Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397547.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3389.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Warning! 1679 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--398 Score: 458
Period size: 173 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
1 C
* * * * *
2 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTC
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTC
* * * * * **
67 TTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGGAACGTGAAGAAAACTCC
66 TTTTACATTTTACTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACC
* * * *
132 ATTCATTGACTG-AAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATACAT
131 ATTCATTGACAGAAAAAAATCCACTTACAGTCACCCATAC-T
* * * * * *
173 TT-GAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TT
* * *
237 GTTTTATATTTTTGACTT-AAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
65 CTTTTACA-TTTT-ACTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
301 AGCATTCATTGACAGAAAAAAATCCATTTACAGTCACCCATTCT
128 ACCATTCATTGACAGAAAAAAATCCACTTACAGTCACCCATACT
* * *
345 TTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
399 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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171 10 0.05
172 59 0.32
173 67 0.36
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTC
TTTTACATTTTACTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACC
ATTCATTGACAGAAAAAAATCCACTTACAGTCACCCATACT
Found at i:1786 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1083--2486 Score: 1173
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
1073 NNNNNNNNNN
* * * * *
1083 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
1148 CAATTCTTTATATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAATATGA
66 GAATT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGA
* *
1211 A-AAAAAAGATATTCATTGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 AGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
1254 CATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *
1319 GAA-CTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTAGCTTGGGAAACGTGAAG-
66 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
* * **
1382 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTCTAGTCATT
131 AAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
1424 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
1488 GAATTCTTTTACA-CTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCAGGAAACTTGAAGA
66 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
** * * * * *
1552 AAAATCCATTCATTGAC-TGAAAAAGTTCACTTATAATCACC
131 AAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
1593 TATACCTTCAGAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * *
1657 TGAATTTTTTTATATTTTTAGCTT-AAACAGATTATAATCGAATATCTACCAAAAGAAACATGAG
65 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA
* *
1721 GAAAAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAGAT-CATTTATAGTCACC
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC
* * ********** *
1764 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
1829 GAACTTTTTTACATTTTTAATT-AAACAAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGCAGCGTGAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG
* ** * * *
1893 -TAAAAGTCAGCCATTGGCACGAAAAGTTCATTTATAGTTACTC
130 AAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
* * ** * * * * * **
1936 AAGT-CTTTGAAAGCCTTATTA-TTAGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAAATGATCGTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * * *
1999 TGACTTTTTTTTGTAGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACGTAA
65 TGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGA
* * ** *
2063 AGAAAAAA-AATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACN
128 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********* * * * * *
2106 NNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATATTGTCATAACTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
2171 GAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAG-
66 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
* * *
2235 AAAAAGATATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
2277 CATTCCATCAAAAGCCATATTACT-A---TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTATAAGCT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
2338 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAACTTGAAGA
66 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
* * *
2402 AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
131 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** *
2443 TATTCCGTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATAATTTTATAA
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
2487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 234, Indels: 69
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 83 0.09
167 57 0.06
168 6 0.01
169 186 0.19
170 174 0.18
171 401 0.42
172 50 0.05
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Found at i:2932 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2644--3012 Score: 476
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
2634 NNNNNNNNNN
* * * *
2644 TTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTT
* * *
2709 TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAGGATAAGAAAAAGGCATTCATTGA
66 TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAAAAGAAAAAAGCATTCATTGA
** * *
2774 CAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAATCC
131 CAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTTC-TTC-AAAAGCC
* *
2816 -TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTAAGTT-AAATTCTTTTACATT
* * **
2880 TTTGGCTT-AAACAGATTATAATT-AATTGTCTACCTTAAGAAACGAAAAGAAAAAAGTATTTTT
65 TTTGG-TTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGAAAAGAAAAAAGCATTCAT
**
2943 TGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCC
128 TGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCC
* *
2987 TTATTACTCATTTTAAATAGTTTTAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
3013 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 22, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 51 0.30
172 114 0.67
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAAAAGAAAAAAGCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCC
Found at i:4651 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4507--6410 Score: 580
Period size: 170 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
4497 AAAGCCATTT
* * *
4507 ATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
4570 AGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAATACAGATAA
64 AGGTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATAA
*
4635 TAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATC
129 TAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCATC
* * * * **
4677 CTTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTG
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
** * * *
4742 GTTTTATAATATTAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATA
66 GTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
** * * * * * * *
4807 ATTAAATGTCTACCAT-GAGAAACGTCAAGAGAAAGGTATTT
131 ATTAAACATCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* * * * * * ********** *
4848 ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCATCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
** * * * * * * ** **
4913 -GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTCGAA-TTGTTTAATATTTTTCATTAAAATTGACT-
65 GGTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTT-TTTCACATTTTTGGTTAAAACAGA-TA
* *** * **
4975 ATAATTGAATGCCTA-CTCAACAAATGTGTAA-AAAAA-GTCATTC
128 ATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAACG-CA-TC
* * ** * **********
5018 ATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
* * * **
5083 -GTTTTATAAT-CTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAT
65 GGTTTTATAATAC-CAAAATTGA-TTTTAAATTGAACT-TTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGAT
** * * * *
5144 AATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTC
127 AATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* * * *
5189 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
** * * * * *
5254 -GTTTTATAATATTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTAT
65 GGTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATAAT
* ** * * * *
5318 AATTGAATGTCTA--TCATGAGAA-ATGTCAAGACAAA-GTATTT
130 AATTAAACATCTACCTCAAGA-AACATG--AAGAAAAACGCA-TC
* * * ** **
5359 ATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCGATTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
** * * * * * * ** * **
5424 -GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAATTTTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCAT
65 GGTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATAAT
* *** * * *
5488 AATTGAATGCCTACCTCAACAAATATGTA-AAAAA-GTCATTC
130 AATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACG-CA-TC
* * ** *
5529 ATTTGAAAGAAAAGTCTGTTTATAGTC-TCTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *********** * * * **
5592 TGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATA
64 AGGTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTT-TTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATA
** * * *
5656 ATAATTAAATGT-TGACCT-ATAGAAACATTAATAAAAACACATTC
128 ATAATTAAACATCT-ACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
** * * * ******
5700 ATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNN
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
**** * * * * *
5765 NNNNTATAAT-CTTC-AAATTGATTTTAAGTTG-ACTATTTTTTATATTTCTGGTTAAAGCAGAC
66 GTTTTATAATAC--CAAAATTGATTTTAAATTGAAC--TTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGA-
* * ** * *
5827 T-ATAATTAAATATCTATCTTGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTC
126 TAATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* * * * * * *
5872 ATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTA-CGTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAAT
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-TATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAA
* * * * * * ***********
5936 GGTTTTGTAAGGTA--ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGNNNNNNNNNNC
65 GGTTTTATAA--TACCAAAATTGATTTTAAATTGAACT-TTTTCACATTTTT-GGTTAAAACAGA
* ** ** * * * *
5999 T-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAA-AAAAAAGTATTT
126 TAATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* ** * * * * * * *
6043 ATCGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATA
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
* * * * ** * * *
6108 -GTTTTATAATATCAAAAGTT-ATTTTAAGTTTAATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACATATT
65 GGTTTTATAATACCAAAA-TTGATTTTAAATTGAACTTTTT-CACATTTTTGGTTAAAACAGATA
* ** * * * * * *
6171 ATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGGATTT
128 ATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* * * * * *
6215 ACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT-CTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAA
* * * * *
6279 GGTTTTATAAT-CTCAAAACTAATTTTAAGTTGAA-TTCCTTGT-ACGTTTTTGGTTAAAACATA
65 GGTTTTATAATAC-CAAAATTGATTTTAAATTGAACTT--TT-TCACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** ** * * *
6341 TTATAATTGAATTTC-ACCTCAAGAAATGTGAGGAGAAAGGCATTC
126 TAATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCA-TC
* * *
6386 ATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
1 ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG
6411 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1324, Mismatches: 342, Indels: 135
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.02
170 498 0.38
171 494 0.37
172 297 0.22
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
GTTTTATAATACCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
ATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACGCATC
Found at i:4747 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4173--6577 Score: 1282
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 171
4163 NNNNNNNNNN
* * * *
4173 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAAT
* * * * * * * *
4237 CTGATAATTGCTATTAAGTT-AATTTTTTTTTTATATTTTTGGCTT-AAACAGATTATAATTGAT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTAAA
* * *** * **
4300 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAATATTTATTGACAAGAA
126 TGTCTACCTCAAGAAACATGAA-TAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * ********** **
4347 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ********** *
4412 TCGTATTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGACT-ATAATTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATGTC
** * * * *
4476 TACCTCCGGAAGCAT--ATAGAAAAAGCCATTTATTGGGAAGAA
130 TACCTCAAGAAACATGAATA-AAAACG-CATTCATTGGTAAGAA
* * *
4518 AAGTCTATTTATAGTC-TCTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA-AGGTTTTATA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATA
* * * * **
4580 ATCCCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAATACAGATAATAATTAAACA
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATG
* *
4645 TCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCA-TCCTTGGTAATAA
128 TCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * *
4688 AAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *
4753 TTAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
* * * * * * * *
4818 ACCAT-GAGAAACGTCAAGAGAAAGGTATTTATTGGTAAGAA
131 ACC-TCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * ********** * *
4859 AAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCATCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATG
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * ** ** * *
4924 TCATAATTGATTTTGAGTCGAATTGTTTAATATTTTTCATTAAAATTGACT-ATAATTGAATGCC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATGTC
* ** * *
4988 TA-CTCAACAAATGTGTAA-AAAAA-GTCATTCATTTGAAAGAA
130 TACCTCAAGAAACATG-AATAAAAACG-CATTCATTGGTAAGAA
* * **********
5029 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* *
5094 TCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
66 TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * *
5158 GACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAA
130 TACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * *
5200 AAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
5265 TTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
* * * * * *
5330 A--TCATGAGAA-ATGTCAAGACAAA-GTATTTATTGGGAAGAA
131 ACCTCAAGA-AACATG--AATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * ** ** *
5370 AAGTTCATTTATAGTCACCCATTCGATTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATG
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** * ** * *
5435 TCATAATTGATTTTGAGTAGAATTTTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
* * * * *
5500 ACCTCAACAAATATG--TAAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAA
131 ACCTCAAGAAACATGAATAAAAACG-CATTCATTGGTAAGAA
** * * ********
5540 AAGTCTGTTTATAGTC-TCTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNN
1 AAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
** * *
5603 NNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* * *
5668 -TGACCT-ATAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGATAAGAA
129 CT-ACCTCA-AGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * **********
5711 AGGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
5776 TTCA-AATTGATTTTAAGTTGACTATTTTTTATATTTCTGGTTAAAGCAGACT-ATAATTAAATA
66 -TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATG
* ** * * *
5839 TCTATCTTGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAA
128 TCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * * * * **
5883 AAGTCCATTTATAATTACGTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAGG
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ********** *
5948 TAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGNNNNNNNNNNCT-ATAATTGAATGT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTAAATGT
** * * * * * **
6012 CTACCTTGAGAAATATGAA-AAAAAAGTATTTATCGACAAGAA
129 CTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* * * * * * *
6054 AAGTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
6119 TCAAAAGTT-ATTTTAAGTTTAATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
66 TCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* * * * * * * * *
6183 CTACGTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGGATTTACTGGCAAGAA
129 CTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* *
6226 AAGTCCATTTATAGTCATCC-ATT-CTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * * * * *
6289 TCTCAAAACTAATTTTAAGTTGAATTCCTTGTACGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATG
** ** * * *
6354 TC-ACCTCAAGAAATGTGAGGAGAAAGGCATTCATTAGTAAGAA
128 TCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
* ********** * * *
6397 AAGTCTATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAAAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAT
* * * ** * * ** * * *
6461 TTGGA-AATTGATTTTAAGTTGAATTCCTTGCACGTTTTTAGTTAAAACAGATTTTGATTGAATT
65 CT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATG
* * ** *
6525 TTTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
128 TCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
6569 AAGTCCATT
1 AAGTCCATT
6578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1704, Mismatches: 463, Indels: 130
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 18 0.01
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175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
ACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAA
Found at i:4820 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4173--6577 Score: 1374
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 340
4163 NNNNNNNNNN
* * *
4173 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATC
* * * * *
4238 TGATAATTGCTATTAAGTT-AATTTTTTTTTTATATTTTTGGCTT-AAACAGATTATAATTGATT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGA-TATAATTGAAT
* ** * ** *
4301 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAATATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
126 GTCTACCTCAAGAAACAT---GAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********** ** * ** * *
4366 CATTNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTATTTGATTTCAAGTT
188 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTT
* ********** * * ** *
4431 GAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCGGAAGCAT-ATAG
253 GAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAG
* *
4495 AAAAAGCCATTTATTGGGAAGAA
318 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
4518 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAAGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATC
* * * * * **
4583 CCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAATACAGATAATAATTAAACATCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCT
* * * *
4648 ACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCA-TCCTTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTC
130 ACCTCAAGAAACATGAA-AAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
4712 CTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATATTAAAATTGATTTTAAGTTGAACT
193 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAACT
* * * * * *
4777 TTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAACGTCA-AGAGAA
258 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAACATGATAGAAAA
** * *
4840 AGGTATTTATTGGTAAGAA
322 AGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * ** ********** *
4859 AAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCATCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAAT
* * * * * ** *
4923 GTCATAATTGATTTTGAGTCGAATTGTTTAATATTTTTCA-TTAAAATTGACTATAATTGAATGC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGT
* ** * * *
4987 CTA-CTCAACAAATGTGTAAAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT
128 CTACCTCAAGAAACATG-AAAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
********** * *
5051 TCCTTTAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGA
191 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGA-TTTTAAGTTGA
** * * * *
5115 A-TGTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGA-ATA
255 ACT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAGA
*
5178 AAAA-CACATTCATTGGTAAGAA
319 AAAAGC-CATTCATTGGCAAGAA
* * *
5200 AAGTCCATTTATAGTCAGCT-ATTCGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAA
1 AAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAA
* * * * * * * *
5263 TATTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGT
* * * * * *
5328 CTA--TCATGAGAA-ATGTCAAGACAAAGTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
128 CTACCTCAAGA-AACATG--AA-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** ** * * * *
5390 ATTCGATTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAG
189 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTG
** * ** * * * *
5455 AA-TTTTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATG-TA-
254 AACTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAG
* * *
5517 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAA
318 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
** * **********
5540 AAGTCTGTTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNN
1 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATC
* * ** *
5605 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATAATAATTAAATGT-T
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCT
* * * * * *
5669 GACCT-ATAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAGCTAT
130 -ACCTCA-AGAAACATGAA-AAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * ********** *
5733 TCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTTC-AAATTGATTTTAAGTTG-
191 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-ATCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * **
5796 ACTATTTTTTATATTTCTGGTTAAAGCAGACTATAATTAAATATCTATCTTGAGAAACATGAATA
255 AC--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATG-ATA
*
5861 -AAAAAG-CATTCATCGGCAAGAA
317 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
5883 AAGTCCATTTATAAT-TACGT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTA
1 AAGTCCATTTATAGTCT-C-TCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATA
** * **********
5945 AGGTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGNNNNNNNNNNCTATAATTGAAT
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATATAATTGAAT
** * * * * ** *
6010 GTCTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAGTATTTATCGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
126 GTCTACCTCAAGAAACATG-AAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
6075 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATATCAAAAGTT-ATTTTAAGTTT
190 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAA-TTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
6139 AATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACGT-AAAG
254 AACTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAG
** * *
6203 AAAAAGGGATTTACTGGCAAGAA
318 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
6226 AAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAAT
* * * * * ** * * *
6290 CTCAAAACTAATTTTAAGTTGAATTCCTTGTACGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGT
** * * * * ********
6355 C-ACCTCAAGAAATGTGAGGAGAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGNNNNNNNN
128 CTACCTCAAGAAACATGA--AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * * * * **
6419 NNCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAAAATTTGGAAATTGATTTTAAGTTGA
191 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGA
** * * * * * * * * *
6483 A-TTCCTTGCACGTTTTTAGTTAAAACAGATTTTGATTGAATTTTTACCTCGAGAAACATGA-GG
255 ACTT--TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAG
* *
6546 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
318 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
6569 AAGTCCATT
1 AAGTCCATT
6578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1548, Mismatches: 445, Indels: 136
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 158 0.10
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342 93 0.06
343 486 0.31
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345 79 0.05
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTA
CCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATAGAAAAAGCC
ATTCATTGGCAAGAA
Found at i:5170 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 4495--6348 Score: 1799
Period size: 511 Copynumber: 3.6 Consensus size: 510
4485 AAGCATATAG
* * * * * *
4495 AAAAAGCCATTTATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
4560 TTACTTTAAA-AGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT
66 TCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTCTT
* ** * * * * *
4624 AATACAGATAATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAACGCA-TCCTTGGTAATAA
129 AAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAA
* * *
4688 AAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATA
194 AAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATA
* *
4753 TTAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT
259 TTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT
* *
4818 ACCATGAGAAACGTCAAGAGAAAGGTATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
324 ACCATGAGAAACGTCAAGACAAA-GTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
********** *
4883 CATCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTCGAATT
388 CATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAATT
* * * *
4948 GTTTAATATTTTTCATTAAAATTGACTATAATTGAATGCCTA-CTCAACAAATGTGTAA
453 GTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATGT-A
********
5006 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTT-AAAAGNNNNNNNN
1 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTA
**
5070 NNCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTCT
65 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTCT
5134 TAAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGA
128 TAAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGA
*
5199 AAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
193 AAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
*
5264 ATTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
258 ATTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC
* *
5329 TATCATGAGAAATGTCAAGACAAAGTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
323 TACCATGAGAAACGTCAAGACAAAGTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
5394 GATTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAATT
388 CATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAATT
*
5459 TTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATGTA
453 GTTTAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATGTA
** *
5517 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* **********
5582 TCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTA
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTCTTA
* * * *
5647 AAACAGATAATAATTAAATGTTGACCTATAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGATAAGAAA
130 AAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAAA
* * * ********** *
5712 GGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCT
195 AGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATAT
* * * * * * * * * *
5777 TCAAATTGATTTTAAGTTG-ACTATTTTTTATATTTCTGGTTAAAGCAGACTATAATTAAATATC
260 TAAAATTAATTTTAAGTTGAAC--TTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC
* * * * * * * * * * * * * **
5841 TATCTTGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACGTATT
323 TACCATGAGAAACGTCAA-GACAAAGTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT
* * * * * * * * *
5906 CCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAGGTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
387 CCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAAT
* * ********** * * ** * *
5971 TGTTTTTATATTTTT-AGNNNNNNNNNNCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAA
452 TG-TTTAACATTTTTCA-TTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATG-TA
* * * *
6032 AAAAAGT-ATTTA-TCGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAAGTCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
6094 ACTCGCATTAAATAGTTTTATAATATCAAAAGTT-ATTTTAAGTTTAATTTTTTGTGCATTTTTT
64 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTTT
* * * * * * * * * * *** * * *
6158 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGGATTTACTGGCAA
126 CTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAA
* * * * * *
6223 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
6288 ATCTCAAAACTAATTTTAAGTTGAA-TTCCTTGT-ACGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
256 ATATTAAAATTAATTTTAAGTTGAACTT--TT-TCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
6349 GAATTTCACC
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 225, Indels: 44
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 9 0.01
511 497 0.45
512 219 0.20
513 97 0.09
514 110 0.10
515 160 0.15
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
AAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTCTTAA
AACAGATAATAATTAAATGTCGACCTAAAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCAGCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATT
AAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAC
CATGAGAAACGTCAAGACAAAGTATTTATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCAT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTAGAATTGTT
TAACATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGCCTACCTCAACAAATATGTA
Found at i:7630 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6837--8557 Score: 1041
Period size: 172 Copynumber: 10.1 Consensus size: 168
6827 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6837 TGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTCA-TTCAAACAGACTATAATTGAATATCTGCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTT
* * ** * ** * * *
6900 GAA-AAGCGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCGTC
64 -AAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTC
* * * ** *
6964 AAAAGCCTTATCATTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAGT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-AAAAT
* * * * * * * * *
7008 TGACTTTGAA-TTGAATTATTTGTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTT--CT
1 TGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT-TTACCT
* * ** *
7070 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTT
63 T-AAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTT
* ********** * *
7134 CAAAAGTCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCACAAT
125 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-AAAAT
** * * * * * * ** *
7179 TGATTTTAAGTT-AAAATATTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGCATACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* * ** *********** * **
7243 GGGAACATGAAGCAAAAGCCANNNNNNNNNNCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAA
65 AGAAACATGAAG-AAAAAACATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCTTCAA
* * ** * *
7308 AAGCTTTATTAGTTACTTTAAATGGTTTTATGATCTTAAAAT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-GTAAAAT
* * * **
7350 TGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* * ** * * *
7413 AGAAACATGAAGAGAAAACAATTCATTGGTAGGAAAAGTACATTTATATTCACCCATTCTATCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TCAA
* *
7478 AAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTCATAATGTAATAAT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTAA-AAT
* * * ** *
7520 TGATGTTAAGTTGAATTTTTTTCTATATTTCA-TTAAAACAGACTATAATTCAATGCCTGCCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* * * *
7584 AAAAACATGTAGAAAAAACTATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTCAA
* * *********
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128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATGTAAAAT
* * * * *
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1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTTTACCTT
* * * * * * *
7754 ATGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
64 AAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCA
* *
7819 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-GTAAAAT
* * * * * *
7862 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGACTATAATTACATATCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* * * **
7927 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAA
* * *
7992 AAGCCTTATTAC-CGCATTAAATGGTTTTATATTCTCAAAAT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-AAAAT
* * * * *
8033 TTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGATTTTTTA-TTAAAGCAAACTATAATTAAATGTGTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT--ATATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTT
* * * ** * * *
8097 GAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATCGGCAAA-AAAAGTTTATTTATAATCACTCATTCCTTT
64 AAGAAACATGAAG-AAAAAACATTCATC-GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTC
** * *
8161 AAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGGTCATAAT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-AAAAT
* * * *
8205 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTGTAGTTAAAACATACTATAATTAAATGTTTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* *
8270 AGAAA-AGTGAAGCAAAAAACATTCATCGACAAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTTCTTC
65 AGAAACA-TGAAG-AAAAAACATTCATCGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTC
* * **
8333 AAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAACCTAAAAAT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-AAAAT
* * * * ** * * * * * *
8377 TTATTTTCAGTTGAATTCTTTGTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTA
* ** * * * * ** *
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65 AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATCGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCA
* * **
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8549 TGATTTTAA
1 TGATTTTAA
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* * ********** *
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* * * * *
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* * * *
7350 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCG
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* ** * * *
7413 AGAAACATGAAGAGAAAA-CAATTCATTGGTAGGAAAAGTAC-ATTTATATTCACCCATT-CTAT
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* **********
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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* * *
7991 AAAGCCTTATTAC-CGCATTAAATGGTTTTATATTCTCAAAAT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * *
8033 TTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGATTTTTTA-TTAAAGCAAACTATAATTAAATGTGTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
** * * * * * *
8097 GAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATCGGCAAAAAAAGTTTATTTATAATCACTCATTCCTTTA
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** * ** *
8162 AAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGGTCATAAT
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* * * * * *
8205 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTGTAGTTAAAACATACTATAATTAAATGTTTACCTTG
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* * *
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* * * * *
8332 CAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAACCTAAAAAT
126 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * * **
8377 TTATTTTCAGTTGAATTCTTTGTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATCA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * * *
8442 AGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCATT-AGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTACA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TATTCCTTCA
* *
8506 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCAAAAT
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8549 TGATTTTAA
1 TGATTTTAA
Statistics
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6827 NNNNNNNNNN
* * *
6837 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC-TTAAAACAGACTATAATT-AATATCTACCTTGA
* * * * * *
6902 -AAAGCGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCGTCA
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* * * * * *
6965 AAAGCCTTATCATTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAGTTGACTTTGAA-TTGAATTATTT
127 AAAGCCTTATTA-CCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
7029 GTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATCTCT-TCTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
190 TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-C
* * * ****
7093 ATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCNNNN
253 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
****** *
7157 NNNNNNTTTATAATCTCACAAT
318 AATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * *
7179 TGATTTTAAGTTAAAATATTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAAT-GCATACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCTTAAAACAGACTATAATT-AATATC-TACCTTG
* * * *********** * ***
7243 GGGAACATGAAG-CAAAAGCCANNNNNNNNNNCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCA
63 AGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* ** * * *
7307 AAAGCTTTATTAGTTACTTTAAATGGTTTTATGATCTTAAAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT
127 AAAGCCTTATTA-CCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * *
7370 TACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAA-CAA
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* * * * *
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254 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
7498 AATGGTTTCATAATGT-AATAAT
318 AATGGTTTTATAATCTCAA-AAT
* * ** * *
7520 TGATGTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATATTTCATTAAAACAGACTATAATTCAATGCCTGCCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTC-TTAAAACAGACTATAATT-AATATCTACCTTG
* * * * * *
7584 AAAAACATGTAGAAAAAA-CTATTCATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCA
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* **********
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127 AAAGCCTTATTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
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191 TACATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-GC
* * *
7775 ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
253 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
7840 AATGGTTTTATAATCTTAAAAT
318 AATGGTTTTATAATCTCAAAAT
*
7862 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGACTATAATTACATATCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-CTTAAAACAGACTATAATTA-ATATCTACCTTG
*
7927 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAT-ATTCCTTCA
63 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCA
* * * *
7991 AAAGCCTTATTACCGCATTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
127 AAAGCCTTATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * * * **
8056 AGATTTTTTATTAAAGCAAACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATATT
192 ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATT
* * * ** * * **
8121 CATCGGCAAAAAAAGTTTATTTATAATCA-CTCATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAA
256 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** *
8185 TGGTTTTATAAGGTCATAAT
320 TGGTTTTATAATCTCAAAAT
* ** * * *
8205 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTGTAGTTAAAACATACTATAATTAAATGTTTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT-TTCTTAAAACAGACTATAATT-AATATCTACCTTG
* *
8270 AGAAA-AGTGAAGCAAAAAA-CATTCATCGACAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTTCTT
63 AGAAACA-TGAAG-AAAAAAGCATTCATCGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * * * * * *
8332 CAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAACCTAAAAATTTATTTTCAGTTGAATTCTT
125 CAAAAGCCTTATTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * ** * *
8397 TGTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAATATGAAGAAAAAGGG
189 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GC
* * * * * *
8462 ATTCATTAGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
253 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
8527 AATAGTTTTATAAACTCAAAAT
318 AATGGTTTTATAATCTCAAAAT
8549 TGATTTTAA
1 TGATTTTAA
Statistics
Matches: 1096, Mismatches: 237, Indels: 90
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 86 0.08
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTAAAACAGACTATAATTAATATCTACCTTGAGA
AACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAAT
Done.