Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400135.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3350.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3262
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Found at i:362 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--3262 Score: 2398
Period size: 171 Copynumber: 19.1 Consensus size: 168
*
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTACA
* * * * * *
66 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGTAAAAGCCATCCAT
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
**
131 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAG
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA--CTTTCGAAAG
* * *
173 CTTTATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACA
1 CCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * * ** * *
237 TTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGCAGGTGAAGGAAAAGCCATTCATT
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
302 AGCAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCATACTTTCGAATG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACTTTCGAAAG
* ** * * * * *
343 CCTTATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACAT
* * ** * * *
408 TGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-TTTTGAGGATACATGAGGTAAAAGTCATCCAT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGA-ACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * ** * * *
472 TGGGAAGGAAAGTTTATTTATAGTCATTCATGCTTTCGAAAA
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACTTTCGAAAG
** * * ** * * * * **
514 TATAATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATTAT-A-TTCGATTTTCTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACAT
* * * * * * * * *
577 GTTTGGTTAAAATATATTCTAACTGAATGTGTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
**
642 AGG-AA-AAACAGTTTATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAG
129 -GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTC-AACTTTCGAAAG
* * ** * * * *
683 TCTTATTATTTGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTGAGTAAAATTTTTTCACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACAT
* * * * * * * **
748 TTTTAATTAAAATATATTATAACTAAAT-ACTTGCTTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTT-AGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
812 TAGCAAGAAAAGTCCATATATAATCGCTTAAGCCTTT-GAAAG
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA--CTTTCGAAAG
** * * * *
854 CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACAT
* * * *
919 TTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTGGGAAACATGAA-CAAAAAGCCATTCA
65 TTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAGC-AAAAGCCATCCA
* * * *
982 TTGGTAA-AAAA-TCCCTTTATAGTCACCCATACATTCGAAAAG
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACTTTCG-AAAG
* * * * *
1024 CCTTATTACCCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTCACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACAT
* * ** * * * * *
1089 TTATGGTTAAACCAGATTATATTTGAATGTTTGCTTTAAGAAACATGGAA--AAAAGCCAAT-CA
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAACAT-GAAGCAAAAGCC-ATCCA
* * *
1151 TTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATACCTTCGAAAG
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACTTTCGAAAG
* * * * *
1194 CATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACAT
** * * * *
1259 TTTGGGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
1324 GGTAGGAAAAGTCCATTTACTA-TCACTCAAGTCTTCAAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAACT-TTCGAAAG
* * ** * * * * *
1365 CGTTATTACTTACTTTAAATGGCCTCATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTACTTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATT
* * * * **** * * ** **
1430 TTTACTTACAATGGATTATATTTGAATGTCTGTAGTGGGAAACGTGAAG-AACAAATCATAAATT
66 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAGCAA-AAGCCATCCATT
* * * *
1494 GGCAAGAAAAGTCAATCTATTGTCAC-CTATGCCTTT-GAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A--ACTTTCGAAAG
* * * * *
1535 CCTTATTACTTACATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCAAATTTTTTA-ATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT-
* * *
1599 TTTGTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACAT-AGAGCAAAAGCCATCC
65 TTT-T-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGA-AGCAAAAGCCATCC
*
1662 ATTGGCAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TTCGAAAA
126 ATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-ACTTTCGAAAG
* * ** * * *
1706 CTTTATTACTCACATTAAATGAATTTATACTCTCATAATTAATTTTAAAGTTAAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAA-TTTTTTACA
* * * * * * *
1771 TTTTTTA-TTCAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTTA-AAAAAGTGAACCAAAAGCCATCC
64 -TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTAGGAACA-TGAAGCAAAAGCCATCC
*
1834 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAAG
* * * *
1878 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTATTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACAT
* * * * ** * * *
1943 TTTTGGTTACAAA-AGATTACAACTGAATGTCCACCTCGGGAACGGTGAACCAAAAGCCTTCCAT
65 TTTTAGTTA-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * *
2007 TGGAAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAGCCTTT-GAAAG
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA--CTTTCGAAAG
* *
2049 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-
** * * * *
2114 TTTCCA-TTAAAACAGATTAT-ATGCGAATGTCTACCTTAGGAA-ATGTGAAGCAAAAGTCATTC
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTTAGGAACA--TGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * *
2176 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATCGTCGCTCAAGCCTTCTAAAG
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAAG
* * * *
2220 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTCTGCAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACAT
* * * * ** * * * * *
2285 TTTTTGTGAAAACATATTATCTTTTAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAATAGCCATTCATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* *
2350 GGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA--CTTTCGAAAG
* * * * *
2391 TCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTT-TATTTGTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACA-
* ** * * * *
2455 TTTTTA-TTAAAATATATTATAGCTGTAA-GTTTGCCTCT-GGAAACAAGAAGCAAAAGCTATCC
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-AATGTCTACCT-TAGG-AACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * ** *
2517 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATTGCTCAAATCTTCGAAAG
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACT-TTCGAAAG
* * * * ** *
2561 CCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGCTCATTTTTTTTGCAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACAT
* * * * * * * *
2626 TTTTGGTCAAACA-ATATTATAACTGAATGTTTACCTTACGAAACTTGAAG-AAACAGCCATCTA
65 TTTTAGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAACATGAAGCAAA-AGCCATCCA
* * * *
2689 TTAGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAG
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAAG
* * * * * * * *
2732 CCTTATTACTTAGTTTAAATGATTTGATAATGTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACAT
* * * * * *
2797 TTTTAATGAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTGAAAACAT-AAGGCAAAAGCCATCCAT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAACATGAA-GCAAAAGCCATCCAT
* * * * * * * *
2860 TAGTAAGAGAAGTCCAATTATAGTCACTCCAGCCTTCAAAAC
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAACTTTCGAAAG
** * * * *
2902 CCTTATTACT-AGCTTTAAATACTTTTATAATCTCACAATTGTTTTTAAGTTTAATATTTTTATA
1 CCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA
* * * ** *
2966 TTTTTTGTTTAAATAGATTATATTTGAAAATCTACCTTA-GAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * *
3030 TTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAAG
* * * * * *
3073 CGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTCTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACAT
* * ** * * * * * *
3138 TTTTGGTGAAACCAGATTATATTTGACTGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
** * *
3203 GGTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAAG
* *
3244 CTTTATTACTCGCTTTAAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAA
Statistics
Matches: 2462, Mismatches: 509, Indels: 239
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 187 0.08
170 740 0.30
171 1285 0.52
172 218 0.09
173 19 0.01
174 4 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATT
TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACTTTCGAAAG
Found at i:1125 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--3262 Score: 2714
Period size: 341 Copynumber: 9.6 Consensus size: 339
* * *
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTCACA
* * * * * * *
66 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGTAAAAGCCATCCAT
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTA-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
** * * * *
131 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGA-TTTAAATGG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAG
* * * *
195 TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAA
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATTATAA
* * ** * * * *
260 TTGAATGTCTACCTCAGG-CAGGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATGG
257 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
324 TCACTCATA-CTTTCGAATG
321 TCACTCA-AGCCTTCGAAAG
* ** * * * * *
343 CCTTATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCACA
* ** * * * * * * *
407 TTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-TTTTGAGGATACATGAGGTAAAAGTCATCCA
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTT-A-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * ** * * * *** * * **
471 TTGGGAAGGAAAGTTTATTTATAGTCATTCATGCTTTCGAAAATATAATTGCTTGCTTTAAATAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * ** * * * *
536 TTTTATAATCTCATAAGTAATTAT-A-TTCGATTTTCTTACATGTTTGGTTAAAATATATTCTAA
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACATATTATAA
* * * * * * **
599 CTGAATGTGTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGG-AA-AAACAGTTTATTTAT
257 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-CAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAA-AGTCCATTTAT
* *
662 AGTCACTCAAACTTTCGAAAG
319 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * ** * * **
683 TCTTATTATTTGCTTTAAAT-AGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTGAGTAAAATTTTTTCACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
* ** * *
747 TTTTTAATTAAAATATATTATAACTAAAT-ACTTGCTTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTC-TGCTTT-AAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * * * * **
811 TTAGCAAGAAAAGTCCATATATAATCGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-
* * * *
875 GTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACATATTATA
* * * *
940 ATTGAATGTATACCTTGGGAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AAAA-TCCCTTTATA
256 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAC-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
1003 GTCACCCATA-CATTCGAAAAG
320 GTCACTCA-AGCCTTCG-AAAG
* * *
1024 CCTTATTACCCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTCACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
* ** ** *
1089 TTATGGTTAAACCAGATTATATTTGAATGTTTGCTTTAAGAAACATGGAA--AAAAGCCAAT-CA
66 TTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAA-AAACAT-GAAGCAAAAGCC-ATCCA
* * *
1151 TTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
1215 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTGGGTTAAAATATATAATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACATATTATA
* * * * *
1280 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTACT
256 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-T
* *
1345 A-TCACTCAAGTCTTCAAAAG
319 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * *** * * * * *
1365 CGTTATTACTTACTTTAAATGGCCTCATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTT-ACTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
* * * *** * ** **
1429 TTTTACTTACAATGGATTATATTTGAATGTCTG-TAGTGGGAAACGTGAAG-AACAAATCATAAA
66 TTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCT--TTAAAAACATGAAGCAA-AAGCCATCCA
* * * * * * *
1492 TTGGCAAGAAAAGTCAATCTATTGTCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACATTAAATA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * ** *
1556 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCAAATTTTTTAATATTTGTCATTAAAATATATTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAACATATTATA
* * * *
1621 ATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATAGAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-ACAAAGTCCATTTAT
256 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-GAACAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTAT
* *
1685 AGTCACTCAAGACTTCGAAAA
319 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * * * * *
1706 CTTTATTACTCACATTAAATGAATTTATACTCTCATAATTAATTTTAAAGTTAAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTCACA
* * * *
1771 TTTTTTATTCAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTTAAAAA-AGTGAACCAAAAGCCATCCA
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTG-CTTTAAAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCA
1835 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
1900 TTTTGTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTTTGGTTACAAA-AGATTACA
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTA-AAACATATTATA
* * * * * * *
1964 ACTGAATGTCCACC-TCGGGAACGGTGAACCAAAAGCC-TTCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTA
256 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-ATGAA-CAAAAGCCATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
2027 TTGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
318 TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * *
2049 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
** * ** * * * ** * *
2114 TTTCCATTAAAACAGATTATATGCGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATTCATT
66 TTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTA-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
2179 GACAAGAAAAGTCTATTTATCGTCGCTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * * **
2244 TTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTCTGCATTTTTTGTGAAAACATATTATCTTT
195 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACATATTATAATT
* * * * * *
2309 TAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAATAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTC
259 GAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
2374 ACTCAAGCCTTTGAAAG
323 ACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * *
2391 TCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTT-TATTTGTTT-ACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTCACA
* * ** * * ** * *
2454 TTTTTTATTAAAATATATTATAGCTGTAA-GTTTGCCTCTGGAAACAAGAAGCAAAAGCTATCCA
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTG-AATGTCTG-CTTTAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * ** ** *
2518 TTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATTGCTCAAATCTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAAT-G
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * *
2582 ATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGCTCATTTTTTTTGCATTTTTGGTCAAACAATATTATA
193 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAAC-ATATTATA
* * * * * * *
2647 ACTGAATGTTTACCTTACGAAACTTGAAGAAACAGCCA-TCTATTAGCAAGAAAAGCCCATTTAT
256 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAACAAA-AGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
2711 ATTCACTCAAGCCTTCGAAAG
319 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * * *
2732 CCTTATTACTTAGTTTAAATGATTTGATAATGTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC-ACA
* * * *
2796 TTTTTAATGAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAACAT-AAGGCAAAAGCCATCCAT
65 TTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAAAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCAT
* * * * * * * *
2860 TAGTAAGAGAAGTCCAATTATAGTCACTCCAGCCTTCAAAACCCTTATTACT-AGCTTTAAATAC
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAG
* * * * * * * * *
2924 TTTTATAATCTCACAATTGTTTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTTGTTTAAATAGATTATAT
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACATATTATAA
** * ** * * *
2989 TTGAAAATCTACCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAG
257 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
3054 TCACTCAAGCCTTCAAAAG
321 TCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * *
3073 CGTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-GTTTTCTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC-AC
** * ** * * * *
3136 ATTTTTGGTGAAACCAGATTATATTTGACTGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCA
64 ATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
** * * *
3201 TTGGTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
Statistics
Matches: 2327, Mismatches: 509, Indels: 168
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 52 0.02
340 445 0.19
341 1017 0.44
342 550 0.24
343 255 0.11
344 7 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
TTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTAGGAAACATGAACAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTCGAAAG
Found at i:2621 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1--3262 Score: 2625
Period size: 512 Copynumber: 6.4 Consensus size: 509
* *
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACA
* * * * * ** * * *
66 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGTAAAAGCCATCCAT
65 -TTTTCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCAT
* * * * *
131 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGA-TTTAAATGG
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGA
* * * * * *
195 TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT-TACA-TTTTTAGTAAAAACAGATTAT
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAT-TTTTCTACATTTTTTA-TGAAAATATATTAT
*** ** * * * * * *
258 AATTGAATGTCTACCTCAGGCAGGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATG
256 AATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * * * *
323 GTCACTCATA-CTTTCGAATGCCTTATTCCTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTAATT
321 GTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** ** *
387 TTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-TTTTGAGGATA
385 TTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT--GGAAA
* * * * * ** * ** * *
451 CATGAGGTAAAAGTCATCCATTGGGAAGGAAAGTTTATTTATAGTCATTCATGCTTTCGAAAA
447 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG
** * * ** * * * *
514 TATAATTGCTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAAGTAATTAT-A-TTCG-ATTTTCTTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTAC
* * * * ** * * * * *
575 ATGTTTGGTTAAAATATATTCTAACTGAATGTGTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA
64 AT-TTTCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCA
* ** * * * * **
640 TTAGGA-AA-AACAGTTTATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGTCTTATTATTTGCTTTAAAT
128 TT--GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** ** * *
703 -AGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTGAGTAAAATTTTT-TCACATTTTTAATTAAAATATATT
191 GA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCT-ACATTTTTTATGAAAATATATT
* * * * * * * * *
766 ATAACTAAAT-ACTTGCTTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATA
254 ATAATTGAATGTC-TAC-CTCAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* * * * ** * * * *
830 TATAATCGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATATGATAATTG
317 TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * *
895 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTGGG
382 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GG
* * * * * *
959 AAACATGAA-CAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AAAA-TCCCTTTATAGTCACCCATACATTCGAA
444 AAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCG-A
1021 AAG
507 AAG
* * * *
1024 CCTTATTACCCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTCACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1089 TTATGGTTAAACCAGATTATATTTGAATGTTTGCTTTAAGAAACATGGAA--AAAAGCCAATCAT
66 TT-TCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATAT-GAAGCAAAAGCCATTCAT
* *
1152 TGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-A
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * * *** * *
1215 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTGGGTTAAAATATATAATA
193 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATGAAAATATATTATA
*
1280 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTACT
257 ATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-T
* * * * *** * *
1345 A-TCACTCAAGTCTTCAAAAGCGTTATTACTTACTTTAAATGGCCTCATAATCTTATAATTGATT
320 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
1409 TGAAGTTCAATTTTTTAC-TTTTTTACTTACAATGGATTATATTTGAATGTCTGTA-GTGGGAAA
385 TTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC--TACCTTGGAAA
* ** ** * * * ** *
1472 CGTGAAG-AACAAATCATAAATTGGCAAGAAAAGTCAATCTATTGTCAC-CTATGCCTTTGAAAG
447 CATGAAGCAA-AAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAG
* * * ** * *
1535 CCTTATTACTTACATTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCAAATTTTTTAATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
1599 TTTGTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACAT-AGAGCAAAAGCCATCCA
65 TTT-TCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGA-AGCAAAAGCCATTCA
* * * * *
1663 TTGGCAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAACTTTATTACTCACATTAAATG
128 TTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * ** *
1727 AATTTATACTCTCATAATTAATTTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATAGATTAT
192 ATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATGAAAATATATTAT
* * * * * *
1792 ATTTGAATGTTTGCCTTTAAAAA-AGTGAACCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
256 AATTGAATGTCTACC-TCAAAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
1856 TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTATTCTCATAATTCA
319 TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA
** * * * * *
1920 TTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTTTGGTTACAAA-AGATTACAACTGAATGTCCACCTCGGGA
383 TTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTATTA-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA
* * * * * * * *
1984 ACGGTGAACCAAAAGCCTTCCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
446 AC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG
* *
2049 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * ** * * *
2114 TTTCCATTAAAACAGATTATATGCGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATTCATT
65 TTTTCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATT
* * * * *
2179 GACAAGAAAAGTCTATTTATCGTCGCTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
* * * * **
2244 TTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTCTGCATTTTTTGTGAAAACATATTATCTTT
195 TTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATGAAAATATATTATAATT
* * * *
2309 TAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAATAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTC
260 GAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2374 ACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAA
324 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * *
2439 GTT-TATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAGCTGTAA-GTTTGCCTCTGGAAACAAG
389 GTTAAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG-AATGTCTACCT-TGGAAACATG
* * * ** *
2502 AAGCAAAAGCTATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATTGCTCAAATCTTCGAAAG
451 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG
* * * * * *
2561 CCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGCTCATTTTTTTTGCAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * ** * * *
2626 TTTTGGTCAAACAATATTATAACTGAATGTTTACCTTACGAAACT-TGAAG-AAACAGCCA-TCT
66 TTTCGTTAAAAC-AGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-TATGAAGCAAA-AGCCATTC-
* * * *
2688 ATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAAT
127 ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
2752 GATTTGATAATGTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAATGAAAATATATTAT
191 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATGAAAATATATTAT
* * ** * * *
2817 AATTGAATGTCTGCTTTGAAAACAT-AAGGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAGAAGTCCAATTAT
256 AATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
2881 AGTCACTCCAGCCTTCAAAACCCTTATTACT-AGCTTTAAAT-ACTTTTATAATCTCACAATTGT
320 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * ** *
2944 TTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTTGTTTAAATAGATTATATTTGAAAATCTACCTTAGAAA
383 TTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA
* * * *
3009 -ATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
447 CA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG
* * * * *
3073 CGTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTCTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
3137 TTTTTGGTGAAACCAGATTATATTTGACTGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCAT
65 -TTTTCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCAT
*** * * *
3202 TGGTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
Statistics
Matches: 2191, Mismatches: 470, Indels: 177
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 37 0.02
510 258 0.12
511 609 0.28
512 670 0.31
513 359 0.16
514 242 0.11
515 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTCGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATGAAAATATATTATAATTG
AATGTCTACCTCAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGCA
AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG
Done.