genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397282.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_25.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1368273

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 427 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5556--5601	24	1.9	24	86	0	65	36	13	6	43	1.69
11039--11288	68	3.7	68	84	2	299	35	18	10	35	1.85
11039--11321	136	2.1	134	81	5	322	34	18	11	35	1.87
12042--12091	21	2.4	21	100	0	100	34	0	40	26	1.56
12042--12100	21	2.8	21	92	5	84	37	1	37	23	1.65
16635--17228	206	2.9	205	85	3	757	48	4	6	39	1.51
23490--23558	34	2.0	34	100	0	138	43	15	8	31	1.78
33883--33923	15	2.5	17	80	11	50	46	0	12	41	1.41
33913--33951	17	2.5	15	84	15	53	46	0	2	51	1.14
36452--36480	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
41194--41242	2	25.0	2	95	4	91	0	48	0	51	1.00
41245--41269	13	1.9	13	100	0	50	48	52	0	0	1.00
44057--44219	81	2.0	81	87	2	238	38	21	10	30	1.87
46312--46408	48	2.0	48	100	0	194	31	28	12	26	1.93
48624--48658	16	2.2	16	90	5	54	57	20	14	8	1.63
56959--56987	15	1.9	15	100	0	58	34	3	34	27	1.74
58864--58905	21	2.0	22	85	4	59	30	2	4	61	1.29
62351--62404	28	1.9	28	92	0	90	29	3	5	61	1.36
64621--64647	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
64798--64936	46	3.0	47	95	2	253	41	15	12	30	1.84
71937--71969	17	1.9	17	88	11	50	66	18	3	12	1.36
81359--81391	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90620--90696	25	3.1	25	90	0	127	31	24	10	33	1.89
95011--95040	9	3.3	9	90	0	51	26	10	20	43	1.83
98556--98596	7	5.9	7	91	0	64	12	39	0	48	1.41
98556--98605	21	2.3	21	86	3	64	14	38	0	48	1.44
104449--104482	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
106292--106329	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
107108--107151	24	2.0	21	82	13	52	36	4	15	43	1.68
110438--110595	31	5.1	31	80	0	172	34	9	23	32	1.87
110438--110614	62	2.9	62	76	8	173	33	10	24	31	1.89
110449--110614	31	5.4	30	72	12	113	34	9	24	31	1.88
115200--115266	15	4.4	15	82	1	71	35	8	22	32	1.85
115412--115934	30	18.6	27	70	21	223	33	2	0	62	1.14
115510--115563	13	3.8	14	76	13	56	29	0	0	70	0.88
115602--115653	20	2.7	18	80	19	52	32	0	0	67	0.91
115508--115894	23	17.6	22	66	22	131	32	2	0	63	1.13
115415--115974	223	2.5	219	93	5	939	33	2	0	63	1.13
115415--115974	111	5.0	112	93	5	931	33	2	0	63	1.13
115931--115979	6	7.7	6	78	13	53	24	0	0	75	0.80
115902--116016	33	3.1	38	74	14	123	32	0	0	66	0.97
115834--115999	60	2.8	59	74	9	144	34	1	0	64	1.01
115989--116118	55	2.5	52	80	13	144	29	2	1	66	1.12
116050--116115	5	12.6	5	72	15	53	27	1	0	71	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116061--116117	14	4.1	14	76	12	55	29	1	0	68	1.00
123689--123751	30	2.2	28	82	5	72	30	1	4	63	1.24
125833--125895	24	2.6	25	82	9	69	57	4	36	1	1.30
132116--132190	22	3.2	22	76	20	71	46	0	1	52	1.09
132153--132227	15	4.9	15	69	18	55	45	0	2	52	1.15
132158--132267	40	2.7	39	80	10	105	42	0	4	52	1.21
132333--132411	16	4.8	15	74	21	52	48	2	0	49	1.14
133554--133582	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
133588--133668	25	3.2	26	72	17	71	44	0	1	54	1.08
133596--133651	29	2.0	27	83	13	69	44	0	1	53	1.11
133596--133661	27	2.5	26	80	17	75	46	0	1	51	1.10
133636--133687	19	2.8	19	82	5	63	44	0	1	53	1.11
136438--136542	50	2.1	49	93	6	178	51	11	14	22	1.74
141804--141855	22	2.4	21	83	6	59	28	13	19	38	1.89
142772--142801	15	2.0	15	100	0	60	33	0	33	33	1.58
145422--145847	23	18.1	23	76	5	323	23	32	27	16	1.96
145424--145835	69	5.8	69	77	6	394	22	32	28	16	1.96
145608--145717	28	4.1	28	75	11	113	23	30	28	17	1.97
145422--145847	46	9.0	46	82	2	357	23	32	27	16	1.96
149556--149840	31	9.2	31	86	0	336	37	20	18	23	1.94
150543--150600	22	2.5	24	80	8	75	27	20	20	31	1.98
150572--150988	92	4.5	92	83	3	473	25	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150572--151015	47	9.6	47	79	8	396	25	28	17	28	1.97
150678--150759	23	3.5	23	71	15	78	23	35	17	24	1.95
150591--151015	139	3.1	138	81	7	475	25	28	16	28	1.97
162398--162535	28	4.8	28	78	7	141	42	7	11	38	1.71
162398--162552	59	2.7	59	81	4	172	41	7	10	39	1.69
162713--162745	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
163564--163612	16	3.1	16	82	8	57	65	0	12	22	1.26
169400--169448	23	2.2	22	85	3	62	24	6	0	69	1.11
182345--182427	41	2.0	41	97	0	157	26	18	25	30	1.98
183783--183822	21	1.9	21	90	10	64	35	2	0	62	1.09
183935--183980	18	2.5	18	89	10	67	26	2	0	71	0.97
184117--184147	16	2.0	16	93	6	55	29	6	6	58	1.48
184371--184402	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
186628--186659	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
186897--186954	18	3.2	18	74	11	55	6	18	1	72	1.16
189428--189483	21	2.7	21	85	0	76	21	16	25	37	1.93
191465--191540	24	3.1	24	72	10	73	23	30	14	31	1.94
202947--202997	20	2.5	20	87	0	66	39	13	9	37	1.78
203343--203443	47	2.1	48	80	10	116	62	2	31	2	1.25
209533--209671	50	2.8	50	78	12	126	34	22	12	30	1.92
211592--211637	25	2.0	23	87	12	67	41	6	26	26	1.80
211924--212015	45	2.0	45	97	0	175	54	6	18	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215970--216001	16	2.0	16	100	0	64	50	12	25	12	1.75
216417--216473	13	4.4	12	76	12	51	21	5	1	71	1.14
216858--216890	14	2.2	16	89	10	52	78	0	3	18	0.87
217869--217959	34	2.7	34	77	6	94	30	14	15	39	1.87
217993--218047	27	2.0	27	85	0	74	32	23	20	23	1.98
218087--218185	43	2.3	44	82	5	123	40	16	14	29	1.87
224764--224840	35	2.2	35	92	0	127	14	10	33	41	1.80
246663--246697	13	2.7	13	100	0	70	80	5	0	14	0.89
248104--248134	15	2.1	15	100	0	62	32	6	29	32	1.83
248340--248426	41	2.2	40	85	2	111	29	3	1	65	1.16
248389--248503	25	4.3	26	73	16	83	28	3	1	66	1.18
248460--248525	33	2.0	33	88	11	100	28	1	0	69	0.97
248459--248523	15	3.7	18	76	17	66	27	1	0	70	0.96
248475--248519	20	2.2	20	84	7	56	26	2	0	71	0.98
248406--248508	54	1.9	53	84	5	136	29	3	1	65	1.21
250108--250144	3	12.3	3	94	0	65	67	0	29	2	1.04
264037--264079	16	2.7	16	88	0	59	20	6	0	72	1.08
264780--264807	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
267403--267441	4	9.8	4	94	0	69	0	0	25	74	0.82
275558--275625	34	2.1	33	86	5	93	25	19	19	36	1.94
281206--281230	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
284585--284863	141	2.0	142	92	0	461	32	9	20	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294410--294498	21	4.2	21	85	5	101	32	23	10	33	1.88
294574--294618	21	2.0	21	87	8	63	28	20	11	40	1.86
295337--295740	58	6.9	59	79	5	406	36	10	19	33	1.86
295337--295797	120	3.9	116	79	5	383	36	10	19	33	1.86
297387--297434	25	2.0	25	84	8	64	62	4	10	22	1.44
300061--300093	15	2.1	17	88	11	52	54	6	0	39	1.25
315023--315057	19	1.9	19	88	11	56	71	0	0	28	0.86
316166--316198	17	1.9	17	88	11	50	39	9	0	51	1.34
316882--316911	11	2.7	11	94	0	51	26	10	23	40	1.86
319802--319861	25	2.4	25	76	20	63	46	0	1	51	1.10

Tables:   1   2   3   4