Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400145.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_336.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11346
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 2307 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1234 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 947--1718 Score: 711
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
937 NNNNNNNNNN
** * ** *
947 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTAACAACAAAAGTC-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * ** * * * *
1011 ATTGCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAAGTGATTCTAGGTTCAATTATTTTTATATTAT
65 ATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTAT
*
1076 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACAT
129 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAT
* * **********
1119 AAAGAAAAAGGCATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * *
1184 TTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTACATTTTTG
66 TTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTATTG
* * * * *
1249 GTTCAAACAGAGTATAATTGAAAGTCTAACTCTTGAAACAT
131 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAT
* * *
1290 GAAGAAAAAAGCATTTATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCGCATTCCTTCAAAAGCCTTG
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
1355 TTACTCACTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACGTTCAATTTTTTTTACATTATT
66 TTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTATT
* * *
1420 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAT
********* * * *
1462 GAAGAAAANNNNNNNNNNTT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 GAAGAAAA-AAGCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * *
1526 ATTGCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAAGTGCTTCTAGGTTCAATTATTTTTATATTAT
65 ATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTAT
********** *
1591 TGGTTAAAACNNNNNNNNNNTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
129 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAT
* * * ** * *
1634 TAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCCAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
1699 TTACTCGCTCTAAATGGTTT
66 TTACTCACTCTAAATGGTTT
1719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 118, Indels: 10
0.79 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 145 0.30
172 330 0.69
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAAGAAAAAAGCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTATTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAT
Found at i:2565 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2217--2690 Score: 458
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 172
2207 TTAATTAGAA
* *** * * *
2217 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTTTTATA
********** *
2282 ATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATG
66 ATCGCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAATATAATATAATTGAATG
* * * *
2346 -CATGCTTCAAGAAATGTGTACAAAAAGCTATTCATTGAAAG
131 TCATACCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGCTATTCATTGAAAG
* * * * *
2387 GAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAGGCCTTTTTACTCGCTTTCAAT-GATTTTA
1 GAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* *
2450 TAATCGCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTG
64 TAATCGCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATAATATAATTG
** *
2514 AATGTC-TACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAT
127 AATGTCATACCTCAAGAAATGTGAA-AAAAAAGCTATTCATTGAAAG
** * *
2559 GAAAAGTCTATTTATAGTTTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTTTTATA
** * * * **
2624 ATTTCAAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAAT
66 ATCGCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATAATATAATTGAAT
2689 GT
130 GT
2691 TTGCCTTGTG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 45, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 68 0.27
171 13 0.05
172 159 0.64
173 8 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCGCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAATATAATATAATTGAATG
TCATACCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGCTATTCATTGAAAG
Found at i:2715 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2294--2748 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
2284 NNNNNNNNNN
* * * * *
2294 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACA-TTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATG-CATGCTTCAA
1 ATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTC-TACCTCAA
** * * * *
2356 GAAATGTGTACAAAAAGCTATTCATTGAAAGGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GATGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
2420 AGGCCTTTTTACTCGCTTTCAATGATTTTATAATCGCATAATTG
128 AAGCCTTATGACTCACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTG
* * *
2464 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** ** * *
2529 AAATGTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTTTCCTATTCCTTCAAA
66 AAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGG-ATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
**
2593 AGCCTTATGACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCA-AATTTG
129 AGCCTTATGACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCGCATAA-TTG
* * ** * * ***
2636 ATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGTG
1 ATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
2701 AAACATGGAGAAAAAGCCATTCAATGAGATTAAAAGTCTATTTATAGT
66 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GATGAAAAGTCTATTTATAGT
2749 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 38, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.07
171 15 0.06
172 197 0.83
173 8 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTCAATTTTCTTTACACTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
CCTTATGACTCACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTG
Found at i:3334 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2877--3488 Score: 539
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
2867 NTCTACCTTA
* * * * * * *
2877 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTCTACTCTCCTATTTTTTCA
1 AGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* * * * * ** * *
2941 AAAG-CTTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTCCAGGTTCAATTTTTT
64 AAAGTC-TTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * *
3005 -TGCATTATTGGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
128 AT--ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
** *
3047 AAGAAACATGAAAAAAGGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATT-TCTTCA
1 -AGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
* * * * * ***
3111 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTNNNNN
64 AAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATT--TTT
***** *
3176 NNNNNTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTC
127 TATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * *
3218 ATGAAACATGAACAAAACACCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCA
1 A-GAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* **********
3283 AAAGTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTAAATTTTTTA
64 AAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTA
* *
3348 TATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
129 TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
** * * * *
3388 GAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCA
1 -AGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
3453 AAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
64 AAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
3489 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 75, Indels: 21
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 209 0.59
171 57 0.16
172 88 0.25
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
AGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATA
TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
Found at i:4571 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4235--4979 Score: 653
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
4225 NNNNNNNNNN
* * * * *
4235 CATAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTTTAC-ATTATTGGTTAAAACAGATTAT-ATCTGAATGT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATT-TTGATTAAAACAGACTATAAT-TGAATG-
** * * * * * * *
4298 CTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCAT
63 CTTTCTCATGAAACATGAA-CAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
4363 TCTTTCAAAATCCTTATTGCTCACTTTAGATGGTTTTATAATCT
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
4407 CAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTATAGTTTTGGTTAAAGA-AGAGC-ATAATTGAATGT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGATTAAA-ACAGA-CTATAATTGAATGC
* *
4470 TTATCTCATGAAACATGAACAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
64 TT-TCTCATGAAACATGAACAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ** * **
4535 TCTTCAAAAGCCTTCGTACTCCCTCGGAATGGTTTTATAATCT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATGGTTTTATAATCT
* *
4578 CATAATTGATTTAAAGTTGAA--TTTTTTACAATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT
** * * * ***
4641 T-TCATGGGAAACATGCTAA-AAAATCCATTTATTTGAAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCAT
66 TCTCAT--GAAACATG--AACAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
4704 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAATCT
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATGGTTTTATAATCT
* *
4748 CATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAATATAATTGAATGCAT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGC-T
** * ** * * * * * * *
4812 GCCTCAAGAAATGTGTACAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGCCACACATAC
65 TTCTCATGAAACATGAAC-AAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * *
4877 CTTGAAAGGCCTTTTTACTCGCTTTCAATGATTTTATAATCG
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
4919 CATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTTCCACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
4980 TTCTGCCTCA
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 89, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 3 0.01
169 42 0.09
170 89 0.19
171 220 0.47
172 98 0.21
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT
TCTCATGAAACATGAACAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:4744 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4336--4979 Score: 781
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
4326 ATTCATTGGT
* * * * * *
4336 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAATCCTTATTGCTCACTTTAGATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTA
* * *
4401 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTATAGTTTTGGTTAAAGA-AGAGCATAATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTGTTTACAGTTTTGATTAAA-ACAGAACATAATTG
** * * * ** * *
4465 AATGTTTATCTCATGAAACATGAACAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
129 AATGCATACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGCCA
* ** * * * *
4529 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTCGTACTCCCTCGGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAG
194 CACATACCTTCAAAAGCCTTCGTACTCCCTCGCAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTAAAC
*
4594 TTGAA-TTTTTTACAATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTTTCATGGGAAACATGCT
259 TTGAATTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTTTCATGGGAAACATGCT
4658 AAAAAATCCATTTATTTGA
324 AAAAAATCCATTTATTTGA
* ** **
4677 AAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTA
* * * * *
4742 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAATATAATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTGTTTACAGTTTTGATTAAAACAGAACATAATTGAA
* ** *
4807 TGCATGCCTCAAGAAATGTGTACAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGCCACA
131 TGCATACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGCCACA
* * ** * ** *
4872 CATACCTTGAAAGGCCTTTTTACTCGCTTTCAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTT
196 CATACCTTCAAAAGCCTTCGTACTCCCTCGCAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTAAACTT
* * *
4937 GAATTTTTTTTCCACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
261 GAA-TTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
4980 TTCTGCCTCA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 51, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 53 0.21
341 160 0.65
343 34 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTGTTTACAGTTTTGATTAAAACAGAACATAATTGAA
TGCATACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGCCACA
CATACCTTCAAAAGCCTTCGTACTCCCTCGCAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTAAACTT
GAATTTTTTTACAATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTTTCATGGGAAACATGCTAA
AAAATCCATTTATTTGA
Found at i:6000 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5704--7072 Score: 1399
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
5694 NNNNNNNNNN
* * * * **
5704 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTTCAATTTTGCCTACATTTT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTT
* * * *
5769 TGGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACTTGAACAAAAAGGCATTCATTG-G
65 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGAG
* *
5833 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTT
128 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
5876 GTTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTAT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
5941 GGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA-TCAGC
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGAG-
* * *
6005 AAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * **
6047 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTACAATTTTTTTTTACATTT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTT
* * * * * *
6112 TTGTTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGGAGAAATAGCTATTCATTGA
64 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGA
*
6177 GAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAAAAGCCTT
127 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTT
* * * *
6220 ATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTCTACATTTT
1 ATTAC-TCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
6284 TAGTTAAAACAGGTTATAGTTGAATGTATGCCTTGGGAAACATGGAGTAAAAGCCATTCATTGAG
65 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAG
* * ** * *
6349 AAGAAAAGTCCATTAATAGTTACCCGCTCTTTCAAAAGACTT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
6391 ATAACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTATATTTTT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * *** *
6456 --TCTAAAACAGACAATTATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATACATTCATT-AG
66 GGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGAG
* * * *
6518 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTT
128 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
6561 ATTACTTACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * * *
6626 AATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGGAGAGAAAGTTATTCATTGAGA
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAGA
* * * *
6691 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCTTTCGAAAGACTT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
6732 ATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * ** * *
6797 TGGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTTTGCCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATCGAC
65 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGAG
* *
6862 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
6904 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAAATT
1 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATT
* * * * *
6968 TTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAACATGGAGAAAACGCCATTCATT
63 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATT
*
7032 GAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAAAAG
125 GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAG
7073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 184, Indels: 61
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 130 0.13
171 407 0.41
172 218 0.22
173 218 0.22
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
Found at i:6623 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5707--7072 Score: 1493
Period size: 344 Copynumber: 4.0 Consensus size: 341
5697 NNNNNNNATT
* * **
5707 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTTCAATTTTGCCTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTCTACATTTTT-G
* * *** * * *
5772 TTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACTTGAACAAAAA-GGCATTCATTGGCAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATAGCATTCATTAGCAA
* * * *
5836 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTGTTACTCGCCTTAAATGGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATA
* * * * * ** *
5901 ATTTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATG
194 ATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATG
* * * * * *
5966 TCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TCAGCAAGAAAAGTCCA-TATATAGTCTC
259 TCTACCTTGGGAAACATG--GAGAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTA-ATAGTCAC
* * * * *
6028 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
320 CCACTCTTTCAAAAGACTTATA
* * ** *
6050 ACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTACAATTTTTTTTTACATTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGA-TTTTTTCTACATTTTTG
** * * * ** *
6115 TTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAA--CATGGAGAAATAGCTATTCATTGAG
64 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATAGC-ATTCATT-AG
* * *
6178 -AACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATGGTT
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTAC-TCACCTTAAATGGTT
* * * * *
6240 TTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAGTT
189 TTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATT
* * *
6305 GAATGTATGCCTTGGGAAACATGGAGTAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTT
254 GAATGTCTACCTTGGGAAACATGGAG-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
*
6370 ACCCGCTCTTTCAAAAGACTTATA
318 ACCCACTCTTTCAAAAGACTTATA
* * * * *
6394 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTATATTTTT-TC
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCTACATTTTTGT-
* * *
6458 TAAAACAGACAATTATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATA-CATTCATTAGTAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATAGCATTCATTAGCAAG
* * * * *
6522 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTACCTTAAATGGTTTTATAA
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAA
* *
6587 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGGTTATAATTGAATGT
195 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGT
* ** *
6652 CTACCTTAGGAAACATGGAGAGAAAGTTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
260 CTACCTTGGGAAACATGGAGA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCAC
*
6717 TCTTTCGAAAGACTTATA
324 TCTTTCAAAAGACTTATA
* * * *
6735 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTCTACATTTTT-G
* * * * * ** *
6800 TTAAAACAGACTATAATTGATTGTTTGCCAT-GAGAAATGTGAAGAAAAA-AGCATTCA-TCGAC
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGCAAAGAAAAATAGCATTCATTAG-C
* *
6862 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTA
* * * *
6927 TAATCTCGAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTG
192 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTG
* *
6992 AATG-CTTACCTTGGGAAACATGGAGAAAACGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
255 AATGTC-TACCTTGGGAAACATGGAGAAAA-GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
* *
7056 ACCCATTCTTCCAAAAG
318 ACCCACTCTTTCAAAAG
7073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 129, Indels: 56
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 263 0.30
342 40 0.05
343 190 0.22
344 264 0.31
345 102 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCTACATTTTTGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAATAGCATTCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTC
TACCTTGGGAAACATGGAGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCACTC
TTTCAAAAGACTTATA
Found at i:7857 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7173--9257 Score: 1918
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 171
7163 NNNNNNNNNN
* * * * *
7173 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTTAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * *
7238 TTCTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAG-AAAAA
66 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATATGAAGAAAAAA
* * * *
7301 GACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
130 G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * * * * *
7344 TTCAAAAGTCC-TCTTACTCGCTCTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAGTT
1 TTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * *
7408 TTTTTTCACTTTTAGTTTAAACAGACTATAGTTAAATGTTTACCTTGAGAAATAT-AA-AAAAAA
65 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAA
* * *
7471 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCAC-ATTCT
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CTATTCC
* * * * *
7513 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * *
7578 TGTTTAAATTTTTTA-TTAAAACAAAGTATAATTGAATGTCTACTTCGTA-AAACATAAACAAAA
66 T-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG-AGAAATATGAAGAAAA
* * *
7641 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTC-ACTCATTCC
128 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCC
* *
7685 TTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * ** * * *
7750 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAT
66 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAG
** * ** *
7815 TGTTTATCT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCC
131 CATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * * * *
7856 TTCAGAAGCCTTATTACTC-ATCTTAAATGGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* ** * * * *
7920 TGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTACCT-TAGGAAACATGGAG-AAA
65 T-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAATATGAAGAAAA
* * * * * * *
7983 AAGCCACTCATTGGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-C
128 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * *
8027 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-
* * * * *
8092 TTTTTACATTATTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAA
65 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAA
*
8157 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CTCATT-C
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCC
* * * *
8198 TTGCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTCAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 TT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* *
8263 TTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAA
* * * * *
8327 GGTATTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCC
129 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCC
* * * *
8370 TTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTCAAATGGTTTTACAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
8434 CTTTTT-CACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
65 -TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAA
* * * *
8497 AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTCATAGTCTCTTATTCC
129 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * * * *
8540 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * ** *
8605 TTTTATATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCAT-AACAAATGGGTAG-AAAA
66 TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATATGAAGAAAAA
* * *
8667 AGTCATTAATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCT-CTCATTCC
129 AG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCC
** * * *
8711 TTCAAAAGCCTTATTTGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTCAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT
* * * * * * *
8776 TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAA
* *********
8841 GCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCANNNNNNNN
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
** * * * * *
8883 NNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTTAAATGAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * *
8948 TTCTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATATATACCTC-ATGAAACATGAAGAAAA
66 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-A-ATGTCTACCTCGA-GAAATATGAAGAAAA
* * * *****
9012 AGGCATT-ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTC-ACTNNNNNN
128 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCC
**** ** * * * *
9054 NNNNAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * *
9118 TTTTACATTCTTCA-TTAAAAGAGACTATAATTGAATCTCTACCTTGGGAAACAT--AGAGAAAA
66 TTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGA-AAAA
* * * *
9180 AGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCTATTCT
129 AG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
9224 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
9258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1563, Mismatches: 290, Indels: 122
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 5 0.00
168 21 0.01
169 103 0.07
170 281 0.18
171 731 0.47
172 384 0.25
173 35 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
Found at i:8970 original size:855 final size:847
Alignment explanation
Indices: 7173--9257 Score: 2339
Period size: 855 Copynumber: 2.4 Consensus size: 847
7163 NNNNNNNNNN
* * * *
7173 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTTAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGATGAATTT
*
7238 TTCTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAG-AAAAA
65 TTCTACA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *
7301 GACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCC-TCTTACTCGC
128 G-CATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT-CTTCAAAAG-CCTTATTACT-GC
* * * * * * * *
7365 TCTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTCACTTTTAGTTTAAAC
189 TTTAAATGGTTTTATAA-CTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAAC
* * * * * * *
7430 AGACTATAGTTAAATGTTTACCTTGAGAAATATAA-AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
252 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* *
7494 ATTTATAGTCTCACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
317 ATTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATGGTTTTACAATCTCAAAA
* * * * *
7559 TTCATTTTAAGTTCAGTTTTGTTTAAATTTTTTATTAAAACAAAGTATAATTGAATGTCTACTTC
380 TTCATTTTAAGTTCAATTTTGTTTAAACTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
7624 GTAAAACATAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
445 GAAAAACATAAACAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTCATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * * *
7689 AAAACCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
510 AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGTTTTT
** *** * * * * **
7754 ATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAATTGTT
575 ATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAACAAATGGGAAGAAAAAATCATT
* * *
7819 TATCTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCATCTTAAAT
640 AATCTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATCTTAAAT
* *
7884 GGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTA
705 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * *
7949 TAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGGAGAAAAAGCCACTCATTGGGAAAAAAAATCCATTTA
770 TAATTGAATGCATACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTA
8014 TAGTCACCCATTC
835 TAGTCACCCATTC
* * *
8027 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GATGAATT-
* * * **
8092 TTTTTACATTATTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAA
64 TTTCTACATT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
*
8157 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTGGCTT
128 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTT-CAAAAGCCTTATTACT-GCTT
* * *
8222 TCAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
191 TAAATGGTTTTATAA-CTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
*
8287 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCACTGACAAGAAAAGTCTA
254 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTA
* * *
8352 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTCAAATGGTTTTACAATC-CTATAA
318 TTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-AAATGGTTTTACAATCTC-AAAA
* * * * *
8416 TTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTT-CACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCT
380 TTCATTTTAAGTTCAATT-TTGTTTAAACTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * * * * *
8478 C-AAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTCATAGTCTCTTATTCCTT
444 CGAA-AAACATAAACAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTCATAGTCACTCATTCCTT
*
8542 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGTTT
508 CAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGTTT
* * * *
8607 TTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCAT-AACAAATGGGTAGAAAAAGTC
573 TTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACC-TCAACAAATGGGAAGAAAAAATC
* **
8671 ATTAAT-TGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTGTCA-CT
637 ATTAATCT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATC-
** * *
8733 TTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
699 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
8798 AGATTATATTTGAATGTATACCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
764 AGATTATAATTGAATGCATACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAAAAAAAT
* *******
8862 CTATTTATAGTCANNNNNNNN
828 CCATTTATAGTCA-CCCATTC
** * * * *
8883 NNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTTAAATGAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATG-AATTT
* * * *
8948 TTCTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATATATACCTCATGAAACATGAAGAAAAA
65 TTCTACA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-A-ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * ********* *
9013 GGCA-TTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCCTT
127 AGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTT
** * * * *
9076 TAAATAATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAAGAG
191 TAAATGGTTTTATAACTT-ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTATTAAAACAG
* * ** * *
9141 ACTATAATTGAATCTCTACCTTGGGAAACATAGAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTTA
254 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA-AGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTA
*
9206 TTTATAGCCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
318 TTTATAGTCACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTT
9258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 166, Indels: 60
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 9 0.01
854 221 0.21
855 572 0.55
856 106 0.10
857 125 0.12
858 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (847 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATGAATTTT
TCTACATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
TTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAAT
GGTTTTATAACTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTCATTTTAAG
TTCAATTTTGTTTAAACTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATAA
ACAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTCATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATT
ACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTCAT
TAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAACAAATGGGAAGAAAAAATCATTAATCTAGAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATCTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGC
ATACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
TC
Found at i:9180 original size:684 final size:679
Alignment explanation
Indices: 7173--9257 Score: 2307
Period size: 684 Copynumber: 3.1 Consensus size: 679
7163 NNNNNNNNNN
* * * *
7173 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTTAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * *
7238 TTCTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGA
66 TT-TATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTT-A-AAA-ATGGAGAAAAAGA
* * * * *
7303 CATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCC-TCTTACTCGCTC
127 CATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
7367 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAGTTTTTTTT-CACTTTTAGTTTAAACA
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * *
7431 GACTATAGTTAAATGTTTACCTTGAGAAATAT-AA-AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
256 GATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * *
7494 ATTTATAGTCTCACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
321 ATTTATAGTCTCACATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
7559 TTCATTTTAAGTTCAGTTTTGTTTAAATTTTTTATTAAAACAAAGTATAATTGAATGTCTACTTC
385 TTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
7624 GTAAAACATAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
449 ATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * *
7689 AAAACCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
514 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * ***
7754 ATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAATTGTT
579 ACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATT
* * *
7819 TATCT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCC
643 CAT-TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * * *
7856 TTCAGAAGCCTTATTACTCA-TCTTAAATGGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT
***
7920 TGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGGAGAAAAA
64 T-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTA--AAA-ATGGAGAAAAA
* * * * * * *
7985 GCCACTCATTGGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
125 GACATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
8049 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTATTTTTACATTATTAGTAAAAAC
190 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * *
8114 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTC
255 AGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
8179 TATTTATAGTCTCTCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTCAATGGTTTTATAACCTTATA
320 TATTTATAGTCTCACATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATA
8244 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
384 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-T
* * * *
8309 GA-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
448 CATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * *
8373 AAAAGCCTTCTTACTCGCTTCAAATGGTTTTACAA-TCCTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
513 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
*
8437 TTT-CACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGC
576 TTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGC
* * *
8500 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTCATAGTCTCTTATTCC
640 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
* * *
8540 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTCTAAGTTAAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-T
* *
8605 TTTTATATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCATAACAAATGGGTAGAAAAAG
65 TTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTAA-AAAT-GG-AGAAAAAG
* * * * ** *
8669 TCATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTGTCACTT
126 ACATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
8734 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * *
8799 GATTATATTTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCT
256 GATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
*********** * *
8864 ATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTCTACAATCTCATAA
321 ATTTATAGTCTCACATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-TGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
8929 TTGATTTTAAATGAAATTTTTCTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATATATACCT
385 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG-A-ATGTCTACCT
* *********
8994 CATGAAACATGAAGAAAAAGGCATT-ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNNNNNN
448 CATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* ** * *
9057 NAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTT
513 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * **
9121 TACATTCTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATCTCTACCTTGGGAAACAT--AGAGAAAAAGCC
578 TACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGA-AAAAAG-C
* * * *
9184 ATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCTATTCT
640 ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
*
9224 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
9258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1174, Mismatches: 197, Indels: 61
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 3 0.00
682 17 0.01
683 261 0.22
684 571 0.49
685 189 0.16
686 133 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
TTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAATGGAGAAAAAGACATT
AATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
TAGTCTCACATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAAC
ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
Done.