Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400092.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3311.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6085
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 1893 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4623 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4089--4796 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
4079 NNNNNNNNNN
* * ** * ***
4089 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATG-TCTGTG
1 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTC-ACC
* * * * * * *
4153 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-TAAACAAAGTCTATTTGTAGTCA-CTCACT-C
65 TAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAAA-AAAGTCCAATTATAGTCACCT-A-TGC
* * * ********** *
4215 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCAT
127 CTTCAAAAGCATTATTACACACTTTAAATCGTTTTATAACCTCAT
* * * * * ** * *
4260 AATTAATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATTTTATAACTAAATG-TCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTC-ACC
* * * * * *
4323 TTAG-GAAACGCT-AAGAAAAAGTCATTCATTAGCTAGAAAAA-TCCATTTTTTGTCACCTATAC
65 -TAGAGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTA-AAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGC
* * * **********
4385 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTNNNNNNNNNNAT
127 CTTCAAAAGCATTATTACACACTTTAAATCG-TTTTATAACCTCAT
* * * *
4430 AATTAATTTT-AGATTCAATATTTTTACATT-TTAGGTTAAAATAGATTATGATTGAGTGTTCAC
1 AATTGATTTTAAG-TTGAATATTTTTACATTCTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCAC
* * * * * * * *
4493 CTTGGGAAACTTGATGAAAGAGCCTTTCATTGGC-AAGAAAA-TCCCAATTATATTCATCTATGC
64 CTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAA-AAAAGT-CCAATTATAGTCACCTATGC
** *
4556 CTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAACCTCAT
127 CTTCAAAAGCATTATTACACACTTTAAATCGTTTTATAACCTCAT
* *
4601 AATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCACCT
* * * *
4666 AGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC
66 AGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGCCTTC
* * * * *
4731 AAAAGCTTTATTGCACCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
131 AAAAGCATTATTACACACTTTAAATCGTTTTATAACCTCAT
4772 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
4797 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 96, Indels: 40
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 126 0.30
171 279 0.66
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCACCT
AGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGCCTTC
AAAAGCATTATTACACACTTTAAATCGTTTTATAACCTCAT
Found at i:5195 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5171--5214 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
5161 GTTTTTTTAG
5171 TTTAAGTTATTTTA-GTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
* *
5192 TTTAGGTTATTTTATTTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
5214 T
1 T
5215 ACTTTAAGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.65
22 7 0.35
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.09, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
Found at i:5687 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5387--6085 Score: 735
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
5377 TCTTAGACCA
** * ** * * *
5387 ATAATCTCATAAAAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAAACTATAATCGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** *
5452 ATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGGAAAAGGT-AGTCATTTCCAAGAAAAATAC-ATTTATAGTC
66 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTC
* * * *
5515 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACCCAGTTTAAATGGTTTT
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * * *
5558 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACGTTTTTGACTAGACCAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
5623 ATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTGTAGTC
66 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * ** *
5686 ACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTTCTTTAAACGATTTT
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * *
5729 ATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
** * * *
5794 AATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
65 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * **
5859 CCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTT
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * *
5901 ATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTT--GTTTTTTTACACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT--ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* * * *
5964 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTAATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
** * * * * *
6029 ACTTATACCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTTAATGGTTTT
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
6072 ATAATCTCATAATT
1 ATAATCTCATAATT
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 82, Indels: 16
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 4 0.01
171 297 0.68
172 131 0.30
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
Found at i:6076 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5387--6083 Score: 780
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 341
5377 TCTTAGACCA
* **
5387 ATAATCTCATAAAAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAAACTATAATCGA
1 ATAATCTCATAAAAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATCGA
* ** * * *
5452 ATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGGAAAAGGTAGTCATTTCCAAGAAAAATACATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGGAAAAAGTAGTCATTTCCAAGAAAAATACATTTATAGCCAC
* * *
5517 CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACCCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
131 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
5582 TAAATATTTTTACGTTTTTGACTAGACCAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAG
196 T-AATATTTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
* ** * * * *
5647 GAAAAAGCATTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTGTAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTAT
260 GAAAAAGCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
**
5712 TTTCTTTAAACGATTTT
325 TCACTTTAAACGATTTT
*** * * * * *
5729 ATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAAAAGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATCG
* * *
5794 AATGTCTACCTCAAAAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCA-TTCGCAAGAAAAGT-CTATTTATAG
65 AATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGGAAAAAGT-AGTCATTTC-CAAGAAAAATAC-ATTTATAG
* * *
5856 CCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTT
127 CCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * **
5920 TAAGTT-GTTTTTTTACACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAA
191 TAAGTTAATATTTTT--ACATTTTTGACTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAA
* * *
5983 CATGAA-GAAAAAGTCATTAATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-TACCTTCGAAAG
253 CATGAAGGAAAAAG-CATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACT-CCTTCAAAAG
* * * *
6046 CTTTATTACTCACTTTTAATGGTTTT
316 CCTTATTACTCACTTTAAACGATTTT
6072 ATAATCTCATAA
1 ATAATCTCATAA
6084 TT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 52, Indels: 19
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.02
342 48 0.16
343 239 0.82
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATAATCTCATAAAAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATCGA
ATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGGAAAAAGTAGTCATTTCCAAGAAAAATACATTTATAGCCAC
CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAATATTTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGG
AAAAAGCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAACGATTTT
Done.