Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397533.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4172.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9810
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1682 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:529 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1296 Score: 800
Period size: 172 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
* ** *
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-AATATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTGAAAT-TTTTT
*** * * * * *
65 TACATTTTTGGCCAAAGCAGATAATAAATGGATGTCTACGTT-AGGAAACATGAAGAAAACGATA
64 TACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATA
**********
129 TCCATTGGCAANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
127 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* ** ** * * *
173 AAGCCTTAATACTCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAATTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTA
* * * * *
238 CTTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATC
66 CATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATC
* *******
302 CATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGNNNNNNN
129 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
*** *
344 NNNCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-T-TTTTT
* * *
409 GTAC-TTTTTATTAAAACATACT-ATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATA
64 -TACATTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* *
472 TCCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
127 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * ***********
516 AAGCCTCATTACTCACTTTGAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTA
* ** * * * * ** *
581 CATTTTTAATTAAAA-A-A-ATTAGCTGAATGTTTGCCTACGA-AAACTTGAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* *
642 CATTGGTAAG-AAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * **
683 AAGTCTTATTATGTGC-C-TAAAATGTTTTTAGAATCTAATAATTG-TTTTTTGCCT-AAATTTT
1 AAGCCTTATTA-CT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG--TGAAATTTT
** * * *
744 TGCACATTTCTTGTTAAACCAGATAATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
62 TTTACATTT-TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
* * * * * *
809 ATCTAATGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCTTTCAA
126 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
** ********** * * *
854 AAGCCTTATCGCTNNNNNNNNNNGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTT
* * ** *
919 ATATTTTTTACTAAAACAGATAATAATCCAATGTCTA-CTTCGAGAAACATGAAGAAAAATATAT
65 ACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * **
983 CCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATA-TCA-CCTTACCTTTGA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* ** **********
1024 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTG-AATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTGAAATTTTTTT
* * * *
1088 ACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTCCCTCGAGCAATATGAAG-AAAAGATATC
65 ACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* **********
1152 CATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGNNNNNNNNNNCTT-AGA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-A
** * * *
1194 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACAGATTGTAAGTTATATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGA-AATTTTTTT
* *
1259 A-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
65 ACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT
1297 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 243, Indels: 79
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 71 0.08
168 81 0.10
169 83 0.10
170 134 0.16
171 203 0.24
172 246 0.29
173 18 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTA
CATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
Found at i:3110 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2815--4599 Score: 1218
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 171
2805 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2815 AAATGTTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTATATTTTTTAATAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGA
* * * **
2879 CT-ATAATTAAATGTCTAGCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCC
66 -TAATAATTGAATGTCT-GCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
* ** **
2942 ATTTATGGTCACCCATGTTTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * * *
2985 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGA
* * * * * **
3050 TAATAATTTAATGTCTGCCCTAGAAAATATGATGAAAAAGATGTCCATTGGTAGGAAAAGTATAT
66 TAATAATTGAATGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
********
3115 TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTANNNNNNNN
131 TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
** * * * * * *
3156 NNATGCTTTTATAATATCATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTAC-GTTTTTGATCAAAACAG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGAT-AAAACAG
* * * * *
3220 ATAATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAATATGAACAAAAA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 ATAATAATTGAATGTCTGCCCTAGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
*** * *
3283 ATTTATAGTCTTGCTTGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
********** * * * * * *
3326 AANNNNNNNNNNAATATCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTT-ATTAAAATAA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAACAG
* * * * * *
3390 ATTATAATTGAATCTGTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
65 ATAATAATTGAATGTCTGCC-CTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
********** ** *
3454 ATTTNNNNNNNNNNATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * * * * *
3497 AAATGATTTGATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTGAAATTTCTTATA-TTTTT-ATTAACACAG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAACAG
* ** * * * * *
3560 ATTATAATTGAATGTCT-ATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 ATAATAATTGAATGTCTGCCCTAGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
3624 ATTTATAGCCACTCACGCTTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-CTTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
* * ** *
3667 AAAT-ATTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCCTT--ATTTTTTTATGAAAACA
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGAT-AAAACA
* * * * ** * * *
3728 TATTATAATTAAATAT-TTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTC
64 GATAATAATTGAATGTCTGCCCTAGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * ** *
3792 CATTTATGGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 CATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * * *
3836 AAATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGA
* * * * ** * * * *
3901 TAATAATTTAATGTCTACCTTGGAAAATGTGATGAAAAAGATATCCTTTGGTAGGAAAAGTACAT
66 TAATAATTGAATGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* *
3966 TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTT
131 TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * * * *
4007 GAATGTTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGA
* * * * * *
4072 TAATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAACAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
66 TAATAATTGAATGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * *
4137 TTATAGTCTCGCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCA-CTTT
131 TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
* * * * * * * *
4178 AAAT-ATTTTTATAATCTGATAATTAATATTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTT-ATTTAAATA
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAACA
* * * * * * * *
4241 GATTATAATTGCATAT-TTTTCTCGAG-AAACATAAAGATAAAGATATCCATT-CTCAAGAAAAG
64 GATAATAATTG-A-ATGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT-AAGAAAAG
* * * *
4303 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-TTGGCTTT
126 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * * * **
4348 AAAT-TTTTTATAATCTCGTAATTTATATTAAATTAAAATTTTTTTAC-TTTTTCAATTAAAACA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAACA
*** * * *
4411 GATAATAATTGAATGTCTG-CCTGAGGGTACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAATC
64 GATAATAATTGAATGTCTGCCCT-AGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
*** * ** *
4475 CATTTATAGTCATGTATGCCTTCAAAAGCCCCATTTCTCA-CTTT
128 CATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
* * * * * *
4519 AAATGTTTTTATAATCTGATAATCGATTTT-TGATTGAA-TTTTTTATATTTTTTTATTAAAACA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAACA
*
4582 GATTATAATTGAATGTCT
64 GATAATAATTGAATGTCT
4600 ACCTCGAGAN
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 324, Indels: 83
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.01
169 167 0.13
170 380 0.30
171 649 0.52
172 38 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGA
TAATAATTGAATGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
Found at i:4561 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3955--4592 Score: 840
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
3945 CCTTTGGTAG
* *
3955 GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGTTTTTATA
1 GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * *
4020 ATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
66 ATCTCATAAATGATATTAAATTAAATTTTGTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * *
4085 TCTGCCTTAAAAAACATGAACAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCGCA
131 TCTGCCTGAAAAAACATGAACAAAAAAATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCGCA
*** *
4150 TGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTGATAATTAATATTAAGCTAA
196 TGCCTTAAAAAGCCCCATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTGATAATGAATATTAAGCTAA
* *
4215 ATTTTTT-TATATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGCATATTTTTCTCGAGAAACATAAAGAT
261 ATTTTTTATAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATATTTTTCTCGAGAAACATAAAGAT
4279 AAAGATATCCATTCTCAA
325 AAAGATATCCATTCTCAA
* * *
4297 GAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-TTGGCTTTAAAT-TTTTTAT
1 GAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * *
4359 AATCTCGTAATTTATATTAAATTAAAATTTTTTTAC-TTTTTCAATTAAAACAGATAATAATTGA
65 AATCTCATAAATGATATTAAATT-AAATTTTGTTACATTTTT-AATTAAAACAGATAATAATTGA
**** * *
4423 ATGTCTGCCTGAGGGTACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCAT
128 ATGTCTGCCTGAAAAAACATGAACAAAAAAATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTC-T
* * * * * * *
4488 -GTATGCCTTCAAAAGCCCCATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTGATAATCGATTTTTGA
192 CGCATGCCTTAAAAAGCCCCATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTGATAAT-GAATATTAA
* *
4552 -TTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
256 GCTAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
4593 AATGTCTACC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 37, Indels: 13
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 31 0.12
341 174 0.69
342 48 0.19
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
ATCTCATAAATGATATTAAATTAAATTTTGTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATG
TCTGCCTGAAAAAACATGAACAAAAAAATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCGCA
TGCCTTAAAAAGCCCCATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTGATAATGAATATTAAGCTAA
ATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATATTTTTCTCGAGAAACATAAAGATA
AAGATATCCATTCTCAA
Found at i:5679 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5384--5688 Score: 423
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
5374 TGTTTTAGCC
* * * * *
5384 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAATTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAGTTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAAA
* * *
5449 AAGGCTTTCGAAACTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAATATATTTTTCTTCA
66 AAGGCTTTCGAAACTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCA
5514 CGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTATAATTTTTTTAAT
131 CGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTATAATTTTTTTAAT
* * *
5553 AAAAACATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATAAATTTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAA
1 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAGTTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAAA
* * * * * * *
5618 AAGGCTTTTGAAGGC-GTGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTCGAA-ACTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTC
*
5682 ATGTTTC
130 ACGTTTC
5689 TCGAGGNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 19, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 115 0.99
170 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAGTTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAAA
AAGGCTTTCGAAACTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCA
CGTTTCCTGAGGCAGACATTTAATTATAATTTTTTTAAT
Found at i:6977 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6791--7271 Score: 509
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
6781 NNNNNNNNNN
* * * * *
6791 ATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAA
1 ATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGGCTATAAA
* * * * *
6856 TAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTTAGGCAAACATTTAACTATAAT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAGG-AAACATTCAATTATAAT
*
6921 CTATTTTAATAAAAAAATATAA-AGAA-CTCAACTTAAAATCA
129 CTATTTTAAT--AAAAATATAAGA-AATCTCAACCTAAAATCA
* * * * *
6962 TTTATAAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAA-GTGTGAGTGGCTATAA
1 ATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGTATGAGTGGCTATAA
* * *
7026 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCGCATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGA-A-ACATTCAATTATAA
* *
7091 TCTATTTTAATAAAAATATAAGAAATTTCAGCCTAAAATCA
128 TCTATTTTAATAAAAATATAAGAAATCTCAACCTAAAATCA
*********** * * *
7132 ATTNNNNNNNNNNCAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGGCTATAAA
1 ATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGGCTATAAA
* * *
7197 TGGACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACAGATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AGG-AAACATTCAATTATAAT
7262 CTATTTTAAT
129 CTATTTTAAT
7272 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 46, Indels: 17
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.07
170 124 0.48
171 106 0.41
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGGCTATAAA
TGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGAAACATTCAATTATAATCT
ATTTTAATAAAAATATAAGAAATCTCAACCTAAAATCA
Found at i:8218 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7481--9810 Score: 1432
Period size: 170 Copynumber: 13.7 Consensus size: 169
7471 NNNNCTTTCA
* * * *
7481 AAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTGTCTTCACGTTTCTCGA
1 AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-AA
* * * * **********
7546 TGTACAGATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNTTAT
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
7611 GATATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTT
130 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTG
* * * * * * *
7651 AAGGCAGGCA-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATTTTTTTGTTCATGTTTCTTA
1 AAGGCATG-AGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TA
********** * * ** * * *
7715 AGGNNNNNNNNNNATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAATAAAATTCAATTTAAAATCATTT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
7780 ATGACATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTT
128 ATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTG
* * * * * *
7822 AAGGCATGAGAGACTATAAATGTACTTTT-TCTGCCAATGGATATCTTTTTCATCACATTTTCCA
1 AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCTA
* * * * * * * * *
7886 AGGCAAACATTAAATTATTATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ********** *
7951 ATGAGGTNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCA
128 ATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-G
* * * * **
7993 AAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAA
* * * * *
8058 GGCAGACATTTAATTATAATCTGGTTTATTAAAAA-ATACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTA
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
8122 TAAGTTTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAAAAAGTCTTCTG
129 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTG
* * * * *
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9015 AAGGCATGAGTGGCTACAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAAA
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9080 GGCAGACATTCAATTATTATCTGGTTTAAC-AAAAATGTGCAAAAATTCAGGC-TAAAAACCGTT
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128 -ATGAGATTATAAAAACAT-TTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTCTG
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9184 AAGGCATGGGTGACNNNNNNNNNNC-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCT-
1 AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG--TTTCTA
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9247 AGGCAAACATTTAGCTCT--T-T-TTTTAATTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
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9308 ATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGCAAAAAGGCTT-TCA
128 ATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-G
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9350 AAGGAAT-AGATGACTATAAATGGGCTTTT-TTTCCTAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC
1 AAGGCATGAG-TGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-
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63 AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
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9477 TATGATATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTT-TCG
127 TATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-G
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9520 AAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TAA
* * *
9585 GGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAA-ATAAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAGTT
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAATAT-AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT
* ********** *
9648 ATAAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCT-
128 ATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTG
**
9690 AAGGCAT-AGGTGGCTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCACGTTTCTAG
1 AAGGCATGA-GTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTA-
* *
9753 AGG--G---TTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
Statistics
Matches: 1667, Mismatches: 415, Indels: 161
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 21 0.01
165 67 0.04
166 35 0.02
167 36 0.02
168 51 0.03
169 197 0.12
170 627 0.38
171 536 0.32
172 90 0.05
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTG
Done.