Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400162.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3378.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4875
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.28
Warning! 1405 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:434 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--841 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
** * * *
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTT-AGTTGAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT
* * * ********** * * * *
65 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTNNNNNNNNNNGTCTA-CTATAAGAAACATGAAGAAATAGA
66 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAATATGAAGAAAAAAA
* * * * * *
129 CATTCATTAGCAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACTTATTCCT
130 TATTCATTGGCAAGAAAAGTC-AATTTATAGCCACTCATACCT
* * * * ** * * * **
171 TCAAATGCCGTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTTAAAATTGA-TTTGATTTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATTT
* ******
234 TTTGTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGNNNNNN
65 TTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAA
****
299 NNNNTCATTGGCAAGAAATA-TCAATTTATAGCCACT-ATACCT
129 ATATTCATTGGCAAGAAA-AGTCAATTTATAGCCACTCATACCT
*
341 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGCCATAACTT-ATTTTAAGCTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATGCCATAA-TTGATTTTAAGCTGAATTT
* * * * * *
405 TTTTACATTTATGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGT-TAACCTCGAGAAACT-TAAAGAAAAA
65 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAA
* * * * *
468 AATATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTT
128 AATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACTCATACCT
* * * * *
512 TCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGGTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT
* * * * * * ***
577 TTTATATTTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAGAAAGGC
66 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAAT
* * * * * * *
642 ATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAG-TAATCCGTTCCTT
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACT-CATACC-T
* * * * *
684 TCCAAAGCCTTATTACTC-ATTATAAATGGA-TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAAT-GACTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGCTGAAT
* * * * * * ** * *
746 TCTTTGTACATCTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATATATACCTCAAGAAACATAAAGAAA
63 T-TTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAA
***
810 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT
126 AAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT
842 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 122, Indels: 43
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 169 0.32
171 218 0.41
172 55 0.10
173 74 0.14
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT
TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAAT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACTCATACCT
Found at i:821 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 110--841 Score: 564
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
100 GTCTACTATA
* * * * * * * *
110 AGAAACATGAAGAAATAGACATTCATTAGCAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACTTATTCCTTCA
1 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-AATTTATAGTAACTCATTCTTTCA
* * * * * * * ** *
174 AATGCCGTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGA-TTTGATTTGAATTTTTTG
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT-
** * *
238 TGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
129 TACATTTTT-GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-TACCTCG
* * ********** ** * *
281 AGAAATATGAAGNNNNNNNNNNTCATTGGCAAGAAATA-TCAATTTATAGCCACT-ATACCTTCA
1 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCAATTTATAGTAACTCATTCTTTCA
* *
344 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATGC-CATAACTT-ATTTTAAGCTGAATTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTATAAT-CTCA-AAATTGATTTTAAGCTAAATTTT
* *
406 TTTACATTTATGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTAACCTCG
127 TTTACATTT-TTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTT-ACCTCG
* *** * * *
451 AGAAACTTAAAGAAAAAAATATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
1 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTAACTCATTCTTTCAA
* * * * *
516 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGGTAAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTA
* ** * * *
581 TATTTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACTTTG
131 CA-TTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-TACCTCG
* * * * * *
622 AGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTAA-TCCGTTCCTTTC
1 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTAACT-CATT-CTTTC
* * * *
686 CAAAGCCTTATTACTC-ATTATAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTCTT
64 AAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATT-TT
* * * * *
750 TGTACATCTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATATATACCTCA
127 TTTACAT-TTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-TACCTCG
795 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT
1 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT
842 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 99, Indels: 38
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 111 0.25
171 189 0.43
172 63 0.14
173 76 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTAACTCATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTA
CATTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTACCTCG
Found at i:2627 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2039--2885 Score: 536
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 168
2029 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2039 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGCACA-TTTTAG
1 ACTCACTTTAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TATATTTTTAG
* * * * *
2103 TTTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTTATT-AGCAA
64 ATTAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGAG-AA
** * *
2167 GAAAAGTCTGTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTACT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA-TCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * * * * * *
2210 ATTGACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTAGAAGTTTTTCAAATTTTT-CA
1 ACTCACTTTAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGA
* * * * * * * *
2274 TTAAATGGTT-TTACT-ACTGCCT--C-AGA-AAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-A
65 TTAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAG-CATTCATTGAGAAGA
* * * * *
2331 ACAAATCCTTTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTAAT
128 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCTA-TCCTTCAAAAGCCTTATT
********** * *
2373 ACTCA-TTGTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATCTTTTT-TATTTTT-G
1 ACTCACTT-TAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAG
* * * *
2435 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAAGAATTTATTGAGAA
64 ATT-AAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGAGAA
*
2500 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATCCTTCAAATGCCTTATT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTATCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** *
2542 ACTCACTTTAATTGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-T
1 ACTCACTTTAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGAT
* * * * * * *
2606 TAGAAAGGGTTATATTTGAATGTCTA-CTGTGGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAT
66 TA-AAA-GATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA-TGAAGAAAAAG-CATTCATTGAGAA
* * *
2669 GAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTCTAGCCTTCAAAAACTTTATT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CTATCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2712 ACTCGCTTTAAATAATTTTAAAATTTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTAGAT
1 ACTCACTTTAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGAT
* * * * * *
2776 TAATACAAACTATAATTGATTGTGC-ACCTTAAGAAACATGAAGAGAAAATCATTCA-TCAGCAA
66 TAA-A-AGATTATAATTGAATGT-CTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGAG-AA
*
2839 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTATCCTTCAAAAGCCTTATT
2882 ACTC
1 ACTC
2886 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 121, Indels: 77
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 16 0.03
163 89 0.17
164 7 0.01
165 4 0.01
166 4 0.01
167 4 0.01
168 22 0.04
169 126 0.24
170 178 0.34
171 65 0.13
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ACTCACTTTAAATAATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGAT
TAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCTATCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:3736 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3421--4394 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
3411 CAAGCCTTCG
* * * * *
3421 AAAGCCTTATTACTT-GCTGTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTA-TTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
3485 T-TATATTATTGATTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAA-
65 TACATATT-TGGCTT-AAACAGATTATAATTG-ATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAG
* * * * ** *
3548 TATCCATTGACAAGAAAAGCCCATGGATAGTCACTCATTATTTCA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATT-TTTCA
*
3593 AAAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* **
3658 ACATATTTGGCTTAAACAGATTATAATTGATTATCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAAGCAT
66 ACATATTTGGCTTAAACAGATTATAATTGA-TATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCAT
* * *
3723 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TTACCCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTAACTCATT-TTTCA
* * * * *
3765 AAAGCATTAGTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAACTGTT
1 AAAGCCTTATTATTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTT
* * ** * * *
3828 TTACATTTTTGGC-TAGAACAGATTATATTTGA-ATGCTTGTCTTGGGTAACATGAAG-AAAAAG
64 TTACATATTTGGCTTA-AACAGATTATAATTGATAT-C-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAA
*
3890 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTTCTTCA
126 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTT-TTCA
* ** ********** * * *
3936 AAAGCCTTATTACTCTCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * * * ** * *
4001 ATAT-TTTTTATTAAAATACACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAAAGCA
66 ACATATTTGGCTT-AAACAGATTATAATTG-ATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCA
** * ***********
4064 TTTGTTGCCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTAACTCATTTTTCA
** * * * * * * *
4107 AAAGCCTTATTGCTC-ACTTTAAAAGGTTTTATAATGTAATAATTGATTTTCAGTTGAATGTCTA
1 AAAGCCTTATTATTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * ** * * *
4171 TACTTTTTTAG-TTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCCCGAGAAACGTAAAG-AAAAGA-C
65 TACATATTTGGCTT-AAACAGATTATAATTG-ATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGC
** *
4233 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCGTTTCTTCA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTT-TTCA
* * * * * *
4277 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAATATAATTTAAAAATTAATTTTAAGTAGAAT
1 AAAGCCTTATTATTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA--T---AATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
4341 ATTTTTATATTTTTGG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
60 TTTTTTACATATTTGGCTT-AAACAGATTATAATTG-ATATCTACCTTGAGAAAC
4395 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 158, Indels: 51
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 73 0.12
171 284 0.46
172 192 0.31
173 8 0.01
175 60 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATATTTGGCTTAAACAGATTATAATTGATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTTTTCA
Found at i:4816 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4484--4868 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
4474 NNNNNNNTTC
* * * *
4484 CTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
4549 TTTTTTACATTTTTGATTAAAAAGAGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAGAACATAAAACAAAA
66 TTTTTTACATTTTTGATCAAAAAGAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAACATAAAACAAAA
* * * * **
4614 GACATTCATTGGTACGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCT
131 GACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAAC-AGCT
** ** *
4657 -TTGGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TAATAATTTATTTTAAGTTGAA-
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
4719 TTTTTTTATATTTTTTATCAAAACA-AACTATAATTGAATGTCTATCTTA-AGAAACATGTAGAA
65 TTTTTTTACATTTTTGATCAAAA-AGAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAG-AACA--TAAAA
* * **
4782 -AAATG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAAACATTT
126 CAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAACAGCT
*
4827 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
4869 CAAAATT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 31, Indels: 16
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 107 0.61
172 55 0.32
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTTACATTTTTGATCAAAAAGAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAACATAAAACAAAA
GACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAACAGCT
Done.