Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397281.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_39.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 125079 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 5
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1512958 AACATGCTTA
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* * * *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * * * * **
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1 ACAATAGATGGCATTCGCTTCAAGTTTCTC-AATG-AAACATACAATTATGATAAGTTTTAACCC
** * *
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64 AAAATGAAAAAGA-TTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATGGATTAATATGCATTTAA
* * * * * * *
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* * *
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* *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * *
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*
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GCAAACATTCAATTATAACCTATTTAAAACAAAAACATA
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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63 CAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATA-CAATTATGAGATTAT
********** * *
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* * * * **
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* * * *
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*** * *
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********** * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * **
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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*
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** * * * *
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* * * ** * *
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* *
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* *** * ** *** *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
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* *** ** * * ***
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * **
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*** * * * **
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* ** **
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********* *
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* * * * *
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* * ** * * * * **
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* * * * * * ** *
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* * ** * * * ***
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAAGG-AAACATTC-
* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ********
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** * *
1523593 NNACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG
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** * * * *
1523636 ACTATAAAT-TTCTTTT-TGTCTCAATAGATGGCTTTCGTTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAAGG-AAACATTC
* * * ** *
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* * * *
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** * * * ** * *
1523808 ACTATAAATAAACTTTTCTTGTAAATGGTTGGCTTTCATTTCATGTTTCCTAAGGCAAATATTTC
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* * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * **********
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* * *
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* * * * *
1524152 ACTATAAATAGACTTTT-TGTCTCAATGGATGGCATTT-GCATCATGGTTCCTGAAGAAAACATT
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* * * * *
1524215 CAATCATAATTTTGTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTTC-ACTTAAA-ATTAATTATGAGATTA
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*
1524278 TAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTG
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* * ** * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
1524451 AACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
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* * * ** * * *
1524493 ACTATAAATAGACCTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTCTTTTTATATTTCCCAAGCCAAACATTCA
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* * * * *
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* * * *
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********** * * *
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* * * **********
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1524793 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCATGATTG
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* * ** ** * *
1524836 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTCATTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATCCA
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
1525133 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGACGGCATGAGTG
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* * * *
1525179 ACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGCTTCCCATGGCAAACATTC
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64 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TACAATTATGAG-ATTATA
* * *
1525301 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCATGATTA
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* * * * * ** *** *
1525344 ACTAAAAATGGACTCTTCTTGTTAATGGATGGATTTCATTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATCCA
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* * * * * * * *
1525409 ATTATCATCTATTTTAATGACAACTGAAAAAATAATTCAACTTAAAATA-ATTTAT-ACGATTGT
65 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT-AAATACAATTATGA-GATTAT
* * * **
1525472 AAAATCATTTAAAGTGAG---GAA----TTCGAAGGCATGAGCA
126 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * * * *
1525509 ACTATAATTGGTCTTTTCGTGTCAATGAATGGTTTTCGCTTAATGTCTT--TAAGCCAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGT-TTCCCAAG-GAAACATTC
* * * * *
1525572 AATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTGAAAAGATTCAACTTAAA-ATCAATTATCAAATTATA
64 AATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATA-CAATTATGAGATTATA
* *
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CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
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1521607 CATCTCAATG
** * * **
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* * * *
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64 AT-AAAAAATTTTAACTTAAAGT-CAATTATGAGATTACAAAACCACTTAAAAAAAGTAATAAGG
* *
1521743 C-TTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
127 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* *
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**
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* ** *
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Statistics
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CAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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319 ATCGA--TTAATGAAAACTAG
* * * * * * * ** *
1521681 TCAAAAAATTTAA-GTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGC-
1 -AAAAAAATTCAACATAAAATA-ATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCT
* * ** ********** * * * * *
1521744 TTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNGA-TAGCTTTTGCTTCACGTTT
64 TTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGA-CTTTCGC-TAACATCT
* * * * * * ** ** * *
1521808 CCCATA-GCAGATATTCAATTATAATTTG-TTTAAAAGAAAAACATAAAAAATTTTAACTTAAAG
127 CTCA-AGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAA
* * * * * * *
1521871 TCAATTATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATGATTGACTAT
190 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * *
1521936 AAATAGACTTTTTTTTCTCAATGGATGGCTTTCATTCCATGTTTCTCGAAGCAAACATCTAATTC
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1522001 TCATCGATTAATGAAAACTAG
317 TCATCGATTAATGAAAACTAG
* *
1522022 AAAAAAAGTTTAACATGAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTT
1 AAAAAAA-TTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTT
* * *
1522087 TCGAAGGCATGAGCAATTATAAATGGATTTTTCATATCAGTGGACGACTTTCGCATAACATCTCT
65 TCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGC-TAACATCTCT
* * * * * *
1522152 CGATGCAAACATTCAATTATACTCTGTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTA
129 CAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* *
1522216 ATTATCATATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
193 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * *
1522281 TAAACATTTCTTATCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCCCAAGGTAAACAT-TCAATTATAA
258 TAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCA-TTCATGTTTCTCAA-GCAAACATCT-AATTATCA
* * ** * *
1522345 TATGTTTTTTTAAAAAATGTAG
320 T-CG-ATTAAT-GAAAA-CTAG
* * * * * *
1522367 AAAAACA--CAAC-TAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACAT-AAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTT
** * * * * * *
1522429 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGA-AAATGGTTC-ACTTTCGCT-TCATGTT
65 TCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCAT-ATCAATGG-ACGACTTTCGCTAACAT-CT
* * * * **********
1522491 TTAAAAGGTAAATATTCAATTATAATATG-TTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAATTCAACTTAAAA
127 CT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * * *
1522555 TCAGTTAT-AGTTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGCGCTTTTGAGGGAATAATTGACT
190 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * *
1522618 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTCATTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATCAAATT
253 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCA-TTCATGTTTCTCAAG-CAAACATCTAATT
*
1522683 ATCATCTATTTAATGAAAACTA-
316 ATCATCGA-TTAATGAAAACTAG
* * ** *
1522705 AAAAAAATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTGTAAGATTGTTTAAAGTAAGGAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTTT
* * * * * *
1522770 CGAAGGCATGAACAACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATAGATGGCTTTCACGTAACATCTCTC
66 CGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGC-TAACATCTCTC
* * *
1522835 AAGGAAAACACTCAATTATAATATGTTTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTCAA
130 AAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * **
1522899 TTATGAGATTATACAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAACACATGAGTGACTATAAAT
194 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* ** *** * * * ** *
1522964 GGACTTTTCTTGCCAACAAACGGCTTTCTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGGCAT-TCAATTATAA
259 AGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTC-ATTCATGTTTCTC-AA-GCAAACATCT-AATTATCA
* ** *
1523027 TCTGTTTTAACAAAAAAT-G
320 TC-G-ATTAATGAAAACTAG
* * * * ********* *
1523046 -TAAAAATTAAAAGATAAAATCAA-TTACAAGATTATANNNNNNNNNNAAACG--AGTAATAAGG
1 AAAAAAATT-CAACATAAAAT-AATTTATAAGATTATA-AAATCATTTAAA-GTAAGGAATAAGG
* ** * * ** * * * * ** *
1523107 CTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTT
62 CTTTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGC-TAACATC
* * * * * * *** * * *
1523172 TCCCATA-GCAGACATTCAACTATAATCTATTCAAAAC-AAAACAT-AAAAAAATTTAGCTTAAA
126 TCTCA-AGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * * * * * * * ** *
1523234 GTCAATTATAATATTGCAAAACTATTTAAAGCTAGCAGTAGGGCTTTTGAAGTAATGATTGACTA
189 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * * * * * *
1523299 TAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATAACTTTCGTTTCATATTGCTTGAGGTAAACATCTAATTA
254 TAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTC-ATTCATGTTTC-TCAAGCAAACATCTAATTA
*
1523364 TCATTGATTTTAATGAAAACTA-
317 TCATCGA--TTAATGAAAACTAG
* * * * * * *
1523386 AAAACAATTCAACTTGAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGAAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTTT
* * * * * ** * * * * * * *
1523451 TGAAGGCATGAGTAACTACAAATGAAATTTTTGTGTCATTGGATGGCTTTCACTTAACGTCTCCC
66 CGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGC-TAACATCTCTC
* * * *
1523516 AAGGCAAACATTTAATTATAATATGTTTTTAGC-GAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
130 AAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
********** *
1523580 TTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
194 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
** * * * *
1523645 -TTCTTTT-TGTCTCAATAGATGGCTTTCGTTTCATATTTC-CTAAGGCAAACAT-TCAATTATA
259 AGACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTC-ATTCATGTTTCTC-AA-GCAAACATCT-AATTAT-
* ** * *
1523706 CTAT-GTTTTAACCAAAAATAT
318 C-ATCG-ATTAATGAAAACTAG
** * * * * *
1523727 AAAAAAAAACTACACGTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGGAATAAGGC
1 AAAAAAATTC-A-ACATAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGC
* ** ** * * * ** * * ** * *
1523791 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTAAATGGTTGGCTTTC-ATTTCATGTT
63 TTTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGCTAACATCTC
* * * * *
1523855 TCCTAAGGCAAATATTTC-ATTATAATATG-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAA
128 T-C-AAGGAAAACA-TTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* *
1523918 ATCAATTAT-A-ATTTCATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGA
189 ATCAATTATGAGA-TT-ATAAAACCATTTA-AACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * * *
1523980 CTATAAGTAGACTTTTCCTATTACTGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCCCATGGAAGAAAT-TC
251 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTT-CATTCATGTTTCTCAAGCAA-ACATCT-
* ** *
1524043 AATTA-CAATCTATTTCAACCAAAA-AATG
312 AATTATC-ATCGA-TT-AATGAAAACTA-G
********* * * * *
1524071 CAAAAAGAATTCAAC-TNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAACAAGG
1 -AAAAA-AATTCAACAT-AAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG-TAAGGAATAAGG
* ** * ** * * * *
1524134 CTTTC-AAAGCGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTCTCAATGGATGGCATTT-GC-ATCAT
62 CTTTCGAAGGC-ATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGAC-TTTCGCTAACAT
* * * * *
1524196 GGTTCCTGAA-GAAAACATTCAATCATAAT-T-TTGTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTTC-AC
125 --CT-CTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTT-TTTAACTAAAAATGTAAAA-AA-TTCAAC
* ** *
1524257 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGT
184 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * ** * *
1524322 GACTGTCAATGGACTTTTCTAATTAATGGATAGCTTTTGC-TTCACATTTC-CTAAGTTAGACAT
249 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTT-CATTCATGTTTCTC-AAG-CAAACAT
* * * *
1524385 CCAATTATTAGCTGTTTTAATGAAAACT-G
310 CTAATTATCATC-G-ATTAATGAAAACTAG
* * * * * * * *
1524414 AAAAACAATTCAAC-TTAAATAATTTATAAGATGAAAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTT
* ** * * * * * * ** * * * *
1524478 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACCTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTCTTTTTATATTTCC
65 TCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTC-GCTAACATCTCT
** * * *
1524543 CAAGCCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAACTT-AACTGAAAAT
129 CAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAAT
* * ** * * *
1524605 CTATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAGGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATA
191 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* ********** *
1524670 AATGGNNNNNNNNNNTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAGGGCAAACAT-TCAATTA
256 AATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTT-CATTCATGTTTCTCA-AGCAAACATCT-AATTA
* * * * **
1524733 TAATCTGTTTTGATAAAAAAAAG
317 TCATC-G-ATTAATGAAAACTAG
* * ********** * ** * *
1524756 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-NNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCT
1 -AAAAAAATTCAACATAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCT
* *** * * * * ** *
1524820 TTCAAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA-TAGCTTTC-ATTTCATGTT
64 TTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGA-CTTTCGCTAACA--TC
* * * * * * * * * * * *
1524883 TTTCGAGGCAAACATCCAATCATCATCT-ATTTTAA-TGAAAGTGAAAAAGAATTCAAATTAAAA
126 TCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAA
* * * ** * * * * *
1524946 T-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTCGCAGTCATGAGTAACTA
190 TCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
1525010 TAAATGGACTTTTCATGTCGATGGATGGCTCTTGC-TTCACT-TTTC-CTAAGGCAAACAT-TCA
254 TAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCT-TT-CATTCA-TGTTTCTC-AA-GCAAACATCT-A
* * * * * *
1525071 ATTATAATCTATTTTTACTAAAAATGTAA
313 ATTATCATCGA---TTAATGAAAA-CTAG
* * ** * *
1525100 AAAAAAACTCAAC-TCAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGC
1 AAAAAAATTCAACAT-AAAA-TAATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTAAGGAATAAGGC
* ** * * * * * * *
1525162 TTTCGACGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGCT
63 TTTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGCTAACA-TC-
* * * * * * * *
1525226 TCCCATGGCAAACATTCAGTTATAATA--TATTTAA--AACAAA---AAAAAATTTAGCTTAAAG
126 TCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
1525284 TCAATTATG-GAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCATGATTAACT
190 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * *
1525347 AAAAATGGACTCTTCTTGTTAATGGATGGATTTCATTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATCCAATT
253 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCA-TTCATGTTTC-TCAAGCAAACATCTAATT
* *
1525412 ATCATCTATTTTAATGACAACT-G
316 ATCATCGA--TTAATGAAAACTAG
* * * *
1525435 AAAAAATAATTCAACTTAAAATAATTTATACGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGG---AA----
1 -AAAAA-AATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCT
* * * * * * ** * *
1525493 TTCGAAGGCATGAGCAACTATAATTGGTCTTTTCGTGTCAATGAATGGTTTTCGCTTA-ATGTCT
64 TTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGCTAACATCTC-
* ** * *
1525557 TTAAGCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTT-ACTAAAAATGTGAAAAGATTCAACTTAAAATC
128 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
1525621 AATTATCAAATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAAT
192 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAAT
1525657 CAGGTTTTTG
Statistics
Matches: 2964, Mismatches: 812, Indels: 403
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (337 bp):
AAAAAAATTCAACATAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCTTT
CGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGACGACTTTCGCTAACATCTCTCA
AGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCATTCATGTTTCTCAAGCAAACATCTAATTATCATCGATT
AATGAAAACTAG
Found at i:1531159 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1530846--1531173 Score: 394
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
1530836 GTAAAAAGAT
* * * ** ** *
1530846 TCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAACCGTGAAATAAGGCTTTCGAAGATA
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* * * **
1530911 TGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTGTTGAGGCAAA
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*
1530976 CATTCAATTATAATAT-TTTTAACCAAACATGTAACAAAAAAAAC
130 CACTCAATTATAATATATTTTAACCAAACATGTAACAAAAAAAAC
*
1531020 TCAACTGAAAATCAATCACGAGACTATAAAACCATTTAAA-GTGAGGAATAAAACTTTCGAAGAC
1 TCAACTCAAAATCAATCACGAGACTATAAAACCATTTAAACGTGA--AATAAAACTTTCGAAGAC
* * * *
1531084 ATGAGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTATAAATGG-TTGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTG-GGAT
64 ATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATAAATGGATT-GCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGG-C
* *
1531147 AAATACTCAATTATAATTTATTTTAAC
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Statistics
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** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** ** * * *
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* * * *
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129 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-A-AT-A-TAAAAA
* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * *
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64 TGTTTCTCGAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTA
1531369 AAAAAATTAGTGAGGTATAA
129 AAAAAATTAGTGAGGTATAA
1531389 GGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTCACTGAATG
1 GGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTCACTGAATG
* * * * * *
1531454 TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAA
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131 A
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TTTCTCGAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAA
AAAATTAGTGAGGTATAA
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1531367 TAAAAAAATT
* * ** *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * ***
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* * * *
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* * * * * * *
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1 AGTGAGTAAT-AAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* *
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*
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128 AAATTCAACTGAAAATCAATTATAAATTTATAAAACCATTTAA
** ** ** * **
1531888 AGTGAGTAATAAGGATTTAAAAGGCGCGAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTATCAATGGACAGC
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * ** * ** * ** *
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* * * * * *
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* ********** * * * **
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1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * * * *
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********** *
1532188 AAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA
128 AAATTCAACTGAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
** ** * * * * * * * * *
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1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-TCAATGGATGG
** * ** * * * ** * *
1532295 CTTTCGCTTGACGTTTCTTAAGGCAGACA-TCTAATTATTGAT-TGTTTTAATGAAGACTGAAAA
65 CTTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAAACATTC-AATTA-TAATATGTTTTAACCAAAAAT-AAAA
** *
1532358 GCAATTCAACT-AAAAT-AATTTATAAGA-TTATAAAA-TATTTTAA
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* * * **
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1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * **
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66 TTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAA
* *
1532531 CTCAACTGAAAATCAATTA-AGAGA-TTATAAAACTATTTAA
131 TTCAACTGAAAATCAATTATA-A-ATTTATAAAACCATTTAA
* * * * *
1532571 AGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGGATAG
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * ** * * * *
1532635 TTTTTGCTTTACGTTTCTTC-AAG-AAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAA
65 CTTTCGCTCCATGTTTC-TCGAGGTAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-AAA
* **********
1532698 AAAA--C--CT-AAAATCAATTATGAGA-TTATANNNNNNNNNNA
127 AAAATTCAACTGAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * ** * * * *
1532737 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGTATGAGTGACTGTAAATGGGCTTTTGTTATTAATGGATGAC
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* ** * * * * * *
1532802 TTTTGCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAT
66 TTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAA
* *** * * **********
1532867 TTTTTGCTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAANNNNNNNNNN
130 ATTCAACTGAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
* * *
1532908 AGCGAGTAATAA-TACTTTCGAAGGCGTAA-A-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT
1 AGTGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGC--AAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGAT
* * * ** * * * *
1532970 GGATTTTGCTTCACATTCCTC-AGGGTGGAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTGATA-AAAAAAGT
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* * * *
1533032 AAAAAAAAATAAACTTAAAATTAATTATAAATTTAT-AAACCATTTAA
123 AAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAATTTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
1533079 AACGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATG-TTGACTATAAATGAACTTTTTTTG-CTAATGGATGG
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGGATGG
** ** ** ** * * * * * * ** **
1533142 CTTTCATTTTACATTTCTTAAGGCAAATATTCTATTATCATCTATTTTAATGAAAACCGAAAAAA
65 CTTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATAAAAAA
* * *
1533207 AATTCAACTTAAACT-AATTTATAAGATTT-TAAAATCATTTAA
129 AATTCAACTGAAAATCAA-TTATAA-ATTTATAAAACCATTTAA
* * * ** * *
1533249 AGTGAGTAATAAAGTTTTC-ATAGCCATA-AGCAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATG
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGA-AGGCA-AGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATG
** * * * *
1533312 GCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTATAACCAAAAAGGT-TAA
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** * * * *
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127 AAAATTCAACTGAAAA-TCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * * *
1533420 AGTAAGTGATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGAACTTTTGTTGCCAATAGTTGGC
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* ** * * * *
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66 TTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-A-----
*** * * *
1533549 CGTGTCAATGGATGGCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCTTTTAA
125 ------AA---A-AAATTCAACTGAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
* * * ** * * *
1533605 GGCGACTAATAAGGCCTTCAAAGGCATA-AGTGACTATAAAT-AGACTTTTATTATCAATGGATG
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCA-AGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * *
1533668 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAACGT-AA
64 GCTTTCGCTCCATGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA--TAAA
* *
1533731 AAAAATTCAA-TATAAAATCAATTATGAATTTATAAAACCATTTAA
126 AAAAATTCAACT-GAAAATCAATTATAAATTTATAAAACCATTTAA
* * * ** * *
1533776 AGTGAGCAATAA-GACTTTCGAAGGTATG-GTTGACTATAAAT-AGTTTTTTCTTGGCAATAGAT
1 AGTGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCAAGAG-TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGAT
* * * * * ** * * * ** **
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* * * * * * *
1533902 AAATTGAACTTAAAA-AAATTTATAAGA-TCATAAAATCGTATAA
128 AAATTCAACTGAAAATCAA-TTATAA-ATTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * *
1533945 AGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACCATAAATGGACTTTGCGTATCAATGGATGGC
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* ** * * * * * * * * * * * ***
1534010 TTTTGCTGAACGTCTC-CCATTGCAAAAATTCGATTATAATCTATTTTTACTAAAAAGGTAAAAA
66 TTTCGCTCCATGTTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAA
* **
1534074 ATTCAACTTAAAATCAATTATATTTTTATAAAACCATTTAA
130 ATTCAACTGAAAATCAATTATAAATTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
1534115 AGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAATGACTATAAAT-AGACTTTTTCTAGTCCATGGATA
1 AGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGA-AC-TTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * *
1534179 GCTTTTGTTTCAAGTTT-TCCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAA
64 GCTTTCGCTCCATGTTTCT-CGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-AAA
1534243 AAAA
127 AAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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Found at i:1536152 original size:341 final size:339
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* * * * * *
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** * * ** * * ** *
1535588 AAAATTATTTAAAGCGAGTAACAAATCTTTCAAA-AGCATAAGCAACTATAAATTG-ACTTTTCG
128 AAAACCATTTAAAGTGGGTAACAAGCCATTCAAAGA-CATGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCC
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ********** *
1535777 GTAATANNNNNNNNNNAGG-TATAAG
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* * * *
1535802 TGACTATAAATGGACTTTTCGTCTCAACGGATGGCTTTCACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
1535867 CACTTATAACATGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAACTCAACTGAAAATCAATTAAGCTATTATA
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*
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* * ** * *
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* * ** * * *
1536058 AAAAATAG-AAAAAAATTCAGCGTAAAATTAG-TTATAATTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
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*
1536121 ATAAGACTTTTTAAGGGATT-AG
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* * * * * * *
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1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * * *
1536207 CAATTATAATCTAT-CTTAAACTAAAAAGCAAAAAGAATGTAACTTAAAGTCAATTATGATATTA
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * *
1536466 GTCTTTTGAAGGTTTGAA
322 GACTTTTGAAGGATTGAG
* * * * * *
1536484 TGACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTCCTTAGG-AAGATAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTACTTAATGTTTCCTAAGGCAA-ACAT
** * * * *
1536548 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAGAATTGAACTTAGAATCAATTATGAGATTATA
65 TCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAAGTAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGATATTATA
**** * * * * * * *
1536613 AAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCAAAGGA-ATGAGTGACTATAAAAGATCTTTTCTTA
129 AAACCATTTAAAGTGGGTAACAAGCCATTCAAA-GACATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTG
* * ** ** * * * *
1536677 CCAAT-GA-ATGTCTTTTTC-T-TTATGTTTCTTGAGGCAAGCATTCAATTATTATTTGTTTTAA
193 TCAATAGATA-G-C--TTTCGTATCATGTTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATAATATATTTT-A
* * * * ********** * * *
1536738 CCAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA-ANNNNNNNNNNATAAAATCATTTAAAGC-AAC
253 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAAT-AGATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAG
* *
1536801 TAATAAGGCTTTCT-AAGGCA-TGAG
316 GAATAAGACTTT-TGAAGG-ATTGAG
* * * * * * * * *
1536825 TGACTATAAATTGACTTTTCTTACT-AATGAATAG-TATTTTCTTCATATTTCATGAGGTAAACA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATGGCT-TTTACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACA
* * * * * * * * *
1536888 CTCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAATA-TTAAAAAATTAATTTAAAATCTATTATGAGATTAT
64 TTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAA-AGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGATATTAT
* *** * * * ** * *
1536952 AAAACTATTTAAAGTGACCAATAAGACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
128 AAAACCATTTAAAGTGGGTAACAAGCCATTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTG
* * * * * * * ** * ** *
1537017 CCAATGGAT-GCCTTTTGCT-CCACGTTTC-CTTA-G-AAGACATTGAATTATAATCTGCTTTAA
193 TCAATAGATAG-CTTTCG-TATCATGTTTCTC-AAGGCAA-ATATCCAATTATAATATATTTTAC
* * * * * *
1537077 TAACAAA-GATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCGTTAAAAGC-GA
254 CAA-AAATG-TAAAAAAATTCAACTAAAAAT-AGATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGA
* * *
1537139 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAG
315 GGAATAAGACTTTTGAAGG-ATTGAG
* * * * * *
1537164 TGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTACTTTACAT-TTT-CTGAGGTAGACA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTAC-TTA-ATGTTTCCTAAGGCAAACA
* * *** *
1537226 TTCAATTATAATATGTTGTAACCAAAACTA-TGAAAATGTTAAACTTAAAATCAATTATGAGT-T
64 TTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAA--AGT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA-TAT
* *** * ********** *
1537289 TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATNNNNNNNNNNG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
125 TATAAAACCATTTAAAGTGGGTAACAA-GCCATTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * * * * * * *
1537353 -TTGTCAATAGATGGCTTTTGCT-TTATGTTTCTTAGGGAAAACATTCAATTATACTCTATTTTG
189 CCTGTCAATAGATAGCTTTCG-TATCATGTTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATAATATATTTT-
* * * * * *
1537416 ACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAGATCA-ATTATGAA-TTTATAAAATCATTTAAAGC-G
252 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAAT-AGATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAA-CTG
* * * * *
1537478 AGTAATAGGGCTTTCT-AAGCCA-TGAT
314 AGGAATAAGACTTT-TGAAG-GATTGAG
* * * *** * * * * *
1537504 TGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGGATGGATTTCGTTTCATGTTTCTTGATGCAAACATC
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* ** * * * * * *
1537569 CAATTAT--CATTGATCTTAA-TGAAAACTGAAAGAAAATACTACTTAAACTAAATTATAAGATT
66 CAATTATAACA-TG-TTTTAACCAAAAAGT-AAA-AAAAT-CAACTTAAAATCAATTATGATATT
* * * * * * **
1537631 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCATAG-CTATGAGCAACTATAAATGAACTTTTC
126 ATAAAACCATTTAAAGTGGGTAACAAGCCATTCAAAGAC-ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * * * *
1537695 ATGTCAATGGATGGCTTTCGTATCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAGTTATAATATGTTTTATC
190 CTGTCAATAGATAGCTTTCGTATCATGTTTCTCAAGGCAAATATCCAATTATAATATATTTTA-C
* * * *
1537760 C-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTAAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAATTGAGT
254 CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTAAAAAT-AGATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGG
* * *
1537823 AATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGG
317 AATAAGACTTTTGAAGG-ATTGAG
* * * * * * * * * *
1537846 TGACTATAAATAAAATTTTCTTGTTAATGGTTGGCTTTTGA-TTCATGTTTCTTGAGGTAAATAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTT-ACTTAATGTTTCCTAAGGCAAACAT
* ** * * *
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*
1537972 TAAAACCCTTTAA
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Statistics
Matches: 1684, Mismatches: 399, Indels: 200
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
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127 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** * * * *
1542554 AATGGATGACTTTCACTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT-TATCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AAA
* *** *
1542618 AATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAACCAAGTAACAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * ** * * *
1542682 ACTTTCGAAAGCATGAACGACGATAAATGGATTTTTCTT-AC
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * **
1542723 TTATGAATTGTTTTTTCGTCACGTTTCCAATTGTAGG----CATTCAATTATAATCTGTTTTAGC
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-C-A-TG-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA
* * * * * * ** *
1542784 CAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGGTTATAAGATCATTTAAAACGACTAA
61 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
1542849 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTATTGTC
126 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
1542895 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA-GAAAGACATTCAATTATATTCTAG-TTTAACA-A
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-ATA
* * * * ** *
1542957 AAAATGTAAAAAAA-T-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAACAATG
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
1543020 AGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTT
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * * **
1543064 TATGGATGGCGTTTGCTTTATATTTC-TCAAGGCAGATATTGAATTATAATATGTTTTAACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCAT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
* * * * * *
1543128 AATATAAAAAAATTAAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAT
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
1543193 GCTTTCAAAGACATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * *
1543235 AATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATAA-A
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-A-AATA
* * **
1543298 AAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAGATCAATTGTGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
1543360 AGGGCTTTTGAAGGCATGA-TCCACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
127 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
** *** * * * * * * *
1543405 AATTCATGGCTTTCATTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATCATCTATTTT-AATGAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAA
* * * * *
1543469 AT-TGAAAAAAATTCAAATTAAAAT-AATTTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAA
66 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * ** *
1543532 GGCTTTCGTAGCCATGAGCAACTATAAATGGACTTTT-TGTCTC
129 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
* * ** * * * * **
1543575 AATGGATGGCTTTCGCTTCATTTTTTCA--AGATAAAAATTCAATTGTAATTTGTTTTTACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
* * *
1543638 AATGTAAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
65 AATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * **
1543703 AAGCTTTCGAA-GCATGAATGACTATGAACAGACTTTTCTTG-C
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * ** * * * **
1543745 TGATGGATGGCTTTT-CATCATATTT-TTCAGTGCGGACATTAAATTATAATCTATGTTAACCAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAG-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAA
** * * * * * *
1543808 AAATACAAAAGGAATTCAACTCAAAATCCATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
64 AAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*** * ** *
1543873 AGGCTTTCGAATATATGAATGACTATAAATAAACTTTTCGTGTC
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
1543917 AATGGATAGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCA-AAGACAAACATTCAAGTATAAGCTGTTTTTAGGAT
1 AATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTT-CATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTA-AAT
* * * * * *
1543980 -AAAA-GTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAGAACCATTTAAACT-ATGCAA
62 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAA
* * * * * *
1544042 TAAGGCTTTCAAAGTCATGAGTAACTATCAATGGACTTTTCTAGTA
126 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
1544088 AATGAAT-G-TTGTAGGCATTCA--ATT-AT----C-AAC--T-ACTT-CAATC-G----AAACT
1 AATGGATGGCTT-T-TGC-TTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA-T
* * * * *
1544134 --AAA-G---AAAAATTTAACTTAAAAT-AATTCATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAA
62 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** *
1544192 AAAGGCTTTC-AGAGGCATGAGCAACTGTAAATGGACTTTT-TGTGTC
126 TAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
** ** * *
1544238 AATGGATGATTTTTGCTTCATGTCACATTTTTTGAGGCAAACACTCAATTAT-A------TTAAC
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-----TTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA
* * * ** *
1544296 CAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTCAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTGTTTGAAGTGA
61 TAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
** * * * *
1544360 GTAATAACACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTC
122 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
1544410 AATGGATGGCTTTCGCTTAATGTTTGTCA--AGGTAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCA-
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TT-TCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--AT
* ** ** * *
1544472 AAAAATATAAAAAACCTCAACCGAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGGAAT
62 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** * *
1544537 AAGGCTTTCGAAGTAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC
127 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * *
1544582 AATGGTTAGCTTTCGTTTCATGTTTC-TCGAGGCAAATATTCAACTATAATATGTTTTAACTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCAT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
** * * * **
1544646 AACATAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTATAATTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
1544711 GACTTTCGAAAGG-GTGAGTGACTATAAATAGACTTCTCCTT-TC
129 GGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTC
* * * * * *
1544754 AATGGATGCCTTTTGCTTTA-CTTTCCTGAGG-AAGACATTCAGTTATAATCTATTTT-AATCAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AA
** * * * * *
1544816 AAATACAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAACA
64 AAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * ** * *
1544881 AGGGTTTCGAAGACATAAATGGGTATAAATAGACTTTTCGTGTC
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * *
1544925 AATGGATGGTTTTTGCATCACGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAA
* * * * * *
1544990 ATGTGAAAAAAAATTCATCTTAAACTCGATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAA
66 ATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
1545055 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTCTC
129 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
* *** * * * *
1545098 AATGGATGGC-TTTGTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTCTAAT-AGCTTTTAACTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAAATAAA
* ** * * * *
1545161 TATGTAAAAAACCTCAACTAAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** *
1545226 GCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTTCTC
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * ** * * ***
1545268 AAT-GATTGGCTTTTGTTTCATATTTTCCA--AGGTAAATGTTAAATTATAATATGTTTTATCCA
1 AATGGA-TGGCTTTTGCTTCAT-GTTT-CATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATA
* * ** ** *
1545330 AAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATAATTTTATAAAATTATTTAAAATGAGTAAT
63 AAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
1545394 AAGGTTTTCGAAGGGATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTTTT
127 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
** ** * * * * * *
1545439 AATGGATAACTTTTTATTCA-CTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAA
* * * * * * **
1545503 AAGCAAAAAGAATTCAACTTGAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAA-CGAGTAACGA
66 ATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * *
1545567 GACTTTCGGAGGTATAAATGAGTATAAATGGACTTTCCGTGTC
129 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
** * * ** ****
1545610 AATGGATGGCTTTCACATCATGTTTCCT-AGTTTAAACATTCAATTA-AATCTGTTTTTCCCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAG-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
* * * **
1545673 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * ****
1545738 GCTTTTGAAGGCATGAGTGAATCTGAATGAACTTTTCGCCAC
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
*** * * * *
1545780 AATGGATCATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTATTTT-AATGAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AAA
* * * * *
1545844 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTCAAGTGAGTAATAA
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
1545908 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTC
129 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
* * * ** * * * * *
1545951 AATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAACAAAGATTCAATTATAATCTACTTTGACA-ACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAATAAA
* * * ***
1546015 AATTTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ***
1546080 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGCCTC
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * **
1546122 AATAGATGG-TTGTCGCTACACT-TCTCCTAAGGAAAACATTCAATTATGATCTTGTTTT-ACCA
1 AATGGATGGCTT-TTGCTTCA-TGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAATA
* *
1546184 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
1546249 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * *
1546292 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-ATTGAGGCAAGCATTCAACTATAATCTATTTTAACTAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCA-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAA
* * * * * * * *
1546356 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAATCATTTAAAGCGACTAGTAG
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
1546421 GGCTTTC-AAGGGCATGGGTGACTATAAATAGCCTTTTATTGTT
129 GGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * **
1546464 AATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
* * * ** * * * *
1546528 AGTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTGTTCAAAATGAATAATAAT
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** * *
1546593 GCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTC
130 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
** * * *
1546635 AATCGG-TGGCTTTTGCTTCACCTTTC-TTAGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACA-A
1 AAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-ATA
* * *
1546697 AAAAAGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
1546761 -AGAGTTTTCGAAAGCATGATTGACTATGAAGGGACTTTTTTTGTC
127 AAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * ** * * *
1546806 AATGGATGACTTTCGTTTCACATTTC-TAGAGGCAAACATCCAATTATCATCTATTTT-AATAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCAT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAA
* * * * * *
1546869 AACT-AAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATA
65 AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
1546932 AGGCTTTCGTAGCCATAAGCT-ACCATAAATGGACTTTT
128 AGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTT
1546970 GCTTCACGTT
Statistics
Matches: 3983, Mismatches: 920, Indels: 397
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
149 10 0.00
150 81 0.02
151 2 0.00
152 2 0.00
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159 1 0.00
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175 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
Found at i:1542331 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1541731--1561534 Score: 5485
Period size: 342 Copynumber: 58.0 Consensus size: 339
1541721 TTCTTGAGGT
* * * *
1541731 AGACATTCAATTATAATTAT-TCTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATG
1 AGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
1541795 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
1541860 TTTGTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGCTTCATGAGGCTAG-CATTCAATTATAATCTGTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATT
* *
1541924 TTAA-ATAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
194 TTAATAAAAAG-TGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * * *
1541988 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGTATAAGTGACTATAAATGGACTTCTATTGTTAATGGATTTCTTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
*
1542053 TGCTTCATGTTTCCCAAAGA
321 TGCTTCATGTTT-CCAAGGA
* ** *
1542073 AGACATTTAATTATAATATGTTTTAATTAAAAAACGTAAAAAAATT-AACTTATAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
1542137 AGATTATAAAACTATTTAAAATGACCAATAAGGTTTTTAAAGTCCTGGGTGATTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
1542202 TTTATTATTAATGGAT-GCTTTTTGCTTTATGTTT-TCTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTAT
130 TTTATTGTCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGAAGACATTCAATTATAATCTAT
* ***
1542265 TTTAACTAAAAACGTGTAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGGTCATTAAAAGC
193 TTTAA-TAAAAA-GTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * * * * * *
1542330 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGACTTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
*** **
1542395 CATTTCATGTTTTTAGAGGCA
321 TGCTTCATGTTTCCA-AGG-A
* * * * * *
1542416 A-ACATCCAATTATCATCTATTTGAA-CAAAAAC-TAAAAAAAGAATTCAACTTAAAAT-AATTT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT--AAAAA-AATTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * *** * **
1542477 ATAAGATTGTAAAA-TCGTTTAAAGTGACTAATAAAGCTTTTGTAGCCATGAGCAACTATAAATG
62 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
** * ** *
1542541 GACTTTTCGTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGCTTCTTGAGGCAA-ACATTCAATTATAATC
126 GACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATC
* * * *
1542605 TATTTTTATCAAAAA-TGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
190 TATTTTAAT-AAAAAGTGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
* * * * * * * * * * *
1542669 ACCAAGTAACAAGACTTTCGAAAGCATGAA-CGACGATAAATGGATTTTTCTTACTT-ATGAATT
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTTAATGGA-T
* * * * *
1542732 GT-TTTTTCGTCACGTTTCCAATTGT
315 GTCTTTTGCTTCATGTTTCCAA-GGA
* * * * * * *
1542757 AGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** *
1542822 GGTTATAAGA-TCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
1542886 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGAAAGACATTCAATTATATTCTAGTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * *
1542951 TAACAAAAAATGTAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAA
195 TAATAAAAAGTGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCG-A
* * * * * * *
1543015 C-AATGAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTTATGGATGGCGTTTG
258 CTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTTTG
* * *
1543079 CTTTATATTTCTCAAGGC
323 CTTCATGTTTC-CAAGGA
* * ** *
1543097 AGATATTGAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAAGTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
1543162 GATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGATTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
1543227 TTCTTATTAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTT
* ** * * * *
1543291 TGATAAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTGTGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAA
195 TAATAAAAAGTGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCGA
* * ** * * * * * ** * *
1543355 GTAATAGGGCTTTTGAAGGCATGA-TCCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTCATGGCTTTC
258 CTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTTT
** * ** *
1543419 ATTTCACGTTTCTTGAGGT
322 GCTTCATGTTTC-CAAGGA
* * * * ** **
1543438 ACACATTCAATTATCATCTATTTTAATGAAAATTG-AAAAAAATTCAAA-TTAAAAT-AATTTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAA-TTAT
* * ** * **
1543500 AAGATTACAAAA-TCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGTAGCCATGAGCAACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
1543564 CTTTT-TGTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAT-TTT-TTCAAGATAAAAATTCAATTGTAATTT
128 CTTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCT
* ** *
1543626 GTTTTTACCAAAAA-TGTAAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTA
191 -ATTTTAATAAAAAGTGT---AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTA
* * * * ** * *
1543690 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-GAAGCATGAA-TGACTATGAACAGACTTTTCTTGCTGATGGAT
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
* * * * *
1543753 GGCTTTT-CATCATATTTTTC-AGTGC
315 GTCTTTTGCTTCAT-GTTTCCAAG-GA
* * * * * * * *
1543778 GGACATTAAATTATAATCTATGTTAACCAAAAA--TACAAAAGGAATTCAACTCAAAATCCATTA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTA-AAAA--AATTAAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *** * **
1543841 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAATATATGAATGACTATAAATAAA
63 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * ** * * * *
1543906 CTTTTCGTGTCAATGGATAGCTTTTGCCTT-ACGTTTC-CAAAGACAAACATTCAAGTATAAGCT
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
1543969 GTTTTTAGGAT-AAAAGT-AAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAGAACCATTTA
191 -ATTTTA--ATAAAAAGTGTAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAA
* * * * *
1544032 AA-CTA-TGCAATAAGGCTTTC-AAAGTCATGAGTAACTATCAATGGACTTTTCTAG-TAA---A
252 AAGCGACT--AATAAGGCTTTCAAAAG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGA
**
1544090 TG---AATG--T--TG--T---A-G-
314 TGTCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGA
* * * * *
1544102 -G-CATTCAATTATCAACTA--CTTCAATC-GAAAC-TAAAGAAAAATTTAACTTAAAAT-AATT
1 AGACATTCAATTAT-AA-TATGTTTTAACCAAAAACGT-AA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATT
* * * * * * ** *
1544160 CATAAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCAGAGGCATGAGCAACTGTAAAT
62 -ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
** * *
1544224 GGACTTTT-TGTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTCACATTTTTTGAGGCAA-ACACTCAAT
125 GGACTTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-----TTTCTTGAGG-AAGACATTCAAT
** * *
1544287 TAT-AT-TA----ACCAAAAA-TGTAAAAAAAAAATTCAACTCAAAAT-AATTTATAAGATTATA
183 TATAATCTATTTTAATAAAAAGTGT-----AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATA
** ** * * ** * * * * *
1544344 AAACTGTTTGAAGTGAGTAATAACACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATCT
242 AAACCATTAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * *
1544409 CAATGGATGGCTTTCGCTTAATGTTTGTCAAGGTA
307 TAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* * * * **
1544444 A-ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAA-ATATAAAAAACCTCAACCGAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTA-AAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * ** * *
1544507 GAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGTAATAAGTGACTATAAATGAAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
1544572 TTTTCTTGTCAATGGTTAGCTTTCGTTTCATGTTTCTCGAGGCAA-ATATTCAACTATAATATGT
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTAT
* ** * * * ** *
1544636 TTTAACTAAAAACATAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTATAATTTTATAAAACCATTTAAAG
193 TTTAA-TAAAAA-GT-GTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * ** * * * * *
1544701 TGAGTAATAAGACTTTCGAAAGGGTGAGTGACTATAAATAGACTTCTCCTT-TCAATGGATGCCT
255 CGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTTAATGGATGTCT
* * *
1544765 TTTGCTTTA-CTTTCCTGAGGA
319 TTTGCTTCATGTTTCC-AAGGA
* * * * * * *
1544786 AGACATTCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAAATAC-AAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAA-ACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * * ** *
1544850 GAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGGTTTCGAAGACATAAATGGGTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * *
1544915 TTTTCGTGTCAATGGATGGTTTTTGCATCACGTTTCCTAAGGCAA-ACAATCAATTATAATATAT
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
1544979 TTTAACTAAAAATGTGAAAAAAAATTCATCTTAAACTCGATTATGACATTATAAAATCATTTAAA
193 TTTAA-TAAAAA-GTG--TAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAA
** * * * * *
1545044 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTCTCAATGGATGG
254 GCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-T-AATGGATGT
*
1545107 C-TTTGTTTCATGTTTCCCAAGGTA
317 CTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* * * * ** * *
1545131 A-ACATTCAATTCTAATA-GCTTTTAACTAAATATGTAAAAAACCTCAACTAAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATG-TTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * **
1545194 ACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAAACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** ** * * *
1545259 TTTCTTCTCAAT-GATTGGCTTTTGTTTCATATTT-TCCAAGGTAA-ATGTTAAATTATAATATG
130 TTTATTGTCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTA
* * ** **
1545321 TTTT-ATCCAAAAA-TATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATAATTTTATAAAATTATTTA
192 TTTTAAT--AAAAAGTGT--AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTA
* * * * * * * * * * *
1545383 AAA-TGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGGATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTTTTAATGGATA
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATG
* ** * * *
1545447 ACTTTTTATTCA-CTTTCCTGAGGC
316 TCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGA
* * * * * * * * *
1545471 AGACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAAAGCAAAAAGAATTCAACTTGAAGTCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * ** * * * *
1545536 AGATTATAAAA-TCATTTGAAA-CGAGTAACGAGACTTTCGGAGGTATAAATGAGTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACT-ATTT-AAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
*** ** * * *
1545599 CTTTCCGTGTCAATGGATGGCTTTCACATCATGTTTCCT-AGTTTAA-ACATTCAATTA-AATCT
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAG--GAAGACATTCAATTATAATCT
* *** * * *
1545661 GTTTTTCCCAAAAA-TGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
191 -ATTTTAATAAAAAGTGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
* * ** * * * * * * ***** *
1545725 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATCTGAATGAACTTTTCGCCACAATGGATCAT
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-GT
1545790 -TTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA
317 CTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGG-A
* * * ** ** * *
1545814 A-ACATTCAATAATAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATG
* * * * *
1545877 AGATTATAAAA-TCGTTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
1545941 TTTT-TGTGTCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-AACAAAGATTCAATTATAATCTA
129 TTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
1546004 CTTTGACAACAAA-TTTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAA
192 TTTTAATAA-AAAGTGT-AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAA
* * * * * * *** * *
1546068 A-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGCCTCAATAGATGGT
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-GT
* * * *
1546132 -TGTCGCTACACT-TCTCCTAAGGA
317 CTTTTGCTTCA-TGTTTCC-AAGGA
* * * * * *
1546155 AAACATTCAATTATGATCTTGTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
1546219 AGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
1546284 TTTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAG-CATTCAACTATAATCTAT
130 TTTATTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
1546347 TTTAACTAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAATCATTTAAAG
193 TTTAA-TAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * ** ** * * * * *
1546411 CGACTAGTAGGGCTTTCAAGGGCATGGGTGACTATAAATAGCCTTTTATTGTTAATAGATGGCTT
255 CGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTT
**
1546476 TTGCTTCATGTTTTCTGAGGCA
320 TTGCTTCATG-TTTCCAAGG-A
** *
1546498 A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
1546562 GATTATAAAACTGTTCAAAATGAATAATAATGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAATTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * *
1546627 TTCTTGTCAATCGG-TGGCTTTTGCTTCACCTTTCTT-AGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTG
131 TTATTGTCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTAT-
* * ** * * * *
1546690 TTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAATCATTTAAAGT
193 TTTA-ATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGC
* * * * * * * * * *
1546754 GAGTAAT-AGAGTTTTCGAAAGCATGATTGACTATGAAGGGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTT
256 GACTAATAAG-GCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTT
* * ** *
1546818 TCGTTTCACATTTCTAGAGGCA
320 TTGCTTCATGTTTCCA-AGG-A
* * * * * * *
1546840 A-ACATCCAATTATCATCTATTTTAA-TAAAAAC-TAAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * *
1546901 AAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC----G--T-A--G-CCAT-AA--G-
64 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
*** * * * ** * * *
1546951 C---TACCATAAATGGA---CTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAAACAAACAATCAATTGTAA-CTT
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATC-T
* * * ********** * *
1547008 TTTTGTACTAAAAA-TATAAAACAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACTATTTAA
191 ATTT-TAATAAAAAGTGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
* * * * * * * * * *
1547072 AGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTGACTGTAAATAGACTTTT-TATCTTAATGGATGG
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTTAATGGATGT
*
1547136 CTTTTGCTTCATCTTTCCCAA-GA
317 CTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGA
* * * * * ** * *
1547159 CAAACATTCATTTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATATGAAAAATTCAACTTAAAAT-AATT-T
1 -AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
******** * ** * *
1547222 NNNNNNNNNNAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAACTGACTATAAATG
64 --GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * *
1547286 GACTTTTCA-TCTCAAAGGATTGCTTTCGCTTCATGCTTCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAAT
126 GACTTTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAAT
* * ******** * *
1547349 ATGTTTTAATGAAAAA-TGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
189 CTATTTTAAT-AAAAAGTGTAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTA
* ** * ** * ** * * * *
1547413 AAAGTGAGAAATAAGGGTTT-TGAAGTCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTGTTGTCAGTGGTT
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
* ** * **
1547477 GGCTTTCACTTCATGTCTCTTGAGGCA
315 GTCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* * ** ** *
1547504 A-ACATTCAATTATCATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * * * *
1547568 TTTTATAAAACTATTTAAATTGAATAATACGGCTTTCGAAA-GTATGAGTGACTAT-AATAAGAT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGAC
* * * * * ** *** * ***
1547631 TTTTCTTATTAATGGATGGCCTTTGCTTTACATTTCCCAATGCCTACATTCAATTATAA--TATG
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTAT-
* * * * *
1547694 TTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
193 TTTAATAAAAAGTGT---AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * * * * * * *
1547759 CGAGTAAT-AGTACTTTCGAAGGCATCAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTCTCAATTGATGGCT
255 CGACTAATAAG-GCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCT
* ** *
1547823 TTTACTTCACATTTCTAAGGGCA
319 TTTGCTTCATGTTTCCAA-GG-A
* * * * *
1547846 A-AGATTCAATTATAATTTGTTTTGA-CAACAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA-AAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
** * ** * * *
1547909 A-ATTTATAAAACTATTT-AAGACAAGTAAT-AGAGCTTTCAAATACATGAATGATTATAAATGA
65 AGA-TTATAAAACTATTTAAAG-TGACTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * ** * *
1547971 ACTTTT-TGTGACAATAGATAGC-TTTGCTTCATGTTTCTTGTCAATGGTTGGCTTTTGCTTCAT
127 ACTTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTG---A-GGAAGAC-----ATTCA-
* * * ** * * * * * * *
1548034 GTGTCCCTAGGTAAATATTTAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAA-
181 AT-T--ATA-ATCTAT-TTTAAT-A-AA-AAG-TGT----AAAAAT-T--CAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * * * *
1548098 AATCA-ATTATAATTTTATAAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGGATAAGTCAC
230 TATGAGA-T-------TATAAAACCATTAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGAC
* * * *
1548162 TGTAAATAGACTTTTCTT-TTCAATGGATAGT-TTTTGCTTCA-CTTCCCAA-GA
287 TATAAATGGACTTTTCTTGTT-AATGGAT-GTCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGA
* * * * * * *
1548213 TAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAAAATGGAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
1 -AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ** * * * *
1548278 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAATGAGTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
1548343 TTTT-TGTGTCCATGGATGGCTTTTGCATT-ACGTTTCCTGAGTAA-ACATTCAATTATAATCTA
129 TTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTA
** * * * * ** *
1548405 TTTTTACA-AAAAAGTAAAAAAATTAAATTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATAATTTAAA-
192 -TTTTA-ATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* ** * * * * * * *
1548468 CTA-TGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATCAATGGACTTTTTTTAGTCAATGGATGG
255 CGACT--AATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTTAATGGATGT
* * *
1548532 CTTTCGTTTTATGTTTCTCAAGGCA
317 CTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
** *
1548557 A-ACA-TCTAATTATCAAGTA--TTTTAA-TGAAAAC-TGAATAAAAATTCAACTTAAAAT-AAT
1 AGACATTC-AATTAT-AA-TATGTTTTAACCAAAAACGT-AA-AAAAATTAAACTTAAAATCAA-
* * * * ** * *
1548615 TTATAAGATTATAAAA-TCGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGCAGGCATGAGTAACTGTAAA
60 TTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA
* ** ** * * *
1548679 TGGGCTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA-GATTTCTCGA-TACAAACATTCAATTATA
124 TGGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATA
* * * * * * * *
1548742 ATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAAT-AATTTATAAGATTGTAAAA-AA
187 ATCTATTTTAATAAAAAGTGT---AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
1548805 GTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAA
248 -TTAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTTAA
* * *
1548868 TGGATGCCTTTTGCTTAACAT-CTCCCAAGGCA
310 TGGATGTCTTTTGCTT--CATGTTTCCAAGG-A
* * * * * * * *
1548900 A-AAATTAAATTATAATCTATTTTAAACAAAAACCTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTTTTG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATG
* *** * * * * * *
1548963 -GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAAGCTTTCCAAGGTATGAGTGACAATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *** *
1549027 CTTCATCT-T-AATGGATGGCTTTTG-TATCACT-TCTCCCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATA
130 -TTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCA-TGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
1549087 TGTTTTTACAAATAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAA
190 TATTTTAATAAA-AAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAA
* * * * * * *
1549151 AAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATTAATGGATGG
252 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGT
*
1549216 CTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCA
317 CTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* * * * * **
1549241 A-ACATTCAGTTAT-ATATGCTTTAAGCAAAAATGTCAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
*********** * * *
1549304 GATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * * **
1549369 TTCTTGTTAATGGACGGCTTTTGCTTCACATTTC-TCAGAGAAGACATTCAATCATAATCTATGC
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAG-GAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * * * * *
1549433 TGACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTAGAGCA
195 TAATAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCG
* * * * * * * * *
1549497 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGATTGACAATAAA-GAGACTTTTCTTATTAATTGATGACTTT
257 ACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
* *
1549561 TGTTTCACGTTTCTCAA-GA
321 TGCTTCATGTTTC-CAAGGA
* * * * *
1549580 TAAACA-TCTAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAAC-TAAAAAAAATTTAAC-T----TC-A-TA
1 -AGACATTC-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTA
* *
1549635 T-A-ATTTATAAGACTA--TAAAAT--CGT--TCAA----TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
63 TGAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAC-TAAT-AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * ** * * *
1549688 GGACATTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATCATAATC
125 GGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * * * * *
1549753 TGTGCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTA
190 TATTTTAATAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAA
* * * * * * * * * * * * * *
1549817 GAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATCAGTTGATGA
252 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGT
* * * **
1549882 CTTTTGTTTTACGTTTCTTGAGGCA
317 CTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* * * * * **
1549907 A-ACATCCAATTATCATCTATTTTAA-GAAAAAC-T-AAAAAA--AAA-TTAACTTCAA--AT-A
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
1549962 -ATTTATAAGAC-A-ATAAAAT--C-ATTCAA----TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
66 GA-TTATAAAACTATTTAAAGTGACTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * *
1550017 TTTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCAAATTTCTT-AGGGTAGACATTCAATCATAATCTGT
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTAT
** * * * * * * *
1550081 GCTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAGTCAATTAT-AAATTTATGAAACCATTTAGAG
193 TTTAATAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAG
* * * * * * * * *
1550144 CAAGTAATAGGGCTTT-TAAAG-ATATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATCAATGGATGAC
255 CGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATA--AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTC
* * * *
1550207 TTTTGTTTTACGTTTCTCGAGGCA
318 TTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* * * * * *
1550231 A-ACATCCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAAC-TAAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * ** * * * **
1550292 AAGACTATAAAA-TCATTCT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGTCGTAAGCAACTATAAATGG
64 GAGATTATAAAACT-ATT-TAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
1550355 ACTTTTAGTGTCAAT-GAGTGGCTTTTGTTTCATGTTTCCTAAGGCAAG-TATTCAATTGTAATC
127 ACTTTTATTGTCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATC
* ** * ********** *
1550418 TGTTTT-ACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAA
190 TATTTTAATAAAAAGTGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
* * * * * * * *
1550482 AGAGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTCTCAATGGATAG-
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-GT
*
1550546 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGA
317 CTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGA
* * * * * *
1550570 AAACATTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAACATGTATAAAAAATTCAACTTAAAA--AATTTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * * * *
1550633 AAGATTATAAAA-TCGTTGAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * * *
1550697 CTTTT-TATCTCAATGAATAACTTTTACTTCATGTTTCCTGA-GACAAACATTGAATTATAATAT
128 CTTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCT
** * * * * **
1550760 GGTTTAACCAAAAA-TGTAAAAGGAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACTGT
191 ATTTTAA-TAAAAAGTGT---A--AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * * * *
1550823 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAATGAGCG-GTGATAAATGGACTTTT-TGTATTAATA
249 TAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCT-TGTTAATG
* * * *
1550886 GATGCCTTTCGCTTAACAT-CTCCCAAGGA
312 GATGTCTTTTGCTT--CATGTTTCCAAGGA
* * *
1550915 A-A-A--C-------AT-T-TTTTAAACAAAAATC-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-CGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
1550966 GGGATTATAAAA-TCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-ATGTAACTATAAATGG
64 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGG
* ** * * ** * ***
1551029 ACTCTTCA-TCCCAATGAATGGCCTTCACTTCACT-TCTCCAAAGGCAA-ACATTCAATTATAAT
127 ACT-TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAAT
* * * * **********
1551091 CTATTTTACTAAAAA-TGAAAAAAAATCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNA
189 CTATTTTAATAAAAAGTG-TAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAA
* * ** * * * * *
1551155 AGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTATTAATGGATG-C
253 AGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTC
*
1551219 TTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCA
318 TTTTGCTTCATGTTTCC-AAGG-A
** * *
1551243 A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAGGCAAAAATGTGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * ********** *
1551307 GATTATAAAGCCATTTANNNNNNNNNNTAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
1551372 TTCTTCTCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTGC
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTAT-T
* * ** * * * * * *
1551436 TAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA-ATTTCTAAAACCATTTATAGCA
194 TTA-ATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCG
* * * * * * * * * * * * *
1551500 AGTAACAGGGCTTTCAAAGGTATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCCTGTCAA-GAAAG-ATTTT
257 ACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTTT
* **
1551563 -CATTTCACGTTTCTTGAGGCA
322 GC--TTCATGTTTC-CAAGG-A
* ** * * * * *
1551584 A-ACATCCAATTAGCATCTATTTTAA-AAAAAAC-TAAAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATATA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT-TA
* * * ** * * ** *
1551645 TAAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGCAGCCATAAGCAACTATAAATCG
63 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
** * * * * *
1551709 ACTTTTCGTGTCAATGAATAGCTTTCGTTTCATGTTTCCCGTTTCCCAAGGCAAG-CATTCAATT
127 ACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT--C--TT---GAGG-AAGACATTCAATT
** * **********
1551773 -TCAATCTATTTTTACCAAAAA-TGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAA
184 AT-AATCTA-TTTTAATAAAAAGTGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
1551836 CCATTTAAAGAGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTCTC
245 CCATTAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-T-
* ** * *
1551899 AATGGATGGCTTTCACTTCATATTTTTCAAGGA
308 AATGGATGTCTTTTGCTTCAT-GTTTCCAAGGA
* * * * * * *
1551932 AAACATTTATTTATAATCTGTTTTAACCAAACATGTATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTAT
* * ** * * * *
1551996 AAGATTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAGTGGAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
1552061 TTTTTATCT-T-AATGGATGGCTTTT-CGTTCATGTTTCCTT-AGGCAA-ACATTCAATTATAAT
129 -TTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTT-CTTGAGG-AAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
1552121 ATGTTTTAACTAAAAA-TATACAAAAACTCAACTGAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
189 CTATTTTAA-TAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT
* ** * * * * * ** * * *
1552185 AAAA-TGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATTAACTTTTCTTATCAATGGTT
250 AAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
* * **
1552249 GGCTTTCGCTTCATGTTTTCTGAGGTA
315 GTCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGG-A
* ** * * * * * *
1552276 A-ATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACGTAAAATTAAGTATAA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * * * *
1552340 CTTTATAAAACCATTTCAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * ** * *
1552405 TT-TTCATTGATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCAGAGAAAGACATTCAATTATAATTTATTT
131 TTATT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * **
1552469 TGAAAAAAAAAGT-AACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAATGATTTAAAA-
195 T--AATAAAAAGTGTA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCA-TTAAAAG
* * * * * * * * *
1552531 CGAGTAATATA-GCTTTCGAAGGCATGATTGACTACAAATAGAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCT
255 CGACTAATA-AGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCT
* * * *
1552594 TTCGTTTCACGCTTCTCAAGGCA
319 TTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* * * ** * * * *
1552617 A-ACATCCAATTATCATCTAATTTAA-CGAAAAC-TAAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTATA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATG
* * * * **
1552678 AGATTATAAAA-TCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-ATAGCCATGAGCAACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * ** ** *
1552741 TTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTAATGTTTCTCAAGGCAA-ACATTCAACCATAATCTGT
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTAT
** * **********
1552805 TTTCACCAAAAA-TGTAGAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAG
193 TTT-AATAAAAAGTGTA-AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * ** * * * * *
1552869 TGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAATAGAT-TGCT
255 CGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGT-CT
**
1552933 TTTGCTTCACATTTCCTAAGGCA
319 TTTGCTTCATGTTTCC-AAGG-A
* * * * ** * * * *********
1552956 A-CCATTCAATTACAATATGCTTAAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTNNNNNNNNN
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * * * *
1553020 NATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATAATTGATTATAAATAGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** ** * * * ** * *
1553085 TTCTTGTCAATACATAACTTTCGTTTCACGTTTCAAGAGGCAA-ACA-TCTAATTATCATCTACT
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTC-AATTATAATCTATT
* * * * * *
1553148 TTAATAAAAACTGAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGA
194 TTAATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGA
* * * * * ** ** * * * *
1553212 GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATCCATGGACTTGTCATCTCAATGGATAG-CTTTT
258 CTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-GTCTTTT
* *
1553276 ACTTCACGTTTCCCAAGGTA
322 GCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* ** * * * * * *
1553296 A-ACATTCAATTATAATTTACTTTAACCAAAAATGTTAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTACGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * ** * *
1553360 GA-TATAAAATTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAAAGATTATAAATGGATTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * * *
1553424 TTCTTCCCAATGAATGGCTTTCT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAG-CGTTCACTTATAATCTGTT
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * **
1553487 TTAACTAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTT
194 TTAA-TAAAAAGTGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCG
* * * * * ** * *
1553551 ACTAATATGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTATTGTCT-ATAAAAGGCTTT
257 ACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-TAATGGATGTCTTT
* * *
1553615 TGCTTAACTTTTTCCAAGGC
321 TGCTTCA-TGTTTCCAAGGA
* * ** ** *
1553635 AGACATTTAATTATAATGTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
1553700 GATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAA-AA--ATATTCAACTTAAGATCAATTA-TGAATTTATA
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCT-TTC-A---AAG-GC-ATGAGTG-A-CTATA
*** * * * * * * * *
1553761 AAACCA-TTTAAAGTGAGT-AAT--AGGGCTTTCAAAG-AT-ATGATTGACTATAAAGGGACTGT
122 AATGGACTTT-TA-T-TGTCAATGGATGGCTTT---TGCTTCATG-TT-TCT-T-GA-GGA-AG-
* * * * * *** * ** *
1553820 ACTTGTCAATGGATGA-CTTTCGTTTCATGTTTCTCAAG-GT-AAAATGCAA-TTATCATCTACT
174 ACAT-TCAAT-TATAATCTAT--TTT-A---ATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATC-AAT
** * * ** *** * * *
1553881 TGAAAAAAAATTGACAAAAAAATTAACTTCAAATAATTTATTA-GATTAT-AAAATCGC-TCAAA
230 T---ATGAGATT-ATAAAACCATTAAAAGCGACTAA--TA--AGGCTT-TCAAAA--GCAT--AA
* * * * * *** * **
1553943 GTGAGTA-ATAA-GG-C-TTTCGTAGCCATAA-GCAACTATAAATGGACTT--T-TCACATCAAT
282 GTGACTATA-AATGGACTTTTC-TTG--TTAATG-GA-TGTCTTTTG-CTTCATGTTTC--CAA-
1554000 GGA
337 GGA
* * * * *** * * * * ** ***
1554003 TGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTGCTTTTACCGA--AAA-TG
1 AGAC-----ATTCA-A-TT-ATAA--T-ATGTTTTAACCAAAAAC-G--TAAAAAAATTAAACT-
* * * * * * * * *
1554065 TAAAA-AAATT-T-A-ACT-TAAAA-TCAATT-ATGAGA-TTATAAAGCCATTT-GAA-GCAAGT
51 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAAT-AAGGC-TTTCAAAGGCATG-
* * * * * * *
1554120 AATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACCTTTTGTCTCAATGAATGGCTTTCGCT
112 AGT--GACTAT--AA---AT--G-GACT-T---T-TA--TTG----TCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
1554185 TCATGTTTCTTAAGGCAA-ACATTCATTTATAATCTAATTTTAACCAAAAATGTATACAAAATTC
156 TCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAA-TAAAAA-GTGTA-AAAATTC
* * * * * * *
1554249 AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
216 AACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCAT
* * * * * * * ** *
1554313 GAGTGATTATAAATAGAC-TTT-TTGTCCCAATGGATGGCTTCTGTTTCATGTTTCTTGAGTCA
280 AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--TAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAG-GA
** * * * * ** *
1554375 A-ACATTTGATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCATGTAAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
********** ** ** * * **
1554439 GATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTATAAATTAACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * ** *** * * * *
1554504 TTTTTTGTCAATGGTTGACTTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCAA-ATATTCAATTACAATATGTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * ** * * * *
1554568 CTAACCAAAAATATATAAAAATTTAGA-TTAAAATCAATTATAATTTTATAAAACTATTTACATC
194 TTAA-TAAAAA-GTGTAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * ** * * * *
1554632 GAGTAATCAGGCTTTTGAAAGTA-AGAGTGACTATAAATGGAC--TTCTTGTCACTGGATGGCTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTT
* *
1554694 TTGCTCCATGTTCCCTAA-GA
320 TTGCTTCATGTTTCC-AAGGA
* * * * ** ** * * **
1554714 CAAACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTCAATTTAACGTCAATTAT
1 -AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
1554779 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTTCAAAGGCATCAGTGACTACAAATGAAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** ** * * * * * *
1554844 TTTTCGTGTCAACAGATAGCTTTTGCATCACGTTTTTTAAGGTAA-ACATTCAATTATAAT-TGG
129 TTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-A
* * * * * * *
1554907 TTTTTAGAAAAAATGTAAAAA---AA--TAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCATTTAAA-CG
192 TTTTAATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC-
** * * ** * * * * * *
1554966 GTGTACTAAGGCTTTTGATCA-CATGAA-TGAAGT-TTAATGGACTTTTCTAGTCAATAGATGGC
256 GACTAATAAGGC-TTTCAAAAGCAT-AAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTC
**
1555028 TTTTGCTTCACATTTCCCTAA-GA
318 TTTTGCTTCATGTTT-CC-AAGGA
* * * * ** * *
1555051 AAACATCCAATTATCAA-CTGTTTGAA-TGAAGA-GTGAAAAAAACTTGAACTTAAAA-CAATTT
1 AGACATTCAATTAT-AATATGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * ** *
1555112 ATAAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATG
62 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * ** * *** * *
1555176 GGCATTTCGTGT-AGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGACAAG-CATTCAATCATAATC
126 GACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAG-GAAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
1555239 TATTTTAACCAAACA-TGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTA
190 TATTTTAA-TAAAAAGTGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAA
* * * * * * * * * * * *
1555303 AAGTGAGTAATTACGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGTCAATGGTTAG
252 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-G
* *
1555368 -CTTTTGCTTCACATGTCTT--GAGAA
316 TCTTTTGCTT--CATGT-TTCCAAGGA
* * * * * * * *
1555392 AAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATA-TTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * *
1555456 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAA-GCTGTGAGTGACTATAAA-GGAA
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGG-A
* * * * *
1555519 ATTTTATTATTAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCTTGAGGAAGACATTAAATTATAAT-T-T
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTAT
** * **
1555582 TTTAACTAAAAA-CATAAAGAATTTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAG
193 TTTAA-TAAAAAGTGTAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * * * * *
1555646 AG-CGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTAA-TGACTATAAATGGACATTTT-GTGTCAGTGGATGG
255 CGAC-TAATAAGGCTTTCAAAAGCA-TAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTTAATGGATGT
* *
1555708 CTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCA
317 CTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* * * * * * * * *
1555733 A-ACATTCAATCATAAT-TTTTTTAACCCAAAATGTAAGAAAACTCAACTGAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** ** *
1555796 GATTACAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACT
66 GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** ** ** * * *
1555860 TTTATTGTTAATGGCTGGCTTTCACTTCACATTTCTCAAAGTAA-ATATTCAATTATAAT-TTTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATT
* * ********** * * * *
1555923 TTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAACTATTTAAAGA
194 TTAA-TAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * * * * * *** * *
1555987 GACTAATAAGGGTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAGTGGACTTTTAAAGTCAATGGATGGCTTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
* ** *
1556052 TGCTTTATGTTTCCTTTGAA
321 TGCTTCATGTTTCC-AAGGA
* * * * * * *
1556072 AGACCTTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
1556137 AATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * *** * * *
1556201 TTCTTATTAATGGATAGTTTTTGCTTTTTATTTCACAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTN
131 TTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT-
*** * * ***
1556266 NNNNNNNNNT-AAAA----AAAAATTCAACTTCAAAT-AAGTTATAAGATTATAAAATTGTTTAA
195 ------TAATAAAAAGTGTAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAA-CCATTAA
** * * ** * ** * * * *
1556325 AA-TAAGTAATAAGGGTTTC-GTAGACATGAGCAATTGTAGATGGACTTTTCATGTTAATGGATG
252 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATG
* ** * * *
1556388 GCTTTCACTTAACATCTCT-CAATGTA
316 TCTTTTGCTT--CATGTTTCCAA-GGA
* * * * *
1556414 A-ACATTCAATTACAATTTGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** ** * * ** * * *
1556477 TATTGTAAAACCCTTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTAATTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * ** *
1556542 TT-TGGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTGCAATATATTT
131 TTATTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * ***********
1556606 TTACAAAAAATGTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNN
195 TAATAAAAAGTGT---AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * * * * ** * *
1556671 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCGA-TATTAATTGTCAATGGATGGCTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTTAATGGATGTCTT
* * **
1556735 TTACTTCATATTTCTTGAGGCA
320 TTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* ** * * * * *
1556757 A-AAATTCAATTATAA-ACTACTTTAACCAAAAATGCAAAACAAGTTTAACTT-AAAGCTAATTA
1 AGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACCAAAAACGTAAAA-AAATTAAACTTAAAATC-AATTA
* * * * *
1556819 TGAGATTTTAAAACCATTT--A---AC----AAGACTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGA
63 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * *
1556875 CTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTTATGTCTTC-TAAGGTAA-ACATTCAATTATAATAT
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
1556938 GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
191 ATTTTAATAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAA
* * * * * * * * *
1557003 CCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTATTATTGGATGGCT
254 GCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCT
1557068 TTTGCTT--TGCATTTCTCAA-GA
319 TTTGCTTCATG--TTTC-CAAGGA
* * * * * * * ** * *
1557089 CAGACATTAAATTATAATCTATGTTAATCAAAAATGCAAAAAGAATCCAACTCAAAGTCAATTAT
1 -AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
1557154 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAA-GTATGAGTGACTATAAATAGA
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * *
1557218 CTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTTGCATTACAT-TTCCTAG-GGCAA-ACATTCAATTATAATA
128 CTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATC
* ** *
1557280 TGTTTTTACCAAAAAGGTAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
190 T-ATTTTAATAAAAA-GT-GTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTA
* * * ** * * * * *
1557345 AATG-GAATAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTT-TTAGTCAATGGAT
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTTAATGGAT
* ** *
1557408 GGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCA
315 GTCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* **
1557435 A-ACATTC-ATCTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAAT-AATTTA
1 AGACATTCAAT-TATAATATGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTA
* * * * * * **
1557496 TAAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATATA
63 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* *
1557561 CTTTT-TGTCTCAATGGATGGCTTTCAG-TGT-ATGTTTCTTGAGGCAA-ACATTCAATTATAAT
128 CTTTTAT-TGTCAATGGATGGCTTT-TGCT-TCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAAT
** * * *
1557622 CTATTTTAGCCAACAA-TGTAAGAGAACTT-AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
189 CTATTTTA-ATAAAAAGTGTAA-A-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** ** ** * ** * * ** *
1557685 TAAAGTAAGGAATTAA-GCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAAAATTTTCTAGCCAATGGT
250 AAAAGCGACTAA-TAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGA
* ** * *
1557749 TGGCTTTCACTTCACGTTTCCAAGGC
314 TGTCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGA
* * * * ** * **
1557775 ATATATCCAATTATTAAT-TGTTTTGA-TGAAAACTGAGAAAAAAATTCTACTTAAAAT-AATTT
1 AGACATTCAATTA-TAATATGTTTTAACCAAAAAC-G-TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * * * *
1557837 ATAAGCTTATACAA-TCGTTTAAAGTGAGTAATAAGG----C--A-G-A-CA-T--CCAT---T-
62 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
1557885 --C-----TTGCCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATGCAGACATTAAATTATAGTCT
126 GACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
1557943 ATGTTAATGAAAAA-TGTAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
191 ATTTTAAT-AAAAAGTGT--AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTA
* * ** ** * * * * * * * **
1558007 AAA-TGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTCATATCAACAGATA
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT-
* *
1558071 G-CTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTA
315 GTCTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* * * * * *
1558097 A-ACATTCAGTTATAATTTGTTTT-TCCTAAAAATGTAAAAATATTAAGCTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * *
1558160 AGATTTTAAAAATATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATGAATAGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
1558224 TTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* ** * * *
1558289 TAGCTAAAAA-TACAAAAAGAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGC
195 TA-ATAAAAAGT--GTAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
* * * * * * *
1558353 GAGTATTAAGGCTTT-TAAAGCCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATAGATGGCT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTTAATGGATGTCT
* *
1558416 TTTG-TATAATTTTTTCCAAGGA
319 TTTGCT-TCA-TGTTTCCAAGGA
* * * * * * *
1558438 AAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAAGTTAACATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * ** * ** *
1558503 GATTATAAAACCATATAAACG-GAGTAATGAGGCTTTTGATGATATGAGTGACGATCGATCG-CT
66 GATTATAAAACTATTTAAA-GTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * ** *
1558566 TTT-TCTAGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCGTTTATAATCTG
130 TTTAT-T-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
1558629 TTTTAA-ACAAATA-TGTAAAAAATATTTAACTTAAACT-AATTTATAAGATTAT-AAACCGTTT
192 TTTTAATA-AAA-AGTGT--AAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTA
* * * * * * ** * *
1558690 AAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTCGTGTCAATGGATG
251 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATG
* * * *
1558755 GCTTTTGTTTCATGTTTCTCGAGGTT
316 TCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGG-A
* ** ** * * *
1558781 A-ACATTCAATTATAATGTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAC-TAAAATTAAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-TCAATTATG
* * * ** ** * *
1558844 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTCAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGAACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * *** * ** ** * ** * * *
1558909 TTTCTTACCAAAGGTTGGCTTTCATTTAACATTTCTCAAGGTAGACAGCCAATTATTAGCTGTTT
130 TTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTT
* ** * * * *
1558974 TAATGAAAAGTACAAAGAAATTCAACTTCAAAT-AATTTATCAGATTATAAAATCATTTAAAA-T
195 TAATAAAAAGT-GTAA-AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGC
* ********** * * * * * * **
1559037 GAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATAGATGGGTTT
256 GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
* * * * **
1559102 TGGTTAACGTTTCCTGAGCC
321 TGCTTCATGTTTCC-AAGGA
* * * * ** * * * * *
1559122 AGACATTAAATTAGAATCTATGCTAACCAAAAATGCAAAATGAATTCAACTTAAAGTCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * ** ** *
1559187 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
1559252 TTTCA-TATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATATGT
130 TTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-A
** * * ** *
1559315 TTTTACCAAAAACAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAT
192 TTTTAATAAAAA-GTGTAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * * * ** * * * *
1559379 AGAGTAATGAGGCTTTCGAAAGCATAAATGACTATCAATGGACTTTTCTAATCAATGAATGGCTA
255 CGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTT
* ** * *
1559444 TCGCTTCACATTTCCTCATGCA
320 TTGCTTCATGTTT-C-CAAGGA
* * * * * * *
1559466 A-ACATTCATTTATAATTTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAACTTCAACTCAAAAT-AATTTCT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * * * ** * *
1559529 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-CGTGACAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGTA
64 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAC-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
1559593 CTTTTCA-TCTCAATGGATGACTTTCGCTTCATGTTTCCTGAGGCAA-ACATTCAATTGTAATAT
128 CTTTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
1559656 GTTTTTATAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACTACTT-A
191 ATTTTAATAAAAAGTGT--AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAA
* * * * * * * * * * *
1559720 AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCAATAGATGG
252 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGT
* **
1559785 GTTTTGCTT-A-GCATTTCCAAAAA
317 CTTTTGCTTCATG--TTTCCAAGGA
* * * * * * * * * * * * *
1559808 CAGACATTAAATTATAATCTATGTTAACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTCAAAGTTAATTACG
1 -AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** **********
1559873 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* *** * ** * *
1559938 TTTCA-TATCAATGGATGGCTTACACATCATGTTTCTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATTTGT
130 TTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-A
* * *
1560001 TTTTACTAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATCT-AAA-
192 TTTTAATAAAAAGTGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TAAAAG
* * * * * * * * *
1560063 CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTCCTTATCAATGGAT-TGC
255 C-GACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGT-C
* *
1560127 TTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGC
318 TTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGA
* * * * ** * * ** * *
1560150 AGACATTAAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAGAATTCAACTCAAGGTCAGTGATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
1560215 AGA--ATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* *** * *
1560278 TTT-TGTGTCAATTGATGGCTTTTGC-TCATGTTTCCCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATATGT
130 TTTAT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-A
** * ********** * *
1560340 TTTTACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATAATAAAACCATTTAAA-
192 TTTTAATAAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * ** * * * *
1560403 CGAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAA-TGACTATCAATGGACTTTTCTAGTTAATGGATGGC
255 CG-ACTAATAAGGCTTTCAAAAGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTC
**
1560467 TTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCA
318 TTTTGCTTCATGTTT-CCAAGG-A
* * ** ** * *
1560491 A-ACATT-TATTCATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTGAAAT-AATTT
1 AGACATTCAATT-ATAATATGTTTTAACCAAAAACGT--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * * *
1560553 ATAAGATTATAAAACTGTTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTACAAATGG
62 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** ** * *
1560618 AATTTTCA-TGTCAATGGATAGCTTTCGTTTCATGTTTC-CCAAAACAAACATTCAATTATAATG
127 ACTTTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
1560681 TGTTTTAATCAAAAA-TATAAAAAAACTCAACTAAAAATTAATTATGATATTATAAAACCATTTA
190 TATTTTAAT-AAAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTA
* * ** * * *
1560745 AAGTAGGGAGTAAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATG
251 AA--AGCGACTAA-TAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTTAATG
* ** *
1560809 GATGACTTTCACTTTATGTTTTCCAAGGCA
312 GATGTCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGG-A
* * ** * *
1560839 AG-CATACAATTATTAGCTGTTTTAATC-AAAAC-TAAAAAGAAAATTCAACTTAAAAT-AATTT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT--AAA-AAAATTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * * * *
1560900 AT-AGGATTATAAAA-TCGTTTAAA-TGAGTAATAAGGCTGTCGAAGGCATAAGTTACTATAAGT
62 ATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * ** * ** * * *
1560962 AGACTTTTCA-TCTCAATGGATGAATTTCGCTTCACATTT-TTTAAGACAAACATTCAATTATAA
125 GGACTTTT-ATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAA
* * * * * *
1561025 TCTGTTTTACT-AAAA-TGTAAAGAAATTTAACTGAAAATCAATTATGCA-ATGATAAAACTATT
188 TCTATTTTAATAAAAAGTGT-AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * * *
1561087 TAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAATTATAAATGGACATTTCTTGTTAGTGTAT
250 AAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
* ** * * *
1561152 GGCTTTTTTTTTCATATTTCCTGAGATA
315 GTC-TTTTGCTTCATGTTTCC-AAG-GA
* * ** * * * * *
1561180 AG-CATTCAATTATAATATGTTTTAACTATAAATATAAGAGAATTCAATTTAAAATCAACTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
1561244 GATTATAAAACTATTAAAAGCT-AGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGAGAGTCTAAAAATAGACT
66 GATTATAAAACTATTTAAAG-TGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** *
1561308 TTTCTTGTCGAT-GAT-GCATTTTGCATCACATTTTTTGA-GATAGACATTCAATTATAATCTAT
130 TTTATTGTCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTAT
** * * * ** *
1561370 TTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAAATAAAACGTAAACTCAATTATGGGATTATAAAGTCATTTAAA
193 TTTAA-TAAAAAGTGT---AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAA
* * * * * * * * *
1561434 GCGAAC-AACAAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATGGATGAC
254 GCG-ACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGTC
*
1561498 TTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTA
318 TTTTGCTTCATGTTTCC-AAGG-A
*
1561522 A-ACATCCAATTAT
1 AGACATTCAATTAT
1561535 TAGCTGTTTT
Statistics
Matches: 14770, Mismatches: 3587, Indels: 2210
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
317 1 0.00
318 6 0.00
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* ** * ** * * * *
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** * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * * ***
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63 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
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* * **
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* * * * ***
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255 AAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* * * **
1542532 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTCAA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
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384 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * ** ** ** *
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449 CCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTA-TT
* * * * * ** * * * * ***
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1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * *
1542789 ATGTGAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGGTTATAAGATCATTTAAAA-CGACTAATAAG
65 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATAAG
* * **
1542853 GCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
129 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGT
* *
1542918 TTCTTGA-GAAAGACATTCAATTAT-ATTCTAGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-T-AACTTAA
194 TTCTTGAGGCAA-ACATTCAATTATCA-TCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * **
1542979 AATCAATTATGATATTATAAAA-CTATTAAAAGCGAAC-AATGAGGATTTCAAAGGCATGAGTGA
256 AATCAATTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCG-ACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* ** * * * * *
1543042 CTATAAATGGACTTTTCTTGTTTATGGATGGCGTTT-GCTTTATATTTCTCAAGGCAGATATTGA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGC-TTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * *
1543106 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
1543171 ACTATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
448 ACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAAG-CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * *
1543235 AATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * *
1543300 AAGT-AAAAAATTCAACTTAAGATCAATTGTGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGG
65 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
** * * ** *
1543363 GCTTTTGAAGGCATGA-TCCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTCATGGCTTTCATTTCACG
129 GCTTTCAAAGGCATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
* * ** *
1543427 TTTCTTGAGGTACACATTCAATTATCATCTATTTTAATGAAAAT-TGAAAAAAATTCAAATTAAA
193 TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * **
1543491 AT-AATTTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGTAGCCATGAGCAACT
257 ATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACT
* * * ** *
1543555 ATAAATGGACTTTTTGTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCAT-TTTTTCAAGATAAAAATTCAATT
321 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * *
1543619 GTAATTTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
386 ATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * * * ** **
1543684 CCA-TTAAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGCATGAATGACTATGAACAGACTTTTCTTGCT
449 CCATTTAAAA-TAAGTAATAAGGTTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * ** * * ** * * **
1543746 GATGGATGGCTTTT-CATCATATTTTTCAGTGCGGACATTAAATTATAATCTATGTTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAG-GAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
** * * * * *
1543810 AT-ACAAAAGGAATTCAACTCAAAATCCATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
65 ATGTGAAAA--AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* *** * ** * *
1543874 GGCTTTCGAATATATGAATGACTATAAATAAACTTTTCGTGTCAATGGATAGCTTTTGC-CTT-A
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTT-CACTTCA
*** * * * * * ** * *
1543937 CGTTTCCAAAGACAAACATTCAAGTATAAGCTGTTTTTAGGATAAAA-GTAAAAAATTTTAACTT
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCT-ATTTTAACA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
1544001 AAAATCAATTATGAGGTTATAGAACCATTTAAA-CTA-TGCAATAAGGCTTTCAAAGTCATGAGT
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACT--AATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGC
* * *
1544064 AACTATCAATGGACTTTTC-TAGT-AA---A------T-G---AATG-TTGT--AGG----CATT
317 AACTATAAATGGACTTTTCGT-GTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * * * * *
1544107 CAATTATCAACTA--CTTCAATCGAAACT-AAAGAAAAATTTAACTTAAAAT-AATTCATAAGAT
381 CAATTAT-AA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATT-ATGAGAT
* * *** * * * ** * *
1544168 TATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCAGAGGCATGAGCAACTGTAAATGGACTTTT-
442 TATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCA-AAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTC
* *
1544232 TGTGTC
506 T-TATT
** * * *
1544238 AATGGATGATTTTTGCTTCATGTCACATTTTTTGAGGCAA-ACACTCAA-T-T-A--TA--TTAA
1 AATGGATGGCTTTTG---C-T-TCAC-GTTTCTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
** * * * ** ** *
1544295 CCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTCAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTGTTTGAAGTG
59 TAAAAAATGT---GAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCG
** * * *
1544359 AGTAATAACACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTCAATGGATGGCTTTC
120 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTC
* * * * ** * * * * * * **
1544424 GCTTAATGTTTGTCAAGGTAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAACCT
185 ACTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-C-AAAAATGTAAAAAAATT
** * * * * ** * **
1544489 CAACCGAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGTAAT
248 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCAT
* ** * * * * * * *
1544554 AAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGTTAGCTTTCGTTTCATGTTTCTCGAGGCAAAT
313 GAGCAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * ** * * * **
1544619 ATTCAACTATAATATGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTATAATTT
378 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** ** * * *
1544684 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAAGGGTGAGTGACTATAAATAGACTTCTC
442 TATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTT-TT
*
1544749 CTT-TC
505 CTTATT
* * * *
1544754 AATGGATGCCTTTTGCTTTAC-TTTCCTGAGGAAGACATTCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
*** * * * * *
1544818 ATACAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAACAAG
65 AT-GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * ** * * * ** *
1544883 GGTTTCGAAGACATAAATGGGTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGTTTTTGCATCACGT
129 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGT
* * * * * *
1544948 TTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAAATTCATCTTAA
194 TTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * * * **
1545013 ACTCGATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
256 AATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACT
* * * * *
1545078 ATAAATGGACTTTTTGTCTCAATGGATGGCTTT-GTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATT
321 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * ** * * * *
1545142 CTAATA-GCTTTTAACTAAATATGTAAAAAACCTCAACTAAAAATCAATTATGACATTACAAAAC
386 ATAATATG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * ** * *
1545206 CATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTTCTC
450 CATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* ** ** ** * * * *
1545268 AAT-GATTGGCTTTTGTTTCATATTTTCCAAGGTAA-ATGTTAAATTATAATATGTTTT-ATCCA
1 AATGGA-TGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AA
* * * ** ** *
1545330 AAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATAATTTTATAAAATTATTTAAAA-TGAGTAA
62 AAAATGTGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAA
* * * * * * * ** *
1545393 TAAGGTTTTCGAAGGGATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTTTTAATGGATAACTTTTTA-TT
125 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTCACTT
* * * * * *
1545457 CAC-TTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAAAGCAAAAAGAATTCAAC
189 CACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * * ** * ** ** * *
1545521 TTGAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAA-CGAGTAACGAGACTTTCGGAGGTATAAA
252 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTT-AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAG
** * * * * * **
1545585 TGAGTATAAATGGACTTTCCGTGTCAATGGATGGCTTTCACATCATGTTTC-CTAGTTTAAACAT
316 CAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAG-GCAAACAT
* ** * * *
1545649 TCAATTA-AATCTGTTTTTCCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
380 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * * * **
1545713 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATCTGAATGAACTTTTCGCC
445 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTC-TT
*
1545778 A-C
508 ATT
*** * * * *
1545780 AATGGATCATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAA-ACATTCAATAATAATCTATTTTAATGAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* * * * * ** *
1545844 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTCAAGTGAGTAATAA
64 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * * * ** *
1545908 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATAGATAGCTTTTGCTTCAT
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* ** * * * * * *
1545972 GTTTCCTGAAACAAAGATTCAATTATAATCTACTTTGACAACAAATTTAAAAATATTCAACTTAA
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * **
1546037 AATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
256 AATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACT
* ** * * * *
1546102 ATAAATGAACTTTTCGCCTCAATAGATGG-TTGTCGCTACA--CTTCTCCTAAGGAAAACATTCA
321 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTT-TCGCTTCATGTTTCT-C-AAGGCAAACATTCA
* * * *
1546164 ATTATGATCTTGTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAA
383 ATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * **
1546228 AACCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
447 AACCATTTAAAA-TAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAT
1546292 T
510 T
* * * * *
1546293 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAG-CATTCAACTATAATCTATTTTAACT-AA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAA
* * * * * * * * *
1546356 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAATCATTTAAAGCGACTAGTAG
63 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * ** *
1546421 GGCTTTCAAGGGCATGGGTGACTATAAATAGCCTTTTATTGTTAATAGATGGCTTTTGCTTCATG
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
* * * * *
1546486 TTT-TCTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTAAACTTAA
193 TTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * * * **
1546550 AATCAACTATGAGATTATAAAA-C-TGTTCAAAATGAATAATAATGCTTTTAAAGGCATGAGTGA
256 AATCAATTATAAGATTATAAAATCAT-TT-AAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* * * * ** * * *
1546613 CTATAAATGAATTTTTCTTGTCAATCGG-TGGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAGGGCAGACATTCA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAAT-GGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
1546677 ATTATAATCTGTGTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA-ATTTATAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAA
* * * * * * * * *
1546741 AATCATTTAAAGTGAGTAAT-AGAGTTTTCGAAAGCATGATTGACTATGAAGGGACTTTTTTTGT
447 AACCATTTAAAATAAGTAATAAG-GTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAT
*
1546805 C
510 T
* * * * * *
1546806 AATGGATGACTTTCGTTTCACATTTCTAGAGGCAA-ACATCCAATTATCATCTATTTTAATAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* ** * * * * * * *
1546870 ACT-AAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAA
64 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
** * * *
1546933 GGCTTTCGTAGCCATAAGCT-ACCATAAATGGA-----C-T-T---T---T-G------CTTCAC
128 GGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* * ** * * * * * * *
1546977 GTTTCCTAAAACAAACAATCAATTGT-AACTTTTTTGTACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTA
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTT-AAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * * * * *
1547041 AAATCAANNNNNNNNNNATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-CTG
255 AAATCAATTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGC-A
* * ** * * * * * *
1547104 ACTGTAAATAGACTTTTTATCTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGACAAACATTCA
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * * * ********
1547169 TTTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATATGAAAAATTCAACTTAAAAT-AATT-TNNNNNNNNNN
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT--GAGATTAT
* * * * * * * * * *
1547232 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAACTGACTATAAATGGACTTTTCATC
445 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTA
*
1547297 TC
509 TT
* * * * * * * *
1547299 AAAGGATTGCTTTCGCTTCATGCTTCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
********* * * * *
1547363 AATGT-AAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGAAATAA
64 AATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* ** * ** * * * *
1547427 GGGTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTGTTGTCAGTGGTTGGCTTTCACTTCATG
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
* * * *
1547492 TCTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTC-ACTTAA
193 TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAA
** ** * * * **
1547556 AATCAATTATAATTTTATAAAA-CTATTTAAATTGAATAATACGGCTTTCGAAAG-TATGAGTGA
256 AATCAATTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTC-AAAGCCATGAGCAA
* * * * * * ** * * **
1547619 CTAT-AATAAGATTTTTCTTATTAATGGATGGCCTTT-GCTTTACATTTCCCAATGCCTACATTC
319 CTATAAAT-GGACTTTTCGTGTCAATGGATGG-CTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * *
1547682 AATTATAATATG-TTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
382 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*** * * * *
1547746 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A-GTACTTTCGAAGGCATCAGTGACTATAATTGGACTTTTCTT
446 AAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGT--TTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTT
* *
1547809 CTC
508 ATT
* * * * * * * * *
1547812 AATTGATGGCTTTTACTTCACATTTCTAAGGGCAA-AGATTCAATTATAATTTGTTTTGACAACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGA-GG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-A
* * * * *
1547876 AAA-GTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACTATT-TAAGACAAGTAAT
63 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAG-CGAGTAAT
** * * * * * * *
1547938 -AGAGCTTTCAAATACATGAATGATTATAAATGAACTTTT-TGTGACAATAGATAGCTTT-GCTT
126 AAG-GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCACTT
* *** *
1548000 CATGTTTCTTGTCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTGTCCCTAGGTAAATATTTAATCATAATAT
189 CACGTTTCTTG---A-----GGC-----AAACA--T-T--C-------A-A-TT-ATCAT-CTA-
* * **
1548065 GTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAATTTTATAAAATCATTTAAA
224 -TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * ** * * * * * * *
1548129 TCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGGATAAGTC-ACTGTAAATAGACTTTTCTTTTCAATGGATAGT
287 GCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAG-CAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGC
* * * ** * * * * *
1548193 TTTTGCTTCA--CTTCCCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAAAATGGAAAAAG
351 TTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-
* * *** * * *
1548256 AATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
415 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAA
* * * * * *
1548321 GTATGAATGAGTATAAATAGACTTTT-TGTGTC
479 GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT-TATT
* * * *
1548353 CATGGATGGCTTTTGCATT-ACGTTTCCTGAGTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTTACAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* * * * * ** * * *
1548416 AA-GTAAAAAAATTAAATTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATAATTTAAA-CTATGCAATAA
64 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGA-GTAATAA
** * * * ** * *
1548479 GGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATCAATGGACTTTTTTTAGTCAATGGATGGCTTTCGTTTTAT
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
** ** * *
1548544 GTTTCTCAAGGCAAACA-TCTAATTATCAAGTATTTTAATGAAAACTG-AATAAAAATTCAACTT
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTC-AATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTT
* ** * ** * *
1548607 AAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGCAGGCATGAGTA
254 AAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * * * **
1548671 ACTGTAAATGGGCTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA-GATTTCTCGATACAAACATTC
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * *
1548735 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAAT-AATTTATAAGATTGT
382 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT
* * * * * * * *
1548799 AAAA-AAGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACTTTT-T
445 AAAACCA-TTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAG-TGATTATAAATGGACTTTTCT
* *
1548861 GTGTC
507 -TATT
* * * * ** * *
1548866 AATGGATGCCTTTTGCTTAACATCTCCCAAGGCAA-AAATTAAATTATAATCTATTTTAA-ACAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AA
** * * * *
1548929 AAACCT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTTG-GATTATAAAACCATTTAAAA-CAAGTAAC
63 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * **
1548991 AAAGCTTTCCAAGGTATGAGTGACAATAAATGGACTCTTCATCTTAATGGATGGCTTT-TGTATC
126 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACT-TC
*** * * * * *
1549055 AC-TTCTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACAAATAATATAAAAAAATTCAACT
190 ACGTT-TCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * * * **
1549119 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG
253 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * * * * * *
1549184 ACTATAAATGGACTTCTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * *
1549249 GTTAT-ATATGCTTTAAGCAAAAATGTCAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
********** * * * * *
1549313 ACCNNNNNNNNNNAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGTT
448 ACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * ** * *
1549377 AATGGACGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAGAGAAGACATTCAATCATAATCTATGCTGACAAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAG-GAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * * * *
1549442 GTGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAG
65 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * ***
1549506 GCTTTTAAAGGCATGATTGACAATAAA-GAGACTTTTCTTATTAATTGATGACTTTTGTTTCACG
129 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
** ** * * *
1549570 TTTCTCAAGATAAACA-TCTAATTATCATCTATTTTAACAAAAACT-AAAAAAAATTTAACTTCA
193 TTTCTTGAGGCAAACATTC-AATTATCATCTATTTTAACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * **
1549633 TAT-AATTTATAAGACTATAAAATC-GTT-------C----AA----TTCAAAGGCATGAGTGAC
256 AATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAAC
* * * * * ** * * *
1549681 TATAAATGGACATTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
320 TATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * ** * * * *
1549746 CATAATCTGTGCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAA
385 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAA
* ** * * * * *
1549810 CCATTTAGAGCAAGTAATAGGGCTTTT-AAAGGCATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATC
449 CCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * * * * *
1549873 AGTTGATGACTTTTGTTTTACGTTTCTTGAGGCAA-ACATCCAATTATCATCTATTTTAAGAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* *** * * * *
1549937 ACTAAAAAAAAATT-AACTTCAAAT--A--AT----TTATAAGA-CAATAAAATC-A-T--TCAA
64 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAAT-AA
* * ** **
1549988 ----TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCAAA
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
* * * * * ** * *
1550049 TTTCTT-AGGGTAGACATTCAATCATAATCTGTGCTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAA
193 TTTCTTGA-GGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * ** ***
1550113 GTCAATTATAA-ATTTATGAAACCATTTAGAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGATATGATTGACT
257 ATCAATTATAAGA-TTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACT
* * * * * * * * * *
1550177 ATAAAGGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGTTTTACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAATT
321 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
1550242 ATCATCTATTTTAA-CAAAAACT-AAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTATAAGACTATAAAA
386 ATAATATGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAA
* * * * ** * * ** * ** * *
1550304 TCATTCT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGTCGTAAGCAACTATAAATGGACTTTTAGTGTC
449 CCATT-TAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAAG-CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * * * **
1550367 AAT-GAGTGGCTTTTGTTTCATGTTTCCTAAGGCAAG-TATTCAATTGTAATCTGTTTT-ACCAA
1 AATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* ********** * * *
1550429 AACTGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGAGAGTACTA
63 AAATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
* * * ** *
1550493 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTCTCAATGGATAGCTTTTGCTTCAT
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* * * * * *
1550558 GTTT-TTCAAGGAAAACATTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAACATGTATAAAAAATTCAACTT
192 GTTTCTT-GAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT
* * ** * * * **
1550622 AAAA--AATTTATAAGATTATAAAATCGTTGAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTG
254 AAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
** * * ** ** * * *
1550685 ACTATAAATGGACTTTTTATCTCAATGAATAACTTTTACTTCATGTTTC-CTGAGACAAACATTG
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTC
* * * *
1550749 AATTATAATATGGTTTAACCAAAAATGTAAAAGGAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGAAT
382 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAA--AAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * * * * *
1550813 GTAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAATGAGCGGTGATAAATGGACTTTT-T
443 ATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT
1550877 GTATT
507 -TATT
* * * * * * **
1550882 AATAGATGCCTTTCGCTTAACATCTCCCAAGGAA-A-A--C-------AT-T-TTTTAA-ACAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAA
* * * * * *
1550933 AATCTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGGGATTATAAAATCATTTAAAA-TGAGTAATA
64 AATGT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATA
** * * * ** * *
1550997 AGGCTTTTGAAGGCAT-ATGTAACTATAAATGGACTCTTCATCCCAATGAATGGCCTTCACTTCA
127 AGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
*** * * *
1551061 C-TTCTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAATG-AAAAAAAATCAACGT
191 CGTT-TCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ********** * * * * **
1551123 AAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG-TATGAGTG
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGC-TTTCAAAGCCATGAGCA
* * * * * * *
1551187 ACTATAAATGGGCTTCTCTTATTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAACATTC
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTC
** * *
1551250 AATTATAATATGTTTTAGGCAAAAATGTGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
382 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ********** * * * * *
1551315 AGCCATTTANNNNNNNNNNTAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
447 AACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * * ** *
1551380 AATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTGCTAACAAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * * * * * *
1551445 AAGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA-ATTTCTAAAACCATTTATAGCAAGTAACAGG
65 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * ** *
1551509 GCTTTCAAAGGTATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCCTGTCAA-GAAAGATTTTCATTTCACGT
129 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGT
* * * ** * *
1551573 TTCTTGAGGCAAACATCCAATTAGCATCTATTTTAAAAAAAACTAAAAAAAAATTTAACTTCAAA
194 TTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** *
1551638 T-AATATATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGCAGCCATAAGCAACTA
258 TCAAT-TATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACTA
* * * * *
1551702 TAAATCGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCTTTCGTTTCATGTTTCCCGTTTCCCAAGGCAAGCAT
322 TAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT--C---T--CAAGGCAAACAT
* * * * *********
1551767 TCAATT-TCAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNN
380 TCAATTAT-AATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
1551831 NAAAACCATTTAAAGA-GAGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T
444 TAAAACCATTTAAA-ATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT
* *
1551894 GTCTC
507 -TATT
** ** * * * * * * ** *
1551899 AATGGATGGCTTTCACTTCATATTTTTCAAGGAAAACATTTATTTATAATCTGTTTTAACCAAAC
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * *
1551964 ATGTATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATGT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
1552028 CGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAGTGGACTTTT-TATCTTAATGGATGGCTTTTC-GTTCA
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGC-TTTCACTTCA
* * * * * * * *
1552091 TGTTTCCTT-AGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATACAAAAACTCAACTG
191 CGTTT-CTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** ** * ** **
1552155 AAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGA
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* ** * * * * * *
1552220 TTATAAATTAACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCATGTTT-TCTGAGGTAAATATTCA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCA
* * * * * * * **
1552284 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACGTAAAATTAAGTATAACTTTATAAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
1552349 ACCATTTCAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCATT
448 ACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTT-ATT
* * * *
1552413 GATGGATGGCTTTTGCTTCATC-TTTCCAGAGAAAGACATTCAATTATAATTTATTTTGAA-AAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AATAAA
* **
1552476 AAAAGT-AACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAATGATTTAAAA-CGAGTAA
63 AAATGTGAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAA
* * * * **
1552538 TATA-GCTTTCGAAGGCATGATTGACTACAAATAGAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTT
125 TA-AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT
* ** * * * * *
1552601 CACGCTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATCATCTAATTTAACGAAAA-CTAAAAAAAATCAACTT
189 CACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1552665 AAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-ATAGCCATGAGCA
254 AAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* *
1552728 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTAATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
** * * * * * ***
1552793 ACCATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAGAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNN
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
******* * * * * * * * **
1552858 NNNNNNNAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCT
448 ACCATTTAAAATAAGTAATAA-GGTTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * * * * *
1552922 AATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAA-CCATTCAATTACAA--TATGCTTAAAATA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAATA-A
* * * ********** * * *
1552984 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
62 AAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
* * * * * * ** ** **
1553049 GGGCTTTCGAAGGCATAATTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATACATAACTTTCGTTTCAC
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
** * *
1553114 GTTTCAAGAGGCAAACA-TCTAATTATCATCTACTTTAATAAAAACTG--AAAAAATTCAACTTA
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTC-AATTATCATCTATTTTAACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
1553176 AAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCAA
255 AAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
** * * * * ** * * *
1553240 CTATCCATGGACTTGTCATCTCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* ** * * * * *
1553305 TTATAATTTACTTTAACCAAAAATGTTAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTACGAGA-TATAAAA
384 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** *** * ** * ***
1553369 TTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAAAGATTATAAATGGATTTTTCTTCCC
449 CCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * * *
1553432 AATGAATGGCTTTCT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAG-CGTTCACTTATAATCTGTTTTAACT-A
1 AATGGATGGCTTT-TGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAA
* * * * ** *
1553494 AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTTACTAATA
62 AAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
* * * * ** * ** *
1553558 TGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTATTGTCTATAAAAGGCTTTTGCTTAAC
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* * * * * * * * *
1553623 -TTT-TTCCAAGGCAGACATTTAATTATAATGTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTT
192 GTTTCTT--GAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** * * * * * *
1553686 AAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAA-AA--ATATTC-AA-CTTAAGATC
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCT-TTCAAAGC-CATGAGC
* ** ** ** * *
1553746 AATTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAGGGCTTTCAAAGATATGATTGACTATA
317 AACTAT-AA---AT-GGA-C-TTT-TCGT--GTCAAT--GG-----ATGGCT-T--TCG-CT-T-
* * * * * *
1553810 AAGGGACTGTACTTGTCAATGG-ATGACTTTCGTTTCATGTTTCTCAAGGTAAAATGCAATTATC
359 ----CA-TGT--TTCTCAA-GGCA--A---AC-ATTCA---AT-T--A--TAATATG---TT-T-
* * * * * * *
1553874 ATCTACTTGAAAAAAAAT-TGACAAAAAAATTAACTTCAAAT-AATTTATTAGATTATAAAATCG
397 -T-AAC---CAAA--AATGT-A-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * ** * ** * ** *
1553937 CTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGCCATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCACATC
452 TTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAAG-CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * * * ***
1553997 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAA-ACATTCAACTATAATCTGCTTTT-ACCGA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAATAAA
* * * ** *
1554060 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAA
63 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
1554125 GGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-GTCTCAATGAATGGCTTTCGCTTCAT
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* * * *
1554189 GTTTCTTAAGGCAAACATTCATTTATAATCTAATTTTAACCAAAAATGTATACAAAATTCAACTT
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCT-ATTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT
* * * * * * **
1554254 AAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
254 AAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * * ** * ** * *
1554318 ATTATAAATAGACTTTTTGTCCCAATGGATGGC-TTCTGTTTCATGTTTCTTGAGTCAAACATTT
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTC-GCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * ** *
1554382 GATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCATGTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
382 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*********** * * * * * * * ** *
1554447 ANNNNNNNNNNGTGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTATAAATTAACTTTT-TTTTG
447 AACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAT-
1554511 T
510 T
* * ** * ** * * * * * **
1554512 CAATGGTTGACTTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCAA-ATATTCAATTACAATATGTTCTAACCAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* * * ** * * * *
1554576 AAATAT-ATAAAAATTTAGA-TTAAAATCAATTATAATTTTATAAAACTATTTACATCGAGTAAT
63 AAATGTGA-AAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** *
1554639 CAGGCTTTTGAAA-GTAAGAGTGACTATAAATGGAC--TTCTTGTCACTGGATGGCTTTTGCTCC
126 AAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTC
* * * * * * * * * *
1554701 ATGTTCCCTAAGACAAACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTCAATT
190 ACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACT
** * * * * * * **
1554766 TAACGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTTCAAAGGCATCAGTG
253 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * ** * * * * * * *
1554831 ACTACAAATGAACTTTTCGTGTCAACAGATAGCTTTTGCATCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCA
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* ** * * *
1554896 ATTATAAT-TGGTTTTTAGAAAAAATGT--AAAAA---AA--TAAAATCAATTTTGAAATAATAA
383 ATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
**** * * * *
1554953 AACCATTTAAACGGTGTACTAAGGCTTTTGATCA-CATGAATGAAGTT-T-AATGGACTTTTC-T
447 AACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCA-AAGCATGAGTG-A-TTATAAATGGACTTTTCTT
*
1555014 AGTC
508 A-TT
* * * * * * * *
1555018 AATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCT-AAGAAAACATCCAATTATCAA-CTGTTTGAAT-GA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT--CTGAGGAAGACATTCAATTAT-AATCTATTTTAATAAA
* * * * * * * *
1555080 AGA-GTGAAAAAAACTTGAACTTAAAA-CAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTGA
63 AAATGTG-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAA
** * * * * * **
1555143 TAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGGCATTTCGTGT-AGTGGATGGCTTTTGCTTC
125 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTC
* *** * * * * * * *
1555207 ATGTTTCCCAAGACAAGCATTCAATCATAATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTG
190 ACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * * * * * * **
1555272 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATTACGTTTTCGAAGGCATGAGTGA
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* * * * ** * ** ** *
1555337 CTATAAATGAACTTTT-GTTGTCAATGGTTAGCTTTTGCTTCACATGTCTTGAGAAAAATATTCA
319 CTATAAATGGACTTTTCG-TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * *
1555401 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATAT-TAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*** * * * * * *
1555465 AACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCTGTGAGTGACTATAAA-GGAAATTTTATTAT
447 AACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAAGC-ATGAGTGATTATAAATGG-ACTTTTCTTAT
1555529 T
510 T
* * *
1555530 AATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCTTGAGGAAGACATTAAATTATAAT-T-TTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAA
* * ** * *
1555593 ACA--T-AAAGAATTTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGAGCGTAATA
64 A-ATGTGAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
1555655 AGGCTTTCGAAGGTATTAATGACTATAAATGGACATTTT-GTGTCAGTGGATGGCTTTTACTTCA
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
** * * * * * * *
1555719 CGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATCATAAT-TTTTTTAACCCAAAATGTAAGAAAACTCAACTGA
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * ** ** **
1555783 AAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGAGTGAC
255 AAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAAC
* ** * * * ** * * *
1555848 TATAAATGAACTTTTATTGTTAATGGCTGGCTTTCACTTCACATTTCTCAAAGTAAATATTCAAT
320 TATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * ********** *
1555913 TATAAT-TTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAAC
385 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** *
1555977 TATTTAAAGA-GACTAATAAGGGTTTT-AAAGGCATGAGTGATTATAAGTGGACTTTT-AAAGTC
450 CATTTAAA-ATAAGTAATAA-GGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTA-TT
* * ** * * * *
1556039 AATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTTTGAAAGACCTTCAATTAGAATCTGTTTTAACT-AAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAA
* * * * *
1556103 AACGTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
64 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * ** ****
1556168 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTATTAATGGATAGTTTTTGCTTTTTAT
129 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGT
*** * * * * ********* ** *
1556232 TTCACAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTNNNNNNNNNNTAAAAAAAAATTCAACTTCAAA
194 TTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTT-TAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** *** * * ** * * *
1556297 T-AAGTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAATAAGTAATAAGGGTTTCGTAGACATGAGCAATTG
258 TCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACTA
* * * * * ** * * *
1556361 TAGATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTCACTTAACATCTCTCAATGTAAACATTCAATTA
322 TAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * * *
1556426 CAATTTGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCC
387 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * * ** *
1556490 TTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGCCATGAGTAATTATAAATGGACTTTT-TGGCTC
452 TTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAG-CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT-TATT
* * * ** * * *
1556550 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTGCAATATATTTTTACAAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * ***********
1556615 ATGTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAA
65 ATGT-GAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
* * ** * *
1556680 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCGA-TATTAATTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCAT
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAC
* * * * * * * *
1556744 ATTTCTTGAGGCAAAAATTCAATTATAAACTACTTTAACCAAAAATGCAAAACAAGTTTAACTT-
192 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * * * * * * ***
1556808 AAAGCTAATTATGAGATTTTAAAACCATTT--A---AC----AAGACTTTCGAAGGCATGAATGA
255 AAATC-AATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* * * *
1556864 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTTATGTCTTCT-AAGGTAAACATTCA
319 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGT-TTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * *
1556928 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAA
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *** * * * * *
1556993 ACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTATT
448 ACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* ** * * * * * *
1557057 ATTGGATGGCTTTTGCTTTGCATTTCTCAAGACAGACATTAAATTATAATCTATGTTAATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
** * * * * * *
1557122 ATGCAAAAAGAATCCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAG
65 ATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
1557187 GTTTTTGAAA-GTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTTGCA-TT-A
129 G-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTT-CACTTCA
* * * * * * *
1557249 CATTTCCT-AGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAAGGTAATAAAAATTCAACT
191 CGTTTCTTGA-GGCAAACATTCAATTATCATCT-ATTTTAACAAAAATGTAA-AAAAATTCAACT
* * * * ** * *
1557313 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAATAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGT
253 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAA-GCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGC
* * * ** *
1557377 AACTATAAATAGACTTTT-TTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATT
317 AACTATAAATGGACTTTTCGT-GTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * *
1557441 C-ATCTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTA
381 CAAT-TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTA
** * * * * * **
1557504 TAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATATACTTTT-TG
444 TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTC-AAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT-
* *
1557568 TCTC
507 TATT
* * ***
1557572 AATGGATGGCTTTCAG-TGT-ATGTTTCTTGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCA
1 AATGGATGGCTTT-TGCT-TCACGTTTC-TGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
* * * * * ** *
1557634 ACAATGT-AAGAGAACTT-AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAA
62 AAAATGTGAA-A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAA
** * ** * * * *
1557697 TTAA-GCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAAAATTTTCTAGCCAATGGTTGGCTTTCACTT
125 -TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT
** * * * * * ** * * *
1557761 CACGTTTC-CAAGGCATATATCCAATTATTAAT-TGTTTTGATGAAAACTGAGAAAAAAATTCTA
189 CACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTA-TCATCTATTTT-AACAAAAATG-TAAAAAAATTCAA
* * * * * *
1557824 CTTAAAAT-AATTTATAAGCTTATACAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGG----C--AGACAT--
251 CTTAAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGA
* * ** * *
1557880 -C--C-AT---T---C---T--TGCCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-CTAATGCAGACA
315 GCAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * * * * ** *
1557929 TTAAATTATAGTCTATGTTAATGAAAAATGTAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATT
379 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * *
1557994 ATAAAATCATTTAAAATGAA-TAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTC
443 ATAAAACCATTTAAAAT-AAGTAATAAGG-TTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTC
* *
1558058 ATATC
506 TTATT
** * * ** * * * **
1558063 AACAGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAA-ACATTCAGTTATAATTTGTTTTTCCT-AA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAATAAA
* ** * *
1558126 AAATGT-AAAAATATT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAACCGAGTAAT
63 AAATGTGAAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAAT
* * * * *
1558189 AAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTACTTCA
126 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
* * * * * * * ** *
1558253 TGTTTCCTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATACAAAAAGAATTCAACTC
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT
* * * * * * **
1558318 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTAAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTAAAGCCATGAGTG
254 AAAATCAATTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * * * * *
1558382 ACTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATAGATGGCTTTTG-TATAAT-TTTTTCCAAGGAAAACATT
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCT-TCATGTTTCT-CAAGGCAAACATT
* * * * *
1558445 CAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAAGTTAACATCAATTATGAGATTATA
381 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *** * * * * ** ** *
1558510 AAACCATATAAACGGAGTAATGAGGCTTTT-GATGATATGAGTGACGATCGATCG-CTTTT-TCT
446 AAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAG-CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT-T
*
1558572 AGTC
508 A-TT
** ** *
1558576 AATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCGTTTATAATCTGTTTTAA-ACAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AA
* * * * * * * * *
1558639 ATATGTAAAAAATATTTAACTTAAACT-AATTTATAAGATTAT-AAACCGTTTAAAGTGAGTAAC
63 AAATGTGAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAAT
* ** * ***
1558702 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTCA
126 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
* * ** * * * * * *
1558767 TGTTTCTCGAGGTTAACATTCAATTATAATGTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAC-TA
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** ** * *
1558831 AAATTAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTC-AGGAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTA
255 AAA-TCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG-CGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCA
* * ** * * ** * ** * * **
1558895 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAAGGTTGGCTTTCATTTAACATTTCTCAAGGTAGACAGCCA
318 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* ** ** * * *
1558960 ATTATTAGCTGTTTTAA-TGAAAA-GTACAAAGAAATTCAACTTCAAAT-AATTTATCAGATTAT
383 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT
* * ********** * * *
1559022 AAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA
445 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTA
*
1559087 TC
509 TT
* * * * ** * * ** **
1559089 AATAGATGGGTTTTGGTTAACGTTTCCTGAGCCAGACATTAAATTAGAATCTATGCTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * **
1559154 ATG-CAAAATGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAA
65 ATGTGAAAA--AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA
** * * * ** * *
1559218 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCATCATG
128 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACG
* * * * * * ** *
1559283 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAACATAAAAGAATTCAACTTAAA
193 TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCT-ATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * * * ***
1559348 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAATAGAGTAATGAGGCTTTCGAAAG-CATAAATGACT
257 ATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTC-AAAGCCATGAGCAACT
* * * * ** * *
1559412 ATCAATGGACTTTTC-TAATCAATGAATGGCTATCGCTTCACATTTCCTC-ATGCAAACATTCAT
321 ATAAATGGACTTTTCGT-GTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
1559475 TTATAATTTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAACTTCAACTCAAAAT-AATTTCTAAGATTATAA
384 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAA
* **** * * * * * * * *
1559539 AACTATTTAAAGCGCGTGACA-AAGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGTACTTTTCATCT
447 AACCATTTAAAATAAGT-A-ATAAGGTTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAT
*
1559603 C
510 T
* * * * * * *
1559604 AATGGATGACTTTCGCTTCATGTTTCCTGAGGCAA-ACATTCAATTGTAATATGTTTTTATAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* * * * *
1559668 AATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACTACTT-AAATCGAGTAATA
64 AATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATA
* * * * * * **
1559732 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCAATAGATGGGTTTTGCTT-AG
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA-
* *** ** * * * * * * *
1559796 CATTTCCAAAAACAGACATTAAATTATAATCTATGTTAACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTCA
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** * * ** ********** **
1559861 AAGTTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGAC
255 AAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAAC
* * * * *
1559926 TATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTACACATCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
320 TATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
1559991 TATAATTTGTTTTTACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAAC
385 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
1560055 CATCTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTCCTTATC
450 CATTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
* * ** * *
1560117 AATGGATTGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAA
* * * ** * * **
1560181 AATATAAAAAGAATTCAACTCAAGGTCAGTGATGAGA--ATAAAATTATTTAAAA-CGAGTAATA
64 AATGTGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATA
* * * **
1560243 AGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATTGATGGCTTTTGC-TCA
127 AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCA
* *** * * * * * **
1560306 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTNN
191 CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCT-ATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
******** * * * * * ** * ***
1560371 NNNNNNNNTATGAGATAATAAAACCATTTAAA-CGAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAATGA
255 AAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCG-ACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAA
* * * * *
1560435 CTATCAATGGACTTTTC-TAGTTAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATT-T
319 CTATAAATGGACTTTTCGT-GTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* ** * * * *
1560498 ATTCATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTGAAAT-AATTTATAAGATTA
383 ATT-ATAATATGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTA
** * * * * * * *
1560562 TAAAACTGTTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCATGAGTGACTACAAATGGAATTTTCA
444 TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGG-TTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT
* *
1560626 TGTC
507 TATT
* * * * ** ** * * * *
1560630 AATGGATAGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATGTGTTTTAATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * * *
1560695 ATATAAAAAAACTCAACTAAAAATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTAGGGAGTAAGT
65 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAA--AGCGAGTAA-T
** * *
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126 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCACTTC
* ** * * * * * * **
1560824 ATGTTT-TCCAAGGCAAGCATACAATTATTAGCTGTTTTAATCAAAACTAAAAAGAAAATTCAAC
190 ACGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAA-AAAATTCAAC
* * * * * * * *
1560888 TTAAAAT-AATTTATAGGATTATAAAATCGTTTAAA-TGAGTAATAAGGCTGTCGAAGGCATAAG
252 TTAAAATCAA-TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAG
** * * * * ** ** * * *
1560951 TTACTATAAGTAGACTTTTCATCTCAATGGATGAATTTCGCTTCACATTTTTTAAGACAAACATT
316 CAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * * *
1561016 CAATTATAATCTGTTTT-A-CTAAAATGTAAAGAAATTTAACTGAAAATCAATTATGCA-ATGAT
381 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTAT
* * * * *
1561078 AAAACTATTT-AAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAATTATAAATGGACATTTCTT
445 AAAACCATTTAAAAT-AAGTAATAAGGTTTTCAAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTT
*
1561142 GTT
508 ATT
* * ** ** * * *
1561145 AGTGTATGGCTTTTTTTTTCATATTTCCTGAGATAAG-CATTCAATTATAATATGTTTTAACT-A
1 AATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTT-CTGAG-GAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAA
* * * * * * *
1561208 TAAATAT-AAGAGAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCTAGTAAT
62 AAAATGTGAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * ** *
1561272 ATGGCTTTCGAAGGCATGAGAGTCTAAAAATAGACTTTTCTTGTCGAT-GAT-GCATTTTGCATC
126 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTCACTTC
* * ** * * ** *
1561335 ACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATAAAACG
190 ACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
* ** * * * * *
1561400 TAAACTCAATTATGGGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAAC-AACAAGTCTTTCAAAGGCATGAGT
253 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCG-ACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGC
* * * * * * * *
1561464 GACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAACATC
317 AACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATT
* ** ** * *
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381 CAATTATAATATG-TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTTAAA
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TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTT
CTTGAGGCAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGCAACTATAAA
TGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAATAAGTAATAAGGTTTTCAAAGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATT
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1547048 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * ******
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** * * * * ** *
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* * * * * *
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64 TCTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTC-TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * **********
1547359 GAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATT
128 AAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
1547401 ATAAAATCATTTAAAGTGAGAAATAAGGGTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTGT
1 ATAAAA-CATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATTAACTTTTCT
* * * * *
1547466 TGTCAGTGGTTGGCTTTCACTTCATGTCTCTTGAGGCAAACATTCAATTATCATATGTTTTAACA
64 TCTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACA
** * **
1547531 AAAAATATAAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATAATTTT
129 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1547572 ATAAAACTATTTAAATTGA-ATAATACGGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAATAAGATTTTTC
1 ATAAAAC-ATTTAAAGTGAGA-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAATTA-ACTTTTC
* * * ** * **
1547636 TTATTAATGGATGGCCTTTGC-TTTACAT-T-TCCCAATGCCTACATTCAATTATAATATG-TTT
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* * * * *
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1 ATAAAA-CATTTAAAGTGAGAAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAATT-AACTTTTC
* * ** * * * *
1547807 TTCTCAATTGATGGCTTTTACTTCACATTTC-TAAGGGCAAAGATTCAATTATAATTTGTTTTGA
63 TTCTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCTTAA-GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* *
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAAAACATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAATTAACTTTTCTTC
TCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAA
AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:1548297 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1548004--1557728 Score: 3302
Period size: 171 Copynumber: 57.0 Consensus size: 169
1547994 TTGCTTCATG
* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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129 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * *
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66 ACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAG
* * * * * *
1548304 TAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAATGAGTATAAATAGACT
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* * * * * *
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1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCAC-TTCCCAAG-GCAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * * * **
1548406 TTTTA-CAAAAAAGTAAAAAAATTAAATTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATAATTTAAA-C
62 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC
* * * * *
1548469 TATGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATCAATGGACT
127 GA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
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1 TTTCTTT--TCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTC-AATTAT-AATAT
** * * * *
1548575 ATTTTAATGAAAACTG-AATAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTA
60 ATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTT-
* * * *
1548638 AAAT-GAGTAATAAGGCTTTCGCAGGCATGAGTAACTGTAAATGGGCT
122 AAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * ** *
1548685 TTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAGATTTCTCGATACAAACATTCAATTATAATATGTTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
1548750 TAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAAT-AATTTATAAGATTGTAAAA-AAGTTTAAAG
64 TAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA-
* * * *
1548813 T-GAGTAATAAGGCTATCAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACT
125 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACT
* * * * * *
1548857 TTT-TGTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTAACATCTCCCAAGGCAAAAATTAAATTATAATCTATT
1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* ** * *
1548921 TTAAACAAAAACCTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTTTTG-GATTATAAAACCATTTAAAAC
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC
* * * * * *
1548984 AAGTAACAAAGCTTTCCAAGGTATGAGTGACAATAAATGGACT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
1549027 CTTCATCTT-AATGGATGGCTTTTG-TATCACTTCTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGT
1 TTTC-TTTTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCAC-T-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
1549090 TTTTA-CAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
62 TTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAT
* *
1549154 AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
126 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * **
1549198 TCTCTTATT-AATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTAT-ATATGCT
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * ** **********
1549261 TTAAGCAAAAATGTCAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNN
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
* * *
1549326 AGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
1549368 TTTCTTGTT-AATGGACGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AGAG-AAGACATTCAATCATAATCTA
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAG-GCAA-ACATTCAATTATAATATA
** * * * * *
1549430 TGCTGA-CAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTAG
61 TTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA
* * ** * *
1549493 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGATTGACAATAAA-GAGACT
124 ATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACT
* * * * ** * *
1549539 TTTCTTATT-AATTGATGACTTTTGTTTCACGTTTCTCAAGATAAACA-TCTAATTATCATCTAT
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTC-AATTATAATATAT
* * * * *
1549602 TTTAA-CAAAAACT-AAAAAAAATTTAAC-T----TC-A-TAT-A-ATTTATAAGACTA-TAAAA
62 TTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAA
* *
1549655 TC--GT--TCAA----TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACA
125 TCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * * * *
1549693 TTTCTTGTT-AATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATCATAATCTGTG
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * * *
1549757 CTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTAGAGC
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAATC
* * ** * *
1549821 AAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCATGATTGACTATAAAGGGACT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *** * * *
1549864 TTTCTTATCAGTTGATGACTTTTGTTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATCATCTATTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * ** * * *
1549929 TAA-GAAAAA-CTAAAAAAA---AA-TTAACTTCAA--AT-A-ATTTATAAGA-CAATAAAATC-
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAATCG
*
1549982 A-T--TCAA----TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
128 AGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * * * * *
1550018 TTTCTTGTT-AATGGATGACTTTTGCTTCAAATTTCTTAGGGTAGACATTCAATCATAATCTGTG
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * * *
1550082 CTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAGTCAATTAT-AAATTTATGAAACCATTTAGAGC
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAATC
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126 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
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1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * **
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63 TTAACCAAAAATGT-AAA--AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
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* * * *
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1 TTTCT-T-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
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* *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
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129 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
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1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
** * * * *****
1551264 TTAGGCAAAAATGTGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTANNNNN
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
***** * *
1551329 NNNNNTAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
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* * * * * * * * **
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * * * *
1551436 TAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA-ATTTCTAAAACCATTTATAGCA
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAATCG
* * * * * *
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128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * *** * ** *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGC--TTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
* ** * * * * *
1551604 TTTAA-AAAAAACTAAAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATATATAAGATTATAAAATCGTTTAAA
62 TTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** *
1551667 GT-GAGTAATAAGGCTTTCGCAGCCATAAGCAACTATAAATCGACT
125 -TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGAT-G---GC-TTT--TGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-A
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1551776 ATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATT
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** * * *
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* ** * ** * * * * *
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1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * *
1551954 TTAACCAAACATGTATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAGCCGTTTAAAG
63 TTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-
* * * *
1552018 T-GAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAGTGGACT
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* ** *
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1 TTTCT-T-TTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
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61 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA
* * * **
1552189 T-GAGGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATTAACT
125 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * ** * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
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* * * **
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * *
1552639 TAA-CGAAAA-CTAAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGT-
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TC
* **
1552700 GAGTAATAAGGCTTT--ATAGCCATGAGCAACTATAAATGGACT
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* * * * **********
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* *
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1 TTTCTTTTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
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1552977 TAAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAAAGCA
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* * * * *
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* ** ** * * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TTCCCA-AGGCAAACATTC-AATTATAATATATT
* * *
1553148 TTAA-TAAAAACTG--AAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG
63 TTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-
* ** **
1553209 T-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATCCATGGACT
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* * * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * ** *
1553318 TAACCAAAAATGTTAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTACGAGA-TATAAAATTATTTAAACCGA
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGA
* ** * *
1553382 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAAAGATTATAAATGGATT
129 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * *
1553487 TTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGT-
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TC
* * * * *
1553550 TACTAATATGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
** * * * *
1553658 TAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGT-G
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCG
* * * * * * **
1553722 AGTAA-AA--ATATTC-AA--CTTAAGATCAATTATGAATTTA-T
128 AGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGAG-T-GACTATAAATGGACT
*** * * * * * ** *
1553760 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAGATATGATTGACTAT--AAAGGGACTGTACT
1 --TTTCTTTTCAA-TG-G--AT--GGC-TT------T-TGCTTCACT-TCCCAA-GG-C-AAACA
* * * * *** ** * *
1553823 TGTCAATGGATGACTTTCGTTTCATGTTTC-TCAAGGTAAAATGCAATTATCATCTACTTGAAAA
46 T-TCAAT-TAT-AATAT-ATTT--T-AACCAAAAATGTAAAA---AA--AT--TCAACTT-AAAA
* * * * ** * * * * * * ** * *
1553887 -AAAAT-TGACA--AAAAAATTAACTTCAAAT-AATTTATTA-GATTATAAAATCGC-TCAAAGT
96 TCAATTATGAGATTATAAAA-CCA-TTTAAATCGAGTAATAAGGCTT-TCGAA-GGCAT--GAGT
*
1553945 GAGTA-ATAA-GG-CT
155 GACTATA-AATGGACT
*** ** * * * ** * ***
1553958 TTCGTAGCCATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCACATCA-AT-GGATGGCTTTTGC-TTCACAT
1 TT--T---C-TTTTC-A--ATGGATGG-CTTTT-GCTTCACTTCCCAAGGC--AAACATTCA-A-
* * * * * ** * *** *
1554020 TTCCTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTGCTTTTACCGAA---AA-TGTAAAA-AAATT-T-A-
51 TT-ATAA--TATA-TTTTAACCA-AAAATG---TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
1554077 ACT-TAAAATCAATT--AT-GAGATTATAAAGCCATTT-GAA-GCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-
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165 GG-ACT
** * * * * * *** * *
1554140 GAGTGAC-TATAAATGGA--CCTTTTG-TCTCA-AT--GAATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAA
1 ---TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACTTCCCAA-GGCAAAC-ATTCA-----ATT-A
* * * * * * *
1554198 GGCAAACATTCATTTATAATC-TAATTTTAACCAAAAATGTATACAAAATTCAACTTAAAAT-AA
54 ---TAATA-T-ATTT-TAACCAAAAATGTAA--AAAAA--T-T-C-AACTT-AA-----AATCAA
* * *
1554261 TTTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAA
100 -TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
*
1554325 ATAGACT
163 ATGGACT
** * * * *** * ** * *
1554332 TTT-TGTCCCAATGGATGGCTTCTGTTTCATGTTTCTTGAGTCAAACATTTGATCATAATATGTT
1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* ** * **********
1554396 TTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCATGTAAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGT-
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAATC
* * * * **
1554460 GAGGAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTATAAATTAACT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * *
1554503 TTTTTTTGTCAATGGTTGACTTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCAAATATTCAATTACAATATGTT
1 TTTCTTT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * ** * *
1554568 CTAACCAAAAATATATAAAAATTTAGA-TTAAAATCAATTATAATTTTATAAAACTATTTACATC
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC
* * * * *
1554632 GAGTAATCAGGCTTTTGAAAGTAAGAGTGACTATAAATGGAC-
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
1554674 -TTCTTGTCACTGGATGGCTTTTGCTCCATGTTCCCTAAGACAAACATTTAATTATAATCTATTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CTTCCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
** * * **
1554738 TAATAAAAAATATAAAAACAATTCAATTTAACGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-
64 TAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TC
* * * * * *
1554802 GACTAACAAGGCTTTCAAAGGCATCAGTGACTACAAATGAACT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * *** * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT-ATT
* ** * * *
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63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-
* * * *** * * *
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127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGACT
** * * * * *
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* ** * * * * * *
1555072 TTGAATGAAGAGTG-AAAAAAACTTGAACTTAAAA-CAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAA
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* * * * *
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125 -TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * *
1555244 TAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGT-G
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* * * *
1555308 AGTAATTACGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
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* * * * *** ** * * * *
1555350 TTTGTTGTCAATGGTTAGCTTTTGCTTCACATGTCTTGAGAAAAATATTCAATTATAGTCTGTTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * *
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* * * *
1555479 ACTAATAAGGCTTTC-AAAGCTGTGAGTGACTATAAA-GGAAAT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGG-ACT
* * * *** *
1555521 TTTATTATT-AATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCTTGAGG-AAGACATTAAATTATAAT-T-T
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* ** * * * ** * **
1555582 TTTAACTAAAAACATAAAGAATTTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGA
62 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC
* * * *
1555647 GCGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTAATGACTATAAATGGACAT
127 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * * * * *
1555691 TTT-GTGTCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATCATAAT-TTTTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * * *
1555754 TAACCCAAAATGTAAGAAAACTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGT-G
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* ** *
1555818 AGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * * *
1555860 TTTATTGTT-AATGGCTGGCTTTCACTTCACATTTCTCAAAGTAAATATTCAATTATAAT-TTTT
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* ********** * * **
1555923 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAG
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
* * ** * *
1555988 ACTAATAAGGGTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAGTGGACT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
**** * * * *** * * * * *
1556030 TTTAAAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTTTGAAAGACCTTCAATTAGAATCTGTTT
1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CTTCCCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * * *
1556095 TAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGA
64 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGA
1556160 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACT
129 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
1556200 TTTCTTATT-AATGGATAGTTTTTGCTTTTTATTTCACAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTT
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGC--TTCACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
********** ** * * ***
1556264 TNNNNNNNNNNTAAAAAAAAATTCAACTTCAAAT-AAGTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAAT
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* * * * ** * * *
1556328 -AAGTAATAAGGGTTTCGTAGACATGAGCAATTGTAGATGGACT
126 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * * * * *
1556371 TTTCATGTT-AATGGATGGCTTTCACTTAACATCTCTCAATGTAAACATTCAATTACAATTTGTT
1 TTTC-TTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T-TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
1556435 TTTACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCCTTTAAAACG
63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
* * * * *
1556499 AGTAACAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTAATTATAAATGGACT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * **
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1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * **********
1556605 TTTACAAAAAATGTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNN
63 TTAACCAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAT
* *
1556670 NGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCGA-T
126 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * *** * *
1556713 ATTAATTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGGCAAAAATTCAATTATAA-ACTAC
1 -TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA-TAT
* * * * *
1556777 TTTAACCAAAAATGCAAAACAAGTTTAACTT-AAAGCTAATTATGAGATTTTAAAACCATTT-AA
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* *
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* * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-TC--CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
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63 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * *
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63 TTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-T
* * * * * *
1557177 -GAGTAACAAGGTTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACT
126 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
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1 TTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* * *
1557285 TTACCAAAAAGGTAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGG
64 TAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCG
* * * * *
1557350 AATAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
1557392 TTT-TTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTC-ATCTATAATCTGT
1 TTTCTT-TTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--TTCCCAAGGCAAACATTCAAT-TATAATATAT
* * **
1557455 TTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTGTTTAAA
62 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * **
1557518 GT-GAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATATACT
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* ** *** *
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1 TTTCT-TTTCAATGGATGGCTTT---TGCT-TCACTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
1557625 TTTTAGCCAACAATGTAAGAGAACTT-AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
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* * * *
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125 -TCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
1557729 AAAATTTTCT
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1547994 TTGCTTCATG
* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
1548576 TTTTAATGAAAACTGA-ATAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAA
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* * * * *
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* ** * ** *
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1 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
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65 TTAAC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA
* * * *
1548812 GTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACT
126 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACT
* * ** * * * * *
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1 TTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
** * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCA-TGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1549090 TTTTACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGA
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*
1549155 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
128 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
1549198 TCTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTAT-ATATGCTT
1 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * ** **********
1549262 TAAGCAAAAATGTCAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNA
66 TAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * *
1549327 GTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATT
130 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * *
1549368 TTTCTTGTTAATGGACGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AGAG-AAGACATTCAATCATAATCTAT
1 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAG-GCAA-ACATTCAATTATAATCTGT
** * * * * * *
1549431 GCTGACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAACCATTTAGAG
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** ** * *
1549495 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGATTGACAATAAA-GAGACT
127 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACT
* * * * * * ** * *
1549539 TTTCTTATTAATTGATGACTTTTGTTTCACGTTTCTCAAGATAAACA-TCTAATTATCATCTATT
1 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC-AATTATAATCTGTT
*
1549603 TTAACAAAAACTA-AAAAAAATTTAACTT
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1549631 CATATAATTT
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 248, Indels: 108
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Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
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Period size: 341 Copynumber: 39.5 Consensus size: 336
1548048 ATATTTAATC
* * * * * **
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* * * * * * * * *
1548122 -ATTTAAATCG-AGTAATAAGGCATTCGAAGGGATAAGTCACTGTAAATAGACTTTTCTT-TTCA
64 AAGTTAAA-AGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATT-A
* * * * ** * * *
1548184 ATGGATAGTTTTTGCTTCA--CTTCCCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAAAA
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* * * * * *
1548247 TGGAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAG
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** * * * * ** **
1548311 GCTTTTGAAGGTATGAATGAGTATAAATAGACTTTTTGTGTCCATGGATGGCTTTTGCATT-ACG
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG--TTCAC-
* *
1548375 TTTC-CTGAGTAAACATTCAATT
315 TTTCTCAG-GCAAACATTCAATT
* * * * *
1548397 ATAATCTATTTTTACAAAAA-AGTAAAAAAATTAAATTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATA
1 ATAATATATTTTTACAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* ** * * ** * * * *
1548461 ATTTAAACTATGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATCAATGGACTTTTTTTAGTCAAT
65 AGTTAAAAGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TTAAT
* * * *
1548526 GGATGGCTTTCGTTTTATGTTTCTCAAGGCAAACA-TCTAATTATCAAGTATTTTAATG-AAAAC
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTC-AATTAT-AA-TATTTTAA-GCAAAAA
* * * * ** *
1548589 TGAATAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAATGAGTAATAAGG
190 TGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
** * * * * * ** *
1548653 CTTTCGCAGGCATGAGTAACTGTAAATGGGCTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAGATT
254 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTT-TGTTCA-CTT
**
1548718 TCTCGATACAAACATTCAATT
317 TCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
1548739 ATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAA-TAATTTATAAGATTGTAAAA
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1548803 -AAGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACTTTT-TGTGT
63 CAAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TAT
* * * ** * * * *
1548865 CAATGGATGCCTTTTGCTTAACATCTCCCAAGGCAAAAATTAAATTATAATCTATTTTAAACAAA
125 TAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAA
** * * *
1548930 AACCTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTTG-GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAA
188 AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
* * * * *
1548994 GCTTTCCAAGGTATGAGTGACAATAAATGGACTCTTCATCTTAATGGATGGCTTTTGTATCACTT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTGT-TCACTT
*
1549059 CTCCCAAGGCAAACATTCAATT
317 -TCTC-AGGCAAACATTCAATT
* *
1549081 ATAATATGTTTTTACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACC
1 ATAATATATTTTTACAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
*
1549146 A-TTAAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATTAAT
65 AGTTAAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
*
1549210 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTAT-ATATGCTTTAAGCAAAAATG
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT--TTTAAGCAAAAATG
** ********** *
1549274 TCAAAAAATTTTACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAATGCT
192 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCT
* * *
1549338 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGTTAATGGACGGCTTTTGCTTCACATTTC
256 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCAC-TTTC
*
1549403 TCAGAG-AAGACATTCAATC
319 TCAG-GCAA-ACATTCAATT
* ** * * * * * *
1549422 ATAATCTATGCTGACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAAC
1 ATAATATATTTTTACAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA-TTATAAAAC
* * * * * *
1549486 CA-TTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGATTGACAATAAA-GAGACTTTTCTTATTA
64 AAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTATTA
* * * * ** *
1549549 ATTGATGACTTTTG-TTTCACGTTTCTCAAGATAAACA-TCTAATTATCATCTATTTTAA-CAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTC-AATTAT-A-ATATTTTAAGCAAA
** * * * * * *
1549611 AACTAAAAAAAATTTAACTTCATAT-AATTTATAAGACTAT-AAA--A--T----C--GT--TCA
188 AA-TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAA
* * * * **
1549662 A---TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATG--GAT-GACT---TTTGC
252 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA-TG-GA---CTT-TTCATGTTAATGGA-TGGCTTTTG
* * * *
1549718 TTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATC
310 TTCAC-TTTC-TCAGGCAAACATTCAATT
* * ** * * * * * * *
1549747 ATAATCTGTGCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAGTCAATTATGA-ATTTATGAAAC
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA-TTATAAAAC
* * * * * * * * *
1549811 CA-TTTAGAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATCAG
64 AAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
* * * * *** * *
1549875 TTGATGACTTTTGTTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATCATCTATTTTAAG-AAAAA-
128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-A-ATATTTTAAGCAAAAAT
* * ** * * *
1549938 CTAAAAAA---AAATTAACTTCAA---AT-A-ATTTATAAGA-CA-ATAAAATC-A-T--TCAA-
191 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAA-CAAGTAATAAAG
* * *
1549988 --TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGACTTTTGCTTCAAATT
254 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTC-ACTT
* * * *
1550051 TCTTAGGGTAGACATTCAATC
317 TCTCA-GGCAAACATTCAATT
* * ** * * * * * * * * *
1550072 ATAATCTGTGCTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAGTCAATTAT-AAATTTATGAAACC
1 ATAATATATTTTTACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA-TTATAAAACA
* * * * ** * * *
1550136 A-TTTAGAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGATATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATCAAT
65 AGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* * * * * * *
1550200 GGATGACTTTTGTTTTACGTTTCTCGAGGCAAACATCCAATTATCATCTATTTTAA-CAAAAACT
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-A-ATATTTTAAGCAAAAA-T
** * * * * * *** *
1550264 AAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATTTATAAGACTATAAAATCATTCT-AAGTGAGTAATAAGGC
191 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAACAAGTAATAAAGC
** * * * ** * *
1550327 TTTCGTAGTCGTAAGCAACTATAAATGGACTTTT-AGTGTCAAT-GAGTGGCTTTTGTTTCATGT
255 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TGTTAATGGA-TGGCTTTTG-TTCA-CT
* **
1550390 TTCCTAAGGCAAGTATTCAATT
316 TT-CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * ********** *
1550412 GTAATCT-GTTTTACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * *
1550476 A-TTTAAAGAGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTCTCAAT
65 AGTTAAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* * ** * * * * *
1550540 GGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACATTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAACATG
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAATG
* * * * ** *
1550605 TATAAAAAATTCAACTTAAAA--AATTTATAAGATTATAAAATCGTTGAAAATGAGTAATAACGC
192 --TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGC
* * * * ** * *
1550668 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTATCTCAATGAATAACTTTTACTTCATGTTT
255 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTT-GTTCA-CTTT
* * *
1550733 CCTGAGACAAACATTGAATT
318 -CTCAGGCAAACATTCAATT
** * * * * * *
1550753 ATAATATGGTTTAACCAAAAATGTAAAAGGAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGAATGTAA
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATAT-AAA--AAAATTCAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
1550817 AAC-TGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAATGAGCG-GTGATAAATGGACTTTT-TGT
61 AACAAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCT-T
* * * * ** * *
1550879 ATTAATAGATGCCTTTCGCTTAACATCTCCCAAGG-AAA-A--C----AT--T-TTTTAAACAAA
123 ATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATTTTAAGCAAA
* * * * **
1550933 AATCTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTGTGGGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATA
188 AATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
* ** * * *** * ***
1550997 AGGCTTTTGAAGGCAT-ATGTAACTATAAATGGACTCTTCATCCCAATGAATGGCCTTCACTTCA
251 AAGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGG-CTTTTGTTCA
1551061 C-TTCTCCAAAGGCAAACATTCAATT
314 CTTTCT-C--AGGCAAACATTCAATT
* * * ***
1551086 ATAATCTA-TTTTACTAAAAATGA-AAAAAAA-TCAACGTAAAATCAATTATGAGATTAT-ANNN
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
******* * * * * * *
1551147 NNNNNNNAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-GTATGAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTATTA
64 AAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
* *
1551211 ATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGGCAAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA--TTTTAAGCAAAAA
* * ********** *
1551275 TGTGAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAGCCATTTANNNNNNNNNNTAATG
190 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
* * * * *
1551339 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTT
254 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CTT
*
1551404 TCTCAGGGCAGACATTCAATT
317 TCTCA-GGCAAACATTCAATT
* * ** * * * * * *
1551425 ATAATCTGTGCTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA-ATTTCTAAAAC
1 ATAATATATTTTTACAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA-TTATAAAAC
* * * * * * * * * * *
1551489 CA-TTTATAGCAAGTAACAGGGCTTTCAAAGGTATGATTGACTATAAAGGGACTTTTCCTGTCAA
64 AAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
** * * *** * * * *
1551553 --GAAAGATTTT-CATTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTAGCATCTATTTTAA-AAAAA
128 TGGATGGCTTTTGC-TTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA-TA-ATATTTTAAGCAAAA
** * * * * * * ***
1551614 ACTAAAAAAAAATTTAACTTCAAAT-AATATATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAA
189 A-T-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAA
* ** * * ** * * * * *
1551678 GGCTTTCGCAGCCATAAGCAACTATAAATCGACTTTTCGTGTCAATGAATAGCTTTCGTTTCATG
252 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGAT-G---GC-TTT--TG
* * *
1551743 TTTCCCGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATT
310 -TTCAC-TTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * **********
1551773 -TCAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAAC
1 AT-AATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
1551837 CA-TTTAAAGAGAGTACTAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTCTCA
64 AAGTTAAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATTA
** * * ** * * * * * *
1551900 ATGGATGGCTTTCACTTCATATTTTTCAAGGAAAACATTTATTTATAATCTGTTTTAACCAAACA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAA
* * * *** *
1551965 TGTATAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAAC
190 TG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
* * * * *
1552029 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAGTGGACTTTTTATCTTAATGGATGGCTTTTCGTTCATGT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTT-GTTCA-CT
*
1552094 TTCCTTAGGCAAACATTCAATT
316 TT-CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
1552116 ATAATATGTTTTAACTAAAAATATACAAAAACTCAACTGAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * ** *
1552181 ATTTAAAATG-AGGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATTAACTTTTCTTATCAAT
65 AGTTAAAA-GAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* * * * ** * * * *
1552245 GGTTGGCTTTCGCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA--TTTTAAGCAAAAATG
* * * * * ** * ** *
1552310 TAAAAAAAATCAACGTAAAATTAA-GTATAACTTTATAAAACCATTTCAAGTAAGTAATAAGGCT
192 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCT
* * *
1552374 TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCA--TTGATGGATGGCTTTTGCTTCATCTT
256 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CTT
*
1552437 TC-CAGAGAAAGACATTCAATT
317 TCTCAG-GCAA-ACATTCAATT
* * * * * * *
1552458 ATAATTTATTTTGAAAAAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAAT
1 ATAATATATTTTTACAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA-TTATAAAAC
* * * * * * * *
1552522 GATTTAAAACG-AGTAATATA-GCTTTCGAAGGCATGATTGACTACAAATAGAC-TTTCTTGTCA
64 AAGTTAAAA-GAAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
* * * * * * *
1552584 ATGGATGGCTTTCG-TTTCACGCTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATCATCTAATTTAA-CGAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-A-ATATTTTAAGC-AAA
* * * * * * *** *
1552647 ACT-AAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAG
188 AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
* * ** * * * * * *
1552710 GCTTT-ATAGCCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTAATGT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CT
**
1552774 TTCTCAAGGCAAACATTCAACC
316 TTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * * *****
1552796 ATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAGAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-NNNNN
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
***** * * ** * **
1552860 NNNNNAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAAT
65 AGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* * * ** * * * * **
1552925 AGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAACCATTCAATTACAATATGCTTAAAATAAAAATG
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT--TTTAAGCAAAAATG
* * ********** * * **
1552990 TAAAAAAATTTAACTTAAAGT-NNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCT
192 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCT
* * * * * * * ** ** *
1553054 TTCGAAGGCATAATTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATACATAACTTTCGTTTCACGTTTC
256 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCAC-TTTC
**
1553119 AAGAGGCAAACA-TCTAATT
319 -TCAGGCAAACATTC-AATT
* * * * * * * *
1553138 ATCATCTACTTTAATAAAAA-CTGAAAAAATTCAACTTAAAA-TAATTTATAAGATTATAAAATC
1 ATAATATATTTTTACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAA-C
* * * * ** ** * * * *
1553201 -A-TTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATCCATGGACTTGTCATCTCAA
64 AAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
* * * * * * *
1553264 TGGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTACTTTAACCAAAAAT
128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAAT
* * * ** * * *
1553329 GTTAAAAAACTCAACTGAAAATCAA-TTACGAGA-TATAAAATTATTTAAACCGAGTAATAAGGC
191 G-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGC
** * * * *** * * *
1553392 TTTCAAAGGCATGAAAGATTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTT
255 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTT-TGTTCA-CTTT
* * * *
1553457 CCTAAGGCAAGCGTTCACTT
318 -CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
1553477 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACT
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * * *
1553541 A-TTTAAAGTTACTAATATGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTATTGTCT-A
65 AGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-TAA
** * * * * * * **
1553604 TAAAAGGCTTTTGCTTAACT-TTTTCCAAGGCAGACATTTAATTATAATGTGTTTTAAATAAAAA
128 TGGATGGCTTTTGCTTTA-TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAA
* * * * ***
1553668 TATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAA-AAA-
190 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
* * * *** ** * *
1553730 -TATTCAACTTAAGATCAATTA-TGAATTTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAAT--AGGGCTTT
254 CT-TTC-A---AAG-GC-ATGAGTG-A-CTATAAATGGACTTTTCA-TG-TTAATGGATGGC-TT
* * ** ** *
1553790 CAAAGATATGATTGACTAT-AAAGGGACTGTACTTGTCAATGGAT
307 ------T-TG-TTCACTTTCTCA-GG-C-AAACAT-TCAAT---T
** * ** ** * **
1553834 GACTTTCGTTTCATGTTTCT-CAAGGTAAA-ATGCAATTATCATCTACTTGAAAAAAAATTGACA
1 -A---TAATAT-AT-TTT-TACAA---AAATATAAAAAAAT--TCAACTT-AAAATTAATT----
** * * * * ** * * *
1553897 AAAAAATTAACTTCAAATAATTTATTAGATTA-TAA-AATCGC--TCAAAGTGAGTAATAAGGCT
49 ATGAGATT-A--TAAAACAAGTTAAAAGA--AGTAATAA-GGCTTTCAAA--G-G-CATGA-G--
* * * * * **
1553958 TTCGTAGCCAT-AA-GCAACTATAAATGGACTTTTCACATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
101 -T-G-A-CTATAAATG-GACT-T---T----TCTT---ATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTT
* * * * * * * *
1554021 TCCTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTGCTTTTACCGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
150 TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT--TTTAAGCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
1554086 CAA-TTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTAT
212 CAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * *
1554150 AAATGGACCTTT--TGTCTCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCATTT
277 AAATGGACTTTTCATGT-T-AATGGATGGCTTTTG-TTCA-CTTTC-TCAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
1554213 ATAATCTAATTTTAACCAAAAATGTATACAAAATTCAACTTAAAA-TAATTTATAAGATTATAAA
1 ATAATAT-ATTTTTA-CAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAA
* * * * * * **
1554277 AC-CGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTT-TGTCC
62 ACAAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TAT
* * *** * ** * *
1554340 CAATGGATGGCTTCTG-TTTCATGTTTCTTGAGTCAAACATTTGATCATAATATGTTTTAACCAA
125 TAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA--TTTTAAGCAA
* ** * ************* *
1554404 AAATGTAAAAAAACTCATGTAAAAATCAA-TTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGGAATA
187 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
* ** * * ** ** * * * **
1554468 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTATAAATTAACTTTTTTTTGTCAATGGTTGACTTTCACTTCA
251 AAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCATGTTAATGGATGGCTTT-TGTTCA
* * *
1554533 TGTTTCCCAAGGCAAATATTCAATT
314 -CTTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * * **
1554558 ACAATATGTTCTAACCAAAAATATATAAAAATTTAGA-TTAAAATCAATTATAATTTTATAAAAC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * * * * * *
1554622 TATTTACATCG-AGTAATCAGGCTTTTGAAA-GTAAGAGTGACTATAAATGGAC--TTCTTGTCA
64 AAGTTA-AAAGAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
* ** * * **
1554683 CTGGATGGCTTTTGCTCCATG-TTCCCTAAGACAAACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCC-AAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAA
* * ** *** * *
1554747 ATATAAAAACAATTCAATTTAACGTCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACAA
189 ATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAA
* * * * * * ** * *
1554811 GGCTTTCAAAGGCATCAGTGACTACAAATGAACTTTTCGTGTCAACAGATAGCTTTTGCATCACG
252 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCAC-
* * *
1554876 TTTTTTAAGGTAAACATTCAATT
315 -TTTCTCAGGCAAACATTCAATT
* * ** * * * * *
1554899 ATAAT-TGGTTTTTAGAAAAA-ATGTAAAAA---AA--TAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACC
1 ATAATAT-ATTTTTACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * ** * ** *** * * * *
1554957 ATTTAAACGGTGTACTAAGGCTTTTGATCACATGAATGAAGT-TTAATGGACTTTTC-TAGTCAA
65 AGTTAAAAGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTA-TTAA
* * ** * * * * *
1555020 TAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCTAA-GAAAACATCCAATTATCAACTGTTTGAATG-AAGA
128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCC-AAGGCAAACATTCAATTAT-AA-TATTTTAA-GCAAAA
* * * * * * *** * *
1555083 GTGAAAAAAACTTGAACTTAAAA-CAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTGATAAG
189 ATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
** * * * * * *
1555147 GCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGGCATTTCGTG-TAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CT
* * * *
1555211 TTCCCAAGACAAGCATTCAATC
316 TTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * * *
1555233 ATAATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * * * * * *
1555298 A-TTTAAAGTGAGTAATTACGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGTCAAT
65 AGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* * * ** * *** ** * * *
1555362 GGTTAGCTTTTGCTTCACATGTCTTGAGAAAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAATA
129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATA--ATATTTTAAGC-AAAA-A
* * * * *
1555426 T-TAAAAAAACTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGG
190 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
* * * *
1555489 CTTTCAAA-GCTGTGAGTGACTATAAA-GGAAATTTT-ATTATTAATGGATGGCTTTTGCTTAAT
254 CTTTCAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCA-TGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-
* * *
1555551 GTTTCTTGAGG-AAGACATTAAATT
314 CTTTC-TCAGGCAA-ACATTCAATT
* * * * * * **
1555575 ATAAT-T-TTTTAACTAAAAACATAAAGAATTTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATT
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * * * * *
1555638 A-TTAAAAGAGCGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTAATGACTATAAATGGACATTTT-GTGTCAG
65 AGTTAAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATTAA
* * * * * * * *
1555701 TGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATCATAATTTTTTTAACCCAAAATG
128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA-TATTTTAAGCAAAAATG
* * * * * *** *
1555766 TAAGAAAACTCAACTGAAAATTAA-TTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
192 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCT
** ** * * **
1555830 TTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACTTTT-ATTGTTAATGGCTGGCTTTCACTTCACATTT
256 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TGTTAATGGATGGCTTT-TGTTCAC-TTT
* * *
1555894 CTCAAAGTAAATATTCAATT
318 CTC-AGGCAAACATTCAATT
********** *
1555914 ATAAT-T-TTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAAC
1 ATAATATATTTTT-A-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * ** *
1555977 TA-TTTAAAGAGACTAATAAGGGTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAGTGGACTTTT-AAAGTCA
64 AAGTTAAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TTA
*** * * * *
1556040 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CCTTTGAAAGACCTTCAATTAGAATCTGTTTTAA-CTAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAA-ACATTCAATTATAA--TATTTTAAGC-AAA
* * * * *
1556103 AACGTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAA-TTATGAAATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATA
188 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-CAAGTAATA
* * * * * * *
1556166 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTATTAATGGATAGTTTTTGCTTTTT
251 AAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG---TTC
* *
1556230 A-TTTCACAAGGCAGACATTCAATT
313 ACTTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* ********* * * *
1556254 ATAATATGTTTNNNNNNNNNNTAAAAAAAAATTCAACTTCAAA-TAAGTTATAAGATTATAAAA-
1 ATAATATATTT-TTACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAAC
** * * ** * ** * * * * *
1556317 TTGTTTAAAATAAGTAATAAGGGTTTCGTAGACATGAGCAATTGTAGATGGACTTTTCATGTTAA
64 AAG-TTAAAAGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
** * ** * * * * * * * *
1556382 TGGATGGCTTTCACTTAACATCTCTCAATGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTTACCAAAAAT
128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAAT
* * * * * * *
1556447 GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGATATTGTAAAACCCTTTAAAACGAGTAACAAGGCT
191 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCT
** * * * * *
1556511 TTTGAAGCCATGAGTAATTATAAATGGACTTTT--TGGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
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*
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** * * *
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1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
********** * * ** * *
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* * * *** * * *
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* * * *
1556788 ATGCAAAACAAGTTTAACTT-AAAGCTAA-TTATGAGATTTTAAAACCATTT--AACAAG-----
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* * * * *
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* * *
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314 CT-TTCTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
1556931 ATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACT
1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * * *
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65 AGTTAAA-AGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
*** * * * * * *
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129 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAATG
* * * * *** * *
1557125 CAAAAAGAATCCAACTCAAAGTCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGT
192 -TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG-
* * * * * * *
1557189 TTTTGAAA-GTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTTGCATT-ACAT
254 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG--TTCAC-T
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316 TTCTC-A-GGCAAACATTCAATT
* ** *
1557274 ATAATATGTTTTTACCAAAAAGGTAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** * * *
1557339 CATTTAAATGGAA-TAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTT-TTAGTCA
64 AAGTTAAA-AGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TTA
* ** * * * *
1557402 ATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTC-ATCTATAATCTGTTTTAACCAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT-TATAA--TATTTTAAGCAAAA
* * ** ***
1557466 ATATAAAAAAAATT-AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAA
189 ATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAA
* * * * ** *
1557529 GGTTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATATACTTTT--TGTCTCAATGGATGGCTTTCAGTGT-
252 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT-T-AATGGATGGCTTT-TGT-TC
* *
1557591 ATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATT
313 A-CTTTC-TCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
1557617 ATAATCTA-TTTTAGCCAACAATGTAAGAGAACTT-AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 ATAATATATTTTTA--CAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
* * * ** * ** * *
1557680 CCA-TTTAAAGTAAGGAATTAA-GCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAAAATTTTC-TAGC
63 CAAGTTAAAAG-AAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-T
* * ** * * * * * * *
1557742 CAATGGTTGGCTTTCACTTCACGTTT-CCAAGGCATATATCCAATTATTAATTGTTTTGATG-AA
125 TAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA-TAA-TATTTT-AAGCAA
* * * * * * * * *
1557805 AACTGAGAAAAAAATTCTACTTAAAAT-AATTTATAAGCTTATACAATCGTTT---A-AAGTGAG
187 AAAT--GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGT-AA
** * ** * *
1557865 T-AA----T--AAGGC---A--GAC-----AT---CCATTCTTGCCAATAGATGGCTTTTACTTC
249 TAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTT-GTTC
* * * * *
1557910 ATGTTTCCTAATGCAGACATTAAATT
313 A-CTTT-CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * * *
1557936 ATAGTCTATGTTAATGAAAAATGTAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-
* ** ** * * * *
1558001 C-ATTTAAAATGAA-TAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTCATATCA
63 CAAGTTAAAA-GAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
** * * * * * * * ***
1558064 ACAGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTTGTTTTTCCTAAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT-TTTAAGC-AAAAA
* ** * * *
1558129 TGTAAAAATATT-AAGCTTAAAATCAA-TTATGAGATTTTAAAAATATTTAAACCGAGTAATAAG
190 TGTAAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
* * * * * * * *
1558192 GCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTACTTCATGT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTT-GTTCA-CT
* * * *
1558256 TTCCTGAGGTAGACATTAAATT
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* * * * *
1558278 ATAATCTA-TTTTAGCTAAAAATACAAAAAGAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
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* * * * * * *
1558342 CTA-TTAAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTAAAGCCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTC
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* * * * * * *
1558405 AATAGATGGCTTTTG-TATAATTTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAA
126 AATGGATGGCTTTTGCT-TTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA--TTTTAAGCAAA
* * * * *
1558469 AATGTAAAAAAGTTCAAGTTAACATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATAT-AAACGGAGTAATG
188 AATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC-AAGTAATA
* ** * ** * ** * * **
1558532 AGGCTTTTGATGATATGAGTGACGATCGATCG-CTTTTTC-TAGTCAATGGATGGCTTTCACTTC
251 AAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCAT-GTTAATGGATGGCTTT-TGTTC
* **
1558595 ACGTTTCTCGAGGTAAACATTCGTTT
313 AC-TTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
1558621 ATAATCTGTTTTAAACAAATATGTAAAAAATATTTAACTT-AAACTAATTTATAAGATTAT-AAA
1 ATAATATATTTT-TACAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** * * *
1558684 C-CGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTCGTGTCA
63 CAAGTTAAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
* * ** * **
1558748 ATGGATGGCTTTTG-TTTCATGTTTCTCGAGGTTAACATTCAATTATAATGTGTTTTAATAAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAA
* * * * * * *
1558812 ATATAAAAAAACTCAAC-TAAAATTAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTC-AGGAATAA
189 ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ACAAGTAATAA
* ** * * * *** * * *
1558875 GGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAAGGTTGGCTTTCAT-TTAAC
252 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTT--TGTTCAC
* * **
1558939 ATTTCTCAAGGTAGACAGCCAATT
315 -TTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* ** * * * * * * * *
1558963 ATTAGCTGTTTTAATGAAAAGTACAAAGAAATTCAACTTCAAA-TAATTTATCAGATTATAAAAT
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAA-
* ********** * * *
1559027 C-ATTTAAAATG-AGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCA
63 CAAGTTAAAA-GAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTA
* * * * * ** * * * * ** *
1559090 ATAGATGGGTTTTGGTTAACGTTTCCTGAGCCAGACATTAAATTAGAATCTATGCTAACCAAAAA
127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGCAAAAA
* * *** ** *
1559155 TGCAAAATGAATTCAACTTAAAGTCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAG
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** * * * * *
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*
1559284 TTCCTAAGGCAAACATTCAATT
316 TT-CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
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1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * ** * *
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190 TGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
** * * * * * * *
1559562 GCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGTACTTTTCATCTCAATGGATGACTTTCGCTTCATGT
253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CT
*
1559627 TTCCTGAGGCAAACATTCAATT
316 TT-CTCAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
1559649 GTAATATGTTTTTATAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
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64 AAGTTAAA-AGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
* * * ** * * *
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* * * * * * * **
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315 TTTCTC-AGGCAAACATTCAATT
* * * * *
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1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * *
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* * * * *
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128 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA--TATTTTAAGC-AAAAA
* * ** * * ** * *
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190 TGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAA
* * ** * * * *
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253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTGTTCA-CTT
*
1560310 TCCCAAGGCAAACATTCAATT
317 TCTC-AGGCAAACATTCAATT
* ********** * *
1560331 ATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATAATAAAACC
1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * * ** * *
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65 AGTTAAAAGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TTAAT
** * * * *
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* * * * * * *
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253 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTG-TTCA-CT
* **
1560653 TTCCCAAAACAAACATTCAATT
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* * * * * * *
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1 ATAATATATTTTTA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACA
* * ** *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * **
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* * * * * * * * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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1 ATAATATATTTTTACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAACA
* * * * * * *
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65 AGTTAAA-AGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAT
* ** * ** ** * *
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* * * * * * **
1561212 TATAAGAGAATTCAATTTAAAATCAA-CTATGAGATTATAAAACTA-TTAAAAGCTAGTAATATG
190 TGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-CAAGTAATAAA
* * * * * * ** *
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* * ** *
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1 ATAATATATTTTTAC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA-A
* * * * * * * *
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* * * * * *
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127 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT
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Statistics
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Consensus pattern (336 bp):
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AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTTGTTCACTTTCTCAGGCA
AACATTCAATT
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Alignment explanation
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1550465 NNNNNNNAAC
* * *
1550475 CATTTAAAGAGAGT-ACTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTCTCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAA
* ** * * * ** *
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64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAAT
* * * *
1550604 GTATAAAAAATTCAACTTAAAA-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTGAAAATGAGTAATAACGC
129 GT-TAAAAAAATCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** **
1550668 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-ATCTCAATGAATAACTTT-TACTTCATGT
193 TTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGA-TTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCATGT
* * * * * * * * * *
1550731 TTCCTGAGACAAACATTGAATTATAATATGGTTTAACCAAAAATGTAAAAGGAAAACTCAA-TTG
256 TTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-ACA--AAAATTCAACTT-
* * ** * * * *
1550795 AAAATCAATTATGAGAATGTAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCAAAGGAATGAGCG-
317 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * *
1550859 GTGATAAATGGACTTTT-TGTATTAATAGA-TGCCTTTCGCTTAACATCTCCCAAGG----A---
382 CT-ATAAATGAACTTTTCTG--CTAATAGATTG-CTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAACATTC
* * * * * * * ***
1550915 AA--A-CAT-T-TTTTAAACAAAAATCTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGGGATTATA
443 AATTATAATATGTTTTAAATAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATA
* *** * * * * *
1550975 AAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATATGTAACTATAAATGGAC--TCTTCAT
507 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCAT
** * * * *
1551038 CCCAATGA-ATGGCCTTCACTTCA-CTTCTCCAA-AGGCAA-ACATTCAATTATAATCTA-TTTT
572 --CAAT-ACATAACTTTCGCTTCATCTT-T-CAAGA-GAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTG
** * * * * * ****
1551098 ACTAAAAATG-AAAAAAAATCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATANNNN
631 AAAAAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
****** * * * * * * * * * * *
1551148 NNNNNNAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTATTAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTT-TCATCTCAAT
** * * * * ** **
1551213 GGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGGCAAAAAT
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAAT
* * * * ** * ********** *
1551276 GTGAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAGCCATTTANNNNNNNNNNTAATGC
129 GTTAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * *
1551340 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGTCTTT-TGCTTCATGTT
193 TTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCATGTT
* * * ** * * * *
1551404 T-CTCAGGGCAGACATTCAATTATAATCTGTGCTAAC-AAAAAAAGTAAAAAAATTTAGCTTAAA
257 TCCT-AAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TACAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * * * * *
1551467 ATCAATTATGA-ATTTCTAAAACCATTTATAGCAAGTAACAGGGCTTTCAAAGGTATGATTGACT
320 ATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * ** * * * * *
1551531 ATAAAGGGACTTTTCCTG-TCA-AGAAAGATTTT-CATTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATCCAA
384 ATAAATGAACTTTT-CTGCTAATAGATTGCTTTTGC--TTCACATTTCCTAAGGC-AACATTCAA
** * * * * * * *
1551593 TTAGCATCTATTTTAAA-AAAAACTAAAAAAAAATTTAACTTCAAA-TAATATATAAGATTATAA
445 TTATAATATGTTTTAAATAAAAA-TATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAA-GTATAACATTATAA
* * ** * * ** * * *
1551656 AATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGCAGCCATAAGCAACTATAAATCGACTTTTCGT-GT
508 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCAT
* * *
1551720 CAATGA-ATAGCTTTCGTTTCATGTTTCCCGTTTCCCAAG-GCAAG-CATTCAATT-TCAATCTA
572 CAAT-ACATAACTTTCGCTTCA----T--C-TTT--CAAGAGAAAGACATTCAATTAT-AATCTA
* * ** * * ********** *
1551781 TTTTTACCAAAAATGTAA-AACAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAAC
626 CTTTGAAAAAAAAAGTAACAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* * * **
1551837 CATTTAAAGAGAGT-ACTAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTCTCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAA
** * * * ** *
1551901 TGGATGGCTTTCACTTCATATTTTTCAAGGAAAACATTTATTTATAATCTGTTTTAACCAAACAT
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAAT
* ** *
1551966 GTATAAAAAATTCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAACGC
129 GT-TAAAAAAATCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * *
1552031 TTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAGTGGACTTTTT-ATCTTAATGGATGGCTTT-TCGTTCATGT
193 TTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGA-TTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTC-TTCATGT
* * * * *
1552094 TTCCTTAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATACAAAAACTCAACTGAAAA
256 TTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
1552159 TCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTAT
321 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* ** * * ** * * * *
1552224 AAATTAACTTTTCTTATCAAT-GGTTGGCTTTCGCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTA
386 AAATGAACTTTTCTGCT-AATAGATT-GCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGG-CAACATTCAATTA
** * * * *
1552288 TAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACGTAAAATTAAGTATAACTTTATAAAACCA
448 TAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAAAACCA
* * * ** **
1552353 TTTCAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCATTGATGG
513 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCATCAATAC
** * * * *
1552418 ATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCAGAGAAAGACATTCAATTATAATTTATTTTGAAAAAAAAAGTA
578 ATAACTTTCGCTTCATCTTTCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGAAAAAAAAAGTA
*
1552483 ACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTTATAAAAT
643 ACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* * * * * *
1552522 GATTTAAA-ACGAGTAATATA-GCTTTCGAAGGCATGATTGACTA-CAAATAGACTTTCTTGTCA
1 CATTTAAAGA-GAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATC-AATGGACTTTCATCTCA
** * * * * *
1552584 ATGGATGGCTTTCGTTTCACGCTTCTCAAGGCAAACATCCAATTATCATCTAATTTAA-CGAAAA
63 ATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAA
* *
1552648 -CTAAAAAAAATCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
128 TGTTAAAAAAATCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * *
1552712 TTT-ATAGCCATGAGCA-ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAAT-AGATGGCTTTCGCTTAATGT
193 TTTCAAAGGCATGA-AAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGA-ATGGCTTTCTCTTCATGT
* * * * * * *
1552774 TT-CTCAAGGCAAACATTCAAC-CATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAGAAACATTGAACTTAA
256 TTCCT-AAGGCAAACATTC-ACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTTAA
********** * *
1552837 AATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
319 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
*
1552902 ATAAATGGACTTTTCCTGCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAACCATTCAATT
384 ATAAATGAACTTTT-CTGCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAA-CATTCAATT
* * * * * * ********** *
1552967 ACAATATGCTTAAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTNNNNNNNNNNATTATAAAACT
447 ATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAAAACC
* * * *
1553032 ATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATAATTGATTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAAT
512 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCATCAAT
* * * *
1553096 ACATAACTTTCGTTTCA-CGTTTCAAGAGGCAA-ACA-TCTAATTATCATCTACTTT--AATAAA
576 ACATAACTTTCGCTTCATC-TTTCAAGA-GAAAGACATTC-AATTATAATCTACTTTGAAAAAAA
*
1553156 AACTGAA-AAAATTCAACTTAAAAT-AATTTAT-AAGATTATAAAAT
638 AAGT-AACAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAA-ATTATAAAAT
* ** *
1553200 CATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCAACTATCCATGGACTTGTCATCTCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTT-TCATCTCAAT
* * * * * *
1553265 GGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTACTTTAACCAAAAATG
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATG
* * ** ** **
1553330 TTAAAAAACTCAACTGAAAATCAA-TTACGAGA-TATAAAATTATTTAAACCGAGTAATAAGGCT
130 TTAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
1553393 TTCAAAGGCATGAAAGATTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTC
194 TTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTC
* *
1553458 CTAAGGCAAGCGTTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCA
259 CTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
1553522 ATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTTACTAATATGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA
324 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * ** * * *
1553587 TGAACTTTTATTGTCT-ATAAAAGGCTTTTGCTTAACTTTTTCC-AAGGCAGACATTTAATTATA
389 TGAACTTTT-CTG-CTAATAGATTGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAGGCA-ACATTCAATTATA
* * * * *
1553650 ATGTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATT
450 ATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAAAACCATT
** * * * * * ** **
1553715 TAAAGTGAGTAA-AA--ATATTC-AA--CTTAAGATCAATTATGAATTTATAAAACCATTTAAAG
515 TAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATAAG-T-GACTAT-AA---AT-AGACTTTTTTCA-
* * * * * * * * ** * *
1553774 TGAGTA-ATAGGGCTTTCAAAGATATGATTGACTATAAAGGGACTGTACTTGTCAATGGATGACT
571 TCAATACATA--ACTTTC---GCT-TCA-T--CTTTCAAGAGAAAG-ACAT-TCAAT-TAT-A--
* * * * *
1553838 TTCGTTTCATGTTTCTCAAGGTAAAATGCAATTATCATCTACTTGAAAAAAAATTGACAAAAAAA
621 ATC---T-A--CTT-T----G-AAAA---AA--A--A---A---GTAACAAAATT--C----AAC
** * **
1553903 TTAACTTCAAATAATTTATTAGATTATAAAAT
655 TTAAAATC-AATTATGAA----ATTATAAAAT
** * * * * * * ** *
1553935 CGCTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGCCATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCA-CATCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATC-TCAA
** * * * ** * *
1553999 TGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGTAAACATTCAACTATAATCTGCTTTTACCGAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAA
* * ** * * **
1554063 TG-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAAG
128 TGTTAAAAAAA-TCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** * * *
1554126 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-GTCTCAATGAATGGCTTTCGCTTCATG
191 GCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGA-TTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTTCATG
* * * *
1554190 TTTCTTAAGGCAAACATTCATTTATAATCTAATTTTAACCAAAAATGTATAC-AAAATTCAACTT
255 TTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCT-GTTTTAACTAAAAA--TATACAAAAATTCAACTT
* *
1554254 AAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
317 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * ** * * *
1554318 ATTATAAAT-AGACTTTT-TGTCCCAATGGATGGCTTCTGTTTCATGTTTCTTGAGTCAAACATT
381 ACTATAAATGA-ACTTTTCTG--CTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGC-AACATT
** * ** * * * ** * * * * *
1554381 TGATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCATGTAAAAATCAATTATGAGATTATA
442 CAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATA
********** ** * * * * * *
1554446 AANNNNNNNNNNGTGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTATAAATTA-ACTTTTTTTT
507 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAA-TAGAC-TTTTTTC
* *** * * * * * * * *
1554510 GTCAATGGTTGACTTTCACTTCATGTTTCCCAAG-GCAA-ATATTCAATTACAATAT-GTTCT-A
570 ATCAATACATAACTTTCGCTTCATCTTT--CAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTT-TGA
* * *
1554571 ACCAAAAATA-TATA-AAAATTTAGA-TTAAAATCAATTAT-AATTTTATAAAA-
632 A--AAAAAAAGTA-ACAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAAT
* ** * * * * * * * *
1554621 CTATTTACATCGAGTAATC-AGGCTTTTGAAAGTAAGAGTGACTATAAATGGAC-TTCTTGTCAC
1 C-ATTTAAAGAGAGTAA-CAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTTCATCTCAA
** * * * * * **
1554684 TGGATGGCTTTTGCTCCATG-TTCCCTAA-GACAAACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTC-AAGGA-AAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAA
* * ** * * * * *
1554747 AT-ATAAAAACAATTCAATTTAACGTCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAACA
127 ATGTTAAAAA-AA-TCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATA
* ** * * * * * * * *
1554810 AGGCTTTCAAAGGCATCAGTGACTACAAATGAACTTTTCGTGTCAA-CAGATAGCTTT-TGCATC
189 AGGCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGA-ATGGCTTTCT-CTTC
* ** * * * * **
1554873 ACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT-TGGTTTTTA-GAAAAA-ATGTAAAAA---AA--
252 ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACT
* * * * * * *** *
1554930 TAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCATTTAAACG-GTGTACTAAGGCTTTTGATCACATGAAT
316 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * **
1554994 GAAGT-TTAATGGACTTTTCTAG-TCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCTAAGAAAACAT
380 G-ACTATAAATGAACTTTTCT-GCT-AATAGATTGCTTTTGCTTCACATTT-CCTAAGGCAACAT
* * * * * * * * * *
1555057 CCAATTATCAA-CTG-TTTGAATGAAGAGTGA-AAAAAACTTGAACTTAAAA-CAATTTATAAGA
441 TCAATTAT-AATATGTTTTAAAT-AAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAA-GTATAACA
* * ** * * * * * * *
1555118 TTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGGC--AT
502 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** ** * * * *
1555181 TTCGTGTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGA-CAAG-CATTCAATCATAATCTA-TT
567 TTCAT-CAATACATAACTTTCGCTTCATCTTT--CAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTT
* * * * * * **
1555243 TTAACCAAACATGTAA-AAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGC
629 TGAA-AAAAAAAGTAACAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* ** * * * * ** *
1555297 CATTTAAAGTGAGTAATTACGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGTCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAAT
* * ** * * ** * * * ** * *
1555362 GGTTAGCTTTTGCTTCACATGTCTTGAGAAAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAATA
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATG
* * * * *
1555426 TTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGC
130 TTAAAAAAA-TCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** * * *
1555490 TTTCAAA-GCTGTGAGTGACTATAAA-GGAAATTTTATTAT-T-AATGGATGGCTTT-TGCTTAA
193 TTTCAAAGGC-ATGAAAGACTATAAATGG--ATTTT-TCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCA
* * * * * * *
1555550 TGTTTCTTGAGG-AAGACATTAAATTATAAT-T-TTTTAACTAAAAACATA-AAGAATTTCATCT
253 TGTTTCCTAAGGCAA-ACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAA-AAATTCAACT
** * * * * * *
1555611 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGAGCGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTAATG
316 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * *
1555676 ACTATAAATGGACATTTTGTG-TCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACATT
381 ACTATAAATGAAC-TTTTCTGCT-AATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGC-AACATT
* * *** * * * * * * * * *
1555739 CAATCATAAT-TTTTTTAACCCAAAATGTAAGAAAACTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTACA
442 CAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATA
* ** * ** *
1555803 AAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTATT-
507 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAG-ACTTTT-TTC
* * * ** * * * * *
1555866 GTTAATGGC-TGGCTTTCACTTCA-CATTTCTCAA-AGTAA-ATATTCAATTATAAT-T-TTTTT
570 ATCAAT-ACATAACTTTCGCTTCATC--TT-TCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTG
* * **********
1555925 AACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNAT-AAGATTATAAAA-
631 AA--AAAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAAT
* * * ** * * **
1555976 CTATTTAAAGAGACTAATAAGGGTTTTAAAGGCATGAGTGATTAT-AAGTGGACTTTTAAAGTCA
1 C-ATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAA-TGGAC-TTTCATCTCA
** * * *** * * ** *
1556040 ATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CTTTGAAAGACCTTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAA
63 ATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAA-ACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAA
* * * * * * *
1556104 ACG-TAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAA-TTATGAA-ATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA
127 ATGTTAAAAAAA-TCAACTTAAAAT-AATTTAT-AAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATA
* ** * * * * * * * **
1556166 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTATTAATGGATAG-TTTTTGCTTTT
189 AGGCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCA
* * * * ********** * *
1556229 TATTTCAC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTNNNNNNNNNNTAAAAAAAAATTCAACTT
253 TGTTTC-CTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTT
* * *** * * * * * **
1556293 CAAAT-AAGTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAATAAGTAATAAGGGTTTCGTAGACATGAGCA
317 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * * ** * * **
1556357 ATTGTAGATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTTCACTTAACATCT-CTCAATGTAAACATTC
381 ACTATAAATGAACTTTTC-TGCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AA-GGCAACATTC
* * * ** * * * * * * *
1556421 AATTACAATTTGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAA
443 AATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAA
* * * * * * * * * * *
1556485 AACCCTTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGCCATGAGTAATTATAAATGGACTTTTTGGC-T
508 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TCAT
** ** * * ** * * * *
1556549 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAG-GAAA-ACATTCAATTGCAATATATTTTTACAA
572 CAATACATAACTTTCGCTTCAT-CTT-TCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGAAAA
* * * *
1556612 AAAATGTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
635 AAAAAGT-AACA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
********** * * * * *
1556661 NNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCGA-TATTAATTGTCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACT-TTCA-TCTCAA
* ** ** * *
1556725 TGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGGCAAAA-ATTCAATTATAAACTACTTTAACCAAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGG-AAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAA
* * * * * * * *
1556789 TG-CAAAACAAGTTTAACTTAAAGCTAA-TTATGAGATTTTAAAACCATTTAACA---AG-----
128 TGTTAAAA-AA-ATCAACTTAAA-ATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAA-AGTGAGTAATA
* * * * * * * *
1556844 A--CTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTT-TGTTTTA
189 AGGCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCA
* * * * * * * *
1556906 TGTCTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACAT
253 TGT-TTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTT
* * ** * * * *
1556970 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGACTGA
317 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
** * * * ** * *
1557035 CTATAAAT-AGACTTTTCTTATTATTGGATGGCTTTTGCTTTGCATTT-CTCAAGACAGACATTA
382 CTATAAATGA-ACTTTTC-TGCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCA-ACATTC
* * * ** ** * * * * * *
1557098 AATTATAATCTATGTT-AATCAAAAATGCAAAAAGAATCCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTAT
443 AATTATAATATGTTTTAAAT-AAAAATATAAAAA-AATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTAT
** * * * * * * *
1557162 AAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-
506 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTC
* * ** * * * * * * ** * *
1557226 GTCAATAGATGGCTTTTGCATTACAT-TTCCTAGGGCAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTTAC
570 ATCAATACATAACTTTCGC-TT-CATCTTTCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGAA
* * * * *
1557289 CAAAAAGGTAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
633 AAAAAAAGTAA-CAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* ** * * * * ** *
1557339 CATTTAAATG-GAATAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTTAGTCAA
1 CATTTAAA-GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTTCAT-CTCAA
** * * * **
1557403 TGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTC-ATCTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT-TATAATCTAATTTAACCAAAAA
* * *
1557467 TATAAAAAAAATTAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAA-CTGTTTAAAGTGAGTAATAAGG
128 TGTTAAAAAAATCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATC-GTTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * ** * * **
1557531 TTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATATACTTTTT-GTCTCAATGGATGGCTTTCAGTGT-AT
192 CTTTCAAAGGCATGAA-AGACTATAAATGGA-TTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCT-TCAT
* * * * * * * * * * *
1557593 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAACAATGTA-AGAGAACTT-AGCTG
254 GTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACA-A-AAATTCAACTT
* * * *
1557656 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAATTAA-GCTTTTGAAGGCATAAGTG
317 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * ** * * *
1557720 ACTATAAATAAAATTTTCTAGCCAAT-GGTTGGCTTTCACTTCACGTTTCC-AAGGCATATATCC
381 ACTATAAATGAACTTTTCT-GCTAATAGATT-GCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCA-ACATTC
* * * ** *
1557783 AATTATTAAT-TGTTTT-GATGAAAACTGAGAAAAAAATTCTACTTAAAA-TAATTTATAAGC-T
443 AATTA-TAATATGTTTTAAAT-AAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAA-GTATAA-CAT
* * * ** * *
1557844 TATACAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGG----C--A-G-A-CA-T--CCAT---T---C---TT
503 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTT
* * ** ** * * * * *
1557888 GC--CAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA-TG-CAGACATTAAATTATAGTCTA-TGTT
568 TCATCAATACATAACTTTCGCTTCATCTTT-C-AAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACT-TT
* * * * * *
1557948 -AATGAAAAATGTAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT
630 GAA-AAAAAAAGTAACAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* * * * * * *
1558001 CATTTAAA-ATGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTCATATCAA
1 CATTTAAAGA-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAA
** * ** * * * * ** **
1558065 CAGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAGTTATAAT-TTGTTTTTCCTAAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACC-AAAAA
* * * * * **
1558129 TG-TAAAAATATTAAGCTTAAAATCAA-TTATGAGATTTTAAAAAT-ATTTAAACCGAGTAATAA
128 TGTTAAAAAAATCAA-CTTAAAAT-AATTTATAAGATTAT-AAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAA
* ** * * * * * * *
1558191 GGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTT-TACTTCAT
190 GGCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCT-CTTCAT
* * * * * * * * * *
1558254 GTTTCCTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATACAAAAAGAATTCAACTCA
254 GTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAA-AATTCAACTTA
* * * * * ** *
1558319 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTAAAGCCATGAGTGAC
318 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * ** *
1558384 TATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATAGATGGCTTTTG-TATAATTTTTTCC-AAGGAAAACATTC
383 TATAAATGAACTTTTCTG-CT-AATAGATTGCTTTTGCT-TCA-CATTTCCTAAGG-CAACATTC
* ** * * * * * * * * *
1558446 AATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAAGTTAACATCAATTATGAGATTATAA
443 AATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAA
* * * * * ** * * ** *
1558511 AACCATATAAA-CGGAGTAATGAGGCTTTTGATGATATGAGTGACGATCGATCG-C-TTTTTCTA
508 AACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTC-A
** ** * ** * ** * *
1558573 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCA-CGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCGTTTATAATCT-GTTTTAA
571 -TCAATACATAACTTTCGCTTCATC-TTTCAAGA-GAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGAA
* * * * * *
1558635 ACAAATATGTAAAAAATATTTAACTTAAACT-AATTTAT-AAGATTAT-AAAC
633 A-AAAAAAGTAACAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAA-ATTATAAAAT
* * * ** * *
1558685 CGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTAACTTTTCGTGTCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAAT
*** * * ** * ** **
1558750 GGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTCGAGGTTAACATTCAATTATAATGTGTTTTAATAAAAAAT-
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATG
* * * * * * * *
1558814 ATAAAAAAACTCAAC-TAAAATTAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTCAGGAATAAGGC
130 TTAAAAAAA-TCAACTTAAAA-TAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * * * ** * **
1558878 TTTTGAAGGCATGAGTA-ACTATAAATGAACTTTTCTTAC-CAAAGGTTGGCTTTCAT-TTAACA
193 TTTCAAAGGCATGA-AAGACTATAAATGGATTTTTCAT-CTCAATGAATGGCTTTC-TCTTCATG
* * ** * * * * *
1558940 TTT-CTCAAGGTAGACAGCCAATTATTAGCTGTTTTAA-TGAAAA-GTACAAAGAAATTCAACTT
255 TTTCCT-AAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAC-AA-AAATTCAACTT
* * * * **********
1559002 CAAAT-AATTTATCAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTG
317 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* ** * * * * * * * *
1559066 ACTATAAAT-AGACTTTTTTTATCAATAGATGGGTTTTGGTTAACGTTTCCTGAGCCAGACATTA
381 ACTATAAATGA-ACTTTTCTGCT-AATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCA-ACATTC
* * * ** ** ** * * * * * * *
1559130 AATTAGAATCTATGCTAACCAAAAATGCAAAATGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
443 AATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAA-AAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATA
** ** * * *
1559195 AAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT-A
507 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCA
** ** * * * * * ** * *
1559259 TCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAG-GCAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTTACC
571 TCAATACATAACTTTCGCTTCATCTTT-C-AAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGA-A
* * *
1559322 AAAAACA-TAA-AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
633 AAAAAAAGTAACAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* * ** * * * *
1559370 CATTTCAATAGAGTAATGAGGCTTTCGAAAGCATAAATGACTATCAATGGACTTTTC-TAATCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCAT-CTCAA
* * * * * * * * ** *
1559434 TGAATGGCTATCGCTTCACATTTCCTC-ATGCAAACATTCATTTATAATTTGTTTTAAACAAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACGTTT-CTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAA
* * * * * * *
1559498 TG-TAAAAAAACTTCAACTCAAAATAATTTCTAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGCGTGACAA
128 TGTTAAAAAAA--TCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATC-GTTTAAAGTGAGTAATAA
* ** * * * * * *
1559561 AGCTTTTGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGTACTTTTCATCTCAATGGATGACTTTCGCTTCAT
190 GGCTTTCAAAGGCATGAA-AGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTTCAT
* * * * * * *
1559625 GTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTGTAATATGTTTTTA-TAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTT
254 GTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATACAAA-AATTCAACTT
* * * *
1559689 AAAATCAATTATCAAATTATAAAACTACTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
317 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * **
1559753 ACTATAAAT-AGACTTTTCCT-ATCAATAGATGGGTTTTGCTT-AGCATTTCCAAAAACAGACAT
381 ACTATAAATGA-ACTTTT-CTGCT-AATAGATTGCTTTTGCTTCA-CATTTCCTAAGGCA-ACAT
* * * * * ** * * * * * ** *
1559815 TAAATTATAATCTATGTTAACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTCAAAGTTAATTACGAGATTAT
441 TCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTAT
* ** ********** * * *
1559880 AAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-
506 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTC
** ** * * * * * * ** *
1559944 ATCAATGGATGGCTTACACATCATGTTTCTCAAG-GCAA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTTAC
570 ATCAATACATAACTTTCGCTTCAT-CTT-TCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGA-
* * * * *
1560007 TAAAAATA-TAA-AAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAAC
632 AAAAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* ** * * * * * * * *
1560055 CATCTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTCCTTATCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTT-CATCTCAAT
* ** * * * * * * *
1560120 GGATTGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAAAAATG
* * ** * * * * ** **
1560184 ATAAAAAGAATTCAACTCAAGGTCAGTGATGAGA--ATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGC
130 TTAAAAA-AA-TCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
1560247 TTTTAAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTT-GTGTCAATTG-ATGGCTTT-TGC-TCAT
193 TTTCAAAGGCATGAA-AGACTATAAATGGA-TTTTTCATCTCAA-TGAATGGCTTTCT-CTTCAT
* * * * * * ***
1560307 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNN
254 GTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTTAA
******* * * * * *
1560372 NNNNNNNTATGAGATAATAAAACCATTTAAACG-AAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAATGAC
319 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** ** * *
1560436 TATCAATGGACTTTTCTAGTTAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATT-TAT
383 TATAAATGAACTTTTCT-GCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGC-AACATTCAAT
* * * * * *
1560500 TCATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTGAAA-TAATTTATAAGATTATA
446 T-ATAATATGTTTTAAATAAAAATAT--AAAAAAATTAAACTTAAAATTAA-GTATAACATTATA
** * ** ** * * * *
1560564 AAACTGTTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGA--ATTTTCAT
507 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCA-
** * * * * * *
1560627 GTCAATGGATAGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAA-A-ACAA-ACATTCAATTATAATGT-GTTTTA
571 -TCAATACATAACTTTCGCTTCATCTTT--CAAGAGA-AAGACATTCAATTATAATCTACTTTGA
* * * * * * *
1560688 ATCAAAAATA-TAAAAAAACTCAACTAAAAATTAATTATGATATTATAAAAC
632 A--AAAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* * * ** *
1560739 CATTTAAAGTAGGGAGTAAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTGT
1 CATTTAAAG-A--GAGTAA-CAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCT
* * * * * * * * ** *
1560804 CAATGGATGACTTTCACTTTATGTTT-TCCAAGGCAAGCATACAATTATTAGCTGTTTTAATCAA
61 CAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAA
* ** *
1560868 AACT-AAAAAGAAAATTCAACTTAAAATAATTTATAGGATTATAAAATCGTTTAAA-TGAGTAAT
125 AAATGTTAAA-AAAA-TCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * ** *
1560931 AAGGCTGTCGAAGGCAT--AAGTTACTATAAGTAGACTTTTCATCTCAATGGATGAATTTCGCTT
188 AAGGCTTTCAAAGGCATGAAAG--ACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTT
** ** * * * *
1560994 CACATTTTTTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACT-AAAATGTA-AAGAAATTTAAC
251 CATGTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAA-AAATTCAAC
* * * *
1561056 TGAAAATCAATTATGCA-ATGATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
315 TTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * * * ** * * **
1561119 GTAATTATAAATGGACATTTCTTGTTAGT-GTATGGCTTTTTTTTTCATATTTCCTGAGATAAGC
378 GTGACTATAAATGAACTTTTC-TGCTAATAG-ATTGC-TTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAA-C
* * * * * * * * * *
1561183 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTATAAATATAAGAGAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATT
439 ATTCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATT
* * * * * * * *
1561248 ATAAAACTATTAAAAGCTAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGAGAGTCTAAAAATAGACTTTTCT
504 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-T
* * * * * * *** * *
1561313 T-GTCGAT-GAT-GCATTTTGCATCA-CATTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTT
568 TCATCAATACATAAC-TTTCGCTTCATC-TTTCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTG
* * * ** * * ** *
1561373 AACTAAAAATGTAAAAAAAATAAAACGTAAACTCAATTATGGGATTATAAAGT
631 AA-AAAAAAAGT-AACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
* ** * * * * * *
1561426 CATTTAAAGCGAACAACAAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGAC-TTTCATCTCAAT
* ** * * * * ** ** *
1561491 GGATGACTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAACATCCAATTATTAGCTGTTTTTAATGAAAAC
65 GGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCT-AATTTAACCAAAAA
* * * ********** *
1561555 TG-AAAAACAAATTTAACTTAAAGTAATTTATAANNNNNNNNNNTCGTTTAAAGTGAATAATAAG
128 TGTTAAAA-AAA-TCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAG
** * ** ** * * * *
1561619 GCTTTGGAAGGTATGATTGACTATAAATAAACTTTTCATCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCTTGA
191 GCTTTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTTCAT--
* * * * * * **
1561684 GTTT--TGAGGCAAACATTCAATTATAATGTGGTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACNN
254 GTTTCCTAAGGCAAACATTCACTTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATAT-ACAAAAATTCAACTT
******** * * *
1561746 NNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTGATAAGGCTTTCGAAGG-AAGAAGTG
317 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-AGTG
1561810 ACTATAAAT-AGACTTTTCT
381 ACTATAAATGA-ACTTTTCT
1561829 TGTCAATGGA
Statistics
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Consensus pattern (681 bp):
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CAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCT
AAGGCAAACATTCACTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
AACTTTTCTGCTAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAACATTCAATTATAATATGT
TTTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAAGTATAACATTATAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCATCAATACATAACTTT
CGCTTCATCTTTCAAGAGAAAGACATTCAATTATAATCTACTTTGAAAAAAAAAGTAACAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
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Alignment explanation
Indices: 1553670--1553780 Score: 161
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*
1553670 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAG
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* * * *
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1 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
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1 TAA
1553781 TAGGGCTTTC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
54 49 0.96
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* * ** *
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* *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * ** * ***
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* * * *
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* * * **
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * ** * *
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64 CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATTACA--
* * * ** * * *
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* ** * ********** *
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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** * * ** * * *
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** * * **
1554878 TTTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT-TGGTTTTTAGAAAAAAT
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* * * * *
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGC
*** * * * * *
1554978 TTTTGATCACATGAATGAAGT-TTAATGGACTTTTC-TAGTCAATAGATGGCTTTTGC-TTCACA
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* * * * * *
1555040 TTTCCCTAA-GAAAACATCCAATTATCAA-CTGTTTGAATGAAGAGT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
1555210 TTTCCCAAGACAAGCATTCAATCATAATCTATTTTAACCAAACAT
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* * * * *
1555255 GTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATTACG-T
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
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* * * ** * *
1555381 TGTCTTGAGAAAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAATAT
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* * *
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * ** * *
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* * * *
1555552 TTTCTTGAGG-AAGACATTAAATTATAAT-T-TTTTAA-CTAAAAAC
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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129 TCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * *
1555765 GTAAGAAAACTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** ** * *
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* * * * *
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *** * **
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** * * * *
1556065 CT-TTGAAAGACCTTCAATTAGAATCTGTTTTAA-CTAAAAAC
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* * * * *
1556106 GTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * **
1556171 TTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTATTAATGGATAGTTTTTGCTTTTTATTTC
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* * **********
1556235 AC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTNNNNNNNNNNT
131 -CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
** * * *** * * *
1556276 AAAAAAAAATTCAACTTCAAAT-AAGTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAATAAGTAATAAGGG
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
1556403 CT-CTCAATGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTTACCAAAAAT
128 TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * ** *
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1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *
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* * ** * * *
1556573 TTCTCAAGGAAAACATTCAATTGCAATATATTTTTA-CAAAAAAT
129 TCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT
* ***********
1556617 GTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGG
1 GT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * *** * *
1556682 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCGA-TATTAATTGTCAATGGATGGCTTTTAC-TTCATA
64 CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATT-ACA
* * * * ** *
1556745 TTTCTTGAGGCAAAAATTCAATTATAAACTACTTTAACCAAAAAT
127 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * *
1556790 GCAAAACAAGTTTAACTT-AAAGCTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAACA---AG-----A-
1 GTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAG
* * * ** **
1556845 -CTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTTATGT
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* *
1556909 CTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAAT
128 -TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT
* * * * **
1556953 GTAAAAAAATTAAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * * * * * * *
1557018 TTCAAAAGTATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTATTATTGGATGGCTTTTGCTTTGCATTT-
66 TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATTACATTTC
* * * * *
1557082 CTCAAGACAGACATTAAATTATAATCTATGTTAATCAAAAAT
131 CT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * *
1557124 GCAAAAAGAATCCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGT
1 GTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
1557189 TTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATAGATGGCTTTTGCATTACATTT
65 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATTACATTT
* * * * *
1557254 CCTAGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAAG
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* *
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* *
1557360 CTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTT-TTAGTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACA
64 CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-GTCAATGGATGGCTTTTGCATT-ACA
* *
1557423 TTT-CTCGAGGCAAACATTC-ATCTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
127 TTTCCT-AAGGCAAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * **
1557468 ATAAAAAAAATT-AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
1557531 -TTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATATACTTTTTGTCTCAATGGATGGC-TTT-CAGTGTAT
64 CTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCA-T-TAC
* * * * ** *
1557593 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAACAAT
126 ATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * *
1557639 GTAAGAGAACTT-AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAATTAA-G
1 GTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGG
* * * * *
1557702 CTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAAAATTTTC-TAGCCAATGGTTGGC-TTT-CACTTCAC
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
1557921 --TGC--AGAC-ATTA---AATTATAGTCTATGTTAATGAAAAAT
127 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * **
1557958 GTAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAATAGCAAGGC
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* * * ** * * *
1558023 TTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTCATATCAACAGATAGCTTTTGCATCACGTTT
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* * * *
1558088 CCCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTTGTTTT--TCCTAAAAAT
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* * * *
1558194 -TTTGAAGGCATGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTAC-TT-CATGT
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* * * * * *
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128 TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT
** * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
1558430 TCC-AAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAAT
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* * * * *
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* ** * ** *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * *
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128 -TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * *
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** * *
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** * * *
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* *
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** * *** * * * * * * *
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* *
1574958 AATGAAAAA--TAAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTAT-AGG
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* *
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* * ** ** * * * *
1575404 TCTTGTCGAT-GATGTATTTTGCTTCACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTA-AATCT-ATTTT
66 TCATGTCAATGGATG-GCTTTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTT
** ** *
1575466 AACCAAAAATACAAAAAGAATAAAACTTAAAGTCAATTATGAG
130 AA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * * *
1575509 ATTATATAGTCATTTAAAGCGAGCACCAAGCCTTTCGAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * ** ** * * * *
1575574 TTGTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATTAGCTGTTTTT
66 TCATGTCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTT
* * * * * *
1575639 AATGAAAATTGAAAAAGAAAATTTAACTTAAAGT-AATTTATAAG
130 AA-CAAAAATG-TAAA-AAAATTCAA-TTAAAATCAA-TTATGAG
* * * *
1575683 ATTATAAAATCGTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** ** * * * *
1575748 TCGTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGAATTTCGAGGCAAACGTTTAATTATAATGTGTTTTT
66 TCATGTCAATGGATGGCTTT-GCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTT
* * *
1575813 ACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
130 AACAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * ** *
1575855 ATTCTAAAACCATTTAAACCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAAAAAGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * *
1575920 CCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTT--TGTATTTTCTGAGCCAAACATTAAATTATAATCT-ATT
66 TCATGTCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGT-TTTT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
*
1575982 TTAACAAAAAT-TACAAAAATAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
128 TTAACAAAAATGT--AAAAA-AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *
1576027 ATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGTAT-AGGTGACTAAAAATGGACTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * **
1576091 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCCATTTT
65 TTCATGTCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
1576156 TACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATGAG
129 TAACAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAG
* * *** * * *
1576198 ATTCA-AAAACCATTTAAACG-GAGTAATGAGGCTTTCGAAGATTTGAGTGATTGTTAATGGACT
1 ATT-ATAAAATCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *** * * * *
1576261 TTTC-TAGTTAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCCCAAGGCAAACATCCAATTATCAGCTG-T
64 TTTCAT-GTCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
1576324 TTAAATGAAAACTG-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGTTTATAAT
127 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA-ATTATGAG
* * * * * *
1576368 ATTATAAAATCGTTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAA-G-A-CA-TGACTAGAAATGGACTTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * **
1576429 TCATGTCAATGGAT-GATTT-CATTTCATTTTTTTTGAGACAAACATTCAATTATAA-C-GTGTT
66 TCATGTCAATGGATGGCTTTGC--TTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT-TT
** * *
1576490 TTAACTAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTAAAAATCAATTACGAG
128 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * **
1576534 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGCCTATAGATAAACTTT
1 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
1576599 TCTTGTTAATGGTTGGCTTT
66 TCATGTCAATGGATGGCTTT
1576619 CCCTTCACAT
Statistics
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0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCATGTCAATGGATGGCTTTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTA
ACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAATCAATTATGAG
Found at i:1573099 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1572808--1573116 Score: 440
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
1572798 GGATAGCTTG
* * **
1572808 TGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTTATCAAAAATGTAAAAAAATT
1 TGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTAAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATACAAAAAAATT
* * * * *
1572873 CAATTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTAAATGAAT
66 CAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAACAAGGCTTTTAAAGGAAT
1572938 GAGTGACCGTAAATAGACCTTTCTTGTCAAGGAATTAATTT
131 GAGTGACCGTAAATAGACCTTTCTTGTCAAGGAATTAATTT
* * *
1572979 TGCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTAAATTATAATTTATTTTAA-CTAAAAATACAAAAAGGA
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* * * * *
1573043 TTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC
64 TTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAACAAGGCTTTTAAAGGA
1573108 ATGAGTGAC
129 ATGAGTGAC
1573117 TATATATGGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
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TGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTAAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATACAAAAAAATT
CAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAACAAGGCTTTTAAAGGAAT
GAGTGACCGTAAATAGACCTTTCTTGTCAAGGAATTAATTT
Found at i:1573185 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1572047--1573807 Score: 945
Period size: 343 Copynumber: 5.2 Consensus size: 341
1572037 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1572047 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTTAAAGG-TTTAGGTGACTAAAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * **
1572111 TTCTTGTCAATGGATGGC-TTTGCCATCATGTTTCCCA-AGGCAAACATACAATTATACTCCGTT
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* * * *
1572174 TTTATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAACCAGTTGTGAGATTT-T-AAACCATTTAAAC
127 TTTA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAG-TTTATAAAATCATTTAAAC
* * ** ** * * * * * *
1572236 AGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATTAAT-GCACTTTTTTAGTTAATGGAT-AGC
189 AGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACCATAAATAG-ACCTTTCTAGTCAATGGATGA-A
** * * ** * * ** * * ** * *
1572299 TTTTACTTTACATTTC-CCAAGACAAACATCCAATTATCAGCTGTTTAAATGAATAC-T--GAA-
252 TTTCGCTTCACATTTCTCAAAGA-AAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAACATAAAAAT
* *
1572359 AAAATTCAACTCAAAACAATTTATAAT
316 AAAATT-AACTCAAAATAATTTATAAG
* * * * *
1572386 ATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAA-G-A-CA-TGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * **
1572447 TCATGTCAATGGATGGCTTTCGTTTTAGGTTTTC-T-GAGACAAACATTCAATTATAACGTGTTT
66 TCGTATCAATAGATAGCTTTTGCTTCACG-TTTCATAG-GA-AAACATTCAATTATAATATGTTT
* * * * * * * * * **
1572510 TAACTAAAAATGTAAAAGAACTCAACTAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGA
128 TTAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAACAGA
** ** * * * * * **
1572575 GGAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTG-CCTATAGATA-ACTTTTCTTA-TTAATGGTTGGCTTT
192 ATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACC-ATAAATAGACCTTTC-TAGTCAATGGATGAATTT
* * * * * * ** * * ** * ** *
1572637 CGTTTCATATTTTTCAAGGTAGACATCCAATTATTAGCTGTTTTAATGAAAAC-T-AAAACAAAA
255 CGCTTCACATTTCTCAAAGAAAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAACATAAAAATAAAA
*
1572700 TTCAACTTAAAATAATTTATAAG
320 TT-AACTCAAAATAATTTATAAG
* **** * * * * *
1572723 AGTATAAAATTGGTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTCGAAGACACGAGAGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** * * * *
1572788 TCATCTCAATGGATAGCTTGTGCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTT
66 TCGTATCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCAT-AGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTT
* *
1572853 ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAACCGAAT
130 A-CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAACAGAAT
* * * * *
1572918 AATAAGGCTTTTAAATGAATGAGTGACCGTAAATAGACCTTTCTTGTCAA-GGAATTAATTTTGC
194 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACCATAAATAGACCTTTCTAGTCAATGG-ATGAATTTCGC
** * * * * * * * **
1572982 TTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTAAATTATAATTTATTTTAACTAAAA-ATACAAAA-AGGATT
258 TTCACATTTCTCAAAGAAAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAACATA-AAAATAAAATT
* *
1573045 CAACTCAAAGTCAA-TTATGAG
322 -AACTCAAAAT-AATTTATAAG
* * *
1573066 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATATATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* *
1573131 TCGTATCAATTGATAGCTTTTGCATCACGTTTCATAGGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTT
66 TCGTATCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATAGGA-AAACATTCAATTATAATATGTTTTT
* * *
1573196 ACTAAAAA-GATAATAAAAATTC-ATCT-TAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATAG
130 AC-AAAAATG-TAA-AAAAATTCAAT-TGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAACAG
* * * * ** * * **
1573258 AGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTC
191 AATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACCATAAATAGACCTTTCTAGTCAATGGATGAATTTC
* * *
1573323 GCTTCACATTTCTCAAAGAAAACATTTAACTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAATAAAA
256 GCTTCACATTTCTCAAAGAAAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAAC-ATAAAAATAAAA
*
1573388 TTAACTTAAAATAATTTATAAG
320 TTAACTCAAAATAATTTATAAG
* * * * *
1573410 ATTATAAAACCGTTTCAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCTAACGCATGAGTGACTATAAATGTACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
1573474 TT-GTGTAAATAGATGGCTTTTGTTTCAGGTTTCCAAAGGAAAATATTCAATTATAATGTGTTTT
65 TTCGTATCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTT-CATAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * **
1573538 AACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAGTTGAAAATCAATTATGA-TACTATAAAATCATTTAAAGTGA
129 TA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGT-TTATAAAATCATTTAAACAGA
** * * * * * * * * **
1573601 GA-AATAAGGCTTTTAAAGGCCTAAGTAACAATAAATAAACTTTTTTTGTCAATGGTTGGCTTTC
192 -ATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACCATAAATAGACCTTTCTAGTCAATGGATGAATTTC
** * * * ** * * ** **
1573665 AG-TTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATCCAATTATTAGCTATTTTAATGAAAA-ATAAAAATAAA
256 -GCTTCACATTTCT-CAAAGAAAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAACATAAAAATAAA
*
1573727 ATTCAACTTAAAATAATTTATAAG
319 ATT-AACTCAAAATAATTTATAAG
* * * * * *
1573751 ATTATAACATCGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAA
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
1573808 ACCACTTAAA
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 245, Indels: 106
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 6 0.01
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345 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCGTATCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTTA
CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAACAGAATAA
TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACCATAAATAGACCTTTCTAGTCAATGGATGAATTTCGCTTC
ACATTTCTCAAAGAAAACATTAAACTATAATTTATTTTAACCAAAACATAAAAATAAAATTAACT
CAAAATAATTTATAAG
Found at i:1574432 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1573802--1576637 Score: 1963
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 170
1573792 CATGAGTGAC
* ** * * ** * **
1573802 TATAAAACCACTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTCGATTGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCC
1 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * ** * ** * * * * *
1573867 CTATCAATAAATGGGTTTTGCTT-AGCGTTTCCTAAGACAGACATTAAATTATAATCTATGTTAA
66 GTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * *
1573931 CCAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGA
130 CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * **
1573973 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * * * * * *
1574038 CATATCAATGGATGGCTTTCGCATCATGTTTCTCATGGCATACATTTAATTATAATCTATTTTTA
65 TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * *
1574103 TCAAAATTGTAAAAAAAGTCAACTTAATATTAATTATGAGA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1574144 TTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
1574209 CT-TGTCAATGGATTGATTTTGCTTCA-AGTTTTCCAAGGCAGACATTAAATTATAATCTATTTT
65 -TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATA-TTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * * *
1574272 AACAAAAAATGTAAAAGGAATTCAACTCAAGATCAATGATGAGA
128 AACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
1574316 -ATAAAACTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTAAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * * *
1574380 GTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAC
66 GTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
1574445 TAAAAATGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
131 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
1574485 TTATAAAACCATGTAAACG-GAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTT
1 -TATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * *
1574549 TCT-AGTCAATAGATGGCATTCACTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCATTTATAATCTATTTT
64 T-TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *
1574613 AAACAAAAATATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAAA
128 AACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGA
** * * *
1574659 TTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATTACAAATGGAATTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *** * ** *
1574724 TGTGTCAATGGATAGCTTTCATTTCATGTTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
65 TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * ***
1574789 TCAAAAATATAAAAAAACTCAACTAAAAATCAAACGTGAGA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
1574830 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * *
1574895 CGTGTTAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAGCATCCAATTATTAGCTGTTTTAA
65 TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
** *
1574960 TGAAAAA--TAAAAAAAATCAACTTAAAAT-AATTTAT-AGGA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGA-GA
* * *
1574999 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * **** * *
1575063 TCGTCTCAATGGATGAATTTCGCTTCACATTTTTTGAGGCAAAGATTCAATTATAATCTGTTTT-
64 TTGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * *
1575127 ACTAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAA
129 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
1575169 TTATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** ** ** * *
1575233 TCT-TATCAATGTATGGCTTTT-TTTAAATGTTTCCTGAGATAGGCATTCAATCATAATCTGTTT
64 T-TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
* * * *
1575296 TAACCATAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGA
127 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
1575340 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGTCTAAAAATAGAGTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * **** ** *
1575405 CT-TGTCGAT-GATGTATTTTGCTTCACATTTTTTGAGATAGACATTCAATTA-AATCTATTTTA
65 -TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
** ** *
1575467 ACCAAAAATACAAAAAGAATAAAACTTAAAGTCAATTATGAGA
129 ACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * ** * * * *
1575510 TTATATAGTCATTTAAAGCGAGCACCAAGCCTTTCGAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
1575575 TGTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATTAGCTGTTTTTA
65 TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-ATTTTA
** * * * * *
1575640 ATGAAAATTGAAAAAGAAAATTTAACTTAAAGT-AATTTATAAGA
129 ACCAAAAATG-TAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGA
* * * * * *
1575684 TTATAAAATCGTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
1575749 CGTCTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGAATTT--CGAGGCAAACGTTTAATTATAATGTGTTTT
65 TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT--ATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
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* ** * * * ** *
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1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-
* * ** * ** * *
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*
1575985 A-CAAAAAT-TACAAAAATAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGA
129 ACCAAAAATGT--AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
1576028 TTATAAAATCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGTAT-AGGTGACTAAAAATGGACTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
* * ** *
1576092 TCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCCATTTT
64 T-TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *
1576156 TACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATGAGA
128 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *** * * *
1576199 T-TCAAAAACCATTTAAACG-GAGTAATGAGGCTTTCGAAGATTTGAGTGATTGTTAATGGACTT
1 TAT--AAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
1576262 TTCTAGT-T-AATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCCCAAGGCAAACATCCAATTATCAGCTGTT
63 TT-T-GTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
* ** * * * *
1576325 TAAATGAAAACTG-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGTTTATAATA
126 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGA
* * * * ** * *
1576369 TTATAAAATCGTTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAA-G-A-CA-TGACTAGAAATGGACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * *** * **** * *
1576430 CATGTCAATGGAT-GATTTCATTTCATTTTTTTTGAGACAAACATTCAATTATAA-CGTGTTTTA
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* ** * *
1576493 ACTAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTAAAAATCAATTACGAGA
129 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * **
1576535 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGCCTATAGATAAACTTTT
1 -TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** *
1576600 CT-TGTTAATGGTTGGCTTTCCCTTCACATTTCCCAAGG
65 -TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGG
1576638 TAGGCATCCA
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GTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * ***
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * ** * * * * ** *
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* *
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* *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * * ** ** *
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* * * ** ** * *
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** * ** * * *
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1575579 TCAATGGAT-GACTTTTGCTTCACA-
318 TCAATGGATGGA-TTTTGCTTCA-AG
* * * * * ** * * *
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* * * * * ** *
1575667 TAAAGTAATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTG
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* * * * * * * *
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126 ACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCAT-ATTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * *
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190 AATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * *
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254 AAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * **
1575926 CAATGGATAGCTTTTGCTTTGTA-
319 CAATGGATGGATTTTGC-TTCAAG
** * * * * **
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* * *
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* * * *
1576077 CTAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAA
127 CTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAA
** * * * *
1576142 TTATAATCCATTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATGAGATTCA-AAA
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* * *** * * * * *
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* *
1576271 ATGGATGGCTTTTACTTCATA-
321 ATGGATGGATTTTGCTTCA-AG
* * * * * * * ** *
1576292 TTTCCCAAGGCAAACATCCAATTATCAGCTGTTTAAATGAAAACTG-AAAAAAATTCAACTTAAA
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* * * * * * *
1576356 ATAGTTTATAATATTATAAAATCGTTTAAAGA-GAGTGATAAGGCTTTTGAA-G-A-CA-TGACT
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* * * * * ** *
1576416 AGAAATGGACTTTTCATGTCAATGGAT-G-ATTT-CATTTCATTTTTTTTGAGACAAACATTCAA
129 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCA--TCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* ** * *
1576478 TTATAA-CGTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAA
192 TTATAATC-TGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * ** *
1576542 ACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGCCTATAGATAAACTTTTCTTGTTA
256 ACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
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Consensus pattern (341 bp):
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ATAATTTATGAGATATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTAT
AAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
TGGATTTTGCTTCAAG
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*** * * * * *
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1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * *
1576748 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATATAAAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* *
1576812 AATTCAACTGAAAATCAAATTATGAGTTTATAAAACTATTTA
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** * * * * * * * *
1576854 AACCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGAATGAGTGACCATAAATAGACCTTTGTTGTCAATGGATTG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * * * * ** *
1576919 CTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGCAGATATTAAATTATAATTTCTTTTAATGAAAAATACAAAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * *
1576984 GAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTCTAAAA-TCATTTA
131 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * * * * * * * *
1577026 AAGCGAGAAACAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATTGACTTTT-TGTATAAATGGATA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGGATG
* * * * * * * **
1577090 GTTTTTGCATCACG-TTTCCTAGGACAAACATTCAATTATAATCTAGTTTT-ACTAAAGAGCTAA
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* * *
1577153 TAAAAATTCATCTCAAAATCAAATATGAGATTATAAAA-TCATTTA
128 -AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * * ** *
1577198 AA-TGGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACCATAAACGGACTTTTCTAGTCAATGGATG
1 AAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * ** * * * * *
1577262 GCTTTCGCTTC-TCATTTTTCGAGATAAACATTTAACTATAAT-TTTTTTAACCAAAACTGTAAA
65 GCTTTTGCTTCAT-GTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA--ATATA
* ** *
1577325 AACAAAATT-AACTTAAAAT-AACTTATAAGATTATAAAACCGTTTC
127 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * *
1577370 AAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GTACTTTT-TGTGTCAATGGAT
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGTCAATGGAT
* * * * * * * * * *
1577433 GGCTTTTGTTTTA-GGTTTTCTAACGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGAGCAACAATGTAC
64 GGCTTTTGCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
* * *
1577497 AAAAACTCAGCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTA
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* *
1577541 AAGTGAGGAATTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT--A-A-A-------TG---AT---TGG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
*** * * * * * ** * *
1577589 CTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATCCAATTATTAGCTGTTTTGATGAAAACTGAAAAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAA
*
1577654 AAATT-AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAA-TCATTTA
130 AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
** * * * * * * * *
1577695 GTGTGAATAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGATTATAAAT-GATCTGTTCTTCTCAATGGTTG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * *
1577759 ACTGTTGCTTCTTGTTTCTT-AAGGCTAATATTCTATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
65 GCTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * * *
1577823 AAAATTCAACTTAAAAAATCAATGATGAGATTCTAAAACCAGTTA
129 AAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * ** ** * *
1577868 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAATTCATGAGCAACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * ** * * * * * * *
1577933 CTTTTGCTTTAT-ATTCCCATGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTGACCAAAAATGT-AAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* ** *
1577996 AATTTAACTTAAAAT-AGCTATGA-ATTTATAAAACAATTTA
131 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACTATTTA
* * * * *
1578036 AAG-CAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATTGATA
1 AAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * ** *
1578099 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATATTATGTTTTAGTCAAAAATGTAAAA
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* *
1578164 ATAATTCAACTTAAAATAAACTATGA-ATTTATAAAACTATTTA
130 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACTATTTA
* * * * * **
1578207 AAGTGAGTATTAAGAC-TTCTGAAGGTATGATTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * *
1578271 GCTTTTGCTTCACT-TTTCTCAAGG-AATACATTCAATTATAATCCT-TTTTAA-CTAAAATGTA
65 GCTTTTGCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATATA
* * *
1578332 AAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * ** *
1578377 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCAAGTCAATGGATA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * *
1578441 GCTTTGGCCTCACG-TTTCCTAAGTCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTGTAACAAAAAATATAT
65 GCTTTTGCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATATAA
* ** *
1578504 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCCTTCA
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * ** *
1578548 AAATGAGTAATAAGACTTTCGAAAGG-ATGAGTCCCTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGGATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
** *** * * * **
1578612 GCTTTTGCTTCACT-TTTCACAAGGTTGACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAACGTAAA
65 GCTTTTGCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * * * ** *
1578676 ATAAAATCTACTTGGAAGTCCGTTATGAGATTATAAAACCATTTA
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* * ** * * * * *
1578721 AAGTGAGCAACAAGGCTTTTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGAC-TTTCATGTCGATGGATGG
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** * ** * * * *
1578785 CTTTAACATCA--CATTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAGA
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* * *
1578848 ATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA-TCGTTTA
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * * *
1578891 AAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * ** * * *
1578956 TTTTTACTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTTAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * *
1579020 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAGAACAATTTA
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * * * * *
1579062 AAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTTCAATAGATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * *
1579127 CTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTCTAATCTGTTCTAACCAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
1579182 TGTAACACCC
Statistics
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0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.00
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160 2 0.00
165 1 0.00
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174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
CTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
Found at i:1577088 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1576712--1577583 Score: 662
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 171
1576702 CGAAGGCGCA
* ** * * *
1576712 AGTGCCTATAAATGGACTTTTCATCTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACA
* * *
1576777 TTTAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAATTATGAGTT
66 TTTAATTATAATTTGTTTTAATCAAAACATA-AAAAAAATTCAACTCAAAATC-AATTATGAGAT
* * * ** * *
1576840 TATAAAA-CTATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGAATG
129 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * *
1576883 AGTGACCATAAATAGACCTTTGTTG--TCAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGCAGA
1 AGTGACTATAAATGGA-CTTT-TTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAA
* * * * *
1576946 TATTAAATTATAATTTCTTTTAATGAAAA-ATACAAAAAGAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAG
64 CATTTAATTATAATTTGTTTTAATCAAAACATA-AAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
* * *
1577010 ATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGAAACAAGGTTTTTGAAGGTATG
127 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * * * * *
1577055 AGTGACTATAAATTGACTTTTTGTATAAATGGATAGTTTTTGCATCACG-TTTCCTAGGACAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGG-CAAAC
* * * * * *
1577119 ATTCAATTATAATCTAGTTTTACT-AAAGAGC-TAATAAAAATTCATCTCAAAATCAAATATGAG
65 ATTTAATTATAAT-TTGTTTTAATCAAA-A-CATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
**
1577182 ATTATAAAATCATTTAAATG-GAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATG
127 ATTATAAAATCATTTAAA-GCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * * * **
1577227 AGTGACCATAAACGGAC-TTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTCGCTTC-TCATTTTTCGAGATAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTTGTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTTTCAAGGCAAA
* * * * *
1577290 CATTTAACTATAATTT-TTTTAACCAAAACTGTAAAAACAAAATT-AACTTAAAAT-AACTTATA
64 CATTTAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAC-AT-AAAA-AAAATTCAACTCAAAATCAA-TTATG
* * * * * *
1577352 AGATTATAAAACCGTTTCAAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGCATG
125 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * * * *
1577399 AGTGACTATAAATGTACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTTA-GGTTTTCTAACGTAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAAC
* * * * * * * * * *
1577463 ATTCAATTATAATCTGTTTTGAGCAACA-ATGTACAAAAACTCAGCTAAAAATCAATTATGAGAT
65 ATTTAATTATAATTTGTTTTAATCAAAACAT-AAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
1577527 TATAAAATCATTTAAAGTGAGGAATTAGGCTTTCGAAGGCATG
129 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
1577570 AGTGACTATAAATG
1 AGTGACTATAAATG
1577584 ATTGGCTTTT
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 121, Indels: 58
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 14 0.03
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172 318 0.58
173 55 0.10
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGTGACTATAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACA
TTTAATTATAATTTGTTTTAATCAAAACATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATG
Found at i:1578598 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1577804--1579130 Score: 1243
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 339
1577794 TTACAATCTA
* *
1577804 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAATCAATGATGAGATTCTAAAACCAG-TTA
1 TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-GTTTA
* * * ** * *
1577868 AAGCGACTAATAAGGCTTTCAAATTCATGAG-CAACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATG
62 AAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTC-ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * *
1577932 GCTTTTGCTTTATATTCCCATGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTGACCAAAAATGT-AAAA
126 GCTTTTGCTTCATTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* ** * *
1577996 AATTTAACTTAAAAT-AGCTATGA-ATTTATAAAACAATTTAAAG-CAGTAAT-AGGACTTTCGA
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGG-CTTTCGA
* * * * * *
1578057 AGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATTGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCA
254 AAGCATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGATAGCTTTAGCATCACGTTTCCT-A
*
1578120 AGGT-AAACATTCAAATAT-ATTAT
317 A-GTCAAACATTCAATTATAATT-T
* * * * **
1578143 GTTTTAGTCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATAAACTATGA-ATTTATAAAACTATTTA
1 -TTTTA-ACAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCGTTTA
* * * * * * **
1578207 AAGTGAGTATTAAGAC-TTCTGAAGGTATGATTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATG
62 AAGCGAGTAATAAGACTTTC-GAAGGCATGAGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * *
1578271 GCTTTTGCTTCACTTTTCTCAAGGAATACATTCAATTATAATCCT-TTTTAA-CTAAAATGTAAA
126 GCTTTTGCTTCA-TTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAAT-TTATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
1578334 ACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
189 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGA
* * * *
1578399 AAGTATGGATGACTATAAATAGACTTTTCAAGTCAATGGATAGCTTTGGCCTCACGTTTCCTAAG
254 AAGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGATAGCTTTAGCATCACGTTTCCTAAG
1578464 TCAAACATTCAATTATAATTT
319 TCAAACATTCAATTATAATTT
* * * *
1578485 TTTGTAACAAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCCTTCAAA
1 TTT-TAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAA
** * *
1578550 ATGAGTAATAAGACTTTCGAAAGG-ATGAGTCCCTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGGATGGC
64 GCGAGTAATAAGACTTTCG-AAGGCATGAGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* ** * * *
1578614 TTTTGCTTCACTTTTCACAAGGTTGACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAACGTAAAATA
128 TTTTGCTTCA-TTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-A
* * * * ** * * *
1578679 AAATCTACTTGGAAGTCCGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTT-TAA
191 AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * *
1578743 AGGCATGAATGAGTATAAATGGAC-TTTCATGTCGATGGATGGCTTTAACATCACATTTCATGAG
255 A-GCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGATAGCTTTAGCATCACGTTTCCTAAG
* *
1578807 GCAAACATTCAATTATAATCTA
319 TCAAACATTCAATTATAAT-TT
* * * * *
1578829 TTTTAACTAAAAATGTAGAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAATCGTTTAAAG
1 TTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAG
* * * * * * *
1578894 CGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGTTT
65 CGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * *
1578959 TTACTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTTAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
130 TTGCTTCAT-TTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
1579024 TTAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAGAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAA
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCA
* ** * *
1579089 TGAGA-GACTATAAATAGATTTTTTTTTTCAATAGATAGCTTT
259 TG-GATGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGATAGCTTT
1579131 TGCTTTATGT
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 152, Indels: 64
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 85 0.11
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341 220 0.27
342 142 0.18
343 222 0.28
344 65 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGC
GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
TGCTTCATTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
GATGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGGATAGCTTTAGCATCACGTTTCCTAAGTCAAACA
TTCAATTATAATTT
Found at i:1579180 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1576765--1579181 Score: 1612
Period size: 514 Copynumber: 4.7 Consensus size: 512
1576755 TTCATGTTTT
* * * * *
1576765 TCAAGGTAA-ACATTTAATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATC
1 TCAAGG-AATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** * * * * *
1576828 AAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTC-AAATGAATGAGTGACCAT
65 -AATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGAGTGACTAT
* * * * * ** * * *
1576892 AAATAGACCTTTGTTGTCAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGCAGATATTAAATTAT
128 AAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTAT
* ** * * * * * *
1576957 AATTTCTTTTAATGAAAAATACAAAAAGAATTCAACTCAAAGTCAATTATGAGATTCTAAAATC-
193 AATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAGAA-CA
* * * * * * * *
1577021 ATTTAAAGCGAGAAACAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATTGACTTTT-TGTATAAAT
255 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TTTCAAT
* * * * * * * * *
1577085 GGATAGTTTTTGCATCACGTTTC-CTAGGACAAACATTCAATTATAATCTAGTTTT-ACTAAAGA
318 AGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGA-AGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAA
* * * * *
1577148 -GCTAATAAA-AATTCATCTCAAAATCAAA-TATGAGA-TTATAAAATCATTTAAA-TGGAGTAA
381 CG-TAA-AAATAAATCAACTTAAAAT-AAACTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGT-GAGCAA
** * * * * * * *** * ** *
1577208 TGAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACCATAAACGGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTCGCTTC
441 CAAGACTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATGGCTTTAACATC
* *
1577273 TCATTTT
506 ACATTTC
* * * * * * *
1577280 TCGA-GATAAACATTTAACTATAAT-TTTTTTAACCAAAACTGTAAAAACAAAATT-AACTTAAA
1 TCAAGGA-ATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
1577342 AT-AACTTATAAGATTATAAAACCGTTTCAAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
62 ATCAA-TTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACT
* * * * * * * *
1577406 ATAAATGTACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTTAGGTTTTCTAACGTAA-ACATTCAAT
126 ATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA-GGAAGACATTCAAT
* * * * * * * * * * * *
1577470 TATAATCTGTTTTGAGCAACAATGTACAAAAACTCAGCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
190 TATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAGAA-
* *
1577535 C-ATTTAAAGTGAGGAATTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GA---------T---
253 CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAA
* * * * * ** * **
1577586 T-G---GCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATCCAATTATTAGCTGTTTTGA-TGAAAAC
317 TAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAC
* * ** * * ** ** *
1577646 -TGAAAAAAAAATTAACTTAAAATAATTTAT-AAGATTATAAAATCATTTAGTGTGAATAATAAG
382 GT-AAAAATAAATCAACTTAAAATAAACTATGAA-TTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAG
* * * * * * * * ** * * * * ***
1577709 ACTTTTGAAGGTATGAGTGATTATAAATGATCTGTTCTTCTCAATGGTTGACTGTT-GCTTCTTG
445 ACTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATGGCT-TTAACATCACA
1577773 TTTC
509 TTTC
* * * * *
1577777 TTAAGGCTAAT--ATTCTATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAA
1 TCAAGG--AATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AAA
* * * **
1577840 ATCAATGATGAGATTCTAAAACCAG-TTAAAGCGA-CTAATAAGGCTTTC-AAATTCATGAGCAA
62 ATCAATTATGAGATTATAAAACC-GTTTAAAGCGAGC-AATAAGGCTTTCGAAA-GCATGAGTGA
* * * *
1577902 CTATAAATGGA-TTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTAT-ATTCCCATGGCAGACATTCA
124 CTATAAATGGACTTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCA
* * * ** * *
1577965 AATATAATTTATTTTGACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAAT-AGCTATGAATTTATAAA
188 ATTATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGA-TTATAGA
* * * *
1578028 ACAATTTAAAG-CAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTC
252 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGG-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTC
* * * **
1578091 AATTGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAAATATATTATGTTTTAGTCAAA
315 AATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * * * **
1578155 AATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATAAACTATGAATTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTATTAA
379 AACGTAAAAATAAATCAACTTAAAATAAACTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAA
* * * ** * *
1578220 GACTTCTGAAGGTATGATTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT
444 GACTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATGGCTTTAACATCACA
1578285 TTTC
509 TTTC
* *
1578289 TCAAGGAATACATTCAATTATAATCCT-TTTTAACT-AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATT
1 TCAAGGAATACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
1578352 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATG-GATGACTATA
65 AATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG-TGACTATA
* *** * * * * * *
1578416 AATAGACTTTTCAAGTCAATGGATAGCTTTGGCCTCACGTTTCCTAAGTCAA-ACATTCAATTAT
129 AATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAG-GAAGACATTCAATTAT
* * * **
1578480 AATTT-TTTGTAACAAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCC
193 AATTTATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAGAACAA
* * * ** *
1578544 TTCAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAAGGATGAGTCCCTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGG
256 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATAG
* * ** * *
1578609 ATGGCTTTTGCTTCACT-TTTCACAAGGTTGACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAACGT
320 ATAGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT
* * * **** *
1578673 -AAAATAAAATCTACTTGGAAGTCCGTTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGG
384 AAAAAT-AAATCAACTT-AAAATAAACTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGA
* * ** * *
1578736 CTTTTAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGAC-TTTC-ATGTCGATGGATGGCTTTAACATCACAT
446 CTTCTAAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTA-ATCAATGGATGGCTTTAACATCACAT
1578799 TTC
510 TTC
* * *
1578802 AT-GAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAGAATAATTCAACTTAAAAT
1 -TCAAGG-AATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
1578865 CAATTATGAGATTATTAAATCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA
64 CAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATA
* * *
1578930 AATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGTTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTTAATTATA
129 AATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATA
1578995 ATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAGAACAATT
194 ATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAGAACAATT
* * * * *
1579060 TAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTTCAATAGAT
258 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATAGAT
* * * *
1579125 AGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTCTAATCTGTTCTAACCAAA
322 AGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
1579182 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 321, Indels: 179
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
493 3 0.00
494 34 0.02
495 30 0.02
496 31 0.02
497 150 0.10
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500 1 0.00
501 1 0.00
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517 16 0.01
518 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TCAAGGAATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAA
TGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAAT
TTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGATTATAGAACAATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATAGATAGCT
TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAATA
AATCAACTTAAAATAAACTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACAAGACTTCTAAAGG
CATGAATGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAATGGATGGCTTTAACATCACATTTC
Found at i:1580586 original size:14 final size:14
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Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
1580557 AGAAGAAAAG
1580567 AGAAAGGAGAGGAA
1 AGAAAGGAGAGGAA
1580581 AGAAA-GA-AGGAAA
1 AGAAAGGAGAGG-AA
1580594 GAGAAAGGAGAGGAA
1 -AGAAAGGAGAGGAA
*
1580609 AAAAAG
1 AGAAAG
1580615 AAAGAAAAGA
Statistics
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AGAAAGGAGAGGAA
Found at i:1580587 original size:28 final size:28
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1580546 ACCCACAACC
*
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1 AAGAAGAAAAGAGAAAGGAGAGGAAAAA
*
1580584 AAGAAGGAAAGAGAAAGGAGAGGAAAAA
1 AAGAAGAAAAGAGAAAGGAGAGGAAAAA
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1 AAG-AAGAAAAGAGAAA
1580629 AAGGAAGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAGAAAAGAGAAAGGAGAGGAAAAA
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1582978 NNNNNNNNNN
* * * *
1582988 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATGCTTTCGAAAGCATGATTGATTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * *
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* *
1583118 TTGATAAAAAAAAGTACAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT
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* *
1583160 GA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT-AGAGCTTTCGAAGGCACGATTGACTATAAATGG
1 GAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTAA-TAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * ** *
1583223 A-TGTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATCCAATTACCATAT
63 ACT-TTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* ** *
1583287 GTTTTAATGAAAACTAGTTAAAAAATTCAACTTAAAAT-AACTTAT
127 GCTTTAA--AAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * * ** * ** * *
1583332 AAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGGATAAGGTTTTCGAAGGCATGAGCAACCATAAATGAACT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
1583397 TTTCCTATCAATAGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTACTT
66 TTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGCTT
* * *
1583462 TAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTAC
131 TAA-AAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
1583502 GAGATTATAAAACCATTTAAACCG-AATAATAAGGCTTACGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAA--GTAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
1583565 CCTTTTCTTGTCAATGTATAGG-TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCT
64 -CTTTTCTTATTAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
1583629 -CTTTAAAGAAAAAATGTCAACAAATTTAACCTAAAATCAATTAT
127 GCTTTAAA-AAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
1583673 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGATCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAG
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
1583738 TTTTCATCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTGAGGCAACCAGTCAATTATAATTTG-
65 TTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGC
* * * *
1583801 TCTACAATAAAAATGTAAAAGAAATTTAACTTAAAGTCAATTAT
129 TTTA-AA-AAAAAAGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1583845 GAGATTATAAAACCATTTAA
1 GAGATTATAAAACCATTTAA
1583865 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 65 0.11
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
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GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGCTT
TAAAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:1584974 original size:512 final size:501
Alignment explanation
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Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 501
1583986 AATAATTTAT
* * * * *
1583996 AAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
1 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCTTGAATAACTATAAATAGAC
* * * *
1584061 TTTTTGTCTCAATGGATGCCTTTCGCTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
66 ATATTGTCTCAATGGATGCCTTTCACTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
* *
1584126 TAACCAAAAATGCAAAAACCTTAATCAAGAATCAATTACGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAG
131 TAACCAAAAATGCAAAAACATTAATCAAGAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
1584191 GAGTAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTTTCAATGGTTTGCTTTCGT
196 GAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTAACTATAAATGAACTTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTCGT
* * *
1584256 TCCATGGTTCTTGACACAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAA
261 TCCATGGTTCTTGACACAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAA
* ** *
1584321 CTTGAAATAAATTACATTTTTGTAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATAAG
326 CTTAAAATAAATTACATGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATAAG
* * * *
1584386 TGACAAGATATAGACATTTCTTTTGAATGGATGCCTTTTGCTTCACTTTCCCAAGGTAGACAGTC
391 TGACAAGATATAGACATTTCTTTTCAATGGATGCCTTTTACTTCACTTTCCCAAGGCAAACAGTC
*
1584451 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAA
456 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAA
*
1584497 ANNNNNNNNNNAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACATA-GCTTTCG-AAGGTATGAATAA
1 A----------AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTCGAAAGCT-TGAATAA
* * * * * *
1584560 GTATAAATGGACATATTGTGTCAATGGATGGCTTTCACATCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAA
54 CTATAAATAGACATATTGTCTCAATGGATGCCTTTCAC-TCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
1584625 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCATCTTAA-AATGAATTATGATATTATAAA
118 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAACATTAATC--AAGAATCAATTACGAGATTATAAA
* * * *
1584688 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTAT-AAT-AGAC-TTTCGTCTC
181 ACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTAACTATAAATGA-ACTTTTCGTCTC
* * * *
1584750 CATGGATGGCTTTCGCTT-CAT-GTTTTTCGA-AGCAAACATTCAATTGCAATATGTTTTTACAA
245 AATGGATGGCTTTCG-TTCCATGGTTCTT-GACA-CAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACAA
* * * ***********
1584812 AAAATGTAAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTA
307 AAAATAT-AAAAG-AATTCAACTTAAAATAAATTA-CATGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTA
* * * **
1584876 ATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATA-ATAGACATTT-TTTGTCAATGGATGGTTTTTAC
369 ATAAGGCTTTCGAAAGG-ATAAGTGACAAGATATAGACATTTCTTT-TCAATGGATGCCTTTTAC
*** * *
1584938 TTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATG
432 TTCAC-TTTCCCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG
1584990 TAAGGCGAAT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 74, Indels: 39
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
501 1 0.00
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513 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (501 bp):
AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCTTGAATAACTATAAATAGAC
ATATTGTCTCAATGGATGCCTTTCACTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
TAACCAAAAATGCAAAAACATTAATCAAGAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
GAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTAACTATAAATGAACTTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTCGT
TCCATGGTTCTTGACACAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAA
CTTAAAATAAATTACATGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATAAG
TGACAAGATATAGACATTTCTTTTCAATGGATGCCTTTTACTTCACTTTCCCAAGGCAAACAGTC
AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAA
Found at i:1585055 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1583948--1585107 Score: 695
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 169
1583938 TTAATTATGT
* * * *
1583948 TATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAGAATTCAACTCAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAA-CTG
1 TATGTTTTAACCAAAAATG--TAAAGAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAATC-A
* * * * * * *
1584011 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTCTCAATGG
62 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGAC-TTTTGTGTCAATGG
* * * *
1584076 ATGCCTTTCGCTT-ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAA
126 ATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * **
1584119 TATGTTTTAACCAAAAATGCAAA-AACCTT-AA-TCAAGAATCAATTACGAGATTATAAAGCCAT
1 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAA--TTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * ** ** * * * * * *
1584181 TTAAAGTGAGGAGTAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTGACTGTAAAT-GAACTTTTCTTTTCAATGG
63 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAG-ACTTTT-GTGTCAATGG
* * * * ** *
1584245 TTTGCTTTC-GTTCCATGGTTCTTGACACAAATATTCAATTATAA
126 ATGGCTTTCACTT-CATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * * ** *
1584289 TATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTGAAATAAATTA-CATTTTTGTAAAA-CAAT
1 TATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATC-AT
* * * * * * * *
1584352 TCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGG-AT-AAGTGACAAGATATAGACATTTCT-TTTGAAT
63 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG-AAGGCATGAA-TAACTATAAATAGAC-TTT-TGTGTCAAT
* ** * *** * * *
1584414 GGATGCCTTTTGCTTCA-CTTTCCCAAGGTAGACAGTCAATTATAA
124 GGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * **********
1584459 TCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAA-CTAT
1 TATGTTTTAACCAAAAATG--TAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-AT
* * * *
1584523 TTAAAGCGAGTAACATA-GCTTTCGAAGGTATGAATAAGTATAAATGGACATATTGTGTCAATGG
63 TTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGAC-TTTTGTGTCAATGG
* * *
1584587 ATGGCTTTCACATCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAA
126 ATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
1584631 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCATCTTAAAATGAATTATGATATTATAAAATCATTTA
1 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * * *
1584696 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTAT-AATAGACTTTCGTCTCCATGGATGGC
66 AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGACTTTTGTGTCAATGGATGGC
* * **
1584760 TTTCGCTTCATGTTT-TTCGAAGCAAACATTCAATTGCAA
131 TTTCACTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAATTATAA
* * ***
1584799 TATGTTTTTACAAAAAATGTAAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNN
1 TATGTTTTAACCAAAAATGT--AAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
******* * * * *
1584864 NNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTGTCAATGGA
63 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGAC-TTTTGTGTCAATGGA
* * * *
1584928 TGGTTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTTTAA
127 TGGCTTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * * * **
1584971 TCTATTTTAACCAAAAATGTAAGGCGAATTCAACTCAAAGTCAATTATTAGATTCCAAAA-CTAT
1 TATGTTTTAACCAAAAATGTAA--AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-AT
* * * *
1585035 TTAAAGCAAGCAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGA
63 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGACTTTT-GTGTCAATGGA
1585100 TGGCTTTC
127 TGGCTTTC
1585108 GAAGGCACGA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 195, Indels: 83
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 76 0.10
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170 154 0.20
171 296 0.39
172 140 0.19
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATAGACTTTTGTGTCAATGGATGGC
TTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
Found at i:1585130 original size:50 final size:50
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Indices: 1585051--1585157 Score: 144
Period size: 50 Copynumber: 2.1 Consensus size: 50
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* ** *
1585051 GGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACT-TTTCGTGTCAATGGAT
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* *
1585101 GGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTAGAAATGGGCTCTTTGTGTCAATGGAT
1 GGCTTTCGAAGGCACGAACAACTAGAAATGGACTCTTTGTGTCAATGGAT
1585151 GGCTTTC
1 GGCTTTC
1585158 ACTTCACGTC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 2
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 47 0.94
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Consensus pattern (50 bp):
GGCTTTCGAAGGCACGAACAACTAGAAATGGACTCTTTGTGTCAATGGAT
Found at i:1585941 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1585203--1590790 Score: 3615
Period size: 171 Copynumber: 32.5 Consensus size: 169
1585193 TATGTTATGC
* * * **
1585203 TTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAGCTCAAAAT-AATTTATAAGATTAT-AATGCAGTTTAA
1 TTTAA-CAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAA
* * * * * * *
1585266 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTCTCAATGGAT-AC
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGC
** * * *
1585330 TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATATTATGT
126 -TTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
** ** * ** **
1585375 TTTAACAAAAAATG-AAAAAACCTCAACCAAAAATTAATTACAAGATTATAAAGTCATTTAAAGT
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * ** * * *
1585439 GAGGAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTGTAAATAAACTTTTTTTCTCAATGGTTGGATTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
1585504 T-ATTC-CATGTTTCTCGATGTAAATATTCAATTATAATATGT
129 TGCTTCACAT-TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * ** ** *
1585545 TTTAACTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACAATTTTATAAAACAATTTAAAGTG
1 TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
1585610 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTATAAA-GAGACATTTCTTT-TGAATGGAT-GCCT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GAC-TTT-TTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * *
1585672 TTGCTTCAC-TTTCCCATGGCAAACAGTCAATTAGAATCTAT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1585713 TTTAACTAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAAATTATAAAACCATTCAAAG
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ** *
1585778 CGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAACGAGTATAAATGGA-TTTTATGTGTCAATGGATGGCT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T-TGTCAATGGATGGCT
* * * *
1585842 TTTACATCACATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
127 TTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1585885 TTTAACAAAAATGTAAAAATATTTCATCTTAAAATGAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAACAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
1585950 GAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTGTCTCAATGGATGGCTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTG--TCAATGGATGGCTT
** * *
1586014 TTGCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAACATTCAATTGTAATATGT
128 TTGCTTCACATTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
1586056 TCTT-ACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGCGATTATAAAACCA--T---
1 T-TTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * ********* * *
1586115 -T---TAA-ACCGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGTCAATGGATAGCT
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCT
*** * * * * *
1586175 TTTGCTTTGTATTT--TGA-GCGAGTGGACAATAAATTATAATCTAT
127 TTTGCTTCACATTTCCTAAGGC-A---AACATTCAATTATAATCTGT
* * * * ** *
1586219 ATTAACAAAAAATATAAGAAGAATTCAACTCAACGTCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAG
1 TTTAAC-AAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * * * *
1586284 CAAGTAGCAAGGCTTTTGAACGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAATAGATGGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGCTT
* *
1586349 TTGCATCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GT
* * * * * * *
1586392 TTTACCAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAGAATTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAA-TG
1 TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-
* * * * * ** *
1586456 GAATAATGAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATCAATGGACATTTTTAGTTGATGGATGCCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTT
** * * *
1586521 CACTT--CATGTCTCTCAAGGCAAAGATT-AATTTATAATTTGT
129 TGCTTCACATTTC-CT-AAGGCAAACATTCAA-TTATAATCTGT
* *
1586562 TTTAACTAAAAATGTAAGGAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACCGTTT
1 TTTAAC-AAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * ** *
1586626 AAAGTGAATAATAAGACTTTCAAAGGTATAAGTAACTACAAATGGACTTCTCATGTCAATGAATG
60 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATG
* * ** * *
1586691 GCTTTCGTTTCATGTTT-CTAGAGGAAAACATTCAATTATAATGTGT
124 GCTTTTGCTTCACATTTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1586737 TTTAGACAAAAATATAAAAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1586801 TGAGGAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGTTGGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * * * *
1586866 TTGCTTCACATTTCCAAAGGTAGACGTCCAATTATTATTTAT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * ***
1586908 TTTAATGAAAACTG-AAAAAAATTAAACTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAG
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
1586971 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATCTCAATGGATAGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
** ** * * * *
1587036 TTGCTTCATGTTTTTTGAGACAAACATTCCATTATAATCTAT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1587078 TTCTACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGATATTGTAAAACCATTTAA
1 TT-TAACAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
1587143 ACTAATTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGC
* * * * *
1587208 TTTTGCTTCACATTTGCTGAGGTAAACATTAAATTATAATCTAT
126 TTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1587252 GTTAACAAAAAATGCAAAAGAAATTCAACTCAAAGTCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
1587317 TAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTGGTGTGAATGGATGGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
* * * * *
1587382 TTGCATCACATTTCCTAAGGTATACATTCAATTATAATTTATT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GT
*
1587425 TTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TG
1 TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * **
1587488 AAGTAATGAA-ACATTC-AGAGGCATGAATGACTATCAATGGACTGTTTTTAGTTTATGGATGGC
66 -AGTAAT-AAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTTT-GTCAATGGATGGC
* * * * * *
1587551 TTTCG-TT-ACATATTTCTCAAAGAAAACATTCATTTATAATCCGT
126 TTTTGCTTCACAT-TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1587595 TTTAACCAAGAATGTAAAAAAAAAAATTCAACTTGAAAT-AATTTATTAGATTATAAAATCGTTT
1 TTTAA-CAAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
1587659 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTCTCAATGGATG
60 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATG
* ** ** * * * *
1587724 GCTTTTACTTCATGTTTTTTGAGGCAAGCATTCAAATATAATATGT
124 GCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
*
1587770 TTCT-ACAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
1 TT-TAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * * *
1587834 TTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGATATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCT
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCT
* * * * * *
1587899 TTTGCTTCACGTTTCC-AGAGGTAGACATTAAAATATAATCTAT
127 TTTGCTTCACATTTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1587942 GTTAACCAAAAATGCAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * *
1588007 CGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGCTT
* * * * * *
1588072 TTGCATCACATTTCCCATGGAAAAAATTCAATTATAATCTAT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * **
1588114 TTTTACCAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAG
1 TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *** * * **
1588178 ACTAGTGAGGATTTTGAAGGCATGACAAACTATTAATGGAATTTTTTAGTTGATGGATGGCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-GTCAATGGATGGCTTTT
**
1588243 GCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATT-AATTTATAATCTGT
130 GCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAA-TTATAATCTGT
* * * *
1588283 CTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAGAT-AATTTATAAAATTATAAAACCGA-TTAA
1 TTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACC-ATTTAA
*
1588346 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTGTCAATGGATGGC
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGC
* ** *
1588411 TTTTGTTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATGTGT
126 TTTTGCTTCA-CATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1588455 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAATGAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * ** * *
1588520 GAGGAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAGTTGGCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTT
*** *** * * * *
1588585 CATTTCGTGTTTTCTAAGGCAAACATCCAATTATTAGCTGT
129 TGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1588626 TTTGATAAAAAAAAGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAC
1 TTT-A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-
** * *
1588691 G-GAGTAAGGAGGCTTTCAAAGGCCTGAGTGACTAGT-AATGGACTTTTTTAGTCAATGGATGGC
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTTT-GTCAATGGATGGC
* * ** * * * * * *
1588754 -TTCGCTCCATGTTTTCTGAGGAAAACATTCATTTCTAATCTAT
126 TTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
1588797 TTTAACCATAAATGTAAAAGCAATTCAAATGAAAAT-AATTTATAAGGTTATAAAACCCTTTAAA
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * *
1588861 GCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTAT-ACGTGGCTATAAATGTAATTTTTGTTTCAATGGATAGC
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGC
** ** * *
1588925 TTTCACTTCATGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTAT
126 TTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
1588969 TTTGACTAACAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * * *
1589034 GAGGAATAAAGTTTTCGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGTTAGTTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTT
** * * * *
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129 TGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTC-AATTATAATCTGT
** * * * **********
1589140 TTTGATGAAAACT-AAATAAAAATT-AACTTAAAAT-AATTTATAAGATTNNNNNNNNNNTTAAA
1 TTT-AACAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * *
1589202 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTGTGAGTGACTATCAAT-GATCTTTTCTTGTCAATGGTTAGC
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTT-TTGTCAATGGATGGC
* * * * *
1589266 TTTTGCTTCATATTT-CTCAAGGCTAATATTCCATTATAATCTAT
126 TTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
1589310 TTTAACAAAAAATATAAAAAACATTTAACTTAAAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAA
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
1589375 AGTGACCAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAGGGC
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGC
** * * * *
1589440 TTTTGCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTGT
126 TTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAA-TCTGT
*
1589485 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGA-ATTTATAAAACTATTTAA
1 TTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA
* ** * * ****** *
1589548 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTATGAGTAACCAAATGG
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG---T--GAC-TAT-AA---ATG-G-ACTTTTTTGT
* ** ********* *
1589613 ACCTTTCATAACAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTNNNNNNNNNNATTCAATTATAATTT
115 -----------CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
1589677 GT
168 GT
* * * * * *
1589679 TCTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCAT-AAATTTATTAAACTATTTAAAG
1 TTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * ** * *
1589743 CGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGTATGATTGACTATAAATAGACTTTTTTAGTTTATGGTTCGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-GTCAATGGATGGCTT
* * * *
1589808 TTACTTAACGTTT-CTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTTT
128 TTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGT
** * *
1589850 TTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGT
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * ** * * *
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65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTT
** ** * * *
1589980 CACTTCATGTTTCCTGAGGAAAACATTCAATTATAATCTAT
129 TGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* ********** *
1590021 TCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
1590086 GAGCAATAAGACTTCCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTATCAATGGCTGGCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTT
* *
1590150 TGCTTCATATTTACC-AAGG-AAGACATTCAATTATAATATGT
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*** * * * *
1590191 TTTAACCAAAAATGTAAAAGTTTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTTTAAAACTATTTAAAGC
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * ** *
1590256 AAGCAATAATGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTTCTTGTCAATGGATAG-TT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
* * * *
1590320 TTGCTTCACGTTTCCCAATG-AAGACATTCAATTATAATCTAT
128 TTGCTTCACATTTCCTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGT
* * * **
1590362 TCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA--AAATTATAAAACCATTTAAAAC
1 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * * *
1590425 AAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAATTATTATAAATGTAATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * * *
1590490 GGTTCGCATTT-CTCAAGGTAGATATTCAATTATATTCTGT
130 GCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* **
1590530 TTTGAA-AAAAAAGTAAAACAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATGA-ATTTATAAAATTATTTAA
1 TTT-AACAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** *
1590592 AGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGCACGATTGATTATAAATGGACGTTACTTGTCAATGAATGGC
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGC
* * * * * ** * *
1590657 TTTCGTTTCATATTT-CTCAAGGCAAATATCCAATTACCATTTAT
126 TTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
1590701 TTTAATAAAAAT-TAGAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AACTTATAACATTACAAAATCGA-TTAA
1 TTTAACAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAA-CCATTTAA
* *
1590763 AGTGAG-AATAAGGCTTTCAAAGGTATGA
62 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
1590791 ACAACTACAA
Statistics
Matches: 4244, Mismatches: 949, Indels: 448
0.75 0.17 0.08
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159 3 0.00
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166 1 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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CTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:1587046 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1585203--1590790 Score: 3696
Period size: 341 Copynumber: 16.3 Consensus size: 339
1585193 TATGTTATGC
* * * **
1585203 TTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAGCTCAAAATAATTTATAAGATTAT-AATGCAGTTTAAA
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* * * * * *
1585267 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTCTCAATGGAT-AC
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* * * *
1585330 TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATG-AAAAA
127 -TTTTGCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA
** ** * ** ** *
1585394 ACCTCAACCAAAAATTAATTACAAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTC-AAA
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* * * * * * * *
1585458 GGCATGAGTGACTGTAAATAAACTTTTTTTCTCAATGGTTGGATTTT-ATTCCATGTTT-CTCGA
254 -GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGTTTCCT-AA
* * * * *
1585521 TGTAAATATTCAATTATAATATGT
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* * * * ** *
1585545 TTTAAC-TAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACAATTTTATAAAACAATTTAAAGT
1 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
1585609 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTATAAAGAGACATTTCTTTTGAATGGAT-GCCTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * *
1585673 TGCTTCACT-TTCCCATGGCAAACAGTCAATTAGAATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAGAAT
130 TGCTTCA-TGTTTCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AAT
* * * * * * * * *
1585737 TCAACTTAAAGTCAATTATAAAATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTA
192 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCA
** * * * * * ** * *
1585802 TGAACGAGTATAAATGGA-TTTTATGTGTCAATGGATGGCTTTTACATCACATTTCCTGAGGTAA
257 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAA
*
1585866 ACATTCAATTATAATCTGT
321 ACATTCAATTATAATCTAT
* * * *
1585885 TTTAAC-AAAAATGTAAAAATATTTCATCTTAAAATGAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
1585949 TGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TTTT-TTGTCTCAATGGATGGC
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG--TCAATGGATGGC
* * * *
1586012 TTTTGCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACATTCAATTGTAATATGTTCTT-ACTAAAAATGTAAAAA
127 TTTTGCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAAC-AAAAATGT-AAAA
* * * ** *
1586076 AAATTTAACTTAAAATCAATTAGGCGATTATAAAACCA--T----T---TAA-ACCGCTTTTGAA
188 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ********** * * *
1586131 GGCATGAGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTT--TGTATT-TTGA-
253 AGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCCTAAG
* * *
1586192 GCGAGTGGACAATAAATTATAATCTAT
317 GC-A---AACATTCAATTATAATCTAT
* * * * ** * *
1586219 ATTAACAAAAAATATAAGAAGAATTCAACTCAACGTCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAG
1 TTTAACAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * * * * *
1586284 CAAGTAGCAAGGCTTTTGAACGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGTCAATAGATGGCT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCT
* ** * * * *
1586348 TTTGCATCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAT
128 TTTGCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * * *
1586413 TTTAACTTAGAATTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAA-TGGAATAATGAGGCTTTCGAAGG
191 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * * * ** * ** *
1586477 TATGAGTGACTATCAATGGACATTTT-TAGTTGATGGATGCCTTTCACTTCATGTCT-CTCAAGG
255 CATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGG
* * *
1586540 CAAAGATT-AATTTATAATTTGT
318 CAAACATTCAA-TTATAATCTAT
* *
1586562 TTTAACTAAAAATGTAAGGAAAAAAATTCAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAACCGTTTA
1 TTTAACAAAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATAA-TTATAAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * *
1586627 AAGTGAATAATAAGACTTTCAAAGGTATAAGTAACTACAAATGGACTTCTCATGTCAATGAATGG
61 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * *
1586692 CTTTCGTTTCATGTTTCTAGAGGAAAACATTCAATTATAATGTGTTTTAGACAAAAATATAAAAA
126 CTTTTGCTTCATGTTTCTA-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAA
* * * *
1586757 AACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAA
189 AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * ** *
1586821 AGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGTTGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAAGG
253 AGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG
* * * * * *
1586886 TAGACGTCCAATTATTATTTAT
318 CAAACATTCAATTATAATCTAT
** * * ***
1586908 TTTAATGAAAACTG-AAAAAAATTAAACTTAAAATAATTTATAAGATTATAAAATTGTTTAAAGT
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * **
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* * * * * *
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1 TTTAACAAAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATAA-TTATAAGATTATAAAACCATTTA
* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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*** * **
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*
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* * * *
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* * * *** * *
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* * * *
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** * * *
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*
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*
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* * * *
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*
1605213 CGCTTCATATTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAA-
1 CGCTTCATATTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * **
1605275 TCAATTAAAAATTAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
65 TCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* * *
1605340 TGAGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTT
130 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
*** * ** * * * * * * * ***
1605382 TATTTTATATTTTTTGAGACAGACATACCATTATAATATACATTTTAACCAAAAGCATAAAAAAA
1 CGCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT--ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
1605447 TTCAACTAAAAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAATGG-TTTCAAC
64 TTCAACT--GAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAA
* * * * * * *
1605511 TGTAGGAGTGATTAT-AATAGACTTTTCTTATCAATAGATGACTTT
126 GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * * * **
1605556 TGCTTC-TCGTTT-TTCGAGG-AAGACACTT-AATTACAATCTATTTTAA-TAAAAAATATTCAA
1 CGCTTCAT-ATTTCCT-AAGGCAA-ACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * *
1605616 AGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
61 AAATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
1605655 CTATAGTATG
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 224, Indels: 85
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 54 0.05
169 211 0.21
170 230 0.22
171 376 0.37
172 45 0.04
173 9 0.01
174 45 0.04
175 55 0.05
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CGCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
Found at i:1605288 original size:510 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1604191--1605497 Score: 1316
Period size: 510 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
1604181 GATCATTACA
* ** *
1604191 CGCTTCATGTTT-TCGAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
1 CGCTTCATGTTTCTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * **
1604255 TCAACTTGAAATAAATTACGAGATTATAAAACCAATTAAACTGAGTAATAGGGCTTACGAAGGCA
65 TCAA-TTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * *
1604320 TGAGTGACTATAAATGACATTTTCTTGTCAATGCATGGGTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAA-
129 TGAGTGACTATAAATGAC-TTTTCTTGTCAATG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGG-AAG
* * * * * *
1604384 ACAATCAATTATAATCTCTTTTAAGAAAAAATGTAAACAAATTCGACTTAAAATTAATTATCAGC
191 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG-
* * * * *
1604449 A-TATAAAACTATTTAGAGCGACTAAAAGGCTTTCAAAAGTATGAGTGATTATAAATGGAGTTTT
255 ATTATAAAACTACTTAAAGCGACTAAAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
1604513 TGTCTCAATGGATGGTTTTCGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAA
320 CATCTCAATGGATGGTTTTCGCTTCACATTTCCTAAGGCAAAAATTCAACTATAATATACTTTAA
* * * * * * **
1604578 CTGAAAATGTTAAAAAACTTAATTGAAAATCAATTGTGGGATTATGAAGCCATTTAAAGTGAGTA
385 CTGAAAATGTAAAAAAACTTAATTGAAAATCAACTATGGAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* ** * *
1604643 ATCAAGCTTTAAGGCATGAGTGAGTATAAATAAAGTTTTCTTACCAATGGTTGGCTTT
450 ATCAAGCTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACCTTTCTTACCAATGGATGGCTGT
* * * * * **
1604701 CGATTCATGTTTC-CTAAGGTAAATATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAT
1 CGCTTCATGTTTCTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAAT
* * *
1604765 TCAACTGAAAATTAATTACGA-AGTTATAAAACCATTTCAAGTGACTAATAAGGCTTTTAAAGGC
65 TCAA-TTAAAATTAATTACGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGC
*
1604829 ATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGGAAG
128 ATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAAT-GATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGGAAG
*
1604894 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATT-AACTTAAAATTAATTATGAG
191 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
* * * * *
1604958 ATTATAAAACTGCTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
255 ATTATAAAACTACTTAAAGCGACTAA-AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * *
1605023 TCATGTCAATTGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCTTGAGGCAAAAATTCAACTATAATAT-GTTT
319 TCATCTCAATGGATGG-TTTTCGCTTCACATTTCCTAAGGCAAAAATTCAACTATAATATACTTT
* * *
1605086 TAGTTAAAATTGTAAAAAAA-TCTAACTT-AAAATCAACTAT-GAATTTATAAAACCATTTAAAG
383 AACTGAAAA-TGTAAAAAAACT-TAA-TTGAAAATCAACTATGGAA-TTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1605148 CAAGTGAT-AGGCTTTCAAAGGCATGATTGACTATAAATAGACCTTT-TTAGTCAATGGATGGCT
444 CAAGTAATCAAGCTTT--AAGGCATGAGTGACTATAAATAAACCTTTCTTA-CCAATGGATGGCT
1605211 GT
506 GT
*
1605213 CGCTTCATATTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAA-T
1 CGCTTCATGTTTCTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATT
* * * **
1605276 CAATTAAAAATTAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
66 CAATT-AAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * ** * *
1605341 GAGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTTAATGGATGTCTTTTATTTTATATTTTTTGA-GACAGA
130 GAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAAT-GATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGGA-AGA
* * * * *** * *
1605405 CATACCATTATAATATACATTTTAACCAAAAGCATAAAAAAATTCAACTAAAAAAATCAATTATG
192 CATTCAATTATAATCT--ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT--TAAAATTAATTATG
* * *
1605470 AGATTACAAAA-TCATTTAAAGTGACTAA
253 AGATTATAAAACT-ACTTAAAGCGACTAA
1605498 TAATGGTTTC
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 115, Indels: 50
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.01
510 363 0.55
511 144 0.22
512 106 0.16
513 2 0.00
514 33 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
CGCTTCATGTTTCTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATT
CAATTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGACTTTTCTTGTCAATGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGAGGAAGACATT
CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
AAACTACTTAAAGCGACTAAAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTC
AATGGATGGTTTTCGCTTCACATTTCCTAAGGCAAAAATTCAACTATAATATACTTTAACTGAAA
ATGTAAAAAAACTTAATTGAAAATCAACTATGGAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATCAAG
CTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACCTTTCTTACCAATGGATGGCTGT
Found at i:1605445 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1604213--1605653 Score: 995
Period size: 339 Copynumber: 4.2 Consensus size: 342
1604203 TCGAAGGCAA
* ** * * *
1604213 ACATTTAATTATAATCTGGTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTGAAATAAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACA-TCAACTTAAAATTAATTATGAG
* * * * * * *
1604277 ATTATAAAACCAATTAAA-CTGAGTAATAGGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACAT
65 ATCAAAAAACCACTTAAAGC-AACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC-T
* * * * * * * * *
1604340 TTTCTTGTCAATGCATGGGTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACAAT-CAATTATAATCTC-T
128 TTTCATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGACAAA-AATACAACTATAATATCAT
* * * * * * * * *
1604403 TTTAA-GAAAAAATGTAAACAAATTCGACTTAAAATTAATTATCAGCA-TATAAAACTATTTAGA
192 TTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTAT--GAATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
1604466 GCGACTAA-AAGGCTTTCAAAAGTATGAGTGATTATAAATGGAGTTTT-T-GTCTCAATGGATGG
254 GCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG--TCAATAGATGG
* *
1604528 TTTTCGCTTCACATTTC-CTAAGGCAA-
317 CTGTCGCTTCACATTTCTC-AAGG-AAG
* * * * * *
1604554 ACATTCAATTATAATCTACTTTAACTGAAAATGTTAAAAAAC-TTAA-TTGAAAATCAATTGTGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATG-TAAAAAACATCAACTT-AAAATTAATTATGA
* ** * * ** * * * *
1604617 GATTATGAAGCCATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTT--AAGGCATGAGTGAGTATAAATAAAGT
64 GATCAAAAAACCACTTAAAGCAACTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
* ** * * * * * ** * * * *
1604679 TTTCTTACCAATGGTTGGCTTTCGA-TTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAAT-CCAT
128 TTTCATGTCAATGGATGGCTTT-TACTTCATATTTCTTGAGACAAAAATACAACTATAATATCAT
* * * * *
1604742 TTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTACGAAGTTATAAAACCATTTCAAGT
192 TTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAA-TTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
1604807 GACTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTT
256 AACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATAGATGGCTGT
* * **
1604872 TGCTTCACATTTTTTGAGGAAG
321 CGCTTCACATTTCTCAAGGAAG
*
1604894 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATTAATTATGAGA
* * ** * * * *
1604959 TTATAAAACTGCTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TCAAAAAACCACTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * *
1605024 CATGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAAAATTCAACTATAATAT-GTTTTA
131 CATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGACAAAAATACAACTATAATATCATTTTA
*** *** * * *
1605088 GTTAAAATTGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAACTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAG
196 ACCAAAAAAATAAAAAAATTC-AACTAAAAATCAATTATGAA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAC
* * *
1605152 TGAT-AGGCTTTCAAAGGCATGATTGACTATAAATAGACCTTTT-TAGTCAATGGATGGCTGTCG
259 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTAGTCAATAGATGGCTGTCG
*
1605215 CTTCATATTTCTCAAGGCAA-
323 CTTCACATTTCTCAAGG-AAG
*
1605235 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAA-ATCAA-TTAAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATCAACTT-AAAATTAATTATGAG
* * *
1605297 ATCAAAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATATACTTT
65 ATCAAAAAACCACTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * * * *
1605362 TCTTGTTAATGGATGTCTTTTATTTTATATTTTTTGAGACAGACATACCATTATAATATACATTT
130 TCATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGACAAAAATACAACTATAATAT-CATTT
** * * *
1605427 TAACCAAAAGCATAAAAAAATTCAACTAAAAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGT
194 TAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACT--AAAAATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
1605492 GACTAATAATGG-TTTCAACTGTAGGAGTGATTAT-AATAGACTTTTCTTA-TCAATAGATGACT
256 AACTAATAA-GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATAGATGGCT
* * * * * *
1605554 TTTGCTTCTCGTTTTTCGAGGAAG
319 GTCGCTTCACATTTCTCAAGGAAG
* * * * * *
1605578 ACACTT-AATTACAATCTATTTTAA-TAAAAAATATTCAAAGA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
1 ACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAACATCAACTTAAAATTAATTATG
* *
1605640 AGATTATAAAACCA
63 AGATCAAAAAACCA
1605654 TCTATAGTAT
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 180, Indels: 84
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 5 0.01
339 240 0.27
340 157 0.18
341 177 0.20
342 147 0.17
343 84 0.10
344 27 0.03
345 35 0.04
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATTAATTATGAGA
TCAAAAAACCACTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
CATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCTTGAGACAAAAATACAACTATAATATCATTTTA
ACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAATTATAAAACCATTTAAAGCAACTA
ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATAGATGGCTGTCGCTT
CACATTTCTCAAGGAAG
Found at i:1606544 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1606096--1607788 Score: 1268
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
1606086 NNNNNNNNNN
* *
1606096 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTA-A-AATGCA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCC-TAGAGAA-ACA
* * * * * ** *
1606158 TGAAGCAAAAGCCATTCATTTACAAGAGAAGTCTATTTATAACCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-CCTT
* ** *
1606223 ATTACTCA-TTTCAAATGGTTTTATAAAATTATAATTGATTTTAA
127 ATTACTCACTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * *
1606267 GTTAAATTTTTTAATATTTTT-GTGTAAAACATATTATAATTGCATAATTACCTCA-AG-AACGT
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGAGAAACAT
* * * * ** * * *
1606329 AAAGCAAAATTCAAT-TATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACATTCGACAACCTT
64 GAAGCAAAA-GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AACCTT
* *
1606393 ATTCCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCA
127 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
1606437 GTTGAGTTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGA
** * * * *
1606502 AGTGAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTATTA
66 AGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAACCTTATTA
* * *
1606567 CTCACTTTAAACGATTTTATAGTCTTATAAATT-ATTTTAA
131 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAA
* * * ** * * * * * * *
1606607 ATTGAATTTTTTT-CAGTTTTCATTAAAATC-GCTGATAATTGGATGTCTACCTCGGGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATG
* * * * *
1606670 AAGCAAAAGTCATCCATTAGCT-AGAAAAGTCCATTGATAGTCACTTATGCCTTCGATAGCCTTA
65 AAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AACCTTA
* * *
1606734 TTACACAATTTAAAT-AGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ********** * * *
1606777 GTTAAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGA
* * * * * *
1606842 AGCAAAAGCTATCAATTGTTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAGT
66 AGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-CCTTATT
* **
1606907 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAGCTGATTTTAA
130 ACTCACTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** *
1606948 GTTGCATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCTAGAAGCATG
1 GTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATG
* ** * *
1607013 AAGCAAAAGCCCTTTATTGACAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAGCCTTA
65 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAA-CCTTA
** * * *
1607077 TTAGC-CGTTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTTATTTTTTAA
128 TTA-CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA--TTTTAA
* * * * ** * *
1607122 GTTTAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATGGAACATTAGCCTTGAGAAA-ATGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGA
* * * * ** *
1607186 AGCAAAAGCCAACCATTGACAAAAAAAATTTATTTATAGTCATTCATGCC-T-GAAACAGCCTTA
66 AGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AA-A-CCTTA
* * *
1607249 TTCCTCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTCA
128 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
1607292 GTTGAGTTTTTTTACAATATTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTACCTAGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGA
** * * * ** *
1607357 AGTGAAAGCCATCCATTGACACA-AAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCATTTAAAAGTCTTAT
66 AGCAAAAGCCATCCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-CCTTAT
* * *
1607421 TACTCACATTAAGTGATTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAA
129 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAA
* * * * *
1607463 GTTGAATTTTTTTTTAGTTTTT-GTTAAAACA-CTTGATAATTGGATGTGTAG-CTTGAGAAACA
1 GTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGT-TTGCCTAGAGAAACA
* ** ** * * * *
1607525 TGAGGTGAAAGTTATCCATTGACT-AGAAAAGCCCATTGATAGTCACTTATGCCTTCGACAGCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AACCT
* * * * *
1607589 TATTACACAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAA
126 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
1607634 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGCTAAAAACCA-ATTATAATTGAAT-TTTACCTCA-TGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGAGAAACAT
* * * * * *
1607696 GAAGCAAAAGCAATCCATTGACATGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCTTTTGAAAGCTTTA
64 GAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-CCTTA
*
1607760 TTACTC-CATTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 TTACTCAC-TTTAAATGATTTTATAATCTC
1607789 CATTTGTGGT
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 281, Indels: 106
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 137 0.12
170 326 0.27
171 452 0.38
172 218 0.18
173 46 0.04
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGA
AGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAACCTTATTA
CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
Found at i:1607304 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1606204--1607788 Score: 1039
Period size: 340 Copynumber: 4.6 Consensus size: 339
1606194 TTATAACCAC
** *
1606204 TCATGCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCA-TTTCAAATGGTTTTATAAAATTATAATTGATTTTAA
1 TCATGCC-TCAAACAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * *
1606267 GTTAAATTTTTTAATATTTTTGTGTAAAACATATTATAATTGCATAATTAC-CTCAAG-AACGTA
64 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TAAAACAAATTATAATTGAAT-GTTTCTCT-AGGAAACATG
* * * * ** * * * *
1606330 AAGCAAAATTCAAT-TATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACATTCGACAA-CCTT
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** ** * *
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** * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ******
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188 ATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATT-ATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAGTTT
**** * * * * *
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** ** ** *
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* **
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* *
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* ** * *
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125 GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACTCATGCATTTAAAAGCCTTA
** * * * *
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189 TTA-CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATTA--TTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAGTT
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***
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* * ** *
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* * * * *
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** * *
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* * * * *
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* ** * ** ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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CAATTGATAATTGGACATGTAGCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGACAAAAAAAAC
CCATTTATAGTCAT
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* * * *
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GGTTAGAACAT
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * **
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* * *
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* ** ** * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** * ***
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* *** * * * **
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* * *
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* ** * * * * *
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* ** *
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** * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
* * * * **
1610375 ACATGAGAAGTGC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAACGAN
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********* * *
1610438 NNNNNNNNNTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-GT
129 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
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1 TTTTGTTAAAACAG-ATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * * * * * * * *
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64 TGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATG
* **********
1610605 GTTTTATAATGTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * * * *
1610648 TTTTGATAAAAACCAG-TTGTAATTCAAT-TTTAACTTGAGAAACGTGATGTGAAAGCAATCCAT
1 TTTTG-TTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * * * * * *
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* * * *
1610774 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTATAT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ** ** ** * * *
1610818 TTTTCATTGGAGTAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGCGAAAGCTATCCACT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
*** * ********** *
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*
1610947 TTTATAATC-CTATAAATT-CTTTTAAGTTGAATTTTTTT-CAGT
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* **
1611117 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTGCTTACAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
1611159 TTTTGCTAAAA-ATGGATTATAATTGAAT-TTTTCCTTGGGAAACATGATGTGAAAGCCATCCAT
1 TTTTGTTAAAACA--GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * * * * *
1611222 TAACATGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGTCTTGTTACTCGATTTAAATGG
64 TGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGG
* *
1611286 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAATTTGAATTCTTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
** * * * * *
1611330 TTTTGGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGGAACTTGAAGCAAAAGCTATCCATT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * *
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65 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTT
** ** * * * *
1611460 TTATAAAATTGTAATTAATTTTTAGTTTAATTTTTTTATAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * *
1611501 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTAT--CTCGAGAAATGTGAAGTGAAAGCCAACCAT
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* * * * * *
1611564 TGACAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACTCATGTCTTTG-ACGCCCTTATTCCTC-ACTTTAAGT
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* * *
1611626 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAGTTTTTTTTATAAT
126 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA-CAT
* * * * * * *
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1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * ** **
1611736 TGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAATCTTATTACTC-ACTTTAAATAA
64 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
* * * *
1611800 TTTTATCAATC-CATAGTTAATTTTAAGTTGAATATTTCTACAT
128 TTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
1611843 TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAAT-ATTACCTCGAGAAACACGAAGCAAAAGCTATCCATT
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * ** * * * *
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* ** ** *
1612306 TTTTACAGCCTTGTAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAAT
128 TTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
** * ** *
1612350 TTTT-TTAAAACAGAAGATAATTGGATGTTTGCCTT-AGGAAATGTGAAACGAAAGCCATCCATT
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * ** * * * *
1612413 GACTAA-AAAAGTCTAGTGATAGTCACTCATATCTTTGAAAGGCTTATTACACCG-TTTAAATAG
65 GAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGATTTAAATGG
* **
1612476 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGTAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * ***
1612518 TTTTGCTCAAAACCGATTATAATTGAAT-TTTCCCTAGGGAAACATGATGTGAAAGCTGCCCATT
1 TTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * *
1612582 AACATGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATAG-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATAG
65 GACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGG
* * * * **
1612645 TTTTATAATATCATAATTGACTTTAATTTAAATTATTTTTGTATT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-T
* * *
1612690 TTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCAAT-CAT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCC-ATCCAT
* * *
1612754 TGACAA-AAAAGGT-TCATTTACAGTCACTTATGCCTTC-AACAGCCTTAGTT-TTC-ACTTTAA
64 TGACAAGAAAA-GTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AGCCTTA-TTACTCGA-TTTAA
* * * * *
1612814 ATGGATTT-TAATCTCATAATTAATTTT-TGATTGAGTTTTGTTACAAT
124 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAC-AT
* * * * **
1612861 TTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAAGCGAAAGTTGA-CCATT
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAG-CCATCCATT
* * * * * *
1612925 GATGCAAG--AAGTCCATTCATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTTTTACT-TACTTTAAATG
65 GA--CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATG
* * *
1612987 ATTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATATTTTT-CAGT
127 GTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
** * * * * *
1613031 TTTCATCAAAACAG-TTAATAATTGGATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
1 TTTTGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * * * *
1613095 GGCTAA-AAAAGTCCATTGATAGTTACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAC-AGTTTAAATGG
65 GAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
** *
1613158 TTTTATGGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
* * * * * **
1613202 TTTT-TCTAAAA-ATCGATTATAATTGAAT-TTTACATCGAGAAACATGATGCAAAAGTGATCCA
1 TTTTGT-TAAAACA--GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCA
* * * * * * * *
1613264 TTGACATGCAAAGTCCATTGATAGTCAGTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCCG-TTTAAATG
63 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGATTTAAATG
********** *
1613328 GTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * * *
1613373 TTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAACCATCCACTG
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
* * * * * * *
1613438 TCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAACGATT
66 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTT
* * *
1613502 TTATAAACTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTCTTT-CAGT
130 TTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
*** * * * * * *** ** * * *
1613543 TTTCAATAAAACAGCTGATAATTGGATGTCTACCACAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCTATTG
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
* * * * * * * * *
1613608 ACTAGAAAAGTCCAGTGATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGGCTTATTACACCG-TTTAAATAGTC
66 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGATTTAAATGGTT
* * *
1613672 TGATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *
1613713 TTTCGCTAAAA-ATGAATTATAATTGAA--TTTGCCTCGAGAAACATGATGCGAAAGCCATCCAT
1 TTTTGTTAAAACA-G-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * *
1613775 T-A-AATGGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGATTTAAAT
64 TGACAA--GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT
* * * * * *
1613837 AGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAATTTGAAATTTTTTGCAT
126 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
1613882 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCTATT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * ** * * ** * * *
1613947 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCCTGCGTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTGAAATGGTT
65 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTT
* * * * *
1614012 TTATAATTTCGTAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTATAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
1614053 TTTTGGTTAAAACTGATCATAATTGAATATTTATCCTAG-GAAACGTGAACCGAAAGCTAACCAT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * * *
1614117 TGGCAAGAAAACT-TAATTTATACTTACTCATGCCTTCGAAAG-CTTGATTACTC-ACTTTAAAT
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* *
1614179 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TT-AAGTTTTTCACAT
126 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1614223 TTTCGGTTAAAAAAAATTTTAATTTAATGTTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGCGAAAGTCATCCAT
1 TTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* * * * * ** * *
1614287 TGAGATGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTC-ACTTTAAATGA
64 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
* * * *
1614351 TTTTATAAACTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTGTTTACTT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1614394 TTTTACTTAAAAGAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAACCCATGCATT
1 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * *
1614459 GACAAGTAAAGGT-TAGTTATAGTCATTCTTGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGT
65 GACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGT
** * * *
1614523 TTTATAATCTTGTAATTGATTTCACGTT-AATTTTTTTTATAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * * *
1614565 TTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAACCATCTATT
1 TTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * ** * * ** * *
1614630 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCGCAAGCCCTATT-CTCTCTTTAAACGATT
65 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTT
* * *
1614694 TTGTAATCTTATAAGTT-ATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTCTAGT
130 TTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC-A-T
** * ** * * * ** * *
1614738 TTTCATTAAAACAAATGGTAATTGGATGTTTGCCTTAAGATATGTAAAAC-AATAGCCATCCATT
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAA-AGCCATCCATT
* * * * * *
1614802 GACAAGAAACA-TCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGCAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGT
65 GACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGT
* * *
1614866 TTTATAAAT-TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTT
129 TTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
1614908 TTTTATCAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTG-CTCTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCACT
1 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * * ***
1614972 GACAAGAAAAGTGTATTCATAATCAATCATGCCTTTGAAAATATTATTACTC-ACTTTAAATGGT
65 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGT
********** *
1615036 TTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * ** **
1615078 TTTTGCTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAATTCATCCAT
1 TTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
* ********** * * *
1615142 TGATAAGAAAAGTCTANNNNNNNNNNCTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTC-ACTTTAAATAG
64 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
* *
1615206 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ********** **
1615249 CTTTAGTTAAAACAGATTATAATTNNNNNNNNNNCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATT
1 -TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
* * * * * * * * *
1615314 AACACGAAATGTCCATTTATAGTAACTGATGCCGTT-GAAAGCCTTTTTACTC-ACTTTGAATAG
65 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
*
1615377 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1615420 TTTT
1 TTTT
1615424 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5350, Mismatches: 1356, Indels: 566
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 8 0.00
162 38 0.01
163 68 0.01
164 5 0.00
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167 13 0.00
168 142 0.03
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
Found at i:1611464 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1608265--1615423 Score: 3822
Period size: 512 Copynumber: 14.0 Consensus size: 510
1608255 CTTTTAATGA
* * * *
1608265 TTTTA-TTAAAACAG-TTGATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACA-GAAAGTAAAAGCCATCCA
1 TTTTAGTTAAAATAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCA
** * * * * * * * ** *
1608327 TTGATTAGAAAAGTCCAGTGATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCGTTATTACGCTTTTTAAATAG
64 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
1608392 TTTTATAATGTCAT-AATTAATTTTAAGTTGAACTATTTTAT-ATTTTTGC-TTGAAAACAG-TT
129 TTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTCATTTTT-CATT-AAAACAGATT
* * * * * * * * * *
1608453 ATAATTGAAT-TTTTCCTCAAGAAACATGATGTGAAGGTCACCCATTAAC-ACAAAAAGTCCATT
189 ATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACTA-GAAAAGTTCATT
* * * * * *
1608516 TATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTTGTTGC-TCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
252 GATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACACCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
1608579 TGACTTT-AATTTAAATTCTTTTTGCATTTTTGGT-AAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTG
315 TGA-TTTCAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGCCTT
* * *
1608642 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTT
377 GAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * ** * *
1608706 AAAAGCCATAATA--CGTACTTCAAATGGTTTTATAAAGTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTT
441 GAAAGCCTTATTACTCG-A-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
*
1608769 TTTATAT
504 TTTACAT
* * * * * * * * *
1608776 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACGTCAAGCGAAAA-CCAACCAT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCAT
* * * * * * *
1608840 TAACAAGAAATATTC-ATTTATAGCCACTCATGCC-TTCAACAACTTTATTCCTCACTTTAAATG
65 TGACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
1608903 GTTTTATAATCTCAT-AATTCATTTTCAA-CTAAGATTTTTTACAATTTTT-GTCAAAATAGATC
128 GTTTTATAATCTTATAAATT-ATTTT-AAGTTGA-ATTTTTTTC-ATTTTTCATTAAAACAGATT
* * * * * * ** * * * *
1608965 ATAACTAAATGTTTGCC-TAGGAAAACACAAAGCAAAAGCTATCTATTGAC-ACGAGAAGTGCAT
189 ATAATTGAATATCTACCTTAAG-AAACATGAAGCGAAAGC-ATCCATTGACTA-GAAAAGTTCAT
* * * *
1609028 TTATAGTCACTCATGCCTTTG-AAAGTCTTATTACTCAC--TTAAAGTAATTTTATAATCTTATA
251 TGATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACAC-CGTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAT-
* * * ** * * ** ** *
1609090 AATT-ATTTTAAATT-AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACACCTGGTAATT-AGATGTTTACC
312 AATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGA-AT-TTTGCC
** * ** * * * *
1609151 TTGAGAAATGTGAGGCGAAAGTTATCCATAGGC-TAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTCATGCCT
375 TTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAT-GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCT
* *
1609215 TC-AACAACCTTATTA-TCCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
439 TCGAA-AGCCTTATTACT-CGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1609278 TTTTTACAT
502 TTTTTACAT
* * * * * * ** * **
1609287 TTTTACTAAAAACCAG-TTGTAATTCAAT-TTTACCTCGAGAAACATGATGCAAAAGTGATCCAT
1 TTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * * * *
1609350 TGACATGAAAAGTTTGTTGATAGACATTTAT-ACTTATGAAAGCCTTATTACTC-CGTTTAAATG
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATG
* * * * *
1609413 GTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAT-ATTTTTTATTAGAACATATTA
128 GTTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TCATTTTTCATTAAAACAGATTA
* * * * *
1609476 TAATTGAATGTTTACC-TAAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCACTAAC-ACGAAAAGTCCATT
190 TAATTGAATATCTACCTTAA-GAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACTA-GAAAAGTTCATT
* * * * * * *
1609539 TATAGTCACTCATGCATTT-AAAAGCCTTATTACTCAC-TTCAAACAATTTTATAATCTTATAAA
252 GATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACAC-CGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AA
* * * * * * *
1609602 TT-ATTTTAAGTTGAATTTCTTTTA-GTTTTT-ATTAAAATA-ACTGATAATTGGATGTTTGTCT
314 TTGATTTCAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGCTAAAAATAGA-TTATAATTGAAT-TTTGCCT
* * * * *
1609663 TGGGAAACATGAAGCGAAAGCCAT-CATTGAC-T-AGAAAGTCCAGTGATAGTCACTCATTCCTT
376 TGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGA-AAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* ** * * *
1609725 TGAAAGATTTATTA-TACCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTT
440 CGAAAGCCTTATTACT--CGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*
1609788 ATTTACAT
503 TTTTACAT
* * * * * * *
1609796 TGTT-GCTAAAA-ATGAATTATAATTTAAT-TTTGCCTCAGGAAACATGATGCGAAAGCCATCCA
1 TTTTAGTTAAAATA-G-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* *** * * * * * *
1609858 TTAACATCCAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTTAATTTAAATG
64 TTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * ** *
1609922 GTTTTATAATCTCAT-AATTGACTTTAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTA
128 GTTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-CATTTTTCATTAAAACAGATTA
* * * * * * * * * * *
1609986 TAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCCACTGACAAAAAAAG-TCTATTT
190 TAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGC-ATCCATTGACTAGAAAAGTTC-ATTG
** * * * * ** *
1610050 ATAGTCACTCACACCTTCG-AAAGCCTTATTACTCAC-TTCAAATGGTTTTATAAAATTATAATT
253 ATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACAC-CGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * ** *
1610113 AATTTTTAA-TTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTATCTCG
316 GA-TTTCAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGCCTTG
* * * * * * * * *
1610177 AGAAACGTGAAGTGAATGCCAACCATGGATA-AAAAAGTTCATTTATAATCACTCATACCTTCGA
378 AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * *
1610241 CAGCCTTATTCCTC-ACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTT
443 AAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT
*
1610304 TACAA
506 TACAT
* * * * * * **
1610309 TTTTAGTTAAAACATATCATAATTGAATGGTTGCC-TAGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCAT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * *
1610373 TAACATGAGAAGTGC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGA
65 TGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
********** * * *
1610437 NNNNNNNNNNTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTT-AGTTTTT-GTTAAAAC-GCCTGATA
129 TTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA-TTTTTCATTAAAACAG-ATTATA
* * * * * * * * *
1610499 ATT-AGATGTTTACCTTGAGAATCATGAGGTGAAAGTCATCCATT-AGCTATAGAAGTCCATTGA
192 ATTGA-ATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGA-CTAGAAAAGTTCATTGA
* * * ** * * * *******
1610562 TAGTTACTCATGCATTCGAAATCCTTATTA-ATCAGTTTAAATGGTTTTATAATGTCNNNNNNNN
254 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACA-CCGTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTG
** * * * * **
1610626 NNTT-AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATAAAAACCAG-TTGTAATTCAATTTTAACTTGAGA
317 ATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAA-TAGATTATAATTGAATTTTGCCTTGAGA
* * * * * * *
1610688 AACGTGATGTGAAAGCAATCCATTGTCATGAAAAG-TCTATTGATAGTCACTCATGCTTTC-AGA
381 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-A
* * * * * *
1610751 AGCTTTATTACTCCG-CTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTA
444 AGCCTTATTACT-CGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
1610815 TAT
508 CAT
** * * * * * *
1610818 TTTTCA-TTGGAGTAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGCGAAAGCTATCCAC
1 TTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
*** * ********** *
1610882 TGACCTCAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTCACTTTAAATGAT
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
1610947 TTTATAATCCTATAAATTCTTTTAAGTTGAATTTTTTTCAGTTTTCATTAAAACAGCTGATAATT
130 TTTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATTATAATT
* * * * ** * *
1611012 GGATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGCGAAAGACATCAATTGACTAGAAAAGCCCAGTGATAATC
195 GAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACTAGAAAAGTTCATTGATAGTC
1611077 ACTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACACCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
259 ACTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACACCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
** * * * *
1611142 GTTGAATTTGCTTACATTTTTGCTAAAAATGGATTATAATTGAATTTTTCCTTGGGAAACATGAT
324 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAATTTTGCCTTGAGAAACATGAA
* * * * * *
1611207 GTGAAAGCCATCCATTAACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGTCTTGTTA
389 GCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* *
1611272 CTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAATTTGAATTCTTTTTACAT
454 CTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
* * * * * * *
1611330 TTTTGGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGGAACTTGAAGCAAAAGCTATCCATT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
1611395 GATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCATGCCTTCGAGAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** * * * * ** *
1611460 TTATAAAATTGT-AATTAATTTTTAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
131 TTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTCATTAAAACAGATTATAAT
* ** ** * * *
1611524 TGAATAT-TATCTCGAGAAATGTGAAGTGAAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTTCATTTG-TAG
194 TGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACTAGAAAAGTTCA-TTGATAG
* **** * * * *
1611587 TCACTCATGTCTTTGACGCCCTTATTCCTCAC-TTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
257 TCACTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACAC-CGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * * * * * **
1611651 TTAGTTGAGTTTTTTTTATAATTTTAGTTAAAACA-A-ATCATAATTGAACAGTTGCCTATG-GA
321 CAAGTTGA-ATTTTTTTA-CATTTTTGCTAAAA-ATAGATTATAATTGAA-TTTTGCCT-TGAGA
* * * *
1611713 AACATGAAGTGAAAGCTATCTATTGAC-TAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAA
381 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAT-GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
** ** * * * *
1611776 AATCTTATTACTC-ACTTTAAATAATTTTATCAATC-CATAGTTAATTTTAAGTTGAATATTTCT
444 AGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1611839 ACAT
507 ACAT
* * * ** * *
1611843 TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAAT-ATTACCTCGAGAAACACGAAGCAAAAGCTATCCATT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
1611907 GACATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAACGGTT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * ** ** *
1611972 TTAGAATCTTAT-AATTGATTTCTTAAATTTATTTTTTTATATATTTTTGGTTTGAACAAATTAT
131 TTATAATCTTATAAATT-A-TT-TTAAGTTGAATTTTTT-T-CATTTTTCATTAAAACAGATTAT
* * * * *
1612036 AATTAAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGTGAAAGCAACCATTGA-TAAGAAAAGTTCAATT-A
191 AATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGCATCCATTGACT-AGAAAAGTTC-ATTGA
* * ** *
1612099 TAGTCATTCATGCC---------C-TATTACTCTTTTTAAAT-GACTTTATAATCTCATAATTGA
254 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACACCGTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* ** ** * ** * * ** *
1612153 TTTTC-AGTTGATTAATTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTATGGTTGAGTGCTTATC-TCA
318 -TTTCAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGCCTTGA
* * * *
1612216 GGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCACTTGTAC--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
379 -GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCA-TTG-ACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * ** **
1612279 GAAAGCCTTATTACTAGCTTCATATGATTTTACAGCCTTGTAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTT
441 GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
*
1612343 TTTAAAT
504 TTTACAT
* ** * * ** * *
1612350 TTTT--TTAAAACAGAAGATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAACGAAAGCCATCCATT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * ** * * *
1612413 GACTAA-AAAAGTCTAGTGATAGTCACTCATATCTTTGAAAGGCTTATTACAC-CGTTTAAATAG
66 GAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGG
* * *
1612476 -TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGT-ATTTTTGC-TCAAAACCGATTA
129 TTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TCATTTTT-CATTAAAACAGATTA
* * * * * *
1612537 TAATTGAAT-T-TTCCCTAGGGAAACATGATGTGAAAGC-TGCCCATTAAC-ATGAAAAGTTCAT
190 TAATTGAATATCTACCTTA-AGAAACATGAAGCGAAAGCAT--CCATTGACTA-GAAAAGTTCAT
* * * * *
1612598 TTATAGTCACTCATAG-CTTCG-AAAGCCTTGTTAC-TCGATTTAAATAGTTTTATAATATCATA
251 TGATAGTCACTCAT-GCCTTTGAAAAG-CTTATTACACCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * * *
1612660 ATTGACTTT-AATTTAAATTATTTTTGTATTTTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTTC
313 ATTGA-TTTCAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGC
* * * *
1612724 CTTGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCAAT-CATTGACA-AAAAAGGTTCATTTACAGTCACTTATGC
374 CTTGAGAAACATGAAGCGAAAGCC-ATCCATTGACATGAAAA-GTTCATTTATAGTCACTCATGC
* * * *
1612787 CTTC-AACAGCCTTAGTT-TTC-ACTTTAAATGGATTT-TAATCTCATAATTAATTTT-TGATTG
437 CTTCGAA-AGCCTTA-TTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG
* * *
1612847 AGTTTTGTTACAA
498 AATTTTTTTACAT
* * * * **
1612860 TTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACATGAAGCGAAAGTTGA-CCA
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGCAAAAG-CCATCCA
* * * * *
1612923 TTGATGCAAG--AAGTCCATTCATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAAAT
64 TTGA--CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
1612986 GATTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATATTTTTCAGTTTTCATCAAAACAG-TTAAT
127 GGTTTTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATT-AT
* * * * *
1613050 AATTGGATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCTAAAAAAGTCCATTGAT
191 AATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACTAGAAAAGTTCATTGAT
* * * * * **
1613115 AGTTACTTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACACAGTTTAAATGGTTTTATGGTCTCATAATTGAT
255 AGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACACCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1613179 TTTAAGTTGATTGTTTTTTACATTTTTTCTAAAAATCGATTATAATTGAATTTTACATCGAGAAA
319 TTCAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAATTTTGCCTTGAGAAA
* * ** * * * * * * *
1613244 CATGATGCAAAAGTGATCCATTGACATGCAAAGTCCATTGATAGTCAGTCATACTTTCAAAAGCC
383 CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
********** * *
1613309 TTATTACTCCG-TTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAG
448 TTATTACT-CGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1613372 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAACCATCCACT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * *
1613437 GTCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGATT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
1613502 TTATAAACTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTCTTTCAGTTTTCAATAAAACAGCTGATAATTG
131 TTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ** * * * *
1613567 GATGTCTACCACAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCTATTGACTAGAAAAGTCCAGTGATAGTCA
196 AATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGC-ATCCATTGACTAGAAAAGTTCATTGATAGTCA
* * * * *
1613632 CTCATGCCTTTGAAAGGCTTATTACACCGTTTAAATAGTCTGATAATCTAATAATTGATTTTAAG
260 CTCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACACCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG
* * * *
1613697 TTGAATTTATTTACATTTTCGCTAAAAAT-GAATTATAATTGAA-TTTGCCTCGAGAAACATGAT
325 TTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAG-ATTATAATTGAATTTTGCCTTGAGAAACATGAA
* * * *
1613760 GCGAAAGCCATCCATT-AAATGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGTCTTATT
389 GCGAAAGCCATCCATTGACAT-GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * *
1613824 ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAATTTGAAATTTTTTGCAT
453 ACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
1613882 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCTATT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * ** * * * * * *
1613947 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCCTGCGTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTGAAATGGTT
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* * ** * *
1614012 TTATAAT-TTCGT-AATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACTGATCATA
131 TTATAATCTT-ATAAATT-ATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TCATTTTTCATTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * * *
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* * * * *
1614138 ACTTACTCATGCCTTCG-AAAGCTTGATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
255 AGTCACTCATGCCTTTGAAAAGCTT-ATTACAC-CGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
1614201 TTTTCAA-TT-AAGTTTTTCACATTTTCGGTTAAAAA-AAATTTTAATTTAATGTTTGCCTT-AG
318 -TTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGCTAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGCCTTGA-
* * * * * * **
1614262 GAAACGTGAAGCGAAAGTCATCCATTGAGATGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAA
379 GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * * * *
1614327 AGCCTTATTAGTC-ACTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTGTTTA
444 AGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
1614391 CTT
508 CAT
* * * * *
1614394 TTTTACTTAAAAGAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAACCCATGCATT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
1614459 GACAAGTAAAGGT-TAGTTATAGTCATTCTTGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG
66 GACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGG
* * * * * * *
1614522 TTTTATAATCTTGT-AATTGATTTCACGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTAT
129 TTTTATAATCTTATAAATT-ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTTTCATTAAAACAGATTAT
* * * ** * * * * *
1614585 AATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAACCATCTATTGGC-ATGAAAAGTCCATTTA
191 AATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCG-AAAGCATCCATTGACTA-GAAAAGTTCATTGA
** * * * * * * *
1614649 TAGTTGCTCATGCCTTCG-CAAGCCCTATT-CTCTC-TTTAAA-CGATTTTGTAATCTTATAAGT
254 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACAC-CGTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAA-T
* * * * * * ** *
1614710 T-ATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTCTAGTTTT-CATTAAAACAAATGGTAATTGGATGTTTGCCT
315 TGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTTAC-ATTTTTGC-TAAAAATAGATTATAATTGAAT-TTTGCCT
* * ** * * * * *
1614773 TAAGATATGTAAAAC-AATAGCCATCCATTGACAAGAAACA-TCCATTTATAGTCAATCATGCCT
376 TGAGAAACATGAAGCGAA-AGCCATCCATTGACATGAAA-AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * * * *
1614836 TCGCAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAT-TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
439 TCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*
1614900 TTTTACTT
503 TTTTACAT
* * * * * * * *
1614908 TTTTA-TCAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTG-CTCTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAC
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * ***
1614971 TGACAAGAAAAGTGTATTCATAATCAATCATGCCTTTGAAAATATTATTACTCACTTTAAATGGT
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
********** * * *
1615036 TTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGC-TTAGAATAGATTATAA
130 TTTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTT-CATTAAAACAGATTATAA
* * ** * ** * *****
1615100 TTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAATTCATCCATTGA-TAAGAAAAG-TCTANNNNN
193 TTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAA-GCATCCATTGACT-AGAAAAGTTC-ATTGAT
***** * * *
1615163 NNNNNCTCATGCCTTTG-AAAGCCTTATTGCTCAC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGA
255 AGTCACTCATGCCTTTGAAAAG-CTTATTACAC-CGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
** * * * *********
1615226 TTTTGAGTTGAATTTTTTTACATCTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTNNNNNNNNNNCTTGAGA
318 TTTCAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGCTAAAAATAGATTATAATT-GAATTTTGCCTTGAGA
** * * * * * *
1615290 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAACACGAAATGTCCATTTATAGTAACTGATGCCGTT-GAAA
381 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAA
* * * *
1615354 GCCTTTTTACTC-ACTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAC
445 GCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
1615418 AT
509 AT
1615420 TTTT
1 TTTT
1615424 TGNNNNNNNN
Statistics
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0.74 0.17 0.08
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
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GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTG
AATATCTACCTTAAGAAACATGAAGCGAAAGCATCCATTGACTAGAAAAGTTCATTGATAGTCAC
TCATGCCTTTGAAAAGCTTATTACACCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAATAGATTATAATTGAATTTTGCCTTGAGAAACATGAAGC
GAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
CGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
Found at i:1616207 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1615622--1617030 Score: 777
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 168
1615612 GCAAATATGT
* * * * * *
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* * * * * * * * * **
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65 AACCATTTAAAATGAGTAATAA-GATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCATAT
* * * * * * * *
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* * * * * * ** **
1615793 AATTATAATATGTTTTAACCAGCAATACAAAAAAAATTGAACCGAAAATCAATTACAATG-TTAT
1 AATTATAATCTATTTTAACCA--AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* * * * * **
1615857 AAAACCATTT--GATGCAAGCAATAAGGTTTTCTATGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTT
63 AAAACCATTTAAAATG--AGTAATAAGATTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCA
* * * * * * * * *
1615920 TGTCAATGGATAGTTTTTGCT-GCACATTTCTCAAGCTG-AACATTT
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* * *
1615965 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAAGAATTCGAA-TTATAATCAATTATGAGATTAT
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAA-AATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1616029 AAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGATGTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCATG
63 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGAT-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATA
* *
1616094 TTAATAGATGGCTTTTGTATCATGTTTCTTAAGGAAAAATTC
127 TTAATGGATGGCTTTTGTATCACGTTTCTTAAGGAAAAATTC
** * * * *
1616136 AATTATAATCCGTTTTTAGCAAAAATATAAACAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
1616201 AACTATTT-AAAT-AGTATAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATCACTAGACTTTTC-TA
65 AACCATTTAAAATGAG--TAATAAG-ATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATA
* * ** *
1616263 GT-A--GATGGCTTTCGCT-TCACGTTTCCCAA-AAAAAATTC
127 TTAATGGATGGCTTTTG-TATCACGTTTCTTAAGGAAAAATTC
* * ** * * ** * *
1616301 AATTATCAGCTATTTTAATGATAACTA-AAAAAATTCAGGTTAAAAT-AATTTATAAGATTATAG
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAA
* * * * * * *
1616364 AATCGTTTAAAGTGAGTAATGAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCATGTT
65 AACCATTTAAAATGAGTAATAAGATTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATT
* * * * *
1616428 AGTGGATGGCTTTTACTA-CATGTTT-TCTGAGGCAAACATTC
129 AATGGATGGCTTTT-GTATCACGTTTCT-TAAGG-AAAAATTC
* * * * * * *
1616469 AATTATAATCTATTCTAACCAACACTGTCAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAT
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** * * * *
1616534 AACCATTT-AAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATCTATGGAGTTTTCGTAC
65 AACCATTTAAAAT-GAGTAATAA-GATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATAT
* ** * * * ***
1616598 CAATGGATCACTTTTGCATCATGTTTCTTGATTTAAAATTC
128 TAATGGATGGCTTTTGTATCACGTTTCTTAAGGAAAAATTC
* * *
1616639 AATTATAAT-TGGTTTTTAGCAAAAATATAAAAAAAAATT-AACTTAAAAAATCAATTATGAGAT
1 AATTATAATCT-ATTTTAACCAAAAATAT---AAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
1616702 TCTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
60 TATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAA-GATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
1616766 TTCTTAATGTATGGCTGTTGTTTTACGTTT-TTCATGGAAAACATTC
124 ATATTAATGGATGGCTTTTGTATCACGTTTCTT-AAGGAAAA-ATTC
* * * * * *
1616812 AATTATAATATGTTTTGACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAAAATCAATTATGAGATTAC
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
1616877 AAAACCATTTAAAGTGACTAATAA-AGTTTTCAATGGCATGAGTGACTATACATGGACTTTTCTT
63 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGA-TTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
* * * *
1616941 ATCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACATTTCTCAAGGAAGACATTC
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1616985 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA
1617031 NNNNNNNNNN
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TGGATGGCTTTTGTATCACGTTTCTTAAGGAAAAATTC
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* * * * * *
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* ** * * **
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* *
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* * * * * ** *
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* * *
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* *
1616857 AAAATCAATTATGAGATTAC-AAAACCATTTAAAGTGACTAATAAAG-TTTTCAATGGCATGAGT
1 AAAATCAATTATGAGATT-CTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTCAA-AGCATGAGT
* * * * * *
1616920 GACTATACATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTC
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* * *
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1 A
1617031 NNNNNNNNNN
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CTATCATGGACTTTTCTACCAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTTTCATGGAAAACATTCAATT
ATAATATGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAA
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1617191 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
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** * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * ** ** * *
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* **
1617715 TGT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGGGAT
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* * * * ** *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
1618058 TCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAATAAAAATTCAATTTAAAA-AAATTTATAAGAT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATAAGAT
** * * * * * *
1618122 TATAAAACCATTTAAAAAGAGTGATAAGACTTTCAAAGGCATGACTAACTATAAATGGGCTTTTC
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * ** * *
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66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
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* * * **
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1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * * ** *
1618466 ATAAAACCATTTAAAG-CATGCAAAAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAAGTTTTC
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* * * * *
1618530 TTATCAATGGATAGCTTTTACTTCACATTTC-CTGAGGCAGATA
129 TTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTC-GAGGAAAACA
* * * * * * * *
1618573 TTTAATTATAATCTATTGTAACCAAAAATACAAAAAGAATTCAACTTTAAGTCAATTACAAGATT
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* * *
1618638 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTGACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-T
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* * * *
1618701 TGTCTTAATGGAT-GACTTTTACATGACGTTTCTCGA-GATAAACA
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * *
1618916 TAT-AATTATCAA-CTGTTTTAA-TGAAAA-CTAAGAAAACTCAACTTAAAAT-AATTTATAATA
1 T-TCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATAAGA
* * * * * * * *
1618976 TTATAAAATCGTTTAAAATGAGTAATATGGGTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** *
1619041 CGTGTCAATGGAT-GACTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAAACA
128 CTTGTCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGAAAACA
* * * *
1619085 TTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
** * ** * *
1619150 TAAAATTATTTAAAGCGACAAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
1619215 GTGAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGATAACA
131 GTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGAAAACA
* * * * **
1619256 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAAT-AACCTAAAATCAATTACGAGA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--T-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* ** * * * * **
1619320 TTATAAAACTATTTAAACAGAGTAATAGGGCCTTCGAAGGCATTAATGACTATCGATGGACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * *
1619385 CTAGTTAATGGAT-GACTTTCGCTTCATGTTTCT-TATGGCAGACA
128 CTTGTCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACATTTCTCGA-GGAAAACA
** * * * *
1619429 CCCAATTATCAA-CTATTTTAA-TGAAACT-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTATAAGAG
1 TTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATAAGAT
** * * * * * *
1619490 TATAAAATTATTTAAAATGCGTAATATGGGTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** * **
1619555 ATGTTAGTGGAT-GACTTTTGCTTCATGTTT-TTGAGCCAAACA
129 TTGTCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGAAAACA
* * * * *
1619597 TTCAATCATAATCTGTTTTAA-TGAAATATATAAAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * *
1619661 ATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAAT-GACCTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * ** * *
1619725 CGTCAATGGTTGGCTTTCGCTTCGCTTTTCTAGAGCCATATA
130 TGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGAAAACA
* * *
1619767 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACAATT-AACTTAAAAATCAATTATGAGA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGA
* * * * ** * * *
1619831 TTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTCTCAAAGGCATGTTTAATTATAAATAGACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
1619896 TTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCACATTTCCCGAGGTAGACA
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* * * * * * ** *
1619940 TTTAATTCTAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTGAAATCAACCATGAA-TTT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATT
* * *
1620004 GTAATATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
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1620041 CCTATTCATT
Statistics
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0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGAAAACA
Found at i:1618001 original size:343 final size:343
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Indices: 1617350--1619293 Score: 755
Period size: 343 Copynumber: 5.7 Consensus size: 343
1617340 TAGCTTTCGC
* * *
1617350 TTCATGTGTCCTGAGGTAAATATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAA
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* * * *
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** * * ** * *
1617480 AGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATTGATGACTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGAAAACAT
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* * * * * *
1617545 TCAATTATAATTTATTTTAAGTAAAAATGTAGAAAAATTAAACTTGAAATCAACTATGAATTTGT
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* * * * *
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325 ATCATTGGATAGTTTTTAT
* * *
1617693 TTCATGTTTCCT-AGGGTAAACATGTAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAACTC
1 TTCATGTGTCCTGA-GGTAAACATGTAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAACTC
* ** * ** * * * *
1617756 AA-TT-GAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
64 AACTTAAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCAAAGGCA
*
1617819 TGAGTGACTATAAATAAACCTTTCGTATCAATTGAT-AGCTTTTTCTTCACATGTCTCGAGGAAA
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** * * * *
1617883 ACATTCAATTATAATCTATTTTTTCTAAAAAAAAGTA-AAGAATTCAAC-TCACAATTAATTATA
192 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT--AAAAAAGTAGAAAAATTAAACTTCA-AATCAACTATA
*
1617946 AGATTAG-AAAATC-ATTTAAACTAAATAATA-AGGCTTTT-AAGAGCATGGGTGACTATAAATG
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*** ** * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * *
1618100 AATTTAAAAAA--ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTGAT-AAGACTTTCAAAGGC
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* * *** * * * * * * *
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* * * * * * ** * **
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* * * * ** * * * *
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253 AAATTAGTAAAACAATTTAAACTAAATAATAGA-GCTTTTGAAAG-CATGAGTG-ACTATAAATG
** * * ***
1618350 AACTTTTCTTGTCAATGGTTAGCTTTCGCT
315 AACTTTTCTAATCATTGGATAG-TTTTTAT
* * * * * * * * *
1618380 TCACAT-TTTCC-AAGGCAAATAT-TCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAATT
1 T-TCATGTGTCCTGAGGTAAACATGT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AACT
** * *
1618442 CAACTT--AAAATCAATTATAATTTTATAAAACCATTTAAAGC-A-TGCAA-AAAGGCTTTCGAA
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* * * * * *
1618502 GGTATGAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTATCAATGGAT-AGCTTTTACTTCACATTTC-CTGA
125 GGCATGAGTGACTATAAATAAA-CTTTCGTATCAATTGATGA-CTTTTGCTTCACATGTCTC-GA
* * * * * * * * * * * *
1618565 GGCAGATATTTAATTATAATCTATTGTAACCAAAAATA-CAAAAAGAATTCAACTTTAAGTCAAT
187 GGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-AGTAGAAA-AATTAAACTTCAAATCAAC
* * * * * *
1618629 TACAAGATTA-TAAAACCATTTAAAGC-GAGTGACA-AG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
250 TATAA-ATTAGTAAAACAATTTAAA-CTAAAT-A-ATAGAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATA
* * * * *
1618690 AATGGACTTTT-T-GTCTTAATGGAT-GACTTTTAC
311 AATGAACTTTTCTAATC--ATTGGATAG-TTTTTAT
* * * * * * * * * *
1618723 ATGACGT-TTCTCGAGATAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTTA-CAAAAAAAATAAAAAAATT
1 TTCATGTGTCCT-GAGGTAAACATGT-AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAACT
* * * * ** **
1618785 CAACCT--AAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTT-AAACGGAATAATAGGGCTTTTGAAGG
63 CAACTTAAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAC-GACTAATAAAGCTTTCAAAGG
* ** ** * * * * *
1618847 AATGAGTGACTATCGATGGACTTTTC-TAGGCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCTC-ATGA
127 CATGAGTGACTATAAATAAAC-TTTCGTA-TCAATTGATGACTTTTGCTTCACATGTCTCGAGGA
* * * * * * * *
1618910 CAGACATAT-AATTATCAA-CTGTTTTAA-T-GAAAACTA-AGAAAACTCAACTTAAAAT-AATT
190 -AAACAT-TCAATTAT-AATCTATTTTAACTAAAAAAGTAGA-AAAATTAAACTTCAAATCAA-C
* * * * * * *
1618969 TATAATATTA-TAAAATC-GTTTAAAATGAGTAATATG-G-GTTTCAAAGGTATGAGTGACTATA
250 TATAA-ATTAGTAAAA-CAATTTAAACTAAATAATA-GAGCTTTTGAAA-GCATGAGTGACTATA
* * * **
1619030 AATGAACTTTTCGT-GTCAATGGATGACTTTTGCT
311 AATGAACTTTTC-TAATCATTGGAT-AGTTTTTAT
* * * * * * *
1619064 TCACAT-T-TCTTAAGGTAAACAT-TCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATATAAACAAATT
1 T-TCATGTGTCCTGAGGTAAACATGT-AATTATAAT-ATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACT
* ** * * * * *
1619125 CAACTT--AAAATTAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGACAAATAAGGCTTTCGAAGAC
63 CAACTTAAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCAAAGGC
* ** * * * * * * * * * *
1619188 ATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGATA
128 ATGAGTGACTATAAATAAAC-TTTCGTATCAATTGATGACTTTTGCTTCACATGTCTCGAGGAAA
* * * *
1619253 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
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Statistics
Matches: 1234, Mismatches: 274, Indels: 187
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (343 bp):
TTCATGTGTCCTGAGGTAAACATGTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAA
CTTAAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
AGTGACTATAAATAAACTTTCGTATCAATTGATGACTTTTGCTTCACATGTCTCGAGGAAAACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAGTAGAAAAATTAAACTTCAAATCAACTATAAATTAGT
AAAACAATTTAAACTAAATAATAGAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAA
TCATTGGATAGTTTTTAT
Found at i:1618296 original size:515 final size:505
Alignment explanation
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Period size: 515 Copynumber: 5.2 Consensus size: 505
1617191 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * *
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1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** ** * * *
1617266 TAAAGGC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCGTAAGTGACAATAAATGAACTTTTCT
66 TAAA-ACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAGATGAACTTTTC-
* * * ** * * * * * * **
1617330 TGTCAAT-AATTAGCTTTCGCTTCATGTGTCCTGAGGTAAATATTTAATTATAATATATTTTAAT
129 TATCAATGGA-TAGCTTTTGCTTCACAT-T-CTCAGGAAAACATTCAATTATAATCTTTTTTTCT
* * * * * * * *
1617394 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAATCAATTATAAGATTCTAACACCATTTAAAGC-GAC
191 AAAAAAAAT-AAAAAATTCAACTT---AAATTAATTATAATATTATAAAATCATTTAAA-CTGAA
* * * * * *
1617458 TAATAAAGTTTTCAA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATTGATGACTTTTG
251 TAATAAGGCTTTCAAGA-GTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTA
** * * * ** * * *
1617521 CTTCATGTTTTTCGAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTAAGTAAAAATGTAGAAAAATTAA
315 CTTCACATTCTTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* ** * * * * * * * *
1617586 ACTTGAAATCAACTATGAA-TTTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT-AGAGCTTTTGAAAGCAT
380 A-TTTAAAAAAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAG-GCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * * *
1617649 TATTGACTATAAATAGACTTTTC-TAATCATTGGATAGTTTTTA-TTTCATGTTTC-CTAGGGTA
442 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGT-ATCAATGGAT-GCTTTTACCTT-ACGTTTCTC-AAGG-A
1617711 AACA
502 AACA
* * *
1617715 TGT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGGGAT
1 T-TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
1617778 TATAAAACTATTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACCTTTC
64 TATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAGATGAACTTTTC
* *
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129 -TATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACAT-TCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATCT-TTTTTTC
* * * * *
1617908 TAAAAAAAAGTAAAGAATTCAACTCACAATTAATTATAAGATTAGAAAATCATTTAAACTAAATA
190 TAAAAAAAA-TAAAAAATTCAACTTA-AATTAATTATAATATTATAAAATCATTTAAACTGAATA
* * * * * * *
1617973 ATAAGGCTTTTAAGAGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAACGAATGACTTTTTCTT
253 ATAAGGCTTTCAAGAGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTACTT
* * * *
1618038 TACATTCTTCGAGACAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAATAAAAATTCAAT
318 CACATTCTTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAA-AAAAATTCAAT
** * * *
1618103 TTAAAAAAATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTGATAAGACTTTCAAAGGCATGACT
382 TTAAAAAAA-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * ** *
1618168 AACTATAAATGGGCTTTTCGTATCAATGGATAGCTTTTACCTTATATTTCCCAAGGCAAACA
446 GACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGAT-GCTTTTACCTTACGTTTCTCAAGG-AAACA
* * * * *
1618230 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAACTCAA-CTGAAAATTATTTATGAGATT
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATT
* * *
1618294 ATAAAACTATTTAAAGTGAGGAATAAGGATTTCGAA-GATATGAGTGAAC-ATAGATGAACTTTT
65 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAT-TGAGTG-ACTATAGATGAACTTTT
* * * * * * * * **
1618357 CTTGTCAATGGTTAGCTTTCGCTTCACATTTTCCAAGGCAAATATTCAATTATAGTATGTTTTAA
128 C-TATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTCT-C-AGGAAAACATTCAATTATAATCT-TTTTTT
* * * * *
1618422 CCAAAAATATAA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAATTTTATAAAACCATTTAAAGCATG
189 CTAAAAA-A-AATAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATAATATTATAAAATCATTTAAA-C-TG
* * * *
1618486 CA-AA-AAGGCTTTCGAAG-GTATGAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTATCAATGGAT-AGCTT
249 AATAATAAGGCTTTC-AAGAGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGA-CTT
* * * * * *
1618547 TTACTTCACATT-TCCTGAGGCAGATATTTAATTATAATCTATTGTAACCAAAAATACAAAAAGA
312 TTACTTCACATTCTTC-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-A
*** * *
1618611 ATTCAACTTTAAGTCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGACAAGGCTTTCGAAGG
375 ATTCAA-TTTAAAAAAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
1618676 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTCTTAATGGATGACTTTTACATGACGTTTCTCGAGATA
439 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATG-CTTTTACCTTACGTTTCTCAAG-GA
1618741 AACA
502 AACA
* * * * * *
1618745 TTCAATTATAATCTGTTTTTACAAAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * *
1618810 TAAAACCATTTAAACGGAATAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATCGATGGACTTTTCTA
66 TAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAGATGAACTTTTCTA
* * * * *
1618875 GGCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCTCATGACAGACATAT-AATTATCAA-C--TGTTT-T
131 -TCAATGGATAGCTTTTGCTTCACA-TTCTCAGGA-AAACAT-TCAATTAT-AATCTTTTTTTCT
* * * * * * *
1618935 AATGAAAACTAAGAAAACTCAACTTAAAATAATTTATAATATTATAAAATCGTTTAAAATGAGTA
191 AA-AAAAAATAA-AAAATTCAACTTAAATTAA-TTATAATATTATAAAATCATTTAAACTGAATA
* * * *
1619000 ATATGGGTTTCAA-AGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGACTTTTGCT
253 ATAAGGCTTTCAAGA-GTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTACT
* * *
1619064 TCACATTTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAATC-AGTTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCA
317 TCACA-TTCTTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * ** *** *
1619127 ACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGACAAATAAGGCTTTCGAAGACATGA
380 ATTTAAAA-AAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
1619192 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATGGATGGCTTTT-GCTTCACGTTTTTCAAGGATAACA
444 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGAT-GCTTTTACCTT-ACGTTTCTCAAGGA-AACA
* * *
1619256 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAAT-AACCTAAAATCAATTACGAGA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA--T-ATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1619320 TTATAAAACTATTTAAACA-GAGTAATAGGGCCTTCGAAGGCATT-AATGACTATCGATGGACTT
63 TTATAAAACTATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAGATGAACTT
* * ** * * * ** *
1619383 TTCTAGTTAATGGAT-GACTTTCGCTTCATGTTTCTTATGGCAGACACCCAATTATCAA-CTATT
126 TTCTA-TCAATGGATAG-CTTTTGCTTCA-CATTCTCA-GGAAAACATTCAATTAT-AATCTTTT
** * *** * * * * * *
1619446 TTAATGAAACTTA-AAAAAATTCAACTTAAAATAATTTATAAGAGTATAAAATTATTTAAAATGC
186 TTTCTAAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAATTAA-TTATAATATTATAAAATCATTTAAACTGA
* * * * * * * *
1619510 GTAATATGGGTTTTGAAG-GCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCATGTTAGTGGATGACTTT
250 ATAATA-AGGCTTTCAAGAGTATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTT
* ** * * * * ** * *
1619573 TGCTTCATGTT-TTTGAGCCAAACATTCAATCATAATCTGTTTTAATGAAATATATAAAAAAACT
313 TACTTCACATTCTTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * ** *
1619637 CAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
378 CAATTTAAAAA--AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCA
* *
1619701 TGACTGACTATAAAT-GACCTTTCTCG--TCAATGGTTGGC-TTT-CGCTT-CGCTTT-TCTAGA
441 TGAGTGACTATAAATGGA-CTTT-TCGTATCAATGGAT-GCTTTTAC-CTTACG-TTTCTC-A-A
* * *
1619759 GCCATATA
499 G-GAAACA
* * * * * *
1619767 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACAATTAACTTAAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-ACTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAT
* ** *
1619832 TATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCT
64 TATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
1619863 CTCAAAGGCA
Statistics
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Consensus pattern (505 bp):
TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAGATGAACTTTTCTA
TCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTCTCAGGAAAACATTCAATTATAATCTTTTTTTCTAAAAA
AAATAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATAATATTATAAAATCATTTAAACTGAATAATAAGGCT
TTCAAGAGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTACTTCACATTCT
TCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAAAAA
TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
GGACTTTTCGTATCAATGGATGCTTTTACCTTACGTTTCTCAAGGAAACA
Found at i:1620471 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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** * * * * * **
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1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * * * * *
1620146 AAATCCCTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTAAATTTTTTA
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
1620211 ACA-TTTTGGTTAAGACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCA
129 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT-GCTCA
* * * * * *
1620252 AGAAACATGAA-AAAAACCACATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCATTTG
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGC-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * *
1620316 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATATTTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * **
1620381 ATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGGATGCATCA
129 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGC-TCA
* * * * *
1620423 AGAAATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * * ** * *
1620488 AAGCCTTACTATTCGCTTTAAATGATTGTCCAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
1620553 TATTTTTGGTTAAACATAAATAATAATTGAATGTTTGTCTCA
130 TATTTTTGGTTAAA-ACAGATAATAATTGAATGTTTG-CTCA
* * ** * ****
1620595 AAAAACTTGT-AGAAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCNNNN
1 AGAAAC--GTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
****** * * **
1620659 NNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATGTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT
* * * * *
1620724 T-TCA-TTTTGGTTCAAATAGATAACAATTGAATGTCTACTTCA
128 TAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGC-TCA
* * * * * * * *
1620766 GGAACCATGAAG-AAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
************** * * *
1620830 AAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
1620895 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTGGCTTA
130 TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT-GCTCA
* * * * * * *
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1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * * * * * *
1621000 AAGCCTTATTACTCACCTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTC
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
** * * ** *
1621065 TATTTTTTATTAAAACAGCTAATAATCGAATGTCTAACTTA
130 TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTGCTCA
* * * * * * **
1621106 AGAAACATAAAGAAGAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTAA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
** * * * ********** *
1621171 AAATCTTATTACTCGTTTTATATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTT
* * * *
1621236 -TCATTTTTTGTTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTGCTTA
129 AT-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCTCA
* * * ** * * *
1621277 GGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTTTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTCATA-CCTTCA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCG
* * ********** * *
1621341 AAACCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTAT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT
* ** * * * * *
1621406 T-CATTTTTAATTAAAACATATTATAATCGAATGTCTAC-CTA
128 TATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCTC-A
* * ** * * * * * *
1621447 ATGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCA
1 A-GAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* ********** *
1621512 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-AGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * * **
1621576 T-TCATTTATGGTTTAAGTAGATAATAATTAAATGCCTACCTCA
128 TAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG-TTTGCTCA
* * * * * * * * * *
1621619 GGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAGGAAAATTCTATTTATTGTCACCCATGCCTTCAA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * ********** *
1621684 AAGCTTTATTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * **
1621748 ATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATCGACTATCTACCTCA
129 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTGCTCA
* * * ** * * * * *
1621790 GGAAACGTGAGGAAAAAACTTTTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCATTCAA
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* ********** * * * * **
1621855 AAGTCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAGTTGATTTGATGTTGAATTTCTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTT
* * * * * * *
1621920 AAATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAAAGTTT-ATCA
129 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCTCA
* * * * * * ** * * *
1621959 CAGAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATTTTAACCCATGCCTTT
1 -AG-AAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * * * *
1622024 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* ** * * * * **
1622089 CATATTTTTCATTAAAACATATTAGAATTAAATGTCTGTG-TTG
128 TATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-T-TGCTCA
* * * *** * *
1622132 GGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTAATTGACGAGAAAAG-CTAATTTATAATCACCCAAGCCTTCG
1 AGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
1622196 AAAG
64 AAAG
1622200 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1463, Mismatches: 444, Indels: 82
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Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AGAAACGTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCTCA
Found at i:1623107 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1622728--1630178 Score: 3565
Period size: 171 Copynumber: 43.3 Consensus size: 170
1622718 NNNNNNNNNN
* * * ** **
1622728 GCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * *
1622793 TTTTTAGTTAAAACCA-ATTATCATT-ATATGTCTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAACGCCATT
65 TTTTTGGTTAAAA-CAGATAATAATTGA-ATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
1622855 CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAA
* * * *
1622900 -CCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCCAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * * *
1622964 TTTTGGATT-AAACAGATAACAATCGAATGTCTACTTAAGGAAATGTGAAGAACAAGCCATTCAT
66 TTTTGG-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
1623028 TGGAAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAA
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * *
1623069 GCCCTATTACCCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTGC
1 GCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAC
** * ** * * *
1623134 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCAAATGGCTAGCTCAA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
********** * *
1623198 ATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
1623241 GCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TAGAATTTGTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTT-TTTAC
* * * * * **
1623305 ATTTTTGATTAAAACAGATGATATTTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAAATCATT
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATT
* * * * *
1623369 CATCGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
127 CATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
*********** * *
1623414 GCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTATTTTTCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA
* * * * *
1623479 GTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTT-AGGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC-TACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * **
1623543 TTGGCAAGCAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCGC-TCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAA
* ********** * **
1623585 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * *
1623650 TTTTTGTTTAAAACAGATAATAATCGAATGTCTGCCTT-AGGAGACATGAGGAAAAAGCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
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1623714 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACCCAAGCATTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ********** * * *
1623756 GCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNACAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTAAAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-
** * * * * * * *
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65 ---TT---TTTGGTTA--AAACAGATA--ATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAA
* * *********
1623884 AAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCCATGNNNNNNNNN
119 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * ** * *
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
** * * * * * * * * *
1624000 ATTTGTCATTAAACCAAATTATAA-CGAAATGTTTGCCTCAA-GAAACATGAA-AAAAATACCAT
66 -TTT-TGGTTAAAACAGATAATAATTG-AATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAA-GCCAT
** * * *
1624062 TCATTATCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
********** * * * **
1624107 GCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTGTTTATG
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACA
** * *
1624172 TTTTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1624236 TTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* *
1624278 GCCTTATAACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTGTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TT-TTTTA
* * * * * * * * * * *
1624342 TAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAAT-TTTGACCTT-GGGAGATGTGAACAAAAAGCCAT
63 CATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-A-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * ** ** *
1624405 TCATTTGCAATAAAAGTGTATTTATAGTCACATATACCTTCAAAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ********** * * *
1624450 GCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTAATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA
* * * * * ** * **
1624515 GGTTTT-GTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACTTTACAAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
65 -TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * *
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129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * *
1624621 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * *
1624686 TTTTTTGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* *****
1624750 TTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTNNNNN
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
******** * * *
1624791 NNNNNNNNACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTGCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * * * * * * * *
1624856 TTATTGGTTAAAATAAATTATAATCGAATGTTTACCTCAGAAAACGTGAAGAAGAAGCCATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
1624921 TGGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACACATGCCCTCGAAA
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
** * * * *
1624962 GCCTTAAAACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAATA
1 GCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA
* * * * * * * * *
1625026 TTTTTTGTTAAAATA-AAATATAATTAAATTTTTACCTT-AGAAAACGTGAA-AAAGAGTCATTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATA-ATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * ** * * *
1625088 ATTGGTAATAAAAGTGAATTTATAGTCACACATACCTTTAAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
*********** * * * * *
1625131 GCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAATTTAATTCTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA
* * * ** * * **
1625196 GGTTTT-GTTAAAACAGCTTATAATCAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTC
65 -TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * **
1625259 ATTGGCAAAAAAAATCTAATTATAGTCGCCCATGCCTTTGAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ** * * * * *
1625302 GCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATGATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAGTTGTTTACAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * * * * ** *
1625367 TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAAAATGAAGAAAAAGCCAATCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* **
1625432 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAA
131 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * **
1625472 GCTTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTGTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA
* * * *
1625537 TTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAA-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * **
1625601 TTAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * **
1625643 GCCTTAGTATTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTATC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTA-C
* * * * * *
1625708 -TTTCTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAA-GAAACGTGAAG-AAAAGTCATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * ***
1625770 ATTGTCAAGAAAAAGTCTATTTATAATCACCTATGCCTTCANNN
128 ATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
******* * * * **
1625814 NNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTGGCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* *** * * ** *
1625879 TTCTACATTAAAATAGATTATAATCAAAATGTCTACCTT-A-GAGAACGTGAAGAAGAAGCCATT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT-TGAATGTCTA-CTTAAGGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATT
* *
1625942 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATCCCAAAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAA
* ********* * *
1625987 -CCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTACA
** * * * * *
1626050 TTTTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
*
1626115 TGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAA
130 TGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * *
1626156 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATCTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATATTTTACAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * * * * *
1626221 TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACTCAA-GAAACTTGAA-AAAAAGCCATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * ** * * **
1626284 GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTGAAGCTTTGGAAA
131 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * *
1626324 GCCTTATTACTCGTTTTCAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTGTTTTCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACA
* *** * * * * * *
1626388 TTCTCAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* *** * *
1626452 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTTATACATTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
** * ** * * * * * *
1626494 GTGTTATTAATCATTTTAAATGGCTGTATAATCTCATAATTAATTATATG-TAGAAGTATTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TTTTTTAC
* * * * * * * **
1626558 ATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGTCTT-CGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
** * * * ** *
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128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * * *
1626665 GCCTTATTATTTGCTTCAAATGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTCAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * * *
1626730 TTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
1626794 TGGCAA-AGAAAGTTCATTTATTGTCACCTATGCCCTT-AAAA
130 TGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAA
* * * * * * *
1626835 GCTTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATCTTTTCACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * * ********** * ** *
1626900 TTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
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130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
********** * *
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT-AC
* * * * * * * *
1627071 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTAAGGAAATGTGAAGAAAATGTCATTCA
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
1627136 TTGACAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACACATGCCTTTAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ** * * * **
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * * * *
1627243 TTTTTGATGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAA-GAAACATGTAA-AAAAAGTCA-TC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTC
* * * *
1627305 TATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACACATGGCTTCAAAA
128 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * **
1627349 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTTATAATTGATGTTAAGTTTAGTTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACA
* * * * * *
1627414 TTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTGAATATTTACCTT--GGAAAACGTAAAGAGAAAGCTAATT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGG-AAACGTGAAGAAAAAGC-CATT
** * * * * *
1627477 -ATTGATATGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCATGTCTTTAAAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
1627520 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGA---T-A-TTCACATTTTTTA-A
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * * *
1627579 ---------AAAACAGATAATACTTAAATGTCTACCTCAA-AAAACAT-AAGGAAAAGCCATACA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
1627633 TTGAC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAA
129 TTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAA
* * * * * *
1627676 GCCTTATTATTCACTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTTAAATTTTTCTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACA
* * * * * **
1627741 TTTTTAGTTTAAAA-AAATAATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTAATTC
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** * * * *
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128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ** *
1627847 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * *
1627912 TTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTT-GGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA
66 TT-TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1627976 TTGAC-AGTAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAA
129 TTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * ** *
1628018 GTCTTATTACTCCCTTTAGGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * * * * * *
1628083 TTGTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATCTTTGCCTCAA-GAAAAGTGAAGAGAAAGCCATTTA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * **
1628147 TTAACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* ********** ** *
1628189 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * * *
1628254 TTTTTAGTTAAAATAGACT-TTAATTGAATGTCTACCT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACTTAAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * ** * * ** ***
1628317 ATTAGTAATAAAA-TAGA-TTATAATTATACATATATCTCAAAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TC-AAAA
* * * ** * * * ** * * *
1628360 ACGTGAAAAAAAAGTCAATCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAT--TGTCACAAAT-ACTTTTAAA
1 GCCT----TATTACTC--GC-TT----TAAATGGT---TTTATAATCTCATAATTGA-TTTT--A
* ** ** * ** ** *
1628422 AGCCTTATCACTGACTTTA-ATGCTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTAT
49 AG--TTA--AAT-TTTTTACA---TTTT-TGGT-T-AAAACAGATAAT-AATTGAA-TG---TCT
* *** * * ** * * * * ** *** * * *
1628486 ATTTTTATTAAAAC-AGATGATAATTG-AATGT--TTGCCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
98 A--CTTAAGGAAACGTGAAGA-AAAAGCCAT-TCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* **
1628547 TCAT--CAGCAAGAAA
157 CCATGCCTTC-A-AAA
* * * * ** * *
1628561 ACTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCCCTNNNNNNNNNNTTATAATC
1 GC--C--TTAT--T-ACTC--G-CTT-TAAATG-GTT-TTA-T-AAT---------CTCATAAT-
* * ** * * * *
1628625 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
41 TGAT--TTTA-AGT----TAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * * ** * *** * * * *
1628690 ACCTT-GGGAAACGTAAAGAAGAAGATATTTATTAATAATAAAAGTCTATATATAGTCACACATG
98 A-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
1628754 CTTTCAAAA
162 CCTTCAAAA
* * * * * * *
1628763 GCCTTATTACTCACTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTATATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTACA
* * * * * * * * ** *
1628828 GGTATT-ATTAAAATAGGTTATAATT-ACATGTCTACCTCAGGAAATAT-AGAGAAAAA-CATAT
65 -TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA-ATGTCTACTTAAGGAAACGTGA-AGAAAAAGC-CAT
* * * * * ** *
1628889 TCATTGGTAAGAAAAATCCAATTATAATTACCCATTACTTCGAAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* *********** *
1628934 GCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTA-C
* * ** * * * *
1628999 -TTTTTGGTT-AAATAGATTATAATCAAATGTCTAC-TATAGAAAAGGTGAGGAAGAAGCCATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTA-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
1629061 ATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
********** * * *
1629104 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGCTGAATGTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * *
1629169 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAATGTGAAGACAAAGCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1629233 TTGGCAAGATAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * * * *
1629275 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGCTGAATTGTGTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA
* * * * * * **
1629340 TTTTTAGTTCAAATAGAAAATAATTGAATGTTTGCCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * **
1629404 TTGGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * **
1629446 GCCTTAATACAC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-CCAGAATTTGTTTA
1 GCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTT-TTTA
* * * *
1629509 TC-TTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
63 -CATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
1629572 TCATTGCCTAGAAAGAGTCTATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAA
126 TCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * *
1629618 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCTTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * *
1629683 TTCTTT-GTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACTTCAA-AAAACATGAAGAAGAAGCCAGTC
65 TT-TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
** * * * *
1629746 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTCCCAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *********
1629789 GCCTTATTACTCGC-TTAAA-GAG-TTTGTAATGTCATAATTAATTTTAAGTTNNNNNNNNNNAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAC
* * * * * *
1629851 ATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATATTTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAATCCATTC
64 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* *** * * *
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********** * * * * *
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
* * * * * * *
1630023 TTTTTGTTAAAACATATTACAATT-AAGCGTCTACCTAAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA-TGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * * *
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* *
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GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
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1623254 CTTTAGATGG
* **
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1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTAT-TTT-TCAGTTTTGATTAAAACAGACAAT
* * * *
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* ** *
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1 ----------TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTTCAGTTTTGATTAAAA
* * * * * * **
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* *
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TCACTCATGCGCTCAAAAGCCTTATTACTCA
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1 TT
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TTAAATTTT
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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********* ** *
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*
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390 TACATATATCTCAAA
* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *******
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195 TCAACAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATG
** *
1628615 NNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGA-TTAT
259 GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATCATTTTTAGTTAAAATAGACTT-T
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1628694 TGGGAAACGT
Statistics
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TTGTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATCTTTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
CAACAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTATCATTTTTAGTTAAAATAGACTTTAATT
AAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAATAAAATAGATTATAATTAT
ACATATATCTCAAA
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1631523 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * *
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* *
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130 TATGCGAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGAATTTAG
** * ** *
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** * * *
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* * *
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1631920 TCTNNNNNNN
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AAGGCAAGGTGACTATAGAGGGAATTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCATGTTTCACA
AGGGAAACATTCAATTATAATCTGCCTCAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
ATGCGAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGAATTTAG
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1632509 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGA--
* * ** * * * * * *
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* * * * * *
1632649 CATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAAAAT-ATAAATAAAT
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* * * * ** ** * *
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1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAA-GA
** * * * *
1632754 ATAAATAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTTCTTCACG-TTTCTTAA-AGA
64 AT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGACA
* * * *
1632817 AACATTCAATTATAATCTATTTTAATTGAGAATGAAAAA-AAT
126 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGAAAAATAAT
* * * * *
1632859 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTTTAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GGAAG-A
* * ** * * **
1632924 TTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAG-TTTCTTGAGGTAA
64 ATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGACAA
1632988 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAT-AT
127 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGA-AAAATAAT
* * * ********** * *
1633029 TAAACTTCAAATTAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAA-GAA
* * * *
1633094 TGTGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGAATAGTTTTTCCTTCACGTTTCCTAAGACAAA
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* * *
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**********
1633201 TCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTAGGAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GGAAGAA
* * *
1633265 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTCTTCTTCACGTTTTCTGAGATAGA
65 TG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTT-TTCTTCACGTTTTCTAAGACAAA
* *
1633330 CATTTGATTATAATCTGTTTTAACTAAGAATGCAAAAATAA-
128 CATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATG-AAAAATAAT
* *
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1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1633423 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGAAAAATAAT
Found at i:1638028 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 26.2 Consensus size: 170
1633861 NNNNNNNNNN
* * ** * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * ****
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****** *
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* ** * * *
1634040 ATAATAAGAATGTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-GAGAATTTTCTTGCAAATGAAT-ATCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTT
* * * ** * * * * *
1634103 CTCTTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTCTAATCTGTTGT-AATAAAAAATATAAAAAAAT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAAT
********** *
1634167 TCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGA
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** * * * * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * * * * *** * *
1634276 CTTCAAGTTTCTTAAGGTATATATTTAATTCTAATCTGTTTTACCCAAAAATGTTAAAACATTCA
66 CTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCA
** *
1634341 GTTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGA
130 ACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
1634382 GTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGACT-AGTTTTA
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT-
* ** * * * ** * ** * *** **
1634446 TCTTCACGTTTC-CTGGGGTAGACAATCGATTATAATACATGTTT-ACCAAATATACCAAAATCT
65 TCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTAT--TATTTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAAT
*
1634509 TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGA
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* * * *
1634552 GTAATAAGGCTTTGGGAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AGTTTCT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT-T
* * ** * ** * *
1634616 TTTTCATGTTT-TCTAAGGTAGACATTTGATTATAATCTGTTTTT-ACCAAGAATGCAAAAAAAA
65 TCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATTAT-T-TTTTTAAATAAAAATG--TAAAAAA
********** *
1634679 ATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCAA
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
1634725 GTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAAGTAGACTTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * * ** * *
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* * * * *
1634853 TTAGCTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAATG-AA
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* * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* ********* * * *
1634961 TCTTCACGTTTC-CNNNNNNNNNNATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAT
65 TCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGT-AAAAAAAT
** *
1635025 TCAGTTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-TA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGA
** ********** *
1635068 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTC
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT-
** * * *
1635132 TCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATT
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* **********
1635195 CAGCTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGA
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* * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * * * * ** * **
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* * * *
1635366 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTCAAGCAA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * **
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* ** ** * * * * ***
1635472 TTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACGTTCAACTATTATCTATCTTACCCAAAAA-GATAAAAAAA
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* * * *
1635536 TTCAGCTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCA
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
** * * * * * * * *
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* * * *
1635708 TCAAGTTAAAATAAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
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* ** ** * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * **
1635814 TTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGACATTTAATTATT-TTTTATTTTAATAAAAAATGTAAAACTA
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********** *
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126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
1635922 GTAATAAGGGTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGAAT-AGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * * * * * *
1635986 TCTTCACGTTTCCCGAGCA-A-ACATTCAAATATTATTTGTTTAATCTAAAAAT-TTAAAAAATT
65 TCTTCATGTTTCTCAAG-ATAGACATTCAATTATTATTTTTTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAATT
* *
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* * * * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * *** * * *
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********** *
1636220 AACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * *
1636262 GTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTCT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * ** *
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66 CTT--CATGTTTCTCAAGATAGA-CATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAAT
********** *
1636387 TCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGGGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGA-CTT
* ** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* ** * * * **
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******* * * *
1637246 NNNNNNNAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCTTTTCAAGCGA
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* * * * * * * * *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * *
1637353 TCTTCATATTTCTCAAGATAGATATTCAATTATTATTTGTTTT-AATCAAAACTGTAAAAAAATT
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* * *
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* * * * * *********
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* * * * * * * ** * *
1637523 TTCTTCATGTTTTCTGAGGA-AGCCATTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAT
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* * * * * * *
1637587 TTAATTTCAAATCAACTATGAGATTATTAAACCATTCAAAGTGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
1637631 GTAATAAGACTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGATTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * ** **********
1637696 CTTCACT-TTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAANNNNNNNNNNAATT
66 CTTCA-TGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
1637759 TAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAGCCATTTAAAGCAA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
1637802 GTAACAAAG-TTTTCGAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTT
1 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * *
1637866 TTTTCATGTTTCTCAAGAT-GAACATTCAATAATTATTTTTTTAAAATAAAAATGTAAAAATATT
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* *
1637930 CAACTTAATATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
1637973 GTAATAAGGCTTTTCAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTCT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * **********
1638038 CTTCACGTTTTTTGAAG-CAGAAATTCAATTATTATCTGTTTNNNNNNNNNNT-TAAAAAACATT
66 CTTCATG-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAA-ATT
*
1638101 CAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *********** *
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1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGACTTTT
* * * * * * * * *
1638208 TCTTCAAGTTTC-CAGAGGTCGATATTCAATTATTATCTGTTTGAACTAAAAATGTAGAAAAACT
65 TCTTCATGTTTCTCA-AGATAGACATTCAATTATTAT-TTTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
1638272 AAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*
1638315 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
1638345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3250, Mismatches: 910, Indels: 288
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Alignment explanation
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1638435 NNNNNNNNNN
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* *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** ** *
1638852 ACATTTTTGGTTAAAA-AAATAATAATTGAATATCTGTCTTGGGAAATGTGAA-AAGAAAGCCAT
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* *** * * * *
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* * * *
1638957 AAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
1639470 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAACT-AGA-TATTG
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
1639640 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTTAAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * * *
1639705 TATCTTTTTTG-TTAAAATAAAGAATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAATCATGAAGAAAAAACC
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* * * * *
1639768 ATTCATTGCCAACAAAAGGTTTATTTATAATCCCTCATGCCTTTCA
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* * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * ********** *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ** *
1640157 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAAATAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
1640222 ATCTTTTTGGTTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTA-CTGCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAG
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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66 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAA-AAGCCAT
* * *
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* * ** * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
1640560 ATATTATTGCTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATT
66 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
1640625 CATTGGCATGAAAA-CTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTA
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* * * ** ** * * *
1640666 AAAGCCTTATTACTCCCCTTAAA---ATTGA-AA-CAAATAA-AAATTTTAGGCTGAATATTTTT
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* * * * * ** * *
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** *
1640788 TTCATTACCAAGAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCT
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** * * * *
1640832 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTCAGCTGAATTGTTTT
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* * * * * * *
1640897 ATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGGATATGTGAAGATAAAGCCATT
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* * * *
1640962 CATTGGTAAGAATAA-TCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCG
131 CATTGGCAAGAA-AAGTTCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCA
* ********** *
1641003 AAAGCCTTATTACTCCCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTGTTTT
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1641068 ATATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCAT-AATAAACGTGAAGAAAAAGCTA
66 ATATTTTTGA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * ********* *
1641131 TTCATTAGCAAGAAAACTCCATTTANNNNNNNNNNTGCCTTCG
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* * * * *
1641174 AAAGCCTTAGTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGATGAATTTTTTG
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
* * * * *
1641239 AATCTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTATACCTCTA-GAAACGTGAAGAAAAAACCA
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* * * *
1641303 TTCCTAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCA
** *
1641346 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGA--TTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
**
1641409 CAT-TTTTTG-TT-AAACAGATAATAATCAAATGTCTACCTCAGGAAACGT-AAGAAAAAAGCCA
66 -ATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCA
* * *
1641470 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCCC
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**
1641513 AAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
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* * * * * * ** * * * **
1641577 T-CATTTTTCATAAAAATAGATTATAGTCAAATGTCTGTCCT-AAGACACGTGATCAAAAAGCCA
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* ** * * * *
1641640 TTAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCATTTA
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* * * * * *
1641683 ATAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTAATAATTG-TTTTTAGATTGAATTTTTT
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* * ** * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * * * **
1641919 TCATATTTTTGATTACAACATATTAGAATTGAATGTCTGCC-CTGGGATACATGAAGAAAAAGAT
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* * * * **
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*** * ** * * ****** ** * * * *** * **
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****** * *** * ***** * * * * *
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** *** * * * * ** * * *** ** *
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*** * ** * * * * *
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1 AAAG-CCT-TAT-TACTC--CCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
** * * ** * ****
1642258 TTTTTGGTTA-A-AATAGA-T--AATA-AT--TGAA-TGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAC---
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*** ** ** ** ** ** * ** * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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*** ** ** *** ** * * ** * * *
1642756 AACAAAGAATAATTGAATA-TTTACCTCGAGACACG-TGAAGAGAGAGCCAT-T-TA-TTGACAA
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* ** *** * * ** * *** * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * *** **
1647803 TTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
1647868 AAAAATATATTTATAGTCAACCCTGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTA
66 AAAAAT-TATTTATAGTCAACCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **
1647933 TTTTATAATTAATTTTATGCTAAATTATTT-TAT-CTTATGG
129 TCTCATAATTAATTTAAAACTAAATTATTTCTATACTTATGG
* * **
1647973 TTAAAACAGATAATAAATGAATGTCTGTTTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTACCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
1648038 AAAAAGTCTATTTAGAAT-AACTCATGCCTTCAGAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
66 AAAAA-T-TATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********* ** * * *
1648102 AATCTNNNNNNNNNNTTT-AAGTTGAATT-TTTTTGCATTCTTCA---
127 AATCT-CATAATTAATTTAAAACTAAATTATTTCT--ATACTT-ATGG
* * * * * ** * * *****
1648145 TTAAAACAAATTAGAATCGAATGTCTATCACAGAAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGNNNNN
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
***** * * * * * *
1648210 NNNNNTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAATGCCTTATTACTTGC-TTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAAT-TATTTATAGTCAACCATGCCT-TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * * * **
1648274 TCTCATAATTGATTTTCAATTGAA-TATTTTTATATTTTTTTA
129 TCTCATAATTAATTTAAAACTAAATTATTTCTATA-CTTATGG
* * * * *** * * *
1648316 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
1648380 AAAAAGTTCATTTATAGTC-ACACATGCCTTCACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
66 AAAAA-TT-ATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * **
1648444 AATTTTATAATTAATTT-GAATTAGAA-TATTT-TATATTTTTTA
127 AATCTCATAATTAATTTAAAACTA-AATTATTTCTATACTTATGG
* * * * *** * * ** * *
1648486 TTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAA-TTCGATCAAAGAGCCTTTCATTGGCGA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-A
*** ** * * * * * *
1648550 A-AAAAGCCCATTTATAGTCGTCGAAGCTTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTAT
64 AGAAAA-ATTATTTATAGTCAACCATGC-CTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * **
1648614 AATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTT-T-TGA-TTTTCAA
127 AATCTCATAATTAATTTAAAACTAAATTATTTCTAT-ACTTAT-GG
* * * **
1648656 TTAAAACAGATGATAATTGAA-GTTTGCTTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGGCAA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAA
* * *** * * * *
1648719 GAAAAGTCCT-TTTATAGTTATTTATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAATGGTTATAT
65 GAAAAAT--TATTTATAGTCAACCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
1648783 AATCTCATAATTAATTT-TATGTAGAATT-TTTTTATATTTTTGA
127 AATCTCATAATTAATTTAAAACTA-AATTATTTCTATACTTATGG
* * * ** *** * *
1648826 TTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCCTGGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATAGGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ********** * * *
1648891 AAAAGTTCATTTNNNNNNNNNNAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TAA
66 AAAAATT-ATTTATAGTCAACCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * * * * *
1648955 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCCAT-GTT-TTG
129 TCTCATAATT-AATTTAAAACTAAATTATTTCTATACTTATGG
* * * *** *
1648996 TTGAAACAAATAATAATCGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
1649061 AAAAA
66 AAAAA
1649066 CTTTATTACT
Statistics
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AAAAATTATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTAATTTAAAACTAAATTATTTCTATACTTATGG
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Period size: 516 Copynumber: 3.0 Consensus size: 512
1649268 NNNNNNNNNN
* * * *
1649278 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAG-
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGA
* * * * * *
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* * * *
1649405 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTTATACTTGATTT--GA-AATTTTTTTATA
129 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAGATAATTTTTTTATA
* * * * * *
1649467 GTTTTTGTTAAAGCATGTTATAATTAAATGTCTATCTCGGGAAATATGAAGAAAAAGATATTCAT
194 GTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * *
1649532 TGGTAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGACTTAGTACTTGCTTTAAATAGT
259 TGGCAAGAAAAAGATATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGT
**********
1649597 TTTATGATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAAT
324 TTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAAT
* * * *
1649662 TAAATATTTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTTACTAGCATGAAAAGTTCATCCATAGT
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* ** **
1649727 CACCATTGTCTTCAAAATCCTTTTTACTTGTTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATACTTG
454 CACCATTGCCTTCAAAATCCTTACTACTCCTTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATACTTG
* * * *
1649786 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTGTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAG
* *
1649850 AAACAAGAGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTTAA
64 AAACAAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAA
*
1649915 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAAATTAGATTTTTTCT
129 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAGA-TA-ATTTTTT-T
*
1649980 ATAGGTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATT
191 ATAGTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATT
* *
1650045 CATTGGCAAGAAAAAGATATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAT
256 CATTGGCAAGAAAAAGATATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAAT
* * *
1650110 GGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACAAATAAT
321 GGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAAT
* ** * * * *
1650175 AATTGAATATTTGCCTGGGGAAACATAAAGAGAAAGCCATTTACTGGTAAGAGAAGTTCATCTAT
386 AATTGAATATTTACCTCAGGAAACATAAAGAGAAAGCCATTTACTAGCAAGAAAAGTTCATCCAT
* * *****
1650240 TGTTACCCA-TGCCTTCAAAAGT-CTTACTACTCCCTTT-AAATA-GTTTTATAATCTCANNNNN
451 AGTCA-CCATTGCCTTCAAAA-TCCTTACTACT-CCTTTGAAA-AGGTTTTATAATCTCATACTT
*
1650301 N
512 G
**** * * * ***
1650302 NNNNTAAGCTGAATATTTTTATATTTTAAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCCACCTTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-AGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGA
* * * * * * *
1650367 AAC-A-TGAAGAAGAAGCCATTCATTGTTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
65 AACAAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAA
********** * * *
1650430 AGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAAATATTTTTA
130 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA-TTTAAGAT--AATTTTTTTA
* * * * * * *
1650495 T-CTTTTTAGTTAAAACAGCTAATAATTGAATGTCTGCCTCA-ACAAACATGAA-AAAAAAACCA
192 TAGTTTTT-GTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACATGAAGAAAAAGA-TA
* * * ** * * * * *
1650557 TTCATTGCCAAGAAAAAGTCTATTTATAATCACATATGCCTTGGAAAGCCTAAGTATTTACTTTA
254 TTCATTGGCAAGAAAAAG-ATATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTA
* * * *
1650622 AACGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATAT
318 AATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
* * * * * * * * * * *
1650687 AGTAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACCTGAAA-AGGAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACAT
383 AATAATTGAATATTTACCTCAGGAAACAT-AAAGAGAAAGCCATTTACTAGCAAGAAAAGTTCAT
** * * * * ** * * *
1650751 TTATAGTCACC-TATACCTTCGAAAGCCTTATTACTATTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
447 CCATAGTCACCAT-TGCCTTCAAAATCCTTACTACTCCTTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATACT
1650815 TG
511 TG
*
1650817 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1650838 CATTNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAA
ACAAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAA
GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAGATAATTTTTTTATAGT
TTTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG
GCAAGAAAAAGATATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTT
TATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTG
AATATTTACCTCAGGAAACATAAAGAGAAAGCCATTTACTAGCAAGAAAAGTTCATCCATAGTCA
CCATTGCCTTCAAAATCCTTACTACTCCTTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATACTTG
Found at i:1650795 original size:344 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 344 Copynumber: 4.5 Consensus size: 341
1649268 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** *
1649278 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGA
** * * * * * * * *
1649343 AATGTAAAGAAAAAGTCATTTATTGGTAATAAAAGT-CTATTTATAGTC-CCACACACCTTCAAA
66 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTAC-ATTTATAGTCACC-CATACCTTCAAA
** * * *
1649406 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTTATACTTGA--TT---TGAAATTTTTTTAT
129 AGCCTTATTACT-TTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTAT
* * ** * * ** ** * * *
1649466 AGTTTTT-GTTAAAGCATGTTATAATTAAATGTCTATCTCGGGAAATATGAAGAAAAAGA-TATT
193 -CTTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAAACCATT
* * * * * * **
1649529 CATTGGTAAGAAAAATAC-ATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGACTTAGTACTTGCTTTAAA
256 CATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAA
* *
1649593 TAGTTTTATGATCTCATAATTG
320 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
********** * * *
1649615 ANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATATTTACCTCAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGA
* * * * * * * * * ** **
1649680 AACGTGAAGAGAAAGCCATTTACTAGCATGAAAAGTTCATCCATAGTCA-CCATTGTCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAA
* * * * * * *
1649744 TCCTTTTTACTTGTTTGAAAAGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
130 GCCTTATTACTT-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTATC
** * *
1649809 TTTTTCA-TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTGTTAAGAAACAAGAGAAAAAAAAGCCATT
194 TTTTT-AGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA-AAAAAAAA-CCATT
* * * * *
1649873 CATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT
256 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAAT
*
1649938 GGTTTTATAATCTAATAATTG
321 GGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** *
1649959 ATTTAAAATT-AGATTTTTTCTATAGGTTTT-GTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCA
1 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TATA-TTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCA
* * * ** *
1650022 GAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAAGATATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
63 GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* ** **
1650087 AAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTT
128 AAGCCTTATTACT-TTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTT
* * * * *** * *
1650151 A-CATGTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATATTTGCCTGGGGAAACAT-AAAGAGAAAGCCA
191 ATC-TTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAA-AAAAAACCA
* * * * * * * *
1650214 TTTACTGGTAAGAGAAGT-TCATCTATTGTTACCCATGCCTTCAAAAGTCTTACTACTCCCTTTA
254 TTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTA
* ******
1650278 AATAGTTTTATAATCTCANNNNNN
318 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG
**** * * ** * * * * *
1650302 NNNNTAAGCTGAATATTTTTATATTTTAAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCCACCTTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGA
* * * * *
1650367 AACATGAAGAAGAAGCCATTCA-TTGTTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTTG-CAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
********* * *
1650431 GCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAAATATTTTTAT
130 GCCT-TATTACTTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTAT
** *
1650496 CTTTTTAGTTAAAACAGCTAATAATTGAATGTCTGCCTCAACAAACATGAAAAAAAAACCATTCA
193 CTTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAACCATTCA
** * * ** * * * ** *
1650561 TTGCCAAGAAAAAGTCTATTTATAATCACATATGCCTTGGAAAGCCTAAGTATTTACTTTAAACG
258 TTGGTAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATG
* *
1650626 GTTTTATGATCCCATAATTG
322 GTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
1650646 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAGTAATTGAATGTCTACCTCAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGA
* * * *
1650711 AACCTGAA-AAGGAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAA
66 AACATGAAGAA-AAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
1650775 GCCTTATTACTATTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
130 GCCTTATTACT-TTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1650826 TGATTTTTTT
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 259, Indels: 68
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 123 0.13
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339 2 0.00
341 10 0.01
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343 147 0.16
344 283 0.31
345 167 0.18
346 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGA
AACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
CCTTATTACTTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTATCTT
TTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAACCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTG
Found at i:1650828 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1649099--1650837 Score: 1077
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
1649089 NNNNNNNNNN
** * * * *
1649099 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGCT-TTTTTGGTAAAAATATATTATAATCGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCT
* * * * * *
1649163 GTCC-CAGGAAACGTGTAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA
65 -ACCTCAGGAAACATG-AAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATA
** * * * * * **
1649227 CCTTTGAAAGACTTGTTCCTCGCTTTAAATGGTTGTATAATNN
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
******** * * * * * * *
1649270 NNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
* * ** * * * * * *
1649335 TCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGTCATTTATTGGTAATAAAAGT-CTATTTATAGTC-CCACACA
66 CCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACC-CATA
* *
1649398 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
1649441 TATACTTGA-TTT--G--AAATTTTTTTATAGTTTTT-GTTAAAGCATGTTATAATTAAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCT
* * * * * *
1649500 ATCTCGGGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATAC
65 ACCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATAC
* * * * *
1649565 CTTGAAAAGACTTAGTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATGATCT
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCT
********** * * * *
1649607 CATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATATTTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * * ** **
1649672 CCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTTACTAGCATGAAAAGTTCATCCATAGTCA-CCATTGT
66 CCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCA-TAC
* * * *
1649736 CTTCAAAATCCTTTTTACT-TGTTTGAAAAGGTTTTATAATCT
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATAATCT
* * ** * *
1649778 CATACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
** * * * * * * * *
1649843 TGTTAAGAAACAAGAGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATA
66 CCTCAGGAAAC-A-TG-AAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATA
* *
1649908 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * ** * *
1649951 AATAATTGATTTAAAATT-AGATTTTTTCTATAGGTTTT-GTTAAAACAGGTTATAATTAAATGT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TATA-TTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGT
* * *
1650014 CTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAAG-ATATTTATAGTCACCCA
63 CTACCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAG-AAAAGTACATTTATAGTCACCCA
* * **
1650078 TACCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGATCT
126 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
1650123 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATATTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
** * * * * * * * * * *
1650188 CCTGGGGAAACAT-AAAGAGAAAGCCATTTACTGGTAAGAGAAGTTCATCTATTGTTACCCATGC
66 CCTCAGGAAACATGAAA-A-AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATAC
* * * *
1650252 CTTCAAAAGTCTTACTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCT
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
********** * * ** * * * *
1650294 CANNNNNNNNNNTAAGCTGAATATTTTTATATTTTAAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCCA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
* * * * ** * * *
1650359 CCTTAAGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGTTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCC
66 CCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACC
**********
1650424 TTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * **
1650465 CATAATTAATTTTAAGATGAAATATTTTTATCTTTTTAGTTAAAACAGCTAATAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCT
* ** * * * **
1650530 GCCTCAACAAACATGAAAAAAAAACCATTCATTGCCAAGAAAAAGT-CTATTTATAATCACATAT
65 ACCTCAGGAAACATGAAAAAAAGA-CATTCATTGGCAAG-AAAAGTAC-ATTTATAGTCACCCAT
* ** * * * * * *
1650594 GCCTTGGAAAGCCTAAGTA-TTTACTTTAAACGGTTTTATGATCC
127 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
1650638 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAGTAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
* * * * *
1650703 CCTCAGGAAACCTGAAAAGGAAGACATTCATTTGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACCTATACC
66 CCTCAGGAAACATGAAAA-AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACC
* * *
1650768 TTCGAAAGCCTTATTACTATTTTTAAATGGTTTTATAATCT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
1650809 CATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1650838 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 336, Indels: 84
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 123 0.10
167 7 0.01
168 1 0.00
169 1 0.00
170 33 0.03
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173 160 0.13
174 39 0.03
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTA
CCTCAGGAAACATGAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCT
TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:1652689 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1652363--1653377 Score: 852
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
1652353 NNNNNNNNNN
* * * * * * *** * *
1652363 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * ***
1652428 AGCCATTCATTGGCAA-TAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATACCTTCAAAAGCCTTATCACACC
66 AGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* *
1652491 CTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
130 CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
1652533 TTTATCTATATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAGGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
* * *
1652598 AGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
66 AGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
**********
1652663 TTGAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAA
131 TTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
1652704 TTTTTTTACATTATTACG-TAAAAAAAATAATAATTGAATGT-TTCTCTTGAGAAACATAAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTA-GTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTAC-CTTGGGAAACGTGAAGAA
** * * * *
1652767 AAAGCCATTCATTAGTGGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTCACT
64 AAAGCCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
1652831 TGCTTGAAATGGTTTTAAAATCACATAACTGATTTTAAGTTGAA
128 TGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
1652875 TTTTTTTGCATTTTCAG-TTAGAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTG-AGCAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTTA-AACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AA
* * * * *
1652938 AAAGCCATTCATTGACAATAAAAGTCCATATATTGTCACAC-ATG-CTGTCAAAAGCCTTATTAC
64 AAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCT-TCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
1653001 TTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAA
127 TTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * *
1653046 TTTTTTTTATAGTTGTT-GTTAAAATAGGTTATAATTT-AATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGA
1 -TTTTTTTACA-TTTTTAGTTTAAACAAATAAT-ATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA
*** * * * *
1653109 AAAAAATATTCATTGGT-AAGAAAAATCCATTGATGGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGCCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * *
1653173 TCACTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
127 TTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
1653218 TTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATATCTTCTTTGGGAAACGTGAAG-AAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * * *
1653282 AGCCATTCATTGACAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTCTTATTAATCGC
66 AGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
1653347 TTGAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATT
131 TTG-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1653378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 159, Indels: 46
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 158 0.24
171 366 0.55
172 124 0.19
173 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
AGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
TTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:1653285 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1652445--1653377 Score: 975
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
1652435 CATTGGCAAT
* * * * * *
1652445 AAAGTCTATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATCACACCCTTTAAATGGTTGTATAAT
1 AAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
* * * *
1652510 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATCTATATTTTTAGTTTAAACAAATAATATTTGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATGTC
* * * * *
1652575 TACCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATG
131 TTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATG
* ********** * *
1652640 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
195 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAAT
*
1652705 TTTTTTACATTATTACGTAAAAAAAATAATAATTGAATGTTTCTCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
260 TTTTTTACATTATTA-GTAAAAAAAATAATAATTGAATGTTACTCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
** *
1652770 GCCATTCATTAGTGGAA
324 AACATTCATTAGTAGAA
* * ** * * *
1652787 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTCACTTGCTTGAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
* * * * * * *
1652852 CACATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTCAGTTAGAACAGATTATATTTGAATGT-
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATGTC
* * * * *
1652916 TTGCCTTGAGAAATGTG-AGCAAAAAGCCATTCATTGACAATAAAAGTCCATATATTGTCACACA
131 TT-CCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
*
1652980 TG-CTGTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTG
193 TGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTG
* * * ** * * *
1653044 AATTTTTTTTATAGTTGTT-GTTAAAATAGGTTATAATTTAATGTCTAC-CTTG-GAAAACATGA
257 AA-TTTTTTTACA-TTATTAG-TAAAAAAAATAATAATTGAATGT-TACTCTTGAG-AAACATAA
* *
1653106 AGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAA
317 AGAAAAAAACATTCATTAGT-AGAA
* * * *
1653131 AAA-TCCATTGATGGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTGTATAAT
1 AAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
* *
1653195 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATATC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATGTC
* * *
1653260 TTCTTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCTATG
131 TTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATG
* ** * * * *
1653324 TCTTTGAAAGTCTTATTAATCGCTTGAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATT
195 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT-AAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATT
1653378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 94, Indels: 28
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 286 0.59
343 176 0.36
344 16 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATAATATTTGAATGTC
TTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATT
TTTTTACATTATTAGTAAAAAAAATAATAATTGAATGTTACTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAA
CATTCATTAGTAGAA
Found at i:1653733 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 1653458--1655818 Score: 688
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 166
1653448 CATGCCTTGA
* ** * **
1653458 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTAATAATTTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAA-TCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-
* * *
1653523 TATAATTTT-GTTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACTAGAAGAAAAAGATA
63 TATATTTTTAGTTAAAACA-GATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-GAAGAAAAAG-TA
* * * *
1653586 TTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTACAGTCACCCATGCCTCTC
125 TTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCT-TC
* *
1653629 AAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
********** * * *
1653694 NNNNNNNNNNTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
64 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAA-CTGAAGAAAAAG-TAT
* * * * *
1653758 TCATTAGCAAGAGAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTTG
126 TCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACC-TTC
********* * *
1653800 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-CCTTTAAATGGTTTTATAA-TCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
* * * *
1653865 ATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACCTCATGAAACGTGAAAAAAAAGTCATT
64 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAGT-ATT
* *
1653930 CATCAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
127 CATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
* *
1653970 GAAGGCCTTATTATTCCTTTTAAATGGTTTTATAATGCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCC-TTTAAATGGTTTTATAAT-CAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * *
1654035 TATCTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATG-CTTGCCTC-AGCAAACATGAAGAAAAAGCC
63 TATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAAC-TGAAGAAAAAG-T
**
1654098 ATTCATT-GCCAAGAAAAAGTCTACCTATTA-TCACCCATACCTTC
124 ATTCATTAG-CAAGAAAAA-TCTATTTA-TAGTCACCCATACCTTC
* * ********* *
1654142 AAAAACCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATA-ATCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
** * * * * * * * * * * **
1654207 TGCATTCTTGGTAAAAATAGATTATAATCGAATGTCTACATTAAAAAACGTGAAAAAAAAACAAT
63 TATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TG-AAGAAAAAGTAT
* * * * * ** * *
1654272 TCATTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTTACTAATGCCTCCC
126 TCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCT-TC
* *********** *
1654314 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
* * * *
1654379 ATATTTTTAGTTAAAACAGGTACTATTTGGATGT-TCACCTC-AGAACACATGAAGAAAAAGCTA
64 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAA-AC-TGAAGAAAAAG-TA
** * * *
1654442 TTCATT-GACAAGAAACGTTTATTTATAGTCACACATATCTTC
125 TTCATTAG-CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
** * * * *
1654484 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCAT-ATTAATTTAAAGTTGAA-TTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * **
1654547 TATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAACGTCTGTCTCCAA-AAACTTGAAGAAAAAGTC
63 TATA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAAC-TGAAGAAAAAGT-
* * * * * *
1654610 ATTCATT-G-ATGACAAAAGCCCATTTATAGTCATCGA-AGCTTTC
124 ATTCATTAGCAAGA-AAAA-TCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTC
* ********** * *
1654653 AAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * * *** * * *
1654718 TCAT-TCTTCA-TTAAAACAGATTATGATTGAATGTCTGTGTCATGAAAC--ATG----A--ATC
63 T-ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTGAAGAAAAAGTATT
* * * * * ***
1654773 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTATTTATACCTTC
127 CATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
* * * * * * * * *
1654813 AAAAGCGTTATTACTCATTTTAAATGATTATATAATCTTATATTTAATTTTATG-TATAATTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCT-GAATTTTT
* * * * * ***
1654877 TTAT-TTTTGA-TCAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACCTGAAGAAAAAGTCA
62 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CTGAAGAAAAAGT-A
* * * * * *
1654940 CTCA-TAGGCAAGAAAAGTTTAGTTATAGTCACCCAAATCTTC
125 TTCATTA-GCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
* * ********* *
1654982 GAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATGGTTTTATA-ATCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * * * * * * * ***
1655047 TGTATTTTT-GATAAAAATAGATTATAATCGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAG-TCCA-T-T
63 TATATTTTTAG-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAGTAT
* ** * * * *
1655108 T-ATTGGCAAGAAATGTCCATTTATTGTCATCCATTCCTTC
126 TCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
* * * ******** *
1655148 GAAAG-CTATATTAGTCATTTTAAATGGTTTTATAATC--TCATNNNNNNNNNNAGATTGAATTT
1 -AAAGCCT-TATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCAATAAT--TGATTTTAAG-CTGAATTT
* * * * * *
1655210 TTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTAAATGTCTACCTC-AGTAAACTTGAAGAAAAAG
60 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAC-TGAAGAAAAAG
* * ** ** * *
1655274 CCATTCATTGGTGAG-AAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAAGCCTTC
123 -TATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTC
* * * * * * * *
1655318 GAAAGCCTTAGTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
** ** * * * * *** *
1655383 TACGTTTTT-GATTACGACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGACGAAAAAGATA
63 TATATTTTTAG-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAG-TA
* * * ** * *
1655447 TTCATTGGTAAGAAAATTCCCTTCATAGTCACCCATGCCTTC
125 TTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
** * * * * * * * *
1655489 GAAATTCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATGATTAATTTTAGGTTAAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * * ** * * * * * *
1655554 AACATTTTTGGATAGGACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
63 TATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAG-TAT
* * ** * * *
1655619 TTATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCATCCA-ACCGTTC
126 TCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACC-TTC
** * * * * * *
1655660 GAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTGAGTTGAATCTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
* * * * * * * * * *
1655725 CACATTCTTGGTTGAAACAAATTATATTTGAATGTCTACGTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATAT
63 TATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAG-TAT
* * * * *
1655790 TCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
126 TCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTC
1655819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1628, Mismatches: 470, Indels: 184
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 34 0.02
160 70 0.04
161 5 0.00
162 5 0.00
163 1 0.00
165 6 0.00
166 102 0.06
167 9 0.01
168 5 0.00
169 172 0.11
170 225 0.14
171 853 0.52
172 125 0.08
173 16 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
AAAGCCTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT
ATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTGAAGAAAAAGTATTCATT
AGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
Found at i:1653865 original size:470 final size:460
Alignment explanation
Indices: 1652987--1653833 Score: 1026
Period size: 469 Copynumber: 1.8 Consensus size: 460
1652977 ACATGCTGTC
1652987 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTT
* * * * **
1653052 TTATAGTTGTTGTTAAAATAGGTTATAATTTAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAATA
66 ATATAATTGTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAAATA
** * *
1653117 TTCATTGGTAAGAAAAATCCATTGATGGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
131 TTCATTGGTAAGAAAAATCCATTGACAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAA
* **
1653182 ATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAAATA
196 ATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATA
* * * * * * *
1653247 ATATTTGAATATCTTCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAATAGTCTATTTA
261 ATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAATAGTCCATATA
* ** * *
1653312 TAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTCTTATTAATCGCTTGAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAT
326 TAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAATCCCTTGAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1653377 TNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTGTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGGCACTAAACAAATA
391 T----------TTTTTTTACATTGTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGGCACTAAACAAATA
1653442 ATAACACATGCCTTG
446 ATAACACATGCCTTG
* *
1653457 AAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTAATAATTTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTT
* *
1653521 TATATAATT-TTGTTAAAACATGTTATAATTAAATGTCTACCTCAAG-AAAC-TAGAAGAAAAAG
65 TATATAATTGTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCT-AAGAAAACAT-GAAGAAAAAA
* * *
1653583 ATATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTACAGTCACCCATGCCTCTC-AAAGCCTTATTACTCACT
128 ATATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTGACAGTCACCCATACCT-TCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * **********
1653647 CTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACA
192 CTAAATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * *
1653712 GATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAGA-AGT
257 AATAATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGA-CAAGA-ATAGT
* *
1653775 CCATATATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTT-TAAATGGTTTTATAA
319 CCATATATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAATCCCTTGAAAAT-GTTTTATAA
1653834 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 50, Indels: 16
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
468 1 0.00
469 179 0.56
470 137 0.43
471 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (460 bp):
AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTT
ATATAATTGTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAAATA
TTCATTGGTAAGAAAAATCCATTGACAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAA
ATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATA
ATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAATAGTCCATATA
TAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAATCCCTTGAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTTTTTTACATTGTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGGCACTAAACAAATAATAACACATG
CCTTG
Found at i:1654337 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1653577--1654519 Score: 768
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 332
1653567 AAACTAGAAG
* * *
1653577 AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTACAGTCACCCATGCCTCTCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAAAGCCTTATTAC
* * **********
1653642 TCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTA
66 TC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATCTTTTTAGTTA
* ** *
1653707 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGA
130 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
** * *
1653772 AGTCCATATATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAANNN
195 AGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA---
* * * * *
1653837 NNNNNNNGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATATCTA
257 ------TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTCTTAGTAAAAATAGATAATAATCGAATATCTA
* **
1653902 CCTCATGAAACGTGAAA
316 CATCAAAAAACGTGAAA
* ** * * * * * * *
1653919 AAAAAGTCATTCATCAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTATTAT
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAAAGCCTTATTAC
1653984 TCCTTTTAAATGGTTTTATAATGC-AATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATCTTTTTAGTT
66 TCC-TTTAAATGGTTTTATAAT-CTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATCTTTTTAGTT
* *
1654048 AAAACAGATAATAATTGAATG-CTTGCCTCAGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCCAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTC-TACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAG
* *
1654111 AAAAAGTCTACCTAT-TA-TCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTA
192 -AAAAGTC--CATATATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1654174 TANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTCTTGGTAAAAATAGATTATAATCGAA
254 TA---------ATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTCTTAGTAAAAATAGATAATAATCGAA
* *
1654239 TGTCTACATTAAAAAACGTGAAA
310 TATCTACATCAAAAAACGTGAAA
* * * **
1654262 AAAAA-ACAATTCATTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTTACTAATGCCTCCCAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGAC-ATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAAAGCCTTATTA
* *********** * *
1654326 CTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
65 CTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATCTTTTTAGTT
* * * * * *
1654391 AAAACAGGTACTATTTGGATGT-TCACCTCAGAACACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GACAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAG
* ** * * * * * * **
1654454 AAACGTTTATTTATAGTCACACATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
192 AAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA
1654519 T
257 T
1654520 CTCATATTAA
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 102, Indels: 55
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
340 2 0.00
341 5 0.01
342 203 0.43
343 258 0.54
344 3 0.01
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTCCCAAAGCCTTATTAC
TCCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATCTTTTTAGTTAA
AACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAA
GTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATGAT
TTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTCTTAGTAAAAATAGATAATAATCGAATATCTACATCAAAAAA
CGTGAAA
Found at i:1656311 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1655996--1657074 Score: 786
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
1655986 NNNNNNNCCA
* ** * * * * *
1655996 TTTATAGTCATCCAAACCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTCAATGG-TTTAAAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * * **
1656060 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTACAACTTATTAGAATTGAATGTCTGCCTTG
66 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGA-TACAACAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCA
* *
1656125 GGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTCCC
130 GGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA-TCCC
* **********
1656167 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAATTCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * *
1656232 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTCTTTGATAGGACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAT
66 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGATACAACAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCAG
* * * * *
1656297 GAAACATGAAGAAAAAGCTAGTCATTGATAGGAAAAGCCC
131 GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATCCC
* * * * * **********
1656337 TTTTATAGTTAACCAAGCGTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAA
1 -TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * * * * * *
1656402 TTGATTTTAGGTTGAATCTTTTCACATTCCTAGTTGA-AACAAATTATATTTTAATGTCTACCTC
65 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGAT-ACAACAGATTAGAATTAAATGTTTACCTC
** * *
1656466 AAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCA
129 AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA-TCCC
* *
1656509 TTTATAGTCACCTATGCCTTC-ACAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
1656573 CTGATTTTAGATTGAATTTTTTAA-CTTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTAAATGTCTT-CCTT
65 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGATACAACAGATTAGAATTAAATGT-TTACCTC
* ** * *
1656636 AGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAG-AAAGCCC
129 AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATCCC
* ** * * * * *
1656677 ATTTATAGTCATCCAAACCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTCAATGGTTTTAAAATCTCATAA
1 -TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
1656742 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTACAACTA-ATTAGAATTGAATGTTTGCCT
65 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGA-TACAAC-AGATTAGAATTAAATGTTTACCT
** * * *
1656806 TGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTTCC
128 CAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA-TCCC
********** * *
1656850 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGANNNNNNNNNNACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * *
1656915 TGATATTAGGTTGAATGTTTTAACATTTTTTGATAGGACAGATTATAATTAAATGTTGACCTCAT
66 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGATACAACAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCAG
* * * *
1656980 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAGGAAAAGCCC
131 GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATCCC
* * * * * *
1657020 TTTTATAGTGAACCAAGCGTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 -TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1657075 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 197, Indels: 34
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 75 0.11
170 68 0.10
171 423 0.61
172 124 0.18
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGATACAACAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCAG
GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATCCC
Found at i:1657483 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 1657239--1657472 Score: 308
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
1657229 ATATTTTTGG
* * * * * *
1657239 TTAAAACAGATTATTATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCATTGGAAAA
1 TTAAATCAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAA
* * * *
1657304 AAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACT
66 AAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
1657353 TTAAATCAGATAATAATTGAATGTCTACTTC-AGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
1 TTAAATCAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAA
* * *
1657417 GAAAAGCCCATTTACAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
65 AAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
1657467 TTAAAT
1 TTAAAT
1657473 AGTTGTATAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 2 0.02
114 101 0.98
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (114 bp):
TTAAATCAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAA
AAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
Found at i:1657655 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1657392--1658174 Score: 569
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
1657382 TCAGAAAATG
** * * * * *
1657392 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTT
* *
1657457 ATTACTCTCTTTAAAT-AGTTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAGTT-CTTTTACATTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-TTACTTTTACATTT
* * * *
1657520 TT-AGTTAAAACAGATGATAATTGAATATCTTCCTTGAG-AAACA
129 TTGA-TTAAAACAAATAATAATTAAATATCTGCCTT-AGCAAACA
* * ** * *
1657563 TGAAGAGATAGCCATTTATT-AGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCT
* * ** * *
1657627 TATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAGCTAATTTTAAGTTGATTATTTTTGCATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTACTTTTACATTTT
* *
1657692 TGATTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTGCCTTAGCAGACA
130 TGATTAAAACAAATAATAATTAAATATCTGCCTTAGCAAACA
* * * *
1657734 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTT
* * ** * * *
1657799 AGTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTTGTA-TTGAATT-TTTTTATATTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTG-ATTACTTTTACATTT
* * * * * * * * *
1657862 GT-AGTTTAAATAAATAATATTTAAATGTCTACTCTGA-AAAACG
129 TTGA-TTAAAACAAATAATAATTAAATATCTGC-CTTAGCAAACA
* * * * * * * *
1657905 TGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGACT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACAC-ATGCCTTCAAAAGCCT
* * ** *
1657969 TATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTGA--A---TT---TTT
65 TATTAC-TCGCTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTACTTTTACATTT
* * * * * * *
1658025 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTTGGAAACC
129 TTGATTAAAACAAATAATAATTAAATATCTGCCTTAGCAAACA
* * * ** * * * ** * * *
1658068 TAAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAACTTCATTTATTTTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
1658133 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTT
1658175 TAGGTCAATT
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 98, Indels: 44
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.01
163 118 0.24
164 1 0.00
166 2 0.00
170 8 0.02
171 351 0.71
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTACTTTTACATTTTT
GATTAAAACAAATAATAATTAAATATCTGCCTTAGCAAACA
Found at i:1657994 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1657392--1658174 Score: 840
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 333
1657382 TCAGAAAATG
* *
1657392 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
1657457 ATTACTCTCTTTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAGTTCTTTTACATTTTT
66 ATTACTCTCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTAATTCTTTTACATTTGT
* * * * * * * * * *
1657522 AGTTAAAACAGATGATAATTGAATATCTTCCTTGAGAAACATGAAGAGATAGCCATTTATTAGTA
130 AGTTAAAACAAATAATAATTAAATATCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCA
* * *
1657587 AGAAAAGTTCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTAT
195 AGAAAAATCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTAT
* *
1657652 AATCTCATAGCTAATTTTAAGTTGATTATTTTTGCATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAAT
260 AATCTCACAACTAATTTTAAGTTGA--A---TT---TTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAAT
*
1657717 GTCTGCCTTAGCAGACA
317 GTCTGCCTTAGCAAACA
** * *
1657734 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
1657799 AGTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTT-GTATTGAATTTTTTTATATTTG
66 ATTACTCTCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAGT-TT-AATTCTTTTACATTTG
* * * * * *
1657863 TAGTTTAAATAAATAATATTTAAATGTCTA-CTCTGAAAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATT-G
129 TAGTTAAAACAAATAATAATTAAATATCTACCT-TGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAG
* * * *
1657926 ACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGACTTATTACTTC-CTTTAAATGGT
193 -CAAGAAAAATCCATATATAGTCACAC-ATGCCTTCAAAAGACTTATTAC-TCGCTCTAAATGAT
* * * * * *
1657989 TTTATAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
255 TTTATAATCTCACAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAATGTC
* * *
1658054 TGCCTTTGGAAACC
320 TGCCTTAGCAAACA
* * * * * * * *
1658068 TAAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAACTTCATTTAT-TTTCACCCATGCTTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* *
1658132 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTT
65 TATTACTCTCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTT
1658175 TAGGTCAATT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 67, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.01
334 126 0.34
337 2 0.01
340 3 0.01
341 6 0.02
342 226 0.62
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCTCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTAATTCTTTTACATTTGTA
GTTAAAACAAATAATAATTAAATATCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAA
GAAAAATCCATATATAGTCACACATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATA
ATCTCACAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTGCCTT
AGCAAACA
Found at i:1658901 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1658377--1659075 Score: 627
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
1658367 NNNNNNNNNG
* ** ** * * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* * * ** *
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66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAC
** * * *
1658507 A-TTTGCGATTCAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAG
131 ATTTTTAG-TT-AAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAT
* * * * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* * * *
1658613 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATACTCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTT-A
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTAA
* * * * ********** * *
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* * * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGA-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
** * *
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* *
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130 CATTTTTAGTTAA-ATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAT
* * *
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1 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* * ** *** * *
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66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-CAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAA
* * * * *
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130 CATTTTTAGTTAA-ATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAT
* *
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ATTTTTAGTTAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAT
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* * *
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*
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66 CCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATCATAGATTGAATTTTTTAACAT
* * * ** *
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* * * * ***
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* * * **
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********
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326 AATGTTTTCCTTAAGG
* * * * * *
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* * * * ** * *
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66 CCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATCATAGATTGAATTTTTTAACA-
* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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1 AACATGAAGAAAAAG
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TCATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAATTACAACAGATTAGAATTA
AATGTTTTCCTTAAGG
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* * *
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* * * * ** ** *
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* * * **
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *** ** * * * *
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* * * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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CTTCATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTA
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-AAGTTGAATTTTTTTATA
* * * *
1660085 GTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCT-GAAAACATAAAGAAAATGATATTCA
194 -TTTTTATTAAAACA-ATAATAATTGAATGTCTATCT-TGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
* * * *
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256 TTA-TCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAACTTCATTACTCGCTTTAAATT
* * * *
1660212 AGTTTTGTCATCTCATAATTA
320 A-TTTTATAATCACAGAATTA
* * * ** ** * * **
1660233 ATTTTAAGTAGAGTGTTTAGGTATTTTTTATTAAAACTGATAATACTTGAATGTCTACCTTTAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATAATACTTGAATGTCTGCCTCAAGA
* * * * * * *
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* * * * *
1660362 GCCTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGATTTTTTTTCTA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT-TTAAGTTGAATTTTTTTATA
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194 TTTTTA-TTAAAACA-ATAATAATTGAATGT
1660458 TTACCTCAGG
Statistics
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TTTATTAAAACAATAATAATTGAATGTCTATCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTATC
AAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAACTTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTA
TAATCACAGAATTA
Found at i:1660642 original size:18 final size:19
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*
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*
1660650 TAAAATATTATT
1 TAAAATAATATT
1660662 AAAATATCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATATTTTATAAA
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* * ** * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * *********** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ********** * *
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* * * * * *** * * *
1662432 TTTTTAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGATAATAACGGAATGTCTGCATTAA
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* ** *
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* * * * * *** * *
1662542 ATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCG-TATTAAGTAACTTTATAATCCCATAATTG
1 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTA
* * * * ********** * ***
1662606 CTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTGCCTTGGGA
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* ** **
1662671 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTT
129 AACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTT
* ********* * * *
1662713 GTAGTCNNNNNNNNNNTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ATAGTC-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTA
** * * * * * *
1662777 ATCCTAGGTTGAATTTTTTAACATATTCAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGA
64 ATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTCATGA
* * * * * *
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129 AACATGAAGGAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCTATTT
* ** * * * *
1662884 ATAGTAACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATACTTTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAA
* * * * ********** * * *
1662949 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTACAACATATTAGAATTNNNNNNNNNNCTTAAGGA
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* * ** ** * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *****
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***** * * * * ***
1663458 NNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGA
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* ** * **
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* ** * * * * *
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1 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAA
* * * * *
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* * * ** *
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* * * **
1663798 TTTTAAGATGAATTTTTTAACAGTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGGATGTCTGCCTCATGAA
65 TTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTCATGAA
*
1663863 ACATGAA-GAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
130 ACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTT
* * * * * * *
1663903 ATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAG
1 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAA
* * * * * * * ** ***
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* * * * *
1664032 ACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTT
130 ACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTT
*
1664073 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
1 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAA
* * * *
1664138 TTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
65 TTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTCATGAA
* * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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** * ********** *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
** * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * **********
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* * * *** *
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* * *
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* ** * * * *
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* *
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255 TAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
1663734 TAGTCACTCATGCCTTCA
320 CAATCACTCAAGCATTCA
* *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
1664092 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTATA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * *
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* * * ******* * **
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* * * *
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193 GGTTTTATAATCTCAAATTAATTTTAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAAATTATA
* * * * * * * * **
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******* * *
1664395 NNNNNNNT-ATGCCTTCA
320 CAATCACTCAAGCATTCA
** * * * * *
1664412 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * * *
1664477 ACATTTTTAATTATAACAGATTAGAAATGAATGTCT-AC-CATGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA
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*********** * * * * *
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128 TTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTTTA
* * * * * * * *
1664605 AATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAGACATAT
190 AATGGTTTTATAATCTCA-AATTAATTTT-AGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAAAT
* * * * * *
1664670 TATAATTAAAGGTTTACCTCAAGAAACACGAAG-AAAAAGCCATTCATC-AGTAAGAAAAGTCCA
253 TATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCATCGA-CAAGAAAAGTCCA
* * * *
1664733 TTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCG
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* * * * * * * * *
1664755 AAAGCTTTATTACCCACTTTAAAT-GATTTTTTATTCTCATAATTGAATTTAAGGTGAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
* * * * * * *
1664819 TTACATCTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAAATATGAAAAAAAAGC
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* * * * * * *
1664882 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTT
126 TATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTT
* * * * * * * * * *
1664946 TAAATGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAATACAG
188 TAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTAATTTTA-GTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAA
* * ** ** * * *
1665011 ATTATAATTAAATGTTTACCTCAAAAAATTTGAA--AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CC
251 ATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCATCGACAAGAAAAGTCC
* * * * **
1665073 ATTTATAATCACCCAAACCTTTG
315 ATTTACAATCACTCAAGCATTCA
* *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
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Statistics
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ACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAGATATTC
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TTTATAATCTCAAATTAATTTTAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTA
AATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTTACAATCA
CTCAAGCATTCA
Found at i:1664266 original size:340 final size:339
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* ** * * * ** *
1662027 ATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGCTTTATAATCTCGCAATTGA
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** * * * * * * * ** *
1662092 TTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTATCTCAGGAA
66 TTTTAAGATGAATTTTATAACAGTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * *
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*********** * * *
1662222 CTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-T
194 CTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAG-TTTTAAGTTAAATTTTTTCACATT
* * * ** * * *
1662285 TTTAGTTAAAACAAATAATAGTTGAATGCCTGTCTCTGGAAACCTGAAG-AAAAAGCCATTCACT
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* * *
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* * * ********** * * * *
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1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
* * * * * * *** * *
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** * * * *
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* * * ** ** * * * *
1662560 AAAAGCTTTATTACTCG-TATTAAGTAACTTTATAATCCCATAATTGCTTTGAAGTTGAATTTTT
188 GAAAGCCTTATTACTCGCT-TGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAG-TTTTAAGTTAAATTTTT
* * ********** * * ** * **
1662624 TTACATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGAT
251 TCACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAA-CC
**
1662688 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
315 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* ********* * * * *
1662713 GTAGTCNNNNNNNNNNTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTA
** * * * * * *
1662777 ATCCTAGGTTGAATTTTTTAACA-TATTCAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAG
65 ATTTTAAGATGAATTTTATAACAGT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * *
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129 AAACATGAAG-AAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAA
** ** * * * * *
1662905 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATACTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
191 AGCCTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAG-TTTTAAGTTAAATTTTTTCAC
* * * * * ********* * * * **
1662970 ATTTTTAATTACAACATATTAGAATTNNNNNNNNNNCTTAAGG-AACATGAAG-AAAAAGGTATT
255 ATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATT-AAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAA-CCATT
** *
1663033 CATTGGTAAGAAAAGTTCATTT
318 CATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * ********** *
1663055 ATAGTCACCTATGACTTCGAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
* * * ** * * * * *
1663120 TTTTAGGTTGAATTTT-TAACATTTTTAGTTATGAGATATTATAATTAAATGTTTGCCTCATGAA
66 TTTTAAGATGAATTTTATAACAGTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
* ** ** * * * ** * *
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131 ACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGC
** * ** * * * * *
1663249 CTTATTACTCATTTTAAATGGTGTTATAATCTCA-ATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTT
194 CTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAGTTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTT
* * * * * * * ** * * * * *
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*
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* * * * * * * ****
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1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCACATAATT
****** * * * * * * * * * ***
1663457 NNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGATTGTCTACCTTGGG
64 AATTTTAAGATGAATTTTATAACAGTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAG
* ** * *** * **
1663521 ATACATGAAGAAAAGATATTCATTTG-CAAGTAAAGTTTATTTATTGTCACATATGCCTTCGAAA
129 AAACATGAAGAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAA
* * * ** * * *
1663585 GCCTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTTTTTTTAGTTGAATTTTTTCATAT
192 GCCTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAGTTTTAAGTTAAATTTTTTCACAT
* * *
1663650 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATTCATT
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1663715 GACAAGAAAAGTCCATTT
322 GACAAGAAAAGTCCATTT
* * *
1663733 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCAGATAATTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
* * ** *
1663798 TTTTAAGATGAATTTTTTAACAGTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGGATGTCTGCCTCATGAA
66 TTTTAAGATGAATTTTATAACAGTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
* *
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131 ACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCCT
* * *
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196 TATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAA-TAGTTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTT
* * * * ** *
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* *
1664057 TAAGAAAAGTCTATTT
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* *
1664073 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
* * * *
1664138 TTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
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* * * ********** *
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131 ACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCC
* * *
1664267 TTATTAC-C-C-----AC----TT-TAA----AT--GA-TTTTAAGTTGAATGTTTTTCATATTT
195 TTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAGTTTTAAGTTAAAT-TTTTTCACATTT
* * * * * ** * * * *
1664313 TT-GATTTAAATAGATTATATTTAAATGTCTGGCTCA-AAAACGTGAA-CACAGAGCTATTCATT
259 TTAG-TTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA-AAAACCATTCATT
*
1664375 GACAAGAAAAGTCCATTN
322 GACAAGAAAAGTCCATTT
********** ** * *
1664393 NNNNNNNNNTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
* * * * * * * * * * * * **
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* ** *********** *
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* * * * * * **
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* *
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320 TTGA-CAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
1664736 ATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACCCACTTTAAAT-GATTTTTTATTCTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCACATAATT-
* * * * * * * *
1664800 AA-TTTAAGGTGAGTTTTTTTTACA-TCTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-
64 AATTTTAAGATGA-ATTTTATAACAGT-TTT-AGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTC
* * * * * * *
1664861 TAGAAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTC
126 AAG-AAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-
* * * * * * *
1664926 AAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTT
188 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACAG-TTTTATAATCTCATAATAG-TTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * * * ** ** *
1664990 TAATATTTTTAGTTAATACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAAAAATTTGAA--AAAAAGCT
251 TCACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAA-CC
*
1665053 ATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTT
315 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* ** ** * *
1665077 ATAATCACCCAAACCTTTGAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAAT
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1665120 GATTTTAAGT
Statistics
Matches: 2087, Mismatches: 583, Indels: 165
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 153 0.07
321 39 0.02
322 37 0.02
323 3 0.00
324 2 0.00
328 3 0.00
329 2 0.00
330 1 0.00
333 1 0.00
334 2 0.00
335 3 0.00
338 79 0.04
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341 166 0.08
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344 221 0.11
345 13 0.01
346 107 0.05
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAA
TTTTAAGATGAATTTTATAACAGTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAA
ACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCCT
TATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAATCTCATAATAGTTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTT
AGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATTCATTGACA
AGAAAAGTCCATTT
Found at i:1664736 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1664558--1665126 Score: 633
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
1664548 NNNNNNNNNN
** * * * * * * *
1664558 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAATCCTTGTTACTCGTTTTTAAATGGTTTTATAATTTTA
1 CCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGATTTTATTATTTCA
* *
1664623 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAGACATATTATAATTAAAGGTTTACC
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACC
* * ** *
1664688 TCAAGAAACACGAAGAAAAAGCCATTCATCAGTAAGAAAAGT
130 TCAAGAAATATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
1664730 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACCCACTTTAAATGATTTT-TTATTCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATT-TCA
* * * * * * *
1664794 TAATTGAATTTAAGGTGAGTTTTTTTTACATCTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
65 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTAACAT-TTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTA
*
1664858 CCT-TAGAAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
128 CCTCAAG-AAATATG-AAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
1664902 CCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATTTCAT
* * * * *
1664967 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAATACAGATTATAATTAAATGTTTACCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCT
* * *
1665032 CAAAAAATTTGAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-
131 CAAGAAATATGAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
1665071 CCATTTATAATCACCCAAACCTTTGAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTA
1 CCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1665127 AGTTGAATGG
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 60, Indels: 19
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 48 0.15
170 35 0.11
171 73 0.22
172 163 0.50
173 10 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATTTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCT
CAAGAAATATGAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:1666973 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1665241--1667509 Score: 1046
Period size: 171 Copynumber: 13.3 Consensus size: 170
1665231 NNNNNNNNAG
** * * * *
1665241 CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTAAA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATT-TTTTT-AC
* * * * * * * * * *
1665306 ATTTTT-ATTAAAATATAATATAATTGAATGAT-TACTTTGAGAAATATGAAGTAAAAGCCATCC
63 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TCTACCTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTC
* ** * * *
1665369 ATTGGTACGAAAAGTCC-TTTCATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAG
127 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
********** * * * * *
1665413 CCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTTAGT-TA-TTTTTTACTTT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
1665476 TTTGGTTAAAACAGA-TAGTAACTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACG-TGAAGAAAAATCCATGCA
66 TTTGGTTAAAACAGATTA-TAATTAAATGTCTACCTTGAA-AAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1665538 TTGATAAAAAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAA
128 TTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* * * * *
1665581 GCCTTATTACTCGC-TTAAATAGTTCTTATTATCT-AT-ATTGA-TTGAAGTTAATTTTCTTACT
1 -CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACA
* ** * ** * * *
1665642 TTTTTAG-TAAAATGGA-TATAATTGAATGTCTGTCTT-AAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTTA
64 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAA-AAAGATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1665704 CTGGTAGGAAAAGTCCA-TTATTAAATCACCCACCTGCCTTC-AAAA
128 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-T-AGTCACCCA--TGCCTTCGAAAA
* * * *
1665749 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTAAC
1 -CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTAC
* * * * ** * ***
1665813 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT-GCTT-AGGAAACTTGAAAAAAAAAATTATT
63 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-AAAAGATG-AAGAAAAAGCCATT
* * * * *
1665876 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCTAAGCCTTC-AAAA
126 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* * ** * * *
1665920 GCCTTATTAGC-CACTTTAAAT-GATTTTATAAACTTTTAATTAATTTTAAGTTGAAAGTGTTTT
1 -CCTTATTA-CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TG-AATTTTTTT
* ** * * * * ** * *
1665983 ATATTTTTGGTTTTAATAGATAATATTTAAATGTTTGGCTCT-AAAAACG-TGAAAAAAAAGCTA
61 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAAAAA-GATGAAGAAAAAGCCA
* ** * ** **
1666046 TTCACT-AAAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTC-AAAA
124 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* ********** * * *
1666091 GCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTTTAAA
1 -CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-GAATTTTTTTACA
* ** * * * * ** * * ** * * *
1666156 ATTTTAATGAAAATATATTATGATTGTATGT-TTCCTTCGAGAAATTTGAAGCAAAAGTCATCCA
64 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * * *
1666220 TTGACATGAAAAGTCC-TTTCATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAA
128 TTGGTAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* * * *
1666263 CAATTTAAAGGGATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTG-ATTT
1 C--CTT------ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTT
* * * * * * * * * * *
1666327 TTTTATATTTTTAG-TAAAATAGATAATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAATGT
57 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGC
* * * *
1666391 CATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTC-AAAA
122 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
********** * *
1666439 GCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTTACA
1 -CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACA
* * * * * * * ** * * **
1666504 TCTGTT-ATTAAAACAAATTATAATTTAATGTTTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCA
64 T-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
1666568 TTAGTAAAAAAAATCCATTTGTAGTCACCCATGCTTTCGAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* ********** * * *
1666611 CCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTTTCATAATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATCA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTA-CA
* * ** * *
1666675 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA--TCGCAAGAAATTTGAAAAAAAAAAGTCAT
64 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTG-AA-AAAGATG--AAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
1666738 TCATTGATGAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAG
125 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
********** * * *
1666784 CCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAA-TTTTTTTACAT
* * * * **
1666849 TTTT-ATTACAACAGATTAAAAGTAAATGTCTACCTTGAAAAACG-TGAAGAAAAAGATATTCAT
65 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* *
1666912 TGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAAT
129 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* * *
1666954 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGAATTTTTTAACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-GAATTTTTTTACAT
**** * * *
1667019 TTTTGGTTAGGTTAGATTATAATTAAAAGTTTACCTT-AAGAAAGTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAA-AAAGATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
1667083 TGG-AAAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAA
129 TGGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
* *********
1667125 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATATTCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTGAATTTTTTTACA
* * * * *
1667189 -TTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCAACC-TCAGAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCA
64 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-AAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1667252 TTGGCAAGAAAGGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAA
128 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
** * * * * **
1667295 CCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCATTTTTTTTGTAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACAT
* * * * *
1667360 TTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAA-TTGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
1667424 TGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAC
129 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
*
1667466 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Statistics
Matches: 1580, Mismatches: 433, Indels: 169
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 10 0.01
166 50 0.03
167 27 0.02
168 104 0.07
169 92 0.06
170 311 0.20
171 547 0.35
172 144 0.09
173 111 0.07
174 51 0.03
175 5 0.00
176 4 0.00
177 66 0.04
178 21 0.01
179 33 0.02
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA
Found at i:1667255 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1666893--1667506 Score: 786
Period size: 341 Copynumber: 1.8 Consensus size: 331
1666883 TTGAAAAACG
* * *
1666893 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
*
1666958 ATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTCGAATTTTTTAACATTT
66 ATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGGTC-AATTTTTTAACATTT
*** * *
1667021 TTGGTTAGGTTAGATTATAATTAAAAGTTTACCTTAAGAAAGTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
129 TTGGTTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAAATTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G
*
1667086 AAAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
193 AAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
*
1667149 TTATATTCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATACTATAATTG
257 TTATAATCTCATAATTG----------GAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATACTATAATTG
1667214 AATGTCAACCTCAGAAAAGA
312 AATGTCAACCTCAGAAAAGA
* * * *
1667234 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
* * * * ***
1667299 ATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCATTTTTTTTGTATTTTT
66 ATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGGTCAATTTTTTAACATTTTT
* * * * *
1667364 GGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAATTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
131 GGTTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAAATTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAA
* * * * *
1667429 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
196 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
1667494 AATCTCATAATTG
261 AATCTCATAATTG
1667507 ATT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 32, Indels: 8
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 223 0.94
342 9 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
ATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGGTCAATTTTTTAACATTTTT
GGTTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAAATTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAA
AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTGGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCAACCTCAG
AAAAGA
Done.