Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397543.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5004.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:533 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4--3428 Score: 2767
Period size: 171 Copynumber: 20.1 Consensus size: 171
1 CTT
* * *
4 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAGATTTGTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
69 ATATACTATACTTGAATGTTCGCCTTAGGAATCATTAAGCAAAAGCCATTCATT--AACATCAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAA-A-GAAA
* * * * * *
132 AATTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTTCTC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ** *
175 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCATTTATGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
240 ACAGATTATAATTAAATGTTTGGCTTGAA-AAACATGAAG-AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAA
*
303 GTCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTC-AAAGGCCTTATTACTT
130 GTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTC
* * * * * ***
345 GCTTTTAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTGTCCATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* *
410 ATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
* *** * * *
475 TCCATTTATAATTGTTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATT
131 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
516 GCTTTAATTGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTGTATATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * * ** ** *
581 ATATATTATAATTGAATGTCCG-TTTTAGAAATTGTGAAGCAAAAGCCATTTATT-AACAAGAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAA
** * * *
644 AGTTTATTTATACTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * ** *
687 GCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATAGCTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
** * * *
752 A-ATGATTATAATTGAATGTTTG-CTTTGGAAAACATCAAGTAAAAG-CATCCATTGGTAAGAAA
66 ATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
* *
814 AGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
857 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** *
922 ACAGATTAAAATTGAATATCTGCCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
* * * * *
985 AGTCCATCTATAGTCAC-CTATA-CCTTCAAAAGCCTAATTGCTT
129 AGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * ***
1028 GCTTTAAATGCTTTTAGAATTTTATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTCCTTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
1093 ATAGATTATAATTGAATGTTTGACTCAAGAAACATGAACCAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
* * * *
1158 TCCGTTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCGTTCTTACTC
131 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1199 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * ** *
1264 AGAGAAAATAATTGAATGTCTGTTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAA-AAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAAGAAAA
* * * ** * * * *
1328 TTCCATTTATGGACACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATCATTT
130 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
1370 GCTTTAAATAGTTTTATAACCACATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTGTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * ** * *
1435 ATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCAT-AGAAAATATGAAATAAAAGCCATCCATTTGATAGAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
* * * * *** *
1498 AGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTTGAAAATATTATTACTT
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1541 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * ** * * ** ** *
1606 ACATATTATAATTGAATATCTGTCTTGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGCCATCAAAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
** * **
1671 TTTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTC
131 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ** **
1712 GTTTTAAAT-GTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTGATGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * ** * * *
1776 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAA
65 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
* * *
1840 AGTCCATTTCTAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
129 AGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *****
1883 GCTTTCAATGCTTTTACAATATTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTGCCCATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
1948 ATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATAAAGTAAAAGCTATCAATTGGAAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
* * * * * *
2013 TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTT
131 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
2054 GCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
2119 ATATATTATAATTAAATATCTG-GTTCAGGAATCGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAA
* ** * * **
2182 ATTTTATTTATAGTCACCCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
2225 GCTTTAAATGGTTTTACAGTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * ** * * * * * * *
2290 ATAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTGAGAACCATAAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
* * * *
2355 TCCATTTATAGTAAC-CCAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTT
131 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
2395 ACCTTAAATAGTTTTACAATCGCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTGTTTATATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTTGGTTAA
* * ** * * *
2460 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAAACATAAATAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
65 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
* * *
2524 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
2567 GTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTT-AAGTTTTTTATATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * ** * * * * * * * *
2630 AATATATTACAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATATGGAGGAAAAGGCATCCGTTAGAAAGAGAA
65 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAA
* * * * *
2695 CTTCATTTATGGTAACTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *********** * * *
2737 ACTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * *
2802 ATATATCATACTTGAATGTCTACC-TCAGGAA-ATGTAGAGTAAAAGCCATACATTGGCAAGAAA
66 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG-A-AGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA
** * *
2865 AGTTTATTTATAGTCACTCAAACCATCGAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
2908 GCTTTACATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGATTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
2973 AAAAGATTATAATTGTATGTTTACCTT-GGTAACTATGAAG-AAAAGGCAATTCATTGGTAAGAA
65 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAC-ATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGAAAGAA
* * * * * *
3036 AAGTCCA-TTATAGTCATTTAAGCCTTTCAAAAACTTTATTATTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3080 ACTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
3145 CA-A-ATTATAATTGAATGTTTGGCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGGAGAGAGAA
66 -ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAA
* * * * * * **
3208 GTTCAATTACAATCAC-CGATGCCTACGAAAGTATTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
3250 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACT-TTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAA
* * * ** * * *
3314 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-AGAAAGTCATTCATTGGTTAA-AA
65 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGG-AAAGAA
* * * * *
3377 AGGT-CATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTGTATTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTC
*
3420 ACTTTAAAT
1 GCTTTAAAT
3429 AATCTTTTAC
Statistics
Matches: 2582, Mismatches: 600, Indels: 145
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 14 0.01
170 624 0.24
171 1743 0.68
172 194 0.08
173 3 0.00
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:1587 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1--8883 Score: 4455
Period size: 513 Copynumber: 17.4 Consensus size: 509
* * * *
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAGATTTGTGGTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT-TGGTT
* * * * * **
66 AAAATATACTATACTTGAATGT-TCGCCTTAGGAATCATTAAGCAAAAGCCATTCATTA-ACATC
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCT-GACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGA-AAG
* * * *
129 AAAAATTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
194 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
259 TTGGCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTA
256 CTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A
* * ** *
322 TA-CCTTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTTAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTT
320 -AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
** * *
386 AATTTTTTTATATTGTCCATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCC-TCA-AGAAACATGAAG
383 AATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGA-AAATATGAAA
* * * *** *
449 CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATTGTTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTA
447 TAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTATTA
* * * * * *
513 ATTGCTTTAATTGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTGTATATTTTTGATT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGTT
* ** ** *
578 AAAATATATTATAATTGAATGTCCGTTTTA-GAAATTGTGAAGCAAAAGCCATTTATTA-ACAAG
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGA-AAG
* * * * *
641 AAAAGTTTATTTATACTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTACAA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
706 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATAGCTTTAGTTAAAA-ATGATTATAATTGAATG
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATG
* * * * * * *
770 TTTGCTTTG-GAAAACATCAAGTAAAAG-CATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
255 TCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * *
833 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
319 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
898 AATTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTGCCTT-AGAAAATGTGAAG
383 AATTTTTTTATA-TTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAA-
** * * *
961 A-AAAAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CTATACC-TTCAAAAGCCTAAT
446 ATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAA-CCTTAT
*
1023 TG
508 TA
* * * * **
1025 CTTGCTTTAAATGCTTTTAGAATTTTATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTCCTTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT-GGTT
* * * * *
1090 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGACTCAAGAAACATGAACCAAAAGCCATTCATTAGAAAGAA
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAGAA
* * * * *
1155 AAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCGTTCTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
130 AAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * **
1220 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGAAAATAATTGAATGTCT
194 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * *
1285 GTTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAATTCCATTTATGGACACTCAAGC
258 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * * * *
1350 CTTTAAAAGCTTTATCATTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCACATAATTGATTTTATGTTGAATT
323 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
1415 TTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCAT-AGAAAATATGAAATAAA
387 TTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATAT-TTGCCTTCAGAAAATATGAAATAAA
* * * * * **
1478 AGCCATCCATTTGATAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTTGAAAATATTATTA
451 AGCTATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAACCTTATTA
* * * *
1538 CTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTGGTT
* * * * * * **
1603 AAAACATATTATAATTGAATATCTGTCTTGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATT-GCCATCA
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAAGA
* * * *
1667 AAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GTTTTGATAA
129 AAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAA
* * ** *
1731 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTGATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * ** * * * *
1796 TTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAT
256 CTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-
* * * *
1861 A-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGCTTTTACAAT-ATTATAATTGATTTTAAGTTT
320 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAATCA-CATAATTGATTTTAAGTTG
*** * *
1924 AATTTTTTTATATTGCCCATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATA--AAG
383 AATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAA-ATATGAAA
* * * * * *
1987 TAAAAGCTATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCGAAAGCTTTATTT
447 TAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTATTA
* * *
2051 CTTGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGTT
* * * * * *
2116 AAAATATATTATAATTAAATATCTG-GTTCAGGAATCGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAG
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGA-AAG
* * * * * *
2179 AAAATTTTATTTATAGTCACCCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAG
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
2244 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * * * * * *
2309 CTATCTTGAGAACCATAAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAC-CCA
256 CTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * * * *
2373 GCCTTCGAAAGCTTTATTACTTACCTTAAATAGTTTTACAATCGCATAATTGATTTTAGGTTAAA
321 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
2438 TTTTGTTTATATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAAACAT-AAAT
385 TTTT-TTTATATTGTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAAAT
* *
2500 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTA
448 -AAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAA-CCTTATTA
* * ** * * *
2564 CTCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTT-AAGTTTTTTATATTTTTAGT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * * * * *
2627 TAAAATATATTACAATTGAATGTCT-ATCTT-GAGAAATATGGAGGAAAAGGCATCCGTTAGAAA
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAA
* * * * * * * *
2690 GAGAACTTCATTTATGGTAACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
127 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*********** * * * *
2755 ANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATACTTGAATG
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * **
2820 TCTACC-TCAGGAA-ATGTAGAGTAAAAGCCATACATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACT
255 TCTGCCTTGAGAAACATG-A-AGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * *
2883 CAAACCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTGTAAGCT
318 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
2948 GAATTTTTTTACATTTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGTATGTTTACCTT-GGTAACTATGAA
382 GAATTTTTTTATA-TTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAA
* * * * * * *
3012 GA-AAAGGCAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCATTTAAGCCTTTCAAAAACTTTAT
446 -ATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTAT
3075 TA
508 TA
* * *
3077 -TTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGT
1 CTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTGGT
* * * * * * * *
3141 TAAACA-A-ATTATAATTGAATGTTTGGCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGGAGAG
64 TAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAG
* * * * * ** **
3204 AGAAGTTCAATTACAATCAC-CGATGCCTACGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTC-AAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
3268 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** * * * ** * * *
3333 TCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAGTCATTCATTGGTTAAAAAGGT-CATTTATTGTCACCCA
255 TCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** * * *
3397 TGCCTTCAAAAG-CTGTATTACTCACTTTAAATAATCTT-T--T-AC---A-T--TTTT-AGTTA
320 AGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *** ** *** * *
3450 AAATATATTATAATTGAATG-TCTATCTTGAGAAACATAAACCAAAACCTAT-CCATTACAGAGA
383 AATTTTTTTAT-ATTG-TTGAT-TAAAAT-AG-ATTATAATTGAATA--TTTGCC-TT-CAGA-A
** * * * * * ** * *
3513 AA-AGTCTATTTATAGTCACTTATACC-TT---CG-AAAG--CA-TTATACTCGTTTTAAATG-A
438 AATA-TGAAATAAAAG---C-TAT-CCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--ACT-CATGCC
* * *
3568 TTTTATAATCTCATAATTGA
494 TTTCA-AAAC-C-TTATT-A
* ** * ** * * *
3588 TTTGGAGTTAAAT--TTTTTTACAT-TT-T--TTG-TTAGAA--CAGATTATATTTGA-ATGTTT
1 CTT-GCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATT-T-TTTTATAT-TTT
* * * ** * *** * * * * *
3643 GCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACAAT-TC--A-TT-GGCAACA-AAAGTCTATTTATAGTCAC
61 G-GT-TA-AAATAT-ATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAG-C-A---AAAGCCAT
***** * *
3702 TCATTCCTTTG-AAAG--C-CTTAT--T-ACT--TGCTTT--AA---TT-TT--T---TTTATAA
117 TCATTAGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AA
* ** * * * *
3747 ---TCTTATAA--TC--AATT--TTAAAT--TAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTA
181 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * ** * ** * * * * * * *
3801 TAATTTAATGTTTGTTTTAAGAAAGGTAAAGCAAAAGGCATCTATTGGCAAGAAAATTACATTTA
245 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTA
* * * * *
3866 TAGTCACTCAAGCCATCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
310 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGAT
* * * * * * * * *
3931 TTTAAGTT--ATATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATACTTAAATGTCTGTCTTAAG-A
374 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAA
** * ** * * *
3993 AACGTGGAGCAAAAGCTATACATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAA
438 AATATGAAATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAA
4057 AGCCTTATTA
501 A-CCTTATTA
* * * * *
4067 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * * * *
4132 TAAAATATATTATAATTAAATGTCT-ATTCTGGGAAACATGAAACAAAAGTCATCCATT-GAAGA
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGACT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAA-A
* * * ** * ** *
4195 GAAAAGGTAATTTATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGTATTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATA
127 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
4260 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAGTTGAAT
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
4325 GTCTACC-TCAGAAAACATGGAGCAAAAGCCATACATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACT
254 GTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
4389 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAATTGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTT
318 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * ** * **
4454 GAATGTTTTTACATTTTTGGTT-AAAGAGAATATAATTGAGTATCT-ACTTTGGGAAATATGATG
382 GAATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAAA
* * *
4517 CAAAAGCCATCTATTGGCAAGAGAACTCCATTTATAGCCACTTAAGCCATTGAAATATTTATAGT
447 TAAAAGCTATCCATTGG--A-AG-A----A---A-AG-----T---CC--------ATTTATAGT
* *
4582 CACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTA
484 CACTCATGCCTTTC-AAAACCTTATTA
** * * * * * *
4608 CACGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTCATTATAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGG-
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTT-GGT
* * * ** * ** * * * * * * *
4672 TCAAACAGATTATAATTGAAAATTTTTCAT-GAAAATCATGAAG-AAAATCTATTCATTGGCAAT
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAG
* * * * * * * *
4735 AAAAGTTCATTTATAGTCAC-CAAACCCTTCGAAAGCGTAATTACCCACTTTTAATGATTTTATA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTC-AA-GCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** *
4799 ATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAAATTTTTT-TATTGTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATA
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** * * * *
4863 TTTGCCTT-AGGAAATGTGAAGTAAATGCCAACCATTGG-AAAGCAAAA-TCCATTTATTGTCAC
255 TCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAA--AAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** * *
4925 TCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGT
317 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * *
4990 TTTA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTT-AGGAAAGT-TGA
381 TGAATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCA-GAAAATATGA
** * * * * * * *
5052 AGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTAACACAAGCC-TTCGAAAGCCTTAT
445 AATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTAT
5116 TA
508 TA
* * ********** *
5118 CTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCT-TAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTGGT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * * * * * * * *
5182 TAAAACAGATTACAAGTGAATGTCT-ATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAG
********** * * ** * *
5246 ANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
5311 TGTCATTATTGATTTTTAGTTAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTAGAAGTGAATGTC
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * ** * *
5376 T-CCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCAC-CA
257 TGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCA
* * * * * * **
5439 ATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGGGG
320 A-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
5504 AA-TTTTTTACATT-TTGGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGGAAATGTGAAG
383 AATTTTTTTATATTGTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAA-
* * * * * * *
5566 A-AAAAGCTATTCACTGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCC-TTCGAAAGCTTTATT
446 ATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTATT
5629 A
509 A
* * *
5630 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTGTT-AGTTAAATTTTTTTATATTGTTGAT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATT-TTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTGGT
* ** ** * * *
5694 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCTA--AATATGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGGAG
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGA-CT-TAGGAA-ACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAA
* * ** * * * * * * *
5756 GGGAAAGCCCGA-TTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATCT-TTCACTTTAAATAGTTTT
126 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
5819 ATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATATTACAATTGA
188 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
5884 ATGTCTACCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCA
252 ATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
5948 CTCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
316 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
6013 TTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATCATACTTGAATATCTGCCTT-ATG-AAACATG
380 TTGAATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCA-GAAAATATG
* * * * * *
6076 AAGTAAAAGCCATACATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTA
444 AAATAAAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTA
6140 TTA
507 TTA
* * * * * * * * *
6143 CTAGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCACTATAAGTTGAA-TATTTTAGCATTTATGGT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTT-TGGT
* * * * * * * * * * * *
6207 TGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGTAACCATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAATA
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAGA
* * * * *
6272 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
129 AAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-GCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
6337 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT---TTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
193 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
*** * * * *
6399 GCCCCAAGCAACATGAAGTAAATA-CCATCCATTAG-AATGTAAAA-TCCATTTATAGTCACTCA
258 GCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATCCATTGGCAA--AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *** * *** * * * **
6461 TGCCTTTGGAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTCATTTTAAGTTTT
320 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * ** **
6526 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTAAATATCTACCTT-AGGAAACGTGAAGCA
384 ATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAAATA
* * * * *
6590 AAAGCCAACCATTGGCATG-AAAG-----TTATAGTCACAT-AAGCC-TTCAGAACCCTTATTA
449 AAAGCTATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTTCA-AAACCTTATTA
* * * * * * **
6646 CTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCT-TAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTAT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * * * *
6710 TAAAACAGATTATATTTGAATGT-TCACTTTAGGAAACATAAAGCAAAATCCATTCATT-GAAAA
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAC-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAA
* * * * *
6773 GAAAAGTTAATATATAGTCA-GCAATGCCTTCGAAAG-CTTGATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
127 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-G-CTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
6836 TAATCTTATAATTCATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
189 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** * * ** *
6901 TATCTGCCTTGGGAACCATGGAGATGAAGCCATTCAGTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACC
253 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *** * *
6966 CATGCCTTCAGAAGCCTTATTAGTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT
318 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * ** *
7031 CAAATTCTCTTTA-CTT-TTGTTTATAATATATTATAGTTGAATGTCTATC-TCAGAAAATGTGA
382 -GAATT-TTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGA
** * * * * * * * *
7093 AGCAAAAGAC-ATCCATTAGAGTGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGCC-GTCGGAAGCGTTA
445 AATAAAAG-CTATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAACCTTA
7156 TTA
507 TTA
* ** ** * * * * *
7159 CTAGCTTTAAATACTTTTATAATCCCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTGATTA
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGTTA
* * * * * * * *
7224 AAATATTTTATAATTAAATGTCT-ACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAA
66 AAATATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAGAA
* * * ** * ** *
7288 AAGTTCGTTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTGAATGGTTTTATAATC
130 AAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
7353 TCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATATTATACTTGAATGTCT
194 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
** ** * ** * * * **
7418 ATCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGAAATCTATTAG-AGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATA
258 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-A
* ** * * * * * *
7482 -CCTTCGAAAGTATTATTTCTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATATTAACTTGAA
321 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * **
7546 TTTGTTTACATT-TTTATTAGAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGA-A
385 TTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAA-ATA
* * * * *
7608 AAAGCCATCCATTGGCTCA-AAAAGTCCATTTATAATCA-TACAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTA
449 AAAGCTATCCATTGG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTC-AAAACCTTATTA
* * * *
7670 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAG-TAGAATTTTTTTACATTTTGCTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATATTTTG-GT
* * * * * * * *
7734 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGCCTTAAGAAACATGAAG-AGAAAGCAATTCATTGGTAAG
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCA-AAAGCCATTCATTAGAAAG
* * * ** *
7798 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** ** * * *
7863 TCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATGTTGTTGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* ** * * * * * * * * * *
7928 TACCTT-AGGAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTTGG-AGAGACAGGCCCGTGTACAGGCACTT
257 TGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * ** * ** *
7990 ATA-CAATCGAAAGCATTACAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTATTGATTTTAAGTT
319 A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
8054 GAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAG
382 GAATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGAAAATATGAA-
* * * * * * *
8117 A-AAAAGCCATTCACTGTCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCTTGCC-TTCAAAAGCCTTATT
446 ATAAAAGCTATCCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAA-CCTTATT
8180 A
509 A
* ** * * * *
8181 ATCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTGTTGTTGGTT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTGGTT
* * * * * * * *
8246 AAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTATCCATCAGAGAGAA
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAGAA
* * * * * *** * *
8311 AAGTCCAATTACAGTCACTCATGTGTCTTCGAAATTATTATTACTAGCTTTAGATGGTTTTATAA
130 AAGTTCATTTATAGTCACTCA--AG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * *
8376 GGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTATATATTTTTGGTTAAAATAG------ATTGAGTGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
8435 TTACC-TCAGAAA-ATGTTAAGCAAAAGCCATCCATT-----------T-CATTCATAGTCACTC
256 CTGCCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*** * * * * * * * *
8486 ATTTCTTCGAAAGCATTATTACTCGATTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTA
319 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** ** *
8551 AATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATACCTAAC-TCA-AGAAACATGAA
383 AATTTTTTTATATTGTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTCAGA-AAATATGAA
** * * * * * *
8613 GCAAAAGCCAT--ATTGGGAACAAAATTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCATTACT
446 ATAAAAGCTATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAA-CCTTATT
8675 A
509 A
* * * * ** * * *
8676 CTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAAATGAATGTTTTTATATTTTTTGT
1 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGT
* * * * * ** * *
8740 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAACCATGAAGGAAAAGTAATTCATT-GCAATA
64 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAAGA
* * * ** * *
8804 AAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATG-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAA
129 AAAGTTCATTTATAGTCA-CTCAA-GCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
8868 TCTTATAATTGATTTT
192 TCTCATAATTGATTTT
Statistics
Matches: 6481, Mismatches: 1507, Indels: 786
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
475 1 0.00
476 5 0.00
477 1 0.00
478 70 0.01
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* * * *
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** * * * * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAG
* * * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTGTC-TTGAGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * ***
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* * * ** * ** * * *
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* * ** * * *
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1 T-T---TT-ACA--TTTTT-TA---TTA----AAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAA
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 TTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAA
* * * * * *
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* **
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* * * ** **
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG
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* * *******
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*** ** * * * * * ** *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG
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* * **
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*** * * * * * ** *
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* * * * * ** * *
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* *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCT-TGAGAA-ACATGAAGCAAAA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAG-AAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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1 TTTTA-CATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAG-AAACATGAAGCAAAA
* * * * *
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* ** * * * *** * *
6362 TTTT---TTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCAAGCAACATGAAGTAAATA-
1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCAAA-AG
* * * * * * * **
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* * * **
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* * * * ** *
6530 TTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTAAATATCTACCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG
* * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG
* * ** ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCA-AAAG
* * * * * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * **
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* *
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** * * * ** *
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* * ** ** *
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** * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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** * ** * * * ** **
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* *
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** * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* *
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*** * ** * * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG
* ** * * * * *** *
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* ** *
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* * ** * * * *
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1 TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGT-CTTGAGAAACATG--AAGCAAA
* * * *** * *
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* * * *
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** ** **
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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Statistics
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Found at i:4429 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4404--4449 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
4394 CTTCAAAAGC
*
4404 TTTATTACTCGCTTTAATTGAT
1 TTTATTA-TCGC-ATAATTGAT
*
4426 TTTATTATCTCATAATTGAT
1 TTTATTATCGCATAATTGAT
4446 TTTA
1 TTTA
4450 GGTTGAATGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.55
21 3 0.14
22 7 0.32
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TTTATTATCGCATAATTGAT
Found at i:5567 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4573--8883 Score: 3376
Period size: 341 Copynumber: 12.7 Consensus size: 341
4563 CCATTGAAAT
* * * *
4573 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * ** **
4638 TTCATTATAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGG-TCAAACAGATTATAATTGAAAAT-T-TTTC
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * **
4700 ATGAAAATCATGAAG-AAAATCTATTCATTGGCAATAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CAAACCCT
130 A-GGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCT
* * * * * * * *
4763 TCGAAAGCGTAATTACCCACTTTTAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAAATTT
192 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT
* * ** * * * * * *
4828 TTT-TATTGTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAATGTGAAGTAAATGCC
256 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
** *
4892 AACCATTGGAAAGCAAAA-TCC
321 ATTCATTGGCAAG-AAAAGTCC
* * * *
4913 ATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * ** * * * *
4978 TTCATTTTAAGTTTTA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
** ** * * * *
5042 GGAAAGTTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTAACACAA-GCCTTCG
131 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTTCG
* * * *********
5106 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTT
* * * * * * * *
5171 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAAGTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
259 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
*******
5236 CATTGGCAAGANNNNNNN
324 CATTGGCAAGAAAAGTCC
*** * * * * *
5254 NNNTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
5319 TTGATTTTTAGTT-AATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTAGAAGTGAATGTCTCCCTCA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *
5383 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCAC-CAATACCTTC
131 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAATGCCTTC
* * **
5447 GAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGGGGAATTTTTT
194 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
5512 ACATTTTGGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATT
259 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *
5577 CACTGGTAAAAAAAGTCC
324 CATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
5595 ATTTATTGTCACTCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
5660 CTGATTGTT-AGTTAAATTTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
66 TTGATT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** ** * * * * * *
5724 TA--AATATGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGGAGGGGAAAGCCCGA-TTACAGTCACTC-ATGCC
130 -AGGAA-ACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGA-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAATGCC
* * * * * *
5785 TTCGAAAGCATTATCT-TTCACTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTGAAT
191 TTCGAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
5848 GTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA
254 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
*
5913 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
318 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
5937 GTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
6002 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATCATACTTGAATATCTGCCTTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
6067 TGAAACATGAAGTAAAAGCCATACATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCG
131 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTTCG
* * * * * * *
6131 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCACTATAAGTTGAATATTTTA
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * ** * * * *
6196 GCATTTATGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGTAACCATGAAGAAAAAGCTATT
260 -CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
*
6261 CATTGGCAATAAAAGTCC
324 CATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * *
6279 ATTTATAGTCACCCAACCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
6344 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT---TTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
6405 AGCAACATGAAGTAAATA-CCATCCATTAGAATGTAAAA-TCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTT
131 GGAAACATGAAGCAAA-AGCCATTCATTAGAA-G-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTT
* * * ** * * * *
6467 TGGAAGCATTATTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAGAATTCATTTTAAGTTTTATTTT
193 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT
* * * * * *
6531 TTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTAAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
256 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
** *
6596 AACCATTGGCATG-AAAG---
321 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
6613 --TTATAGTCACAT-AAGCCTTCAGAACCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCTTA
1 ATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
6675 ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGAATGT-TCACTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT
* * * * ** * *
6739 TAGGAAACATAAAGCAAAATCCATTCATTGAAAAGAAAAGTTAATATATAGTCA-GCAATGCCTT
129 CAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTT
* * *
6803 CGAAAG-CTTGATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTTAATTTT
193 CGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * * * **
6867 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAACCATGGAGATGAAGCC
256 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
* *
6932 ATTCAGTGGCAAGGAAAGTCC
321 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * **
6953 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTAGTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
7018 TTGATTTTGAGTTCAAATTCTCTTTAC--TTTTGTTTATAATATATTATAGTTGAATGTCTATCT
66 TTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * * * * *
7081 CAGAAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATTAGAGTGAAAAGTTCATTTATAGTCACAC-ATGCCGT
129 CAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTT
* * * * * *
7145 CGGAAGCGTTATTACTAGCTTTAAAT-ACTTTTATAATCCCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTT
193 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** * * * * *
7209 TT-TATGTTTTGATTAAAATATTTTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCC
257 TTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
* * *
7273 ATCCATTGGCATGAAAAGTTC
321 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** *
7294 GTTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
7359 TTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATATTATACTTGAATGTCTATCTCA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * ** *
7424 AGAAACATGAAGCAAAAG-AAATCTATTAGAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTC-ATACCTTC
131 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTTC
** * * *
7487 GAAAGTATTATTTCTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATATTAACTTGAATTTGT
194 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
* * *
7551 TTACATTTTT-ATTAGAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
257 TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* *
7615 TCCATTGGCTCA-AAAAGTCC
322 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCC
* * * *
7635 ATTTATAATCA-TACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 ATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
7699 ATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTACA-TTTTGCTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-AGCC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CC
* * * * *
7762 TTAAGAAACATGAAG-AGAAAGCAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCC
128 TCAGGAAACATGAAGCA-AAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCC
* * * ** *
7825 TTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTT
191 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * * *
7890 TTTATGTTGTTGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCC
256 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
* * *
7955 A-TCATTTGG-AGAGACAGGCCC
321 ATTCA-TTGGCA-AGAAAAGTCC
* * * * * * ** * * ** * *
7976 GTGTACAGGCACTTATACAATCGAAAGCATTACAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
8041 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * **
8105 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGT-CAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC-CCTTGCCTTC
131 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCA-T-TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTTC
* * * * * *
8168 AAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
194 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * ** * *
8233 -TGTGTTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCTA
259 ACAT-TT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* **
8297 TCCATCAG-AGAGAAAAGTCC
322 TTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* * * * *** * * **
8317 AATTACAGTCACTCATGTGTCTTCGAAATTATTATTACTAGCTTTAGATGGTTTTATAAGGTCAT
1 ATTTATAGTCACTCA--TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
8382 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTATATATTTTTGGTTAAAATAG------ATTGAGTGTTTACCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * **
8441 CA-GAAA-ATGTTAAGCAAAAGCCATCCATT----------T-CATTCATAGTCACTC-ATTTCT
129 CAGGAAACATG--AAGCAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCT
* * * *
8492 TCGAAAGCATTATTACTCGATTTAAATAGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTT
192 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * ** * * * * *
8556 TTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATACCTAACTCAAGAAACATGAAGCAAAAGC
255 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * *
8621 CA-T-ATTGGGAACAAAATTCC
320 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
8641 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * ** *
8706 TT-ATTTTTAAAATGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
66 TTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * ** * * *
8770 GGGAACCATGAAGGAAAAGTAATTCATT-GCAATAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATG--TT
130 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAATGCCTT
* * *
8832 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
193 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Statistics
Matches: 3165, Mismatches: 682, Indels: 249
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 71 0.02
324 24 0.01
325 1 0.00
326 110 0.03
327 11 0.00
328 26 0.01
329 3 0.00
330 3 0.00
332 68 0.02
333 6 0.00
335 13 0.00
336 177 0.06
337 20 0.01
338 204 0.06
339 115 0.04
340 340 0.11
341 1134 0.36
342 742 0.23
343 69 0.02
344 27 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
GGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCC
Found at i:8782 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8495--8883 Score: 432
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
8485 CATTTCTTCG
** *
8495 AAAGCATTATTACTCGATTTAAATAGA-TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTTAAATTTTT
1 AAAGCATTATTACTCGATTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAAATAAATGTTT
* *
8558 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATACCTAACTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
65 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAACTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCAA
* * * *
8623 -T-ATTGGGAACAAAATTCCATTTATAGTCA-CTCAA-GCTTTCA
130 TTCATT-GCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATG--TTCA
* * *
8664 AAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAAATGAATGTTTT
1 AAAGCATTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAAATAAATGTTTT
* * ** ** *** * * *
8728 TATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAACCATGAAGGAAAAGTAAT
66 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAACTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCAAT
*
8793 TCATTGCAATAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATGTTCA
131 TCATTGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATGTTCA
* * * *
8834 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
1 AAAGCATTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 30, Indels: 12
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 103 0.56
170 64 0.35
171 12 0.07
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCATTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAAATAAATGTTTT
TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAACTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCAAT
TCATTGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAATGTTCA
Done.