTTTGATG
* ** * * ** *
1435670 ACATGATTGTCTTAAAGTGGACCTATGCTGTCAATGGATGGCATTTG-TATCAT
126 GCATGATTGAATTAAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCA-TCGCT-TCAT
* ** * * *
1435723 GTTTCCTAAAACAAACT-TCCAATT-ATGAT-AGGTTTAACTAAAAGA-GAAATAGATTTTGATT
1 GTTTCCCAATGCAAA-TATCC--TTCATGATAAGTTTTAACCAAAA-ACGAAAAAGATTTTGATT
* * * * * * * * *
1435784 TAAAATCATTTATGAGCTTAGACATGGATCAATATGTCATTTAAAGAGAGTAACAAAGCATTTGA
62 TAAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATA-GTCA-TTAAA-AGAGAAACAAAACTTTTGA
* * * * * ** * *
1435849 TGTCGT-AGTAGATTTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCAT
124 TGGCATGA-TTGAATTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGC-ATCGCTTCAT
* * * * * * * *
1435904 GTTTCCTAATGCAAACATGTCATT-ATGATAAATTTTTACCAAAAATG-AGAA-ATTTAGATTTA
1 GTTTCCCAATGC-AA-ATATCCTTCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATTTA
* * * *** *
1435966 AAATCATTTACAAGATCATAAAT-AGATTACTAGTCATTCGGAGCAAGAAACAAAACTTTTGATA
64 AAATCATTTATAAGATTATAAATGA-ATTAATAGTCATTAAAAG--AGAAACAAAACTTTTGATG
** *
1436030 GCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCAT
126 GCATGATTGAATTAAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCA-TCGCTTCAT
* * * **
1436083 GTTTCCCAATG-AGAACATCGAACTTC-T-ATAAGTTTTAACCAAAAACTAAAAGGATTTTTCTT
1 GTTTCCCAATGCA-AATATC---CTTCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATT
* ** * * * * **
1436145 TAAAATCATTTGTTTGATTTTAAATGGATTAATA-TGCATTTAAACAAAGAAACAAAGCTTTCAA
62 TAAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATAGT-CA-TTAAA-AGAGAAACAAAACTTTTGA
* * * * *
1436209 TGGCATGATTGAATAAAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCAC
124 TGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCATC-GCTTCAT
* * * * * * * * ** * *
1436264 ATTTGCTAATGCAACTATCCTATTATGATAAG-TTTAAACGAAAAC-AAAAAAATTTCAACTCAA
1 GTTTCCCAATGCAAATATCCT-TCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTTGATTTAA
* ** * ** *
1436327 AATCATTTATAAGATTATGAATGGGTTAATATTTCATTTCAGGAGAGAAATAAAACTTTTGATGG
65 AATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATA-GTCA-TT-AAAAGAGAAACAAAACTTTTGATGG
* *
1436392 CATGATTGAATGAAAATGGACCTTTTTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTCAT
127 CATGATTGAATTAAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCATC-GCTTCAT
* ** * * * * * *
1436444 GTTTCCTAAAACAAACT-TCCATTTACGAT-AGGTTTGACC-AAAACTAAAATAGATTTTAATTT
1 GTTTCCCAATGCAAA-TATCC-TTCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAA-AGATTTTGATTT
* * * * * * * * * ** * *
1436506 AAAATCATTTATGAGGTTAGAAGTGGATCAATAGGTCATTTAGAGCGACTAACAAGGCCTTCGAT
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATA-GTCATTAAAAGAGA--AACAAAACTTTTGAT
* * * * * * * * *
1436571 GTCGTAATTGATTTAAAATTGACTTTTCTTGTTAGTGGATTGG-ATTTGCCTC-T
125 GGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGA-TGGCA-TCGCTTCAT
* *
1436624 CGTTT--C----C---TA---TT-ATGATCAA-TTTTAGCAAAAAACGAAAAAG-TTTTCGATTT
1 -GTTTCCCAATGCAAATATCCTTCATGAT-AAGTTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTT-GATTT
* * *
1436674 AAAATCATTTATAAGATTATAAGT-AGATTATTAGTCATTCGAAATGAGAAACAAAACTTTTGAT
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAATGA-ATTAATAGTCATT--AAAAGAGAAACAAAACTTTTGAT
* ** * *
1436738 GGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTCATGGCAATGGATGGCATTTGCTTCAT
125 GGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCA-TCGCTTCAT
* * *
1436791 GTTTCCCAATG-AGAACATACAACTTC-T-ATACGTTTTAACCCAAAAC-AAAAAGGATTTTGAT
1 GTTTCCCAATGCA-AATAT-C--CTTCATGATAAGTTTTAACCAAAAACGAAAAA-GATTTTGAT
* * * * * * **
1436852 TTAAAATCATTTGTATGATCATAAATGCATTAATA-TGCATTTAAACAAAGAAACAAAGCTTTCA
61 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAATAGT-CA-TTAAA-AGAGAAACAAAACTTTTG
* * * * *
1436916 ATGGCATGATTCAATGAAAATTGACTTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCAT
123 ATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCATC-GCTTCAT
* * ** ** * **
1436972 GTTTCCTAGTGCAAATATCCAGCTATGATATTTTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAA
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* * * * * * **
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* * ** ****
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******* ** * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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Statistics
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* * * **
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** * *
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* * ** ** * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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1440645 A-TTTCATTTTAAAATTATTTATAAGATTAT-AA---ATTAATATGCATTTAAAGC-GAGAAACA
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* * * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * * * * * **
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1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAA-CAGAGAAACAA
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* *
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* * *
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* ** ** ** * * *
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** * ** **
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1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAACAGAGAAACAAA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * ** **
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** **
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
1443106 TGTATCCCAATGTAAACATCAACATATGGTA-GATTTAAGCAAAAA-CAAAAATG
127 TGTTTCCCAATGCAAACATCCAC-TATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAA-G
* ** * * * * * **
1443159 GTTTCAATTTAAAATCATTTAAAAGGTTATAAATGGATTAATATGTCATGTGAAGTGAGAAACAA
1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATATG-CATTTAAACAGAGAAACAA
* * ** * * * * * * *
1443224 AGC-CTCTAACAGCATAAGT-AACGTAAAATGGGCTTCTATTTTCACA-AGATGGCAT-TCGCTT
65 AGCTTTC-GATGGCATGATTGAA--TAAAATGGACTTTTCTTGTCA-ATGGATGGCATCT-GCTT
** * * * * * *
1443285 CACATTTTCCAATGCAAATATCCAATTATGATAGGTTTTATCAAAAAAAGAAAAAG
125 CATGTTTCCCAATGCAAACATCC-ACTATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAAG
* *
1443341 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-ACATGGATTAATATACACTTAAAGCA-AGAAACA
1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGA-ATGGATTAATATGCATTTAAA-CAGAGAAACA
* * ** * *
1443404 AAGCTTTCGATGACAT-AATGCTCTTAAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTCA
64 AAGCTTTCGATGGCATGATTG--AATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCA
** * * * * ** * **
1443468 TGTTTCTTAAAGCAATCATCCAATTATAATACATTTTAA-CTAAAACCAATAAAG
127 TGTTTCCCAATGCAAACATCC-ACTATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAA-AAAG
* * * * * * * ** * *
1443522 ATTCTAATGTAAAATCATTTCTAAGCTTAT-AAGTGGATCAATATGTCATTCAAAGTGAGTAATA
1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAA-TGGATTAATATG-CATTTAAACAGAGAAACA
* * * * * * * ** *
1443586 AAGCTTTCGATGGCGTGATTGACTTAAAATTGACTTTGCTTGTCAATGGATTGTATTTTTTTCAC
64 AAGCTTTCGATGGCATGATTGA-ATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCAT
* * * * * * **
1443651 GTTTTCCTAGTGCAAACATGCAATCATGATAGATTTTAACTAAAAACAAAAAAG
128 G-TTTCCCAATGCAAACATCCACT-ATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAAG
** * * * **
1443705 ATTTCAATCTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGTGAGAAACAA
1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATAT-GCATTTAAACAGAGAAACAA
* * * * * * *
1443770 AGCTTTCCATGGCATGATTGACTTAAAACGGACTTTTCTTGTTC-ATGAATGACACCTGTTTCAT
65 AGCTTTCGATGGCATGATTGA-ATAAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATGGCATCTGCTTCAT
*** * * * * * *
1443834 GTTTTTTAATACAAACATCGAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAA-CAAAAGAG
128 GTTTCCCAATGCAAACATC-CACTATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AG
* *
1443887 ATATTGATTTAAAATCATTTATAATATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAAGCA-AGAAA
1 ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAA-CAGAGAAA
1443948 AAAAATGGAT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAACAGAGAAACAAA
GCTTTCGATGGCATGATTGAATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTT
TCCCAATGCAAACATCCACTATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAAAG
Found at i:1439585 original size:539 final size:539
Alignment explanation
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Period size: 540 Copynumber: 3.1 Consensus size: 539
1438397 CATGATTGAA
* * * * *
1438407 TAAAAGTTGACTTTTGC-TGTCAATGGATGGGATCCACCTCACGTTTCCCAATGTAAACATCCTA
1 TAAAA-TTAACTTTT-CTTGTCAATGGATGGGATCCGCCTCACTTTTCCCAATGCAAATATCCTA
* * * *
1438471 CTATGATAGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATGAAT
64 CTATGATAGGTTTTAACAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAAT
* *
1438536 GG-GTTAATATCTCATTTAAAGAGAGAAATAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGAAC
129 GGTG-TAATATCTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGAC
*
1438600 TTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCAAATGAAAACATATAACTATGATAAATT
193 TTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACTATGATAAATT
* * * * *
1438665 TTAACCAAAAACGAAGAAGATTTTAATTTAAAATAATTTAT-AGTATTAT-AA-TCTATTATGTA
258 TTAACCAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAG-ATTATAAATTC-A-TATGCA
* * * * *
1438727 ATTAAAGAGAGAAACAAAGCTTTGGATGGCATGATTGTC-ATAATATGGACCTTTCCTGTCAATG
320 ATTAAAGAGAGAAAC-AAGGTTTCGATGGCATGATTGTCTA-AAAATGGACCTTTCCTATCAATA
** * * * * * *
1438791 GATGGCATTTGCTTCATGTTTCCAAAAGTAAAATTTCAATTATGATAGGTTTAACCAAAAGCAAA
383 GATGGCATCCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAA-TAGA
* * * * * *
1438856 AATAGATTTAAATTGAAAATCATTTATGTGCTTAAAAGTGGATCAATAGGT-ATTTAAAGTGAGT
447 AATAGATTTAGATTTAAAATAATTTATGAGCTTAAAAGTGGATCAATATGTCATTTAAAGTGAGA
** *
1438920 AATAAAGCGTTCGATGTTGTAACTGACT
512 AATAAAGCGTTCGATGCCGTAACTGATT
* * * *
1438948 TAAAATTAACATTTCTTATCAATGGATGGGATCCGCCTCACTTTTCCTAGTGCAAATATCC-AGC
1 TAAAATTAACTTTTCTTGTCAATGGATGGGATCCGCCTCACTTTTCCCAATGCAAATATCCTA-C
* *
1439012 TATGATAGGTTTTAACAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTGAAAATCATTTCTAAGATTATGAATG
65 TATGATAGGTTTTAACAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATG
* * *
1439077 GTGTAATATCTCATTTAAAGAGTGAAACAAAACTTTCGATGACATGATTGGATGAAAATGGACTT
130 GTGTAATATCTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTT
* * *
1439142 TTCTTGATAATGGATGGCAT-TAACTTCATGTTTCCCAGTGAAAACTTATAACTATGATAAATTT
195 TTCTTGGTAATGGATGGCATCT-ACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACTATGATAAATTT
* * *
1439206 TAACCAAAAATGAAAAAGATTTCATTTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAATTCATATGCATTTA
259 TAACCAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTCATATGCAATTA
* *
1439271 AAGTGAGAAACAAGGTTTCGATGGCACGATTGTCTAAAAATGGACCTTTCCTATCAATAGATGGC
324 AAGAGAGAAACAAGGTTTCGATGGCATGATTGTCTAAAAATGGACCTTTCCTATCAATAGATGGC
* *
1439336 ATCCACTTTATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAATAGAAATAGAT
389 ATCCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAATAGAAATAGAT
* * * * *
1439401 TTTGATTTATAATAATTTATGAGCTTAGAAGTGGATCAATATATCGTTTAAAGTGAGAAATAAAG
454 TTAGATTTAAAATAATTTATGAGCTTAAAAGTGGATCAATATGTCATTTAAAGTGAGAAATAAAG
*
1439466 CGTTTGATGCCGTAACTGATT
519 CGTTCGATGCCGTAACTGATT
* * * *
1439487 TAAAATTAACTTTTCTTGTCAATGGATTGGATCTGCTTCACTTTTCCCAATGCAAATATCCTATT
1 TAAAATTAACTTTTCTTGTCAATGGATGGGATCCGCCTCACTTTTCCCAATGCAAATATCCTACT
* * * *
1439552 ATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGACTATGAATGA
66 ATGATAGGTTTTAACAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATG-
* * * *
1439617 GT-TAATATGTCATTTAAAAAGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGCTTGAATGAAAATGGA-TG
130 GTGTAATATCTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACT-
*
1439680 TTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATCTTTCCCAATGAAAACATATAACTATGATAAATTT
194 TTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACTATGATAAATTT
* * * * * *
1439745 GAACAAAAAATGAAAAAGAATTCAATTTAAAATCATTTATAATATTATAAATTAATATGCACTTA
259 TAACCAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTCATATGCAATTA
* * * * *
1439810 AAGCA-AGAAACAAAGCTTCGGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCCTATCAACAGATG
324 AAG-AGAGAAACAAGGTTTC-GATGGCATGATTGTCTAAAAATGGACCTTTCCTATCAATAGATG
* *
1439874 GCATCCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAACCGAAATAGAAATAG
387 GCATCCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAATAGAAATAG
* * * * * * ** * *
1439939 ATTTCGAATTAAAATTATTTATAAGCATATAAGCAGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGAAACAA
452 ATTTAGATTTAAAATAATTTATGAGCTTAAAAGTGGATCAATATGTCATTTAAAGTGAGAAATAA
* *
1440004 AGCGTTCGAGGCCGTAACTAATT
517 AGCGTTCGATGCCGTAACTGATT
* *
1440027 TATAATTCAA-TTTTCTCGTCAATGGAT
1 TAAAATT-AACTTTTCTTGTCAATGGAT
1440054 TGCATTTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (539 bp):
TAAAATTAACTTTTCTTGTCAATGGATGGGATCCGCCTCACTTTTCCCAATGCAAATATCCTACT
ATGATAGGTTTTAACAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGG
TGTAATATCTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGACTTT
TCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACTATGATAAATTTTA
ACCAAAAATGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTCATATGCAATTAAA
GAGAGAAACAAGGTTTCGATGGCATGATTGTCTAAAAATGGACCTTTCCTATCAATAGATGGCAT
CCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACCAAAATAGAAATAGATTT
AGATTTAAAATAATTTATGAGCTTAAAAGTGGATCAATATGTCATTTAAAGTGAGAAATAAAGCG
TTCGATGCCGTAACTGATT
Found at i:1442470 original size:897 final size:895
Alignment explanation
Indices: 1438387--1443947 Score: 3883
Period size: 897 Copynumber: 6.2 Consensus size: 895
1438377 AGGAACAAAG
* * * * * * * * *
1438387 CTTTTGATGGCATGATTGAA-TAAAAGTTGACTTTTGC-TGTCAATGGATGGGATCCACCTCACG
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAA-TGGACCTTT-CATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATG
* * * * **
1438450 TTTCCCAA-TGTAAACATCCTAC-TATGATAGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTA
64 TTTCCCAATTG-AAACATACAACTTTTG-TAAGTTTTAAC-AAAAACAAAAAAGATTTTGATTTA
* * ** * * * * *
1438513 AAATTATTTATAAGATTATGAATGGGT-TAATATCTCATTTAAAGAGAGAAATAAAACTTTCGAT
126 AAATCATTTGTTTGATTATAAAT--GTATAATAT-GCATTTAAACA-AGAAACAAAGCTTTCGAT
* * * * *
1438577 GGCATGATTGAATGAAAA-TGAACTTTTCTTGGT-AATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCAAA
187 GGCATGATTGAATGAAAATTGAA-TTTTGTT-GTCAATGGATGGGATCTGCCTCATGTTTCCCAA
* * * ** * * * *
1438640 TGAAAACAT-ATAACTATGATAAATTTTAACCAAAAACGAAGAAGATTTTAATTTAAAATAATTT
250 TGAAAATATCCT-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
1438704 AT-AGTATTAT-AAT---CTATTATGT-AATTAAAGAGAGAAACAAAGCTTTGGATGGCATGATT
314 ATAAG-ATTATGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATT
* * * * * * * * *
1438763 GTCAT-AATATGGACCTTTCCT-GTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCAAAAGTAAA-AT
378 G-AATGAAAATGGACTTTTCTTGGT-AATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACAT
* ** ** * * * * ** *
1438825 TTCAATTATGAT-AGGTTTAACCAAAAGCAAAAATAGATTTAAATTGAAAATCATTTATGTGCTT
441 AT-AACCATGATAAATTTTAACCAAAAACGAAAA-AGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATT
* * ** * * *** * *
1438889 A-AAAGTGGATCAATAGGTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCGTTC-GATGTTGTAACTGACTTAAA
504 ATAAA-T---T-AATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGC-TTCTGATGGCATAATTGTCTTAAA
** * * * * * **
1438952 ATTAACATTTCTTATCAATGGATGGGATCCGCCTCACT-TTTCCTAGTGCAAA-TATCCAGCTAT
563 ATGGACCTTTCCTATCAATGGAT-GCATCCGCTTCA-TGTTTCCTA-AGCAAACT-TCCAATTAT
* * * *
1439015 GATAGGTTTTAACAAAAA-ATAAAAAAGATTTCGATTGAAAATCATTTCTAAG-ATTATGAATG-
624 GATAGG-TTTAACAAAAACAT-AAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCA-TA-GAA-GC
* * * * * * * * * * *
1439077 GTG-T-AATATCTCATTTAAAGAGTGAAACAAAACTTTCGATGACATGATTGGA-TGAAAATGGA
684 G-GATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCGTTCGATGCCATAACT-GATTTAAAATTGA
* * ** * * * *** * *
1439139 CTTTTCTTGAT-AATGGATGGCATTAACTTCATGTTTCCCAGTGA-AAACTTATAACTATGATAA
747 CTTTTCTT-TTCAATGGATTGCATTTGCTTCA-GTTTCCTAAT-ACAAACATGCCATTATGATAG
* * * * **
1439202 ATTTTAACCAAAAATGA-AAAAGATTTCA-TTTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAATTCA-TA-
809 ATTTTCACCAAAAACGAGAAAA-ATTT-AGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTAC
** * *
1439263 T-G-CATTTAAAGTGAGAAACAAG
872 TAGTCATTCGAAGTGAGAAAAAAA
* * * * ** * * ** * * * *
1439285 GTTTCGATGGCACGATTGTCTAAAAATGGACCTTTCCTATCAATAGATGGCATCCACTTTATGTT
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
* * * * * * * * * *
1439350 TCCTAA-AGCAAACTTCCAA-TTATG-ATAGGTTTAACCAAAATAGAAATAGATTTTGATTTATA
66 TCCCAATTG-AAACATACAACTTTTGTA-AGTTTTAACAAAAACA-AAAAAGATTTTGATTTAAA
* * ** * * * * * * ** * *
1439412 ATAATTTATGAGCTTAGAAGTGGATCAATATATCGTTTAAAGTGAGAAATAAAGCGTTT-GATGC
128 ATCATTTGTTTGATTATAAATGTAT-AATAT-GCATTTAAA-CAAGAAACAAAGC-TTTCGATGG
* * * * * * * *
1439476 CGTAACTGATTTAAAATT-AACTTTTCTTGTCAATGGATTGGATCTGCTTCACT-TTTCCCAATG
189 CATGATTGAATGAAAATTGAA-TTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCA-TGTTTCCCAATG
*
1439539 CAAATATCCTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATA
252 AAAATATCCTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATA
* * * *
1439604 AGACTATGAAT-GAGTTAATATGTCATTTAAAAAGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGCTTGAA
317 AGATTATGAATGGA-TTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAA
*
1439668 TGAAAATGGA-TGTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATCTTTCCCAATGAAAACATATAA
381 TGAAAATGGACT-TTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAA
* * * * * *
1439732 CTATGATAAATTTGAACAAAAAATGAAAAAGAATTCAATTTAAAATCATTTATAATATTATAAAT
445 CCATGATAAATTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT
* *
1439797 TAATATGCACTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTCGGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCC
510 TAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTCTGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCC
** * **
1439862 TATCAACAGATGGCATCCGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATCCAATTATGATAGGTTTAACCG
575 TATCAATGGAT-GCATCCGCTTCATGTTTCCT-AAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACAA
* * * * * * *
1439927 AAATAGAAATAGATTTCGAATTAAAATTATTTATAAGCATATAAGCAGATCAATATGTCATTTAA
638 AAACATAAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCATAGAAGCGGATCAATATGTCATTTAA
* * * * * * * **
1439992 AGCGAGAAACAAAGCGTTCGAGGCCGTAACTAATTTATAATTCAATTTTCTCGTCAATGGATTGC
703 AGCGAGTAACAAAGCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTTTTCAATGGATTGC
* ** * *
1440057 ATTTACACCAGATTTCCTAATACAAACATGCCATTATCATAGATTTTCACCAAAAATGAGAAAAA
768 ATTTGCTTCAG-TTTCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGATTTTCACCAAAAACGAGAAAAA
* * * * * * *
1440122 TTTGGATTCAAAATCATTTATAAGATTTTAAATTGATTACTACTCATTCAAAG-G-G---AGAA
832 TTTAGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGTCATTCGAAGTGAGAAAAAAA
* *
1440181 TTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGGCCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
* * *
1440246 TCCCACTTGAAACATACAACTTTTGTAAGTTTTTAA-AAAAACAAAAAAGATTTTAATTTAAAAC
66 TCCCAATTGAAACATACAACTTTTGTAAG-TTTTAACAAAAACAAAAAAGATTTTGATTTAAAAT
*
1440310 CATTTGTTTGATTATAAATGTATCAATAAGCATTTAAACAAAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATG
130 CATTTGTTTGATTATAAATGTAT-AATATGCATTTAAAC-AAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATG
* * * *
1440375 ATTGAATCAAAATTGACTTTTGTTGTCAATGGATGGGATTTACCTCATGTTTCCCAATGAAAATA
193 ATTGAATGAAAATTGAATTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCATGTTTCCCAATGAAAATA
* * **
1440440 TCCTATTATGATTGGTTTTAACCAAAAACAAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
258 TCCTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* ** * * * * *
1440505 TGGATGGGCTAATATGTCATTTAAAGAGTGAAACAAAACTTTTGATGGCATGCTTTAGTGAAAAT
323 TGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAAT
* * * *
1440570 GGACTTTTCTTGGTAATGGATAGCA--TA--TAATGTTTCTCAATAAAAACATATAA-C----T-
388 GGACTTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACCATGATA
* * *
1440625 -A-TTTAGCC-AAAAC-AAGAAAGATTTCATTTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATTAATATG
453 AATTTTAACCAAAAACGAA-AAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATG
* ** * * *
1440686 CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTCCCATGGCATGATTTTCTTAAAATGGACCTTTCCTATGAAT
517 CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTCTGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCCTATCAAT
* * * *
1440751 GGATAGCATCTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACTATAAC-TG
582 GGAT-GCATCCGCTTCATGTTTCCTAA-GCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACAAAAACAT-
** *
1440815 AAATAGATTTTAATTTAAAATCATTTATGAGCATAGGAGCGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAG
644 AAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCATAGAAGCGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
1440880 TAACAAAGCGTTCAATACTATAACTGATTTAAAGTTGACCTTTCTTATT-AGTGGATTGCATTTG
709 TAACAAAGCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTT-TTCAATGGATTGCATTTG
* ***
1440944 CTTCATGTTTCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGCTTTTCATTGAAAACGAGAAAAATTTAG
773 CTTCA-GTTTCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGATTTTCACCAAAAACGAGAAAAATTTAG
* *
1441009 ATTTAAAGTCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGTCATTCGAAGTGACAAAGAAAA
837 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGTCATTCGAAGTGAGAAA-AAAA
* *
1441069 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCATGCCAATCGATGGCATTCGCTTCATGTT
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
* * * * *
1441134 TCCCAATTGAAATAAACAACTTTTGTAAGTTTTTACAAAAA-ACAAAAAGGTTTTGATATAAAAT
66 TCCCAATTGAAACATACAACTTTTGTAAGTTTTAACAAAAACA-AAAAAGATTTTGATTTAAAAT
* * * * *
1441198 AATTTGTATGA-T-TAAATGCATTAATATGCATTTAAACCAAGAAATAAAGCTTTTGATGGCATG
130 CATTTGTTTGATTATAAATGTA-TAATATGCATTTAAA-CAAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATG
* * * *
1441261 ATTGAATGAAAATTGACTTTTGTTATCAATGGGTGGGATATGCCTCATGTTTCCCAATGAAAATA
193 ATTGAATGAAAATTGAATTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCATGTTTCCCAATGAAAATA
* * * * * *
1441326 TCC-AGCTGTGTTAGGTTTTAACCTAAAAAGAAAAATGATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGAT
258 TCCTA-TTATGATAGGTTTTAACC-AAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGAT
* * *
1441390 TATGAATGGGTTAATATCTCATTT-AA-AGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAAAGAAA
321 TATGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAA
**
1441453 ATGGACTTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACGGTGA
386 ATGGACTTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACCATGA
* * * * * **
1441518 TAAATTTTAATCAAAAAAGAAAAATATTTAAATTTAAAATCATTTCTGTGATTATAAATTAATAT
451 TAAATTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATAT
** * * ** * * *
1441583 GCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTGATGGCATGATTGTCTTAAAATGGATATTTCTTGTTAA
516 GCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTCTGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCCTATCAA
* *
1441648 TGGATGTCATCCGCTTCATCTTTCCTACAGCAAACTTGCAATTATGATAGGTTTAACAAAAACAT
581 TGGATG-CATCCGCTTCATGTTTCCTA-AGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACAAAAACAT
* * * * *
1441713 AAATATATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCTTAGAAGTGGATAAATATATCATTTAAAGCGAG
644 AAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCATAGAAGCGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAG
* *
1441778 TAACAAAGAGTTCGATGCCATAATTGATTTAAAATTGACTTTTCTTTTCAATGGATTGCATTTGC
709 TAACAAAGCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTTTTCAATGGATTGCATTTGC
* * * * * *
1441843 TTCACGTTTTCAAATGCAAACATACCATTATGATAGATTTTCACCAAAAAGGAGAAAAA-TCAGA
774 TTCA-GTTTCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGATTTTCACCAAAAACGAGAAAAATTTAGA
* *
1441907 TTTAAAATCATTTATAAGATTAGAAGTAGATTACTAGTCATTCGAAGTGAGAAACAAAA
838 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGTCATTCGAAGTGAGAAA-AAAA
* * * * *
1441966 CTTTTGATGGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATACTAATGGATGACATTTGCTTCATGTT
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
* * * * * * *
1442031 TTCTAATTAAAACATACAGCTTTT-TAAGTTTTAACCAAAAGCAAAAAATATTTTGATTTGAAAT
66 TCCCAATTGAAACATACAACTTTTGTAAGTTTTAA-CAAAAACAAAAAAGATTTTGATTTAAAAT
* *
1442095 CATTTGTTTGATTATAAACGTACTAATATGCATTTAAACAAGGAAACAATGCTTTCGATGGCATG
130 CATTTGTTTGATTATAAATGTA-TAATATGCATTTAAACAA-GAAACAAAGCTTTCGATGGCATG
* * * *
1442160 ATTGAATGAAAATTGAATTTTGTTGCCAATGGATGGGATCCGCCTCATG-TTCCTAATGCAAATA
193 ATTGAATGAAAATTGAATTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCATGTTTCCCAATGAAAATA
*
1442224 TCCTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAATAAGATTTCAATTTAAAATCATTTAT-A-ATTA
258 TCCTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * *
1442287 TGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAAT
323 TGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAAT
** * * * * * *
1442352 GGACTTTTCTTAATAATAGATGGCAT-TCGCCTCATGTTTCCCGAGGAAAACATACAACCATGAT
388 GGACTTTTCTTGGTAATGGATGGCATCT-ACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACCATGAT
1442416 AAATTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATG
452 AAATTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATG
* * * * * * * *
1442481 CATTTAAA-AAAAACAACAAAGCTTTTGGTGGCATAACTGACTTAAAATGGACTTTTCTTATCAA
517 CATTTAAAGCAAGA-AACAAAGCTTCTGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCCTATCAA
* * * * * ** * *
1442545 TCGTTGGCATTCGCTTCATGTTTCCCAATCCAAAGATCCACA-TATGATAGATTTTAACCAAAA-
581 TGGAT-GCATCCGCTTCATGTTTCCTAA-GCAAACTTCCA-ATTATGATAG-GTTTAACAAAAAC
* * ** * * * * * * * * *
1442608 ATGAAACAGATTTGGATTTAAAATCATTTAAAAG-ATTATAAACGTATTATTATATCCTGTAAGG
642 AT-AAATAGATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCA-TAGAAGCGGATCAATATGTCATTTAAAG
* * * * * * * * * * * * *
1442672 TGAGAAACAAAGCTTTCAATGGCACAAATAATGT-AAATGGAGTTCTCTTATT-AATGGATGGCA
705 CGAGTAACAAAGCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTT-TTCAATGGATTGCA
* * * * * * * **
1442735 TTTTCTTTACA-TTTCCCAATGCAGACAT-CCAATTATGTTAGGTTTTAAATAAAAAC-A-AACA
769 TTTGC-TT-CAGTTTCCTAATACAAACATGCC-ATTATGATAGATTTTCACCAAAAACGAGAA-A
* * * * **
1442796 AGATTTCA-ATTTAAAATCATTTAGAAGCTTATAAATGGATTAATA-TCCATTTAAAGTGA-AAA
830 A-ATTT-AGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGT-CATTCGAAGTGAGAAA
1442858 ATAAA
892 A-AAA
** * * * * * * * ** * **
1442863 GCTTTCAATA-CTATAACTGACTTAATATTGACTTTTCCTATCAATGGATAGCA-TCTTTTTCAT
1 -CTTTTGATAGC-ATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTC-GCTTCAT
* * * * * * *
1442926 GTTGT-CTAATTCAAACATTA-GA-TTATGATAGGTTTTATCTAAAAAC-AAAAAGGTTTTGATT
63 GTT-TCCCAATTGAAACA-TACAACTTTTG-TAAGTTTTAAC-AAAAACAAAAAAGATTTTGATT
* * * *** * * * * * **
1442987 TAAAAGCGTTTATAACATTATAAATGGATTAATATGTC-TTTTAACATGAAAAACAATGTTTTTA
124 TAAAATCATTTGTTTGATTATAAATGTA-TAATATG-CATTTAAACA--AGAAACAAAGCTTTCG
* * * * * * *
1443051 ATGGCATGACTGACTTAAAATGGACA-TTTGTTGTCAATGGATGGCATCTG-TTGCATGTATCCC
185 ATGGCATGATTGAATGAAAATTGA-ATTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCT-CATGTTTCCC
* * * * * * *
1443114 AATGTAAACATCAAC-A-TATGGTA-GATTTAAGCAAAAACAAAAATGGTTTCAATTTAAAATCA
248 AATGAAAATATC--CTATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCA
* * * * * * * * * ** *
1443176 TTTAAAAGGTTATAAATGGATTAATATGTCATGTGAAGTGAGAAACAAAGC-CTCTAACAGCATA
311 TTTATAAGATTATGAATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTC-GATGGCATG
* * * * * * * * ** * *
1443240 AGT-AACGTAAAATGGGCTTCTATT-TTCACA-AGATGGCAT-TCGCTTCACATTTTCCAATGCA
375 ATTGAATG-AAAATGGACTTTTCTTGGT-A-ATGGATGGCATCT-ACTTCATGTTTCCCAATGAA
* ** ** ** * * * **
1443301 AATATCCAATTATGATAGGTTTTATCAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAG
436 AACATATAACCATGATAAATTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAG
* * *
1443366 ATTATACATGGATTAATATACACTTAAAGCAAGAAACAAAGCTT-TCGATGACATAA-TGCTCTT
501 ATTATA-A---ATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTCT-GATGGCATAATTG-TCTT
* ** * * * *
1443429 AAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATGGCATCCGCTTCATGTTTCTTAAAGCAATCATCCAATTA
560 AAAATGGACCTTTCCTATCAATGGAT-GCATCCGCTTCATGTTTCCT-AAGCAAACTTCCAATTA
* ** * * * * * * * *
1443494 TAATACATTTTAACTAAAACCA-ATAA-AGA-TTCTAATGTAAAATCATTTCTAAGCTTATAAGT
623 TGATA-GGTTTAAC-AAAAACATA-AATAGATTTC-GATTTAAAATCATTTATGAGCATAGAAGC
* * * * * * * * *
1443556 GGATCAATATGTCATTCAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGATGGCGTGATTGACTTAAAATTGACT
684 GGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACT
* * * ** * * * *
1443621 TTGCTTGTCAATGGATTGTATTTTTTTCACGTTTTCCTAGTGCAAACATGCAATCATGATAGATT
749 TTTCTTTTCAATGGATTGCATTTGCTTCA-G-TTTCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGATT
* * * * * *
1443686 TTAACTAAAAAC-AAAAAAGATTTCA-ATCTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATAT
812 TTCACCAAAAACGAGAAAA-ATTT-AGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATAGATTACTA-
* ** *
1443749 ATCATTTAAAGTGAGAAACAAAG
874 GTCATTCGAAGTGAGAAA-AAAA
** * * * * * * * * * *
1443772 CTTTCCATGGCATGATTGACTTAAAACGGACTTTTCTTGTTC-ATGAATGACA-CCTGTTTCATG
1 CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATG-CCAATGGATGGCATTC-GCTTCATG
*** ** * * *
1443835 TTTTTTAATACAAACAT-CGAA-TTATGATAAGTTTTAAACAAAAACAAAAGAGATATTGATTTA
64 TTTCCCAATTGAAACATAC-AACTTTTG-TAAGTTTT-AACAAAAACAAAAAAGATTTTGATTTA
* * * *
1443898 AAATCATTTATAAT-ATTATGAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAA
126 AAATCATTTGT-TTGATTATAAATGTA-TAATATGCATTTAAA-CAAGAAA
1443948 AAAAATGGAT
Statistics
Matches: 3754, Mismatches: 736, Indels: 336
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
881 4 0.00
882 351 0.09
883 7 0.00
884 1 0.00
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910 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (895 bp):
CTTTTGATAGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATGCCAATGGATGGCATTCGCTTCATGTT
TCCCAATTGAAACATACAACTTTTGTAAGTTTTAACAAAAACAAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
ATTTGTTTGATTATAAATGTATAATATGCATTTAAACAAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATT
GAATGAAAATTGAATTTTGTTGTCAATGGATGGGATCTGCCTCATGTTTCCCAATGAAAATATCC
TATTATGATAGGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATGA
ATGGATTAATATGTCATTTAAAGAGAGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATGGA
CTTTTCTTGGTAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCCAATGAAAACATATAACCATGATAAAT
TTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATGCATT
TAAAGCAAGAAACAAAGCTTCTGATGGCATAATTGTCTTAAAATGGACCTTTCCTATCAATGGAT
GCATCCGCTTCATGTTTCCTAAGCAAACTTCCAATTATGATAGGTTTAACAAAAACATAAATAGA
TTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCATAGAAGCGGATCAATATGTCATTTAAAGCGAGTAACAAA
GCGTTCGATGCCATAACTGATTTAAAATTGACTTTTCTTTTCAATGGATTGCATTTGCTTCAGTT
TCCTAATACAAACATGCCATTATGATAGATTTTCACCAAAAACGAGAAAAATTTAGATTTAAAAT
CATTTATAAGATTATAAATAGATTACTAGTCATTCGAAGTGAGAAAAAAA
Found at i:1442566 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1441341--1442649 Score: 530
Period size: 180 Copynumber: 7.3 Consensus size: 178
1441331 CTGTGTTAGG
* *
1441341 TTTTAACCTAAAAA-GAAAAATGATTTCTATTTAAAATCATTTATAAGATTATGAATGGGTTAAT
1 TTTTAACC-AAAAACGAAAAA-GATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA---ATTAAT
* * * * * ** **
1441405 ATCTCATTTAAAG--AGAAACAAAACTTTCGATGGCATGATTGAAAGAAAATGGACTTTTCTTGG
60 ATGTCATTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAA
* * * *
1441468 TAATGGATGGCA-TCTACTTCATGTTTCCCAATG-AAAACAT-ATA-ACGGTGATAAA
125 TAATAGATGGCATTC-GCCTCATGTTTCCCAA-GCAAAACATCA-ACAC-ATGATAAA
* * * * * **
1441522 TTTTAATCAAAAAAGAAAAATATTTAAATTTAAAATCATTTCTGTGATTATAAATTAATATG-CA
1 TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATGTCA
** * * ** * * ** ** *
1441586 TTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTGATGGCATGATTGTCTTAAAATGGA-TATTTCTTGTTAATG
66 TTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACT-TTTCTTAATAATA
* * * * * * ** *
1441650 GATGTCATCCGCTTCATCTTTCCTACAGC-AAACTTGCAA-TTATGAT-AG
130 GATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCA-AGCAAAACAT-CAACACATGATAAA
* * * * * * *
1441698 GTTTAA-CAAAAAC-ATAAATATATTTCGATTTAAAATCATTTATGAGCTTAGAAGTGGATAAAT
1 TTTTAACCAAAAACGA-AAA-AGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA----ATTAAT
* ** ** * * * * * *
1441761 ATATCATTTAAAGCGAGTAACAAAGA-GTTCGATGCCATAATTGATTTAAAATTGACTTTTCTT-
60 ATGTCATTTAAAGAAAAAAACAAA-ACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * * * * * *
1441824 TTCAATGGATTGCATTTGCTTCACGTTTTCAAATGC-AAACAT-ACCATTATGATAGA
124 AT-AATAGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAA-GCAAAACATCAACA-CATGATAAA
* * * *
1441880 TTTTCACCAAAAAGGAGAAAA-A--TCAGATTTAAAATCATTTATAAGATTA-GAAGTAGATTAC
1 TTTTAACCAAAAACGA-AAAAGATTTCA-ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTA-A-TA-
** ** * ** * * * * *
1441941 TAGTCATTCGAAGTGAGAAACAAAACTTTTGATGGCATGATTGAATTAAAATGGACCTTTCATAC
61 T-GTCATTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAA
* * * * * * ** * ** *
1442006 TAATGGATGACATTTGCTTCATGTTTTCTAATTAAAACAT--ACAGCTTTTTAAG
125 TAATAGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAAGCAAAACATCAACA-CATGATAAA
* * * ** * * **
1442059 TTTTAACCAAAAGCAAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTGTTTGATTATAAACGTACTAATAT
1 TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA--T--TAATAT
* ** ** * * * * * * * ***
1442124 G-CATTTAAACAAGGAAACAATGCTTTCGATGGCATGATTGAATGAAAATTGAATTTTGTTGCCA
62 GTCATTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAATA
* * * * * * **
1442188 ATGGATGGGATCCGCCTCATG-TTCCTAATGC-AAATATC--CTATTATGATAGG
127 ATAGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAA-GCAAAACATCAAC-A-CATGATAAA
1442239 TTTTAACCAAAAAC-AAATAAGATTTCAATTTAAAATCATTTAT-A-ATTATGAATGGATTAATA
1 TTTTAACCAAAAACGAAA-AAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AA---ATTAATA
** * * *
1442301 TGTCATTTAAAGTGAGAAACAAAACTTTCAATGGCATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAAT
61 TGTCATTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAAT
* *
1442366 AATAGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCGAGGAAAACATACAAC-CATGATAAA
126 AATAGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAAGCAAAACAT-CAACACATGATAAA
1442419 TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATG-CA
1 TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATGTCA
* *** *
1442483 TTTAAA-AAAAACAACAAAGCTTTTGGTGGCATAACTGACTTAAAATGGACTTTTCTT-ATCAAT
66 TTTAAAGAAAAA-AACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAAT-AAT
* * * * * * * * *
1442546 CGTTGGCATTCGCTTCATGTTTCCCAATCCAAAGATCCACATATGATAGA
129 AGATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAAGCAAAACATCAACACATGATAAA
* * ** *
1442596 TTTTAACCAAAAATGAAACAGATTTGGATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAA
1 TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
1442650 CGTATTATTA
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 198, Indels: 126
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 18 0.02
176 51 0.06
177 208 0.24
178 30 0.03
179 109 0.13
180 296 0.34
181 126 0.14
182 13 0.01
183 10 0.01
184 5 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (178 bp):
TTTTAACCAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATTAATATGTCA
TTTAAAGAAAAAAACAAAACTTTCAATGGCATAACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTAATAATAG
ATGGCATTCGCCTCATGTTTCCCAAGCAAAACATCAACACATGATAAA
Found at i:1446426 original size:185 final size:183
Alignment explanation
Indices: 1446186--1446610 Score: 497
Period size: 185 Copynumber: 2.3 Consensus size: 183
1446176 AGATTTTAAC
* * *
1446186 AAAAAAATATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGAC-TATAAATGAATTAATATGTCATTGAAT-C
1 AAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAG-CTTATAAATGGATTAATATGTCATTAAATAC
* *
1446249 TGTGAAACAAAGCTTTAGACAGCATGACTGAATTAAGATG-GAATTTTATTATCAATGGATGGCA
65 AGTG--ACAAAGCTTTAGACAGCATGACTGAATTAAAATGTG-ATTTTATTATCAATGGATGGCA
* * *
1446313 -TCTACTTCATCTTTTCTAATGCAAACATCTAAT-TATGTTAGGTTTTCACCAAAAATAA
127 TTCTA-TTCATCTTTTCCAATGCAAACATC-AATGTATGATAGGTTTTAACCAAAAAT-A
* * *
1446371 AAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAGTGGATTAGTATGTCATTTAAATAG
1 AAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATGGATTAATATGTCA-TTAAATAC
* * * * * * * *
1446436 AGTGACAAAGCTTTCGATAGCATGATTGACTTAAAATGTGCTTTTCTTATGAGTGGATGGCATTC
65 AGTGACAAAGCTTTAGACAGCATGACTGAATTAAAATGTGATTTTATTATCAATGGATGGCATTC
* *
1446501 TATTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCATGTATGATAGGTTTTAACCAAAAATA
130 TATTCATCTTTTCCAATGCAAACATCAATGTATGATAGGTTTTAACCAAAAATA
* * *
1446555 AAAAAAATGA---TGATTTAAAACCATTTAAAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATT
1 AAAAAAAT-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATGGATTAATATGTCATT
1446611 TCAAGCAAAA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 26, Indels: 18
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
181 2 0.01
182 39 0.19
184 12 0.06
185 141 0.68
186 10 0.05
187 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (183 bp):
AAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGCTTATAAATGGATTAATATGTCATTAAATACA
GTGACAAAGCTTTAGACAGCATGACTGAATTAAAATGTGATTTTATTATCAATGGATGGCATTCT
ATTCATCTTTTCCAATGCAAACATCAATGTATGATAGGTTTTAACCAAAAATA
Found at i:1446691 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1443998--1447358 Score: 1120
Period size: 182 Copynumber: 18.7 Consensus size: 177
1443988 TATTTCTCAG
* * * * * * * *
1443998 TGCAAACAACCAAATATGATAGG-TTTAAGACAAAAACAAAAAAAAAATTCATTGAAAATAATTT
1 TGCAAACATCC-ATTATGATAGGTTTTAA-CCAAAAATAAAAAAAATA-TGATTTAAAATCATTT
* * * * * **
1444062 ATATGATTATAAATGGATTAATATATCATTTAAAGCAAAAAACAAAGCTTTCGATGGTGTGAC-A
63 AAAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT-AAGCAAGAAACAAAGCTTTCGATAG-CAGACTA
** *** * * *
1444126 CAATTAAAACAAACTTTT-CTAGTCAATGGATGGCATCTACTTCATG-TTTCTTAA
126 -ACCTAAAATGGACTTTTATTA-TCAATGGATGGCAT-TTCTTCATGTTTTC-CAA
* * * * * **** * * * *
1444180 AGCAAACATCCACTAATGATAGTTTTTAACTATAAATGAAAACGTTTTTGATTGAAAATAATATA
1 TGCAAACATCCA-TTATGATAGGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATATGATTTAAAATCATTTA
* * * * * * * * *
1444245 TAAGATTATAAGTGGATGAATATGTTATTTAAAGCAAGAAACAAAGGTTTTGATGGTATGACTAT
64 AAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT-AAGCAAGAAACAAAGCTTTCGATAGCA-GACTAA
* *** * * *
1444310 CTTAAAACAAACTTTTGTAATTAATGGATGGCA--TC-T-AT-TTTATCCTAA
127 CCTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATTTCTTCATGTTT-TCC-AA
* * * ** * *
1444358 TACCAACATCCAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAATGAAAATGATTTCAATTTAAAATCATTTA
1 TGCAAACATCC-ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATAT-GATTTAAAATCATTTA
* * * * * ** * * *
1444423 TATGATTATAAGTGGATTAATAT-ACTTTTAAGGTTAGAAACAAAGTTTTCGATGGCAAAACTGA
64 AAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAA-GCAAGAAACAAAGCTTTCGATAGC-AGACT-A
* * * * ** * **
1444487 A-TTAAAATGCACTTTTCATT-GCAATGCATGGCATGCACTTTA-CATTTCCTAA
126 ACCTAAAATGGACTTTT-ATTATCAATGGATGGCAT-TTCTTCATGTTTTCC-AA
* * * * * * * * * *
1444539 TGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCAAACACAAAGATAATTTTGTTTTTAAATCATTTA
1 TGCAAACAT-CCATTATGATAGGTTTTAACCAAAAATAAA-AAAAATATGATTTAAAATCATTTA
* * ** *
1444604 AAAGATAATAAATGAATT-A-ATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTTAATGGCACGACTAA
64 AAAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTT-AAGCAAGAAACAAAGCTTTCGATAGCA-GACTAA
* * * * *
1444667 CATAAAATGGAGTTTTCTTATAAATGGATGGCA-TCCATTTCATG-TTTCTCAA
127 CCTAAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCATTTC--TTCATGTTTTC-CAA
* * * * * * *
1444719 TGTAAACATCCAATTTTGATA-GTTATTAA--ACAAA-AAAAAGACTTTTATTTAAAATCATTTA
1 TGCAAACATCC-ATTATGATAGGTT-TTAACCAAAAATAAAAAAAATATGATTTAAAATCATTTA
* * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *** *
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* * * * * * *
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* * ** * *** * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * **
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** * * *
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* * * * * * * *
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** * * ** ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * ** * **
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** * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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*** * *
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65 TATTC
* * *
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ATTC
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*
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ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (19 bp):
AATATTTATTTTTCTTCAA
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1469097 AGGGTTTTGT
1469107 TGGGTAATGGGTAAG
1 TGGGTAATGGGTAAG
*
1469122 TGGGTAATTAGGTAAG
1 TGGGTAA-TGGGTAAG
* *
1469138 TGGTTATATGGGTATG
1 TGGGTA-ATGGGTAAG
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1 TGGG
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TGGGTAATGGGTAAG
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1476258 CATCCTTTAT
* *
1476268 AAATTGATCCTTCAAACTTTCATAAATTAT
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*
1476298 AAATTGATCCGTC-AACTTTTGAT-AATTAC
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1 AAATT
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AAATTGATCCGTCAAACTTTCATAAATTAC
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1485672 AATACCATCT
* *
1485682 ATTTTAATTTTAGGTGATTCATAAAAAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTCTGAAAGTAATTCCTA
1 ATTTTAATTTTAGGTGATTCAT--AAAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTCTAAAAGAAATTCCTA
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64 AAATTAAGAATAGA
* * *
1485761 ATTTTAATTTTGGGTGATTGAT-AAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTTTAAAAGAAATTCCTAAA
1 ATTTTAATTTTAGGTGATTCATAAAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTCTAAAAGAAATTCCTAAA
*
1485825 ATTAAGAATAGC
66 ATTAAGAATAGA
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ATTTTAATTTTAGGTGATTCATAAAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTCTAAAAGAAATTCCTAAA
ATTAAGAATAGA
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1486062 TACCTAAAAT
*
1486072 AAAGAGCTTTTCAATATTAA
1 AAAGAGCTTTTCAATATGAA
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1 AAA
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AAAGAGCTTTTCAATATGAA
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1493083 TTAGATTCCA
* * *
1493093 AAAGCCATGGCAGTCTTGACGATGGTGGCCAACATTGGAGAAATCATGTGGTCACAATCAC
1 AAAGCCATGGCAGTCTTGACGATGGTGGCCAACATTAGAGAAATCATATGATCACAATCAC
* * * * *
1493154 AAAGCCATGGTAGTCTTGACGATGTTGGCCGATATTAGAGAAATCATATGATCGCAATCAC
1 AAAGCCATGGCAGTCTTGACGATGGTGGCCAACATTAGAGAAATCATATGATCACAATCAC
1493215 A
1 A
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AAAGCCATGGCAGTCTTGACGATGGTGGCCAACATTAGAGAAATCATATGATCACAATCAC
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1502438 CTGCCTAATG
* * ** * * * *
1502448 TAAAATGGACTTCTGTGGTCAATGGATAGCATCTGCCTTCATGTTTCCTAATACAAAAATCCAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTG-CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * * * * * * *
1502513 TATGATAGCTTTGAAGCAAAAACAAAAAAAAATTGACTTAAAATCATTTATCAGATTATAAAAGT
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAA-AGAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * *
1502578 ATTAATATGCAGTTAAAGTGAGAAATAAAGCTTTCGATGGTATGATTGAAT
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* * * ** *
1502629 TAAAATGGA-TATTTCATT-TTAATGAATGACATC--CATCTCATGTGTTCTTAATGTAAACATC
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* * * * *
1502690 CAATTATGATAGATTTTAAGCAAAAAGGCAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
61 CAATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAAG-AAAAAATTT-GATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* * * **
1502755 AATGGATTAATTTGCATTTAAAGTGAGAAACAAACCTTTCAATGGCATGGCTGAAT
124 AATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * * *
1502811 TAAAATCGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACATCATGTTTCCCAATGAAAACATACAATT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
* * * *
1502876 ATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGGGAAAAAATTTGATGTAAAATCATTTACAAGATTAGAAATGC
66 ATGATAGGTTTTAACCAAAAAA--GAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * * * * *
1502941 ATTAATATGCATTTAAAGTGTGAAACAAATCTTTCAATGACATGACTGACT
129 ATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * *
1502992 TAAAATAGACATTTT-TTA-CTAATGGATGACATTTGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAA
1 TAAAATGGAC-TTTTCTTATC-AATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAA
* * * *
1503055 TTATGAT-GGATTTTAACTAAAAACAAAAAAAAAATCT-ATTTAAAATCATTTAGAAGATTATAA
64 TTATGATAGG-TTTTAAC--CAAA-AAAGAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
** * * ** *
1503118 ATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAATGTCACAACT-AAT
125 ATGGATTAATATG-CATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * *** * * *
1503173 GTAAAATGGGCTTTTC-TAGTCAATGCATAGCATCCAATTCATGTTTCTCAATCCAAACATCTAA
1 -TAAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAA
* * * *
1503237 -T-TGATAGGTTTTAA--ACAAAAGCAAAAAGATTTTGACTTAATATCATTTATAAGATCATAAA
64 TTATGATAGGTTTTAACCAAAAAAG-AAAAA-A-TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* ** * * * * ***
1503298 TGCAAGAACATGCATTTAAAGCGAAAAACAAAGCTTTTTC-ACGATTTGATTGAAT
126 TGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGC--TTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * **** * * ** *
1503353 TAAAATGGACTTCTCTTGTCAAAGGACAAAATTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAGTATCAAATT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
* * * * * *
1503418 ATGATAGATTTTAACCAAAAATGAAATGATTTTGATCTAGAAA-CATTTATAAGATTATAAACGG
66 ATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAA-AAATTTGATTTA-AAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * * * *
1503482 ATTAATATGTCATTTAAAGTGAAAAATAAAGGTTTTGATGGCATGATTGAAA
129 ATTAATATG-CATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
** * ** * * * *
1503534 TAAAATTAACTTTTCTTATTAATGGATCACAT-TCACTTCAT-ATTCCCTATGCAATCATCCAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * ** * * * *
1503597 TATGATAGATTTTAA-AAAAAATACAAAAAATTCCACTTAAAATAATTTATAATATAATAAATGG
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAA-AGAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * *
1503661 ATTAATTTGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTGATGGCATGGTTGAAT
129 ATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * ** *** * * **
1503712 TAAAATGGACTTATCTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTCACATTTTGTAATGAAAACCTATAATT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
* * * * *
1503777 ATCATAGGTTTTAACCACAAATAA-AAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTACAAAATTGTAAATG
66 ATGATAGGTTTTAACCA-AAA-AAGAAAA-AATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG
** * *
1503841 GATTAATATGCATTTAAAGCT-ATTAATAAAGCTTTCGATGGCATGACT--AT
128 GATTAATATGCATTTAAAG-TGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * ** * * * *
1503891 CTTAAA--GACTTTTCTTAACAATTGATACCATCTGTTTCATATTTTCCAATGCAAATATCCAAT
1 -TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * * * * *
1503954 TATAATAGATTTTAACCAAAAACGTAAAAGATTTTTATTTAAAATAATTTAAAAGATTATAAATG
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAAAG-AAAA-AATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG
* ** ** *
1504019 GATTAATATGTCATTTAAAGCAAGCAAGAAACAAAGCTTTTAATGGCACAACT-AAT
128 GATTAATATG-CATTTAAAG--TG--AGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * * * *
1504075 GTTAAACGGGCTTCTC-TAGTCAATGGATAGCAT-TCGCTTCATGTTTCCCAATGCAAATATCCA
1 -TAAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCA
* * * * * * *
1504138 ATTAGGATATGTTTTAAACAAAAACA-AAAAGGATTTTGACTTAAAGTCATTTATATGATTATAA
63 ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAA-AGAAAA--AATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* ** * * * **
1504202 ATGCAAGAATATGCATTTAAAGTGGGAAACAAAGCTTTTGATAGTTTGATTGAAT
125 ATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * * * * * * * ** * * *
1504257 TAAAGTTGACTTTTCTTGTCATTGGAAGGAATTTACTTTATGTTTTTCAAAGAAAACACCCAATT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
** * * * *
1504322 ATGATAGGTTTTAATGAAAAAGGCAAAAGATTTTGATTTAAAA-GA-TTATAAGATTATAAATAG
66 ATGATAGGTTTTAACCAAAAAAG-AAAA-AATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * * * * ** *
1504385 ATTAATATTTCATTTGAACTGAGAAATAAAGCTTTCGACGAAATGATTAAAT
129 ATTAATA-TGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * * * * * ** *** *
1504437 TAAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGACATTTGCCTTTATATTTTCTTACAAAAACATACAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTG-CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * *
1504502 TATGATATGTTTTAA-CAAAAAATAAAAAAGATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGACTAGAAAT
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAAA-GAAAAA-ATTT-GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAT
* * ** * *
1504566 GGATTAACT-TGCATTTAAAGTAAGAAATAAAGCTTTCGATGGCACAACT-ATCT
127 GGATTAA-TATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGA-AT
* * ** * * *
1504619 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTACCCACTTTAGGTTTTCCAATGCAAACATCCAATT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
* * *
1504684 ATGATAGGTTTTAAACAAAAAAGAAAAAGATTTTAATTTAAAATAATTTATAAGATTATAAATGG
66 ATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAAAA-A-TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGG
* * * *
1504749 ATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAATAAAGCTTTTGATCGCATGGTTGAAT
129 ATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * ** * * *
1504800 TAAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGAAAT-TCGTTTCATGTTTCCCAATGAAAACATACAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * * * *
1504864 TATGATAGGATTTAACTAAAAACA-AAAAATATTTTATTTCAAAATCATTTACAGGATTATAAAA
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAA-AGAAAAA-ATTTGATTT-AAAATCATTTATAAGATTATAAAT
* * * * * * **
1504928 GG-TTAATGTGCATTTAAAGCGCGAAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGCT-AACT
127 GGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAA-T
* * * * *
1504980 TAAAATGGACTTTTCTTAAT-AATTGATAGCATCCGCTTCATGTTT-CTAATGTAAACATCCAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * * * * *
1505043 TATGATAGATTTTAGCTAATAACGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTAAAAGATTTTAAATG
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAAAA-A-TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATG
* * * *
1505108 GATTAATATGTCATTGAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCAATGTCAAGATTGAAT
128 GATTAATATG-CATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * * * * *
1505161 TAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTGTATCTGCCTCATGTTTTCCAAT-CAAACCATACAAT
1 TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAA-CATCCAAT
* ** * * *
1505225 TATGATAAGTTTT-----AATTA-AAAAAA-TTGATTTAAAATAATTTATAAAATTAGAAATGGA
65 TATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGA
* * * **
1505283 TTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTTGATGACATGACAG-AT
130 TTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
* * * *
1505332 TCAAACTGGACTTTTCTTATAAATGGATGGCATC--CATTACATGTTTCCTAATGCAAACATTCA
1 T-AAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGC-TT-CATGTTTCCCAATGCAAACATCCA
* * * *
1505395 ATTATGATAGGCTTCAAACAAAAAATGAAAAAGATTTTGTTTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
63 ATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAA-GAAAAA-A-TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * *
1505460 ATGGATTAATATGCATTTAAAGTAAGAAATAAAGCTTTTGATGGCATTG-TTGAAT
125 ATGGATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCA-TGATTGAAT
* ** * * *
1505515 CT-AAATAGACTTTTC-TAGTCAATGGATCACAT-T-CATTTTATGTTTCCCAATGGAAACATAC
1 -TAAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCATCTGC--TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCC
* * * * *
1505576 AACTATGATAGGTTTTATCCAAAAAA-AAAAAGATTTCAATTCAAAATTATTTAT
62 AATTATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAAAA-ATTT-GATTTAAAATCATTTAT
1505630 GTTAGGATGA
Statistics
Matches: 2350, Mismatches: 532, Indels: 239
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 4 0.00
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175 4 0.00
176 13 0.01
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178 196 0.08
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (179 bp):
TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATT
ATGATAGGTTTTAACCAAAAAAGAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGAT
TAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTCGATGGCATGATTGAAT
Found at i:1506898 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 1506813--1507038 Score: 274
Period size: 71 Copynumber: 3.2 Consensus size: 70
1506803 AAGTTGTGCC
* *
1506813 TAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTCAATCAAGTTAT
1 TAATTGATCAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA-TTGTTCAATTAAGTTAT
1506878 TAGGCT
65 TAGGCT
* * ***
1506884 TAATTGATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTGGGCCTCATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATT
1 TAATTGATCAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTTCAATTAAGTTATT
* *
1506949 GGGCC
66 AGGCT
* * * * * *
1506954 TAATTGATCAAATTTGTTTAATCAGGTTATTAGACCTAATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTAT
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1507019 TAGG-T
65 TAGGCT
*
1507024 CTAATTGATTAAATT
1 -TAATTGATCAAATT
1507039 AAACAATTAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 23, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 31 0.24
71 99 0.76
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (70 bp):
TAATTGATCAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTTCAATTAAGTTATT
AGGCT
Found at i:1506941 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 1506810--1507059 Score: 356
Period size: 106 Copynumber: 2.3 Consensus size: 106
1506800 ATTAAGTTGT
**** *
1506810 GCCTAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTCAATCAAGT
1 GCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTTGTTCAATCAAGT
* * * *
1506875 TATTAGGCTTAATTGATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTGG
66 TATTAGACCTAATTAATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTAG
* * *
1506916 GCCTCATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTTGTTTAATCAGGT
1 GCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTTGTTCAATCAAGT
* *
1506981 TATTAGACCTAATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAG
66 TATTAGACCTAATTAATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTAG
*
1507022 GTCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTAATTGGGC
1 GCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTT-ATTGGGC
1507060 TTCTTAAGGA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 16, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
106 120 0.94
107 7 0.06
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Consensus pattern (106 bp):
GCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTTGTTCAATCAAGT
TATTAGACCTAATTAATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTAG
Found at i:1507052 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1506783--1507038 Score: 275
Period size: 35 Copynumber: 7.3 Consensus size: 35
1506773 TTCTCAACAC
* *
1506783 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTT-GT--GCCTAA
1 TTGATT-AAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
*
1506816 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
* * *
1506851 TTGATTAAATTTGTTCAATCAAGTTATTAGGCTTAA
1 TTGATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
* * * *
1506887 TTGATCAAATTGTTTAATTAAGCTATTGGGCCTCA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
**** *
1506922 TTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
* * * *
1506957 TTGATCAAATTTGTTTAATCAGGTTATTAGACCTAA
1 TTGATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
* *
1506993 TTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGTCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
1507028 TTGATTAAATT
1 TTGATTAAATT
1507039 AAACAATTAA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 36, Indels: 8
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.09
33 7 0.04
35 103 0.57
36 55 0.30
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAGGCCTAA
Found at i:1509624 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1507833--1509935 Score: 1496
Period size: 180 Copynumber: 11.7 Consensus size: 180
1507823 TTCTATTTCT
* * *
1507833 ATTTAAAATCATTTACAAAATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
** * * * ** ** *
1507898 CAATGGCACAACTAATGTAAAATGGCCTTCTCTGGTTGATGGATAGCATCTACTTCATGTTTCCT
65 CAATGGCATGATTAAT-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCT
* * *
1507963 AATGCAAACATCAAATTATGAT-AGATTTT-TACAAGAAATGAAAAAGATTTTG
129 AATGCAAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAAACAA-AAATGCAAAAGATTTTG
* * * * * *
1508015 ATGTAAAATCATTTA-AATAATTAAAAATGGATGAATATGTCATTT-ACGACAAGAAACAAAGCT
1 ATTTAAAATCATTTATAA-GATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAG-CGAGAAACAAAGCT
* ** * *
1508078 TTCAATGGCATAACAAATGTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATAC-ACTTCATGTTT
63 TTCAATGGCATGATTAAT-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCAT-CTACTTCATGTTT
* * * * **
1508142 -CAAATTGCAAATAACCAATTATGAT-TGTTTTTATCCAAAAATGCAAAAGATTTCT-
126 CCTAA-TGCAAACATCCAATTATGATAAG-TTTTAAACAAAAATGCAAAAGATTT-TG
* *
1508197 ATTTAACAA-CATTTATATGATTATAAATGGATTAATAAGTCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTT
1 ATTTAA-AATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTT
* * * * * * * *
1508261 TCGATGGAATTATTGAATTAAAACGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTAACTA-TGTCAGGTTTC
64 TCAATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACT-TCATGTTTC
* * * * *
1508325 TCCAATGAAAACATACAATTACGATAAGTTTT-AACTAAAAAT-AAAAAGATTTTG
127 -CTAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAAC-AAAAATGCAAAAGATTTTG
* * * * * *
1508379 AGTTAGAATCATTCATAAGATTA-AAATGGATTAATATGCATTTCAAGCAAGAAACAAAGCTTTA
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* ** * * * * *
1508443 AATCGCATGACAAACTTAAAATGGA--TTT-TTAACAATGGTTAGCATTTGCTTCATGTTTCCTA
66 AATGGCATGATTAA-TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCTA
* *
1508505 ATGCAAACATCC----A--AT---TTTTAAACAGAAATG-AAAAAATTCTT-
130 ATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAGATT-TTG
* * * * *
1508546 -TTTAAAATCATTTATAGGATTATAAATGGATTAATATGCATTCAAAGTGAGAAACAGAGCTTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* ** * * * *
1508610 GATGTTATGGTTGAATAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTATTTCATGTTTCCTA
66 AATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCTA
* * ** * * * * * *
1508675 ACGAAAACATATAATTCTAATAAGTTTT-AACTAAACAT-TAAAATGATATCG
130 ATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAAC-AAAAATGCAAAA-GATTTTG
* ** *
1508726 ATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATGG-TTAATATGCATTTAAAGAAAAAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * * * * * * * * **
1508790 GACGGCATGATCGACTTAAAATAGACTCTTCGTATCAGTGAATGGTATTTGCTTTGTGTTTCCTA
66 AATGGCATGAT-TAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCTA
* * * ** **
1508855 ATGTAAACATCCAATTATGATAAATTTTAACCAAAAATAAAAAAGA-TTCA
130 ATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAGATTTTG
* * * * * * **
1508905 ATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATAGATTAATATGTCATTTAAAGTGTGGAACACGGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
** * * * * *
1508970 CAATGGCACAACTACTGTAAAATGGACTTCTT-TGATCAATGAATGGCATCTGCTTCATGTTTCC
65 CAATGGCATGATTAAT-TAAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCC
* * * * * * *
1509034 CATTGTAGACATCCAATTATGAT-AGGTTTAAATAAAAA--CAAAAAGCAGTTTG
128 TAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGC-AAAAG-ATTTTG
* ** *
1509086 ACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATATATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * * * ** * * * *
1509151 GATGGTATGACTGAATTAAAATAGAATTTGCTTGTCAATGGACAGCATCCACATCATGTTTTCAA
66 AATGGCATGA-TTAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCTA
* ** * * ** **
1509216 ATACAAATGTCCAATAATGAT-AGTTTTTAACAAATAACACAAAAGATTTCA
130 ATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAA-AATGCAAAAGATTTTG
* * ** *
1509267 ATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGTATTAATATGTCATTTAAAATGAGAAACAAATCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
* * * * * *
1509332 TAATGGCATCATTGAATTAAAATGGACATTTCTTGA-CAATGGATGGTATCT-TTTCATGCTTCC
65 CAATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCC
* * * * * *
1509395 TAATGAAAACATGCAATTGTGAAAAGTTTTAACCAAAATTG-AGAAAGATTTTG
128 TAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGCA-AAAGATTTTG
* * * *
1509448 ATTTAAAAACATTTATAAAATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCGACAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* * **
1509513 AACGGCATGATTAACTTGAAATGGACTTCTT-TTATCAATGGAT-GCATCTGTTTCATGTTT-CT
66 AATGGCATGATTAA-TTAAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCT
* * * **
1509575 CAATGCAAACATCCATTTATGATAGGTTTTAAATAAAAATGCAAAAGATTTCA
129 -AATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAGATTTTG
* * * * *
1509628 ATTTAAAAACATTCATTAGATTAT-AATGGATTAATATTTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA-TGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTT
** * * * * *
1509692 TGATGACATGGTTGAATTCAAATGGACTTTTCTTGA-CAATAGATGGCATCCACTTCACAT-TTT
65 CAATGGCATGATT-AATTAAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCATCTACTT--CATGTTT
* * * * * * *
1509755 TC-AATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTT-AACCAAAA-CCAAAGAATATTTTG
126 CCTAATGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGC-AA-AAGATTTTG
* * * *
1509809 ATTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCTAGAAAGAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
* * * * *
1509874 AATGGCATGACTGACTTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTC
66 AATGGCATGA-TTAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTC
1509936 TCAATGAACT
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 346, Indels: 166
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 18 0.01
167 65 0.04
168 7 0.00
169 3 0.00
170 37 0.02
172 1 0.00
176 14 0.01
177 20 0.01
178 7 0.00
179 76 0.05
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183 44 0.03
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
AATGGCATGATTAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTACTTCATGTTTCCTAA
TGCAAACATCCAATTATGATAAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAGATTTTG
Found at i:1509765 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1507827--1509941 Score: 1581
Period size: 361 Copynumber: 5.9 Consensus size: 359
1507817 GAAACATTCT
* * * * **
1507827 ATTTCTATTTAAAATCATTTACAAAATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAA
1 ATTTCAATTTAAAAACATTTA-TAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
** * ** * * * * *** *
1507892 AGCTTTCAATGGCACAACT-AATGTAAAATGGCCTTCTCTGGTTGATGGATAGCATCTACTT--C
65 AGCTTTTGATGACATGATTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACTTCAC
* * * *
1507954 ATGTTTCCTAATGCAAACAT-CAAATTATG-ATAGATTTTTACAAGAAATGAAAAAGATTTTGAT
129 AT-TTTCC-AATGAAAACATAC-AATTATGAAAAG-TTTTAACTA-AAAT-AAAAAGATTTTGAT
* * * * * *
1508017 GTAAAATCATTTA-AATAATTAAAAATGGATGAATATGTCATTT-ACGACAAGAAACAAAGCTTT
188 TTAAAATCATTTATAA-GATTATAAATGGGTTAATATG-CATTTAAAG-CAAGAAACAAAGCTTT
* ** * * * *
1508080 CAATGGCAT-AACAAATGTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATAC-ACTTCATG-TT-
250 CAACGGCATGATTAACT-TAAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCAT-CTGCTTCATGTTTC
* * * * **
1508141 TCAAATTGCAAATAACCAATTATGATTGTTTTTATCCAAAAATGCAAAAG
312 TCTAA-TGCAAACATCCAATTATGATAG-TTTTAAACAAAAATGCAAAAG
* * * *
1508191 ATTTCTATTTAACAACATTTATATGATTATAAATGGATTAATAAGTCATTTAAAGCGAGAAACAA
1 ATTTCAATTTAAAAACATTTATA-GATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
* * * * * *
1508256 AGCTTTCGATGGA-ATTATTGAATTAAAACGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTAACTA-TGTCA
65 AGCTTTTGAT-GACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACT-TCA
** * * *
1508319 GGTTTCTCCAATGAAAACATACAATTACGATAAGTTTTAACTAAAAATAAAAAGATTTTGAGTTA
128 CATTT-TCCAATGAAAACATACAATTATGAAAAGTTTTAACT-AAAATAAAAAGATTTTGATTTA
* * * * *
1508384 GAATCATTCATAAGATTA-AAATGGATTAATATGCATTTCAAGCAAGAAACAAAGCTTTAAATC-
191 AAATCATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAA-CG
** * * * *
1508447 GCATGACAAACTTAAAATGGA--TTTTTAACAATGGTTAGCATTTGCTTCATGTTTC-CTAATGC
255 GCATGATTAACTTAAAATGGACTTTTTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCTCTAATGC
*
1508509 AAACATCC----A--AT--TTTTAAACAGAAATG-AAAA-
320 AAACATCCAATTATGATAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAG
* ** * * *
1508539 AATTCTTTTTAAAATCATTTATAGGATTATAAATGGATTAATATG-CATTCAAAGTGAGAAACAG
1 ATTTCAATTTAAAAACATTTATA-GATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
** * * * *
1508603 AGCTTTTGATGTTATGGTTGAATAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTA-TT-TCA
65 AGCTTTTGATGACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACTTCACA
* * * * * *
1508666 TGTTTCCTAACGAAAACATATAATTCT-AATAAGTTTTAACTAAACATTAAAATGATATCGATTT
130 T-TTTCC-AATGAAAACATACAATTATGAA-AAGTTTTAACTAAA-A-TAAAAAGATTTTGATTT
* * * *
1508730 AAAATTATTTATAAGATTATAAAT-GGTTAATATGCATTTAAAGAAAAAAACAAAGCTTTCGACG
190 AAAATCATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAACG
** * ** * * * * **
1508794 GCATGATCGACTTAAAATAGACTCTTCGTATCAGTGAATGGTATTTGCTTTGTGTTTC-CTAATG
255 GCATGATTAACTTAAAATGGACT-TTTTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCTCTAATG
* * * **
1508858 TAAACATCCAATTATGATAAATTTTAACCAAAAATAAAAAAG
319 CAAACATCCAATTATGAT-AGTTTTAAACAAAAATGCAAAAG
* * * * * * *
1508900 A-TTCAATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATAGATTAATATGTCATTTAAAGTGTGGAACAC
1 ATTTCAATTTAAAAACATTT-ATAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
* ** * ** * * * * *
1508964 GGCTTTCAATGGCACAACT-ACTGTAAAATGGACTTCT-TTGATCAATGAATGGCATCTGCTTCA
65 AGCTTTTGATGACATGATTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATGGCATCTACTTCA
** * * * * * * * * * * *
1509027 TGTTTCCCATTGTAGACATCCAATTATG-ATAGGTTTAAATAAAAACAAAAAGCAGTTTGACTTA
128 CATTTTCCAATGAAAACATACAATTATGAAAAGTTTTAACT-AAAATAAAAAG-ATTTTGATTTA
*** * * * *
1509091 AAATCATTTATAAGATTATAAATATATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTCGATGG
191 AAATCATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAACGG
* * * * * * ** ** * * *
1509156 TATGACTGAA-TTAAAATAGAATTTGCTTGTCAATGGACAGCATCCACATCATGTTT-TCAAATA
256 CATGA-TTAACTTAAAATGGACTTT-TTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCTCTAATG
** * * **
1509219 CAAATGTCCAATAATGATAGTTTTTAACAAATAACACAAAAG
319 CAAACATCCAATTATGATAGTTTTAAACAAA-AATGCAAAAG
* *
1509261 ATTTCAATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGTATTAATATGTCATTTAAAATGAGAAACAA
1 ATTTCAATTTAAAAACATTTAT-AGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
* * * * * * *
1509326 ATCTTTTAATGGCATCATTGAATTAAAATGGACATTTCTTGACAATGGATGGTATCT--TT-TCA
65 AGCTTTTGATGACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACTTCACA
* * * * *
1509388 TGCTTCCTAATGAAAACATGCAATTGTGAAAAGTTTTAACCAAAATTGAGAAAGATTTTGATTTA
130 T-TTTCC-AATGAAAACATACAATTATGAAAAGTTTTAACTAAAA-T-AAAAAGATTTTGATTTA
* * * *
1509453 AAAACATTTATAAAATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCGACAAACAAAGCTTTCAACGG
191 AAATCATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAACGG
* *
1509518 CATGATTAACTTGAAATGGACTTCTTTTATCAATGGAT-GCATCTGTTTCATGTTTCTC-AATGC
256 CATGATTAACTTAAAATGGACTT-TTTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCTCTAATGC
* *
1509581 AAACATCCATTTATGATAGGTTTTAAATAAAAATGCAAAAG
320 AAACATCCAATTATGATA-GTTTTAAACAAAAATGCAAAAG
* * **
1509622 ATTTCAATTTAAAAACATTCATTAGATTAT-AATGGATTAATATTTCATTTAAAGCAAGAAACAA
1 ATTTCAATTTAAAAACATTTA-TAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAA
* * * *
1509686 AGCTTTTGATGACATGGTTGAATTCAAATGGACTTTTCTTGACAATAGATGGCATCCACTTCACA
65 AGCTTTTGATGACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACTTCACA
* * * * *
1509751 TTTTTCAATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAACCAAAACCAAAGAATATTTTGATTTAAA
130 TTTTCCAATGAAAACATACAATTATGAAAAGTTTTAACTAAAA-TAAA-AAGATTTTGATTTAAA
* * * *
1509816 ATCATTTATAAGATTGTAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCTAGAAAGAAAGCTTTCAATGGCA
193 ATCATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAACGGCA
* * * *
1509881 TGACTGACTTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGGCATCTAG-TTCATGTTTCTC-AATG
258 TGATTAACTTAAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCATCT-GCTTCATGTTTCTCTAATG
1509942 AACTTTTCTT
Statistics
Matches: 1382, Mismatches: 295, Indels: 150
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
345 8 0.01
346 32 0.02
347 143 0.10
348 43 0.03
349 4 0.00
350 50 0.04
353 2 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
356 2 0.00
359 47 0.03
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366 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (359 bp):
ATTTCAATTTAAAAACATTTATAGATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGTGAGAAACAAA
GCTTTTGATGACATGATTGAATTAAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATGGCATCTACTTCACAT
TTTCCAATGAAAACATACAATTATGAAAAGTTTTAACTAAAATAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
ATTTATAAGATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTCAACGGCATGA
TTAACTTAAAATGGACTTTTTTATCAATGGATGGCATCTGCTTCATGTTTCTCTAATGCAAACAT
CCAATTATGATAGTTTTAAACAAAAATGCAAAAG
Found at i:1509943 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1507833--1509943 Score: 1392
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 179
1507823 TTCTATTTCT
* *
1507833 ATTTAAAATCATTTACAAAATTATAAATGGATTAATATGTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
** * * ** ** * *
1507898 CAATGGCACAACT-AATGTAAAATGGCCTTCTCTGGTTGATGGATAGCATCTACTTCATGTTTCC
65 CAATGGCATGACTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCC
* * * *
1507962 TAATGCAAACAT-CAAATTATGATAGATTTTTA-CAAGAAATGAAAAAGATTTTG
129 TAATGAAAACATAC-AATTATGAAAG-TTTTAACCAA-AAA-CAAAAAGATTTTG
* * * * *
1508015 ATGTAAAATCATTTA-AATAATTAAAAATGGATGAATATGTCATTT-ACGACAAGAAACAAAGCT
1 ATTTAAAATCATTTATAA-GATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAG-CAAGAAACAAAGCT
* * * * *
1508078 TTCAATGGCATAAC-AAATGTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATAC-ACTTCATGTT
63 TTCAATGGCATGACTGAAT-TAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCAT-CTAGTTCATGTT
* * * ** *
1508141 T-CAAATTGCAAATA-ACCAATTATGATTGTTTTTATCCAAAAATGC-AAAAGATTTCT-
126 TCCTAA-TGAAAACATA-CAATTATGAAAG-TTTTAACCAAAAA--CAAAAAGATTT-TG
* * *
1508197 ATTTAACAA-CATTTATATGATTATAAATGGATTAATAAGTCATTTAAAGCGAGAAACAAAGCTT
1 ATTTAA-AATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTT
* * * * * * * * *
1508261 TCGATGGAATTATTGAATTAAAACGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTAACTA-TGTCAGGTTTC
64 TCAATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGT-TCATGTTTC
* * * *
1508325 TCCAATGAAAACATACAATTACGATAAGTTTTAACTAAAAATAAAAAGATTTTG
128 -CTAATGAAAACATACAATTATGA-AAGTTTTAACCAAAAACAAAAAGATTTTG
* * * * *
1508379 AGTTAGAATCATTCATAAGATTA-AAATGGATTAATATGCATTTCAAGCAAGAAACAAAGCTTTA
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * *
1508443 AATCGCATGAC-AAACTTAAAATGGA--TTT-TTAACAATGGTTAGCAT-TTGCTTCATGTTTCC
66 AATGGCATGACTGAA-TTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAG-TTCATGTTTCC
* * * **
1508503 TAATGCAAACAT-CCA--AT-----TTTTAAACAGAAATGAAAAA-ATTCTT-
129 TAATGAAAACATACAATTATGAAAGTTTTAACCA-AAAACAAAAAGATT-TTG
* * ** * *
1508546 -TTTAAAATCATTTATAGGATTATAAATGGATTAATATGCATTCAAAGTGAGAAACAGAGCTTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* ** ** * * *
1508610 GATGTTATGGTTGAATAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCTATTTCATGTTTCCTA
66 AATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCCTA
* * * * * ** * * *
1508675 ACGAAAACATATAATTCTAATAAGTTTTAACTAAACATTAAAATGATATCG
131 ATGAAAACATACAATTATGA-AAGTTTTAACCAAA-AACAAAAAGATTTTG
* * *
1508726 ATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAATGG-TTAATATGCATTTAAAGAAAAAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * * * * * * **
1508790 GACGGCATGA-TCGACTTAAAATAGACTCTTCGTATCAGTGAATGGTAT-TTGCTTTGTGTTTCC
66 AATGGCATGACT-GAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAG-TTCATGTTTCC
* * * * **
1508853 TAATGTAAACATCCAATTATGATAAATTTTAACCAAAAATAAAAAAGA-TTCA
129 TAATGAAAACATACAATTATGA-AAGTTTTAACCAAAAA-CAAAAAGATTTTG
* * * *** * **
1508905 ATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAAAATAGATTAATATGTCATTTAAAGTGTGGAACACGGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
** * * *
1508970 CAATGGCACAACT-ACTGTAAAATGGACTTCTT-TGATCAATGAATGGCATCT-GCTTCATGTTT
65 CAATGGCATGACTGAAT-TAAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCATCTAG-TTCATGTTT
* * * * * * * ** *
1509032 CCCATTGTAGACATCCAATTATGATAGGTTTAAATAAAAACAAAAAGCAGTTTG
127 CCTAATGAAAACATACAATTATGAAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAG-ATTTTG
* ** * *
1509086 ACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATATATTAATATGCATATAAAGCGAGAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* * * * * * ** * ** * *
1509151 GATGGTATGACTGAATTAAAATAGAATTTGCTTGTCAATGGACAGCATCCACATCATGTTTTCAA
66 AATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCCTA
** * * * **
1509216 AT-ACAAATGTCCAATAATGATAGTTTTTAA-CAAATAACACAAAAGATTTCA
131 ATGA-AAACATACAATTATGAAAG-TTTTAACCAAA-AACA-AAAAGATTTTG
* * *** *
1509267 ATTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGTATTAATATGTCATTTAAAATGAGAAACAAATCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATG-CATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
* * * * * * *
1509332 TAATGGCATCATTGAATTAAAATGGACATTTCTTGA-CAATGGATGGTATCT-TTTCATGCTTCC
65 CAATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCC
* * ** *
1509395 TAATGAAAACATGCAATTGTGAAAAGTTTTAACCAAAATTGAGAAAGATTTTG
129 TAATGAAAACATACAATTATG-AAAGTTTTAACCAAAA-ACAAAAAGATTTTG
* * * * *
1509448 ATTTAAAAACATTTATAAAATTATAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCGACAAACAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* * *
1509513 AACGGCATGA-TTAACTTGAAATGGACTTCTT-TTATCAATGGAT-GCATCT-GTTTCATGTTT-
66 AATGGCATGACTGAA-TTAAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCATCTAG-TTCATGTTTC
* * * * ** **
1509573 CTCAATGCAAACATCCATTTATGATAGGTTTTAAATAAAAATGC-AAAAGATTTCA
128 CT-AATGAAAACATACAATTATGA-AAGTTTTAACCAAAAA--CAAAAAGATTTTG
* * * *
1509628 ATTTAAAAACATTCATTAGATTAT-AATGGATTAATATTTCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATA-TGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTT
** * ** * * * *
1509692 TGATGACATGGTTGAATTCAAATGGACTTTTCTTGA-CAATAGATGGCATCCACTTCACAT-TTT
65 CAATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCATCTAGTT--CATGTTT
* * *
1509755 TC-AATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAACCAAAACCAAAGAATATTTTG
127 CCTAATGAAAACATACAATTATGA-AAGTTTTAACCAAAAACAAA-AAGATTTTG
* * * *
1509809 ATTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCTAGAAAGAAAGCTTTC
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
* * *
1509874 AATGGCATGACTGACTTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTT-CTC
66 AATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCCT-
1509938 AATGAA
130 AATGAA
1509944 CTTTTCTTGT
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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184 5 0.00
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ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGCTTTC
AATGGCATGACTGAATTAAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCCTA
ATGAAAACATACAATTATGAAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAGATTTTG
Found at i:1509986 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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1509883 ACTGACTTAA
* *
1509893 AATGAACTTTTCTCATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTTCTC
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** *
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1 AATGAACTTTTCTCATCAATGGATAGCATCTAG-TTCACGTTT
1509980 TCCAATGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATGAACTTTTCTCATCAATGGATAGCATCTAGTTCACGTTTCTC
Found at i:1510297 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1509938--1510991 Score: 618
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 180
1509928 CATGTTTCTC
* **** * *
1509938 AATGAACTTTTCTTGTCAATGGAT-AGCATTTGTTTCACGTTTTC-CAATGTAAACAT-CTAATT
1 AATGAACTTTTCTTATCAATGGATGA-CATCCACTTCACG-TTTCGTAATGAAAACATAC-AATT
* * ** * * *
1510000 ATGATAGGGTTTAA-ACAAAAACAAAAAAGA-TTCACCTTAAAATCATGTATAAGATTATAAGTG
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* * ** * * *
1510063 TATTAATATGCATTTCAAGTGAGAAACAAAGCATTGGATAGTATTATTGAATTAA
127 GATTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGC-TTTTATGGCATAATTGAATTAA
* * * *
1510118 AATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACATCTACCTCATGTTTCGTAATGAAAACATACAATTATG
1 AATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACATCCACTTCACGTTTCGTAATGAAAACATACAATTATG
* *
1510183 ATAAGTTTTAACAAAAAACGAAAAAGATTTCAATTTAGAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATT
66 ATAAGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATT
* **
1510248 ACTATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTCTTTATGGCATGGTTGAATTAA
131 AATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCT-TTTATGGCATAATTGAATTAA
* * * * * *
1510299 AATGGATTTTTCTTATTAATGGATGACGTCCACTTCATGTTT-GCTAATGAATACATACAATTAT
1 AATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACATCCACTTCACGTTTCG-TAATGAAAACATACAATTAT
* * * * * * * * * * *
1510363 AACATGTTTTAAC-CAAAACAAAAAAAAATT-GAGTTCAAATCATTTATAATATTATAAATGGAT
65 GATAAGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGAT
* * * * *
1510426 TAATATGTATTTAAAGTAAGAAACAAAGTTTTTGATGGCATAATTGACTGAA
130 TAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTT-ATGGCATAATTGAATTAA
* * * * * * * ** ** *
1510478 AATGGACTTTTCTTATTAATGG-TGGCATCCGCTTCACGTTTCCTAATGCAATCACCCTGTTACG
1 AATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACATCCACTTCACGTTTCGTAATGAAAACATACAATTATG
* * * * * *
1510542 AT-AGATTTTATCCAAAAACAAAAAAGATTTTAATTTAAAATCATTTAAAAGATTAAATATGGAA
66 ATAAG-TTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGAT
* * * ** * * * * *
1510606 CAATATTTCATTTACAGCAAGAAACGAAGCTTTCAATGGCACAACT-AGTGTAA
130 TAATA-TGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTT-TATGGCATAATTGAAT-TAA
* ** * * *** **** * * * * *
1510659 AAGGTGCTTCT-TTAGCTAATGGAT-AGCATTTGCTTTGTATTTCCTAATGCAAGCATCCAATTG
1 AATGAACTTTTCTTATC-AATGGATGA-CATCCACTTCACGTTTCGTAATGAAAACATACAATTA
* * ** * * * * *
1510722 TGAT-TGGTTT-A-AAAAAACAAAAAAGATTTTGACTTGAAATCATCTATAAGATTATAAATGCA
64 TGATAAGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGA
* ** * * *
1510784 TTAAAATGCATTTAAAGCAAGAAACAAAGC-TTCACTGGTATGATTGAATTAA
129 TTAATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTA-TGGCATAATTGAATTAA
* * * * ** * * * * * * * *
1510836 AATGGAATTTTTCTTCTCAATAGATGGCATCTGCTTTATGTTTAGTATTGTAACCATCCAATAAT
1 AAT-GAACTTTTCTTATCAATGGATGACATCCACTTCACGTTTCGTAATGAAAACATACAATTAT
* * * *
1510901 GATAGGTTTTAGACAAAAATAC---AAAGATTTCATTTTAAAAACATTTATAAGATTATAAATGG
65 GATAAGTTTTA-ACAAAAA-ACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGG
*
1510963 ATTAATATGTCATTCAAAGTGAGAAACAA
128 ATTAATATG-CATTTAAAGTGAGAAACAA
1510992 CGGTTTCGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 14 0.02
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AATGAACTTTTCTTATCAATGGATGACATCCACTTCACGTTTCGTAATGAAAACATACAATTATG
ATAAGTTTTAACAAAAAACAAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATT
AATATGCATTTAAAGTGAGAAACAAAGCTTTTATGGCATAATTGAATTAA
Found at i:1510301 original size:406 final size:405
Alignment explanation
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Period size: 406 Copynumber: 2.0 Consensus size: 405
1509537 ACTTCTTTTA
* * * *
1509547 TCAATGGATGCATCTGTTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCCATTTATGATAGGTTTTAAATAAA
1 TCAATGGATGCATCTGTTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGGTTTAAACAAA
*** * * *
1509612 AATGCAAAAGATTTCAATTTAAAAACATTCATTAGATTATAATGGATTAATATTTCATTTAAAGC
66 AACAAAAAAGATTTCAACTTAAAAACATTCATAAGATTATAATGGATTAATATTGCATTTAAAGC
* * * * * *
1509677 AAGAAACAAAGCTTTTGATGACATGGTTGAATTCAAATGGACTTTTCTTGACAATAGATGGCATC
131 AAGAAACAAAGCATTGGATGACATGATTGAATTAAAATGAACTTTTCTTGACAATAGATGACATC
* * *
1509742 CACTTCACATTTTTCAATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAACCAAAACCAAAGAATATTT
196 CAC-TCACATGTTTCAATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAACAAAAACCAAAGAAGATTT
** ** * *
1509807 TGATTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAATGGGTTAATATGCATTTAAAGCTAGAAAGAAAGCTT
260 CAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCTAGAAACAAAGCTT
* * * *
1509872 TCAATGGCATGACTGACTTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGGCATCTAGTTCATGTTT-C
325 TCAATGGCATGACTGAATTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTGC
1509936 TCAATGAACTTTTCTTG
390 T-AATGAACTTTTCTTG
* * *
1509953 TCAATGGATAGCATTTGTTTCACGTTT-TCCAATGTAAACATCTAATTATGATAGGGTTTAAACA
1 TCAATGGAT-GCATCTGTTTCACGTTTCT-CAATGCAAACATCCAATTATGATAGGGTTTAAACA
* * * *
1510017 AAAACAAAAAAGA-TTCACCTTAAAATCATGT-ATAAGATTATAAGTGTATTAATA-TGCATTTC
64 AAAACAAAAAAGATTTCAACTTAAAAACAT-TCATAAGATTATAA-TGGATTAATATTGCATTTA
** * * * *
1510079 AAGTGAGAAACAAAGCATTGGAT-AGTATTATTGAATTAAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATG
127 AAGCAAGAAACAAAGCATTGGATGA-CATGATTGAATTAAAATGAACTTTTCTTGACAATAGATG
* * * *
1510143 ACATCTAC-CTCATGTTTCGTAATGAAAACATACAATTATGATAAGTTTTAACAAAAAACGAAA-
191 ACATCCACTCACATGTTTC--AATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAAC-AAAAACCAAAG
* *
1510206 AAGATTTCAATTTAGAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATTACTATGCATTTAAAG-TGAGAAA
253 AAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCT-AGAAA
* ** * * * * *
1510270 CAAAGCTCTT-TATGGCATGGTTGAATTAAAATGGATTTTTCTTATTAATGGATGACGTCCACTT
317 CAAAGCT-TTCAATGGCATGACTGAATTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGACATCCACTT
1510334 CATGTTTGCTAATGAA
381 CATGTTTGCTAATGAA
1510350 TACATACAAT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 56, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
404 8 0.02
405 2 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
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TCAATGGATGCATCTGTTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGGTTTAAACAAA
AACAAAAAAGATTTCAACTTAAAAACATTCATAAGATTATAATGGATTAATATTGCATTTAAAGC
AAGAAACAAAGCATTGGATGACATGATTGAATTAAAATGAACTTTTCTTGACAATAGATGACATC
CACTCACATGTTTCAATGAAAACATACAATTATGACAAGTTTTAACAAAAACCAAAGAAGATTTC
AATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAATGGATTAATATGCATTTAAAGCTAGAAACAAAGCTTT
CAATGGCATGACTGAATTAAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATGACATCCACTTCATGTTTGCT
AATGAACTTTTCTTG
Found at i:1512246 original size:41 final size:41
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Indices: 1512201--1512283 Score: 114
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
1512191 TAAATTGTTT
*
1512201 ACTTAAGTCATTATG-CCAAATTGATTAAAATTATTTAATTA
1 ACTTAAGTCATT-TGACCAAATTAATTAAAATTATTTAATTA
* * *
1512242 ACTTAAGTCATTTGACCTAATTAATTCAAATTGTTTAATTA
1 ACTTAAGTCATTTGACCAAATTAATTAAAATTATTTAATTA
1512283 A
1 A
1512284 ATTGTTAGGC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.05
41 35 0.95
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (41 bp):
ACTTAAGTCATTTGACCAAATTAATTAAAATTATTTAATTA
Found at i:1512334 original size:35 final size:35
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Indices: 1512153--1512378 Score: 147
Period size: 35 Copynumber: 6.3 Consensus size: 35
1512143 TCTTAAGCAC
* *
1512153 TTGATTAAAATTGTTTAATTTAGTT-GT--GCCTAA
1 TTGATT-AAATTGTTTAATTAAGTTATTCGGCCTAA
* * * ** *
1512186 TTAATTAAATTGTTTACTTAAGTCATTATGCCAAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTCGGCCTAA
* * * *
1512221 TTGATTAAAATTATTTAATTAACTTAAGTCATTTGACCTAA
1 TTGATT-AAA-T-TGT--TTAA-TTAAGTTATTCGGCCTAA
* * * * *
1512262 TTAATTCAAATTGTTTAATTAAATTGTTAGGCTTAA
1 TTGATT-AAATTGTTTAATTAAGTTATTCGGCCTAA
*
1512298 TTTATTAAATT-TTTGAATTAAGTTA-TCGGGCCTAA
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*
1512333 TTGATTAAATTGTTTAGTTAAGTTATTCGGCCTAA
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*
1512368 TTGATTCAATT
1 TTGATTAAATT
1512379 AAACAATTAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 30, Indels: 24
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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33 6 0.04
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Consensus pattern (35 bp):
TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTCGGCCTAA
Found at i:1512389 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1512313--1512392 Score: 90
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1512303 TAAATTTTTG
****
1512313 AATTAAGTTATCGGGCCTAATTGATTAAATTGTTT
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* *
1512348 AGTTAAGTTATTC-GGCCTAATTGATTCAATTAAAC
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1 AATTAAGTTA
1512393 ACTAGGCTTC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 2
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 35 0.95
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Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTTATCGGGCCTAATTGATTAAATTAAAC
Done.