Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400080.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3298.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1410 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:393 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5--3748 Score: 2396
Period size: 171 Copynumber: 21.9 Consensus size: 172
1 AAGT
** * * * * *
5 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACCTTTCTTTCTAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* ** * * * * *
70 TTCTAT-ATGTTTAACGAGATAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAGAAAAA
66 TTCT-TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAA
* * * *
134 TTAAACTTAAAATCAAATT-TT-AAATAATAAAACCATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATC-AATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** ** * *
177 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * *
242 TTCTTCAAATTTCTCGAGGTACACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
307 CAACTTAAAATCAATTACT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * *
348 AAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATTGACTTTTCCTT-CCAATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCCTT
** ** * * * * * * * *
412 TCACTTCA-CGTTCCCTG-GGCA-ATCATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAATTTTTTTAAA
65 TTTCTTCATATTTCTC-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA--ATGTAAAA
** * * *
474 AAATAGAACTTAAAATCAA-T-TTGATATTATAAAACTATTTAAAGT
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
519 GAGTAATAAGTCTTTCAAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACATTTT-TT-CACAATGAACT-CT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGC-CAATGAA-TGCC
* ** * * * * * * * *
581 TTTTTCCTCACGTTTC-CTGAGGCA-AGCATTCATTTATAATTTGTTTTAACGAAAAATATAGAG
63 TTTTTCTTCATATTTCTC-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * **
644 AAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTACAAAACTATTTAAAAT
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
690 GAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * ** * * * *
755 TCCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATTTTGAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGCAAAAAAATT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
820 CAACTTAAAATTAATT-TTTAGCTTATAAAACTATTTAAA-A
131 CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *** ** * *
860 AAGTAATTAGGCTTTTGAAGTCTTAAGTGACTATAAATCAAC-TTTCTCGCCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
** * * * * * * * *
924 CACTTCACA-TTCCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCCT-TTGTTAACTAAAAATTTTTAAAAA
66 TTCTTCATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAA-TGTAAAAAA
* * *
987 ATTCAACTAAAAATCAATT-TTGACATTATAAAACCATTTAAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
1031 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAAGAGACTATAAGTAGATTTTTTTTAG-CAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTT
* ** * ** * * * ** *
1095 TTTCTACACGCTTCCTAAC-A-CAAG-TATTCAATTATAATTTGTTTTAAAGAGAAATGTAAAAA
65 TTTCTTCA-TATTTCT--CGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
1157 AATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATCTAAAGC
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * *
1202 AAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGCCTTTT-TCTGTCAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTT
* * * * * * *
1266 TTTCTTCATGTTTTTCGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTTTTTTAAAAA
65 TTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA---ATGTAAAAA
* * * **
1331 AA-TGAACTTATAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAAT
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * **
1375 GGGAAATAAGGCTTTT-AAAGATATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAAATGAATGGTGT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCT
* ** * * * * *
1439 TTTTC-ACATATTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTGAA-CAAAAGATGTAAAAAC
64 TTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAA
* * *
1502 ATTTAACCTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCTTTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *** * *
1546 GAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTTAAATGAATGACGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* ** * * * *
1611 TTCTACATATTTC-CTGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAA-CAAAGGATGTAAAAACA
66 TTCTTCATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAA
* * **
1674 TTTAACCTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAATTATTTAAA-C
129 TTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * **
1716 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAAGAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATAG-C
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCC
* * * * **
1779 TTTTT-TTGCATGTTTCTC-AGGGCA-AGCATTCAATTCTAGCCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
63 TTTTTCTT-CATATTTCTCGA-GGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
*
1841 AAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * ** * *
1888 GACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAAATTTTCTTACTGATAAATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * ** *
1953 TTCATCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTATAGTTTGTTTAAATAAAAAAATGTAAAAATAT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
2018 TTAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACAATTTAAAGT
130 TCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * ** * * * * * *
2060 GAATTAGAAGGCTTCTGTACGCTTGAGTGGCTATAAGTGGACTTCTCATGCCAATGGATAG-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTT
* * * * * * * *
2124 TCGT-TTCACGA-TCCCCAAGGTAGAGATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
65 T-TTCTTCA-TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
2186 AATGGT-AAC-TAAAATCAATT-TTAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
127 AAT--TCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
2231 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* *** * * * * *
2296 TTCTTAACCGTTCTCGAGCTAGACATTCAACTGTATTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
2361 CAACCTAAAATCAATT-TGGAGATTATGAAACCATTTAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *
2402 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT-AA-GGACCTTTCTTCCCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* ** * * * *
2465 TTCTAT-ATATTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAGAAAAA
66 TTCT-TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAA
* * * * *
2529 TTAAACTTAAAATCAATT-TTGAAATAATAAAAACATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
2572 GACTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * *
2637 TTCTTTACATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATATAAAAAAATT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
2702 CAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * *
2743 AAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACCTTTT-GTGCCAATCG-ATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAAT-GAATGCCT
** * * * * * * ** * * *
2806 TTAGCTTCATGTTCCCTC-AAGCAAACATTCAATTCTAACCTTTTTTAA-CAAAACATTTTCAAA
64 TTTTCTTCATATT-TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-A-TGTAAAA
* * * **
2869 AAATTCAACTTATAATCAATT-TTCACATTATAAATTCATTTAAAG-
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** ** * * * *
2914 TAGGCAATAAAACTTTTGAAAAAATAAGAGACTATAAATAGA-TTTTTTTGGCCAATGAATGCCA
1 GA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCT
* * * * ** *
2978 TTTTCTTC------CT-GAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
64 TTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
3036 -TCAACGTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
3078 GAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGCC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * *
3142 TT-TT-ATATGTTTTCTAAG-ACATGCATTCAATTGTAATCTGTTTT-ACCAAAAATATAAGAAA
66 TTCTTCATAT-TTCTCGAGGTAGA--CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAA
* * * *
3203 AACTGAACTTAAAATCAA-TATTTAGATAATAAAACCATTTAAAGC
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
3248 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTGTTACCAATGAATGTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * * * *
3313 TTCTTTATGTTTCTCAAGATAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAGCCATAAATATAAAAAAGTT
66 TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
3378 CAACTTAAAATCAATTATTAACA-TATAAAACCATTTAGAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * * * *
3419 AAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATG--GTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * *
3482 TTCGTTACAT-GTTC-CGTAAGGCAAACATTCAATTATAG-CTTTTTTTAACC-AAAATTTAAAA
66 TTC-TT-CATATTTCTCG--AGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* ** * *
3543 AAAATTCAAGTTAAAATCAATT-TCAACATTATAAAACCATTTAAAGT
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *** * *
3590 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTATAATGAATTCATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
** * * * * * ** *
3655 TTCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTC-CTTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAGAAAT
66 TTCTTCATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
*
3718 TCAACTCAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAA
130 TCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAA
3749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2765, Mismatches: 677, Indels: 262
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 4 0.00
163 76 0.03
164 14 0.01
165 25 0.01
166 4 0.00
167 2 0.00
168 20 0.01
169 149 0.05
170 410 0.15
171 1361 0.49
172 545 0.20
173 132 0.05
174 20 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:1179 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1--3748 Score: 2575
Period size: 512 Copynumber: 7.3 Consensus size: 508
** *
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACCTTTCTTT-CTAATGAATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGA-CTTTTTTTAC-AATGAATG
* * * * * ** * * **
65 GCTTTTTCTATATGTTTAAC-GAGATAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAG
64 CCTTTTTCTACACGTTT-CCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAA-
* * *
129 AAAAATTAAACTTAAAATCAAATTTT-AAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
127 AAAAATTCAACTTAAAATC-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
** ** ** **
193 GAAGGAATGGGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCAAATTTCTCG
191 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
* * *
258 AGGTACACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
256 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
323 ACT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGT-TTAAGTGACTATAAAT
321 -TTGAGCTTATAAAACTATTTA-AACAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTAATAAGTGACTATAAA-
* * * * *
386 TGACTTT-TCCTTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCT-GGGCA-ATCATTCAATTATAG
382 TAACTTTCT-C-GCCAATGAATGGCTTTC-CTTCACATTCCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAG
* ** * *
448 CCTTTTTTAACTAAAATTTTTTTAAAAAATAGAACTTAAAATCAA-TTTGATATTATAAAACTAT
443 CCTTTTTTAACTAAAA--ATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
512 TTA
506 TTA
* ** *
515 AAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACATTTTTTCACAATGAACT-
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGAC-TTTTTTTACAATGAA-TG
* * * * * * *
579 CTTTTTTCCT-CACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCATTTATAATTTGTTTTAACGAAAAATATAGA
64 CCTTTTT-CTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAA
* * * * *
643 GAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTGATAAGGCTTTTGA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
708 AGGAATGGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTCGAG
193 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
** * * *
773 GTAGATTTTGAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTT
258 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * **
838 TAGCTTATAAAACTATTTAAAAAAGTAATTAGGCTTTTGAAGTCTTAAGTGACTATAAATCAACT
323 GAGCTTATAAAACTATTTAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTATAAAT-AACT
* * *
903 TTCTCGCCAATGAATGGCTTTCACTTCACATTCCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTGTT
387 TTCTCGCCAATGAATGGCTTTC-CTTCACATTCCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTT
* *
968 AACTAAAAATTTTTAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTA
451 AACTAAAAA-TTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
1027 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAAGAGACTATAAGTAGATTTTTTTTAGCAATGAATGC
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTA-CAATGAATGC
* ** * * *
1092 CTTTTTCTACACGCTTCCTAACACAAGTATTCAATTATAATTTGTTTTAAAGAGAAATGTAAAAA
65 CTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
1157 AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTAAAG
130 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
1222 GAATGGGTGACTATAAATAGCCTTTTTCTGT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAG
195 GAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
* * * * *
1285 GTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-TAAAATTTTTTTAAAAAAA-TGAACTTATAATCA
258 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAT-AAA----TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
1347 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA-ATGGGAAATAAGGCTTTTAAAG-ATATGAGTGACTATA
318 ATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAACA--AGTAATAAGGCTTTTGAAGTA-ATAAGTGACTATA
* ** * * * * *
1410 AATAGATTTTTCTTTCAAATGAATGG-TGTT-TTTCACATATTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTA
380 AATA-A-CTTTCTCGCCAATGAATGGCT-TTCCTTCAC--ATTCCCTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
1473 TAGTCTGTCTGAAC-AAAAGA-TGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
440 TAGCCTTTTTTAACTAAAA-ATTTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
*
1536 CTTTTA
503 CATTTA
* * * *
1542 AAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTTA-AATGAATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGAC-TTT-TTTTACAATGAATG
* * ** * * * * * **
1606 ACGTTTTCTACATATTTCCTGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACA-AAGGATGTAAA
64 CCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAA
* * * * ** * **
1670 AACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** **
1735 AAGAATAAGAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATAG-CTTTTT-TTGCATGTTTCTC
193 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAAT-GTCTTTTTCTT-CATGTTTCTC
* * * * *
1797 -AGGGCA-AGCATTCAATTCTAGCCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
255 GA-GGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
1860 ATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
318 ATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTATAAA
* ** ** * * * * * * *
1925 TGAAATTTTCTTACTGATAAAT-GCTTT-TTTCATCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTATA
382 T--AACTTTCTCGCCAATGAATGGCTTTCCTTCA-CA--TTCCCTAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
1988 G--TTTGTTTAAATAAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAAC
442 GCCTTT-TTTAACT-AAAAATTTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAAC
*
2050 AATTTA
503 CATTTA
* * * * * * ** * * * * ** ** *
2056 AAGTGAATTAGAAGGCTTCTGTACGCTTGAGTGGCTATAAGTGGACTTCTCATGCCAATGGATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTT-TTTTTACAATGAAT-G
* * * * ** * **
2121 -CTTTCGTT-T-CACGATCCCCAAGGTAGAG-ATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAAATGT
64 CCTTT--TTCTACACGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATAATC-TGTTTTAAAGAAAAATGT
*
2182 -AAAAAATGGT-AAC-TAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
125 AAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
2244 TTTAAAGAAATAGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCG-TT
188 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCA-TGTTT
* * * * * *
2308 CTCGAGCTAGACATTCAACTGTATTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
252 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * ** *
2373 AATTTGGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
317 AATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTATAA
** * * * *** * * *
2438 GGACCTTTCTTC-CCAATGAATGACTTT--TTCTATATATTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATA
381 ATAACTTTC-TCGCCAATGAATGGCTTTCCTTC-ACAT-TCCCT-AAGGCAGACATTCAATTATA
** * * * * * * * * *
2500 ATCTATTTGAACCAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAAACAT
442 GCCTTTTTTAACTAAAAATTTTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
2565 TTA
506 TTA
* * * ** **
2568 AAGTGACTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTTACAATGAATGC
* * * * * ** * *
2633 CTTTTTCTTTACA-TTTTTC-AAGG-TAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATATAA
65 CTTTTTC--TACACGTTTCCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAA
* * * ** * *
2695 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTGATAAGGCTTTC
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
** ** * * * ** *
2759 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACCTTTT-GTGCCAATCG-ATGGCTTTAGCTTCATGTTCCC
191 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAAT-GAATGTCTTTTTCTTCATGTT-TC
* * * * ** * * * * *
2822 TC-AAGCAAACATTCAATTCTAACCTTTTTTAA-CAAAACATTTTCAAAAAATTCAACTTATAAT
253 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAA-A-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * ** ** *
2885 CAATTTTCA-CATTAT-AAATTCATTTAAAGTAGGCAATAAAACTTTTGAAAAAATAAGAGACTA
316 CAATTTTGAGC-TTATAAAACT-ATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTA
* * * * * * *
2948 TAAATAGATTTTTTTGGCCAATGAATGCCATT--TT--C-TT-CCTGAGGCAGGCATTCAATTAT
378 TAAATA-A-CTTTCTCGCCAATGAATGGCTTTCCTTCACATTCCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
3007 AG-TTTCTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
441 AGCCTT-TTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
3070 TTTA
505 TTTA
* * * * * **
3074 AAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGC
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGA-CTTTTTTTACAATGAATGC
* * * * * * ** *
3139 CTTTTT-TATATGTTTTCTAAGACATGCATTCAATTGTAATCTGTTTT-ACCAAAAATATAAGAA
65 CTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAA-AA
* * * * *
3202 AAACTGAACTTAAAATCAATATTT-AGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
129 AAATTCAACTTAAAATCAAT-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
3266 AGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTGTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAG
193 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
* * * ** * *
3331 ATAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAGCCATAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
258 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-T
* * * * *
3396 T-AACATATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATGCT--TAAGTGACTATAAATA
322 TGAGCTTATAAAACTATTTA-AACAAGTAATAAGGCTTTTGAA-G-TAATAAGTGACTATAAATA
* * * * * *
3458 GACTTT-TCGTGTCAATGGATGGTTTTCGTT-ACATGTTCCGTAAGGCAAACATTCAATTATAGC
384 -ACTTTCTC--GCCAATGAATGGCTTTCCTTCACA--TTCCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGC
* * * * ** *
3521 TTTTTTTAAC-CAAAATTTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTCAACATTATAAAACCATTT
444 CTTTTTTAACTAAAAATTT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
3585 A
508 A
* * * * *
3586 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTATAATGAATTC
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGAC-TTTTTTTACAATGAATGC
* * * * * * * *
3651 ATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCATTC-CTTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAGA
65 CTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAA
* *
3715 AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
3749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2547, Mismatches: 546, Indels: 284
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
502 1 0.00
503 6 0.00
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506 100 0.04
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508 24 0.01
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510 10 0.00
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517 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTACAATGAATGCC
TTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
CTTATAAAACTATTTAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTATAAATAACTTTCT
CGCCAATGAATGGCTTTCCTTCACATTCCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTA
AAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
Found at i:3246 original size:676 final size:673
Alignment explanation
Indices: 947--3748 Score: 2311
Period size: 676 Copynumber: 4.1 Consensus size: 673
937 CTAAGGTAAA
* * * *
947 CATTCAATTATAGCCTTTG--TTAACTAAAAATTTTTAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTTTG
1 CATTCAATTATAG--TTTGTTTTAA-TAAAAA-ATGTAAAAAAATCAACCT-AAAATCAATTATG
* * * * * * * * **
1009 ACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAAGAGACTATAAGTAGATT
61 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACC
* ** * * * * * * *
1074 TTTTTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTACACGCTTCCT-AACACAAGTATTCAATTATAATTTGTT
126 TTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTT-TATATGTTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
1138 TTA-AAGAGAAATGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATCTAAAG
190 TTACCA-A-AAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT-AGATAATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
1201 CAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGCCTTTTTCTGT--CAATGAATGCC
252 CGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TACCAATGAATGCC
* ** * * * * * *
1264 TTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-TAAAATTTTTTTA
315 TTTTTCTTTACATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATCAT-AAA----TATA
* * * * * **** *
1327 AAAAAA-TGAACTTATAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAATGGGAAATAAGGCTTT
375 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * * *
1390 -TAAAGATATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAAATGAATGG-TGTT-TTTCACATATT-
439 CGAACGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTT-GTGCCAATGGATGGCT-TTCGTT--CATGTTC
* * ** * * * * * * *
1451 TCTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTGAACAAAAGA-TGTAAAAACATTTAACCTAAAA
499 CCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAA-ATTTTAAAAA-ATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
1515 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTA
562 TCAATTTTCACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAG-GAGACTA
* * *
1579 TAAAT-GAACTTTTCTTTTA--AATGAATGACGTTTTCTACATATTTCCTGAGACAGG
626 TAAATAG-AC-TTT-TTTTACCAATGAATGTC-ATTT-T-C----TTCCTGAGGCAGG
* * * ** * *
1634 CATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAGGATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
** ** * * *
1699 TATAAAATTATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAAGA-AACTATAAATGGACTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAA-TATAAATGGACCTT
* * ** * * * **
1762 TCTTCCAAATGAATAGCTTTTTTTGCATG-TTTCTCAGGGCAAGCATTCAATTCTAGCCTGTTTT
128 TCTTCCCAATGAAT-GCCTTTTTTATATGTTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
1826 AATAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
192 -ACCAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * ** * *
1890 CTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAAATTTTCTTACTGATAAATGCTTTTTT
255 CTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT
* ** * * * * * * *
1955 C-AT-CATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTATAGTTTGTTTAAATAAAAAAATGTAAAAATAT
320 CTTTACAT-TTT-TCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAAT-CATAAATATAAAAAAAT
* * * * * * *
2018 TTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACAATTTAAAGTGAA-TTAGAAGGC-TTCTGTACG
382 TCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACAATTTAGAG-CAAGTAATAAGGCTTTC-GAACG
* * * ** * * * *
2081 CTTGAGTGGCTATAAGTGGACTTCTCATGCCAATGGATAGCTTTCGTTTCACGATCCC-CAAGGT
445 CTTAAGTGACTATAAATGGACTT-TTGTGCCAATGGATGGCTTTCG-TTCATGTTCCCTCAAGGC
* * *
2145 AGAGATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATGGT-AAC-TAAAATCAATTT
508 AAACATTCAATTATAGCC-TTTTTTAA-CAAAAATTTTAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTT
* * * * *
2207 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTCTAAATGGA
569 TCACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGAGACTATAAATAGA
* * * *
2272 CTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCGTTCTCGA-GCTAGA
634 CTTTTTTTACCAATGAATGTCATTTTCTT---C---CT-GAGGC-AGG
* * *
2319 CATTCAACTGTA-TTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TGGAG
1 CATTCAATTATAGTT-TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATTAT-GAG
* * *
2382 ATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT-AA-GGACCTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTT
* * * * *
2445 TCTTCCCAATGAATGACTTTTTCTATATATTTT-TCGAGACAGGCATTCAATTATAATCTATTTG
128 TCTTCCCAATGAATGCCTTTTT-TATATGTTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTT-
* * * *
2509 AACCAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAAACATTTAAAGTGA
191 TACCAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT-AGATAATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
2574 CTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
255 CTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT
*
2639 CTTTACATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAATCATAAATATAAAAAAATTCA
320 CTTTACATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATCATAAATATAAAAAAATTCA
* * *
2704 ACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCTTAA
385 ACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAA
* *
2769 GTGACTATAAATGGACCTTTTGTGCCAATCGATGGCTTTAGCTTCATGTTCCCTCAA-GCAAACA
450 GTGACTATAAATGGA-CTTTTGTGCCAATGGATGGCTTTCG-TTCATGTTCCCTCAAGGCAAACA
* * *
2833 TTCAATTCTAACCTTTTTTAACAAAACATTTTCAAAAAATTCAACTTATAATCAATTTTCACATT
513 TTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAA-ATTTT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCACATT
** * ** *
2898 ATAAATTCATTTAAAGT-AGGCAATAAAACTTTTGAAA-AAATAAGAGACTATAAATAGA-TTTT
576 ATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTT
* *
2960 TTTGGCCAATGAATGCCATTTTCTTCCTGAGGCAGG
639 TTT-ACCAATGAATGTCATTTTCTTCCTGAGGCAGG
* * *
2996 CATTCAATTATAGTTTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACGTAAAATCAATTATGAGATT
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
*
3061 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTTTCT
* *
3126 TCCCAATGAATGCCTTTTTTATATGTTTTCT-AAGACATGCATTCAATTGTAATCTGTTTTACCA
131 TCCCAATGAATGCCTTTTTTATATGTTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTACCA
* * * *
3190 AAAATATAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATATTTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
196 AAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAAT-TTTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGACTAAT
* * * * *
3255 AAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTGTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTA
260 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
** * * ** *
3320 TGTTTCTCAAGATAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAGCCATAAATATAAAAAAGTTCAACTTA
325 CATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATCATAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
3385 AAATCAATTATTAACATATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTAAGTGAC
390 AAATCAATTATTAGCTTATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAGTGAC
* * * *
3450 TATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGTTTTCGTTACATGTTCCGT-AAGGCAAACATTCAA
455 TATAAATGGACTTTT-GTGCCAATGGATGGCTTTCGTT-CATGTTCCCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * *
3514 TTATAGCTTTTTTTAACCAAAATTTAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAA-TTTCAACATTATAAA
518 TTATAGCCTTTTTTAACAAAAATTT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTC-ACATTATAAA
* *
3578 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTA-T
581 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGAGACTATAAATAGAC-TTTTTTTACC
*
3642 AATGAAT-TCATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGG
645 AATGAATGTCA---TT-TT--C--TTCCTGAGGCAGG
* * *
3678 CATTC-CTTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAGAAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAAATCAACCT-AAAATCAATTATGAGA
3741 TTATAAAA
64 TTATAAAA
3749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1717, Mismatches: 304, Indels: 193
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
674 9 0.01
675 90 0.05
676 365 0.21
677 84 0.05
678 39 0.02
680 1 0.00
681 34 0.02
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683 191 0.11
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686 261 0.15
687 37 0.02
688 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (673 bp):
CATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACCTTTCT
TCCCAATGAATGCCTTTTTTATATGTTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTACCA
AAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGACTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTAC
ATTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATTAGCTTATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAGTGACT
ATAAATGGACTTTTGTGCCAATGGATGGCTTTCGTTCATGTTCCCTCAAGGCAAACATTCAATTA
TAGCCTTTTTTAACAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCACATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAA
TGTCATTTTCTTCCTGAGGCAGG
Found at i:4743 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4189--4921 Score: 680
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
4179 NNNNNNNNNN
* * *
4189 TAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAATGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATGGCGTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAAT-GCTTTTTC
* * * ** *
4254 TACATGTTTCCCGAGGCAGGCATTCAACTATAGTCTGCCTTAATAAAAGATG-AAAAAATATTTA
65 TACATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT-ATTTAACAAAAGATGTAAAAAA-ATTTA
* * * *
4318 ACCTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAACGAG
128 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** *
4360 CAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATGGTATTTTC
1 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATGCT-TTTTC
* * *
4425 TAAATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATCTTAACAAAGGATGTAAAAACATTTAA
65 TACATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT-TTAACAAAAGATGTAAAAAAATTTAA
* * *
4490 CCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
129 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
4531 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGATTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATCCCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAAT-GCTTTTTC
* * * *
4596 TACATGTTTTCAAAGGCAAGCATTCAATTCTAGTCTATTTAAACCAAAAAATGTAAAAAAATTTA
65 TACATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTT-AA-CAAAAGATGTAAAAAAATTTA
* * * *
4661 ACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAA
128 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ** ** * * * * * * * **
4703 TTAGAAGGCTTCTAAAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTCAC
1 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAAT-GCTTTTTC
* * * * * *
4768 TTCATGTTCCCCAAGGC-AGATATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAAAA
65 TACATGTTTCCCAAGGCAAG-CATTCAATTATAG--TCTATTTAA-CAAAAGATGT-AAAAAAAT
** * * * *
4831 ACAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
125 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *** *
4876 TAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTT
4922 ACCAATAAAT
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 94, Indels: 18
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 230 0.50
172 132 0.29
173 88 0.19
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATGCTTTTTCT
ACATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTAACAAAAGATGTAAAAAAATTTAACC
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
Found at i:8289 original size:761 final size:761
Alignment explanation
Indices: 6826--8291 Score: 1881
Period size: 761 Copynumber: 1.9 Consensus size: 761
6816 NNNNTTCCCA
*
6826 AGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 AGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
6891 TTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGCGATAAGGCTTTCGAAGGCTGAAGTGACTGTAAATGGA
66 TTAGCTCAT--AACCATTTAGAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTGAAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * **
6956 CTTTTCGTGCCAGTGGATGGCTTTCGCTTTATGTTCCCTAAGGCAAACATTTAATTATAGCCTTT
129 CTTTTCGTGCCAATCGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTTT
**********
7021 TTTAACAAAAAATTTTAAAACAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGACATTATAAAACCATTTAAAG
194 TTTAACAAAAAATTTTAAAACAATTCAACTTAATATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
7086 TGGGCGATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTTTTACCAATGAATGTCTT
259 TGGGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGAAACTATAAATAGATTTTTTTGACCAATGAATGCCTT
* * * * *
7151 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAACTGTAAAAATAT
324 TTTCTTCACGTTTCATGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
********** * *
7216 TCAACCTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATATGGCATTAGAAGGAA
389 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCATTAGAAAGAA
* *
7281 TGGTAGAGTATAAATAGACCTTTCTTCCAAAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTTCTGAGATAG
454 TGGTAGAGTATAAATAGACCTTTCTTCCAAAATGAATGCCTTGTTCTATATGTTTTCTGAGACAG
* ********** *
7346 GCATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTTTGAG
519 ACATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATGTTGAG
* *
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584 ATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGAATGCGAGACTATAAATGGACCTT
* * * *
7476 TCTTCCCAATGAATGGATGTTTCTATATATTTCTTGAAATAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGA
649 TCTTCCCAATGAATGCATGTTTCTATACATTTCTCGAAATAGACATTCAATTATAATCTGTTTGA
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1 AGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
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65 ATTAGCTCATAACCATTTAGAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTGAAGTGACTATAAATGGAC
* *
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130 TTTTCGTGCCAATCGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAACTTTT
* *
7783 TTAACTAAAAATTTTACAAA-AATTCAACTTAATATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAG
195 TTAACAAAAAATTTTA-AAACAATTCAACTTAATATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAG
* *
7847 TGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGAAACTATAAATAGATTTTTTTGGCCAATGAATGCCTT
259 TGGGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGAAACTATAAATAGATTTTTTTGACCAATGAATGCCTT
* * *
7912 TTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGGCCTTTAATTATAGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAA
324 TTTCTTCACGTTTCATGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTCTTTTAATGAAAAATGT--AAAAAA
* * *
7977 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAG
387 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCATTAGAAAG
* *
8042 AATGAG-AGATTATAAATAGACCTTTCTTCC-CAATGAATGCCTTGTTCTATATGTTTTCT-ATG
452 AATG-GTAGAGTATAAATAGACCTTTCTTCCAAAATGAATGCCTTGTTCTATATGTTTTCTGA-G
*
8104 ACAGACATTAAATTATAATCTGTTTTCAC-AAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATGT
515 ACAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATGT
* *
8168 TGAGATAATAAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCAA-GGAATGGGTGACTATAAATG
580 TGAGATAAT-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-CAAGGGAATGCGAGACTATAAATG
* ** * * * ** *
8231 GA-CTGTTTTTGTCAATGAATGCCT-TTTGTTTCACATTTCTCGAGGTAGACTTTCAATTATA
643 GACCT-TTCTTCCCAATGAATGCATGTTTCTAT-ACATTTCTCGAAATAGACATTCAATTATA
8292 GTATGTTTTA
Statistics
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Consensus pattern (761 bp):
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TTAGCTCATAACCATTTAGAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTGAAGTGACTATAAATGGACT
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TAACAAAAAATTTTAAAACAATTCAACTTAATATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTG
GGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGAAACTATAAATAGATTTTTTTGACCAATGAATGCCTTTT
TCTTCACGTTTCATGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTC
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GTAGAGTATAAATAGACCTTTCTTCCAAAATGAATGCCTTGTTCTATATGTTTTCTGAGACAGAC
ATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATGTTGAGAT
AATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGAATGCGAGACTATAAATGGACCTTTC
TTCCCAATGAATGCATGTTTCTATACATTTCTCGAAATAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAAT
TAAAAATATAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTATATTTCTCG
Found at i:8549 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
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* * * * * *
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* * * ** * * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * *
7826 ACATTATAAAATCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGA-AACTATAAATAGA-
65 ACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTA-GATGACTATAAATAGAC
* * *
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* * * * * ** *
7933 AGGCCTTTAATTATAGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * * * * *
7998 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGA-GATTATAAATAGA
64 GACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGATTAGATGACTATAAATAGA
* * * * * *
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* * * * * *
8106 AGACATTAAATTATAATCTGTTTTCA-CAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAATGTTG
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * ** * * * * *
8170 AGATAATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
65 ACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTAGATGACTATAAATAGACT
* * * * *
8235 GTTT-TTGTCAATGAATGCCTTTTGTTTCACATTTCTC-GAGGT
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* * * * * *
8277 AGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTCGACTCAAAATCAATTATT-
1 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTG
* * ** * * *
8341 AGC-TTATAAATCCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAATAACTATAAATAGAC
65 A-CATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTAGATGACTATAAATAGAC
* * *
8405 TTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTCCAAAGGC
129 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCACTTTTCCAAAGGC
* * *
8448 AAACATTCAATTATA-TCCTTTTTTAACCAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
1 AGACATTCAATTATAGT-CTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * ** * *
8512 GACATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGA-GACTATAAATGGA
64 GACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTAGATGACTATAAATAGA
* *** * * * * **
8576 CTTTTTTTTATAATGAATTCATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGC
128 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCACTTTTCCAAAGGC
* * * * ** * * *
8620 A-AGCATTCACTTATAATTTATTTTAATGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTT-AAATTAATTATG
1 AGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * * * * * * *
8683 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATGATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACT
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* **
8748 TTTGTTAACAATGAATGCCTTTT
130 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
8771 TCT
Statistics
Matches: 774, Mismatches: 197, Indels: 76
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.04
169 30 0.04
170 92 0.12
171 256 0.33
172 235 0.30
173 118 0.15
174 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
CATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTAGATGACTATAAATAGACTT
TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCACTTTTCCAAAGGC
Done.