Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400081.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3299.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1688
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Warning! 43 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:794 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 261--1688 Score: 1527
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
251 NNNNNNATAA
* * * * * *
261 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAACCTCAGAATTGGTTTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * *
326 AAGTTGATTTTTTTTACAATTTTTATAAAAACAGCTTATAATTGAACGTCTGCCTCAAGAAACTT
66 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
* * *
391 GAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAG
131 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * * * *************
432 TCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATCACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTNNNNNNNNNNNNN
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* *
497 AATTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGT
66 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
* *
561 GAAGAAAAAGATATCCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
131 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ********** *
602 TCACTCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
667 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATTA-AATATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAAAG
66 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * * *
731 TGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAA
130 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
773 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * *
838 AATTTTAAAATTTTTTTATATTTTTTAGTCAAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA
66 AA-TTT-GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * ** *
902 TGTAAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAT
128 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * * *
946 TCACCTATACCTTCGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAAT-ACTTTTTTAATCTCATCATT-AGTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGA-TT
* * *
1009 TTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
64 TTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* *
1074 TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
1117 TAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATTAACCTCATAATTGATTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA-TAACCTCATAATTGATTT
* * * *
1182 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACG
65 TAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * *
1247 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAG
130 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
1289 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAATTGATTTTATAACCCCATAATTGATTTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
1354 AATTTTAA-TTTTTTATATTTTTTAATAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGT
66 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
** *
1418 GAAGAAAAAGATATCCATTGGTTAGAAAAGTCAATTTATAG
131 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
1459 TCGCCCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACATTAAATGTTTTTATAACCTAATAATTGATTTT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
1524 AATTTAAATTTTTTTATTTTTTTTATTAATACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT
66 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
* * **
1589 AAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTAGGG
131 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * * *
1630 TCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATT
1 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 207, Indels: 24
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 277 0.27
171 461 0.44
172 162 0.16
173 138 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
Found at i:1033 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 261--1688 Score: 1494
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 342
251 NNNNNNATAA
* * * * * * * * *
261 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAACCTCAGAATTGGTTTT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * ** * *
326 AAGTTGATTTTTTTTACAATTTTTATAAAAACAGCTTATAATTGAACGTCTGCCTCAAGAAACTT
66 AATTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGT
* * * * ** * *
391 GAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCACGCCTTCAAAAACCTTA
130 GAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * * * ************* *
456 TCACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTNNNNNNNNNNNNNAATTTGAATTTTTTTATA-TTTTT
195 TTACTCACTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * *
520 ATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAGT-AGC
260 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGA-C
583 AAGAAAAGTCCATTTATAG
324 AAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *********** *
602 TCACTCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
667 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATTA-AATATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAAAG
66 AATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACG
* * * *
731 TGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
129 TGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
*
796 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTAAAATTTTTTTATATTT
194 ATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTT-AAATTTTTTTATATTT
* * *
861 TTTAGTCAAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATT
257 TTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATT
* *
924 GATAAGAAAAGTCCATTTATAT
321 GACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** *
946 TCAC-CTATACCTTCGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATACTTTTTTAATCTCATCATT-AGTT
1 TCACTC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTGA-TT
* * *
1009 TTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
64 TTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAC
* * * *
1074 TTGAAGAAAAAGATAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCC
128 GTGAAGAAAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCC
* * *
1138 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
192 TTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA-TAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATT
* * *
1203 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
256 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATT
* *
1267 GACAAGAAAAATCTATTTATAG
321 GACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
1289 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAATTGA-TTTTATAACCCCATAATTGATTT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ACTTTTTTAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
1353 TAATTTTAATTTTTTATATTTTTTAATAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGT
65 TAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGT
* ** * * *
1418 GAAGAAAAAGATATCCATTGGTTAGAAAAGTCAATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCCTTT
130 GAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * *
1483 TTACTCACATTAAATGTTTTTATAACCTAATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATTTTTTTT
195 TTACTCACTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * *
1548 ATTAATACAGATTATAATTGAATATCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGTCA
260 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACA
**
1612 AGAAAAGTCCATTTAGGG
325 AGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
1630 TCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATT
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 166, Indels: 42
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 334 0.37
342 134 0.15
343 157 0.17
344 253 0.28
345 22 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
AATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTG
AAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAG
Done.