Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400211.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3422.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7724
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.29
Warning! 1898 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:626 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 147--655 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
137 NNNTTGTAGA
* * * ** *
147 AATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCACGAGGTA
1 AATGGGTTACTATAAATGG-CTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCA
* * * * * * *
212 GGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTTAACTTGAAATCAATTTTGA
65 GACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
277 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATGCA-GCTTTTGAAGG
129 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTCAAGG
* ********** *
319 AATGGGTGACTATNNNNNNNNNNTTCTAGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTT-AGAGC
1 AATGGGTTACTATAAATGGCTTTTTTTA-CCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAG-GC
** * * *********
383 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATAT-AAACACATTCAACTTAAAANNNNNNNNN
64 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA-ATTTAACTTAAAATCAATTATG
* *
447 NGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTCAAGG
128 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
* * *
490 AATGGGTTACTATAAATAGGCTTTTTTTACCAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCA
1 AATGGGTTACTATAAAT-GGCTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCA
* * *
555 GACATTCAATTATAGTTTGTGTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAA
65 GACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
620 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
130 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
656 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 76, Indels: 15
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 172 0.68
172 81 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGGGTTACTATAAATGGCTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAG
ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
Found at i:2212 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1685--2925 Score: 751
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 168
1675 NNNNNNCACC
* * ** *
1685 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATTATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1750 GTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TGATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAAATTGTAG
66 -AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAA-TGT-G
*
1814 AAAAAAAA--ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CTT
126 AAAAAAAAGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-T
* *
1855 CAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCA-TTTTAAAATCTCAAAATTGA--TT---
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* *
1914 TT-ATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGC
64 TTAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAATGTG-
* * * * * *
1976 AAACAAATGAATTCATTAGCTAGAAAAGTGCATTTATAGTCAC-
126 AAAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
******** * *
2019 C-TNNNNNNNNNNAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAG
1 CAT--TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
2083 TTAATTTTGTTTTGTATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAATAAACGTGA
64 TTAA-TTT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGA
2148 AAAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
127 AAAAA-AAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
* * ** * * *
2192 CATTTCTTCAAAACCCTTATTACTAACTTTAAATAATATTATAATC-CTAAAATTGATTTTATGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGT
* ** * * **
2256 TCAATTTATTTTACT-TTTTT-ATTTAAAACATA-TCATAATTGAATAACTACATCAAGAAACAT
65 T-AATTT-TTTTA-TATTTTTGA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGT
* *
2318 GAAGAAAAATGCATTCATTGCTAAAAAAAGTCCA-TTATAGTTACT
125 GAA-AAAAAAGCATTCATTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
* * * *
2363 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
** * * * *
2427 TGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAG
65 T-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAA-
* * *
2492 AAAACA-CATTCATTGGTC-AGAAAAGTTCA-TTATAGTCACT
128 AAAAAAGCATTCATT-G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
* * * * * **********
2532 CTTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCANNNNNNNNNNTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* ** * * **
2597 AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAGGCAGACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGCAACAT-AAAG
66 -AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAA-
*
2661 GAAAAAGCATTCA-TGAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCT
129 -AAAAAGCATTCATTG--CAAGAAAAGTCCATTTATAG-------TTACT
* * ***********
2710 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG
1 --CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * * * * **
2775 TTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTTAAATTAGACAATAATTGATTGTATACCTCAAGAAACATGA
64 TT-AATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGA
* * * *
2839 AGAAAAATA-CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCA-CTATAGTCACC
127 A-AAAAA-AGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
* * * * *
2882 CATTCCTTCAAAAACTTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
2926 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 175, Indels: 126
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 10 0.01
163 9 0.01
164 103 0.12
165 2 0.00
166 5 0.01
167 1 0.00
168 3 0.00
169 134 0.16
170 102 0.12
171 135 0.16
172 189 0.23
173 12 0.01
174 1 0.00
178 3 0.00
179 5 0.01
180 112 0.13
181 4 0.00
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAAAA
AAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
Found at i:5718 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4862--6666 Score: 1228
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
4852 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
4862 AAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATTGTTTAAAAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * ** *
4927 ACATTTTAAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGAATT
66 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATT
* * * *
4992 CATTGG-TAGAAAAAATCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
131 CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * * **
5033 GAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCA-AAATAGATTTTACGTCCAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
5097 TCA-CTTTTTAGTAAAAACATATTATAATTGAATGTTTACGTCT-AGAAACATGAAGAAAAA-GA
65 T-ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATG-
* * *
5159 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTC-CT-TTATCCTCTCC
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCT-TCA
* * * * **
5203 AAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCA-AAATTTATTTTATATTTATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTA-AGTTAAATTTTT
* * ********** **
5267 TTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGNNNNNNNNNNAGAAAAAACCA
64 TTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCA
*
5332 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-CTATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCA
* * * * *
5375 AAACCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-C-TAAAATTGATTTTATGTTCAATTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AAA-TGATTTTAAGTTAAATTT-T
* * *** ** * * *
5438 TTTACT-TTTTTATTTAGAACATTTTATAATTGAATAACTACATCGAGAAACGTGAAGAAAAATG
63 TTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG
* *
5502 CAATT-GTT-GCTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTTA-TCCATTCCTTCA
127 C-ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCA
** * * *
5546 AAAGCCTTATGGCTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAAATGATTTTAAGTTGACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * *
5610 TATATTTTTAGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGAAAAATGCAT
65 TATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT
** *
5675 TCATTGGTTAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCTTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * **************** *
5716 AAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
5781 ATATTTTTGGCTGAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGAAAAATAG-AT
66 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT-GCAT
* *
5845 TCTTTGGCCAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * **********
5886 AAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
5951 ATATTTTTAGTTAAAGCAGACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGCAACATAAAGAAAAAAGTATT
66 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATT
* * *
6016 CA-TGAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCTTCA
131 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
********** * * *
6057 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * ** *
6122 ATTTTTTTATTTAAAACAGACAATAATTGATTATATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATACATT
66 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATT
*** * *
6187 TGGTGGCAAGAAAAGTCCA-CTATAGTCA-TCCATTCCTTGA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCA
* * * * * * *
6227 AAAACTTTAGTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTAAA---TTT
* * * * * *
6291 TTTTACATTTTT-GGTAAAACAGA-TAATAATCGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAG-AAAAG
62 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT
* * *
6353 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTTCTTCG
126 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * * * * * * *
6399 AAAGCCTTATTATTCGCTTTCAATGATTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAATTTTAACTTTGTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAA-GTTAAATTTTTT
* * * * * * *
6464 TATTTTTTTA-TTAAAACAGACAATAATTGAAT-TCCTGCCCT-AGGAAACGTGTAGAAAAA-CC
65 TATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAATGC
* * *
6525 AATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCC
128 -ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * * *
6570 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
6635 AGATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAAT
66 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
6667 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1264, Mismatches: 315, Indels: 110
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 18 0.01
170 503 0.40
171 505 0.40
172 206 0.16
173 30 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
Found at i:7498 original size:173 final size:162
Alignment explanation
Indices: 7198--7515 Score: 323
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
7188 TCACTCATTC
* * *
7198 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTCAGTTCAATT
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAATCTAAAAATTAATTTTCAGTTCAATT
* * * ** **
7263 TTTTCTACATTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATGTCGAGAAATGTGAAGAAAA
66 TTTTCTACATTTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAA
* *
7328 AGGTATTCATTGGCAAGAGAAGTNNNNNNNNNNTCTCCTATT
131 AAGAATTCATTGGCAAGAGAAGT----------TCTCCTATT
* * ** * *
7370 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATTCTCTAAAAATT-TTTTTTACGTTCAA
1 CTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAATCTAAAAATTAATTTTCA-GTTCAA
* * * *
7434 TTTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGAA
64 TTTTTTCTACATTTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAA
7499 AAAAGAATTCATTGGCA
129 AAAAGAATTCATTGGCA
7516 GGAAAAGTCT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
172 9 0.07
173 113 0.93
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAATCTAAAAATTAATTTTCAGTTCAATT
TTTTCTACATTTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAA
AAGAATTCATTGGCAAGAGAAGTTCTCCTATT
Done.