Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400063.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3282.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7822
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Warning! 933 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1041 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 742--2531 Score: 1681
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 171
732 NNNNNNNNNG
* * * * *
742 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
807 TTTAAAAGGCTTT-TTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCACAATTGATTTTTAA-TTGAAT
66 TTCAAAA-GCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT
*
870 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCTA
129 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
** * * *
913 CCTCAAGAAACGGGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCATGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** *
978 ATCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
66 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
1043 TTTTCTATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTA
131 TTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
1084 ACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
1149 TTCAAACA-CCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATT
66 TTCAAA-AGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * * * *
1213 TTTTTACGTGTTTCACTAAAACT-GATAATTATTAAATGTCTA
130 TTTTTATATTTTTTATTAAAA-TAAATTATAATTGAATGTCTA
* ** *
1255 CCTC-AGAAAACATGAAGAAAAA-AAATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGT-ATCCCATG
1 CCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATG
* * * * * * *** * * * *
1317 GCTTTAGAAGCCTTACTAATTGTTTTAAATATTTTGATAAACTCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
64 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
1382 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
129 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* * ** * * * *
1425 CATCTAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTACGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
1490 TTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
66 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
**
1555 TTTT-TCATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
131 TTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* ** * * * * * *
1596 ACTCGGGAAACGTGAGGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
1661 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTT
66 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* *** * * * *
1726 TTCTGCGTGTTTCATTAAAACTGAAA--ATTATTAAATGTCTA
131 TTTTATATTTTTTATTAAAA-T-AAATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
1767 CCT-AAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATGG
1 CCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * **
1831 CTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTCGGTTGAATT
65 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
1896 GTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATCTCTA
130 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
1938 CCTTAAGAAAC-GGAAAGAAAAAGACATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCTATGC
1 CCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * *
2002 CTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATTTTATAATTGTTTTTAAGTTAAATT
65 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
*********** *
2067 TTTTTATAANNNNNNNNNNAATAGATTATAATTGAATGTCTA
130 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * **
2109 CCTC-AGTAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTACAATCACCCACAC
1 CCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
2173 CTTCAAAAGCTTTTTTA-TTAGCTTGAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAAT
65 CTTCAAAAGCTTTATTACTCA-CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * * * *
2237 TTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTG
129 TTTTTTA-TATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
*** * * * * ** * * *
2280 CCTTGGGAAATAGGAA-AAATAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCACGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * ** *
2344 TTCAAAAGGCTTT-TTACTCGCTTTAAATGTTTTTCA-AATCTCATAGTTGATTTTAAGTCAAAC
66 TTCAAAA-GCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
2407 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTG
129 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
2450 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATCCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
2515 TTCAAAAGCCTTATTAC
66 TTCAAAAGCTTTATTAC
2532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 278, Indels: 62
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 291 0.22
171 1001 0.76
172 10 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
Found at i:1737 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 749--2531 Score: 1979
Period size: 512 Copynumber: 3.5 Consensus size: 511
739 NNGCCTCAAG
** * * * * * *
749 AAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CCCACGCCTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAG-TATCCAATGGCTTTAAA
* ** * * * * * *
813 AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCACAATTGATTTTTAATTGAATTTTTTTAT
65 AGCCTTACTAATCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTAT
* *
878 ATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGGGAAGAAAAAGATATCCA
130 ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAAC-GGAAGAAAAAGATATCCA
* * * *
943 TTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCC-ATGCCATCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATA
194 TTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATG
* *
1007 CTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCTATTTTTGATTAAAATAAATAAT
258 CTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTC-ATTTTTGATTAAAATAAATTAT
* *
1071 AATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA
322 AATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
*
1135 TACTCACCCATGCCTTCAAACA-CCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAA
386 TACTCACCCATGCCTTCAAA-AGCCTTATTA-TCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
1199 TTTTAAATTGAATTTTTTTACGTGTTTCACTAAAACTGATAATTATTAAATGTCTACCTCAGA
449 TTTTAAATTGAATTTTTCTACGTGTTTCACTAAAACTGAAAATTATTAAATGTCTACCTAAGA
* * *
1262 AAACATGAAGAAAAA-AAATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTATCCCATGGCTTTAGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTATCCAATGGCTTTAAAA
* * * *
1326 GCCTTACTAATTGTTTTAAATATTTTGATAAACTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA
66 GCCTTACTAATCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA
* * *
1391 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCAT
131 TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACG-GAAGAAAAAGATATCCAT
* *
1456 TGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGTT
195 TGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCT
*
1521 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAAATTATAAT
260 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAAATTATAAT
* * *
1586 TGAATGTCTAACTCGGGAAACGTGAGGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATACT
325 TGAATGTCTAACTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACT
1651 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
390 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
1716 AATTGAATTTTTCTGCGTGTTTCATTAAAACTGAAAATTATTAAATGTCTACCTAAGA
454 AATTGAATTTTTCTACGTGTTTCACTAAAACTGAAAATTATTAAATGTCTACCTAAGA
* * *
1774 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATGGCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTATCCAATGGCTTTAAAA
** * * * *
1839 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTCGGTTGAATTGTTTTATA
66 GCCTTACTAATCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA
* * *
1904 TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATCTCTACCT-TAAGAAACGGAAAGAAAAAGACATCCA
131 TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAACGG-AAGAAAAAGATATCCA
* *
1968 GTGGCAAGAAAAGT-TCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATG
194 TTGACAAGAAAAGTCT-ATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATG
* * * * *********** *
2032 CTTTTATAATTTTATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-AANNNNNNNNNNAATAGATTAT
258 CTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGATTAAAATAAATTAT
* * * * * * *
2096 AATTGAATGTCTACCTCAGTAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTAC
322 AATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * *
2161 AATCACCCACACCTTCAAAAGCTTTTTTATTAGCTTGAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATT
387 ACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATCA-CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *** * * * * * * ** *
2226 TTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTGGG
451 TTAAATTGAATTTTTCTACGTGTTTCACTAAAACTGAAAATTATTAAATGTCTACCTAAGA
* * * * * * * * * * * * *
2287 AAATAGGAA-AAATAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCA-CCCACGCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGT-ATCCAATGGCTTTAAA
* ** * * * * ** *
2350 AGGCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTCA-AATCTCATAGTTGATTTTAAGTCAAACTTTTTTA
65 AGCCTTACTAATCGCTTTAAATATTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
2414 TATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATCC
129 TATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAAC-GGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * * *
2479 AATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTAC
193 ATTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTAC
2532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 163, Indels: 35
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 639 0.59
513 444 0.41
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
AAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTATCCAATGGCTTTAAAA
GCCTTACTAATCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACGGAAGAAAAAGATATCCATT
GACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAAATTATAATT
GAATGTCTAACTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTC
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
TTGAATTTTTCTACGTGTTTCACTAAAACTGAAAATTATTAAATGTCTACCTAAGA
Found at i:4158 original size:514 final size:490
Alignment explanation
Indices: 3508--4515 Score: 998
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 490
3498 GAAAGCTTTA
* * *
3508 TTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTCTATTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAA-GTTTTTCTATTTTTG
*
3573 ATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTAACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGGGA
65 ATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGGGA
* *
3638 GAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATATTTTGATA
130 GAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTGATA
********
3703 AACACATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATG
195 AACACATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTT--TATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
3768 TCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTAACCTA
258 GCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAAACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCAATAGTAACCTA
* * * *
3833 TGCCTTCGAAAGCTTCATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
323 TACCTTCGAAAGCTTCATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGATG-
* * * ** **
3898 ATTGTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAACTCTGGAAACATGAAGA
387 ATT-TTTTTTAAATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAACTC-AAAAACACCAAGA
*
3962 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
449 AAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
*
4004 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTG
1 ------------------TTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTG
* * * * *
4069 AA-TTTTTCTATGTGTTTTATTAAAACT-GATAATTATTAAATGTTTACCTC-AGAAAACATGAA
48 AAGTTTTTCTAT-T-TTTGATTAAAA-TAAATAATAATTAAATGTCTAACTCGAG-AAACATGAA
********** * * * *
4131 GAAAAAGATATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGGCTTTAAAAGCCTTATTA
109 GAAAAAGATATCCATTGGGGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ***** ********
4196 CTCACTTTAAATATTTTTATAATTTTGTAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNTATT
174 CTCACTTTAAATATTTTGATAAACACATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTT--TTATATTTTATT
* *
4261 AAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTCAAGAAATGGAAAGAAAAAAACATCCATTGACAAGAA
237 AAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAAACATCCATTGACAAGAA
* * * *
4326 AAGTCCATCAATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATT
302 AAGTCCATCAATAGTAACCTATACCTTCGAAAGCTTCATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATC
* * *
4391 TTACAATTAATTTTAAGATGATTTTTTTTACAATTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCT
367 TCACAATTAATTTTAAGATGATTTTTTTTA-AATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * *
4456 ACCTCAAAAACGCCAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
431 AACTCAAAAACACCAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
4516 ACACCTTCAA
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 78, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 62 0.15
513 33 0.08
514 312 0.76
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (490 bp):
TTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAAGTTTTTCTATTTTTGA
TTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGGGAG
AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTGATAA
ACACATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGGCT
ACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAAACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCAATAGTAACCTATAC
CTTCGAAAGCTTCATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGATGATTT
TTTTTAAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAACTCAAAAACACCAAGAAAAAGAT
ATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
Found at i:5236 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2987--5295 Score: 1137
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 169
2977 NNNNNNNNNN
* * *
2987 AAAGGCTT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCGAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* ** * *
3051 ACGTTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATC
65 ACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT-
* * **********
3116 CAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNN
129 CAATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
*
3157 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTCTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TT
* * ** * *
3220 TTACGTGTTTCATTAAAATCGATAATTATTGATTGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGAT
63 TTACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAAACATGAAGAAAAAGAT
* ********** * *
3284 ATCCATTGACAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCACGCCTTCA
127 ATCAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * * * * *
3328 AAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTTACAATTGATTTTCAGTTAAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTT
* * * * * * **********
3393 ATATTTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACNNNNNNNNNNAGATAT
65 ACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * * * *
3457 CCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCATCG
129 CAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* ** **
3499 AAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * ** * *
3564 -CTATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTAACT-CGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
65 AC-ATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGA-AAACATGAAGAAAAAGATA
* ** * * *
3627 TCCATTGGGGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCA
128 TCAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * *
3670 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATATTTTGATAAACACATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* *********** * * * *
3735 ATATTTNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCA--AAGAAAAAGATA
65 ACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAA-ACATGAAGAAAAAGATA
** * * * *
3798 TCCGTTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTAACCTATGCCTTCG
128 TCAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
** **
3841 AAAG-CTTCATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTT
** ** * ** ** *
3905 TTTTATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAACTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATA
63 TTACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATA
* * **********
3970 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCNNNNNNNNN
128 TCAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
********* * * * *
4013 NNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
** * * * * * *
4078 ATGTGTTTT-ATTAAAACT-GATAATTATTAAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATA
65 ACAT-TTTTCATTAAAA-TAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATA
********* * * * * *
4141 TNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGGCTTTA
128 T-CAATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * ** *
4184 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATTTTGTAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTNN
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT--
******** * * * * * *
4249 NNNNNNNNT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTCAAG--AA-ATGGAAAGAAAAAAA
64 TACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAAACAT-G-AAGAAAAAGA
* * ** **
4310 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCAATAGTCACCTATA-CCTTTG
126 TATCAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCA
* ** ** * * * * * *
4355 AAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATTTTACAATTAATTTTAAGATGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
** * * * * ***
4420 ACAATTTTT-ATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGCCAAGAAAAAGATAT
65 AC-ATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATA-
*
4483 TC-ATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACA-CCTTCA
128 TCAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCA
* * * * * * * * *****
4525 AAAGCTTTTTTATTAGCTTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATNNNNNN
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
**** ** * * * * ** * * * *
4590 NNNNTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGTCTTGGGAAATAGGAA-AAATAGATATT
65 ACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATA-T
* * * *
4654 C-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCACA-CCTTCA
129 CAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCA
* * * * **
4695 AAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTCA-AATCTCATAATTGATTTAAAGTCAAACTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * *
4759 TACATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTGTCTAAGGAAACATGAAGAAAATGATAT
64 TACATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* *
4824 CCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATA-CCTTCA
129 -CAATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCA
********** *
4866 AAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
* * * * * *
4931 ACGTGTTTCATTAAAACT-GATAATTATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAATATAT
65 ACATTTTTCATTAAAA-TAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * *
4995 CCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCA
129 CAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * *
5037 AAAGACTTTTTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCACAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* ** * * *
5102 TATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCT
66 CATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATC-
5167 AATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
130 AATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
********** *
5207 AAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
* *
5272 ACGTGTTTCATTAAAACT-AATAAT
65 ACATTTTTCATTAAAA-TAAATAAT
5296 TTTGAGTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTTCATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCA
ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
Found at i:5289 original size:341 final size:332
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
4651 ATTCATTGGT
* * * * *
4661 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTC
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTC
* * *
4726 AAATCTCATAATTGATTTAAAGTCAAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAA
66 AAATCTCACAATAGATTTAAAGTCAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTAAA
** * * *
4791 TGTCTGTCTAAGGAAACATGAAGAAAATGATATCCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
131 TGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
4856 TATACCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
196 TATACCTTCAAAAGCCTT---------ATTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
*
4921 GAATTTTTCTACGTGTTTCATTAAAACTGATAATTATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGA
252 GAATTTTTCTACGTGTTTCATTAAAACTAATAATT-TTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGA
4986 AAAATATATCCATTAGC
316 AAAATATATCCATTAGC
* *
5003 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAATTATTTTT-
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTC
* ** * * *
5067 ATAATCTCACAATAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGA
66 A-AATCTCACAATAGATTTAAAGTCAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTAA
* * * *
5131 ATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 ATGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
5196 CTA-AGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
195 CTATA-CCTTCAAAAGCCTTA---------TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
5260 TTGAATTTTT-TAACGTGTTTCATTAAAACTAATAATTTTGA
250 TTGAATTTTTCT-ACGTGTTTCATTAAAACTAATAATTTTGA
5301 GTTGAATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTC
AAATCTCACAATAGATTTAAAGTCAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTAAA
TGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
TATACCTTCAAAAGCCTTATTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTC
TACGTGTTTCATTAAAACTAATAATTTTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAATATATC
CATTAGC
Found at i:5462 original size:213 final size:214
Alignment explanation
Indices: 5077--5485 Score: 504
Period size: 213 Copynumber: 1.9 Consensus size: 214
5067 ATAATCTCAC
* * * *
5077 AATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTC
1 AATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCCACCTC
* * *
5142 AGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
66 AGAAAACGGGAAGAAAAAGATATCTAATTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCA
**********
5207 AAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTT
131 AAAGCCTTATCACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATCTTTTT
5271 AACGTGTTTCATTAAAACT
196 AACGTGTTTCATTAAAACT
* * * **
5290 AATA-ATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATGAAAACAGATTTTAATTGAATGTCCACCT
1 AATAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCCACCT
* *
5354 C-GAGAAACGGGAAGAAAAAGATATC-CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA-CC
65 CAGA-AAACGGGAAGAAAAAGATATCTAATT-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCA-AGCC
* * *
5416 TTCGAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCT
127 TTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATCT
5481 TTTTA
192 TTTTA
5486 TATTTTTATT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 27, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
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AATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCCACCTC
AGAAAACGGGAAGAAAAAGATATCTAATTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATCACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATCTTTTT
AACGTGTTTCATTAAAACT
Found at i:6121 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
5786 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
5796 TAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAAC
1 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAAT
* * * *
5860 GTGAAGACAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACACCTTCAAAAGCTT
65 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAG-AT
*
5925 TTTTA-TTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTT
129 TTTTACTTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
5967 TAAGTTAAATCCTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTAATGTTTGCCTTAGGAAAT
1 TAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAT
* * * * **
6032 GGGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGCCTTCAAAATGAT
65 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAA-GAT
* * *
6097 TTTTACTCA-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATATTTGATTT
129 TTTTACTTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * *
6139 TAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTT-ATTAAAATTGATTAGAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAA
1 TAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAA
* * *********
6202 TGTGAAGTAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCNNNNNNNNNN
64 TGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACC-TTCAAAAGA
*
6267 TTTTTAC-TAGCTTTAAATGTTTTTATAATAC-CATAATGGATTT
128 TTTTTACTTAGCTTTAAATGTTTTTATAAT-CTCATAATTGATTT
* * * * * * **
6310 TAACTTAAATTTATTTAAATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGGAAACA
1 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
* * * * *
6375 AGAAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGA-CTTCAAAAGGCT
66 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAA-GAT
*
6439 TTTTACTT-GCTTTAAATGTTTTAATAATCTCATAATTGATTT
129 TTTTACTTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * *
6481 GAAGTCAAATTTTTTTATACTTTTGGTGAAAATAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATG
1 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
6546 TGAAGAAAAAGATAT
66 TGAAGAAAAAGATAT
6561 CCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 103, Indels: 30
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGATTT
TTACTTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Found at i:6468 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5796--6560 Score: 926
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
5786 NNNNNNNNNN
* * * * *
5796 TAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAA-TTATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAAT
* * *
5860 GTGAAGACAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACACCTTCAAAAGCTT
64 GTGAAGA-AAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCTT
* * *
5925 TTTTATTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATCCTTTTTACATTT
128 TTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAACTTAAAT-CTTTTTAAATTT
* * * *** *
5990 TTGATTAAAACAGATAATAATTTAATGTTTGCCTTAGGAAATGGGAAGAAAAAGATATTTATTGG
192 TTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTGG
* * *
6055 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGCCTTCAAAATGATTTTTACTCACTTTAAATATTTTT
257 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAGGATTTTTACTCACTTTAAATATTTTA
*
6120 ATAATCTCATATTTGATTT
322 ATAATCTCATAATTGATTT
* *
6139 TAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAATTGATTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAATT-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
**********
6204 TGAAGTAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCNNNNNNNNNNTT
65 TGAAG-AAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCTTT
*
6269 TTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATAC-CATAATGGATTTTAACTTAAAT-TTATTTAAATTT
129 TTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAAT-CTCATAATAGATTTTAACTTAAATCTT-TTTAAATTT
* * * *
6332 TTGGTTAAAACGGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGAAAACGATATTCATTGG
192 TTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTGG
* * ** *
6397 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTA
257 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAGGATTTTTACTCACTTTAAATATTTTA
6462 ATAATCTCATAATTGATTT
322 ATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * * * *
6481 GAAGTCAAATTTTTTTATA-CTTTTGGTGAAAATAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTT-ATTAAAAT-TATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
6545 GTGAAGAAAAAGATAT
64 GTGAAG-AAAAGATAT
6561 CCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 56, Indels: 15
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAATTATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGT
GAAGAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCTTTTT
TACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAACTTAAATCTTTTTAAATTTTTGA
TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
AAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAGGATTTTTACTCACTTTAAATATTTTAATAA
TCTCATAATTGATTT
Found at i:6653 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5836--6687 Score: 848
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
5826 AACATATTAT
** * * * * *
5836 AATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACGTGAAGACAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCAAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* *
5900 TAGTCACTCACACCTTCAAAAGCTTTTTTA-TTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGA
65 TAGTCACCCACACCTT-AAAAGCCTTTTTACTT-GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGA
* * * * *
5964 TTTTAAGTTAAATCCTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTTAATGTTTGCCTTAGGA
128 TTTTAAGTTAAAT--TTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
*** * * *
6029 AATGGGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGCCTTCAAAAT
191 AACAAGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAG
* * * **
6094 GATTTTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
256 GATTTTTACTCACTTTAAATATTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTTTTTTACAT
* ** *
6159 CTTTTATTAAAATTGATTAG
321 CTTTTATGAAAATAAATAAG
* * *
6179 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGTAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
********* * *
6244 AGTCACCCACACCNNNNNNNNNNTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATAC-CATAATGGAT
66 AGTCACCCACACC-TTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAAT-CTCATAATAGAT
* * *
6308 TTTAACTTAAATTTATTTAAATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTGATTGTCTACCTTAGGAAA
129 TTTAAGTTAAATTT-TTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
* * *
6373 CAAGAAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGGC
193 CAAGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAGGA
** * *
6438 TTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTTTTTTATA-CT
258 TTTTTACTCACTTTAAATATTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTTTTTTACATCT
* *
6502 TTTGGTGAAAATAAATAAT
323 TTT-ATGAAAATAAATAAG
* **********
6521 AATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * ** * * *
6586 AGTCACCCATGCTCTTGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGCTTTATAATCTTATATTTGATT
66 AGTCACCCACAC-CTTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATT
* * * *
6651 TTATGTTGAATTTGTTTATATTTTTTTGTTAAAACAG
130 TTAAGTTAAATTT-TTTA-AATTTTTGGTTAAAACAG
6688 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 91, Indels: 18
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.02
342 268 0.66
343 130 0.32
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCACACCTTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTT
TAAGTTAAATTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAA
GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGACTTCAAAAGGATTT
TTACTCACTTTAAATATTTTAATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCAAATTTTTTTACATCTTTT
ATGAAAATAAATAAG
Found at i:7279 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7036--7619 Score: 553
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
7026 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
7036 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAATTCTATTTATATTCACTCATGCCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * *
7101 TTTATTACTAGCTTTAAATATTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAATTAAAATTTT-TTATGT
66 CTTATTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATT-GAATTTTATTATAT
*
7165 TTGTCATTAAAATAGATTATAATTGTATGTCTACCTAGAGAA
130 TT-T-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAA
********** **
7207 ACATGAAGAAAAAGATATCCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * *** * * * * *
7272 CTTATTACTTGCTTCAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGATTTTGAGTTGAATTTTATTACATT
66 CTTATTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTATT--ATA
*
7337 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAA
129 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAA
** * * * *
7378 ATGTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGG
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * * * *
7443 CTTTTTACTAGCTTTAAATATTTGTACAATCTTATAATAGAATTTAACTTGAATTTTCTTATATT
66 CTTATTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTATTATATT
** * * *
7508 TT-TTATTATAGATAATAATTGAATATCTGCCTAGGAGA
131 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGA-A
* * *
7546 ACATGAAGCAAAAGATATCCAGTT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
*
7610 CTTTATTACT
65 CCTTATTACT
7620 CGCTNNNNNN
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 83, Indels: 15
0.77 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 85 0.26
169 8 0.02
170 6 0.02
171 213 0.66
172 3 0.01
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
CTTATTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTATTATATT
TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAA
Done.