Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400055.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3274.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3171
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.06, T:0.19
Warning! 1582 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2623 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2335--3171 Score: 739
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
2325 NNNNNNNNNN
* * * *
2335 TGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTACC-TCA
1 TGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTACCTTGA
* * * * *
2399 GGAACTA-CGAAGAAATAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCATTGTTTC
64 -GAAATATCCAA-AAA-AAGCTATTCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
* * *
2462 AAAAAGCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTCTAATCTTATAAT
125 AAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
2506 TGATTTTAAGTTGATTTTTGTTAGATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTAAATGCTTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGA
* * *
2571 TAAATGTCCAAAAAAAGCTATTCATTGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTT-AA
64 GAAATATCCAAAAAAAGCTATTCATTGACA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAA
* ** *
2635 AAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
2677 TGATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCGG
1 TGATTTTAAG-TTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGA
* * * *
2742 GAAACATGCAGAAAAAG-TGATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT--
64 GAAATATCCAAAAAAAGCT-ATTCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCA
* * *
2804 AGAAGCCTTAATACTCGGTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAAT
126 AAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAAT
* *
2848 TGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-T
1 TGATTTTAAG-TTGA-TTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTT
* * * * ** * * * *
2911 CAGGAAACATGCAGAAAAAA-CTATTCATTGAGAAAAAAAAAACCCGTTTAGAGTCACCTATTCC
62 GA-GAAATATCCA-AAAAAAGCTATTCATT--G-ACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* * * * *
2975 TTC-AAAAGCCTTATTACTGGGTTTAAATTGTTTTATAATGTAATAAT
122 TTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3022 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGG-TAAAACAAACTATAATTAAATGCTTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTG
* * * *
3086 AGAAACATACAAAAAAAGCTATTCATTAAGAC-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
63 AGAAATATCCAAAAAAAGCTATTCATT--GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
*
3150 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
126 AAAAGCTTATTACTCGCTTTAA
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 84, Indels: 62
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.03
171 305 0.55
172 87 0.16
173 69 0.13
174 71 0.13
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGA
AATATCCAAAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAAG
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:3069 original size:345 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2335--3171 Score: 902
Period size: 345 Copynumber: 2.4 Consensus size: 338
2325 NNNNNNNNNN
* * *
2335 TGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTACCTCAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGG
* * * * * * * *
2400 G-AACTACGAAGAAATAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCATT-GTTTCA
65 GAAAC-ATGCAGAAA-AAGTATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT--
* * * *
2463 AAAAGCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTGTT
126 AAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTGTT
* * * *
2528 AGATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTAAATGCTTACCTTGATAAATGTCCAAAAAAAGCTATT
191 ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTGGATAAATG-CCAAAAAAAGCTATT
* * ** * * * *
2593 CATTGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGGCTTATTACTTACTTTAAAT
255 CATTGAAAAAAAAAACCCATTTAGAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAAT
*
2658 GGTTTTATAATCTCATAAT
320 GGTTTTATAATCTAATAAT
* *
2677 TGATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCGG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGG
*
2742 GAAACATGCAGAAAAAGTGATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGA
65 GAAACATGCAGAAAAAGT-ATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * *
2807 AGCCTTAATACTCGGTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT
129 AG-CTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTGTT
*
2871 ACATTTTCT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTCAGGA-AACATG-CAGAAAAAA-
191 ACATTTT-TGATTAAAACAGACTATAATTAAATGCT-TACCT--GGATAA-ATGCCA-AAAAAAG
* * * **
2931 CTATTCATTGAGAAAAAAAAAACCCGTTTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGG
250 CTATTCATT--GAAAAAAAAAACCCATTTAGAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTGAC
* *
2996 TTTAAATTGTTTTATAATGTAATAAT
313 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
* * * * * *
3022 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAAACTATAATTAAATG-CTTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCG
* * * * * *
3086 AGAAACATACAAAAAAAGCTATTCATTAAG-ACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
64 GGAAACATGCAGAAAAAG-TATTCATTGAGAAC-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
3150 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
127 AAA-GCTTATTACTCGCTTTAA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 60, Indels: 35
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 7 0.02
342 138 0.33
343 65 0.16
344 12 0.03
345 192 0.46
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGGG
AAACATGCAGAAAAAGTATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTGTTACATT
TTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTGGATAAATGCCAAAAAAAGCTATTCATTGA
AAAAAAAAACCCATTTAGAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTAATAAT
Done.