Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397544.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_460.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 414 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:802 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 589--920 Score: 303
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
579 TGATTTTAAG
* * * * * *
589 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGCAAACATAAA
1 TTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACATAAA
* * ** * *
654 GAAAAAGCTATTTATTGGCAAAAAAAGCTT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-GAAGCTTTATT
66 GAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAG-TTCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCAAAGCCTTATT
*
717 ACTCACTTTAAA-TAGTTTTATATTCTCATAAT
129 ACTCACTTTAAATTAGTTTTACATTCTCATAAT
* *
749 TNNNNNNNNNNTGAATGTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTG
1 T----------TGAATGTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTG
* * * * * **
813 GAAAACATAAAGAAACAGCCATTCATTAATAAGAGAAGTTCATTTATAGTTACTTAAGCTTTCCA
55 GAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCTTT-CA
*
878 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTACATTCTCATAAT
119 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTTACATTCTCATAAT
921 CATTTTTAAG
Statistics
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Consensus pattern (161 bp):
TTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACATAAA
GAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATTAGTTTTACATTCTCATAAT
Found at i:1034 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 268--1071 Score: 565
Period size: 172 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
258 CTTTTTTGGG
* * *
268 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTATC-TTGGAAAACATAAGGCAAAAGTCATTCATTGACA-A
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CATTGGAAAACATAAAGCAAAAGTCATT-ATTGACATA
* * * * *
331 GACAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATTGGTTTTAT
64 -AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTAT
* * * * *
396 AATCTCATAATTGTTTTTCAGTTAAATTTTTTTAATATTTCT-GAT
127 ATTCTCATAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTCTAG-T
* * * * * * *
441 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTAGTAAACATGAAGCAGAAGTCATCCATT-AGCACA
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGAAAACATAAAGCAAAAGTCAT-TATTGA-CATA
********** ** *
505 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT-GAANNNNNNNNNNCTCGTTTTAAATAATTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
569 GTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT
128 TTCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGT
* * * * * * * *
612 TAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGCAAACATAAAGAAAAAG-CTATTTATTGGCAAA
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGAAAACATAAAGCAAAAGTC-A-TTATTGACATA
* ** *
676 AAAAG-CTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-G-AAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
64 AAAAGTC-CATTTATAGTCACTTAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
********** * * *
738 ATTCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATGTTTTTACTTTTTTAGT
127 ATTCTCATAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGT
* * * * *
782 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGAAAACATAAAG-AAACAGCCATTCATT-A-ATA
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGAAAACATAAAGCAAA-AGTCATT-ATTGACATA
* * * *
844 AGAGAAGTTCATTTATAGTTACTTAAGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTA
64 A-A-AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTA
* * *
909 CATTCTCATAATCATTTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTCTAGT
126 TATTCTCATAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGT
* * * * *
954 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTAGAAAACATGAAGCAGAAGTCATCTATTGATATAA
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGAAAACATAAAGCAAAAGTCAT-TATTGACATAA
* * ** *
1019 AAAGTCCACTTATAGTCACTCAA-CACATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGC-TTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 122, Indels: 53
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
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174 9 0.02
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TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGAAAACATAAAGCAAAAGTCATTATTGACATAAA
AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTC
TCATAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGT
Found at i:1470 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 1268--1470 Score: 262
Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 109
1258 TAAGTTAACT
* * * * ** *
1268 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATTGATTATCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
1333 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAATGGCTTTGGTTGAA
66 GCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAATGGCTTTGGTTGAA
* * *
1377 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATCGAATATTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
** *
1442 TTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
66 GCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTA
1471 TAGTCATCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
109 78 1.00
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Consensus pattern (109 bp):
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAATGGCTTTGGTTGAA
Found at i:2432 original size:170 final size:171
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Indices: 1779--8799 Score: 4272
Period size: 171 Copynumber: 40.8 Consensus size: 171
1769 NNNNNNNNNN
* * * * *
1779 TTTTTACATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAAG-AAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
** * * ********** *
1842 CAAAGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGGCTTNNNNNNNNNNATTACTCAC
65 CCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
1907 TTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATT-AGTTTTAAGCT-AATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT
* * * * *
1949 TTTTTACT-TTTTTAATTAAAA-A-AATATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAA
* ** * ** * ***********
2011 A-CCATCCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAANNNNNNNNNNCCTTATTACTCGC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
2075 TTTAAATGGTTTTGTAAACTCATCATTGATTTTGAGTTGAATAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * **
2119 TTTTCACT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATCATTGAAT-TCTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * *
2182 ACCCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTG
64 ACCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
2246 CTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
2290 TTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* *
2355 CCATTCATTAGCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
2419 TAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT
131 TAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
2459 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * ** * * *
2523 GCCATTTATTGACAA-AAATAATCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGC
65 CCCATTCATTGGCAAGAAA-AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
2587 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
2630 TTTTTACATTGTT-GTTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * * *
2694 GCTATTTATTGGCAAGAGAAGCTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
2759 TTAAATGGTTTTATAATCTTAATAATTGATTTTAAGTTGAATA
130 TTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
2802 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
** ** * ** * *
2867 CCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTGATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
2932 TAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATT
131 TAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
2974 TTTTTAGATTTCTAATTCAAATATATTATAATTGAATGTTTACATT-AGAAAACATGAAGCAGAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA
** * * * * * * * * *
3038 GTCATCCATTAGTATA-AAAAGTCCACTTATAGCCACTC-AGCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
65 CCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
3101 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** *
3145 TTTTTATATTTTTTA-TTAGAACAGAGTATAATTGAATGTTTTTCTTGAA-AAACATGAACAAAA
1 TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAA
** * * * * ** * *
3208 AGGCATTAATTGGC-A-AAAAGTATCTATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGTCTTATTACT-
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAG--CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
3270 -C-----A---CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTT
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * *
3306 TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTGTGATTGACTATCTGCCTTGAGAATCATAAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * *
3370 GCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAACGCCTTATTACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
3435 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGATTT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** * ** * *
3477 TTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACATTGGGAAATATGAAGTAAAA
1 TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *** * * * * * *
3541 GCCATCCATTAATATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAACCTTATTACTTAG-
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * *
3605 TTTAAATGGTTTTGTAAACTCATTATTGATTTTAAGTTGAATAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * *
3649 TTTTTATATTTTTAG-TAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAATCGTAAAGAAAAA-
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * * *
3712 CTAGTTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
66 CCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
3777 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTT-AATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
3818 TTTTTACT-TTTTT-GATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTA-TATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * ** * * ** *
3881 AACCATCCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGGAAGCCTTATTACTCAC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
3946 TTTATATGGTTTTGTAAACTCATCATTGATTTTAAGTTGAATAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * ** * *
3990 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATCGTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAA
* * ** * * * * *
4055 -CTATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
4119 TTATATGTTTTTGTAAACTCATCATTGATTTTAAGTTGAATAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * *
4162 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATCATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA
* * *** * *
4226 ACCATTCATTGGCAAAAAAAATGCA-TTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
4290 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
4332 TTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAAGAGAAA-
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * ** * * *
4396 CCATTCATTGG-AAGAAAATCTCATTTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAAC
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA--TTT-A-T--A-G-TCACC-CAAG---CCT--TCAAAAGC
* * * * *** * * * * ** * ** * * **
4460 TCGT-TCATTGGCAGGAAAAGCATGTTTACAGTAACCTAA--GCCTTCAA---AAACC
117 -CTTATTACTCGCTTTAAATG-GT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** * * * * * ** * ** * ****
4512 TTATTA-CTCTCT--TT-AAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTTAGTTGA-ATTATTTTA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGAAT-GTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAA
* *** * * * * ***** * ** * * * **
4572 TA-TTTTTGATT-GAAACATATTATAATTGAGT-GTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-CT
63 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA-TAG-TCACC----CAAGCCT---TCAAAAGCCT
* * * * * * * * * ** ** * * *
4633 AATTATTTGCATGAAA-AGTCCAATTATAGTCAC-CCATT-CCTTCAGAGGTCTTACTACTC
119 TATTACTCGCTTTAAATGGT---TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-A-GT-TGA--A-TT
** * * * * **
4692 ACTTTAAATGGTTTTA--TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTACATTTTTGA
1 TTTTTATAT--TTTTAGTTAAA---A-CA--GATTATAA-TTGAATG-----TTTAC-CTTAAGA
* ** * **** * ** * ** * * * *** * *
4755 TTACAATAGATTATAATTATATT-TTTACCTCAGGAAACATGAACA--AAAACTCGTTCATTGGC
51 -AAC-AT-GAAGAAAAACCCATTCATT--GGCAAGAAA-A-GCCCATTTATAGTCACCCA-AGCC
*** * *** *
4817 AAGAAAAGCTCGTTTATAGTAACTCAAGTTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTCTA
108 TTCAAAAGC-C--TTAT--T-ACTC--GCTTT--AAATGGTT-TTA------T--AAT--CTC-A
* ** *
4882 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
151 TAA--T--TGATT--TTAA--GTTGAATT
* * * ** * * *
4911 TTTTTATATTTTTAGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGATACATGAAGCAAAAG
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
** * * ** *
4976 TGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
5041 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-ACCTTTAAGTT-AATTTT
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA--TT
* ** ** *
5083 TTTTTACATTTTT-GATTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTT-TTTTTGGAAAACATGAAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAA
* * * *
5145 AACCCGTTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTG
63 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
5210 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * **
5254 TTGGTATATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * ** * **
5318 GCCATTCATTAGCAGGAAAAGTCTAATTATAATCACCTTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * *
5383 CCAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
130 TTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** ** * *
5426 TTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTTCGAAATGTAAAGCAAAA
1 TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
** * * * * * * * ** *
5490 GTCATCCATTAGTATA-AAAAGTCCACTTATAGTTACTCAAGTGTTCGAAAA-CGTTATTACTCG
65 CCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCG
* * **
5553 C-TTAATATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTGGGTTGAATT
128 CTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
5597 TTTTGTATA-TTTT-GTTAAAACAGTTTATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAATATGAA-AAAAA
1 TTTT-TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
*** * * ** * ** **
5659 AAAATTCAATGACAAGAAAAGTACATTTATTGTCACTTATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
5723 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
5766 TTTTTATATTTTTAGTT-AAACATATTATAATTAAATATTTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAC
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * ** * *
5830 CCAATCATTGGCACGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTCGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
5895 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *** * * *
5936 TTTTTACATTTTTAGTTAAGGTAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATGAGGAAAAGC
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * *
6001 CAATTCATTGGCATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
6066 TAAATAGG-TTTATAA-CATCATAATTAATTTTAAATTGAATT
131 TAAAT-GGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * ** * *
6107 GTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGAATATTTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
** * * * * ** ** * ** *
6172 TTAATCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTACAACTCACTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *******
6237 TAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNN
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
** *
6279 NNTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
6342 ACTCATTCATTGGCAAGATAA-CCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCAAATGCCTTATTACTCAC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
6406 TTTAAATAGTTTTATAACCCCATAATTGATTCTAAGTTGAATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
6449 TTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTGTAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAGGAAAAC
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * * **
6514 CCATTCATTAGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACNN
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
******** * *
6579 NNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTAAATA
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT
* * * * * *
6620 TTTTTACATTTTTTGTTAAATCAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACAT-AAGGAAAAG
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAA
* * * * * * * * *
6684 CCAATTCATTAGCATGAAAAGCCTATTTATAATCACTCAAGCCTTC-AAAGCGTTATTATTCTCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** *
6748 TTAAATGGGCTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * * * * *
6790 GTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGAGTATTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAGAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAA-AAA
* * *** * * * ** * * *
6855 -TCATTCATTGGCATGAAAAGTATAATTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATAACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
6919 TTATATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * *
6961 TTTTTACATTTTTGGTTACAACAAATTATAATT-ATATTTTTGCCTCATGAAACGTGAACAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * ** ********** *
7025 CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCGTTTATAGTCACGCAAGTTTTCAANNNNNNNNNNACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
7090 TTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * *
7133 TTTTTACATTTTTAGTTAAACCAAATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAA
* * * ** * * *
7197 CCAATTCATTAGCATGAAAAGCCTGTTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCGTTATTATTTGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
7261 TTAAATGGGTTTATAACCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** *
7303 GTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTTTAATTGAAT-ATT-GCTTGGGGAAACTTGAAGAAAA
1 TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAA
** * * * * * ** * ** **
7365 AATCATTCATTGGCACA-AAAAGTCTAATTATAGTAACGCATTCCTTCAAAAGCTTTACAACTAA
64 ACCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
7429 CTTAAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * *
7474 TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAA
* * * * * * * * * * *
7538 CTCATTCATTAGCAAGATAA-TCCATTTAAAATAATCCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
7602 TTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTCTAAGTTAAATA
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** ** *
7644 TTTTTATATTTTT-GTTAAAAGAGATTGTAATTGAATGTGTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * *
7708 CCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCATAG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
7772 TTAAATAGTTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
130 TTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
7814 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-TGAAAACATAAAGAAATA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * * *
7878 GCCATTCATTGGCTAGAATAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
7943 TTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
7985 TTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTCAAAAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
8048 CCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCCAA-CCGTCAAAAGTCTTATTACTCTC
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
8112 TCTAAATAGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** ** *
8155 TTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTGACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * * * ** * * *
8220 CCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTTAAAA-CCTTTAATACTCACT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCT
* *
8284 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTG-ATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
8325 TTTTTATATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC-TAAGAAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAA
* ** * * *
8388 A-CCAGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCGCTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCA
64 ACCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
8452 CTTTAAACT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
128 CTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
8496 TTTTTATAGTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTG-ATTTTTGACCTT-GGAAAACATGAAGATAA
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACCTTAAG-AAACATGAAGAAAA
** **** * * ** * * *
8559 TGCCATTCACCAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCAC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
8624 TTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-ACTT
129 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * *
8667 TTTTTGCATTTTCACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCAAGGAACATGAAGAAAAAC
1 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
* * * *
8732 CTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
8797 TAA
131 TAA
Statistics
Matches: 5394, Mismatches: 1194, Indels: 526
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC
CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
Found at i:3397 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 3112--3437 Score: 366
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
3102 TTTAAATGGT
* * *
3112 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAACAGAGTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAAT
* * ** * * *
3177 TGAATGTTTTTCTTGAAAAACATGAACAAAAAGGCATTAATTGGCAAAAAGTATCTATTTATAGT
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* ** *
3242 CACTCATTCCCTCAAAAGTCTTATTACTCAC
130 CACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
3273 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTGTGAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAAT
* * * * * *
3338 TGACTATCTGCCTTGAGAATCATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAG-TCTATTTATAG
66 TGAATATCTGCCTTGAAAAACATAAACAAAAAGCCATTAATT-GGAA-AAAAGATCTATTTATAG
* * *
3402 TCACCCAAGCCTTGAAACGCCTTATTACTCAC
129 TCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCAC
3434 TTTA
1 TTTA
3438 AATGGTTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 28, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
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162 2 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (160 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAAT
TGAATATCTGCCTTGAAAAACATAAACAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAGATCTATTTATAGTC
ACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:3986 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1779--8791 Score: 4751
Period size: 341 Copynumber: 20.4 Consensus size: 339
1769 NNNNNNNNNN
* * * * *
1779 TTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAACA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-A
* * * **********
1844 A--AGTTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGGCTTNNNNNNNNNNATTACTCA
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* * * * *
1906 CTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATT-AGTTTTAAGCT-AATTTTTTTACTTTTTTAATTAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
1969 A-A-AATATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATT-G-ATATGAAA
192 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGCA-A-G-AA
* * *********** * * *
2030 AATCCATTTATAGTCACTCAAANNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACT
252 AAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
2095 CATCATTGATTTTGAGTTGAATAT
317 CATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * *
2119 TTTTCACTTTTTT-AGTTAAAACAGATTATCATTGAAT-TCTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
* * * * **
2182 ACCCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTG
64 AACC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
2246 CTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTTAGTTAAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* *
2311 CAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAA-AAAAGC
193 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAG-
* * * *
2375 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCA
255 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
2439 TAATTGA-TTTAAGTTGAATT
319 TAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
2459 TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAA
* * * * * *
2522 AGCCATTTATTGACAA-AAATAATCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCG
64 AACCATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
2586 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTACATTGTT-GTTTAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * * * *
2650 ACAGATTATACTTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAGAAG
192 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * *
2715 CTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
255 C-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TC
*
2780 ATAATTGATTTTAAGTTGAATA
318 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
2802 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAA
* * * * * * *
2867 CCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTGATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
66 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
2932 TAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTCTAATTCAAATA
131 TAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * ** * *
2997 TATTATAATTGAATGTTTACATTAGAAAACATGAAGCAGAAGTCATCCATTAGTATA-AAAAGTC
195 GATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGCA-AGAAAAG-C
* * *
3061 CACTTATAGCCACTC-AGCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
256 CATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
3125 AATTGATTTTAAATTGAATT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** * *
3145 TTTTTA-TATTTTTTATTAGAACAGAGTATAATTGAATGTTTTTCTT-GAAAAACATGAACAAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA
** * * * ** * *
3208 AGGCATTAATTGGC-A-AAAAGTATCTATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGTCTTATTACTC
64 AACCATTCATTGACAAGAAAAG--TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
3271 AC----------TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTCA-TTAA
127 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
* * * * * * * * *
3325 AACAGATTGTGATTGACTATCTGCCTTGAGAATCATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAA
191 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAA
*
3390 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTT-GAAACGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
254 G-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
3454 CATAATTAATTTTAAGTAGATTT
317 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *** * * * *
3477 TTTTTACATTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACATTGGGAAATATGAAGTAAAA
1 TTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * * * * *
3541 GCCATCCATTAATATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAACCTTATTACTTAGT
65 ACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
3606 TTAAATGGTTTTGTAAACTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTAG-TAAAAC
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
3670 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAATCGTAAAGAAAAACTAGTTCATTGGTAAGAAAAGCC
194 AGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAACCA-TTCATTAGCAAGAAAAGCC
3735 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
257 -ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
3800 ATTAATTTTGAGTT-AATT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
3818 TTTTTACTTTTTTGATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAA
* * * * * **
3883 CCATCCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTT
66 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
3948 TATATGGTTTTGTAAACTCATCATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
** * * *
4013 GATTATCGTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATT-G-ATATGAAAAGT
195 GATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGCA-A-GAAAAG-
* * * * * * *
4076 CCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGTTTTTGTAAACTCAT
255 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
4141 CATTGATTTTAAGTTGAATAT
320 AATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * *
4162 TTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATCATTGAATGTTTGCCTT-GAAAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
4225 AACCATTCATTGGCAAAAAAAATGCA-TTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
64 AACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
4289 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAAC
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
4354 AGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATAAAGAGAAACCATTCATT-GGAAGAAAATCTC
194 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGC-C
** * * * * ** ****
4418 ATTTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAACTCGTTCATT-GGCAGGAAAAGCA
257 A--TTT-A-T--A-G-TCACC-CAAG---CCT--TCGAAAGC-C-TT-ATTACTCACTTTAA--A
* ** * * **
4482 T-GTTTACAGTAA-C-C-TAA--GCCTTCAA---AAACC
303 TGGTTT-TA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * ** **
4512 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-G--CATAATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTATA
1 TTTTTACT-T-TTT---T-G-ATTA-AAACAGATTATAATTGA-ATGT--TTGCCTTA--GGA-A
*** * ** * * *
4574 TTTTTGATTGAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-CTAATTA
52 -ACATGA---AGA-A-A--A-AA-CCA----TT-CATT--G--AC---AAG-AAAAGTCCATTTA
* * *** * ** * * *
4638 T-TTGCA-TGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAGAGGTCTTACTACTCACT-TTAAA
94 TAGT-CACTCAAGCCTTCAA--A-AG-C-CTTATTAC-TC--A---CTT--TA---AATGGT---
* * * *
4700 TGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTACATTTTT-GATTACAATAG
139 T--TTAT--AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAG
* * * * *
4764 ATTATAATT-ATATTTTTACCTCAGGAAACATGAACAAAAACTCGTTCATTGGCAAGAAAAGCTC
196 ATTATAATTGA-ATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTAGCAAGAAAAGC-C
* * * ** * * * * * *
4828 GTTTATAGTAACTCAAGTTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTCAAATGATTCTATAACCTCATAA
257 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
4893 TTGATTTTAAGTTAAATT
322 TTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
4911 TTTTTA-TATTTTT-AGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGATACATGAAGCAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
*** * * * ** * *
4974 AGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGC
64 AACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
5039 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-ACCTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTT-GATTA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TTA
*** * * * *
5101 AAACA-AGTTATAATTGAATGTTTTTTTTGGAAAACATGAAAAAAAACCCGTTCATTGGTAAGAA
190 AAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAA
* * ** *
5165 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
252 AAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
5230 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
316 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * ** *
5254 TTGGTA-TATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * ** *
5318 GCCATTCATT-AGCAGGAAAAGTCTAATTATAATCAC-CTTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCG
65 ACCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * *
5381 CTCCAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAA
128 CTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAA
* * * ** * ** * *
5445 AATATATTATAATTGAATGTTTACCTTTCGAAATGTAAAGCAAAAGTCATCCATTAGTATA-AAA
191 AACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGCA-AGAAA
* * * ** * * *
5509 AGTCCACTTATAGTTACTCAAGTGTTCGAAAACGTTATTACTCGC-TTAATATGGTTTTATAATC
253 AG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAATC
* * **
5573 TCATAACTAATTTTGGGTTGAATT
316 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
5597 TTTTGTA-TATTTTG-TTAAAACAGTTTATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAATATGAA-AAAAA
1 TTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
** * * * * ** *
5659 AAAATTCAATGACAAGAAAAGTACATTTATTGTCACTTATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
65 ACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
5723 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAAC
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * *
5787 ATATTATAATTAAATATTTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAACCCAATCATTGGCACGAAAAGCC
194 AGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGA-AAAACCATTCATTAGCAAGAAAAG-C
** * * *
5852 CATTTATAGTCATTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
256 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
5917 ATTGATTTTAAGTTGAATA
321 ATTGATTTTAAGTTGAATT
* *** * * *
5936 TTTTTACATTTTT-AGTTAAGGTAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATG-AGGAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
5999 GCCAATTCATTGGCATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCAC
65 ACC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
6064 TTTAAATAGG-TTTATAA-CATCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
129 TTTAAAT-GGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * ** * *
6127 ACAGATTTTAATTGAATATTTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAATTAATCATTGGCAAGAAAAG
192 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * ** ** ** ** * *
6192 TCCAATTATAGCCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTACAACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCA
255 -CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*******
6257 TAATTGATTTTAAGNNNNNNNN
319 TAATTGATTTTAAG-TTGAATT
** * * *
6279 NNTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAAACGTGAAG-AAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
6341 AACTCATTCATTGGCAAGATAA-CCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCAAATGCCTTATTACTCA
64 AAC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
6405 CTTTAAATAGTTTTATAACCCCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
6470 CATATTGTAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGC
193 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAA-GAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGC
* **********
6535 CAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAT
256 C-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
6600 AATTGATTTTCAA-TTAAATA
320 AATTGATTTT-AAGTTGAATT
* ** *
6620 TTTTTACATTTTTTG-TTAAATCAGATTATAATTGAATGTTTATCTT-GAGAAACAT-AAGGAAA
1 TTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA
* * * * *
6682 AGCCAATTCATT-AGCATGAAAAG-CCTATTTATAATCACTCAAGCCTTC-AAAGCGTTATTATT
64 AACC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * *
6744 CTCTTTAAATGGGCTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAA
126 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
6809 AACAGATTTTAATTGAGTATTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAGAAATCATTCATTGGCATGAAAA
191 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAA-AAACCATTCATTAGCAAGAAAA
* * * ** * * * * * *
6874 G-TATAATTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATAACTCACTTTATATGGTTTTGTAAACT
254 GCCAT--TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
6938 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
317 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
6961 TTTTTACATTTTTGGTTACAACAAATTATAATT-ATATTTTTGCCTCATGAAACGTGAA-CAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * ** **********
7024 ACTCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCGTTTATAGTCACGCAAGTTTTCAANNNNNNNNNNACTCA
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* * *
7088 CTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
7153 CCAAATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAACCAATTCATTAGCATGAAAA
192 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAG-AAAAACC-ATTCATTAGCAAGAAAA
* * * ** * * *
7217 GCCTGTTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCGTTATTATTTGCTTTAAATGGGTTTATAACCTT
254 GCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
7281 ATAATTTATTTTAAGTTGAATT
318 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
7303 GTTTTATA-TTTTTT-ATTAAAACAGATTTTAATTGAAT-ATTG-CTTGGGGAAACTTGAAGAAA
1 -TTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAA
* * * * * * ** * ** *
7364 AAATCATTCATTGGCACA-AAAAGTCTAATTATAGTAACGCATTCCTTCAAAAGCTTTACAACTA
63 AAACCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
7428 ACTTAAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAA
127 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * *
7493 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAGATA
191 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACA-TGAAGAAAAAC-CATTCATTAGCAAGAAA
* * * * * * * *
7557 ATCCATTTAAAATAATCCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTC
253 AGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
7622 ATAATTGATTCTAAGTTAAATA
318 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
7644 TTTTTA-TATTTTTG-TTAAAAGAGATTGTAATTGAATGTGTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
7707 ACCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCATAG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
65 ACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
7771 TTTAAATAGTTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
129 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
7835 TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTGAAAACATAAAGAAATAGCCATTCATTGGCTAGAATAGC
193 CAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTAGCAAGAAAAG-
* * * * *
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255 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
7965 AATTGATTTTGAGTTAAATT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATT
* * **
7985 TTTTTACATTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAAAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
8048 CCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCCAA-CCGTCAAAAGTCTTATTACTCTC
65 ACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * * *
8112 TCTAAATAGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** *
8177 AGATTATAATTGAATGTTGACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGTC
194 AGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAG-C
* * ** * * * *
8242 CAATTATAGTCACCTATTCCTT-TAAAACCTTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
256 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
8306 AATTGATTTTAACTTG-ATT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
8325 TTTTTA-TATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAAACGTGAAG-AAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
* ** *
8388 ACCAGTTCATT-AGCAAGAAAAGCCCGCTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTC
65 ACCA-TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
8451 ACTTTAAACT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTCTGGTTAA
127 ACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* ** ** *
8515 AACAGATTATAATTG-ATTTTTGACCTTGGAAAACATGAAGATAATGCCATTCACCAACAAGAAA
191 AACAGATTATAATTGAATGTTT-ACCTTGG-AAACATGAAGA-AAAACCATTCATTAGCAAGAAA
* ** ** *
8579 AGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCACTTTTAAATGGTTTTATAATC
253 AG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATC
* *
8644 TTATAATTGATTTTAAGTT-ACTT
316 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
8667 TTTTTGC-ATTTTCACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCAAGG-AACATGAAG-AAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
8729 AACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
64 AACC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
8792 TGCTTTAA
Statistics
Matches: 5297, Mismatches: 1062, Indels: 626
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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385 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
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CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATT
Found at i:4600 original size:234 final size:233
Alignment explanation
Indices: 4192--4625 Score: 568
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4182 ATAGATTATC
* *
4192 ATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAAAAAAATGCATTATAG
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* * * * * *
4257 TCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTT
66 TAACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTT
* *
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196 AAAGAGAAACCATTCATTGGAAGAAAATCTCATTTTTA
* * ** *
4425 ATTGAATGTTTGCC-TCAAGAAACATGAA-CAAAAACTCGTTCATTGGCAGGAAAAGCATG-TTT
1 ATTGAATGTTTGCCTTCAA-AAACATGAAGAAAAAAC-CATTCATTGGCA--AAAAAAATGCATT
* *
4487 ACAGTAACCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGA
62 ACAGTAACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGA
* * * * * * * * *
4552 TTTTTAGTTGAATTATTTTATATTTTTGATTGAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGGAA
127 TTTTAAGTTAAATTATTTTACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAA
*
4617 ACATGAAGA
192 ACATAAAGA
4626 AAAAGCTAAT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 27, Indels: 7
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
232 9 0.05
233 34 0.20
234 120 0.71
235 7 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (233 bp):
ATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAAAAAAATGCATTACAG
TAACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTATTTTACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACAT
AAAGAGAAACCATTCATTGGAAGAAAATCTCATTTTTA
Done.