Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397542.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2284.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Warning! 710 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1005 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 694--3497 Score: 2292
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 169
684 NNNNNNNNNN
* * * *
694 CTAAAAATGTAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAATCGAGTA
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
759 ATAAAGCTTTTGATGGCATGAGCGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
*
824 TACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
129 CACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
865 CTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTA
1 CTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
930 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTACAAATGAGCTTTTCCTACAAATGAAAGGGTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAC-AATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
995 CACATTTTTCAAAGTAAACTTTCAATTACAATATGTTTTAA
129 CACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
1036 CCAAAAGTATAAAAACAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
1101 ATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAGTGAATGGCTTTTTCT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * *
1165 TCATGTTTCTAAAGGTAGACAATCAATTTTAAT-TTTCTTTAA
128 TCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAA
* * **
1207 CCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** * * * * * *
1272 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAT-AGACTTTTTTTGCCAGTGAATGCCTTTTTTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * *
1336 TCACTTTTTTCAAAGCAGACATTCATTTATAATCCGTTCTAA
128 TCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
1378 CTACAAATATATAAAATTTAAACTTAAAATCAACTATGCA-ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGT
1 CTAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * * * * *
1442 AATAAGTCTTTCAAAGGCTAGAATGACTATAAGTGAACTTTT-TATAATAATGGATGACTTTTGT
64 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCT-T-ACAATGAATGGCTTTT-T
* * * * * * *
1506 -TTTACGTTTTCCAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
126 CTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
1549 TTAAAAATGTATAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTA
1 CTAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
1614 ATAAGGCTTTTGAAGACATTG-GTAACTATAAAT-AGACTTTTGTTGTCAATAAATGACTTTTTC
65 ATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTC
* * *
1677 TTCATGAATTTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
127 TTCACG-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
1720 CTAAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAATCGAGTA
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** ** * * * * ** * *
1785 ATAAGGCTTTAAAAGGAATGGGTTACTATGAATGGGCTTTTCTTGTTAATGAATGGATTTTGCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
** * * *
1850 CACGTTTTTCAAGAAAAATAATCAATTATAATATGTTTT-A
129 CACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * *
1890 TTAAAAAATATAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGGGATGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTA
1 CT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
1955 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTGCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
2020 CACATTTTTCAAGCCAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAA
129 CACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
2061 C-GAAAATGTAAAAACATTCATA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGT
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
2124 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTGCT
64 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* * ** ** *
2189 TCGCATTTTTCAAGAAAAATGTTCAATTATAATTTGTTTTAA
128 TCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
2231 CTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCTAGTAA
1 CTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
2296 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTTC
*
2361 A--TTTGGTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
130 ACGTTT--TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
2400 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTTAAGCGAGTA
1 CTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
2465 ATATGGCTTTCGAAGGCTTG-G-GAACTATAAATGGGCTTTTC-TAGCAAATAAATGGGTTTTTC
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTG-ACTATAAATGAGCTTTTCTTA-C-AATGAATGGCTTTTTC
* ** * **
2527 TTCATGTTTCCCGAGGCAAACAAGCAATTATAATCTGTTTTAA
127 TTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
2570 -TAAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
1 CT-AAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** *
2634 TAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAAT-AGGCTATTCTTATTTATCAATGGCTTTT
63 TAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGA-GCTTTTCTTA-CAATGAATGGCTTTT
* * * * * *
2697 GCTACACGTTTCTT-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTCTAA
125 TCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** * * * * * * *
2742 CCAAAAATGTAAAAAAATT-AATCCAAAAATTAATTATGAGGTTGTAAAATCACTTACAGCAAGT
1 CTAAAAATAT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
2806 AATACGACTTTTGATGGCTT-AGGTGACTATAAATG-GACTTTT-TCTGCAAATGAATGAG-TTT
64 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGAG-CTTTTCT-TAC-AATGAATG-GCTTT
* * * * * *
2867 GTCTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCGATTGTAATCTGTTTTAA
124 TTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
2913 CCAAAAATATAAAAACATCCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 CTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * ** *
2978 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGGCTGTAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATTACTTTTTCTC
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * * *
3043 CACATTTCTT-AGGGTAGACAATCAATTTTAATTTTTTTTAA
129 CACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** *
3084 CTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 CTAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * *
3149 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTA-CAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
3214 CACCTTTTCTGAA-G-AAGATATTCAGTTATAATCCGTTCTAA
129 CACGTTTT-TCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
3255 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAGGTGAGTA
1 CTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
3320 ATAAGTC-TTTCAATGGGTTGAGTGACTATAAGTG-GACTTTT-TATACTAATGGATGACTTTTT
65 ATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCT-TAC-AATGAATGGCTTTTT
* * * * * * *
3382 CTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTCAATTACAATATATTTT-A
126 CTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
3425 TTCAAAAATGTAAAACAAATCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
1 CT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
3490 AATAAGGC
64 AATAAGGC
3498 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2124, Mismatches: 432, Indels: 154
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 80 0.04
170 518 0.24
171 1412 0.66
172 105 0.05
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTACAATGAATGGCTTTTTCTTCA
CGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
Found at i:4004 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3688--4805 Score: 635
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
3678 NNNNNNNNNN
* *
3688 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGATGG-TATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCT-TGGGT
* * * * * * * * *
3751 GACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGATTTTA-CTTCACGTTTTTCAATGCAAATATT
63 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTATCTTCAAGTTTTCCAAGGCAAACAAT
* * * *
3815 CAATTATAATCGATTTTAACCAAAACTGTAAAAAATTTCAAGTT
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
3859 AAAATCAATTATGAGATTA-AAAAGCTATTTAAAGTGGGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT-GAAGGCTTGGGTG
* * * * * *
3923 ACCATAAATGGGCTTTTCCTGTAAATGAATGAGTTTATCTTCATGTTTTCCGAGGCAAACAATCA
64 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATCTTCAAGTTTTCCAAGGCAAACAATCA
* ** *
3988 ATTGTAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCT
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
4031 AAAATCAGTTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * ** *
4096 TTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAAG-TTTCTCAAGATAGACAATCA
65 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATCTTCAAGTTTTC-CAAGGCAAACAATCA
* *
4160 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * **
4202 ---A--AATTAT-A-A-GACACAACTA-TTAAAGTGAGTATATGAGGCTTTTGAGGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA-ATAAGG-TTTTGAAGGCTTGGGTG
* * ** * ** * *
4258 ACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAAATGTTTTTTTCTTTTCACTTTTTCCAAGGTAAACATT
64 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATC--TTCAAGTTTTCCAAGGCAAACAAT
* * ** * *
4322 CAATTCTATTCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTT
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTT
****************** * * *
4368 AAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATAA-GTCTTTCAAAGGCTTGAGCG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGT-TTT-GAAGGCTTGGGTG
* ** ** ** * * * * *
4432 ACTATAAGTTGACCTTTT-AAG-CTAATGGTTGACATTT-GCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGATA
64 ACTATAA-ATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGAC-TTTATCTTCAAGTTTTC-CAAGGCAAACA
* * * * * ** * *
4493 TTTAATTAAAATATATTTTAATCAGCAATGTAAAAACATTCAAGTT
125 ATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
4539 AAAATTAATTA-GTATATTATAAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGT
1 AAAATCAATTATG-AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCTTGGGT
* * * * * * * *
4603 TATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATA-TTTGCCAAGGCAGACATT
63 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATCTTCA-AGTTTTCCAAGGCAAACAAT
* * *
4667 CAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTAACAAAATTCAACTT
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * * **
4711 AAAATTAGTTATAATATTATAAAA-TCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTCAGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCTTGGGTG
* **
4775 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
64 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
4806 GGTTTTTTNN
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 193, Indels: 82
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 31 0.04
163 37 0.05
164 37 0.05
165 5 0.01
166 20 0.03
168 1 0.00
169 1 0.00
170 15 0.02
171 239 0.34
172 232 0.33
173 56 0.08
174 20 0.03
175 16 0.02
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATCTTCAAGTTTTCCAAGGCAAACAATCAAT
TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:5287 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4946--5297 Score: 406
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
4936 AAAAGTATAA
* * * *
4946 AAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTC
1 AAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
* * * * *
5011 CAAATGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTTATGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC
66 CAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCTATGCTAATGAATGACTTTTGCTGCACGTTTCTC
* * * *
5076 AAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT
131 AAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGT
* * *
5117 AAAAACATTTAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACAATCTAAAGCGAGTAATGAGGCTT
1 AAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACAATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
5182 TCAAAGGCTT-ACGTGACTATAAATGGACTCTTCT-TGTTAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTT
65 CCAAAGGCTTGA-GTCACTATAAATGGACT-TTCTATGCTAATGAATGACTTTTGCTGCACGTTT
* *
5245 -TCTAAGGCAGACATTCAATTGCAATCTATTTTAA-CAAAAAATGT
128 CTC-AAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATC-AAAAATGT
*
5289 AACAAAATT
1 AAAAAAATT
5298 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 26, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 37 0.25
172 110 0.73
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
CAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCTATGCTAATGAATGACTTTTGCTGCACGTTTCTC
AAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGT
Found at i:6381 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5899--8890 Score: 1976
Period size: 171 Copynumber: 17.5 Consensus size: 170
5889 GGTGACTATA
* * * * * *
5899 AAAACAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGC-TGAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** * * * *
5963 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGACAGATATTCAATAATAATC--TCTTTTAAC
65 G-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA-
** * * * * ** * *
6026 CAAAAATGTAACAATATTCAACTTCAAATTAGCTATGATATTAA
128 CAAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * ** ** * * *
6070 AAAATTATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGC-TCAAGTGAATATAAATGGGCCTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * *
6134 GCCAATTAAT-AAGTTTTCTTTATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTG--TTTTAA
65 G-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
* * * *
6195 CAAAAAATGTAAAAACATTCAATCTAAAATAAATTATGAGTTTAT
128 CAAAAAA-ATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
6240 AAAACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTATTGTT
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* **
6304 GCGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCATGCATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA-
65 GC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAC
*
6368 AAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
6411 AAAACCATTGAAATCGAGTAATAA-GATTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * *
6475 GTCAAGGAATGGA-TTTTGCTTCACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC--TATTTTAA
65 G-CAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
* *
6537 TCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 -CAAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** *
6581 AAAGCCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTATGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTGTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
6646 TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TTTAAGGCAAAAATTCAATTATAATCTG--TTTTAAC
66 -CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAC
* ** *
6708 TGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT
129 -AAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
6752 AAAGA-CATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGT-A-TATATAATGGGCTTTTCT
1 AAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCT
** * * *
6814 TGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG-AAATAATT-AATTATAATC--TATTTTA
64 TGC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTTTA
* *
6875 ATAAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
127 ACAAAAAA-ATAAAA-AAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
6922 CAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAAT-GAGCTATTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT
* * * * * * *
6986 ATCAATCAATGGCTTTTGCTACATGTTTCT-TAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTG--TTTTAA
65 -GCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
** * * * * *
7048 CCAAAAATGTAAAACAATTCATCCAAAAATCAATTATGAGGTTGT
128 -CAAAAAAATAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
7093 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
7158 CAAATGAATGAGTTTGTCTTCATGATTC-CTAAGGTAAACATTCAATTGTAATATG--TTTTAAC
66 C-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAC
* *
7220 TAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATCAGTTATGAGATTAT
129 -AAAAAAATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
7263 AAAACTATATAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGAGTGGCTCTAAATGGACTATTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
* * * * * * * * ** *
7328 CCAGTGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTC-CAAAG-AAGATATTCAGTTATAATC--CATTCTAA
65 GCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
* * *
7389 CTAACAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 C-AAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** ** ** *
7434 AAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGGTTAAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TAT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* ** * * * * * * *
7498 GCTAATGGATGACTTTTAATTCATGTTTCCCAAAGTAGACATTCAATTACAATATATTTTATT--
65 GC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-TTAA
* ** * *
7561 GAAAAATGTAAAACAAA-TGAACCTAAAATTAATTATGAGATTAT
128 CAAAAAAATAAAA-AAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
7605 AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
7670 CCAATGAAT-AGTTTTTTCTTTATGTTTCTC-ATGGTAGATATTCAATTATAATCTG-TTTTTAA
66 -CAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
** * * *
7732 -AAAAATGTAAAAACATTCACCTTAAAATCAATTATTAGATTAT
128 CAAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
7775 AAAACCATTGAAATCCAATAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * * *
7840 TCAATGAACGGA-TTTTGCTTCAAATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-ATTTTCATA
66 -CAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTA-A
* *
7903 -AAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAAAAAAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
** * ** *
7946 AAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * * * *
8011 TAAATAAATG-CGTTTTTCTTCACATTTTTCGATGTAAATATTCAATTGTAAT-T-TTTTTTAAC
66 -CAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAC
* * * * *
8073 -CAAAACTGTAAACAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTAT
129 AAAAAAAT-AAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
8116 AAAACTATTTACAGCGAGTAATATGACTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
* * * * * * * * * *
8181 TCAATTAATAGGC-TTTCCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGATAGTCAATTATAATATG--TTTTAG
65 GCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA
* * * * *
8242 CTAGAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGCTTGT
128 C-AAAAAAATAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
8287 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTGCGAAAGCTTGGGTCACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
8352 CAAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTTAATTAAAATATG--TTTTAAT
66 C-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAC
* * * *
8414 AAAAAATGTAAAAAAATTCACCCTAAAATCAGTTATAAGATTAT
129 AAAAAA-ATAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * **
8458 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGGTTTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT
* * * * *
8523 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACAATCAATTATAAT-T-TTTTTTAAC
65 G-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAA-
* * *
8586 CAAAAAAGTAAAAAGAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTAC
128 CAAAAAAATAAAAA-AATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * **
8631 AAAACCATTTAACGGGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
8696 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTCTTTC-CAAGGTAGATATTTAATTATAATCCG--TTTTAGT
66 -CAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTA-A
* *
8758 CAAAAATATAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAAAAA-A-ATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * ** * ** *
8804 AAAACTATTTAACA-TAAGTAATAAGTCTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAGTGGACTTTT-TA
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
* *
8867 TGCTAATGGATGACTTTTGCTTCA
64 TGC-AATGAATGACTTTTTCTTCA
8891 CATTTCCCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTAACAA
AAAAATAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:6573 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 8.8 Consensus size: 340
5889 GGTGACTATA
* * * * * * *
5899 AAAACAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGC-TGAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
5963 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGACAGATATTCAATAATAATCT-CTTTTAACC
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAA--
** * * * * ** * * ** * *
6027 AAAAATGTAACAATATTCAACTTCAAATTAGCTATGATATTAAAAAATTATTAAAAGCGAGTAAT
128 AAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAAT
* * ** * * * * *
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* * * * * *
6153 TTATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAACATTCA
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* * *
6216 ATCTAAAATAAATTATGAGTTTAT
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* * * *
6240 AAAACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTATTGTT
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ***
6304 GCGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCATGCATTCAATTATAATCTGTTTTTTAAA
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAATATTCAATTATAATCTG-TTTTTAAA
*
6369 AAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATA
129 AAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAT-GAGTAATA
* * *
6434 AGATTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTC-AAGGAATGGATTTTGCTTCA
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* * * *
6498 CATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTA
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* * * * * ** *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
6646 TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TTTAAGGCAAAAATTCAATTATAATCTG-TTTTAACT
66 CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAA--
* ** * * *
6709 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAGA-CATTTAAAGTGAATAA
128 AAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAA-TGAGTAA
* * * *
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191 TAA-GTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA-AATGGGCTTTTCTTGTCAAATGAATGGATTTTGCT
* * * * *
6835 TCATGTTTCTCGAGG-AAATAATT-AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAAATTCA
254 TCATATTTCTCAAGGTAAA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCA
6898 ACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
317 ACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
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1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT
** * * * * * * *
6986 ATCAATCAATGGCTTTTGCTACATGTTTCT-TAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTG-TTTTAAC
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAA
* * * ** * * *
7049 CAAAAATGTAAAACAATTCATCCAAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
129 AAAAAAT-AAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAA
* * * * * *
7114 TAAGGCTTTCGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCT-ACAAATGAAT-GAGTTTGTCT
191 TAA-GTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAATGAATGGATTTTG-CT
* * * *
7177 TCATGATTCCT-AAGGTAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCA
254 TCAT-ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCA
*
7240 ACCT-AAATCAGTTATGAGATTAT
317 ACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
7263 AAAACTATATAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGA-ATGAGTGGCTCTAAATGGACTATTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * ** *
7327 ACCAGTGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTC-CAAAG-AAGATATTCAGTTATAATC-CATTCTAA
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGGCAA-ATATTCAATTATAATCTGTTTTTAA
* * *
7389 CTAACAATATTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGT
128 --AA-AAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-ATGAGT
* ** ** * * * *
7453 AATAAGTCTTTCAAAGGGTTAAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATG-CTAATGGAT-GACTTTT
189 AATAAGT-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAAATGAATGGA-TTTT
** * * * * * * * * *
7515 AATTCATGTTTCCCAAAGTAGACATTCAATTACAATATATTTTATTGAAAAATGTAAAACAAA-T
251 GCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATT
* *
7579 GAACCTAAAATTAATTATGAGATTAT
315 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
7605 AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
7670 CCAATGAAT-AGTTTTTTCTTTATGTTTCTC-ATGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAA
66 CCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAA
** * * * * *
7733 AAAATGTAAAAACATTCACCTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAATCCAATAATA
129 AAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAT-GAGTAATA
*
7798 AGTCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAACGGATTTTGCTTCA
193 AGT-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAATGAATGGATTTTGCTTCA
* * * *
7862 AATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTCAT-AAAAGATATAAAAAAATTCAACTT
257 TATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACCT
7926 AAAATCAATTATGAGATTAT
321 AAAATCAATTATGAGATTAT
** * *** *
7946 AAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * ** * * * * * * **
8011 TAAATAAATG-CGTTTTTCTTCACATTTTTCGATGTAAATATTCAATTGTAAT-TTTTTTTAACC
66 CCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAAA
* ** * * * **
8074 AAAACTGTAAACAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTACAGCGAGTAATA
130 AAAAATAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AATGAGTAATA
* * * * * * *
8139 TGACTTTT-GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATTAATAGG-CTTTCCTT
193 --AGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAATGAAT-GGATTTTGCTT
* * * * * * * * * * *
8201 CATGTTTCTTAAGGCAGATAGTCAATTATAATATGTTTT-AGCTAGAAATATAAAAAAATTCATC
255 CATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
8265 CTAAAATCAATTATGAGCTTGT
319 CTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
8287 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTGCGAA-AGCTTGGGTCACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
8351 GCAAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTTAATTAAAATATG-TTTTAAT
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAA-
* * * * * * * *
8414 AAAAAATGTAAAAAAATTCACCCTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
128 AAAAAA-ATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAA
* * ** * *
8479 TAAGGCCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGGTTTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTC
191 TAA-G-TTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGGCTTTTCTTGTCAAATGAATGGATTTTGC
* * * * * * *
8542 TTCATGTTTCTCAAGATAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAGAATTC
253 TTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA-TAAAAA-AATTC
* * *
8606 AACTTAGAATCAATTATGAGATTAC
316 AACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * **
8631 AAAACCATTTAACGGGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGA-ATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
8695 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTCTTTC-CAAGGTAGATATTTAATTATAATCCGTTTTAGTC
65 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTT--T-
* * *
8759 AAAAATATAAA-AAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACATAAG
126 AAAAA-A-AAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-ATGAG
* * ** * * * *
8822 TAATAAGTCTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATG-CTAATGGAT-GACTTT
188 TAATAAGT-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAAATGAATGGA-TTT
* *
8884 TGCTTCACATTTCCCAAGGTA
250 TGCTTCATATTTCTCAAGGTA
8905 GATATTCA
Statistics
Matches: 2121, Mismatches: 437, Indels: 210
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 44 0.02
340 95 0.04
341 1316 0.62
342 302 0.14
343 126 0.06
344 119 0.06
345 45 0.02
346 59 0.03
347 10 0.00
348 3 0.00
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAAAA
AAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGAGTAATAAGT
TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAATGAATGGATTTTGCTTCATATT
TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
CAATTATGAGATTAT
Found at i:7133 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 5900--8890 Score: 2524
Period size: 512 Copynumber: 5.8 Consensus size: 512
5890 GTGACTATAA
* * * * * * *
5900 AAACAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGG-CTGAGGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT
* * * * ** * * * *
5963 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGACAGATATTCAATAATAATCTCTTTTAACCA
64 GTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* * * * ** * * ** * *
6028 AAAATGTAACAA-TATTCAACTTCAAATTAGCTATGATATTAAAAAATTATTAAAAGCGAGTAAT
129 AAAATGTAA-AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** ** * * * * ** *
6092 AAGACTTTCAAAGGC-TCAAGTGAATATAAATGGGCCTTTCTTGCCAATTAAT-AAGTTTTCTTT
193 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * * *
6155 ATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAA-TC
257 ATGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT-
* * * ** *
6219 TAAAATAAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATAGGT
321 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
* * * * * * *
6283 GACTATAAATGGACTATTGTTGCGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGG-CATGCATT
385 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAT-AATT
* *
6347 CAATTATAATCTGTTTTTTAA-AAAAAA-ATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
449 CAATTATAATC--TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
6410 T
512 T
* * * * * * * *
6411 AAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGA-TTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTT
1 -AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
* * *
6475 GTCAAGGAATGGATTTTGCTTCACAT-TTT-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
64 GTCAATGAATGGCTTTTGC-T-ACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * *
6538 CAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCT-AGTA
127 CAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTA
* * ** * *
6601 ATAAGGCTTATGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTGTTGTCAATGAATGACTTTTTCTT
191 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT
*** * * * *
6666 CATGTTTTTTAAGGCAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAACT
256 CATGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
6731 TAAAATCAATTATGACATTATAAAGA-CATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGT
321 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
** *
6795 -A-TATATAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAATAATT
385 GACTATA-AATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAATAATT
* *
6858 -AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
449 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
6922 CAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAATGAGCTATTCTTA
1 -AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
* * * * *
6987 TCAATCAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
65 TCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * *
7052 AAATGTAAAACAATTCATCCAAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
130 AAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * *
7117 GGCTTTCGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTACAAATGAATGAGTTTGTCTTCATG
195 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * *
7182 ATTCCTAAGGTAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AA
260 TTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * * *
7246 ATCAGTTATGAGATTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGAGTGGCTC
325 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * * * * *
7311 TAAATGGACTATTCTTACCAGTGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTC-CAAAGAAGAT-ATTCAGT
390 TAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGAA-ATAATTCAAT
* * * *
7374 TATAATCCATTCTAACT-AACAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
453 TATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * *
7434 AAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGGT-TAAGTGACTATAAGTG-GACTTTT-T
1 -AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-GGTATGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCT
* * ** * * * * * * *
7496 ATG-CTAATGGATGACTTTTAATTCATGTTTCCCAAAGTAGACATTCAATTACAATATATTTTAT
63 -TGTC-AATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
** * * * * *
7560 TGAAAAATGTAAAACAAATGAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTA
126 CCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * *
7625 ATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAAT-AGTTTTTTCT
191 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCT
* * * * * * *
7689 TTATGTTTCTCATGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTTAA--AAAAATGTAAAAACATTCAC
255 TCATGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTG-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
7752 CTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAATCCAATAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGG
319 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * ** * *
7817 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAACGGA-TTTTGCTTCAAATTTTTCAAGGTAAA-C
384 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAATA
* *
7879 ATTCAATTATAATCTATTTTCATAAAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
446 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
7944 AT
511 AT
* * * * * *
7946 AAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
* * * * * * * * *
8011 TAAATAAAT-GCGTTTTTCTTCACAT-TTT-TCGATGTAAATATTCAATTGTAATTTTTTTTAAC
65 TCAATGAATGGC-TTTTGC-T-ACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * *
8073 CAAAACTGT-AAACAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTACAGCGAGTAA
127 CAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * ** * * *
8137 TATGACTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTAATAGGC-TTTCCTT
192 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTT
** * * * * * * * *
8201 CATGTTTCTTAAGGCAGATAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAGAAATATAAAAAAATTCATCC
256 CATGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
8266 TAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTGCGAAAGCTTGGGTC
321 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
8331 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA-CATTT
386 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAATAATTC
* * * * * * * *
8395 AATTAAAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCACCCTAAAATCAGTTATAAGATTAT
450 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
8458 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGGTTTTTTCT
1 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-G-CTTTTCT
* * * * * * *
8522 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAACC
63 TGTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * * *
8587 AAAAAAGTAAAAAGAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAACGGGAGTAA
128 AAAAATGT-AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * ** *
8652 TAAGGCTTTTTAGGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
192 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * *
8717 ACTCTTT-CCAAGGTAGATATTTAATTATAATCCGTTTT-AGTCAAAAATATAAAAAAAAATTCA
257 A-TGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT--AAAAAAATTCA
* * ** * * * **
8780 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACA-TAAGTAATAAGTCTTTCAAAAGTTTG
318 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
8844 GGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCTAATGGATGACTTTTGCTTCA
382 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCAAATGAATGACTTTTTCTTCA
8891 CATTTCCCAA
Statistics
Matches: 1984, Mismatches: 426, Indels: 133
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 7 0.00
509 10 0.01
510 29 0.01
511 479 0.24
512 1100 0.55
513 117 0.06
514 12 0.01
515 127 0.06
516 5 0.00
517 97 0.05
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGT
CAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
AATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
TTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAATAATTCAATTAT
AATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Done.