Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397540.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2844.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Warning! 666 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 439--1383 Score: 671
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
429 NNNNNNNNNN
* * ***
439 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATGGCTTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
504 TATAAAACCATATAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGAC-CTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTC-TT
* ** * * *
568 CTTGCCGATGAATG-CTTTTTTCTTTGCGTTTCTTAAGATAGA
130 CTT-CCAATGAATGAC-TTTTTCTTAACATTTCCTAAGGTAGA
* * * *
610 CATTCAATTATAGTTTGCTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *******
675 TATAAAA--ATTTATAAAGCGAGTAATAACACTTTTGAAAGAATAGGTGACTATANNNNNNNNNN
66 TATAAAACCA-TT-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA---AATGGAC
* * * * *
738 TCTTCTT--AATGAATGGCTTTTTCTTCATATGTTCCT-AGGAACA
126 TCTTCTTCCAATGAATGACTTTTTCTTAACAT-TTCCTAAGGTAGA
** * * * *
781 CATTCAATTATAGTCT-TTTCTAATGAAGAATGCAAAAAAATTCAAGTTAAAATCGATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ********** *
845 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTT
* *
910 CTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTAACATTTCACT-AGGTATA
130 CTT-CCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTC-CTAAGGTAGA
* * *
952 CATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** *
1017 TGA-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTT
66 T-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTT
* * * ** *
1081 TTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
130 CTTC-CAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCCTAAGGTAGA
** * * * ********
1123 CATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAACTGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNN
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * *
1188 NNTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTT-AAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTCTT
* *
1252 CTTCCAAAT-ATATGGA--TTTTC-TACACATTTCCTAAAGTAGG
130 CTTCC-AATGA-AT-GACTTTTTCTTA-ACATTTCCTAAGGTAGA
* ** *
1293 CATTCAATTATAGTCTGTTTAAATGAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
1357 CATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAA
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
1384 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 165, Indels: 52
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 45 0.08
170 56 0.10
171 457 0.78
172 12 0.02
173 1 0.00
174 5 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTTC
TTCCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCCTAAGGTAGA
Found at i:2624 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1499--9019 Score: 4126
Period size: 171 Copynumber: 44.0 Consensus size: 169
1489 TCTTCATTAT
* * * *
1499 GAAACATGAACAAAAAGGCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** * * * *
1564 NNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT-A
* * * ********** *
1629 AATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTNNNNNNNNNNCTTG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* * * * *
1670 AGAAACATGTATAAAAAGCCATTTACTGAAAGGAAAA-TCACATTTATAGTCACCCATTTCTTCA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * ********** *
1734 AGGGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT
* * * * * *
1799 ACA-CTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGACTGTCTACCTTG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
** * * * **** *
1840 AGAAATGTGAAAAAAGAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTTGTCATTCTTTCA
1 -GAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * ********* *
1904 AAAGCCTTATTACTAACCTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNA-AATTGATTTTAAGTTTAATTTGTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TT
* * * * * *
1968 TTACATTTCTTAGTTAAAATAGGTTATAATTGAATG-CTTGCCTTAA
126 CTACATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TAG
* ********** *
2014 GAAACATGGAGAANNNNNNNNNNATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTACAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC--A
* ********** *
2078 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT
* * * *
2143 ACATTTTTGATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTTG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * * * * *
2186 GAAATATGGAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
2251 AGCCTT-TGTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTT
65 AGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCT
* ** * *
2315 ATATAATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
** ** * * * * *
2358 GAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** *
2423 AGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
* * * *
2488 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTAAATG-CATGCCTAG
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTAG
* * * *
2528 GAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACTCCTTTAA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *** * *
2593 AGGCCTTATTACACGCTTTAAAAAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAGTTTTT-T
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTCT
* * * *
2657 ACA-CTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
** * * ********** *
2699 GAAATGTGAAGAAAACAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTANNNNNNNNNNCCCATTCCTTTAA
1 GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * * *
2763 AAGCCTTATTACTAACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTGTTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTCT
* * * * *
2828 GCATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATG-CTTGCCTTGG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TAG
* * ** * *
2871 GAAACATGGAGAAAAAGCCATTTATTGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCATCCATT-CTTCCAG
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAA
********** * * ** *
2935 AAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTAAAACTGAATTTTTCTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
*
3000 CATTTTTGGTTAAAATA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTTAG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * ** *
3042 GAAACTTGGAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATTCTTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
3107 AGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCTA
* **
3172 TATAGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
******** * * * ** * * *
3212 -AATNNNNNNNNNNAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAATTTTATTTATTGTCTCTCATTCCTTC
1 GAA---ACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
3275 AAAAGCCTTATAACTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTGATAAGTCATTTTAAG-TAGAATTTTT
62 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTT
*** * * *
3339 CTACATTTTTTACTAAAACAAACTATAATTGAATG-CATGCCTAAG
126 CTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT-AG
** ** **********
3384 GAAATGTTTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * ** * *
3449 GGCCATATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAGAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTCAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTC-T
* * * *
3514 AC---TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* ** * ******
3553 GAAAACATGGAGAAAAAGTTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCNNNNNN
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
**** * * ** * *
3618 NNNNCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCTTTTTATGTTGAATTTTTCTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * * * *
3683 CATTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAA
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* *** * * * *
3725 GAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTCCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ** * * * *
3790 AGTCTTATTACTAACCTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTCTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
*** * * **
3854 ATTTTCAATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTC
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* * ** * *
3894 GAAA-ATGTAGAGAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATATATAGTCATGCATTCTTTGA
1 GAAACATG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
********** * * *
3958 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTC
** ** * * * * * * *
4023 TTTATAATGGGATAAAATAGATTATAATTAAATTTTTACCTTAA
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
** * * * * *
4067 GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCTTTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
4132 AGCCTTATTAC-CAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTCTT
65 AGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * * *
4196 CATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATG-CATGCCTAGG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTA-G
* * * *
4238 GAAACATGTAGAAAAAGCCAATCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCATTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ********** *
4303 AGCCTTATTACTAGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTC-A
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTCTA
* * * * *
4367 CA-TTCTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* * * * **********
4407 GAAAATATGGAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
4472 AAGCCTTAGTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAAGTTTTTC-
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTCT
* * * *
4536 ACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTG
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* * * **********
4577 TAAACTATGGAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNN
1 GAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * ** * * *
4642 AAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTCTTTTATGTTTAATTTCTTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTCT
* * * * *
4707 ATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTGA-CT-T
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAG
* * **
4748 GAAAAATAAGGAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTNN
1 GAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
********** * * *
4813 NNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT-T
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT
* * * * * *
4877 ACACTTTTGGTCAAAACAGACTGTAATTGAATGTATACCTCAT
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * * * **
4920 GAAACATAAAAAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** ********** * *
4985 AATCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTCTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
* ** * *
5050 ATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CGT-TCTATG
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTA-G
* * * * *
5090 GAAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTCTTTCAA
1 GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** * * *
5155 AAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCCCACAATTGATTTTAAGTTTAATTTTT-TC
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT-
* * ** ** *
5219 ACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTATGATAA
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAG
* * ** *
5262 GAAACGCT-AAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATGGTCACCCATT-CTTCC
1 GAAAC-ATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-C
********** * * * *
5324 AAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTC
62 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTC
* * ** * * * *
5389 AATATTTTTTATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTAACTTGG
127 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAG
** * *
5433 GAAACATGGTGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*********** * * * *
5498 AGCNNNNNNNNNNACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTCAATAATTTT-T
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTCT
* ** * * * *
5562 ATATAATTGGTTAAAACATATTATAATTGCATGTCTACGTCAA
128 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * * * * * *
5605 GAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-TAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
5669 AGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTCATTTTAGGTTAAATTTTTCTA
65 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * *
5733 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACCTCAT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * * * *
5775 GAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAA
1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** * * *
5839 ANNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * * * *
5904 CATTTTTTGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * *
5946 GAAACATGGAGAAAAAGCCATCCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAA
* * * *
6010 AACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * *
6075 CATTTTTTGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTAG
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * * * **
6117 GAAACATGGAGAAAAAGCTAGTCATTGAAA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTGTTTCAAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
6181 GCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTCTAT
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
* * *******
6245 ATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCNNNNNNNN
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTAG
** * * * * *
6286 NNAACATGGAGAAAAAGCTAGTCATTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
6350 GACTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-TCAGTCTCAGAATTGATTTCAAGTTAAAATTTTT-TA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTCTA
* * * * * *
6413 CACTTTTGGTCAAAACAGACTGTAATTGAATGTATACCTCAT
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * *
6455 GAAACATGAAAAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** * * * * *
6520 AATCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC
* ** * * *
6585 ATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-C-GCTCTGTG
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT-AG
* * * *
6625 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATTCTTTCAA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*********** * * *
6690 AAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTCCA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
* * * * *
6755 CATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTAA
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
*** ********* * * *
6797 GAAACGCAAAGAAAAAAG-CATNNNNNNNNNNGAAAAGTCTATTTATGGTTACCCATT-CTTCCA
1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCAT-TCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CA
* * * * * * **
6860 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGATTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATATTTGA
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCT
* * *
6925 ACATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTCTACCTTGG
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1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
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8918 NNNNTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCTA
* **
8983 TATAATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
129 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
9020 TTCAAGAAAT
Statistics
Matches: 5564, Mismatches: 1589, Indels: 392
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 284 0.05
170 1377 0.25
171 2317 0.42
172 1167 0.21
173 357 0.06
174 56 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
Done.