Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400062.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3281.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3511
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.09, T:0.26
Warning! 1056 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1945 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 702--2831 Score: 1483
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
692 NNNNNNNNNN
* * * *
702 AAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAACTTTCTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** *
767 CATTTTT-GTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCCCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
* * * * ** *
831 ATTGGTAAAAAAAATGCATTTATAGTCACATATGCCTTGGA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * * *
872 AAGCCTTATTATTCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATATTTTTN
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
********* * * * * *
937 NNNNNNNNNTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGTAACATGGAGAAAAATATATTC
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
* * * * *
1002 GTTGGCAAGAAAGGTCCATTAATAGTCACCTATGCTTTCGA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * *
1043 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCCCATAATCT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTGAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * ** * * * *
1107 TTCATTTGTAGTTCAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAGAAGCTAT
64 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* *
1172 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* ** * * * * *
1215 AAGCCTTAGTACAT-TTTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTGAAGTTAAATTTTATT
1 AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * * * * * *
1279 ACATTTTTGGTT-AAACAAATTATTGATT-AACATCT-GCTAAGGGAAACAAGGAGAAAAGGCTA
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
1341 ATCATTGGCAA-AAACAGTCCATTTAGAGTCACCTATG-CTTCCAA
128 TTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CGA
* **********
1385 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNCTTT-AAGTTG-ATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
** * * * *** * * **
1448 TTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* ** * * ** * *
1513 CATTGGTATCAAAAG-CCTATTTATACTAACTTATGACTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * *
1555 AAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTT
* * ** * * *
1620 ACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAG-AAAAGGTCAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGAT-AT
** * *
1684 TCATTGGCATCAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * * * *
1727 AAGTCTTATTAAC-CTCTTCAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTT
1 AAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
1791 ATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * *
1856 CATTGG-TAGAAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGA
130 CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * * ******
1898 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCA-AAGTTGATTTTAAGTTGAATNNNNNN
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
**** * * *
1962 NNNNTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTGAATAG-CTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* ** *
2026 ACATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCTA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * ********** * *
2069 ACG-CTTATTACTCGGTTNNNNNNNNNNTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
* *
2133 CATTTTTGGTTAAAACA-TTTAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA-AGTGAA-AAAAAAATAT
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAAGATAT
* * *
2195 TTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * *
2238 AAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGTTTTTATAATATCGTAATTGACTTT-AAGTT-AATTTTTT
1 AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTT
** * * * ** * **
2300 TTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGATAAAAATGACA-AAAAAGCCA
64 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGA-AGAAAAAGATA
* * * * *
2364 TTCATGGGCAAGAGAA-CCCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * ** *
2408 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTCAGTTGAATTTGTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
** * * *********** **
2473 CATTTTCAGTTCAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTANNNNNNNNNNAAGAAAAAGCCATTC
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
* * * **
2538 ATTGGCAA-AAACAATCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTTAA
131 ATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* ********** * * *
2579 AAGCCTTATTGC-CTGNNNNNNNNNNTTTTATAATTTAATATTTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
2643 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATAGGAAAACGTGAAGAAAAAGATATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * * * *
2708 CATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATATTTACCCATTCCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* ** * * * * * *
2749 AAGCCTTATTGCTTACTGTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTAT-AAATTCAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TGAAGTTGAA--TTTTT
**
2813 TTGTATTTTTGGTTAAAAC
63 TTACATTTTTGGTTAAAAC
2832 TAATTACAGT
Statistics
Matches: 1496, Mismatches: 412, Indels: 102
0.74 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 139 0.09
170 490 0.33
171 571 0.38
172 292 0.20
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
Done.