Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400127.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3343.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1704
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 307 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:876 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 586--1704 Score: 835
Period size: 170 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
576 AGTTGAACTT
* * *
586 TTTTAT-ATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAA-AGACGTAAAGAAAATG
1 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAAGAAACGTAAAGAAAATG
* * * * * *
649 ATATCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAATCACGAATGCCTTTA-AAAGTCTTATTACTCGGT
65 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCC-TTAGAAAGCCTTATTACTCGCT
**********
713 TTAAATNNNNNNNNNNCCTCATAATTGATTTTAATTTGAATC
128 TTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATC
* * * *
755 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGA
1 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGA
*
820 TATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCAG-TT
66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTC-GCTT
*
884 TAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT-
129 TAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATC
* * * * *
924 TTTTTTATTTTTTTATTAATACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTAAACAAAATG
1 TTTTATA-ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATG
* * * * *
989 ATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTT
65 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ********
1054 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGNNNNNNNN
129 TAAATAATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAA-TTTGAATC
** * * * ** * * **
1096 NNTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAACAAAAAAA
1 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGA
* * * * * * *
1161 TATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGGATACTTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTT
66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTT-AGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** *
1225 TAAANNNNNNNNNNACCTCATAATTGATTTTAATTTGAACC
129 TAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATC
* * * * * ** *
1266 TTTT-TTATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGA
1 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGA
* * * *
1330 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCATCGAAAGCCTGATTACTCGCTTT
66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * *
1395 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTT-AAT-
130 AAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTT-TAATTTGAATC
* * * * * * * *
1434 TTTT-TCACATTTTTATTAACACAAATTACAGTTGGATGTCTACC-TAAGCAAACATGAAGAAAA
1 TTTTAT-A-ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTAAAGAAAA
* * * * ***
1497 AGATATTCATTGGGAAGAATAGTCCATTTATAGTCATCCACT-CCTTCA-AAAGCCTTATTANNN
63 TGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-TGCCTT-AGAAAGCCTTATTACTC
******* * * *
1560 NNNNNNNATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTGAATTTGAATTT
125 GCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TC
* * * ** * *
1606 TTTTAAAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGA
1 TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGA
* *
1671 TATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 173, Indels: 53
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 145 0.19
170 389 0.52
171 197 0.26
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGA
TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATC
Found at i:1279 original size:340 final size:330
Alignment explanation
Indices: 757--1704 Score: 749
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 330
747 TTTGAATCTT
* * * **
757 TTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGATA
1 TTATAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAACAAAAAAATA
* * * * *
822 TCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAA
66 TCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTTAGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAA
* * * *
887 ATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATTTTTTTATTAATACAGATTA
131 ATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAACTTTTTTA-TTTTTTATAAAAACAGATTA
* * ** * *
952 TAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTAAACAAAATGATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTA
195 TAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACACAAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
1017 TTGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAGT
260 TAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGT
1082 TTTAAG
325 TTTAAG
* *
1088 NNNNNNNNNNTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAA
1 ----------TTATAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAA
* * * *
1153 CAAAAAAATATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGGATACTTTCA-AAAGCCTTATT
56 CAAAAAAATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTT-AGAAAGCCTTATT
**********
1217 ACTC-GCTTTAAANNNNNNNNNNACCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTTTA-TTTTTAT
120 ACTCAG-TTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-CTTTTTTATTTTTTAT
* * * * *
1280 AAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
183 AAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACACAAACAAAAAGATATCCATTGACAAGA
* *
1345 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCATCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
248 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
1410 CTCATAATTGATTTAAAATTTAATT
313 CTCATAATT-A-GT----TTTAA-G
* * * * * * * * * *
1435 TTTTCACATTTTTATTAACACAAATTACAGTTGGATGTCTACCT-AAGCAAACATGAAGAAAAAG
1 TTAT-A-ATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAG-AAACATGAACAAAAAA
* * * * * ****
1499 ATATTCATTGGGAAGAATAGTCCATTTATAGTCATCC-ACT-CCTTCA-AAAGCCTTATTANNNN
63 ATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCGA-TACCTT-AGAAAGCCTTATTACTCA
****** * * * * *
1561 NNNNNNATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTTAAAATTTTTATTAAAA
125 GTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAACTTTTTT--ATTTTTTATAAAAA
* * ** * * *** * **
1626 CAAATTATAATTGAATGTTTTTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT
188 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACACAAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGT
*
1691 TCATTTATAGTCAC
253 CCATTTATAGTCAC
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 105, Indels: 38
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.01
338 9 0.02
339 114 0.24
340 130 0.27
341 213 0.44
342 9 0.02
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTATAATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAACAAAAAAATA
TCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTTAGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAA
ATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAACTTTTTTATTTTTTATAAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAAAAACACAAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTT
TTAAG
Found at i:1620 original size:510 final size:501
Alignment explanation
Indices: 729--1704 Score: 1038
Period size: 510 Copynumber: 1.9 Consensus size: 501
719 NNNNNNNNNN
* * *
729 CCTCATAATTGATTTTAATTTGAATCTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTATAATTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* ** ** *
794 TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGATATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
66 TACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGATATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * *
859 CCTTAGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
131 CCATAGAAAGCCTGATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTAAATTTGAAT
* ** * * * * * *
924 TTTTTTATTTTTTTATTAATACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTAAACAAAATG
196 TTTTTCACATTTTTATTAACACAAATTACAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAACAAAAAG
* * *
989 ATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTT
261 ATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ********** * *
1054 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAGTTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTTTATTAAAACAA
326 TAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAGTTTGAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTATTAAAACAA
*
1119 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAACAAAAAAATATCCACTAGTAAGAAAAG-TCT
391 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAAAAATATCCACTAGTAAGAAAAGTTC-
1183 ATTTATAGTCACGGATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNA
455 ATTTATAGTCACGGATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA----------A
* *
1240 CCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTT-TTATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTC
1 CCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTATAATTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
1304 TACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-A
66 TACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGATA-TCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTA
* ** *
1367 TGCCATCGAAAGCCTGATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTT
129 TGCCATAGAAAGCCTGATTACTCAG-TTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTT-AAATTT
* * * * *
1431 -AATTTTTTCACATTTTTATTAACACAAATTACAGTTGGATGTCTACC-TAAGCAAACATGAAGA
192 GAATTTTTTCACATTTTTATTAACACAAATTACAATTGAATGTCTACCTTAA-AAAACATAAACA
* ** *
1494 AAAAGATATTCATTGGGAAGA-ATAGTCCATTTATAGTCATCCACT-CCTTCAAAAGCCTTATTA
256 AAAAGATATCCATTGACAAGAGA-AGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTA
********** *
1557 NNNNNNNNNNAT-GATTTTATAACCTCATAATT-GATTTGAATTTGAATTTTTTTAAAATTTTTA
319 CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATTAG-TTTGAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTA
** * * * * *
1620 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG
382 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAAAAATATCCACTAGTAAG
1685 AAAAGTTCATTTATAGTCAC
447 AAAAGTTCATTTATAGTCAC
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 73, Indels: 21
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.02
510 334 0.87
511 41 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
CCTCATAATTGATTTTAATTTGAACCTTTTATAATTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGATATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
CCATAGAAAGCCTGATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTAAATTTGAAT
TTTTTCACATTTTTATTAACACAAATTACAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAACAAAAAG
ATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAGTTTGAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTATTAAAACAA
ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAAAAATATCCACTAGTAAGAAAAGTTCA
TTTATAGTCACGGATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
Done.