Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400147.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3361.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3138
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 967 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2267 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1935--3138 Score: 1265
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
1925 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1935 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * *
2000 GAAACATGGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAT-TCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCA
66 GAAACAT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
2063 AAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTAAAAAT
129 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * * **
2106 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *
2171 AGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAA
65 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2236 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAAT
130 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * *
2278 TGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
2342 AAAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAT-TCTATTTATAGTCATCTATTCCTTCA
65 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
2405 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
129 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * ** *
2448 TCATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACAAATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
2513 AGAAACATGAAA-AACAAA-GAATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT
65 AGAAACAT-AAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
2576 AAAAACCTTATTACCCG-TTTCAAATGATTTTCTAATCTCATAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * *
2620 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * * *
2685 GAAACA-AAAGGAAAAAGACATTTATTGACAAGCAAA-GT-TCATTGACAGCCACCCATACCTTC
66 GAAACATAAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAATGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
2747 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * * *
2791 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTCAATATTTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * *
2856 GAAAC--AAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAA
66 GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
2919 AGCCTTATTACTTGCTTTAAA-CAGTTTTATAATTTCATAAT
131 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
2960 TGATTTTAAGTAGAATTGTTT-TATATTTTTTGCCTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCT
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT
* * ** * * * * * * *
3023 CGAGAGATGTATAGAAAAAGTCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCGTT
63 CAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
3087 GAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
3132 TGATTTT
1 TGATTTT
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 148, Indels: 53
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 103 0.12
170 135 0.16
171 288 0.34
172 322 0.38
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
Found at i:2561 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1935--3138 Score: 1561
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 341
1925 NNNNNNNNNN
* * *
1935 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
*
2000 GAAACATGGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAA
66 GAAACAT-GAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
2064 AAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGT
* * *
2129 ACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGTATT
195 ACAATTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAA-AAAAA-GAATT
* *
2194 CATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
258 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
2259 GATTTTATAATTTCATAAT
323 GATTTTATAATTTCATAAT
**
2278 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * *
2343 AAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
2407 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTGTA
131 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTA
* **
2472 CAAATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAACAAAGAATTC
196 CAATTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAAA-AAAGAATTC
* * * * **
2537 ATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACCCG-TTTCAAAT
259 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAAT
* *
2601 GATTTTCTAATCTCATAAT
323 GATTTTATAATTTCATAAT
* * ** * * *
2620 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * * *
2685 GAAACA-AAAGGAAAAAGACATTTATT-GACAAGCAAAGTTC-ATTGACAGCCACCCATACCTTC
66 GAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTAG-CAAG-AAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
2747 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
* * * * * * *
2811 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTCAATATTTACCTCAAGAAACA-AAGAAAAAGACAT
193 GTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAGA-AT
2875 TCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
257 TCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
*
2939 A-CAGTTTTATAATTTCATAAT
321 ATGA-TTTTATAATTTCATAAT
* *
2960 TGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTTTGCCTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTG-CTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTC
* * * * * * * * *
3024 GAG--AGATGTATAGAAAAAGTCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCGTT
64 GAGAAACATG-A-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
3087 GAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTT
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTT
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 96, Indels: 38
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 107 0.14
341 119 0.16
342 344 0.46
343 163 0.22
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTA
CAATTTTGGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAGAATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGAT
TTTATAATTTCATAAT
Done.