Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397539.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_167.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9065
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Warning! 967 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:337 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--4952 Score: 3284
Period size: 171 Copynumber: 29.1 Consensus size: 169
* * *
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * * ** *
66 GGAATGCGCGGCTATAAATGGACTTTTCTTA-CTTATGAATGGCTTTTTTTTCATATTT-TTCAA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATC-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTT-GA
* *
129 GGCAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGA-TAAAAATGTAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAA
* *
172 ATATTGAACTTAAAAAT-AATTATGAGATT-TCAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
1 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * **
235 ATATAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAACTGCTTTTTCTTTATATTTCTTG
64 A-GGAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * *
299 AGACAGACAATCAATTCTGATATATTTTAACCAAAAATGTAACAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AA
* * * * *
344 AAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-TCATATAAAACGAGTAATAAGACTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGA
* * *
408 AGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-ATTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TTCG
64 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-G
** * * * ** *
471 AGATAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* *
515 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * * * **
580 GGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT-TCCAA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TGA
* * * *
643 GGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAAGGTAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
686 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * ** * ** * *
751 AGAAAGCGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATAT-TTCAG
65 GGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-
* * * *
814 GGCAAACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGCCTAAAATGTAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
857 AACTTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGATT-TCAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTA
1 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTG
* * **
920 AAGGAATGGGTTG-CTATAAAAAGA-TTTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCC
63 AAGGAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * * *
983 AAGCAGACAATCAATTCTAATATATTTTAACTAAAAATATATAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA
* * *
1028 AAATT-AATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAG-GCAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTT-G
* ** * * * * * * **
1090 AAAGAATAAGTGACTATAAAAAGA-TATTTCTTGTTAATGAATACTTTTTTCTTCACATTT-TCA
63 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTTTTATCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTG
** * * **
1153 AGATAGACATTCAATTAT-ATGTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAA
* ** * * *
1197 AAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT-GA
* * * * * *
1262 AGCAA-AGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGTCAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA
64 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * * * * *
1325 AGTAAACTTTCAAATACAATTTTTTTTAA-CAAAAATGTATAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
1367 AAACTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * * ** * * ** * *
1431 GGGAATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTTTTAAG
65 -GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * ** * * *
1496 GTAAACATTCAATTACACCCTATGTTAGA-TAAAAATGTAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * *
1538 CAATTTAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGTGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * *
1603 GGAGTGGGTGGCTATAAATTA-ACTTTTCTT-GCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCTTTCCTAA
65 GGAATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTTTTATC-AATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
1666 GGCAGACATTTAATTCTAATATATTTTAACTAAAAATATAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
1709 AAATTCAAATTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGCAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * * * *
1774 AGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAT
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTT-GAG
* * * *
1838 ACAAACATTCAATTAT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAC
128 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
1879 AAATTTAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * * * *
1944 GGAGTGGGTGACTA-AAAGTAGACATTTGTTATCAATAAATGACTTTCTCTTCATGCTTCCTAAG
65 GGAATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * * *
2008 GCAAACAATCAATTATAATTTATTTTAACCGAAACTGTAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
2050 AAACTCAACTTCAAATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * * * * *
2114 GGTATGGGTGATTATAAAAAGA-TTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCATG
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTT--CTTG
* * * *
2178 A--CACACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAGAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
2220 AAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * * * * * * * *
2285 AGCATAGGTGACTATAAATGGGC-TTTTCTAGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTT-TCTAA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGA
* * **
2348 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGTAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
2391 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTGGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * *** * * * * **
2456 GGAATGAGTGACTACAAATGGAGCTTTCTCGCCAACAA--AATACTTTTTCTTCACATGTCCAGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTT-T-TTTATCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
** * * * * ** *
2519 GATTA-ACATTCTATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAAATTAAA
127 G-GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
2562 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATAATAAAACCATTTTAAGCAAGTGATAAGGCCTTTGAT
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAA
* * * * * *
2627 GGAATGGCTGACTATAAAT-GGCTTTTTCTGAT-AATGAATGGTTTTT-TTTACGTTTTTTGAGG
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTT-TTATCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * * * *
2689 TAAAAAGTCAATTAT-AGCTTGTTTCAACCAATAATGTAAAA
129 CAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
2730 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGA
* ** * * * * *
2794 AGGTATGGCAGACAATAAATAGAC-TTTTCTAGTCAATCAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCCTGA
64 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* *
2858 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAGGTAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
2900 AAATTCAACTTAAAATC-A-TATGAGAATTAATAAAACTATTTTAAAGCAAGTAATTAA-GCTTT
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATT-ATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTT
** *** * * * * * *
2962 GAAAAAAAACGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCTATAAATGGTTTTTTCATCACGTTT-TT
62 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * * *
3025 CAAGACAAACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGCCTAAAATATAAAA
125 -GAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
3071 AAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGATT-TCAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTG
1 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTG
* * *
3134 AAGGAATGGGTTG-CTACAAATAGACTTTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTT
63 AAGGAATGGG-TGACTATAAATAGAC-TTTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * * * *
3198 AAGGCAGACAATCATTTTTAATATATTTTAACCACAAATATAAAA
125 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* **
3243 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGCGAGTAATAAGATTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTGAA
* * * * * * ** *
3307 GGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTT-TCAAGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * **
3371 TAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAA
129 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
3411 AAATTCAGCTTAAAATCAATCATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * * **
3476 GGCATGGGTGACTATAAAT-GAAC-TTTTTGAGTCAATGAAAGGCTTTTTTTTTCACGTTTCGCG
65 GGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTA-TCAATG-AATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * ** *
3539 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
3583 AAATTTAACTTATAATGAATTAAGAGATTATAAAATTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * * * * *
3648 GGAATAGATGACTATAAATTGACTTTTTTTACCTATGAATGGTTTTTTTTTCAGGTTTTTTGAGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
3713 TAAACATTCAATTAT-ACCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAA
129 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * * *
3753 TAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTACAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * * * *
3818 GGAATCGGTGGCTATTAATAAACTTTTCTTATAAACGAATGGTTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGG
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * *
3883 CAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAA
129 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
3924 AAATTCAATTTAATATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* * * * * *
3989 GGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAATGCCTCTTTT-TTCATGTTTTTTGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATC-AATGAATG-CT-TTTTCTTCACGTTTCTTGA
** * * * *
4052 TACAGACATTGAATTAT-ATCTGTGTTAACCAAAAATATAAAG
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
4094 AAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGA-T-T---AC-A---AAATC-ACT--T---G-TTCGAAG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAG
* * * * * **
4143 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTTTTGATA
66 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATC-AATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * **
4207 CAGACATTGAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATATCAGG
129 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * * *
4247 CAATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* ** * *
4312 AGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-CTTTTTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-TGAA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG-A
* * *
4375 GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGATA-AAAAAATG-AGAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-A-ACCAAAAATGTA-AAA
* * * * *
4419 AAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * *
4484 AGAATAGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTT-GCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTCA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTATC-AATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-G
* * * *
4546 AGGCAGACAATCATTTATAAT-TTTTTCTAATCAAAAATG-AAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAA
* ******************
4589 AACATTCAACTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACTATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
1 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTG
* * ** * * *
4653 AAAGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTTTCATGTTTCTTG
63 AAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTATCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * *
4717 AGGCAAACATTCAATCA-AAGTATGTTTTTACAAAAAATGTAAAA
126 AGGCAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
4761 AAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* * * * * * * *
4826 GGAATGGGTGATTAAAAAAAGACTTTTCTTT-TGAATGAATGGCTTTTTCTTTATGCTTCTTGAA
65 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * *
4890 GCAGACAATCATTTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGT-AAA
128 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
4931 AAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTA
4953 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3770, Mismatches: 812, Indels: 399
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.00
153 120 0.03
154 3 0.00
155 1 0.00
158 3 0.00
159 1 0.00
160 1 0.00
161 4 0.00
162 4 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 3 0.00
167 7 0.00
168 183 0.05
169 157 0.04
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173 37 0.01
174 4 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
Found at i:1122 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--4952 Score: 2843
Period size: 341 Copynumber: 14.6 Consensus size: 337
* * * *
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
66 GGAATGCGCGGCTATAAATGGACTTTTCTTACTTATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTTTCAAGG
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
* * *
131 CAGACATTCAATTATAGCTTGTTTT-AGATAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAAAT-AATTA
129 CAAACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACAT-AAAATGTAAAAA-ATTTAACTT-AAAATCAATTA
* * *
194 TGAGATTTCAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAATA-TAATGGGTTG-CTATAAATA
190 TGAGATTTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA-AGGAATGGG-TGACTATAAATA
* * * * *
257 GACTTTTTTTATCAATGAACTGCTTTTTCTTTATA-TTTCT-TGAGACAGACAATCAATTCTGAT
253 GAC-TTTTTTATCAATGAA-TGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAAT
320 ATATTTTAACCAAAAATGTAACAA
315 ATATTTTAACCAAAAATGTAA-AA
* * * *
344 AAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATCATATAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * ** * *
409 GGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
* * * * * * * * * *
474 TAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
129 CAAACATTCAATTAT-ACTTGTTTTAACATAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
539 AGATTAT-AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
192 AGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
603 TTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACA-TTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTA
256 TTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCA-AGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATATA
*
666 TTTTAACCAAAAAGGTAAAA
318 TTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
686 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
751 AGAAAGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATATTTCAGGG
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
* * *
816 CAAACATTCAATTATAGCTTGTTTTAGCCTAAAATGTAAAAAACTTAAACTTAAAAAT-AATTAT
129 CAAACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACATAAAATGTAAAAAA-TTTAACTT-AAAATCAATTAT
* * *
880 GAGATTTCAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTG-CTATAAAAAGA
191 GAGATTTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGG-TGACTATAAATAGA
* * *
944 TTTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCCAA-GCAGACAATCAATTCTAATATAT
255 CTTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATATAT
* *
1008 TTTAACTAAAAATATATAAA
319 TTTAACCAAAAATGTA-AAA
* * *
1028 AAATT-AATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAAGCATTTAAAG-GCAGTAATAAGGCTTTCGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGA
* ** ** * * *
1091 AAGAATAAGTGACTATAAAAAGATATTTCTTG-TTAATGAAT-ACTTTTTTCTTCACA-TTTTCA
64 AGGAATGGGTGACTATAAATGGAT-TTTCTTGCCT-ATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTTCA
** * ** * *
1153 AGATAGACATTCAATTATA-TGTGTTTTAAC-TAAAAATAAAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAA
126 AGGCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACAT-AAAAT--GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * *
1216 TTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCAA-AGGTGACTATAAA
187 TTATGAGATTTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
1280 TGGACTTTTCTAGTCAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAA-GTAAACTTTCAAATAC-A
251 TAGACTTTTTTA-TCAATGAA-TGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTC-AATTCTA
* * *
1343 ATTTTTTTTAA-CAAAAATGTATAA
313 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
1367 AAACTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
1431 GGGAATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTTTTAAG
65 -GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAG
* * * * * * * *
1496 GTAAACATTCAATTACACCCTATGTT-AGATAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTA
128 GCAAACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACAT-AAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
1560 TGAGATTAT-AAAACCATTCAAAACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGGTGGCTATAAATTA
190 TGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA-TA
* ** *
1624 -ACTTTTCTT-GCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCTTTC-CTAAGGCAGACATTTAATTCTAAT
253 GACTTTT-TTATC-AATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAAT
* *
1686 ATATTTTAACTAAAAATATAAAA
315 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
1709 AAATTCAAATTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGCAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
1774 AGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCGTTTTTCTTCATGTTTTTCGAT
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTTCAAG
* * *
1838 ACAAACATTCAATTATATTTGTTTTAACCA-AAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAAGCAATTAT
128 GCAAACATTCAATTATACTTGTTTTAA-CATAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
1902 GAGATTAT-AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTA-AAAGTAG
191 GAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA-TAG
* * * * * * * * *
1965 ACATTTGTTATCAATAAATGACTTTCTCTTCATGCTTC-CTAAGGCAAACAATCAATTATAATTT
254 AC-TTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATAT
* *
2029 ATTTTAACCGAAACTGTAAAA
317 ATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
2050 AAACTCAACTTCAAATCAATTACTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * * * ** ** * *
2114 GGTATGGGTGATTATAAAAAGATTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCATGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
* * *
2179 CACACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAC
129 CAAACATTCAATTAT-A-CTTGTTTTAACATAAAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * *
2243 GAGATTACAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTTCGAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGG
191 GAGATTTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
2307 CTTTTCTAGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
255 CTTTTTTA-TCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATATA
**
2371 TTTTGGCCAAAAATGTAAAA
318 TTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
2391 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTGGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * ** * * * *
2456 GGAATGAGTGACTACAAATGGAGCTTTCTCGCCAACAAAAT-ACTTTTTCTTCACA-TGTCCAGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTA-TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCA-A
*** * * * * * *
2519 GATTAACATTCTATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
127 GGCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAAC--ATAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
2583 ATGAGATAAT-AAAACCATTTTAAGCAAGTGATAAGGCCTTTGATGGAATGGCTGACTATAAAT-
189 ATGAGAT-TTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATA
* * * * * * * * * * * *
2646 GGCTTTTTCTGAT-AATGAATGGTTTTT-TTTACGTTT-TTTGAGGTAAAAAGTCAATTATAGCT
253 GACTTTTT-T-ATCAATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTA-AT
* * *
2708 -TGTTTCAACCAATAATGTAAAA
315 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
2730 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * * * * * ** * *
2795 GGTATGGCAGACAATAAATAGACTTTTCTAGTCAATCAAAGACTTTTTCTTCA-CGTTTCCTGAG
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTC-AAG
* * * * *
2859 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-A-TAT
128 GCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACATAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ***
2921 GAGAATTAAT-AAAACTATTTTAAAGCAAGTAATTAA-GCTTTGAAA-AAAAACGTGACTATAAA
191 GAG-ATT--TCAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
2983 T-GAACTTTTCTTACCTATAAATGGTTTTTTCATCACGTTTTTC-AAGACAAACATTCAATTATA
251 TAG-ACTTTT-TTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTA
* * * * *
3046 GCT-TGTTTTAGCCTAAAATATAAAA
313 -ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
3071 AAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGATT-TCAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTG
1 AAATTCAACTT-AAAATCAATTACGAGATTAT-AAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * **
3134 AAGGAATGGGTTG-CTACAAATAGACTTTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTT
63 AAGGAATGGG-TGACTATAAATGGA--TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-TT
* * * * * * * * * *
3198 -AAGGCAGACAATCATTTTTAATATATTTTAACCACAAATAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCA
124 CAAGGCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAA-CATAAA-ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* ** *
3261 ATTATGAGATTAT-AAAACTATTT-AAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
186 ATTATGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * ** *
3324 ATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTT-TC-AAGATAGACATTCAATTAT-
250 ATAGAC-TTTTTTATCAATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTA
* * * **
3386 ATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAA
313 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
3411 AAATTCAGCTTAAAATCAATCATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * ** ** *
3476 GGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TGAGTCAATGAAAGGCTTTTTTTTTCACGTTTCGCGA
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCT-TGCCTATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTTCAA
* * * * * * *
3540 GGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTATAATGAATTA
127 GGCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACATAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* ** * * * * *
3605 AGAGATTAT-AAAATTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATTG
190 TGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
* * * * * * * ** * * **
3669 ACTTTTTTTACCTATGAATGGTTTTTTTTTCAGGTTT-TTTGAGATAAACATTCAATTAT-ACCT
254 AC-TTTTTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATAT
*
3732 ATTTTAGCCAAAAATGTAAAA
317 ATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * * *
3753 TAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTACAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** **** * * ** *
3818 GGAATCGGTGGCTATTAATAAACTTTTCTTATAAACGAATGGTTTTTTCTTCACCTTTCTT-GAG
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-TTCAAG
* * * * * * *
3882 GCAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAATTTAATATCAATTA
128 GCAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAA-CATAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * * *
3946 CGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTCTAAATGG
190 TGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
* * * ** * *
4010 ACTTTTCTTA-CTAATGAATGCCTCTTTT-TTCATGTTT-TTTGATACAGACATTGAATTAT-AT
254 ACTTTT-TTATC-AATGAATG-CT-TTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAAT
* * * * *
4071 CTGTGTTAACCAAAAATATAAAG
315 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
4094 AAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGA-T-T---ACA---AAATC-ACT--T---G--TTCGAAG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** **
4143 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CTAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTTTTGATA
66 GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCT-ATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
* * * *** * *
4207 CAGACATTGAATTATA-TCTGTTTTAAC-TAAAAATATCAGGCAATTTAACTTAAAATTAAATAT
129 CAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACAT-AAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ** *
4270 GAGATTACAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
191 GAGATTTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
4335 CTTTTTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-GAAGACAGACATTCAATTATAATCTAT
256 TTTTTTA-TCAATGAATG-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATATAT
*
4399 TTTGATA-AAAAAATG-AGAAA
319 TTT-A-ACCAAAAATGTA-AAA
* * * * *
4419 AAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * **
4484 AGAATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTG-CTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTTCAAG
65 GGAATGGGTGACTATAAATG-GATTTTCTTGCCT-ATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAG
* * * * * * *
4548 GCAGACAATCATTTATAATTTTTTCTAATCA-AAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
128 GCAAACATTCAATTATACTTGTTT-TAA-CATAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTA
* * *******************
4612 T-ACGACTAT-AAAACTATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAA-GAATGGGTGACTATAAAT
190 TGA-GA-TTTCAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
** * * * * * *
4674 -GAACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAA-TCAAA
252 AG-ACTTTT-TTATCAATGAA-TGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAA
* * *
4736 GTATGTTTTTACAAAAAATGTAAAA
314 -TATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
4761 AAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** **** * * * *
4826 GGAATGGGTGATTAAAAAAAGACTTTTCTTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTTATGCTTCTTGAA-
65 GGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTTTCAAG
* * * * *
4890 GCAGACAATCATTTATAATTTGTTTTAAC-TAAAAAAGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
128 GCAAACATTCAATTAT-ACTTGTTTTAACAT-AAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
4953 CNNNNNNNNN
Statistics
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AACATTCAATTATACTTGTTTTAACATAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TTCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTT
TATCAATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACC
AAAAATGTAAAA
Found at i:4261 original size:153 final size:153
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3973 CAATAAGGCT
* * *
3983 TTCGAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTCTTTTTTCATGTTTT
1 TTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTT
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66 TTGATACAGACATTGAATTATATCTGTGTTAACCAAAAATATAAAGAAATTTAACTTAAAATCAA
*
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131 ATATGAGATTACAAAACCACTTG
* *
4136 TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTT
1 TTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTT
* * * * * *
4201 TTGATACAGACATTGAATTATATCTGTTTTAACTAAAAATATCAGGCAATTTAACTTAAAATTAA
66 TTGATACAGACATTGAATTATATCTGTGTTAACCAAAAATATAAAGAAATTTAACTTAAAATCAA
4266 ATATGAGATTACAAAACCACTT
131 ATATGAGATTACAAAACCACTT
4288 AAAGCGAGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
153 140 1.00
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TTGATACAGACATTGAATTATATCTGTGTTAACCAAAAATATAAAGAAATTTAACTTAAAATCAA
ATATGAGATTACAAAACCACTTG
Found at i:4500 original size:172 final size:169
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Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
4238 AATATCAGGC
* * * *
4248 AATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAA
1 AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAA
** * ** *
4313 GCTTGGGTGACTATAAATGGACCTTTT-TAG-TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTGAAG
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*
4376 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGATAA-AAAAATGAGAAAA
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* * * * **
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1 AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAA
* * * * *
4485 GAATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTTCAAGGC
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* *
4550 AGACAATCATTTATAATTTTTTCTAATCAAAAATGAAAAA
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* * *
4590 ACATTCAACTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACTATTTAA
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4633 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 28, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAA
GAATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTAGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAC
AGACAATCAATTATAATTTTTTATAACAAAAATGAAAAA
Found at i:7754 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6955--9065 Score: 1499
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 171
6945 NNNNNNNNNN
* * *
6955 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGA-AATCTCAGAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
7018 TTACATTTTAGGCTAAAACA-AGCTATAATTGAATATTTGTC-TAGAAAAACATGAAGAGAAAGC
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGTCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *** * *** *
7081 TATTTATGGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACGTTTTCCTTCA
127 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * *
7126 AAAGCATTATTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * ** * *
7190 TACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCGAATATCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAA-CTCA
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CA
** * *
7254 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCA
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
** ** * * *
7297 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * * * *
7362 ACATTTTTAGTTGAAGCA-AGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAGCCAT
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*
7426 TCATTAGTA-AA-AAAAG-CTATTTATAGTCACCCATT-CTATC-
130 TCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCG
** * *
7466 AAAGGCCTTATTACTTACTTAAAAT-GTTTTTATAA-CGTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTT
1 AAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * *** * * * **
7528 TTTA-ATTTTTTATTAAAACAGACTATAACAAAATGTCAATCTC-T-AGACATGTGAAGAAAAAG
63 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT--TTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
7590 CCATTTATTGACGAG-AAAGCTCCATTTGTAGTCACCAATTCCTTCT
126 CCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
* * * * * *
7636 AAAGCCTTATTATTCGCTCTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
7701 ACATTCTTGGTT-AAACAGA-TATAATTAAATGTTTGTCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
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** * * * *
7764 CATTGAGTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCG
131 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
** ** * * * ** * *
7805 AAAGTTTTATTACTTTCTTTAAATTGTTTTGTAACCTCGCAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** *
7870 ACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAA--TATGTGGTG-GAAA-ATGTAAAGAAAAAGTCA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCATGAGAAACATG--AAGAAAAAGCCA
* * * *
7931 GTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCCTTC-
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
*
7973 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
8038 ACA-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCTTCA--AGAAGCATGAAGAAAAAGTCA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG--TCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *
8100 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT-TAGTCACCCATTCTTTCG
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
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8142 AAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
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8207 ACATTTTTAGTCAACACATACTT-TGATTGAATGTTTGCCTCA--AGCAACATGAAGAAAAAATA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTG--TCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * *
8269 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCTTTCG
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
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8313 AAAGCCATATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGTCGT-ATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
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8377 TACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAACGACA
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8441 TTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATA-TCTGTCCATTCCTTCA
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCG
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66 ACAT-TTTTGGT-T-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
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8610 ATTCATTGACTATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
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8654 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAGTAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTN
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8719 NNNNNNNNNGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTAT-ATCGA-AAACTATGAAGAAAGAGGCA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCAT-GAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCA
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8781 TTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCG
129 TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
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8824 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATACCAAG-TGAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTT
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8888 TTATATTTTTGGTTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTACCTCA-G-GAAAGGTTAAGAAAAAGC
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
8951 CATTCATTTACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTCA
127 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
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8996 AAAGACTTATTACACACTTTGAATGGTTTTGTAATATCATAATTGAATTTAGGTTAAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
9061 ACATT
66 ACATT
Statistics
Matches: 1532, Mismatches: 335, Indels: 146
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 40 0.03
168 145 0.09
169 358 0.23
170 350 0.23
171 490 0.32
172 137 0.09
173 9 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
Done.