Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400059.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3278.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7680
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1531 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2423 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1938--4074 Score: 1999
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
1928 NNNNNNNNNN
* * * *
1938 TACTTGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-ATTTTGG
* * * **
2003 TTAAAATAAACTATAATTGAATG-CTTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCA
* * * * *
2066 AGAAAAG-TCTGTTTATAGTCTCGCATTCCGTCAAAAGCTTTAT
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* * * * *
2109 TGCTTGCTTTAAATTG-GTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTA-TTTTTG
1 TACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTG
* * * * ** *
2171 GGTAAAACAGATCATAATTGAATATCTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
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2236 GAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
2278 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTGGG
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT-GG
* * ** * *
2343 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGTGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * * *
2408 AAAAGTTCGTTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTAAC
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
2449 AACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTGTTTACATTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTG
*
2512 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCA
* *** *
2576 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
128 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2619 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTGTTTTCAATTATT
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTAC-ATT-TT
* ** * * **
2684 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGA-GAAGAAAAAGACATTCATTTAC
63 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* * *
2748 AAGAAAAGTGT-ATTTATAGTCACCAATTCTTTCCAAAG-CTCTAT
127 AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TAT
* * * * **
2792 TACTCGTTTTAATTGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT-TTGG
* * * * * * * * *
2857 TT-AAATAG-TCTATAATTGACTGTCTGCATCAAGAAACAT-AAAAAAAAG-TATTCTTTTGTAA
65 TTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * * *
2918 AAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * *
2960 TACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTATATTATT
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATT-TT
* * ** * **
3024 GGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGCA
63 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
*
3089 AAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
128 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
3132 TACTCAG-TTTAAATG-GTTTACAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTT
1 TACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACA-TTT
* ** ** * *
3195 TGGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTTGAAAGGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGC
62 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
*
3260 AAGGAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
127 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
3304 TACTCTCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTCTTTACATTTGTGG
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT-TGG
* * * * *
3369 TTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTGATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * * *
3434 AAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTGCTTCAAAATCCTTAT
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
3475 GATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTAGT
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATT-TT
* * * * * * * *
3540 AGTAAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCC
63 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * *
3605 AGAAAAGTTCATTTATATTCACCTATT-CTCTCAAAAGTCTTAT
128 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTAT
* * * ***
3648 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTACA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT-TTGG
* * * * * *
3713 TTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTAGTAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * *
3777 AAAAGTTTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAA
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
3818 TATTCGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTG
* ** * * * ** *
3882 GTTAAAACA-CTCTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGACACTTGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-
64 GTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGGC
* * * * * *
3945 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCGTAA
127 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * ** * * **
3989 TACTTGCTTTAAAAGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTT-TACATTTTG
* *
4054 G-AAAAACAGACTATAATTGAA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAA
4075 GGAAAAAGCA
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 301, Indels: 110
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 82 0.05
169 162 0.10
170 341 0.21
171 512 0.32
172 205 0.13
173 305 0.19
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTGGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:2670 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1938--4562 Score: 2412
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 341
1928 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1938 TACTTGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATTTTGG
* * * * *
2003 TTAAAATAAACTATAATTGAATG-CTTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACA
* * * * * * * * *
2066 AGAAAAG-TCTGTTTATAGTCTCGCATTCCGTCAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATTGGTTTA
128 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
2130 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-TATTTTTGGGTAAAACAGA-TCATAATTGA
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGA
* * ** * * *
2192 ATATCTACGTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
256 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
2256 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
320 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
2278 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTGGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTT-GG
* * * *
2343 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGTGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * * ** *
2408 AAAAGTTCGTTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTAACAACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
2473 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
195 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
**
2537 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCAT
260 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT
*
2602 TCCTTTAAAAGCCTTAT
325 TCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
2619 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTGTTT-TCAATTAT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTAT--ATT-T
* ** * *
2683 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGA-GAAGAAAAAGACATTCATTTA
62 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * * * *
2747 CAAGAAAAGTGT-ATTTATAGTCACCAATTCTTTCCAAAG-CTCTATTACTCG-TTTTAATTGAT
126 CAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATAG-T
* * * *
2809 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCA-TT-AAATAGTCTATAA
188 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
2872 TTGACTGTCTGCATCAAGAAACAT-AA-AAAAAAGTATTCTTTTGTAAAAAAAGTCCATTTATAG
252 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
2935 CCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTAT
317 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * *
2960 TACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTATATTATTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTATATT-TTG
* * * * ** *
3025 GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* *
3090 AAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAT-GGTTTA
129 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
3152 CAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTG
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
** ** * * * * *
3217 AATGTCTACCTCTTGAAAGGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTTATAGTCA
255 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
3282 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
320 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * *
3304 TACTCTCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTCTTTACATTTGTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTT-TGG
* * * * * * *
3369 TTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTGATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
3434 AAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTGCTTCAAAATCCTTATGATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
130 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * *
3499 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTAGTAGTAAAAACAGATTATAATTAAAT
195 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
3564 GTCTACCTAAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAGAAAAGTTCATTTATATTCACCT
258 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
*
3629 ATT-CTCTCAAAAGTCTTAT
323 ATTCCT-TCAAAAGCCTTAT
* * * ***
3648 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTACA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATT-TTGG
* * * * * *
3713 TTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACT-AGTAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAA
* * * * * *
3776 GAAAAGTTTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAATATTCGCTTTAAAAAGTTTTATA
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * **
3841 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACACTCTATAATTGAATG
194 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * ** * *
3906 TCTGGCTCAAGACACTTGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCCC
259 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* * *
3970 ATTCCTTTAAAAGCCGTAA
323 ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ** * * *
3989 TACTTGCTTTAAAAGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTT-TATATTTTG
* * *
4054 G-AAAAACAGA--CT-A-T-AA----T---T---G--A-A-G--GAAAAAG-CATTCATTGGCAA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * * *
4096 GAAAAATCCATTAATAGTC-CCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
4160 AATTTCATAATAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TCAAAACATATTATAATTGAA
193 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
4223 TG-CTTGCCT-TAGAAAACATGTA-AAGAAA-CTTATTTATTTTG-AAGAACAGTCTATTTATAG
257 TGTC-TACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAAGC--ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
4283 TCTCCCGTACCTTCAAAAGCCTTAT
317 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** *
4308 TGTTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTATGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTT-TGG
* * * *
4373 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATT-AGCAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAA
* * * * * * * * * *
4437 GAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCTAATAACTCGTTTTAAATGGATTTATA
129 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
4502 ATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
194 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
4563 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1872, Mismatches: 336, Indels: 153
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 7 0.00
318 15 0.01
319 136 0.07
320 88 0.05
321 8 0.00
322 1 0.00
323 2 0.00
324 2 0.00
325 1 0.00
327 1 0.00
328 1 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
336 1 0.00
337 3 0.00
338 3 0.00
339 33 0.02
340 292 0.16
341 512 0.27
342 69 0.04
343 395 0.21
344 294 0.16
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTGGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
CCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:4471 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4092--4562 Score: 529
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
4082 GCATTCATTG
* * * *
4092 GCAAGAAAAATCCATTAATAGTCCCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
4157 TATAATTTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATCAAAACATATTATAATTGA
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* * * *
4222 ATGCTTGCCTTAGAAAACATGTAAAGAAACTTATTTATTTT
131 ATGCTTACCTTAGAAAACATGTAAAAAAACATATTTATTTA
* * ** * * ** *
4263 G-AAGAACAGTCTATTTATAGTCTCCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTGTTGGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
4327 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
* *
4392 AATGTTTACCTCGT-G-AAACATG-AAGAAAAAGATATTTA-TTA
130 AATGCTTACCT--TAGAAAACATGTAA-AAAAACATATTTATTTA
* * * * * *
4433 GCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCTAATAACTCGTTTTAAATGGATT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
4498 TATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
4563 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 49, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 113 0.46
171 131 0.53
172 1 0.00
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
ATGCTTACCTTAGAAAACATGTAAAAAAACATATTTATTTA
Found at i:6573 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 6391--6709 Score: 396
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
6381 NNNNNNNNNN
* * * * *
6391 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAGTTGATTTT-GAATTGA-ATTTGTTTAC-A
1 TTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTAATTTTAG-ATTCAGATTTGTTTACAA
* * *
6453 TTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTAAGTGCCTACCTCA-TGAAACATGAAGAAAAAAA-CATTC
65 TTATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCT-AGAGAAACATGAA-AAAAAAAGCATTC
**
6516 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAGAAGCC
128 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAGAAGCC
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6562 TTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTCAGTTTTGTTTTCAAT
1 TTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTAATTTTAGATTCAGATTTGTTTACAAT
* * * * *
6627 TATTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATT
66 TATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATT
6692 GACAAGAAAAGTCCATTT
131 GACAAGAAAAGTCCATTT
6710 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 41 0.33
172 17 0.14
173 65 0.53
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTAATTTTAGATTCAGATTTGTTTACAAT
TATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATT
GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAGAAGCC
Done.