Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400071.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_329.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:399 original size:171 final size:170
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Indices: 1--2209 Score: 2309
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 170
** *
1 TAAATGG-CTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTT-CTCAAGGCAGGCATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAAT
* * *
63 TATAACATATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATCCAACTTAAAAT-AATTATGAGAATATAGAAC
64 TATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* ** *
127 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAACTTGAGCGACTA
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* ** ** * *
170 TAAATGGACTTTTCTCTCAAATCCATGGCTTTTGCTTCACACTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * *
235 TAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATCCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCC
66 TAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * * *
300 TTTAATGCGAGTAACAAGGCTTAC-AAGGACTTGAGTTACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGACTA
* * * * ** * *
341 TAAATGGACTTTTCTTTTTAATGGATGGGTTTTGGTTCATATTTCCTGAGACAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * ** **
406 TTGCATATTGTAACCCAAACTACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
66 TAGCATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
471 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * * * *
512 TAAATAGACTTTTCTCTCAAATGTATGGCTTCTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
577 TAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCC
66 TAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
**
642 TTTAAAGCGAGTAACGAGGC-TTCAAAGGACTTGAGTGACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGACTA
* ** *
683 TAAATGGATTTTTCTCTCTAATGGATACCTTTTGGTTCACGTTT-CTGAAGGCAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
* *
747 ATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
65 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* *
812 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTA
129 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
** * * * * *
854 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTCACTTCACCTTT-TTGAAGGCAAAAATTCAATA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
* * * *
918 ACAG-ATATTTTAATCAAAAATCTAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCA
65 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * * *
982 TTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTG
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
1023 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTGACGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
** ** *
1087 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCCTGCTTAAAGCCAATTATGAGGATATAAAAC
65 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * * *
1152 CATCTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTA
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * *
1195 TAAATGGACTTTGCTCT-TAAATGGATGGC-TTTCCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * * *
1258 ATAACATATTTTAACCAAACATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATGTAAAAC
65 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * *
1323 CATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGACTA
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * * *
1366 TAAATGG-CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTAGGTCTCTTAAGACGCA-CCA-TCAA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG--GCAGACATTCAA
* * ** *
1427 TTATAACAT-TTTGTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCATTTTAAAATCAATTATTAGAATAT-AA
63 TTATAGCATATTT-TAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
* * * * *
1490 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTA
126 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * *
1535 TAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAATGCAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
1600 TAGCATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAATTCCAACTTAAAATTAAATATGAGAATATAAAACTA
66 TAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
** *
1665 TTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
1706 TAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCA-AGCAATCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAAT
* * * *
1768 TATAACATATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATGTAAA
64 TATAGCATATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAA
* * * * *
1832 ACCTTTTAGAA-TGAGTAATAAGGCTTTTAAACGCTTGCGTGACTA
126 ACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * ** ** * *
1877 TAAATGGACTTTTTTTTACT-ATGGATAGATTTTGCTTCATATTTTGTTGAA-GTAGTCATTCAA
1 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAA
* * * * *
1940 TTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTCTAACATCAAATCAATTATGAGAATATAAAA
63 TTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
** * *
2005 CCATTTAAATAGAGTTATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGT-ACTA
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * ** * *
2048 TAAATGG-CTTTTC-CTGTCATTGGATGGCTTTTATTTCATC-TTTCCTGAGGCAGACATTCAAC
1 TAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
2110 TATAACATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCTAA-TATCAAATCAATTATGAGAATATAAAA
64 TATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * *
2174 GCATTTAAATCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTG
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
2210 TGCAACTATG
Statistics
Matches: 1700, Mismatches: 288, Indels: 104
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 296 0.17
170 352 0.21
171 802 0.47
172 202 0.12
173 41 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
TAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
Found at i:632 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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* * *
1 TAAATGG-CTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTT-CTCAAGGCAGGCATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
* * * * *
64 ATAACATATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATCCAACTTAAAAT-AATTATGAGAATATAGAACC
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* ** * * *
128 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAACTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAAATC
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATG
* ** * * *
193 CATGGCTTTTGCTTCACACTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGT
195 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
258 AAAAACATCCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCCTTTAATGCGAGTAACAAGGCTTA
260 AAAAA-ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
323 C-AAGGACTTGAGTTACTA
324 CAAAGG-CTTGAGTGACTA
* * * * * *
341 TAAATGGACTTTTCTTTTTAATGGATGGGTTTTGGTTCATATTTCCTGAGACAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
** * * * * *
406 TTGCATATTGTAACCCAAACTACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
66 TAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
*
471 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATGT
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATGG
* * * * *
536 ATGGCTTCTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGTA
196 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA
* * **
601 AAAACATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCCTTTAAAGCGAGTAACGAGGC-TTC
261 AAAA-ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
665 AAAGGACTTGAGTGACTA
325 AAAGG-CTTGAGTGACTA
* * ** * *
683 TAAATGGATTTTTCTCTCTAATGGATACCTTTTGGTTCACGTTT-CTGAAGGCAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
*
747 ATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* * * *
812 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATG
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATG
** * * * * * * *
877 GATGGCTTTCACTTCACCTTT-TTGAAGGCAAAAATTCAA-TA-ACAGATATTTTAATCAAAAAT
195 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
939 CTAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTT
258 GTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
1004 TCAAAGGCTTGAGTGACTG
323 TCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
1023 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTGACGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * ** *
1087 ATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCCT-GCTTAAAGCCAATTATGAGGATATAAAA
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAA-AAT-CTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * * * * * *
1151 CCATCTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTCTTAAA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAA
* * *
1216 TGGATGGC-TTTCCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAACATATTTTAACCAAACAT
193 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * *
1280 GTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGC
258 GT--AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
1345 TTCCGAAGGCTTGAGTGACTA
321 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
1366 TAAATGG-CTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTTAGGTCTCTTAAGACGCA-CCA-TCAA
1 TAAATGGACTTTTCTT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG--GCAGACATTCAA
* * ** *
1427 TTATAACAT-TTTGTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCATTTTAAAATCAATTATTAGAATAT-A
63 TTATAACATATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * * * *
1489 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATAGACTTTTCTCTCT
126 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCA
* * * * *
1554 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAATGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAA
191 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
* * * * * **
1619 ATCTAAAAAATTCCAACTTAAAATTAAATATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGG
256 ATGTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*
1684 CTTTCAATGGCTTGAGTGACTA
320 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
1706 TAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCA-AGCAATCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATT
* * * * *
1769 ATAACATATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATGTAAAA
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAA
* * * * * * * *
1833 CCTTTTAGAA-TGAGTAATAAGGCTTTTAAACGCTTGCGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTAC
128 CCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCA-
* * * ** ** *
1896 TATGGATAGATTTTGCTTCATATTTTGTTGAA-GTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAA
191 AATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAA
* * * ** *
1960 AAATATAAAAAAGTCTAACATCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATAGAGTTATAA
254 AAATGTAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
*
2025 GGATTTCAAAGGCTTGAGT-ACTA
318 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * ** * * *
2048 TAAATGG-CTTTTCCTGTC-ATTGGATGGCTTTTATTTCATCTTTCCTGAGGCAGACATTCAACT
1 TAAATGGACTTTT-CTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * *
2111 ATAACATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCTAA-TATCAAATCAATTATGAGAATATAAAAG
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* *
2175 CATTTAAATCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTT--GTG-C-------A-A-------CT---AT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAAT
* * * * * *
2219 GAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCT-GACATTTAATCATAACATATTTCAGCCAAAAAT
194 GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * *
2283 GTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
258 GT-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*
2348 TTCAAAGGCTTGAGCGACTA
322 TTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * ** * * * * * * *
2368 TGAATAG-CTTTTCTTGCCCATGGATGGCTTTTGCATCACG-TTCTTAAGGTAAAAAATCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * ** * * * *
2431 TAACATATTTTAACTACAAATA-AAAAAAGCCCCAACCTAATATCAATTATGAGAATATAAAACA
66 TAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* * * * * *
2495 ATTTACAGCGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-CGAACTTTTCACTCCATT
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCTCAAAT
* * * *
2559 GGATATG-TTTTGCTTTACGTTT-ATCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
194 GGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* *
2622 TAGAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
257 T-GTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
2687 TTTCAAAGGCCTAATTGATTA
321 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* ** * * * *
2708 TAAATGGACTTTTCTATCTAATGGATGG-TGTTTGCTTCACATTTCCCATGGTAGACATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
** * *
2772 ATAACATATTTTAGTCAAAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACC
65 ATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* * * *
2837 ATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTATCTCTAATG
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATG
* * * *
2902 GATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCTA-ACATTAAATTTTAACATATTTTAACAAAAAATG
195 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG
* * *
2966 TAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTT
259 TAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
3031 TCAAAGTCTTGAGTGACTA
323 TCAAAGGCTTGAGTGACTA
* **
3050 TAAATGGACTTTT-TTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGTTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * ** * *
3114 ATAGCATATTTGAACGAAAAATGA-AAAAAAAAGTAACTT-AAATCAATTATGTGAATATAAAAT
65 ATAACATATTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * * * * * * *
3177 AATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTCAAGGGATTGAGTGGCAATAAAT-GACTTTTCT-TACTAA
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAAA
* * * * ** * * *
3240 TGGATGGCTCTCGCTTTAGGTTTTTTGAGGCA-ATCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
193 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* *
3304 TGTAAAAATATC---C----AA-C-----------T-TAAAACCAATT--A-TGAGTAATAAGGC
257 TGTAAAAA-ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
3346 TTTTAAAGGCTTGAGTGACTA
321 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * ** * * * * *
3367 TAAATGGACTTTTCTCTCTAACAAATGGC----TTTTGCTT-TTCGTTTCCTGAGGTAGACATTC
1 TAAATGGAC----TTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAGACATTC
** * * *
3427 AATTATAACATATTTCCACCAAAAATTTAAAAATATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAA
61 AATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * *
3492 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTAAGTGGCTATAAA-CGAACTTTTCTCTC
126 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCT-
* * * * *** * *
3556 CAACT-GATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATGTTATATTTCAGCCAA
189 CAAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAA
* * *
3620 ATATGTAAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTATGA-ATATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
254 AAATGT-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3684 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
317 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
** * * * * * *
3709 TAAATGGAGATTTATCTCTAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGG-AAACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * * * * * *
3773 TAATATATCTCAACAAAAAATGTAAAAAAAATCCAGCTTAAACTCAATTATGGGAAAATAAAACC
66 TAACATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
* * * * * * * *
3838 ATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAACAAATTTTTCTCCCCAATG
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATG
* * * * *
3903 GATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGT
195 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
*
3968 AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
260 AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
Statistics
Matches: 3006, Mismatches: 531, Indels: 269
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 100 0.03
318 69 0.02
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322 3 0.00
324 1 0.00
326 2 0.00
327 1 0.00
330 2 0.00
332 1 0.00
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337 3 0.00
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341 558 0.19
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343 201 0.07
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (341 bp):
TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
TAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATGG
ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA
AAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCTTGAGTGACTA
Found at i:1450 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 1--4012 Score: 3780
Period size: 682 Copynumber: 5.9 Consensus size: 679
* *
1 TAAATGGCTTTTCTT-ACTAATGGATGGCTTTTGCTTCT-TGTTTCTCAAG-GCAGGCATTCAAT
1 TAAATGGCTTTTCTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT-TACGTTTCTCAAGAGCA-GCATTCAAT
* * * * *
63 TATAACATATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATCCAACTTAAAAT-AATTATGAGAATATAGAAC
64 TATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* ** * * *
127 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAACTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAAAT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT
** * ** * * *
192 CCATGGCTTTTGCTTCACACTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATG
194 GGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-TAAGGCAGACATTCAA-TAAAGCATATTTTAACCAAAAATG
* * * *
257 TAAAAACATCCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCCTTTAATGCGAGTAACAAGGCTT
257 TAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
322 AC-AAGGACTTGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATGGATGGGTTTTGGTTCA--TATT
321 TCAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TT
* ** ** * * * **
384 TCCTGAGACAGACATTCAATTATTGCATATTGTAACC-CAAA-CTACAAAAAAATTTAACTTAAA
384 TCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATCCAACTT-AA
*
447 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
446 ACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
512 TAAATAGACTTTTCTCTCAAATGTATGGCTTCTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTA
511 TAAATGGACTTTTCTCTCAAATGGATGGCTT-TGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
577 TAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCC
575 TAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
**
642 TTTAAAGCGAGTAACGAGGCTTCAAAGGACTTGAGTGACTA
640 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGG-CTTGAGTGACTA
* ** * * *
683 TAAATGGATTTT-TCTCTCTAATGGATACCTTTTGGTTCACGTTTCTGAAG-GCAGACATTCAAT
1 TAAATGGCTTTTCT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCAAGAGCAG-CATTCAAT
*
746 TATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
64 TATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
*
811 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT
* * * * * * *
876 GGATGGCTTTCACTTCACCTTTTTGAAGGCAAAAATTCAATAACAG-ATATTTTAATCAAAAATC
194 GGATGGCTTTTACTTCACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATAA-AGCATATTTTAACCAAAAATG
* * * *
940 TAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTT
257 TAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
1005 CAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTGACGTTTTCC
322 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC
* * **
1070 AAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCCTGCTTAAAGCCAA
387 AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAA-CCAA
* * * * *
1135 TTATGAGGATATAAAACCATCTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
451 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * *
1200 GGACTTTGCTCTTAAATGGATGGCTTTCCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAACAT
516 GGACTTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACAT
* * *
1265 ATTTTAACCAAACATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAA
581 ATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
* *
1330 AGCGAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGACTA
645 AGCGAGTAATAAGGCTT-CAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
1366 TAAATGGCTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTTAGGTCTCTTAAGACGCACCA-TCAATT
1 TAAATGGCTTTTCTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCAAGA-GCAGCATTCAATT
* * ** *
1429 ATAACAT-TTTGTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCATTTTAAAATCAATTATTAGAATAT-AAA
65 ATAACATATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * * * *
1491 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
* * * *
1556 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCAAATGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
193 TGGATGGCTTTTACTTCACG-TTTCTAAGGCAGACATTCAA-TAAAGCATATTTTAACCAAAAAT
* * * * **
1621 CTAAAAAATTCCAACTTAAAATTAAATATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCT
256 GTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
1686 TTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATG-TT
320 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * *
1748 TCTTAAGGCA-AGCAATCAATTATAACATATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAA
384 TC-CAAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTT-AA
* * * * * * *
1812 ACTAATTATGAGAATGTAAAACCTTTTAGAA-TGAGTAATAAGGCTTTTAAACGCTTGCGTGACT
446 ACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * * ** ** ** * *
1876 ATAAATGGACTTTT-TTTTACTATGGATAGATTTTGCTTCATATTTTGTTGAA-GTAGTCATTCA
510 ATAAATGGACTTTTCTCTCA-AATGGAT-GGCTTTGCTTCA-CGTTTCCT-AAGGCAGACATTCA
* * * *
1939 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTCTAACATCAAATCAATTATGAGAATATAAA
571 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
** * *
2004 ACCATTTAAATAGAGTTATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGT-ACTA
636 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
2048 TAAATGGCTTTTCCTGTC-ATTGGATGGCTTTT-ATTTCATC-TTTC-C-TGAGGCAGACATTCA
1 TAAATGGCTTTTCTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTT-A-CGTTTCTCAAGA-GCAG-CATTCA
* * *
2108 ACTATAACATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATCTAA-TATCAAATCAATTATGAGAATATAA
62 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * *
2172 AAGCATTTAAATCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTT--GTG-C-----A---A---------CT
126 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT
* * * * * * *
2217 -ATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCTGACATTTAATCATAA-CATATTTCAGCCAAA
191 AATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAT-A-AAGCATATTTTAACCAAA
* * * * *
2280 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAG
253 AATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** *
2345 GCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATGAATAG-CTTTTCT-TGCCCATGGATGGCTTTTGCATCACG
317 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACG
* * * * * ** *
2408 TTCTT--AAGGTAAAAAATCAATTATAACATATTTTAACTACAAA--TAAAAAAAGCCCCAACCT
381 TT-TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-ATCCAACTT
* * * *
2469 AATATCAATTATGAGAATATAAAACAATTTACAGCGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
444 AA-ACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
* * * * * * * * *
2534 CTATAAACGAACTTTTCACTCCATTGGATATGTTTTGCTTTACGTTT-ATCAAGGCAGACATTCA
508 CTATAAATGGACTTTTCTCTCAAATGGAT-GGCTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCA
*
2598 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATAG-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAA
571 ATTATAACATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * *
2662 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCCTAATTGATTA
635 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * * * *
2708 TAAATGGACTTTTC-TATCTAATGGATGG-TGTTTGCTTCACATTTCCCATG-GTAGACATTTAA
1 TAAATGG-CTTTTCTTCTCTAATGGATGGCT-TTTGCTTTACGTTTCTCAAGAGCAG-CATTCAA
** * *
2770 TTATAACATATTTTAGTCAAAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAA
63 TTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * * * *
2835 CCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTATCTCTAA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
* * *
2900 TGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCTA-ACATTAAATTTTAA-CATATTTTAACAAAAA
193 TGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTAAGGC-AGACATTCAA--TAAAGCATATTTTAACCAAAA
* * * *
2963 ATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGG
254 ATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
3028 CTTTCAAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-T
318 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * *
3092 TTCCAAAGTTAGACATTCAATTATAGCATATTTGAACGAAAAATGAAAAAAAAAGT--AACTTAA
383 TTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TCCAACTTAA
* * ** * * * * * *
3155 ATCAATTATGTGAATATAAAATAATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTCAAGGGATTGAGTGGCAA
446 ACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * ** *
3220 TAAAT-GACTTTTCT-TACTAATGGATGGCTCTCGCTTTAGGTTTTTTGAGGCA-ATCATTCAAT
511 TAAATGGACTTTTCTCT-CAAATGGATGGCT-TTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAAT
* * * *
3282 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATCCAACTTAAAACCAATTATGAG----T---A-
573 TATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
*
3339 -A--T-AAG-G-CT--T-----TT-AAAGGCTTGAGTGACTA
638 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
*** * * *
3367 TAAATGGACTTTTC-TCTCTAACAAATGGCTTTTGCTTTTCGTTTC-C-TGAGGTAGACATTCAA
1 TAAATGG-CTTTTCTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCAAGA-GCAG-CATTCAA
** * * *
3429 TTATAACATATTTCCACCAAAAATTTAAAAATATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAA
63 TTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * * * *
3494 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTAAGTGGCTATAAACGAACTTTTCTCTCCAA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
* * * * * * * * *
3559 CT-GATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATGTTATATTTCAGCCAAATA
193 -TGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATAAAG-CATATTTTAACCAAAAA
* * *
3623 TGTAAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTATGA-ATATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
255 TGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * *
3687 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAGATTTATCTCTAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTT
318 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * * * *
3752 TCCCAAGG-AAACATTCAATTATAATATATCTCAACAAAAAATGTAAAAAAAATCCAGCTTAAAC
383 TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAC
* * * * *
3816 TCAATTATGGGAAAATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTAT
448 -CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
*** * * * * *
3881 AAACAAATTTTTCTCCCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
512 AAATGGACTTTTCTCTCAAATGGATGGC-TTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
* * *
3946 AATATATTTCAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
576 AACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
4010 TTA
641 TTA
Statistics
Matches: 2772, Mismatches: 426, Indels: 274
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
657 6 0.00
658 43 0.02
659 452 0.16
660 198 0.07
661 223 0.08
662 163 0.06
663 15 0.01
664 4 0.00
666 1 0.00
667 1 0.00
668 1 0.00
669 3 0.00
670 3 0.00
671 2 0.00
672 2 0.00
673 1 0.00
675 2 0.00
678 1 0.00
680 6 0.00
681 138 0.05
682 725 0.26
683 577 0.21
684 196 0.07
685 2 0.00
686 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (679 bp):
TAAATGGCTTTTCTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCAAGAGCAGCATTCAATTA
TAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGG
ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTAAGGCAGACATTCAATAAAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAA
AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGG
TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAACCAATTATG
AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTCTCAAATGGATGGCTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
Found at i:2661 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2221--3341 Score: 1104
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
2211 GCAACTATGA
* * * * *
2221 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCTGACATTTAATCATAACATATTTCAGCCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA
* * * *
2286 AAAAAATCTAACTTAAAATTAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
65 AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * **
2351 AAAGGCTTGAGCGACTATGAAT-AGCTTTTC-TTGCCCATGG
130 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACT-CTAATGG
* * * * * * * *
2391 ATGGCTTTTGCATCACG-TTCTTAAGGTAAAAAATCAATTATAACATATTTTAACTACAAA--TA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA
* * * * * * *
2453 AAAAAAGCCCCAACCTAATATCAATTATGAGAATATAAAACAATTTACAGCGAGTCATAAGGCTT
65 AAAAAA--TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
2518 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCACTCCATTGG
128 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACTCTAATGG
* * *
2561 ATATG-TTTTGCTTTACGTTTATCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATAG
1 AT-GGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT-G
*
2625 -AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
63 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
2689 TCAAAGGCCTAATTGATTATAAATGGACTTTTCTA-TCTAATGG
128 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-ACTCTAATGG
* * * * ** *
2732 ATGG-TGTTTGCTTCACATTTCCCATGGTAGACATTTAATTATAACATATTTTAGTCAAAAATTT
1 ATGGCT-TTTGCTTCACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
* *
2796 AAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTT
64 AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
2861 CAAAAGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTT-ATCTCTAATGG
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCA-CTCTAATGG
* * * *
2903 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCTA-ACATTAAATTTTAACATATTTTAACAAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGC-AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
2967 AAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTT
64 AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * **
3032 CAAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGG
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACTCTAATGG
* ** * * * *
3074 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGTTAGACATTCAATTATAGCATATTTGAACGAAAAATGAA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA
** * ** * *
3139 AAAAAAAGTAACTT-AAATCAATTATGTGAATATAAAATAATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTC
65 AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
3203 AAGGGATTGAGTGGCAATAAATG-ACTTTTC-TTACTAATGG
130 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACT-CTAATGG
* * * * *** *
3243 ATGGCTCTCGCTTTAGGTTTTTTGAGGCA-ATCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
* * *
3307 AAAAATATCCAACTTAAAACCAATTATGAGTAATA
64 AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAG-AATA
3342 AGGCTTTTAA
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 144, Indels: 55
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
168 2 0.00
169 167 0.21
170 122 0.16
171 470 0.60
172 3 0.00
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA
AAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACTCTAATGG
Found at i:3638 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3334--4012 Score: 826
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
3324 AACCAATTAT
* * * * ***
3334 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAACAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
** * * * * *
3399 TGCTTTTCGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTCCACCAAAAATTTAAAAATATC
66 TGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* *
3464 TAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * *
3505 GAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTAAGTGGCTATAAACGAACTTTTCTCTCCAACT-GATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAA-TGGATGGCTT
* * * ** * *
3569 TTACTTCACGTTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATGTTATATTTCAGCCAAATATGTAAAAAAAT
65 TTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
3634 CTAACCTAAAATCAATTATGA-ATATGTAAAACCATTTAAAGC
130 CCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * *
3676 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAGATTTATCTCTAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * * *
3741 TTCTTCACGTTTCCCAAGG-AAACATTCAATTATAATATATCTCAACAAAAAATGTAAAAAAAAT
66 TGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * *
3805 CCAGCTTAAACTCAATTATGGGAAAATAAAACCATTTAAAGT
130 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
3847 GAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAACAAATTTTTCTCCCCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
3912 TGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGT-AAAAAATC
66 TGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATC
3976 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 75, Indels: 13
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 70 0.16
171 323 0.76
172 34 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
TGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATC
CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
Done.