Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397535.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3461.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9522
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1636 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:736 original size:169 final size:159
Alignment explanation
Indices: 717--1042 Score: 241
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
707 NNNNNNNNNN
**
717 GATTTTATGTTGAATTTTTTATATTGTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCGAGA
1 GATTTTATGTTGAATTTTTTATATTGTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGA
* * * * *
782 AACATGTAAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAATGC
66 AACATGTAAAAAACACAGTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGC
* ***
847 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAA
131 CCTATTACTCGCTTTAAATGGT--------TTTATAA
* * * * * *
884 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTCACTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGT--CT
1 --GATTTTATGTTGAATT-TTTTATATTGTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CT-TACCT
* * *
947 C-AGGAAACATGTAGAAAAAGC-CA-TTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTC
61 CGA-GAAACATGTA-AAAAA-CACAGTT-ATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTC
* * *
1008 CTTCAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTT
121 CTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1043 GTAATCTCGT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 17, Indels: 22
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.12
170 51 0.39
171 63 0.48
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
GATTTTATGTTGAATTTTTTATATTGTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGA
AACATGTAAAAAACACAGTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGC
CCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:1104 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--2249 Score: 1532
Period size: 340 Copynumber: 6.6 Consensus size: 341
* * *
1 CTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTT--AT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
* * * * * * * * *
64 TTTTTGTTAAAAGATTTTATAATTGAATGCTTGCTTTGAAAAACATGTAAAAAAACTCATTTATT
65 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATT
* * ** *
129 T-ATGAGAAAAG-TCTATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTTAATG
130 TGA-AAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
********** * * * * * **
191 GTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAG-TTAAAT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATA
** ** ** * * *
254 ATTGAATACCTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
257 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
********* * *
318 NNNNNNNNNNTACTTTAAAAGC
321 -AGCCACCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
340 CTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-
* * * * *
404 TTTTA-TTAAAATATACTATAATTAAATGCTTACCTC-AGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
65 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGA-GAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
********* * * * *
467 TNNNNNNNNNNA-TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAGAAGTCTTATTACT-AGCTTTAAATG
129 T-TGAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATG
** * * * *
530 GTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGCTG-ATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATA
* * * * *
593 ATTGAATG-CTTACCTCA-GAAACGTGTAGAAAAA--CATAGTTATTTGAAATAAAAGTCCATTT
257 ATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCAT--TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*
654 ATAGTCTCA-TATTCCTTCAAAAGC
319 ATAG-C-CACCATTCCTTCAAAAGC
* ********** * *
678 CCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
742 GTTCA-TTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCGAGAAACATGTA-AAAAACCCATTTATT
66 ATT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATT
* * * *
805 TGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTN
130 TGAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
********* * * * *
870 NNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTCACTAAAACATACTATAATT
195 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATT
**
935 GAATGTCTGTCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGC
260 GAATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
999 CACACATTCCTTCAAAAGC
324 CAC-CATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1018 CTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
* * * * ** * ** **
1082 T-TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTNNN
65 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCT-TGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATT-TA
******* * * * *
1145 NNNNNNNAAAAA--TCTATTTATAGTC-ACTCATTTCTTTC-AAAGCCTCATTAGTCACTTTAAA
128 TTTGAAAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCCT-A-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
1206 TGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTCTTCATT-AAACAGACTA
190 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTA
* * *
1270 TAATTGAATG-CTTACCAT-AGGAAATATGTAGGAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTAT
255 TAATTGAATGTC-TACC-TCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCAT
* *
1332 TTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGC
317 TTATAGCCA-CCATTCCTTCAAAAGC
** * * *
1358 CTTATTACTCGCTGCAAATGGTGTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
* * * * *
1422 TCTTGGTTAAAA-ATACTATAATTGAATGCTTGCCT-TAGAAA-ATGTCTAGAAAAAGCCATTTA
65 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATG--TAGAAAAACCCATTTA
* * * * * ** *
1484 TTGGGAACAAAAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAGT-CTTTTCTTTAAAAG
128 TTTGAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATG
** * * * *
1548 ACTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTGAATT-TTTATACATTTTTCATTAAAATAGACTGT
192 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTT-TACATTCTTCATTAAAACAGACTAT
* * ** * *
1612 AATTGAA-GTCTACCTTAAG-AA-ATGTAAAGAAAAAAACATTCCTTGGCAAGAATAGTCCATTT
256 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGT--AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
***
1674 ATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGC
319 ATAG-CCACCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1698 CTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * ** *
1763 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TCGACCTCTAGAAACATG-AGAAAAAGGCATTCA-
65 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTG-CCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * * *
1825 TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATG
129 TTGA-AAAAAAAGTTCATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
1889 GTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGCTCAATTTGTTTTACATT-TTTAGTTAAAACCGACTA
192 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAA-TTGTTTTACATTCTTCA-TTAAAACAGACTA
* ** * * * *
1953 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAA
255 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
2017 TA-CTCACCAATTCCTTCAAAAGT
320 TAGC-CACC-ATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
2040 CTTATCACTCGCTTTAGAA-GGTTTTGTGAA-CTAATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAA
1 CTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTAT-AATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
2103 TT-TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTCGA-AAAAAGTGTAGAAAAACACATTTA
64 TTATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACA-TGTAGAAAAACCCATTTA
* * * * *
2166 TTTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTATAAAT
128 TTTG-AAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
2230 GGTTTTATAACCTCATAATT
191 GGTTTTATAATCTCATAATT
2250 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 331, Indels: 169
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 4 0.00
337 90 0.06
338 141 0.09
339 265 0.18
340 496 0.33
341 251 0.17
342 213 0.14
343 25 0.02
344 5 0.00
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
ATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTT
GAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
CCATTCCTTCAAAAGC
Found at i:1333 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2249 Score: 1362
Period size: 170 Copynumber: 13.2 Consensus size: 170
* * *
1 CTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTT--AT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
* ** * *** ** * * * *
64 TTTTTGTTAAAAGATTTTATAATTGAATG-CTTGCTTTGAAAAACATGTA-AAAAAACTCATTTA
65 TCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGTAGAAAAAGC-CATTCA
* * *
127 TTTATG-AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
128 TTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* * ********** * * *
171 CTTATTACTCGGTTTTAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* ** ** ** * * *
234 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTT
66 CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-TT
* ********* * *
299 G-GAAGAAAAGTCTATTTATNNNNNNNNNNTACTTTAAAAGC
130 GAGAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
340 CTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-
* * * * * * *
404 T-TTTATTAAAATATACTATAATTAAATG-CTTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
65 TCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAT
********* * * *
467 TNNNNNNNNNNA-TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAGAAGT
129 T-GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGC
* ** * *
510 CTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGCTG-A-TTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
573 TTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTACCTCA-GAAACGTGTAGAAAAA--CATAGTTA
66 CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCAT--TCA
* * *
634 TTTGA-AATAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGC
128 -TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* *********** * *
678 CCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * ** * * *
742 GTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CT-TGTCTCGAGAAACATGTA-AAAAACCCATTTAT
66 CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAG-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-
* * *
804 TTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAATGC
128 TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGC
********** * *
847 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * ** *
912 CTTCACTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG
66 CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG
*
977 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTCCTTCAAAAGC
131 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1018 CTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
** * * * * * ***
1082 T-TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTNNN
65 TCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCAT
******* * * *
1145 NNNNNNNAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTC-AAAGC
129 TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA-TTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1188 CTCATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
1253 CTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCATAGGAAATATGTAGGAAAAGCCATTCATT
66 CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT
* *
1316 GAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGC
130 GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGC
** * * * * *
1358 CTTATTACTCGCTGCAAATGGTGTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
** * * *
1422 TCTTGGTTAAAA-ATACTATAATTGAATG-CTTGCCTTA-GAAA-ATGTCTAGAAAAAGCCATTT
65 TCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATG--TAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
1483 ATTGGGAACAAAAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGC
127 ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* ** * ** * * *
1528 CTTAGT-CTTTTCTTTAAAAGACTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTATACAT
1 CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * ** *
1592 TTTTCATTAAAATAGACTGTAATTGAA-GTCTACCTTAAG-AA-ATGTAAAGAAAAAAACATTCC
65 TCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGT--AGAAAAAGCCATTCA
* **
1654 TTG-GCAAGAATAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGC
128 TTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1698 CTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * * *
1763 TATT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCGACCTCTA-GAAACATG-AGAAAAAGGCATTCA
65 TCTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1825 TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTTCTTCAAAAGC
128 TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGC
** * * * * *
1869 CTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGCTCAATTTGTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACAT
* * * * * *
1934 T-TTTAGTTAAAACCGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCAT
65 TCTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
1997 TG-GTAAGAAAAGTCCATTAATACTCACCAATTCCTTCAAAAGT
129 TGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
2040 CTTATCACTCGCTTTAGAA-GGTTTTGTGAA-CTAATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAA
1 CTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTAT-AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
2103 TT-TT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACC-TCGAAAAAAGTGTAGAAAAA-CACATT
64 TTCTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGTAGAAAAAGC-CATT
* * * * * *
2164 TATTTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGT
126 CA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* *
2211 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
2250 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1618, Mismatches: 381, Indels: 159
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 8 0.00
168 92 0.06
169 326 0.20
170 718 0.44
171 443 0.27
172 21 0.01
173 4 0.00
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
CTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG
AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGC
Found at i:4561 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3150--6103 Score: 1344
Period size: 171 Copynumber: 17.3 Consensus size: 170
3140 NNNNNNNNNN
* * *
3150 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGATTTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-CTATAAATAG
* * * ** *
3215 ACTTTTCTTCTAAATAAATG-AGTTTTTTTACACGTTTCTCGAGGCTAG-CATTCAATAATAGTC
65 ACTTTTTTTCCAAATAAATGCA-TTTTTCTACACGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAGTC
* * *
3278 TGTTTTAATGAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
128 TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*************** *
3321 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNNNNNNAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
** * * * * *
3386 CTTTTCTTT-CAAATAAATGTGTTTTTCTACATGTTT-TCTGAGGTAGGCATTCAATTATAATAT
66 CTTTT-TTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
**********
3449 GTTTTAACCAAAAATGNNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTA
129 GTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * * * *
3492 TTAGTTTATAAAACC-TTCTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCTGAATAAATGGGTGACTATTAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* * * * * *
3556 ACTTTTTTTGTC-AATGAATGGC-TTTTTCTTCACATTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTACAGT
65 ACTTTTTTT-CCAAATAAAT-GCATTTTTCTACACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * *
3618 CTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAAATTGAGCATAAAATCAATTT
127 CTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ********** * * *
3664 TGAGATAAT-AAACTATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * * * * * *
3728 CCTTTTTTGT-C-AATGAATACCTTTTTCT-TATGTTTC-TAGAGGTTGACATTCAATTATAATC
66 -CTTTTTT-TCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
3789 TGTTTTAACTAATAATGT-AAAAAATTGAACCTAAAATCAATTA
128 TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ********** * *
3832 TGAGATTATAAAACTATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * * ** * * * *
3897 CTGTTCTTGCC-AAGAAATGTTTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTG
66 CT-TTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * * *********
3961 TTTGAATGAAAAATGTATAAAAATTCAGCTTAANNNNNNNNN
130 TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * * * * * * * *
4003 NAAGATTATAAAGCCTTTTAAAGCCAAG-ACTAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTATAAAT-G
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* * * **
4066 AATTTTTGTTCTC-AATAAATGGC-TTTTTCTAGACATTT-TCTAAGACA-AGCATTCAATTATA
65 ACTTTTT-TTC-CAAATAAAT-GCATTTTTCTACACGTTTCT-TAAGGTAGA-CATTCAATTATA
* * **********
4127 GTATGTTTTAACTAAGAATGT-AAAAAATATCAACTNNNNNNNNNNTA
125 GTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
4174 TGAAATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AATGTGATTATCAGTAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAG
* * ** * * *
4238 ACTTTTCTTCTC-AATGAATGGC-TTTTTCTACATATTTCCTATGGTA-AGCACTCAATTATAGT
65 ACTTTTTTTC-CAAATAAAT-GCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGT
* * *
4300 CTGTTTTTATA-AAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATTAATTA
127 CTG-TTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * ** * *
4345 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAACCTTTGGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * ** * *
4410 CTTTTTTTCCCAATGAATGCATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT
66 CTTTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
*
4475 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
131 TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
4515 TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * * * ** *
4580 CTTCTCTTCTC-AATGAAT-AACTTTTTCTACATATTT-TCTAAGATAGACATTCAATTATAGTC
66 CTTTTTTTC-CAAATAAATGCA-TTTTTCTACACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
4642 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTA
128 TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
4686 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCATTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-
*** * ** **
4750 ACTTTTCTTT-CAAATAAATGGGCTTTT-TACATGTTTCTCGAGACAAGA-ATTCAATTATAGTC
65 ACTTTT-TTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAG-GTAGACATTCAATTATAGTC
* ** ** * *
4812 TTTTTTAGTGAAAAATGT-AACCAATTTAACATAAAATCAATTA
128 TGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ************ *
4855 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTNNNNNNNNNNNNGAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * * * *
4920 CTTTTCTTT-CAAATAATTATG--TTTTTCTACACATTTCTCAAAGCA-AGCATTCAATTACAGT
66 CTTTT-TTTCCAAATAA--ATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGT
* * ** * * *
4981 CTATTTTAATAAAAAAATATATAAAAGTCAGCTTAAAAAT-AATTA
127 CTGTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * * *
5026 TGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAAGAATAAGAGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* ** * * * * *
5091 -TTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTATG
66 CTTTTT-TTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* **********
5155 TTTTAATGAAAAA-NNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
5196 TGAGATTATTAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAGAGACTATAAATTGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * *** *
5261 CTTTTCTTT-CAAATAAATAG-ATTTTTCTACATGTTT-TCCAAGACGGGCATTCAATTATAGTC
66 CTTTT-TTTCCAAATAAAT-GCATTTTTCTACACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * *********
5323 TGTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTTAACTTAANNNNNNNNN
128 TGTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
5366 NGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATACA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
** ** ** * * * * *
5431 CTTTTCCTATAAATAAATG-GGTTTTCTACATGTTT-TTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATC
66 CTTTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
*
5494 TTTTAACAAAAAATG-AAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
********** * *
5535 TGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGAGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAG
* * ** * * ** *
5599 ACTTTTCTTCTAAATAAATGTGTTTTTCTACATGTTTCTAAAGACA-AGCATTCAATTGTAGTCT
65 ACTTTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT
**
5663 GTTTTAATGAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
129 GTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ********** * * * *
5704 TGATATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-CAGGTGACAATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAG
* * * * * * ** *
5768 ACTTTTCTTCCTAATGAATACCTTTTTCT-CTACGTGTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
65 ACTTTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTAC-ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* ********** *
5832 ATTTTNNNNNNNNNNATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATT-
129 GTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTA
* * * ** * * *
5875 TAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAACAATAAGACTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
* * ********** * * *
5940 CTTTTCTTGCC-AATAAATGCCTTTTTNNNNNNNNNNCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTT
66 CTTTT-TTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * *
6004 TTTTAACCAATAATGCAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTA
130 TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
6046 TAAGATTATAAAGCCATATAACGCGAGTAATAAAGG-TTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
6104 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2101, Mismatches: 584, Indels: 196
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.02
169 437 0.21
170 636 0.30
171 920 0.44
172 74 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
CTTTTTTTCCAAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
TTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Found at i:4973 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3150--5717 Score: 1552
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 339
3140 NNNNNNNNNN
** *
3150 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGATTTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA-CTATAAATGG
* ** * * * *
3215 ACTTTTC-TTCTAAATAAATGA-GTTTTTTTACACGTTTCTC-GAGGCTAGCATTCAATAATAGT
65 ACTTTTCTTTC-AAATAAAT-ATGTTTTTCTACATATTT-TCAAAGACAAGCATTCAATTATAGT
* * * *
3277 CTGTTTTAATGAAAAATTTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
127 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
************** * *
3342 AGCGAGNNNNNNNNNNNNNNNAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGTG
192 AGCGAG-TAATAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGG
* * * * * ** *****
3407 TTTTTCTACATGTTT-TCTGAGGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGNNNNNN
256 TTTTTCTACATGTTTCTC-GAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAATGAAAAATG-TAAAA
****
3471 NNNNCAACTTAAAATCAATTA
319 AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * *
3492 TTAGTTTATAAAACC-TTCTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCTGAATAAATGGGTGACTATTAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
* * * * *
3556 ACTTTTTTTGTC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCACAT-TTTTCAAGGTA-AA-CATTCAATTACA
65 ACTTTTCTT-TCAAATAAATATG-TTTTTC-T-ACATATTTTCAAAG-ACAAGCATTCAATTATA
* * * * * * *
3616 GTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAAATTGAGCATAAAATCAATTTTGAGATAAT-AAACTAT
125 GTCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
********** * * * * *
3680 TTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTGTC-AATG
188 TTAAAG-CGAGTAATAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA-CTTTTCTT-TCAAATA
*** * * ** * * * *
3743 AATACCTTTTTCT-TATGTTTCTAGAGG-TTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AATAAT
250 AATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGCAAGA-ATTCAATTATAGTATTTTTTAA-TGAAAAAT
* *
3805 GTAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTA
313 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ********** **
3832 TGAGATTATAAAACTATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * * * * * * * ** ** *
3897 CTGTTCTTGCCAAGAAATGTTTTTTTCTTCACATTTTTTAAG-GTAGACTTTCAATTATAGTCTG
66 CTTTTCTTTCAAATAAATATGTTTTTCTACATATTTTCAAAGACAAG-CATTCAATTATAGTCTG
* * * * *********** *
3961 TTTGAATGAAAAATGTATAAAAATTCAGCTTAANNNNNNNNNNAAGATTATAAAGCCT-TTTAAA
130 TTTTAATAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAA
* * * * * * * * *
4025 GCCAAG-ACTAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTATAAAT-GAATTTT-TGTTCTCAATAAATG
193 G-CGAGTAATAA-GCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCT-TTC-AAATAAATG
* * * * * *
4087 GCTTTTTCTAGACAT-TTTCT-AAGACAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACT-AAGAATGTA
254 GGTTTTTCT--ACATGTTTCTCGAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAA-TGAAAAATGTA
**********
4149 AAAAATATCAACTNNNNNNNNNNTA
316 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTA
* * *** * * * * *
4174 TGAAATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAATGTGATTATCAGTAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
4239 CTTTTCTTCTC-AATGAAT-GGCTTTTTCTACATATTTCCTATGGTAAGCACTCAATTATAGTCT
66 CTTTTCTT-TCAAATAAATATG-TTTTTCTACATATTTTCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTCT
* * *
4302 GTTTTTATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
129 GTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * * **
4367 GTGACTAATAAACCTTTGGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTCCCAATGAATGCA
193 GCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTT-CAAATAAATGGG
** * * * **
4431 TTTTTCTTTACGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAA
256 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGGCAAGA-ATTCAATTATAGTATT-TTTTAATGAAAAATGT-AAA
4493 AAATTCAACTTAAAATCAATTA
318 AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
4515 TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * ** * *
4580 CTTCTCTTCTC-AATGAATAACTTTTTCTACATATTTTCTAAGA-TAGACATTCAATTATAGTCT
66 CTTTTCTT-TCAAATAAATATGTTTTTCTACATATTTTCAAAGACAAG-CATTCAATTATAGTCT
* * *
4643 GTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
129 GTTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
*
4708 GCGAGTAATAAGCCATTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTTCAAATAAATGGG
193 GCGAGTAATAAGCC-TTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTTCAAATAAATGGG
* * * * **
4772 CTTTT-TACATGTTTCTCGAGACAAGAATTCAATTATAGTCTTTTTTAGTGAAAAATGTAACCAA
256 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
* *
4836 TTTAACATAAAATCAATTA
321 TTCAACTTAAAATCAATTA
* ************
4855 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTNNNNNNNNNNNNGAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * * *
4920 CTTTTCTTTCAAATAATTATGTTTTTCTACACATTTCTCAAAG-CAAGCATTCAATTACAGTCTA
66 CTTTTCTTTCAAATAAATATGTTTTTCTACATATTT-TCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTCTG
* * * *
4984 TTTTAATAAAAAAATATATAAAAGTCAGCTTAAAAAT-AATTATGAGATCATAAAACTATTTAAA
130 TTTTAAT-AAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * *
5048 GCGAGTAATAAGACTTCTGAAAGAATAAGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAAATAAATGGGT
193 GCGAGTAATAAGCCTT-TGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGT
* * * * *********
5113 TTTTCTACATGTTTC-CTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAANNNNNNNNN
257 TTTTCTACATGTTTCTC-GAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
*
5177 NTCAACTTAAAATCAATTA
321 TTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
5196 TGAGATTATTAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATGAGAGACTATAAATTGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * **
5261 CTTTTCTTTCAAATAAATA-GATTTTTCTACATGTTTTCCAAGACGGGCATTCAATTATAGTCTG
66 CTTTTCTTTCAAATAAATATG-TTTTTCTACATATTTTCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTCTG
* ********** * *
5325 TTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTAAAAGC
130 TTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * *
5390 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATACACTTTTCCTAT-AAATAAATGGG-T
195 GAGTAATAAGCC-TTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT-CTTTCAAATAAATGGGTT
* * * * * **
5453 TTTCTACATGTTTTTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATCTTTTAACAAAAAATG-AAAAAGAT
258 TTTCTACATGTTTCTCGAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-AT
5517 TCAACTTAAAATCAATTA
322 TCAACTTAAAATCAATTA
********** * *
5535 TGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * *
5600 CTTTTC-TTCTAAATAAATGTGTTTTTCTACAT-GTTTCTAAAGACAAGCATTCAATTGTAGTCT
66 CTTTTCTTTC-AAATAAATATGTTTTTCTACATATTTTC-AAAGACAAGCATTCAATTATAGTCT
* * *
5663 GTTTTAAT-GAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAC
129 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
5718 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 457, Indels: 162
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 50 0.03
339 202 0.12
340 495 0.29
341 576 0.34
342 316 0.19
343 51 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
CTTTTCTTTCAAATAAATATGTTTTTCTACATATTTTCAAAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGT
TTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTT
CTACATGTTTCTCGAGGCAAGAATTCAATTATAGTATTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTA
Found at i:7181 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6817--7204 Score: 471
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
6807 NNNNNNNNNN
* *
6817 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTACTTCAAAAGC
1 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGC
* * *
6882 CTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTACATTT
66 CTCATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTACATTT
*
6947 TTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACCTCTGGAA
131 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCTGGAA
* * *
6987 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCCCATT-CTTTCAGAAG
1 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTAC-TTCAAAAG
* ** * * * * *
7051 TCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATT-ATTTTTAAGC-TGACTTTTTTATA
65 CCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGA-TTTTAA-CTTGAATATTTTACA
* * * *
7114 TTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGTATGCTTTCCTC-GAGAA
128 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCTG-GAA
** ** *
7156 ATGTGTAGAAAAACATAATTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
1 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
7205 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 28, Indels: 9
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 74 0.40
170 110 0.59
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGC
CTCATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTACATTT
TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCTGGAA
Done.