Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400091.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3310.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3128
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.12, T:0.29
Warning! 544 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1452 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1118--3128 Score: 1157
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 168
1108 NNNNNNNNNN
* * * *
1118 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCA
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * * * * *
1183 ATAAATGTCTTTCTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTTGTTTTAATTGAA
65 ATAAATG----GCTTTTTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
1248 AATGTAAAACAATTCATCATAAAATCAATTATGACATTGTAAA
126 AATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
** * * * * *
1291 AATATTTAAAGCAAGTAACATGATTTTCGAAAGTACGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
1 ACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGATTTT-GAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * * * * *
1356 ATAAACGGCTTTATAATCATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAAAT-GGTTTTAACTAAAA
65 ATAAATGGCTTT-T-TTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAA
* *
1420 GTGTAAAATAAATT-ACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 ATGTAAAA-AAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * * *
1462 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAA-GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * * * * *
1526 AATGAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAAATAGTT-AATTATAATCTGTTTTGACTAAA
64 AATAAATGGCTTTT--TTCATATTTCCCAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * *
1590 AATGTAAAAGAATTTAGCC-TAAAGTCAATTATGAGATTGTAAA
126 AATGTAAAAAAATTCA-CCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * *
1633 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * * * * * *
1698 TTGAATGGCTTTGTCTACACATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAA
65 ATAAATGGCTTT-T-TTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
* * *
1763 TGTAAAACAATTTGA-CTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAA
128 TGTAAAA-AAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * ** * ** * *
1804 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATTAGTGACTATAAATGGATTTTTCTT-GCT
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-
* * ** ** * *
1868 AATATATGCCATTTTCTTCACGTTGT-TTAAGGTC-AACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACAAA
64 AATAAATGGC-TTTT-TTCATATT-TCCCAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * *
1931 AAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
125 AAATGTAAAAAAATTC-ACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * * * * *
1975 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCA-TTAGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTGAAACTTTT-ATA
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAG-ATTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTA
* ** * * * * * * * * * * **
2037 CCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAACGTAGACATTCGATTATAATATATTTTATTTAA
62 TCAATAAATGGCTTTT--TTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
** ** * *
2102 AAAAATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
125 AAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
** * * * * * * *
2146 ATAAAATTAAAGCGAGTAATAAG-TCTTTCGAAGGCT-TAGATGACTATAAATGAACTTTTCTTG
1 A-CCATTTAAAGCGAGTAAAAAGAT-TTT-GAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * *
2209 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTACCCTAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTCTTTAACA
62 TCAATAAATGGC-TTTT-TTCATATTTCCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACT
* * * **
2272 AAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAA
123 AAAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * ** * * * * * *
2318 ACCATTTAAAGTGAACG-ATAAGGCTTTTGAGGGAACGGGTGACTATAATTGGACTATTCTTGTT
1 ACCATTTAAAGCG-A-GTAAAAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * * * * * *
2382 AATGAATGTCTTTTCCTCAT-GTTCTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAA
64 AATAAATGGCTTTT-TTCATATTTC-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * *
2446 ATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 ATGT-AAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * * * * *
2489 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTA-GGGTGACTATAACTGGGCTTTTCCTA-C
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* ** * *
2552 AAATGAATGAGCTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAA
64 -AATAAATG-GCTTTT-TTCATATTTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * *
2616 AAATGTAAAGAAATTCGACC-TAAAATCTATTATGAGATTATAAA
125 AAATGTAAAAAAATTC-ACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * * * * * * *
2660 ATCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTATTG-AGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTATCA
1 ACCATTTAAAGCGAGT-AAAAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * ** * * *
2724 ATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC-CAAAA
65 ATAAATGGC-TTTT-TTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
* * *
2788 T-TATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
128 TGTA-AAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * ***
2829 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGGCT-TGGGCGACTATAAACATACTTTTCTT-TC
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * **** * * *
2892 TAATAAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTCAAGATTGACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
64 -AATAAATGG-CTTTT-TTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
2957 AATTTAAAAAAATTAACC-TAAAATCAATTATGAGCTTATAAA
126 AATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * * * ** * * * *
2999 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATAAAATTTTTTTGTGA
1 ACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * * * * * * *
3064 ATGAAT-GCCTTTTTCTTTAAGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAA
65 ATAAATGGCTTTTTTC-AT-A-TTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
3128 A
127 A
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 300, Indels: 149
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 9 0.01
169 70 0.05
170 326 0.22
171 784 0.54
172 211 0.14
173 62 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGATTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
TAAATGGCTTTTTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
AAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
Found at i:1745 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1118--3128 Score: 1758
Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 340
1108 NNNNNNNNNN
* * * *
1118 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC-
1 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCT
* ** * * * * *
1182 AATAAATGTCTTTCTTTT-TTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTTGTTTTAATTG
66 AATGAATG-C---CTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * * ** * *
1246 AAAATGTAAAACAATTCATCATAAAATCAATTATGACATTGTAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-C
127 AAAATGTAAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
1310 ATGATTTTCGAAAGTACGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAACGGC-TTTATA-AT
191 AGGCTTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTACA-
* * * *
1373 CATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAAAT-GGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAAATT-AC
254 CA--TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAA
1436 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
315 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
1462 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-
1 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCT
* * * *
1526 AATGAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAAATAGTT-AATTATAATCTGTTTTGACTAAA
66 AATGAATGCCTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGAAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
1590 AATGTAAAAGAATTTAGCCTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
129 AATGTAAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
1655 GTTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCATTGAATGGCTTTGTCTACACAT
193 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT-TCTACACAT
* * * **
1720 TTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAA
257 TTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
*
1785 TCAATTATGAGATTTTAAA
322 TCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
1804 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATTA-GTGACTATAAATGGATTTTTCTTG-C
1 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** * *
1867 TAAT-ATATGCCATTTTCTTCACGTTGT-TTAAGGTCAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACAA
65 TAATGA-ATGCC-TTTTCTTCACGTT-TCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * *
1930 AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
127 AAAATGT-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * * *
1995 AGGCATTAGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTGAAACTTTT-ATACCAATGGATGACTTTTGCTTC
191 AGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-CTAC
* * * * * * * ** ** *
2058 ACATTTTCTAACGTAGACATTCGATTATAATATATTTTATTTAAAAAAATAAAAAAATTCAAGTT
253 ACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
2123 AAAATTAATTATGAGATTATAAA
318 AAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * * * *
2146 ATAAAATTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC
1 A-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * *
2211 -AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TACCCTAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTCTTTAACAA
65 TAATGAAT-GCCTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTA
* * * * ***
2273 AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAACGATA
127 AAAATGTAAAAAATTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * *
2338 AGGCTTTTGAGGGAACGGGTGACTATAATTGGACTATTCTTGTTAATGAATGTCTTTTC--CTCA
191 AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTACACA
* * * *
2401 TGTTCTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTT
256 T-TTC-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT
2466 AAAATCAATTATGAGATTATAAA
318 AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
2489 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAGGGTGACTATAACTGGGCTTTTCCT-AC
1 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
2552 AAATGAATGAGCTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAA
65 TAATGAATG-CCTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
** * * *
2616 AAATGTAAAGAAATTCGACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAA
128 AAATGTAAA-AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * *
2681 CGCTATTG-AGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACG
192 GGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTCTACACA
* *
2745 TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC-CAAAAT-TATAAAAAATTCAACTTAA
256 TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAA
*
2808 AATTAATTATGAGATTATAAA
320 AATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * ***
2829 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAACATACTTTTCTT-TCT
1 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCT
* * ** * * *
2893 AATAAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTCAA-GATTGACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
66 AATGAAT-GCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
2957 AATTTAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
129 AATGTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * ** * * * * * **
3022 CTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATAAAATTTTTTTGTGAATGAATGCCTTTTTCTTTA-AGT
194 CTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTCTACACA-T
* * * * * *
3086 TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAA
257 TTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 260, Indels: 105
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 54 0.04
340 224 0.17
341 65 0.05
342 689 0.51
343 246 0.18
344 77 0.06
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCT
AATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TGTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTACACATTTCC
CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAA
Found at i:2345 original size:514 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1121--3128 Score: 1649
Period size: 513 Copynumber: 3.9 Consensus size: 504
1111 NNNNNNNACC
* * * * *
1121 ATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAACGTC-TTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAA
* * * * * * * ***
1184 TAAATGTCTTTCTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTTGT-TTTAATTGAA
64 TGAATGGC-TT-TTTCTTCAT-GTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTT-TCTTTAACAAAA
* * * * ** *
1248 AATGTAAAACAA-TTCATCATAAAATCAATTATGACATTGTAAAAATATTTAAAG-CAAG-TAAC
125 AATGTAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAGAT-A-
* * ** * * * * * **
1310 ATGATTTTCGAAAGTA-CGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATAAACGGCTTTATAAT
187 AGGCTTTT-GAGGGAATTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AAT-AATGCCTTT-TCTT
* * * * * * *
1373 CATGTTTCCCATGG-CAGACATTCAATTATAAAT-GGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAAATTAC
247 CACGTTT-TCAAGGTCA-ACATTCAATTA-AAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTAA
*
1436 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCAT-A
308 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTGA
* ** *
1499 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTCCTT--CATGTTTCTCAAGGAAAA
372 -GTGACTATAAATGGGCTTTTCATACCAATGAATGACTTTT-CTTCACAT-TTTCT-AAGGAAAA
* * * * *
1562 TAGTT-AATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAGAATT-TAGCCTAAAGTCAATTATGAG
433 CA-TTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAG-CTAAAATTAATTATGAG
*
1625 ATTGTAAAACT
495 ATTATAAAA-T
* * * *
1636 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGG-TGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCATT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAACGTCTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT
* * * * *
1700 GAATGGCTTTGTCTACACAT-TTCCCATGGCAGACATTCAATTATAA-TCTCTTTTAACTAAAAA
65 GAATGGCTTTTTCT--TCATGTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTTC-TTTAACAAAAAA
* *
1763 TGTAAAACAATTT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAG
127 TGTAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAG--ATAAG
* * *
1826 GCTTTTTAGGGAATTAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCTAATATATGCCATTTTCTTCACGT
189 GCTTTTGAGGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATA-ATGCC-TTTTCTTCACGT
* *
1891 TGTTTAAGGTCAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA
252 T-TTCAAGGTCAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAA
* * *
1956 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTAGAAGGCTTGAGTGACTAT
315 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTAT
* ** * * * * *
2021 AAGTGAAACTTTT-ATACCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAACGTAGACATTCGATTA
380 AAATG-GGCTTTTCATACCAATGAATGACTTTT-CTTCACATTTTCTAAGGAAAACATTCAATTA
* * * ** *
2085 TAATATATTTTATTTAAAAAAATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAT
443 TAATCTGTTTTA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAT
* * * *
2148 AAAATTAAAGCGAGTAATAA-GTCTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCA
1 --ATTTAAAGCGAGTAATAACGTCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCA
* *
2212 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTACCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTCTTTAACAAAAAA
63 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATTTTCTTTAACAAAAAA
* *
2277 TGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAACGATAAGGC
127 TGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-GATAAGGC
** * * * * * *
2342 TTTTGAGGGAACGGGTGACTATAATTGGACTATTCTTGTTAATGAATGTCTTTTCCTCATGTTCT
191 TTTTGAGGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AATGCCTTTTCTTCACGTT-T
* * * * *
2407 CCAAGG-CAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAAT
254 TCAAGGTCA-ACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTAACTTAAAAT
* * * *
2471 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGGGTGACTATA
316 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * * * *
2536 ACTGGGCTTTTCCTACAAATGAATGAGCTTTTCTTCACGTTTTC-AGAGGCAAACATTCAAGTAT
381 AATGGGCTTTTCATACCAATGAATGA-CTTTTCTTCACATTTTCTA-AGGAAAACATTCAATTAT
* * *
2600 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAGAAATTCGACCTAAAATCT-ATTATGAGATTATAAAAT
444 AATCTGTTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAAT
* * *
2662 CATTTAAAGCGAGTGATAACG-CTATTG-AGGCATGGGTGACTATAAATAGAA-TTTTTTTATCA
1 -ATTTAAAGCGAGTAATAACGTCT-TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATCA
* * *
2724 ATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTC--TAACCAAA
63 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAAT-T-TTCTTTAACAAAA
* * * *
2787 ATTATAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAA
125 AATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAG--ATAA
* * * * *** *
2850 GGATTTTGAAGG-CTTGGGCGACTATAAACATACTTTTCTTTCTAATAAATGGCCTTTTCTTCAC
188 GGCTTTTGAGGGAATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AAT-GCCTTTTCTTCAC
* * ** * * * * *
2914 ATTTCTCAAGATTGACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTAACCTAAA
250 GTTT-TCAAGGTCAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAA
* * * * *
2979 ATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TATGGGTGACT
314 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT-TGAGTGACT
**** ** *** * * *
3043 ATAAATAAAATTTTTTTGTGAATGAATGCCTTTTTCTTTA-AGTTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
378 ATAAATGGGCTTTTCATACCAATGAATGAC-TTTTCTTCACA-TTTTCTAAGGAAAACATTCAAT
* *
3107 TATAATTTGTTTTGACCAAAAA
441 TATAATCTGTTTT-ACTAAAAA
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 213, Indels: 127
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 138 0.11
511 81 0.07
512 149 0.12
513 383 0.31
514 374 0.31
515 88 0.07
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAACGTCTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATG
AATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTTCTTTAACAAAAAATGTA
AAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAGATAAGGCTTTTG
AGGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAATGCCTTTTCTTCACGTTTTCAAGGT
CAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTT
TCATACCAATGAATGACTTTTCTTCACATTTTCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAC
TAAAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAT
Done.