Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400173.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3390.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4257
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 409 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1676 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2189 Score: 1182
Period size: 172 Copynumber: 12.8 Consensus size: 170
* * * * * * * * *
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAAAAATCAATTATAATATG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * * * *
66 TTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAT
66 TTTTAACCAAAAAGA-A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
************
131 GTGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGG
129 GTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
* * * ** * * *
173 ACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGCTAGACATTTAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * ********** *
238 TTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAA
66 TTTTAACCAAAAAGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
303 TCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATAGGTGACAATAAATGG
130 TGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
344 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGCTTCTTGAGGTAGACAATCACTTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * * * * * *
409 TTCTAACTAAAAATGTATAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTTTTAGATTGTAAAACCATTTAAA
66 TTTTAACCAAAAA-G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * **********
474 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTNNNNNNNNNNGG
129 GTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
* ** * * * * *
516 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGATAAAAATTCAAATA-TATTCG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCT
* * * * * **
580 GGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTTTTTAAA
65 GTTTTAACCAAAAAGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
645 GCGAGTAATCAA-GCTTTTTGAGGGAATGGGAGACTATAAA-GAG
129 GTGAGTAAT-AAGGC-TTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATG-G
* * * * * * * * * *
688 AGTTTT-TCGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTCCTTGAGGTAAACATTGAATTATAATTT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * *
752 GTTTTAA-CAAAAAAATATAAAAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTA
65 GTTTTAACCAAAAAGA-A-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
********** * * *
816 AAGNNNNNNNNNNGGCTTTTAAAGGAATGAGAGT--CTATAAATGC
127 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAT-AG-GTGACTATAAATGG
* ** * *** * * *
860 ACTTTTCTT-CCAAATGAATAG-TTTTTTCTACATGTTTCTCAAAACAGGCACTCAATTATAATC
1 ACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATC
* * ********** *
923 TGTTTGAA-AAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACCAAAAA-G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** *
987 AAACGAGTAATAAGGCTTTT-ACAGGAAT-GGCTGACTATAAATGG
127 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-TGGAATAGG-TGACTATAAATGG
* * * * * * *
1031 ACTTTTCTTGCTAGTGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-GGGTAGACATTCAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * * * * ********** *
1095 GTTCTAACTGAAAATGTAAAAATATTCANNNNNNNNNNAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
65 GTTTTAAC-CAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
1160 GTGAGTAATAAAGCTTTTGAT-GAAAAGGGTGACTATAAATGG
129 GTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATA-GGTGACTATAAATGG
** * * *
1202 ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTTTTACT-TTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATTATC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTTA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATC
* * ****
1266 TGTTTTAATC-AAAAG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNN
64 TGTTTTAACCAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
****** * * *
1329 NNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATAG
129 GTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
* ** * * *
1371 ACTTTTCTTGCCAGTGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-GTAGA-ATTCAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * ** * * * * * *
1434 GCTCTAACTGAAAAGTAAAAATATTTAACTTAAAATTACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 GTTTTAACCAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
1499 TGAGTAATAAGCCTTTTCATGGAATAGGTGATTATAAATGG
130 TGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
* ** *
1540 ACTTTT-TCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACT-TTTCTTAAGGTAGATGTTCAATTATTATT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATC
* ** *
1603 TGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTC
64 TGTTTTAACCAAAAA-G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
1668 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-GAGAATAAGTGGCTATAAATGG
127 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATG-GAATAGGTGACTATAAATGG
* * * *
1712 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAAGTAGACGTTCAATTATTCTCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * * *
1777 TTTCT-ACAAAAAATGAAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAAGCATTTAAA
66 TTT-TAACCAAAAA-GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
********* *
1841 GTGAGTAATANNNNNNNNNNA-GGAAT-GAGAGACTATAAATGG
129 GTGAGTAATA-AGGCTTTTGATGGAATAG-GTGACTATAAATGG
* * * * ** ** * *
1883 ACTTTT-TTTCCTATTAAATAGCTTTTTTC-ACATGTTTCCCAAGGCAAGA-ATACAATTA-TAG
1 ACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATTA-
** * * **
1944 TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAACTT-AACACAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
62 TCTGTTTTAACCAAAAA-GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
********** * *
2008 AAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGA
126 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAG-GTGACTATAAATGG
* * * ** ** * * *
2053 ACTTTTGTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
* * * * *
2118 TTTTAGCTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAA
66 TTTTAACCAAAAA-G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
2183 GTGAGTA
129 GTGAGTA
2190 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1500, Mismatches: 453, Indels: 128
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 20 0.01
168 26 0.02
169 192 0.13
170 139 0.09
171 499 0.33
172 568 0.38
173 54 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTG
TTTTAACCAAAAAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
Found at i:3061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2490--4257 Score: 1138
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
2480 NNNNNNNAAA
* ** * * * *
2490 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTGATAAGGTTTTTGGAG
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* ** **
2555 GAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGTATTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
65 GAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAATGAATG-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * * * * *
2618 GATAGACATTCAACTATCATCT-ATTTAAGCCAAAAATGTGAAGA-
127 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAT
* * ********** *
2662 AATTCAACTAAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTGTTGAA
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAA
* * * * * * * * * *
2726 GGAATTAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTCCAAGTTAATGGCTTTGTT-TGCATGTTTC-TAGA
64 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTT-TTCTTCACGTTTCTTA-A
** * * * * * ** * *
2789 GACAAACATACAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATATATAAT
127 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* ********* *
2833 AATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAG-AATGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCTTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * * *
2897 CGAATGGGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTGCAAAAGAAAGCTTTTTTCTTCATGTTTATTAAGG
64 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
*
2962 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAT
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* * * ** *
3004 AATTCAATTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCTTTCAAAATGAGTATTAAGGCTTTTGAAA
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* * * * * * * *
3069 GAATGAGAGACTCTAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTT-TCTAAAG
65 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGG
** * * * *** *
3133 TAGGTATTTAATTATAGTATGCTTTAGTGAAAAATGTAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* * * * * * ** *
3175 AATTTGACTTAAACTCAATTATGAAATTTTAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAATACTTTTGAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* * * * * * *
3240 GAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTG-ACAATGAATGTCTTTTTCCTCATGGTTCTTGAGG
65 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCA-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
* * *
3304 TAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATTAAAA-
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAT
** *
3346 AATTTTAAACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC-TTTC
1 AA-TTT-AACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * * * * * * *
3409 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTA
62 AAA-GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* *** * *
3474 AGGTAGACATTTAATTATAGCCCT-TTTTAACTAAAAATATAAAA-
126 AGGTAGACATTCAATTATA-ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* *
3518 AATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * * *
3583 AAAAT-CGTGACTTTAAAT-GAATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCAC-TTTTTTCGA
64 AGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AA
* * * * * *
3645 GGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTTA--AAGAATTTATAAAT
127 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAT
* * * * *
3688 AATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTT-AAC
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-
* * * * *
3752 GGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC-CAGCTTCTCAAG
64 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-GTTTCTTAAG
* * * * * * *
3816 GCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTCAACCAAAACTGTAAAAC
128 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
* * * *
3859 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCAATATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * * *
3923 TGTATAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCCTCACGTTTCTTTAGG
64 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
** *
3988 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTACAAAG
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAT
* * * *
4031 ATTTTAATTTAAAATTAAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
1 AATTTAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * **
4095 AAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGG
64 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
* * * * *
4160 TAAAAATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTACAAGGT
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AA-AT
* * * * *
4204 -ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 1225, Mismatches: 320, Indels: 102
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 66 0.05
170 132 0.11
171 584 0.48
172 313 0.26
173 118 0.10
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
AATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAT
Found at i:3911 original size:684 final size:684
Alignment explanation
Indices: 3000--4257 Score: 1518
Period size: 684 Copynumber: 1.8 Consensus size: 684
2990 CAAAAATGCA
*
3000 AAATAATTCAATTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCTTTCAAAATGAGTATTAAGGCTTTT
1 AAATAATTCAAATTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCTTTCAAAATGAGTATTAAGGCTTTT
* * * * *
3065 GAAAGAATGAGAGACTCTAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTTCTA
66 GAAAGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTCTCTA
* *** * *** ** *
3130 AAGTAGGTATTTAATTATAGTATGCTTTAGTGAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAACTCAATT
131 AAGCAAACATTCAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * ** *
3195 ATGAAATTTTAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAG
196 ATGAAATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAG
* * * *
3260 ACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTTCCTCATGGTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTG
261 ACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTCTCCTCACGGTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATATG
*
3325 TTTTAACCAAAAATAT-TA-AAAAATTTTAAACTTAAAA-TCAATGTTGAGATTATAAAACCATT
326 TTTTAA-CAAAAA-ATGTACAAAAATTTT-AACTTAAAATTAAAT-TTGAGATTATAAAACCATT
* *** * **
3387 TAAAGTAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGA
387 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAA-AAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATAAA
* * * * * *
3451 TGGCTTTTGCTTCACATTCC-CTAAGGTAGACATTTAATTATAGCCCT-TTTTAACTAAAAATAT
451 TGCCTTTTGCTTCACATTCCTC-AAGGTAAAAATTTAATTATA-ACATGTTTTAACAAAAAATAT
*
3514 AAAAAAT-TTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
514 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
3578 TTGAAAAAATCGTGACTTTAAATGAATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTTTC
579 TTGAAAAAATCGTGACTTTAAATGAATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTTTC
3643 GAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTTAAAGAATTTAT
644 GAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTTAAAGAATTTAT
* ** * *
3684 AAATAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACCATTT-AAAGTGAGTGA-TAAGGCTT
1 AAATAATTCAAATTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACC-TTTCAAAATGAGT-ATTAAGGCTT
* * * *
3747 TT-AACGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC-CAGCTT
64 TTGAA-AGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTACAC-G-TT
* * * *
3810 CTC-AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTG-TTTCAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAA
126 CTCTAAAGCAAACATTCAATTATAGTATGCTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
3873 TCAATTATGGCAA-TATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGTATAAGTGGCTA
190 TCAATTAT-GAAATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGTGACTA
* * * * *
3937 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCCTCACGTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTA
254 TAAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTCTCCTCACGGTTCTTGAGGTAGACAATCAATTA
* * *
4002 TAATATGTTTTAATAAAAAATGTACAAAGATTTTAATTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAACC
319 TAATATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTTTAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
4067 ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATA
384 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATA
* * * * *
4132 AATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAAAATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT
449 AATGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAGGTAAAAATTTAATTATAACATGTTTTAACAAAAAATAT
* ** * *
4197 ACAAGGTATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
514 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 86, Indels: 28
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 3 0.01
683 137 0.29
684 323 0.68
685 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (684 bp):
AAATAATTCAAATTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCTTTCAAAATGAGTATTAAGGCTTTT
GAAAGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTCTCTA
AAGCAAACATTCAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAAATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTCTCCTCACGGTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATATG
TTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTTTAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATAAATGCCT
TTTGCTTCACATTCCTCAAGGTAAAAATTTAATTATAACATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAA
AATCGTGACTTTAAATGAATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTTTCGAGGTAG
ATATTCAATTATAATCTATTTTTAAAGAATTTAT
Done.