Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400060.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3279.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1745
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 442 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1136 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 744--1742 Score: 1023
Period size: 172 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
734 NNNNNNNNNN
* * * * *
744 GTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGACACC
1 GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
808 CATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAG-TTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGAATTAAATT
66 CATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATT
* * *
872 TGAATGTGTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAAT
130 TGAAT-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * *
916 GTCTACCAT-GAGATACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCATC
1 GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
980 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTTTAACTT
66 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * *
1045 GAATTTTTCTATATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAAT
131 GAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * ** *
1087 GTCTATC-TCGGGAAACGT-AA-AAAAAGAGACATTTTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAA
1 GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAA-AG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * * *
1149 CCCATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCAG-TTTGAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAA
64 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAA
* * *
1213 TTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAAATAGAATTGATT
128 TTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * *
1259 GTCTACAAT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACC
1 GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * * * * *
1323 CATATATTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTTTAATGCCATAATTGATTTTAAGTT
66 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATTT
*
1388 GAATATTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGAAT
131 GAAT-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * * * * *
1430 GTCAACC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAACGCATACATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACC
1 GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
1494 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
66 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * *
1559 GAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAATAGACTAGGATTG-AT
131 GAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* *
1601 CGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 -GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * *
1665 CCATACCTTTAAAAGCCTTAGTGCTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGT
65 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATT
1730 TGAATTGTTTTTA
130 TGAATT-TTTTTA
1743 TAT
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 132, Indels: 38
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 7 0.01
171 271 0.40
172 380 0.56
173 8 0.01
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTCTACCATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAATTT
GAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
Found at i:1415 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 754--1742 Score: 1286
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 342
744 GTCTACCTTC
* * * * * * *
754 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAG-ACACCCATTCCTTCA
1 AGAAACGTAAAGAAAAACGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTA-ACCCATTCCTTCA
* * * * *
818 AGAGCCTTATTACTTAGTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGAATTAAATTTGAATGTGTTG
65 AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTTTTTG
* * * *
883 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGATACATGAAGAAAAAAGTAT
129 TACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* *
948 TCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
194 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
1013 CGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTTTAACTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTTAAACAGACTA
259 TGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTTAAACAGACTA
* * *
1078 TAATTGAATGTCTATCTCG
324 TAATTGAATGTCAACCTCA
* ***
1097 GGAAACGTAAA-AAAAGA-GACATTTTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTC
1 AGAAACGTAAAGAAAA-ACG-CATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTC
** *
1160 AAAAGTGTTATTACTCAGTTTGAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTTTTT
* * * * *
1225 TTACATTTTTGATTAAAACAAAATAGAATTGATTGTCTACAATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
128 GTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * ** *
1290 TTTATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATATATTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
193 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
1355 ATAGTTTTTTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTT-GGTTAAACAGAC
258 ATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGGTTAAACAGAC
1419 TATAATTGAATGTCAACCTCA
322 TATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * *
1440 AGAAACGTAAAGAAAAACGCATACATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
1 AGAAACGTAAAGAAAAACGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAA
* * *
1505 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
66 AAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * * * *
1570 ATATTTTT-AGTTAAAATAGACTAGGATTGATCGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
130 ACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * *
1634 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTAGTGCTCTCTTTAAA
194 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1699 TGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTA
259 TGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA
1743 TAT
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 80, Indels: 20
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 8 0.01
343 529 0.95
344 19 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AGAAACGTAAAGAAAAACGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTTTTTGTA
CATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTTAAACAGACTATA
ATTGAATGTCAACCTCA
Done.